專利名稱：：位于染色體5q35上的人Ⅱ型糖尿病基因－SLIT－3的制作方法相關(guān)申請本申請要求2002年11月1日提交的美國臨時申請No.60/423,541的全部利益，上述申請的全部教導(dǎo)在此引為參考。
背景技術(shù)：
：糖尿病，一種代謝性疾病，是由于胰島素的絕對或相對缺乏所導(dǎo)致，其中的糖類利用率降低，而脂和蛋白類利用率升高。在更嚴(yán)重的情況下，糖尿病會表現(xiàn)為慢性高血糖癥、糖尿、水和電解液喪失、酮酸中毒和昏迷。長期的并發(fā)癥包括發(fā)展為神經(jīng)病、視網(wǎng)膜病、腎病、大和小血管普遍性退化改變和易感染性升高。糖尿病最常見的形式是II型，即非胰島素依賴型糖尿病，其特征是高血糖，因?yàn)樵诎薪M織中胰島素分泌和胰島素耐受性變?nèi)?。遺傳或環(huán)境因素都可以導(dǎo)致該疾病，例如，在該疾病的發(fā)生中，肥胖扮演著重要的角色。II型糖尿病通常是緩慢發(fā)作的溫和形式的糖尿病。II型糖尿病的患者有許多，在1995年，全球有1,350,000,000成年人患糖尿病，在2005年，估計接近3,000,000,000人患糖尿病(KingH.，等，DiabeteCare，21(9)1414-1431(1998))。在冰島，II型糖尿病在成人中的發(fā)病率為2.5％(Vilbergsson，S.，等，Diabet.Med.，14(6)491-498(1997))，包括34歲以上的大約5,000人患有該疾病。發(fā)明概述如本說明書所述，已經(jīng)證實(shí)在染色體5q35處的基因座在II型糖尿病中起著主要作用，該基因座，稱作II型糖尿病基因座包括編碼SLIT-3的核酸。本發(fā)明涉及到位于II型糖尿病相關(guān)基因座內(nèi)的基因，特別是含有SLIT-3基因的核酸，和這些核酸編碼的氨基酸。本發(fā)明還涉及到靶向運(yùn)輸藥物的路徑和在鑒別患有II型糖尿病和可能患II型糖尿病的患者方面的診斷方法。另外，還描述了能用來鑒別患有II型糖尿病或可能患II型糖尿病的個體，特別是非肥胖個體的單元型和SNP。因此，在該疾病的癥狀出現(xiàn)之間，如改變飲食、鍛煉和/或藥物處理之前，可以對這些個體進(jìn)行預(yù)定的干涉。對II型糖尿病基因座中的基因進(jìn)行鑒定提供了更好研究該疾病過程的途徑，因此能促進(jìn)診斷和治療。本發(fā)明涉及到診斷個體II型糖尿病易感性的方法，包括檢測SLIT-3核酸中的多態(tài)現(xiàn)象，其中該核酸中存在所述多態(tài)現(xiàn)象就表明容易患II型糖尿病。另外，本發(fā)明還涉及在個體中診斷II型糖尿病的方法，包括檢測SLIT-3核酸中的多態(tài)現(xiàn)象，其中該核酸中存在所述多態(tài)現(xiàn)象就表明患有II型糖尿病。在一具體實(shí)施方案中，通過檢測SLIT-3核酸中的多態(tài)現(xiàn)象來診斷II型糖尿病或II型糖尿病的易感性，SLIT-3核酸中存在該多態(tài)現(xiàn)象可以通過，如存在一種或多種圖11所示的多態(tài)現(xiàn)象來顯示。在其它具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及到診斷個體II型糖尿病易感性的方法，包括檢測測試樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成的改變，與對照樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成相比較，其中測試樣品中該多肽的表達(dá)或組成存在改變就表明容易患II型糖尿病。本發(fā)明還涉及到在個體中診斷II型糖尿病的方法，包括檢測測試樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成的改變，與對照樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成相比較，其中測試樣品中該多肽的表達(dá)或組成存在改變就表明患有II型糖尿病。本發(fā)明還涉及到分離含有SLIT-3核酸的核酸的分子，其中該SLIT-3核酸包括一個或多個含有選自圖10所示核酸序列和如圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核苷序列。在某些具體實(shí)施方案中，該核苷序列包括一個或多個多態(tài)現(xiàn)象，如圖11所示。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及在高度嚴(yán)格條件下與選自圖10所示核酸序列和圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核苷序列雜交的分離的核酸分子。在某些具體實(shí)施方案中，其中該核苷序列包括一個或多個多態(tài)現(xiàn)象，如圖11所示的多態(tài)現(xiàn)象。本發(fā)明還涉及到檢測樣品中第一核酸分子存在的方法，該方法包括用第二核酸分子與所述樣品接觸，其中第二核酸分子含有選自如圖10所示核酸序列和圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核酸序列，其中該核酸序列在高度嚴(yán)格條件下與第一核酸雜家。在某些具體實(shí)施方案中，該第二核酸分子包括一個或多個多態(tài)現(xiàn)象，如圖11所示的多態(tài)現(xiàn)象。本發(fā)明還涉及到含有本發(fā)明所述的分離核酸分子(如圖10所示的序列或圖10所示序列的互補(bǔ)序列)的載體，該核酸分子可操作地與調(diào)控序列連接，和含有該載體的重組宿主細(xì)胞。本發(fā)明還提供了生產(chǎn)由具有多態(tài)現(xiàn)象的分離核酸分子編碼的多肽的方法，包括在適于表達(dá)該核酸分子的條件下培養(yǎng)該重組宿主細(xì)胞。本發(fā)明還涉及到檢測樣品中由本發(fā)明的分離核酸分子編碼的多肽存在的方法，該方法包括用特異性結(jié)合該編碼的多肽的抗體與樣品接觸。本發(fā)明還涉及到鑒別改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑的方法，包括將含有SLIT-3基因啟動子區(qū)的核酸的溶液與待測試劑接觸，其中該啟動子區(qū)與報道基因可操作地連接；測定在該試劑存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平；將該試劑存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平與該試劑不存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平相比較；其中如果在該試劑存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平不同于該試劑不存在的情況下的表達(dá)水平，相差的量在統(tǒng)計學(xué)上是明顯的，那么該試劑就是能改變SLIT-3基因或核酸的表達(dá)的試劑。用這個方法所鑒定的試劑也是預(yù)期的。另外，本發(fā)明還包括鑒定改變SLIT-3核酸的表達(dá)的試劑的方法，包括將含有本發(fā)明的核酸或其衍生物或片斷的溶液與待測試劑接觸；將該試劑存在的情況下與不存在的情況下的該核酸、衍生物或片斷的表達(dá)相比較；其中如果在該試劑存在的情況下該核酸、衍生物或片斷的表達(dá)不同于該試劑不存在的情況下的表達(dá)，相差的量在統(tǒng)計學(xué)上是明顯的，那么該試劑就是能改變SLIT-3基因的表達(dá)的試劑。在某些具體實(shí)施方案中，在該試劑存在的情況下，該核酸、衍生物或片斷的表達(dá)包括一種或多種剪接變體，該變體在種類和數(shù)量上與該試劑不存在的情況下的一種或多種剪接變體的該表達(dá)不同。用這個方法所鑒定的試劑也是預(yù)期的。本發(fā)明所涉及的改變SLIT-3核酸的表達(dá)的代表性試劑包括，例如SLIT-3基因或核酸的反義核酸、SLIT-3基因或核酸、SLIT-3多肽、SLIT-3基因或核酸受體、結(jié)合試劑、多肽模擬物、融合蛋白、其前藥、抗體和核酶。改變SLIT-3核酸的表達(dá)的方法包括將含有核酸的細(xì)胞與這種試劑接觸，該方法也是預(yù)期的。本發(fā)明還涉及到鑒定與SLIT-3多肽(如由包括一種或多種如圖11所示的多態(tài)現(xiàn)象的核酸編碼的SLIT-3多肽)發(fā)生相互反應(yīng)的多肽的方法，包括使用酵母菌雙雜合系統(tǒng)，該系統(tǒng)使用含有編碼DNA結(jié)合區(qū)和SLIT-3多肽、其剪接的變體、片斷或衍生物的核酸的第一載體，和含有編碼轉(zhuǎn)錄激活區(qū)的核酸和編碼測試多肽的核酸的第二載體。如果在該酵母菌雙雜合系統(tǒng)中發(fā)生轉(zhuǎn)錄活性，那么該測試多肽即是與SLIT-3多肽發(fā)生相互反應(yīng)的多肽。在本發(fā)明某些方法中，使用II型糖尿病治療性試劑。該II型糖尿病治療性試劑可以是改變(提高或抑制)SLIT-3多肽的活性和/或SLIT-3核酸表達(dá)的試劑，如本說明書的描述(如核酸促進(jìn)劑或拮抗劑)。在另一具體實(shí)施方案中，II型糖尿病治療性試劑是改變(提高或抑制)Robo家族成員(如robo1、robo2或rig-1)的多肽活性和/或核酸表達(dá)的試劑。II型糖尿病治療性試劑能通過不同方式改變SLIT-3核酸或Robo家族的多肽活性或核酸表達(dá)，例如，通過提供額外的多肽或上調(diào)編碼SLIT-3多肽或?qū)儆赗obo家族成員的多肽的核酸的轉(zhuǎn)錄或翻譯，通過改變該多肽的翻譯后加工，通過改變剪接變體的轉(zhuǎn)錄或通過干擾多肽的活性(如通過與該多肽結(jié)合或通過結(jié)合其它與SLIT-3或Robo家族成員發(fā)生反應(yīng)的多肽，如本說明書所描述的SLIT-3結(jié)合試劑或Robo家族成員的一些其他結(jié)合劑)，通過改變(如下調(diào))編碼SLIT-3或Robo家族成員的核酸的表達(dá)、轉(zhuǎn)錄或翻譯，通過改變Robo家族多肽成員的活性，或通過SLIT-3與一種或多種Robo家族多肽成員間的相互反應(yīng)。在另一具體實(shí)施方案中，試劑包括那些改變Robo家族多肽(robo1、Robo2或rig-1)新陳代謝或活性的試劑，如Robo家族促進(jìn)劑或拮抗劑，及改變Robo家族受體的活性的試劑。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及到II型糖尿病治療性試劑，如選自下列試劑SLIT-3核酸或其片斷或衍生物，Robo家族核酸或其片斷或衍生物，由SLIT-3核酸編碼的多肽(如由具有一個或多個如圖11所示多態(tài)現(xiàn)象的SLIT-3核酸編碼的多肽)，由Robo家族基因或核酸編碼的多態(tài)，SLIT-3受體，Robo家族受體，SLIT-3結(jié)合劑，Robo家族結(jié)合劑如robo1結(jié)合劑、robo2結(jié)合劑及rig-1結(jié)合劑，多肽模擬物，融合蛋白，前藥，抗體，改變SLIT-3基因或核酸表達(dá)的試劑，改變Robo家族成員核酸表達(dá)的試劑，改變由SLIT-3基因編碼的多肽活性的試劑，改變由Robo家族基因或核酸編碼的核酸活性的試劑，改變由SLIT-3基因或核酸編碼的多肽的翻譯后加工的試劑，改變由Robo家族基因或核酸編碼的多肽的翻譯后加工的試劑，改變SLIT-3多肽與SLIT-3結(jié)合劑間的反應(yīng)的試劑，改變Robo家族多肽與Robo家族結(jié)合劑間的反應(yīng)的試劑，改變SLIT-3多肽與Robo家族成員間的反應(yīng)的試劑，改變由Robo家族成員基因或核酸編碼的剪接變體的轉(zhuǎn)錄的試劑，和核酶。本發(fā)明還涉及到含有至少一種本說明書所述的II型糖尿病治療性試劑的藥物組合物。本發(fā)明還涉及到治療個體與SLIT-3多肽(如II型糖尿病)或與Robo家族成員(如robo1、robo2和rig-1)有關(guān)的疾病或不適的方法，該方法包括用治療有效率的II型糖尿病治療性試劑向該個體給藥。在某些具體實(shí)施方案中，該II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3促進(jìn)劑或Robo家族成員的促進(jìn)劑；在其它具體實(shí)施方案中，該II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3拮抗劑或Robo家族成員的拮抗劑。另外，本發(fā)明還涉及到本發(fā)明所述的II型治療性試劑的用途，用于制備藥物以用于治療II型糖尿病，如用本發(fā)明所述的方法治療。本發(fā)明還涉及含有核酸的轉(zhuǎn)基因動物，該核酸選自外源SLIT-3基因或核酸和編碼SLIT-3多肽的核酸。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及檢測樣品存在SLIT-3核酸的方法，該方法包括將樣品與含有在合適的雜交條件下至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列的核酸接觸，和檢測SLIT-3核酸與至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列的所述核酸是否發(fā)生雜交。其中，如果發(fā)生雜交，在樣品中就存在SLIT-3核酸。在某些具體實(shí)施方案中，該連續(xù)核苷序列完全與SLIT-3核酸的序列互補(bǔ)。如果需要，可以對所述SLIT-3核酸的至少部分進(jìn)行擴(kuò)增。在某些其他具體實(shí)施方案中，所述的連續(xù)核苷序列是長度為100或更少的核苷，且至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致，或至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致，或能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交。在其他具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及到檢測樣品中SLIT-3基因或核酸存在試劑，該試劑包括至少部分地與所述SLIT-3基因(核酸)的部分核酸序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列，或該試劑與所述的SLIT-3基因或核酸的部分核酸序列完全互補(bǔ)。另外，本發(fā)明還涉及到試劑盒，如檢測樣品中存在SLIT-3核酸的試劑盒，該試劑盒包括(例如在不同的容器中)一個或多個經(jīng)標(biāo)記的核酸，該核酸包括至少部分地與該SLIT-3核酸的部分核酸序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列，和檢測所述標(biāo)記的試劑。在某些具體實(shí)施方案中，該標(biāo)記的核酸包括與所述的SLIT-3基因或核酸的部分核酸序列完全互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列。在其他具體實(shí)施方案中，該標(biāo)記的核酸可以包括連續(xù)核苷序列，該核苷序列至少部分地與該SLIT-3基因或核酸的部分核酸序列互補(bǔ)，且在引物延伸條件下能夠用作所述SLIT-3核酸的引物。本發(fā)明還提供了核酸的用途，該核酸長度為100或更少核苷，且其a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；或c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交；以用于檢測樣品中存在SLIT-3核酸。在另一具體實(shí)施方案中，提供了第一核酸的用途，該核酸長度為100或更少核苷，且其a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交；以用于檢測樣品中存在至少有一個核苷不同于第一核酸(如圖11所示的SNP或標(biāo)記)的SLIT-3基因，如用于診斷SLIT-3相關(guān)疾病或不適的易感性。本發(fā)明還涉及到診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測個體中某個單元型的存在或缺乏(結(jié)合遺傳標(biāo)記)。在本發(fā)明診斷疾病易感性的一方面，描述了方法，該方法包括監(jiān)測SLIT3基因中的一個危險單元型，與普通人群中其出現(xiàn)的頻率相比，該單元型更高頻率地出現(xiàn)在易患II型糖尿病的個體中，其中，該危險單元型的存在表明易患II型糖尿病?！拔ｋU單元型”傾向于包括SLIT3基因中的一個或多個本發(fā)明所述的單元型，其表明與II型糖尿病高度相關(guān)性。在一具體實(shí)施方案中，該危險單元性的特征是具有至少一個如圖11所示的信號核苷多態(tài)現(xiàn)象。在一具體實(shí)施方案中，與II型糖尿病有關(guān)的單元型或II型糖尿病易感性包括一個或多個如表2所定義的單元型(定義為A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4和B5的單元型)或表5所定義的單元型(定義為C1、C2、C3、C4和C5的單元型)。在其他具體實(shí)施方案中，該危險單元型在5q35基因座處包括一個或多個如圖11所示的標(biāo)記，其中，該單元型的存在表明易患II型糖尿病。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測個體中含有一個或多個下列標(biāo)記的單元型的存在或缺乏表2和/或表5中列出的該單元型中的一個或多個標(biāo)記和/或表4列出的在5q35基因座處一個或多個標(biāo)記。該單元型的存在或缺乏可以通過各種方法檢測，包括，例如用酶擴(kuò)增來自個體的核酸、電泳分析、限制性片斷長度多態(tài)性分析和/或序列分析。本發(fā)明還涉及到診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括從所述個體中獲取核酸樣品；和分析該酸樣品中單元型的存在或缺乏，該單元型在5q35基因座處含有一個或多個如圖11所示的標(biāo)記，其中該單元型的存在表明易患II型糖尿病。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括從所述個體中獲取核酸樣品；和分析該酸樣品中下列單元型的存在或缺乏表2和/或表5中列出的該單元型中的一個或多個標(biāo)記和/或表4列出的在5q35基因座處一個或多個標(biāo)記，其中該單元型的存在表明易患II型糖尿病。本發(fā)明還描述了診斷個體II型糖尿病或II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測個中單元型的存在或缺乏，該單元型在染色體5q35的基因座中含有一個或多個如圖11所示的標(biāo)記和/或信號核苷多態(tài)現(xiàn)象，其中該單元型存在表明患有II型糖尿病或易患II型糖尿病。還描述了診斷或鑒定個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括監(jiān)測SLIT-3核酸中的危險單元型，與不易患II型糖尿病的個體比較，該單元型在易患II型糖尿病的個體中更經(jīng)常出現(xiàn)，其中該危險單元型明顯地增加所述危險。在某些具體實(shí)施方案中，該明顯增加至少為約20％或該明顯增加用幾率表示至少為約1.2。本發(fā)明的主要應(yīng)用包括預(yù)測II型糖尿病的高危險患者。鑒定II型糖尿病致病遺傳因子的診斷測試可以獨(dú)立地或與已知的臨床危險因子一起使用以鑒定個體相對于普通人群的危險。更好的鑒定II型糖尿病危險個體的方法將會引導(dǎo)產(chǎn)生更好的預(yù)防和治療方案，包括對現(xiàn)有臨床危險因子的更有效的管理。本發(fā)明的另一應(yīng)用是特異性鑒定與II型糖尿病有關(guān)的評估限定路徑(rate-limitingpathway)。包括與對照者相比在糖尿病患者中更常見的基因變異的疾病基因是II型糖尿病的發(fā)病機(jī)理中的起因。也就是說，關(guān)于基因?qū)τ谠摷膊∵^程是起因性的還是僅是反應(yīng)性的不確定性得到消除。由該疾病基因編碼的蛋白形成評估限定分子路徑而參與到II型糖尿病患病的生物學(xué)過程中。由這種II型基因編碼的蛋白或其作用蛋白在其分子路徑中可以表現(xiàn)為藥物靶，該藥物靶可以通過小分子、蛋白質(zhì)、抗體或核酸療法予以選擇性調(diào)節(jié)。因?yàn)樵絹碓蕉嗟娜巳菏艿絀I型糖尿病的影響，因此非常需要這些具體的信息。本發(fā)明的第三種用途是預(yù)測個體對特定藥物，甚至對SLIT3或其路徑不起作用的藥物的反應(yīng)的用途。公知地，患者對同樣的藥物一般不會產(chǎn)生同等反應(yīng)，對所給藥物的藥物反應(yīng)方面的許多差別被認(rèn)為是因?yàn)閭€體某個基因中的基因和蛋白質(zhì)和它們的相應(yīng)路徑不同。我們的發(fā)明定義了SLIT3與II型糖尿病的關(guān)系，一些現(xiàn)有的或未來的治療性試劑可以用來直接或間接地影響這個基因，因此對于其II型糖尿病危險部分地由SLIT3基因變體決定的患者是有效的。在另一方面，其他同樣的藥物可能對于那些在SLIT3基因中具有危險變體的患者具有較低的效果或沒有效果。因此，SLIT3變體或單元型可以用于藥物基因診斷以預(yù)測藥物反應(yīng)和引導(dǎo)選擇對所給個體的治療性試劑。附圖的簡要說明通過如下對本發(fā)明更優(yōu)選具體實(shí)施方案的更詳細(xì)描述，本發(fā)明的前述和其他目標(biāo)、特征和優(yōu)點(diǎn)將會變得清楚，附圖的說明如下圖1A-1O9顯示了SLIT3的基因組DNA(SEQIDNO1)，這個序列是從NCBIBuild33中獲得。在圖1中的編號及所有這些圖中的“起始”和“終止”編號在NCBIBuild33中都是指染色體5中的位置。圖1中的編號是指該行該編號前方的最后一個堿基，該編號是降序，因?yàn)樵摶蚴恰胺捶较颉?。圖2是一系列曲線圖，其顯示了利用906個微衛(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行基因掃描的結(jié)果。結(jié)果顯示了三種單元型完全的II型糖尿病(實(shí)線)、肥胖型糖尿病(點(diǎn)線)和非肥胖糖尿病(虛線)?？v坐標(biāo)是共有復(fù)等位基因LOD分?jǐn)?shù)(multipointallele-sharingLOD-score)，橫坐標(biāo)是離染色體P端點(diǎn)的厘摩距離。圖3圖示了在將38個160cM到200cM的微衛(wèi)星標(biāo)記以40-cM的間隔加入到框架中后染色體5上的基因座的共有復(fù)等位基因LOD分?jǐn)?shù)。結(jié)果顯示出與圖2所示相同的三個單元型完全的II型糖尿病(實(shí)線)、肥胖型糖尿病(點(diǎn)線)和非肥胖糖尿病(虛線)。圖4圖示了在590個非肥胖型糖尿病患者和477個無關(guān)人群對照中與1-LOD下降有關(guān)的信號標(biāo)記和單元型。橫坐標(biāo)是該標(biāo)記/單元型的位置，縱坐標(biāo)是相應(yīng)的雙邊P-值。所有的P-值小于0.1的單元型都得到顯示。水平柱顯示了相應(yīng)單元型的范圍，標(biāo)記的密度在圖的底部顯示。所有的位置都參考NCBIBuild33，1-LOD下降范圍為167.64to171.28Mb。圖5圖示了區(qū)域A中的基因和標(biāo)記的位置。研究基因座中使用的微衛(wèi)星的全關(guān)系(wideassociation)如頂部的填充圓(filledcircles)所示，該填充框顯示了SLIT3中外顯子或外顯子簇的位置，要注意的是該SLIT3基因的方向從右到左是5′到3′。陰影框表示相鄰基因，ODZ2、KIAA0869、RARS和PANK3的位置和大小?；疑街@示了該區(qū)域中的6個最重要的微衛(wèi)星單元型的范圍。圖6圖示了信號標(biāo)記與SLIT3的等位關(guān)系，aSLIT3的外顯結(jié)構(gòu)。b在連鎖分析中所用的所有微衛(wèi)星(頂部)和SNP(底部)的位置。c在SLIT3中信號標(biāo)記與P-值＜0.05的等位關(guān)系。該圖顯示了負(fù)的P-值的對數(shù)值與在megabases(NCBI33)中的物理位置。在底部的該灰色水平柱顯示了最重要的微衛(wèi)星和SNP單元型C1的范圍。用同樣的水平刻度表示a、b和c。圖7A-Q顯示了用于C05基因座全關(guān)系研究(包括Build33位置)的微衛(wèi)星DNA序列。圖8顯示了SLIT3外顯子的Build33位置。圖9A和B顯示了對外顯子和側(cè)翼序列進(jìn)行測序后在SLIT3中發(fā)現(xiàn)的SNP的Build33位置。圖10A-P2顯示了從SLIT3中鑒定出的SNP的DNA序列。圖11A-C顯示了SLIT3中定義位多態(tài)現(xiàn)象的所有SNP和微衛(wèi)星的Build33位置。圖12A-F顯示了用于連鎖分析的SLIT3中的微衛(wèi)星的DNA序列(包括Build33位置)。圖13A-C顯示了用于連鎖分析的SLIT3中的SNP和微衛(wèi)星的名稱。圖14A和B顯示了SLIT3蛋白的氨基酸序列。本發(fā)明的詳細(xì)描述已經(jīng)將大量的具有糖尿病患者人群清單的人群的系譜信息與有效基因分享方法結(jié)合以繪制染色體5q35上的基因座圖，用全基因組標(biāo)記系列確定了糖尿病和其相關(guān)疾病的基因型。由于肥胖對糖尿病的發(fā)展具有作用，因此根據(jù)體重指數(shù)(BMI)對材料進(jìn)行分餾。本發(fā)明展示了在冰島導(dǎo)致II型糖尿病的基因的全基因檢索結(jié)果。與糖尿病有關(guān)的基因座已有證據(jù)表明基因?qū)е聠位蛐问教悄虿〉脑缙诎l(fā)作，已發(fā)現(xiàn)有6個基因發(fā)生突變而導(dǎo)致青少年患MODY或成熟發(fā)作型糖尿病。MODY1-MODY6是由HNF4a、葡萄糖激酶、HNF1a、IPF1、HNF1b和NEUROD1的突變所導(dǎo)致(MODY1YamagataK等，Nature384458-460(1996)；MODY2FroguelP，F(xiàn)等.Nature356162-164(1992)；MODY3Yamagata，K.，等，Nature384455-458(1996)；MODY4YoshiokaM.，等.DiabetesMay；46(5)887-94(1997)MODY5Horikawa，Y.，等.Nat.Genet.17384-385(1997)MODY6KristinssonS.Y.，等，DiabetologiaNov；44(11)2098-103(2001))。已經(jīng)鑒定出了一作為疾病基因的基因，其導(dǎo)致晚發(fā)型糖尿病，即calpain10基因(CAPN10)。通過全基因檢測患糖尿病的墨西哥美國人而鑒定出該CAPN10(Horikawa，Y.，等，Nat.Genet.26(2)163-175(2000))。已經(jīng)表明該危險等位基因與葡萄糖誘導(dǎo)的分泌調(diào)節(jié)的削弱和胰島素刺激的葡萄糖處理的比例降低有關(guān)(Lynn，S.，等，Diabetes，51(1)247-250(2002)；Sreenan，S.K.，等，Diabetes50(9)2013-2020(2001)和Baier，L.J.，等，J.Clin.Invest.106(7)R69-73(2000))。已經(jīng)在各種人群中進(jìn)行了許多全基因監(jiān)測，得到了糖尿病的主要基因座，報道稱這些基因座位于墨西哥美國人的染色體2q37(Hanis，C.L.，等，Nat.Genet.，13(2)161-166(1996))、染色體15q21(Cox，等，Nat.Genet.21(2)213-215(1999))、染色體10q26(Duggirala，R.，等，Am.J.Hum.Genet.，68(5)1149-1164(2001))、染色體3p(Ehm，M.G.，等，Am.J.Hum.Genet.，66(6)1871-1881(2000))上和PIMA印第安人的染色體1q21-23和11q23-q25(HansonR.L.等，AmJ.HumGenet.，63(4)1130-1138(1998))上。在白種人群中，發(fā)現(xiàn)與芬蘭人的染色體12q24(Mahtani，等，Nat.Genet.，14(1)90-4(1994))、猶他洲美國人的染色體1q21-q23(Elbein，S.C.，等，Diabetes，48(5)1175-1182(1999))，法國家族的染色體3q27-pter(Vionnet，N.，等，Am.J.Hum.Genet.67(6)1470-80(2000)和北歐人的染色體18p11(Parker，A.，等，Diabetes，50(3)675-680(2001))有關(guān)聯(lián)。最近的研究報道了本土澳大利亞人的主要基因座位于染色體2q24.3上(Busfield，F(xiàn)，.等，Am.J.Hum.Genet.，70(2)349-357(2002))。許多其他研究也得到了潛在性基因座或復(fù)制了這些基因座。對II型糖尿病的關(guān)系研究也有報道，大多數(shù)這些研究表明了在人群中與該疾病具有相當(dāng)?shù)年P(guān)聯(lián)，但并不能導(dǎo)致該疾病。Altshuler等回顧了已經(jīng)做過的關(guān)系研究并得出結(jié)論僅需要對與16個已公開基因中的一個基因的關(guān)系進(jìn)行詳細(xì)研究。Altshuler等證實(shí)，PPARg中Pro12Ala多肽性與II型糖尿病有關(guān)。至今為止，在糖尿病上還沒有將該疾病與染色體5q35相關(guān)聯(lián)的關(guān)系研究。SLIT-3本說明書所描述的本發(fā)明將II型糖尿病與已知基因SLIT-3(slithomolog3(果蠅))相關(guān)聯(lián)。果蠅SLIT-3是分泌蛋白，與中央布局(midlinepatterning)有關(guān)。在果蠅神經(jīng)系統(tǒng)中，SLIT由中央神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞產(chǎn)生并作為化學(xué)排斥物發(fā)揮作用而防止接縫處軸突的再穿越(Kidd，T.，等，Cell，96785-794(1999))。這由Roundabout或Robo、受體家族介導(dǎo)，該Robo含有5個Ig區(qū)域，三個I型纖維連接蛋白II(FNIII)重復(fù)，信號跨膜區(qū)和含有許多保守細(xì)胞質(zhì)基團(tuán)的細(xì)胞外區(qū)(Kidd，T.，等，Cell，92205-215(1998))。有三個脊椎動物SLIT基因和三個完全不同的Robo基因(robo1、robo2、rig-1)(Yuan，S.S.，等，Dev.Biol.，20762-75(1999)；Brose，K.，等，Cell，96795-806(1999))。在脊椎動物的中央，已經(jīng)證明SLIT和Robo的表達(dá)調(diào)控脊索中穿越的軸突(Zou，Y.，等，Cell，102363-375(2000))，視神經(jīng)交叉處的視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞軸突(Fricke，C.，等，Science，292507-510(2001)；Erskine，L.，等，J.Neurosci.，204975-4982(2000)；和Niclou，S.P.，等，J.Neurosci.，204962-4974(2000))和胼胝體的纖維(Shu，T.，andL.J.Richards，J.Neurosci.，212749-2758(2001))。除了受體的Robo家族外，經(jīng)證實(shí)SLIT蛋白是肌原分化中的CDO(Kang，J.S.，等，J.CellBiol.，143403-413(1998))，中線穿越中的DCC(netrin受體)(Stein，E和M.Tessier-Lavigne，Science，2911928-1938(2001))和磷脂酰肌醇(在運(yùn)動神經(jīng)元中表達(dá))的配體。在發(fā)育的鼠胚中進(jìn)行原位雜交研究表明SLIT-3在發(fā)育的腦、眼、耳、鼻和肢芽中表達(dá)(Yuan，S.S.，等，Dev.Biol.，20762-75(1999))。另外，兔腦(胚或成年的)的原位雜交證明了SLIT蛋白在發(fā)育和成年腦中都具有重要作用(Marillat，V.，等，J.Comp.Neurol.，442130-155(2002))。Itoh等在1998年克隆了人SLIT-3(Itoh，A.，等，BrainRes.Mol.BrainRes.，62175-186(1998))。SLIT-3的mRNA大小為5.5kb和9.5kb，較多的是較小副本。其開放閱讀框(ORF)為4569bp，編碼1523個氨基酸多肽，Northern印跡分析表明在胎兒肺和胎兒腎中表達(dá)。在人的成熟組織中，SLIT-1和SLIT-3各自主要在腦、脊索和甲狀腺中表達(dá)。SLIT-2在腎上腺、甲狀腺和氣管中也周期性表達(dá)。SLIT-3在卵巢、心臟和小腸中表達(dá)(Itoh，A.，等，ibid.)。基于這些蛋白的表達(dá)模式，經(jīng)證實(shí)SLIT蛋白對內(nèi)分泌系統(tǒng)和神經(jīng)系統(tǒng)具有作用。SLIT-3被認(rèn)為與內(nèi)分泌系統(tǒng)的形態(tài)發(fā)生有關(guān)(Itoh，A.，等，ibid.)。對組織特異性cDNA進(jìn)行PCR，在胰腺、肝、骨骼肌、脂肪組織、小腸和下丘腦中發(fā)現(xiàn)了表達(dá)(數(shù)據(jù)沒有顯示)。放射性雜交板的PCR分析將SLIT-3基因作圖導(dǎo)染色體5q35(Nakayama，M，等，Genomics，5127-34(1998))上。預(yù)測的人SLIT-2和SLIT-3的氨基酸序列顯示出與SLIT-1相同的區(qū)域結(jié)構(gòu)和約60％的相似性，SLIT-1、SLIT-2和SLIT-3都包括推定的信號肽，四個臨近氨基和羧基末端保守側(cè)翼區(qū)域(LRR-NR、LRR-CR)的富亮氨酸重復(fù)(LRR)的串連排列單元，兩組類EGF部分重復(fù)，Agrin-LamininPerlecan-SLIT(ALPS)保守區(qū)和富半胱氨酸(富Cys)羧基末端區(qū)域。然而，它們并沒有如疏水曲線所示的推定跨膜區(qū)。同樣地，該SLIT蛋白含有許多結(jié)合區(qū)，可以與一種或多種蛋白反應(yīng)。與果蠅SLIT蛋白相比，這三種人SLIT蛋白具有相同數(shù)目的類EGF部分和LRR1與LRR3重復(fù)。含有四個LRR單元的該區(qū)域是人SLIT蛋白中最保守的部分，在這三種蛋白中構(gòu)成這個區(qū)域的氨基酸數(shù)目完全保守(Itoh，A.，等，ibid.)。已經(jīng)表明SLIT-3具有其他SLIT蛋白不具有的潛在的獨(dú)特功能(Little，M.H.，等，Am.J.Physiol.Cell.Physiol.，281C485-495(2001))。哺乳動物SLIT-3基因產(chǎn)品的細(xì)胞分布和加工已經(jīng)表明是在腎上皮細(xì)胞中。SLIT-3，而不是SLIT-2，主要定位在線粒體內(nèi)。在融合性上皮單層中，SLIT-3也轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞表明。但是，沒有證據(jù)表明SLIT-3水解過程與SLIT-2相似。SLIT-3含有NH2末端粒腺體定位信號，該信號能指導(dǎo)受體綠色熒光蛋白進(jìn)入該粒腺體。SLIT-1的等同區(qū)域不能引起粒腺體靶向。同樣地，SLIT-3蛋白靶向定位到上皮細(xì)胞的兩個完全不同位點(diǎn)粒腺體和細(xì)胞表面，較多的融合細(xì)胞定位到后者。向兩個位置的定位都由特異性NH2末端序列驅(qū)動。研究表明在粒腺體功能與II型糖尿病間具有關(guān)聯(lián)。實(shí)際上，β-細(xì)胞中的粒腺體功能紊亂已有相當(dāng)描述(Maechler，P.，和C.B.Wollheim，Nature，414807-812(2001))。粒腺體DNA(mtDNA)的遺傳紊亂能導(dǎo)致許多表現(xiàn)II型糖尿病顯型的遺傳疾病的產(chǎn)生。在具有母系轉(zhuǎn)移性II型糖尿病和耳聾的大家系中，粒腺體tRNA(Leu)(UUR)基因的突變得到描述(vandenOuweland，J.M.，等，Nat.Genet.，1368-371(1992))。mtDNA拷貝數(shù)目的減少也與糖尿病的發(fā)病機(jī)理有關(guān)。雖然mtDNA的變化對II型糖尿病所作的貢獻(xiàn)還不知道，但是在II型糖尿病的骨骼肌中發(fā)現(xiàn)mtDNA的拷貝數(shù)下降了50％(Antonetti，D.A.，等，J.Clin.Invest.，951383-1388(1995))。也有報道在這種病人的外周血液中mtDNA含量減少，甚至在該疾病發(fā)病之前(Lee，H.K.，等，DiabetesRes.Clin.Pract.，42161-167(1998))。本說明書的描述是已知的II型糖尿病的第一次關(guān)系研究，表明了與染色體5q35有關(guān)?；谒M(jìn)行的該關(guān)系研究，II型糖尿病與染色體5q35上的基因座，特別是SLIT-3基因間的直接關(guān)系得到發(fā)現(xiàn)。本發(fā)明的核酸SLIT-3核酸、蛋白質(zhì)和變體因此，本發(fā)明涉及含有人SLIT-3核酸的分離核酸分子。本說明書所用的術(shù)語“SLIT-3核酸”是指編碼SLIT-3多肽的分離的核酸分子(如SLIT-3基因)。本發(fā)明的該SLIT-3核酸分子可以是RNA如mRNA，或DNA如cDNA和基因組DNA。DNA分子可以是雙鏈或單鏈的，單鏈RNA或DNA可以是編碼的或有義的鏈，或非編碼的或反義鏈。該核酸分子可以包括所有的或部分該基因的編碼序列，還可以含有其他非編碼序列，如內(nèi)含子和非編碼的3′和5′序列(例如，包括調(diào)控序列)。例如，該SLIT-3核酸可以是如圖1所示的基因組序列，或編碼SLIT-3多肽的該分離核酸分子的部分或片斷(如cDNA或基因)。在某些具體實(shí)施方案中，該分離的核酸分子包括選自圖10所示序列的核酸分子，或這種核酸分子的補(bǔ)體。另外，本發(fā)明的核酸分子可以與標(biāo)記序列融合，例如編碼有助于其分離與純化的多肽序列。這種序列包括但不限于那些編碼谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶(GST)融合蛋白的序列和編碼流感紅血球凝聚素A(HA)多肽標(biāo)記的序列。在本說明書中，所用的“分離的”核酸分子是與正常地側(cè)翼連接了所述基因或核苷序列(如在基因組序列中)的核酸分離的核酸分子，和/或完全或部分地從其他轉(zhuǎn)錄序列中(如在RNA文庫中)純化出來的核酸分子。例如，在其天然發(fā)生時，本發(fā)明的分離的核酸分子可以完全地與復(fù)雜的細(xì)胞環(huán)境分離，或當(dāng)用重組技術(shù)生產(chǎn)時，與培養(yǎng)基分離，或當(dāng)化學(xué)合成時，與化學(xué)前提或其他化合物分離。在一些實(shí)施例中，該分離的材料會形成部分復(fù)合物(例如含有其他物質(zhì)的粗提取物)，緩沖系統(tǒng)或反應(yīng)混合物。在其他情況下，該材料可以純化成基本均一的狀態(tài)，如用PAGE或柱層析如HPLC測定。優(yōu)選地，優(yōu)選地，分離的核酸分子含有至少約50、80或90％(摩爾比)物種中存在的大分子。至于基因組DNA，該術(shù)語“分離的”也可以指與該基因組DNA天然結(jié)合的染色體分離的核酸分子。例如，該分離的核酸分子可以含有少于5kb，但不限于4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或0.1kb的核苷，其側(cè)翼連接細(xì)胞基因組中的所述核酸分子，該核酸分子來源于所述細(xì)胞。所述的核酸分子可以與其他編碼或調(diào)控序列融合，且仍然認(rèn)為是分離的。因此，包含在載體中的重組DNA包含在本說明書所使用的“分離的”的定義中。另外，分離的核酸分子還包括不同宿主細(xì)胞中的重組DNA分子，以及溶液中的部分或完全純化的DNA分子?！胺蛛x的”核酸分子還包括本發(fā)明的DNA分子的體內(nèi)和體外RNA轉(zhuǎn)錄本。分離的核酸分子包括化學(xué)合成或用重組方法合成的核酸分子或核酸序列。因此，包含在載體中的重組DNA包含在本說明書所用的“分離的”定義之中。另外，分離的核酸分子包括不同器官中的重組DNA分子，以及溶液中的部分或完全純化的DNA分子。本發(fā)明的DNA分子的體內(nèi)和體外RNA轉(zhuǎn)錄本也包含在“分離的”核酸序列的范圍之內(nèi)。這種分離的核酸分子在制備編碼的多肽時可以用來作為探針以分離同源序列(如來自其他哺乳動物的序列)，以進(jìn)行基因作圖(如通過與染色體的原位雜交)或檢測組織中的基因表達(dá)(如人組織)，如通過Northern印跡分析。本發(fā)明還涉及到核酸分子，該核酸分子不必要是天然的，但其編碼SLIT-3多肽或SLIT-3多肽的剪接變體或其多態(tài)性變體。因此，例如，本發(fā)明涉及的DNA分子所包含的序列不同于天然發(fā)生的核苷序列，但由于基因密碼的簡并性，其編碼本發(fā)明的SLIT-3多肽。本發(fā)明還包括編碼部分(片斷)或編碼變體多肽，如SLIT-3多肽的類似物或衍生物的核酸分子。這種個體可以是天然發(fā)生的，如在等位變體或單核苷多態(tài)性，或非天然發(fā)生的，如由不同誘變劑和誘變方法誘導(dǎo)的個體。理想的變體包括但不限于產(chǎn)生保守或非保守氨基酸改變，包括插入或缺失的一個或多個核苷的插入、缺失和替換。優(yōu)選地，該核苷(和/或得到的氨基酸)改變是沉默或保守的，也就是說他們沒有改變SLIT-3多肽的活性或特征。在一具體實(shí)施方案中，該核酸序列是含有一個或多個多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記的片斷。在另一具體實(shí)施方案中，該核苷序列是含有一個或多個SLIT-3基因信號核苷多態(tài)性的片斷。本發(fā)明的核酸分子的其他改變包括，例如標(biāo)記，甲基化，核苷間修飾如非電荷性連接(unchargedlinkages)(如甲基磷酸酯、磷酸三酯、磷酸酰胺(phosphoamidates)、氨基甲酸鹽)，電荷性連接(如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯)，側(cè)基組成(pendentmoieties)(如多肽)，嵌入劑(如吖啶、補(bǔ)骨脂素)，螯合劑，烷基化劑和改進(jìn)的連接(如α端基異構(gòu)核酸)。還包括合成分子，其模擬能夠通過氫鍵和其他的化學(xué)反應(yīng)與指定序列連接的核酸分子。這些分子的例子包括在該分子的骨架上用肽鍵取代磷酸鍵的分子。本發(fā)明還涉及到在高度嚴(yán)格條件下與本發(fā)明所述的核苷序列雜交，如選擇性雜交的核酸分子(如與編碼本發(fā)明多肽的核苷序列特異性雜交，并任選地具有所述肽活性的核酸分子)。在一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明包括本說明書所述的變體，該變體在高度嚴(yán)格雜交(如選擇性雜交)條件下與含有選自圖10所示序列的核苷序列的核苷序列雜交。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明包括本說明書所述的變體，該變體在高度嚴(yán)格雜交(如選擇性雜交)條件下與編碼氨基酸序列或其多態(tài)性變體的核苷序列雜交。在優(yōu)選具體實(shí)施方案中，在高度嚴(yán)格條件下雜交的該變體具有SLIT多肽的活性。這些核酸分子通過特異性雜交(在高度嚴(yán)格條件下)可以檢測和/或分離。本說明書所用的“特異性雜交”是指第一核酸與第二核酸以這種方式進(jìn)行雜交的能力該第一核酸不與除了該第二核酸以外的任何核酸雜交(如，當(dāng)該第一核酸與該第二核酸比與樣品中的其他任何核酸具有更高相似性時，該雜交就能夠進(jìn)行)。進(jìn)行雜交的“嚴(yán)格條件”是技術(shù)術(shù)語，其指溫浴和洗脫條件，如溫度和緩沖液濃度條件，該條件允許特定核酸與第二核酸雜交。優(yōu)選地，該第一核酸與該第二核酸互補(bǔ)(如100％)，或第一和第二核酸具有比優(yōu)選少的某種程度的互補(bǔ)(如70％、75％、85％、95％)。可以使用某些高度嚴(yán)格條件，將優(yōu)選互補(bǔ)的核酸與其他互補(bǔ)性較低的核酸區(qū)分開。進(jìn)行核酸雜交的“高度嚴(yán)格條件”、“中度嚴(yán)格條件”和“低度嚴(yán)格條件”在CurrentProtocolsinMolecularBiology的2.10.1-2.10.16頁和6.3.1-6.3.6頁有描述(Ausubel，F(xiàn).M.等，“CurrentProtocolsinMolecularBiology”，JohnWiley&Sons，(2001))，其所有教導(dǎo)在此引為參考。決定雜交嚴(yán)格程度的正確條件不僅依賴于離子強(qiáng)度(如0.2XSSC，0.1XSSC)、溫度(如室溫、42℃、68℃)和去離子試劑如甲酰胺或變性劑如SDS的濃度，還依賴于核酸序列的長度、堿基組成(basecomposition，)、雜交序列間的錯配百分比和在其他非一致序列中這種序列出現(xiàn)的頻率。因此，在保持兩核酸分子間相似程度的一致性或相似性的情況下，可以通過改變這些參數(shù)中的一種或多種來測定等價條件。一般地，所用的條件使彼此具有至少約60％、70％、80％、90％或95％或更大一致性的序列發(fā)生雜交。通過改變雜交條件，從沒有雜交發(fā)生的嚴(yán)格水平改變到發(fā)現(xiàn)第一個雜交的水平，于是就測出了能使所給序列與樣品中的最相似序列雜交(如選擇性)的條件。在Krause，M.H.和S.A.Aaronson，MethodsinEnzymology200546-556(1991)中描述了這些條件的例子，在Ausubel，等，“CurrentProtocolsinMolecularBiology”，JohnWiley&Sons，(2001)中，描述了中和低度嚴(yán)格條件的洗脫條件。洗脫是一步驟，在該步驟中通常設(shè)置條件以決定雜交的互補(bǔ)性的最低水平。一般地，起始于在該溫度下僅同源性雜交發(fā)生的最低溫度，最終洗脫溫度每降低1攝氏度(維持SSC濃度不變)就使雜交序列中的最大程度的錯配增加1％。通常的，兩倍的SSC使Tm增加-17℃。利用這些教導(dǎo)，根據(jù)需要錯配的水平通過經(jīng)驗(yàn)可以測量出高度、中度和低度嚴(yán)格的洗脫溫度。例如，低度嚴(yán)格的洗脫可以包括在室溫下在含有0.2XSSC/0.1％SDS的溶液中洗脫10分鐘，中度嚴(yán)格的洗脫可以包括在42℃下在含有0.2XSSC/0.1％SDS的預(yù)熱溶液中洗脫15分鐘，高度嚴(yán)格洗脫可以包括在68℃在含有0.2XSSC/0.1％SDS的預(yù)熱(68℃)溶液中洗脫15分鐘。另外，洗過可以重復(fù)進(jìn)行或繼而獲得需要的結(jié)果，如本領(lǐng)域所公知。作為例子，本領(lǐng)域公知，在靶核酸分子與所用的引物或探針間的一致性或相似性的相似程度保持不變的情況下，可以通過改變一個或多個參數(shù)來測定等價的條件。為了進(jìn)行最理想的比較，可以通過將序列進(jìn)行比對來測定兩核苷或氨基酸序列的同源性或一致性百分比(如向第一序列的序列中導(dǎo)入裂口來進(jìn)行理想比對)。那么，將相應(yīng)位置的核苷或氨基酸進(jìn)行比較，該兩序列間的一致性百分比是該序列共有的相同位置的數(shù)目的函數(shù)(一致性百分?jǐn)?shù)＝相同位置的數(shù)目/總位置數(shù)目×100)。當(dāng)一序列中的位置的核苷或氨基酸位點(diǎn)與另一序列的相應(yīng)位置相同時，那么該分子在該位置就是同源的。在本說明書中，核酸或氨基酸“同源”等同與核酸或氨基酸“一致”。在某些具體實(shí)施方案中，為了比較的目的用于比對的序列的長度至少是參考序列長度的30％，例如至少40％，在某些具體實(shí)施方案中至少60％，在其他具體實(shí)施方案中，至少70％、80％、90％或95％?？梢杂脭?shù)學(xué)運(yùn)算法則通過公知的方法對該兩核酸進(jìn)行精確比較，這種數(shù)學(xué)運(yùn)算法則優(yōu)選的非限制性離子見Karlin等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA905873-5877(1993)中的描述。將這種運(yùn)算法則與NBLAST和XBLAST程序(版本2.0)結(jié)合，如Altschul等，NucleicAcidsRes.25389-3402(1997)的描述。在使用BLAST和GappedBLAST程序時，使用各程序(如NBLAST)的默認(rèn)參數(shù)。在一具體實(shí)施方案中，序列比較的參數(shù)可以設(shè)置為score＝100，wordlength＝12或其他(如W＝5或W＝20)。用于比較序列的數(shù)學(xué)運(yùn)算法則的另一優(yōu)選的非限制性例子是Myers和Miller，CABIOS4(1)11-17(1988)中描述的運(yùn)算法則。這種運(yùn)算法則與ALIGN程序(版本2.0)結(jié)合，該ALIGN程序是GCG序列比對軟件包(Accelrys，Cambridge，UK)的一部分。當(dāng)采用ALIGN程序來比較氨基酸序列時，可以使用PAM120重值殘基表(weightresiduetable)，切口長度罰值(gaplengthpenalty)12和切口罰值(gappenalty)4。其他用于序列分析的運(yùn)算法則時本領(lǐng)域公知的，包括Torellis和Robotti，Comput.Appl.Biosci.103-5(1994)中描述的ADVANCE和ADAM，和PearsonandLipman，Proc.Natl.Acad.Sci.USA852444-8(1988)中描述的FASTA。在另一具體實(shí)施方案中，可以用GCG軟件包中的GAP程序，使用BLOSUM63矩陣和PAM250矩陣來測定兩氨基酸序列間的一致性百分比，切口重值(gapweight)為12、10、8、6或4，長度重值(lengthweight)為2、3或4。在又一具體實(shí)施方案中，可以用GCG軟件包中的GAP程序來測定兩氨基酸序列間的一致性百分比，切口重值(gapweight)為50，長度重值(lengthweight)為3。本發(fā)明還涉及到分離的核酸分子，其含有在高度嚴(yán)格條件下與核苷序列雜交的片斷或部分，該核苷序列包括選自圖10所示序列的核苷序列或其互補(bǔ)序列。本發(fā)明還提供了分離的核酸分子，其含有在高度嚴(yán)格條件下與核苷序列雜交的片斷或部分，該核苷編碼氨基酸序列或其多態(tài)性變體。本發(fā)明的核酸片斷的長度至少為約15，優(yōu)選18、20、23或25個核苷，和至少約30、40、50、100、200或更多核苷。本發(fā)明所述的編碼抗原多肽的更長片斷，如長度為30個或更多個核苷的片斷特別有用，如下文所述用來生產(chǎn)抗體。探針和引物在相關(guān)方面，用本發(fā)明的核酸片斷用作探針或引物來進(jìn)行檢測，如本說明書所述的檢測。“探針”或“引物”是以堿基特異性方式與核酸分子的互補(bǔ)鏈雜交的寡核苷酸。這種探針和引物包括多肽核酸，如Nielsen等，Science2541497-1500(1991)中的描述。探針或引物含有核苷序列區(qū)域，該區(qū)域與含有連續(xù)核苷序列的核酸分子的至少約15個，約20-25個，在某些具體實(shí)施方案中約40、50或75個保守核苷雜交，其中的連續(xù)核苷選自圖10所示序列或其多態(tài)性變體。在其他具體實(shí)施方案中，引物或探針包括100個或更少的核苷，在某些具體實(shí)施方案中為6-50個核苷，例如12-30個核苷。在其他具體實(shí)施方案中，該探針或引物與所述的相鄰核苷序列或其補(bǔ)體具有至少70％的一致性，例如至少80的一致性，在某些具體實(shí)施方案中至少90％一致，在其他具體實(shí)施方案中至少95％一致，或甚至能與所述連續(xù)核苷序列或其補(bǔ)體選擇性雜交。通常地，該探針或引物還含有標(biāo)記，如放射性同位素、熒光化合物、酶或酶輔助因子(enzymeco-factor)。如上所述的本發(fā)明的核酸分子可以利用標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)技術(shù)和本說明書所提供的序列信息來鑒定和分離。例如，可以利用合成的寡核苷酸引物通過聚合酶鏈反應(yīng)來擴(kuò)增并分離核酸，該引物根據(jù)選自圖10所示序列的一個或多個序列或該序列的補(bǔ)體來設(shè)計，或根據(jù)序列上的核苷堿基來設(shè)計，該序列編碼一種或多種本發(fā)明所提供的氨基酸序列。一般地參見PCRTechnologyPrinciplesandApplicationsforDNAAmplification(ed.H.A.Erlich，F(xiàn)reemanPress，NY，NY，1992)；PCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications(Eds.Innis等，AcademicPress，SanDiego，CA，1990)；Mattila等，Nucl.AcidsRes.194967(1991)；Eckert等，PCRMethodsandApplications117(1991)；PCR(eds.McPherson等，IRLPress，Oxford)和美國專利No.4,683,202。該核酸分子可以用cDNA、mRNA或基因組DNA作為模板來擴(kuò)增，可以將其克隆到合適的載體中并通過DNA序列分析來鑒定。其他合適的擴(kuò)增方法包括連接酶鏈反應(yīng)(LCR)(見Wu和Wallace，Genomics4560(1989)，Landegren等，Science2411077(1988))，轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增(Kwoh等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA861173(1989))和自主序列復(fù)制(Guatelli等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA871874(1990))和核酸序列堿基擴(kuò)增(NASBA)。后兩種擴(kuò)增方法涉及到基于等溫轉(zhuǎn)錄的等溫反應(yīng)，其產(chǎn)生的產(chǎn)物包括單鏈RNA(ssRNA)和雙鏈DNA(dsDNA)，比例為30或100∶1。可以對經(jīng)擴(kuò)增的DNA進(jìn)行標(biāo)記，例如放射性標(biāo)記，并用作探針以檢測來源于人細(xì)胞、zap表達(dá)的mRNA或其他合適載體的cDNA文庫。相應(yīng)的克隆可以得到分離，獲得DNA后在體內(nèi)酶切，用公知的方法在一個或兩個方向上對該克隆性插入進(jìn)行測序，以鑒定編碼合適分子量多肽的正確閱讀框。例如，可以用公知的商業(yè)上可獲得的方法來對本發(fā)明的核酸分子的核苷序列進(jìn)行直接分析。例如，參見Sambrook等，MolecularCloning，ALaboratoryManual(2ndEd.，CSHP，NewYork1989)；Zyskind等，RecombinantDNALaboratoryManual，(Acad.Press，1988))。另外，熒光方法也可用來分析核酸(Chen等，GenomeRes.9，492(1999))和多肽。利用這些或相似的方法，可以對所述多肽和編碼該多肽的DNA進(jìn)行分離、測序和進(jìn)一步的鑒定?？梢杂靡环N或多種圖10所示序列，和/或一種或多種圖10所示序列的互補(bǔ)序列，和/或一種或多種圖10所示序列的部分序列的核苷序列來設(shè)計本發(fā)明的反義核酸分子，并用本發(fā)明公知的方法通過化學(xué)合成和酶連接反應(yīng)來進(jìn)行構(gòu)建。例如，可以使用天然發(fā)生的核苷或經(jīng)過各種修飾的核苷化學(xué)合成反義核酸分子(如反義寡核苷酸)，該經(jīng)過各種修飾的核苷設(shè)計來增加該分子的生物活性或增加該反義核酸和有義核酸形成的二倍體的物理穩(wěn)定性，例如，可以使用硫代磷酸酯衍生物和吖啶取代的核苷?？蛇x擇地，可以用表達(dá)載體生物學(xué)地制備該反義核酸分子，在該載體中，核酸分子以反義方向亞克隆到其中(例如，該插入的核酸分子中轉(zhuǎn)錄得到的RNA相對于有益靶核酸將是反義方向的)。還可以將上述核酸序列與病人的外源DNA序列進(jìn)行比較以鑒定如上所述的一種或多種失調(diào)，和作為探針來雜交和發(fā)現(xiàn)樣品中的相關(guān)DNA序列或去除已知序列。該核酸序列還可以用來衍生引物用于基因指紋分析，用來利用DNA免疫技術(shù)產(chǎn)生抗DNA抗體和作為抗原來產(chǎn)生抗DNA抗體或誘導(dǎo)免疫反應(yīng)。作為多核苷酸反應(yīng)劑，本說明書所定義的核苷序列的部分或片斷(和相應(yīng)的完整基因序列)可以用于許多方面，例如，這些序列可以用于(i)對染色體上的各個基因進(jìn)行作圖，并因而定位與遺傳病有關(guān)的基因區(qū)域；(ii)用很少的生物學(xué)樣品鑒定個體(組織型鑒定)；和(iii)幫助生物樣品的法律鑒定。另外，本發(fā)明的核苷序列可以用于鑒定和表達(dá)重組多肽，以用于分析、特征鑒定或治療用途；或作為組織標(biāo)記，在該組織中所述的相應(yīng)多肽組成性地或在組織分化過程中或處于疾病狀態(tài)時表達(dá)。另外，該核酸序列還可以在本發(fā)明述的監(jiān)測和/或診斷性檢測中作為反應(yīng)劑，還可以作為工具(如試劑盒)的組分用于本發(fā)明所述的監(jiān)測和/或診斷性檢測。載體和宿主細(xì)胞本發(fā)明的另一方面涉及到含有選自圖10所示序列和其補(bǔ)體(或其部分)的核酸分子的核酸構(gòu)建體。該構(gòu)建體包括載體(如表達(dá)載體)，本發(fā)明的序列以有義或反義方向插入其中。在本說明書中，術(shù)語“載體”是指能夠轉(zhuǎn)移另一種核酸而使該核酸與其連接的核酸分子。一種載體類型是“質(zhì)粒”，是指額外的DNA片斷可以連接到其中的環(huán)狀雙鏈DNA環(huán)。另一種載體類型是病毒載體，在該載體中額外的DNA片斷可以連接到病毒基因組中。某些載體能夠在它們導(dǎo)入的宿主中自主復(fù)制(如具有細(xì)菌復(fù)制起點(diǎn)的細(xì)菌載體和附加型哺乳動物載體)。其他的載體(如非附加型哺乳動物載體)一旦導(dǎo)入到宿主細(xì)胞中就會整合到該宿主細(xì)胞的基因組中，因而隨著宿主基因組一道復(fù)制。表達(dá)載體能夠指導(dǎo)與其可操作性連接的基因的表達(dá)。一般來說，在重組DNA技術(shù)中使用的表達(dá)載體通常是質(zhì)粒形式的，但是，本發(fā)明傾向于包括其他形式的表達(dá)載體，如具有等同作用的病毒載體(如復(fù)制缺陷型逆轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒和腺相關(guān)病毒)。在某些具體實(shí)施方案中，本發(fā)明的重組表達(dá)載體含有本發(fā)明的核酸分子，其形式適于該核酸分子在宿主細(xì)胞中表。這就意味著該重組表達(dá)載體包括一個或多個基于所述宿主細(xì)胞選擇的用于表達(dá)的調(diào)控序列，該調(diào)控序列與需表達(dá)的該核酸分子可操作性連接。在重組表達(dá)載體中，“可操作地連接”或“可操作性連接”意思是指目標(biāo)核酸序列與調(diào)控序列以能使該核苷序列表達(dá)(如在體內(nèi)或體外轉(zhuǎn)錄/反義系統(tǒng)中，或在載體導(dǎo)入到宿主細(xì)胞中的情況下的宿主細(xì)胞中)的方式連接。該術(shù)語“調(diào)控序列”傾向于包括啟動子、增強(qiáng)子和其他表達(dá)調(diào)控元件(如多聚腺苷酸信號)。這種調(diào)控序列的描述的例子見Goeddel，“GeneExpressionTechnology”，MethodsinEnzymology185，AcademicPress，SanDiego，CA(1990)。調(diào)控序列包括在許多類型的宿主細(xì)胞中指導(dǎo)核苷序列組成性表達(dá)的序列和僅在某些宿主細(xì)胞中指導(dǎo)該核苷序列表達(dá)的序列(如組織特異性調(diào)控序列)。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員能夠理解，表達(dá)載體的設(shè)計依賴于被轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞的選擇和目標(biāo)多肽表達(dá)的水平。本發(fā)明的表達(dá)載體可以導(dǎo)入到宿主細(xì)胞中，以生產(chǎn)由本發(fā)明所述的核酸分子編碼的多肽，包括融合多肽。本發(fā)明的重組表達(dá)載體可以設(shè)計來在原核或真核細(xì)胞中表本發(fā)明的多肽，如在細(xì)菌細(xì)胞如大腸桿菌，昆蟲細(xì)胞(用桿病毒表達(dá)載體)，酵母細(xì)胞或哺乳動物細(xì)胞中。在Goeddel，見上文中具有合適宿主細(xì)胞的進(jìn)一步討論?？蛇x擇地，該重組表達(dá)載體可以在體外轉(zhuǎn)錄和翻譯，例如使用T7啟動子調(diào)控序列核T7聚合酶。本發(fā)明的其他方面涉及在其中導(dǎo)入了本發(fā)明的表達(dá)載體的宿主細(xì)胞。術(shù)語“宿主細(xì)胞”和“重組宿主細(xì)胞”在本說明書中可以交換使用。能夠理解該術(shù)語不僅指特定對象的細(xì)胞，還指這種細(xì)胞的后代或潛在的后代，因?yàn)橛捎谕蛔兓颦h(huán)境影響，在其后代中可能會發(fā)生某些改變，因此這種后代事實(shí)上與母細(xì)胞并不一致，但仍然包括在此處所用的術(shù)語的范圍之內(nèi)。宿主細(xì)胞可以是任何原核或真核細(xì)胞。例如，本發(fā)明的核酸分子可以在細(xì)菌細(xì)胞(如大腸桿菌)、昆蟲細(xì)胞、酵母或哺乳動物細(xì)胞(如中國蒼鼠卵巢細(xì)胞(CHO)或COS細(xì)胞)中表達(dá)。其他合適的宿主細(xì)胞是本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員公知的。可以通過常規(guī)的轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染技術(shù)將載體DNA導(dǎo)入到原核或真核中。在本說明書中，術(shù)語“轉(zhuǎn)化”和“轉(zhuǎn)染”是指用于向宿主細(xì)胞中導(dǎo)入外源核酸分子(如DNA)的各種本領(lǐng)域公知的技術(shù)，包括磷酸鈣或氯化鈣共沉淀法、DEAE右旋糖酐介導(dǎo)轉(zhuǎn)染法、脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染法或電穿孔法。在Sambrook，等(見上文)和其他試驗(yàn)手冊中能找到轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染宿主細(xì)胞的合適方法。對于穩(wěn)定轉(zhuǎn)化哺乳動物細(xì)胞，公知地，根據(jù)所用的表達(dá)載體和轉(zhuǎn)染技術(shù)，只有少部分的細(xì)胞可以將外源DNA整合到它們的基因組中。為了鑒定和篩選這些整合體，一般將編碼可選擇性標(biāo)記的基因與目的基因一起導(dǎo)入到宿主細(xì)胞中。優(yōu)選的可選擇性標(biāo)記包括對藥物如G418、勻霉素和甲氨蝶呤有抗性的標(biāo)記。將編碼可選擇性標(biāo)記的核酸分子導(dǎo)入到宿主細(xì)胞的載體可以與將本發(fā)明的核酸分子導(dǎo)入的各個載體相同。用該導(dǎo)入的核酸分子穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的細(xì)胞可以用藥物篩選來鑒定(如整合了所述可選擇性標(biāo)記基因的細(xì)胞存活，而其他細(xì)胞死亡)。本發(fā)明的宿主細(xì)胞，如培養(yǎng)基中的原核或真核宿主細(xì)胞，可以用來生產(chǎn)(如表達(dá))本發(fā)明的多肽。因此，本發(fā)明還提供了用本發(fā)明的宿主細(xì)胞生產(chǎn)多肽的方法。在一具體實(shí)施方案中，該方法包括在合適培養(yǎng)基中培養(yǎng)本發(fā)明的宿主細(xì)胞(編碼本發(fā)明多肽的重組表達(dá)載體已經(jīng)導(dǎo)入其中)以產(chǎn)生所述多肽。在另一具體實(shí)施方案中，該方法還包括從所述培養(yǎng)基或宿主細(xì)胞中分離該多肽。本發(fā)明的宿主細(xì)胞還可以用于制備非人轉(zhuǎn)基因動物。例如，在一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明的宿主細(xì)胞是其中導(dǎo)入了本發(fā)明的核酸分子(如外源SLIT基因或編碼SLIT多肽的外源核酸)的受精卵母細(xì)胞或胚胎干細(xì)胞。然后可以將這種宿主細(xì)胞用于創(chuàng)造其中外源核苷序列導(dǎo)入了到其基因組中的非人轉(zhuǎn)基因動物，或其中的內(nèi)源核苷序列發(fā)生了改變的同源重組動物。這些動物對于研究核苷序列或該序列編碼的多肽的功能和/或活性，和鑒定和/或評價其活性的調(diào)節(jié)因子是有用的。在本說明書中，“轉(zhuǎn)基因動物”是非人動物，優(yōu)選是哺乳動物，更優(yōu)選是嚙齒動物如兔或鼠，在這些動物的一種或多種所述細(xì)胞中含有轉(zhuǎn)基因。其他的轉(zhuǎn)基因動物包括非人靈長類，綿羊、狗、牛、山羊、雞和兩棲動物。轉(zhuǎn)基因是插入到細(xì)胞基因組中的外源DNA，所述細(xì)胞發(fā)展成轉(zhuǎn)基因動物。在該成熟動物的基因組中保留該DNA，因而在該轉(zhuǎn)基因動物的一種或多種細(xì)胞型或組織中指導(dǎo)編碼基因產(chǎn)品的表達(dá)。在本說明書中，“同源重組動物”是非人動物，優(yōu)選是哺乳動物，更優(yōu)選是鼠。在這些動物中，內(nèi)源基因通過其與導(dǎo)入到該動物細(xì)胞中的外源DNA分子間的同源重組而發(fā)生改變，這些動物細(xì)胞如該動物形成前的胚細(xì)胞。通過胚胎操作和微注射制備轉(zhuǎn)基因動物，特別是如鼠的動物的方法已經(jīng)是本領(lǐng)域的常規(guī)方法，其描述見，例如美國專利No.4,736,866和4,870,009，美國專利No.4,873,191和Hogan，ManipulatingtheMouseEmbryo(ColdSpringHarborLaboratoryPress，ColdSpringHarbor，N.Y.，1986)。另外，構(gòu)建同源重組載體和同源重組動物的方法的描述見Bradley，CurrentOpinioninBioTechnology2823-829(1991)和PCT公開WO90/11354、WO91/01140、WO92/0968和WO93/04169。本說明書所述的非人轉(zhuǎn)基因動物的克隆可以通過Wilmut等，Nature385810-813(1997)和PCT公開WO97/07668和WO97/07669中描述的方法制備。本發(fā)明的多肽本發(fā)明還涉及SLIT-3核酸編碼的分離的多肽(“SLIT-3多肽”)和其片斷和變體及本發(fā)明所述的核苷序列(如其他的剪接變體)編碼的多肽。術(shù)語“多肽”是指氨基酸的聚合體，不是具體長度。因此，肽、寡肽或蛋白質(zhì)都包含在多肽的定義中。在本說明書中，所述的多肽是“分離的”或“純的”，如果從重組或非重組細(xì)胞中分離得到，那么其完全與細(xì)胞材料脫離；如果是化學(xué)合成的，那么其就與其前體或其他化合物脫離。然而，多肽可以與在正常情況下在細(xì)胞中不會與其發(fā)生連接的另一多肽連接(如在“融合蛋白”中)，其仍然是“分離的”或“純的”。本發(fā)明的多肽可以純化到均一，但是，能夠理解其中的多肽沒有純化到均一的制劑是有用的。關(guān)鍵特征在于該制劑具有該多肽所需要的功能，甚至在存在大量的其他化合物的情況下。因此，本發(fā)明包括了各種程度的純化。在一具體實(shí)施方案中，該語句“完全與細(xì)胞材料脫離”包括含有少于約30％(干重)其他蛋白(如污染的蛋白)，少于約20％其他蛋白，少于約10％其他蛋白或少于約5％其他蛋白的多肽制劑。當(dāng)多肽是通過重組產(chǎn)生時，其還可以完全與培養(yǎng)基脫離，如含有少于約20％，少于約10％，或少于約5％體積多肽制劑的培養(yǎng)基。所述語句“完全與化學(xué)前體或其他化合物分離”包括與與其合成有關(guān)的化學(xué)前體或其他化合物分離的多肽的制劑。在一具體實(shí)施方案中，該語句“完全與化學(xué)前體或其他化合物脫離”包括含有少于約30％(干重)化學(xué)前體或其他化合物，少于約20％化學(xué)前體或其他化合物，少于約10％化學(xué)前體或其他化合物或少于約5％化學(xué)前體或其他化合物的多肽制劑。在一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包括由核酸分子編碼的氨基酸序列或其部分或多態(tài)性變體，該核酸分子包括選自圖10所示序列的核苷序列，或這種核酸的補(bǔ)體，或其部分如圖10所示的序列。然而，本發(fā)明的多肽還包括片斷和序列變體。變體包括由有機(jī)體同一遺傳基因座，如等位基因變體編碼的完全同源多肽及其他的剪接變體。變體還包括來源于有機(jī)體的其他遺傳基因座，但與核酸分子編碼的多肽完全同源的多肽，該核酸分子包括選自圖10所示序列的核苷序列或這種序列的補(bǔ)體或其部分或其多態(tài)性變體。變體還包括與這些多肽完全同源或一致但來源于另一有機(jī)體的多肽，如直系同源物。變體還包括與化學(xué)合成的多肽完全同源或一致的多肽。變體還包括與用重組方法生產(chǎn)的這些多肽完全同源或一致的多肽。在本發(fā)明中，當(dāng)這兩個多肽(或該多肽的區(qū)域)完全同源或一致時，其氨基酸序列具有至少約45-55％，在某些具體實(shí)施方案中至少約70-75％，在其他具體實(shí)施方案中至少約80-85％，在其他具體實(shí)施方案中大于90％或更高的同源性或一致性。根據(jù)本發(fā)明，完全同源的氨基酸序列由在具體如上所述的嚴(yán)格條件下與一種或多種圖10所示序列或其部分雜交的核酸分子編碼，或由在具體如上所述的嚴(yán)格條件下與一種圖10所示序列或其部分或其多態(tài)性變體的編碼核酸序列雜交的核酸分子編碼。本發(fā)明還包括具有低程度的一致性，但具有足夠相似性以履行本發(fā)明核酸編碼的多肽所履行的一種或多種相同功能的多肽。可以通過保守氨基酸的取代來測定相似性，其中所給的氨基酸用另一種特征類似的氨基酸取代。保守氨基酸取代可能在表型方面是沉默的。常見的保守取代是脂肪族氨基酸Ala、Val、Leu和Ile間的取代，即用一個取代另一個；羥基殘基Ser和Thr間的互換；酸性殘基Asp和Glu間的交換；氨基殘基Asn和Gln間的替換；堿性殘基Lys和Arg間的交換和芳香族殘基Phe與Tyr間的替換。哪個氨基酸改變可能在表型上沉默的有關(guān)教導(dǎo)見Bowie等，Science2471306-1310(1990)。通過一個或多個取代、缺失、插入、顛倒、融合和截短或其組合，變體多肽在氨基酸序列上可以不同。另外，變體多肽可以具有完全的功能或在一種或多種活性方面缺乏功能。全功能變體一般只含有保守區(qū)或非關(guān)鍵殘基或非關(guān)鍵區(qū)域的變體。功能性變體還可以包括相似氨基酸的取代，該取代不會對功能產(chǎn)生改變或有意義的改變?？蛇x擇地，這種取代可能在一定程度上對功能產(chǎn)生正或負(fù)影響。非功能性變體一般含有一個或多個非保守氨基酸取代、缺失、插入、顛倒或截短，或關(guān)鍵位點(diǎn)或關(guān)鍵區(qū)域的取代、插入、顛倒或缺失。功能必需氨基酸可以用公知方法鑒定，如定點(diǎn)突變或丙氨酸掃描突變(Cunningham等，Science2441082-1185(1989))。后一種方法在所述分子的各個位點(diǎn)引入信號丙氨酸突變，然后測試得到的突變分子的體外生物活性或體外增生活性。多肽活性關(guān)鍵位點(diǎn)也可以通過結(jié)構(gòu)分析來測定，如結(jié)晶、核磁共振或光親和標(biāo)記(Smith等，J.Mol.Biol.224899-904(1992)；deVos等，Science255306-312(1992))。本發(fā)明還包括本發(fā)明的多肽的片斷。片斷可以來源于由包含一種圖10所示序列的核酸分子或這種核酸的補(bǔ)體或其他變體編碼的多肽。然而，本發(fā)明還包括所述的多肽的變體的片斷。在本發(fā)明中，片斷含有至少6個連續(xù)氨基酸。有用的片斷包括保留有所述多肽的一種或多種生物活性的片斷核能用作免疫原以產(chǎn)生多肽特異性抗體的片斷。生物活性片斷(例如6、9、12、15、16、20、30、35、36、37、38、39、40、50、100或更多氨基酸長度的肽)可以含有同公知的方法分析該多肽序列而得到鑒定的區(qū)域、片斷或部分，如信號肽、細(xì)胞外區(qū)域、一個或多個跨膜片斷或環(huán)、配體結(jié)合區(qū)、鋅指區(qū)、DNA結(jié)合區(qū)、?；稽c(diǎn)、糖基化位點(diǎn)或磷酸化位點(diǎn)。片斷可以是離散的(不與其他的氨基酸或多肽結(jié)合)或包含在大的多肽中。另外，幾個片斷可以包含在信號大多肽中。在一具體實(shí)施方案中，設(shè)計來在宿主中表達(dá)的片斷可以具有與該多肽片斷的氨基末端融合的異源多肽原(pre-andpro-polypeptide)區(qū)核與該片斷的羧基末端融合的其他區(qū)。因此，本發(fā)明提供了嵌合的或融合的多肽。這些多肽包括與具有與所述多肽不完全同源的氨基酸序列的異源蛋白或多肽可操作地連接的本發(fā)明的多肽?！翱刹僮鞯剡B接”表明所述多肽與異源蛋白融合在框架中，該異源蛋白可以與所述多肽的N末端或C末端融合。在一具體實(shí)施方案中，該融合多肽并不影響所述多肽本身的功能。例如，該融合多肽可以是GST融合多肽，其中所述多肽序列融合到GST序列的C末端。其他類型的融合多肽包括但不限于酶融合多肽如β-半乳糖苷酶融合體，酵母雙雜合GAL融合體，聚His融合體和Ig融合體。這些融合多肽，特別是聚His融合體有利于重組多肽的純化。在某些宿主細(xì)胞(如哺乳動物宿主細(xì)胞)中，可以利用異源信號序列來增加多肽的表達(dá)和/或分泌。因此，在另一具體實(shí)施方案中，所述融合多肽在其N末端含有異源信號序列。EP-A-O464533揭露了含有免疫球蛋白不變區(qū)的不同部分的融合蛋白。例如，F(xiàn)c在治療和診斷方面是有用的，因此能用于提高藥物動力學(xué)屬性(EP-A0232262)。例如，在藥物研究中，可以將人蛋白與Fc部分融合以用于高通量監(jiān)測測試來鑒定拮抗劑。Bennett等，JournalofMolecularRecognition，852-58(1995)和Johanson等，TheJournalofBiologicalChemistry，270，169459-9471(1995)。因此，本發(fā)明也包括含有本發(fā)明的多肽和不同種免疫球蛋白(IgG、IgM、IgA、IgE)重鏈或輕鏈不變區(qū)的不同部分的可溶性融合多肽。嵌合的或融合的多肽可以用標(biāo)準(zhǔn)重組DNA技術(shù)來制備。例如，可以用常規(guī)技術(shù)將編碼不同多肽序列的DNA片斷結(jié)構(gòu)連接在一起。在其他具體實(shí)施方案重，該融合基因可以通過常規(guī)技術(shù)，包括自動的DNA合成儀來合成?？蛇x擇地，可以利用錨定引物對核酸片斷進(jìn)行PCR擴(kuò)增，該引物在兩相鄰氨基酸片斷間產(chǎn)生互補(bǔ)的粘性末端，接著將該核酸片斷進(jìn)行退火并再擴(kuò)增，從而得到嵌合的核苷酸序列(參見Ausubel等，CurrentProtocolsinMolecularBiology，1992)。而且，已知編碼融合部分(如GSP蛋白)的許多表達(dá)載體可以從商業(yè)途徑買到。編碼本發(fā)明的核酸分子可以克隆到表達(dá)載體中，從而使該融合部分與該多肽結(jié)構(gòu)連接。上述分離的多肽可以從天然表達(dá)該多肽的細(xì)胞，從經(jīng)過改變而表達(dá)該多肽的細(xì)胞(重組體)中純化或用已知的蛋白合成方法合成。在一具體實(shí)施方案中，該多肽用重組DNA技術(shù)制備。例如，將編碼該多肽的核酸分子克隆到表達(dá)載體中，將該表達(dá)載體導(dǎo)入到宿主細(xì)胞中，于是該宿主細(xì)胞表達(dá)該多肽。于是，該多肽可以用標(biāo)準(zhǔn)的蛋白純化技術(shù)通過合適的純化方案而得到分離。本發(fā)明的多肽可以用來產(chǎn)生抗體或誘導(dǎo)免疫反應(yīng)。該多肽還可以在檢測中用作反應(yīng)劑，如標(biāo)記的反應(yīng)劑，以定量檢測生物體液中該多肽或其結(jié)合的分子(如配體)的水平。該多肽還可以用作細(xì)胞或組織標(biāo)記，在該細(xì)胞或組織中，該相應(yīng)多肽優(yōu)先表達(dá)或組成性表達(dá)，在組織分化過程中表達(dá)或在疾病狀態(tài)時表達(dá)。該多肽可以用來分離相應(yīng)的結(jié)合試劑，如配體，例如在相互作用陷阱(interactiontrap)檢測中分離相應(yīng)的結(jié)合試劑以監(jiān)測該結(jié)合反應(yīng)的肽或小分子拮抗劑或激動劑。本發(fā)明的抗體本發(fā)明還提供了多克隆抗體和/或單克隆抗體，該抗體特異地與所述基因或核酸產(chǎn)物的一種形式結(jié)合，而不與該基因或核酸產(chǎn)物的另一種形式結(jié)合。本發(fā)明提供的抗體與含有多態(tài)性位點(diǎn)的變體部分或相關(guān)基因產(chǎn)物結(jié)合。本說明書所用的術(shù)語“抗體”是指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫學(xué)活性部分，如含有與抗議特異性結(jié)合的抗原結(jié)合位點(diǎn)的分子。與本發(fā)明的多肽特異性結(jié)合的分子是與該多肽或其片斷結(jié)合，但不與天然含有所述多肽的樣品，如生物學(xué)樣品中的其他多肽充分結(jié)合的分子。免疫球蛋白分子的免疫活性部分的離子包括F(ab)andF(ab’)2片斷，其可以通過用酶，如胃蛋白酶處理該抗體獲得。本發(fā)明提供了與本發(fā)明的多肽結(jié)合的單克隆和多克隆抗體。在本說明書中，術(shù)語“單克隆抗體”或“單克隆抗體組合物”是指僅含有一種能與本發(fā)明多肽的特定抗原決定基發(fā)生免疫反應(yīng)的抗原結(jié)合位點(diǎn)的抗體分子的集合。因此，單克隆抗體對與其發(fā)生免疫反應(yīng)的本發(fā)明的特定多肽顯示出單一的結(jié)合親和性。利用理想的免疫原，如本發(fā)明的多肽或其片斷免疫合適個體，可以制備如上所述的多克隆抗體。該抗體在免疫個體中的滴度可以用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)實(shí)時監(jiān)測，如利用固定的多肽用酶聯(lián)免疫吸附測試法(ELISA)監(jiān)測。如果需要，可以用公知的技術(shù)，如蛋白A層析將對抗所述多肽的該抗體分子從哺乳動物(從血液中)分離和純化，從而獲得IgG片斷。在免疫后的合適時間，如在該抗體的滴度最高時，從個體中獲取產(chǎn)生抗體的細(xì)胞，并用標(biāo)準(zhǔn)方法制備單克隆抗體，如Kohler和Milstein，Nature256495-497(1975)最初描述的雜交瘤技術(shù)，人B細(xì)胞雜交瘤技術(shù)(Kozbor等，Immunol.Today472(1983))，EBV雜交瘤技術(shù)(Cole等，MonoclonalAntibodiesandCancerTherapy，AlanR.Liss，1985，Inc.，pp.77-96)或trioma技術(shù)。制備雜交瘤的技術(shù)是公知的(通常地參見CurrentProtocolsinImmunology(1994)Coligan等(eds.)JohnWiley&Sons，Inc.，NewYork，NY)。簡要地，將永生細(xì)胞系(一般的骨髓瘤)與來自如上所述用免疫原免疫的哺乳動物的淋巴細(xì)胞(一般的脾細(xì)胞)融合，監(jiān)測產(chǎn)生雜交瘤細(xì)胞的培養(yǎng)基上清，以鑒別產(chǎn)生與本發(fā)明的多肽結(jié)合的單克隆抗體的雜交瘤。許多公知的用來融合淋巴細(xì)胞和永生細(xì)胞系的方案可以用來生產(chǎn)本發(fā)明多肽的單克隆抗體(如參見，CurrentProtocolsinImmunology，supra；Galfre等，Nature26655052(1977)；R.H.Kenneth，inMonoclonalAntibodiesANewDimensionInBiologicalAnalyses，PlenumPublishingCorp.，NewYork，NewYork(1980)；和Lerner，YaleJ.Biol.Med.54387-402(1981))。另外，普通技術(shù)人員可以理解這些方法的許多變體也可使用。可選擇地，為了制備分泌單克隆抗體的雜交瘤，可以通過用所述多肽監(jiān)測重組的組合免疫球蛋白文庫(如抗體噬菌體展示文庫)來鑒別和分離本發(fā)明多肽的單克隆抗體，于是分離出與該多肽結(jié)合的免疫球蛋白文庫成員。制備和監(jiān)測噬菌體展示文庫的工具可以從商業(yè)路徑買到(例如thePharmaciaRecombinantPhageAntibodySystem，CatalogNo.27-9400-01；和theStratageneSurfZAPTMPhageDisplayKit，CatalogNo.240612)。另外，特別適合用來制備和監(jiān)測抗體展示文庫的方法和試劑的例子在下列文獻(xiàn)中可以找到，如美國專利No.5,223,409、PCT公開WO92/18619、WO91/17271、WO92/20791、WO92/15679、WO93/01288、WO92/01047、WO92/09690、WO90/02809，F(xiàn)uchs等，Bio/Technology91370-1372(1991)，Hay等，Hum.Antibod.Hybridomas381-85(1992)，Huse等，Science2461275-1281(1989)；andGriffiths等，EMBOJ.12725-734(1993)。另外，可以用標(biāo)準(zhǔn)的重組DNA技術(shù)制備的重組抗體，如嵌合的和人源化的單克隆抗體，包括人和非人部分，也在本發(fā)明的范圍之內(nèi)。這種嵌合的和人源化的單克隆抗體可以用本領(lǐng)域公知的重組DNA技術(shù)制備。一般地，本發(fā)明的抗體可以用來通過標(biāo)準(zhǔn)方法，如親和層析或免疫沉淀來分離本發(fā)明的多肽。多肽特異性抗體可以促進(jìn)細(xì)胞中的天然多肽和宿主細(xì)胞中表達(dá)的重組產(chǎn)生的多肽的純化。而且，本發(fā)明多肽的特異性抗體可以用來檢測該多肽(如在細(xì)胞裂解液、細(xì)胞上清或組織樣品中)，從而評價該多肽的表達(dá)量和表達(dá)方式?？贵w可以作為臨床測試步驟的一部分而診斷性地用于監(jiān)測組織中的蛋白水平，例如，檢測所給治療方案的效果。該抗體可以與可檢測性物質(zhì)結(jié)合以利于其檢測?？蓹z測性物質(zhì)的例子包括各種酶、輔基、熒光材料、發(fā)光材料、生物發(fā)光材料和放射性材料。合適的酶的例子包括辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶、半乳糖苷酶或乙酰膽堿酯酶。合適的輔基復(fù)合體的例子包括鏈霉親合素/生物素和抗生素蛋白/生物素。合適熒光材料的例子包括7-羥基香豆素、熒光素、熒光素異硫氰酸酯、若丹明、二氯三嗪胺熒光素、丹磺酰氯或藻紅蛋白。發(fā)光材料的例子包括發(fā)光氨。生物發(fā)光材料的例子包括熒光素酶、蟲熒光素和發(fā)光蛋白質(zhì)。合適的放射性材料的例子包括125I、131I、35S或3H。診斷測試本發(fā)明所述的核酸、探針、引物、多肽和抗體可以用在診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性，或SLIT-3相關(guān)不適的方法和試劑盒在(如用于診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性，或SLIT-3相關(guān)不適的試劑盒)中。在一具體實(shí)施方案中，該試劑盒引物含有一種或多種圖11中所鑒定的SNP。在本發(fā)明的一具體實(shí)施方案中，與SLIT-3相關(guān)的不適或疾病的診斷(如II型糖尿病或II型糖尿病易感性的診斷)是通過檢測本發(fā)明所述的SLIT核酸的多態(tài)性來進(jìn)行的。該多態(tài)性可以是SLIT-3核酸中的改變?nèi)鐚?dǎo)致移碼的單個或多個核苷的插入或缺失，使編碼的氨基酸發(fā)生改變的至少一個核苷的改變，產(chǎn)生過早終止密碼子的至少一個核苷的改變，使由該核苷編碼的一個或多個氨基酸缺失的幾個核苷的缺失，導(dǎo)致閱讀框的編碼序列中斷的一個或幾個核苷的插入，如通過不均等重組或基因轉(zhuǎn)換而形成的插入，全部或部分序列的復(fù)制，轉(zhuǎn)移或核苷序列的重排。在單個基因中可以存在多個這種改變，這些序列改變導(dǎo)致SLIT-3核酸編碼的多肽產(chǎn)生差別。例如，如果該差別是移碼改變，那么該差別就可以使編碼的氨基酸發(fā)生改變，和/或產(chǎn)生過早種子密碼子，從而產(chǎn)生截短的多肽。可選擇地，與疾病或不適或SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適的易感性有關(guān)的多態(tài)性可以是一個或多個核苷的同義改變(如不改變SLIT-3核酸編碼的多肽的改變)。這種多態(tài)性可以改變剪接位點(diǎn)，影響mRNA的穩(wěn)定性或轉(zhuǎn)移，或還影響該基因的轉(zhuǎn)錄或翻譯。具有如上所述任何改變或變化的SLIT-3核酸在本說明書中都稱作“改變的核酸分子”。在診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性或其他與SLIT-3基因有關(guān)的疾病或不適的第一方法中，可以使用雜交方法，如Southern分析、Northern分析或原位雜交(見CurrentProtocolsinMolecularBiology，Ausubel，F(xiàn).等，eds，JohnWiley&Sons，includingallsupplementsthrough1999)。例如，從個體(“測試個體”)的基因組DNA、RNA或cDNA中獲得生物學(xué)樣品(“測試樣品”)，如懷疑患有、容易患有或預(yù)計患有、感染了與SLIT-3基因有關(guān)的疾病或不適(如II型糖尿病)或容易患該疾病的個體。該個體可以是成人、兒童或胎兒。該測試樣品可以來源于含有基因組DNA的任何來源，如血液樣品、羊水樣品、腦脊髓液樣品或來自皮膚、肌肉、口腔或結(jié)膜粘膜、胎盤、胃腸到或其他氣管的組織樣品。來自胎兒細(xì)胞或組織的DNA測試樣品可以用合適方法獲得，如通過羊水診斷法或絨毛膜取樣法獲得。然后測定該DNA、RNA或cDNA樣品以檢測存在哪個SLIT-3編碼的剪接變體。通過將基因組DNA、RNA或cDNA與核酸探針雜交來顯示存在所述多態(tài)性或剪接變體。在本說明書中，“核酸探針”可以是DNA探針或RNA探針，該核酸探針可以含有，如SLIT-3核酸中的至少一種多態(tài)性(如圖11所示)和/或含有編碼SLIT-3核酸的特定剪接變體的核酸。該探針可以是如上所述的任何核酸分子(如基因或核酸、片斷、含有該基因或核酸的載體、探針或引物等)。為了診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性或其他與SLIT-3有關(guān)的不適，通過將含有SLIT-3核酸的測試樣品與至少一種核酸探針接觸而形成雜交樣品。用于檢測mRNA或基因組DNA的優(yōu)選探針是標(biāo)記的能與本發(fā)明所述的mRNA或基因組DNA雜交的核酸探針。例如，該核酸探針是全長的核酸分子或其部分，如具有至少15、30、50、100、250或500個核苷長度并在嚴(yán)格條件下與合適mRNA或基因組DNA特異性雜交的核苷酸。例如該核酸可以是圖10所示的一種序列的全部或部分或其補(bǔ)體或其部分。適于在本發(fā)明的診斷檢測中使用的探針如上所述(參見，例如標(biāo)題為“本發(fā)明的核酸”的部分所討論的探針和引物)。在允許上述核酸探針與SLIT-3核酸特異性雜交的條件下，上述雜交樣品仍然存在。本說明書所用的“特異性雜交”表示精確雜交(如沒有錯配)。特異性雜交可以在高度嚴(yán)格條件或中度嚴(yán)格條件下進(jìn)行，例如如上所述的條件。在特別優(yōu)選的具體實(shí)施方案中，特異性雜交的雜交條件是高度嚴(yán)格的。如果存在，那么就用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)檢測特異性雜交。如果在所述測試樣品中特異性雜交發(fā)生在上述核酸探針和SLIT-3核酸間，那么該SLIT-3就具有多態(tài)性或是該核酸探針中存在的剪接變體。在這個方法中還可以同時使用多個核酸探針。任何該核酸探針的特異性雜交都顯示了該SLIT-3核酸中的多態(tài)性，或存在SLIT-3核酸編碼的特定剪接變體，因此診斷出SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)的易感性。在Northern分析(見CurrentProtocolsinMolecularBiology，Ausubel，F(xiàn).等，eds.，JohnWiley&Sons，見上文)中，用如上所述的雜交方法來鑒定與SLIT-3相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)易感性有關(guān)的多態(tài)性或特定剪接變體。為了進(jìn)行Northern分析，用合適方法從個體中獲得RNA的測試樣品。如上所述，核酸探針與個體的RNA的特異性雜交顯示SLIT-3核酸中的多態(tài)性或存在SLIT-3核酸編碼的特定剪接變體，因此診斷出SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)的易感性。使用核酸探針的代表性例子見，如美國專利No.5,288,611和4,851,330?？蛇x擇地，可以用肽核酸(PNA)來代替如上所述雜交方法中的核酸探針。PNA是模擬DNA，具有類肽、無機(jī)骨架如N-(2-氨乙基)甘氨酸，及通過羰基連接與甘氨酸氮連接的有機(jī)堿基(A、G、C、T或U)(參見，例如Nielsen，P.E.等，BioconjugateChemistry5，AmericanChemicalSociety，p.1(1994))。經(jīng)過設(shè)計該P(yáng)NA探針可以特異性地與具有多態(tài)性的基因雜交，該多態(tài)性與SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)的易感性有關(guān)。通過該P(yáng)NA探針與SLIT-3基因的雜交診斷出II型糖尿病或II型糖尿病的易感性或與SLIT-3核酸有關(guān)的不適。在本發(fā)明的另一方法中，如果基因中的改變(突變)或多態(tài)性導(dǎo)致限制性位點(diǎn)的產(chǎn)生或喪失，那么就可以通過限制性消化來進(jìn)行改變分析以檢測含有多態(tài)性的該改變基因。從個體中獲得含有基因組DNA的測試樣品，用聚合酶鏈反應(yīng)來擴(kuò)增的SLIT-3核酸(和如果需要，該側(cè)翼序列)，該SLIT-3核酸來自測試個體的基因組DNA的測試樣品。根據(jù)描述進(jìn)行RFLP分子(參見CurrentProtocolsinMolecularBiology，見上文)。該相關(guān)DNA片斷的消化方式表明在SLIT-3核酸中存在改變或多態(tài)性，并因此顯示了存在II型糖尿病或與SLIT-3核酸相關(guān)疾病的易感性。還可以用序列分析來檢測SLIT-3核酸中的特異性多肽。從測試個體中獲取DNA或RNA測試樣品，如果需要，用PCR或其他合適方法擴(kuò)增基因或核酸，和/或其側(cè)翼序列。用標(biāo)準(zhǔn)方法測定SLIT-3核酸或該核酸的片斷，或cDNA或該cDNA的片斷，或mRNA或該mRNA的片斷的序列，將該核酸序列、核酸片斷、cDNA、cDNA片斷、mRNA、mRNA片斷與該基因、cDNA(如一種或多種圖10拾的序列，或其補(bǔ)體或合適時的mRNA)的核酸序列相比較。SLIT-3中多態(tài)性的存在表明該個體患有II型糖尿病或II型糖尿病的易感性。通過將擴(kuò)增核苷酸的打點(diǎn)雜交法與等位基因特異的寡核苷酸探針法一起使用，等位基因特異的寡核苷酸也可用于檢測SLIT-3中多態(tài)性的存在(參見，例如Saiki，R.等，Nature324163-166(1986))。“等位基因特異的核苷酸”(在本說明書中也稱“等位特異的核苷酸探針”)是大約1-50個堿基對，優(yōu)選為約15-30個堿基對的核苷酸，該核苷酸與SLIT-3核酸特異性雜交，含有與SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適的易感性有關(guān)的多態(tài)性?？梢杂脴?biāo)準(zhǔn)方法制備特異于SLIT-3核酸中的具體多態(tài)性的等位基因特異性核苷酸探針(見CurrentProtocolsinMolecularBiology，見上文)。為了鑒定與SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適，或SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適易感性有關(guān)的基因中的多態(tài)性，從個體中獲取DNA測試樣品，用PCR擴(kuò)增SLIT-3核酸的全長或片斷和其側(cè)翼序列。用標(biāo)準(zhǔn)方法(見CurrentProtocolsinMolecularBiology，見上文)對含有該擴(kuò)增SLIT-3核酸的DNA(該基因或核酸的片斷)進(jìn)行打點(diǎn)雜交，將該點(diǎn)與所述的核苷酸探針接觸，然后檢測該探針與該擴(kuò)增的SLIT-3核酸發(fā)生的特異性雜交的存在。等位基因特異性核苷酸探針與來自個體的DNA的雜交表明了SLIT-3核酸中的多態(tài)性，因此診斷出SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)的易感性。本發(fā)明還提供了與含有單個核苷多態(tài)性的基因或核酸的參考或變體等位基因，或其補(bǔ)體雜交的等位基因特異性核苷酸。這些核苷酸可以是探針或引物。等位基因特異性引物與靶DNA上的位點(diǎn)雜交，該靶DNA包括多態(tài)性和唯一的等位基因形式的引物擴(kuò)增，對于該等位基因該引物表現(xiàn)出完美的互補(bǔ)性。參見Gibbs，NucleicAcidRes.17，2427-2448(1989)。這個引物用來與在末端位點(diǎn)發(fā)生雜交的第二引物結(jié)合。用這兩個引物進(jìn)行擴(kuò)增，得到可檢測的產(chǎn)物，其顯示出存在所述特定等位基因形式。通常地，用第二引物對作對照，其中一個在多態(tài)性位點(diǎn)表現(xiàn)出單個堿基錯配，另一個與末端表現(xiàn)出完美的互補(bǔ)性。該單個堿基錯配阻止了擴(kuò)增，沒有可檢測產(chǎn)品形成。該方法在所述錯配位于具有多態(tài)性的該核苷酸的3’most位置(3′-mostposition)時表現(xiàn)最好，因?yàn)樵撐恢檬且镅由熳顡u擺的位置(參見，例如WO93/22456)。另外，將這些類似物作為鎖定核酸(lockednucleicacids，LNA)，引物和探針的大小可以減少到8個堿基。LNA是新類型的雙環(huán)DNA類似物，其中的呋喃糖環(huán)在2’和4’位置通過O-亞甲基(氧-LNA)、S-亞甲基(硫-LNA)或氨基亞甲基(氨基-LNA)部分發(fā)生連接。所有這些LNA變體的共同點(diǎn)是對互補(bǔ)核酸的親和性，該親和性是至今為止已報道的DNA類似物中最高的。例如，特別地，當(dāng)分別與互補(bǔ)的DNA或RNA形成復(fù)合體時，所有的氧-LAN九聚體的熔點(diǎn)都分別為64℃和74℃，而DNA和RNA與相應(yīng)的DNA九聚體的熔點(diǎn)為28℃。當(dāng)LNA在與標(biāo)準(zhǔn)DNA或RNA九聚體結(jié)合時，Tm也顯著升高。對于引物和探針，根據(jù)LNA九聚體的位置(如3′末端，5′末端或中間)，該Tm也顯著升高。在另一具體實(shí)施方案中，與來自個體的靶核酸序列互補(bǔ)的寡核苷酸探針的陣列可以用來鑒定SLIT-3核酸中的多態(tài)性。例如，在一具體實(shí)施方案中，可以使用寡核苷酸陣列。寡核苷酸陣列一般含有多種不同的核苷酸探針，該探針在不同的已知位置與基質(zhì)表明結(jié)合。這些寡寡核苷酸陣列也稱作“GenechipsTM”，在本領(lǐng)域有一般性描述，如美國專利No.5,143,854和PCT專利公開No.WO90/15070和92/10092。一般地，這些陣列可以用機(jī)械合成方法或光指導(dǎo)的合成方法來制備，該光指導(dǎo)的合成方法包括照相平版印刷方法和固相寡核苷酸合成方法的組合物。見Fodor等，Science251767-777(1991)、Pirrung等的美國專利No.5,143,854(也可參見PCT申請WO90/15070)和Fodor等的PCT公開WO92/10092和美國專利No.5,424,186。在此所引用的這些文獻(xiàn)的所有教導(dǎo)都引為參考。用機(jī)械合成方法合成這些陣列的方法見如美國專利No.5,384,261的描述，在此所引用的該文獻(xiàn)的所有教導(dǎo)引為參考。在另一實(shí)施例中，使用線形陣列。一旦制備了寡核苷酸陣列，就可以用該陣列來雜交有益核酸和掃描多態(tài)性。雜交和掃描一般用本發(fā)明所述的方法進(jìn)行，另外可參考，如公開的PCT申請WO92/10092和WO95/11995，和美國專利No.5,424,186。在此所引用文獻(xiàn)的全文引為參考。簡要地，用已知擴(kuò)增方法，如PCR來擴(kuò)增含有一個或多各前述多態(tài)性標(biāo)記的靶核酸序列。這一般需要使用與該多態(tài)性兩條鏈靶序列的上游和下游序列互補(bǔ)的引物序列?？梢允褂貌粚ΨQPCR技術(shù)，然后將一般含有標(biāo)記的擴(kuò)增靶在合適條件下與該陣列雜交。在完成雜交并洗脫該陣列后，掃描該陣列以檢測其上該靶序列雜交的位置。通過該掃描獲得的雜交數(shù)據(jù)一般是熒光強(qiáng)度的形式，表示該陣列上的功能位置。雖然對信號檢測塊，如用于檢測信號多態(tài)性的檢測板進(jìn)行了主要的描述，但是陣列可以包括多個檢測塊，因此能夠分析多種特定的多態(tài)性。在可選擇性排列中，一般能夠理解可檢測塊可以聚集在單個陣列或多個、獨(dú)立的陳列中，因而在靶與該陣列雜交過程中可以使用不同的、優(yōu)化的條件。例如，從富A-T片斷的那些多態(tài)性中分別檢測出基因組序列的富G-C部分中的那些多態(tài)性是理想的。這樣就可以分辨出每種情況下的最佳雜交條件。用于多態(tài)性檢測的寡核苷酸陣列的其他用途在下列文獻(xiàn)中可以發(fā)現(xiàn)，如美國專利No.5,858,659和5,837,832，在此全文引為參考。可以用其他核酸分析方法來檢測II型糖尿病基因或由II型糖尿病基因編碼的變體中的多態(tài)性。代表性方法包括直接人工測序(Church和Gilbert，Proc.Natl.Acad.Sci.USA811991-1995(1988)；Sanger，F(xiàn).等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA745463-5467(1977)；Beavis等的美國專利No.5,288,644)；自動熒光測序；單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析(SSCP)；持續(xù)變性凝膠電泳(CDGE)；變性梯度膠凝電泳(DGGE)(Sheffield，V.C.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA86232-236(1989))；遷移率變化分析(Orita，M.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA862766-2770(1989))，限制性酶切分析(Flavell等，Cell1525(1978)；Geever，等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA785081(1981))；異源雙鏈分析；化學(xué)錯配切割法(CMC)(Cotton等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA854397-4401(1985))；核糖核酸內(nèi)切酶保護(hù)分析(Myers，R.M.等，Science2301242(1985))；使用識別核苷錯配的多肽，如大腸桿菌mutS蛋白、等位基因特異性PCR。在本發(fā)明的一具體實(shí)施方案中，SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)或SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適易感性的診斷可以通過由定量PCR(熱動力循環(huán))進(jìn)行的表達(dá)分析來進(jìn)行。該技術(shù)使用TaqMan，可以用來鑒定多態(tài)性和病人是純合的還是異合的。該技術(shù)可以檢測SLIT-3核酸編碼的多肽或SLIT-3核酸編碼的剪接變體的表達(dá)或組成中存在的熱動力學(xué)循環(huán)改變。該變體的表達(dá)可以量化為物理或功能上的差別。在本發(fā)明的另一具體實(shí)施方案中，II型糖尿病或II型糖尿病易感性或與SLIT-3基因有關(guān)的不適可以通過用不同方法檢測SLIT-3多肽的表達(dá)和/或組成來實(shí)現(xiàn)，所述方法包括酶聯(lián)免疫吸附測試(ELISA)、Western印跡、免疫沉淀和免疫熒光。檢測個體的測試樣品中存在的SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)和/或組分方面的改變，或存在的SLIT-3核酸編碼的特定變體。SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)的改變可以是，如表達(dá)的多肽量的改變(如產(chǎn)生的多肽的量)；SLIT-3核酸編碼的具體組成的改變是表達(dá)的多肽性質(zhì)的改變(如表達(dá)改變的SLIT-3多肽或不同剪接變體)。在優(yōu)選具體實(shí)施方案中，SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適或SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適易感性的診斷可以通過檢測SLIT-3核酸編碼的特定剪接變體或剪接變體的特定圖案來實(shí)現(xiàn)。這兩種改變(數(shù)量和性質(zhì))都可以存在。在本說明書中，在多肽表達(dá)或組成方面的術(shù)語“改變”是指測試樣品中的表達(dá)或組成與對照樣品中SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成相比較發(fā)生了改變。對照樣品是與該測試樣品相對應(yīng)的樣品(如來源于同一類型的細(xì)胞)，來自于不受SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適易感性影響的個體。與對照樣品相比較，在測試樣品中該多肽在表達(dá)或組成上的改變表明易感染SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適。相似地，在該測試樣品中存在一個或多個不同剪接變體，或在該測試樣品中存在與對照樣品相比量明顯不同的不同剪接變體，表明患有SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適，或易患SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適。檢測SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成可以用不同方法，包括光譜法、比色法、電泳、等電聚焦電泳和免疫測定(如David等的美國專利No.4,376,110)如免疫著色(還可參見CurrentProtocolsinMolecularBiology，特別是Chapter10)。例如，在一具體實(shí)施方案中，可以使用能與該多肽結(jié)合(如上所述)的抗體，優(yōu)選為帶有可檢測性標(biāo)記的個體?？贵w可以是多克隆的，或更優(yōu)選地單克隆的。可以使用完整的抗體或其片斷(如Fab或F(ab’)2)。與探針或抗體有關(guān)的該術(shù)語“標(biāo)記的”傾向于包括通過可檢測性物質(zhì)與其結(jié)合(如物理連接)而直接標(biāo)記的探針或抗體，及通過與另一種直接標(biāo)記的試劑反應(yīng)而間接標(biāo)記的探針或抗體。間接標(biāo)記的例子包括利用熒光標(biāo)記的次級抗體和末端標(biāo)記的DNA探針與生物素來檢測主要抗體，于是用熒光標(biāo)記的鏈親和素(streptavidin)可以將該標(biāo)記檢測出來。利用如上所述的與改變了的SLIT-3核酸(例如，如圖11所示的具有一個或多肽改變的SLIT-3核酸)編碼的多肽特異性結(jié)合的抗體，或與未改變的核酸編碼的多肽特異性結(jié)合的抗體，或與核酸編碼的特定剪接變體特異性結(jié)合的抗體，可以使用Western印跡分析來鑒定測試樣品中存在特定剪接變體或多態(tài)性的或改變了的SLIT-3核酸編碼的多肽，或測試樣品中不存在特定剪接變體或非多態(tài)性的或未改變的SLIT-3核酸編碼的多肽。多態(tài)性的或改變了的SLIT-3核酸編碼的多肽的存在，或非多態(tài)性的或未改變的SLIT-3核酸編碼的多肽的不存在可診斷SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適或SLIT-3核酸相關(guān)疾病(如II型糖尿病)或不適易感性，SLIT-3核酸編碼的特定剪接變體的存在(或不存在)也同樣。這個方法的一具體實(shí)施方案中，將測試樣品中SLIT-3核酸編碼的多肽的水平或量與對照樣品中SLIT-3核酸編碼的多肽的水平或量相比較。如果在測試樣品中該多肽的水平或量比對照樣品中的該多肽的水平或量或高或低且該差別具有統(tǒng)計學(xué)意義，那么，該多肽的水平或量就顯示出SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)發(fā)生了改變，并且能用于診斷SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適或SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)易感性?？蛇x擇地，將樣品中SLIT-3核酸編碼的多肽的組分與對照樣品(如存在不同剪接變體)中SLIT-3核酸編碼的核酸的組分進(jìn)行比較。如對照樣品中的該多肽的組分相比，在測試樣品中該多肽的組分上的不同顯示出SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適或SLIT-3相關(guān)疾病或不適(如II型糖尿病)易感性。在另一具體實(shí)施方案中，可以檢測測試樣品和對照樣品中的該多肽的水平或量和組成。與對照樣品相比較測試樣品中的多肽的量或水平上的不同，與對照樣品相比較測試樣品中組分方面的不同，或在量或水平方面和組成方面多不同，顯示了SLIT-3核酸相關(guān)疾病或SLIT-3核酸相關(guān)疾病易感性。本發(fā)明還涉及到通過鑒定危險單元型來診斷或鑒定個體II型糖尿病易感性的方法。本說明書所述的“單元型”是指遺傳標(biāo)記(“等位基因”)，如圖11所示的那些遺傳標(biāo)記的組合。在某一具體實(shí)施方案中，該單體可以含有一個或多個等位基因，兩個或多個等位基因，三個或多個等位基因，四個或多個等位基因或五個或多個等位基因。具體地，該遺傳標(biāo)記是SLIT-3相關(guān)的“多態(tài)位點(diǎn)”處的“等位基因”。多個序列可能會聚集(包括天然聚集或合成性聚集，如合成的分子文庫)在一起的位置在此稱為“多態(tài)位點(diǎn)”。如果多態(tài)位點(diǎn)是單個核酸長度，那么該位點(diǎn)就稱為單一核苷多態(tài)性(“SNP”)。例如，如果在具體的染色體位置，聚集體的一個成員含有腺嘌呤，而同一位置的該聚集體的另一成員含有胸腺嘧啶，那么這個位置就是多態(tài)位點(diǎn)。而且更特別地，該多肽位點(diǎn)是SNP。由于取代、插入或缺失，多肽位點(diǎn)的序列可以不同。該多肽位點(diǎn)的每一種序列在此稱為該多肽位點(diǎn)的“等位基因”。因此，在前述實(shí)施例種，該SNP可以既可以是腺嘌呤等位基因，也可以是胸腺嘧啶等位基因。一般地，參考序列稱作具體序列，不同與該參考序列的等位基因稱作“變體”等位基因。例如，該參考的SLIT-3序列是本發(fā)明所描述的SEQIDNO1(圖1)，本說明書所述的“變體SLIT-3”是指不同于SEQIDNO1，但在其他方面基本相似的序列。由本發(fā)明所述的單元型構(gòu)成的遺傳標(biāo)記是SLIT-3變體。其他變體可以含有影響多肽，如SLIT-3多肽的改變。如果與參考核苷序列比較，這些序列差別可以包括導(dǎo)致移碼的單個或多個核苷的插入或缺失，使編碼的氨基酸發(fā)生改變的至少一個核苷的改變，產(chǎn)生過早終止密碼子的至少一個核苷的改變，使由該核苷編碼的一個或多個氨基酸缺失的幾個核苷的缺失，導(dǎo)致閱讀框的編碼序列中斷的一個或幾個核苷的插入，如通過不均等重組或基因轉(zhuǎn)換而形成的插入，全部或部分序列的復(fù)制，轉(zhuǎn)移或核苷序列的重排，具體如上所述。這些序列改變改變了SLIT-3核酸編碼的多肽。例如，如果該核酸的改變導(dǎo)致了移碼，那么該移碼就會使編碼的氨基酸發(fā)生改變，和/或?qū)е庐a(chǎn)生過早終止密碼子，導(dǎo)致產(chǎn)生截短的多肽。可選擇地，與II型糖尿病或II型糖尿病易感性有關(guān)的多態(tài)性可以是一個或多個核苷的同義改變(即不會導(dǎo)致氨基酸序列發(fā)生改變的改變)。例如，這種多態(tài)現(xiàn)象可以改變剪接位點(diǎn)，影響mRNA的穩(wěn)定性或運(yùn)輸，或者影響所述多肽的轉(zhuǎn)錄或翻譯。由該參考核苷序列編碼的多肽是“參考”多肽，其編碼特定的參考氨基酸序列，由變體等位基因編碼的多肽稱作“變體”多肽，其編碼變體氨基酸序列。單元型是遺傳標(biāo)記的組合，如多態(tài)位點(diǎn)處的特定等位基因的組合。在本發(fā)明中描述的單元型，如表2和5所示的單元型，發(fā)現(xiàn)在患有II型糖尿病的個體中出現(xiàn)的頻率比未患II型糖尿病的個體中要高。因此，這些單元型對于檢測個體的II型糖尿病或II型糖尿病易感性具有預(yù)測價值。本發(fā)明所述的單元型是不同遺傳標(biāo)記，如SNP和微衛(wèi)星的組合，因此可以通過已知方法檢測多態(tài)位點(diǎn)處的序列來檢測單元型，如上文所述的方法。在說明書所述的某些方法中，具有患II型糖尿病風(fēng)險的個體是鑒別其中含有危險單元型的個體。在一具體實(shí)施方案中，該危險單元型是產(chǎn)生II型糖尿病顯著風(fēng)險的單元型。在一具體實(shí)施方案中，與單元型有關(guān)的顯著性用幾率表示。在另一具體實(shí)施方案中，該顯著性通過百分率表示。在一具體實(shí)施方案中，顯著性風(fēng)險的幾率為至少約1.2，包括但不限于1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8和1.9。在另一具體實(shí)施方案中，幾率至少約為1.2是顯著的。在另一具體實(shí)施方案中，幾率至少約為1.5是顯著的。在另一具體實(shí)施方案中，幾率至少約為1.7是顯著的。在另一具體實(shí)施方案中，危險的顯著性增加至少約為20％，包括但不限于25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％和98％。在另一具體實(shí)施方案中，危險的顯著性增加至少約50％。但是能夠理解，鑒別危險在醫(yī)學(xué)上是否有意義還依賴于各種因素，包括具體的疾病，單元性和經(jīng)常地依賴于環(huán)境因素。本發(fā)明還涉及診斷個體II型糖尿病或II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測SLIT-3核酸中的危險單元型，與健康個體(對照)中其存在的頻率相比較，該單元型在II型糖尿病易感性(受影響的)個體中存在的頻率更高。其中該單元型的存在表明患有II型糖尿病或易患II型糖尿病。可以使用用于基因型以鑒定與II型糖尿病有關(guān)的SNP和/或微衛(wèi)星標(biāo)記的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，如基于熒光的技術(shù)(Chen，等，GenomeRes.9，492(1999)、PCR、LCR、槽式PCR(NestedPCR)和其他核酸擴(kuò)增技術(shù)。在優(yōu)選具體實(shí)施方案中，該方法包括檢測個體SLIT-3核酸中與II型糖尿病有關(guān)的SNP和/或微衛(wèi)星的存在和頻率，其中，與健康對照個體相比所述SNP和/或微衛(wèi)星具有過高或較高的頻率表明個體患有II型糖尿病或易患II型糖尿病。見4圖11的SNP和標(biāo)記，其含有可以用作監(jiān)測工具的單元型。再參見圖11，其顯示了用于檢測II型糖尿病或II型糖尿病易感性的診斷測試裝置的SNP和標(biāo)記。例如，危險單元型包括如圖11所示的微衛(wèi)星標(biāo)記和/或SNP。該單元型的存在表明患有II型糖尿病或易患II型糖尿病。單元型分析包括用LOD值來鑒別候選的敏感性基因座，然后用微衛(wèi)星標(biāo)記以少于100kb的標(biāo)記平均間隔對該鑒別區(qū)域精細(xì)作圖?？梢允褂迷诠矓?shù)據(jù)庫中能發(fā)現(xiàn)并映射在該區(qū)域中的所有可用標(biāo)記。另外，還可以使用在人基因組中裝配的解碼遺傳序列中鑒別出的微衛(wèi)星標(biāo)記。用最大期望運(yùn)算法則(expectation-maximizationalgorithm)可以估算病人和對照組的單元型頻率(DempsterA.等，1977.J.R.Stat.Soc.B，391-389)。在零假設(shè)值的情況下，患者和對照推定為具有一致序列。使用可能的方法，在可選擇的假設(shè)值的情況下，含有本發(fā)明所述標(biāo)記的候選危險單元型在患者中可以比在對照中具有更高的頻率，而其它單元型在兩個測試組中推定為一樣。在假設(shè)值和相應(yīng)的1-df可能性比率下可能性分別達(dá)到最大化，利用統(tǒng)計學(xué)來評價該統(tǒng)計學(xué)意義。為了在1-loddrop中尋找危險單元型，例如，研究基因型標(biāo)記的所有組合的關(guān)系，表明這些標(biāo)記位于特定的區(qū)域?？梢匀我獾貙⒔M合的患者和對照組分成兩個系列，其大小與最初的患者和對照是一樣的。然后重復(fù)該單元型分析，測定產(chǎn)生的最顯著的p值。這種隨機(jī)選擇方案可以重復(fù)進(jìn)行，例如重復(fù)100次以形成p值的經(jīng)驗(yàn)性分布。在表2中所定義的單元型(定義為A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4和B5的單元型)或表5中所定義的單元型(定義為C1、C2、C3、C4和C5的單元型)與II型糖尿病或II型糖尿病易感性有關(guān)。在某些具體實(shí)施方案中，與II型糖尿病或II型糖尿病易感性有關(guān)的單元型包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S879、DG5S881、D5S2075、DG5S883、DG5S38；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S1058和DG5S37；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S1058、DG5S37、DG5S101；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、DG5S1058、D5S2075、DG5S883、DG5S38；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S879、DG5S1058、DG5S37；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、D5S2075、DG5S883、DG5S38；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S953、DG5S955、DG5S13、DG5S959；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S888和DG5S953；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S953、DG5S955、DG5S124；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S888、DG5S44、DG5S953；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S953、DG5S955、DG5S13、DG5S123、DG5S959；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、SLT_90256、SLT_89801、SLT_8967、SLT_278；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、SLT_89801、DG5S1645、SLT_8967、SLT_278；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、SLT_89801、DG5S1645、SLT_8967、SLT_8778；包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、SLT_90256、SLT_89801、SLT_8967、SLT_8778或包括基因座5q35處的標(biāo)記DG5S881、rs297898、SLT_89801、DG5S1645、SLT_8967。上述單元型的存在能診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性。在特別的具體實(shí)施方案中，如下單元型的存在能診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性DG5S879，DG5S881，D5S2075，DG5S883，DG5S38處的單元型0，4，-4，0，4；DG5S1058和DG5S37處的單元型4，-6；DG5S1058，DG5S37，DG5S101處的單元型4，-6，0；DG5S881，DG5S1058，D5S2075，DG5S883，DG5S38處的單元型4，4，-4，0，4；DG5S879，DG5S1058，DG5S37處的單元型0，4，-6；DG5S881，D5S2075，DG5S883，DG5S38處的單元型4，-4，0，4；DG5S953，DG5S955，DG5S13，DG5S959處的單元型0，0，0，5；DG5S888和DG5S953處的單元型27，0；DG5S953，DG5S955，DG5S124處的單元型0，0，4；DG5S888，DG5S44，DG5S953處的單元型27，0，0；DG5S953，DG5S955，DG5S13，DG5S123，DG5S959處的單元型0，0，0，0，5；DG5S881，SLT_90256，SLT_89801，SLT_8967，SLT_278處的單元型4，G，G，C，G；DG5S881，SLT_89801，DG5S1645，SLT_8967，SLT_278處的單元型4，G，0，C，G；DG5S881，SLT_89801，DG5S1645，SLT_8967，SLT_8778處的單元型4，G，0，C，T；DG5S881，SLT_90256，SLT_89801，SLT_8967，SLT_8778處的單元型4，G，G，C，T；DG5S881，rs297898，SLT_89801，DG5S1645，SLT_8967處的單元型4，T，G，0，C。在另一具體實(shí)施方案中，上述危險基因型用有意義的標(biāo)記和SNP單元型來表征，該標(biāo)記和單元型可以通過如下微衛(wèi)星標(biāo)記和SNP來定義表2和/或表5的基因型中所述的一個或多個標(biāo)記，和/或表4中所列的一個或多個標(biāo)記。這些標(biāo)記和SNP代表了能用于進(jìn)行診斷性測試以檢測II型糖尿病或II型糖尿病易感性的危險單元型。在另一具體實(shí)施方案中，所述危險單元型是存在的如圖11所示的多態(tài)現(xiàn)象。該SNP用圖11所示的位置表征，于是顯示處所述等位基因。用于診斷方法的工具(如試劑盒)包括本說明書所述的任何方法中的有用組分，例如包括，本說明書所述的雜交探針或引物(如標(biāo)記的探針或引物)，檢測標(biāo)記分子的試劑，限制性沒(如用于RELP分析的酶)，等位基因特異性寡核苷酸，與改變了的或未改變的(天然的)SLIT-3多肽結(jié)合的抗體，擴(kuò)增核酸，如SLIT-3的裝置，或分析SLIT-3核酸的核酸序列或分析本說明書所述的SLIT-3多肽的氨基酸序列的裝置等。在一具體實(shí)施方案中，該用于診斷II型糖尿病或II型糖尿病易感性的工具可以含有用于擴(kuò)增SLIT-3核酸區(qū)域的引物，該區(qū)域是在患有II型糖尿病或易患II型糖尿病的個體中出現(xiàn)頻率較高的危險單元型。所述引物可以用表示患有II型糖尿病的核酸側(cè)翼SNP部分來設(shè)計。在某一具體實(shí)施方案中，該引物設(shè)計來擴(kuò)增與II型糖尿病危險單元型有關(guān)的SLIT基因的區(qū)域，如圖11所示，或更特別地，擴(kuò)增含有下列標(biāo)記和SNP的單元型在基因座5q35處，表2和/或表5的基因型中列出的一個或多個標(biāo)記，和/或表4中所列的一個或多個標(biāo)記。監(jiān)測檢測法和由此鑒定的試劑本發(fā)明提供了鑒定與本發(fā)明核酸雜交的核苷的存在和鑒定本發(fā)明核酸編碼的多肽的存在的方法(也稱“監(jiān)測檢測法”)。在一具體實(shí)施方案中，樣品中目標(biāo)核酸分子(如與本發(fā)明的核酸具有相當(dāng)同源性的核酸)的存在可以通過在如上所述的嚴(yán)格條件下將所述樣品與含有本發(fā)明核酸(如具有圖10所示的一種序列的核酸或其補(bǔ)體，或編碼具有圖10所示的一種序列的氨基酸的核酸或該核酸的片斷或變體)的核酸接觸。然后檢測樣品中是否存在(或不存在)雜交。在一具體實(shí)施方案中，高度嚴(yán)格條件是進(jìn)行選擇性雜交的合適調(diào)節(jié)。在另一具體實(shí)施方案中，將含有目標(biāo)核酸分子的樣品與含有連續(xù)核苷序列的至少部分與該目標(biāo)核酸分子(如SLIT-3核酸)的部分互補(bǔ)的核酸分子(例如如上所述的引物或探針)接觸，然后檢測該接觸樣品是否存在或不存在雜交。在另一具體實(shí)施方案中，含有連續(xù)核苷序列的核酸完全與該目標(biāo)核酸分子的部分互補(bǔ)。在這些具體實(shí)施方案中，在進(jìn)行雜交前可以對所述目標(biāo)核酸的全部或部分進(jìn)行擴(kuò)增。在另一具體實(shí)施方案中，目標(biāo)多肽，如本發(fā)明的多肽或其片斷或變體在樣品中的存在可以通過將該樣品與抗體接觸來檢測，其中該抗體特異性地與該目標(biāo)多肽雜交(如上文所述的那些抗體)。然后檢測該接觸樣品是否存在(不存在)與該目標(biāo)多肽結(jié)合的抗體。在另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了鑒定試劑(如融合蛋白、多肽、多肽模擬物、前藥、受體、結(jié)合試劑、抗體、小分子或其它藥物、或改變(如提高或降低)本發(fā)明所述多肽活性的核酶，或與本發(fā)明所述多肽發(fā)生反應(yīng)的核酶)。例如，這些試劑可以是與本發(fā)明所述的多肽結(jié)合的試劑(如SLIT-3結(jié)合劑)；對于諸如本發(fā)明的多肽的活性具有刺激或抑制效果的試劑；或改變(如提高或抑制)本發(fā)明的所述多肽與SLIT-3結(jié)合劑(如受體或其他結(jié)合劑)發(fā)生反應(yīng)的能力的試劑；或改變SLIT-3多肽的翻譯后加工的試劑。如改變蛋白水解過程從而指導(dǎo)多肽從其正常合成位點(diǎn)轉(zhuǎn)移到細(xì)胞中的其他位置，如細(xì)胞表明的試劑，改變蛋白水解過程從而使更多多肽從所述細(xì)胞中釋放的試劑等。在一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了檢測方法用于監(jiān)測與本發(fā)明所述的多肽結(jié)合或調(diào)節(jié)本發(fā)明多肽活性(或其生物學(xué)活性部分)的候選或測試試劑?？梢允褂帽绢I(lǐng)域公知的組合文庫方法方面獲得測試試劑，這些方法包括生物學(xué)文庫、空間可選址的并行固相或液相文庫、需要去卷積的合成文庫方法、“一珠一化合物”文庫方法、利用親和層析篩選的合成文庫方法。該生物學(xué)文庫方法并不限于多肽文庫，而且另外四種方法也可用于多肽、非多肽寡聚體或化合物的小分子文庫(Lam，K.S.，AnticancerDrugDes.12145(1997))。在一具體實(shí)施方案中，為了鑒定改變SLIT-3多肽活性的試劑，將細(xì)胞，細(xì)胞裂解物，或含有或表達(dá)SLIT-3多肽的溶液，或SLIT-3核酸編碼的另一剪接變體(如含有一種或多種如圖11所示的多肽的核酸)，或其片斷或衍生物(如上文所述)與待測試劑接觸?？蛇x擇地，可以將該多肽直接與待測試劑接觸。檢測SLIT-3活性的水平(量)(如直接或剪接檢測SLIT-3活性的水平(量)，與對照中的活性的水平相比較(如SLIT-3多肽或其活性片斷或衍生物在不存在待測試劑的情況下的活性水平)。如果在存在所述試劑的情況下的活性水平不同于存在該試劑的情況下的水平，且該差別量是具有統(tǒng)計學(xué)意義的，那么該試劑就是能改變SLIT-3多肽活性的試劑。相對于對照SLIT-3活性水平的增加表明該試劑是提高SLIT-3活性的試劑(是促進(jìn)劑)。相似地，相對于對照SLIT-3活性水平的降低表明該試劑是抑制SLIT-3活性的試劑(是拮抗劑)。在另一具體實(shí)施方案中，在所述試劑存在的情況下測試SLIT-3多肽或其衍生物或片斷的活性水平，將其與預(yù)先測得的對照水平相比較。所述試劑存在的情況下活性水平與對照水平相差的量具有統(tǒng)計學(xué)意義，就表明該試劑能改變SLIT-3活性。本發(fā)明還涉及到檢測方法用于鑒定改變SLIT-3核酸(如反義核酸、融合蛋白、多肽、多肽模擬物、前藥、受體、結(jié)合劑、抗體、小分子或其他藥物，或核酶)的表達(dá)的試劑，該試劑改變(提高或降低)所述基因的表達(dá)(如翻譯或轉(zhuǎn)錄)或與本發(fā)明所述的核酸反應(yīng)，以及可以該檢測方法鑒定的試劑。例如，可以將含有編碼SLIT-3多肽的核酸(如SLIT-3核酸)的溶液與待測試劑接觸。該溶液可以包括，如含有所述核酸的細(xì)胞或含有該核酸的細(xì)胞裂解液?？蛇x擇地，該溶液可以是含有所述核酸轉(zhuǎn)錄/翻譯必需元件的另一種溶液。如果需要，還可以使用在溶液中不懸浮的細(xì)胞。檢測SLIT-3表達(dá)的水平和/或模式(如mRNA或表達(dá)的蛋白的水平和/或模式，如不同剪接變體的水平和/或模式)，將其與對照中的表達(dá)水平和/或模式(如在不存在所述待測試劑的情況下SLIT-3的表達(dá)水平和/或模式)進(jìn)行比較。如果在存在該試劑的情況下的水平和/或模式不同與在不存在該試劑的情況下的水平和/或模式，且該差別的量或方式具有統(tǒng)計學(xué)意義，那么該試劑就是能改變II型糖尿病基因表達(dá)的試劑。SLIT-3表達(dá)提高表明該試劑是SLIT-3活性的激動劑，相似地，SLIT-3表達(dá)抑制表明該試劑是SLIT-3活性的拮抗劑。在另一具體實(shí)施方案中，測試SLIT-3多肽(如不同剪接變體)在存在所述待測試劑的情況下的水平和/或模式，將其與預(yù)先測定的對照水平和/或模式比較。在存在該試劑的情況下的水平和/或模式與對照水平和/或模式相差的量或方式具有統(tǒng)計學(xué)意義，就表明該試劑能改變SLIT-3的表達(dá)。在本發(fā)明的另一具體實(shí)施方案中，可以用細(xì)胞，細(xì)胞裂解物，或含有與報道基因可操作連接的編碼SLIT-3核酸啟動子區(qū)核酸的溶液來鑒定試劑，該試劑能改變SLIT-3核酸的表達(dá)或與本發(fā)明所述的核酸發(fā)生反應(yīng)。在與待測試劑接觸后，檢測報道基因的表達(dá)水平(如mRNA或表達(dá)的蛋白的水平)，將其與對照中的表達(dá)水平(如在存在待測試劑的情況下報道基因的表達(dá)水平)相比較。如果在存在該試劑的情況下的水平不同于在不存在該試劑的情況下的水平，且相差的量或方式具有統(tǒng)計學(xué)意義，這就表明其具有改變與SLIT-3核酸啟動子可操作性連接的基因的表達(dá)。該報道就有表達(dá)的提高表明該試劑是SLIT-3激動劑，相似地，該報道基因表達(dá)受到抑制表明該試劑是SLIT-3是拮抗劑。在另一具體實(shí)施方案中，在存在所述試劑的情況下測試該報道基因的表達(dá)水平，將其與預(yù)先測定的對照的水平相比較。在存在該試劑的情況下不同于對照的水平，且相差的量或方式具有統(tǒng)計學(xué)意義，就表明該試劑改變表達(dá)。用如上所述的那些方法可以容易地鑒定能改變SLIT-3核酸編碼的不同剪接變體的試劑(如提高第一剪接變體活性的試劑和抑制第二剪接變體活性的試劑)，和促進(jìn)第一剪接變體和抑制第二剪接變體的試劑。在本發(fā)明的其他具體方案中，使用檢測方法來檢測測試試劑對SLIT-3結(jié)合試劑相關(guān)多肽的活性的影響。例如，在存在測試試劑的情況下將細(xì)胞與SLIT-3接觸，該細(xì)胞表達(dá)與SLIT-3多肽發(fā)生反應(yīng)的化合物(在本說明書中稱作“SLIT-3結(jié)合劑”，其可以是多肽或其他與SLIT-3多肽發(fā)生反應(yīng)的分子，如受體)。檢測該測試試劑改變SLIT-3與SLIT-3結(jié)合劑間的相互反應(yīng)的能力。可選擇地，可以使用細(xì)胞裂解物或含有該SLIT-3結(jié)合劑的溶液。通過干擾或提高SLIT-3與SLIT-3結(jié)合劑間結(jié)合而連接或發(fā)生反應(yīng)的能力，能與SLIT-3或SLIT-3結(jié)合劑的試劑可以改變該相互反應(yīng)。測定該測試試劑與SLIT-3多肽或SLIT-3結(jié)合劑結(jié)合的能力，例如將該測試試劑與放射性同位素或酶標(biāo)記結(jié)合，從而使該測試試劑與該多肽的結(jié)合可以通過直接或間接檢測125I、35S、14C或3H標(biāo)記和放射性同位素來進(jìn)行，其中放射性同位素可以通過放射性發(fā)射的直接計數(shù)或發(fā)光計數(shù)得到檢測。可選擇地，測試試劑可以用如辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶或熒光素酶來酶標(biāo)記，通過檢測合適底物向產(chǎn)物的轉(zhuǎn)化來檢測該酶標(biāo)記。檢測測試試劑與不含任何相互作用標(biāo)記的多肽互相反應(yīng)的能力也在本發(fā)明的范圍之內(nèi)。例如，可以用細(xì)胞傳感儀來檢測測試試劑與不帶該測試試劑標(biāo)記的SLIT-3核酸或不帶該測試試劑標(biāo)記的SLIT-3結(jié)合劑、SLIT-3核酸或SLIT-3結(jié)合劑的相互反應(yīng)。McConnell，H.M.等，Science2571906-1912(1992)。在說明書中，“細(xì)胞傳感儀”(如CytosensorTM)是一種分析儀器，其利用光尋址電位傳感器(LAPS)該測量細(xì)胞酸化其環(huán)境的速率。該酸化速率的改變可以用來作為配體和多肽間的相互反應(yīng)的顯示因子。因此，這些受體可以用來監(jiān)測是激動劑或拮抗劑的化合物，從而用來治療與SLIT-3基因有關(guān)的疾病或不適，或治療與SLIT-3基因有關(guān)的疾病或不適(如II型糖尿病)的易感性。可以設(shè)計藥物來調(diào)節(jié)SLIT-3的作用，因而可以用來調(diào)節(jié)信號途徑和基因下游的轉(zhuǎn)錄事件，或改變蛋白或多肽與SLIT-3間的相互反應(yīng)。在本發(fā)明的另一具體實(shí)施方案中，可以用檢測方法來鑒定與本發(fā)明所述的一種或多種SLIT-3多肽發(fā)生反應(yīng)的多肽，如Fields和Song描述的酵母菌雙雜合系統(tǒng)(Fields，S和Song，O.，Nature340245-246(1989))可以用來鑒定與一種或多種SLIT-3多肽發(fā)生反應(yīng)的多肽。在這種酵母雙雜合系統(tǒng)中，基于轉(zhuǎn)錄因子的易變性構(gòu)建載體，該轉(zhuǎn)錄因子具有兩功能區(qū)(DNA結(jié)合區(qū)和轉(zhuǎn)錄激活區(qū))。如果該兩區(qū)域是分離的，但融合在能彼此反應(yīng)的兩個不同蛋白中，那么就能實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄激活，且可以用特定標(biāo)記的轉(zhuǎn)錄(如營養(yǎng)標(biāo)記，如His和Ade，或顏色標(biāo)記如LacZ)來鑒定反應(yīng)和轉(zhuǎn)錄激活的存在。例如，在本發(fā)明的方法中，使用的第一載體含有編碼DNA結(jié)合區(qū)和SLIT-3多肽的核酸、剪接變體或其片斷或衍生物；使用的第二載體含有編碼轉(zhuǎn)錄激活區(qū)的核酸和編碼可以潛在地與SLIT-3多肽反應(yīng)的多肽的核酸、剪接變體或其片斷或衍生物(如SLIT-3多肽結(jié)合劑或受體)。在合適條件(如雜交條件，如Clontech所用的MatchmakerTM系統(tǒng)使用的條件(PaloAlto，California，USA))下培養(yǎng)含有第一載體和第二載體的酵母，從而鑒定表明目的標(biāo)記的克隆?？梢詸z測這些克隆來鑒定與SLIT-3多肽或其片斷或衍生物發(fā)生反應(yīng)的多肽。這些多肽可以用作改變?nèi)缟纤龅腟LIT-3多肽表達(dá)的試劑。在本發(fā)明的以上檢測方法的多個具體實(shí)施方案中，為了便于將復(fù)合形式的與非復(fù)合形式的一種或兩種該多肽分離和實(shí)現(xiàn)所述測試的自動化，將SLIT-3核酸、SLIT-3結(jié)合劑或該檢測的其他組分固定在固相支持物上是理想的。在存在或不存在測試試劑的情況下，測試試劑與多肽的結(jié)合或該多肽與結(jié)合劑的相互反應(yīng)可以在任何含有反應(yīng)劑的容器中進(jìn)行。這些容器的例子包括微滴定盤(microtitreplates)、測試試管和微離心管。在一具體實(shí)施方案中，提供了融合蛋白(如谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶融合蛋白)，其增加了一區(qū)域，從而使SLIT-3核酸或SLIT-3結(jié)合劑結(jié)合到基質(zhì)或其他固相支持物上。在另一具體實(shí)施方案中，在一方法中鑒定了本發(fā)明核酸分子的表達(dá)調(diào)節(jié)子，其中將細(xì)胞、細(xì)胞裂解物或含有編碼SLIT-3的核酸的溶液與測試試劑接觸，檢測該細(xì)胞、細(xì)胞裂解物或溶液中合適mRNA或多肽(如剪接變體)的表達(dá)。將在存在所述檢測試劑的情況下合適mRNA或多肽的表達(dá)水平與在不存在該試劑的情況下mRNA或多肽的表達(dá)水平相比較，然后，基于該比較鑒定該測試試劑是否使表達(dá)的調(diào)節(jié)子。例如，如果在存在比在不存在該測試試劑的情況下mRNA或多肽的表達(dá)要高(具有統(tǒng)計學(xué)意義的高)，那么該測試試劑就是mRNA或多肽表達(dá)的刺激因子或增強(qiáng)子?？蛇x擇地，如果在存在比在不存在該測試試劑的情況下mRNA或多肽的表達(dá)要少(具有統(tǒng)計學(xué)意義的少)，那么該測試試劑就是mRNA或多肽表達(dá)的抑制因子。mRNA或多肽的表達(dá)水平可以用本發(fā)明所述的檢測mRNA或多肽的方法來檢測。本發(fā)明還涉及用上述監(jiān)測測試方法鑒定的新試劑，進(jìn)一步地將本發(fā)明的所述試劑用于合適的動物模型包含在本發(fā)明的范圍之內(nèi)。例如，可以將本發(fā)明所述的試劑(如是調(diào)節(jié)劑、翻譯核酸分子、特異性抗體或多肽結(jié)合劑的測試試劑)用于動物模型以檢測用該試劑治療的效果、毒性或副作用?？蛇x擇地，本發(fā)明所鑒定的試劑可以用于動物模型以測定這種試劑的作用機(jī)制。而且，本發(fā)明涉及用上述監(jiān)測檢測方法鑒定的新試劑用于本發(fā)明所述的治療的用途，及制備用于治療，如本發(fā)明所述的治療的藥物的用途。另外，通過將所述多肽或核酸(或?qū)⒑性摱嚯幕蛟摵怂岬募?xì)胞)與本發(fā)明所鑒定的試劑接觸，本發(fā)明所鑒定的該試劑可以用來改變SLIT-3核酸編碼的多肽的活性，或改變SLIT-3核酸的表達(dá)。藥物組合物本發(fā)明還涉及到藥物組合物，該藥物組合物含有本發(fā)明所述的核酸，特別是編碼本發(fā)明所述多肽的核苷；含有本發(fā)明所述的多肽和/或含有SLIT-3核酸編碼的其他剪接變體；和/或改變(提高或抑制)SLIT-3表達(dá)或SLIT-3多肽活性的本發(fā)明所述的變體。例如，可以將多肽、蛋白(如SLIT-3核酸受體)、改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑或SLIT-3結(jié)合劑或結(jié)合輔劑、片斷、融合蛋白或其前藥，或核苷或含有本發(fā)明核苷的核酸構(gòu)建體(載體)，或改變SLIT-3多肽活性的試劑與生理學(xué)上可接受的載體或賦形劑組合來制備藥物組合物。該載體和組合物可以經(jīng)過消毒，其配方適于給藥方式。合適的藥物學(xué)可接受的載體包括但不限于水，鹽溶液(如NaCl)，生理鹽水，緩沖鹽，酒精，丙三醇，乙醇，阿拉伯膠，植物油，芐基乙醇，聚乙二醇，白明膠，碳水化合物如乳糖、多糖或淀粉、葡萄糖，硬脂酸鎂，滑石粉，硅酸，粘性石蠟，香水油，脂肪酸酯，羥甲基纖維素，聚乙烯吡咯烷酮等及其組合。如果需要，該藥物制劑可以與輔劑混合，如潤滑劑、防腐劑、穩(wěn)定劑、潤濕劑、乳化劑、影響滲透壓的鹽、緩沖液、著色劑、風(fēng)味劑和/或芳香物質(zhì)等，這些物質(zhì)不會損害該活性試劑。如果需要，上述組合物可以含有微量的潤濕劑或乳化劑，或pH緩沖劑。該組合物可以是液態(tài)溶液、懸浮液、乳液、片劑、丸劑、膠囊、穩(wěn)定釋放劑或粉末。該組合物可以與額外的結(jié)合劑和載體，如甘油三酸酯配制成栓劑?？诜苿┛梢院袠?biāo)準(zhǔn)載體，如藥物學(xué)等級的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸鎂、聚乙烯吡咯烷酮、糖精鈉、纖維素、碳酸鎂等。上述這些組合物的導(dǎo)入方法包括但不限于皮內(nèi)、肌肉內(nèi)、腹膜內(nèi)、眼內(nèi)、靜脈內(nèi)、皮下、局部、口服和鼻內(nèi)。其他合適的導(dǎo)入方法還包括基因治療(如下文所述)、可充電的可或生物降解的裝置。本發(fā)明的該藥物組合物還可以作為組合治療的一部分與其他試劑一起給藥。根據(jù)給藥路徑，可以將上述組合物配制成適于向人給藥的藥物組合物形式。例如，用于靜脈內(nèi)給藥的組合物一般是溶于無菌的等滲水緩沖液的溶液。如果必需，該組合物還可以含有增溶劑和局部麻醉劑以減輕注射位點(diǎn)的疼痛。一般地，其組分以單位劑量的形式單獨(dú)或混合地提供，例如，密封在密封容器，如能夠顯示活性試劑量的安瓿或sachette中的凍干粉末或無水濃縮物。如果該組合物是通過灌輸給藥，那么其就可以分散在灌輸瓶中，該瓶中裝有無菌的藥物學(xué)等級的水、鹽或葡萄糖/水。如果該組合物是通過注射給藥，那么可以提供用于注射的一次針劑用量的水或生理鹽水。為了局部應(yīng)用，可以使用非噴霧形式和含有局部應(yīng)用相容性載體且動力學(xué)粘性優(yōu)選大于水的固態(tài)或半固的態(tài)粘性形式。合適的制劑包括但不限于溶液、懸液、乳劑、膏劑、藥膏、粉末、灌腸劑、洗劑、溶膠、擦劑、軟膏、氣霧劑等。如果需要，可以將這些制劑進(jìn)行消毒或與其他輔劑，如防腐劑、穩(wěn)定劑、潤濕劑、影響滲透壓的緩沖液或鹽等混合。所述試劑可以制成化妝品制劑。為了局部應(yīng)用，可噴霧的氣霧劑也是合適的，其中的活性成分優(yōu)選與固態(tài)或液態(tài)的惰性載體材料結(jié)合并包裝在擠壓瓶中或與加壓揮發(fā)物，通常為氣體推進(jìn)劑，如加壓的空氣混合。本發(fā)明所述的試劑可以支持中性或鹽的形式。藥物學(xué)上可接受的鹽包括形成游離氨基，如來源于鹽酸、磷酸、乙酸、草酸、酒石酸的氨基的鹽；形成羧基，如來源于鈉、鉀、鈣、氫氧化鐵、異丙胺、三乙胺、2-乙胺乙醇、組氨酸、普魯卡因等的羧基的鹽。上述試劑以藥物學(xué)有效量給藥。該試劑在治療具體疾病或不適上的藥物學(xué)有效量根據(jù)該疾病或不適的性質(zhì)的不同而不同，用標(biāo)準(zhǔn)的臨床技術(shù)可以進(jìn)行測定。另外，可以任選地用體內(nèi)或體外測試來幫助鑒定優(yōu)選的劑量范圍。在所述制劑中使用的準(zhǔn)確劑量還依賴于給藥路徑和疾病癥狀的嚴(yán)重程度，應(yīng)該根據(jù)醫(yī)生的教導(dǎo)和各個病人的情況來決定。有效劑量可以用劑量反應(yīng)曲線來推導(dǎo)，該曲線從體外或動物模型測試系統(tǒng)中獲得。本發(fā)明還提供了含有一個或多個裝有本發(fā)明的一種或多種藥物組合成分的容器的藥物包或試劑盒。任選地，對于這種容器，需要注意的是使用或銷售藥物學(xué)或生物學(xué)產(chǎn)品要以政府機(jī)構(gòu)規(guī)定的制造形式，這些形式得到制造機(jī)構(gòu)的認(rèn)可，可以使用或銷售而用于人給藥。該包或試劑盒標(biāo)記有關(guān)于給藥方式、給藥順序(如獨(dú)立給藥、相繼給藥或同時給藥)等的信息。該包或試劑盒還可以包括提醒病人接受治療的裝置。該包或試劑盒可以是單位劑量的組合治療或是多個單位劑量。具體地，該試劑在任何組合中可以是獨(dú)立的、混合的，存在于單個瓶或面板中。將試劑包裝在泡狀包裝盒或其他分散裝置中是優(yōu)選的。為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的目的，單位劑量是指依賴于各個試劑的獨(dú)立藥效學(xué)的劑量，其在標(biāo)準(zhǔn)的時間周期以FDA允許的劑量給藥。治療方法本發(fā)明還涉及到治療(預(yù)防性或治療性)與SLIT-3有關(guān)或與Roundabout或Robo家族有關(guān)的某些疾病和不適的方法。該家族包括多肽(如robo1、robo2和rig1)和與SLIT-3或Robo家族成員發(fā)生的相互反應(yīng)有關(guān)的其他分子。本發(fā)明還涉及到多肽和與SLIT-3或Robo家族成員發(fā)生的相互反應(yīng)有關(guān)的其他分子用于制備藥物，如治療與本發(fā)明所述的SLIT-3或Roundabout或Robo家族成員有關(guān)的某些疾病和不適的藥物的用途。具體地，本發(fā)明涉及使用II型糖尿病治療試劑來治療II型糖尿病或II型糖尿病易感性的方法?！癐I型糖尿病治療性試劑“是如本發(fā)明所述改變SLIT-3多肽活性和/或SLIT-3核酸表達(dá)的試劑(如II型糖尿病核酸激動劑或拮抗劑)。在某些具體實(shí)施方案中，該II型糖尿病治療性試劑改變SLIT-3或Robo受體機(jī)組成員的活性和/或核酸表達(dá)，或改變SLIT-3和Robo家族成員間的相互反應(yīng)。II型糖尿病治療性試劑可以通過各種方法改變SLIT-3多肽活性或核酸表達(dá)，例如通過提供額外的SLIT-3多肽或Robo家族多肽，或通過上調(diào)SLIT-3核酸或編碼Robo家族成員多肽的核酸的翻譯或轉(zhuǎn)錄，或通過改變SLIT-3多肽或Robo家族多肽的翻譯后加工，或通過改變SLIT-3或Robo機(jī)組剪接變體的轉(zhuǎn)錄，或通過干擾SLIT-3多肽活性(如與SLIT-3多肽結(jié)合)，或通過結(jié)合另一種與Robo家族相互反應(yīng)的多肽，通過改變(如下調(diào))SLIT-3核酸的翻譯、轉(zhuǎn)錄或翻譯，通過改變SLIT-3核酸與robo家族成員間的相互反應(yīng)(如SLIT-3與一種或多種Robo家族成員，如robo1受體、robo2受體和rig-1受體間發(fā)生相互反應(yīng))，或通過改變(促進(jìn)或拮抗)robo家族成員的活性。代表性的II型糖尿病治療性試劑包括本發(fā)明所述的核酸或其片斷或衍生物，特別是編碼本發(fā)所述多肽的核苷和含有該核酸的載體(如基因、cDNA和/或mRNA，如編碼SLIT-3多肽的核酸或其活性片斷或衍生物，或寡核苷酸，或其補(bǔ)體或其片斷或衍生物，和/或II型糖尿病核酸編碼的其他剪接變體或其片斷或衍生物)；編碼Robo家族成員的核酸，或其片斷或衍生物，包括編碼robo1、robo2或rig-1或Robo家族多肽的核酸，和含有該核酸的載體(如基因、核酸、cDNA和/或mRNA，或編碼活性片斷的核酸或其衍生物或寡核苷酸)；本發(fā)明所述的多肽和/或SLIT-3核酸編碼的剪接變體或其片斷或衍生物；Robo家族成員(robo1)的基因編碼的多肽或其片斷或衍生物；其他多肽(如SLIT-3受體，Robo家族受體，如robo1受體、robo2受體和rig-1)；SLIT-3結(jié)合劑；Robo家族的結(jié)合劑，或影響(如提高或降低)Robo家族成員的活性的結(jié)合劑；抗體，如改變了的SLIT-3多肽的抗體，或未改變的SLIT-3多肽的抗體，或如上所述的SLIT-3核酸編碼的特定剪接變體的抗體，或Robo家族成員的抗體，如改變了的robo1多肽的抗體或未改變的robo1多肽的抗體，或robo1的特定剪接變體的抗體；多肽模擬物，其融合蛋白或前藥(prodrugs)，核酶，其他小分子；和改變(如提高或抑制)SLIT-3核酸或Robo家族成員的表達(dá)或多肽活性的其他試劑，或調(diào)節(jié)SLIT-3剪接變體或Robo家族多肽變體的轉(zhuǎn)錄的試劑(如影響表達(dá)的剪接變體或影響表達(dá)的各個剪接變體的量的試劑)。如果需要，可以同時使用多種II型糖尿病治療性試劑。用是核酸的II型糖尿病核酸治療性試劑來治療II型糖尿病或治療II型糖尿病易感性。在本說明書中使用的“治療”不僅是指改善與疾病或不適有關(guān)的癥狀，還指預(yù)防或延遲該疾病或不適的發(fā)作和減輕該疾病或不適的癥狀的嚴(yán)重性或頻率。設(shè)計該治療方法來改變(如抑制或提高)、替換或補(bǔ)充個體SLIT-3多肽或Robo家族多肽的活性。例如，可以用II型糖尿病治療性試劑給藥來上調(diào)或提高SLIT-3核酸或SLIT-3核酸的特定剪接變體的表達(dá)或有效性，或相反地，下調(diào)或降低SLIT-3核酸或SLIT-3核酸的特定剪接變體的表達(dá)或有效性。上調(diào)或提高SLIT-3核酸或SLIT-3核酸的特定剪接變體的表達(dá)或有效性能干擾或彌補(bǔ)缺陷基因或另一剪接變體的表達(dá)或活性，下調(diào)或降低SLIT-3核酸或SLIT-3核酸的特定剪接變體的表達(dá)或有效性能減少缺陷基因或另一剪接變體的表達(dá)或活性，從而減少缺陷基因或特定接變體的影響。相似地，例如，可以用II型糖尿病治療性試劑給藥來上調(diào)或提高編碼Robo家族成員的核酸或Robo家族成員的剪接變體的表達(dá)或有效性，或相反地，下調(diào)或降低編碼Robo家族成員的核酸或編碼Robo家族成員的核酸的剪接變體的表達(dá)或有效性。上述II型糖尿病治療性試劑以治療有效量給藥(足夠治療疾病，如改善與該疾病有關(guān)的癥狀、預(yù)防或延遲該疾病的發(fā)作和/或還減輕該疾病癥狀的嚴(yán)重性或頻率的量)。在治療特定個體的疾病或不適中，治療有效量依賴于該疾病的癥狀和嚴(yán)重性，其可以用標(biāo)準(zhǔn)的臨床技術(shù)來測量。另外，可以任選地用體內(nèi)或體外測試來幫助鑒定最佳的劑量范圍。在所述制劑中使用的準(zhǔn)確劑量還依賴于給藥路徑和疾病癥狀的嚴(yán)重程度，應(yīng)該根據(jù)醫(yī)生的教導(dǎo)和各個病人的情況來決定。有效劑量可以用劑量反應(yīng)曲線來推導(dǎo)，該曲線從體外或動物模型測試系統(tǒng)中獲得。在一具體實(shí)施方案中，可以使用本發(fā)明的核酸(如編碼SLIT-3多肽的核酸，如圖10所示的一種序列，或其補(bǔ)體；或編碼SLIT-3多肽的核酸或剪接變體，其衍生物或片斷)，包括單獨(dú)使用或以如上文所述的藥物組合物形式使用。例如，SLIT-3基因或核酸或編碼SLIT-3多肽的cDNA(自身或包含在載體中)可以導(dǎo)入到細(xì)胞中(體內(nèi)或體外)，從而使細(xì)胞產(chǎn)生天然的SLIT-3多肽。如果必需，可以將轉(zhuǎn)化了該基因或cDNA或含有該基因、核酸或cDNA的載體的細(xì)胞導(dǎo)入到受所述疾病影響的個體。因此，可以構(gòu)建細(xì)胞來表達(dá)SLIT-3多肽或該SLIT-3多肽(或SLIT-3多肽的不同變體)的活性片斷，該細(xì)胞天然缺乏天然SLIT-3表達(dá)和活性，或具有改變了的SLIT-3表達(dá)或活性，或具有疾病相關(guān)SLIT-3剪接變體的表達(dá)。在某些具體實(shí)施方案中，編碼SLIT-3多肽的核酸，或其活性片斷或衍生物可以導(dǎo)入到表達(dá)載體，如病毒載體中，該載體可以導(dǎo)入到動物的合適細(xì)胞中?？梢允褂闷渌蜣D(zhuǎn)化系統(tǒng)，包括病毒和非病毒轉(zhuǎn)化系統(tǒng)?？蛇x擇地，還可以使用非病毒基因轉(zhuǎn)化方法，如磷酸鈣共沉淀、機(jī)械技術(shù)(如微注射)、通過脂質(zhì)體進(jìn)行的膜融合介導(dǎo)轉(zhuǎn)化或直接的DNA吸收。在另一具體實(shí)施方案中，可以使用編碼Robo家族多肽的核酸，或剪接變體或其衍生物或片斷，單獨(dú)使用或以如上所述的藥物組合物使用。例如，該核酸(自身或包含在載體中)可以導(dǎo)入到細(xì)胞中(體內(nèi)或體外)，從而使該細(xì)胞產(chǎn)生天然Robo家族多肽。如果必需，已經(jīng)轉(zhuǎn)化了該基因或cDNA或含有該基因、核酸或cDNA的載體的細(xì)胞可以導(dǎo)入(再導(dǎo)入)到受所述疾病影響的個體中。于是，可以構(gòu)建細(xì)胞來表達(dá)Robo家族多肽或該Robo家族多肽(或Robo家族多肽的不同變體)的活性片斷，該細(xì)胞天然缺乏天然Robo家族多肽表達(dá)和活性，或具有改變了的Robo家族多肽表達(dá)或活性，或具有疾病相關(guān)Robo家族多肽剪接變體的表達(dá)。在某些具體實(shí)施方案中，編碼Robo家族多肽的核酸，或其活性片斷或衍生物可以導(dǎo)入到表達(dá)載體，如病毒載體中，該載體可以導(dǎo)入到動物的合適細(xì)胞中。可以使用其他基因轉(zhuǎn)化系統(tǒng)，包括病毒和非病毒轉(zhuǎn)化系統(tǒng)?？蛇x擇地，在本發(fā)明的另一具體實(shí)施方案中，本發(fā)明的核酸，與本發(fā)明的核酸互補(bǔ)的核酸，或這種核酸的部分(如下文所述的寡核苷酸)，或編碼Robo家族成員的核酸可以用于“反義”治療，其中給藥并原位產(chǎn)生與II型糖尿病基因的mRNA和/或基因組DNA特異性雜交的核酸(如寡核苷酸)。與mRNA和/或DNA特異性雜交的反義核酸抑制SLIT-3多肽的表達(dá)，如通過抑制翻譯和/或轉(zhuǎn)錄來抑制。通過常規(guī)的堿基對互補(bǔ)可以結(jié)合反義核酸，或例如在DNA雙鏈結(jié)合的情況下通過在雙螺旋主溝內(nèi)的特定相互反應(yīng)來結(jié)合。本發(fā)明的反義構(gòu)建體可以運(yùn)輸，例如作為如上所述的表達(dá)質(zhì)粒運(yùn)輸。當(dāng)該治療在細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄時，其產(chǎn)生RNA，該RNA互補(bǔ)于編碼SLIT-3多肽或Robo家族多肽的部分mRNA和/或DNA?？蛇x擇地，該反義構(gòu)建體可以是寡核苷酸探針，其在體外產(chǎn)生并導(dǎo)入到細(xì)胞中，然后其通過與所述多肽的mRNA和/或基因組DNA雜交來抑制表達(dá)。在一具體實(shí)施方案中，該寡核苷酸探針是修飾了的寡核苷酸，其對內(nèi)源核酸酶，如核酸外切酶和/或核酸內(nèi)切酶具有抗性，因此在體內(nèi)穩(wěn)定。用作反義寡核苷酸的核酸分子的例子是DNA的氨基磷酸酯、磷酸巰基酯(phosphothioate)和甲基磷酸酯(還可以參見美國專利No.5,176,996、5,264,564和5,256,775)。另外，構(gòu)建用于反義治療的寡聚體的常用方法也有描述，如VanderKrol等(Biotechniques6958-976(1988))；andStein等(CancerRes.482659-2668(1988))的描述。對于反義DNA，來源于翻譯起始位點(diǎn)的寡脫氧核苷酸是優(yōu)選的。為了進(jìn)行反義治療，將寡核苷酸(mRNA、cDNA或DNA)設(shè)計成與編碼SLIT-3的mRNA互補(bǔ)。該反義寡核苷酸與SLIT-3mRNA副本結(jié)合并阻止翻譯。并不需要絕對的互補(bǔ)，雖然這樣是優(yōu)選的。如本說明書所述，與部分RNA“互補(bǔ)的”序列表示具有足夠的互補(bǔ)性而能與RNA雜交形成穩(wěn)定二聚體的序列。因此，對于雙鏈反義核酸，可以測定該二聚體DNA中的單鏈，或測定三聚體形式中的單鏈。雜交的能力既依賴于互補(bǔ)的程度，還依賴于如上所詳細(xì)描述的反義核酸的長度。一般來說，雜交的核酸越長，其就含有越多的堿基與RNA錯配并形成穩(wěn)定的二聚體(或三聚體，有些情況下可能)。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通過使用常規(guī)方法能得知錯配的耐受程度。用于反義治療的寡核苷酸可以是DNA、RNA或其嵌合的混合物或衍生物或修飾物，單鏈或雙鏈。例如，該寡核苷酸可以在堿基部分、糖基部分或磷酸骨架上修飾，從而提高該分子、雜交體等的穩(wěn)定性。該寡核苷酸可以含有其他輔助基團(tuán)，如多肽(如用于宿主細(xì)胞受體體內(nèi)定位的多肽)或有利于跨細(xì)胞膜轉(zhuǎn)運(yùn)的試劑(參見如，Letsinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA866553-6556(1989)；Lemaitre等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA84648-652(1987)；PCT國際公開No.WO88/09810)，或血腦屏障(blood-brainbarrier)(參見例如，PCT國際公開No.WO89/10134)，或引發(fā)雜交的剪切試劑(hybridization-triggeredcleavageagents)(參見例如，Krol等，BioTechniques6958-976(1988))或插入試劑(參見例如，Zon，Pharm.Res.5539-549(1988))。最終，該寡核苷酸可以與另一分子(如肽、引發(fā)雜交的交聯(lián)試劑、轉(zhuǎn)運(yùn)試劑、引發(fā)雜交的剪切試劑)結(jié)合。將該反義分子轉(zhuǎn)移到體內(nèi)表達(dá)SLIT-3的細(xì)胞中。將反義DNA或RNA轉(zhuǎn)移到細(xì)胞中可以使用許多方法，如可以將反義分子直接注射到組織位點(diǎn)，或?qū)⒎戳x分子設(shè)計為以目標(biāo)細(xì)胞靶向而將該修飾的反義分子(如，與特異性結(jié)合靶細(xì)胞表面表達(dá)的受體或抗原的肽或抗體結(jié)合的反義分子)系統(tǒng)性地給藥?？蛇x擇地，在優(yōu)選具體實(shí)施方案中，使用重組DNA構(gòu)建體，其中該反義寡核苷酸置于強(qiáng)啟動子(如polIII或polII)的控制之下。用這種構(gòu)建體轉(zhuǎn)染病人的鈀細(xì)胞，而使足夠兩的單鏈RNA得到轉(zhuǎn)錄，該單鏈RNA與內(nèi)源SLIT-3副本形成互補(bǔ)堿基對，因而阻止SLIT-3mRNA的翻譯。例如，可以向體內(nèi)導(dǎo)入載體，經(jīng)細(xì)胞吸收并指導(dǎo)反義RNA的轉(zhuǎn)錄。這種質(zhì)?？梢砸恢笔怯坞x的或整合道染色體中，只要其能轉(zhuǎn)錄而產(chǎn)生目標(biāo)反義RNA。可以用本領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)的和如上所述的重組DNA技術(shù)來構(gòu)建這些載體。例如，質(zhì)粒、粘粒、YAC或病毒載體可以用來制備直接導(dǎo)入的組織位點(diǎn)的重組DNA構(gòu)建體。可選擇地，可以使用能選擇性感染目標(biāo)組織的病毒載體。在該情況下，可以通過另一途徑(如系統(tǒng)性地)進(jìn)行給藥。利用定向同源重組技術(shù)滅活或“敲除”所述基因、核酸或其啟動子可以減少內(nèi)源SLIT-3或Robo家族多肽的表達(dá)(例如，參見Smithies等，Nature317230-234(1985)；Thomas&Capecchi，Cell51503-512(1987)；Thompson等，Cell5313-321(1989))。例如，可以使用改變了的、非功能性基因或核酸(或完全不相關(guān)的DNA序列)來體內(nèi)轉(zhuǎn)染表達(dá)該基因或核酸的細(xì)胞，該基因或核酸側(cè)翼連接了與該內(nèi)源基因或核酸(該核酸的編碼區(qū)或調(diào)節(jié)區(qū))同源的DNA，含有或不含有可選擇性標(biāo)記和/或陰性可選擇性標(biāo)記。通過定向同源重組插入該DNA構(gòu)建體，從而使該基因或核酸失活?？梢灾苯咏o藥該重組DNA構(gòu)建體或使用如上所述的合適載體將其定向給藥到體內(nèi)需要的位點(diǎn)?？蛇x擇地，可以用相似的方法來提高未改變的基因或核酸的表達(dá)可以使用定向同源重組來插入DNA構(gòu)建體，該構(gòu)建體含有未改變的功能性基因或核酸，如具有如10所示之一序列的核酸，或其補(bǔ)體或其片斷，以替換如上所述的細(xì)胞中改變了的SLIT-3。在另一具體實(shí)施方案中，可以使用定向同源重組來插入DNA構(gòu)建體，該構(gòu)建體含有編碼II型糖尿病多肽變體的核酸，該變體不同于細(xì)胞中存在的核酸?？蛇x擇地，通過定向與SLIT-3或Robo家族核酸的調(diào)控區(qū)域(如，SLIT-3啟動子和/或增強(qiáng)子)互補(bǔ)的脫氧核苷酸序列來形成防止SLIT-3或Robo家族核酸在體內(nèi)的靶細(xì)胞中表達(dá)的三螺旋結(jié)構(gòu)，可以降低內(nèi)源SLIT-3或Robo家族核酸的表達(dá)。(一般地參見，Helene，C.，AnticancerDrugDes.，6(6)569-84(1991)；Helene，C.等，Ann.N.Y.Acad.Sci.66027-36(1992)；andMaher，L.J.，Bioassays14(12)807-15(1992))。另外，在組織操作，如組織分化，體內(nèi)和體外組織培養(yǎng)中，可以使用本發(fā)明所述的反義構(gòu)建體來拮抗SLIT-3或Robo家族蛋白之一的正常生物活性。而且，該反義技術(shù)(如反義分子的微注射或用其轉(zhuǎn)錄與II型糖尿病基因mRNA或基因序列反義的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染)可以用來調(diào)查SLIT-3或Robo家族成員之一或SLIT-3與Robo家族成員的相互反應(yīng)在發(fā)展性事件中的作用，以及SLIT-3或Robo家族SLIT-3與Robo家族成員的相互反應(yīng)在成人組織中的正常細(xì)胞功能。這些技術(shù)可以用于細(xì)胞培養(yǎng)，還用于制備轉(zhuǎn)基因動物。在本發(fā)明的又一具體實(shí)施方案中，在治療或預(yù)防II型糖尿病基因相關(guān)疾病或不適易感性方面，還可以使用本發(fā)明所述的其他II型糖尿病治療性試劑。該治療性試劑可以以如上所述的組合物或單獨(dú)運(yùn)輸。它們能系統(tǒng)性地給藥，或定向于特定組織。該治療性試劑可以用各種方法制備，包括如化學(xué)合成，重組制備、體內(nèi)生產(chǎn)(如轉(zhuǎn)基因動物，如Meade等的美國專利No.4,873,316)，并可以用如本發(fā)明所述的方法來分離。上述治療方法的任何組合也可以使用(如給藥未改變的多肽與反義治療結(jié)合，該反義治療使改變了的mRNA或SLIT-3或Robo家族成員定向；給藥SLIT-3或Robo家族成員編碼的第一剪接變體與反義治療結(jié)合，該反義治療使SLIT-3或Robo家族編碼的第二剪接變體定向)。治療的監(jiān)測方法本發(fā)明還涉及到監(jiān)測處理有效性的方法，該處理針對SLIT-3或SLIT-3異型在RNA或蛋白水平的表達(dá)(如相對或絕對表達(dá))或其酶活性的調(diào)控。用外周血液樣品或來源于其中的細(xì)胞樣品可以檢測SLIT-3信使或蛋白或酶活性。檢測表達(dá)水平或活性可以在SLIT-3治療性試劑處理前和過程中進(jìn)行。例如，在本發(fā)明的一具體實(shí)施方案中，個體是目標(biāo)群成員，檢測該個體以檢測在外周血液的一般或特定細(xì)胞組分或細(xì)胞組分的組合中SLIT-3抑制劑處理所產(chǎn)生的反應(yīng)，例如，通過測定SLIT-3蛋白或mRNA或其異型的絕對和/或相對水平來檢測。另外，變體，如單元型或SLIT-3基因內(nèi)或附近(100bp-200bp內(nèi))的突變可以用來鑒定具有II型糖尿病更高危險的個體，從而提高藥物學(xué)試劑的臨床試驗(yàn)對于預(yù)防或治療II型糖尿病的能力和功效。該單元型和其它變體在臨床試驗(yàn)中可以用來排除或分選病人，該病人在其II型糖尿病危險方面可能與SLIT-3無關(guān)，因此富集了與其它基因或途徑有關(guān)的病人并提高該臨床試驗(yàn)的能力和敏感性。這種變體可以用作藥物基因組測試以指導(dǎo)篩選用于個體的藥物學(xué)試劑。本說明書的所述是第一次已知的II型糖尿病的關(guān)系研究，表明II型糖尿病與染色體5q35有關(guān)?；谠撽P(guān)系研究，發(fā)現(xiàn)了II型糖尿病與染色體5q35上的基因座，特別是SLIT-3上的基因座之間的直接關(guān)系。本發(fā)明現(xiàn)在通過實(shí)施里進(jìn)行說明，這些實(shí)施例不產(chǎn)生任何限制。實(shí)施例研究與冰島心臟協(xié)會合作進(jìn)行，該協(xié)會提供了1350位糖尿病患者的加密名單。在1967-1991年，該協(xié)會著手研究心血管病和其并發(fā)癥。對參與者進(jìn)行全身體檢時檢測了血糖，該檢測診斷出許多個體患有糖尿病。該參與者名單是沒有任何偏見的樣品，占冰島人口的三分之一。這些年和1991年診斷的個體都在冰島心臟協(xié)會或冰島Reykjavík的兩個主要醫(yī)院中的一個進(jìn)行診斷。在該II型糖尿病研究中，所有的參與者都訪問冰島心臟協(xié)會，在該協(xié)會內(nèi)每位參與者都要求回答一份調(diào)查表，進(jìn)行抽血和血糖估測和測定。測量高度(m)和重量(kg)來計算體重指數(shù)，還測定血清中的空腹血糖和血酯水平。II型糖尿病的診斷是基于世界衛(wèi)生組織提出的標(biāo)準(zhǔn)(1999)，所有空腹血糖值超過7mM的病人診斷為患有II型糖尿病，空腹血糖在6.1-6.9mM之間的個體診斷為空腹葡萄糖障礙(impairedfastingglucose)。如果參與者以前沒有糖尿病病史，那么就要求他們再進(jìn)行一次測試予以確診。所有進(jìn)行糖尿病治療的個體都分類為II型。該調(diào)查表包括診斷時的年齡和治療類型。所有的病人都要求帶來兩個親戚，用其DNA來證實(shí)該病人的基因型。因?yàn)樯鲜霾∪藚⒂枇嗽?967-1991間所進(jìn)行的研究，所以一些病人自他們訪問上述心臟協(xié)會以來已經(jīng)經(jīng)過了相當(dāng)長的時間。因此，所有的病人需要再進(jìn)行一次空腹血糖測試以檢測他們在參予本研究時的血糖水平。于是，所有的病人都標(biāo)記為未確診，意思是在該特定研究中的血糖水平待測。如果病人接受了所述測試，那么就對該病人給予確診的糖尿病標(biāo)記。用確診的病人進(jìn)行連鎖分析，只有在未確診的病人是已確診系列病人的關(guān)系密切的親屬時才將其包括在該分析中。最初的病人名單包括1350位II型糖尿病人，但在本研究過程中，診斷出新的病人，其是原系列病人的親屬。根據(jù)如上所述的WHO標(biāo)準(zhǔn)，診斷的所有參與者都沒有糖尿病病史但具有升高了的口服血糖值。如今，在本研究中包括了1406位II型糖尿病病人和266位空腹葡萄糖障礙的病人，以及3972位他們的關(guān)系密切的親屬。本研究得到冰島數(shù)據(jù)保護(hù)委員會(DataProtectionCommissionofIceland)和冰島國家生物技術(shù)委員會(NationalBioethicsCommitteeofIceland)的許可，參予本研究的所有參與者和其親屬都表示了正是同意。該研究的概要這個特定的遺傳研究旨在用定位克隆方法來鑒定對II型糖尿病有貢獻(xiàn)的遺傳變體或基因，包括三個步驟(i)基因組連鎖分析，用其中的與II型糖尿病有關(guān)的其它等位基因來鑒定含有疾病敏感性基因的染色體片斷，通常為2-8Mb長。(ii)基因座關(guān)系研究，標(biāo)出大的病人和對照群中的高密度微衛(wèi)星標(biāo)記。通過比較兩群中的各個等位基因或單元型的頻率，將該推定的疾病基因位置縮小到幾萬個堿基的范圍。(iii)候選基因評估，鑒定出上述較小候選區(qū)域內(nèi)的所有基因，標(biāo)出這些基因內(nèi)的其它微衛(wèi)星和/或SNP，進(jìn)一步進(jìn)行關(guān)系分選以鑒定那些基因與所述疾病具有密切關(guān)系。連鎖分析家譜結(jié)構(gòu)為了進(jìn)行關(guān)系分選，從964位II型糖尿病病人和203位空腹葡萄糖障礙病人中獲取血液樣品。將這些病人聚集成(clusterinto)家族，從而使每個病人與至少一個其它病人相關(guān)聯(lián)(6次有絲分裂事件之內(nèi)，包括6次)。按照這種方式，772位病人形成家族-705位II型糖尿病病人和67位空腹葡萄糖障礙病人。確診了的II型病人作為疾病先發(fā)者治療并聚集成家族，在6次有絲分裂事件(包括6次)之內(nèi)，每個疾病先發(fā)者都與這些家族有關(guān)聯(lián)。如果其它的病人、未確診的II型病人和IFG病人在3次有絲分裂事件(包括3次)之內(nèi)與疾病先發(fā)者有關(guān)聯(lián)，那么就將他們加入到所述家族中。這樣做的目的就是要使該研究中包括盡可能的病人?？崭蛊咸烟钦系K可以直接診斷，可以推定這些病人與確診的糖尿病患者的關(guān)系越密切，他們就越有可能患有和發(fā)展為糖尿病。將有關(guān)系的和基因同型的每一對個體的906個標(biāo)記系列的狀態(tài)鑒定(identity-bystate)(IBS)分布與特定關(guān)聯(lián)程度的參考分布相比較，可以檢查上述家族的關(guān)系錯誤。該參考分布是從大量的冰島人群中獲得的。如果個體與其它家族的關(guān)系是基因?qū)W數(shù)據(jù)庫中的特定關(guān)系，那么將這種個體排除在該研究之外。其它可用于本研究的材料包括具有764個基因同型關(guān)系的227個家族的763位確診II型病人。在這些病人中，667位是確診的II型病人，35位是未確診的II型病人，52位確診的空腹葡萄糖障礙(IFG)病人和9位未確診的IFG病人。病人材料的分組基于BMI將上述病人認(rèn)為兩個亞基因型非肥胖II型糖尿病患者是BMI小于30的病人，肥胖II型糖尿病患者是BMI等于和大于30的病人。將上述糖尿病患者分成非肥胖和肥胖組的原因是因?yàn)樵谶@兩組中其它因素可能會影響疾病的發(fā)病機(jī)理。肥胖自身就可以是糖尿病的表型，因此該因子是獨(dú)立的因子。肥胖很可能是環(huán)境和遺傳因素組合作用的結(jié)果。分組成非肥胖和肥胖糖尿病特定地將該材料分成了兩半，60％的病人是非肥胖類型(20％的BMI小于25(偏胖)，40％的BMI在25-30之間(超重))，40％的病人是肥胖類型(BMI超過30)。對每個這種亞基因型進(jìn)行感染唯一性(affected-only)連鎖分析，采用的是如上相同的家族系列，但是將不屬于上述特定亞組的病人分類成患有未知疾病。由于特定亞基因型的限制，一些家族不再包括相關(guān)病人對，因?yàn)檫@些病人受到感染，因此對連鎖分析沒有作用。將這種家族從特定亞基因型分析中排除。用于連鎖分析的病人和家族數(shù)量如表1所示?；蚪M掃描對772位病人和其親屬進(jìn)行基因掃描。9位病人由于遺傳錯誤而排除在外，因此用763位病人和764位親屬進(jìn)行連鎖分析。其步驟在Gretarsdóttir，等，AmJHumGenet.，70(3)593-603(2002)中有描述。簡要地，用906個微衛(wèi)星標(biāo)記的框架標(biāo)記(frameworkmarkerset)系列以平均分辨率4cM對DNA進(jìn)行基因型標(biāo)記，等位基因用TrueAllele程序自動標(biāo)出(Cybergenetics，Co.，Pittsburgh，PA)，并使用程序DecodeGT(deCODEgenetics，ehf.，Iceland)來根據(jù)所標(biāo)出基因型的性質(zhì)和片斷進(jìn)行分離(Palsson，B.，等，GenomeRes.，9(10)1002-1012(1999))。所述標(biāo)記的人群等位基因頻率從300,000多位冰島人中獲得，這些人在deCODEgenetics參予了各種疾病的基因組研究。其它的標(biāo)記與染色體5q上的基因座基因同型，在該處我們發(fā)現(xiàn)了最強(qiáng)的關(guān)系信號，從而增加了這些家族共有的血統(tǒng)鑒定(identitybydescent)(IBD)信息。對于這些標(biāo)記，至少對180個冰島人對照作了基因型分析，從而得出該人群等位基因頻率。在所述基因座內(nèi)具有同型基因的其它微衛(wèi)星標(biāo)記是公知的和deCODEgenetics設(shè)計的-這些標(biāo)記以DG的名稱出現(xiàn)。鑒定DNA序列中的在該基因座中被均勻隔開的重復(fù)，以挑選和設(shè)計引物。該重復(fù)的鑒定和有關(guān)其它標(biāo)記的定位使用deCODEgenetics的物理作圖團(tuán)隊(duì)。對于在基因組掃描中所用的所述標(biāo)記，用最近公開的在deCODEgenetics構(gòu)建的高分辨率遺傳學(xué)圖譜(HRGM)(KongA.，等，NatGenet.，31241-247(2002))來確定遺傳學(xué)位置。對于用于該特定連鎖分析的基因同型家族材料，其它標(biāo)記的遺傳學(xué)位置如果可以就用HRGM來確定，和用構(gòu)建HRGM圖譜所用的遺傳作圖方法相同的方法來確定。用于連鎖分析的統(tǒng)計學(xué)方法該連鎖分析用軟件Allegro(Gudbjartsson等，Nat.Genet.2512-3，(2000))進(jìn)行，其通過用非參數(shù)的感染唯一性等位共有方法(non-parametricaffected-onlyallele-sharingmethods)(沒有任何特定疾病的遺傳模式得到說明)來檢測相關(guān)病人共有的過度行為(excess)的統(tǒng)計學(xué)意義。用Allegro，deCODEgenetics研發(fā)的一種關(guān)系程序，根據(jù)多點(diǎn)計算值來計算LOD值?；鶞?zhǔn)連鎖分析用Spairs得分函數(shù)(Whittemore，A.S和Halpern，J.，Biometrics50118-27(1994)；KruglyakL，等，AmJHumGenet581347-63，(1996))，指數(shù)性等位基因共有模型(theexponentialallele-sharingmodel)(Kong，A.和Cox，N.J.，Am.J.Hum.Genet.，611179(1997))，和家族加權(quán)方案(familyweightingscheme)，該方案是同等加權(quán)各個感染配對和同等加權(quán)各個家族之間的不完全對數(shù)值(whichwashalfwayonalogscalebetweenweightingcachaffectedpairequallyandweightingeachfamilyequally)。在該分析中，所有未感染的基因同型個體都作為“未知”處理。因?yàn)殛P(guān)注小樣品的反應(yīng)，相應(yīng)的P值通常以兩種不同方式計算而進(jìn)行比較。第一P值基于大樣品理論計算，Zlr＝√(2logc(10)LOD)，在無關(guān)系的零假設(shè)值下大約分布為標(biāo)準(zhǔn)正常分布。第二P值通過將觀察到的LOD值與完整數(shù)據(jù)比較而計算得出，該完整數(shù)據(jù)在零假設(shè)值下樣品式分布。當(dāng)數(shù)據(jù)系列與多數(shù)家族一致時，這兩個P值就傾向于非常相似。所有顯示的LOD值大于2的基因座接下來進(jìn)行一些額外的標(biāo)記，以增加所述家族內(nèi)共有的IBD信息和減少LOD值代表錯誤陽性關(guān)系的機(jī)會。所用的信息測定方法由Nicolae(D.L.Nicolae，Thesis，UniversityofChicago(1999))定義，是Allegro程序輸出的一部分。這個測量方法與Dempster等(Dempster，A.P.，等，J.R.Statist.Soc.B，391(1977))描述的經(jīng)典測定方法有密切的關(guān)系-如果該標(biāo)記同型基因完全沒有，那么該信息就為零，如果該同型基因在感染親屬中通過血統(tǒng)測到了額外量的共有等位基因，那么就為1。使用平均標(biāo)記間隔為4cM的該框架標(biāo)記系列，在該連鎖分析中所使用的家族中所得到的信息含量約為0.7。如果對一個標(biāo)記增加標(biāo)記密度，通常每厘摩提高信息含量到0.85以上。結(jié)果用上述框架標(biāo)記進(jìn)行的基因連鎖分析的結(jié)構(gòu)如圖2所示，其顯示了等位共有的LOD值與對于23條染色體中的每一條離p末端的遺傳距離(cM)。該分析用三個顯型進(jìn)行完全的II型糖尿病(實(shí)線)、肥胖型糖尿病(點(diǎn)線)和非肥胖糖尿病(虛線)。當(dāng)所有的II型糖尿病病人都用于該分析時，使用所述框架標(biāo)記系列在染色體5q34-q35.2上發(fā)現(xiàn)1.84的LOD值，當(dāng)該連鎖分析局限于非肥胖糖尿病病人時，該LOD值增加到2.81。肥胖糖尿病病人在這個區(qū)域沒有表現(xiàn)出關(guān)系。在該區(qū)域用其它標(biāo)記進(jìn)行同型基因分析，以增加信息含量和確認(rèn)所述關(guān)系。使用該框架標(biāo)記系列，在該基因座處的共有IBD上得到的信息含量約為78％。為了增加該信息含量，用另外的38個微衛(wèi)星標(biāo)記在含有所發(fā)現(xiàn)的信號的40cM區(qū)域內(nèi)進(jìn)行同型基因分析。重復(fù)該連鎖分析，包括對于非肥胖糖尿病病人，額外的標(biāo)記將LOD值升高到3.64(P值＝3.18×10-5)；對于所有病人，LOD峰值升高到2.9(P值＝1.22×10-4)，如圖3所示。以標(biāo)記D5S625上的LOD峰值為中心，測定得的LOD值下降的區(qū)域是從標(biāo)記DG5S5到標(biāo)記D5S429，分別為著絲粒和端粒。1-LOD下降大約是9cM，大約3.5Mb。該1-LOD下降粗略地與80-90％的置信區(qū)間相對應(yīng)，以定位推定的疾病相關(guān)基因?；蜃P(guān)系研究對縮小的連鎖(linkage)區(qū)域進(jìn)行同型基因分析為了縮小目標(biāo)區(qū)域，連鎖分析后接著進(jìn)行廣泛的1-LOD-drop的關(guān)系研究。進(jìn)行該研究是因?yàn)樗龅倪B鎖分析的分辨率有限，其中包含的關(guān)系密切的個體具有平均來說大的染色體片斷。為了進(jìn)行該連鎖分析，在1-LOD-drop位置處鑒定大量的其他微衛(wèi)星標(biāo)記，這些標(biāo)記在所述病人群和大量的無關(guān)對照中標(biāo)出，所述的對照任意地選自冰島人群。在1-LOD-drop中鑒定并標(biāo)出了67個標(biāo)記，另外還有17個標(biāo)記已經(jīng)標(biāo)出并用于連鎖分析中。該基因座關(guān)系微衛(wèi)星如圖7所示。用Sputnik程序鑒定新的多態(tài)性重復(fù)(二核苷或三核苷重復(fù))。將CEPH樣品1347-02(CEPH染色體庫)的較小等位基因扣除，用作參考。因此，總共84個標(biāo)記可以用于該連鎖分析，即平均密度為每42kb一個標(biāo)記或每0.17cM一個標(biāo)記。將590位非肥胖糖尿病病人和477位無關(guān)對照的所有這些標(biāo)記標(biāo)出。關(guān)系和單元型分析的統(tǒng)計學(xué)方法對于與所述疾病有關(guān)的單個標(biāo)記，用Fisher確切檢定法來計算各單個等位基因的雙邊P值。當(dāng)?shù)玫浇Y(jié)果時，對于微衛(wèi)星、SNP和單元型使用等位基因頻率而不用載體頻率。用在deCODE開發(fā)的稱作MEMO的計算機(jī)程序(NEstedMOdels)(Gretarsdóttir，等，NatGenet.Oct；35(2)131-8(2003))來進(jìn)行單元型分析。NEMO既用來研究標(biāo)記-標(biāo)記連鎖，還用來計算標(biāo)記間的連鎖不平衡(LD)和病例對照單元型分析。利用NEMO，以極大似然來估測單元型頻率，用概似比檢定來測定病人和對照間的差別。基因所觀察到的數(shù)據(jù)，在EM運(yùn)算法則的幫助下直接用計算機(jī)算出最大似然值、似然比和P值。因此信息的丟失是由于相位的不確定性，丟失的基因型通過似然比會自動地反應(yīng)出來。而且在大多數(shù)情況下，有許多樣品理論可用來可靠地檢測統(tǒng)計學(xué)數(shù)據(jù)。采用加法模型來計算等位基因或單元型的相對危險值(RR)，即等位基因相對于同一標(biāo)記的其他所有等位基因的危險，(Terwilliger，J.D.&Ott，J.Ahaplotype-based′haplotyperelativerisk′approachtodetectingallelicassociations.HumHered42，337-46(1992)和Falk，C.T.&Rubinstein，P.Haplotyperelativerisksaneasyreliablewaytoconstructapropercontrolsampleforriskcalculations.AnnHumGenet51(Pt3)，227-33(1987))。和人群歸因危險度(PAR)。在上述單元型分析中，將單元型聚集成組并測試該組整體與所述疾病的關(guān)系是有用的。這可以用NEMO進(jìn)行。用所有可能單元型系列的劃分來鑒定模型，如果單元型位于同一組，那么就推定其具有相同的危險，而位于不同單元型的組，其就具有不同的危險。零假設(shè)值與可選擇的假設(shè)值嵌套，當(dāng)后者的劃分比前者精確時，NEMO提供的該單元型間隙的劃分是完全可變的。在這個方法中，可以測試多個連接的單元型的關(guān)系和測試不同危險單元型是否具有不同危險。當(dāng)測定LD時，使用了兩個標(biāo)準(zhǔn)的LD、D’和R2定義，因?yàn)樗麄兲峁┝嗽贚D量上互補(bǔ)信息(Lewontin，R.“TheinteractionofselectionandlinkageI.GeneralconsiderationsHeteroticmodels.”Genetics，1964.4949-67；Hill，W.G.andA.Robertson，“Linkagedisequilibriuminfinitepopulations.”Theor.Appl.Genet.，1968.22226-231)。為了估測D’和R2，用最大似然方法估測兩標(biāo)記等位基因組合的頻率和用似然比測試法估測來源于連鎖不平衡的衍生物。該D’和R2的標(biāo)準(zhǔn)定義傾向于包括包括微衛(wèi)星，對所有可能的兩標(biāo)記的等位基因組合用空白等位基因概率(marginalalleleprobabilities)測定，將該值平均。構(gòu)建于1-LOD-drop中的密集基因型標(biāo)記系列外的可能單元型數(shù)目非常大，雖然在病人和對照群中實(shí)際發(fā)現(xiàn)的單元型的數(shù)目要小的多，但是測試所有的這些單元型于疾病的關(guān)系仍然是一件非常巨大的任務(wù)。要注意的是該分析并不限于由連續(xù)標(biāo)記系列構(gòu)成的單元型，因?yàn)橐恍?biāo)記可能是非常易突變的，可能會裂開由周圍標(biāo)記形成另一種非常保守的單元型。在與疾病表現(xiàn)出最密切關(guān)系的候選區(qū)域鑒定那些單元型的方法是兩步第一，將測試的單元型局限到足夠小的亞區(qū)域內(nèi)，其包括的標(biāo)記期望位于完全LD內(nèi)。在該研究種，僅僅考慮跨度小于300kb的單元型。第二，重復(fù)所述步驟，逐漸找出最有意義的單元型。從3個標(biāo)記構(gòu)成的單元型開始，篩選與疾病表現(xiàn)出密切關(guān)系的那些單元型，將附近的其他標(biāo)記加入到這些單元型種，重復(fù)該關(guān)系測試。通過重復(fù)該步驟，鑒定出與疾病表現(xiàn)出密切關(guān)系的單元型。結(jié)果為了進(jìn)行該連鎖分析，用總共84個微衛(wèi)星標(biāo)記對590位非肥胖冰島II型糖尿病病人和477位無關(guān)的人群對照進(jìn)行基因同型分析，這些標(biāo)記均勻分布在大約3.5Mb的區(qū)域。該區(qū)域以上述連鎖峰位中心并與所述的1-LOD-drop相對應(yīng)。然后進(jìn)行上文所述的步驟，鑒定與疾病有關(guān)的最優(yōu)由5個標(biāo)記組成的單一標(biāo)記和單元型。結(jié)果如圖4所示。在圖4中，橫坐標(biāo)表示標(biāo)記或單元型的位置，縱坐標(biāo)表示該關(guān)系測試所得的相應(yīng)P值。這顯示了所有的P值小于0.01的測試單元型。水平柱顯示了相應(yīng)單元型的大小，該圖的地步顯示了所有標(biāo)記的位置。所有的位置單位為Mb，并援引NCBIBuild33。發(fā)現(xiàn)了一系列的相關(guān)單元型，其在1-LOD-drop內(nèi)的兩個位置顯示出與非肥胖糖尿病密切的關(guān)系。這些區(qū)域表示為A(168.37-168.83Mb)和B(169.70-170.17Mb)，在表2中列出了各區(qū)域最有意義的單元型。對于各個單元型，該表包括用NEMO計算的表示關(guān)系的雙邊單一測試P值(two-sidedsingle-testP-value)，相應(yīng)的相對危險值，病人和對照組中的單元型的估算頻率，該單元型所在的區(qū)域和定義該單元型的標(biāo)記和等位基因(粗線)。但是要注意的是，在該兩個區(qū)域的各個中，所列的一些單元型是非常相關(guān)的，應(yīng)該作為與疾病的關(guān)系的單一發(fā)現(xiàn)。這在表3的區(qū)域A中得到了證實(shí)，該表列出了兩兩關(guān)系，包括D’和R2，單元型之間的關(guān)系?；蛟撽P(guān)系，我們可以將單元型分成兩組組I包括A1、A4和A6，組II包括A2、A3和A5。各個組間的單元型是非常相關(guān)的，但是，在不同組間的單元型間具有非常低的相關(guān)性。從表2中可以發(fā)現(xiàn)，組I可以單獨(dú)用單元型A6來定義，單元型A1和A4都是A6的亞組。同樣，組II可以單獨(dú)用A2定義。由于A2和A6間的關(guān)系很弱，因此在區(qū)域A中他們幾乎構(gòu)成了獨(dú)立的與非肥胖糖尿病的關(guān)系。因此，可以同時測試單元型A2和A6以檢測其與非肥胖糖尿病間的關(guān)系。該測試得出P值＝2.9×10-9，相應(yīng)的相對危險值為4.2，人群歸因危險度為11.5％，在病人和對照組中的等位頻率分別為0.078和0.020。區(qū)域A的調(diào)查區(qū)域A中的基因鑒定區(qū)域A和其周圍的所有基因(UCSC(UniversityofCaliforniaatSantaCruz(http://www.cbse.ucsc.edu/Genome/)；這是基于NCBIBuild33的人參考序列，由InternationalhumanGenomeSequencingConsortium制備)。在該區(qū)域中，鑒定了6個最有意義的單元型，在168.37-168.83Mb有一個基因SLIT3(slithomolog3(Drosophila))，SLIT3是一個相當(dāng)大的基因，超過600kb，從168.03到168.66Mb，該危險單元型定位在該基因的5’末端，包括頭四個外顯子。如圖5所示，其顯示了從167.6到169Mb間隔內(nèi)的所有微衛(wèi)星的位置(填充的圓框)，SLIT3的多有外顯子的位置(填充的方框)，和危險單元型A1，...，A6的范圍(灰色水平柱)。該圖還顯示了四個相鄰基因ODZ2(oddOz/ten-m同源體2)、KIAA0869、RARS(精氨酸-tRNA合成酶)和PANK3(泛酸酯激酶3)的位置(陰影框)，其著絲點(diǎn)定位在SLIT3，即離該發(fā)現(xiàn)的關(guān)系信號有500kb。SLIT3的外顯子在圖8中也有顯示，其描述了該外顯子的Build33位置。SNP和微衛(wèi)星的鑒定為了鑒定SLIT3中的SNP，將94位非肥胖糖尿病病人的SLIT3的所有36個外顯子和其側(cè)翼區(qū)域進(jìn)行測序，接著，鑒定68個SNP，如圖9所示(顯示了在對外顯子和側(cè)翼序列進(jìn)行測序后發(fā)現(xiàn)的SNP的Build33位置)。它們包括四個非同義氨基酸改變-SLT_683623(P變?yōu)镽)、SLT_673223(Y變?yōu)镕)，SLT_596643(Q變?yōu)镽)和SLT_585043(V變?yōu)锳)。兩個SNP，即SLT_596643和SLT_585043，是以前在公共區(qū)域分別報道為rs2288792和rs891921的SNP。通過從公共區(qū)域(美國生物技術(shù)信息SNP國家中心，USNationalCenterforBiotechnologyInformation′sSNPdatabase)挑選SNP以在該基因中鑒定其他SNP并針對其設(shè)計SNP檢測方法。對12個基于人群的DNA樣品的SLIT3的5’末端進(jìn)行定點(diǎn)測序(spotsequencing)，鑒別得到SNPSG05S458和SG05S459。見圖10在SLIT3中鑒定得到的SNP的DNA序列，和圖11在SLIT3中鑒定作為多態(tài)性的所有SNP和微衛(wèi)星的Build33位置。用檢測SNP的熒光偏振模板指導(dǎo)的熒光染料終止物摻入法(SNP-FP-TDI檢測法)對470位非肥胖糖尿病患者和658位人群對照的SNP進(jìn)行同型基因檢測(Chen，X.，Zehnbauer，B.，Gnirke，A.&Kwok，P.Y.FluorescenceenergytransferdetectionasahomogeneousDNAdiagnosticmethod.Proc.Natl.Acad.Sci.USA94，10756-10761(1997))。SLIT3的連鎖分析對SLIT3周圍的29個微衛(wèi)星標(biāo)記和77個SNP進(jìn)行測試以測定其與非肥胖糖尿病的單一標(biāo)記關(guān)系。圖12顯示了SLIT3中的用于該關(guān)系研究的微衛(wèi)星的DNA序列(包括Build33位置)。圖13顯示了SLIT3中的用于該關(guān)系研究的SNP和微衛(wèi)星的名字。為了進(jìn)行該部分關(guān)系研究，使用已經(jīng)標(biāo)出了微衛(wèi)星和SNP的523位非肥胖糖尿病和323位無關(guān)的對照，13個標(biāo)記在病人和對照中具有不同的等位頻率，P值小于0.05。這些結(jié)果列在表4中。圖6顯示了單一標(biāo)記關(guān)系的結(jié)果(圖6c)，和SLIT3的外顯子結(jié)構(gòu)(圖6a)和106個微衛(wèi)星和SNP的位置(圖6b)。表現(xiàn)出關(guān)系的13個標(biāo)記中的5個位于SLIT3的5’末端，靠近或在第一外顯子的下游。重復(fù)該單元型分析，限制到SLIT3中的106個微衛(wèi)星和SNP。對于基因座關(guān)系，僅測試短于300kb的含有5個或更少的、可能非連續(xù)的標(biāo)記的單元型。表5顯示了于非肥胖糖尿病具有最密切關(guān)系的5個單元型，其P值為2.3×10-8到6.9×10-8。與在基因座連鎖分析中發(fā)現(xiàn)的最有意義的單元型一樣，這5個單元型彼此密切關(guān)聯(lián)，包括SLIT3的5’末端的頭4個外顯子。單元型C1的范圍見圖6的底部。事實(shí)上，在鑒定這些單元型中關(guān)鍵的SNP的位置與第一外顯子非常接近。該4個最有意義的單元型C1-C4非常查過見，在病人中的等位頻率為0.28，在對照中為0.16，相對危險值為2.1，人群歸因危險度為27.5％。雖然單元型C1，...，C5與在基因座連鎖分析中發(fā)現(xiàn)的最有意義的微衛(wèi)星單元型位于同一區(qū)域，但是它們構(gòu)成非肥胖糖尿病與SLIT3的5’末端的關(guān)系的獨(dú)立發(fā)現(xiàn)。例如，單元型C1和單元型A2和A6兩兩間的關(guān)聯(lián)系數(shù)R2分別為0和0.02。另外，與A2和A6一樣，單元型C1、A2和A6可以一起測試，作為與非肥胖糖尿病相關(guān)的組。該測試得到P值＝6.3×10-11，該基因型的相應(yīng)相對危險值和人群歸因危險度為2.2和33％。該單元型組的頻率在非肥胖糖尿病中為0.33，在對照群中為0.18。該區(qū)域其他基因的相關(guān)研究為了證實(shí)是否是任何相鄰基因都與糖尿病有關(guān)，對相同組的非肥胖糖尿病患者和對照人群中的外顯子ODZ2、KIAA0869、RARS和PANK3進(jìn)行測序，記錄發(fā)現(xiàn)的SNP及大量的微衛(wèi)星標(biāo)記和公用SNP，發(fā)現(xiàn)這些基因與糖尿病沒有任何連鎖。表1參與基因組連鎖掃描的患者和家庭的數(shù)量，所有患者都參與，分析分別針對肥胖糖尿病患者和非肥胖糖尿病患者。表2在1-LOD-drop內(nèi)的單元型顯示出與非肥胖型糖尿病最強(qiáng)的相關(guān)性。對于每個單元型，這里顯示了(1)與非肥胖型糖尿病相關(guān)性的單一測試的兩邊P-值，(2)相應(yīng)的相對風(fēng)險(RR)，(3)在患者和對照組中單元型的估計的等位頻率，(4)單元型的跨度(參看NCBI33)以及(5)定義單元型的等位基因(粗體)和標(biāo)記。單元型被分為兩組，A和B，對應(yīng)于1-LOD-drop內(nèi)的兩個不同區(qū)域。表3顯示與非肥胖型糖尿病最強(qiáng)相關(guān)性的A區(qū)域內(nèi)的六個單元型之間的成對關(guān)系。在右上角顯示了D’的估計值，在左下角顯示了R’的估計值。如在表2中，單元型標(biāo)記為A1....A6。表4與SLIT3最顯著的單-標(biāo)記等位相關(guān)結(jié)果。顯示了微衛(wèi)星和SNP的所有兩邊P-值小于0.05的結(jié)果。包括在表中的是相應(yīng)的相對風(fēng)險(RR)，測試的非-肥胖型糖尿病和對照者的數(shù)量，以及在兩組中高危變體的相應(yīng)頻率。表5SLIT3內(nèi)微衛(wèi)星和SNP單元型的相關(guān)性。包括5個或少于5個標(biāo)記并且少于300kb的5個單元型顯示出與非肥胖型糖尿病最強(qiáng)的相關(guān)性。這密切相關(guān)的5個單元型全部跨越基因的5’末端。本說明書引用的所有公開的教導(dǎo)在此全部引為參考。參考其優(yōu)選的具體實(shí)施方案，本發(fā)明得到詳細(xì)的公開和描述，本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員能夠理解在形式和內(nèi)容上可以進(jìn)行各種改進(jìn)，而不偏離本發(fā)明所附權(quán)利要求所涵蓋的范圍。權(quán)利要求1.診斷個體II型糖尿病易感性的方法，包括檢測SLIT-3核酸中的多態(tài)現(xiàn)象，其中該核酸中存在所述多態(tài)現(xiàn)象就表明容易患II型糖尿病。2.診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測測試樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成的改變，與對照樣品中由SLIT-3核酸編碼的多肽的表達(dá)或組成相比較，其中測試樣品中該多肽的表達(dá)或組成存在改變就表明容易患II型糖尿病。3.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述的SLIT-3中的多態(tài)現(xiàn)象通過檢測如圖11所示的至少一種多態(tài)性的存在來顯示。4.包含SLIT-3核酸的分離核酸分子，其中該SLIT-3核酸包括一個或多個含有選自圖10所示核酸序列和如圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核苷序列，其中該核苷序列包括多態(tài)現(xiàn)象。5.在高度嚴(yán)格條件下與選自圖10所示核酸序列和圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核苷序列雜交的分離的核酸分子，其中該核酸分子包括多態(tài)現(xiàn)象。6.檢測樣品中第一核酸分子存在的方法，該方法包括用第二核酸分子與所述樣品接觸，其中第二核酸分子含有選自如圖10所示核酸序列和圖10所示核酸序列的互補(bǔ)序列的核酸序列，其中該核酸序列包括多態(tài)現(xiàn)象并在高度嚴(yán)格條件下與第一核酸雜交。7.含有分離的核酸分子的載體，該核酸分子選自a)如圖10所示的核酸序列；和b)如圖10所示的一種核酸序列的補(bǔ)體；和其中該核酸分子包括多態(tài)現(xiàn)象，且可操作地與調(diào)控序列連接。8.含有如權(quán)利要求7所述的載體的重組宿主細(xì)胞。9.生產(chǎn)由包括多態(tài)現(xiàn)象的分離的核酸編碼的多肽的方法，該方法包括在適于該核酸分子表達(dá)的條件下培養(yǎng)如權(quán)利要求10所述的重組宿主細(xì)胞。10.檢測樣品中存在由權(quán)利要求4所述的分離的核酸分子編碼的多肽的方法，該方法包括將樣品與特異性結(jié)合該編碼的多肽的抗體接觸。11.鑒別改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑的方法，該方法包括a)將含有SLIT-3基因啟動子區(qū)的核酸的溶液與待測試劑接觸，該啟動子區(qū)與報道基因可操作地連接；b)測定在該試劑存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平；和c)與該試劑不存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平相比較；其中如果在該試劑存在的情況下該報道基因的表達(dá)水平不同于該試劑不存在的情況下的表達(dá)水平，且相差的量在統(tǒng)計學(xué)上是明顯的，那么該試劑就是改變SLIT-3基因或核酸的表達(dá)的試劑。12.可用如權(quán)利要求11所述的方法鑒定的，改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑。13.鑒別改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑的方法，該方法包括a)將含有如權(quán)利要求1或其衍生物或其片斷與待測試劑接觸；b)與該試劑不存在的情況下該核酸或衍生物或片斷的表達(dá)相比較；其中如果在該試劑存在的情況下該核酸、衍生物或片斷的表達(dá)不同于該試劑不存在的情況下的表達(dá)，且相差的量在統(tǒng)計學(xué)上是明顯的，那么該試劑就是改變SLIT-3基因的表達(dá)的試劑。14.如權(quán)利要求13所述的方法，其中在該試劑存在的情況下該核酸、衍生物或片斷的表達(dá)包括一種或多種剪接變體的表達(dá)，該變體在種類和數(shù)量上與該試劑不存在的情況下的一種或多種剪接變體的該表達(dá)不同。15.可用如權(quán)利要求14所述的方法鑒定的、改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑。16.改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑，該試劑選自SLIT-3核酸的反義核酸、SLIT-3多肽、SLIT-3核酸受體、SLIT-3結(jié)合試劑、多肽模擬物、融合蛋白、其前藥、抗體和核酶。17.改變SLIT-3核酸表達(dá)的方法，該方法包括將含有SLIT-3核酸的細(xì)胞與權(quán)利要求18的試劑接觸。18.鑒定與SLIT-3多肽發(fā)生相互反應(yīng)的多肽的方法，該多肽包括如表3所示的多肽，該方法包括使用酵母菌雙雜合系統(tǒng)，該系統(tǒng)使用含有編碼DNA結(jié)合區(qū)和SLIT-3多肽、其剪接的變體、片斷或衍生物的核酸的第一載體，和含有編碼轉(zhuǎn)錄激活區(qū)的核酸和編碼測試多肽的核酸的第二載體；如果在該酵母菌雙雜合系統(tǒng)中發(fā)生轉(zhuǎn)錄活性，那么該測試多肽即是與SLIT-3多肽發(fā)生相互反應(yīng)的多肽。19.II型糖尿病治療性試劑，該試劑選自SLIT-3核酸或其片斷或衍生物，Robo家族核酸成員或其片斷或衍生物，由SLIT-3核酸編碼的多肽，由Robo家族核酸成員編碼的多肽，SLIT-3受體，Robo家族成員的受體，SLIT-3核酸結(jié)合劑，Robo家族成員核酸結(jié)合劑，多肽模擬物，融合蛋白，前藥，抗體，改變SLIT-3核酸表達(dá)的試劑，改變Robo家族成員核酸表達(dá)的試劑，改變由SLIT-3核酸編碼的多肽活性的試劑，改變由Robo家族成員核酸編碼的核酸活性的試劑，改變由SLIT-3核酸編碼的多肽的翻譯后加工的試劑，改變由Robo家族成員核酸編碼的多肽的翻譯后加工的試劑，改變SLIT-3多肽與SLIT-3結(jié)合劑間的反應(yīng)的試劑，改變Robo家族成員的核酸與Robo家族結(jié)合劑間的反應(yīng)的試劑，改變SLIT-3核酸與Robo家族成員間的反應(yīng)的試劑，改變由SLIT-3核酸編碼的剪接變體的轉(zhuǎn)錄的試劑，改變Robo家族成員的核酸編碼的剪接變體的轉(zhuǎn)錄的試劑和核酶。20.含有如權(quán)利要求19所述的II型糖尿病治療性試劑的藥物組合物。21.如權(quán)利要求20所述的藥物組合物，其中該II型糖尿病治療性試劑是含有SLIT-3核酸或其片斷或衍生物的分離核酸分子。22.如權(quán)利要求20所述的藥物組合物，其中該II型糖尿病治療性試劑是由SLIT-3核酸編碼的多肽。23.治療個體SLIT-3相關(guān)疾病或不適的方法，該方法包括向該個體以藥物學(xué)藥效量用II型糖尿病治療性試劑給藥。24.如權(quán)利要求23所述的方法，其中所述的II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3核酸激動劑。25.如權(quán)利要求23所述的方法，其中所述的II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3核酸拮抗劑。26.含有外源SLIT-3核酸或編碼SLIT-3多肽的核酸的轉(zhuǎn)基因動物。27.檢測樣品存在SLIT-3核酸的方法，該方法包括a)將樣品與含有在合適的雜交條件下至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列的核酸接觸；和b)檢測SLIT-3核酸與至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列的所述核酸是否發(fā)生雜交；其中，如果發(fā)生雜交，在樣品中就存在SLIT-3核酸。28.如權(quán)利要求27所述的方法，其中所述含有連續(xù)核苷序列的核酸完全與SLIT-3核酸的序列互補(bǔ)。29.如權(quán)利要求27所述的方法，該方法還包括對所述SLIT-3核酸的至少部分進(jìn)行擴(kuò)增。30.如權(quán)利要求27所述的方法，其中所述的是長度為100或更少的核苷，且a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；或b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；或c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交。31.用來檢測樣品中存在SLIT-3核酸的試劑，所述試劑含有至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分核苷序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列的核酸。32.如權(quán)利要求31所述的試劑，其中所述的核酸包括完全與SLIT-3核酸的部分核苷序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列。33.檢測樣品中存在該試劑盒，包括在不同的容器中a)一種或多種標(biāo)記的核酸，該核酸包括至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分核苷序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列；和b)檢測所述標(biāo)記的試劑。34.如權(quán)利要求33所述的試劑盒，其中所述的標(biāo)記的核酸包括完全與SLIT-3核酸的部分核苷序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列。35.檢測樣品中存在SLIT-3核酸的試劑盒，該試劑盒包括一種或多種核酸，該核酸包括至少部分地與所述的SLIT-3核酸的部分核苷序列互補(bǔ)的連續(xù)核苷序列，且在引物延伸條件下能夠用作所述SLIT-3核酸的引物。36.核酸用于檢測樣品中存在SLIT-3核酸的用途，該核酸長度為100或更少的核苷，且a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；或b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；或c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交。37.用于檢測樣品中存在至少有一個核苷不同于第一核酸的SLIT-3核酸的第一核酸的用途，該核酸長度為100或更少核苷，且其a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；或c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交。38.用于診斷SLIT-3核酸相關(guān)疾病或不適易感性的核酸的用途，該核酸長度為100或更少核苷，且其a)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)核苷序列一致；b)至少80％與圖10所示的一種核酸序列的連續(xù)序列的補(bǔ)體一致；或c)能選擇性地與所述的SLIT-3核酸雜交。39.診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測個體在5q35基因座處存在的或不存在表2或表5所示的單元型，其中存在該單元型就表明是II型糖尿病易感性的。40.如權(quán)利要求39所述的方法，其中檢測所述單元型的存在或不存在包括酶擴(kuò)增個體的核酸。41.如權(quán)利要求40所述的方法，其中檢測所述單元型的存在或不存在還包括電泳分析。42.如權(quán)利要求39所述的方法，其中檢測所述單元型的存在或不存在還包括限制性片斷長度多態(tài)性分析。43.如權(quán)利要求39所述的方法，其中檢測所述單元型的存在或不存在還包括序列分析。44.診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括a)從所述個體中獲取核酸樣品；和b)分析該酸樣品中5q35基因座處存在或缺乏表2和/或表5中所示的含有SLIT-3基因的單元型，其中該單元型的存在表明易患II型糖尿病。45.診斷個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括檢測個中單元型的存在或缺乏，該單元型在染色體5q35的基因座中含有一個或多個如圖11所示的標(biāo)記和/或信號核苷多態(tài)現(xiàn)象，其中該單元型的存在表明患有II型糖尿病或易患II型糖尿病。46.診斷或鑒定個體II型糖尿病易感性的方法，該方法包括監(jiān)測SLIT-3核酸中的危險單元型，與不易患II型糖尿病的個體比較，該單元型在易患II型糖尿病的個體中出現(xiàn)的頻率更高，其中該危險單元型明顯地增加所述危險。47.如權(quán)利要求46所述的方法，其中所述的明顯增加至少約20％。48.如權(quán)利要求46所述的方法，其中所述的明顯增加定義為比例至少約1.2。49.II型糖尿病治療性試劑在制備治療個體與SLIT-3有關(guān)的疾病或不適的藥物中的用途。50.如權(quán)利要求49所述的用途，其中該所述的II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3核酸激動劑。51.如權(quán)利要求49所述的用途，其中該所述的II型糖尿病治療性試劑是SLIT-3核酸拮抗劑。全文摘要公開了II型糖尿病與染色體5q35上的基因座間的關(guān)系。具體地，通過連鎖分析表明該基因座上的基因SLIT－3是II型糖尿病易感性基因。描述了定向藥物運(yùn)輸?shù)穆窂胶驮阼b別患有II型糖尿病或有患II型糖尿病危險的病人方面的，特別是對非肥胖的糖尿病病人的診斷性應(yīng)用。文檔編號C07K14/47GK1894422SQ200380102611公開日2007年1月10日申請日期2003年10月31日優(yōu)先權(quán)日2002年11月1日發(fā)明者英加·雷尼斯多蒂爾,杰弗里·R·格切爾,斯特勞恩·F·格蘭特,格德馬·桑利夫桑申請人:解碼遺傳Ehf公司