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一種檢測(cè)染色體異常以及重組位點(diǎn)DNA序列的方法與流程

文檔序號(hào):12577721閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種檢測(cè)重組位點(diǎn)DNA序列的方法,其特征在于,包括:

初步定位染色體異位大致區(qū)域,

根據(jù)染色體該區(qū)域的參照序列設(shè)計(jì)并制備排序的sgRNA序列,

根據(jù)CRISPR技術(shù),利用單酶切活性的Cas9酶對(duì)染色體DNA進(jìn)行切割,

將雙鏈DNA解開(kāi)為單鏈DNA,

NGS平臺(tái)進(jìn)行單鏈DNA定向測(cè)序,確定重組位點(diǎn)的精確區(qū)域,并測(cè)定精確區(qū)域的重組位點(diǎn)的DNA序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述大致區(qū)域?yàn)楹腥旧w重組位點(diǎn)的1-10M區(qū)域。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述精確區(qū)域?yàn)楹腥旧w重組位點(diǎn)的≤20kb的區(qū)域。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述初步定位染色體重組大致區(qū)域步驟中,還包括染色體異常類型的判斷。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,在染色體DNA切割后還包括利用DNA缺口平移技術(shù)在缺口處摻入堿基類似物的步驟,并在雙鏈DNA解開(kāi)后利用堿基類似物的特征純化單鏈DNA。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述堿基類似物為Biotin修飾的dGTP。

7.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任意一項(xiàng)所述的方法,其特征在于,所述方法為檢測(cè)染色體間易位重組位點(diǎn)DNA序列的方法,包括:

初步定位染色體重組大致區(qū)域,

根據(jù)第一條染色體重組大致區(qū)域的參照序列設(shè)計(jì)并制備排序的第一組sgRNA序列,

根據(jù)CRISPR技術(shù),利用單酶切活性的Cas9酶對(duì)染色體DNA進(jìn)行切割,

將雙鏈DNA解開(kāi)為單鏈DNA,

NGS平臺(tái)進(jìn)行單鏈DNA定向測(cè)序,確定第一條染色體重組位點(diǎn)的精確區(qū)域,并測(cè)定精確區(qū)域的重組位點(diǎn)的DNA序列;

根據(jù)第二條染色體重組大致區(qū)域的參照序列設(shè)計(jì)并制備排序的第二組sgRNA序列,

根據(jù)CRISPR技術(shù),利用單酶切活性的Cas9酶對(duì)染色體DNA進(jìn)行切割,

將雙鏈DNA解開(kāi)為單鏈DNA,

NGS平臺(tái)進(jìn)行單鏈DNA定向測(cè)序,確定第二條染色體重組位點(diǎn)的精確區(qū)域,并測(cè)定精確區(qū)域的重組位點(diǎn)的DNA序列。

8.一種檢測(cè)染色體是否存在變異的方法,其特征在于,包括:

根據(jù)CRISPR技術(shù),利用單酶切活性的Cas9酶對(duì)染色體DNA進(jìn)行切割,

將雙鏈DNA解開(kāi)為單鏈DNA,

NGS平臺(tái)進(jìn)行單鏈DNA定向測(cè)序,與正常染色體DNA序列對(duì)比,判斷是否存在染色體變異。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法,其特征在于,還包括如下步驟:

如果判定存在變異,確定重組位點(diǎn)的精確區(qū)域,測(cè)定精確區(qū)域的重組位點(diǎn)的DNA序列。

10.根據(jù)權(quán)利要求8或9所述的方法,其特征在于,在染色體DNA切割后還包括利用DNA缺口平移技術(shù)在缺口處摻入堿基類似物的步驟,并在雙鏈DNA解開(kāi)后利用堿基類似物的特征純化單鏈DNA。

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