專利名稱：衣原體抗原的制作方法
衣原體抗原
關(guān)于聯(lián)邦政府資助研究的聲明
本發(fā)明在美國國立衛(wèi)生研究院提供的基金AI039558的政府支持下完成。政府對 本專利具有某些權(quán)利。
背景技術(shù)：
沙眼衣原體(Chlamydiatrachomatis)是克隆和感染眼殖表面的一種細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌病 原體。沙眼衣原體的眼部感染引起沙眼，沙眼是導(dǎo)致結(jié)疤和失明的慢性濾泡性結(jié)膜炎。 世界衛(wèi)生組織(WHO)估計(jì)全世界有3-5億人被沙眼折磨(Resnikoffet al.，Bull.WH082 844-851，2004)，使它成為傳染性可預(yù)防失明的最普遍的形式(Whitcher et al.，Bull. WHO 79 214-221，2001)。在發(fā)展中國家和工業(yè)化國家中(WHO，Global Prevalence and Incidence of SelectedCurable Sexually Transmitted Infections Overview and Estimates, WHO, Geneva, 2001)泌尿生殖器的感染是細(xì)菌性性傳播疾病的主要原因(Division of STD Prevention, Sexually Transmitted DiseaseSurveillance 1997, Centers Dis.Cont.Prev.， Atlanta, 1998)。而且，性傳播疾病是 HIV 傳播(Plummer et al.，J.Infect.Dis.163 233-239，1991)，不育(Westrom et al.，Sex.Trans.Dis.19 185-192，1991)和人乳頭狀瘤 病毒誘導(dǎo)的宮頸瘤(Anttila etal.，J.Am.Med.Assoc.285 47-51，2001)的危險(xiǎn)因素。
由于所有上述原因，沙眼衣原體感染的控制是一項(xiàng)重要的公共衛(wèi)生目標(biāo)。發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的特征是沙眼衣原體抗原，和該抗原的治療用途。本發(fā)明的抗原可以用 于治療或預(yù)防受試者中的沙眼感染。
第一個(gè)方面，本發(fā)明提供了一種包含與SEQ ID NO: 1基本上相同的序列的分離 的CT144多肽，或其片段，與在相同的檢測中無免疫原性肽(non-immunogenic peptide) (例如在相同的檢測中引起IFN-Y的最低可測量值的肽)引發(fā)的干擾素、產(chǎn)生水平相 比，它引起T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、、 50、60、70、80、90、100、200或500倍的增加。理想的CT144片段具有至少7個(gè)氨基 酸和/或引發(fā)CD4+T細(xì)胞應(yīng)答。
本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是分離的CT144多肽的片段，它(1)包括CT144 多肽的氨基酸序列67-86 (AQGKLIVTNPKSDISFGGRV ； SEQ ID NO 2)或氨基酸序列 77-96 (KSDISFGGRVNLADNTVNYS ； SEQ ID NO 3)，(2)在 SEQID No 2 或 3 的 N-和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸，(3)長度小于觀0、270、260, 250、240, 230、 220、 210、 200、 190、 180、 170、 160、 150、 140、 130、 120、 110、 100、 90、 80、70、60、50、40、35、30、25、或20個(gè)氨基酸，且與在相同的檢測中無免疫原 性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、 7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明的相關(guān)實(shí)施例是CT144多肽的分離的片段，它⑴包括SEQ ID NO: 2或3的序列；(2)在SEQ ID NO : 2或3序列的N_和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸； ⑶長度小于280個(gè)氨基酸；(4)包含在SEQ ID NO 2或3的序列中的一個(gè)或多個(gè)，優(yōu) 選地1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個(gè)保守的氨基酸取代；和(5)與在相同的檢測 中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素、產(chǎn)生的水平相比，引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素、產(chǎn)生至 少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增 加。
一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 2或3序列的CT144多肽的分離的片段， 與在相同的檢測中無免疫原性的肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群 干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、 200、或500倍增加。
本發(fā)明進(jìn)一步的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 2或3序列的CT144多肽的分離的片 段，其在該多肽的N-和/或C-端去除1、2、3、4、5或6個(gè)氨基酸，與在相同的檢測中 無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、 4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施例是CT144多肽的分離的片段，(1)包含SEQIDNO: 2或3 的序列，(2)包含一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選地1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個(gè)保守的氨基 酸取代，且(3)與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素γ產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T 淋巴細(xì)胞群干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、 90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明進(jìn)一步提供一種CT242多肽(SEQ ID No: 4)的分離的片段，它 (1)包含CTM2多肽的氨基酸109-117 (YQILNQSNL ； SEQID NO 幻或氨基酸 112-120 (LNQSNLKRM ； SEQ ID NO 6) ； (2)少于 170、160、150、140、130、120、 110、100、90、80、70、60、50、40、30、25、20、15、或 10 個(gè)氨基酸；且(3)與在 相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500倍增加。理想的CT242片段具有至少7個(gè)氨基酸和/或引發(fā)CD8+T細(xì)胞應(yīng)答。
本發(fā)明一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是CT242多肽的分離的片段(1)包含SEQ ID NO 5或6的序列；(2)在SEQ ID NO : 5或6序列的N_和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨 基酸；(3)長度小于170個(gè)氨基酸；且(4)與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素 Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、 30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明的相關(guān)實(shí)施例是CT242多肽的分離的片段，它⑴包含SEQ ID NO: 5或 6的序列；(2)在SEQ ID NO : 5或6序列的N_和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸； ⑶長度小于170個(gè)氨基酸；(4)包含在SEQ ID NO : 7、8、或9的序列中1個(gè)或多個(gè)， 優(yōu)選地1、2、3、4、或5個(gè)保守的氨基酸取代；且(4)與在相同的檢測中無免疫原性肽 引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、 7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 5或6序列的CT242多肽的分離的片段， 與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、 200、或500倍增加。
本發(fā)明進(jìn)一步的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 5或6序列的CT242多肽的分離的片 段，該片段是在該多肽的N-和/或C-端去除1個(gè)或2個(gè)氨基酸，與在相同的檢測中無 免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、 4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施例是CT242多肽的分離的片段，(1)具有SEQIDNO: 5或6 的序列，( 包含一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選地1、2、3、4、或5個(gè)保守的氨基酸取代，與在相同 的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn) 生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明進(jìn)一步提供CT812多肽6EQIDN0: 7)的分離的片段，它(1)包含 CT812 多肽的氨基酸 103-111 (FSVTNPVVF ； SEQ ID NO 8)，(2)少于 770、760、750、740、730、720、710、700、690、680、670、660、650、640、630、620、610、600、590、580、570、560、550、540、530、520、510、500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、 80、 70、60、50、 40、 30、.25、20、15、或10個(gè)氨基酸，且(3)與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā) T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、 80、90、100、200、或500倍增加。理想地，CT812片段具有至少7個(gè)氨基酸和/或引 發(fā)CD8+T細(xì)胞應(yīng)答。
本發(fā)明一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是CT812多肽的分離的片段(1)包含SEQ ID NO: 8的序列；(2)在SEQ ID NO 8序列的N_和/或C_端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸；(3) 長度小于770個(gè)氨基酸；且(4)與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水 平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、 50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明一個(gè)相關(guān)的實(shí)施例是CT812多肽的分離的片段，它⑴包含SEQ ID NO 8的序列；(2)在SEQ ID NO 8序列的N_和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸；(3) 長度小于770個(gè)氨基酸；(4)包含在SEQ ID NO : 8的序列中一個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選地1、2、 3、4、或5個(gè)保守的氨基酸取代；且(5)與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素 Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、 30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 8的序列的CT812多肽的分離的片段 與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群 干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、 200、或500倍增加。
本發(fā)明進(jìn)一步的實(shí)施例是具有SEQ ID NO 8的序列的CT812多肽的分離的片 段，該片段是在該多肽的N-和/或C-端去除1或2個(gè)氨基酸，與在相同的檢測中無免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、 5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施例是具有SEQ ID NO 8的序列的CT812多肽的分離的片段， 包含1個(gè)或多個(gè)，優(yōu)選地1、2、3、4、或5個(gè)保守的氨基酸取代，與在相同的檢測中無 免疫原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，它引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、 4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
本發(fā)明另一方面是一個(gè)分離的融合蛋白，包含(1)本發(fā)明任何一個(gè)上述CT144 多肽或片段的序列，和(2)融合伴侶。
本發(fā)明進(jìn)一步提供一個(gè)融合蛋白，包含(1)本發(fā)明任何一個(gè)上述CT242多肽或 片段的序列，和O)融合伴侶。
本發(fā)明進(jìn)一步的特征是一個(gè)分離的融合蛋白，具有(1)本發(fā)明任何一個(gè)上述 CT812多肽或片段的序列，和(2)融合伴侶。
本發(fā)明進(jìn)一步提供包含任何一個(gè)上述本發(fā)明的多肽、片段、和融合蛋白以及藥 學(xué)上可接受的載體的藥物組合物。
本發(fā)明另外提供包含任何一個(gè)上述本發(fā)明的多肽、片段、和融合蛋白和藥學(xué)上 可接受的載體的疫苗。另外，本發(fā)明提供包含編碼任何一個(gè)上述本發(fā)明的多肽、片段、 和融合蛋白以及藥學(xué)上可接受的載體的多核苷酸序列的DNA疫苗。
在所有上述方面的優(yōu)選實(shí)施例中，本發(fā)明的多肽、多肽片段、融合蛋白、和疫 苗(例如蛋白和DNA疫苗)當(dāng)給予哺乳動(dòng)物時(shí)引發(fā)免疫應(yīng)答。理想地，當(dāng)給予人時(shí)，本 發(fā)明的多肽、多肽片段、融合蛋白和疫苗引發(fā)免疫應(yīng)答。
本發(fā)明進(jìn)一步提供一種通過給予對其有需要的受試者(例如具有或處于感染衣 原體的危險(xiǎn)中的受試者)治療有效量的任何一個(gè)上述本發(fā)明的多肽、片段、融合蛋白、 疫苗(例如，蛋白疫苗或DNA疫苗)以治療或預(yù)防細(xì)菌感染，優(yōu)選地衣原體感染的方 法。本方法的理想的實(shí)施例中，本發(fā)明的多肽、片段、融合蛋白、或疫苗(例如蛋白疫 苗或DNA疫苗)能夠在受試者中產(chǎn)生免疫應(yīng)答和/或在藥學(xué)上可接受的載體中給予。
定義
"CT144多肽”是指與SEQ ID NO 1的氨基酸序列基本上相同的多肽。理想 地，CT144多肽與SEQ ID NO 1的氨基酸序列至少80%、85%, 90%, 95%, 99%, 或甚至100%序列相同。理想地，與在相同的檢測中用無免疫原性肽(例如在相同的檢測 中引發(fā)IFN-Y最低可測量值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，CT144多 肽引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、 70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
“CT144多肽片段”或“CT144片段”是指具有少于280個(gè)氨基酸的CT144多肽 的片段。理想地，與在相同的檢測中用無免疫原性肽(例如在相同的檢測中引發(fā)IFN-Y 最低可測量值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，CT144片段引發(fā)T淋巴 細(xì)胞群干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、 100、200、或500倍增加。理想地，該片段具有少于270、260, 250、240, 230、220、 210、 200、 190、 180、 170、 160、 150、 140、 130、 120、 110、 100、 90、 80、 70、 60、 50、40、35、30、25、或20個(gè)氨基酸，且理想地，是免疫原性的。理想地，CT144片段包含SEQ ID NO: 2或3的序列，且具有少于280個(gè)氨基酸。優(yōu)選的CT144片段長度是 7-279 個(gè)氨基酸(例如長度 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 50、100、或150個(gè)氨基酸)。CT144片段可以包含在SEQIDNO 2或3的序列中一個(gè) 或多個(gè)保守的氨基酸取代。另外的理想CT144片段包含SEQIDNO: 2或3的序列，或包 含在SEQ ID NO 2或3的序列中一個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代，和/或在SEQ ID NO 2或3的序列的N-和/或C-端具有至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。另外地優(yōu)選的CT144片段包 含SEQID NO 2或3序列的7個(gè)或更多連續(xù)的氨基酸。
“CT242多肽”是指與SEQ IDNO 4氨基酸序列基本上相同的多肽。理想地， CT242多肽與SEQ IDNO 4氨基酸序列具有至少80%、85%, 90%, 95%, 99%,或甚 至100%的序列相同。理想地，與在相同的檢測中用無免疫原性肽(例如在相同的檢測中 引發(fā)IFN-Y最低可測量值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，CT242多 肽引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、 70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
"CT242多肽片段”或“CT242片段”是指具有少于170個(gè)氨基酸的CT242多 肽片段。理想地，與在相同的檢測中用無免疫原性肽(例如在相同的檢測中引發(fā)IFN-Y 最低可測量值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，CT242片段引發(fā)T淋巴 細(xì)胞群干擾素 Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、 100、200、或500倍增加。理想地，該片段長度小于160、150、140、130、120、110、 100、90、80、70、60、50、40、30、25、20、15、或 10 個(gè)氨基酸，且理想地，是免疫 原性的。優(yōu)選的CT242片段長度是7-169個(gè)氨基酸(例如長度7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、50、100、或 150 個(gè)氨基酸)。理想地，CT242 片段 包含SEQ ID NO: 5或6的序列，且具有少于170個(gè)氨基酸。CT242片段可以包含在SEQ ID NO 5或6的序列中一個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。另外地理想的CT242片段包含 SEQ IDNO 5或6的序列，或包含在SEQ IDNO 5或6的序列中一個(gè)或多個(gè)保守的氨 基酸取代，和/或在SEQ ID NO 5或6序列的N_和/或C-端上包含至少一個(gè)側(cè)翼氨 基酸。另外地優(yōu)選的CT242片段包含SEQ ID NO 5或6的序列的7個(gè)或更多的連續(xù)的 氨基酸。
"CT812多肽”是指與SEQ ID NO 7氨基酸序列基本上相同的多肽。理想地， CT812多肽與SEQ ID NO 7氨基酸序列具有至少80%、85%, 90%, 95%, 99%,或 甚至100%的相同。理想地，與在相同的檢測中用無免疫原性肽(例如在相同的檢測中 引發(fā)IFN-Y最低可測量值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，CT812多 肽引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、 70、80、90、100、200、或 500 倍增加。
“CT812多肽片段”或“CT812片段”是指具有少于770個(gè)氨基酸的CT812 多肽片段。優(yōu)選的CT812片段是長度7-769個(gè)氨基酸(例如長度為7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、50、100、或 150 個(gè)氨基酸)。理想地，與在相 同的檢測中用無免疫原性肽處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平(例如在相同的檢測中 引發(fā)IFN-Y最低可測量值的肽)相比，CT812片段引發(fā)T淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至 少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加。理想地，該片段少于760、750、740、730、,720、710、700、690、680、670、660、650、640、630、620、610、600、590、580、570、560、550、540、530、520、510、500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、 80、 70、 60、50、40、30、25、20、15、或10個(gè)氨基酸，且理想地，是免疫原性的。理想地，CT812片 段包含SEQ ID NO 8的序列，且具有少于770個(gè)氨基酸。CT812片段可以包含在SEQ ID NO 8的序列中一個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。另外地理想的CT812片段包含SEQ ID NO 8的序列，或包含在SEQ ID NO 8的序列中一個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代，和 /或在SEQ ID NO 8的序列的N-和/或C-端上包含至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。另外地優(yōu) 選的CT812片段包含SEQ ID NO 8序列的7個(gè)或更多的連續(xù)的氨基酸。
“基本上相同”是指與參照的氨基酸序列具有至少50%，理想地60%、70%, 75%,或80%，更理想地85%、90%,或95%、且最理想地99%氨基酸序列相同的多 肽。比較序列的長度一般至少10個(gè)氨基酸，理想地，至少15個(gè)連續(xù)氨基酸，更理想地 至少20、25、50、75、90、100、150、200、250、300、或350個(gè)連續(xù)氨基酸，和最理想 地全長氨基酸序列。
用序列分析軟件在默認(rèn)設(shè)置下可以測量序列一致性(例如，kquence Analysis Software Package of the Genetics Computer Group, University of Wisconsin Biotechnology Center, 1710 UniversityAvenue, Madison, WI 53705)。該軟件通過對各種取代、缺失、和其它修飾設(shè)定相似度以匹配相似的序列。
也可以用Clustal W(1.4)程序(由德國的歐洲分子生物實(shí)驗(yàn)室的Julie D.Thompson 和Toby Gibson以及英國劍橋大學(xué)的歐洲生物信息學(xué)院(European Bioinformatics Institute, Cambridge)的DesmondHiggins創(chuàng)建)比較多個(gè)序列，通過將配對比較模式設(shè)定為“慢”，該配對比較參數(shù)包括10.0的空格罰分(open gap penalty)和0.1的空格擴(kuò)展罰分 (extend gap penalty),以及設(shè)定相似度矩陣為“模塊替換矩陣(blosum) ”。另夕卜，多重 比較參數(shù)可以包括10.0的空格罰分，0.1的空格擴(kuò)展罰分，和設(shè)定相似度矩陣為“模塊替 換矩陣(blosum)”，延遲差異Oielaydivergent)達(dá)40%，且空格距離達(dá)到8。
如本文中使用的“保守的氨基酸取代”是指在氨基酸序列中將一個(gè)氨基酸置換 為與它們側(cè)鏈的化學(xué)性質(zhì)相關(guān)的氨基酸家族中的另一個(gè)氨基酸?；蚓幋a的氨基酸可以 分為4個(gè)家族酸性(天冬氨酸、谷氨酸)；堿性(賴氨酸、精氨酸、組氨酸)；非極性 (丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)和無電 荷極性(甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸)。苯丙氨 酸、色氨酸、和酪氨酸有時(shí)歸為芳香族氨基酸類。以類似的方式，氨基酸也可以分成如 下的組酸性(天冬氨酸、谷氨酸)；堿性(賴氨酸、精氨酸、組氨酸)；脂肪族(甘氨 酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、絲氨酸、蘇氨酸)，其中絲氨酸和蘇氨酸選擇 性地分別歸為脂肪族-羥基組中；芳香族(苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸)；酰胺(天冬酰 胺、谷氨酰胺)；和含硫的(半胱氨酸、甲硫氨酸)。
氨基酸序列中的改變是否導(dǎo)致功能的相似性可以使用如本文中描述的檢測方法 這樣的標(biāo)準(zhǔn)方法通過評估改變的肽的以類似于野生型蛋白的方式發(fā)揮功能的能力而測定。例如沙眼衣原體特異性的CD4+或CD8+細(xì)胞可以用于測定特異性的沙眼衣原體多肽 或其片段是否免疫原性的。本發(fā)明理想的實(shí)施例包括在SEQ ID NO: 2、3、5、6、或8 的氨基酸序列中至少一個(gè)保守的氨基酸取代；且更理想地在SEQ ID NO: 2或3的序列中 有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個(gè)保守的氨基酸取代；且在SEQ ID NO 5、6、 或8的序列中有1、2、3、4、或5個(gè)保守的氨基酸取代。
“側(cè)翼氨基酸”是指緊鄰特別指定序列的N-或C-端的多肽序列中的氨基酸。 理想地，側(cè)翼氨基酸存在于SEQ ID NO 2、3、5、6、或8的氨基酸序列的N_和/或 C-端。對于SEQ ID NO: 2或3的序列，側(cè)翼氨基酸可以包含1個(gè)或多個(gè)在SEQ ID NO 1的序列中存在的天然相鄰的氨基酸。對于SEQ ID NO: 5或6的序列，側(cè)翼氨基 酸可以包含1個(gè)或多個(gè)在SEQ ID NO 4的序列中存在的天然相鄰的氨基酸。對于SEQ ID NO 8的序列，側(cè)翼氨基酸可以包含1個(gè)或多個(gè)在SEQ ID NO 7的序列中存在的天 然相鄰的氨基酸。
本文中使用的“融合蛋白”是指一種多肽，該多肽包含(1)CT144多肽的片段、 CTM2多肽的片段、或CT812多肽的片段；和⑵融合伴侶。
本文中使用的“融合伴侶”是指可以與本發(fā)明的CT144多肽片段、CT242多 肽片段、或CT812多肽片段融合的異源序列。理想地，融合伴侶向CT144多肽片段、 CT242多肽片段、或CT812多肽片段提供了新的功能或活性。本文中描述了融合伴侶的 實(shí)例，且包含融合伴侶的實(shí)例包括檢測標(biāo)記、DNA結(jié)合域、基因活化域、穩(wěn)定域、或有 助于該蛋白的生產(chǎn)或純化的序列。
本文中使用的“免疫應(yīng)答”是指應(yīng)答于抗原或傳染源，生物體的免疫系統(tǒng)的活 化。在脊椎動(dòng)物中，這可以包括但不限于下述的一種或多種初始B細(xì)胞成熟成為記憶 B細(xì)胞、漿細(xì)胞(效應(yīng)B細(xì)胞)產(chǎn)生抗體；細(xì)胞介導(dǎo)的免疫的誘導(dǎo)；CD4+T細(xì)胞的激活 和釋放細(xì)胞因子；CD8+T細(xì)胞的激活和釋放細(xì)胞因子；吞噬細(xì)胞(例如巨噬細(xì)胞、嗜中 性粒細(xì)胞、嗜酸粒細(xì)胞)的細(xì)胞因子聚集和激活；和/或補(bǔ)體的激活。
“免疫原性”是指能夠在受試者中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的任何物質(zhì)。
“無抗原性”是指在實(shí)施例中在所述的T淋巴細(xì)胞檢測中與其它測試的肽相比 引發(fā)干擾素Y產(chǎn)生最低水平的任何肽。無抗原性肽可以是人的肽或沙眼衣原體的肽。
“藥學(xué)上可接受的鹽”是指在制藥工業(yè)中使用的任何無毒酸加成鹽或金屬復(fù)合 物。酸加成鹽的實(shí)例包括例如乙酸、乳酸、撲酸、馬來酸、檸檬酸、蘋果酸、抗壞血 酸、琥珀酸、安息香酸、棕櫚酸、辛二酸、水楊酸、酒石酸、甲磺酸、甲苯磺酸、或三 氟乙酸等有機(jī)酸；例如鞣酸、羧甲基纖維素等聚合酸；和例如鹽酸、氫溴酸、硫酸、磷 酸等無機(jī)酸。金屬復(fù)合物包括鋅、鐵等等。
“藥學(xué)上可接受的載體”是指用于溶解試劑和向受試者輸送試劑的任何溶液。 理想的藥學(xué)上可接受的載體是鹽。在理想的實(shí)施例中，藥學(xué)上可接受的載體包括佐劑。 示例的佐劑在本文中描述。其它生理上可接受的載體和它們的配方對于本領(lǐng)域技術(shù)人員 是已知的并例如在 Remington，s Pharmaceutical Sciences, (19th edition), ed.A.Gennaro, 1995, Mack Publishing Company, Easton, PA.中描述的。
“分離的”是指與天然伴隨它的成分分離的蛋白(或其片段)。一般地，當(dāng)至少 60%重量不包含與它天然相關(guān)的蛋白和天然出現(xiàn)的有機(jī)分子時(shí)該多肽基本上是分離的。該定義也擴(kuò)展到與它的側(cè)翼氨基酸(例如對于氨基酸序列，分離的是指不包含在多肽中 與該序列天然相關(guān)的側(cè)翼氨基酸的序列)分離的多肽。優(yōu)選地，該多肽至少75%，更優(yōu) 選地至少90%，且最優(yōu)選地至少99%重量是分離的。通過標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)例如通過從天然來 源提取(例如從用沙眼衣原體感染的細(xì)胞純化)，通過編碼CT144，CT242,或CT812多 肽片段的重組核酸的表達(dá)，或通過化學(xué)合成該多肽可以得到分離的多肽。用任何適宜的 方法例如通過柱層析，聚丙烯酰胺凝膠電泳，或HPLC分析可以測定純度。
“治療有效量”是指在受試者中要求產(chǎn)生一種或多種如下效果的免疫原性的化 合物(例如多肽、片段、融合蛋白、或疫苗)的量免疫應(yīng)答、衣原體感染程度降低(例 如，降低至少5%、10%, 20%或30%;更理想地40%、50%, 60%,或70%，且最理 想地80%或90%)；或?qū)π碌囊略w感染抵抗力增加(例如至少增加5%、10%, 20%, 30%, 40%,或50%;更理想地60%、70%, 80%,或90 % ；或最理想地100%、 200%,或 300% )。


圖1是CT144多肽的完整氨基酸序列(SEQ ID NO 1) NP_219647)。
圖1是CT242多肽的完整氨基酸序列6EQ ID NO 4) NP_219747)。
圖3-1至圖3-2是CT812多肽的完整氨基酸序列6EQ ID NO 號 NP_220332)。
具體實(shí)施方式
以前試圖開發(fā)衣原體疫苗沒有成功(Cotter etal.，Infect.Immun.63 4704-4714， 1995) (Paletal., Vaccine 17 459-465, 1999) (Pal etal., Infect.Immun.65 3361-3369, 1997) (Su et al., Vaccine 13 1023-1032, 1995) (Taylor et al.，Invest.Ophthalmol.Vis. Sci.29 1847-1853，1988) (Zhang et al.，J.Infect.Dis.176 1035-1040，1997)。亞基疫 苗有能夠控制許多重要人類病原體的潛力，因此它對傳統(tǒng)的疫苗接種策略具有很大的抵 抗。
沙眼衣原體是人病原體，盡管它對人類社會(huì)是很大的負(fù)擔(dān)，對抗它的保護(hù)性疫 苗還沒有開發(fā)出來。在美國它是性傳播疾病的最常見的細(xì)菌原因。沙眼衣原體引起的女 性生殖道內(nèi)的慢性炎癥可以導(dǎo)致嚴(yán)重的病理例如盆腔炎和異位妊娠。沙眼衣原體也是世 界范圍內(nèi)可預(yù)防性失明的最常見的原因，估計(jì)目前有1-1.5百萬人由該病導(dǎo)致失明。
用傳統(tǒng)的疫苗學(xué)的方法不能產(chǎn)生抗沙眼衣原體病原體的成功疫苗，因?yàn)橛脷⑺?的細(xì)菌免疫導(dǎo)致與疾病相關(guān)的病理學(xué)嚴(yán)重性的增加且控制該細(xì)菌的基因系統(tǒng)的缺失阻止 了減毒的沙眼衣原體毒株的開發(fā)。其中使用沙眼衣原體特異性蛋白引起免疫應(yīng)答的亞基 疫苗具有克服這些障礙得到成功的疫苗的潛力，其是通過引發(fā)對保護(hù)性抗原的應(yīng)答同時(shí) 避免與整個(gè)生物體免疫相關(guān)的病理應(yīng)答。為了制備成功的沙眼衣原體亞基疫苗，必須識 別引起保護(hù)性免疫應(yīng)答的沙眼衣原體蛋白質(zhì)組中的蛋白。本文中我們報(bào)道了識別在沙眼 衣原體感染期間引起CD8+和CD4+T細(xì)胞應(yīng)答的新的沙眼衣原體蛋白。(Genebank 編號 (Genebank 編號 7) (Genebank 編
利用沙眼衣原體特異性CD4+或CD8+T細(xì)胞，和沙眼衣原體血清變型(serovar) D 的基因組序列表達(dá)文庫在檢測中識別本發(fā)明的免疫原性的衣原體肽。該檢測詳細(xì)描述和 它的組成在下文中提供。
本發(fā)明的特征是CT144、CT242,和CT812多肽、多肽片段、和融合蛋白。本 發(fā)明進(jìn)一步的特征是組合物、疫苗(例如DNA疫苗)、和包含CT144、CT242、或CT812 多肽、多肽片段、或融合蛋白(或編碼本發(fā)明多肽，多肽片段，或融合蛋白的多核苷酸 序列)的試劑盒。
將側(cè)翼氨基酸加入特異蛋白序列的氨基或羧基端的方法在本領(lǐng)域中是共知的。 加入的側(cè)翼氨基酸可以是在天然出現(xiàn)的多肽的全長序列(例如對于CT144片段，鄰近序 列在SEQ ID NO 1序列中；對于CT242片段，鄰近序列在SEQ ID NO 4序列中；且 對于CT812片段，鄰近序列在SEQ ID NO 7序列中)中存在的天然鄰近(鄰接)的序 列，或可以包含任何其它氨基酸序列。
另外，本發(fā)明也提供一種融合蛋白，包含⑴本發(fā)明的任何CT144、CT242、或 CT812多肽或多肽片段，和O)融合伴侶。融合伴侶是可以為本發(fā)明的片段提供另外的 功能或活性的異源蛋白序列。例如，融合伴侶可以被直接或間接檢測(例如綠熒光蛋白 (GFP)、紅血球凝聚素、或堿性磷酸酶)，提供DNA結(jié)合域(例如GAL4或LexA)，提供 基因活化域(例如GAL4或VP16)，穩(wěn)定該多肽，或促進(jìn)其生產(chǎn)或純化(例如His6、myc 標(biāo)簽、鏈親和素、^[INFEKL抗原決定簇6EQ IDNO 9)、或分泌信號)。
融合伴侶也可以包含提供免疫刺激物功能的序列，實(shí)例包括白細(xì)胞介素-2(Fan etal.，Acta Biochim.Biophys.Sin.38 683-690, 2006),免疫球蛋白(例如 IgG，IgM, IgE,或 IgA)，Toll 樣受體-5 鞭毛蛋白(Huleatt et al.，Vaccine 8 763-775，2007)， 猿免疫缺陷病毒Tat (Chen etal.，Vaccine 24 708-715，2006)，或C族鏈球菌的纖維蛋 白原-白蛋白-IgG 受體 Mchulze et al.，Vaccine 23 1408-1413，2005)。另夕卜，可以 加入融合伴侶序列以增加溶解度或增加半衰期，例如親水性氨基酸殘基(Murby etal.， Eur.J.Biochem.230 38-44, 1995)，糖基化的序列 Sinclair and Elliott，J.Pharm.Sci.94 1626-1635, 2005)，或人絨毛膜促性腺激素或促血小板生成素的羧基末端(Lee et al.， Biochem.Biophys.Res.Comm.339 380-385，2006)。加入這些側(cè)翼序列的方法在本領(lǐng)域 中是已知的并進(jìn)一步在本文中描述。
另外，向多肽序列中引入保守的氨基酸取代的方法在本領(lǐng)域中也是已知的。 SEQ ID NO 2、3、5、6、和8的序列中的氨基酸可以用具有相似化學(xué)特征的其它氨基酸 取代。例如，一個(gè)保守的取代是用一個(gè)酸性氨基酸取代另一個(gè)(例如天冬氨酸取代谷氨 酸，或相反)。另一個(gè)實(shí)施例是用一個(gè)堿性氨基酸取代另一個(gè)(賴氨酸取代組氨酸，或相 反)。
從多肽序列的氨基和/或羧基末端除去氨基酸的方法在本領(lǐng)域中也是已知的。 理想地從SEQ ID NO: 2、3、5、6、或8的蛋白片段的氨基和/或羧基末端除去氨基酸。
用如以下實(shí)施例中所述的標(biāo)準(zhǔn)方法可以檢測本文公開的特異性的多肽、多肽片 段、或融合蛋白的免疫原性。
CT144、CT242,和CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白的表達(dá)
通過在適宜的表達(dá)載體中用編碼多肽片段或融合蛋白的多核苷酸分子轉(zhuǎn)化適宜的宿主細(xì)胞，可以生產(chǎn)本發(fā)明的CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白。
在分子生物學(xué)領(lǐng)域中的技術(shù)人員會(huì)理解多種的任何表達(dá)系統(tǒng)可以用于提供本 文中公開的CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白。使用的確切的 宿主細(xì)胞對于本發(fā)明不是關(guān)鍵的。該CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段， 或融合蛋白可以在原核宿主(例如大腸桿菌)中或在真核宿主(例如啤酒酵母，昆蟲 細(xì)胞例如Sf21細(xì)胞這樣，或哺乳動(dòng)物細(xì)胞例如NIH 3T3，HeLa或優(yōu)選地COS細(xì)胞這 樣)中生產(chǎn)。這樣的細(xì)胞可以從廣泛的來源得到(例如位于馬納薩斯的美國典型培養(yǎng) 物保藏中心(the AmericanType Culture Collection, Manassas, VA))。轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的 方法和表達(dá)載體的選擇將依賴于選擇的宿主系統(tǒng)。例如在Kucherlapati et al. (CRC Crit. Rev.Biochem.16 349-379, 1982)中禾Π 在 DNA Transfer toCultured Cells (eds.，Ravid and Freshney, Wiley-Liss, 1998)中描述轉(zhuǎn)化和轉(zhuǎn)染的方法；且可以從例如Vectors Expression Systems Essential Techniques (ed.，Jones, Wiley & Sons Ltd.， 1998)中提供的 那些中選擇表達(dá)載體。
—旦表達(dá)重組的多肽、多肽片段、或融合蛋白可以使用例如親和層析來分離 它。在一個(gè)實(shí)施例中，針對CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白 產(chǎn)生的抗體可以連接到柱子上并用于分離重組的多肽、多肽片段、或融合蛋白。親和層 析之前含有多肽、多肽片段、或融合蛋白的細(xì)胞的裂解和分離可以用標(biāo)準(zhǔn)方法完成(參 見例如 Methods in Enzymology， volume 182, eds.， Abelson, Simon, and Deutscher, Elsevier, 1990)。
一旦分離，如果需要，重組的CT144、CT242,和CT812多肽，多肽片段或融合 蛋白可以進(jìn)一步純化，例如通過高效液相色譜(參見例如Fisher，Laboratory Techniques in Biochemistry and MolecularBiology, eds., Work and Burdon, Elsevier, 1980 ；禾口 Scopes， ProteinPurification Principles and Practice, Third Edition, ed., Cantor, Springer,1994)。
也可以通過化學(xué)合成生產(chǎn)CT144、CT242,和CT812多肽，多肽片段，或融合 蛋白(例如，通過 Solid Phase Peptide Synthesis，2nded.，1984，The Pierce Chemical Co., Rockford, IL ；禾口 Solid-PhaseSynthesis A Practical Guide, ed., Kates and Albericio, Marcel DekkerInc., 2000 中所述方法)。
為了生產(chǎn)表達(dá)本文中所述多肽的穩(wěn)定細(xì)胞系，PCR擴(kuò)增的編碼任何本發(fā)明的 CT144、CT242,或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白的核酸可以克隆進(jìn)哺乳動(dòng)物表達(dá) 載體的衍生物的限制性位點(diǎn)。例如，pcDNA3(Invitrogen，Carlsbad, CA)的衍生物KA含 有編碼流感病毒紅血球凝聚素(HA)的DNA片段。可替代地，可以使用編碼例如c-myc 或聚組氨酸標(biāo)簽這樣的其它標(biāo)簽的載體衍生物。
疫苗的生產(chǎn)
本發(fā)明也提供包含本發(fā)明的CT144、CT242,或CT812多肽，多肽片段，或融合 蛋白的疫苗組合物。本發(fā)明也提供包含編碼本發(fā)明的CT144、CT242,或CT812多肽， 多肽片段，或融合蛋白的多核苷酸序列的DNA疫苗。與在相同的檢測中用無抗原性肽 (例如在相同的檢測中引起IFN-Y最低可檢測數(shù)值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，優(yōu)選的用于疫苗組合物的多肽、多肽片段、或融合蛋白引起T淋巴細(xì)胞群 干擾素-Y 產(chǎn)生至少 3、4、5、6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、 200、或500倍增加。同樣地，用于DNA疫苗的優(yōu)選的多核苷酸序列包含編碼與在相同 的檢測中用無抗原性肽(例如在相同的檢測中引起IFN-Y最低可檢測數(shù)值的肽)處理的 T淋巴細(xì)胞干擾素Y產(chǎn)生水平相比，引起T淋巴細(xì)胞群干擾素-Y產(chǎn)生至少3、4、5、 6、7、8、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、或 500 倍增加的本發(fā)明的 CT144、CTM2、或CT812多肽，多肽片段或融合蛋白的多核苷酸序列。本發(fā)明進(jìn)一步 包括在受試者特別是人中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的方法，該方法包括為了誘導(dǎo)免疫應(yīng)答以預(yù)防或 保護(hù)受試者免受感染，理想地是細(xì)菌感染，且最理想地是沙眼衣原體感染的目的，在適 宜的載體中用本文公開的CT144、CT242,或CT812多肽，多肽片段或融合蛋白，或包含 編碼本文公開的CT144、CT242,或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白的多核苷酸序列 的DNA疫苗接種受試者。免疫組合物(例如DNA疫苗)的給予可以在已經(jīng)經(jīng)歷感染的 受試者中治療性使用或?yàn)榱祟A(yù)防感染預(yù)防性使用。另外，上述疫苗也可以給予受試者以 產(chǎn)生多克隆抗體(用標(biāo)準(zhǔn)方法從血清中純化或分離)，它可以用于被動(dòng)免疫受試者。這些 多克隆抗體也可以用作免疫化學(xué)試劑。
制備包含免疫原性多肽的疫苗對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是已知的。本發(fā)明的 CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白可以當(dāng)作抗原用于接種。為了 在受試者中誘導(dǎo)包括產(chǎn)生抗體，或特別地CD4+和/或CD8+T細(xì)胞應(yīng)答的免疫應(yīng)答，本 文中所述的以蛋白為基礎(chǔ)的疫苗和編碼本發(fā)明的多肽、多肽片段、或融合蛋白的DNA疫 苗可以給予受試者。
以蛋白為基礎(chǔ)的疫苗通常在生理上可接受的稀釋載體例如水、磷酸緩沖鹽溶 液(PBS)、醋酸緩沖鹽溶液(ABS)、Ringer' s溶液等等中從純化的重組的本發(fā)明的 CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白制備從而形成含水組合物。稀 釋載體也可以包括油質(zhì)物質(zhì)例如角鯊?fù)?，或如下討論的角鯊烯?br> 疫苗抗原通常與藥學(xué)上可接受的載體結(jié)合，該載體包括不包含產(chǎn)生對接受載體 的受試者有害的抗體的任何載體。適宜的載體一般含有緩慢代謝的大量的大分子，例 如，蛋白、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、聚合氨基酸、氨基酸共聚物、脂聚集體、和失活 的病毒顆粒。這樣的載體對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是熟知的。這些載體也可以作為佐劑起作用。
本發(fā)明的CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白可以與藥學(xué)上 可接受的并與免疫原性的多肽、多肽片段、或融合蛋白相容的賦形劑混合。適宜的賦形 劑是例如水、鹽、葡萄糖、甘油、乙醇等等及其組合。另外，如果需要，疫苗可以包含 少量的增強(qiáng)該組合物免疫原性效果的輔助物質(zhì)例如潤濕劑或乳化劑、或pH緩沖劑。
有利地以蛋白為基礎(chǔ)的疫苗也包含佐劑。本發(fā)明疫苗適宜的佐劑包括能夠增強(qiáng) B細(xì)胞和/或T細(xì)胞對本發(fā)明的免疫原性多肽或片段的應(yīng)答(例如CD4+和/或CD8+T細(xì) 胞應(yīng)答)的那些佐劑。本領(lǐng)域中佐劑是熟知的(參見，例如Vaccine Design-The Subunit andAdjuvant Approach, 1995, Pharmaceutical Biotechnology, Volume 6, Eds.Powell and Newman, Plenum Press, New York and London)。
與本發(fā)明的免疫原使用的優(yōu)選的佐劑包括鋁或鈣鹽(例如氫氧化物或磷酸鹽)。理想的佐劑是氫氧化鋁膠體例如Alhydrogel 。對于氫氧化鋁膠體(明礬)，免疫原 性多肽片段或融合蛋白與佐劑混合從而使每劑量含有50-800 μ g的鋁，且優(yōu)選地含有 400-600 μ g0
與本發(fā)明的免疫原性的多肽、多肽片段、或融合蛋白使用的另一種佐劑是乳 劑。乳劑可以是水包油乳劑或油包水乳劑。除了免疫原性多肽、多肽片段、或融合蛋 白，已知這樣的乳液包含角鯊烯、角鯊?fù)榈鹊鹊挠拖嗪头稚?。非離子型分散劑是優(yōu)選 的且這樣的物質(zhì)包括山梨聚糖的單和二-C12-C24-脂肪酸酯和例如山梨聚糖單硬脂酸酯， 山梨聚糖單油酸酯和二縮甘露醇單油酸酯這樣的二縮甘露醇。包含免疫原的乳液作為乳 液給予。
理想地，這樣的乳液是包含角鯊烯和二縮甘露醇單油酸(AriaCelTMA)，可選擇 地包含角鯊?fù)榈挠桶橐海妹庖咴缘亩嚯钠位蛉诤系鞍自谒嘀腥榛?。這樣的 乳化劑已知的實(shí)例包括 Montanide ISA-720 和 Montanide ISA-703 (Seppic, Castres, France),它們每一種被認(rèn)為包含角鯊烯和角鯊?fù)?，在每一種中角鯊烯占主導(dǎo)，但是在 Montanide ISA-703中含量較少。理想地，使用Montanide ISA-720，且使用油對水 7 3 (w/w)的比例。另外的優(yōu)選的水包油乳液佐劑包括WO 95/17210和EP 0399842中 揭示的那些，通過引用結(jié)合于此。
本文中也考慮使用小分子的佐劑。本文中有用的一類小分子佐劑是美國專利 No: 4,539,205 ； 4,643,992 ； 5,011,828 ；和 5,093,318 中所述的 7-取代-8-氧代-或 8-硫 代-鳥苷衍生物；通過引用結(jié)合于此。這些物質(zhì)中，7-烯丙基-8-氧代鳥苷(洛索立賓) 是特別優(yōu)選的。洛索立賓顯示在誘導(dǎo)免疫原特異性應(yīng)答方面特別有效。
另外的有用的佐劑包括從Corixa Corp.可以得到的單磷酰脂A (MPL)(參見 美國專利 No.4,987,237)，從 Coley PharmaceuticalGroup 可以得到的 CPG，從 Aquila Biopharmaceuticals, Inc.可以得到的 QS21，從 SmithKline Beecham 可以得到的 SBAS2， 美國專利No.4,767,842中所謂的胞壁?；念愃莆?muramyl dipeptideanalogues)，和從 Chiron Corp.可以得到的MF59(參見美國專利NOS 5,709,879和6,086,901)。進(jìn)一步的 佐劑包括從南美樹QuillajaSaponariaMolina的樹皮得到的活性的皂角苷組分(例如Quil A)。Quil A的衍生物，例如QS21(Quil A的HPLC純化的組分衍生物)，且它的生產(chǎn) 的方法在美國專利No.5,057,M0中公開。除了 QMl (稱作QA21)，也公開了例如QA17 這樣的其它組分。
3-脫-氧-?；膯瘟柞Ｖ珹是共知的由Ribi Immunochem生產(chǎn)的佐劑。在 2%角鯊烯/吐溫 80乳液中，該佐劑包含從細(xì)菌中提取的3個(gè)組分單磷酰脂(MPL) A，海藻糖二霉菌酸酯(TDM)，和細(xì)胞壁骨架(CWS)。通過GB 2122204B中教授的方 法可以制備該佐劑。一個(gè)優(yōu)選的3-脫-氧-酰化的單磷酰脂A的形式是包含直徑小于 0.2 μ m的小粒徑乳液的形式(EP 0689454 Bi)。
胞壁二肽佐劑包括N-乙酰-胞壁酰-L-蘇氨酰-D-異谷氨酰胺(thr-MDP ；美國 專利No.4,606,918)，N-乙酰-去甲-胞壁酰_L_丙氨酰_D_異谷氨酰胺(CGP 11637，稱 作去甲-MDP)，和N-乙酰-胞壁酰-L-丙氨酰-D-異谷氨酰胺酰-L-丙氨酸-2-(1’， 2’ - 二棕櫚酰in-甘油基-3-羥基磷酰氧基)-乙胺(CGP) 1983A，稱作MTP-PE。
理想的佐劑混合物包括3D-MPL和QS21 (EP0671948 Bi)，包含3D-MPL和QS21 (WO 95/17210, PCT/EP98/05714)水包油乳劑，與其它載體(EP 0689454 B1) —起 配制的3D-MPL，在包含膽固醇的脂質(zhì)體中配制的QS21 (WO 96/33739)或免疫刺激物寡 核苷酸(WO 96/02555)的組合?？商娲淖魟┌╓O 99/52549中所述的那些，和聚 氧乙烯醚的無微粒懸浮液(英國專利申請No.9807805.8)。以佐劑的量使用佐劑，佐劑的量可以根據(jù)佐劑，哺乳動(dòng)物，和免疫原性的 CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白改變。一般的量每次免疫可以 在約1 P g_約lmg間變化。本領(lǐng)域技術(shù)人員知道適宜的濃度或量可以很容易地確定。本發(fā)明也提供了包含編碼本發(fā)明的多肽、多肽片段、和融合蛋白的多核苷酸序 列的DNA疫苗。制備包含編碼本發(fā)明的CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段， 或融合蛋白的多核苷酸序列的DNA疫苗的方法在本領(lǐng)域是已知的。例如編碼本發(fā)明的 CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白的多核苷酸序列可以置于以病毒 為基礎(chǔ)的載體中，它將編碼CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，或融合蛋白的 多核苷酸序列(例如DNA或RNA)轉(zhuǎn)移到細(xì)胞中，從而使編碼的多肽、多肽片段、或融 合蛋白在細(xì)胞中表達(dá)?？梢杂糜谶f送編碼CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段， 或融合蛋白的多核苷酸序列的不同的以病毒為基礎(chǔ)的載體包括腺病毒載體，腺相關(guān)病毒 衍生載體，逆轉(zhuǎn)錄病毒載體，以莫洛尼氏鼠白血病病毒為基礎(chǔ)的載體，以脾壞死病毒為 基礎(chǔ)的載體，以弗里德鼠白血病病毒為基礎(chǔ)的載體，以慢病毒為基礎(chǔ)的載體(Lois etal.， Science, 295 868-872，2002)，以乳多空病毒為基礎(chǔ)的載體(例如SV40病毒載體)， 以皰疹病毒為基礎(chǔ)的載體，包含或顯示水皰性口炎病毒G-糖蛋白釘(spike)的病毒載 體，以塞姆利基森林病毒為基礎(chǔ)的載體，以嗜肝DNA病毒為基礎(chǔ)的載體，和以桿狀病毒 為基礎(chǔ)的載體。另外，示例的DNA疫苗載體(非限制性的)可以在“GeneTnmsferand Expression in Mammalian Cells, ” Savvas C.Makrides (Ed.)，Elsevier Science Ltd, 2003 中 發(fā)現(xiàn)。DNA疫苗可以與一種或多種可接受的稀釋劑載體、藥學(xué)上可接受的載體、佐劑、 賦形劑、潤濕劑或乳化劑、或pH緩沖劑(本文中提供的實(shí)施例)和/或一種或多種核酸 遞送試劑(例如聚合物，脂，肽基，可降解的顆粒，微乳液，VPLs，弱化的細(xì)菌或病毒 載體)組合使用任何給予途徑或體外加載途徑提供給受試者。一般地通過例如皮下或肌肉注射的方式，腸胃外地給予疫苗。一般地，疫苗 制備成液體溶液或懸浮液的可注射形式。適宜于注射的固體形式也可以制備成乳液， 或與免疫原性的多肽、多肽片段、或融合蛋白封裝在脂質(zhì)體中。適宜于其它給予方式 的另外的配方包括栓劑，且在一些情況下，是口服配方或通過鼻腔噴霧。對于栓劑， 典型的粘合劑和載體可以包括例如聚烷撐乙二醇或甘油三酸酯；這樣的栓劑可以從包含 0.5%-10%,優(yōu)選地1-2%范圍的活性成分的混合物生成?？诜浞桨ㄟ@些正常使用的 賦形劑例如藥物級的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸鎂、糖精鈉、纖維素、碳酸鎂等等。疫苗組合物采用溶液、懸浮液、片劑、丸劑、膠囊、緩釋配方或粉劑的形式且 包含產(chǎn)生免疫性有效量的所公開的CT144、CT242、和CT812多肽，多肽片段，融合蛋 白，或DNA疫苗。在典型的組合物中，產(chǎn)生免疫性有效量的免疫原性的多肽、多肽片 段、融合蛋白、或DNA疫苗是每劑量約lyg-10mg，且更理想地，每劑量約5iig-5mg。一般地疫苗被配制成用于腸道外給予。示例的免疫通過皮下(SC)，肌肉(IM)， 靜脈(IV)，腹膜內(nèi)(IP),或皮內(nèi)(ID)實(shí)現(xiàn)。
本文中所述的免疫原性的CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片段，和融合 蛋白可以以中性或鹽的形式配制導(dǎo)疫苗中。藥學(xué)上可接受的鹽包括酸加成鹽(與多肽， 多肽片段，或融合蛋白的自由氨基基團(tuán)形成)并與例如鹽酸或磷酸這樣的無機(jī)酸或例如 乙酸，草酸，酒石酸，扁桃酸等等這樣的有機(jī)酸形成。與自由的羧基形成的鹽也可以從 例如氫氧化鈉，氫氧化鉀，氫氧化銨，氫氧化鈣，或氫氧化鐵這樣的無機(jī)堿和例如異丙 胺，三甲胺，2-乙氨基乙醇，組氨酸，普魯卡因等等這樣的有機(jī)堿衍生。以與劑量配方相容的方式，并以治療有效的和產(chǎn)生免疫的劑量給予疫苗。給予 的量依賴于待治療的受試者，受試者的免疫系統(tǒng)對接受免疫應(yīng)答的能力，和需要保護(hù)的 程度(例如預(yù)防治療或?qū)в幸略w的病人的治療)。需要給予的CT144、CT242、和 CT812多肽，多肽片段，融合蛋白，或DNA疫苗精確的量依賴于操作人員的判斷并對每 個(gè)受試者是不同的。然而，適宜的劑量范圍是每個(gè)受試者幾百微克活性成分的數(shù)量級。 初始給予和加強(qiáng)注射的適宜方案也是變化的，但典型地，最初給予后隨后間隔地(數(shù)周 或數(shù)月)注射或另外給予。藥物組合物除了疫苗，本發(fā)明也提供包含本發(fā)明的CT144、CT242、或CT812多肽，多肽片 段，或融合蛋白的藥物組合物。這些組合物可以整合進(jìn)藥學(xué)上可接受的載體、介質(zhì)、或 稀釋劑中。在一個(gè)實(shí)施例中，該藥物學(xué)組合物包括藥學(xué)上可接受的賦形劑。如本領(lǐng)域共知 的根據(jù)本說明書所述本發(fā)明的化合物可以通過任何適宜的方法給予，例如依賴于它們的 目的用途。例如如果本發(fā)明的多肽、多肽片段、或融合蛋白將口服給予，它們可以是片 劑、膠囊、粒劑、粉劑或糖漿的形式?？商娲兀景l(fā)明的配方可以例如注射(靜脈、 肌肉、或皮下)，滴注制劑或栓劑這樣的腸胃外給予。為了通過眼粘膜途徑使用，本發(fā)明 的化合物可以制成滴眼劑或眼膏。基于配制的方便性、生物學(xué)相容性、和受試者容易地 給予該組合物的能力，一般優(yōu)選水溶液用于眼部給藥，例如通過在眼中慢慢灌入一或兩 滴溶液的方法。然而，該組合物也可以是懸浮液、粘性或半粘性凝膠、或其它類型固體 或半固體組合物。用常規(guī)的方法可以制備上述配方，且如果需要該化合物可以與任何常規(guī)的添加 劑例如賦形劑，粘合劑，崩解劑，潤滑劑，矯味劑，增溶劑，懸浮助劑，乳化劑，或涂 層劑混合。受試的化合物可以適宜于口服、鼻飼、局部給予(包括口腔和舌下)、直腸給 予、陰道給予、氣霧劑給予和/或腸胃外給予。該或制劑可以合適地以單位劑量形式存 在且可以通過藥劑學(xué)領(lǐng)域共知的任何方法制備。可以與載體物質(zhì)結(jié)合產(chǎn)生單次量的試劑 的量根據(jù)待治療的受試者和給藥的特別的模式而變化。適宜于腸胃外給予的本發(fā)明的藥物組合物包括與一種或多種藥學(xué)上可接受無菌 等滲水溶液或非水溶液、分散液、懸浮液、或乳液，或即用前可以再制成可以包含抗氧 化劑、緩沖液、抑菌劑、使配方與目的受試者的血液等滲的溶質(zhì)，或懸浮劑或增稠劑的 無菌可注射溶液或分散液的無菌粉末結(jié)合的一種或多種補(bǔ)充劑的組分。治療細(xì)菌感染的方法本文中所述的多肽片段、融合蛋白、藥物學(xué)組合物、和疫苗可以用于各種疾病的治療包括受試者中細(xì)菌感染，最優(yōu)選地沙眼衣原體感染。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)理解本發(fā) 明所述的任何組合物的劑量將根據(jù)例如受試者的癥狀、年齡、和體重，要治療或預(yù)防的 感染的性質(zhì)和嚴(yán)重程度，施藥途徑，和補(bǔ)充劑的形式改變?？梢砸匀魏芜m宜的劑量例如 以單劑量或分劑量給予任何受試的配方。本發(fā)明化合物，單獨(dú)或與本發(fā)明任何其它化合 物一起，或與任何認(rèn)為對待治療的特定的感染有用的化合物聯(lián)合使用的劑量可以通過本 領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)容易地測定。本發(fā)明也提供多于一種受試化合物的混合物，以 及其它治療試劑。本發(fā)明的幾種化合物，或可替代地其它治療試劑的組合使用相對任何單獨(dú)的成 分可以減少所需劑量，因?yàn)椴煌煞值淖饔玫拈_始和持續(xù)時(shí)間可以互補(bǔ)。在這樣的組合 治療中，不同的活性試劑可以一起或分別給予，且在一天中可以同時(shí)地或在不同時(shí)間給予。用本發(fā)明可以治療或預(yù)防的不同的細(xì)菌感染包括肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體 和沙眼衣原體。治療抗體和T細(xì)胞去除可替代地，對衣原體的而不是感染本身的免疫應(yīng)答是形成伴隨感染的癥狀(包 括受試者中的不育和盆腔炎疾病)的原因。在這種情況下，在感染的受試者中限制CD4+ 或CD8+T細(xì)胞亞群的免疫應(yīng)答可能是理想的。因此特異性識別靶向本發(fā)明的多肽，多肽 片段，或融合蛋白的T細(xì)胞克隆的抗體在治療或預(yù)防與衣原體感染相關(guān)的不良后果方面 可能是有用的。T細(xì)胞的特異性群的選擇性去除的方法如Weinberg et al. (Nature Med.2 183-189，1966)中所述。下面的實(shí)施例是用于說明本發(fā)明的，不應(yīng)該理解為限制。實(shí)施例1測定沙眼衣原體多肽、多肽片段、或融合蛋白是否免疫原性的方法可以篩選包含編碼沙眼衣原體多肽、多肽片段、或融合蛋白的多核苷酸的細(xì)胞 或病毒庫以確定哪個(gè)由該多核苷酸編碼的多肽、多肽片段、或融合蛋白是免疫原性的。 這通過將該庫的每個(gè)成員與能夠吞噬沙眼衣原體庫的細(xì)胞的第二個(gè)細(xì)胞(例如巨噬細(xì)胞 或抗原呈遞細(xì)胞)接觸，并在第二個(gè)細(xì)胞的表面上展示該庫表達(dá)多肽的部分來實(shí)現(xiàn)(參見 例如U.S.Patent 6,008,415)。然后，第二個(gè)細(xì)胞與之前用沙眼衣原體感染的生物體的沙眼 衣原體特異性T細(xì)胞(例如沙眼衣原體特異性CD4+或CD8+T細(xì)胞)接觸。與沙眼衣原 體特異性T細(xì)胞接觸前第二個(gè)細(xì)胞也可以固定(例如用多聚甲醛)。能夠結(jié)合沙眼衣原 體蛋白呈遞部分的沙眼衣原體特異性T細(xì)胞將導(dǎo)致細(xì)胞因子的分泌。用本領(lǐng)域已知的方 法例如使用ELISA檢測方法可以檢測細(xì)胞因子的分泌(例如IFN-Y、IL-2、或TNF的分 泌)。特別地，將鼠H2b骨髓來源的巨噬細(xì)胞(BMM)在96孔板中以IX 105細(xì)胞/孔 的密度接種。14-16小時(shí)后，解凍一份冰凍的沙眼衣原體庫。從BMM吸走培養(yǎng)基并用 庫中的一個(gè)等分試樣和60 y L的新鮮RP-10培養(yǎng)基取代。在37°C 1小時(shí)后，用PBS沖洗 BMM，加入100iiLRP-10培養(yǎng)基，并在37°C下將細(xì)胞再孵育1小時(shí)。然后用多聚甲 醛固定BMM15分鐘并用PBS充分清洗。發(fā)現(xiàn)BMM固定大大降低了 T細(xì)胞分泌的IFN-Y 的背景水平。在200 y L RP-10培養(yǎng)基中向每個(gè)孔加入T細(xì)胞(沙眼衣原體特異性CD4+或CD8+鼠T細(xì)胞；1X105)。在37°C下孵育孔板18-24小時(shí)并通過使用IFN-YELISA 檢測方法(Endogen)測定每個(gè)孔的上清中IFN_ Y的量。識別抗原性肽的另一種方法是將多肽、多肽片段、或融合蛋白脈沖到巨噬細(xì)胞 上并篩選它們激活沙眼衣原體特異性CD4+或CD8+鼠T細(xì)胞的能力(如上所述)。在這 樣的檢測中使用的肽可以用本領(lǐng)域已知的方法合成。能夠激活沙眼衣原體特異性CD4+或 CD8+鼠T細(xì)胞的多肽、多肽片段、或融合蛋白被認(rèn)為是免疫原性的。沙眼衣原體特異性CD8+鼠T細(xì)胞使用本領(lǐng)域已知的方法可以得到用于識別免疫原性的沙眼衣原體多肽、多肽片 段、和融合蛋白的激活的CD8+鼠T細(xì)胞池。一般地，在篩選病源生物體的抗原時(shí)，從 之前用病源生物感染的哺乳動(dòng)物制備CD8+T細(xì)胞。該制備包含對源于病源體的抗原特異 的CD8+T細(xì)胞。如下從小鼠收集沙眼衣原體特異性CD8+T細(xì)胞。C57BL/6小鼠腹膜內(nèi)注射107 的產(chǎn)生感染單位的沙眼衣原體。14天后無痛處死小鼠并取脾。該脾通過70 y m的篩子 破碎產(chǎn)生脾細(xì)胞單細(xì)胞溶液。用連接到MACS 磁珠的抗CD8抗體和本領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)的分離 方法從脾細(xì)胞分離CD8+T細(xì)胞(參見例如可以從MiltenyiBiotecInc.，Auburn, CA得到 MACS 技術(shù))。分離的CD8+細(xì)胞加入到18小時(shí)之前在24孔板中用沙眼衣原體感染的 同樣的單體型(H2b)的巨噬細(xì)胞上。加入輻照的天然小鼠(C57BL/6)的脾細(xì)胞作為含有 IL-2培養(yǎng)基中的飼養(yǎng)細(xì)胞。孵育細(xì)胞10天，期間用感染的巨噬細(xì)胞刺激沙眼衣原體特異 性CD8+T細(xì)胞并復(fù)制。在第10天，使用用沙眼衣原體感染的(18小時(shí)之前)巨噬細(xì)胞 和輻照的脾細(xì)胞再次刺激CD8+T細(xì)胞。重復(fù)該過程直到產(chǎn)生足夠量的CD8+T細(xì)胞用于篩 選該庫。CD8+T細(xì)胞也可以從人受試者克隆，如例如Hassell et al. (Immunology 79 513-519，1993)所描述的。沙眼衣原體特異性鼠CD4+T細(xì)胞用本領(lǐng)域已知的方法可以得到用于識別免疫原性的沙眼衣原體多肽、多肽片 段、和融合蛋白的激活的CD4+鼠T細(xì)胞。用沙眼衣原體血清變型L2感染后21天分離 小鼠脾細(xì)胞，并用輻照的(2,000rad)的骨髓來源的樹突細(xì)胞、UV_失活的沙眼衣原體血 清變型L2、和天然同源脾細(xì)胞，在含有a-甲基甘露糖苷和5% ConA刺激的大鼠脾細(xì) 胞上清的RP-10 (RPMI培養(yǎng)基1640添加10%胎牛血清，L-谷氨酰胺，HEPES，50 u M 2_ 3 -巰基乙醇，50單位/ml青霉素，和50 u g/ml鏈霉素)中培養(yǎng)。通過使用Dynabeads Mouse CD8 (Invitrogen, Carlsbad, CA)從培養(yǎng)基去除CD8+T細(xì)胞。用沙眼衣原體脈沖的 骨髓來源的樹突細(xì)胞每7天重復(fù)刺激CD4+T細(xì)胞。一旦沙眼衣原體特異性CD4+細(xì)胞系 建立起來，通過有限的稀釋分離CD4+T細(xì)胞克隆。CD4+T細(xì)胞也可以從人受試者克隆，如例如Hassell et al. (Immunology 79 513-519，1993)中所述的。結(jié)果使用上述技術(shù)，CT144的氨基酸67-86 (SEQ ID NO 2)和氨基酸77_96 (SEQ ID NO 3)被認(rèn)為是CD4+鼠T細(xì)胞抗原決定簇；且CT242的氨基酸109-117 (SEQ ID NO 5)和氨基酸 112-120 (SEQ IDNO 6)和 CT812 的氨基酸 103-111 (SEQ ID NO 8)被認(rèn)為是CD8+鼠T細(xì)胞抗原決定簇(表1)，因?yàn)榕c在同樣的檢測中用無抗原性肽(例如，在 相同的檢測中引起IFN-Y最低可檢測值的肽)處理的T淋巴細(xì)胞相比，它們引起T淋巴 細(xì)胞IFN- Y產(chǎn)生至少40倍增加。其中本實(shí)施例中用小鼠T細(xì)胞識別的所述的CD4+和 CD8+抗原，考慮到這個(gè)發(fā)現(xiàn)并使用本文中描述的技術(shù)，本領(lǐng)域技術(shù)人員也可以識別相應(yīng) 的CD4+和CD8+人T細(xì)胞抗原。表1產(chǎn)生的IFN-Y抗原肽ng倍’
權(quán)利要求
1.一種包含與SEQ ID NO : 1基本上相同的氨基酸序列的分離的CT144多肽，或其 片段，其中，與在相同的檢測中無抗原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生水平相比，所述多肽或 片段引發(fā)的T-淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少增加40倍。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的多肽或片段，其中，當(dāng)給予哺乳動(dòng)物時(shí)，所述多肽或片段引 發(fā)免疫應(yīng)答。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的多肽或片段，其中，所述片段引發(fā)CD4+T-細(xì)胞應(yīng)答。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的片段，其中，所述片段包含SEQIDNO : 2或3的序列，和 至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段的長度小于200個(gè)氨基酸。
6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段的長度小于150個(gè)氨基酸。
7.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段的長度小于100個(gè)氨基酸。
8.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段的長度小于50個(gè)氨基酸。
9.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段的長度小于30個(gè)氨基酸。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的片段，其中，所述片段由SEQID NO: 2或3的序列組成。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的片段，其中，所述片段在N-和/或C-端去除1、2、3、 4、5、或6個(gè)氨基酸。
12.根據(jù)權(quán)利要求4所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 2或3的序列中 的1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 2或3的序列 中的1個(gè)保守的氨基酸取代。
14.根據(jù)權(quán)利要求12所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 2或3的序列 中的2個(gè)保守的氨基酸取代。
15.根據(jù)權(quán)利要求12所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 2或3的序列 中的3個(gè)保守的氨基酸取代。
16.根據(jù)權(quán)利要求12所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 2或3的序列 中的4個(gè)保守的氨基酸取代。
17.根據(jù)權(quán)利要求10所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)保守的氨基酸取代。
19.根據(jù)權(quán)利要求17所述的片段，其中，所述片段包含2個(gè)保守的氨基酸取代。
20.根據(jù)權(quán)利要求17所述的片段，其中，所述片段包含3個(gè)保守的氨基酸取代。
21.根據(jù)權(quán)利要求17所述的片段，其中，所述片段包含4個(gè)保守的氨基酸取代。
22.—種藥物組合物，包含在藥學(xué)上可接受的載體中的權(quán)利要求1所述的多肽或片段。
23.—種疫苗，包含a)權(quán)利要求1所述的多肽或片段，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
24.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療有 效量的權(quán)利要求1所述的多肽或片段。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中，所述多肽或片段在藥學(xué)上可接受的載體中。
26.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中，所述多肽或片段在所述受試者中能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
27.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
28.根據(jù)權(quán)利要求27所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣原 體的危險(xiǎn)中。
29.—種分離的CT242多肽的片段，其中，所述片段包含SEQIDNO : 5或6的序列， 且長度小于170個(gè)氨基酸，并且其中，與在相同的檢測中無抗原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn) 生水平相比，所述多肽或片段引發(fā)的T-淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少增加40倍。
30.根據(jù)權(quán)利要求29所述的片段，其中，當(dāng)給予哺乳動(dòng)物時(shí)，所述片段引發(fā)免疫應(yīng)答。
31.根據(jù)權(quán)利要求29所述的片段，其中，所述片段引發(fā)CD8+T-細(xì)胞應(yīng)答。
32.根據(jù)權(quán)利要求29所述的片段，其中，所述片段包含SEQIDNO : 5或6的序列， 和至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段的長度小于150個(gè)氨基酸。
34.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段的長度小于100個(gè)氨基酸。
35.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段的長度小于50個(gè)氨基酸。
36.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段的長度小于30個(gè)氨基酸。
37.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段的長度小于15個(gè)氨基酸。
38.根據(jù)權(quán)利要求29所述的片段，其中，所述片段由SEQID NO: 5或6的序列組成。
39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的片段，其中，所述片段在N-和/或C-端去除1或2個(gè)氨基酸。
40.根據(jù)權(quán)利要求32所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 5或6的序列 中的1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 5或6的序列 中的1個(gè)保守的氨基酸取代。
42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 5或6的序列 中的2個(gè)保守的氨基酸取代。
43.根據(jù)權(quán)利要求40所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 5或6的序列 中的3個(gè)保守的氨基酸取代。
44.根據(jù)權(quán)利要求38所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
45.根據(jù)權(quán)利要求44所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)保守的氨基酸取代。
46.根據(jù)權(quán)利要求44所述的片段，其中，所述片段包含2個(gè)保守的氨基酸取代。
47.根據(jù)權(quán)利要求44所述的片段，其中，所述片段包含3個(gè)保守的氨基酸取代。
48.一種藥物組合物，包含在藥學(xué)上可接受的載體中的權(quán)利要求29所述的片段。
49.一種疫苗，包含a)權(quán)利要求29所述的片段，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
50.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療有 效量的權(quán)利要求29所述的片段。
51.根據(jù)權(quán)利要求50所述的方法，其中，所述片段在藥學(xué)上可接受的載體中。
52.根據(jù)權(quán)利要求50所述的方法，其中，所述片段在所述受試者中能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
53.根據(jù)權(quán)利要求50所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
54.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣原 體的危險(xiǎn)中。
55.—種分離的CT812多肽的片段，其中，所述片段包含SEQIDNO : 8的序列，且 長度小于770個(gè)氨基酸，并且其中，與在相同的檢測中無抗原性肽引發(fā)的干擾素Y產(chǎn)生 水平相比，所述多肽或片段引發(fā)的T-淋巴細(xì)胞群干擾素Y產(chǎn)生至少增加40倍。
56.根據(jù)權(quán)利要求55所述的片段，其中，當(dāng)給予哺乳動(dòng)物時(shí)，所述片段引發(fā)免疫應(yīng)答。
57.根據(jù)權(quán)利要求55所述的片段，其中，所述片段引發(fā)CD8+T-細(xì)胞應(yīng)答。
58.根據(jù)權(quán)利要求55所述的片段，其中，所述片段包含SEQIDNO : 8的序列，和至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
59.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于600個(gè)氨基酸。
60.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于400個(gè)氨基酸。
61.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于200個(gè)氨基酸。
62.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于100個(gè)氨基酸。
63.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于50個(gè)氨基酸。
64.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于30個(gè)氨基酸。
65.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段的長度小于15個(gè)氨基酸。
66.根據(jù)權(quán)利要求55所述的片段，其中，所述片段由SEQIDNO: 8的序列組成。
67.根據(jù)權(quán)利要求66所述的片段，其中，所述片段在N-和/或C-端去除1個(gè)或2個(gè) 氨基酸。
68.根據(jù)權(quán)利要求58所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 8的序列中的 1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
69.根據(jù)權(quán)利要求68所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 8的序列中的 1個(gè)保守的氨基酸取代。
70.根據(jù)權(quán)利要求68所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 8的序列中的 2個(gè)保守的氨基酸取代。
71.根據(jù)權(quán)利要求68所述的片段，其中，所述片段包含在SEQIDNO : 8的序列中的 3個(gè)保守的氨基酸取代。
72.根據(jù)權(quán)利要求66所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)或多個(gè)保守的氨基酸取代。
73.根據(jù)權(quán)利要求72所述的片段，其中，所述片段包含1個(gè)保守的氨基酸取代。
74.根據(jù)權(quán)利要求72所述的片段，其中，所述片段包含2個(gè)保守的氨基酸取代。
75.根據(jù)權(quán)利要求72所述的片段，其中，所述片段包含3個(gè)保守的氨基酸取代。
76.—種藥物組合物，包含在藥學(xué)上可接受的載體中的權(quán)利要求55所述的片段。
77.—種疫苗，包含a)權(quán)利要求55所述的片段，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
78.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療有 效量的權(quán)利要求55所述的片段。
79.根據(jù)權(quán)利要求78所述的方法，其中，所述片段在藥學(xué)上可接受的載體中。
80.根據(jù)權(quán)利要求78所述的方法，其中，所述片段在所述受試者中能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
81.根據(jù)權(quán)利要求78所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
82.根據(jù)權(quán)利要求81所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣原 體的危險(xiǎn)中。
83.—種分離的融合蛋白，包含a)權(quán)利要求1所述的多肽或片段；和b)融合伴侶。
84.根據(jù)權(quán)利要求83所述的融合蛋白，其中，所述片段包含SEQIDNO: 2或3的序 列，和至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
85.根據(jù)權(quán)利要求83所述的融合蛋白，其中，所述片段由SEQIDNO: 2或3的序列 組成。
86.—種藥物組合物，包含在藥學(xué)上可接受的載體中的權(quán)利要求83所述的融合蛋白。
87.—種疫苗，包含a)權(quán)利要求83所述的融合蛋白，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
88.—種分離的融合蛋白，包含a)權(quán)利要求29所述的片段，和b)融合伴侶。
89.根據(jù)權(quán)利要求88所述的融合蛋白，其中，所述片段包含SEQIDNO: 5或6的序 列，和至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
90.根據(jù)權(quán)利要求88所述的融合蛋白，其中，所述片段由SEQIDNO : 5或6的序列 組成。
91.一種藥物組合物，包含權(quán)利要求88所述的融合蛋白和藥學(xué)上可接受的載體。
92.—種疫苗，包含a)權(quán)利要求88所述的融合蛋白，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
93.—種分離的融合蛋白，包含a)權(quán)利要求55所述的片段；和b)融合伴侶。
94.根據(jù)權(quán)利要求93所述的融合蛋白，其中，所述片段包含SEQIDNO: 8的序列，和至少一個(gè)側(cè)翼氨基酸。
95.根據(jù)權(quán)利要求93所述的融合蛋白，其中，所述片段由SEQIDNO : 8的序列組成。
96.—種藥物組合物，包含在藥學(xué)上可接受的載體中的權(quán)利要求93所述的融合蛋白。
97.—種疫苗，包含a)權(quán)利要求93所述的融合蛋白，和b)藥學(xué)上可接受的載體。
98.一種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求1所述的多肽或片段的多核苷酸序列。
99.一種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求83所述的融合蛋白的多核苷酸序列。
100.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療 有效量的權(quán)利要求98或99所述的DNA疫苗。
101.根據(jù)權(quán)利要求100所述的方法，其中，所述DNA疫苗在藥學(xué)上可接受的載體中。
102.根據(jù)權(quán)利要求100所述的方法，其中，所述DNA疫苗在所述受試者中能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
103.根據(jù)權(quán)利要求100所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
104.根據(jù)權(quán)利要求103所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣 原體的危險(xiǎn)中。
105.一種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求29所述的片段的多核苷酸序列。
106.一種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求88所述融合蛋白的多核苷酸序列。
107.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療 有效量的權(quán)利要求105或106所述的DNA疫苗。
108.根據(jù)權(quán)利要求107所述的方法，其中，所述DNA疫苗在藥學(xué)上可接受的載體中。
109.根據(jù)權(quán)利要求107所述的方法，其中，所述DNA疫苗在所述受試者中能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
110.根據(jù)權(quán)利要求107所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
111.根據(jù)權(quán)利要求110所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣 原體的危險(xiǎn)中。
112.—種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求55所述片段的多核苷酸序列。
113.—種DNA疫苗，包含編碼權(quán)利要求93所述的融合蛋白的多核苷酸序列。
114.一種治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，所述方法包括給予對其有需要的受試者治療 有效量的權(quán)利要求112或113所述的DNA疫苗。
115.根據(jù)權(quán)利要求114所述的方法，其中，所述DNA疫苗在藥學(xué)上可接受的載體中。
116.根據(jù)權(quán)利要求114所述的方法，其中，所述DNA疫苗能夠在所述受試者中產(chǎn)生免疫應(yīng)答。
117.根據(jù)權(quán)利要求114所述的方法，其中，所述細(xì)菌感染是衣原體感染。
118.根據(jù)權(quán)利要求117所述的方法，其中，所述受試者已經(jīng)感染衣原體或處于感染衣原體的危險(xiǎn)中。
全文摘要
本發(fā)明提供了衣原體抗原(例如多肽、多肽片段和融合蛋白)。也提供了用于治療或預(yù)防受試者中細(xì)菌感染例如衣原體疾病的疫苗和藥物組合物。
文檔編號C07K14/00GK102027003SQ200880110106
公開日2011年4月20日 申請日期2008年8月1日 優(yōu)先權(quán)日2007年8月3日
發(fā)明者托德·吉拉恩, 納迪亞·R·羅恩, 達(dá)雷恩·E·希金斯, 邁克爾·N·斯塔恩巴赫 申請人:哈佛大學(xué)校長及研究員協(xié)會(huì)