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用于生產脂肪酸和脂肪酸衍生產物的微生物及方法與流程

文檔序號:12509284閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.一種經遺傳修飾生物體,所述經遺傳修飾生物體包含編碼3-酮脂酰輔酶A合酶、酮脂酰輔酶A還原酶、羥酰輔酶A脫水酶或烯酰輔酶A還原酶的異源核酸序列;并且其中所述微生物能夠產生具有C4或更大碳鏈長度的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

2.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包括NphT7。

3.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包含與SEQ ID NO 1-120中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

4.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述酮脂酰輔酶A還原酶選自3-酮丁酰輔酶A還原酶、3-羥丁酰輔酶A脫氫酶、3-酮戊酰輔酶A還原酶和3-羥戊酰輔酶A脫氫酶。

5.根據權利要求4所述的經遺傳修飾生物體,其中所述酮脂酰輔酶A還原酶包含與SEQ ID NO 183和SEQ ID NO 271中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

6.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述羥酰輔酶A脫水酶選自3-羥丁酰輔酶A脫水酶和烯酰輔酶A水合酶。

7.根據權利要求6所述的經遺傳修飾生物體,其中所述羥酰輔酶A脫水酶包含與SEQ ID NO 183和SEQ ID NO 272中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

8.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述烯酰輔酶A還原酶為反式-2-烯酰還原酶。

9.根據權利要求8所述的經遺傳修飾生物體,其中所述烯酰輔酶A還原酶包含與SEQ ID NO 275具有至少70%同源性的氨基酸序列。

10.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包括經修飾的NphT7多肽,所述多肽包含一個或多個氨基酸置換,所述氨基酸置換選自將第86至89位氨基酸從PDRP置換為HFLQ,F217A、F217E、F217G、F217I、F217L、F217M、F217P、F217S、F217T、F217V、F217W、G288S、G309S、I147A、I147C、I147D、I147E、I147F、I147G、I147H、I147K、I147L、I147M、I147N、I147P、I147Q、I147R、I147S、I147T、I147V、I147W、I147Y、V157F、V196G和Y144L。

11.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包括經修飾的NphT7多肽,所述多肽包含兩個氨基酸置換,所述氨基酸置換選自I147T和F217V、I147T和Y144L、I147T和V196G、I147F和F217V、I147M和F217V、I147S和F217V、I147T和HFLQ、I147T和V157F、I147T和F217G、I147T和F217A、I147T和F217L、I147T和F217I、I147T和F217M、I147T和F217P、I147T和F217S、I147T和F217E、I147S和F217G、I147S和F217A、I147S和F217L、I147S和F217I、I147S和F217M、I147S和F217W、I147S和F217S、I147S和F217E、I147S和F217K、I147F和F217A、I147F和F217L、I147F和F217I、I147F和F217M、I147F和F217P、I147F和F217E、I147M和F217G、I147M和F217A、I147M和F217L、I147M和F217I、I147M和F217M、I147M和F217P、I147M和F217S、I147M和F217E以及I147M和F217K。

12.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包括經修飾的NphT7多肽,所述多肽包含三個氨基酸置換,所述氨基酸置換選自Y144L、I147T和F217V;I147T、F217V和HFLQ;I147T、V147F和F217V;以及Y144L、I147T和V157F。

13.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述3-酮脂酰輔酶A合酶包括經修飾的NphT7多肽,所述多肽在選自下列的位置具有一種或多種氨基酸置換:Ser84、Val114、Gly288、Ile194、Gly318、Thr85、Gln90、Val196、Tyr144、Phe159、Ile147和Phe217。

14.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述酮脂酰輔酶A還原酶選自3-酮脂酰輔酶A還原酶和3-羥酰輔酶A脫氫酶。

15.根據權利要求14所述的經遺傳修飾生物體,其中所述酮脂酰輔酶A還原酶包含與SEQ ID NO 183和SEQ ID NO 271中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

16.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述羥酰輔酶A脫水酶選自3-羥酰輔酶A脫水酶和烯酰輔酶A水合酶。

17.根據權利要求16所述的經遺傳修飾生物體,其中所述羥酰輔酶A脫水酶包含與SEQ ID NO 183和SEQ ID NO 272中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

18.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,其中所述烯酰輔酶A還原酶為反式-2-烯酰還原酶。

19.根據權利要求18所述的經遺傳修飾生物體,其中所述烯酰輔酶A還原酶包含與SEQ ID NO 275具有至少70%同源性的氨基酸序列。

20.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,還包含編碼硫酯酶或蠟酯合酶的異源核酸序列。

21.根據權利要求1所述的經遺傳修飾生物體,還包含編碼終止酶的異源核酸序列,所述終止酶催化脂肪酸衍生產物的產生,所述脂肪酸衍生產物選自脂肪醇、脂肪醛、脂肪烯烴、脂肪酰胺、脂肪烷烴和脂肪二酸。

22.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶為?;o酶A酯酶,并且所述生物體能夠產生脂肪酸。

23.根據權利要求22所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自tesA、'tesA、tesB、yciA、ybgC、ybfF、fadM、AtTE、CpTE、CperfTE、LpTE和PA2801TE。

24.根據權利要求22所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶包含與SEQ ID NO 277、SEQ ID NO 278、SEQ ID NO 279、SEQ ID NO 280、SEQ ID NO 281、SEQ ID NO 282、SEQ ID NO 283、SEQ ID NO 284、SEQ ID NO 285、SEQ ID NO 286、SEQ ID NO 287和SEQ ID NO 288中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

25.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中所述蠟酯合酶選自Maq1、Pcry1、Rjos1和Abork1,并且其中所述生物體能夠產生脂肪酯。

26.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中所述蠟酯合酶包含與SEQ ID NO 289、SEQ ID NO 290、SEQ ID NO 291和SEQ ID NO 292中任一序列具有至少70%同源性的氨基酸序列,并且其中所述生物體能夠產生脂肪酯。

27.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)所述3-酮脂酰輔酶A合酶為NphT7;

b)所述酮基輔酶A還原酶選自hbd和fadB;

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶選自crt和fadB;

d)所述烯酰輔酶A還原酶為ter;以及

e)所述硫酯酶選自CpTE、fadM、PA2801TE、tesB、ybgC、ybfF和yciA,

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生四碳或五碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

28.根據權利要求27所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自tesB和yciA。

29.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)一個或多個3-酮脂酰輔酶A合酶選自NphT7、NphT7 I147T、NphT7 F217V和NphT7 I147T、F217V;

b)所述酮基輔酶A還原酶為fadB;

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶為fadB;

d)所述烯酰輔酶A還原酶為ter;以及

e)所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、CperfTE、PA2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA,

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生六碳或七碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

30.根據權利要求29所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自PA2801TE、tesB和yciA。

31.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)一種或多種3-酮脂酰輔酶A合酶選自NphT7、NphT7 I147T、NphT7 F217V、NphT7 I147T和F217V、Npth7 I147S、Npth7 I147S和F217V以及合酶III;

b)所述酮基輔酶A還原酶選自fadB和fabG;

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶選自fadB、ech和ech2;

d)所述烯酰輔酶A還原酶為ter;以及

e)所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、CperfTE、fadM、PA2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA;

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生八碳或九碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

32.根據權利要求31所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自PA2801TE、tesB和yciA。

33.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)一種或多種3-酮脂酰輔酶A合酶選自NphT7、NphT7 I147T、NphT7 F217V、NphT7 I147T和F217V、Npth7 I147S、Npth7 I147S和F217V、合酶III、合酶IV以及合酶V;

b)所述酮基輔酶A還原酶選自fadB和fabG;

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶選自fadB、ech和ech2;

d)所述烯酰輔酶A還原酶為ter;以及

e)所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、fadM、PA2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA,

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生十碳或十一碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

34.根據權利要求33所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自tesB和yciA。

35.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)一種或多種3-酮脂酰輔酶A合酶選自NphT7、NphT7 I147T、NphT7 F217V、NphT7 I147T和F217V、Npth7 I147S、Npth7 I147S和F217V、合酶III、合酶IV、合酶V以及合酶VI;

b)所述酮基輔酶A還原酶選自fadB、fabG和fadJ,

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶選自fadB、ech和fadJ;

d)所述烯酰輔酶A還原酶為ter;以及

e)所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、CperfTE、fadM、LpTE、PA2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA,

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生十二碳或十三碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

36.根據權利要求35所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自fadM、PA2801TE、tesA、tesB和yciA。

37.根據權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中

a)一種或多種3-酮脂酰輔酶A合酶選自NphT7、NphT7 I147T、NphT7 F217V、NphT7 I147T和F217V、Npth7 I147S、Npth7 I147S和F217V、合酶III、合酶IV、合酶V以及合酶VI;

b)所述酮基輔酶A還原酶選自fadB和fadJ;

c)所述3-羥酰輔酶A脫水酶選自fadB和fadJ;

b)所述烯酰輔酶A還原酶選自ter、ydiO和fadE;以及

e)所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、CperfTE、fadM、LpTE、PA2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA,

并且其中由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生碳鏈長為至少14個碳的脂肪酸。

38.根據權利要求37所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自fadM、tesA、tesB和yciA,并且由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生十四碳或十五碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

39.根據權利要求37所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自AtTE、CpTE、CperfTE、fadM、Pa2801TE、tesA、tesB、ybfF、ybgC和yciA,并且由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生十六碳或十七碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

40.根據權利要求37所述的經遺傳修飾生物體,其中所述硫酯酶選自AtTE、fadM、tesA、tesB、ybfF、ybgC、yciA,并且由所述多核苷酸編碼的所述蛋白質能夠產生十六碳或十七碳的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

41.根據權利要求1或權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中所述生物體能夠將乙酰輔酶A用作引物,將丙二酰輔酶A用作延伸分子,產生具有選自4、6、8、10、12、14、16、18和20的碳鏈長度的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

42.根據權利要求1或權利要求20所述的經遺傳修飾生物體,其中所述生物體能夠將丙酰輔酶A用作引物,將丙二酰輔酶A用作延伸分子,產生具有選自5、7、9、11、13、15、17、19和21的碳鏈長度的脂肪酸或脂肪酸衍生產物。

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