專利名稱：衣原體抗原的制作方法
衣原體抗原本發(fā)明涉及編碼來自衣原體(Chlamydia)物種的抗原的分離的核酸分子、包括 此類核酸分子的載體和包括此類載體的宿主細胞。此外，本發(fā)明提供來自來自衣原體 (Chlamydia)物種的抗原、以及其片段和變體、用于生產(chǎn)此類抗原的方法和用于生產(chǎn)表達此 類抗原的細胞的方法。更具體地此類抗原由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)生產(chǎn)或 與由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)引起的細菌感染相關(guān)。此外，本發(fā)明提供與此類 抗原結(jié)合的抗體、生產(chǎn)此類抗體的雜交瘤細胞、用于生產(chǎn)此類抗體的方法、包括此類核酸分 子、抗原、載體或抗體的藥物組合物、此類核酸分子、抗原、載體或抗體在制備藥物組合物上 的用途、用于鑒定能夠結(jié)合此類抗原或降低或抑制此類抗原的相互作用活性的拮抗劑的方 法、用于診斷衣原體(Chlamydia)感染的方法和用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)感染 的方法。肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae) (C. pneumoniae)為專性細胞內(nèi)細菌，并認為 是重要的人類病原體。其是醫(yī)院和門診環(huán)境中肺炎和上呼吸道疾病的通常原因，占成人中 社區(qū)獲得性肺炎病例的約7至10% (Montigiani, S.等，2002)。肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)感染還與其它呼吸道疾病例如支氣管炎、鼻竇炎、哮喘性支氣管炎、成人發(fā) 作的哮喘(adult-onset asthma)和慢性阻塞性肺疾病(C0PD ；Murdin, A. D.等，2000)有 關(guān)。重要的是，肺炎衣原體(Chlamydiapneumoniae)感染還與動脈粥樣硬化和心血管疾 病有關(guān)，其例如通過動脈粥樣硬化斑塊中肺炎衣原體的血清流行病學(xué)研究或檢測來指示 (Montigiani，S.等，2002)。近來建議革蘭氏陰性衣原體科(Chlamydiaceae)，不確定起源的科和衣原體 目(Chlamydiales)的唯一成員，可以按照16S rRNA系統(tǒng)發(fā)生分為兩個屬，衣原體屬 (Chlamydia)和嗜衣體屬(Chlamydophila) (Everett，K. D.等，1999)。根據(jù)該建議，在 衣原體屬(Chlamydia)中描述了三個物種沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)、鼠 型沙眼衣原體(Chlamydia muridarum)和豬衣原體(Chlamydia suis)。建議將物種鸚 鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci)、獸類衣原體(Chlamydiapecorum)和肺炎衣原體 (Chlamydia pneumoniae)重命名為鸚鵡熱嗜衣原體(Chlamydophila psittaci)、獸類嗜衣 原體(Chlamydophilapecorum)禾口月市炎嗜衣原體(Chlamydophila pneumoniae)。然而，兩 種屬的細菌共有生物和生化性質(zhì)。對于本發(fā)明，未使用新建議的命名法，但因為完整的原 因，應(yīng)該提到物種肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)和肺炎嗜衣原體(Chlamydophila pneumoniae)是相同的。來自四種不同物種的7個衣原體科(Chlamydiaceae)基因組的測序已經(jīng)證明在 宿主范圍和疾病上的顯著差異可能由基因含量上的十分微妙的變化引起(Read，T.D.等， 2003)。衣原體科(Chlamydiaceae)在真細菌中分類為十分獨立的組，與浮霉狀菌屬 (planctomyces)有非常弱的關(guān)系。因此，衣原體科(Chlamydiaceae)在真細菌內(nèi)顯示某些 獨特性質(zhì)，特別是它們的發(fā)育周期和它們的膜的結(jié)構(gòu)。它們具有獨特的兩階段細胞周期原 體(elementary body) (EB)，小的細胞外形式，其附著至宿主并且被吞噬。隨后，其在吞噬 體中轉(zhuǎn)化成復(fù)制的細胞內(nèi)形式，網(wǎng)狀體(reticulate body)。作為專性細胞內(nèi)細菌，衣原體
15科(Chlamydiaceae)在真核細胞中依靠其能量儲備和核苷酸庫增殖；它們是哺乳動物和鳥 類中各種疾病的原因。物種沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)為表征最好的。沙眼衣原體 (C. trachomatis)由兩種人類生物變種(biovar)組成沙眼型和性病淋巴肉芽腫(LGV) 型。過去歸類為該物種的鼠和豬菌株現(xiàn)在屬于單獨的種(分別為鼠型沙眼衣原體 (C. muridarum)和豬衣原體(C. suis)。在兩種沙眼衣原體(C. trachomatis)生物變種中的 血清變型引起沙眼、性傳播疾病、某些形式的哮喘和新生兒包涵體性結(jié)膜炎以及肺炎。沙眼 型生物變種目前具有14種血清變型，并且感染主要限于粘膜的上皮細胞。其在取自患有顳 頌關(guān)節(jié)疾病的患者的背部雙層組織(posterior bilaminar tissue)中也檢測到。LGV生物 變種由四種血清變型組成，Ll，L2，L2a和L3，其能夠入侵淋巴組織。盡管沙眼型生物變種的 特定菌株主要發(fā)現(xiàn)于眼睛感染中，沙眼型生物變種和LGV的其它菌株為生殖器進入感染的 主要原因。應(yīng)該提及LGV菌株為全身疾病的原因。從歷史觀點上說，沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)微生物的表征僅在細胞培養(yǎng)物中一系列分離后，在1957年成功地進行。物種鸚鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci)感染許多動物，特別是鳥類，并且傳播 給人類。其是非典型肺炎、肝和腎障礙、心內(nèi)膜炎和結(jié)膜炎的原因。獸類衣原體(Chlamydia pecorum)不感染人類，而是為反芻動物的病原體。在1983年肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)被認為是人類病原體(Grayston， J. Τ.等，1986)。其后，對該細菌付出特別的關(guān)注，并且估計(Gaydos,C. Α.等，1994) 10%的 肺炎，和5%的支氣管炎以及鼻竇炎歸因于肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae) (Aldous, Μ. B.等，1992)。最近，該細菌與哮喘疾病和心血管損傷的發(fā)病機理的關(guān)系日益令人感興趣。血清學(xué)研究已經(jīng)顯示肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)感染在5至16歲之間 的兒童中是常見的。比該年齡小，很少發(fā)現(xiàn)針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)的抗體，最有 效的數(shù)據(jù)指示兒童在約5歲開始血清轉(zhuǎn)化。然后攜帶抗體的個體數(shù)目的增加與年齡相關(guān)直 至20歲。因此，50%至70%的成人為抗體的攜帶者。由于隨時間誘導(dǎo)抗體的持續(xù)性限于首 次感染后3或最多5年，說明一生期間發(fā)生經(jīng)常再感染。在8至16歲之間每年的血清轉(zhuǎn)化 率為約6至8% (Kuo, C. -C.等，1995)，15歲之前疾病的血清陽性率在兩性之間是相同的。 比該年齡大，在世界所有地區(qū)中男性比女性更經(jīng)常地受感染。這些衣原體(Chlamydia)感染地理上高度分布廣泛遍及全世界(Tong，C. Y.等， 1993)，最低感染率在北部發(fā)達國家例如加拿大和斯堪的納維亞國家中觀察到。相反，最高 流行率在熱帶地區(qū)的欠發(fā)達國家發(fā)現(xiàn)，其中感染可能在5歲之前發(fā)生。對于肺炎衣原體 (Chlamydiapneumoniae)人類是唯一已知的貯主，這可能是感染通過呼吸道分泌物的人對 人的傳播引起(Aldous, M. B.等，1992)。傳播鏈還似乎是間接的(Kleemola, M.等，1988)， 暗示存在由有效傳播引起的感染和無癥狀攜帶者的可能性，這可以解釋該疾病的高流行。 這還與肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)可以在不利環(huán)境中存活達30小時的發(fā)現(xiàn)一致 (Falsey,A. R.等，1993)，經(jīng)在露天中的微生物的感染性在高相對濕度條件下快速降低。潛 伏期為幾個周，這比許多其它呼吸性病原菌顯著更長。由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)引起的主要臨床表現(xiàn)主要為呼吸道疾病。 肺炎和支氣管炎是最經(jīng)常的，因為它們在臨床上是明顯的，并且可以鑒定感染原。病原體 (etiologicagent)的分離是困難的，盡管成對的急性和康復(fù)期的血清需要使用抗體測試確認診斷。由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)引起的無癥狀疾病可能有許多(例如 Grayston, J. T.，1992)。其它癥狀例如鼻竇炎、化膿性中耳炎(0gawa,H. et al.，1992)或咽 炎已經(jīng)描述，并且患有呼吸道損傷的感染與哮喘類似(Hahn，D.L.et al.，1991)。肺炎衣原 體(Chlamydia pneumoniae)還與結(jié)節(jié)病以及結(jié)節(jié)性紅斑相關(guān)(Sundelof，B. et al.，1993)， 并且已經(jīng)描述了格林-巴利綜合癥(Guillain-Barr6syndrome)的一個病例(Haidl，S. et al.，1992)。肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)在賴特綜合癥(Reiter' s syndrome) 中的參與也已經(jīng)評價(Braun, J. et al.，1994)。心血管疾病為西方世界國家中死亡的主要原因。由于在患有心臟病的患者中觀察 到的高抗體水平，首次懷疑肺炎衣原體(Chlamydiapneumoniae)與心血管疾病例如冠狀動 脈心臟病和心肌梗塞的發(fā)育的關(guān)系(例如Shor，A.等，1992)。此外，病理解剖學(xué)和微生物學(xué) 研究能夠在血管中檢測肺炎衣原體(C. pneumoniae)。來自幾個國家的研究還顯示肺炎衣原 體(Chlamydia pneumoniae)感染與患者中的動脈粥樣損傷有關(guān)(例如Grayston，J. T.等， 1996)。這樣還似乎細菌在晚期動脈粥樣損傷比在早期損傷中更經(jīng)常地出現(xiàn)，但是在無動脈 粥樣疾病的患者中未發(fā)現(xiàn)。因此動脈粥樣斑塊與肺炎衣原體(Chlamydiapneumoniae)的存 在強烈相關(guān)是得到這些研究支持的。然而，該細菌在血管病理學(xué)中所起的作用尚未被界定。對于肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)感染的治療，僅存在有限的從受控的臨 床研究中獲得的數(shù)據(jù)。與萊姆病和支原體感染類似并且由于肺炎衣原體(C. pneumoniae) 的細胞內(nèi)性質(zhì)，需要長期的抗菌治療。該長期的抗菌治療需要從感染動脈的巨噬細胞和內(nèi) 皮細胞中根除肺炎衣原體(C. pneumoniae)。不同于青霉素、氨芐青霉素或硫酰胺，抗生素 例如紅霉素、四環(huán)素、強力霉素、氧氟沙星、克林沙星、環(huán)丙沙星、阿奇霉素、克林霉素和米諾 環(huán)素顯示針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)的體外抗菌活性。然而，任何高劑量的治療應(yīng)該 持續(xù)幾個周以避免感染的復(fù)發(fā)。因此，現(xiàn)在優(yōu)選使用兩種新的大環(huán)內(nèi)酯，克拉霉素和阿奇霉 素，其擴散、生物利用度和半衰期允許較短和更好的耐受治療。不幸的是，許多針對衣原體 (Chlamydia)的傳統(tǒng)治療仍然失敗，導(dǎo)致顯著的復(fù)發(fā)率和發(fā)病率。因此在不存在基于臨床研 究結(jié)果的權(quán)威證據(jù)時，仍然需要肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)感染的有效且良好耐 受的治療，所述治療還保護免受再感染。非常重要的問題在于開發(fā)特異和敏感的診斷，其可以方便快速地執(zhí)行，允許早期 篩選該感染。肺炎衣原體(C. pneumoniae)感染的實驗室診斷基于微生物的分離和培養(yǎng)、血 清學(xué)和/或通過PCR的DNA檢測。不幸的是，由于涉及在合適條件下的菌株收集、保存和貯 存的困難，基于肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)培養(yǎng)的方法是緩慢的，并且需要相當(dāng) 多的專有技術(shù)(know-how)。肺炎衣原體(C. pneumoniae)可以從來自患者的鼻咽或喉拭子、痰或胸水中分離。 鼻咽似乎是用于分離的最佳位點(Block，S.等，1995)。分離時，有機體需要在組織培養(yǎng)物 中生長。肺炎衣原體(C. pneumoniae)易于在衍生自呼吸道組織的細胞系中生長，特別是 !fep-2和HL細胞系(Roblin，P.M.等，1992)。將試樣培養(yǎng)72小時后，通過用肺炎衣原體 (C. pneumoniae)物種-特異性或衣原體(Chlamydia)屬-特異性熒光素-綴合的單克隆抗 體染色來進行培養(yǎng)物確認。衣原體(Chlamydia)的血清學(xué)診斷通常通過使用微免疫熒光測試進行。該方法基 于抗體的顯微檢測，所述抗體對固定在載玻片上作為獨特斑點的衣原體抗原特異。如果臨床試樣包含與抗原反應(yīng)的抗體，則該檢驗被認為是陽性的。然后使用熒光素-綴合的二抗 使該免疫反應(yīng)可視化(Tuuminen，T.等，2000)。已經(jīng)證明微免疫熒光測試為非常特異和敏 感的方法，然而需要專門的熒光顯微設(shè)備和完整的純化有機體作為用于測試性能的抗原使 得其不適用于在標準實驗室中使用。另一方面，基于抗原檢測(酶聯(lián)免疫檢測(EIA)、直接熒光抗體測試(DFA))或基于 核酸擴增(聚合酶鏈反應(yīng)(PCR))的方法提供更適合用于實驗室實踐的測試。PCR似乎在 開發(fā)用于檢測肺炎衣原體(C. pneumoniae)的快速方法中是最有希望的技術(shù)。在文獻中報 道對于在臨床試樣中檢測該病原體存在至少19種內(nèi)部(in-houSe)PCR檢驗(Boman，J.等， 1999)。然而，這些檢驗沒有一種被標準化，或與培養(yǎng)方法相比已經(jīng)充分地被驗證，并且它們 不是商業(yè)上可獲得的或獲得FDA批準。在這些方法中的主要變體包括以下方式收集和加 工試樣、引物設(shè)計、核酸提取、擴增產(chǎn)物檢測和鑒定。因此，高度期望允許區(qū)分血清組之間、更不必說肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)物種之間的可信、敏感和方便的測試。這是更加重要的，因為肺炎衣原體 (Chlamydia pneumoniae)感染的癥狀緩慢地出現(xiàn)，并且不是所有與這些感染相關(guān)的病理學(xué) 都已經(jīng)鑒定出。此外，在這些感染和嚴重的慢性感染、哮喘和動脈粥樣硬化之間懷疑有相關(guān) 性。雖然已經(jīng)開發(fā)基于抗原檢測的敏感和特異性測試，仍然存在對于標準化的基于PCR的 檢測策略和測試的需要(Dowell，S.F.等，2001)。衣原體感染經(jīng)常是慢性和復(fù)發(fā)性的，暗示針對衣原體(Chlamydia)的保護性免疫 是弱的并且不必須是殺菌性的或滅活的。目前沒有針對衣原體感染的有效疫苗。雖然研究 和開發(fā)的動物模型數(shù)量很高，所用的抗原尚未誘導(dǎo)充分的保護性免疫以導(dǎo)致人類疫苗的開 發(fā)。肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)生物學(xué)，該菌與其宿主的相互作用、特別是 它們逃脫宿主的免疫防御，以及它們參與相關(guān)疾病的發(fā)育的更詳細地理解，將允許更好的 控制、治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)誘導(dǎo)的疾病。因此必須使用允許開發(fā)新的預(yù)防性和 治愈性治療的新的分子工具，特異、有效和耐受的新的診斷方法和新的疫苗策略。這正好是 本發(fā)明的目的。疫苗可以包括各種不同的抗原?？乖膶嵗秊橥暾鸰殺死的或減毒的有機體、這 些有機體/器官的亞組分(subfractions)、蛋白質(zhì)、或以它們的最簡單形式，肽。抗原還可 以以糖基化蛋白或肽的形式被免疫系統(tǒng)識別，并且可以為或包含多糖或脂質(zhì)?？梢允褂枚?肽，因為例如細胞毒性T細胞(CTL)識別以短的，通常8-11個氨基酸長的形式、與主要組織 相容性復(fù)合物(MHC)連接的肽的抗原。B細胞可以識別短至4-5個氨基酸的線性表位，以及 三維結(jié)構(gòu)(構(gòu)象表位)。為了獲得持續(xù)的、抗原特異性的免疫應(yīng)答，佐劑需要觸發(fā)參與免疫系統(tǒng)所有細胞 的免疫級聯(lián)。首先，佐劑作用在所謂的抗原呈遞細胞(APCs)上，但不限于其作用模式。這 些細胞通常首先遭遇抗原，然后呈遞加工或未修飾的抗原至免疫效應(yīng)子細胞。還可以包括 中間細胞類型。僅具有合適特異性的效應(yīng)子細胞在產(chǎn)生的免疫應(yīng)答中激活。佐劑還可以局 部地保留抗原和可能共注射的其它因子。此外，佐劑還可以充當(dāng)用于其它免疫細胞的化學(xué) 引誘物或可以局部地和/或全身地充當(dāng)用于免疫系統(tǒng)的刺激劑。通過人類免疫系統(tǒng)針對衣原體(Chlamydia)產(chǎn)生并且在人類血清中存在的抗體指示抗原性蛋白的體內(nèi)表達和其免疫原性。通過血清抗體識別的線性表位的識別可以基于 短至4-5個氨基酸的序列。當(dāng)然，其不必須意味著這些短肽能夠在體內(nèi)誘導(dǎo)給定的抗體。為 此原因，所定義的表位、多肽和蛋白質(zhì)在動物中(主要在小鼠中)就其誘導(dǎo)針對所選體內(nèi)蛋 白的T細胞和抗體的能力進一步測試。作為專門細胞內(nèi)寄生生物的肺炎衣原體(C. pneumoniae)具有獨特的兩階段生命 周期較小的細胞外形式，感染性的、非復(fù)制的、代謝上相對惰性的原體(EB)；和較大的細 胞內(nèi)形式，感染性的、復(fù)制的、代謝上活性的網(wǎng)狀體。EB附著至易感的宿主細胞，并通過吞 噬作用攝入。在細胞內(nèi)它們回復(fù)至網(wǎng)狀體，并在宿主細胞裂解前在它們回復(fù)至EB前復(fù)制。 盡管針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)的保護的免疫相關(guān)性未良好地定義，使用如實地模 擬人類感染重要方面的小鼠模型的研究指示特別是CD8+T細胞和IFN-Y對于小鼠中的保 護是關(guān)鍵的(Wizel，B.等，2002)。此外，⑶4+T細胞也可以是重要的，因為它們刺激B細胞 增殖和分化成抗體分泌細胞。由于Thl型CD4+T細胞也可以產(chǎn)生IFN- γ，因此它們可以以 幾種方式有助于抗體-衣原體免疫性。由于肺炎衣原體(C. pneumoniae)殘留在膜結(jié)合空 泡，優(yōu)選的抗原必須到達感染細胞的胞液，并且需要隨后被CD8+T細胞識別為MHC I類-肽 復(fù)合物。大多數(shù)之前報道的抗原-其似乎因此能夠到達胞液-位于細胞表面(例如外膜 蛋白)或被分泌(例如Murdin, A. D.等，2000 ；Wizel, B.等，2002)。已經(jīng)顯示肺炎衣原體 (C. pneumoniae)肽特異性⑶8+CTL及其可溶因子可以抑制體外衣原體生長(Wizel，B.等， 2002)。除了 T細胞-介導(dǎo)免疫應(yīng)答之外，由B細胞表位誘導(dǎo)的針對細胞壁蛋白的抗體可以 幫助T細胞-介導(dǎo)的免疫應(yīng)答，和用作多種目的它們可以抑制粘附、干擾養(yǎng)分吸收、抑制免 疫逃避和促進吞噬作用(Hornef，Μ.等，2002)。針對分泌蛋白的抗體在中和它們作為毒素 或致病性組分的功能上潛在地有益。還已知該菌通過分泌蛋白相互通信。針對這些蛋白的 中和抗體將中斷衣原體物質(zhì)之間或內(nèi)的生長_促進交叉通信。描述的試驗方法基于使用從 人類血清中純化的通過肺炎衣原體(C. pneumoniae)特異誘導(dǎo)的抗體。由此通過基因組篩 選鑒定的抗原顯示在宿主中體內(nèi)表達，以及能夠誘導(dǎo)抗體應(yīng)答。由于對于許多蛋白已經(jīng)顯 示B細胞和T細胞表位位于相同的蛋白質(zhì)，通過基因組篩選鑒定的最有希望的候選物可以 進一步就誘導(dǎo)體內(nèi)有效的T細胞應(yīng)答評估。作為第一步驟，生物信息學(xué)分析已經(jīng)用于鑒定 計算的(in silico)有效T細胞表位，然后其可以在合適的感染的鼠模型中測試。這樣本 發(fā)明將免疫原性蛋白質(zhì)的試驗鑒定與T細胞表位的生物信息學(xué)預(yù)測組合，以提供針對有效 疫苗的候選物，從而治療或預(yù)防衣原體感染。由于可能誘導(dǎo)針對人類抗原的交叉反應(yīng)抗體的潛在風(fēng)險，已經(jīng)關(guān)心開發(fā)用于 人類的失活的全細胞疫苗。因此，認為亞單位疫苗在預(yù)防由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)引起的感染上具有最大的可能。肺炎衣原體(C. pneumoniae)的三個分離株(AR 39，J138，CWL029)的完整基因組 序列由各種機構(gòu)確定(Ka Iman, S.等，1999 ;Read，T. D.等，2000 ;Shirai，M.等，2000;還參 見 http://www. tiRr. orR/tiRr-scripts/CMR2/CMRHomePaRe. spl)。雖然兩個菌株 AR 39 禾口 CWL029分別在美國在1987年之前和在日本于1994年分離，其序列高度同一性，指示在最 近人類歷史上的趨異。除了這三個肺炎衣原體(C. pneumoniae)菌株之外，已經(jīng)確定兩個沙 眼衣原體(C. trachomatis)菌株，D/UW-3/CX (血清變型 D)和 HAR-13 (Kalman，S.等，1999 ； Stephens, R. S.等，1998 ；Carlson，J. H.等，2005)，相關(guān)的鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)
19菌株MoPn (Read，Τ. D.等，2000)以及鸚鵡熱衣原體(C. psittacl)的菌株(Read, Τ. D.等， 2003)的序列。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在于提供用于開發(fā)針對由衣原體(Chlamydia)引起的感 染的藥物組合物例如疫苗的方法。更具體地，該課題在于提供來自衣原體(Chlamydia)的 核酸分子或抗原，或其片段或變體的有效、相關(guān)和綜合的組，其可用于制備所述藥物組合 物。另一課題在于提供用于生產(chǎn)抗原，其片段或變體的方法和手段。另一課題在于提供包 括所述核酸或所述抗原的藥物組合物。本發(fā)明的另一課題在于提供抗體、包括所述抗體的 藥物組合物、用于生產(chǎn)所述抗體的方法和所述抗體在制備藥物制劑上的用途。此外，本發(fā)明 的目的在于提供用于鑒定能夠結(jié)合抗原，或其片段或變體的拮抗劑的方法，以及在于提供 用于鑒定能夠降低或抑制此類抗原與其相互作用伴侶的相互作用活性的拮抗劑的方法。本 發(fā)明的另一課題在于提供用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法。以本發(fā)明為基 礎(chǔ)的另一課題在于提供治療衣原體(Chlamydia)感染的方法，和提供用于免疫動物或人類 的方法。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在一個方面通過編碼抗原或其片段的分離的核酸分子而 解決，包括選自以下的核酸序列a)與具有選自Seq ID Nos 1至98的核苷酸序列的核酸分子具有至少70%序列 同一性的核酸分子，b)與a)的核酸分子互補的核酸分子，c)包括a)或b)的核酸分子的至少15個連續(xù)堿基的核酸分子，d)在嚴緊雜交條件下與a)、b)或c)的核酸分子退火的核酸分子，和e)要不是遺傳密碼的簡并性，將與a)、b)、c)或d)中定義的核酸分子雜交的核酸 分子。在本發(fā)明的一個實施方式中，與Seq ID Nos 1至98的序列同一性為至少80%，更 優(yōu)選至少90 %，仍更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %，98 %，或99 %，或最優(yōu)選100 %。在一個實施方式中所述核酸為DNA。在另一實施方式中所述核酸為RNA。在另一實施方式中所述核酸分離自基因組DNA，所述基因組DNA優(yōu)選來自 衣原體(Chlamydia)物種，更優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，最優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣 原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。在本發(fā)明的一個實施方式中編碼的抗原片段為其活性片段或活性變體。在實施方式中所述核酸編碼抗原或其片段，其包括或由來自以下的多肽或肽 片段組成肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡 熱衣原體(C. psittaci)。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題還通過包括如上所述的核酸分子的載體來解決。在實施方式中，所述載體適合于由如上定義的核酸分子編碼的抗原或其片段的重組表達。本發(fā)明還涉及包括如上定義的載體的宿主細胞。在另一方面以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題還通過免疫學(xué)上與血清反應(yīng)的抗原來解 決，所述血清來自患有衣原體(Chlamydia)感染的人類或之前被衣原體(Chlamydia) 感染的未感染的健康人類，其中所述抗原包括來自以下的分離的多肽或其活性片段或 活性變體衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣 原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。如本文所用的術(shù)語“未感染的健康人類”包括具有多次遭遇病原體的那些個體，其 可能導(dǎo)致定殖(colonization)，但其不會導(dǎo)致任何癥狀，或其導(dǎo)致輕度疾病。所述術(shù)語和就 抗原鑒定選擇未感染的健康人類的血清的基本原理進一步定義于Nagy，E.等(2003)。本發(fā)明的另一方面涉及包括或由選自Seq ID Nos 99至196的分離多肽組成的抗 原，或其活性片段或活性變體。在本發(fā)明的實施方式中所述多肽由如上定義的核酸分子編碼。在另一實施方式中，所述抗原的活性片段由所述多肽，特別是由Seq ID Nos 99 至196中任一個所定義的多肽的至少50%，特別是至少60%，優(yōu)選至少70%，更優(yōu)選至少 80 %，更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選99 %組成。在實施方式中，所述抗原的活性變體與所述多肽，特別是由SeqID Nos 99至196 中任一個所定義的多肽具有至少50 %，特別是至少60 %，優(yōu)選至少70 %，更優(yōu)選至少80 %， 更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選99 %的序列同一性。在本發(fā)明的一個實施方式中，所述抗原的活性片段包括或由SeqID No 123的氨基 酸 2-872、Seq ID No 124 的氨基酸 2-812、Seq IDNo 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、 Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq ID No 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、SeqID No 135 的 氨基酸 8-245、Seq ID No 138 的氨基酸 2-393、Seq IDNo 139 的氨基酸 2-237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620、Seq ID Nol55 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、 Seq ID No 157 的氨基酸 2_550、Seq ID No 165 的氨基酸 2_644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基酸31-379組成。如上所列的片段進一步在各Seq ID Nos中定義；S卩，Seq ID No 123的氨基酸 2-872 與 Seq ID No 99 相同、Seq ID No 124 的氨基酸 2-812 與 Seq ID No 100 相同、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 與 Seq ID No 101 相同、Seq ID No 125 的 516 至 1090 與 Seq ID No 102 相同、Seq ID Nol27 的氨基酸 2-252 與 Seq ID No 104 相同、Seq ID No 128 的 氨基酸 2-324 與 Seq ID No 105 相同、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235 與 Seq IDNo 106 相 同、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792 與 Seq ID No 107 相同、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252 與 Seq ID No 108 相同、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245 與 Seq ID No 109 相同、Seq ID No 138 的氨基酸 2-393 與 Seq ID No 110 相同、Seq ID No 139 的氨基酸 2-237 與 Seq ID No 111 相同、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620 與 Seq ID No 112 相同、Seq IDNo 155 的氨基酸 2-287 與 Seq ID No 114 相同、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231 與 Seq ID No 115 相 同、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550 與 Seq ID No 116 相同、Seq ID No 165 的氨基酸 2-644 與 Seq ID No 117 相同、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343 與 Seq ID No 118 相同、Seq IDNo 170 的氨基酸 2-325 與 Seq ID No 120 相同、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 與 Seq ID No 121相同或Seq ID No 172的氨基酸31-379與Seq ID No 122相同。當(dāng)三種鑒定的抗原氨基酸序列與整個開放閱讀框(ORF)相同時，Seq ID No 103 與 Seq ID No 126 相同；Seq ID No 113 與 Seq ID No 151 相同；Seq ID No 119 與 Seq ID No 169相同。在另一實施方式中，所述抗原的活性變體與Seq ID No 123的氨基酸2_872、Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、Seq ID No 127 的氨基酸 2-252、Seq ID Nol28 的氨基酸 2-324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq ID No 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245、 Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620, Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550、Seq ID No 165 的氨基酸 2-644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2_325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基酸 31-379 具有至少50 %，特別是至少60 %，優(yōu)選至少70 %，更優(yōu)選至少80 %，更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu) 選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選99 %的序列同一性。在另一實施方式中，所述抗原進一步由以下定義a) 1至570個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至500，1至400，1至300，1至250，1至 200，或1至150，更優(yōu)選1至100，更優(yōu)選1至50，最優(yōu)選1，2，3，4，5，10，20，30或40個另外 的氨基酸殘基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸2至514組成的抗原的活性片段；或b)l至510個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至400，1至300，1至250，1至200，或1 至150，更優(yōu)選1至100，更優(yōu)選1至50，最優(yōu)選1，2，3，4，5，10，20，30或40個另外的氨基酸 殘基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸516至1090組成的活性片段；或c) 1至25個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，10，15，或20個另外的氨基酸殘 基至包括或由Seq ID No 172的氨基酸31-379組成的抗原的活性片段；或d) 1至20個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，10，或15個另外的氨基酸殘基至 包括或由Seq ID No 156的氨基酸27-231組成的抗原的活性片段；或e) 1至10個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，6，7，8，或9個另外的氨基酸殘基 至包括或由Seq ID No 140的氨基酸16至620組成的抗原的活性片段；或f) 1至5個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，或4個另外的氨基酸殘基至包括或由 Seq ID No 135的氨基酸8至245組成的抗原的活性片段。另外的氨基酸殘基可以與如上定義的抗原是同源的。同源是指與片段衍生自其的 衣原體(Chlamydia)抗原的氨基酸序列同一或類似的任何氨基酸殘基。作為選擇或另外，多肽可以包括或由抗原、任選地如上定義的另外的序列和與抗 原同源的至少一個氨基酸殘基組成。在本發(fā)明的實施方式中，所述抗原進一步包括或由與所述抗原同源的至少一個氨 基酸殘基、優(yōu)選標記蛋白的氨基酸序列組成。
如上定義的另外的序列或氨基酸殘基由氨基酸殘基組成，其可為任何氨基酸，其 可以為L-和/或D-氨基酸，無論天然發(fā)生的或其它。優(yōu)選地所述氨基酸為任何天然發(fā)生 的氨基酸，例如丙氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、組氨酸、異亮氨酸、 賴氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、天冬酰胺、脯氨酸、谷氨酰胺、精氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、纈氨酸、色 氨酸或酪氨酸。然而，該氨基酸還可以為修飾的或為非天然氨基酸。這些的實例為2-氨基己二 酸、3-氨基己二酸、β -丙氨酸、2-氨基丁酸、4-氨基丁酸、6-氨基己酸、2-氨基庚酸、2-氨 基異丁酸、3-氨基異丁酸、2-氨基庚二酸、2，4-二氨基丁酸、鎖鏈素、2，2’ - 二氨基庚二酸、 2，3- 二氨基丙酸、N-乙基甘氨酸、N-乙基天冬酰胺、羥基賴氨酸、別-羥基賴氨酸、3-羥基 脯氨酸、4-羥基脯氨酸、異鎖鏈素、別-異亮氨酸、N-甲基甘氨酸、N-甲基異亮氨酸、6-Ν-甲 基甘氨酸、N-甲基纈氨酸、正纈氨酸、正亮氨酸或鳥氨酸。此外，氨基酸可以進行修飾例如 翻譯后修飾。修飾的實例包括乙酰化、酰胺化、阻斷、甲酰化、Y-羧基谷氨酸羥基化、糖基 化、甲基化、磷酸化和硫酸化。如果超出一種另外的或異源氨基酸殘基存在于肽中，氨基酸 殘基可以相互相同或不同。特征“異源氨基酸”或“與抗原異源的氨基酸”是指任何氨基酸，其不同于位置與 在衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、 鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、 或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis) 或鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)的任何天然發(fā)生的蛋白中的抗原相鄰的氨基酸。因此， 包括至少一個或一種異源氨基酸的本發(fā)明的蛋白質(zhì)是指這樣的蛋白質(zhì)，其不同于衣原體 科(Chlamydiae)或其片段，優(yōu)選肺炎衣原體、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原 體(C.psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣 原體(C.psittaci)的任何天然發(fā)生的蛋白質(zhì)。在一種實施方式中，另外的氨基酸殘基側(cè)翼于抗原N-末端、C-末端或N-和C-末端。在另一種實施方式中，另外的氨基酸殘基側(cè)翼于由以下定義的抗原a) Seq ID No 125的氨基酸2至514或其C-末端衍生的變體，或b)Seq ID No 125 的氨基酸 516 至 1090、Seq ID No 135 的 8 至 245、Seq ID No 140 的 16 至 620、Seq ID No 156 的 27-231、Seq IDNo 172 的 31-379，或其 N-末端衍生的變體。在另一種實施方式中，抗原進一步包括或者由前導(dǎo)序列或分泌序列、用于純化的 序列，或者前蛋白序列組成。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過抗原解決，由此所述抗原包括如在表1的 “預(yù)測的免疫原性aa”或“預(yù)測的II類-限制性T細胞表位/區(qū)域”或“鑒定的免疫原性區(qū) 域(aa)的位置”欄中所示的核心氨基酸序列，由此更優(yōu)選核心氨基酸序列選自以下Seq ID No 123 的氨基酸 20-28，32-40，45-56，85-96，102-118，120-130，132-154， 158-172，174-181，193-202，208-221，228-241，250-259，274—283，285—291，296—309， 317-324，328-339，348-354，383—391，402—412，418—428，443—455，467—482，484—490，519-525,545-557,568-582,601-606,613-638,646-656,661-676,687-694,706-724, 741-766，776-782，789-798，812-822 和 847-869 ；Seq IDNo 124 的氨基酸 28-37，44-88， 95-102,107-115,142-150,212-226,228-233,235-245,262-269,278-311,319-338,
343-354,372-405,409-418,426-435,439-445,447-462,471-478,481-490,502-514, 522-529,539-565,568-589,595-605,608-622,645-651,656-662,665-670,679-685, 696-715，731-744，775-781 和 789-809 ；Seq IDNo 125 的氨基酸 6-14，21-44，52-70，74-93， 106-132，136-157，162-168，174-184，186-223，232-248，250-262，264-270，278-284， 303-324，342-348，352-357，409-415，423-442，444-454，458-478，480-494，499-509， 514-521,529-538,541-559,561-575,582-605,611-619,630-638,647-665,672-683, 696-719,727-739,748-791,800-806,815-822,848-855,860-868,876-884,891-896, 898-950，956-962，971-980，995-1008，1036-1043，1045-1061 和 1069-1074 ；Seq ID No 126 的氨基酸 7-13，21-27，33-57，63-72，74-80，82-88，94-105，107-119，121-132， 134-152，162-199，201-225，229-237，239-246，252-258，261-267，277-298，300-325， 340-366,373-383 和 391-401 ;Seq ID No 127 的氨基酸 4-17，22-32，45-58，60-70，72-86， 88-98，100-108，112-121，128-138，148-162，167-176，184-198，216-231和 241-248 ；Seq ID No 128 的氨基酸 6-23，32-52，60-77，84-90，92-107，117-163，165-239，249-254，273-280 和 289-308 ;Seq ID No 129 的氨基酸 5-49，52-59，65-95，102-108，115-123，126-139， 142-153，180-186，193-204，206-214，225-247，270-278，280-297，303-319，321-337，
344-358，363-371，378-389，399-406和 412-419 ;Seq I D No 130 的氨基酸 4-30，32-38， 43-50，55-62，64-72，76-83，97-119，125-132，139-156，158-172，204-210 和 221-227 ；Seq ID No 131 的氨基酸 4-16，21-31，39-57，61-67，73-99，105-111，119-128，135-147， 150-159，163-196，213-246，248-255，257-284，286-293，295-317，333-360，369-387， 389-413，415-422，424-438，443-454，461-467，478-490，508-520，527-532，534-551，
557-564，566-576，578-588，596-684，687-711，713-724，729-741，749-758和 770-782 ；Seq ID No 132 的氨基酸 4-13，38-59，80-90，95-102，108-123，130-183，190-223 和 239-249 ； Seq ID No 133 的氨基酸 4-13，27-38，43-48，53-74，82-100，104-110，112-137，147-154， 169-179，184-192，196-223,234-249 和 252-262 ;Seq ID No 134 的氨基酸 7-36，45-50， 52-92,103-125,129-138,140-154,163-176,178-188,194-203,207-222,230-239, 244-297，299-314，324-332，335-343，361-368，370-404，409-416，426-443，451-456， 459-469,477-493,496-513,515-522,529-535,540-546,549-561,578-586,588-596, 609-628,636-645,659-665,668-687,708-724,726-739,761-770,788-795,818-825, 842-869,872-883,887-897,905-972,976-984,988-998,1015-1030,1033-1051, 1076-1082, 1084-1107, 1141-1151,1167-1180,1184-1189,1193-1205,1221-1228, 1235-1254，1258-1305，1307-1314，1326-1335，1350-1369和 1371-1395 ;Seq ID No 135 的 氨基酸 4-14，22-32，48-61，63-71，79-111，119-145，147-167，179-186，188-201,217-223 和 227-235 ;Seq ID No 136 的氨基酸 14-29，31-38，50-56，68-74，81-89，108-118， 125-138，144-151，167-175，215-228，252-262，272-279，281-288，322-344，358-374， 386-395,406-418,426-441,455-465,485-490,513-519,521-528,538-543,548-555,
558-574,577-583,585-596,608-624,636-643,665-672,680-686,699-707,715-730,747-755,775-786,812-818,824-841,856-868,892-899,930-946,963-972,979-984, 1008-1015,1032-1038,1044-1050,1052-1060,1092-1110,1143-1148,1157-1181, 1184-1196,1215-1222,1229-1244,1248-1255,1267-1272,1282-1295, 1300-1311, 1323-1329,1390-1396,1399-1407,1423-1431,1452-1458,1478-1484,1488-1501, 1504-1511，1521-1551，1573-1599，1622—1641，1644—1663，1669—1675，1681-1688 禾口 1692-1711 ；Seq ID No 137 的氨基酸 7-33，39-47，53-66，72-104，117-126，132-138， 146-154,160-167,182-188，199-213，259-270，283-289，291-308，314-326，328-334， 352-358,364-370,372-379,407-417,424-445,461-475,477-485,488-497,510-516, 539-553,567-581,589-595,668-687,697-707,709-731,733-752,756-765,772-780, 797-827，845-852，860-876，884-891，896-903 和 915-922 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-23， 26-34,36-42,45-51,53-63,69-79,89-97,106-119，146-161，175-184，186-201，217-244， 252-265，268-278，280-294，304-315，324-340，343-351 和 353-374 ;Seq ID No 139 的氨基 酸 17-27，34-40，47-65，68-112，114-126，133-148，150-157，163-187，190-204 和 207-234 ； Seq I D No 140 的氨基酸 4-16，20-42，60-66，75-108，112-117，131-138，148-153， 157-174，201-206，213-228，235-243，246-259，266-271，295-301，311-316，331-337， 344-353,364-377,383-389,405-412,452-458,470-487,491-505,508-517,540-555, 557-565，576-587，593-603 和 612-617 ；Seq ID No 141 的氨基酸 7-14，18-25，30-35， 43-48,82-98,102-111，139-149，165-185，189-197，203-219，231-236，268-277，291-301， 303-311，315-330，332-340，344-354，365-374，381-400，404-409，419-426，431-441， 457-467，469-475，481-490，556-562，605-613 和 649-655 ;Seq ID No 142 的氨基酸 4-15， 23-32,48-67,76-83,86-94,97-105,107-120,127-136,180-185,206-212,251-257, 313-322,325-331,340-353,374-381,397-403,407-413,420-432,450-457,471-483, 492-503,505-515,519-530,539-548,558-579,602-611,625-633,636-643,650-656,
658-666,677-683,686-694,707-714,716-730,745-763,765-786,791-830,841-857, 864-870，873-885，887-895，912-919，921-938 和 940-949 ;Seq ID No 143 的氨基酸 4-32， 34-61,65-75,81-91,99-106,121-132，150-156，162-170，174-182，189-196，201-214， 230-236,239-246,276-285,287-295,301-310,335-354,366-383,390-398,408-433, 439-445，466-478，499-519，525-544，550-555，572-580，589-603，624-633，648-655，
659-671和 677-682 ；Seq ID No 144 的氨基酸 5-29，42-60，72-77，114-143，151-157， 162-174，177-182，185-193，233-251，266-274，279-298，301-308，321-335，338-365，
378-386，388-396，401-407，412-434，439-459，475-480和 499-505 ;Seq ID No 145 的氨基 酸 4-26，28-34，57-64，75-81，95-100，126-141，144-150，158-163，200-210，216-221， 243-249,291-309,326-339,363-369,380-389,396-403,410-422,436-455,485-498, 516-525,54卜576,608-619,635-641,664-674,683-692,697-703,707-723,737-749, 760-765，775-808，827-839，851-859，869-875，877-884，886-906 和 910-927 ；Seq ID No 146 的氨基酸 4-29，43-48，56-66，70-82，93-102，107-113，127-152，159-164，179-184， 201-207，216-224，231-239，244-250，262-269，291-305，307-313，333-340，368-374，
379-387,414-422,432-438,440-461,487-498,518-524,539-548,557-567,610-615, 644-651,667-675,681-693,709-718,721-726,734-758,780-817,833-843,856-865,
25872-879，893-900，902-908 和 913-921 ;Seq ID No 147 的氨基酸 4-22，58-73，85-106， 115-129，139-145，170-181，185-191，199-204，242-249，270-276，293-303，332-339， 353-359,387-392,424-439,459-472,532-538,555-563,593-604,631-636,654-659, 679-686,689-705,718-733,740-751,756-771,789-796,798-805,834-842,851-856, 885-894,922-930,934-947,953-960,963-975,983-988,1008-1019,1026-1038, 1041-1083，1086-1098，1121-1157，1159-1166，1169-1182，1192-1207，1209-1216 禾口 1232-1260 ；Seq ID No 148 的氨基酸 5-12，38-50，70-91，109-157，169-182，185-191， 205-229, 234-251,262-279,287-314,321-331，335-351，356-364，366-373，377-383， 386-394,396-415,417-429,437-448,456-467,490-496,504-512,518-530,533-543, 545-555,577-586,603-610,617-628,635-662,670-682,689-699,713-719,724-741, 745-769，779-784，790-808，816-850，866-879 和 894-905 ;Seq ID No 149 的氨基酸 6-23， 26-31,35-99,108-120，134-146，154-167，171-178，183-189，194-203，206-212，241-250，
252-270，278-298和 302-338 ；Seq ID No 150 的氨基酸 21-26，31-37，42-92，100-127， 131-149,182-188,190-214,216-231,249-257,264-289,305-326,332-342,348-357, 360-368，379-385，387-393，396-410，421-427 和 435-452 ;Seq IDNo 151 的氨基酸 4-9， 16-21，23-29，34-41，46-51，58-73，104-113，115-122，125-134 和 141-168 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-11，16-34,82-98，103-114，132-147，151-158，164-182，215-221，236-244，
253-259，261-267，272-283和 285-307 ；Seq ID No 153 的氨基酸 4-18，20-34，50-56， 64-69，100-109，114-131，142-150 和 159-165 ;Seq ID No 154 的氨基酸 10-23，36-48，
55-66,68-75,95-109,116-151,156-169,173-192，199-205，208-213，219-226，232-238， 246-256,276-284,295-314,332-343,358-373,381-393,406-426,431-438,454-469, 481-492,519-533,536-551,556-561,567-572,594-608,612-619,629-638,665-681, 685-697，710-727，759-777 和 792-798 ；Seq ID No 155 的氨基酸 7-13，29-39，54-60， 62-68,99-104,126-138，140-153，159-190，204-210，217-223，234-240，243-262 禾P 270-278 ；Seq ID No 156 的氨基酸 4-22，50-58，71-77，83-93，108-127，143-153，158-191， 205-213 和 221-228 ;Seq ID No 157 的氨基酸 4-22，26-35，38-61，63-76，85-99，101-109，
145-151，153-160，162-172，180-187，194-202，208-215，223-231，235-247，253-273， 278-295,302-323,337-358,366-404,420-434,436-450,454-468,474-485,491-514, 524-533 和 539-545 ;Seq IDNo 158 的氨基酸 7-30，35-45，53-70，78-105，120-127， 129-143，151-158，162-193，208-216，219-249，252-258，277-308，311-321，323-347， 359-364，375-385，389-395，401-409，414-420，436-449，467-474，491-507 和 513-519 ；Seq ID No 159 的氨基酸 12-22，27-35，38-53，60-81，87-94，96-113，115-136，144-172， 189-196，208-237，239-251，258-265，272-292，296-305，319-331，351-371，378-389， 404-425，428-436，443-448，458-477，501-513，535-541，547-554，557-565，574-584 和 590-598 ；Seq ID No 160 的氨基酸 10-30，36-46，56-67，78-105，116-124，126-142，
146-160，166-172，186-198，207-224，249-256，278-289，297-304，307-315，318-350， 352-367,373-388,395-413,427-438,444-455,457-472,482-490,495-501,512-522, 529-535，537-552，572-580 和 589-620 ；Seq IDNo 161 的氨基酸 4-14，16-22，26-34，40-50，
56-65,75-86,88-101,105-117,126-132，134-142，145-170，172-191，193-205，214-223，227-235,247-290,294-319,332-339,345-355,363-369,394-403,407-412,429-466, 468-475,494-510,515-522,528-534,539-545,556-562,574-589,596-604,609-627, 637-647，663-671，679-689，694-702，708-715，718-727，738-744，750-758，774-808， 815-836，840-883，890-906，910-929，933-943，951-967，972-986，988-1027，1032-1041， 1045-1058,1069-1079,1081-1102,1117-1123,1125-1143,1145-1168,1173-1178, 1186-1199,1202-1209,1214-1220,1225-1242,1244-1251,1257-1266,1269-1275, 1295-1313,1339-1345,1364-1377,1390-1410,1412-1431,1438-1459,1472-1499, 1511-1537,1543-1549,1553-1560,1566-1579,1585-1609,1621-1632, 1636-1665, 1669-1718，1721-1730，1734-1761，1763-1787，1796-1802 和 1805-1823 ；SeqID No 162 的 氨基酸 11-21，27-48，58-69，73-89，100-110，142-152，165-178，187-196,203-216， 238-246，254-262，278-288，294-299，308-315，334-340，366-374，376-386，392-401， 406-412，444-459，463-469，474-479，484-490，500-517，524-534，542-552，566-578， 586-594,603-628,643-664,668-692,699-706,714-726,729-735,747-755,765-771, 778-785,804-814,822-837,848-855,860-886,898-909,912-919,925-933,936-942, 945-957，966-975，978-997，1015-1035，1045-1055，1066-1076，1082-1107，1141-1179， 1193-1214，1240-1246 和 1252-1259 ;Seq ID No 163 的氨基酸 7-15，17-28，34-39，83-96，
100-107，119-149，152-158，168-174，176-213，220-231，237-262，264-273，280-286， 318-327,338-348,358-369,371-386,405-410,413-421,427-443,445-462,467-473, 483-490，498-503，513-527，529-537，540-546 和 581-590 ；Seq IDNo 164 的氨基酸 4-16, 18-24,57-69，121-140，151-157，159-166，175-183，206-212，261-272，276-283，285-305， 321-327,343-350,352-367,383-389,410-416,424-435,448-455,457-464,469-478, 493-499,509-528,543-555,564-575,584-594,608-631,635-658,667-676,683-689, 692-698，708-731，737-750，757-774，778-784，798-805 和 809-815 ;Seq ID No 165 的氨基 酸 4-30，35-47，49-67，73-86，114-120，123-132，140-160，168-176，195-201，211-218， 220-256，261-285，313-328，330-349，367-373，375-385，388-422，449-488，509-547， 553-569,582-597 和 599-606 ;Seq ID No 166 的氨基酸 6-11，19-44，62-72，78-87，
101-108，128-142，149-185，191-198，204-222，224-241，284-294，296-301，304-311和 327-356 ；Seq ID No 167 的氨基酸 6-23，34-59，66-75，79-96，106-117，119-130，133-143， 164-172，179-193，195-207，215-241，247-261，285-293，300-307，317-329，346-352， 357-362,368-384,397-408,416-424,432-453,461-485,493-501,518-527,533-544, 552-562,574-588 和 604-613 ;Seq ID No 168 的氨基酸 4-13，15-21，32-41，43-54，56-84， 86-93，95-113，120-126，130-165，175-189，195-202，210-222，244-250，253-270，273-280， 283-291,301-313 和 315-339 ;Seq ID No 169 的氨基酸 6-25，28-87，93-100，105-112， 118-133，138-145，157-165，167-184，198-209，220-237，245-252，254-262，265-277， 288-299，310-326 和 335-362 ;Seq ID No 170 的氨基酸 8-19，21-27，29-36，49-67，84-101， 103-122，128-157，159-166，168-177，181-187，192-205，207-217，222-251，255-266， 272-280,284-297 和 306-322 ;Seq ID No 171 的氨基酸 9-25，33-41，48-73，78-86，89-97， 100-106，117-135，141-147，164-181，189-195，200-215，226-251，267-283，289-300， 318-324，332-340，355-362，374-382，389-394，397-402，422-448 和 450-455;Seq IDNo172 的氨基酸 4-31，36-45，52-76，78-118，120-135，145-164，167-228，241-250，269-279， 283-312，315-333，337-362 和 364-376 ；Seq ID No 173 的氨基酸 24-34，39-50，52-60，
70-93，96-105，124-130，146-168，173-183，195-213，217-231，248-259，267-285，304-312， 314-322,334-350,365-388,391-403,408-416,418-443,450-477,496-503,516-522, 544-550,565-592,594-600,614-635,639-670,691-705,707-714,733-744,751-764, 777-787,797-829,848-856,864-887,901-913,919-938,941-950,955-961,966-990, 1004-1023,1027-1033,1040-1047,1053-1058,1063-1073, 1079-1090, 1104-1109, 1112-1124，1128-1134，1138-1145 和 1149-1155 ;Seq ID No 174 的氨基酸 4-28，59-66， 93-98,128-134,140-164,166-186,198-208,211-227,233-240,246-258,264-277, 282-291, 297-302,318-349,362-370,372-386,393-417,420-427,437-462,464-473, 481-503, 508-514, 519-533,543-549,554-568,584-592,636-647,655-662,680-688, 702-707，716-723，726-731 和 738-746 ;Seq ID No 175 的氨基酸 16-31，78-84，131-140， 145-155，168-174，176-193，219-225，253-292，303-368，376-406，420-436，444-453 和 468-485 ；Seq ID No 176 的氨基酸 4-14 ;SeqID No 177 的氨基酸 18-35，47-55，65-82， 106-112 和 117-140 ；SeqID No 178 的氨基酸 15-38 ；Seq ID No 179 的氨基酸 31-48 和 50-55 ；Seq ID No 181 的氨基酸 6-14 ；Seq ID No 182 的氨基酸 4-10 ；Seq IDNo 183 的氨 基酸 9-18 和 21-30 ;Seq ID No 184 的氨基酸 4-13，31-39，56-74，76-83 和 85-91 ;Seq ID No 185 的氨基酸 8-32，38-49 和 57-66 ;Seq ID No 186 的氨基酸 4-19 和 25-31 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9，17-25，38-49 和 52-58 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-16 和 20-27 ；Seq ID No 189 的氨基酸 20-26 和 32-41 ;Seq IDNo 190 的氨基酸 4-15，21-41，45-55，63-92 和 105-123 ；Seq ID Nol92 的氨基酸 4-17 和 19-25 ；Seq ID No 193 的氨基酸 5-31 和 33-50 ； Seq ID No 194 的氨基酸 10-17 ;Seq ID No 195 的氨基酸 4-21 和 52-69 ;Seq ID No 196 的氨基酸 11-29 ;Seq ID No 123 的氨基酸 48-59，267-277，452-467，497-512 和 659-673 ； Seq ID No 124 的氨基酸 315-326，428-442，741-756 和 789-808 ;Seq ID No 125 的氨基酸 24-38，108-123，599-620，775-788 和 939-949 ；Seq ID No126 的氨基酸 17-30，40-59，
71-83，93-113，216-231，260-277，371-385和 392-404 ;Seq ID No 127 的氨基酸 3-37， 42-52，58-67，72-83，94-114，123-137，142-160，197-209 和 218-250 ；Seq ID No 128 的氨基 酸 7-22，24-35，78-93，97-110，124-136，162-176，193-209，213-225 和 230-239 ；Seq ID No 129 的氨基酸 12-27，125-138，190-202，260-277 和 394-417 ;Seq ID No 130 的氨基酸 9-21，26-37，49-63，84-97，107-120，127-137，142-154，197-208 和 223-235 ;Seq ID No 131 的氨基酸 526-543，609-624，654-673 和 682-699 ;Seq ID No 132 的氨基酸 7-25， 45-63,91-122，173-183 和 216-227 ;Seq ID No 133 的氨基酸 1-11，30-43，70-86，142-150， 192-207 和 217-229 ；Seq ID No 134 的氨基酸 428-440，561-572，859-870，919-930 和 1055-1067 ；Seq ID No 135 的氨基酸 12-25，44-60，72-88，97-117，145-158，178-201 和 211-221 ；Seq ID Nol36 的氨基酸 6-26，1430-1441 和 1648-1666 ;Seq ID No 137 的氨基酸 84-94，113-125，141-152，331-342，716-728 和 743-763 ；SeqID No 138 的氨基酸 17-27， 110-120，166-179，220-234，251-262，282-294，322-339，354-366 和 379-387 ；Seq ID No 139 的氨基酸 5-25，34-51，115-125，140-152，166-181，191-201 和 215-233 ;Seq ID No 140 的氨基酸 20-31，159-177，235-244，362-371 和 444-454 ;Seq ID No 141 的氨基酸 8-23，
28122-130，289-300，289-300，336-345，388-398 和 590-614 ;Seq ID No 142 的氨基酸84-97， 141-152，181-189，318-328，439-447，498-512，656-668 和 819-828 ;Seq ID No 143 的氨基 酸 3-17，53-72，187-199，452-465，468-483 和 592-601 ;Seq ID No 144 的氨基酸 7-21， 74-84，91-101，119-130,363-372 和 387-396 ;Seq ID No 145 的氨基酸 2-13，542-552， 627-637,652-660 和 798-807 ;Seq ID No 146 的氨基酸 7-23，173-185，530-540 和 726-734 ；Seq ID No 147 的氨基酸 10-24，1065-1079，1101-1110 和 1141-1156 ;Seq ID No
148的氨基酸 80-90，212-221，233-243，286-296，356-367，531-541 和 859-869 ；Seq IDNO
149的氨基酸 3-14，31-45，51-69，70-91，152-165,257-268 和 299-311 ;Seq ID No 150 的 氨基酸 42-51，62-75，79-88，264-276，336-353 和 398-406 ；Seq ID No 151 的氨基酸 17-32，44-70，89-103，122-133 和 150-165 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-13，23-40，61-74， 169-191，203-212 和 289-297 ;Seq ID No 153 的氨基酸 3-20，48-59，75-83 和 104-122 ;Seq ID No 154 的氨基酸 191-200，276-285，307-321，523-535，568-577，721-729 和 772-780 ； Seq ID No 155 的氨基酸 6-17，79-88，98-107，125-137，159-167，173-191 和 267-276 ;Seq ID No 156 的氨基酸 6-27，36-45，147-157 和 172-197 ；Seq ID No 157 的氨基酸 175-187， 242-254，377-389，450-467，493-503 和 528-538 ;Seq ID No 158 的氨基酸 6-27，94-106， 135-145,255-265 和 289-311 ;Seq ID No 159 的氨基酸 36-49，59-70，100-113，121-130， 147-155 和 351-360 ;Seq ID No 160 的氨基酸 17-28，291-300，340-352，362-371 和 387-396 ；Seq ID Nol61 的氨基酸 425-443 ;Seq ID No 162 的氨基酸 685-693，699-709， 1065-1075 和 1147-1158 ;Seq ID No 163 的氨基酸 66-80，169-178，262-271，333-348， 360-370 和 554-564 ;Seq ID No 164 的氨基酸 5-17，131-141，183-198 和 376-385 ;Seq ID No 165 的氨基酸 33-43，187-200，223-232，259-272，306-316，443-452 和 461-472 ；Seq IDNo 166 的氨基酸 62-70，141-161，224-238，297-305 和 339-354 ;Seq ID No 167 的氨基 酸 12-22,82-94，186-194，371-382，434-447 和 580-589 ;Seq ID No 168 的氨基酸 27-38， 56-38，77-102，174-185，259-270，298-309 和 319-331 ;Seq ID No 169 的氨基酸 10-18， 28-51,59-68，127-138，167-177 和 338-347 ;Seq ID No 170 的氨基酸 52_67，86_98， 127-138，144-167，227-237，282-296 和 307-319 ;Seq ID No 171 的氨基酸 1-18，124-137， 244-258，298-310，324-343，368-384 和 431-450 ;Seq ID No 172 的氨基酸 9-25，75-88， 104-116，121-133，180-197,215-227 和 324-338 ；Seq ID No 173 的氨基酸 234-244， 336-346,457-468 和 1002-1012 ；Seq ID No 174 的氨基酸 3-18，332-340，445-454 和 580-591 ；Seq ID No 175 的氨基酸 251-270，342-352，380-405，407-417 和 443-451 ;Seq IDNo 176 的氨基酸 1-27 ；Seq ID No 177 的氨基酸 22-46，56-70，79-96，98-107 和 119-135 ；Seq ID No 178 的氨基酸 10-38 ;Seq ID No 179 的氨基酸 10-20 和 29-43 ;Seq ID No 180 的氨基酸 3-18 ；Seq ID No 181 的氨基酸 8-19 ；Seq ID No 182 的氨基酸 5-22 ；Seq ID No 183 的氨基酸 7-34 ;Seq ID No 184 的氨基酸 21-34，61-72 和 74-92 ;Seq ID No 185 的氨基酸 5-14，21-34 和 42-54 ;Seq ID No 186 的氨基酸 4-32 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9 和 38-55 ;Seq ID No 188 的氨基酸 4-12 和 20-30 ;Seq ID No 189 的氨基酸 20-42 ;Seq ID No 190 的氨基酸 41-52，66-81 和 104-121 ；Seq ID No 191 的氨基酸 1-17 ；Seq ID No 192 的氨基酸4-32 ;Seq ID No 193 的氨基酸 10-45 ;Seq ID No 194 的氨基酸 2-23 ;Seq ID No 195 的氨基酸 8-29，41-50 和 52-72 ;Seq ID No 196 的氨基酸 3-26 ;Seq ID No 123 的氨基酸 249-260 ;Seq ID No 124 的氨基酸 569-636 ;Seq ID No 125 的氨基酸 697-758 和 808-875 ；Seq ID No 126 的氨基酸 3-23 ;Seq ID Nol27 的氨基酸 139-199 ;Seq ID No 128 的氨基酸 20-89 ;Seq ID No 129 的氨基酸 168-178 ;Seq ID No 130 的氨基酸 112-182 和 167-216 ；Seq ID No 131 的氨基酸 518-538 ;Seq ID No 132 的氨基酸 31-105 ;Seq ID No 133 的氨基酸 119-187 ；Seq ID No 134 的氨基酸 34-43 ；SeqID No 135 的氨基酸 223-241 ； Seq ID No 136 的氨基酸 91-170，1369-1393 和 1423-1486 ;Seq ID No 137 的氨基酸 397-456 ；Seq IDNo 138 的氨基酸 32-48 ;Seq ID No 139 的氨基酸 5-66 ;Seq ID No 140 的 氨基酸 271-367 ;Seq ID No 141 的氨基酸 270-279 和 621-632 ;Seq ID No 142 的氨基酸 146-221 和 782-847 ；Seq ID No 143 的氨基酸 216-283 ；Seq ID No 144 的氨基酸 245-264 和 367-374 ;Seq IDNo 145 的氨基酸 716-781 ;Seq ID No 146 的氨基酸 692-760 ;Seq IDNo 147 的氨基酸 1189-1244 ;Seq ID No 148 的氨基酸446-462 ;SeqID No 149 的氨基酸 79-94 和 136-145 ;Seq ID No 150 的氨基酸 97-165 ;Seq ID No 151 的氨基酸 106-123 ;Seq ID No 152 的氨基酸 16-80 ;Seq ID No 153 的氨基酸 36-113 ;Seq ID No 154 的氨基酸 303-330 ；Seq ID No 155 的氨基酸 154-168 ;Seq ID No 156 的氨基酸 28-49 ;Seq ID No 157 的氨基酸 406-485 ;Seq ID No 158 的氨基酸 421-488 ;Seq ID No 159 的氨基酸 442-492 和 526-610 ;Seq IDNo 160 的氨基酸 194-207 ;Seq ID No 161 的氨基酸 1058-1076 ^P 1643-1700 ；Seq ID No 162 的氨基酸 1068-1077 ;Seq ID No 163 的氨基酸 228-287 ;Seq ID No 164 的氨基酸 786-836 ;Seq ID No 165 的氨基酸 306-370 ;Seq ID No 166 的氨基酸 259-277 和 298-320 ;Seq ID No 167 的氨基酸 498-506 ;Seq ID No 168 的氨基酸 138-205 ； Seq ID No 169 的氨基酸 247-293 ;Seq ID No 170 的氨基酸 61-74 ;SeqID No 171 的氨基 B. 201-262 ；Seq ID No 172 的氨基酸 208-288 ;SeqID No 173 的氨基酸 938-1000 ;Seq ID No 174 的氨基酸 309-374 ;SeqID No 175 的氨基酸 36-109 和 375-388 ;Seq ID No 176 的 氨基酸 10-21 ；Seq ID No 177 的氨基酸 71-134 ;Seq ID No 178 的氨基酸 5-26 ;Seq ID No 179 的氨基酸 21-36 ;Seq ID No 180 的氨基酸 1-10 ;SeqID No 181 的氨基酸 13-23 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-11 ;Seq ID Nol83 的氨基酸 22-32 ;Seq ID No 184 的氨基酸 11-72 ;Seq ID No 185 的氨基酸4-18 ;Seq ID No 186 的氨基酸 13-26 ;Seq ID No 187 的氨基酸8-77; Seq ID No 188 的氨基酸 5-27 ;Seq ID No 189 的氨基酸 4-18 ;Seq ID No 190 的氨基酸 30-45 ；Seq ID No 191 的氨基酸 4-16 ；Seq ID No 192 的氨基酸 12-25 ；Seq ID No 193 的 氨基酸 37-48 ;Seq ID No 194 的氨基酸 4-21 ；Seq ID No 195 的氨基酸 18-44 和 SeqID No 196的氨基酸11-22。在一種實施方式中，抗原進一步由以下組成a) 1至50個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至40，更優(yōu)選1至30，更優(yōu)選最多1至25， 更優(yōu)選最多1至10，最優(yōu)選1，2，3，4或5個另外的氨基酸殘基；和/或b)與核心氨基酸序列同源的至少一個氨基酸序列。所述另外的氨基酸殘基進一步如上定義。在另一實施方式中，所述氨基酸殘基側(cè)翼于核心氨基酸序列N-末端、C-末端或 N-末端和C-末端。在本發(fā)明的實施方式中，所述抗原包括如上定義的至少2，至少3，至少4，至少5或 至少6個核心氨基酸序列。
以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過用于生產(chǎn)如本發(fā)明中定義的抗原，或其活 性片段或活性變體的方法解決，包括表達如上定義的核酸分子。本發(fā)明還涉及用于生產(chǎn)表達如上定義的抗原，或其活性片段或活性變體的細胞的 方法，包括將合適的宿主細胞用如上定義的載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染。在實施方式中，所述抗原或其活性片段或活性變體，分離自衣原體(Chlamydiae)、 優(yōu)選分離自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選分離自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚 鵡熱衣原體(C. psittaci)。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過藥物組合物，優(yōu)選疫苗來解決，其包括如 上定義的抗原或活性片段或活性變體；或如上定義的核酸分子；或如上定義的載體。本發(fā)明的另一方面提供藥物組合物，優(yōu)選疫苗，包括如上定義的抗原，或其活性 片段或活性變體；或如上定義的核酸分子；或如上定義的載體，以用于治療或預(yù)防衣原體 (Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. tra chomatis)、鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 衣原體(C. psittaci)感染。在優(yōu)選的實施方式中本發(fā)明的藥物組合物還包括免疫刺激物質(zhì)，優(yōu)選聚陽離子聚 合物(polycationic polymer)，特別是聚陽離子肽，免疫刺激寡脫氧核苷酸(ODNs)，特別 是Oligo (dldC) 13，包含至少兩個Lys LeuLys基序的肽，特別是KLKLLLLLKLK，神經(jīng)活性化合 物，特別是人類生長激素，明礬，弗羅因德(Freimd)完全或不完全佐劑，或其組合。在本發(fā)明藥物組合物的更優(yōu)選的實施方式中，免疫刺激物質(zhì)為聚陽離子聚合物和 免疫刺激脫氧核苷酸，或包含至少兩個Lys LeuLys基序的肽和免疫刺激脫氧核苷酸的組 合,優(yōu)選 KLKLLLLLKLK 和 Oligo (dldC) 13 的組合。在本發(fā)明藥物組合物的更優(yōu)選的實施方式中，聚陽離子聚合物為聚陽離子肽，特 別是聚精氨酸。本發(fā)明的另一方面還提供如上定義的抗原或其活性片段或活性變體，或如上定義 的核酸分子，或如上定義的載體，以用于用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣 原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。本發(fā)明的另一優(yōu)選方面涉及如上定義的抗原或其活性片段或活性變體，如上定義 的核酸分子，或如上定義的載體在用于制備治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原 體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原 體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原 體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染的 藥物組合物，特別是制備疫苗上的用途。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過抗體，或至少其有效部分來解決，其結(jié)合 至至少如上定義的抗原的選擇性部分或其片段，優(yōu)選其活性片段，或其變體，優(yōu)選其活性變體。在優(yōu)選的實施方式中，所述抗體為單克隆抗體。在另一優(yōu)選的實施方式中所述有效部分包括Fab片段，F(xiàn)(ab)片段，F(xiàn) (ab) N片段， F(ab)2片段或Fv片段。在本發(fā)明另一優(yōu)選的實施方式中所述抗體為嵌合抗體。在另一實施方式中所述抗體為人源化抗體。在另一實施方式中所述抗體為IgA抗體。本發(fā)明的另一方面涉及雜交瘤細胞系，其產(chǎn)生如上定義的抗體。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題還通過產(chǎn)生如上定義的抗體的方法來解決，其特征在于以 下步驟a)在非人動物中通過給藥如上定義的抗原，或其活性片段或活性變體給所述動物 來引發(fā)免疫應(yīng)答，b)從所述動物中除去包含抗體的體液，和c)通過將所述包含抗體的體液進行進一步的純化步驟來產(chǎn)生抗體。本發(fā)明還涉及生產(chǎn)如上定義的抗體的方法，其特征在于以下步驟a)在非人動物中通過給藥如上定義的抗原或其活性片段或活性變體給所述動物 來引發(fā)免疫應(yīng)答，b)從所述動物中除去脾或脾細胞，和c)產(chǎn)生所述脾或脾細胞的雜交瘤細胞，d)選擇和克隆對所述抗原或?qū)λ龌钚云位驅(qū)ζ渌龌钚宰凅w特異的雜交瘤 細胞，e)通過培養(yǎng)所述克隆的雜交瘤細胞產(chǎn)生抗體，和f)任選地進行進一步純化步驟。本發(fā)明的另一方面涉及包括如上指出的抗體的藥物組合物。另一方面還涉及如上定義的抗體或包括如上定義的抗體的藥物組合物，以 用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過使用如上定義的抗體在制備治療或預(yù)防 衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. tra chomatis)、鸚 鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或 豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或 鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染的藥物組合物上的用途來解決。根據(jù)另一方面本發(fā)明提供拮抗劑，其結(jié)合或能夠結(jié)合在本發(fā)明中所公開的抗原、 或其活性片段或活性變體。根據(jù)另一方面，根據(jù)本發(fā)明的拮抗劑為能夠降低或抑制根據(jù)本 發(fā)明的抗原或其活性片段或其活性變體與其相互作用伴侶的相互作用活性的拮抗劑。在 優(yōu)選的實施方式中，此類相互作用伴侶為所述抗原或其活性片段或其活性變體的抗體或受 體，優(yōu)選生理學(xué)上的受體。
根據(jù)另一方面本發(fā)明提供用于鑒定能夠結(jié)合如上定義的抗原或其活性片段或活 性變體的拮抗劑的方法，包括a)使分離或固定的如上定義的抗原或其活性片段或活性變體與候選拮抗劑在允 許所述候選拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體結(jié)合的條件下，在能夠提供應(yīng)答于 所述候選拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體的結(jié)合的可檢測信號的組分的存在 下接觸；和b)檢測應(yīng)答于所述拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體的結(jié)合產(chǎn)生的信 號的存在或不存在。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題還通過用于鑒定能夠降低或抑制如上定義的抗原或其活 性片段或活性變體與其相互作用伴侶的相互作用活性的拮抗劑的方法來解決，包括a)提供如上定義的抗原，或其活性片段或活性變體，b)提供所述抗原，或其活性片段或活性變體的相互作用伴侶，特別是如上定義的 抗體，c)使所述抗原，或其所述活性片段或活性變體與所述相互作用伴侶相互作用以形 成相互作用復(fù)合物，d)提供候選拮抗劑，e)使所述候選拮抗劑和所述相互作用復(fù)合物之間出現(xiàn)競爭反應(yīng)，f)確定所述候選拮抗劑是否抑制或降低所述抗原或其活性片段或活性變體與所 述相互作用伴侶的相互作用活性。本發(fā)明還涉及任何如上定義的抗原或其活性片段或活性變體在分離和/或純化 和/或鑒定所述抗原或其所述活性片段或活性變體的相互作用伴侶上的用途。本發(fā)明的另一方面涉及用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以 下步驟a)使獲自受試者的樣品與如上定義的抗原或其活性片段或活性變體接觸；和b)檢測樣品中針對所述衣原體(Chlamydia)有機體的抗體的存在。根據(jù)本方法的實施方式，針對所述衣原體(Chlamydia)有機體的的一種或多種抗 體的存在指示衣原體(Chlamydia)感染。在所述方法的另一實施方式中所述抗體為IgA抗體。在另一方面本發(fā)明提供用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以 下步驟a)使獲自受試者的樣品與如上定義的抗體接觸；和b)檢測樣品中所述衣原體(CHlamydia)有機體的抗原的存在。在所述方法的實施方式中所述衣原體(Chlamydia)有機體的抗原為如上定義的 抗原或其活性片段或活性變體。根據(jù)所述方法的實施方式，所述衣原體(Chlamydia)有機體的一種或多種抗原的 存在指示衣原體(Chlamydia)感染。在所述方法的另一實施方式中所述抗體為IgA抗體。另一方面還涉及用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以下步 驟
a)使獲自受試者的樣品與對如上定義的核酸分子，或其片段特異的引物或探針接 觸；和b)檢測樣品中此類核酸分子或其片段的存在。根據(jù)所述方法的實施方式，一種或多種所述核酸分子或其片段的存在指示衣原體 (Chlamydia)感染。本發(fā)明還提供用于體外診斷與根據(jù)本發(fā)明的抗原或其片段的表達有關(guān)的疾病的 方法，包括確定編碼根據(jù)本發(fā)明的所述抗原或其片段的核酸序列的存在，或確定根據(jù)本發(fā) 明的抗原或其片段的存在。在用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的任何上述方法的實施方式中， 衣原體(Chlamydia)有機體為致病性衣原體(Chlamydia)有機體，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，最優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。此外，本發(fā)明提供如本發(fā)明中定義的抗原，或其片段或變體在產(chǎn)生與所述抗原，或 其片段或其變體結(jié)合的肽上的用途，其中所述肽為抗促成素(anticaline)。此外，本發(fā)明提供如上定義的抗原，或其活性片段或活性變體在制備功能性核酸 上的用途，其中所述功能性核酸選自適配子和鏡像異構(gòu)體(spiegelmer)。在另一方面，本發(fā)明提供如上定義的核酸分子在制備功能性核糖核酸上的用途， 其中所述功能性核糖核酸選自核酶、反義核酸和siRNA。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題還通過用于在優(yōu)選需要其的動物或人類中治療衣原體 (Chlamydia)感染的方法來解決，包括給藥給所述動物或人類以治療有效量的如任何之前 方面所定義的抗原，或其活性片段或活性變體、或核酸分子、或載體，或抗體，或藥物組合 物。在一個實施方式中所述衣原體(Chlamydia)感染為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、 沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠 型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過用于使動物或人類免疫衣原體 (Chlamydia)有機體感染的方法來解決，包括給予所述動物或人類以有效量的如上定義的 抗原，或其活性片段或活性變體、或如上定義的核酸分子、或如上定義的載體，或如上定義 的抗體，或如上定義的藥物組合物，其中所述有效量適合在所述動物或人類中引起免疫應(yīng)答。在用于使動物或人類免疫衣原體(Cglamydia)有機體感染的所述方法的實施方 式中，所述衣原體(Chlamydia)有機體優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原 體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。以本發(fā)明為基礎(chǔ)的課題在另一方面通過用于針對衣原體(Chlamydia)有機體在 動物或人類中刺激免疫應(yīng)答的方法來解決，包括給予所述動物或人類以有效量的如上定義的抗原，或其活性片段或活性變體、或如上定義的核酸分子、或如上定義的載體，或如上定 義的抗體，或如上定義的藥物組合物，其中所述有效量適合在所述動物或人類中刺激免疫應(yīng)答。在用于針對衣原體(Chlamydia)有機體在動物或人類中刺激免疫應(yīng)答的所述方 法的實施方式中，所述衣原體(Chiamydia)有機體優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、 沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。其中使用如在本發(fā)明中所定義的抗原的各種方法和用途，分別還可以使用此類抗 原的片段，優(yōu)選其活性片段，或此類抗原的變體，優(yōu)選其活性變體(每一個都如優(yōu)選地在本 文所述)來進行或?qū)嵤?，這在本發(fā)明內(nèi)。與根據(jù)本發(fā)明的抗原相互作用或靶向其的本文公 開的各種化合物，可以另外地或備選地與所述抗原的活性片段或活性變體相互作用或靶向 其，這也在本發(fā)明內(nèi)。在其中使用抗體的實踐的每一方法和任何方法，原則上也可以當(dāng)使用本文定義的 抗促成素或功能性核酸代替抗體時實施，這也在本發(fā)明內(nèi)，由此優(yōu)選此類功能性核酸選自 適配子或鏡像異構(gòu)體。這等效地適用于本申請的各種用途。在優(yōu)選的實施方式中本文公開的抗原的片段為顯示此類抗原的至少一種特征的 此類抗原的部分。優(yōu)選此類特征為選自以下的特征用于治療感染的適合性、使包括人類的 動物的免疫、和/或在包括人類的動物中刺激免疫應(yīng)答。與衣原體(Chlamydia)、特別是肺炎衣原體(C. pneumoniae)有關(guān)本文造成的 任何公開還同樣地適用于任何衣原體(Chlamydia)物種，這也在本發(fā)明內(nèi)，由此衣原體 (Chlamydia)物種優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡 熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬 衣原體(C. suis)，更優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或 鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。術(shù)語“多肽”、“肽”、“蛋白質(zhì)”或“抗原”在整個本說明書中可相互替換地使用，并 且以綜合的方式指根據(jù)本發(fā)明的抗原，包括每一個或任何其變體、片段、類似物或衍生物， 特別本文所述的那些。在這個范圍，無論何時術(shù)語多肽、肽、蛋白質(zhì)或抗原在本文中使用，并 且如果不明確地另外指出，各公開還涉及或關(guān)于根據(jù)本發(fā)明的任何抗原，包括每一個或任 何其變體、片段、類似物或衍生物，特別本文所述的那些。還應(yīng)該理解被根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語 多肽、肽、蛋白質(zhì)或抗原覆蓋的，與任何上述化合物相關(guān)描述的任何用途或方面應(yīng)該還適用 于被根據(jù)本發(fā)明的術(shù)語多肽、肽、蛋白質(zhì)或抗原覆蓋的，每一個和任何其它上述化合物。本發(fā)明使用來自多個人類血漿池的抗體制劑以及衍生自肺炎衣原體 (C. pneumoniae)的表面表達文庫，有利地提供了有效、相關(guān)和綜合的分離的核酸分子以 及由其編碼的抗原(包括其活性片段和活性變體)的組。這樣，本發(fā)明滿足了對于肺 炎衣原體(C. pneumoniae)抗原、疫苗、診斷和產(chǎn)品的廣泛迫切的需要，所述肺炎衣原體 (C. pneumoniae)抗原、疫苗、診斷和產(chǎn)品在用于制備抗體和用于鑒定針對由以下引起的 感染有效的化合物的方法中是有用的致病性衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)0有效的疫苗應(yīng)該由蛋白質(zhì)或多肽組成，其能夠被所有菌株表達并且能夠誘導(dǎo)高親 和力的、豐富的針對以下的細胞表面組分的抗體所述致病性衣原體(Chlamydiae)，優(yōu)選 肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、 獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)， 更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)?？贵w應(yīng)該為用于調(diào)理作用(opsonisation)的IgGl和/或IgG3，任何IgG 亞型，和/或用于中和粘附或毒素作用的IgA。肺炎衣原體(C. pneumoniae)通過呼吸道的粘膜上皮感染宿主，因此認為粘膜免 疫性對于控制感染是重要的。IgA為在粘膜位置誘導(dǎo)的主要免疫球蛋白(Ig)亞型，并且認 為在這些位置介導(dǎo)防御功能。事實上，觀察到IgA-缺陷小鼠比野生型小鼠更容易受感染(Rodriguez，Α.等， 2006)，表明局部IgA應(yīng)答可能在針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)感染的呼吸道感染的保 護上起作用。IgA可以在被肺炎衣原體(C. pneumoniae)感染后的患者中在血清和痰樣品中都 檢測到(CiarrocchLG.等，2004)。因此，已經(jīng)選擇IgA抗體來鑒定本發(fā)明方法中的相關(guān)抗 原。這樣，通過IgA篩選鑒定的抗原，以及通過根據(jù)本發(fā)明方法產(chǎn)生的各IgA抗體良好地適 合用作治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)物種感染，特別是肺炎衣原體(C. pneumoniae)感染 的藥物組合物?；瘜W(xué)上定義的疫苗與全細胞疫苗(減毒的或殺死的)相比必須明確地較 好，因為與人類組織交叉反應(yīng)或抑制調(diào)理作用(opsonisation)的所述致病性衣原體 (Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 衣原體(C. psittaci)的組分，可以被消除，并且可以選擇誘導(dǎo)保護性抗體和/或保護性免 疫應(yīng)答的個體多肽。在本發(fā)明的優(yōu)選實施方式中，核酸分子在其全長上與Seq ID No 1至98中提出的 核苷酸序列顯示70%的同一性。更優(yōu)選的是包括在其全長上與Seq ID No 1至98中所示 的核酸分子有至少80%或至少85%同一性的區(qū)域的核酸。在這點上，在其全長上與同樣的 具有至少90 %，91 %，92 %，93 %，94 %，95 %，或96 %同一性的核酸分子特別優(yōu)選。此外，高 度優(yōu)選具有至少97%的那些，特別高度優(yōu)選具有至少98%和至少99%的那些，更優(yōu)選具有 至少99%或99. 5%的，特別優(yōu)選具有100%同一性的。此外，在該方面優(yōu)選的實施方式為核 酸，其編碼抗原或其片段(多肽)，其基本上保留與在Seq ID No s 99至196中所示的成熟 多肽相同的生物功能或活性。根據(jù)本發(fā)明的核酸分子編碼優(yōu)選為抗原的蛋白質(zhì)，這也在本 發(fā)明內(nèi)。由Seq ID No s 99至196定義的分子為優(yōu)選為抗原的蛋白質(zhì)，這還在本發(fā)明內(nèi)。本領(lǐng)域所知和本文所用的同一性，為通過比較序列確定的兩種或多種多肽序列或 兩種或多種多核苷酸序列之間的關(guān)系。在本領(lǐng)域，同一性還意味著多肽或多核苷酸序列之 間的序列相關(guān)性的程度，因為該情形可以通過在此類序列的串之間匹配來確定。同一性可以容易地計算。由于存在許多方法測定兩個多核苷酸或兩個多肽序列之間的同一性， 該術(shù)語對本領(lǐng)域技術(shù)人員是已知的(例如Sequence AnalysisinMolecular Biology, von Heinje,G. ,Academic Press，1987)。確定同一性的優(yōu)選方法被設(shè)計成給出測試的序列之間 的最大匹配。確定同一性的方法在計算機程序中編碼。確定兩個序列之間的同一性的優(yōu)選 計算機程序方法包括，但不限于，GCG程序包(Devereux，J.等，1984)，BLASTP, BLASTN, and FASTA(Altschul, S.等，1990)。作為通過稱為Seq ID Nos 1至98的本文所述的核酸分子(其描述在本文中稱為 第一備選方案)的第二備選方案，根據(jù)本發(fā)明的核酸分子還可以為這樣的核酸分子，其與 符合本文的第一備選方案所述的核酸至少基本上互補。本領(lǐng)域技術(shù)人員將知道個體核酸分 子與另一個體核酸分子至少基本上互補。如本文所用，互補是指核酸鏈與第二核酸鏈通過 Watson-Crick堿基配對原則而堿基配對。如本文所用的基本上互補是指堿基配對不對于 各鏈的所有堿基而發(fā)生，而是留下特定數(shù)量或百分比的堿基不配對或錯誤地配對。正確配 對堿基的百分比優(yōu)選為至少70 %，更優(yōu)選80 %，更優(yōu)選90 %和最優(yōu)選比90 %更高的任何百 分比。此類更高的百分比包括91，92，93，94，95，96，97，98，99和100%，由此此類限定適用 于其中使用此類術(shù)語的本申請的各方面。應(yīng)該注意認為70%百分比匹配的堿基為同源的， 并且認為具有此種程度匹配堿基的雜交為嚴緊的。用于此類嚴緊雜交的雜交條件可以獲自 Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.，1987)。更具體 地，雜交條件如下-例如在5x SSPE，5x Denhardt ‘ s 試劑(Denhardt ‘ s reagent), 0. 1% SDS, 100g/mL剪切的DNA中在68°C下進行雜交-在0.2x SSC，0. SDS在42°C下中等嚴緊洗滌-在0. Ix SSC, 0. 1% SDS 在 68°C下高嚴緊洗滌。具有50% GC含量的基因組DNA具有約96°C的TM。對于錯配，Tm降低約1°C。此外，本文所述的任何其它雜交條件原則上也是適用的。當(dāng)然，編碼與本發(fā)明鑒定出的那些相同的多肽分子的所有核酸序列分子被任何公 開的給定的編碼序列包括，因為遺傳密碼的簡并性直接適用于明確地確定編碼給定多肽分 子的所有可能核酸分子，即使此類簡并的核酸分子的數(shù)目可能高。這還適用于給定抗原的 活性片段或活性變體，只要所述片段或變體編碼適合使用的抗原，以能夠獲得如同使用全 長抗原的相同效果。優(yōu)選地，此類抗原或其活性片段或活性變體可以用于接種應(yīng)用，例如作 為主動或被動接種。作為第三備選方案，根據(jù)本發(fā)明的核酸分子還可以為這樣的核酸，其包括根據(jù)如 上所述依照本發(fā)明的第一或第二備選方案的核酸分子的核酸分子的至少15個堿基的伸 長。優(yōu)選地，所述堿基形成堿基的相鄰伸長。然而，該伸長由兩個或更多個通過一定數(shù)量堿 基分開的部分組成，這也在本發(fā)明的范圍內(nèi)。根據(jù)本發(fā)明的核酸分子優(yōu)選由來自本文公開的序列的20，更優(yōu)選至少30，特別至 少50個相鄰堿基組成。由于使用的目的領(lǐng)域(例如作為(PCR)引物，探針，捕獲分子(例如 在(DNA)芯片上)，等)，合適的長度易于優(yōu)化。優(yōu)選的核酸分子包含至少表1中列出的一 種或多種免疫原性氨基酸序列的至少相鄰的15個堿基部分。特別優(yōu)選的是這樣的核酸，其 包含在本申請的 列策略中包含的任何序列的DNA序列的相鄰部分，其與可獲得的肺炎衣原體(C. pneumoniae)AR 39，CWL029, TW183和J138的基因組序列相比顯示1個以上，優(yōu)選 超過2個，特別優(yōu)選超過5個非同一的核酸殘基(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/genomes/ lproks. CRi, gK http //pedant. Rsf. de/,禾口 http //cmr. tiRr. ors/) 牛寺另ll優(yōu)選的非同—— 的核酸殘基為導(dǎo)致非同一的氨基酸殘基的殘基。優(yōu)選地，核酸序列編碼具有與上述出版或 列出的肺炎衣原體(C. pneumoniae)配對物(counterpart)相比至少1，優(yōu)選至少2，優(yōu)選至 少3個不同氨基酸殘基的多肽、蛋白質(zhì)或抗原。優(yōu)選地，此類多肽、蛋白質(zhì)或抗原仍具有至 少一種本文公開的具有相同氨基酸殘基的分子的特性。還優(yōu)選的是此類分離的多肽，其為 例如在序列表中本文公開的蛋白質(zhì)或抗原的片段，具有至少6，7，或8個氨基酸殘基并被本 文所述的核酸編碼。作為第四備選方案，根據(jù)本發(fā)明的核酸分子，還可以為在嚴緊雜交條件下與根據(jù) 本文公開的第一、第二或第三備選方案的本發(fā)明的任何核酸退火的核酸分子。嚴緊雜交條 件典型地為本文所述的那些。最后，作為第五備選方案，根據(jù)本發(fā)明的核酸分子還可以為要不是遺傳密碼的簡 并性，將與根據(jù)本文所述的第一、第二、第三或第四備選方案的本發(fā)明的任何核酸分子雜交 的核酸分子。此類核酸分子是指以下事實優(yōu)選根據(jù)本發(fā)明的核酸編碼根據(jù)本發(fā)明的抗原， 或其片段或變體。此類核酸分子特別有用之處在于檢測根據(jù)本發(fā)明的核酸分子并且從而診 斷各微生物例如肺炎衣原體(C. pneumoniae)或任何致病性衣原體(Chlamydia)物種，特別 是本文公開的那些致病性衣原體(Chlamydia)物種，以及其中涉及這些類微生物的任何疾 病或疾病狀況。優(yōu)選地此類微生物，特別是機會主義的微生物，直接或間接引起此類疾病。 優(yōu)選地，雜交將在與本文所述第四備選方案有關(guān)所述的嚴緊條件下進行。本文所述的核酸分子通常是指任何核糖核酸分子，例如mRNA或cRNA，或脫氧核糖 核酸分子，包括例如，通過克隆或通過化學(xué)合成技術(shù)生產(chǎn)或通過其組合獲得的cDNA和基因 組DNA。核酸分子可以是未修飾的RNA或DNA或修飾的RNA或DNA。這樣，例如，除了別的 以夕卜，本文所用的核酸分子是指單鏈和雙鏈DNA、為單鏈和雙鏈DNA的混合物的DNA，以及為 單鏈和雙鏈區(qū)域的混合物的RNA，包括DNA和RNA的雜交分子，所述DNA和RNA可以為單鏈， 或更典型地，雙鏈，或三鏈，或單和雙鏈區(qū)域的混合物。此外，本文所用的核酸分子是指包括 RNA或DNA或RNA和DNA 二者的三鏈區(qū)域。在此類區(qū)域中的鏈可以來自相同的分子或來自 不同的分子。所述區(qū)域可以衍生自一種或多種分子，但更典型地僅包括某些分子的區(qū)域。三 螺旋區(qū)域的分子之一通常為寡核苷酸。單鏈DNA可以為編碼鏈，也稱為正義鏈，或其可為非 編碼鏈，也稱為反義鏈。如本文所用，術(shù)語核酸分子包括如上所述包含一種或多種修飾堿基 的DNA或RNA。這樣，具有為了穩(wěn)定性或為了其它原因修飾的主鏈的DNA或RNA為按照該 術(shù)語在本文中所規(guī)定的核酸分子。此外，包括非常見堿基，例如肌苷(inosine)，或修飾的 堿基，例如三苯甲基化堿基(僅列舉兩個實例)的DNA或RNA為按照該術(shù)語在本文中所規(guī) 定的核酸分子。將意識到各種修飾可以對DNA和RNA進行，其對本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的許 多有用目的起作用。本文所用的術(shù)語核酸分子包括核酸分子的此類化學(xué)上、酶促地或代謝 上修飾的形式，以及特征在于病毒和細胞的DNA和RNA的化學(xué)形式，包括簡單或復(fù)雜的細胞 等。術(shù)語核酸分子還包括通常被稱為寡核苷酸的短核酸分子。本文“多核苷酸”和“核酸” 或“核酸分子”通?？上嗷ヌ鎿Q地使用。在本發(fā)明中提供的核酸分子還包括許多獨特的片段，其比本申請的序列表中提出
38的核酸分子序列，更具體地肺炎衣原體(C. pneumoniae)編碼區(qū)域更長或更短，其可以通 過標準克隆方法產(chǎn)生。為了獨特起見，片段必須具有足夠的大小以將其與其它已知核酸 序列區(qū)分開，最容易通過將任何所選的肺炎衣原體(C. pneumoniae)片段與生物序列數(shù)據(jù) 庫例如GenBank中的核苷酸序列比較來確定。本領(lǐng)域技術(shù)人員將意識到在關(guān)于肺炎衣原 體(C. pneumoniae)的本文所述的任何方面將同樣地適合于任何其它本文所述的衣原體 (Chlamydia)物種，更優(yōu)選任何本文所述的任何致病性衣原體(Chlamydia)物種。此外，修飾可以對本發(fā)明包括的核酸分子和多肽進行。例如，核酸還可以包括遺傳 密碼的簡并性的結(jié)果的序列。存在20種天然氨基酸，大多數(shù)被多于一種的密碼指定。這樣 可以進行不影響由核酸編碼的多肽的核苷酸取代。因此，本發(fā)明包括編碼抗原或其片段的 任何核酸分子。此外，編碼本發(fā)明提供的抗原或其片段的任何核酸分子可以使用標準技術(shù)例如標 準克隆技術(shù)，功能上連接至任何所需的調(diào)控序列，無論是肺炎衣原體(C. pneumoniae)調(diào)控 序列或異源調(diào)控序列、異源前導(dǎo)序列、異源標記序列或異源編碼序列，以形成融合蛋白。本發(fā)明還涉及本文所述核酸分子的變體，其編碼序列表中提出的具有扣除 (deducted)的肺炎衣原體(C. pneumoniae)氨基酸序列的抗原的片段、類似物及其衍生物 或其片段。核酸分子的變體可以為天然發(fā)生的變體例如天然發(fā)生的等位變體，或其可為已 知不是天然發(fā)生的變體。核酸分子的此類非天然發(fā)生的變體可以通過突變形成技術(shù)，包括 應(yīng)用到核酸分子、細胞或有機體的那些來進行。在這點上的變體中為通過核苷酸取代、缺失或添加與前述核酸分子不同的變體。 取代、缺失或添加可以包括一個或多個核苷酸。變體可以在編碼或非編碼區(qū)或二者都改 變。在編碼區(qū)的改變可能產(chǎn)生保守或非保守性氨基酸取代、缺失或添加。優(yōu)選地為編碼 變體、類似物、衍生物或片段，或片段的變體、類似物或衍生物的核酸分子，其具有序列表 中提出的肺炎衣原體(C. pneumoniae)序列，其中幾個、少數(shù)、5至10、1至5、1至4、3、2、 1或沒有氨基酸以任何組合被取代、缺失或添加。這些中特別優(yōu)選的是沉默取代(silent substitution)、添加和缺失，其不改變序列表中提出的肺炎衣原體(C. pneumoniae)多肽 的性質(zhì)和活性。在這點上還特別優(yōu)選的是保守性取代。本發(fā)明的核酸分子還可以用作用于例如RNA，cDNA和基因組DNA的雜交探針以分 離編碼本發(fā)明多肽的全長cDNA和基因組克隆，和以分離與本發(fā)明核酸分子具有高度序列 相似性的其它基因的cDNA和基因組克隆。此類探針通常將包括至少15個堿基。優(yōu)選地， 此類探針將具有至少20，至少25或至少30個堿基，和可以具有至少50個堿基。特別優(yōu)選 的探針將具有至少30個堿基，以及將具有50個堿基或更少，例如30，35，40，45，或50個堿 基。例如，本發(fā)明核酸分子的編碼區(qū)可以使用已知的DNA序列以合成寡核苷酸探針， 通過篩選相關(guān)文庫來分離。具有與本發(fā)明基因的序列互補的序列的標記的寡核苷酸然后用 于篩選cDNA、基因組DNA或mRNA的文庫，來確定該探針與文庫的哪些成員雜交。本發(fā)明的核酸分子和多肽將用作用于開發(fā)或制備藥物組合物和/或診斷本文進 一步討論的疾病，特別是人類疾病的試劑和材料。為寡核苷酸的本發(fā)明的核酸分子可用于本文所述的方法，但優(yōu)選用于PCR，以確定 本文鑒定的肺炎衣原體(C. pneumoniae)基因是否以全部或部分在感染組織例如皮膚、滑液或血液中存在和/或轉(zhuǎn)錄。意識到此類序列還將在診斷病原體導(dǎo)致的感染的階段和感染 的類型上具有用途。為這種和其它目的，可以使用陣列，所述陣列為在本領(lǐng)域已知的并且包 括至少根據(jù)本文所述的本發(fā)明的核酸或多肽的至少一種。根據(jù)本發(fā)明的核酸分子可用于檢測核酸分子和包含這些核酸分子的有機體或 樣品。優(yōu)選地，此類檢測用于診斷，更優(yōu)選用于診斷與衣原體(Chlamydiae)或衣原體 (Chlamydia)屬的任何其它病原體物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)的存在或豐度相關(guān)或有關(guān)的疾病的診斷。被衣原體(Chlamydiae)或衣原體(Chlamydia)屬的任何其它病原體物種，優(yōu)選肺 炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸 類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺 炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感 染的真核生物(本文也稱為“個體”)，特別是哺乳動物，以及特別是人類，可以通過檢測通 過各種技術(shù)在DNA水平檢測的根據(jù)本發(fā)明的任何核酸分子來鑒定?？梢垣@得用于將衣原體 (Chlamydiae)或所述其它致病性衣原體(Chlamydia)從其它有機體區(qū)分開的優(yōu)選的核酸 分子候選物。本發(fā)明提供用于診斷由衣原體(Chlamydiae)或衣原體(Chlamydia)屬的任何其 它病原體物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 衣原體(C. psittaci)感染引起的疾病的方法，包括從分離的樣品或源自個體的樣品確定 具有本文公開的，更優(yōu)選序列表中提出的核酸分子的序列的核酸分子表達的增加水平。核 酸分子的表達可以使用本領(lǐng)域已知方法的任何一種測定以用于定量核酸分子，例如，比如， PCR、RT-PCR、核糖核酸酶保護、Northern印跡、其它雜交方法以及本文所述的陣列。本文所用的分離是指“借助于人工”從其天然狀態(tài)分離，即，如果其在自然中出現(xiàn)， 其已經(jīng)從其起始環(huán)境改變或除去，或二者。例如，如本文所用，以其天然狀態(tài)天然地存在于 活的有機體中的天然發(fā)生的核酸分子或多肽為未“分離”的，但是從其天然狀態(tài)的共存材料 中分離的相同核酸分子或多肽為“分離”的。作為分離的部分或分離后，此類核酸分子可以 連接至其它核酸分子，例如DNA，用于突變形成，以形成融合基因，并且例如用于在宿主中增 殖或表達?？梢詫⒎蛛x的核酸分子，單獨或與其它核酸分子例如載體連接，引入培養(yǎng)或完整 有機體的宿主細胞。如本文所用的術(shù)語，引入培養(yǎng)或完整有機體的宿主細胞，此類DNA仍將 是分離的，因為他們將不以其天然發(fā)生的形式或環(huán)境。類似地，核酸分子和多肽可以出現(xiàn)在 組合物，例如用于將核酸分子或多肽引入細胞的培養(yǎng)基制劑、溶液；用于化學(xué)或酶促反應(yīng)的 組合物或溶液，例如，其不是天然發(fā)生的組合物，但其中仍保留如本文所用的該術(shù)語的意義 內(nèi)的分離的核酸分子或多肽。該核酸可以例如通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法從以下分離衣原體 (Chlamydiae)或衣原體(Chlamydia)屬的任何其它病原體物種，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. tra chomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體
40(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。同樣地還 適用于根據(jù)本發(fā)明的多肽。優(yōu)選地，本發(fā)明的核酸分子可以最初在體外形成，例如通過化學(xué)合成，或最初在細 胞培養(yǎng)物中形成以及隨后分離或純化。通常，核酸可以借助于內(nèi)切核酸酶和/或外切核酸 酶和/或聚合酶和/或連接酶和/或重組酶通過核酸的操作或熟練從業(yè)者已知的其它方法 來獲得以產(chǎn)生核酸。Seq ID Nos 1至98所定義的核酸序列以要插入載體的片段所包括的第一完整密 碼子起始，并且編碼Seq ID Nos 99至196所定義的第一氨基酸。然而，對于重組產(chǎn)物另外 的核酸可能是有用的或需要的，以促進克隆和表達。本發(fā)明還涉及載體，其包括本發(fā)明的一個或多個核酸分子。載體可以另外地包括 允許其在宿主細胞復(fù)制的核酸序列，例如復(fù)制的起點(origin)、一種或多種治療性基因和 /或選擇標記基因和其它本領(lǐng)域已知的基因元件，例如指導(dǎo)編碼蛋白的轉(zhuǎn)錄、翻譯和/或分 泌的調(diào)控元件。載體可以用于轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)化或感染細胞，從而引起細胞表達除對細胞是天然的 那些之外的核酸和/或蛋白質(zhì)。載體任選地包括有助于實現(xiàn)核酸進入細胞的材料，例如病 毒顆粒，脂質(zhì)體、蛋白涂層等。本發(fā)明還涉及被本發(fā)明載體遺傳上操縱的宿主細胞，以及通過重組技術(shù)產(chǎn)生根據(jù) 本發(fā)明的多肽。各種表達載體可用于表達根據(jù)本發(fā)明的多肽。通常，在這點上，在宿主中適合保 持、增殖或表達核酸以表達多肽的任何載體可以用于表達。根據(jù)本發(fā)明的這方面，載體可以 為例如質(zhì)粒載體，單鏈或雙鏈噬菌體載體，單鏈或雙鏈RNA或DNA病毒載體。本文公開的起 始質(zhì)?？缮虡I(yè)上獲得、公眾可獲得或可以從獲得的質(zhì)粒通過已知的出版的方法的常規(guī)應(yīng)用 構(gòu)建。在某些方面，載體中優(yōu)選的為用于表達根據(jù)本發(fā)明的核酸分子和多肽的那些。在宿主 細胞中的核酸構(gòu)建體可以以傳統(tǒng)的方式用于生產(chǎn)由重組序列編碼的基因產(chǎn)物。作為選擇， 根據(jù)本發(fā)明的多肽可以通過傳統(tǒng)的肽合成儀合成地生產(chǎn)。成熟蛋白可以在合適的啟動子的 控制下在哺乳動物細胞、酵母、細菌或其它細胞中表達。無細胞翻譯系統(tǒng)也可用于使用從本 發(fā)明的DNA構(gòu)建體衍生的RNA生產(chǎn)此類蛋白。宿主細胞可以被遺傳上操作以弓I入核酸分子和表達本發(fā)明的核酸分子。合適宿主 的代表性實例包括細菌細胞，例如鏈球菌(str印tococci)、葡萄球菌(staphylococci)、大 腸桿菌(E. coli)，鏈霉菌(str印tomyces)和枯草桿菌(Bacillus subtilis)細胞；真菌細 胞例如酵母細胞和曲霉菌(Aspergillus)細胞；昆蟲細胞例如果蠅(Drosophila) S2和草 地貪夜蛾(Spodoptera) Sf9 細胞；動物細胞例如 CH0, COS, HeLa, C127, 3T3, BHK, 293，Vero, PER. C6 和人黑色素瘤(Bowes melanoma)細胞；以及植物細胞。宿主細胞可以被轉(zhuǎn)染，例如通過傳統(tǒng)的方法例如用至少一種包含在轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列 的控制下的本發(fā)明核酸的表達載體電穿孔。根據(jù)本發(fā)明的另一方面，提供綜合性的新多肽的組。本文之前所述的此類多肽，為 本文公開的抗原或其片段，優(yōu)選其活性片段，及其變體，優(yōu)選其活性變體。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā) 明的多肽為抗原或其片段。在本發(fā)明的優(yōu)選實施方式中，提供包括氨基酸序列的抗原，所述 氨基酸序列優(yōu)選由本文公開的任何一種核酸分子及其片段編碼。在本發(fā)明另一優(yōu)選的實施方式中，提供新的蛋白質(zhì)和抗原和其活性片段以及活性變體的組，其包括選自Seq ID Nos 99至196的氨基酸序列。由本發(fā)明提供的根據(jù)本發(fā)明的多肽，即抗原，優(yōu)選包括在序列表中提出的任何多 肽或分子，以及以下多肽其與根據(jù)本發(fā)明的此類多肽具有至少70%同一性，優(yōu)選與根據(jù) 本發(fā)明的此類多肽具有至少80%或85%同一性，更優(yōu)選與根據(jù)本發(fā)明，更優(yōu)選如在序列表 中提出的此類多肽有至少90%相似性(更優(yōu)選至少90%同一性)，仍更優(yōu)選與根據(jù)本發(fā)明 的此類多肽具有至少95 %，96 %，97 %，98 %，99 %或99. 5 %相似性(仍更優(yōu)選至少95 %， 96 %，97 %，98 %，99 %，或99. 5 %同一性)，并且還包括此類多肽的部分，所述該多肽的此 類部分通常包含至少4個氨基酸，更優(yōu)選至少8，更優(yōu)選至少30，更優(yōu)選最多50個氨基酸， 例如4，8，10，20，30，35，40，45或50個氨基酸。在優(yōu)選的實施方式中此類部分為根據(jù)本發(fā) 明的多肽的活性片段。本發(fā)明還涉及根據(jù)本發(fā)明多肽的片段、類似物及衍生物。當(dāng)指其氨基酸序列是優(yōu) 選在序列表中提出的此類多肽時，術(shù)語“片段”，“衍生物”和“類似物”是指這樣的多肽，其基 本上保持與此類多肽相同或相似的生物活性。本領(lǐng)域技術(shù)人員將承認本文所用的術(shù)語“相 似的生物活性”依賴于考慮中的多肽，以及更具體地其功能。本文所用的術(shù)語“生物活性”進 一步如下定義。更優(yōu)選地，相似的生物功能和活性在活性、親和力、免疫原性、穩(wěn)定性和/或 特異性的程度方面不同于非片段或非衍生物的功能。在優(yōu)選的實施方式中差異低于50%， 低于75%或低于90%。在實施方式中根據(jù)本發(fā)明的多肽的片段、衍生物、變體或類似物為1)其中一個或 多個氨基酸殘基被保守性或非保守性氨基酸殘基(優(yōu)選保守性氨基酸殘基)取代并且此類 取代的氨基酸殘基可以或可以不為由遺傳密碼編碼的氨基酸殘基的那些，或2)其中一個 或多個氨基酸殘基包括取代基的那些，或3)其中根據(jù)本發(fā)明的多肽或其片段與另一化合 物，例如增加根據(jù)本發(fā)明的多肽或其片段的半衰期的化合物，例如比如聚乙二醇融合的那 些，或4)其中另外的氨基酸融合到根據(jù)本發(fā)明的多肽或其片段，例如前導(dǎo)或分泌序列，或 用于純化根據(jù)本發(fā)明的多肽或其片段的序列，或前蛋白序列的那些。相信此類片段、衍生 物、變體和類似物從本文教導(dǎo)下在本領(lǐng)域技術(shù)人員的范圍內(nèi)。本發(fā)明還涉及不同衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選致病性衣原體(Chlamydia) 物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoni ae)、沙眼衣原體(C. trachomat i s)、鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)的蛋白質(zhì)或抗原，其優(yōu)選是同源的。此類同源物可以易于基于本文公開 的核酸和氨基酸序列分離。迄今為止對于每一病原體存在多種可區(qū)分的血清型、基因型或臨床菌株，并且分 型基于血清型特異的抗血清或分子方法。因此任何抗原的存在可以就每一血清型、基因型 或菌株來確定。各種血清型對不同衣原體(Chlamydia)感染的貢獻在不同年齡組特別是地 理區(qū)域中變化。最有價值的保護性抗原在各種臨床菌株中需要是保守的，這是重要的方面。此外，包括此類抗原、變體、類似物、衍生物或其片段，或片段的變體、類似物或衍 生物的融合多肽，也被本發(fā)明包括。此類融合多肽和蛋白，以及編碼其的核酸分子，可以使 用標準技術(shù)，包括用于生產(chǎn)和表達編碼融合蛋白的重組多核酸的標準重組技術(shù)易于獲得。
在本發(fā)明在另一實施方式中，如上定義的肽可以通過各種化學(xué)技術(shù)修飾來產(chǎn)生具 有與未修飾的肽基本上相同活性(如上定義對于片段和變體)，以及任選地具有其它所需 性質(zhì)的衍生物。例如，蛋白質(zhì)的羧酸基團，無論C末端或側(cè)鏈，可以以藥學(xué)上可接受的陽離 子的鹽或酯化以形成酯，或轉(zhuǎn)換成酰胺的形式提供。肽的氨基，無論氨基末端或側(cè)鏈，可以 為藥學(xué)上可接受的酸加成鹽，例如HCl、HBr、乙酸、苯甲酸、甲苯磺酸、馬來酸、酒石酸和其它 有機鹽的形式，或可以轉(zhuǎn)換成酰胺。肽側(cè)鏈的羥基可以使用公知的技術(shù)轉(zhuǎn)換成烷氧基或酯。 肽側(cè)鏈的苯基或酚環(huán)(phenolic rings)可以被一種或多種鹵素原子，例如氟、氯、溴或碘取 代，或被烷基、烷氧基、羧酸或其酯，或此類羧酸的酰胺取代。巰基可以用許多公知的保護基 團的任何一種，例如乙酰胺基團保護。在這點上還特別優(yōu)選的是變體、類似物、衍生物和片段，以及片段的變體、類似物 和衍生物，其具有本文所公開，優(yōu)選在序列表中提出的根據(jù)本發(fā)明的任何多肽的氨基酸序 列，其中幾個、少數(shù)、5至10、1至5、1至4、3、2、1或沒有氨基酸殘基以任何組合被取代、缺失 或添加。這些中特別優(yōu)選的是沉默取代、添加和缺失，其不改變本發(fā)明肽的性質(zhì)和活性。在 這點上還特別優(yōu)選的是保守性取代。最高度優(yōu)選的是具有序列表中提出的沒有取代的氨基 酸序列的肽。在本文公開的其各種實施方式中任何抗原的變體，特別是Seq IDNos 99至196 規(guī)定的抗原和肽，可以典型地借助于生物信息學(xué)來表征。各工具例如NCBI Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (Altschul，S.等，1990)可以從幾種來源獲得，包括國家生 iIUii^ffEΦ(National Center for Biotechnology Information) (NCBI, Bethesda, MD)和在因特網(wǎng)上，以連同序列分析程序blastp，blastn, blastx, tblastn和tblastx — 起使用。為了比較至少35氨基酸的氨基酸序列，使用NCBI Blast 2. 0的Blast 2序列功 能，使用設(shè)定為默認參數(shù)的默認的BL0SUM62矩陣(matrix)(空位的blastp ；空位存在成本 (gap existence cost) 11，以及每殘基空位成本(per residuegap cost)為 1)。當(dāng)比對短 肽(低于約35個氨基酸)時，將使用Blast 2序列功能，使用設(shè)定成默認參數(shù)(開放的空 位(open gap)9，延伸空位(extension gap) 1罰分)的PAM30矩陣。用于在此類短窗口例 如15個氨基酸或更少上確定序列同一性的方法描述于由在馬里蘭的貝塞斯達(Bethesda) 的國家生物技術(shù)信息中心維護的網(wǎng)址(http://www. ncbi. nlm. nih. rov/BLAST/)?？乖幕钚宰凅w通過在抗原上的序列改變而獲得，如果不明確地指出相反，包括 其每一和任何變體、片段、類似物或衍生物，其中具有序列改變的根據(jù)本發(fā)明的多肽保持 未改變的根據(jù)本發(fā)明的多肽的功能，例如具有與完整抗原所展示的相似的生物活性，包括 例如在衣原體(Chlamydia)感染的小鼠模型中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答和/或顯示保護免受衣原體 (Chlamydia)有機體的能力。合適的小鼠模型為，例如，如在Yang，Ζ. P.等· (1993)中所 述的肺炎的小鼠模型；如Little，C. S.等(2004)所述的阿耳茨海默疾病(Alzheimer’ s disease)的小鼠模型；Ma rangoni,A.等(2006)所述的原發(fā)性膽汁性肝硬化的小鼠模型； 和/或Hauer，A.D.等(2006)所述的動脈粥樣硬化的小鼠模型。保留未改變的根據(jù)本發(fā)明的多肽的功能的另一實例為抗原的活性變體與多肽特 異性抗體特異性結(jié)合，所述抗體結(jié)合根據(jù)本發(fā)明的多肽的未改變形式。提到“生物功能”或 “生物活性”優(yōu)選指多肽在其中天然地發(fā)生的細胞或有機體中的多肽的功能，即使該功能對 于細胞和有機體的生長或存活分別是不需要的。例如，孔蛋白的生物功能允許在細胞外基質(zhì)中存在的化合物進入細胞。該生物功能不同于抗原性功能。根據(jù)本發(fā)明的多肽可以具有 超過一種生物功能。此類變體的序列改變可以包括，但不限于，保守性取代、缺失、突變或插入。優(yōu)選的 變體為不同于保守性氨基酸取代所指的那些。保守性取代為在根據(jù)本發(fā)明的多肽中給定的 氨基酸被類似性質(zhì)的另一氨基酸取代的那些，即發(fā)生在其側(cè)鏈和化學(xué)性質(zhì)相關(guān)的氨基酸家 族內(nèi)的那些取代。此類家族的實例為具有堿性側(cè)鏈、具有酸性側(cè)鏈，具有非極性脂肪性側(cè) 鏈、具有非極性芳香性側(cè)鏈、具有不帶電的極性側(cè)鏈、具有小側(cè)鏈、具有大側(cè)鏈等的氨基酸。 典型看作保守性取代的是脂肪性氨基酸Ala，Val，Leu和Ile中一個對另一個的置換；羥基 殘基Ser和Thr的相互交換；酸性殘基Asp和Glu的交換，酰胺殘基Asn和Gln之間的取 代，堿性殘基Lys和Arg的交換，以及芳香性殘基Phe和Tyr中的置換。在一種實施方式中，一種保守性取代包括在肽中。在另一種實施方式中，兩種保守 性取代或更少包括在肽中。在另一實施方式中，三種保守性取代或更少包括在肽中。保守性氨基酸取代的實例包括，但不限于，以下列舉的這些
起始殘基保守性取代AlaSerArgLysAsnGln;HisAspGluCysSerGlnAsnGluAspHisAsnGlnIleLeuValLeuIleValLysArgGin;MetLeuliePheMetLeu;SerThrThrSerTrpTyrTyrTrp; PheVallie; Leu
Asn
Tyr 優(yōu)選地，活性變體顯示與患有衣原體(Chlamydia)感染的患者的人類血清的反應(yīng)性，更優(yōu)選介導(dǎo)血清轉(zhuǎn)化，最優(yōu)選顯示殺菌活性?；钚宰凅w的這些特性可以例如按照實施 例中具體地評估。在本發(fā)明的上下文中，變體特異性結(jié)合特異性抗體(優(yōu)選針對動物例如 小鼠、兔中的重組蛋白產(chǎn)生的多克隆抗體或在小鼠中產(chǎn)生的單克隆抗體)，顯示與來自患有 衣原體(Chlamydia)感染的患者的人類血清的反應(yīng)性，介導(dǎo)血清轉(zhuǎn)化或顯示殺菌活性，如 果變體的活性總計為沒有序列改變的抗原的活性的至少10%，優(yōu)選至少25%，更優(yōu)選至少 50%，更優(yōu)選至少70%，更優(yōu)選至少80%，特別是至少90%，特別是至少95%，最優(yōu)選至少 99%。所述活性變體包括天然發(fā)生的等位變體，以及突變體或任何其它非天然發(fā)生的變 體。在本領(lǐng)域已知，等位變體為(多)肽的改變形式，如上所述，其特征在于具有基本上不 改變多肽的生物功能的一個或多個氨基酸的取代、缺失或添加。在生活世界的任何物種內(nèi)，等位變體為常規(guī)的。例如，任何細菌物種，例如肺炎衣 原體(C. pneumoniae)，通常由相互不同之處在于微小的等位變化的各種菌株(特征在于克 隆繁殖)代表。實際上，在不同菌株中履行相同生物功能的多肽可以具有在每一菌株中不 相同的氨基酸序列。此類等位變化同樣地反映在核苷酸水平。等位變化對于外膜蛋白A在所述的衣原體(Chlamydia)物種內(nèi)非常常見 (BruneiIe, B. W.等，2006)。在優(yōu)選的實施方式中，通過氨基酸交換、缺失或插入衍生自根據(jù)本發(fā)明的多肽的 活性變體或活性片段還可以保持，或更優(yōu)選改進活性(如本文定義的反應(yīng)性、血清轉(zhuǎn)化和/ 或殺菌活性)。此外，這些多肽還可以包括表位，其觸發(fā)相同或優(yōu)選改進的T細胞應(yīng)答。如 本文進一步定義，這些表位稱為”異變的(heteroclitic)”。它們對MHC/HLA分子具有類 似的或優(yōu)選更高的親和力，以及以類似或優(yōu)選更強的方式刺激針對起始表位的T細胞受體 (TCR)。異變表位可以通過合理設(shè)計獲得，即例如Rammensee H.等(1999)所述，考慮個別殘 基對結(jié)合MHC/HLA的貢獻，結(jié)合可能與TCR相互作用的殘基的有規(guī)則交換，用具有針對起始 表位的T細胞測試所得的序列。此類設(shè)計對于本領(lǐng)域技術(shù)人員無需過度試驗即是可行的。在本發(fā)明更優(yōu)選的實施方式中，根據(jù)本發(fā)明的多肽的活性變體為任何本文公開的 多肽，更具體地為由Seq ID Nos 99至196定義的任何多肽，其與任何所述Seq ID Nos 99 至196的多肽具有至少50%的序列同一性，特別與任何所述Seq ID Nos 99至196的多肽 具有至少60 %，優(yōu)選至少70 %，更優(yōu)選至少80 %，更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %， 97 %，98%，最優(yōu)選99%的序列同一性，和/或通過如上定義的保守性取代衍生自Seq ID Nos 99至196的任何序列的所述多肽。根據(jù)本發(fā)明的多肽、其片段或變體還包括或由修飾的表位(modified epitope) 以及編碼此類修飾表位的核酸序列組成，其中優(yōu)選給定表位的一種或兩種氨基酸根據(jù)在例 如，ToUrdot，S.等，(2000)中公開的規(guī)則修飾或取代。由根據(jù)本發(fā)明多肽呈現(xiàn)的表位本文 還稱為呈遞表位(或稱“本發(fā)明的表位”)。通過氨基酸交換衍生自呈遞表位的，改進、保持或至少不顯著地阻礙表位的T細 胞激活能力的表位，也包含在根據(jù)本發(fā)明的表位中，這是明顯的。因此，呈遞表位還包括這 樣的表位，其不包含衍生自肺炎衣原體(C. pneumoniae)的起始序列，但是觸發(fā)相同或優(yōu)選 改進的T細胞應(yīng)答。這些表位還稱為"異變的"，它們需要具有類似的或優(yōu)選更高的與 MHC/HLA分子的親和力，并且需要以類似或優(yōu)選更強的方式刺激針對起始表位的T細胞應(yīng)答(TCR)。用于鑒定表位特別是異變的表位的另一種可能包括用針對一種或幾種呈遞表位 的T細胞篩選肽文庫。優(yōu)選方式為合成肽文庫的位置掃描。此類方法已經(jīng)例如由Hemmer， B.等，(1999)和其中給出的參考文獻具體地描述。作為由本文公開的本發(fā)明衍生的氨基酸序列或異變表位代表的表位的備 選方案，模擬這些表位的本文也稱為"擬肽(ρ印tidemimetica)“或"反向釋放肽 (retro-inverse-peptides)“的物質(zhì)或化合物也可使用并且從而在本發(fā)明內(nèi)。改進表位的設(shè)計的另一方面為其用增加其刺激T細胞的能力的物質(zhì)的配制或修 飾。這些包括T輔助細胞表位、脂質(zhì)或脂質(zhì)體或優(yōu)選如在WO 01/78767中公開的修飾。增加表位的T細胞刺激能力的另一方式為其用免疫刺激物質(zhì)的配制，所述免疫刺 激物質(zhì)例如細胞因子或趨化因子如白介素-2，_7，-12，-18，I類和II干擾素(IFN)，特別是 IFN- γ，GM-CSF，TNF- α，flt3_ 配體和其它。根據(jù)本發(fā)明的多肽優(yōu)選以分離的形式提供，優(yōu)選純化成同質(zhì)的。在本發(fā)明的另一實施方式中變體為片段。片段的特征在于通過一個或多個氨基酸 缺失衍生自如上定義的抗原。缺失可以為C-末端、N-末端和/或內(nèi)部的。優(yōu)選片段通過最 多 10，20，30，40，50，60，80，100，150 或 200，更優(yōu)選最多 10，20，30，40 或 50，更優(yōu)選最多 5， 10或15，更優(yōu)選最多5或10，最優(yōu)選1，2，3，4或5個缺失來獲得。本發(fā)明的活性片段的特 征在于具有與完整抗原顯示的類似的生物活性，包括例如如上所述誘導(dǎo)免疫應(yīng)答和/或顯 示保護免受例如在衣原體(Chlamydia)感染的小鼠模型中的衣原體(Chlamydia)的能力。 抗原的片段在本發(fā)明的上下文中是活性的，如果片段的活性總計為沒有序列改變的抗原的 活性的至少10 %，優(yōu)選至少25 %，更優(yōu)選至少50 %，更優(yōu)選至少70 %，更優(yōu)選至少80 %，特 別是至少90%，特別是至少95%，最優(yōu)選至少99%。這些片段可以以任何所需的長度設(shè)計 或獲得，包括長度上小至約50至80個氨基酸。在進一步的實施方式中，根據(jù)本發(fā)明的多肽的片段，更優(yōu)選活性片段的特征在于 結(jié)構(gòu)或功能屬性，即包括根據(jù)本發(fā)明的多肽的α-螺旋或α-螺旋形成區(qū)域、折疊和
折疊形成區(qū)域、轉(zhuǎn)角和轉(zhuǎn)角-形成區(qū)域、卷曲(coil)或卷曲-形成區(qū)域、親水性區(qū)域、疏 水性區(qū)域、α-兩性區(qū)域、β-兩性區(qū)域、柔性區(qū)域(flexible regions)、表面-形成區(qū)域、 底物結(jié)合區(qū)域、以及高抗原性指示區(qū)域的片段，以及此類片段的組合。優(yōu)選的區(qū)域為介導(dǎo)根 據(jù)本發(fā)明的多肽的抗原性和抗體結(jié)合活性的那些。在這點上最高度優(yōu)選的為具有本發(fā)明的 抗原及其片段的化學(xué)、生物或其它活性的片段，包括具有類似或改進活性的那些，由此此類 改進活性為免疫原性和穩(wěn)定性，或具有降低的不期望的活性，由此此類降低的不期望的活 性為酶促和毒性功能，并且產(chǎn)生人類交叉反應(yīng)抗體。特別優(yōu)選的是包含酶的受體或結(jié)構(gòu)域 的片段，其賦予對于衣原體(Chlamydiae)或其它任何致病性衣原體(Chlamydia)物種的存 活關(guān)鍵的功能，或在人類中引起疾病的功能。根據(jù)本發(fā)明的多肽的進一步優(yōu)選的片段為包 括或包含在動物，特別是人類中的抗原性或免疫原性決定子的那些。此類片段還稱為抗原 性片段?？乖云芜€優(yōu)選定義為其自身為抗原性或當(dāng)以半抗原提供時可以獲得抗原性 的片段。因此，顯示一個，特別對于更長的片段，顯示僅幾個氨基酸交換的抗原或抗原性片 段，也能夠通過本發(fā)明實現(xiàn)，條件是具有氨基酸交換的此類片段的抗原性或抗原性能力因交換不嚴重地惡化，即適合在用此抗原接種的個體中引發(fā)合適的免疫應(yīng)答并且通過來自個 體血清的個體抗體制備來鑒定。根據(jù)本發(fā)明的多肽的此類片段的優(yōu)選實例為在表1的“預(yù)測的免疫原性aa”或“預(yù) 測的II類限制性τ細胞表位/區(qū)域”或“鑒定的免疫原性區(qū)域(aa)的位置”欄中所示的核 心氨基酸序列。表1中列出的所有這些片段單獨地和獨立地每一個形成本發(fā)明的優(yōu)選方面。將意識到，除了其它，本發(fā)明還涉及編碼前述片段、變體、活性變體和活性片段的 核酸分子，與編碼片段、變體、活性變體和活性片段的核酸分子雜交的核酸分子，特別是在 嚴緊條件下雜交的那些，以及用于擴增編碼片段的核酸分子的核酸分子，例如PCR引物。在 這些方面，優(yōu)選的核酸分子為符合如上討論的優(yōu)選片段的那些。根據(jù)本發(fā)明的多肽可以以修飾的形式表達，例如融合蛋白，并且可以不僅包括分 泌信號還包括另外的異源功能區(qū)域。這樣，例如，另外的氨基酸的區(qū)域，特別是帶電的氨基 酸，可以添加至多肽的N-或C-末端以改進在純化期間或在隨后的處理和貯存期間在宿主 細胞中的穩(wěn)定性和持續(xù)性。同樣地，區(qū)域可以添加至多肽以促進純化或以增強表達。此類 區(qū)域還可以在最終制備多肽之前除去。將肽部分添加至多肽以引起分泌或排泄，以改進穩(wěn) 定性，以增強表達或以促進純化等，在本領(lǐng)域是熟悉和例行的技術(shù)。優(yōu)選的融合蛋白包括 來自免疫球蛋白的異源區(qū)域，其用于使多肽溶解或純化。例如，EP 0464533公開了包括免 疫球蛋白分子的恒定區(qū)的各種部分以及另一蛋白或其部分的融合蛋白。在藥物發(fā)現(xiàn)中，例 如，蛋白質(zhì)已經(jīng)與抗體Fc部分融合，以旨在高通量篩選檢測，從而鑒定拮抗劑。參見例如， (Bennett, D.等，1995)and(Johanson，K.等，1995)。融合還可以包括融合或偶合至除了氨 基酸部分(包括脂質(zhì)和碳水化合物)的根據(jù)本發(fā)明的多肽。此外，本發(fā)明的抗原還可以與現(xiàn) 有技術(shù)描述的其它疫苗試劑，以及與衍生自其它微生物的其它物種疫苗試劑組合使用。此 類蛋白可用于預(yù)防、治療和診斷由廣譜衣原體(Chlamydia)分離物引起的疾病。在進一步的實施方式中本發(fā)明的肽融合至表位標記，其提供抗-標記物質(zhì)可以選 擇性結(jié)合至其的表位。表位標記通常位于肽的氨基_或羧基_末端，但是只要生物活性允 許就可以引入作為內(nèi)部插入物或取代物。肽的此類表位-標記的形式的存在可以使用例 如針對標記的肽的抗體的物質(zhì)來檢測。同樣地，表位標記的提供允許肽通過使用抗標記 (anti-tag)抗體或與表位標記結(jié)合的其它類型的親和基質(zhì)的親和純化來容易地純化。各種 標記肽及其各抗體在本領(lǐng)域是已知的。實例包括聚組氨酸(poly-his)、聚組氨酸-甘氨酸 (poly-his-gly)標記、HA標記多肽、c-myc標記、Strep標記禾口 FLAG標記。本發(fā)明的多肽可以通過許多傳統(tǒng)技術(shù)中的任一制備。例如，它們可以通過化學(xué)合 成以及通過生物技術(shù)手段生產(chǎn)。后者包括用包含根據(jù)本發(fā)明的核酸的載體轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)化宿主 細胞。在優(yōu)選的實施方式中，載體為根據(jù)本發(fā)明的載體。根據(jù)本發(fā)明的多肽的生物技術(shù)生 產(chǎn)進一步包括在允許蛋白質(zhì)表達并且對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的條件下，轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)化 的宿主細胞的培養(yǎng)。將表達的蛋白質(zhì)通過對本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的合適手段從細胞(或從 培養(yǎng)基，如果細胞外地表達)回收、分離和任選地純化。例如，蛋白質(zhì)使用已知的技術(shù)，例如 在鹽酸胍中在細胞裂解或提取后以溶液的形式分離。包括本發(fā)明多肽和抗原的分子可以使 用各種傳統(tǒng)方法中的任何進一步純化，所述傳統(tǒng)方法包括但不限于硫酸銨或乙醇沉淀、酸 提取、液相色譜例如正相或反相，使用HPLC，F(xiàn)PLC等；親和色譜(例如使用無機配體或單克隆抗體)，尺寸排阻色譜、陰離子或陽離子交換色譜、磷酸纖維素色譜、疏水相互作用色譜、 羥基磷灰石色譜、凝集素色譜、固定金屬螯合物色譜、凝膠電泳等。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以選 擇最合適的分離和純化技術(shù)而無需背離本發(fā)明的范圍。此類純化提供基本上不含微生物的 其它蛋白質(zhì)和非蛋白質(zhì)材料的形式的抗原。制備根據(jù)本發(fā)明的多肽的備選方案涉及通過酶促消化已知肽的片段產(chǎn)生，例如通 過用已知在由特定氨基酸殘基限定的位點處裂解蛋白質(zhì)的酶處理，或通過用合適的限制 性酶消化DNA，表達消化的DNA和分離所需片段。另一合適的技術(shù)涉及通過聚合酶鏈反應(yīng) (PCR)分離和擴增編碼所需肽片段的DNA片段。限定DNA片段的所需末端(termini)的寡 核苷酸在PCR中用作5'和3'弓丨物。具有在已知序列的DNA中，并從而在蛋白質(zhì)中的預(yù)定 位點處，用于形成突變，例如缺失、插入和取代的技術(shù)是已知的。使用傳統(tǒng)技術(shù)，例如PCR， 本領(lǐng)域技術(shù)人員可以容易地使用本文提供的抗原和肽，來鑒定和分離其它類似的蛋白。此 類方法是常規(guī)的，并且認為如果根據(jù)本文提供的信息，不需要過度的試驗。例如，使用寡 核苷酸介導(dǎo)的定點突變形成(Carter，P.等，1985 ；Zoller, M. J.等，1987)、盒式突變形成 (cassette mutagenesis) (Wells, J. Α.等，1985)、限制性選擇突變形成(Wells, J. Α.等， 1986)、PCR突變形成或其它已知的技術(shù)，可以形成變化，以在克隆的DNA上進行，從而產(chǎn)生 本發(fā)明的肽。根據(jù)本發(fā)明的多肽可以用于檢測有機體或在包含這些有機體或蛋白質(zhì)或抗原 (包括其片段)的樣品中的有機體。優(yōu)選此類檢測用于診斷，更優(yōu)選用于診斷疾病，最優(yōu) 選用于診斷與革蘭氏陰性細菌，特別是致病性衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)的存在或豐 度有關(guān)或相關(guān)的疾病。根據(jù)本發(fā)明的核酸還可用于診斷或檢測樣品中的有機體，由此有機體分別為與在 根據(jù)本發(fā)明的多肽和根據(jù)本發(fā)明的抗體使用方面公開的相同的有機體?；旧希湓诒绢I(lǐng) 域技術(shù)人員的技能內(nèi)以分別按照本公開內(nèi)容設(shè)計和實施此類診斷和檢測檢驗和方法。更優(yōu) 選此類診斷或檢測使用引物或探針以特異地與根據(jù)本發(fā)明的核酸分子相互作用。此類引物 和探針的長度和設(shè)計分別依賴于具體方法或?qū)嵤┑脑\斷而變化。在優(yōu)選的實施方式中，使 用用于例如基于PCR的檢測或診斷系統(tǒng)，即方法或檢驗的引物，引物的長度將從約10個核 苷酸至約30個核苷酸，更優(yōu)選約16至25個核苷酸。在基于探針的檢測或診斷系統(tǒng)的情況 下，探針的長度優(yōu)選約與基于引物的系統(tǒng)所規(guī)定的相同。此外，在基于探針的系統(tǒng)的情況 下，探針將包括允許其直接或間接檢測的部分。用于直接檢測的此類部分可以為本領(lǐng)域技 術(shù)人員已知的放射性標記或熒光標記。用于間接檢測的此類部分可以為生物素或任何其它 部分，其介導(dǎo)與其它化合物的相互作用，所述其它化合物又被標記以允許其檢測。本發(fā)明還涉及診斷檢驗，例如用于檢測在細胞和組織中的根據(jù)本發(fā)明的多肽，更 優(yōu)選本發(fā)明的抗原及其片段的水平(包括確定正常和異常水平)的定量診斷檢驗。這樣， 例如，用于檢測根據(jù)本發(fā)明的多肽相對于正常對照組織樣品的過度表達的根據(jù)本發(fā)明的診 斷檢驗可以用于檢測感染的存在，例如，鑒定感染的有機體?？捎糜诖_定在衍生自宿主的樣 品中的此類多肽水平的檢驗技術(shù)對本領(lǐng)域技術(shù)人員是已知的。此類檢驗方法包括放射性免疫檢驗、競爭結(jié)合檢驗、Western印跡分析和ELISA檢驗。其中，經(jīng)常優(yōu)選ELISA和Western 印跡分析。ELISA檢驗最初包括制備對根據(jù)本發(fā)明的多肽之一特異的抗體，優(yōu)選單克隆抗 體。此外，通常制備與單克隆抗體結(jié)合的報道抗體。報道抗體連接至可檢測試劑例如放射 性、熒光或酶試劑，例如辣根過氧化物酶。根據(jù)本發(fā)明的多肽的一種或幾種，更優(yōu)選根據(jù)本 發(fā)明的抗原及其片段可以固定在ELISA平板上以用于檢測要測試的患者或受試者中的反 應(yīng)性抗體。Western印跡分析最初單獨地或與SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳組合地分離根據(jù)本 發(fā)明的多肽，并且其隨后轉(zhuǎn)移并固定到固相載體基質(zhì)上，例如硝基纖維素、尼龍或其組合。 與報道抗體一起反應(yīng)性抗體可以被檢測。報道抗體連接至可檢測試劑例如放射性、熒光或 酶試劑，例如辣根過氧化物酶上。還可以使用如本文所述的根據(jù)本發(fā)明的多肽或根據(jù)本發(fā)明的核酸分子或針對其 的引物或探針，以用于陣列目的或與其一起使用。在根據(jù)本發(fā)明的核酸分子或針對其的引 物或探針的情況下，探針和引物的長度可優(yōu)選為約25至約75個核苷酸，更優(yōu)選從約35至 約50個核苷酸。更具體地，根據(jù)本發(fā)明的多肽的至少一種可以固定在載體上。所述載體典 型地包括各種根據(jù)本發(fā)明的多肽和/或其抗原和片段，從而通過使用根據(jù)本發(fā)明的抗原及 其片段，和/或不同的抗原及其片段的一種或幾種可以形成變化。此類陣列以及通常的任 何陣列的特性化特征在于以下事實在所述載體或其表面上的獨特或預(yù)定義區(qū)域或位置， 獨特的多肽被固定。因為這個在陣列的獨特位置或區(qū)域的任何活性可以與特定多肽有關(guān)。 在載體上固定的不同多肽，更優(yōu)選不同抗原及其片段的數(shù)量可以分別從少至10個至幾千
不同的多肽和抗原及其片段。每cm22所述分子的密度在優(yōu)選的實施方式中可以少至10每 Cm22至少400個不同的此類多肽每cm2，更特別是至少1，000個不同的此類多肽，更優(yōu)選不
同的抗原及其片段每em22。本文關(guān)于固定根據(jù)本發(fā)明的多肽及其用途所述的，還適用于核 酸分子和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的分別針對其的引物和探針。此類陣列的制造對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是已知的，并且，例如，描述于美國專利 5，744，309。陣列優(yōu)選包括具有至少第一表面的平坦的、多孔或非多孔的固相載體。根據(jù)本 發(fā)明的多肽固定在所述表面上。其中，優(yōu)選的載體材料為玻璃或纖維素。陣列用于本文所 述診斷應(yīng)用任一項，這也在本發(fā)明內(nèi)。除了根據(jù)本發(fā)明的多肽之外，根據(jù)本發(fā)明的核酸分子 也可以用于產(chǎn)生如上所述陣列，其原則上可用于任何公開的針對包含多肽的陣列所公開的 目的。其中，這也應(yīng)用到由本文所述的抗體，優(yōu)選單克隆抗體組成的陣列。在另一方面，本發(fā)明涉及針對根據(jù)本發(fā)明的多肽、根據(jù)本發(fā)明的其衍生物、片段、 變體、活性片段和活性變體的任何的抗體。本發(fā)明包括，例如，單克隆和多克隆抗體、嵌合、 單鏈和人源化抗體、以及Fab片段或Fab表達文庫的產(chǎn)物?？贵w可以是嵌合的，即其不同部 分源于不同物種或至少各序列取自不同物種，這在本發(fā)明內(nèi)。通常和特別針對對應(yīng)于本發(fā)明序列的抗原及其片段的此類抗體可以通過將根據(jù) 本發(fā)明的多肽直接注射入動物或通過給藥所述多肽給動物，優(yōu)選非人類來獲得。如此獲得 的抗體然后結(jié)合所述多肽自身。以此方式，甚至僅編碼所述多肽片段的序列可以用于產(chǎn)生 結(jié)合根據(jù)本發(fā)明的完整天然多肽的抗體。此類抗體然后可以用于從表達抗原及其片段的組 織分離根據(jù)本發(fā)明的多肽。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解該方法還適用于所述多肽的片段、變體、其活性片段和活性變體。本發(fā)明的另一方面涉及用于生產(chǎn)根據(jù)本發(fā)明的抗體的方法。這包括，例如，單克隆 和多克隆抗體、嵌合、單鏈和人源化抗體、以及Fab片段或Fab表達文庫的產(chǎn)物，其能夠特異 地與根據(jù)本發(fā)明的多肽或組合物結(jié)合。在優(yōu)選的實施方式中，抗體為單克隆、多克隆、嵌合或人源化抗體或其功能性活性 片段。在另一優(yōu)選地實施方式中所述功能性活性片段包括Fab片段。針對根據(jù)本發(fā)明的肽或抗原或組合物產(chǎn)生的抗體可以通過將根據(jù)本發(fā)明的肽或 抗原或組合物直接注射入動物或給藥根據(jù)本發(fā)明的肽或抗原或組合物給動物，優(yōu)選非人類 來獲得。這樣獲得的抗體將然后結(jié)合根據(jù)本發(fā)明的肽或抗原或組合物。此類抗體可以然后 用于從表達這些的組織分離反應(yīng)性抗原、肽或蛋白質(zhì)。為了制備單克隆抗體，可以使用提供通過連續(xù)細胞系培養(yǎng)物產(chǎn)生的抗體的本領(lǐng)域 已知的任何技術(shù)(如最初在KShler，g.等，1975中描述)。可以使為了生產(chǎn)單鏈抗體描述的技術(shù)(美國專利No. 4，946，778)適合在根據(jù)本發(fā) 明的各種實施方式中生產(chǎn)針對免疫原性抗原及其片段的單鏈抗體。同樣地，轉(zhuǎn)基因小鼠，或 其它有機體例如其它哺乳動物，可以用于表達針對根據(jù)本發(fā)明多肽的人源化抗體?？贵w還可以使用雜交瘤細胞系來生產(chǎn)。本發(fā)明的另一方面還涉及生產(chǎn)本發(fā)明抗體的雜交瘤細胞系。表達所需單克隆抗體的雜交瘤細胞系通過已知的傳統(tǒng)技術(shù)產(chǎn)生。雜交瘤細胞可以 通過將正常激活的，抗體-產(chǎn)生B細胞與骨髓瘤細胞融合來產(chǎn)生。在本發(fā)明的上下文中，雜 交瘤細胞能夠產(chǎn)生特異性結(jié)合本發(fā)明抗原的抗體。類似地，所述高滴度抗體可以通過將已知的重組技術(shù)應(yīng)用到為這些抗原開發(fā)的單 克隆或多克隆抗體來產(chǎn)生(參見，例如，PCT專利申請No. PCT/GB85/00392 ；英國專利申請公 開 No. GB2188638A ；Amit, A. G.等，1986 ；Queen, C.等，1989 ；PCT 專利申請 No. W090/07861 ； Riechmann, L.等，1988 ;Huse，W. D.等，1988)。作為選擇，抗體可以使用展示文庫來產(chǎn)生。例如，可以使用噬菌體展示技術(shù)或 核糖體展示來選擇具有針對根據(jù)本發(fā)明多肽的結(jié)合活性的抗體基因，所述多肽來自源于 人類的篩選以具有各靶抗原結(jié)合抗體的淋巴細胞的PCR擴增ν-基因的庫或來自天然文 庫(McCafferty, J. ^,1990 ；Marks, J.等，1992)。這些抗體的親和性還可以通過鏈改組 (chain shuffling)來改進(Clackson, Τ.等，1991)。如果存在兩種抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域，每一結(jié)構(gòu)域可以針對不同的表位-稱為‘雙特異’ 抗體。上述抗體可以用于通過將抗體連接到固相載體上來分離或鑒定表達根據(jù)本發(fā)明 的多肽的克隆以用于通過親和色譜分離和/或純化。這樣，其中，針對根據(jù)本發(fā)明的多肽的抗體可以用于抑制和/或治療感染，特別是 細菌感染，更特別是由以下引起的感染致病性衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。在其各種實施方式中根據(jù)本發(fā)明的多肽，更具體地抗原及其片段包括抗原學(xué)上、表位學(xué)上或免疫學(xué)上的等效衍生物，其形成本發(fā)明的特別方面。如本文所用的術(shù)語“抗原學(xué) 上的等效衍生物”包括根據(jù)本發(fā)明的此類多肽或其等效物(equivalent)，其將被特定抗體 特異性地識別，所述特定抗體當(dāng)針對所述多肽產(chǎn)生時，干擾病原體與哺乳動物宿主之間的 相互作用。如本文所用的術(shù)語“免疫學(xué)上的等效衍生物”包括這樣的肽或其等效物，當(dāng)在合 適的制劑中使用以在脊椎動物中產(chǎn)生抗體時，抗體起作用以干擾病原體與哺乳動物宿主之 間的相互作用。在其各種實施方式中根據(jù)本發(fā)明的多肽，更具體地抗原及其片段，例如其抗原學(xué) 上或免疫學(xué)上的等效衍生物或其融合蛋白可用作抗原以使小鼠或其它動物例如大鼠或雞 免疫。融合蛋白可以提供穩(wěn)定性給根據(jù)本發(fā)明的多肽。此類多肽可以例如通過與免疫原性 載體蛋白，例如胎牛血清白蛋白(BSA)或鑰孔血藍蛋白(KLH)綴合而連接。作為選擇，包括 根據(jù)本發(fā)明的多肽，更優(yōu)選抗原及其片段，或抗原學(xué)上或免疫學(xué)上的等效抗原及其片段的 多拷貝的抗原性肽，可以為充分抗原性的，以改進免疫原性從而避免使用載體。優(yōu)選地將抗體或其衍生物修飾以使其在個體中較少免疫原性。例如，如果個體為 人類，抗體可以最優(yōu)選為“人源化的”，其中雜交瘤衍生的抗體的互補決定區(qū)已經(jīng)移植到人 類單克隆抗體，例如如在(JOnes, P.等，1986)或(Tempest, P.等，1991)中所述。在遺傳免疫中根據(jù)本發(fā)明的核酸分子的使用將優(yōu)選使用合適的遞送方法，例如 將質(zhì)粒DNA直接注射入肌肉，遞送與特異蛋白載體復(fù)合的DNA，使DNA與磷酸鈣共沉淀， 以脂質(zhì)體的各種形式封裝DNA，粒子轟擊(particle bombardment) (Tang, D.等，1992 ； Eisenbraun,M.等，1993)和使用克隆的逆轉(zhuǎn)錄病毒載體體內(nèi)感染(Seeger, C.等，1984)。在另一方面本發(fā)明涉及與任何根據(jù)本發(fā)明的多肽結(jié)合的肽，以及用于制備此類肽 的方法，由此該方法特征在于使用所述多肽和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的基本步驟。此類肽可以通過使用根據(jù)現(xiàn)有技術(shù)的方法例如噬菌體展示或核糖體展示來產(chǎn)生。 在噬菌體展示的情況下，基本上以噬菌體的形式產(chǎn)生肽的文庫，并且將此類文庫與靶分子 (在該情況下為根據(jù)本發(fā)明多肽)接觸。與靶分子結(jié)合的這些肽隨后優(yōu)選作為具有靶分子 的復(fù)合物從各反應(yīng)中除去。本領(lǐng)域技術(shù)人員已知結(jié)合特性，至少在某種程度上，依賴于具 體實行的試驗構(gòu)建例如鹽濃度等。從文庫的未結(jié)合成員中分離具有更高親和力或更強力的 與靶分子結(jié)合的這些肽后，并且任選地還在從靶分子和肽的復(fù)合物除去靶分子之后，各肽 可以隨后表征。在表征之前，任選地實行擴增步驟，例如通過使編碼肽的噬菌體增殖。表征 優(yōu)選包括靶結(jié)合肽的測序?；旧?，肽不在其長度上受限，然而優(yōu)選具有約8至20個氨基 酸長度的肽優(yōu)選在各方法中獲得。文庫的大小可為約IO2至1018，優(yōu)選IO8至IO15個不同的 肽，然而不限于此。在優(yōu)選的實施方式中此類肽為高親和力的結(jié)合肽。在更優(yōu)選的實施方 式中，肽為肽適配子。本文所用的肽適配子是指結(jié)合特定的靶分子的肽分子。肽適配子設(shè)計成干擾細胞 內(nèi)其它蛋白的相互作用。它們由在兩端連接至蛋白支架(protein scaffold)的可變肽環(huán) 組成。該雙結(jié)構(gòu)限制極大地將肽適配子的結(jié)合親和力增加到可與抗體相比的水平(納摩爾 范圍)。可變環(huán)長度典型地由10至20個氨基酸組成，支架可以為具有良好溶解度和兼容 性(compacity properties)的任何蛋白質(zhì)。目前，細菌蛋白硫氧還蛋白-A為最常用的支 架蛋白，可變環(huán)插入還原活性的位點內(nèi)，其在野生型蛋白中為-Cys-Gly-Pro-Cys-環(huán)，兩個 半胱氨酸側(cè)鏈能夠形成二硫鍵?？梢允褂貌煌南到y(tǒng)進行肽適配子選擇，但是最常用的為
51目前的酵母雙雜交系統(tǒng)。已經(jīng)證明了配體調(diào)節(jié)的肽適配子(LiRPAs)的選擇。通過從基于 三聚FKBP-雷帕霉素-FRB結(jié)構(gòu)的新支架蛋白展示7個氨基酸的肽，隨機肽和靶分子之間的 相互作用可以通過小分子雷帕霉素(Rapamycin)或非免疫抑制性類似物來控制。如上所述的靶結(jié)合肽的特別形式為所謂的“抗促成素”，其中，其描述于德國專利 申請DE 19742706。迄今為止，本發(fā)明還涉及與根據(jù)本發(fā)明的多肽特異性結(jié)合的肽，以及其 用于本文所述治療性和診斷性應(yīng)用的任何之一，優(yōu)選用于抗體的用途。在另一方面，本發(fā)明涉及與任何根據(jù)本發(fā)明的多肽相互作用的功能性核酸，以及 用于制備此類功能性核酸的方法，由此該方法特征在于使用根據(jù)本發(fā)明的多肽，并且基本 步驟對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的。功能性核酸優(yōu)選為核酸適配子和鏡像異構(gòu)體。迄今 為止，本發(fā)明還涉及與根據(jù)本發(fā)明的多肽特異性結(jié)合的核酸適配子和鏡像異構(gòu)體，以及其 用于本文所述治療性和診斷性應(yīng)用的任何之一，優(yōu)選用于抗體的用途。核酸適配子為D-核酸，其為單鏈或雙鏈的并且其與靶分子特異性地相互作用。 適配子的制備或選擇例如描述于歐洲專利EP 0 533 838?；旧蠈嵭幸韵虏襟E。首先， 提供核酸的混合物，即潛在的適配子，由此各核酸典型地包括幾個，優(yōu)選至少8個連續(xù)的 (subsequent)隨機核苷酸的片段。將該混合物隨后與靶分子接觸，由此核酸例如基于與候 選混合物相比，增加的針對靶的親和力或具有至其的更大的力，與靶分子結(jié)合。結(jié)合核酸然 后從剩下的混合物分離。任選地，將這樣獲得的核酸使用例如聚合酶鏈反應(yīng)擴增。這些步 驟可以重復(fù)幾次，最后給出具有與靶特異性結(jié)合的核酸的比率增加的混合物，從其最終的 結(jié)合核酸然后任選地選擇。這些特異性結(jié)合核酸被稱為適配子。顯然可以在用于產(chǎn)生或鑒 定個體核酸的混合物的適配子樣品的方法的任何階段，使用標準技術(shù)確定其序列。適配子 可以被例如通過引入預(yù)定義的化學(xué)基團來穩(wěn)定化，所述化學(xué)基團對于產(chǎn)生適配子領(lǐng)域的技 術(shù)人員而言是已知的。此類修飾可以例如在于在核苷酸的糖部分的2’ -位置處引入氨基。 適配子目前用作治療劑。然而，這樣選擇或產(chǎn)生的適配子可以用于靶驗證和/或用作前導(dǎo) 物質(zhì)，以用于開發(fā)藥物組合物，優(yōu)選基于小分子的藥物組合物，這也在本發(fā)明內(nèi)。這實際上 通過競爭檢驗來完成，由此靶分子和適配子之間的特異性相互作用被候選藥物抑制，從而 當(dāng)從靶和適配子的復(fù)合物置換為適配子時，可以假定各藥物候選物允許特異性抑制靶和適 配子之間的相互作用，并且如果該相互作用是特異的，所述候選藥物將至少原則上適合阻 斷靶，從而降低其在包括此類靶的各系統(tǒng)上的生物利用度或活性。這樣獲得的小分子可以 然后進行進一步的衍生化和修飾以優(yōu)化其物理、化學(xué)、生物和/或醫(yī)學(xué)性質(zhì)例如毒性、特異 性、生物降解性和生物利用度。鏡像異構(gòu)體及其產(chǎn)生或制備基于類似的原理。鏡像異構(gòu)體的制備描述于國際專利 申請WO 98/08856。鏡像異構(gòu)體為L-核酸，其是指它們由L-核苷酸組成而不是如適配子那 樣由D-核苷酸組成。鏡像異構(gòu)體的特征在于以下事實它們在生物系統(tǒng)中具有非常高的穩(wěn) 定性，并且與適配子相比，特異性地與它們針對的靶分子相互作用。在產(chǎn)生鏡像異構(gòu)體的過 程中，形成D-核酸的異源群體，并且使該群體與靶分子的光學(xué)對映體接觸，在本案中例如 與根據(jù)本發(fā)明的抗原或其片段的天然發(fā)生的L-對映異構(gòu)體的D-對映異構(gòu)體接觸。隨后， 分離不與靶分子的光學(xué)對映體相互作用的那些D-核酸。但是將與靶分子的光學(xué)對映體相 互作用的那些D-核酸分離、任選地鑒定和/或測序，并且隨后基于從D-核酸獲得的核酸序 列信息合成相應(yīng)的L-核酸。這些L-核酸，其和上述與靶分子的光學(xué)對映體相互作用的那些D-核酸在序列方面相同，將特異性地與天然發(fā)生的靶分子而不是與其光學(xué)對映體相互 作用。與用于產(chǎn)生適配子的方法類似，還可以重復(fù)各種步驟幾次，從而富集與靶分子的光學(xué) 對映體特異性地相互作用的那些核酸。在另一方面，本發(fā)明涉及與根據(jù)本發(fā)明的任何核酸分子相互作用的功能性核酸， 和用于制備此類功能性核酸的方法，由此該方法的特征在于使用根據(jù)本發(fā)明的核酸分子及 其各序列，并且基本步驟對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的。功能性核酸優(yōu)選為核酶、反義寡 核苷酸和siRNA。迄今為止，本發(fā)明還涉及與根據(jù)本發(fā)明的多肽特異性結(jié)合的此類功能性核 酸，以及其用于本文所述的任何治療性和診斷性應(yīng)用，優(yōu)選用于抗體的用途。核酶為催化活性的核酸，其優(yōu)選由RNA組成，其基本上包括兩部分。第一部分顯 示催化活性而第二部分負責(zé)與靶核酸特異性地相互作用，在本案中所述核酸編碼根據(jù)本發(fā) 明的多肽。當(dāng)靶核酸與核酶的第二部分之間相互作用時，典型地通過雜交和與在兩條雜交 鏈上的堿基的基本上互補的延伸的Watson-Crick堿基配對，催化活性部分可以變得有活 性，這意味著在核酶的催化活性為磷酸二酯酶活性的情況下，其分子內(nèi)或分子間地催化靶 核酸。隨后可以存在靶核酸的進一步降解，其最終導(dǎo)致靶核酸以及從所述靶核酸衍生的蛋 白質(zhì)的降解。核酶、其用途和設(shè)計原則對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的，并且例如描述于 (Doherty, E.等，2001)和(Lewin, Α.等，2001)。分別用于制備藥物組合物和作為診斷試劑的反義寡核苷酸的活性和設(shè)計，基于類 似的作用模式。基本上，反義寡核苷酸基于堿基互補性與靶RNA，優(yōu)選與mRNA雜交，由此激 活核糖核酸酶H。核糖核酸酶H被磷酸二酯和硫代磷酸酯偶合的DNA激活。然而磷酸二酯偶 合的DNA被細胞核酸酶迅速地降解，除了硫代磷酸酯偶合的DNA之外。當(dāng)與RNA雜交時，這 些有抗性的、非天然發(fā)生的DNA衍生物不抑制核糖核酸酶H。換句話說，反義多核苷酸僅作 為DNA RNA雜交復(fù)合物有效。其中此類反義寡核苷酸的實例描述于美國專利US 5，849，902 和US 5，989，912。換句話說，基于靶分子的核酸序列(其在本案中為用于根據(jù)本發(fā)明的抗 原及其片段的核酸分子，其來自從其原則上可以推斷出各核酸序列的靶蛋白，或通過知道 核酸序列等，特別是mRNA)，合適的反義寡核苷酸可以基于堿基互補的原理而設(shè)計。特別優(yōu)選的為反義寡核苷酸，其具有短延伸的硫代磷酸酯DNA (3至9個堿基)。最 少3個DNA的堿基需要細菌核糖核酸酶H的激活，而最少5個堿基需要哺乳動物核糖核酸酶 H的激活。在這些嵌合寡核苷酸中，存在形成核糖核酸酶H的底物的中心區(qū)域，其側(cè)翼于由 修飾的核苷酸組成的不形成核糖核酸酶H的底物的雜交“臂”。嵌合寡核苷酸的雜交臂可以 被例如2’-0_甲基或2’ ‘-氟修飾。備選方法在所述臂中使用甲基磷酸酯或氨基磷酸酯 鍵。用于實施本發(fā)明的反義寡核苷酸的進一步實施方式為P-甲氧基寡核苷酸，部分P-甲 氧基寡脫氧核糖核苷酸或P-甲氧基寡脫氧_核糖核苷酸。更具體地描述于上述兩篇提到的美國專利中的那些反義寡核苷酸與本發(fā)明尤 其相關(guān)和對本發(fā)明有用。這些寡核苷酸不包含天然發(fā)生的5' =>3'-連接的核苷 酸。而是該寡核苷酸具有兩種類型的核苷酸激活核糖核酸酶H的2’ -脫氧硫代磷酸酯 (deoxyphosphorothioate)，以及不激活的2，-修飾核苷酸。2，-修飾核苷酸之間的鍵可以 為磷酸二酯、硫代磷酸酯或P-乙氧基磷酸二酯。核糖核酸酶H的激活通過相鄰的核糖核酸 酶H-激活區(qū)域?qū)崿F(xiàn)，其在3’和5’之間包含2’ -脫氧硫代磷酸酯核苷酸以激活細菌核糖核 酸酶H，以及在5和10之間包含2’ -脫氧硫代磷酸酯核苷酸以激活真核，特別是哺乳動物核糖核酸酶H。保護免受降解通過使5’和3’末端堿基高度核酸酶抗性，并且任選地通過在 3’末端放置阻斷基團來實現(xiàn)。更具體地，反義寡核苷酸包括5’末端和3’末端；并且從位置11至595'=> 3'-連接的核苷酸獨立地選自2’ -修飾的磷酸二酯核苷酸和2’ -修飾的P-烷氧基磷酸 三酯核苷酸；并且其中所述5’ -末端核苷連接至三和十鄰近的硫代磷酸酯_連接的脫氧 核糖核苷酸之間的核糖核酸酶H-激活區(qū)域，并且其中所述寡核苷酸的3’末端選自倒置的 (inverted)脫氧核糖核苷酸、1至3個硫代磷酸酯2’-修飾的核糖核苷酸的相鄰延伸、生物 素基團和P-烷氧基磷酸三酯核苷酸。同樣地還可以使用這樣的反義寡核苷酸，其中不是5’末端核苷酸連接到核糖核酸 酶H-激活區(qū)域，而是如上指出的3’末端核苷酸。同樣地，5’末端選自特定的組而不是所述 核苷酸的3’末端。在各種實施方式中根據(jù)本發(fā)明的核酸和多肽可用作或用于制備藥物組合物， 特別是疫苗。優(yōu)選地此類藥物組合物，優(yōu)選疫苗用于預(yù)防或治療由以下相關(guān)或有關(guān)引 起的疾病衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選致病性衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原 體(C.pecorum、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。迄今為止 本發(fā)明的另一方面涉及用于在個體，特別在哺乳動物中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的方法，其包括用在 其各種實施方式中的根據(jù)本發(fā)明的多肽，或其片段或變體接種個體，所述多肽，或其片段或 變體足以產(chǎn)生抗體或保護所述個體免受上述微生物的感染。本發(fā)明的另一方面還涉及在個體中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的方法，其包括，通過基因治療 或其它，遞送根據(jù)本發(fā)明的核酸分子，優(yōu)選其在各種實施方式中功能性編碼抗原或其片段， 以用于在體內(nèi)表達根據(jù)本發(fā)明的多肽，從而誘導(dǎo)免疫應(yīng)答以產(chǎn)生抗體或細胞介導(dǎo)的T細胞 應(yīng)答(細胞因子_產(chǎn)生T細胞或細胞毒性T細胞)，以保護所述個體免受疾病，無論該疾病 已經(jīng)在個體中確立與否。單因素給藥(One-way ofadministering)該基因通過促進其進入 所需細胞作為顆?；蚱渌系耐繉?。本發(fā)明的另一方面涉及免疫組合物，當(dāng)引入能夠在其內(nèi)誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的宿主時， 所述免疫組合物在此類宿主中誘導(dǎo)免疫應(yīng)答，其中所述組合物包括重組DNA，所述重組DNA 在其各種實施方式中編碼和表達根據(jù)本發(fā)明的多肽的至少一種。免疫應(yīng)答可以治療學(xué)上或 預(yù)防學(xué)上地使用，并且可以采用抗體免疫性或細胞免疫性的形式例如由CTL或CD4+T細胞 產(chǎn)生的形式。在其各種實施方式中根據(jù)本發(fā)明的多肽可以與輔蛋白(co-protein)融合，該輔 蛋白自身不能產(chǎn)生抗體，但是能夠穩(wěn)定第一蛋白并且產(chǎn)生具有免疫原性和保護性質(zhì)的融合 蛋白。該融合重組蛋白優(yōu)選進一步包括抗原性輔蛋白，例如谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶(GST)或 β-半乳糖苷酶；相對大的輔蛋白，其使蛋白溶解并促進其生產(chǎn)和純化。此外，輔蛋白在提 供免疫系統(tǒng)的普遍刺激的意義上可以充當(dāng)佐劑。輔蛋白可以與第一蛋白的氨基或羧基末端 連接。通過本發(fā)明還提供這樣的方法，其在其各種實施方式中在具有任何以下感染 的動物模型中的此類基因免疫試驗中使用根據(jù)本發(fā)明的核酸分子本文所述的衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡 熱衣原體(C.psittaci)、獸類衣原體(C.pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬 衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚 鵡熱衣原體(C. psittaci)。此類分子將特別地用于鑒定能夠激起預(yù)防性或治療性免疫應(yīng)答 的蛋白表位。該方法能夠允許隨后從成功地抵抗或清除感染的動物的必要器官中制備特定 價值的單克隆抗體，以用于開發(fā)在哺乳動物中，特別在人類中以下感染的預(yù)防性試劑或治 療性治療本文所述的衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣 原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼 衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣 原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)感染。在其各種實施方式中根據(jù)本發(fā)明的多肽可以用作用于接種宿主的抗原，以產(chǎn)生特 異性抗體，所述抗體例如通過阻斷細菌粘附到受損組織上來保護防止細菌的入侵。組織損 傷和進而受損組織的實例包括例如由病毒感染(特別是呼吸性的，例如流感)、機械的、化 學(xué)的或熱損傷或由植入留置裝置引起的皮膚或結(jié)締組織和肌肉組織中的創(chuàng)傷，或在粘膜， 例如口、乳腺、尿道或陰道中的創(chuàng)傷。本發(fā)明還包括疫苗制劑，其包括在其各種實施方式中的根據(jù)本發(fā)明的一種或幾種 多肽以及一種或多種合適的載體和/或賦形劑。用于本發(fā)明的藥學(xué)上可接受的載體和/ 或賦形劑是常規(guī)的，并且可以包括緩沖劑、穩(wěn)定劑、稀釋劑、防腐劑和增溶劑。E.W.Martin， Mack PublishingCo.，Easton，PA，15th Edition(1975)的 Remington' sPharmaceutical Sciences，描述了適合藥學(xué)上遞送本文所述(多)肽的組合物和制劑。通常，載體或賦形劑 的性質(zhì)將依賴于所用的給藥的具體模式。例如，胃腸外制劑通常包括注射液，其包括藥學(xué)上 和生理學(xué)上可接受的流體例如水、生理鹽水、平衡的鹽溶液、水性右旋糖、甘油等作為載體。 對于固體組合物(例如粉末、丸劑、片劑或膠囊形式)，傳統(tǒng)的非毒性固體載體可以包括，例 如，醫(yī)藥級的甘露醇、乳糖、淀粉或硬脂酸鎂。除了生物學(xué)上的中性載體之外，要給藥的藥物 組合物可以包含少量的非毒性助劑物質(zhì)，例如增濕或乳化劑、防腐劑、PH緩沖劑等，例如乙 酸鈉或去水山梨糖醇月桂酸酯。由于根據(jù)本發(fā)明的所述多肽可以在胃中分解，它們優(yōu)選胃腸外地給藥，包括，例如 為以下的給藥皮下地、肌肉內(nèi)的、靜脈內(nèi)的、皮內(nèi)的、鼻內(nèi)的或透皮的。適合胃腸外給藥的 制劑包括水性或非水性無菌注射液，其可以包含抗氧化劑、緩沖劑、抑菌劑和賦予制劑與體 液等滲性的溶質(zhì)，優(yōu)選個體的血液；以及水性和非水性無菌懸浮液，其可以包含懸浮劑或 增稠劑。制劑可以存在于單位劑量或多劑量容器(container)，例如，密封的安瓿或小瓶 (vials)中，并且可以在冷凍干燥條件下貯存，其在立即使用之前僅需要添加無菌液體載 體。疫苗制劑還可以包括佐劑系統(tǒng)以增強制劑的免疫原性，例如水包油系統(tǒng)和其它本領(lǐng)域 已知的其它系統(tǒng)。劑量將依賴于疫苗的比活性并且可以通過常規(guī)試驗容易地確定。根據(jù)另一方面，本發(fā)明涉及藥物組合物，其包括在其各種實施方式中的一種或幾 種根據(jù)本發(fā)明的多肽以用于本文所述的各種衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)。此類藥物組合物可以包括針對所述衣原體(Chlamydia)物種的所述多肽的一種，優(yōu)選至少兩種或更 多。任選地，在組合藥物組合物中此類多肽還可以與針對另一病原體的抗原組合。優(yōu)選地， 所述藥物組合物為用于預(yù)防或治療由以下引起的感染的疫苗衣原體(Chlamydia)物種， 優(yōu)選本文公開的致病性衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原 體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣 原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoiae)、沙眼衣原 體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)，和/或其它病原體(針對其抗原已經(jīng) 包含在疫苗中)。根據(jù)另一方面，本發(fā)明涉及包括根據(jù)本發(fā)明的核酸分子的藥物組合物。此類藥物 組合物可以包括編碼根據(jù)本發(fā)明的多肽的一種或多種根據(jù)本發(fā)明的核酸分子。任選地，在 組合的藥物組合物中使此類編碼根據(jù)本發(fā)明的多肽的核酸分子與編碼針對其它病原體的 抗原的核酸分子組合。優(yōu)選地，所述藥物組合物為用于預(yù)防或治療由以下引起的感染的疫 苗衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選本文公開的致病性衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原 體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原 體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原 體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)，和/或 其它病原體(針對其抗原已經(jīng)包含在疫苗中)。藥物組合物可以包含任何合適的助劑物質(zhì)(auxiliarysubstance)，例如緩沖物 質(zhì)、穩(wěn)定劑或其它活性成分，特別是關(guān)于藥物組合物和/或疫苗生產(chǎn)已知的成分。在優(yōu)選的實施方式中藥物組合物還包括免疫刺激物質(zhì)例如佐劑。佐劑可以基于 給藥方法選擇，并可以包括聚陽離子物質(zhì)，特別是聚陽離子肽，免疫刺激性核酸分子，優(yōu)選 免疫刺激性寡脫氧核苷酸(ODNs)，特別是Oligo (dIdC)13，包含至少兩個LysLeuLys基序的 肽，特別是肽KLKLLLLLKLK，明礬、無機油類佐劑例如弗羅因德(Freund)完全佐劑、弗羅因 德(Freimd)不完全佐劑，神經(jīng)活性化合物，特別是人類生長激素，或一種或多種上述佐劑 的任何組合。其它合適的佐劑可以從以下選擇=Montanide不完全S印pic佐劑(incomplete Seppic adjuvant)例如ISA、水包油乳化佐劑例如Ribi佐劑系統(tǒng)、包含胞壁酰二肽的 syntax佐劑制劑，或鋁鹽佐劑或其組合。本發(fā)明中所用的術(shù)語“01igO(dIdC)13”是指包含13個脫氧(肌酐_胞嘧啶)基序 的磷酸二酯主鏈的單鏈DNA分子，還定義為術(shù)語[oligo-d(IC)13]。確切序列為5’-dIdCdId CdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdCdIdC-3，。01igo(dIdC)13 還可以定義為術(shù)語 (oligo-dIC26) ；oligo_dIC26_mer ；oligo-deoxy IC, 26-mer ；或 oligo-dlC, 26-mer,例如在 WO 01/93903 和 WO 01/93905 中所指出。藥物組合物，特別是疫苗，包括除了在其各種實施方式中的一種或幾種根據(jù)本發(fā) 明的多肽和/或根據(jù)本發(fā)明的核酸分子之外，還包括生物學(xué)上或藥學(xué)上活性的其它化合 物。優(yōu)選地，疫苗組合物包括至少一種聚陽離子肽。根據(jù)本發(fā)明要使用的聚陽離子化合物 可以為任何聚陽離子化合物，其顯示根據(jù)WO 97/30721的特性效果。優(yōu)選的聚陽離子化合 物選自堿性多肽、有機聚陽離子、堿性聚氨基酸或其混合物。這些聚氨基酸應(yīng)該具有至少 4個氨基酸殘基的鏈長(W0 97/30721)。特別優(yōu)選的為例如以下物質(zhì)聚賴氨酸、聚精氨酸 和包含在多于8個，特別多于20個氨基酸殘基中堿性氨基酸超過20%，特別超過50%的多肽，或其混合物。其它優(yōu)選的聚陽離子及其藥物組合物描述于WO 97/30721 (例如聚乙烯亞 胺)和WO 99/38528。優(yōu)選地這些多肽包含20至500個氨基酸殘基，特別是30至200個殘基。這些聚陽離子化合物可以化學(xué)地或重組地生產(chǎn)，或可以來自天然來源。陽離子(多)肽還可以為具有在(Ganz，Τ.，1999)中所述性質(zhì)的抗菌劑。這些 (多)肽可以為原核或動物或植物來源，或可以化學(xué)地或重組地生產(chǎn)(W0 02/13857)。肽 還可以屬于防御素類(W0 02/13857)。此類肽的序列可以例如在以下網(wǎng)址的抗菌序列數(shù) 據(jù)庫(AntimicrobialSequences Database)中發(fā)現(xiàn):http://www. bbcm. univ. trieste. it/~tossi/pag2. html。此類宿主防御肽或防御劑(defensives)還為根據(jù)本發(fā)明的聚陽離子聚合物的優(yōu) 選形式。通常，將允許適應(yīng)性免疫系統(tǒng)的激活(或下調(diào))(優(yōu)選通過APC (包括樹突細胞) 介導(dǎo)的)作為最終產(chǎn)物的化合物用作聚陽離子聚合物。用作在本發(fā)明中聚陽離子物質(zhì)的特別優(yōu)選的為導(dǎo)管素(cathelicidin)衍生的抗 菌肽或其衍生物(國際專利申請W002/13857，在此通過參考引入)，特別是衍生自哺乳動物 導(dǎo)管素，優(yōu)選來自人類、?；蛐∈蟮目咕摹碜蕴烊粊碓吹木坳栯x子化合物包括HIV-REV或HIV-TAT (衍生的陽離子肽、觸角 足(antermapedia)肽、殼聚糖或幾丁質(zhì)的其它衍生物)或衍生自這些肽的其它肽或通過生 化或重組生產(chǎn)的蛋白質(zhì)。其它優(yōu)選的聚陽離子化合物為凱薩林(cathelin)或與凱薩林相 關(guān)或衍生的物質(zhì)。例如，小鼠凱薩林為肽，其具有氨基酸序列NH 2-RLAGLLRKGGEKIGEKLKKI G0KIKNFFQKLVPQPE-C00H。相關(guān)或衍生的凱薩林物質(zhì)包含具有至少15-20個氨基酸殘基的凱 薩林序列的全部或部分。衍生可以包括天然氨基酸被不在20種標準氨基酸中的氨基酸的 取代或修飾。此外，其它陽離子殘基可以引入此類凱薩林分子。這些凱薩林分子優(yōu)選與抗 原組合。這些凱薩林分子令人驚奇地被證明作為用于抗原的佐劑而無需添加其它佐劑也是 有效的。因此可以使用此類凱薩林分子作為在具有或不具有其它免疫激活物質(zhì)的疫苗制劑 中的有效佐劑。根據(jù)本發(fā)明使用的另一優(yōu)選的聚陽離子物質(zhì)為包含被3至7個疏水性氨基酸分開 的至少2個2KLK-基序的合成肽(國際專利申請W002/32451，在此通過參考引入)。本發(fā)明的藥物組合物還可以包括免疫刺激性核酸。免疫刺激性核酸為例如中性或 人工的包含CpG的核酸、衍生自非脊椎動物的核酸的短延伸(stretches)；或以短的寡核苷 酸(ODNs)的形式，所述寡核苷酸(ODNs)在特定的堿基背景(base context)中包含未甲基 化的胞嘧啶-鳥嘌呤二核苷酸(CpG)(例如描述于WO 96/02555)。作為選擇，例如描述于WO 01/93903的基于肌苷和胞苷的核酸，或包含脫氧肌苷和/或脫氧尿苷殘基的脫氧核酸(描 述于WO 01/93905和WO 02/095027，在此通過參考引入)可以優(yōu)選用作與本發(fā)明相關(guān)的免 疫刺激性核酸。優(yōu)選地，不同免疫刺激性核酸的混合物可以根據(jù)本發(fā)明使用。任何上述聚陽離子化合物與任何上述免疫刺激性核酸組合，這也在本發(fā)明內(nèi)。 優(yōu)選地，此類組合根據(jù)描述于以下的那些W0 01/93905，WO 02/32451，WO 01/54720，WO 01/93903, WO 02/13857 和 W002/095027 和 WO 03/047602，在此通過參考引入。此外或作為選擇，除了根據(jù)本發(fā)明的多肽和根據(jù)本發(fā)明的核酸分子(優(yōu)選根據(jù)本 發(fā)明的編碼核酸分子)之外，此類疫苗組合物可以包括優(yōu)選神經(jīng)活性化合物。優(yōu)選地，神經(jīng)活性化合物為如例如描述于W001/24822的人類生長因子。同樣優(yōu)選地，神經(jīng)活性化合物與 上述的任何聚陽離子化合物和/或免疫刺激性核酸組合。同樣地，根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物為這樣的藥物組合物，其包括至少任何以下化 合物或其組合在其各種實施方式中的根據(jù)本發(fā)明的核酸分子、根據(jù)本發(fā)明的多肽、根據(jù)本 發(fā)明的載體、根據(jù)本發(fā)明的細胞、根據(jù)本發(fā)明的抗體、根據(jù)本發(fā)明的功能性核酸和分別根據(jù) 本發(fā)明的結(jié)合肽例如抗促成素和高親和力結(jié)合肽和肽適配子、優(yōu)選按照本文所述篩選的根 據(jù)本發(fā)明的激動劑和拮抗劑。與其相關(guān)的任何這些化合物可以與用于細胞、組織或有機體 的未滅菌或滅菌的載體，例如適用于施用于受試者的藥學(xué)上的載體組合使用。此類組合物 包括，例如介質(zhì)添加劑或治療有效量的本發(fā)明的抗原及其片段，和藥學(xué)上可接受的載體或 賦形劑。此類載體可以包括，但不限于，生理鹽水、緩沖生理鹽水、右旋糖、水、甘油、乙醇及 其組合。制劑應(yīng)該適合給藥模式。所述組合物可以例如用于免疫或治療受試者。所述藥物組合物包括至少一種本發(fā) 明的肽；然而，其還可以包括雞尾酒(即，簡單的混合物)，所述雞尾酒包含本發(fā)明的不同肽 (包括片段和其它變體)，任選地與其它病原體的不同的抗原性蛋白質(zhì)或肽混合。這些肽、 多肽、蛋白質(zhì)或其片段或變體的此類混合物例如用于產(chǎn)生針對廣譜衣原體(Chlamydia)分 離株的所需抗體。本發(fā)明的肽還可以以藥學(xué)上可接受的鹽的形式使用。能夠與本發(fā)明的肽 形成鹽的合適的酸和堿對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的，并且包括無機和有機酸和堿。本發(fā)明的另一方面為包含選自以下的核酸的藥物組合物(i)本發(fā)明的核酸和/或與其互補的核酸，和(ii)任選地藥學(xué)上可接受的載體或賦形劑。單獨或與其它核酸序列組合的核酸序列可以進一步用作藥物組合物的成分，所 述其它核酸序列編碼抗原或抗體或針對其它致病性微生物。所述組合物可以用于免疫或 治療患有以下感染引起的疾病的人類和/或動物衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. rachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。藥學(xué)上可 接受的載體或賦形劑可以如上定義。在另一種實施方式中，單獨或與編碼來自其它致病性微生物的其它抗原或抗 體的其它核酸序列組合的本發(fā)明的核酸序列，可以進一步用于組合物，所述組合物旨在 主動地誘導(dǎo)針對受試者中的病原體的保護性免疫應(yīng)答。本發(fā)明的這些組分在用于誘導(dǎo) 針對患有以下感染的人類和/或動物中的保護性免疫應(yīng)答的方法中是有用的衣原體 (Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 ^fe(C. psittaci)。為了用于制備治療劑或疫苗組合物，核酸遞送組合物和方法是有用的，其對于本 領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的。本發(fā)明的核酸還可用于本發(fā)明的方法或用于本文所述的組合 物作為DNA序列，其或者作為裸DNA給藥，或與藥學(xué)上可接受的載體一起給藥，并且提供了 抗原、肽或多肽的體內(nèi)表達。所謂的“裸DNA”可以用于在患者中在體內(nèi)表達本發(fā)明的抗原、肽或多肽(參見，例如，Cohen，J.，1993，其描述了“裸DNA”的類似用途)。例如，與調(diào)控序 列相關(guān)的“裸DNA”可以治療等上地或作為疫苗組合物的部分例如通過注射給藥。作為選擇，編碼本發(fā)明的抗原或肽的核酸或與其互補的核酸可以用于藥物組合物 內(nèi)，例如以在體內(nèi)表達本發(fā)明的抗原或肽或多肽，例如以誘導(dǎo)抗體。本發(fā)明的優(yōu)選實施方式涉及藥物組合物，其中根據(jù)本發(fā)明的核酸包括在載體和/ 或細胞內(nèi)。適合本發(fā)明上下文的載體和/或細胞如上所述。載體特別地用于DNA疫苗。用 于遞送的合適的載體可以由本領(lǐng)域技術(shù)人員容易地選擇。用于體內(nèi)基因遞送的示例性載 體容易地獲自各種學(xué)院和商業(yè)來源，并且包括，例如腺相關(guān)病毒(國際專利申請No. PCT/ US91/03440)、腺病毒載體(Kay, Μ.等，1994 ;Ishibashi，S.等，1993)或其它病毒載體，例 如各種痘病毒、牛痘等。重組病毒載體，例如逆轉(zhuǎn)錄病毒或腺病毒，優(yōu)選用于將外源DNA整 合入細胞的染色體。本發(fā)明的藥物組合物可以任何有效傳統(tǒng)的方式給藥，包括例如，通過局部、口服、 肛門、陰道、靜脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、皮下、鼻內(nèi)、氣管內(nèi)或皮內(nèi)途徑等給藥。為了治療或作為預(yù)防劑，本發(fā)明的藥物組合物的活性劑可以作為注射組合物，例 如作為優(yōu)選等滲的無菌水分散液給藥給個體。優(yōu)選地，本發(fā)明的藥物組合物可以鼻內(nèi)地例如作為氣溶膠制劑給藥。通常，鼻內(nèi)接種代表替代基于針的注射的有吸引力的非入侵性方案，并且在粘膜 表面提供較優(yōu)的保護。此外，可以在鼻內(nèi)免疫后誘導(dǎo)粘膜以及全身免疫性。在上述Rodriguez Α.等，(2006)的公開的研究中已經(jīng)顯示，使用DNA疫苗的鼻內(nèi) 免疫在小鼠中提供針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)感染的保護。同樣地，使用蛋白質(zhì)疫苗 的鼻內(nèi)免疫在小鼠的呼吸道中誘導(dǎo)局部免疫應(yīng)答。因此，鼻內(nèi)應(yīng)用特別適合用于根據(jù)本發(fā)明的衣原體(Chlamydiae)疫苗，特別是用 于肺炎衣原體(C. pneumoniae)疫苗。作為選擇，所述組合物，優(yōu)選藥物組合物可以例如以軟膏劑、霜劑、洗劑、眼膏、滴 眼劑、滴耳劑、嗽口水、浸漬敷料(impregnateddressing)和縫合以及氣溶膠的形式配制以 用于局部應(yīng)用，并且可以包含合適的常規(guī)添加劑，包括，例如防腐劑，幫助藥物滲透的溶劑 和在軟膏劑和霜劑中的潤膚劑。此類局部制劑還可以包含相容的常規(guī)載體，例如軟膏劑和 霜劑基質(zhì)，和用于洗劑的乙醇或油醇。此類載體可以占制劑重量的約至約98%，更通常 它們占制劑質(zhì)量的達約80%。除本文所述的治療之外，本發(fā)明的藥物還通常用作傷口處理劑以防止細菌粘附到 在傷口組織中暴露的基質(zhì)蛋白，并且以用于預(yù)防性應(yīng)用，所述預(yù)防性應(yīng)用在牙科治療中作 為抗生素預(yù)防的替代方案或與其聯(lián)合使用。在優(yōu)選的實施方式中藥物組合物為疫苗組合物。優(yōu)選地，此類疫苗組合物方便地 以注射形式或以氣溶膠制劑以用于鼻內(nèi)遞送。常規(guī)佐劑可用于增強免疫應(yīng)答。用于使用蛋 白質(zhì)抗原接種的合適的單位劑量對于成人為約0. 02至3 μ g抗原/每kg體重，對于兒童為 約0. 2至10 μ g抗原/每kg體重，并且此類劑量優(yōu)選以2至24個周的間隔給藥1-3次。本發(fā)明的抗原、核酸、載體、抗體或藥物組合物的“有效量”或“治療有效量”可 以按照能夠顯示體內(nèi)效應(yīng)的量計算，例如預(yù)防或改善以下感染的跡象或癥狀衣原體 (Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)、獸類衣原體(C.pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 衣原體(Cpsittaci)。此類量可以由本領(lǐng)域技術(shù)人員確定。使用指出的劑量范圍，期望使用本發(fā)明的化合物沒有不利地毒理學(xué)效應(yīng)，其將排 除它們給藥給合適的個體。在進一步的實施方式中本發(fā)明涉及診斷包和藥物包和試劑盒，其包括填充有本發(fā) 明的上述組合物的一種或多種成分的一個或多個容器。成分可以以有用的量、劑量、制劑或 組合存在。與此類容器相關(guān)的為以由政府機構(gòu)規(guī)定形式的注意事項(notice)，該機構(gòu)調(diào)節(jié) 藥物或生物產(chǎn)品的制備、使用或銷售，反映由機構(gòu)批準用于人類給藥的產(chǎn)品的制備、使用或銷售。關(guān)于本發(fā)明，如本文所述的任何疾病相關(guān)的用途例如，比如，藥物組合物或疫苗 用途，特別地為疾病或患病狀況，其由以下引起，與以下相關(guān)或有關(guān)衣原體(Chlamydia)， 更優(yōu)選任何衣原體(Chlamydia)物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。根據(jù)本發(fā)明要預(yù)防和/或治療的，與細 菌感染相關(guān)、由其引起或有關(guān)的疾病，包括慢性感染。常見位置包括上和下呼吸道。臨床癥 狀的范圍包括肺炎、上呼吸道疾病、支氣管炎、鼻竇炎、哮喘性支氣管炎、成人發(fā)作的哮喘和 慢性阻塞性肺疾病。此外，衣原體(Chlamydia)感染還與動脈粥樣硬化和心血管疾病以及 阿耳茨海默疾病有關(guān)。本文所述的每一和任何癥狀、疾病、障礙或綜合癥分別地和獨立地為本發(fā)明意義 上的適應(yīng)癥、疾病或障礙，這也在本發(fā)明的范圍內(nèi)，所述癥狀、疾病、障礙或綜合癥直接或 間接與有機體的接觸有關(guān)或由其引起，所述有機體例如患有以下的動物或人類衣原體 (Chlamydia)物種，優(yōu)選致病性衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)。因此并且僅借助于舉例，本發(fā) 明意義上的疾病為肺炎以及支氣管炎和慢性阻塞性肺疾病。本文所述各種化合物用于的疾病還可以為其中表達根據(jù)本發(fā)明的多肽的那些疾 病或其中本文所述的化合物例如根據(jù)本發(fā)明的多肽、疫苗、抗體或任何適配子和鏡像異構(gòu) 體分別適合治療和/或診斷其的任何疾病，這也在本發(fā)明內(nèi)。此類潛在應(yīng)用可以分別由交 叉反應(yīng)性和同源性產(chǎn)生。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，與根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物相關(guān)描述的任 何疾病可以進行使用本文所述的藥物組合物，反之亦然。本發(fā)明上下文的治療是指治療性治療和預(yù)防性(prophylactic)或預(yù)防性 (preventative)措施，其中目的在于預(yù)防或降低(減輕)靶向的致病性狀況或障礙。需要 治療的那些包括已經(jīng)患有疾病的那些以及傾向于患有疾病的那些或在其中要預(yù)防疾病的 那些。在更進一步的實施方式中，本發(fā)明涉及使用任何根據(jù)本發(fā)明的多肽或任何根據(jù)本 發(fā)明的核酸的篩選方法。像這樣的篩選方法對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的，并且可以如此設(shè)計以篩選激動劑或拮抗劑。與此類篩選方法相關(guān)，優(yōu)選地篩選這樣的拮抗劑，其在本 案中抑制或預(yù)防根據(jù)本發(fā)明的任何抗原或其片段與相互作用伴侶的結(jié)合。此類相互作用伴 侶可以為天然發(fā)生的相互作用伴侶或非天然發(fā)生的相互作用伴侶。本發(fā)明還提供用于篩選化合物以鑒定增強(激動劑)或阻斷(拮抗劑)根據(jù)本發(fā) 明的多肽或本發(fā)明的核酸分子的功能，例如其與結(jié)合分子的相互作用的那些。篩選方法可 以包括高通量的。例如，為了篩選激動劑或拮抗劑，根據(jù)本發(fā)明的多肽的相互作用伴侶，可能為合 成反應(yīng)混合、細胞區(qū)室(cellular compartment)，例如膜，細胞包膜或細胞壁，或其任何 的制劑，其可以從細胞制備，所述細胞表達與根據(jù)本發(fā)明的多肽結(jié)合的分子。將制劑與標 記形式的此類多肽在候選分子的不存在或存在下一起孵育，所述候選分子可以為激動劑 或拮抗劑。候選分子與結(jié)合分子結(jié)合的能力反映了標記的配體的降低的結(jié)合。無效地 (gratuitously)結(jié)合，即不誘導(dǎo)所述多肽的功能效應(yīng)的分子最可能是良好的拮抗劑。良好 地結(jié)合并且引發(fā)與相對于根據(jù)本發(fā)明的多肽相同或緊密相關(guān)的功能效應(yīng)的分子為良好的 激動劑。潛在激動劑和拮抗劑的功能效應(yīng)可以例如通過以下測定確定報道系統(tǒng)的活性， 然后使候選分子與細胞或合適的細胞制劑相互作用，將該效應(yīng)與根據(jù)本發(fā)明的多肽或與所 述多肽引起相同效應(yīng)的分子的效應(yīng)比較。關(guān)于此點可以使用的報道系統(tǒng)包括但不限于轉(zhuǎn)化 成產(chǎn)物的比色標記的底物，對根據(jù)本發(fā)明的多肽的功能活性上的改變應(yīng)答的報道基因和結(jié) 合檢驗是本領(lǐng)域已知的。用于拮抗劑的檢驗的另一實例為競爭檢驗，其使根據(jù)本發(fā)明的多肽和潛在的拮抗 劑與膜_結(jié)合結(jié)合分子、重組結(jié)合分子、天然底物或配體、或底物或配體模擬物在用于競爭 抑制檢驗的合適條件下結(jié)合。根據(jù)本發(fā)明的多肽可以例如通過放射性或比色化合物標記， 以使與結(jié)合分子結(jié)合的或轉(zhuǎn)化成產(chǎn)物的根據(jù)本發(fā)明的多肽的分子數(shù)可以精確地確定以評 估潛在拮抗劑的有效性。潛在的拮抗劑包括小有機分子、肽、多肽和抗體，其與根據(jù)本發(fā)明的多肽結(jié)合并由 此抑制其活性或使其活性消失。潛在的拮抗劑還可以為小有機分子、肽、多肽例如緊密相 關(guān)的蛋白質(zhì)或抗體，其與結(jié)合分子上的相同位點結(jié)合而不誘導(dǎo)根據(jù)本發(fā)明的多肽的功能活 性。潛在的拮抗劑包括小分子，其結(jié)合并占據(jù)根據(jù)本發(fā)明的多肽的結(jié)合位點，由此防 止與細胞結(jié)合分子的結(jié)合，從而預(yù)防正常的生物活性。小分子的實例包括但不限于小有機 分子、肽或類肽分子(peptide-likemolecules).其它潛在的拮抗劑包括反義分子(參見(Okano，H.等，1991)； 0LIG0DE0XYNUCLE0TIDES AS ANTISENSE INHIBITORS OF GENEEXPRESSI0N ；CRC Press,Boca Raton, FL(1988)，用于這些分子的描述)。優(yōu)選的潛在的拮抗劑包括本發(fā)明的抗原及其片段的衍生物。如本文所用，根據(jù)本發(fā)明的多肽的活性為其與任何其相互作用伴侶結(jié)合的能力或 此類與其或任何相互作用伴侶結(jié)合的能力的程度。在特別方面，本發(fā)明提供根據(jù)本發(fā)明的多肽、抗原及其片段、本發(fā)明的核酸分子或 抑制劑在干擾病原體和哺乳動物宿主之間的起始物理相互作用上的用途，所述相互作用對感染的后遺癥負責(zé)。具體地，本發(fā)明的分子可以用于i)預(yù)防本文公開的以下有機體粘附 至哺乳動物細胞外基質(zhì)蛋白衣原體(Chlamydia)物種，更優(yōu)選其致病性物種，優(yōu)選肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣 原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. tra chomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci) ；ii) 阻斷哺乳動物細胞外基質(zhì)蛋白和細菌蛋白之間的細菌粘附，所述細菌蛋白介導(dǎo)組織反應(yīng)； iii)或?qū)е旅庖叻烙囊?guī)避(evasion) ；iv)例如通過抑制營養(yǎng)獲得阻斷感染中發(fā)病機理 的正常進展，所述感染由除了植入留置裝置(in-dwelling device)或通過其它外科技術(shù)之 外的引起。本文提供的各DNA編碼序列可以用于發(fā)現(xiàn)、開發(fā)和/或制備抗菌化合物。當(dāng)表達 時編碼的蛋白可以用作篩選抗菌藥物的靶。此外，編碼編碼蛋白的氨基區(qū)域的DNA序列或 Shine-Delgarno或各mRNA的其它翻譯促進序列可用于構(gòu)建反義序列以控制目的編碼序列 的表達。拮抗劑或激動劑可以用于例如抑制由以下感染引起的疾病衣原體(Chlamydia) 物種，優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)。在另一方面本發(fā)明涉及親和裝置。此類親和裝置包括至少載體材料和連接到載體 材料的任何根據(jù)本發(fā)明的多肽。由于所述多肽對于其靶細胞或靶分子或其相互作用伴侶的 特異性，所述多肽允許從應(yīng)用到載體材料上的任何種類的樣品中選擇性地除去其相互作用 伴侶，條件是滿足結(jié)合的條件。樣品可以是生物或醫(yī)學(xué)樣品，包括但不限于，發(fā)酵肉湯、細胞 碎片、細胞制劑、組織制劑、器官制劑、血液、尿、淋巴液、酒(liquor)等。根據(jù)本發(fā)明的多肽可以以共價或非共價方式連接到基質(zhì)上。合適的載體材料對 于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的，并且可以選自纖維素、硅、玻璃、鋁、順磁珠、淀粉和右旋 糖。本發(fā)明通過以下圖、表、實施例和序列表進一步描述，從其可以獲得進一步的特 性、實施方式和優(yōu)點。應(yīng)該理解本實例僅以例舉的方式而不是限制公開內(nèi)容地給出。關(guān)于本發(fā)明

圖1顯示作為病原體特異性抗體的來源的人類血清的表征。圖2顯示文庫的表征。圖3顯示使用生物素化的人類IgA通過MACS選擇細菌細胞。圖4顯示PCR分析以在各細菌病原體的臨床分離株中確定所選抗原的基因分布。表1顯示使用基因組肺炎衣原體(C. pneumoniae) AR 39文庫和人類血清進行的篩 選的總結(jié)表2顯示用于基因分布分析的菌株。表3顯示對于所選數(shù)量的抗原在各細菌物種的各種菌株中的基因分布分析的總結(jié)。說明書中可能引用的圖和表在以下更詳細地描述。
圖1顯示通過免疫印跡測定的就抗-肺炎衣原體(C. pneumoniae)抗體的人類血 清的表征。血清使用衣原體(Chlamydia)原體(EB)制劑通過IgG-ELISA就高抗-肺炎衣 原體(C. pneumoniae) IgG抗體水平預(yù)選擇。從肺炎衣原體(C. pneumoniae)AR 39感染的 海拉細胞中分離的原體的蛋白質(zhì)在SDS-PAGE凝膠上分離并轉(zhuǎn)移到硝基纖維素膜。顯示以 5，OOOx稀釋使用所選患者血清的代表性試驗的結(jié)果。使用抗_人IgG 二抗試劑使印跡顯 影。選擇反應(yīng)最強的樣品進入篩選池(用*指示)。Mw:分子量標記。圖2(A)顯示肺炎衣原體(C. pneumoniae) AR39大片段基因組文庫，LCPn-50的片 段大小分布。測序480個隨機選擇克隆后，將序列修剪(trimmed)以消除載體殘基，繪制具 有各種基因組片段大小的克隆的數(shù)量。(B)顯示相同的LCPn-50的隨機測序克隆的組在肺 炎衣原體(C. pneumoniae)染色體(根據(jù)AR39的基因組數(shù)據(jù))上的分布的圖形描述。矩形 表示針對有注釋的ORF的匹配序列，菱形表示針對非編碼染色體序列分別在+/+或+/_方 向的完全匹配克隆。圓形用嵌合序列定位所有克隆。堿基對的數(shù)值距離在環(huán)形基因組上就 取向指示。各種克隆組在文庫內(nèi)的劃分在圖的底部以數(shù)字和百分比給出。圖3 (A)顯示使用人IgA的MACS選擇。用15至30 μ glgA (P14_IgA，從人類血清純 化)和10 μ g生物素化的抗-人IgA抗體篩選在PMAL9. 1中的LCPn-50文庫。作為陰性對 照，不添加血清至用于篩選的文庫細胞。對于兩輪選擇的每一次顯示在Ist和/或2nd洗脫 后所選擇的細胞的數(shù)量。(B)顯示按照通過使用人類血清I gA池(P14-I gA)的免疫印跡 分析分析的，通過細菌表面展示所選擇的特定克隆(1-22)的反應(yīng)性，所述人類血清IgA池 用于通過MACS選擇，濃度為lyg/ml。圖4顯示使用各寡核苷酸和17個肺炎衣原體(C. pneumoniae)和沙眼衣原體 (C. trachomatis)菌株，對于兩種基因的基因分布分析的PCR分析的實例?；蚪MDNA以 1 25至1 50的稀釋使用。2微升的各PCR加載到瓊脂糖凝膠上。衍生自來自肺 炎衣原體(C. pneumoniae)的抗原CP0238和CP0242的PCR片段的預(yù)測大小，分別為683 和935bp。1-13，15-17，菌株或臨床分離株如表2中所示；-，無基因組DNA ；+，肺炎衣原體 (C. pneumoniae)菌株AR 39 (表2中的菌株14)的基因組DNA0表1 通過細菌表面展示鑒定的免疫原性蛋白A，在具有 P14-IgA 的 IamB 中的肺炎衣原體(C. pneumoniae) AR39 的 50bp 文 庫(LCPn-50)(修剪后的克隆數(shù)量767) ；B，在具有P14_IgA的fhuA中的300bp文庫 (LCPn-300) (883)。列出所選擇的克隆的數(shù)量每ORF以及由所選擇的克隆描繪(delineate) 的免疫原性區(qū)域。CP0019，有注釋的肺炎衣原體(C. pneumoniae)的閱讀框；ARF 0008，在 CP0008的另一閱讀框中預(yù)測的新ORF ；CRF0082，在CP0082的互補閱讀框上預(yù)測的新0RF。 *，長于5個的能夠誘導(dǎo)抗體應(yīng)答的序列的預(yù)測使用程序ANTIGENICOfolaskar，Α. S. and Tongaonkar, P. C.，1990)進行；**，能夠誘導(dǎo)II類-限制性T細胞應(yīng)答的序列的預(yù)測使 用程序 IEDBAnalysis resource (Bui, H. H.等，2005)進行。進行針對 12 種 MHCII 型 HLA DRB1*0101,*0301, *0401，*0405，*0701,*0802, *0901，*1101，*1302，Φ1501，HLADRB牡0101 和HLADRB5*0101預(yù)測。選擇具有比IC50 = 5000nM更強的結(jié)合的表位。表3.在肺炎衣原體(C. pneumoniae)和沙眼衣原體(C. trachomatis)的各種菌株 中的所選數(shù)量的抗原的基因分布分析使用對編碼相關(guān)抗原的基因特異的寡核苷酸通過PCR測試包括如表2中所示AR39 菌株作為陽性PCR對照的17個衣原體(Chlamydia)菌株?；蚍植急砭透骰蛄谐隽藖?自15個肺炎衣原體(C. pneumoniae)和2個沙眼衣原體(C. trachomatis)菌株的陽性PCR 結(jié)果的數(shù)量，并且為在肺炎衣原體(C. pneumoniae)和沙眼衣原體(C. trachomatis)(例如 14/1 ；14肺炎衣原體(C. pneumoniae)和1沙眼衣原體(C. trachomatis)菌株陽性)的各 種分離株中基因的存在和保守的指示。實施例實施例1 用于鑒定根據(jù)本發(fā)明的肽的一般篩選過程已經(jīng)用于本發(fā)明的方法，基于由肺炎衣原體(C. pneumoniae)編碼的蛋白質(zhì)或肽 與在人類血清中存在的抗體的相互作用。由人類免疫系統(tǒng)針對肺炎衣原體(C. pneumoniae) 產(chǎn)生并且存在于人類血清中的抗體，指示抗原性蛋白的體內(nèi)表達及其免疫原性。此外，使用 預(yù)選擇的血清的池通過細菌表面展示表達文庫鑒定的抗原性蛋白，通過個體選擇或產(chǎn)生的 血清在第2和3輪篩選中處理。這樣，本發(fā)明提供有效、相關(guān)、綜合的抗原的組作為藥物組 合物，特別是防止由肺炎衣原體(C. pneumoniae)引起的感染的疫苗。在用于鑒定根據(jù)本發(fā)明的綜合的抗原的組的抗原鑒定程序中，用幾種血清池或血 漿組分(抗體池)篩選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)的至少兩種不同的細菌表面表達 文庫?？贵w池源自血清收集，其已經(jīng)針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)的抗原性化合物，例 如全細胞、總提取物測試。確定具有高ELISA滴度的血清必須與多種蛋白在免疫印跡中反 應(yīng)，以在用于本發(fā)明的篩選方法中被認為是相關(guān)的。本發(fā)明中所用的表達文庫應(yīng)該允許所有潛在的抗原的表達，所述抗原例如衍生自 肺炎衣原體(C. pneumoniae)的所有分泌的表面蛋白。細菌表面展示文庫將由細菌宿主的 重組文庫代表，所述細菌宿主在細菌宿主膜處展示肺炎衣原體(C. pneumoniae)的有關(guān)兩 個所選擇的外膜蛋白(LamB和FhuA)的表達的肽序列的(全部)組(Georgiou, G.，1997 ； Etz, H.等，2001)。使用重組表達文庫的優(yōu)點之一在于鑒定的血清-反應(yīng)性抗原可以立即 通過篩選和選擇的克隆的編碼序列的表達產(chǎn)生而無需進一步的重組DNA技術(shù)或必需的克 隆步驟，所述篩選和選擇的克隆表達該抗原。通過根據(jù)本發(fā)明所述的程序鑒定的綜合的抗原的組可以進一步通過一輪或多輪 另外的篩選來分析。因此，可以使用鑒定為免疫原性的個體抗體制劑或針對所選擇的肽產(chǎn) 生的抗體。根據(jù)優(yōu)選實施方式，用于第二輪篩選的個體抗體制劑源自健康成人和/或人工 感染的成人(challenged adult)，其顯示在特定最低水平之上的抗體滴度，例如高于測試 的人類(患者或健康個體)血清80個百分點，優(yōu)選高于90個百分點，特別是高于95個百 分點的抗體滴度。在第二輪篩選中使用此類高滴度個體抗體制劑允許高度選擇性地鑒定來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)的抗原及其片段。綜合篩選過程后，選擇的抗原性蛋白，其表達為重組蛋白，或萬一它們不能在原 核表達系統(tǒng)中表達-體外翻譯產(chǎn)物，或合成產(chǎn)生的抗原性肽，可以通過一系列的ELISA和 Western印跡檢驗測試，以用于使用大的人類血清收集(最小值 20個健康和患者血清) 評估其免疫原性。重要的是個體抗體制劑(其還可以為選擇的血清)允許選擇性地鑒定來自第一輪 的所有有希望的候選物的所有血清_反應(yīng)性抗原中的最有希望的候選物。因此，優(yōu)選至少 10個個體抗體制劑(即來自暴露到所選病原體的至少10個不同個體的抗體制劑(例如血 清))應(yīng)該用于在第二輪篩選中鑒定這些抗原。當(dāng)然，還可以使用低于10個個體制劑，然而， 使用低數(shù)量的個體抗體制劑該步驟的選擇性可能不是最佳的。另一方面，如果給定的抗原 (或其抗原性片段)被至少10個個體抗體制劑，優(yōu)選至少30，特別是至少50個個體抗體制 劑識別，抗原的鑒定對于合適的鑒定也是充分選擇性的。當(dāng)然可以使用盡可能多的個體制 劑測試血清_反應(yīng)性(例如使用超過100個，或甚至超過1，000個)。因此，根據(jù)本發(fā)明方法的抗體制劑的相關(guān)部分應(yīng)該優(yōu)選至少10，更優(yōu)選至少30， 特別是至少50個體抗體制劑。作為選擇(或組合)抗原還可以優(yōu)選使用用于第二輪篩選 的所有個體抗體制劑的至少20%，優(yōu)選至少30%，特別是至少40%來鑒定。根據(jù)本發(fā)明的優(yōu)選實施方式，從其制備用于第二輪篩選的個體抗體制劑的血清 (或其用作抗體制劑)，通過其針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)(例如針對該病原體的制 劑，例如裂解液、細胞壁組分或重組蛋白)的滴度來選擇。優(yōu)選地，當(dāng)全有機體(總裂解液 或全細胞)用作在ELISA中的抗原時，一些使用在1，000U之上，特別在5，000U(U =單位， 在給定稀釋下從OD4tl5nm讀數(shù)計算)之上的IgG滴度來選擇。被血清抗體識別的線性表位的識別可以基于短至4-5個氨基酸的序列。當(dāng)然，這 不必然地意味著這些短肽能夠在體內(nèi)誘導(dǎo)給定的抗體。由于這個原因，定義的表位、多肽和 蛋白質(zhì)被進一步在動物中(主要在小鼠中)就其在體內(nèi)誘導(dǎo)針對所選擇的蛋白的抗體的能 力進行測試。用于細胞外細菌的優(yōu)選抗原位于細胞表面或被分泌，并且因此為細胞外可及的。 來自在宿主細胞中細胞內(nèi)階段的細菌的抗原還可以源自細胞內(nèi)位置，但必須在宿主細胞 上作為抗原呈遞。期望針對細胞壁蛋白的抗體用作多種目的抑制粘附、干擾營養(yǎng)獲得， 抑制免疫逃避，和促進噬菌作用(Hornef，M.等，2002)。針對分泌蛋白的抗體的有益之處 在于其作為毒素或毒性組分的功能的中和作用。還已知細菌通過分泌蛋白相互通信。針 對這些蛋白的中和抗體將干擾引起感染的病原體物種之間或內(nèi)部的生長-促進交叉對話 (cross-talk)。生物信息分析(信號序列、細胞壁定位信號、以及跨膜結(jié)構(gòu)域)證明在評估 細胞表面定位或分泌上非常有用。試驗方法包括從人類血清中具有相應(yīng)表位的抗體和蛋白 的分離，在小鼠中針對(多)肽的免疫血清的產(chǎn)生，所述(多)肽通過細菌表面展示篩選 選擇。這些血清然后用于第三輪篩選作為在至少一種以下檢驗中的試劑在不同條件下生 長的肺炎衣原體(C. pneumoniae)的細胞表面染色(FACS或顯微鏡檢查)、中和能力的確定 (毒性、粘附性)、和調(diào)理作用(opsonisation)和噬菌作用的促進(體外噬菌作用檢驗)。為此目的，將細菌大腸桿菌(E. coli)克隆直接注射入小鼠，并且取免疫血清并在 相關(guān)的體外檢驗中測試。作為選擇，特異抗體可以從人類或小鼠血清中使用肽或蛋白質(zhì)作為底物來純化。根據(jù)本文使用的抗原鑒定方法，如本文所述，本發(fā)明可以令人驚奇地提供肺炎衣 原體(C. pneumoniae)的綜合的新核酸和新蛋白質(zhì)、抗原及其片段，等的組。編碼此類抗原 的根據(jù)本發(fā)明的核苷酸序列優(yōu)選具有Seq ID Nos 1至98單獨地所示的核苷酸序列，由此 相應(yīng)的編碼氨基酸序列具有如Seq ID Nos 99至196所示的氨基酸序列。特定抗原的所有線性片段可以通過具有至少10個氨基酸長度的1個氨基酸重 疊的肽組，通過分析蛋白質(zhì)抗原的全序列來鑒定。隨后，非線性表位可以通過使用血清使 用表達的全長蛋白質(zhì)或其結(jié)構(gòu)域多肽分析抗原來鑒定。假定蛋白質(zhì)的獨特結(jié)構(gòu)域足以形 成獨立于天然蛋白的3D結(jié)構(gòu)，使用血清分析各重組或合成產(chǎn)生的結(jié)構(gòu)域多肽將允許鑒定 多結(jié)構(gòu)域蛋白的各結(jié)構(gòu)域內(nèi)的構(gòu)象表位。對于這些其中結(jié)構(gòu)域擁有線性以及構(gòu)象表位 (conformational印itope)的抗原，使用符合線性表位的肽的競爭試驗可以用于確認構(gòu)象 表位的存在實施例2基于抗衣原體抗體的人類血清樣品的表征和選擇以及抗體篩選試劑的 制備試驗步驟酶聯(lián)免疫吸附檢驗(ELISA).商業(yè)上獲得的ELISA試劑盒，Chlamydien-IgG-ELISA medac (Medac Gmbh, Germany)，其使用高度純化和特異的抗原，用于測定抗肺炎衣原體 (C. pneumoniae)抗體滴度。測定血清的三種稀釋液，400χ，200χ，ΙΟΟχ，并且反應(yīng)性表達為滴 度> 1 400 ;1 400 ；1 200 ； 1 100 和 <1 100。免疫印跡.將用作細菌抗原提取物的原體(EB)，從肺炎衣原體(C. pneumoniae) AR39感染的海拉細胞培養(yǎng)物中根據(jù)Wang等(1991)分離。EB的感染性被破壞，并且蛋白質(zhì) 通過添加包含SDS和2-巰基乙醇的SDS-PAGE樣品緩沖液來溶解。約5 μ g的總蛋白質(zhì)通 過SDS-PAGE使用BioRad Mini-Protean 3Cell電泳系統(tǒng)分離，并且將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移至硝基纖 維素膜(ECL，Amersham Pharmacia)。在5%牛奶中封閉過夜后，以5，OOOx的稀釋添加人類 血清，并且HRP標記的抗-人IgG用于檢測。用于基因組篩選的抗體的純化.基于總體的抗_衣原體滴度篩選5種血清以用于 用于篩選步驟的血清池。針對大腸桿菌(E.coli)蛋白的抗體通過將熱失活的血清與全細 胞大腸桿菌(E. coli)細胞(DH5ci，用pHIEll轉(zhuǎn)化，在與用于細菌表面展示相同的條件下生 長)一起孵育來除去。來自合并的耗竭血清(cbpleted sera)的高度富集的IgA的制劑通 過親和色譜使用在抗生蛋白鏈菌素-瓊脂糖(GIBC0 BRL)上固定的生物素-標記的抗-人 IgA(Southern Biotech)來純化。IgA純化品的有效性通過SDS-PAGE和蛋白質(zhì)濃度測定 (OD280nm)來檢查。結(jié)果如上所述，針對肺炎衣原體(C. pneumoniae)由人類免疫系統(tǒng)產(chǎn)生的并且 存在于人類血清中的抗體指示抗原性蛋白的體外表達及其免疫原性。這些分子在 本發(fā)明所述的方法中鑒定個體抗原是必需的，其基于特異性抗-衣原體抗體和相應(yīng) 的肺炎衣原體(C. pneumoniae)肽或蛋白質(zhì)的相互作用。為了可以使用相關(guān)的抗體 庫(antibodyr印ertoires)，人類血清從具有肺炎衣原體(C. pneumoniae)相關(guān)感染， 例如肺炎和支氣管炎的癥狀的患者中選擇。通過醫(yī)學(xué)血清學(xué)的測試指示肺炎衣原體(C. pneumoniae) ^/^Ι .' Φ (causative agent)。肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)感染通過血清學(xué)來檢測和診斷，因為病原 體使用常規(guī)的微生物方法不能培養(yǎng)?；诳乖瓩z測的高度特異和選擇性的診斷試劑盒已 經(jīng)開發(fā)出并且可以商業(yè)上獲得。我們已經(jīng)選擇具有高滴度的患者血清，所述高滴度針對肺 炎衣原體(C. pneumoniae)并通過標準衣原體(Chlamydia)ELISA試劑盒檢測，所述試劑 盒常規(guī)地用于臨床以診斷由衣原體(Chlamydia)引起的急性、慢性和持續(xù)性感染。測試 了 185個血清樣品，選擇源自個體的所有樣品以基于臨床癥狀就肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)的特異性抗體的存在診斷測試。83個血清顯示抗體滴度> 1 400;34個血 清顯示約1 400的滴度；14個血清1 200 ；20個血清1 100以及34個血清具有滴度 < 1 100。根據(jù)流行病學(xué)研究肺炎衣原體(C. pneumoniae)運輸和感染是普遍的，一生中 具有經(jīng)常的再感染。為此原因，血清的初次選擇目的在于鑒定具有最高IgG滴度(> 400) 的樣品以降低非特異性、假陽性診斷的風(fēng)險。隨后，通過免疫印跡分析預(yù)選擇的血清以確保針對在肺炎衣原體(C. pneumoniae) 中存在的多種蛋白質(zhì)抗原的抗體反應(yīng)性。圖1中所示的代表性免疫印跡證明，當(dāng)針對從在 體外培養(yǎng)物中感染的人類細胞(海拉)分離的原體的蛋白質(zhì)測試時，不同模式的反應(yīng)性使 用個體血清檢測?；谶@些免疫印跡分析選擇展示不同模式反應(yīng)性的血清，獲得了特別的關(guān)注。將5個選擇的血清合并以進一步就豐富的抗體富集，但仍具有不同個體的抗體庫 的表現(xiàn)?；陉P(guān)于IgG抗體獲得的數(shù)據(jù)，IgA從合并的血清(包括個體血清P922，P923，P 925，P928，和P949 ；后三個示于圖1)通過親和色譜純化，并減少大腸桿菌(E. coli)-反應(yīng) 性抗體以避免在細菌表面展示篩選中的背景。實施例3 肺炎衣原體(C. pneumoniae)的高度隨機、讀框選擇(frame-selected)、 小片段的基因組DNA文庫的產(chǎn)生試驗步驟衣原體基因組DNA的制備。肺炎衣原體(C. pneumoniae)AR39按照Campbell， L.A.等(1989)所述培養(yǎng)。分離原體(EB)并將其用于制備基因組DNA。來自肺炎衣原體 (C. pneumoniae) EB的基因組DNA按照Cox，R.L.等(1988)所述制備。將最終的基因組DNA 制劑溶解于ddH20。小基因組DNA片段的制備。來自肺炎衣原體(C. pneumoniae) AR39的基因組DNA使 用杯角(cup-horn)超聲破碎器(Bandelin Sonoplus UV2200sonicator，配備有 BB5 杯角， IOsec.脈沖，以100%功率輸出)機械地剪切成大小為150至300bp的片段或通過溫和的 DNA酶I處理(Novagen)剪切成大小50至70bp的片段。觀察到當(dāng)將DNA破碎成150_300bp 大小范圍的片段時，超聲波處理產(chǎn)生緊密地多的片段大小分布。然而，盡管將DNA暴露到超 聲波-誘導(dǎo)的流體力學(xué)剪切力，隨后片段大小的降低不能有效和可再現(xiàn)地實現(xiàn)。因此，50至 70bp大小的片段將通過溫和的DNA酶I處理使用Novagen' s鳥槍裂解試劑盒(shotgun cleavage kit)獲得。制備試劑盒配備的DNA酶I的1 20稀釋液，并且在MnCl2存在下以 60 μ L的體積在20°C下進行消化5分鐘，以確保通過酶的雙鏈裂解。用2 μ L的0. 5M EDTA 停止反應(yīng)，在2% TAE-瓊脂糖凝膠上評價片段效率。該處理導(dǎo)致基因組DNA的總體片段化 成近50-70bp的片段。片段然后使用T4DNA聚合酶在100 μ M各dNTP的存在下平末端化兩
96次，以確保有效地清洗末端。片段在連接反應(yīng)中立即使用或在-20°C下冷凍以用于隨后的使用。載體的描述。載體pMAL4. 31在pASK-IBA主鏈(Skerra，Α.，1994)上構(gòu)建，所述 pASK-IBA主鏈具有與卡那霉素抗性基因交換的β-內(nèi)酰胺酶(bla)基因。此外，將bla基 因克隆入多克隆位點。將編碼成熟β-內(nèi)酰胺酶的序列置于ompA的前導(dǎo)肽序列之前以穿 過細胞膜有效地分泌。此外，編碼成熟β -內(nèi)酰胺酶的前12個氨基酸(間隔序列)的序列 在ompA前導(dǎo)肽序列之后，以避免前導(dǎo)肽酶切割位點后序列立即融合，因為在該區(qū)域帶正電 的氨基酸的聚簇(cluster)將降低或禁止移動穿過細胞膜(Kajava，A.等，2000)。SmaI限 制性位點用于文庫插入。用于所選擇片段的恢復(fù)(recovery)的上游FseI位點和下游NotI 位點，側(cè)翼于SmaI位點。這三個限制性位點在編碼12個氨基酸間隔序列的序列之后以這 樣的方式插入，以使bla基因在-1閱讀框中轉(zhuǎn)錄，導(dǎo)致在NotI位點之后15bp處的終止密 碼子。+Ibp插入恢復(fù)(restoredbla 0RF，以產(chǎn)生具有隨后獲得氨芐青霉素抗性的β -內(nèi) 酰胺酶蛋白。載體pMAL 9. 1通過將IamB基因克隆入pEHl的多克隆位點來構(gòu)建 (Hashemzadeh-Bonehi, L.等，1998)。隨后，將包含限制性位點 Fsel，SmaI and NotI 的序 列插入在氨基酸154之后的IamB中。用于此插入的閱讀框以如此的方式構(gòu)建，從而使通過 使用FseI和NotI消化從質(zhì)粒pMAL4. 31切下的讀框-選擇的DNA片段的轉(zhuǎn)移產(chǎn)生IamB和 各插入的連續(xù)閱讀框。載體pHIEll通過將fhuA基因克隆入pEHl的多克隆位點來構(gòu)建。其后，將包含限 制性位點FseI，XbaI和NotI的序列插入在氨基酸405之后的thuA中。用于此插入的閱讀 框以如此的方式選擇，從而使通過使用FseI和NotI消化從質(zhì)粒pMAL4. 31切下的讀框-選 擇的DNA片段的轉(zhuǎn)移產(chǎn)生fhuA和各插入的連續(xù)閱讀框。用于讀框選擇(frame selection)的文庫的克隆和評價。將基因組肺炎衣原體 (C. pneumoniae) AR39DNA片段連接到載體pMAL4. 31的SmaI位點。重組DNA電穿孔到DHlOB 電感受態(tài)的大腸桿菌(E.coll)細胞(GIBC0 BRL)，并使轉(zhuǎn)化體在補充有卡那霉素(50 μ g/ ml)和氨芐青霉素(50yg/ml)的LB-瓊脂上鋪平板。平板在37°C下孵育過夜，并且收集克 隆以用于大規(guī)模DNA提取。將代表性的平板貯存和保存以用于收集用于克隆PCR分析和大 規(guī)模測序的克隆。簡單的克隆PCR檢驗用于最初確定大致的片段大小分布以及插入效率。 從測序數(shù)據(jù)計算精確的片段大小，插入位點處的接合完整性以及讀框篩選精度(3n+l規(guī)律 (rule))ο用于細菌表面展示的文庫的克隆和評價。將包含具有限制性酶FseI和NotI的肺 炎衣原體(C. pneumoniae)文庫的基因組DNA片段從pMAL4. 31載體切下。全部群體的片段 然后轉(zhuǎn)移到質(zhì)粒PMAL9. 1 (LamB)或pHIEll (FhuA)，其已經(jīng)用FseI和NotI消化。使用這兩 種限制性酶，其識別8bp富GC序列(8bp GC rich sequence)，將在pMAL4. 31載體中選擇 的閱讀框保持在各平臺載體中。質(zhì)粒文庫然后通過電穿孔轉(zhuǎn)化入大腸桿菌(E.Coli)DH5a 細胞。將細胞在補充有50 μ g/mL卡那霉素的大LB-瓊脂平板上鋪平板，并在37°C以產(chǎn)生清 楚可見單個克隆的密度生長過夜。然后將細胞從這些平板的表面刮下，用新鮮LB培養(yǎng)基洗 滌，并以用于文庫篩選的等分試樣形式貯存在-80°C。結(jié)果
用于讀框篩選(frame selection)的文庫。兩個文庫(LCPn-50和LCPn-300)在 PMAL4. 31載體中產(chǎn)生，分別具有約50和300bp的大小。對于每一文庫，約1 μ g pMAL4. 31 質(zhì)粒DNA和50ng片段化的基因組肺炎衣原體(C. pneumoniae)基因組AR 39DNA的連接和 隨后轉(zhuǎn)化在讀框篩選后產(chǎn)生6xl04至3xl05個克隆。為了評估文庫的隨機性，測序LCPn-50 的480個隨機選擇的克隆。將載體序列修剪(trimming)后，390個可以進行生物信息分析， 顯示這些克隆中僅非常少的可以呈現(xiàn)多于一次。此外，顯示98%的克隆落入25至IOObp的 大小范圍，平均大小46bp(圖2)。幾乎所有的序列遵循3n+l規(guī)律，顯示所有的克隆合適地 被讀框選擇。細菌表面展示文庫。在大腸桿菌(E. coli)表面上的肽的展示需要來自LCPn文庫 的插入物從讀框篩選載體PMAL4. 31轉(zhuǎn)移到展示質(zhì)粒pMAL9. 1 (LamB)或pHIEll (FhuA)。將 基因組DNA片段用FseI和NotI限制性酶切下并且將5ng插入物與0. 1 μ g質(zhì)粒DNA連接， 隨后轉(zhuǎn)化入DH5ci細胞，產(chǎn)生2xl05至2xl06個克隆。將克隆從LB平板上刮下，并冷凍而不
進一步擴增。實施例4:使用細菌表面展示的基因組文庫和人類血清鑒定來自肺炎衣原體 (C. pneumoniae)的高免疫原性肽序列試驗步驟MACS篩選。約2. 5xl08個來自給定文庫的細胞在5mL補充有50 μ g/mL卡那霉素 的LB-培養(yǎng)基中在37°C下生長2h。通過添加ImM IPTG30min誘導(dǎo)表達。將細胞用新鮮LB 培養(yǎng)基洗滌兩次，使約2xl07個細胞再懸浮于100 μ L LB培養(yǎng)基并轉(zhuǎn)移到Eppendorf管。將從血清純化的10至20 μ g生物素化的、人類IgA添加至細胞，使懸浮液在4°C下 輕微搖動過夜。添加900 μ L的LB培養(yǎng)基，使懸浮液混合并隨后以6，OOOrpm在4°C下離心 IOmin0細胞用ImL LB洗滌一次，然后再懸浮于100 μ L LB培養(yǎng)基。添加10 μ L與抗生蛋 白鏈菌素偶合的MACS微珠(Miltenyi Biotech, Germany)，并且孵育在4°C下持續(xù)20min。 其后添加900 μ L LB培養(yǎng)基，將MACS微珠細胞懸浮液加載到固定到磁體上的平衡的MS柱 (Miltenyi Biotech, Germany)上。(MS 柱通過用 ImL 70% EtOH 洗滌 1 次和用 2mL LB 培 養(yǎng)基洗滌2次來平衡)。然后用3mL LB培養(yǎng)基將柱洗滌3次。除去磁體后，細胞通過用2mL LB培養(yǎng)基洗 滌來洗脫。用3mL LB培養(yǎng)基將柱洗滌后，在同一柱上第二次加載2mL洗脫液，并且重復(fù)洗 滌和洗脫過程。第三次進行加載、洗滌和洗脫過程，產(chǎn)生2ml的終洗脫液。將兩輪篩選后選擇的細胞在補充有50 μ g/mL卡那霉素的LB-瓊脂平板上鋪平板， 并在37°C下生長過夜。通過測序和Western印跡分析評價所選擇的克隆。隨機選擇的克隆在3mL補充有 50 μ g/mL卡那霉素的LB培養(yǎng)基上在37°C下生長過夜，以使用標準方法制備質(zhì)粒DNA。測序 在MWG (德國)或Agowa (德國)上進行。對于Western印跡分析，約10至20 μ g的總細胞蛋白通過10% SDS-PAGE分離并 在印跡至Ij HybondC 膜(Amersham Pharmacia Biotech,England)上。LamB 或 FhuA 融合蛋白 使用以約1 3，000至1 5，000的稀釋的人類血清作為一抗，以1 5，000稀釋的與HRP 偶合的抗-人IgA抗體作為二抗。使用ECL檢測試劑盒(Amersham Pharmacia Biotech, England)進行檢測。作為選擇，兔抗-FhuA或兔抗-LamB多克隆免疫血清用作一抗與和HRP偶合的各二抗聯(lián)合以用于檢測融合蛋白。結(jié)果通過磁性激活細胞分選(MACS)使用生物素化的IgA篩選細菌表面展示文庫。在 PMAL9. 1中的文庫LCPn-50和在pHIEll中的LCPn-300用來自患者血清的生物素化的人IgA 的池篩選(參見實施例2 用于基因組篩選的抗體的純化，和實施例2的結(jié)果的最后一段)。 按照試驗步驟下的描述進行選擇步驟。圖3A顯示使用LCPn-50文庫和P14_IgA篩選獲得 的數(shù)據(jù)。從來自MACS篩選的第一次選擇循環(huán)之后的克隆計數(shù)可以看出，最后恢復(fù)的細胞的 總數(shù)從IxlO8細胞顯著地降低至約5xl04細胞，而不使用添加的抗體的選擇顯示降低至約 IxlO4細胞的數(shù)量(圖3A)。第二輪后，使用PH-IgA約IxlO4細胞恢復(fù)，而當(dāng)不添加來自人 類血清的IgA時恢復(fù)僅1-2χ103細胞，清楚地顯示選擇依賴于肺炎衣原體(C. pneumoniae) 特異性抗體。為了評價篩選的性能，隨機挑選25個選擇的克隆，并使用篩選IgA(PH-IgA) 池進行免疫印跡分析(圖3B)。該分析揭示，約80%的選擇的克隆顯示與在相關(guān)血清中存在 的抗體的反應(yīng)性，而表達LamB且沒有肺炎衣原體(C. pneumoniae)特異性插入物的對照菌 株不與相同的血清反應(yīng)(未示出)。通常，觀察到反應(yīng)率在40至80%的范圍內(nèi)?？寺CR 分析顯示所有選擇的克隆包含期望大小范圍內(nèi)的插入物。隨后較大數(shù)量的隨機挑選的克隆的測序(約600個克隆每篩選)導(dǎo)致基因和相應(yīng) 的肽或蛋白質(zhì)序列的鑒定，所述基因和相應(yīng)的肽或蛋白質(zhì)序列被用于篩選的人類血清抗體 特異性識別。特異性克隆選擇的頻率至少部分反映用于篩選的血清中特異性抗體的豐度和 /或親和力，和識別通過此克隆呈遞的表位。在這點上，引人注目的是，衍生自某些ORF(例 如CP0210，CP0212)的克隆非常頻繁地被挑選出(27至50次)，指示他們的高免疫原性質(zhì)。 表1總結(jié)了就兩次進行的篩選獲得的數(shù)據(jù)。在表1中存在的所有克隆已經(jīng)通過免疫印跡分 析使用來自單個克隆的全細胞提取物證明，以顯示與用于各篩選的人類血清的池的指出的 反應(yīng)性。從表1中可以看出，各ORF的不同區(qū)域鑒定為免疫原性，因為蛋白質(zhì)可變大小的片 段通過平臺蛋白在表面上展示。進一步還值得注意的是，通過細菌表面展示篩選鑒定的大量表面編碼肺炎衣原體 (C. pneumoniae)的蛋白質(zhì)，其不具有指定的功能或甚至可以組成尚未被之前生物信息學(xué)分 析預(yù)測的蛋白質(zhì)。這樣，許多這些候選物組成肺炎衣原體(C. pneumoniae)的新抗原性蛋白。實施例5 從肺炎衣原體(C. pneumoniae)鑒定的具有高免疫原性蛋白質(zhì)的基因分 布研究試驗步驟通過PCR的抗原的基因分布。理想的疫苗抗原將為這樣的抗原，其存在于 疫苗針對的所有，或大多數(shù)靶有機體的菌株中。為了確定編碼鑒定出的肺炎衣原體 (C. pneumoniae)抗原的基因是否在相關(guān)菌株中普遍存在地出現(xiàn)，在一系列獨立細菌分離株 上使用對目的基因特異的引物進行PCR。作為引物的寡核苷酸序列針對約1，OOObp的所有 鑒定的ORF產(chǎn)生產(chǎn)物而設(shè)計，如果可能覆蓋所有鑒定的免疫原性表位。為了制備基因組DNA，收獲在一個6孔板中培養(yǎng)的衣原體(Chlamydia)細胞，并將 其轉(zhuǎn)移至Falcon管。在玻璃珠的存在下通過搖晃IOmin來破壞細胞，細胞碎片通過在4°C 下以900rpm隨后離心5min來除去。上清液在10°C下以13，OOOrpm離心1小時，以收集染色體DNA。將球團(pellet)再懸浮于ImL PBS中并以200 μ L等分試樣的形式貯存?；?組DNA的提取使用QIAamp DNA MiniKit(Qiagen)根據(jù)制造商的建議進行。使用Taq聚合酶(IU)、200nM dNTP sUOpMol各寡核苷酸和根據(jù)制造商說明書的 試劑盒(Invitrogen，The Netherlands)以25 μ L的反應(yīng)體積進行PCR。作為標準，進行30 個循環(huán)(lx :5min. 95°C，30x :30s ec. 95°C，30sec. 56°C，30sec. 72°C, lx4min. 72°C )，除非 條件必須適合各引物對。結(jié)果編碼免疫原性蛋白的27個鑒定的基因的選擇在17個不同衣原體(Chlamydia)菌 株(15個肺炎衣原體(C. pneumoniae)和2個沙眼衣原體(C. trachomatis)；表2)中通過 PCR就其存在進行測試。所有的陰性PCR數(shù)據(jù)通過獨立的試驗確認，以消除假陰性結(jié)果。由 于針對各特定基因的特異性寡核苷酸的使用，陰性PCR還可由寡核苷酸的3’區(qū)域的錯配導(dǎo) 致。然而在大多數(shù)情況下，通過另外的手段確認基因的不存在不認為是必需的。在>90%的 肺炎衣原體(C. pneumoniae)菌株(> 13/15)中檢測到85% (23/27)，而在> 75%的肺炎衣 原體(C. pneumoniae)菌株(< 12/17)中僅1個失去，因此分類為不充分保守的。此外，幾 種基因還可存在于分析的兩種沙眼衣原體(C. trachomatis)菌株(例如CP0064，CP0664)。 作為實例，圖4顯示使用所有指定的17種菌株，對于兩種肺炎衣原體(C. pneumoniae)抗原 CP0238和CP0242的PCR反應(yīng)?？梢郧宄乜闯觯珻P0242基因存在于所有分析的菌株中，而 CP0238基因在3個菌 株中不存在，并且從另外的5-6個菌株僅微弱地擴增。使用選擇的抗 原的所有結(jié)果總結(jié)于表3.重要的是，超過90%的測試抗原在肺炎衣原體(C. pneumoniae) 的分析菌株中良好地保守，涉及基因_特異性PCR產(chǎn)物的存在和大小。因此，這些抗原表示 有價值的候選物以保證進一步的研究，從而評價其疫苗潛力。實施例6 在所選擇抗原內(nèi)的HLAII類限制性T細胞表位或表位區(qū)域的鑒定試驗步驟HLA II類限制性表位預(yù)測使用程序IEDB Analysis resource (Bui，H. H.等，2005)進行通過細菌展示在鑒定 的抗原內(nèi)的HLA II類限制性表位的預(yù)測。預(yù)測就12種MHC II類HLA DRB1*0101，*0301， *0401，*0405，*0701，*0802，*0901，*1101，*1302，*1501，HLADRB4*0101 和 HLADRB 5*0101 進行。選擇具有高于IC50 = 5000nM的結(jié)合的表位。為了確定其中大多數(shù)表位位于的區(qū)域， 對于各等位基因確定十個最強結(jié)合表位的定位。這允許我們查看來自不同等位基因的表位 是否與相同區(qū)域結(jié)合。這些區(qū)域然后可以在IEDB程序中就MHCII結(jié)合肽選擇和分析。選 擇在至少4個MHCII等位基因中包含命中的區(qū)域。僅在其中表位在較大的區(qū)域中連續(xù)地重 疊的情況下，預(yù)測整個區(qū)域(可能大于25個氨基酸)。結(jié)果T細胞表位為源自刺激細胞(T細胞)免疫應(yīng)答的非自身(或自身)蛋白的信息的 最小必須單位。它們存在于在針對T細胞受體(TCR)的抗原呈遞細胞的表面處的MHC I類 或II類分子的裂縫(cleft)中。在MHC分子的裂縫中由TCR和病原體-衍生的肽表位的相 互作用觸發(fā)的細胞事件的接下來的級聯(lián)反應(yīng)(cascade)，起通知細胞免疫系統(tǒng)存在細菌、病 毒或寄生蟲的作用。表位_特異性T細胞應(yīng)答的誘導(dǎo)可以改進針對病原體的免疫應(yīng)答并從 而提供允許保護免受感染或清除由各病原體引起的感染的方法，對于所述病原體不存在傳統(tǒng)的疫苗。對于T細胞表位的生物信息學(xué)預(yù)測方法的精度是顯著的(Martin，W.等，2003)， 并且因此通過細菌表面展示提供針對所述抗原鑒定方法的補充方法，其基于在B細胞表位 上的試驗鑒定。由于0RF，對應(yīng)于在通過人類血清中的抗體識別的基礎(chǔ)上鑒定的抗原，很可 能還包含線性T細胞表位，本發(fā)明的目的在于還提供用于所列抗原的T細胞表位的組。相應(yīng)HLA II類輔助-表位的分子定義用于設(shè)計合成的人抗衣原體疫苗，其可以包 括免疫記憶，因為衍生自衣原體抗原的輔助-表位提供"同源幫助(cognate help)“給針 對這些抗原或其片段的B細胞應(yīng)答。此外，可以使用這些輔助-表位來誘導(dǎo)對T-非依賴性 抗原例如碳水化合物(綴合疫苗)的記憶。MHC II類分子結(jié)合由11至25個氨基酸組成的 肽(具有9個氨基酸的識別序列)，并且被⑶4+輔助T細胞顯著地識別。從表1明顯的看 出，通過細菌表面展示鑒定的幾乎所有抗原包含許多潛在的MHC II類-限制性表位，其還 可以與鑒定的B細胞表位(例如CP0444)重疊。此外，細胞內(nèi)肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)可以被⑶8+細胞毒性T細胞 消除，其識別HLA I類限制性表位。MHC I類分子在具有兩個保守錨定殘基的長度為8至 10個氨基酸的一般肽中呈遞。在保護性免疫應(yīng)答的背景下，表位特異性T細胞可以持續(xù)作 為記憶細胞，從而當(dāng)遭遇時允許針對病原體的更快的應(yīng)答。因此兩種類型的細胞免疫應(yīng)答 是互補的，預(yù)防性以及治療性疫苗應(yīng)該被設(shè)計成包含I類-限制性和II類-限制性表位。 表位還可以使用生物信息學(xué)算法預(yù)測，但在此不具體地列出。鑒定出的肽或抗原的片段(例如重疊15個(overlappinglS-mers))可以合成并 就其與各種MHC分子在體外結(jié)合的能力測試。其免疫原性還可以通過評估肽(抗原-)_驅(qū) 動的增殖(BrdU或3H-胸腺嘧啶的引入)或體外T細胞的細胞因子(ELIspot，細胞內(nèi)細胞 因子染色)的分泌(Schmittel, A.等，2000 ;Sester，M.等，2000)。在這點上，確定針對在 患有不同衣原體感染的患者中，或在克隆個體vs既不是近期感染也不是克隆的健康個體 中的衣原體抗原或所選擇的混合性肽(promiscuous peptide)或其片段的T細胞應(yīng)答上的 定量和定性差異，這是令人感興趣的。此外，預(yù)測的肽的免疫原性可以在HLA-轉(zhuǎn)基因的小 鼠中測試(Sonderstrup，G.等，1999)。此外，可以將抗原/表位注入小鼠，并且然后可以確定誘導(dǎo)的抗體和T細胞應(yīng)答。 通過抗原通過接種誘導(dǎo)的抗體和T細胞的保護能力可以在動物模型中評估。所有這些方法 對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是可以獲得的。參考文獻以下在本說明書中以節(jié)略形式已經(jīng)引用的參考文獻在此通過參考將其全文引入Aldous, M. 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10權(quán)利要求
編碼抗原或其片段的分離的核酸分子，包括選自選自以下的核酸序列a)與具有選自Seq ID Nos 1至98的核苷酸序列的核酸分子具有至少70％序列同一性的核酸分子，b)與a)的核酸分子互補的核酸分子，c)包括a)或b)的核酸分子的至少15個連續(xù)堿基的核酸分子，d)在嚴緊雜交條件下與a)、b)或c)的核酸分子退火的核酸分子，和e)要不是遺傳密碼的簡并性，將與a)、b)、c)或d)中定義的核酸分子雜交的核酸分子。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的分離的核酸分子，其中與SeqID Nos 1至98的序列同一 性為至少80 %，更優(yōu)選至少90 %，仍更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %，98 %，或99 %，或最優(yōu)選 100%。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2任一項所述的核酸分子，其中所述核酸為DNA。
4.根據(jù)權(quán)利要求1至2任一項所述的核酸分子，其中所述核酸為RNA。
5.根據(jù)權(quán)利要求1至3任一項所述的分離的核酸分子，其中所述核酸分離自基 因組DNA，所述基因組DNA優(yōu)選來自衣原體(Chlamydia)物種，更優(yōu)選來自肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，最優(yōu)選來自肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。
6.根據(jù)權(quán)利要求1至5任一項所述的核酸分子，其中編碼的抗原片段為其活性片段或 活性變體。
7.根據(jù)權(quán)利要求1至6任一項所述的編碼抗原或其片段的核酸分子，其包括或由來 自以下的多肽或肽片段組成肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、 鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、 或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選來自肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。
8.載體，包括根據(jù)權(quán)利要求1至7任一項所述的核酸分子。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的載體，其中所述載體適合于由在權(quán)利要求1至7任一項中所 定義的核酸分子編碼的抗原或其片段的重組表達。
10.宿主細胞，包括根據(jù)權(quán)利要求8或9所定義的載體。
11.抗原，其與血清免疫學(xué)上反應(yīng)，所述血清來自患有衣原體(Chlamydia)感染的人類 或來自之前被衣原體(Chlamydia)感染的未感染的健康人類，其中所述抗原包括或由來自 以下的分離的多肽或其活性片段或活性變體組成衣原體(Chlamydia)，優(yōu)選來自肺炎衣 原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣 原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選來自肺 炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。
12.包括或由選自SeqID Nos 99至196的分離多肽組成的抗原，或其活性片段或活性 變體。
13.根據(jù)權(quán)利要求11或12所述的抗原，其中所述多肽由在權(quán)利要求1至7任一項中所 定義的核酸分子編碼。
14.根據(jù)權(quán)利要求11至13任一項所述的抗原，其中所述其活性片段由所述多肽，特別是由Seq ID Nos 99至196中任一個所定義的多肽的至少50%，特別是至少60%，優(yōu)選至 少70 %，更優(yōu)選至少80 %，更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選 99%組成。
15.根據(jù)權(quán)利要求11至14任一項所述的抗原，其中所述其活性變體與所述多肽，特別 是由Seq ID Nos 99至196中任一個所定義的多肽具有至少50%，特別是至少60%，優(yōu)選 至少70 %，更優(yōu)選至少80 %，更優(yōu)選至少90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選 99%的序列同一性。
16.根據(jù)權(quán)利要求14所述的抗原，其中所述其活性片段包括或由SeqID No 123的氨 基酸 2_872、Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq IDNo 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、 Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq ID No 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、Seq IDNo 131 的氨基酸 2-792、Seq ID No 132 的氨基酸 2-252、Seq ID No 135 的 氨基酸 8_245、Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的氨基酸 16-620、Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、 Seq ID No 157 的氨基酸 2_550、Seq ID No 165 的氨基酸 2_644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、Seq ID No 170 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq IDNo 172 的氨基酸31-379組成。
17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的抗原，其中所述其活性變體與SeqID Nol23的氨基酸 2-872,Seq ID No 124 的氨基酸 2_812、Seq ID No 125 的氨基酸 2-514 或 516 至 1090、Seq ID No 127 的氨基酸 2_252、Seq IDNo 128 的氨基酸 2_324、Seq ID No 130 的氨基酸 2-235、 Seq ID No 131 的氨基酸 2_792、Seq ID No 132 的氨基酸 2_252、Seq ID No 135 的氨基酸 8-245,Seq ID No 138 的氨基酸 2_393、Seq ID No 139 的氨基酸 2_237、Seq ID No 140 的 氨基酸 16-620、Seq ID No 155 的氨基酸 2-287、Seq ID No 156 的氨基酸 27-231、Seq ID No 157 的氨基酸 2-550、SeqID No 165 的氨基酸 2-644、Seq ID No 168 的氨基酸 2-343、 Seq ID Nol70 的氨基酸 2-325、Seq ID No 171 的氨基酸 2-458 或 Seq ID No 172 的氨基 酸31-379具有至少50%，特別是至少60%，優(yōu)選至少70%，更優(yōu)選至少80%，更優(yōu)選至少 90 %，更優(yōu)選至少95 %，96 %，97 %或98 %，最優(yōu)選99 %的序列同一性。
18.根據(jù)權(quán)利要求16至17任一項所述的抗原，由此所述抗原進一步由以下定義a)1至570個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至500，1至400，1至300，1至250，1至200， 或1至150，更優(yōu)選1至100，更優(yōu)選1至50，最優(yōu)選1，2，3，4，5，10，20，30或40個另外的氨 基酸殘基至包括或由Seq ID No 125的氨基酸2至514組成的抗原的活性片段；或b)1至510個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至400，1至300，1至250，1至200，或1至150， 更優(yōu)選1至100，更優(yōu)選1至50，最優(yōu)選1，2，3，4，5，10，20，30或40個另外的氨基酸殘基至 包括或由Seq I D No 125的氨基酸516至1090組成的活性片段；或c)1至25個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，10，15，或20個另外的氨基酸殘基至 包括或由Seq ID No 172的氨基酸31-379組成的抗原的活性片段；或d)1至20個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，10，或15個另外的氨基酸殘基至包括 或由Seq ID No 156的氨基酸27-231組成的抗原的活性片段；或e)1至10個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，4，5，6，7，8，或9個另外的氨基酸殘基至包 括或由Seq ID No 140的氨基酸16至620組成的抗原的活性片段；或f) 1至5個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1，2，3，或4個另外的氨基酸殘基至包括或由Seq ID No 135的氨基酸8至245組成的抗原的活性片段。
19.根據(jù)權(quán)利要求11至18任一項所述的抗原，由此所述抗原包括或由與所述抗原，優(yōu) 選標記蛋白同源的至少一個氨基酸殘基組成。
20.根據(jù)權(quán)利要求18或19所述的抗原，其中所述另外的氨基酸殘基側(cè)翼于抗原N-末 端、C-末端或N-和C-末端。
21.根據(jù)權(quán)利要求18至20任一項所述的抗原，由此所述另外的氨基酸殘基側(cè)翼于由以 下定義的抗原a)Seq ID No 125的氨基酸2至514或其C-末端衍生的變體，或b)SeqID No 125 的氨基酸 516 至 1090、Seq ID No 135 的 8 至 245、Seq ID No 140 的 16 至 620、Seq ID No 156 的 27-231、Seq ID Nol72 的 31-379，或其 N-末端衍生的變體。
22.根據(jù)權(quán)利要求11至21任一項所述的抗原，由此所述抗原進一步包括或由前導(dǎo)序列 或分泌序列、用于純化的序列或前蛋白序列組成。
23.抗原，其包括如在表1的“預(yù)測的免疫原性aa”或“預(yù)測的II類-限制性T細胞表 位/區(qū)域”或“鑒定的免疫原性區(qū)域(aa)的位置”欄中所示的至少一個核心氨基酸序列，由 此更優(yōu)選所述核心氨基酸序列選自以下Seq ID No 123 的氨基酸 20-28，32-40，45-56，85-96，102-118，120-130，132-154， 158-172，174-181，193-202，208-221，228-241，250-259，274-283，285-291，296-309， 317-324，328-339，348-354，383-391，402-412，418-428，443-455，467-482，484-490， 519-525,545-557,568-582,601-606,613-638,646-656,661-676,687-694,706-724, 741-766，776-782，789-798，812-822 和 847-869 ；Seq ID No 124 的氨基酸 28-37，44-88， 95-102,107-115,142-150,212-226,228-233,235-245,262-269,278-311,319-338,343-354,372-405, 409-418,426-435,439-445,447-462,471-478,481-490,502-514, 522-529,539-565,568-589,595-605,608-622,645-651,656-662,665-670,679-685, 696-715，731-744，775-781 和 789-809 ；Seq IDNo 125 的氨基酸 6-14，21-44，52-70，74-93， 106-132，136-157，162-168，174-184，186-223，232-248，250-262，264-270，278-284， 303-324，342-348，352-357，409-415，423-442，444-454，458-478，480-494，499-509， 514-521,529-538,541-559,56卜575,582-605,611-619,630-638,647-665,672-683, 696-719,727-739,748-791,800-806,815-822,848-855,860-868,876-884,891-896, 898-950，956-962，971-980，995-1008，1036-1043，1045-1061 和 1069-1074 ；Seq ID No 126 的氨基酸 7-13，21-27，33-57，63-72，74-80，82-88，94-105，107-119，121-132， 134-152，162-199，201-225，229-237，239-246，252-258，261-267，277-298，300-325， 340-366,373-383 和 391-401 ;Seq ID No 127 的氨基酸 4-17，22-32，45-58，60-70，72-86， 88-98，100-108，112-121，128-138，148-162，167-176，184-198，216-231 和 241-248 ；Seq ID No 128 的氨基酸 6-23，32-52，60-77，84-90，92-107，117-163，165-239，249-254，273-280 和 289-308 ；Seq ID No 129 的氨基酸 5-49，52-59，65-95，102-108，115-123，126-139， 142-153，180-186，193-204，206-214，225-247，270-278，280-297，303-319，321-337，344-358，363-371，378-389，399-406和 412-419 ;Seq ID No 130 的氨基酸 4-30，32-38， 43-50，55-62，64-72，76-83，97-119，125-132，139-156，158—172，204—210 和 221-227 ；SeqID No 131 的氨基酸 4-16，21-31，39-57，61-67，73-99，105-111，119-128，135-147， 150-159，163-196，213-246，248-255，257-284，286-293，295-317，333-360，369-387， 389-413, 415-422, 424-438,443-454,461-467,478-490,508-520,527-532,534-551,557-564，566-576，578-588，596-684，687-711，713-724，729-741，749-758和 770-782 ；Seq ID No 132 的氨基酸 4-13，38-59，80-90，95-102，108-123，130-183，190-223 和 239-249 ； Seq ID No 133 的氨基酸 4-13，27-38，43-48，53-74，82-100，104-110，112-137，147-154， 169-179，184-192，196-223,234-249 和 252-262 ;Seq ID No 134 的氨基酸 7-36，45-50， 52-92,103-125,129-138,140-154,163-176,178-188,194-203,207-222,230-239, 244-297,299-314,324-332,335-343,361-368,370-404,409-416,426-443, 451-456, 459-469,477-493,496-513,515-522,529-535,540-546,549-561,578-586,588-596, 609-628,636-645,659-665,668-687,708-724,726-739,761-770,788-795,818-825, 842-869,872-883,887-897,905-972,976-984,988-998,1015-1030,1033-1051, 1076-1082,1084-1107,1141-1151,1167-1180,1184-1189,1193-1205,1221-1228, 1235-1254，1258-1305，1307-1314，1326-1335，1350-1369 和 1371-1395 ；Seq IDNo 135 的 氨基酸 4-14，22-32，48-61，63-71，79-111，119-145，147-167，179-186，188-201,217-223 和 227-235 ;Seq ID No 136 的氨基酸 14-29，31-38，50-56，68-74，81-89，108-118， 125-138，144-151，167-175，215-228，252-262，272-279，281-288，322-344，358-374， 386-395,406-418,426-441,455-465,485-490,513-519,521-528,538-543,548-555,558-574,577-583,585-596,608-624,636-643,665-672,680-686,699-707,715-730, 747-755,775-786,812-818,824-841,856-868,892-899,930-946,963-972,979-984, 1008-1015,1032-1038,1044-1050,1052-1060,1092-1110,1143-1148,1157-1181, 1184-1196,1215-1222,1229-1244,1248-1255,1267-1272,1282-1295,1300-1311, 1323-1329,1390-1396,1399-1407,1423-1431,1452-1458,1478-1484,1488-1501, 1504-1511，1521-1551，1573-1599，1622—1641，1644—1663，1669—1675，1681-1688 禾口 1692-1711 ；Seq ID No 137 的氨基酸 7-33，39-47，53-66，72-104，117-126，132-138， 146-154，160-167，182-188,199-213，259-270，283-289，291-308，314-326，328-334， 352-358,364-370,372-379,407-417,424-445,461-475,477-485,488-497,510-516, 539-553,567-581,589-595,668-687,697-707,709-731,733-752,756-765,772-780, 797-827，845-852，860-876，884-891，896-903 和 915-922 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-23， 26-34，36-42，45-51，53-63，69-79，89-97，106-119，146-161，175-184，186-201，217-244， 252-265，268-278，280-294，304-315，324-340，343-351 和 353-374 ;Seq ID No 139 的氨基 酸 17-27，34-40，47-65，68-112，114-126，133-148，150-157，163-187，190-204 和 207-234 ； Seq ID No 140 的氨基酸 4-16，20-42，60-66，75-108，112-117，131-138，148-153，157-174， 201-206，213-228，235-243，246-259，266-271，295-301，311-316，331-337，344-353， 364-377,383-389,405-412,452-458,470-487,491-505,508-517,540-555,557-565, 576-587,593-603 和 612-617 ;Seq ID No 141 的氨基酸 7-14，18-25，30-35，43-48，82-98， 102-111，139-149，165-185，189-197，203-219，231-236，268-277，291-301，303-311， 315-330，332-340，344-354，365-374，381-400，404-409，419-426，431-441，457-467， 469-475，481-490，556-562，605-613 和 649-655 ;Seq ID No 142 的氨基酸 4-15，23-32，48-67，76-83，86-94，97-105，107-120，127-136，180-185，206-212，251-257，313-322， 325-331,340-353,374-381,397-403,407-413,420-432,450-457,471-483,492-503, 505-515,519-530,539-548,558-579,602-611,625-633,636-643,650-656,658-666, 677-683,686-694,707-714,716-730,745-763,765-786,791-830,841-857,864-870, 873-885，887-895，912-919，921-938 和 940-949 ;Seq ID No 143 的氨基酸 4-32，34-61， 65-75,81-91,99-106,121-132，150-156，162-170，174-182，189-196，201-214，230-236， 239-246,276-285,287-295,301-310,335-354,366-383,390-398,408-433,439-445, 466-478，499-519，525-544，550-555，572-580，589-603，624-633，648-655，659-671 和 677-682 ；Seq ID No 144 的氨基酸 5-29，42-60，72-77，114-143，151-157，162-174， 177-182，185-193，233-251，266-274，279-298，301-308，321-335，338-365，378-386， 388-396，401-407，412-434，439-459，475-480 和 499-505 ;Seq ID No 145 的氨基酸 4-26， 28-34，57-64，75-81，95-100，126-141，144-150，158-163，200-210，216-221，243-249， 291-309,326-339,363-369,380-389,396-403,410-422,436-455,485-498,516-525, 541-576,608-619,635-641,664-674,683-692,697-703,707-723,737-749,760-765, 775-808，827-839，851-859，869-875，877-884，886-906 和 910-927 ;Seq ID No 146 的氨基 酸 4-29，43-48，56-66，70-82，93-102，107-113，127-152，159-164，179-184，201-207， 216-224，231-239，244-250，262-269，291-305，307-313，333-340，368-374，379-387， 414-422,432-438,440-461,487-498,518-524,539-548,557-567,610-615,644-651, 667-675,681-693,709-718,721-726,734-758,780-817,833-843,856-865,872-879, 893-900，902-908 和 913-921 ;Seq ID No 147 的氨基酸 4-22，58-73，85-106，115-129， 139-145,170-181，185-191，199-204，242-249，270-276，293-303，332-339，353-359， 387-392,424-439,459-472,532-538,555-563,593-604,631-636,654-659,679-686, 689-705,718-733, 740-751,756-771,789-796,798-805,834-842,851-856,885-894, 922-930,934-947,953-960,963-975,983-988,1008-1019,1026-1038,1041-1083, 1086-1098，1121-1157，1159-1166，1169-1182，1192-1207，1209-1216 和 1232-1260 ；Seq IDNo 148 的氨基酸 5-12，38-50，70-91，109-157，169-182，185-191，205-229，234-251， 262-279，287-314，321-331，335-351，356-364，366-373，377-383，386-394，396-415， 417-429,437-448,456-467,490-496,504-512,518-530,533-543,545-555,577-586, 603-610,617-628,635-662,670-682,689-699,713-719,724-741,745-769,779-784, 790-808，816-850，866-879 和 894-905 ；Seq ID No 149 的氨基酸 6-23，26-31，35-99， 108-120，134-146，154-167，171-178，183-189，194-203，206-212，241-250，252-270， 278-298 和 302-338 ;Seq ID No 150 的氨基酸 21-26，31-37，42-92，100-127，131-149， 182-188，190-214，216-231，249-257，264-289，305-326，332-342，348-357，360-368， 379-385，387-393，396-410，421-427 和 435-452 ;Seq ID No 151 的氨基酸 4-9，16-21， 23-29，34-41，46-51，58-73，104-113，115-122，125-134 和 141-168 ;Seq ID No 152 的氨基 酸 4-11，16-34,82-98,103-114，132-147，151-158，164-182，215-221，236-244，253-259， 261-267,272-283 和 285-307 ;Seq ID No 153 的氨基酸 4-18，20-34，50-56，64-69， 100-109，114-131，142-150 和 159-165 ;Seq ID No 154 的氨基酸 10-23，36-48，55-66， 68-75,95-109,116-151，156-169，173-192，199-205，208-213，219-226，232-238，246-256，276-284,295-314,332-343,358-373,381-393,406-426,431-438,454-469,481-492, 519-533,536-551,556-561,567-572,594-608,612-619,629-638,665-681,685-697, 710-727，759-777 和 792-798 ;Seq ID No 155 的氨基酸 7-13，29-39，54-60，62-68，99-104， 126-138，140-153，159-190，204-210，217-223，234-240，243-262 和 270-278 ；Seq ID No 156 的氨基酸 4-22，50-58，71-77，83-93，108-127，143-153，158-191，205-213 和 221-228 ； Seq ID No 157 的氨基酸 4-22，26-35，38-61，63-76，85-99，101-109，145-151，153-160， 162-172,180-187,194-202,208-215,223-231,235-247,253-273,278-295,302-323, 337-358，366-404，420-434，436-450，454-468，474-485，491-514，524-533 和 539-545 ；Seq ID No 158 的氨基酸 7-30，35-45，53-70，78-105，120-127，129-143，151-158，162-193， 208-216，219-249，252-258，277-308，311-321，323-347，359-364，375-385，389-395， 401-409，414-420，436-449，467-474，491-507 和 513-519 ;Seq ID No 159 的氨基酸 12-22， 27-35, 38-53,60-81,87-94,96-113,115-136,144-172,189-196,208-237,239-251, 258-265,272-292,296-305,319-331,351-371,378-389,404-425,428-436, 443-448, 458-477，501-513，535-541，547-554，557-565，574-584 和 590-598 ;Seq ID No 160 的氨基 酸 10-30，36-46，56-67，78-105，116-124，126-142，146-160，166-172，186-198，207-224， 249-256，278-289，297-304，307-315，318-350，352-367，373-388，395-413，427-438， 444-455，457-472，482-490，495-501，512-522，529-535，537-552，572-580 和 589-620 ；Seq ID No 161 的氨基酸 4-14，16-22，26-34，40-50，56-65，75-86，88-101，105-117，126-132， 134-142，145-170，172-191，193-205，214-223，227-235，247-290，294-319，332-339， 345-355,363-369,394-403,407-412,429-466,468-475,494-510,515-522,528-534,539-545,556-562,574-589,596-604,609-627,637-647,663-671,679-689,694-702, 708-715,718-727,738-744,750-758,774-808,815-836,840-883,890-906,910-929, 933-943,951-967,972-986,988-1027,1032-1041，1045-1058，1069-1079，1081-1102， 1117-1123，1125-1143，1145-1168，1173-1178，1186-1199，1202-1209，1214-1220， 1225-1242,1244-1251,1257-1266,1269-1275,1295-1313, 1339-1345, 1364-1377, 1390-1410，1412-1431，1438-1459，1472-1499，1511-1537，1543-1549，1553-1560， 1566-1579,1585-1609,1621-1632,1636-1665,1669-1718,1721-1730,1734-1761, 1763-1787，1796-1802 和 1805-1823 ;Seq ID No 162 的氨基酸 11-21，27-48，58-69，73-89， 100-110，142-152，165-178，187-196，203-216，238-246，254-262，278-288，294-299， 308-315，334-340，366-374，376-386，392-401，406-412，444-459，463-469，474-479， 484-490，500-517，524-534，542-552，566-578，586-594，603-628，643-664，668-692， 699-706，714-726，729-735，747-755，765-771，778-785，804-814，822-837，848-855， 860-886，898-909，912-919，925-933，936-942，945-957，966-975，978-997，1015-1035， 1045-1055，1066-1076，1082-1107，1141-1179，1193-1214，1240-1246 和 1252-1259 ；Seq ID No 163 的氨基酸 7-15，17-28，34-39，83-96，100-107，119-149，152-158，168-174， 176-213,220-231,237-262,264-273,280-286,318-327,338-348,358-369,371-386, 405-410,413-421,427-443,445-462,467-473,483-490,498-503,513-527,529-537,540-546和 581-590 ；Seq ID No 164 的氨基酸 4-16，18-24，57-69，121-140，151-157， 159-166，175-183，206-212，261-272，276-283，285-305，321-327，343-350，352-367，383-389,410-416,424-435,448-455,457-464,469-478,493-499, 509-528, 543-555, 564-575,584-594,608-631,635-658,667-676,683-689,692-698,708-731,737-750, 757-774，778-784，798-805 和 809-815 ；S eq IDNo 165 的氨基酸 4-30，35-47，49-67， 73-86,114-120,123-132,140-160,168-176,195-201,211-218,220-256,261-285, 313-328，330-349，367-373，375-385，388-422，449-488，509-547，553-569，582-597 和 599-606 ；Seq ID No 166 的氨基酸 6-11，19-44，62-72，78-87，101-108，128-142，149-185， 191-198，204-222，224-241，284-294，296-301，304-311 和 327-356 ;Seq ID No 167 的氨基 酸 6-23，34-59，66-75，79-96，106-117，119-130，133-143，164-172，179-193，195-207， 215-241,247-261,285-293,300-307,317-329,346-352,357-362,368-384,397-408, 416-424，432-453，461-485，493-501，518-527，533-544，552-562，574-588 和 604-613 ；Seq ID No 168 的氨基酸 4-13，15-21，32-41，43-54，56-84，86-93，95-113，120-126，130-165， 175-189，195-202，210-222，244-250，253-270，273-280，283-291，301-313 和 315-339 ；Seq ID No 169 的氨基酸 6-25，28-87，93-100，105-112，118-133，138-145，157-165，167-184， 198-209，220-237，245-252，254-262，265-277，288-299，310-326 和 335-362 ；Seq ID No170的氨基酸 8-19，21-27，29-36，49-67，84-101，103-122，128-157，159-166，168-177， 181-187，192-205，207-217，222-251，255-266，272-280，284-297 和 306-322 ；Seq ID No171的氨基酸 9-25，33-41，48-73，78-86，89-97，100-106，117-135，141-147，164-181， 189-195,200-215,226-251,267-283,289-300,318-324,332-340,355-362,374-382, 389-394，397-402，422-448 和 450-455 ；Seq ID No 172 的氨基酸 4-31，36-45，52-76， 78-118，120-135，145-164，167-228，241-250，269-279，283-312，315-333，337-362 和 364-376 ；Seq ID No 173 的氨基酸 24-34，39-50，52-60，70-93，96-105，124-130，146-168， 173-183，195-213，217-231，248-259，267-285，304-312，314-322，334-350，365-388， 391-403,408-416,418-443,450-477,496-503,516-522,544-550,565-592,594-600, 614-635,639-670,691-705,707-714,733-744,751-764,777-787,797-829,848-856, 864-887,901-913,919-938,941-950,955-961,966-990,1004-1023,1027-1033, 1040-1047,1053-1058,1063-1073,1079-1090,1104-1109,1112-1124,1128-1134, 1138-1145 和 1149-1155 ;Seq ID No 174 的氨基酸 4-28，59-66，93-98，128-134，140-164， 166-186,198-208,211-227,233-240,246-258,264-277,282-291,297-302,318-349, 362-370,372-386,393-417,420-427,437-462,464-473,481-503,508-514,519-533, 543-549，554-568，584-592，636-647，655-662，680-688，702-707,716-723，726-731 和 738-746 ；Seq ID No 175 的氨基酸 16-31，78-84，131-140，145-155，168-174，176-193， 219-225，253-292，303-368，376-406，420-436，444-453 和 468-485 ;Seq ID No 176 的氨基 酸 4_14;Seq IDNo 177 的氨基酸 18-35，47-55，65-82，106-112 和 117-140 ;Seq IDNo 178 的氨基酸 15-38 ；Seq ID No 179 的氨基酸 31-48 和 50-55 ；SeqID No 181 的氨基酸 6-14 ； Seq ID No 182 的氨基酸 4-10 ;Seq ID No 183 的氨基酸 9-18 和 21-30 ;Seq ID No 184 的 氨基酸 4-13，31-39，56-74，76-83 和 85-91 ;Seq ID No 185 的氨基酸 8-32，38-49 和 57-66 ； SeqID No 186 的氨基酸 4-19 和 25-31 ;Seq ID No 187 的氨基酸 1-9，17-25，38-49 和 52-58 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-16 和 20-27 ;SeqID No 189 的氨基酸 20-26 和 32-41 ； Seq ID No 190 的氨基酸 4-15，21-41，45-55，63-92 和 105-123 ;Seq ID No 192 的氨基酸4-17 和 19-25 ;Seq ID No 193 的氨基酸 5-31 和 33-50 ;Seq ID No 194 的氨基酸 10-17 ； Seq ID No 195 的氨基酸 4-21 和 52-69 ;Seq ID No 196 的氨基酸 11-29 ;Seq ID No 123 的氨基酸 48-59，267-277，452-467，497-512 和 659-673 ；Seq ID No 124 的氨基酸 315-326，428-442，741-756 和 789-808 ;Seq ID No 125 的氨基酸 24-38，108-123，599-620， 775-788 和 939-949 ；Seq ID No 126 的氨基酸 17-30，40-59，71-83，93-113，216-231， 260-277,371-385 和 392-404 ；Seq ID No 127 的氨基酸 3-37，42-52，58-67，72-83，94-114， 123-137，142-160，197-209 和 218-250 ；Seq ID No 128 的氨基酸 7-22，24-35，78-93， 97-110，124-136，162-176，193-209，213-225 和 230-239 ；Seq ID No 129 的氨基酸 12-27， 125-138，190-202，260-277 和 394-417 ；Seq IDNo 130 的氨基酸 9-21，26-37，49-63，84-97， 107-120，127-137，142-154，197-208 和 223-235 ;Seq ID No 131 的氨基酸 526-543， 609-624,654-673 和 682-699 ;Seq ID No 132 的氨基酸 7-25，45-63，91-122，173-183 和 216-227 ；Seq ID No 133 的氨基酸 1-11，30-43，70-86，142-150，192-207 和 217-229 ;Seq ID No 134 的氨基酸 428-440，561-572，859-870，919-930 和 1055-1067 ;Seq ID No 135 的 氨基酸 12-25，44-60，72-88，97-117，145-158，178-201 和 211-221 ;Seq ID No 136 的氨基 酸 6-26,1430-1441 和 1648-1666 ；SeqID No 137 的氨基酸 84-94，113-125，141-152， 331-342，716-728 和 743-763 ;Seq ID No 138 的氨基酸 17-27，110-120，166-179，220-234， 251-262，282-294，322-339，354-366 和 379-387 ;Seq ID No 139 的氨基酸 5-25，34-51， 115-125，140-152，166-181，191-201 和 215-233 ;Seq ID No 140 的氨基酸 20-31，159-177， 235-244,362-371 和 444-454 ;Seq ID No 141 的氨基酸 8-23，122-130，289-300，289-300， 336-345，388-398 和 590-614 ;Seq ID No 142 的氨基酸 84-97，141-152，181-189，318-328， 439-447，498-512，656-668 和 819-828 ;Seq ID No 143 的氨基酸 3-17，53-72，187-199， 452-465,468-483 和 592-601 ;Seq ID No 144 的氨基酸 7-21，74-84，91-101，119-130， 363-372 和 387-396 ;Seq ID No 145 的氨基酸 2-13，542-552，627-637，652-660 和 798-807 ；Seq ID No 146 的氨基酸 7-23，173-185，530-540 和 726-734 ;Seq ID No 147 的 氨基酸 10-24，1065-1079，1101-1110 和 1141-1156 ;Seq ID No 148 的氨基酸 80-90， 212-221，233-243，286-296，356-367，531-541 和 859-869 ;Seq ID No 149 的氨基酸 3-14， 31-45，51-69，70-91，152-165，257-268 和 299-311 ;Seq ID No 150 的氨基酸 42_51，62_75， 79-88，264-276，336-353 和 398-406 ；Seq ID No 151 的氨基酸 17-32，44-70，89-103， 122-133 和 150-165 ;Seq ID No 152 的氨基酸 4-13，23-40，61-74，169-191，203-212 和 289-297 ；Seq ID No 153 的氨基酸 3-20，48-59，75-83 和 104-122 ;Seq ID No 154 的氨基 酸 191-200，276-285，307-321，523-535，568-577，721-729 和 772-780 ;Seq ID No 155 的氨 基酸 6-17，79-88，98-107，125-137，159-167，173-191 和 267-276 ；Seq ID No 156 的氨基酸 6-27，36-45，147-157 和 172-197 ;Seq ID No 157 的氨基酸 175-187，242-254，377-389， 450-467，493-503 和 528-538 ;Seq ID No 158 的氨基酸 6-27，94-106，135-145，255-265 和 289-311 ；Seq ID No 159 的氨基酸 36-49，59-70，100-113，121-130，147-155 和 351-360 ； Seq ID No 160 的氨基酸 17-28，291-300，340-352，362-371 和 387-396 ;Seq ID No 161 的 氨基酸 425-443 ;Seq ID No 162 的氨基酸 685-693，699-709，1065-1075 和 1147-1158 ;Seq ID No 163 的氨基酸66-80，169-178，262-271，333-348，360-370 和 554-564 ;SeqID No 164 的氨基酸 5-17，131-141，183-198 和 376—385 ；Seq ID Nol65 的氨基酸 33-43，187-200，223-232，259-272，306-316，443-452和 461-472 ;Seq ID No 166 的氨基酸62-70，141-161，224-238，297-305和 339-354 ;Seq ID No 167 的氨基酸 12-22，82-94，186-194，371-382， 434-447 和 580-589 ;Seq ID No 168 的氨基酸 27-38，56-38，77-102，174-185，259-270， 298-309 和 319-331 ;Seq ID No 169 的氨基酸 10-18，28-51，59-68，127-138，167-177 和 338-347 ；Seq IDNo 170 的氨基酸 52-67，86-98，127-138，144-167，227-237，282-296 和 307-319 ；Seq ID No 171 的氨基酸 1-18，124-137，244-258，298-310，324-343，368-384 和 431-450 ；Seq ID No 172 的氨基酸 9-25，75-88，104-116，121-133，180-197，215-227 和 324-338 ；Seq ID Nol73 的氨基酸 234-244，336-346，457-468 和 1002-1012 ；Seq ID No 174 的氨基酸 3-18，332-340，445-454 和 580-591 ;Seq ID No 175 的氨基酸 251-270，342-352， 380-405，407-417 和 443-451 ;Seq IDNo 176 的氨基酸 1-27 ;Seq ID No 177 的氨基酸 22-46，56-70，79-96，98-107 和 119-135 ;Seq ID No 178 的氨基酸 10-38 ;Seq ID No 179 的氨基酸 10-20和 29-43 ;Seq ID No 180 的氨基酸3-18 ;Seq ID N0I8I 的氨基酸8-19 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-22 ;Seq ID No 183 的氨基酸 7-34 ;Seq ID No 184 的氨基酸 21-34， 61-72 和 74-92 ；Seq IDNo 185 的氨基酸 5-14，21-34 和 42-54 ；Seq ID No 186 的氨基酸4-32；Seq ID No 187 的氨基酸 1-9 和 38-55 ；Seq ID No 188 的氨基酸 4-12 和 20-30 ；Seq ID No 189 的氨基酸 20-42 ；Seq ID No 190 的氨基酸 41-52，66-81 和 104-121 ；Seq ID No 191 的氨基酸 1-17 ；Seq ID Nol92 的氨基酸 4-32 ；Seq ID No 193 的氨基酸 10-45 ；Seq ID No 194 的氨基酸 2-23 ;Seq ID No 195 的氨基酸 8-29，41-50 和 52-72 ;SeqID No 196 的氨 基酸 3_26;Seq ID No 123 的氨基酸 249-260 ;Seq ID Nol24 的氨基酸 569-636 ;Seq ID No 125 的氨基酸 697-758 和 808-875 ；Seq ID No 126 的氨基酸 3-23 ；Seq ID No 127 的氨基 酸 139-199 ；SeqID No 128 的氨基酸 20-89 ；Seq ID No 129 的氨基酸 168-178 ；Seq IDNo 130 的氨基酸 112-182 和 167-216 ;Seq ID No 131 的氨基酸 518-538 ;Seq ID No 132 的氨 基酸 31-105 ;Seq ID No 133 的氨基酸 119-187 ;Seq ID No 134 的氨基酸 34-43 ;Seq ID No 135 的氨基酸 223-241 ;Seq ID No 136 的氨基酸 91-170，1369-1393 和 1423-1486 ;Seq ID No 137 的氨基酸 397-456 ;Seq ID No 138 的氨基酸 32-48 ;SeqID No 139 的氨基酸5-66；Seq ID No 140 的氨基酸 271-367 ；Seq ID Nol41 的氨基酸 270-279 和 621-632 ；Seq ID No 142 的氨基酸 146-221 和 782-847 ；Seq ID No 143 的氨基酸 216-283 ；Seq ID No 144 的氨基酸 245-264 和 367-374 ；Seq ID No 145 的氨基酸 716-781 ；Seq ID No 146 的氨 基酸 692-760 ;Seq ID No 147 的氨基酸 1189-1244 ;Seq ID Nol48 的氨基酸 446-462 ;Seq ID No 149 的氨基酸 79-94 和 136-145 ;Seq ID No 150 的氨基酸 97-165 ;Seq ID No 151 的氨基酸 106-123 ；SeqID No 152 的氨基酸 16-80 ；Seq ID No 153 的氨基酸 36-113 ；Seq ID No 154 的氨基酸 303-330 ；Seq ID No 155 的氨基酸 154-168 ；Seq ID No 156 的氨基酸 28-49 ；Seq ID No 157 的氨基酸 406-485 ;Seq ID No 158 的氨基酸 421-488 ;Seq ID No 159 的氨基酸 442-492 和 526-610 ；SeqID No 160 的氨基酸 194-207 ；Seq ID No 161 的氨 基酸 1058-1076 和 1643-1700 ;Seq ID No 162 的氨基酸 1068-1077 ;Seq ID No 163 的氨基 酸 228-287 ;Seq ID No 164 的氨基酸 786-836 ;Seq ID No 165 的氨基酸 306-370 ;Seq ID No 166 的氨基酸 259-277 和 298-320 ;Seq IDNo 167 的氨基酸 498-506 ;Seq ID No 168 的 氨基酸 138-205 ;Seq ID Nol69 的氨基酸 247-293 ;Seq ID No 170 的氨基酸 61-74 ;Seq ID No 171 的氨基酸 201-262 ;Seq ID No 172 的氨基酸 208-288 ;Seq ID No 173 的氨基酸938-1000 ；Seq ID No 174 的氨基酸 309-374 ;Seq ID No 175 的氨基酸 36-109 和 375-388 ； Seq ID No 176 的氨基酸 10-21 ;Seq IDNo 177 的氨基酸 71-134 ;Seq ID No 178 的氨基酸 5-26 ；Seq ID No 179 的氨基酸 21-36 ;Seq ID No 180 的氨基酸 1-10 ;Seq ID No 181 的氨 基酸 13-23 ;Seq ID No 182 的氨基酸 5-11 ;Seq ID No 183 的氨基酸 22-32 ;Seq ID No 184 的氨基酸 11-72 ;Seq ID No 185 的氨基酸 4-18 ;Seq ID No 186 的氨基酸 13-26 ;Seq ID No 187 的氨基酸 8-77 ;Seq IDNo 188 的氨基酸 5-27 ;Seq ID No 189 的氨基酸 4-18 ； Seq ID No 190 的氨基酸 30-45 ；Seq ID No 191 的氨基酸 4-16 ；Seq ID No 192 的氨基酸 12-25 ；Seq ID No 193 的氨基酸 37-48 ；Seq ID No 194 的氨基酸 4-21 ；Seq ID No 195 的 氨基酸18-44和Seq ID No 196的氨基酸11-22。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的抗原，由此所述抗原進一步由以下組成a)1至50個另外的氨基酸殘基，優(yōu)選1至40，更優(yōu)選1至30，更優(yōu)選最多1至25，更優(yōu) 選最多1至10，最優(yōu)選1，2，3，4或5個另外的氨基酸殘基；和/或b)與核心氨基酸序列同源的至少一個氨基酸殘基。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的抗原，其中所述另外的氨基酸殘基側(cè)翼于核心氨基酸序列 N-末端、C-末端或N-末端和C-末端。
26.根據(jù)權(quán)利要求23至25任一項所述的抗原，其中所述抗原包括在權(quán)利要求23中所 定義的至少2，至少3，至少4，至少5或至少6個核心氨基酸序列。
27.用于生產(chǎn)權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或活性變體的方 法，包括表達權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子。
28.用于生產(chǎn)表達權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或活性變體 的細胞的方法，包括將合適的宿主細胞用權(quán)利要求8或9中所定義的載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染。
29.根據(jù)權(quán)利要求27或28任一項所述的方法，其中所述抗原或其活性片段或活 性變體，分離自衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。
30.藥物組合物，優(yōu)選疫苗，包括權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片 段或活性變體；或權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子；或權(quán)利要求8至9任一項中 所定義的載體。
31.藥物組合物，優(yōu)選疫苗，包括權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或活性片段 或活性變體；或權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子；或權(quán)利要求8至9任一項中所 定義的載體，以用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型 沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙 眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。
32.根據(jù)權(quán)利要求30或31所述的藥物組合物，其特征在于其還包括免疫刺激物 質(zhì)，優(yōu)選聚陽離子聚合物，特別是聚陽離子肽，免疫刺激寡脫氧核苷酸(ODNs)，特別是 Oligo (dldC) 13，包含至少兩個LysLeuLys基序的肽，特別是KLKLLLLLKLK，神經(jīng)活性化合物， 特別是人類生長激素，明礬，弗羅因德完全或不完全佐劑，或其組合。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的藥物組合物，其中所述免疫刺激物質(zhì)為聚陽離子聚合物 和免疫刺激脫氧核苷酸，或包含至少兩個LysLeuLys基序的肽和免疫刺激脫氧核苷酸的組 合,優(yōu)選 KLKLLLLLKLK 和 Oligo (dldC) 13 的組合。
34.根據(jù)權(quán)利要求32或33所述的藥物組合物，其中所述聚陽離子肽為聚精氨酸。
35.權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活性變體；或權(quán)利 要求1至7任一項中所定義的核酸分子；或權(quán)利要求8至9任一項中所定義的載體， 以用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。
36.權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活性變體；或權(quán)利要 求1至7任一項中所定義的核酸分子；或權(quán)利要求8至9任一項中所定義的載體在制 備用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染的藥物組合物，特別是用于制備疫苗 上的用途。
37.抗體，或至少其有效部分，其與權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其片段， 優(yōu)選其活性片段，或其變體，優(yōu)選其活性變體的至少選擇性部分結(jié)合。
38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的抗體，其中所述抗體為單克隆抗體。
39.根據(jù)權(quán)利要求37或38所述的抗體，其中所述有效部分包括Fab片段，F(xiàn)(ab)片段， F (ab) N片段，F(xiàn) (ab) 2片段或Fv片段。
40.根據(jù)權(quán)利要求37至39任一項所述的抗體，其中所述抗體為嵌合抗體。
41.根據(jù)權(quán)利要求37至40任一項所述的抗體，其中所述抗體為人源化抗體。
42.根據(jù)權(quán)利要求37至41任一項所述的抗體，其中所述抗體為IgA抗體。
43.雜交瘤細胞系，其產(chǎn)生權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體。
44.用于產(chǎn)生權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體的方法，其特征在于以下步驟a)在非人動物中通過給藥權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或 活性變體給所述動物來引發(fā)免疫應(yīng)答，b)從所述動物中除去包含抗體的體液，和c)通過將所述包含抗體的體液進行進一步的純化步驟來產(chǎn)生抗體。
45.用于產(chǎn)生權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體的方法，其特征在于以下步驟a)在非人動物中通過給藥權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活 性變體給所述動物來引發(fā)免疫應(yīng)答，b)從所述動物中除去脾或脾細胞，和c)產(chǎn)生所述脾或脾細胞的雜交瘤細胞，d)選擇和克隆對所述抗原或?qū)λ龌钚云位驅(qū)ζ渌龌钚宰凅w特異的雜交瘤細胞，e)通過培養(yǎng)所述克隆的雜交瘤細胞產(chǎn)生抗體，和f)任選地進行進一步純化步驟。
46.藥物組合物，包括根據(jù)權(quán)利要求37至42任一項所述的抗體。
47.根據(jù)權(quán)利要求37至42任一項所述的抗體或包括根據(jù)權(quán)利要求37至42任一 項所述的抗體的藥物組合物，以用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體 (C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，更優(yōu)選肺炎衣原體 (C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)感染。
48.權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體在制備用于治療或預(yù)防衣原體 (Chlamydia)、優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣 原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原 體(C. suiis)，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 衣原體(C. psittaci)感染的藥物組合物上的用途。
49.用于鑒定能夠結(jié)合權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活性 變體的方法，包括a)使權(quán)利要求11至26任一項中所定義的分離或固定的抗原或其活性片段或活性變體 與候選拮抗劑在允許所述候選拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體結(jié)合的條件下， 在能夠提供應(yīng)答于所述候選拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體的結(jié)合的可檢測 信號的組分的存在下接觸；和b)檢測應(yīng)答于所述拮抗劑與所述抗原或其活性片段或活性變體的結(jié)合產(chǎn)生的信號的 存在或不存在。
50.用于鑒定拮抗劑的方法，所述拮抗劑能夠降低或抑制權(quán)利要求11至26任一項中所 定義的抗原或其活性片段或活性變體與其相互作用伴侶的相互作用活性，包括a)提供權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或活性變體，b)提供所述抗原，或其活性片段或活性變體的相互作用伴侶，特別是權(quán)利要求37至42 任一項中所定義的抗體，c)使所述抗原，或其活性片段或活性變體與所述相互作用伴侶相互作用以形成相互作 用復(fù)合物，d)提供候選拮抗劑，e)使所述候選拮抗劑和所述相互作用復(fù)合物之間出現(xiàn)競爭反應(yīng)，f)確定所述候選拮抗劑是否降低或抑制所述抗原或其活性片段或活性變體與所述相 互作用伴侶的相互作用活性。
51.權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活性變體在用于分離和 /或純化和/或鑒定所述抗原或其所述活性片段或活性變體的相互作用伴侶上的用途。
52.用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以下步驟a)使獲自受試者的樣品與權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原或其活性片段或活 性變體接觸，和b)檢測樣品中針對所述衣原體(Chlamydia)有機體的抗體的存在。
53.用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以下步驟a)使獲自受試者的樣品與根據(jù)權(quán)利要求37至42任一項所述的抗體接觸；和b)檢測樣品中所述衣原體(Chlamydia)有機體的抗原的存在。
54.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中所述衣原體(Chlamydia)有機體的抗原為權(quán)利 要求11至26任一項所定義的抗原或其活性片段或活性變體。
55.根據(jù)權(quán)利要求52至54任一項所述的方法，其中所述抗體為IgA抗體。
56.用于診斷衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括以下步驟a)使獲自受試者的樣品與對權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子，或其片段特 異的引物或探針接觸；和b)檢測樣品中此類核酸分子或其片段的存在。
57.根據(jù)權(quán)利要求52至56任一項所述的方法，其中所述衣原體(Chlamydia)有機 體為致病性衣原體(Chlamydia)有機體，更優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原 體(C. muridarum)、或豬衣原體(C. suis)，最優(yōu)選肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體 (C. trachomatis)或鸚鵡熱衣原體(C. psittaci)。
58.權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或活性變體在制備功能性 核酸上的用途，其中所述功能性核酸選自適配子和鏡像異構(gòu)體。
59.權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子在制備功能性核糖核酸上的用途，其中 所述功能性核糖核酸選自核酶、反義核酸和siRNA。
60.用于在優(yōu)選需要其的動物或人類中治療衣原體(Chlamydia)感染的方法，包括給 藥給所述動物或人類以治療有效量的權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性 片段或活性變體、或權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子、或權(quán)利要求8至9任一項 中所定義的載體，或權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體，或權(quán)利要求30至34、46或 47任一項中所定義的的藥物組合物的步驟。
61.用于使動物或人類免疫衣原體(Chlamydia)有機體感染的方法，包括給藥給所述 動物或人類以治療有效量的權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其活性片段或活 性變體、或權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子、或權(quán)利要求8至9任一項所定義的 載體，或權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體，或權(quán)利要求30至34、46或47任一項中 所定義的的藥物組合物的步驟，其中所述有效量適合在所述動物或人類中引起免疫應(yīng)答。
62.用于在動物或人類中刺激針對衣原體(Chlamydia)有機體的免疫應(yīng)答的方法，包 括給藥給所述動物或人類以治療有效量的權(quán)利要求11至26任一項中所定義的抗原，或其 活性片段或活性變體、或權(quán)利要求1至7任一項中所定義的核酸分子、或權(quán)利要求8至9任 一項中所定義的載體，或權(quán)利要求37至42任一項中所定義的抗體，或權(quán)利要求30至34、 46或47任一項中所定義的的藥物組合物的步驟，所述有效量適合在所述動物或人類中刺 激免疫應(yīng)答。
63.根據(jù)權(quán)利要求60至62任一項所述的方法，其中所述衣原體(Chlamydia)有 機體優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)、鸚鵡熱衣原體 (C. psittaci)、獸類衣原體(C. pecorum)、鼠型沙眼衣原體(C. muridarum)、或豬衣原體 (C. suis)，更優(yōu)選為肺炎衣原體(C. pneumoniae)、沙眼衣原體(C. trachomatis)或鸚鵡熱 ^fe(C. psittaci)。
全文摘要
本發(fā)明涉及編碼來自衣原體(Chlamydia)物種的抗原的分離的核酸分子、包括此類核酸分子的載體和包括此類載體的宿主細胞。此外，本發(fā)明提供來自來自衣原體(Chlamydia)物種的抗原、以及其片段和變體、用于生產(chǎn)此類抗原的方法和用于生產(chǎn)表達此類抗原的細胞的方法。更具體地此類抗原由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)生產(chǎn)或與由肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)引起的細菌感染相關(guān)。此外，本發(fā)明提供與此類抗原結(jié)合的抗體、生產(chǎn)此類抗體的雜交瘤細胞、用于生產(chǎn)此類抗體的方法、包括此類核酸分子、抗原、載體或抗體的藥物組合物、此類核酸分子、抗原、載體或抗體在制備藥物組合物上的用途、用于鑒定能夠結(jié)合此類抗原或降低或抑制此類抗原的相互作用活性的拮抗劑的方法、用于診斷衣原體(Chlamydia)感染的方法和用于治療或預(yù)防衣原體(Chlamydia)感染的方法。
文檔編號C07K14/295GK101883782SQ200880022125
公開日2010年11月10日 申請日期2008年6月13日 優(yōu)先權(quán)日2007年6月18日
發(fā)明者A·范格貝恩, A·邁因克, B·諾伊杰斯, E·納吉, J·阿斯克林 申請人:英特塞爾股份公司