1.一種鑒定豬能生產(chǎn)增加的產(chǎn)仔數(shù)的方法，所述方法包括：
在豬基因組中檢測基因組區(qū)域內(nèi)的至少一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)處E等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失，所述基因組區(qū)域選自Sweep A、Sweep B、Sweep C、Sweep D和Sweep E，
其中所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組區(qū)域是Sweep A。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其進(jìn)一步包括在一個或者兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處檢測所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中在一個或兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組區(qū)域是Sweep B。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其進(jìn)一步包括在兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處檢測所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在或者缺失。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中在兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處存在所述E等位基因SNP標(biāo)記指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組區(qū)域是Sweep C。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其進(jìn)一步包括在一個或者兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處檢測所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在或者缺失。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中在一個或者兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處存在所述E等位基因SNP標(biāo)記指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組區(qū)域是Sweep D。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其進(jìn)一步包括在兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處檢測所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在或者缺失。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中在一個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處存在所述E等位基因SNP標(biāo)記指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組區(qū)域是Sweep E。
15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法，其進(jìn)一步包括在一個或者兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處檢測所述E等位基因SNP標(biāo)記的存在或者缺失。
16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中在一個或兩個拷貝的染色體的所述SNP位點(diǎn)處存在所述E等位基因SNP標(biāo)記指示了所述豬的增加的產(chǎn)仔數(shù)。
17.據(jù)權(quán)利要求1-16中任一項(xiàng)所述的方法，其進(jìn)一步包括在所述豬被鑒定為生產(chǎn)增加的產(chǎn)仔數(shù)的條件下選擇所述豬用于繁殖。
18.根據(jù)權(quán)利要求1-17中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述Sweep A基因組區(qū)域跨越自Chr6:122097788至Chr6:122217096的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)，所述Sweep B基因組區(qū)域跨越自Chr6:89403626至Chr6:90311616的區(qū)域(NCBI buildSscrofa 10.2版本)，所述Sweep C基因組區(qū)域位于Chr7:63714553(NCBI build Sscrofa10.2版本)，所述Sweep D基因組區(qū)域跨越自Chr15:51799437至Chr15:51800356的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)，以及所述Sweep E基因組區(qū)域跨越自Chr3:72655441至Chr3:72795872的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
19.根據(jù)權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法，其中Sweep A基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:A1-A13，Sweep B基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:B1-B91，Sweep C基因組區(qū)域內(nèi)的所述SNP位點(diǎn)是表1中所列的SNP C1，Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:D1-D3，以及Sweep E基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:E1-E23。
20.根據(jù)權(quán)利要求1-19中任一項(xiàng)所述的方法，其中Sweep A基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)包括SNP A2，Sweep B基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)包括SNPB13，Sweep C基因組區(qū)域內(nèi)的所述SNP位點(diǎn)包括SNP C1，Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)包括SNP D1，以及Sweep E基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)包括SNP E10。
21.根據(jù)權(quán)利要求1-19中任一項(xiàng)所述的方法，其中Sweep A基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)與SNP A2連鎖不平衡，Sweep B基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)與SNP B13連鎖不平衡，Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)與SNPD1連鎖不平衡，Sweep E基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)與SNP E10連鎖不平衡。
22.根據(jù)權(quán)利要求1-21中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述E等位基因SNP標(biāo)記是位于二花臉豬基因組相應(yīng)SNP位點(diǎn)處的高頻SNP標(biāo)記。
23.根據(jù)權(quán)利要求1-21中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述E等位基因SNP標(biāo)記如表1中所示。
24.根據(jù)權(quán)利要求1-23中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述豬是母豬。
25.根據(jù)權(quán)利要求1-23中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述豬是太湖豬的后代。
26.根據(jù)權(quán)利要求1-23中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述豬是二花臉豬的后代。
27.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括測序來自所述豬的核酸樣本中的至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段。
28.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測擴(kuò)增產(chǎn)物，所述擴(kuò)增產(chǎn)物是來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的擴(kuò)增產(chǎn)物。
29.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測探針和來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的雜交。
30.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的引物延伸產(chǎn)物。
31.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的限制酶切產(chǎn)物。
32.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的凝膠電泳結(jié)果。
33.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述檢測包括檢測蛋白與來自所述豬的核酸樣本中至少含有所述SNP位點(diǎn)的核酸片段的結(jié)合親和力。
34.一種檢測豬Sweep A區(qū)域內(nèi)SNP位點(diǎn)處的所述SNP標(biāo)記的方法，所述方法包括：
在豬基因組中的Sweep A基因組區(qū)域內(nèi)至少一個單核苷酸等位基因(SNP)位點(diǎn)處，確定E等位基因SNP標(biāo)記或者O等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
35.根據(jù)權(quán)利要求34所述的方法，其中所述Sweep A基因組區(qū)域跨越自Chr6:
122097788至Chr6:122217096的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
36.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中Sweep A基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:A1-A13。
37.一種檢測豬Sweep B區(qū)域內(nèi)SNP位點(diǎn)處的所述SNP標(biāo)記的方法，所述方法包括：
在豬基因組中的Sweep B基因組區(qū)域內(nèi)至少一個單核苷酸等位基因(SNP)位點(diǎn)處，確定E等位基因SNP標(biāo)記或者O等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的方法，其中所述Sweep B基因組區(qū)域跨越自Chr6:
89403626至Chr6:90311616的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
39.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中Sweep B基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:B1-B91。
40.一種檢測豬Sweep C區(qū)域內(nèi)SNP位點(diǎn)處的所述SNP標(biāo)記的方法，所述方法包括：
在豬基因組中的Sweep C基因組區(qū)域內(nèi)的所述單核苷酸等位基因(SNP)位點(diǎn)處，確定E等位基因SNP標(biāo)記或者O等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，其中所述Sweep C基因組區(qū)域位于Chr7:63714553(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
42.根據(jù)權(quán)利要求41所述的方法，其中Sweep C基因組區(qū)域內(nèi)的所述SNP位點(diǎn)是表1中所列的SNP C1。
43.一種檢測豬Sweep D區(qū)域內(nèi)SNP位點(diǎn)處的所述SNP標(biāo)記的方法，所述方法包括：
在豬基因組中的Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的至少一個單核苷酸等位基因(SNP)位點(diǎn)處，確定E等位基因SNP標(biāo)記或者O等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
44.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中所述Sweep D基因組區(qū)域跨越自Chr15:
51799437至Chr15:51800356的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
45.根據(jù)權(quán)利要求44所述的方法，其中Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:D1-D3。
46.一種檢測豬Sweep E區(qū)域內(nèi)SNP位點(diǎn)處的所述SNP標(biāo)記的方法，所述方法包括：
在豬基因組中的Sweep E基因組區(qū)域內(nèi)的至少一個單核苷酸等位基因(SNP)位點(diǎn)處，確定E等位基因SNP標(biāo)記或者O等位基因SNP標(biāo)記的存在或缺失。
47.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中所述Sweep E基因組區(qū)域跨越自Chr3:
72655441至Chr3:72795872的區(qū)域(NCBI build Sscrofa 10.2版本)。
48.根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中Sweep D基因組區(qū)域內(nèi)的所述至少一個SNP位點(diǎn)選自表1中所列的SNP:E1-E23。
49.一種分離的寡核苷酸引物，其用于選擇性擴(kuò)增多核苷酸片段，所述多核苷酸片段在表1中所列的SNP位點(diǎn)中的至少一個處含有E等位基因SNP標(biāo)記。
50.一種分離的寡核苷酸引物，其用于選擇性擴(kuò)增多核苷酸片段，所述多核苷酸片段在表1中所列的SNP位點(diǎn)中的至少一個處缺乏E等位基因SNP標(biāo)記。
51.一種分離的寡核苷酸探針，其用于選擇性雜交多核苷酸片段，所述多核苷酸片段在表1中所列的一個或多個SNP位點(diǎn)處含有E等位基因SNP標(biāo)記。
52.一種分離的寡核苷酸探針，其用于選擇性雜交多核苷酸片段，所述多核苷酸片段在表1中所列的一個或多個SNP位點(diǎn)處缺乏E等位基因SNP標(biāo)記。
53.一種用于權(quán)利要求1-48中任一項(xiàng)所述的方法的試劑盒，所述試劑盒包括權(quán)利要求49或50所述的分離的寡核苷酸引物，或者權(quán)利要求51或52所述的分離的寡核苷酸探針。