1.一種基于Ion Torrent測(cè)序平臺(tái)的靶向葉綠體測(cè)序方法,其特征在于,包括以下步驟:
步驟a、制備樣本切片并染色,涂片染色方法包括HE染色、健那綠染色;
步驟b、激光顯微切割捕獲葉綠體,通過激光顯微切割捕獲的葉綠體組織的數(shù)量為1-200個(gè);
步驟c、提取出DNA;
步驟d、PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測(cè);
步驟e、對(duì)擴(kuò)增好的產(chǎn)物進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建及質(zhì)檢,所述文庫(kù)構(gòu)建包括DNA超聲波打斷;末端修復(fù)和純化DNA;連接接頭和純化連接的DNA:文庫(kù)擴(kuò)增、純化及質(zhì)控;
步驟f、采用Ion Torrent測(cè)序平臺(tái)上機(jī)測(cè)序及分析結(jié)果,將制備好的文庫(kù)在Life technologies公司的Ion Torrent高通量測(cè)序儀上進(jìn)行測(cè)序,讀長(zhǎng)250bp,要求測(cè)序深度達(dá)到3000×,每個(gè)樣本產(chǎn)生約90M的數(shù)據(jù)量;測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過信息分析得到葉綠體全基因組序列資料,與葉綠體參考序列比對(duì),即可獲得樣本葉綠體序列變異信息,包括點(diǎn)突變、缺失、插入等變異情況。
2.根據(jù)權(quán)利要求書1所述的基于Ion Torrent測(cè)序平臺(tái)的靶向葉綠體測(cè)序方法,其特征在于:所述通過激光顯微切割捕獲的葉綠體組織的數(shù)量為20-50個(gè)。