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高分辨率HLA分型的制作方法

文檔序號:11849988閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.測定DNA樣品的HLA基因型的方法,所述方法包括

a)在反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組靶向HLA-A、HLA-B和HLAC基因的擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:1至14中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成;

b)利用引物依賴性DNA擴增反應擴增靶序列,從而產生擴增子;和

c)測定所述擴增子的序列。

2.權利要求1的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:19至24中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述序列或截短形式組成并靶向HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4和HLA-DRB5基因。

3.權利要求1或2的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:25至28中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述序列或截短形式組成并靶向HLA-DPB1基因。

4.權利要求1至3任一項的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:29至32中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述序列或截短形式組成并靶向HLA-DQB1基因。

5.權利要求1至4任一項的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:33至36中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述序列或截短形式組成并靶向HLA-DQA1基因。

6.權利要求1至5任一項的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:13和14中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式并靶向HLA-A基因。

7.權利要求1至6任一項的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:15至17中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式并靶向HLA-B基因。

8.權利要求1至7任一項的方法,其中所述方法的步驟a)還包括,在不同的反應容器中,使所述DNA樣品與包含一組擴增引物的擴增反應混合物接觸,所述引物包含SEQ ID NO:15和18中所示的序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式并靶向HLA-C基因。

9.權利要求1至8任一項的方法,其中在步驟b)中,利用統(tǒng)一的熱循環(huán)方案擴增每個反應容器中的靶序列。

10.權利要求1至9任一項的方法,其中在步驟b)中,退火溫度在55至65℃范圍內。

11.權利要求1至10任一項的方法,其中所述引物依賴性DNA擴增反應是PCR反應。

12.權利要求1至11任一項的方法,其中在步驟c)中,利用“下一代測序”(NGS)法測定所述擴增子的序列。

13.權利要求1至12任一項的方法,其還包括將測定的擴增子序列與已知HLA類型的DNA序列比較。

14.用于測定DNA樣品的HLA基因型的試劑盒,其包含一組擴增引物,所述引物包含SEQ ID NO:1至14中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成。

15.權利要求14的試劑盒,其還包含

一組擴增引物,其包含SEQ ID NO:19至24中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成;和/或

一組擴增引物,其包含SEQ ID NO:25至28中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成;和/或

一組擴增引物,其包含SEQ ID NO:29至32中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成;和/或

一組擴增引物,其包含SEQ ID NO:33至36中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成;和/或

一組擴增引物,其包含SEQ ID NO:15至18中所示的全序列或在它們的5’端缺失一至五個核苷酸的截短形式或者由所述全序列或截短形式組成。

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