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小型RNA的表達(dá)量的修正方法和裝置與流程

文檔序號(hào):11446061閱讀:381來(lái)源:國(guó)知局
小型RNA的表達(dá)量的修正方法和裝置與流程
本發(fā)明涉及用于對(duì)多個(gè)樣本所含的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的表達(dá)量修正方法和進(jìn)行該表達(dá)量修正的裝置。
背景技術(shù)
:非編碼rna(non-codingrna,ncrna)是不編碼蛋白質(zhì)的rna的總稱,大致分為持家rna和調(diào)控類rna。存在各種長(zhǎng)度的ncrna,特別是小于200個(gè)堿基的分子被稱為小型rna(smallrna)。作為持家rna,已知核糖體rna(rrna)、轉(zhuǎn)運(yùn)rna(trna)、參與剪接的核內(nèi)小分子rna(snrna)、參與rrna的修飾的核仁小分子rna(snorna)等。調(diào)控類rna作為對(duì)生物體功能的闡明發(fā)揮重要功能的因子近年來(lái)特別受到關(guān)注,最近逐漸明確了其調(diào)節(jié)基因表達(dá)、rna的細(xì)胞內(nèi)分布,對(duì)基因表達(dá)抑制機(jī)制發(fā)揮重要作用。由該調(diào)控類rna發(fā)揮功能的基因表達(dá)抑制機(jī)制被稱為rna干涉(rnai),1988年在使用線蟲的實(shí)驗(yàn)中被發(fā)現(xiàn),然后證明了在果蠅、哺乳類細(xì)胞中也存在同樣的機(jī)制。作為該調(diào)控類rna的ncrna鏈長(zhǎng)為約20~25個(gè)堿基,其作用機(jī)制大體分為通過(guò)微rna(mirna)的翻譯抑制,和利用小干涉rna(smallinterferencerna,sirna)的目標(biāo)mrna的切割以及介由目標(biāo)dna區(qū)域的異染色質(zhì)化的基因沉默。mirna由基因組dna作為發(fā)夾樣結(jié)構(gòu)的rna(前體)轉(zhuǎn)錄出來(lái)。該前體被具有特定的酶rnaseiii切割活性的dsrna切割酶(drosha、dicer)切割后,變成雙鏈的形態(tài),然后變成單鏈。并且,認(rèn)為一條反義鏈被稱為risc的蛋白質(zhì)復(fù)合體攝入,參與mrna的翻譯抑制。這樣,因?yàn)閙irna在轉(zhuǎn)錄后各階段其形態(tài)不同,所以通常在以mirna為目標(biāo)(檢測(cè)對(duì)象)的情況下,需要考慮發(fā)夾結(jié)構(gòu)體、雙鏈結(jié)構(gòu)體、單鏈結(jié)構(gòu)體等各種形態(tài)。mirna由15~25個(gè)堿基的rna組成,在各種生物中確認(rèn)了其存在。近年來(lái)發(fā)現(xiàn),mirna不僅在細(xì)胞內(nèi)存在,在不含細(xì)胞的樣本(生物體試樣)血清、血漿、尿、脊髓液等體液中也較多存在,啟示其表達(dá)量可能成為以癌為代表的各種疾病的生物標(biāo)志物。mirna在2014年6月的現(xiàn)在,在人中存在2500種以上(mirbaserelease20),在利用高靈敏度的dna微陣列等測(cè)定體系的情況下,其中超過(guò)1000種的mirna能夠在血清·血漿中同時(shí)檢測(cè)到表達(dá)。于是,進(jìn)行了使用dna微陣列法以血清·血漿、尿、脊髓液等體液為對(duì)象的生物標(biāo)志物探索研究。已知在使用dna微陣列進(jìn)行基因表達(dá)分析時(shí),根據(jù)樣本、實(shí)驗(yàn)者、實(shí)驗(yàn)條件不同,所得的測(cè)定值(數(shù)據(jù))可能產(chǎn)生誤差。因此,考察了用于修正誤差的測(cè)定值的修正方法。修正中通常常用以對(duì)于任何樣本,在取多個(gè)基因的表達(dá)量的測(cè)定值一起作為基因表達(dá)數(shù)據(jù)群的情況下,表達(dá)量都沒(méi)有差異這樣的原理為前提的方法,是整體歸一化(globalnormalization)法、分位數(shù)(quantile)法、局部加權(quán)回歸散點(diǎn)平滑法(lowess)法、75%分位數(shù)(75percentile)法等。但是這些修正方法有僅能在某一定數(shù)量以上整體地檢測(cè)基因時(shí)使用這樣的缺點(diǎn)。另一方面,還進(jìn)行了著眼于樣本之間表達(dá)量相同的特定的基因(β-肌動(dòng)蛋白、gapdh等),對(duì)樣本逐個(gè)修正數(shù)據(jù)使得該基因的測(cè)定值為一定的方法。即使在通過(guò)dna微陣列分析小型rna的情況下,也使用如上所述的在基因表達(dá)分析中使用的整體歸一化(globalnormalization)法、分位數(shù)(quantile)法、局部加權(quán)回歸散點(diǎn)平滑法(lowess)法、75%分位數(shù)(75percentile)法這樣的修正方法,但在僅檢測(cè)特定基因的情況下不能使用這些方法。另一方面,作為修正使得特定基因的表達(dá)量為一定的方法,提出了使用樣本中表達(dá)的小型rna中的持家rna(u1snorna、u2snorna、u3snorna、u4snorna、u5snorna、u6snorna、5srrna、5.8srrna)進(jìn)行修正的方法(專利文獻(xiàn)1、專利文獻(xiàn)2)。在專利文獻(xiàn)1、專利文獻(xiàn)2中,修正mirna的檢測(cè)結(jié)果使在檢測(cè)作為小型rna的mirna時(shí)同時(shí)檢測(cè)的5srrna的檢測(cè)值在全部樣本中為一定,但不能保證它們?cè)跇颖局g以一定量表達(dá)。另外,在專利文獻(xiàn)3中,在檢測(cè)作為小型rna的mirna時(shí)同時(shí)檢測(cè)mrna,以其代表值修正mirna的檢測(cè)結(jié)果,但該方法也是能夠在保證所檢測(cè)的mrna的正態(tài)分布的某一定數(shù)量以上的數(shù)量的mrna的檢測(cè)中應(yīng)用的方法。因此,為了修正實(shí)驗(yàn)之間的基因表達(dá)量的誤差,提出了在實(shí)驗(yàn)的工序中使用作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用其檢測(cè)到的存在量來(lái)修正實(shí)驗(yàn)之間的誤差的方案(專利文獻(xiàn)4~6)。專利文獻(xiàn)4、5提示了作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)或檢測(cè)該標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針核酸的序列及設(shè)計(jì)方法,顯示了其擴(kuò)增工序、檢測(cè)工序中的精度,由此能夠評(píng)價(jià)檢測(cè)方法的性能,但沒(méi)有實(shí)際顯示進(jìn)行包含從樣本提取核酸的提取工序的實(shí)驗(yàn)之間的誤差的修正。另外,專利文獻(xiàn)6也顯示了作為用于修正樣本中的基因表達(dá)的檢測(cè)值的誤差的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的序列,但從核酸的擴(kuò)增工序開始使用該序列,僅能夠修正擴(kuò)增工序的實(shí)驗(yàn)之間的誤差。即,上述專利文獻(xiàn)4~6所示的方法僅限于有充分量的從樣本提取的核酸、能夠高精度地定量所使用的核酸的情況,能夠進(jìn)行包括核酸的擴(kuò)增、檢測(cè)在內(nèi)的測(cè)定工序的精度評(píng)價(jià)和誤差修正,但實(shí)際進(jìn)行實(shí)驗(yàn)之間的測(cè)定結(jié)果的修正時(shí),特別是在處理微量的樣本的情況、作為樣本處理體液的情況下,提取的目標(biāo)小型rna量非常微量,不能高精度地測(cè)定該小型rna量,因此實(shí)質(zhì)上不可能通過(guò)這樣的方法進(jìn)行修正。因此,對(duì)不僅包含小型rna的檢測(cè)工序、也包含從樣本的提取工序在內(nèi)的實(shí)驗(yàn)之間的誤差進(jìn)行修正非常重要。因此,作為對(duì)也包含從樣本的提取工序的實(shí)驗(yàn)之間的誤差進(jìn)行評(píng)價(jià)·修正的方法,一直以來(lái)研究了使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的方法,到目前為止,研究了使用作為與小型rna同樣堿基長(zhǎng)度的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進(jìn)行修正。例如,提出了如非專利文獻(xiàn)1所示的使用與mirna同樣的堿基長(zhǎng)度的20個(gè)堿基左右的短rna作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),將其在樣本中加入一定量進(jìn)行提取,從而修正各實(shí)驗(yàn)的提取工序中的目標(biāo)小型rna的提取工序的誤差的方法。在先技術(shù)文獻(xiàn)專利文獻(xiàn)專利文獻(xiàn)1:日本特開2007-75095號(hào)公報(bào)專利文獻(xiàn)2:日本特開2007-97429號(hào)公報(bào)專利文獻(xiàn)3:日本特開2014-007995號(hào)公報(bào)專利文獻(xiàn)4:日本特開2011-239708號(hào)公報(bào)專利文獻(xiàn)5:日本特許第5229895號(hào)公報(bào)專利文獻(xiàn)6:美國(guó)專利申請(qǐng)公開第2010/0184608號(hào)說(shuō)明書非專利文獻(xiàn)非專利文獻(xiàn)1:nobuyukikosakaedit.,“circulatingmicrornas:methodsandprotocols(methodsinmolecularbiology)”,p1-p10,humanpress,newyork(2013)技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:發(fā)明要解決的課題在樣本之間對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析時(shí),需要修正樣本之間的實(shí)驗(yàn)條件的誤差、特別是從樣本提取核酸的工序中的提取效率的差。作為一直以來(lái)常用的方法,有整體歸一化(globalnormalization)、使用持家rna的方法,但如上所述對(duì)于小型rna,有需要整體地檢測(cè)大量小型rna、不存在能在樣本之間保證一定量的表達(dá)的持家rna等缺點(diǎn),在比較分析中不能說(shuō)有效。另外,關(guān)于使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的修正方法,如上所述一直以來(lái)研究了使用作為與目標(biāo)小型rna同樣堿基長(zhǎng)度的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進(jìn)行修正,但實(shí)際上如果使用這些與小型rna同樣堿基長(zhǎng)度的rna作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),特別在使用體液作為樣本的情況下,由于樣本的各種條件、其所含的各種夾雜物的影響,從樣本提取標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取效率不穩(wěn)定,作為結(jié)果測(cè)定值變得不穩(wěn)定,不能保證精度,因此不能在實(shí)驗(yàn)之間的測(cè)定結(jié)果的修正中使用。如上所述,到目前為止沒(méi)有用于對(duì)從各樣本提取的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的、能夠正確地修正樣本之間的表達(dá)量的測(cè)定值的、利用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的有效修正方法。用于解決課題的方法本申請(qǐng)發(fā)明者們進(jìn)行深入研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在用于對(duì)多個(gè)樣本所含的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的表達(dá)量的修正方法中,通過(guò)相對(duì)于多個(gè)樣本一定量,在樣本中添加作為核酸長(zhǎng)度比小型rna長(zhǎng)得多的200個(gè)堿基以上的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),從樣本提取核酸,在測(cè)定提取的各目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的同時(shí)測(cè)定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量,使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量的測(cè)定值進(jìn)行修正,從而能夠比以往更正確地進(jìn)行各樣本之間的表達(dá)量的修正,從而完成了以下發(fā)明。(1)一種修正方法,是用于對(duì)多個(gè)樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的表達(dá)量的修正方法,包括:提取工序,對(duì)所述多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得核酸試樣,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;測(cè)定工序,分別測(cè)定所提取的各核酸試樣中存在的目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量,對(duì)于各樣本獲得目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值;代表值獲得工序,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值獲得代表值;修正系數(shù)獲得工序,作為用于各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正系數(shù),獲得對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值、與通過(guò)代表值獲得工序獲得的各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的代表值的差或比;修正工序,分別使用獲得的各修正系數(shù),來(lái)修正對(duì)于各樣本測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量。(2)根據(jù)(1)所述的修正方法,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基~1200個(gè)堿基。(3)根據(jù)(2)所述的修正方法,至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)包含選自作為序列號(hào)1~5和15~17所示堿基序列的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)中的至少1種。(4)根據(jù)(1)~(3)的任一項(xiàng)所述的修正方法,使用2種以上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。(5)根據(jù)(1)~(4)的任一項(xiàng)所述的修正方法,樣本是來(lái)自體液的樣本。(6)根據(jù)(1)~(5)的任一項(xiàng)所述的修正方法,目標(biāo)小型rna是mirna。(7)根據(jù)(1)~(6)的任一項(xiàng)所述的修正方法,所述提取工序中的核酸試樣的提取通過(guò)酚-氯仿法來(lái)進(jìn)行。(8)根據(jù)(1)~(7)的任一項(xiàng)所述的修正方法,所述測(cè)定工序包括:使被標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記的核酸試樣,與固定化在支持體上的用于捕捉多個(gè)目標(biāo)小型rna的探針和用于捕捉至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針接觸而進(jìn)行雜交,作為信號(hào)強(qiáng)度測(cè)定值獲得各目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量。(9)根據(jù)(1)~(8)的任一項(xiàng)所述的修正方法,通過(guò)所述代表值獲得工序獲得的代表值是由至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值計(jì)算出的、用對(duì)數(shù)值表示的平均值或中央值。(10)根據(jù)(1)~(9)的任一項(xiàng)所述的修正方法,所述基準(zhǔn)值是,對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的固定數(shù)值,或者對(duì)于從所述多個(gè)樣本中任意選擇的第1樣本獲得的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的代表值。(11)根據(jù)(1)~(10)的任一項(xiàng)所述的方法,在所述修正工序中,如下進(jìn)行所述修正,(a)在所述修正系數(shù)獲得工序中將所述代表值減去所述基準(zhǔn)值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值減去修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,(b)在所述修正系數(shù)獲得工序中將所述基準(zhǔn)值減去所述代表值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值加上修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,(c)在所述修正系數(shù)獲得工序中將所述代表值除以所述基準(zhǔn)值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值除以修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,或(d)在所述修正系數(shù)獲得工序中將所述基準(zhǔn)值除以所述代表值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值乘以修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正。(12)一種裝置,是為了對(duì)多個(gè)樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析而對(duì)表達(dá)量進(jìn)行修正的裝置,所述裝置包含:記憶單元,記憶對(duì)于各樣本使用核酸試樣測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是通過(guò)對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得單元,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值獲得代表值;修正系數(shù)獲得單元,作為用于各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正系數(shù),分別獲得對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值、與通過(guò)所述代表值獲得單元獲得的各樣本的代表值的差或比;和修正單元,使用通過(guò)所述修正系數(shù)獲得單元獲得的各修正系數(shù),來(lái)進(jìn)行在該各樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。(13)根據(jù)(12)所述的裝置,所述代表值是由至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值計(jì)算出的、用對(duì)數(shù)值表示的平均值或中央值。(14)根據(jù)(12)或(13)所述的裝置,目標(biāo)小型rna是mirna。(15)根據(jù)(12)~(14)的任一項(xiàng)所述的裝置,所述修正單元如下進(jìn)行所述修正,(a)在所述修正系數(shù)獲得單元中將所述代表值減去所述基準(zhǔn)值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值減去修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,(b)在所述修正系數(shù)獲得單元中將所述基準(zhǔn)值減去所述代表值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值加上修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,(c)在所述修正系數(shù)獲得單元中將所述代表值除以所述基準(zhǔn)值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值除以修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正,或(d)在所述修正系數(shù)獲得單元中將所述基準(zhǔn)值除以所述代表值而得的值作為修正系數(shù)獲得的情況下,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值乘以修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行所述修正。(16)根據(jù)(12)~(15)的任一項(xiàng)所述的裝置,所述記憶單元中記憶的、多個(gè)樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,是使被標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記的核酸試樣,與固定化在支持體上的用于捕捉多個(gè)目標(biāo)小型rna的探針和用于捕捉至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針接觸而進(jìn)行雜交,作為信號(hào)強(qiáng)度測(cè)定值分別測(cè)定各目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量而得的值。(17)一種程序,用于為了進(jìn)行表達(dá)量的修正而使1臺(tái)或多臺(tái)計(jì)算機(jī)執(zhí)行以下工序,所述表達(dá)量的修正用于在多個(gè)樣本之間對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析,測(cè)定工序,使用核酸試樣,分別測(cè)定各核酸試樣中存在的目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量,對(duì)于各樣本獲得目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是通過(guò)對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得工序,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值獲得代表值;修正系數(shù)獲得工序,作為用于各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正系數(shù),獲得對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值、與通過(guò)代表值獲得工序獲得的各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的代表值的差或比;和修正工序,分別使用獲得的各修正系數(shù),來(lái)修正對(duì)于各樣本測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量。(18)一種程序,用于為了進(jìn)行表達(dá)量的修正而使1臺(tái)或多臺(tái)計(jì)算機(jī)作為以下單元發(fā)揮功能,所述表達(dá)量的修正用于在多個(gè)樣本之間對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析,記憶單元,記憶對(duì)于各樣本使用核酸試樣測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是通過(guò)對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得單元,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值獲得代表值;修正系數(shù)獲得單元,作為用于各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正系數(shù),分別獲得對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值、與通過(guò)所述代表值獲得單元獲得的各樣本的代表值的差或比;和修正單元,使用通過(guò)所述修正系數(shù)獲得單元獲得的各修正系數(shù),來(lái)進(jìn)行在該各樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。(19)一種計(jì)算機(jī)可讀取的記錄介質(zhì),記錄了(17)或(18)所述的程序。(20)一種小型rna表達(dá)分析用芯片,包含固定化了用于捕捉多個(gè)目標(biāo)小型rna的探針和用于捕捉至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針的支持體,所述至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)選自作為序列號(hào)1~5和15~17所示堿基序列的核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。發(fā)明的效果根據(jù)本發(fā)明,在測(cè)定從樣本提取的小型rna的表達(dá)量、在樣本之間對(duì)小型rna表達(dá)量進(jìn)行比較時(shí),能夠比以往更正確地修正目標(biāo)小型rna表達(dá)量。由此,能夠更正確地進(jìn)行樣本之間的目標(biāo)小型rna的比較分析。附圖說(shuō)明圖1是本發(fā)明的方法的概念圖。圖2是顯示本發(fā)明的分析裝置的構(gòu)成的概略的方框圖。圖3是本發(fā)明的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正處理的流程圖的一例。圖4:(a)是進(jìn)行實(shí)施例2的修正后的散點(diǎn)圖,以及(b)是進(jìn)行比較例2的修正后的散點(diǎn)圖。具體實(shí)施方式本發(fā)明所說(shuō)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),是為了在提取工序至測(cè)定工序中,與包含目標(biāo)小型rna的樣本穩(wěn)定地共存,通過(guò)在測(cè)定作為目的的小型rna的表達(dá)量的同時(shí)測(cè)定該標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量,從而獲得用于修正多個(gè)樣本的測(cè)定之間的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值的變化(測(cè)定之間的偏差或誤差)的基準(zhǔn)而使用的物質(zhì)。即,可以以標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量為基準(zhǔn),修正多個(gè)樣本的測(cè)定之間的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值。首先,關(guān)于使用本發(fā)明標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正方法的概念,基于圖1進(jìn)行說(shuō)明。在圖1中,將從樣本提取的核酸進(jìn)行標(biāo)記,用固定了用于捕捉多種目標(biāo)小型rna的探針(以下也稱為“小型rna捕捉探針”)和用于捕捉標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針(以下也稱為“標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針”)的微陣列進(jìn)行檢測(cè),將結(jié)果通過(guò)信號(hào)值的直方圖示意性地顯示。以下,也將用于捕捉小型rna的探針或用于捕捉標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針總稱為“捕捉探針”或僅稱為“探針”。在圖1a中,分別使用dna微陣列來(lái)分析從樣本a和樣本b提取的目標(biāo)小型rna,將分析結(jié)果用直方圖顯示。分別顯示從裝載于微陣列的多個(gè)目標(biāo)小型rna捕捉探針獲得的測(cè)定值的代表值。在樣本a與樣本b之間,小型rna的直方圖較大地偏離。這可以解釋為在樣本之間小型rna的表達(dá)量有較大差異。另一方面,也可以解釋為由于實(shí)驗(yàn)誤差、特別是從樣本的提取核酸的核酸提取工序中的核酸提取效率而產(chǎn)生差異。哪一種解釋正確,僅從mirna的直方圖無(wú)法判斷。圖1a所示的、從作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針獲得的測(cè)定值的代表值在樣本a與樣本b之間顯示幾乎相同的分布。即,可以判斷樣本a與樣本b正確地供給實(shí)驗(yàn),無(wú)實(shí)驗(yàn)誤差。此時(shí),樣本ab之間小型rna的表達(dá)量有較大差異,在進(jìn)行樣本之間的比較時(shí)不需要修正小型rna的測(cè)定值。在圖1b中,示意性地顯示使用dna微陣列分析樣本c和樣本d的結(jié)果。分別顯示從小型rna捕捉探針得到的測(cè)定值的直方圖、和從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針得到的測(cè)定值的代表值。在樣本c與樣本d之間,小型rna的測(cè)定值的直方圖顯示相同的分布。另一方面,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針得到的測(cè)定值的代表值在樣本c與樣本d之間較大地偏離。由此可知樣本c與樣本d的檢測(cè)結(jié)果由于某些原因而產(chǎn)生了實(shí)驗(yàn)誤差。在這樣的情況下,在進(jìn)行樣本cd之間的比較時(shí)需要適當(dāng)修正小型rna的測(cè)定值。將按照本發(fā)明修正目標(biāo)小型rna的測(cè)定值之后的直方圖示于圖1c。修正的具體方法如后所述。修正樣本c的數(shù)據(jù),使得從樣本c與樣本d的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針得到的測(cè)定值一致。通過(guò)該修正,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針得到的測(cè)定值的代表值在樣本c與樣本d之間變得一致,使用相同的修正系數(shù)修正后的目標(biāo)小型rna捕捉探針的測(cè)定值的直方圖較大地偏離。即,樣本cd之間小型rna的表達(dá)量有較大差異。在本發(fā)明中,在多個(gè)樣本之間對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析(測(cè)定)。樣本數(shù)可以為2個(gè),也可以為3個(gè)以上。這里所說(shuō)的多個(gè)樣本之間的測(cè)定包括多種不同的目標(biāo)小型rna的測(cè)定、多次測(cè)定同一目標(biāo)小型rna時(shí)的各樣本的測(cè)定、或組合了這兩者的測(cè)定。本發(fā)明中的“小型rna”是指在生物體內(nèi)產(chǎn)生的堿基長(zhǎng)度小于200個(gè)堿基的rna??衫纠?,核糖體rna(5srrna、5.8srrna)、轉(zhuǎn)運(yùn)rna(trna)、核仁小分子rna(smallnuclearribonucleoproteinparticlerna,snorna)、核內(nèi)小分子rna(smallnuclearrna,snrna)、微rna(mirna)、作為受到加工前的未成熟mirna的頸環(huán)狀的前體小干涉rna(pre-mirna)及雙鏈的mirna/mirnaduplex(雙鏈體)等,但不限于這些。作為優(yōu)選的小型rna的例子可列舉mirna。<標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)>在本發(fā)明中,在用于對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的提取工序和測(cè)定工序中,相對(duì)于目標(biāo)小型rna,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)以一定的含量存在。特別是在提取工序中,優(yōu)選以與目標(biāo)小型rna同樣的提取效率提取作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。本發(fā)明中使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸。其核酸長(zhǎng)度是比目標(biāo)小型rna長(zhǎng)的200個(gè)堿基以上,優(yōu)選為200個(gè)堿基~1200個(gè)堿基,更優(yōu)選為500個(gè)堿基~1200個(gè)堿基。一般來(lái)說(shuō),單鏈rna如果核酸長(zhǎng)度為200~300個(gè)堿基以上,則鏈內(nèi)容易形成氫鍵而能夠保持物理地穩(wěn)定化的狀態(tài),和/或通過(guò)與各種鹽、脂質(zhì)類、蛋白質(zhì)等結(jié)合而能夠保持化學(xué)地穩(wěn)定化的狀態(tài)。另一方面,如果作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的核酸長(zhǎng)度小于200個(gè)堿基,則從樣本的提取效率、測(cè)定結(jié)果受提取時(shí)的條件、樣本的條件、樣本所含的夾雜物的影響而在實(shí)驗(yàn)之間有較大偏差,特別令人擔(dān)心以與小型rna以不同的提取效率被提取。另外,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)優(yōu)選具有以下(1)、(2)的性質(zhì)。(1)gc含量為30~70%的范圍。(2)tm值為10℃~95℃。其中(1)gc含量可以從所使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的堿基序列中的a,t,g,c全部堿基中的g,c的存在比例求出。gc含量越高則氫鍵數(shù)越增加,因而核酸的結(jié)構(gòu)、性質(zhì)傾向于穩(wěn)定,但過(guò)高則測(cè)定時(shí)的序列特異性降低。因此,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的gc含量?jī)?yōu)選為30~70%的范圍,更優(yōu)選為40~60%的范圍。(2)tm值可以基于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的堿基序列使用最近接堿基對(duì)(nearestneighbor)法(pnas,1998,95:1460-1465)等計(jì)算出。一般可以說(shuō)tm值越高則核酸的結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性越高,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的tm值優(yōu)選為10℃~95℃,更優(yōu)選為30℃~95℃,進(jìn)一步優(yōu)選為86℃~95℃。本發(fā)明中使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)如果考慮測(cè)定工序,則優(yōu)選選擇與所使用的樣本中所含的基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物不交叉雜交的核酸。具體地,可以利用同源性檢索程序,相對(duì)于公共數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的與目標(biāo)小型rna相同生物種的所有基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物序列,選擇同源性為50%以下的核酸。其中,作為同源性檢索程序,不特別限定,可以應(yīng)用例如fasta、blast、megablast這樣的公共程序。另外,作為公共數(shù)據(jù)庫(kù),不特別限定,可以使用存儲(chǔ)了基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的序列信息的genbank(ncbi)、embl(ebi)、ensembl、mirbase等數(shù)據(jù)庫(kù)。本發(fā)明中使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)可以應(yīng)用核酸的有機(jī)化學(xué)合成法來(lái)制作,或者應(yīng)用生物合成方法來(lái)制作,所述生物合成方法是使用將標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的序列插入質(zhì)粒等中而得的載體在大腸桿菌等微生物宿主內(nèi)合成的方法,在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的序列的上游部插入能夠識(shí)別t7啟動(dòng)子等rna合成酶的序列、通過(guò)t7聚合酶等酶來(lái)合成的方法等。另外,能夠作為用于分析裝置、分析方法的妥當(dāng)性評(píng)價(jià)、精度管理的基準(zhǔn)利用的核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是公知的,也有市售品,所以本發(fā)明中也可以使用這樣的公知的核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)不僅包含單鏈狀態(tài)的核酸,還可以包含與互補(bǔ)鏈一起形成雙鏈的核酸。另外,為了與目標(biāo)小型rna化學(xué)性質(zhì)一致,可以一部分包含天然存在的核酸的堿基序列,也可以包含天然不存在的堿基序列。另外,同一的堿基序列可以是多次重復(fù)或隨機(jī)多次配置的序列,序列的一部分可以包含起始密碼子、終止密碼子。另外,序列的兩側(cè)或一側(cè)可以付與多聚a等引物位點(diǎn)。標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)優(yōu)選為dna或rna,也可以使用pna、lna等人工核酸等核酸衍生物。其中,核酸衍生物是指包含利用熒光基團(tuán)等的標(biāo)記化衍生物、修飾核苷酸(例如,包含鹵素、甲基等烷基、甲氧基等烷氧基、硫代、羧甲基等基團(tuán)的核苷酸、和受到堿基的再構(gòu)成、雙鍵的飽和、脫氨基化、氧分子向硫分子的置換等的核苷酸等)的衍生物。另外,末端可以被各種官能基修飾,作為這樣的官能基,可列舉磷酸基、氨基、硫醇基等。在本發(fā)明的方法中,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)可以使用1種,也可以使用多種。另外,也可以以與蛋白質(zhì)結(jié)合的狀態(tài)、內(nèi)包在由脂質(zhì)類形成的囊泡中的狀態(tài)使用。<樣本>作為能夠在本發(fā)明的方法中使用的樣本,不特別限定,可列舉例如,血液、血清、血漿、尿、便、髓液、唾液、拭子液、腦脊髓液、汗、淚液、精液、淋巴液、關(guān)節(jié)液等各種組織液或體液、各種組織、細(xì)胞的冷凍樣本或石蠟包埋樣本(ffpe)或其切片、培養(yǎng)細(xì)胞、組織而得的培養(yǎng)液等、從生物體分離的樣本即生物體試樣。另外,可列舉各種飲食物或其稀釋物等。因?yàn)樵谝欢康臉颖局刑砑右欢康臉?biāo)準(zhǔn)物質(zhì)使用,所以特別優(yōu)選是體液。另外,進(jìn)行比較分析的多個(gè)樣本可以是來(lái)自不同組織的多個(gè)樣本,也可以是來(lái)自從不同生物體分離的同一組織的多個(gè)樣本,另外,也可以是來(lái)自同一組織內(nèi)的不同部位(例如,腫瘤等病變部與非病變部)的多個(gè)樣本。<向樣本添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)>在本發(fā)明的方法中,相對(duì)于一定量的樣本添加一定量的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。對(duì)于此時(shí)的量的單位不特別限定,可以是重量也可以是體積。另外,在添加一定量的標(biāo)準(zhǔn)核酸的溶液時(shí),測(cè)定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的溶液的一定量時(shí)的單位可以使重量、體積、摩爾數(shù)等任何單位。作為測(cè)定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量的方法,可以采取吸光度測(cè)定法、電泳法、柱法、毛細(xì)管電泳法等已知的各種方法。在提取核酸之前,相對(duì)于一定量的樣本添加一定量的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。在本發(fā)明中,優(yōu)選將樣本混合在提取溶液中,在通過(guò)胍鹽等使可能在樣本中存在的核酸分解酶失活之后添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),更優(yōu)選在分離包含rna的溶液之前添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)可以以溶液狀態(tài)添加也可以以干燥的固體狀態(tài)對(duì)樣本添加,為了正確地添加一定量,優(yōu)選以溶液狀態(tài)添加,更優(yōu)選以幾μl~幾百μl的量添加。以溶液添加時(shí),通常使用移液器,但難以正確地秤量為不足μl級(jí)別,如果為ml級(jí)別以上,則相對(duì)于樣本的體積變大,提取溶液的組成變大,因此擔(dān)心影響之后的提取操作。在制作此時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的溶液時(shí),其溶劑優(yōu)選使用水或pbs等緩沖溶液。另外,添加的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量?jī)?yōu)選以與最終樣本所含的目標(biāo)小型rna相同程度的濃度的方式對(duì)樣本添加。小型rna根據(jù)樣本的種類所含的濃度不同,在樣本是體液的情況下,優(yōu)選以摩爾濃度單位為z(zepto)mol/ml~p(pico)mol/ml,更優(yōu)選為a(atto)mol/ml~f(femto)mol/ml的濃度對(duì)樣本添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。其濃度的測(cè)定方法可列舉吸光度測(cè)定法、熒光法、電泳法、柱法、毛細(xì)管電泳法等。另外,核酸提取之后可以通過(guò)用吸光度測(cè)定法、熒光法、電泳法、柱法、毛細(xì)管電泳法等測(cè)定提取溶液,確認(rèn)目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在,或者測(cè)定其量。<提取工序>在本發(fā)明中,在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)共存下進(jìn)行從各樣本提取包含目標(biāo)小型rna的核酸的提取處理(提取工序)。添加在各樣本中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)也與目標(biāo)小型rna一起被提取,所以通過(guò)該提取工序從各樣本得到的核酸試樣包含目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。關(guān)于從樣本提取核酸的方法,可以使用已知的各種方法,優(yōu)選使用作為提取rna的方法一般使用的agpc法、酚-氯仿法。此時(shí),優(yōu)選作為提取溶液,優(yōu)選為包含2~5m的胍和40~60%的苯酚的溶液。進(jìn)而,作為能夠有效地除去蛋白質(zhì)等夾雜物的提取溶液,優(yōu)選相對(duì)于提取溶液的總量使用包含以下(a)~(e)的提取溶液。(a)超過(guò)50體積%的苯酚,(b)相對(duì)于溶液的總量為3~10體積%的多元醇,(c)相對(duì)于溶液的總量為0.5~2.0m濃度的胍鹽,(d)相對(duì)于溶液的總量為0.1~0.5m濃度的硫氰酸鹽,和(e)用于將溶液的ph維持在4~6的緩沖劑。另外,為了容易提取核酸,可以在提取溶液中添加各種鹽。作為具體的提取工序,例如,可以應(yīng)用將樣本在提取溶液中均質(zhì)化,形成勻漿,將用于分離包含rna的水溶液的有機(jī)溶劑加入該勻漿中,然后將其離心分離的方法。在這樣的工序中,如上所述,優(yōu)選將樣本與提取溶液混合,然后在離心分離之前添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。將所提取的包含小型rna的溶液進(jìn)一步供于沉淀、層析、離心分離、電泳和親和分離等工序進(jìn)行純化。例如,在沉淀工序中,可以應(yīng)用在包含小型rna的溶液中添加低級(jí)醇使小型rna沉淀,回收沉淀的小型rna的工序。作為層析工序,可以應(yīng)用使在包含小型rna的溶液添加低級(jí)醇沉淀而得的小型rna吸附于能吸附rna的擔(dān)體、例如硅膠膜柱,然后從擔(dān)體(柱)溶出而回收的工序。<測(cè)定工序>在本發(fā)明的方法中,測(cè)定通過(guò)以上的提取工序從多個(gè)樣本分別提取的核酸試樣所含的目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量(測(cè)定工序)。作為測(cè)定方法,使用pcr法、測(cè)序法等擴(kuò)增法、rna雜交(northernblotting)法、dna雜交(southernblotting)法、陣列法等雜交法等各種方法。雜交法中,優(yōu)選通過(guò)使用將與對(duì)象rna或標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)特異性地結(jié)合的探針固定化在支持體上而得的微陣列等陣列芯片的陣列法進(jìn)行測(cè)定。具體地,可以優(yōu)選使用包含排列固定化了目標(biāo)小型rna捕捉探針和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的支持體的陣列芯片?!安蹲教结槨被颉坝糜诓蹲降奶结槨笔侵改芘c捕捉對(duì)象mirna直接或間接地、優(yōu)選直接地、且選擇地結(jié)合的物質(zhì),作為代表例,可以列舉核酸、蛋白質(zhì)、糖類和其他抗原性化合物。在本發(fā)明中,可以優(yōu)選使用核酸探針。核酸探針除了dna、rna之外,還可以使用pna(肽核酸)、lna(鎖核酸,lockednucleicacid)等核酸衍生物來(lái)制備。其中核酸衍生物是指包含利用熒光基團(tuán)等的標(biāo)記化衍生物、修飾核苷酸(例如,包含鹵素、甲基等烷基、甲氧基等烷氧基、硫代、羧甲基等基團(tuán)的核苷酸、和受到堿基的再構(gòu)成、雙鍵的飽和、脫氨基化、氧分子向硫分子的置換等的核苷酸等)的衍生物。核酸探針的堿基長(zhǎng)度從確保雜交的穩(wěn)定性的觀點(diǎn)出發(fā)優(yōu)選為20個(gè)堿基以上。通常如果為20~100個(gè)堿基左右的鏈長(zhǎng),則探針能夠充分發(fā)揮與對(duì)象rna的選擇結(jié)合性。這樣的鏈長(zhǎng)短的寡核酸探針可以通過(guò)周知的化學(xué)合成法等容易地調(diào)制。核酸探針優(yōu)選為與對(duì)象核酸(目標(biāo)小型rna或作為核酸的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì))完全互補(bǔ)的堿基序列,但即使一部分不同,只要是能與對(duì)象核酸在嚴(yán)格條件下雜交的程度的同源性高的堿基序列,就能夠作為捕捉探針使用。已知雜交時(shí)的嚴(yán)格度是溫度、鹽濃度、探針的鏈長(zhǎng)、探針的核苷酸序列的gc含量和雜交緩沖液中的離液劑的濃度的函數(shù)。作為嚴(yán)格條件,例如,可以使用“sambrook,j.etal.molecularcloning:alaboratorymanual(2nded.),coldspringharborlaboratorypress,newyork(1998)”所記載的條件等。嚴(yán)格的溫度條件為約30℃以上。作為其他條件,為雜交時(shí)間、清洗劑(例如,sds)的濃度、和載體dna(carrierdna)的存在與否等,通過(guò)將這些條件進(jìn)行組合,能夠設(shè)定各種嚴(yán)格度。本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠適宜決定所期望的為了檢測(cè)樣本所含的目標(biāo)小型rna或使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)而準(zhǔn)備的核酸探針能夠適當(dāng)發(fā)揮作為捕捉探針的功能的條件。小型rna的序列信息可以從genbank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)等數(shù)據(jù)庫(kù)獲得。另外,mirna的序列信息可以從例如mirbase網(wǎng)站(http://www.mirbase.org/ftp.shtml)獲得。小型rna捕捉核酸探針可以基于能夠從這些站點(diǎn)獲得的序列信息來(lái)設(shè)計(jì)。對(duì)固定化于支持體上的小型rna捕捉探針的數(shù)量不特別限定。例如,可以使用將包括鑒定了序列的公知的全部mirna的數(shù)量的小型rna捕捉探針固定化于支持體上而得的陣列芯片來(lái)測(cè)定小型rna的表達(dá)量,也可以使用將針對(duì)所期望的數(shù)量的小型rna的捕捉探針探針固定化于支持體上而得的陣列芯片,例如,可以使用與特定疾病、生物體狀態(tài)相關(guān)的特定1個(gè)~多個(gè)小型rna捕捉探針。用于捕捉標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針只要是能夠互補(bǔ)地捕捉所使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針即可。優(yōu)選與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的堿基序列的同源性為50%以上且不采取高級(jí)結(jié)構(gòu),例如,可以通過(guò)日本特開2011-239708號(hào)公報(bào)所記載那樣地方法來(lái)設(shè)計(jì)。作為固定化捕捉探針的支持體,可以使用與在公知的微陣列、宏陣列等中使用的支持體同樣的支持體,例如可以使用載玻片、膜、珠等。還可以使用日本特許第4244788號(hào)等中記載的、表面具有多個(gè)凸部的形狀的支持體。對(duì)支持體的材質(zhì)不特別限定,可列舉玻璃、陶瓷、硅等無(wú)機(jī)材料;聚對(duì)苯二甲酸乙二醇酯、醋酸纖維素、聚碳酸酯、聚苯乙烯、聚甲基丙烯酸甲酯、硅膠等聚合物等。作為在支持體上固定化捕捉探針的方法,已知在支持體表面上合成寡dna的方法、和將預(yù)先合成的寡dna滴加到支持體表面而固定的方法。作為前者的方法,可列舉ronald等的方法(美國(guó)專利第5705610號(hào)說(shuō)明書)、michel等的方法(美國(guó)專利第6142266號(hào)說(shuō)明書)、francesco等的方法(美國(guó)專利第7037659號(hào)說(shuō)明書)。這些方法中在dna合成反應(yīng)時(shí)使用有機(jī)溶劑,因而優(yōu)選支持體是對(duì)有機(jī)溶劑有耐性的材質(zhì)。另外,在francesco等的方法中,從支持體的背面照射光來(lái)控制dna合成,因而優(yōu)選支持體是具有透光性的材質(zhì)。作為后者的方法,可列舉廣田等(日本特許第3922454號(hào))的方法、使用點(diǎn)樣機(jī)的方法。作為點(diǎn)樣的方式,可列舉利用針尖與固相的機(jī)械接觸的針?lè)绞?、利用了噴墨打印機(jī)的原理的噴墨方式、利用毛細(xì)管的毛細(xì)管方式等。點(diǎn)樣處理后,根據(jù)需要進(jìn)行利用uv照射的交聯(lián)、表面的封閉等后處理。為了在經(jīng)表面處理的支持體表面通過(guò)共價(jià)鍵固定化寡dna,在寡dna的末端導(dǎo)入氨基、sh基等官能基。支持體的表面修飾通常通過(guò)具有氨基等的硅烷偶聯(lián)劑處理來(lái)進(jìn)行。捕捉探針可以針對(duì)1種小型rna或標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)固定在支持體的多個(gè)固定化區(qū)域而進(jìn)行檢測(cè)。例如,可以將捕捉1種小型rna或標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的同一捕捉探針固定在支持體上的多個(gè)位置,另外在能夠針對(duì)1種小型rna或標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)設(shè)計(jì)多種捕捉探針時(shí),可以將以相同小型rna或標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)為目標(biāo)的多個(gè)捕捉探針固定在支持體上。與固定化在支持體上的各探針的雜交可以如下進(jìn)行:使從添加了至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的樣本提取的核酸試樣與標(biāo)記物質(zhì)結(jié)合,制備被標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記的核酸試樣,使該被標(biāo)記的核酸試樣與探針將接觸。在本發(fā)明中,“核酸試樣”這樣的術(shù)語(yǔ)除了包含從樣本提取的rna之外,還包含由該rna通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)制備的cdna和crna。因此,被標(biāo)記的核酸試樣可以是將核酸試樣中的目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)直接或間接地用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記而得的,另外,也可以是將由核酸試樣中的rna制備的cdna或crna(在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是rna的情況下,包含由目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)而得的cdna或crna)直接或間接地用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記而得的。作為使核酸試樣與標(biāo)記物質(zhì)結(jié)合的方法,可列舉使核酸試樣的3’末端結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的方法、使5’末端結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的方法、使結(jié)合了標(biāo)記物質(zhì)的核苷酸摻入核酸的方法。在使3’末端結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的方法、使5’末端結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的方法中,可以使用酶反應(yīng)。酶反應(yīng)中可以使用t4rna連接酶、末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶、多聚腺苷酸聚合酶等。任一標(biāo)記方法均可參考“shao-yaoying編、mirna実験プロトコー(mirna實(shí)驗(yàn)規(guī)程)、羊土社、2008年”中記載的方法。另外,用于使rna的末端直接或間接地結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的試劑盒有各種市售。例如,作為使3’末端直接或間接地結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的試劑盒,可以例示mircurymirnahypowerlabelingkit(エキシコン社)、ncodemirnalabelingsystem(ライフテクノロジーズ社)、flashtagbiotinrnalabelingkit(ジェニスフィア社)等。ライフテクノロジーズ社的ncodemirnalabelingsystem是對(duì)mirna添加多聚a尾,然后使用交聯(lián)形成寡聚dt在3’末端連接捕獲序列,使其與陣列雜交后,添加具有與捕獲序列雜交的序列的標(biāo)記物質(zhì),介由捕獲序列標(biāo)記mirna的系統(tǒng),是使mirna間接地結(jié)合標(biāo)記物質(zhì)的方法。如果作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)使用3’末端被磷酸化的rna,則可以使用這些方法進(jìn)行標(biāo)記。此外,與現(xiàn)有方法同樣地,也可以采用如下方法:通過(guò)在標(biāo)記的脫氧核糖核酸或標(biāo)記的核糖核酸存在下由從樣本提取的rna合成cdna或crna,制備摻入了標(biāo)記物質(zhì)的cdna或crna,使其與陣列上的探針雜交。在作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)使用rna時(shí),可以采用該方法。在本發(fā)明中使用多個(gè)樣本,但可以任一樣本都使用同一標(biāo)記物質(zhì),也可以使用多個(gè)不同的標(biāo)記物質(zhì)。作為能夠在本發(fā)明中使用的標(biāo)記物質(zhì),可列舉在公知的微陣列分析中也使用的各種標(biāo)記物質(zhì)。具體可列舉熒光色素、磷光色素、酶、放射性同位素等,但不限于這些。優(yōu)選測(cè)定簡(jiǎn)便、信號(hào)容易檢測(cè)的熒光色素。具體可列舉菁(菁2)、氨甲基香豆素、熒光素、吲哚碳菁(菁3)、菁3.5、四甲基若丹明、若丹明紅、德克薩斯紅、吲哚碳菁(菁5)、菁5.5、菁7、牡蠣(oyster)等公知的熒光色素,但不限于這些。另外,作為標(biāo)記物質(zhì),也可以使用具有發(fā)光性的半導(dǎo)體微粒。作為這樣的半導(dǎo)體微粒,可列舉例如硒化鎘(cdse)、碲化鎘(cdte)、磷化銦鎵(ingap)、銀銦硫化鋅(aginzns)等。使如上所述標(biāo)記的、包含來(lái)自樣本的核酸(目標(biāo)小型rna)和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的核酸試樣與支持體上的探針接觸而進(jìn)行雜交。該雜交工序可以與以往完全同樣地進(jìn)行。反應(yīng)溫度和時(shí)間可根據(jù)雜交的核酸的鏈長(zhǎng)適宜選擇,在核酸的雜交的情況下,通常在30℃~70℃左右1分鐘~十幾小時(shí)。進(jìn)行雜交,清洗后,檢測(cè)支持體上的各個(gè)探針固定化區(qū)域中的來(lái)自標(biāo)記物質(zhì)的信號(hào)強(qiáng)度。信號(hào)強(qiáng)度的檢測(cè)根據(jù)標(biāo)記物質(zhì)的種類使用適當(dāng)?shù)男盘?hào)讀取裝置來(lái)進(jìn)行。在使用熒光色素作為標(biāo)記物質(zhì)的情況下,可以使用熒光顯微鏡、熒光掃描儀等。將檢測(cè)到的測(cè)定值(信號(hào)值)與周圍噪聲進(jìn)行比較。具體地,將從探針固定化區(qū)域獲得的測(cè)定值與從除了探針固定化區(qū)域以外的位置獲得的測(cè)定值進(jìn)行比較,將前者的數(shù)值較高的情況作為檢測(cè)到(有效判定陽(yáng)性)。在檢測(cè)到的測(cè)定值包含背景噪聲的情況下,也可以減去背景噪聲。也可以將周圍噪聲作為背景噪聲,從檢測(cè)到的信號(hào)值中減去。此外,還可以使用“マイクロアレイデータ統(tǒng)計(jì)解析プロトコール(微陣列數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析規(guī)程)(羊土社)”所記載的方法。通過(guò)上述方法,將各核酸試樣中存在的目標(biāo)小型rna和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量、即各樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值作為信號(hào)強(qiáng)度獲得。<代表值獲得工序>在本發(fā)明的方法中,接下來(lái),對(duì)于各樣本,由提取的核酸試樣中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)存在量的測(cè)定值獲得代表值(代表值獲得工序)。此外,核酸試樣中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)存在量這樣的術(shù)語(yǔ)與來(lái)自樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量這樣的術(shù)語(yǔ)含義相同,在本說(shuō)明書,以相同的含義使用“標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)存在量”和“標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量”這樣的術(shù)語(yǔ)。核酸試樣中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)存在量、和來(lái)自樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量有時(shí)僅稱為“標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量”。即,在本說(shuō)明書中,提到“樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量”時(shí),不是指在樣本中添加的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量,而是指核酸試樣中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)存在量或來(lái)自樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量。在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)為1種的情況下,該1種的存在量的測(cè)定值成為代表值,在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)為2種以上的情況下,通過(guò)以下各種方法獲得代表值。作為代表值的典型例,可列舉平均值和中央值。平均值是指由多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值(例如,使用微陣列得到的信號(hào)強(qiáng)度的測(cè)定值)計(jì)算出的平均值。中央值是指使用多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值(例如,使用微陣列得到的信號(hào)強(qiáng)度的測(cè)定值)得到的中央值。這些平均值或中央值可以是用對(duì)數(shù)值表示的平均值或中央值。“用對(duì)數(shù)值表示的平均值”是指用將多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值(例如,使用微陣列得到的信號(hào)強(qiáng)度的測(cè)定值)轉(zhuǎn)換為以2為底的對(duì)數(shù)而得的對(duì)數(shù)值求得的平均值?!坝脤?duì)數(shù)值表示的中央值”是指將多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值(例如,使用微陣列得到的信號(hào)強(qiáng)度的測(cè)定值)轉(zhuǎn)換為以2為底的對(duì)數(shù)而得的對(duì)數(shù)值的中央值、或?qū)⒍鄠€(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值的中央值轉(zhuǎn)換為以2為底的對(duì)數(shù)而得的對(duì)數(shù)值。在中央值的情況下,將測(cè)定值的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換先進(jìn)行或后進(jìn)行都得到相同的值。平均值和中央值可以是使用作為測(cè)定對(duì)象的多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的全部測(cè)定值求得的,也可以是使用從該多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)中選出的一部分測(cè)定值求得的。例如,可以使用通過(guò)搭載于微陣列的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針獲得的全部測(cè)定值來(lái)求,也可以對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針中的一部分(例如,當(dāng)搭載于微陣列的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針為10種時(shí),取其中5種)來(lái)求。例如,可以僅選出在應(yīng)比較分析的全部樣本中都為有效判定陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針,獲得標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的代表值。另外,在求出代表值之前,可以從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量的測(cè)定值除去偏離值(外れ値)。另外,通過(guò)對(duì)1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)使用多種捕捉探針,或使用將1種捕捉探針點(diǎn)樣在多個(gè)位置而得的陣列進(jìn)行檢測(cè),有時(shí)對(duì)1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)得到多個(gè)測(cè)定值。此時(shí),也與使用2種以上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的情況同樣地,可以使用由多個(gè)測(cè)定值計(jì)算出的平均值或中央值、例如用對(duì)數(shù)值表示的平均值或中央值作為代表值。另外,可以使用全部這些測(cè)定值來(lái)求代表值,也可以使用一部分測(cè)定值來(lái)求代表值。另外,在使用多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的方式中,在將針對(duì)1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的1種捕捉探針?lè)謩e點(diǎn)樣在陣列上的多個(gè)位置的情況下,首先對(duì)每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)求出來(lái)自多個(gè)捕捉探針點(diǎn)的信號(hào)測(cè)定值的平均值,將各平均值進(jìn)行對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換,使用各對(duì)數(shù)值在多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)之間求平均值或中央值。這樣求得的平均值或中央值也包含在“用對(duì)數(shù)值表示的平均值或中央值”中。多個(gè)樣本中的代表值的cv值(變異系數(shù))優(yōu)選為0.5以下。通常,使用微陣列時(shí)的測(cè)定值的cv值為0.5以下。如果cv值為0.5以上則偏差大,提取工序中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取效率不穩(wěn)定,作為結(jié)果可預(yù)測(cè)修正后的數(shù)據(jù)的精度降低。<修正系數(shù)獲得工序>接下來(lái),使用代表值獲得工序中得到的各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的代表值和對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值,獲得在目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正中使用的修正系數(shù)(修正系數(shù)獲得工序)。在該修正系數(shù)獲得工序中,可以利用代表值與基準(zhǔn)值的差求修正系數(shù),也可以利用代表值與基準(zhǔn)值的比求修正系數(shù)。不特別限定,但優(yōu)選使用未進(jìn)行對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的代表值時(shí)利用比求修正系數(shù),使用用對(duì)數(shù)表示的代表值時(shí)利用差求修正系數(shù)。以下,對(duì)于這2種工序進(jìn)行說(shuō)明。<修正系數(shù)獲得工序-1>修正系數(shù)獲得工序-1是利用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的代表值與基準(zhǔn)值的差的方法。本工序中,可以應(yīng)用下述1-1.基準(zhǔn)樣本獲得法、或1-2.固定數(shù)值修正法。1-1.基準(zhǔn)樣本獲得法從作為分析對(duì)象的多個(gè)樣本中任意選擇1個(gè)樣本(第1樣本),將其作為“基準(zhǔn)樣本”。其余的1或1個(gè)以上樣本(第2以后的樣本)成為“被修正的樣本”。此外,在本說(shuō)明書中,“第2以后的樣本”這樣的術(shù)語(yǔ)也包含第2樣本。例如,如果應(yīng)比較的多個(gè)樣本是2個(gè),則被修正的樣本僅為第2樣本,如果應(yīng)比較的多個(gè)樣本是3個(gè),則被修正的樣本是第2樣本和第3樣本2個(gè)。在該方法中,以基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值作為“基準(zhǔn)值”。使用該基準(zhǔn)值與第2以后的各樣本(被修正的樣本)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值之差作為用于該第2以后的各樣本的修正系數(shù)。獲得與被修正的樣本的數(shù)量相同的修正系數(shù)。具體地,修正系數(shù)通過(guò)式1或式1’來(lái)求。c1-1=(基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值(基準(zhǔn)值))-(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)···式1c1-1’=(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)-(基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值(基準(zhǔn)值))···式1’例如,在使用微陣列進(jìn)行表達(dá)量的測(cè)定,作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的代表值使用用對(duì)數(shù)值表示的平均值的情況下,用于被修正的樣本的修正系數(shù)可以通過(guò)式2或式2’來(lái)求。其中,式2、式2’中,n為支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù),aj是基準(zhǔn)樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值,xj是第2樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。在探針與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)一一對(duì)應(yīng)的情況下,n等于作為支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的靶標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的數(shù)量。在式2和式2’中,可以使用在應(yīng)比較的全部樣本中都為有效判定陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù)n’來(lái)代替n。1-2.固定數(shù)值修正法是預(yù)先假定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值在全部樣本中取一定的數(shù)值的方法。即,以固定的數(shù)值作為“基準(zhǔn)值”,獲得該固定數(shù)值與各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值的差,利用該差作為修正系數(shù)。因?yàn)樵谠摲椒ㄖ胁淮嬖?-1.所示的“基準(zhǔn)樣本”,所以成為比較分析對(duì)象的多個(gè)樣本全部成為“被修正的樣本”,獲得與成為比較分析對(duì)象的樣本數(shù)量相同的修正系數(shù)。具體地,修正系數(shù)通過(guò)式3或式3’來(lái)求。r1-2=(固定數(shù)值(基準(zhǔn)值))-(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)···式3r1-2’=(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)-(固定數(shù)值(基準(zhǔn)值))···式3’例如,在使用微陣列進(jìn)行表達(dá)量的測(cè)定,作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值使用用對(duì)數(shù)值表示的平均值的情況下,用于被修正的樣本的修正系數(shù)可以通過(guò)式4或式4’來(lái)求。其中,式4、式4’中,α是基準(zhǔn)值(固定數(shù)值),n是支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù),yj是樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。在探針與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)一一對(duì)應(yīng)的情況下,n等于作為支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的靶標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的數(shù)量。在式2和式2’中,可以使用在應(yīng)比較的全部樣本中都為有效判定陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù)n’來(lái)代替n。在固定數(shù)值修正法中作為基準(zhǔn)值使用的固定數(shù)值只要在至少1次比較分析中對(duì)全部樣本統(tǒng)一使用同一數(shù)值,就可以使用任何數(shù)值(但除了0以外)。只要使用同一表達(dá)測(cè)定系統(tǒng),且經(jīng)常使用同一數(shù)值作為固定數(shù)值,則在不同天進(jìn)行表達(dá)量的測(cè)定的樣本之間也能夠進(jìn)行比較分析。例如,因?yàn)樘砑釉跇颖局械母鳂?biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的量在全部樣本中相同,所以可以基于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)添加量確定固定數(shù)值。本來(lái),通過(guò)在測(cè)定工序中使用的系統(tǒng)檢測(cè)的信號(hào)值的大小可以變化,因此根據(jù)使用的系統(tǒng),固定數(shù)值可以自由選擇。<修正系數(shù)獲得工序-2>修正系數(shù)獲得工序-2是利用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值與基準(zhǔn)值之比的方法。本工序中,可以應(yīng)用下述2-1.基準(zhǔn)樣本獲得法、或2-2.固定數(shù)值修正法。2-1.基準(zhǔn)樣本獲得法從作為分析對(duì)象的多個(gè)樣本中任意選擇1個(gè)樣本(第1樣本),將其作為“基準(zhǔn)樣本”。其余的第2以后的樣本成為“被修正的樣本”。在該方法中,以基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值作為“基準(zhǔn)值”,使用該基準(zhǔn)值與第2以后的各樣本(被修正的樣本)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的各代表值之比作為用于該第2以后的各樣本的修正系數(shù)。獲得與被修正的樣本的數(shù)量相同的修正系數(shù)。具體地,修正系數(shù)通過(guò)式5或式5’來(lái)求。c2-1=(基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值(基準(zhǔn)值))/(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)···式5c2-1’=(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)/(基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值(基準(zhǔn)值))···式5’例如,在使用微陣列進(jìn)行表達(dá)量的測(cè)定,使用用對(duì)數(shù)值表示的平均值作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值的情況下,用于第2樣本的修正系數(shù)可以通過(guò)式6或式6’來(lái)求。其中,式6、式6’中,n是支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù),aj是基準(zhǔn)樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值,xj是第2樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。在探針與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)一一對(duì)應(yīng)的情況下,n等于作為支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的靶標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的數(shù)量。在式6和式6’中,可以使用在應(yīng)比較的全部樣本中都為有效判定陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù)n’來(lái)代替n。2-2.固定數(shù)值修正法是預(yù)先假定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值在全部樣本中取一定的數(shù)值的方法。即,以固定的數(shù)值作為“基準(zhǔn)值”,獲得該固定數(shù)值與各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值的差,利用該差作為修正系數(shù)。因?yàn)樵谠摲椒ㄖ胁淮嬖?-1.所示的“基準(zhǔn)樣本”,所以成為比較分析對(duì)象的多個(gè)樣本全部成為“被修正的樣本”,獲得與成為比較分析對(duì)象的樣本數(shù)量相同的修正系數(shù)。具體地,修正系數(shù)通過(guò)式7或式7’來(lái)求。r2-2=(固定數(shù)值(基準(zhǔn)值))/(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)···式7r2-2’=(被修正的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值)/(固定數(shù)值(基準(zhǔn)值))···式7’例如,在使用微陣列進(jìn)行表達(dá)量的測(cè)定,使用用對(duì)數(shù)值表示的平均值作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值的情況下,用于被修正的樣本的修正系數(shù)可以通過(guò)式8或式8’來(lái)求。其中,式8、式8’中,α是固定數(shù)值,n是支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù),yj是樣本的來(lái)自第j(1≤j≤n)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。在探針與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)一一對(duì)應(yīng)的情況下,n等于作為支持體上的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的靶標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的數(shù)量。在式8和式8’中,可以使用在應(yīng)比較的全部樣本中都為有效判定陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化區(qū)域的總數(shù)n’來(lái)代替n。其中,關(guān)于作為基準(zhǔn)值的“固定數(shù)值”,詳細(xì)與“1-2.固定數(shù)值修正法”中的固定數(shù)值是同樣的。<修正工序>接下來(lái),使用通過(guò)修正系數(shù)獲得工序-1或修正系數(shù)獲得工序-2獲得的修正系數(shù),利用修正工序-1或修正工序-2的方法,進(jìn)行被修正的樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。<修正工序-1>修正工序-1是使用通過(guò)修正系數(shù)獲得工序-1獲得的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正的方法,通過(guò)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量加上修正系數(shù)或該表達(dá)量減去修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行修正。本工序有與修正系數(shù)獲得工序-1的基準(zhǔn)樣本獲得法和固定數(shù)值修正法分別對(duì)應(yīng)的2種修正方法。1-1.基準(zhǔn)樣本獲得法第2以后的樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正分別使用用于第2以后的樣本的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行。即,在對(duì)于第2樣本修正目標(biāo)小型rna的表達(dá)量時(shí),使用用于第2樣本的修正系數(shù)(c21-1或c21-1’),在對(duì)于第3樣本修正目標(biāo)mirna表達(dá)量時(shí),使用用于第3樣本的修正系數(shù)(c31-1或c31-1’)。在作為修正系數(shù),使用基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值減去第2以后的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值而得的差的情況下,即上述式1的情況下,通過(guò)對(duì)第2以后的樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值加上修正系數(shù),來(lái)對(duì)于第2以后的各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式9來(lái)求。ei=log2wi+c1-1···式9其中,wi是來(lái)自用于捕捉第imirna的探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。與此相反,在作為修正系數(shù),使用第2以后的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值減去基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值而得的差的情況下,即上述式1’的情況下,通過(guò)從第2以后的樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值減去修正系數(shù),來(lái)對(duì)于第2以后的各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式9’來(lái)求。ei=log2wi-c1-1'···式9’其中,wi的定義與上述式9相同。如果修正在第2樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,則對(duì)該第2樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值加上c2,或減去c2’即可。對(duì)于第3以后的樣本也是同樣的。此外,作為基準(zhǔn)樣本的第1樣本的代表值與基準(zhǔn)值之差當(dāng)然為0,但在程序的構(gòu)成上也可以進(jìn)行第1樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量加上或減去0這樣的計(jì)算。1-2.固定數(shù)值修正法目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正分別使用通過(guò)代表值與固定數(shù)值(基準(zhǔn)值)的差而獲得的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行。即,對(duì)于某一樣本修正目標(biāo)小型rna表達(dá)量時(shí),使用用于該樣本的修正系數(shù)(r1-2或r1-2’)。在作為修正系數(shù),使用固定數(shù)值減去樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值而得的差的情況下,即上述式3的情況下,通過(guò)對(duì)樣本中的各目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值加上修正系數(shù),來(lái)對(duì)于各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式10來(lái)求。ei=log2wi+r1-2···式10其中,wi是來(lái)自第i小型rna捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。與此相反,在作為修正系數(shù),使用樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值減去固定數(shù)值而得的差的情況下,即上述式3’的情況下,通過(guò)樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值減去修正系數(shù),來(lái)對(duì)于各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式10’來(lái)求。ei=log2wi-r1-2'···式10’wi的定義與上述式10相同。<修正工序-2>修正工序-2是使用通過(guò)修正系數(shù)獲得工序-2獲得的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行目標(biāo)mirna的表達(dá)量的修正的方法,通過(guò)目標(biāo)mirna的表達(dá)量除以修正系數(shù)、或該表達(dá)量乘以修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行修正。本工序中也有與修正系數(shù)獲得工序-2的基準(zhǔn)樣本獲得法和固定數(shù)值修正法分別對(duì)應(yīng)的2種修正方法。2-1.基準(zhǔn)樣本獲得法第2以后的樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正分別使用用于第2以后的樣本的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行。即,對(duì)于第2樣本修正目標(biāo)小型rna的表達(dá)量時(shí),使用用于第2樣本的修正系數(shù)(c22-1或c22-1’),對(duì)于第3樣本修正目標(biāo)小型rna表達(dá)量時(shí),使用用于第3樣本的修正系數(shù)(c32-1或c32-1’)。在作為修正系數(shù),使用以被修正的第2以后的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分母、以基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分子而得的比的情況下,即上述式5的情況下,通過(guò)對(duì)第2以后的樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值乘以修正系數(shù),來(lái)對(duì)于第2以后的各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式11來(lái)求。ei=log2wi×c2-1···式11其中,wi是來(lái)自第i小型rna捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。與此相反,在作為修正系數(shù),使用以基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分母、以第2以后的樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分子而得的比的情況下,即上述式5’的情況下,通過(guò)第2以后的樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值除以修正系數(shù),來(lái)對(duì)于第2以后的各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式11’來(lái)求。ei=log2wi÷c2-1'···式11’其中,wi的定義與上述式11相同。如果修正在第2樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,則該第2樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值除以c22-1、或乘以c22-1'即可。對(duì)于第3以后的樣本也是同樣的。無(wú)論按照式5和式11的步驟,還是按照式5’和式11’的步驟,最終獲得的修正后目標(biāo)小型rna的表達(dá)量ei的值都相同。此外,作為基準(zhǔn)樣本的第1樣本的代表值與本方法中的固定數(shù)值(基準(zhǔn)值)之比當(dāng)然為1,但在程序的構(gòu)成上也可以進(jìn)行第1樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量乘以1或該目標(biāo)小型rna表達(dá)量除以1這樣的計(jì)算。2-2.固定數(shù)值修正法目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正分別使用通過(guò)與固定數(shù)值(基準(zhǔn)值)的比獲得的修正系數(shù)來(lái)進(jìn)行。即,對(duì)于某一樣本修正目標(biāo)小型rna表達(dá)量時(shí),使用用于該樣本的修正系數(shù)(r2-2或r2-2’)。在作為修正系數(shù),使用以樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分母、以固定數(shù)值為分子而得的比的情況下,即上述式7的情況下,通過(guò)對(duì)樣本中的各目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值乘以修正系數(shù),來(lái)對(duì)于各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式12來(lái)求。ei=log2wi×r2-2···式12其中,wi是來(lái)自第i小型rna捕捉探針固定化區(qū)域的信號(hào)測(cè)定值。與此相反,在作為修正系數(shù),使用以樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值為分母、以固定數(shù)值為分子而得的比的情況下,即上述式7’的情況下,通過(guò)樣本中的各目標(biāo)小型rna表達(dá)量的測(cè)定值或該測(cè)定值的對(duì)數(shù)值除以修正系數(shù),從而對(duì)于各樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正。如果將這種情況下的修正用方程式表示,則某一“被修正的樣本”中的第i目標(biāo)小型rna的修正后表達(dá)量ei可以通過(guò)下述式12’來(lái)求。ei=log2wi÷r2-2'···式12’其中,wi的定義與上述式12相同。<比較分析工序>使用修正后的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,在多個(gè)樣本之間對(duì)比目標(biāo)小型rna表達(dá)量。在通過(guò)基準(zhǔn)樣本獲得法進(jìn)行修正的情況下,由于作為基準(zhǔn)樣本的第1樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量不受到修正,因此例如第1樣本與第2樣本之間的對(duì)比成為未修正的第1樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量與修正后的第2樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量之間的對(duì)比,但所對(duì)比的樣本中至少1個(gè)必然是經(jīng)修正的樣本。因此,提到“根據(jù)修正后的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,在多個(gè)體液樣本之間對(duì)比目標(biāo)小型rna表達(dá)量”的情況下,也包含在未修正的基準(zhǔn)樣本與經(jīng)修正的其他樣本之間進(jìn)行對(duì)比的方式。比較分析工序本身可以與現(xiàn)有方法同樣地進(jìn)行。例如,可以制成被稱為散點(diǎn)圖(scatterplot)的表達(dá)量數(shù)據(jù)的散布圖。在應(yīng)比較的樣本是3個(gè)的情況下,例如,可以制成2幅將3個(gè)中的任1樣本與其余的各樣本進(jìn)行比較分析而得的的散布圖(例如,第1樣本-第2樣本之間的散布圖和第1樣本-第3樣本之間的散布圖),根據(jù)需要,也可以進(jìn)一步制成在其余的2個(gè)樣本之間(在前述的例子的情況下,進(jìn)一步在第2樣本-第3樣本之間)進(jìn)行比較分析而得的散布圖。4個(gè)以上的樣本的比較分析也可以同樣地進(jìn)行。此外,如果是3個(gè)樣本的比較分析,則也可以3維地制成散布圖。即使在基準(zhǔn)樣本獲得法的情況下,也不是必須將基準(zhǔn)樣本與其他2個(gè)樣本分別進(jìn)行比較,也可以進(jìn)行例如第2樣本-基準(zhǔn)樣本之間的比較和第2樣本-第3樣本之間的比較。另外,可以根據(jù)修正后的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,在任1樣本與其余的其他樣本之間計(jì)算目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的差,作為將該差進(jìn)行對(duì)數(shù)化而得的變化倍率(fold-change)顯示比較分析結(jié)果。例如,可以計(jì)算基準(zhǔn)樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量(基準(zhǔn)樣本獲得法的情況)或第1樣本中的修正后的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量(固定數(shù)值修正法的情況)、與第2以后的樣本中的修正后的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量之差。這種情況下也與上述情況同樣地,不限于計(jì)算第1樣本與其他樣本之差,也可以計(jì)算第2以后的樣本的任一個(gè)與其他樣本之差。此外,另外,使用修正后的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,也可以通過(guò)平均值、標(biāo)準(zhǔn)偏差、標(biāo)準(zhǔn)誤差、變異系數(shù)的計(jì)算、群之間比較、顯著性差異檢驗(yàn)、聚類分析等使用了多個(gè)樣本中的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的統(tǒng)計(jì)分析來(lái)進(jìn)行對(duì)比、評(píng)價(jià)。本發(fā)明的裝置是為了對(duì)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析而對(duì)該表達(dá)量進(jìn)行修正的裝置。該裝置包含:記憶單元,記憶對(duì)于各樣本使用核酸試樣測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得單元,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值獲得代表值、優(yōu)選為用對(duì)數(shù)值表示的代表值;修正系數(shù)獲得單元,作為用于各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正系數(shù),分別獲得對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量任意設(shè)定的基準(zhǔn)值、與通過(guò)所述代表值獲得單元獲得的各樣本的代表值的差或比;和修正單元,使用通過(guò)所述修正系數(shù)獲得單元獲得的各修正系數(shù),來(lái)進(jìn)行在該各樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。在某一方式中,基準(zhǔn)值是任意選擇的第1樣本(基準(zhǔn)樣本)的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值,在第2以后的樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量被修正。即,在該方式中,本發(fā)明的裝置包含:記憶單元,記憶對(duì)于各樣本使用核酸試樣測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得單元,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值獲得代表值、優(yōu)選為用對(duì)數(shù)值表示的代表值;修正系數(shù)獲得單元,以任意選擇的第1樣本作為基準(zhǔn)樣本,以基準(zhǔn)樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的代表值作為基準(zhǔn)值,分別獲得該基準(zhǔn)值與其余的第2以后的樣本的代表值的差或比作為用于該第2以后的樣本的修正系數(shù);修正單元,分別使用通過(guò)所述修正系數(shù)獲得單元獲得的用于第2以后的樣本的修正系數(shù),來(lái)進(jìn)行在第2以后的樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。在其他方式中,基準(zhǔn)值是對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量任意設(shè)定的固定數(shù)值,對(duì)于包含第1樣本的全部樣本進(jìn)行目標(biāo)小型rna表達(dá)量的修正。即,在該方式中,本發(fā)明的裝置包含:記憶單元,記憶對(duì)于各樣本使用核酸試樣測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值,所述核酸試樣是對(duì)多個(gè)樣本的各樣本添加至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),然后從各樣本提取核酸而獲得的,所述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸;代表值獲得單元,對(duì)于各樣本,從標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值獲得代表值、優(yōu)選為用對(duì)數(shù)值表示的代表值;修正系數(shù)獲得單元,以固定數(shù)值為基準(zhǔn)值,分別獲得該基準(zhǔn)值與各樣本的代表值的差或比作為用于該樣本的修正系數(shù);修正單元,分別使用通過(guò)所述修正系數(shù)獲得單元獲得的用于各樣本的修正系數(shù),來(lái)進(jìn)行在各樣本中測(cè)定的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正。具備上述修正裝置的小型rna表達(dá)量的比較分析裝置可以進(jìn)一步包含輸出單元,根據(jù)修正后的目標(biāo)小型rna表達(dá)量,輸出在至少2個(gè)樣本之間對(duì)比目標(biāo)小型rna表達(dá)量而得的結(jié)果。將顯示具備該修正裝置的分析裝置的構(gòu)成的概略的方框圖示于圖2。分析裝置10具備輸入部110、顯示部120、輸出部130、記憶部140、控制部150、轉(zhuǎn)換部160、分析部170。另外,圖3顯示本發(fā)明的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正處理的流程圖的一例。輸入部110是輸入與分析裝置10的運(yùn)作相關(guān)的信息的單元。可以優(yōu)選使用鍵盤等現(xiàn)有公知的輸入單元。在使用微陣列的情況下,通過(guò)雜交測(cè)定獲得的小型rna表達(dá)量、標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的數(shù)據(jù)可以通過(guò)例如與本發(fā)明的裝置分別設(shè)置的掃描儀等讀取單元讀取,轉(zhuǎn)換成數(shù)值數(shù)據(jù)之后,從輸入部110將該數(shù)值數(shù)據(jù)輸入分析裝置10?;蛘撸瑨呙鑳x等讀取單元也可以包含在本發(fā)明的分析裝置10中(未圖示)。從輸入部110輸入的表達(dá)量、提取量的數(shù)據(jù),或通過(guò)組裝在分析裝置10中的讀取單元讀取并數(shù)值化的表達(dá)量、提取量的數(shù)據(jù),被記憶部140記憶。此時(shí),記憶部140作為記憶對(duì)于多個(gè)樣本分別同時(shí)測(cè)定的多個(gè)目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值的記憶單元發(fā)揮功能。存儲(chǔ)在記憶部140的各樣本的小型rna表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值數(shù)據(jù)根據(jù)情況通過(guò)轉(zhuǎn)換部160被轉(zhuǎn)換成以2等為底的對(duì)數(shù)。接著,通過(guò)分析部170對(duì)于各樣本獲得標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值的代表值。代表值如關(guān)于修正方法的說(shuō)明中所述的那樣,例如可以是至少1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量測(cè)定值的平均值或中央值(在修正中僅使用1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的情況下,如果在陣列上存在多個(gè)用于測(cè)定該標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的探針固定化區(qū)域,則代表值可以為平均值或中央值)、或特定的1種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的測(cè)定值。獲得代表值之后,通過(guò)分析部170對(duì)于各樣本計(jì)算出基準(zhǔn)值與各樣本的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)量的代表值的差或比,分別獲得修正系數(shù)。獲得修正系數(shù)的詳細(xì)描述如修正方法的<修正系數(shù)獲得工序>中所述。此外,在采用基準(zhǔn)樣本獲得法的情況下,程序的構(gòu)成上,也可以是對(duì)于作為基準(zhǔn)樣本的第1樣本也獲得修正系數(shù)0(計(jì)算差的情況)或修正系數(shù)1(計(jì)算比的情況)的構(gòu)成。在裝置10中輸入基準(zhǔn)值或選擇基準(zhǔn)樣本時(shí),可以通過(guò)由裝置10的操作者從輸入部110指定任意的1個(gè)樣本來(lái)進(jìn)行?;蛘?,裝置10可以自動(dòng)地選擇基準(zhǔn)值,也可以選擇成為基準(zhǔn)樣本的1個(gè)樣本。例如,可以從輸入部110輸入數(shù)據(jù),通過(guò)裝置10選擇記憶部140最初記憶了數(shù)據(jù)的樣本作為基準(zhǔn)樣本。該基準(zhǔn)樣本的選擇或輸入的步驟在圖3中方便地位于代表值獲得工序(s-3)之后,但不限于此,也可以在更早的步驟、例如數(shù)據(jù)存儲(chǔ)時(shí)執(zhí)行。此外,也可以將預(yù)先指定的固定數(shù)值作為基準(zhǔn)值登記在轉(zhuǎn)換部160等。接下來(lái),分析部170分別使用用于各樣本的修正系數(shù),來(lái)修正所測(cè)定的目標(biāo)小型rna表達(dá)量數(shù)據(jù)。修正操作的詳細(xì)如修正方法的<修正工序>所述。此外,在采用基準(zhǔn)樣本獲得法的情況下,程序的構(gòu)成上,也可以對(duì)于作為基準(zhǔn)樣本的第1樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量數(shù)據(jù)也執(zhí)行使用修正系數(shù)0(計(jì)算差的情況)或修正系數(shù)1(計(jì)算比的情況)的修正操作。接下來(lái),通過(guò)分析部170進(jìn)行各樣本的目標(biāo)小型rna表達(dá)量的對(duì)比、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。對(duì)比、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析的結(jié)果通過(guò)輸出部130而被輸出到顯示部120顯示。進(jìn)而,可以將對(duì)比結(jié)果、統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果輸出到打印機(jī)等輸出裝置、記錄介質(zhì)等。此外,輸出部130也可以介由網(wǎng)絡(luò)向存在于裝置外部的數(shù)據(jù)庫(kù)等外部記憶裝置輸出對(duì)比分析結(jié)果、統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果那樣地構(gòu)成。記憶部140除了記憶多個(gè)小型rna的表達(dá)量和多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定值之外,還適當(dāng)記憶上述各工序產(chǎn)生的中間分析結(jié)果。裝置10的上述各種運(yùn)作通過(guò)控制部150來(lái)控制。具體地,如圖2的虛線箭頭所示,對(duì)輸入部110、顯示部120、輸出部130、記憶部140、控制部150、轉(zhuǎn)換部160、分析部170的各單元,從控制部150輸出控制信息,基于該控制信息各單元聯(lián)合運(yùn)作,從而裝置10全體運(yùn)作。另外,本發(fā)明提供用于使計(jì)算機(jī)作為上述修正裝置或分析裝置發(fā)揮功能的程序。該程序具體地是使計(jì)算機(jī)作為上述的各單元(即,記憶單元、代表值獲得單元、修正系數(shù)獲得單元、修正單元、和分析裝置中進(jìn)一步包含的輸出單元)發(fā)揮功能的程序。另外,本發(fā)明提供用于使計(jì)算機(jī)執(zhí)行上述本發(fā)明的修正方法或包含該修正方法的比較分析方法的各工序的程序。修正方法中包含上述的測(cè)定工序、代表值獲得工序、修正系數(shù)獲得工序和修正工序,在比較分析方法中,可以進(jìn)一步包含根據(jù)修正后的目標(biāo)mirna表達(dá)量在多個(gè)體液樣本之間對(duì)比目標(biāo)mirna表達(dá)量的比較分析工序。這些程序是使用通過(guò)微陣列等與目標(biāo)小型rna的表達(dá)量同時(shí)測(cè)定的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)提取量的測(cè)定值的數(shù)據(jù),使計(jì)算機(jī)執(zhí)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的修正的程序。此外,本發(fā)明提供記錄了上述任一程序的計(jì)算機(jī)可讀取的記錄介質(zhì)?!坝涗浗橘|(zhì)”可以是軟盤、磁光盤、rom、eprom、eeprom、cd-rom、mo、dvd等任意的“便攜的物理介質(zhì)”(非瞬時(shí)性的記錄介質(zhì))。或者,也可以是像在介由以lan、wan、互聯(lián)網(wǎng)為代表的網(wǎng)絡(luò)傳送程序時(shí)的通信回路、載波那樣,短期保持程序的“通信介質(zhì)”。“程序”是用任意的語(yǔ)言、表述方法表述的數(shù)據(jù)處理方法,源代碼、二進(jìn)制代碼等形式均可。此外,“程序”未必限于單一地構(gòu)成的程序,也包含作為多個(gè)模塊、庫(kù)分散構(gòu)成的程序、以os(操作系統(tǒng)、operatingsystem)為代表的與一個(gè)個(gè)程序協(xié)作實(shí)現(xiàn)其功能的程序。此外,關(guān)于實(shí)施方式中所示的各裝置中用于讀取記錄介質(zhì)的具體構(gòu)成、讀取步驟、或者讀取后的安裝步驟等,可以使用公知的構(gòu)成、步驟。能夠在本發(fā)明中優(yōu)選使用的、包含固定化了多個(gè)目標(biāo)小型rna捕捉探針和至少1種優(yōu)選為多種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針的支持體的陣列芯片,可以作為小型rna表達(dá)分析用芯片提供。關(guān)于該芯片的優(yōu)選條件如本發(fā)明的測(cè)定工序中所說(shuō)明的那樣。實(shí)施例以下,基于使用人血清樣本應(yīng)用本發(fā)明的修正方法的實(shí)施例,具體地說(shuō)明本發(fā)明。當(dāng)然,本發(fā)明不限于下述實(shí)施例。(標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì))作為核酸長(zhǎng)度為200個(gè)堿基以上的核酸的實(shí)施例用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用能夠從獨(dú)立行政法人產(chǎn)業(yè)技術(shù)綜合研究所作為定量分析用核糖核酸(rna)水溶液購(gòu)入的由5種rna水溶液:試樣名rna500-a(序列號(hào)1)、rna500-b(序列號(hào)2)、rna500-c(序列號(hào)3)(以上均為核酸長(zhǎng)度約500個(gè)堿基的rna)、rna1000-a(序列號(hào)4)和rna1000-b(序列號(hào)5)(以上均為核酸長(zhǎng)度約1000個(gè)堿基的rna)構(gòu)成的認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)nmijcrm6204-a,以及由本申請(qǐng)發(fā)明者設(shè)計(jì)委托ユーロフィンジェノミクス社合成的3種rna即hsncs_071028(序列號(hào)15)、hsncs_404161(序列號(hào)16)、hsncs_647981(序列號(hào)17)(以上均為核酸長(zhǎng)度約200個(gè)堿基的rna)的rna。作為核酸長(zhǎng)度小于200個(gè)堿基的核酸的比較例用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),選擇非專利文獻(xiàn)1所示的作為核酸長(zhǎng)度為20個(gè)堿基的非人來(lái)源的mirna的cel-mir-39(序列號(hào)6)、cel-mir-54(序列號(hào)7)、ath-mir-159a(序列號(hào)8)、cel-mir-238(序列號(hào)9)。關(guān)于各mirna,由ユーロフィンジェノミクス社作為在5’末端添加了磷酸基修飾的rna進(jìn)行合成。另外,使用由ユーロフィンジェノミクス社銷售的非生物來(lái)源的核酸長(zhǎng)度為60個(gè)堿基的5種rna即h2nc000001(序列號(hào)10)、h2nc000002(序列號(hào)11)、h2nc000003(序列號(hào)12)、h2nc000005(序列號(hào)13)、h2nc000006(序列號(hào)14)。將各標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的物理性質(zhì)等示于表1。對(duì)于所使用的全部標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),相對(duì)于公共數(shù)據(jù)庫(kù)blast中收錄的全部人基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物確認(rèn)了序列同源性為50%以下。表1標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)序列號(hào)堿基長(zhǎng)度gc含量(%)tm值(℃)rna500-a15334789.15rna500-b25334989.83rna500-c35334588.96rna1000-a410335091.21rna1000-b510334991.12cel-mir-396225065.99cel-mir-547244262.93ath-mir-159a8214362.61cel-mir-2389234364.19h2nc00000110695283.56h2nc00000211694379.96h2nc00000312695585.51h2nc00000513694681.42h2nc00000614695484.86hsncs_071028152015189.95hsncs_404161162005189.54hsncs_647981172044787.21(捕捉探針的設(shè)計(jì))作為目標(biāo)小型rna,選擇從mirbaserelease19獲得的2555種人mirna,使用具有其互補(bǔ)序列的dna作為目標(biāo)小型rna捕捉探針(http://www.sanger.ac.uk/software/rfam/mirna/index.shtml)。作為實(shí)施例用的標(biāo)準(zhǔn)核酸物質(zhì)捕捉探針,使用具有上述rna500-a、rna500-b、rna500-c、rna1000-a、rna1000-b、hsncs_071028、hsncs_404161、hsncs_647981的序列的互補(bǔ)序列的dna。另外,作為比較例用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針,使用具有從mirbase獲得的cel-mir-39(22個(gè)堿基)、cel-mir-54(24個(gè)堿基)、ath-mir-159a(21個(gè)堿基)、cel-mir-238(23個(gè)堿基)的互補(bǔ)序列的dna。另外,使用具有市售的上述5種rna(h2nc000001、h2nc000002、h2nc000003、h2nc000005、h2nc000006)的互補(bǔ)序列的dna。上述的目標(biāo)小型rna捕捉探針和標(biāo)準(zhǔn)核酸物質(zhì)的捕捉探針使用在3’末端導(dǎo)入了氨基的合成dna(委托ユーロフィンジェノミクス社合成)。(dna微陣列的制作)將在3’末端導(dǎo)入了氨基的上述2555種目標(biāo)小型rna(mirna)捕捉探針和全部17種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針固定化在東麗株式會(huì)社制的“3d-gene”(注冊(cè)商標(biāo))基板(3000柱基板)的凸部,制作dna微陣列。此外,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)捕捉探針各在8點(diǎn)進(jìn)行固定。使用該dna微陣列進(jìn)行以下實(shí)驗(yàn)。(對(duì)血清樣本添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)以及核酸提取工序)對(duì)血清樣本300μl混合作為rna提取試劑的3d-genernaextractionreagentfromliquidsample(東麗株式會(huì)社)900μl,在實(shí)施例中,添加上述的作為實(shí)施例用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的rna500-a、rna500-b、rna500-c、rna1000-a、rna1000-b、hsncs_071028、hsncs_404161和hsncs_647981中的至少1種各10fmol,在比較例中,添加上述的作為比較例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的cel-mir-39、cel-mir-54、ath-mir-159a、cel-mir-238、h2nc000001、h2nc000002、h2nc000003、h2nc000005和h2nc000006中的至少1種各10fmol,通過(guò)離心分離操作回收上層的水層,使用mirneasyminikit(キアゲン社)純化rna。(利用dna微陣列測(cè)定目標(biāo)小型rna(mirna)的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的提取量的測(cè)定工序)將所得的目標(biāo)小型rna(mirna)使用"3d-gene"mirnalabelingkit(東麗株式會(huì)社)進(jìn)行標(biāo)記。標(biāo)記后的mirna按照3d-genemirnachip(東麗株式會(huì)社)的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)程進(jìn)行雜交和清洗。反應(yīng)后的dna微陣列使用微陣列掃描儀(東麗株式會(huì)社)檢測(cè)熒光信號(hào)。掃描儀的設(shè)定為激光輸出100%、光電倍增管的電壓設(shè)定為42%。<實(shí)施例1>按照上述步驟,在市售的血清樣本300μl中添加序列號(hào)1~5所示的實(shí)施例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(全部5種)或序列號(hào)15~17所示的實(shí)施例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(全部3種),進(jìn)行核酸的提取工序、和利用dna微陣列測(cè)定目標(biāo)小型rna(mirna)的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量的測(cè)定工序。以上工序?yàn)榱吮容^對(duì)其測(cè)定實(shí)驗(yàn)之間的表達(dá)量的測(cè)定值的變化(偏差)進(jìn)行修正的效果而重復(fù)10次。其結(jié)果檢測(cè)到2555種mirna中的約1000種mirna。該檢測(cè)到的約1000種各mirna的表達(dá)量的10次測(cè)定實(shí)驗(yàn)之間cv值(變異系數(shù))的、在檢測(cè)到的全部約1000種mirna中的中央值在修正前為0.45。各mirna的表達(dá)量的修正如下進(jìn)行。首先,作為dna微陣列上的8點(diǎn)的測(cè)定值的平均值求得各次實(shí)驗(yàn)中的各標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量,以此作為代表值計(jì)算出。接著,以第1次實(shí)驗(yàn)中的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的代表值作為基準(zhǔn)值,獲得與第2~10次實(shí)驗(yàn)的代表值的比作為修正系數(shù)。使用該修正系數(shù)進(jìn)行第2~10次實(shí)驗(yàn)中的mirna的表達(dá)量的測(cè)定值的修正。其結(jié)果在修正后,各mirna的表達(dá)量的10次測(cè)定實(shí)驗(yàn)之間的cv值的、在檢測(cè)到的全部約1000種mirna中的中央值分別為0.32(序列號(hào)1)、0.40(序列號(hào)2)、0.40(序列號(hào)3)、0.38(序列號(hào)4)、0.30(序列號(hào)5)、0.41(序列號(hào)15)、0.36(序列號(hào)16)、0.39(序列號(hào)17)。<比較例1>作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用序列號(hào)6~14所示的9種比較例用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)代替序列號(hào)1~5所示的實(shí)施例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),與實(shí)施例1同樣地進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。修正前的檢測(cè)到的約1000種各mirna的表達(dá)量的cv值的中央值為0.45。修正后的各mirna的表達(dá)量的cv值的中央值分別為1.07(序列號(hào)6)、1.14(序列號(hào)7)、0.98(序列號(hào)8)、0.99(序列號(hào)9)、0.94(序列號(hào)10)、0.95(序列號(hào)11)、0.84(序列號(hào)12)、0.82(序列號(hào)13)、0.88(序列號(hào)14)。如上,在實(shí)施例1中修正后的目標(biāo)小型rna的檢測(cè)值的cv值的中央值小于修正前的0.45,與此相對(duì),在比較例1中大于修正前的0.45。即,在使用同一樣本將從核酸的提取到dna微陣列實(shí)驗(yàn)在同一條件下多次進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)中的其實(shí)驗(yàn)之間的表達(dá)量的變化(偏差)的修正中,顯示與比較例1相比,通過(guò)使用實(shí)施例1中使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進(jìn)行修正,修正的正確性提高。<實(shí)施例2>使用從3個(gè)人采取的3種血清a~c,作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)使用序列號(hào)1~5所示的實(shí)施例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),對(duì)各血清在核酸的提取日和實(shí)驗(yàn)者不同的條件下按上述的步驟將向血清樣本添加標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)和核酸的提取工序以及利用dna微陣列測(cè)定目標(biāo)小型rna的表達(dá)量和標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量的測(cè)定工序進(jìn)行各2次(第1次、第2次)。作為目標(biāo)小型rna(mirna),與實(shí)施例1同樣地使用檢測(cè)到的約1000種mirna。作為目標(biāo)小型rna的各mirna的測(cè)定值的修正如下進(jìn)行。首先,作為dna微陣列上的8點(diǎn)的測(cè)定值的平均值計(jì)算出測(cè)定工序中得到的各標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的存在量,將其轉(zhuǎn)換為以2為底的對(duì)數(shù)值。接著,計(jì)算出所得的5種標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換值的平均值,以此作為代表值。如上,對(duì)于各血清a~c計(jì)算出第1次和第2次的代表值。各標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換值及其平均值(代表值)示于表2。關(guān)于血清a~c的2次實(shí)驗(yàn)之間的各mirna的表達(dá)量的修正,以第1次的代表值作為基準(zhǔn)值,以與第2次的代表值的差(第2次-第1次)作為各血清中的修正系數(shù)(表3)。接著,將各血清中的mirna的表達(dá)量的測(cè)定值分別轉(zhuǎn)換為以2為底的對(duì)數(shù),通過(guò)各血清的第2次的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換值減去上述的各血清中的修正系數(shù)進(jìn)行修正。通過(guò)以上操作,進(jìn)行第2次實(shí)驗(yàn)的mirna的表達(dá)量的測(cè)定值的修正。<實(shí)施例3>作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用序列號(hào)15~17所示的實(shí)施例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),進(jìn)行與實(shí)施例2同樣的實(shí)驗(yàn)。<比較例2>作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用序列號(hào)6~9所示的比較例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),進(jìn)行與實(shí)施例2同樣的實(shí)驗(yàn)。<比較例3>作為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),使用序列號(hào)10~14所示的比較例用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),進(jìn)行與實(shí)施例2同樣的實(shí)驗(yàn)。對(duì)于實(shí)施例2、實(shí)施例3、比較例2、比較例3的各實(shí)驗(yàn),計(jì)算第1次(基準(zhǔn)樣本)的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的測(cè)定值和第2次(被修正的樣本)的修正后的mirna的表達(dá)量的測(cè)定值的回歸直線,將結(jié)果示于表4,另外,圖4顯示以第1次(基準(zhǔn)樣本、無(wú)修正)的表達(dá)量為橫軸、第2次(被修正的樣本、有修正)的表達(dá)量為縱軸作圖而得的散點(diǎn)圖(血清a)((a):實(shí)施例2的修正的結(jié)果、(b):比較例2的修正的結(jié)果)。第1次與第2次的實(shí)驗(yàn)使用同一血清,因而本來(lái)兩者的結(jié)果(第1次的樣本的結(jié)果與受到修正的第2次的樣本的結(jié)果)應(yīng)該一致,此時(shí)回歸直線應(yīng)與y=x的直線重疊。將實(shí)施例2、3與比較例2、3比較,其斜率均相同。但是,在實(shí)施例2、3中,截距的絕對(duì)值為<0.5,得到了與y=x的直線基本重疊的結(jié)果,與此相對(duì),在比較例2、3中,截距的絕對(duì)值為>0.5,與y=x的直線較大地偏離。如上,在實(shí)施例2、3中,2次測(cè)定實(shí)驗(yàn)之間,回歸直線的截距的絕對(duì)值為0,得到了與y=x接近的修正數(shù)據(jù),可以說(shuō)顯示了修正后的數(shù)據(jù)的正確性高。另一方面,在比較例2、3中,回歸直線的截距的絕對(duì)值大于0.5,可以說(shuō)顯示了修正后的數(shù)據(jù)的正確性低。表2表3表4如以上的實(shí)施例1~3和比較例1~3中所確認(rèn)的那樣,通過(guò)使用本發(fā)明的修正方法,能夠獲得用于對(duì)多個(gè)樣本所含的目標(biāo)小型rna的表達(dá)量進(jìn)行比較分析的正確的數(shù)據(jù),能夠進(jìn)行目標(biāo)小型rna的表達(dá)量的正確的分析。符號(hào)說(shuō)明10裝置110輸入部120顯示部130輸出部140記憶部150控制部160轉(zhuǎn)換部170分析部當(dāng)前第1頁(yè)12
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