專利名稱：用于產(chǎn)生、確認(rèn)和使用單克隆抗體的方法和系統(tǒng)的制作方法
用于產(chǎn)生、確認(rèn)和使用單克隆抗體的方法和系統(tǒng)
交叉引用本申請要求提交于2010年6月16日的美國臨時申請?zhí)?1/355，329的權(quán)益，通過弓I用將該申請整體并入本文。
關(guān)于聯(lián)邦資助研究的聲明本發(fā)明是在美國政府的支持下基于由國立衛(wèi)生研究院資助的RR020839和GM076102進(jìn)行的。政府可享有本發(fā)明的某些權(quán)利。
背景技術(shù)：
在生物醫(yī)學(xué)界對于能夠產(chǎn)生具有可能的最高質(zhì)量、可再現(xiàn)的抗體試劑的可靠技術(shù)具有重大需求。該技術(shù)路線的持續(xù)改進(jìn)將直接有益于健康研究團(tuán)體和更大的生物醫(yī)學(xué)團(tuán)體。表位、抗原或蛋白質(zhì)的檢測或結(jié)合是服務(wù)于學(xué)術(shù)界和制藥工業(yè)的研究產(chǎn)品行業(yè)以及診斷和治療行業(yè)的一大部分。可利用抗體在檢測表位、抗原或蛋白質(zhì)中的用途來鑒定新的生物標(biāo)記并進(jìn)行許多試驗(yàn)。例 如，抗體還廣泛用于診斷應(yīng)用，諸如臨床醫(yī)學(xué)(例如，ELISA和放射免疫測定系統(tǒng))。在病理學(xué)實(shí)驗(yàn)室中對細(xì)胞和組織的分析包括在組織切片上和流式細(xì)胞術(shù)分析中使用抗體?？贵w也可用作治療劑。抗體的生產(chǎn)可能是昂貴且費(fèi)時的，因此期望更具有成本效益以及耗時較少的高通量抗體(尤其是高度特異性抗體)生產(chǎn)方法。本公開內(nèi)容滿足了這些需求，并且提供了相關(guān)的優(yōu)點(diǎn)。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明總體上涉及抗體文庫，包括用于生產(chǎn)、產(chǎn)生、表征和利用抗體的方法和系統(tǒng)?？贵w可以是高度特異性的。在一些實(shí)施方式中，抗體是單克隆抗體。該文庫可以包含多種不同的抗體，其中所述抗體由相同的平臺產(chǎn)生。該文庫可以包含多種不同的抗體，其中在所述多種抗體或多種抗體的子集中，每種抗體都是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力與所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力相似(例如，在至少1%、2%、3%、4%、5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%^； 20% 以內(nèi));對其靶標(biāo)具有至少10_7M(Kd)的結(jié)合親和力(例如，諸如至少10_8M、10_9M、10_1QM、10_nM、10_12M、10_13M、10_14M、10_15M 或 I(T16M);或其任意組合?？梢愿咧噩F(xiàn)性地產(chǎn)生該抗體文庫。例如，在第一抗體文庫和第二抗體文庫中，第一和第二文庫包含同一組不同的抗體，且第一文庫的每種抗體具有的結(jié)合親和力在第二文庫的相同抗體的結(jié)合親和力的至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%或 20% 以內(nèi)。本發(fā)明的一個方面是包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少10%由相同的平臺產(chǎn)生。在一個實(shí)施方式中，文庫包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少 20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%,99%^； 100%是由相同的平
臺產(chǎn)生的抗體。由相同的平臺產(chǎn)生的多種抗體中的每種抗體可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少 I % >2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15%,16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少I(T8M、1(Γ9Μ、I(T10M、10_nM、10_12M、10_13M、10_14M、10_15M 或 10_16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。由相同的平臺產(chǎn)生的抗體可包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(KD),諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。在又一實(shí)施方式中，由相同平臺產(chǎn)生的抗體結(jié)合人類蛋白質(zhì)組中的至少0.5%、I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 I(T7M,諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、KT15M 或IO-16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。由相同平臺產(chǎn)生的抗體可以結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、I(T14M、KT15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體的至少10%，諸如至少 20%,30%,40%,50% ,60%,70%,80%,90%,95%,99100%是單特異性抗體。所述多種抗體中的每種單特異性抗體可結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體； 是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11 %、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其革巴標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、I(T10M、1(ΓηΜ、I(T12M、I(T13M、I(T14M、KT15M 或IO-16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含該文庫的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或 100% 的單特異性抗體可以包含至少 50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種單特異性抗體的至少10%中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少10_8M、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、ΙΟΙ、ΙΟΙ、ΙΟΙ、IO-15M 或 IO-16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含所述多種不同抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%的單特異性抗體可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3 %,4 %,5 %,6 %,7 %,8 %,9 %U0 %U1 %>12 %U3 %U4 %U5 %,16 %,17 %,1819%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%，其中抗體或抗體的子集可結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種單特異性抗體的至少10%中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9 %、10 %、11 %、12 %、13 %、14 %、15 %、16 %、17 %、18 % 或 19 % 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少 101、10-9]\1、10,]\1、10-11]\1、10-12]\1、10-13]\1、10-14]\1、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含所述多種不同抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%的單特異性抗體可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。本文還提供了包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少10%對其靶標(biāo)、對其靶蛋白具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力。對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少10_8M、10_9M、IO^10M, IO^11M, IO^12M, IO^13M, IO^14M, IO^15M ^ 10_16M的結(jié)合親和力的所述多種抗體中的每種抗體可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；或其任意組合。對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少lOlUOlUOllOmiOl1(T14M、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力的抗體可包含至少 50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；或其任意組合。對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少lOlUOlUOllOmiOl10_14M、10_15M或10_16M的結(jié)合親和力的抗體可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組中的至少0.5%、1%、2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18%,19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11 %、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；或其任意組合。對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少lOlUOlUOllOmiOl10_14M、10_15M或10_16M的結(jié)合親和力的抗體可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、1 2%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；或其任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少10%結(jié)合其靶蛋白的天然形式。在一個實(shí)施方式中，該文庫包含多種不同抗體，其中所述多種抗體中的至少 20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%,99%^； 100%結(jié)合其靶蛋白的天然形式。結(jié)合其靶蛋白的天然形式的所述多種抗體中的每種抗體可以是單特異性抗體；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少
I2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。結(jié)合其靶蛋白的天然形式的抗體可包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少
I2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。在又一實(shí)施方式中，結(jié)合其靶蛋白的天然形式的抗體可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。結(jié)合其靶蛋白的天然形式的抗體可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含至少50種不同的單克隆抗體，諸如至少75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900 或 1000 種不同單克隆抗體的抗體文庫。該文庫的每種單克隆抗體可以是單特異性的；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、
9%、10 %、11 %、12 %、13 %、14 %、15 %、16 %、17 %、18 % 或 19 % 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少 101、10-9]\1、10,]\1、10-11]\1、10-12]\1、10-13]\1、10-14]\1、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力；或其任意組合。在又一實(shí)施方式中，包含至少50種不同的單克隆抗體，諸如至少75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900 或 1000 種不同單克隆抗體的抗體文庫，結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、
II%> 12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%、60%、70%、80%、90%或100%，其中單克隆抗體或單克隆抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20 %以內(nèi)，諸如至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 10_8M、10_9M、10_lclM、10_nM、10-12M、10_13M、IO-14MUO-15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含至少50種不同的單克隆抗體，諸如至少75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同單克隆抗體的抗體文庫，可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%、70%、80%、90%或100%，其中單克隆抗體或單克隆抗體的子集可以是單特異性的；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%, 9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%，諸如人類蛋白質(zhì)組的至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%的多種不同抗體的抗體文庫。所述多種抗體中的每種抗體可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 10_8M、10_9M、10_lclM、10_nM、10-12M、10_13M、IO-14MUO-15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%，諸如人類蛋白質(zhì)組的至少1%、2%、3%、4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100% 的多種不同抗體的抗體文庫可包含至少 50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%，諸如人類蛋白質(zhì)組的至少1%、2%、3%、4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100% 的多種不同抗體的抗體文庫，可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%、15%、16%、17 %、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少10_8M、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、ΙΟΙ、ΙΟΙ、ΙΟΙ、IO-15M 或 IO-16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少
10%，諸如至少 20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、95 %、99 % 或 100 %對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少 I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%或19%以內(nèi)。所述多種抗體中的每種抗體可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力；或他們的任意組合。包含多種不同抗體(其中所述多種抗體中的至少10%，諸如至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi))的抗體文庫可包含至少 50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475 、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力；或其任意組合。在又一實(shí)施方式中，包含多種不同抗體(其中所述多種抗體中的至少10%，諸如至少 20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或 100%對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I %、2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18%或19%以內(nèi))的抗體文庫結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少ΙΟΙ、ΙΟΙ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、ΙΟΙ、10_13M、10_14M、10_15M或10_16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。包含多種不同抗體(其中所述多種抗體中的至少10%，諸如至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi))的抗體文庫可以結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100 %，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少ΙΟΙ、ΙΟΙ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、ΙΟΙ、10_13M、10_14M、10_15M或10_16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。本文還提供了包含多種不同抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少10%是IgG抗體或IgG同種型抗體。在一個實(shí)施方式中，該文庫包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少 20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或 100%是由相同的平臺產(chǎn)生的IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)。每種IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)均可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組
八
口 οIgG抗體(例如，IgG同種型抗體)可以包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少 I %>2%,3%,4 %,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15 %、16 %、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、10-lclM、10-nM、10-12M、10-13M、IO-14MUO-15M 或 KT16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。在又一實(shí)施方式中，IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，其中抗體或抗體的子集可以是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其
任意組合。本發(fā)明的另一方面是包含抗體文庫和基底的陣列，其中抗體或子集，諸如抗體中的 10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%,99%^； 100%，被固定在基底上?；卓梢允瞧矫娴幕蚴穷w粒，包含實(shí)心或多孔材料。固定化可以是可逆的或不可逆的。陣列可包含含有多種不同的抗體的抗體文庫，其中所述多種抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99% 或 100%可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 10_7M(KD)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合。陣列可包含抗體文庫，該抗體文庫包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、KT15M 或 1(Γ16Μ的結(jié)合親和力；或其任 意組合。陣列可以包含結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,
8%,9 %U0 %U1 %>12 %U3 %U4 %U5 %U6 %,17 %,18 %,19 %,20 %,25 %,30
35 %、40 %、45 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %或100 %的抗體文庫，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、I(T14M、KT15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。陣列可以包含可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3%、4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11% >12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100% 的抗體文庫，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。本文還提供了產(chǎn)生抗體文庫的方法，該方法包括:(a)利用多種抗原免疫動物；(b)從所述動物中分離產(chǎn)生抗體的細(xì)胞；(C)從所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞中分離多種抗體；(d)利用人類蛋白質(zhì)組陣列篩選步驟c)中的所述多種抗體，其中人類蛋白質(zhì)組陣列可以包含人類蛋白質(zhì)組的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%、80%、90%或100%，或表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11 %>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%,20%,25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100% ;以及(e)選擇對于蛋白質(zhì)組陣列為單特異性的抗體。在一些實(shí)施方式中，將在步驟(e)中選定的抗體加入文庫中，其中該文庫可包含多種不同的抗體，其中所述多種不同抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ 、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組合該方法可以產(chǎn)生可包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同抗體的抗體文庫，其中抗體或抗體的子集可由相同
的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；不結(jié)合其靶蛋白的變性形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。該方法可以產(chǎn)生可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35 %、40 %、45 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %或100 %的抗體文庫，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20 %以內(nèi)，諸如至少I %、2 %、3 %、4 %、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、I(T14M、KT15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。該方法可以產(chǎn)生可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3 %,4 %,5 %,6 %,7 %,8 %,9 %U0 %U1 %>12 %U3 %U4 %U5 %,16 %,17 %,1819%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100% 的抗體文庫，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%或 19% 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、ΙΟ,Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、10_13Μ、10_14Μ、10_15Μ或10_16Μ的結(jié)合親和力；或其任意組合。產(chǎn)生抗體文庫的方法可進(jìn)一步包括在步驟c)之前預(yù)篩選來自產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的多種抗體，諸如通過進(jìn)行免疫細(xì)胞化學(xué)或確定來自所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的抗體與包含一種或多種靶抗原如天然蛋白質(zhì)的混合物的結(jié)合。該混合物可以包含粗裂解物、一種或多種細(xì)胞、一種或多種蛋白質(zhì)、一種或多種肽、或一種或多種核酸或生物樣品，其中該生物樣品可以是但不限于，細(xì)胞混合 物、組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性噴射液(female ejaculate)、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水(stool water)、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液(blastocyl cavity fluid)或臍帶血。產(chǎn)生抗體文庫的方法可包括用多種抗原免疫動物，其中所述多種抗原可包含粗裂解物、一種或多種細(xì)胞、一種或多種蛋白質(zhì)、一種或多種肽、或一種或多種核酸。所述多種抗原還可包含生物樣品，其中該生物樣品可以是但不限于，細(xì)胞的混合物、組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性射出液、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液或臍帶血。在一些實(shí)施方式中，所述多種抗原包含至少11，000種不同的抗原，諸如至少12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000或20，000種不同的抗原。在一些實(shí)施方式中，所述多種抗原包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5 %，諸如人類蛋白質(zhì)組的至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。在產(chǎn)生抗體文庫中，產(chǎn)生抗體的細(xì)胞可以是B細(xì)胞。產(chǎn)生抗體文庫的方法可進(jìn)一步包括將抗體固定于基底上，其中基底可以是平面的或是顆粒，包含實(shí)心或多孔材料，或其任意組合。抗體可以可逆地或不可逆地固定于基底上。本文還提供了鑒定對于人類蛋白質(zhì)為單特異性的抗體的方法，該方法包括:(a)使多種抗體與人類蛋白質(zhì)組陣列接觸；(b)確定所述多種抗體與存在于人類蛋白質(zhì)組陣列上的靶標(biāo)之間的結(jié)合；以及(c)當(dāng)抗體對于蛋白質(zhì)組陣列上的單一靶標(biāo)為單特異性時，將所述抗體鑒定為單特異性的，其中人類蛋白質(zhì)組陣列可以包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%、
I2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%，或在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、
II%> 12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。本文還提供了鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法，該方法包括:(a)使靶標(biāo)與抗體文庫或包含抗體文庫的陣列接觸，(b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間的結(jié)合；以及(C)當(dāng)靶標(biāo)與文庫的抗體結(jié)合時，鑒定針對靶標(biāo)的抗體。該文庫可以包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少 10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99% 或100%可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 IO^8M, IO^9M, IO^10M, IO^11M, IO^12M, IO^13M, IO^14M,10_15M或10_16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法可包括使靶標(biāo)與抗體文庫或包含抗體文庫的陣列接觸，該抗體文庫包含至少 50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000 種不同的抗體，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 20% 以內(nèi)，諸如至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力；或其任意組
八
口 ο鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法可包括使靶標(biāo)與抗體文庫或包含抗體文庫的陣列接觸，該抗體文庫可以結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9 %,10 %,11 %>12%,13 %,14%U5 %,16 %,17 %,18%,19 %,20 %,25 %,30 %,3540%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100 %，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9 %、10 %、11 %、12 %、13 %、14 %、15 %、16 %、17 %、18 % 或 19 % 以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少10_7M(KD)，諸如至少 101、10-9]\1、10,]\1、10-11]\1、10-12]\1、10-13]\1、10-14]\1、KT15M 或 1(Γ16Μ 的結(jié)合親和力；或其任意組合。鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法可包括使靶標(biāo)與抗體文庫或包含抗體文庫的陣列接觸，該抗體文庫可以結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%,6%,7%,8%,9%,10%,11 %>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%,20%,25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%，其中抗體或抗體的子集可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20 %以內(nèi)，諸如至少I %、2 %、3 %、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M(Kd)，諸如至少 IO-8M, IO^9M, IO^10M, IO^11M, IO^12M, IO^13M, IO^14M,10_15M或10_16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。本文還提供了檢測靶標(biāo)的方法，該方法包括:(a)使靶標(biāo)與抗體文庫或包含抗體文庫的陣列接觸，(b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間存在或不存在結(jié)合；以及(c)當(dāng)靶標(biāo)與文庫的至少一種抗體結(jié)合時，檢測該靶標(biāo)。該文庫可包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少 10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99% 或 100%可由相同的平臺產(chǎn)生，是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)，諸如至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%或19%以內(nèi)；對其靶標(biāo)具有至少 KT7M (Kd)，諸如至少 1(Γ8Μ、1(Γ9Μ、1(Γ10Μ、1(ΓηΜ、1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、I(T14M、KT15M或KT16M的結(jié)合親和力；或其任意組合。在一些實(shí)施方式中，該方法進(jìn)一步包括檢測多種靶標(biāo)。在一些實(shí)施方式中，該方法包括檢測50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900或1000種不同的靶標(biāo)。在一些實(shí)施方式中，該方法包括檢測一種或多種靶標(biāo)的水平。
援引并入本說明書中提到的所有出版物、專利和專利申請均通過引用而以相同程度并入本文，猶如表明每個單獨(dú)的出版物、專利和專利申請?zhí)貏e地和單獨(dú)地通過引用而并入。


本發(fā)明的新特征在隨附的權(quán)利要求中具體闡述。通過參考以下對在其中利用到本發(fā)明原理的說明性實(shí)施方式加以闡述的詳細(xì)描述和附圖，將會獲得對本發(fā)明的特征和優(yōu)點(diǎn)的更好的理解，在附圖中:圖1描述了:Α.—種通過免疫動物、從動物產(chǎn)生雜交瘤、接種雜交瘤、針對文庫探測產(chǎn)生的抗體以及選擇具有期望的結(jié)合譜(profile)的抗體來選擇抗體的方法；以及B.通過活細(xì)胞免疫、雜交瘤選擇、MAb鑒定和確認(rèn)來產(chǎn)生和確認(rèn)超特異性單克隆抗體(MAb)的方法。圖2描述了 3-D池分析(pooling)策略。圖3描述了利用8，064個克隆的BsrGI消化，向目標(biāo)載體內(nèi)的LR重組克隆的流程圖。圖4描述了人類蛋白質(zhì)組芯片的制備。A.17，000種人類蛋白質(zhì)以^端651'-把8乂6融合蛋白的形式進(jìn)行純化，并通過銀染色和免疫印跡分析監(jiān)測質(zhì)量。B.將17，000種純化的人類蛋白質(zhì)和對照物一式兩份點(diǎn)樣在一個載玻片上。利用抗-GST將固定化的蛋白質(zhì)可視化。C.B的更高倍數(shù)視圖表明該陣列具有良好的質(zhì)量。圖5描述了人類蛋白質(zhì)芯片上單克隆抗體(mAb)的質(zhì)量譜分析(profiling)。A.1, 058種蛋白質(zhì)的人類蛋白質(zhì)芯片的GST圖像。B.針對芯片上的1，058種蛋白質(zhì)對測試了針對pirin產(chǎn)生的單克隆抗體(mAb),該mAb只識別pirin。紫色方框指示小鼠IgG位標(biāo)。C.另外四種mAb也顯示出與抗-pirin mAb相似的特異性。
圖6描述了有助于mAb特異性的蛋白質(zhì)微陣列分析的池分析策略。將雜交瘤上清液(A-L)在“垂直”和“水平”池內(nèi)合并，之后用人類蛋白質(zhì)微陣列檢測其結(jié)合特異性。通過確定微陣列上的哪種蛋白質(zhì)被垂直和水平池的哪種組合所結(jié)合來鑒定單個mAb的特異性。
在此處示出的實(shí)例中，識別特定蛋白質(zhì)的mAb池用X表示。結(jié)果表明，只有含有mAb的“D”池識別該抗原。圖7描述了針對細(xì)菌開發(fā)的高通量蛋白質(zhì)純化方案。A.該方案的流程圖。B.來自1.5mL大腸桿菌(E.coli)培養(yǎng)物的純化蛋白質(zhì)的考馬斯染色。C.大腸桿菌蛋白質(zhì)組芯片的制備。圖8描述了利用ICC對四種人類蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位。原來不清楚其亞細(xì)胞定位的Cllorf68、CNTDl、DYDC2和TXNDC9現(xiàn)在分別被定位于線粒體、細(xì)胞溶膠、質(zhì)膜和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)/
聞爾基體。圖9描述了 mMAb (單特異性單克隆抗體)的確認(rèn)和表征。利用V5標(biāo)記的抗原構(gòu)建體(泳道I)或空載體(泳道2)轉(zhuǎn)染細(xì)胞，或利用抗原構(gòu)建體與它們相應(yīng)的shRNA構(gòu)建體共轉(zhuǎn)染細(xì)胞(泳道3)。在轉(zhuǎn)染后2天 ，將細(xì)胞裂解并利用每種相應(yīng)的mMAb進(jìn)行免疫印跡(上圖)。作為對比，取下(strip)相同的印跡并利用抗-V5抗體重新探測(下圖)。圖10顯示了許多mMAb為IP級。用V5標(biāo)記的抗原構(gòu)建體轉(zhuǎn)染的HeLa細(xì)胞利用它們相應(yīng)的mMAb進(jìn)行免疫沉淀，并利用抗-V5抗體進(jìn)行免疫印跡。泳道1:輸入；泳道2:利用mMAb進(jìn)行免疫沉淀的抗原；泳道3 =IgG陰性對照；泳道4:抗-V5陽性對照。圖11描述了抗-HNRPC mMAb的表征。A.使用抗-HNRPC的ICC分析清楚地示出了不同的核定位。B.在轉(zhuǎn)染的HeLa細(xì)胞利用抗-HNRPC進(jìn)行免疫沉淀并利用抗-V5進(jìn)行免疫印跡后，將V5標(biāo)記的HNRPC的單一條帶可視化?？?小鼠IgG和抗-V5抗體分別用作陰性和陽性對照。C.使用成功進(jìn)行了染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)圖12描述了使用斜入射光反射差法(OIRD)對mAb親和力的連續(xù)測量。紅色、藍(lán)色和黑色曲線分別代表通過用抗-兔、抗-小鼠和抗-人第二抗體探測中試(pilot) IgG微陣列而獲得的平滑化的和平均化的ImlOIRD}值。紅色虛線示出了估計(jì)的飽和階段的起點(diǎn)。
具體實(shí)施例方式本發(fā)明總體上涉及抗體文庫，包括用于生產(chǎn)、產(chǎn)生、表征和利用抗體的方法和系統(tǒng)?？贵w可以是高度特異性的。該文庫可以包含多種不同的抗體，其中所述抗體由相同的平臺產(chǎn)生。該文庫可以包含多種不同的抗體，其中在所述多種抗體或所述多種抗體的子集內(nèi)，每種抗體均是單特異性抗體；結(jié)合其靶蛋白的天然形式；是單克隆抗體；是免疫沉淀抗體；是IgG抗體或IgG同種型抗體；對其靶標(biāo)具有與所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力相似的結(jié)合親和力；對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)的結(jié)合親和力；或其任意組合?？贵w文庫可包含由相同的平臺產(chǎn)生的多種不同的抗體。在一個實(shí)施方式中，抗體文庫包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少10%是由相同的平臺產(chǎn)生的。例如，該文庫可包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%是由相同的平臺產(chǎn)生的抗體。當(dāng)?shù)谝豢贵w和第二抗體由相同的方案產(chǎn)生時，即認(rèn)為這些抗體是由相同的平臺產(chǎn)生的。例如，多種抗體可由如圖1A和/或圖B中所示的平臺產(chǎn)生。在一個實(shí)施方式中，如在圖1A步驟102中所述，可利用多種抗原免疫動物。該動物可以是非人類動物，諸如牛、禽、犬、馬、貓、羊、豬或靈長類動物。該動物可以是哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴或山羊。所述多種抗原可包含純化的或非純化的樣品，諸如純化的或非純化的細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸。在另一實(shí)施方式中，所述多種抗原可包含非純化的樣品，諸如粗裂解物或未純化的細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸樣品。所述多種抗原可包含生物樣品。例如，所述多種抗原可包含來自生物體的單個細(xì)胞或多個細(xì)胞、蛋白質(zhì)、代表性肽或組織。該生物體可以是人或非人類。非人類生物體可以是哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴或山羊。該生物樣品可以是組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性射出液、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液或臍帶血。在一個實(shí)施方式中，該生物樣品可以基本上排除了常見的血清蛋白，例如但不限于白蛋白或IgG。排除可包括過濾、分級分離或親和純化。生物樣品可包含細(xì)胞，諸如干細(xì)胞、未分化細(xì)胞、已分化細(xì)胞或來自患病個體或具有特定狀況的個體的細(xì)胞。該疾病或狀況可以是癌癥、炎癥性疾病、免疫疾病、自身免疫疾病、心血管疾病、神經(jīng)疾病、傳染病、代謝疾病或圍產(chǎn)期狀況。例如,癌癥可以是乳腺癌、卵巢癌、肺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、前列腺癌、黑素瘤、胰腺癌、腦癌、血液系統(tǒng)惡性腫瘤、肝細(xì)胞癌、宮頸癌、子宮內(nèi)膜癌、頭頸癌、食道癌、胃腸道間質(zhì)瘤(GIST)、腎細(xì)胞癌(RCC)或胃癌。所述多種抗原還可包含在細(xì)菌(諸如，但不限于大腸桿菌)、酵母、哺乳動物或昆蟲細(xì)胞中產(chǎn)生的樣品，諸如由生物體過量表達(dá)的蛋白質(zhì)。純化的或非純化的抗原，諸如表達(dá)感興趣的抗原的過量表達(dá)細(xì)胞 或細(xì)胞混合物的形式，可用于免疫動物。所述多種抗原可包含至少11，000種不同的抗原，諸如至少12，000、13，000、14，000,15, 000,16, 000,17, 000,18, 000,19, 000 或 20，000 種不同的抗原。在步驟104中，然后可分離來自于動物的產(chǎn)生抗體的細(xì)胞，諸如淋巴樣細(xì)胞，以用于產(chǎn)生多種抗體。產(chǎn)生抗體的細(xì)胞可用于產(chǎn)生雜交瘤。產(chǎn)生抗體的細(xì)胞可以是B細(xì)胞?？蓪細(xì)胞與骨髓瘤細(xì)胞融合以產(chǎn)生雜交瘤。骨髓瘤細(xì)胞的實(shí)例包括但不限于NS-1、P3U1、SP2/0、AP-1以及類似細(xì)胞。在步驟106中，產(chǎn)生抗體的細(xì)胞，諸如雜交瘤細(xì)胞，之后可用于產(chǎn)生無性系。例如，可將雜交瘤細(xì)胞置于半固體培養(yǎng)基上從而迅速地產(chǎn)生無性系。可利用熒光標(biāo)記的抗原或同種型特異性探針分離感興趣的克隆，以用于表征和增殖。在步驟108中，針對抗原文庫探測感興趣的克隆，以檢測每種抗體識別的抗原，且同時獲得關(guān)于它不與哪些抗原反應(yīng)的信息(消除假陽性)。抗原文庫可以代表生物體蛋白質(zhì)組的至少 0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15% ,16% ,17% ,18% ,19%, 20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%或100%?？乖膸炜纱泶蟛糠只蛘麄€生物體蛋白質(zhì)組，諸如細(xì)菌、病毒、真菌的蛋白質(zhì)組?？乖膸炜纱砝ハx或哺乳動物(諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類)的大部分或整個蛋白質(zhì)組。例如，抗原文庫可包含至少11，000、12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000或20，000種不同的抗原?？乖膸炜砂诒?中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70 %、80 %、90 %或100 %。抗原文庫還可包含融合蛋白文庫，其代表未純化形式的生物體蛋白質(zhì)組，如過量表達(dá)細(xì)胞的集合(大腸桿菌、酵母、哺乳動物、昆蟲或其他生物體)。可通過排列過量表達(dá)諸如融合蛋白的抗原的細(xì)胞或不同細(xì)胞系(如癌細(xì)胞系)的細(xì)胞以及針對該排列的細(xì)胞檢測雜交瘤上清液來進(jìn)行探測。可對排列的細(xì)胞進(jìn)行透性化。還可通過熒光流式細(xì)胞術(shù)進(jìn)行探測，并通過對細(xì)胞內(nèi)重組DNA的PCR或序列分析來鑒定靶標(biāo)。在步驟110中，抗體具有期望的結(jié)合譜。選定的抗體可以是僅識別一個靶標(biāo)且不與該生物體的蛋白質(zhì)組文庫中的其他靶標(biāo)交叉反應(yīng)的高度特異性的單克隆抗體?？梢詳U(kuò)大分泌這些單克隆抗體的細(xì)胞系。由相同的平臺或方案產(chǎn)生的抗體可用于產(chǎn)生或形成抗體文 庫。當(dāng)抗體是通過在產(chǎn)生文庫的方法中如以下進(jìn)一步描述的相同的方法或方案所產(chǎn)生時，抗體也可由相同的平臺產(chǎn)生。
單特異性抗體文庫可包含多種不同的抗體，每種抗體對于其靶標(biāo)具有特定的結(jié)合特異性。例如，抗體文庫可包含多種不同的抗體，其中抗體是單特異性的。在一個實(shí)施方式中，抗體文庫包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70%,80%,90%,95%,99%^； 100%是單特異性的。當(dāng)在包含表5中所列的抗原的陣列上孵育時，如果抗體對于蛋白質(zhì)或抗原具有大于6的A值和大于3的S值，則該抗體是單特異性的。對于一種抗體，高于整個陣列的平均信號強(qiáng)度的標(biāo)準(zhǔn)差的個數(shù)稱為A值。當(dāng)對該抗體針對整個陣列的信號強(qiáng)度進(jìn)行等級排序時，陣列上最高信號與第二高信號之間的差為S值。例如，A值和S值可通過以下步驟計(jì)算:將來自產(chǎn)生抗體的細(xì)胞或雜交瘤的單獨(dú)的上清液組合成12X12的二維池組，且將這些池在陣列(諸如人類蛋白質(zhì)組微陣列)上孵育，并標(biāo)記抗體(諸如通過Cy5-偶聯(lián)的抗IgG第二抗體或任何其他檢測抗體的方法)。洗滌和掃描之后，每個斑點(diǎn)(代表與陣列上的蛋白質(zhì)或抗原結(jié)合的抗體)的信號強(qiáng)度以前景信號與背景信號的比值表示。高于整個陣列的平均信號強(qiáng)度的標(biāo)準(zhǔn)差的個數(shù)稱為A值。標(biāo)記A>3的重復(fù)斑點(diǎn)(對于蛋白質(zhì)或抗原的每個重復(fù)對)，并將結(jié)果去卷積以鑒定在單個水平池和單個垂直池的交叉點(diǎn)上存在、并因此被單個單克隆抗體識別的蛋白質(zhì)或抗原。單獨(dú)地針對整個陣列測試每種候選的高度特異性單克隆抗體(即A>3)，并針對每種點(diǎn)樣蛋白質(zhì)測量A。之后將信號強(qiáng)度進(jìn)行等級排序，并計(jì)算陣列上的最高信號和第二高信號之間的差，得出S值。將A > 6且S > 3的單克隆抗體認(rèn)定為單特異性單克隆抗體(mMAb)。雙特異性單克隆抗體(dMAb)強(qiáng)烈地與陣列上兩種不同的蛋白質(zhì)結(jié)合，并具有A > 6且S > 3的值。在一些實(shí)施方式中，mMAb可具有大于 6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90 或100 的 A 值，和 / 或大于 3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90 或 100 的 S 值。在一個實(shí)施方式中，用于確定抗體的單特異性的陣列包含生物體的蛋白質(zhì)組文庫，諸如生物體蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、
11%> 12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%、60%、70%、80%、90%或100%?？乖膸炜纱泶蟛糠只蛘麄€生物體蛋白質(zhì)組，諸如細(xì)菌、病毒、真菌的蛋白質(zhì)組?？乖膸炜纱砝ハx或哺乳動物(諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類)的大部分或整個蛋白質(zhì)組。例如，生物體的蛋白質(zhì)組文庫可包含至少11，000、12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000 或 20，000 種不同的抗原。生物體的蛋白質(zhì)組文庫可包含在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%,1%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17% ,18%,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100%。
結(jié)合栄和力抗體文庫可包含對其靶標(biāo)具有特定結(jié)合親和力的多種不同抗體。例如，該文庫可包含多種不同抗體，其中所述多種抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%具有特定結(jié)合親和力。例如，所述多種抗體對其靶蛋白可具有如通過其解離常數(shù)(Kd)確定的至少io_7m，諸如至少ιοΛ^κΤμ'ιο,μ'ιοΑμ'κγΚμ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I(T15M 或 I(T16M 的結(jié)合親和力。所述多種抗體可具有如通過其結(jié)合速率常數(shù)(km)測定的結(jié)合親和力，其中所述多種抗體具有至少IO4M·W至少5X IO4M-1S'至少IO5M-V1'至少5X IO5IT1S'至少IO6IT1S'至少5X IO6M-1S'至少IO7M-1S'至少5Χ107Μ 或至少IO8ITV1的結(jié)合親和力。所述多種抗體可具有如通過其解離速率常數(shù)Gwf)測定的結(jié)合親和力，其中所述多種抗體具有小于IO3ITV1、小于5 X IO3IT1S'小于IO4IT1S'小于5 X IO4IT1S'小于IO5MW小于 5 X IO5MW 小于 IO6IT1S' 小于 5 X IO6MW 小于 IO7IT1S' 小于 5 X IO7MW 或小于IO8IT1S'小于5 X IO7MW小于IO8MW小于5 X IO8IT1S'小于IO9MW小于5X IO9M-1 S—1、或小于IO10M-1S-1的結(jié)合親和力?？赏ㄟ^表面等離子體共振、色譜法或本領(lǐng)域已知的任何其他方法來確定結(jié)合親和力。還可通過光學(xué)法，諸如通過使用檢測生物分子相互作用的實(shí)時方法和/或無標(biāo)記的方法來確定結(jié)合親和力。在一個實(shí)施方式中，使用了斜入射光反射差法(OIRD)?？贵w文庫可包含結(jié)合其靶蛋白的天然形式的多種不同的抗體。例如，該文庫可包含多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%結(jié)合其靶蛋白的天然形式。在一個實(shí)施方式中，結(jié)合其靶蛋白的天然形式的所述多種抗體在相同的結(jié)合條件下不結(jié)合其靶蛋白的變性形式?？贵w文庫可包含多種不同的抗體，其中該文庫的一種或多種抗體對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力與所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力相似。例如，抗體文庫可包含第一抗體和第二抗體，其中第一抗體對第一蛋白質(zhì)的結(jié)合親和力與第二抗體對第二蛋白質(zhì)的結(jié)合親和力相似。該文庫的一種抗體對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力可在該文庫的一種或多種其他抗體的結(jié)合親和力的至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13 %、14%、15 %、16 %、17 %、18 %、19 %或20 %以內(nèi)。該文庫的第一抗體對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力可在該文庫的一種或多種其他抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)。在一個實(shí)施方式中，抗體文庫可包含多種不同的抗體，其中所述不同抗體中的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%對其靶蛋白具有的結(jié)合親和力在所述多種不同抗體中的其余抗體對其各自靶蛋白的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)。
蛋白質(zhì)組本文還提供了可包含與生物體蛋白質(zhì)組的一部分結(jié)合的多種不同抗體的抗體文庫。所述多種不同抗體可結(jié)合生物體蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100%。例如，所述多種不同的抗體可結(jié)合生物體的至少 11，000、12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000 或20，000種蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組可以是細(xì)菌、病毒、真菌的蛋白質(zhì)組。蛋白質(zhì)組可以是昆蟲或哺乳動物如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類的蛋白質(zhì)組。在一些實(shí)施方式中，蛋白質(zhì)組是人類蛋白質(zhì)組。例如，所述多種不同的抗體可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%。在一個實(shí)施方式中，所述多種不同的抗體可結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、
9%U0 %U1 %>12 %U3 %,14%U5 %U6 %,17 %,18 %,19 %,20%,25 %,30 %,3540%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。所述多種不同的抗體可結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%^； 100%。
其他抗體特征抗體文庫 還可包含多種不同的抗體，其中抗體是IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)。例如，抗體文庫可包含多種不同的抗體，其中至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%的抗體是IgG抗體或IgG同種型抗體?？贵w文庫還可包含多種不同的抗體，其中抗體是免疫沉淀抗體。例如，抗體文庫可包含多種不同的抗體，其中至少 10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,95%,99%或100%的抗體是免疫沉淀抗體。免疫沉淀抗體是與無抗體陰性對照和抗-V5抗體陽性對照相比能夠從細(xì)胞勻漿中免疫沉淀靶蛋白的抗體。免疫沉淀的靶標(biāo)的檢測可通過Western印跡法進(jìn)行。免疫沉淀可用透明細(xì)胞裂解物和大約2 μ g的抗體來進(jìn)行，隨后在4°C下孵育2小時，然后加入基底以結(jié)合任何抗體-蛋白質(zhì)復(fù)合物(諸如蛋白質(zhì)-G Dynabead)，而后在4°C下再孵育2小時。孵育之后，例如用冰冷的TBST洗滌基底兩次，將基底轉(zhuǎn)移至新的反應(yīng)容器中，再次用冰冷的TBST洗滌，之后進(jìn)行SDS-PAGE和Western印跡分析。
牛物學(xué)涂徑一方面，本發(fā)明涉及包含對于共同途徑的抗原為特異性的多種抗體的抗體文庫。當(dāng)抗原在基因本體(將確定的特征分配給一組基因及其產(chǎn)物的集合)中具有一種或多種共同的屬性時，抗原屬于共同的途徑。由基因本體(“G0”)聯(lián)合會管理的該本體在這一點(diǎn)上是特別有用的?？赏ㄟ^搜索共享一種或多種屬性的基因的基因本體(諸如G0)來鑒定屬于共同途徑的抗原。共同屬性可以是，例如，共同的結(jié)構(gòu)特征、共同的位置、共同的生物過程或共同的分子功能。出版的、同行評議的文獻(xiàn)中存在的、關(guān)于人類基因和蛋白質(zhì)的功能的大量信息已經(jīng)使用由基因本體(GO)聯(lián)合會(http://www.geneontology.0rg/)管理的受控詞表的協(xié)作系統(tǒng)得到組織和管理。在人類基因組中的大約40，000個轉(zhuǎn)錄的單元中，其中大約20，000個編碼注釋的蛋白質(zhì)，且這些蛋白質(zhì)中的大約14，OOO個在GO數(shù)據(jù)庫中具有功能注釋。包含在GO數(shù)據(jù)庫中的功能注釋以分層的方式得到組織，且可以從GO數(shù)據(jù)庫訪問該信息并搜索人類基因組中所有注釋為參與相同的生物過程、存在于相同的細(xì)胞成分中或執(zhí)行相同的分子功能的基因。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原是參與如由基因本體注釋的相同生物過程或分子功能的基因的表達(dá)產(chǎn)物。其一個實(shí)例是參與對DNA損傷的反應(yīng)的基因。另一實(shí)例是諸如特定的組織、細(xì)胞類型或器官的轉(zhuǎn)錄因子的基因產(chǎn)物。一個實(shí)例是腦的轉(zhuǎn)錄因子的基因產(chǎn)物。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原是全部由相同的轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)、轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)的復(fù)合物、結(jié)合蛋白質(zhì)的其他核酸或其他分子結(jié)合的基因的基因產(chǎn)物。這些相互作用可發(fā)生在活細(xì)胞中(體內(nèi))或純化的分子的溶液中(體外)。例如，由低氧誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)結(jié)合的基因的所有基因產(chǎn)物。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原是當(dāng)處理或暴露于相同刺激物時其轉(zhuǎn)錄水平或蛋白質(zhì)水平發(fā)生改變并因此得到協(xié)同調(diào)控的基因的基因產(chǎn)物。例如，當(dāng)用UV輻射處理時誘導(dǎo)的或抑制的所有抗原。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原是包含相似序列特征的抗原。這些特征可以是DNA序列基序、DNA序列基序的集合或可與隨機(jī)基因組序列的背景|旲型區(qū)分開的更聞級序列特征的富集。如本文所用的序列基序是一串兩個或更多個核酸堿基(A、T、C或G)。DNA序列基序可通過共有序列或概率矩陣來確定，概率矩陣中每個堿基在基序的每個位置處的身份被定義為概率。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原可以是其序列、轉(zhuǎn)錄物或蛋白質(zhì)通過代謝轉(zhuǎn)化和/或物理的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-DNA和蛋白質(zhì)-化合物相互作用而連接的基因的基因產(chǎn)物。酶催化這些反應(yīng)，且常常需要飲食礦物質(zhì)、維生素和其他輔因子以便正常作用。由于可能涉及到許多化學(xué)品，途徑可能相當(dāng)復(fù)雜。在一些實(shí)施方式中，途徑的成員共享共同的結(jié)構(gòu)或功能屬性。例如，蛋白質(zhì)可以共孚相同的序列基序，諸如鋒指或跨I吳區(qū)。在一些實(shí)施方式中，共同途徑中的抗原屬于相同的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。通常，在生物學(xué)中，信號轉(zhuǎn)導(dǎo)是指細(xì)胞通過其將一種信號或刺激轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N的任何過程，最常見地涉及細(xì)胞內(nèi)有序的一系列生物化學(xué)反應(yīng)，這些反應(yīng)通過酶進(jìn)行，由第二信使激活，導(dǎo)致被視為信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的途徑。通常，信號轉(zhuǎn)導(dǎo)涉及細(xì)胞外信號分子(或配體)與從質(zhì)膜朝向外并觸發(fā)細(xì)胞內(nèi)事件的細(xì)胞表面受體的結(jié)合。此外，細(xì)胞內(nèi)信號級聯(lián)可通過細(xì)胞-基底的相互作用而觸發(fā)，如對于結(jié)合在細(xì)胞外基質(zhì)中發(fā)現(xiàn)的配體的整合素的情況。類固醇代表由于其親脂性或疏水性而可以穿過質(zhì)膜的細(xì)胞外信號分子的另一個實(shí)例。許多，但不是所有的類固醇，具有細(xì)胞質(zhì)中的受體且通常通過刺激其受體與類固醇響應(yīng)基因的啟動子區(qū)域的結(jié)合而發(fā)揮作用。在多細(xì)胞生物體內(nèi)，具有多種不同的小分子和多肽，它們作為一個整體用于協(xié)調(diào)生物體環(huán)境中細(xì)胞的單獨(dú)的生物活性。這些分子的實(shí)例包括激素(例如，褪黑素)、生長因子(例如，表皮生長因子)、細(xì)胞 外基質(zhì)成分(例如，纖連蛋白)、細(xì)胞因子(例如，Y-干擾素)、趨化因子(例如，RANTES)、神經(jīng)遞質(zhì)(例如，乙酰膽堿)和神經(jīng)營養(yǎng)蛋白(例如，神經(jīng)生長因子)。
除了以上所列的許多常規(guī)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)刺激之外，在復(fù)雜生物體中，還存在引發(fā)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程的其他的環(huán)境刺激的實(shí)例。環(huán)境刺激還可以是自然界中的分子或更多是物理刺激，諸如照射眼睛的視網(wǎng)膜上的細(xì)胞的光、與鼻上皮中的嗅覺受體結(jié)合的增味劑、刺激味蕾中的味覺感受器的苦味和甜味、改變細(xì)胞中的DNA的紫外線以及激活細(xì)胞中的一系列事件的低氧。某些微生物分子，例如病毒核苷酸、細(xì)菌脂多糖或蛋白質(zhì)抗原，能夠引起通過信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程介導(dǎo)的、免疫系統(tǒng)針對入侵的病原體的應(yīng)答?；虻募せ?、新陳代謝的改變、細(xì)胞的持續(xù)增殖和死亡以及運(yùn)動的刺激或抑制是需要信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的對細(xì)胞外刺激的一些細(xì)胞反應(yīng)。基因激活導(dǎo)致進(jìn)一步的細(xì)胞效應(yīng)，因?yàn)樵S多響應(yīng)基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物包括酶和轉(zhuǎn)錄因子本身。作為信號轉(zhuǎn)導(dǎo)級聯(lián)的結(jié)果而產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄因子可轉(zhuǎn)而激活更多的基因。因此初始刺激可觸發(fā)整個一組基因的表達(dá)，并且其轉(zhuǎn)而可導(dǎo)致許多復(fù)雜生理事件的激活。這些事件包括，例如，由胰島素刺激的從血流中攝取葡萄糖的增加，以及由細(xì)菌產(chǎn)物刺激的中性粒細(xì)胞向感染部位的遷移。大多數(shù)哺乳動物細(xì)胞需要刺激來不僅控制細(xì)胞分裂，而且控制生存。在缺乏生長因子刺激時，大多數(shù)細(xì)胞中將隨之發(fā)生程序性細(xì)胞死亡。對細(xì)胞外刺激的這樣的需求對于在單細(xì)胞和多細(xì)胞生物體中控制細(xì)胞行為都是必要的。信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑對于生物過程是如此重要，以至于將大量的疾病歸因于其調(diào)節(jié)異常不足為奇。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是腫瘤學(xué)途徑的一部分。腫瘤學(xué)途徑中的抗原是那些參與增生、腫瘤形成和/或癌癥的發(fā)展的基因的基因產(chǎn)物。腫瘤學(xué)途徑的實(shí)例包括但不限于低氧、DNA損傷、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期和P53途徑。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是膜途徑的一部分。膜途徑的實(shí)例包括但不限于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、G-偶聯(lián)受體、離子通道、細(xì)胞粘附蛋白和受體途徑。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是核受 體途徑的一部分。核受體途徑中抗原的實(shí)例包括但不限于，由糖皮質(zhì)激素受體蛋白、雌激素受體蛋白、過氧化物酶體增生物激活受體蛋白、雄激素受體蛋白以及包括ABC和SLC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在內(nèi)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白途徑調(diào)控的基因產(chǎn)物。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是神經(jīng)元途徑的一部分。神經(jīng)元途徑中抗原的實(shí)例包括但不限于在神經(jīng)兀中表達(dá)的基因的基因廣物，如神經(jīng)遞質(zhì)和細(xì)胞粘附蛋白。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是血管途徑的一部分。血管途徑中抗原的實(shí)例包括但不限于參與血管生成、脂類代謝以及炎癥的抗原。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是信號途徑的一部分。信號途徑中抗原的實(shí)例包括但不限于參與細(xì)胞間信號傳導(dǎo)的基因產(chǎn)物、激素、激素受體、cAMP響應(yīng)以及細(xì)胞因子。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括包含抗原特異性的多種抗體的文庫的方法和組合物，該抗原是酶途徑的一部分。酶途徑中抗原的實(shí)例包括但不限于參與糖酵解、厭氧呼吸、三羧酸循環(huán)/檸檬酸循環(huán)、氧化磷酸化、脂肪酸氧化(β -氧化)、糖異生、HMG-CoA還原酶途徑、磷酸戊糖途徑、葉啉合成(或血紅素合成)途徑、尿素循環(huán)、光合作用(植物、藻類、藍(lán)細(xì)菌)以及化學(xué)合成(一些細(xì)菌)的基因的基因產(chǎn)物。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少 5%UO%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%100%的抗原是共同途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，在這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是腫瘤學(xué)途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 %、10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是低氧途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100 % 的抗原是 DNA 損傷途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少 5%,10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%^； 100%的抗原是細(xì)胞凋亡途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是細(xì)胞周期途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 %、10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、99 %或100 %的抗原是p53途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 % UO % ,20 % ,30 % ,40 % ,50 % ,60 % ,70 % ,80 % ,90 % ,99 % 100% 的抗原不同地選自低氧途徑、DNA損傷途徑、細(xì)胞凋亡途徑、細(xì)胞周期循環(huán)途徑以及p53途徑。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是膜結(jié)合途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是核受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 %、10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是糖皮質(zhì)激素受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、
10%、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、99 % 或 100 % 的抗原是過氧化物酶體增生物激活受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是雌激素受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種 抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是雄激素受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少 5%,10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%^； 100%的抗原是細(xì)胞色素P450受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 %、10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白受體途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100% 的抗原不同地選自糖皮質(zhì)激素受體途徑、過氧化物酶體增生物激活受體途徑、雌激素受體途徑、雄激素受體途徑、細(xì)胞色素P450途徑以及轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白途徑。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是血管途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是神經(jīng)元途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少5 %、10 %、20 %、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%的抗原是轉(zhuǎn)錄因子途徑的一部分。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，這些抗原中有至少 5 %、10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、99 % 或 100 % 的抗原是信號傳導(dǎo)途徑的一部分。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為共同途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為腫瘤學(xué)途徑的一部分的所有抗原的至少 5%,10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%^； 100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為低氧途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為DNA損傷途徑的一部分的所有抗原的至少 5%UO%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為細(xì)胞凋亡途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為細(xì)胞周期途徑的一部分的所有抗原的至少 5%UO%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為P53途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為膜結(jié)合途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100%。在一些實(shí)施方式中， 本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為核受體途徑的一部分的所有抗原的至少30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為糖皮質(zhì)激素受體途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為過氧化物酶體增生物激活受體途徑的一部分的所有抗原的至少 5%UO%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為雌激素受體途徑的一部分的所有抗原的至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為雄激素受體途徑的一部分的所有抗原的至少 5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為細(xì)胞色素P450受體途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%^； 100%。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白受體途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100%。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為神經(jīng)元途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99%或100%。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為信號傳導(dǎo)途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100%。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為血管途徑的一部分的所有抗原的至少 5%UO%,20%,30%,40%,50%,60%,70%,80%,90%,99%100%。本發(fā)明還提供了包含對于多種抗原為特異性的多種抗體的文庫，其中該文庫代表基因組中為轉(zhuǎn)錄因子途徑的一部分的所有抗原的至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、99% 或 100%。
產(chǎn)生抗體文庫的方法
本文還提供了產(chǎn)生抗體文庫的方法。在一個實(shí)施方式中，該方法包括(a)利用多種抗原免疫動物；(b)從該動物分離產(chǎn)生抗體的細(xì)胞；(c)從該產(chǎn)生抗體的細(xì)胞分離多種抗體；(d)利用蛋白質(zhì)陣列(諸如人類蛋白質(zhì)陣列)篩選步驟c)的多種抗體；以及(d)選擇對于蛋白質(zhì)組陣列上的單一靶標(biāo)為單特異性的抗體。在一個實(shí)施方式中，該方法可進(jìn)一步包括在步驟c)之前預(yù)篩選來自產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的多種抗體。動物可以是非人類動物，諸如牛、禽、犬、馬、貓、羊、豬或靈長類動物。動物可以是哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴或山羊?？梢岳每砂兓幕蚍羌兓臉悠?諸如純化的或非純化的細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸)的多種抗原來免疫動物。在另一實(shí)施方式中，所述多種抗原可包含非純化的樣品，諸如粗裂解物或未純化的細(xì)胞樣品、蛋白質(zhì)樣品、肽樣品或核酸樣品。所述多種抗原可包含生物樣品。例如，所述多種抗原可包含來自諸如牛、禽、犬、馬、貓、羊、豬或靈長類動物的生物體的單種細(xì)胞或多種細(xì)胞、蛋白質(zhì)、代表性肽或組織。生物體可以是人類或非人類。非人類生物體可以是哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴或山羊。生物樣品可以是組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性射出液、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液或臍帶血。在一個實(shí)施方式中，生物樣品可以基本上排除了常見血清蛋白，諸如但不限于白蛋白或IgG。排除可包括過濾、分級分離或親和純化。生物樣品可包含細(xì)胞，諸如干細(xì)胞、未分化細(xì)胞、已分化細(xì)胞或來自患病個體或具有特定狀況的個體的細(xì)胞。疾病或狀況可以是癌癥、炎癥性疾病、免疫疾病、自身免疫疾病、心血管疾病、神經(jīng)疾病、傳染病、代謝疾病或圍產(chǎn)期狀況。例如，癌癥可以是乳腺癌、卵巢癌、肺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、前列腺癌、黑素瘤、胰腺癌、腦癌、血液系統(tǒng)惡性腫瘤、肝細(xì)胞癌、宮頸癌、子宮內(nèi)膜癌、頭頸癌、食道癌、胃腸道間質(zhì)瘤(GIST)、腎細(xì)胞癌(RCC)或胃癌。所述多種抗原還可包含產(chǎn)生于細(xì)菌(諸如，但不限于大腸桿菌)、酵母、哺乳動物或昆蟲細(xì)胞中的樣品，諸如由生物體過量表達(dá)的蛋白質(zhì)。純化的或非純化的抗原，諸如表達(dá)感興趣的抗原的過量表達(dá)細(xì)胞或細(xì)胞混合物的形式，可用于免疫動物。所述多種抗原可包含至少11，000種不同的抗原，諸如至少12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000 或 20，000 種不同的抗原。在一些實(shí)施方式中，所述多種抗原包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%。所述多種抗原可包含生物體的蛋白質(zhì)組的至少 0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%或100%。所述多種抗原可包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或 100%。所述多種抗原可包含在表5 中列出的蛋白質(zhì)中的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%, 30%,35%,40%,45%,50%,60 %、70 %、80 %、90 %或100 %?？乖膸爝€可包含融合蛋白文庫，其代表未純化形式的生物體蛋白質(zhì)組，諸如過量表達(dá)細(xì)胞的集合(大腸桿菌、酵母、哺乳動物、昆蟲或其他生物體)。來自動物的產(chǎn)生抗體的細(xì)胞可以是淋巴樣細(xì)胞，諸如B細(xì)胞。產(chǎn)生抗體的細(xì)胞可用于產(chǎn)生雜交瘤,例如,與諸如骨髓瘤細(xì)胞的無限增殖細(xì)胞融合以產(chǎn)生雜交瘤。
在一個實(shí)施方式中，進(jìn)行預(yù)篩選步驟，其中在從產(chǎn)生抗體的細(xì)胞分離多種抗體之前，篩選來自產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的多種抗體。可通過使用產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的血清或上清液來進(jìn)行預(yù)篩選，以確定來自所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的抗體與包含一種或多種靶抗原(諸如天然抗原或蛋白質(zhì))的混合物的結(jié)合?？墒褂妹庖呓M織化學(xué)、免疫細(xì)胞化學(xué)、ELISA、色譜法或本領(lǐng)域已知用來測定結(jié)合的任何其他合適的方法進(jìn)行預(yù)篩選。預(yù)篩選可用于選擇產(chǎn)生抗體的細(xì)胞(其可包括已經(jīng)與無限增殖細(xì)胞融合的抗體分泌細(xì)胞，諸如雜交瘤)用于進(jìn)一步篩選，諸如通過本文所述的蛋白質(zhì)陣列。
混合物可包含粗裂解物、細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸。混合物可包含生物樣品，諸如組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性射出液、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液或臍帶血。在一個實(shí)施方式中，生物樣品可以基本上排除了常見血清蛋白，諸如但不限于白蛋白或IgG。排除可包括過濾、分級分離或親和純化。生物樣品可包含細(xì)胞，諸如干細(xì)胞、未分化細(xì)胞、已分化細(xì)胞或來自患病個體或具有特定狀況的個體的細(xì)胞?？梢栽诰哂谢驔]有先前的預(yù)篩選步驟的情況下，分離來自產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的多種抗體，之后利用生物體蛋白質(zhì)組的整體或一部分進(jìn)行篩選。例如，可利用生物體蛋白質(zhì)組的至少 0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或100%篩選分離的抗體。例如，可利用至少 11，000、12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000或20，000種生物體蛋白質(zhì)篩選分離的抗體。蛋白質(zhì)組可以是細(xì)菌、病毒、真菌的蛋白質(zhì)組。蛋白質(zhì)組可以是昆蟲或哺乳動物如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類的蛋白質(zhì)組。在一些實(shí)施方式中，蛋白質(zhì)組是人類的蛋白質(zhì)組。例如，可利用人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%來篩選分離的抗體。在一個實(shí)施方式中，利用人類蛋白質(zhì)組的至少 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%、80%、90%或100%篩選分離的抗體?？衫迷诒?中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%篩選分離的抗體。用于篩選抗體的蛋白質(zhì)組或其部分可存在于陣列上。在篩選之后，可基于其結(jié)合譜選擇抗體。例如，如果抗體與蛋白質(zhì)組的單個靶標(biāo)結(jié)合，例如與人類蛋白質(zhì)組陣列的單個靶標(biāo)結(jié)合，則可以為本文所述的文庫選擇該抗體。該方法可用于進(jìn)行抗體的高通量生產(chǎn)。例如，免疫小鼠的抗原可以高通量的方式生產(chǎn)。這可以如下進(jìn)行:1)從基因表達(dá)文庫針對性地產(chǎn)生重組蛋白，其中可根據(jù)需要或通過使用全部異源細(xì)胞、組織或來自靶物種的粗細(xì)胞提取物或富集的細(xì)胞提取物(非定向方法)或設(shè)計(jì)用于表達(dá)異源蛋白的全部哺乳動物細(xì)胞(定向方法)來表達(dá)感興趣的蛋白質(zhì)。用于注射的提取物可以包括亞細(xì)胞成分，諸如細(xì)胞膜和細(xì)胞內(nèi)膜、細(xì)胞器、顆?；虻鞍踪|(zhì)復(fù)合物，且可使用差速離心或其他眾所周知的方法來制備。這些用蛋白質(zhì)復(fù)雜混合物進(jìn)行的免疫最終可產(chǎn)生針對最高免疫原性的蛋白質(zhì)的抗體；在該事件中，可使用先前分離的抗體免疫消耗抗原來源，以去除任何特別的抗原性蛋白質(zhì)。此外，可溶性蛋白質(zhì)和膜蛋白可在其天然或變性狀態(tài)下通過尺寸排阻、離子交換、疏水色譜法或親和色譜法或通過使用單獨(dú)收集的小級分以利用數(shù)十種到數(shù)百種而非數(shù)千種蛋白質(zhì)進(jìn)行免疫而層析。同樣，對提取物的簡單硫酸銨分級分離將提供多種抗原子集?？墒褂冒邢蛱囟悇e的蛋白質(zhì)的特定技術(shù)。例如，參與SNO信號傳導(dǎo)的蛋白質(zhì)可通過固定化金屬親和色譜法(IMAC)來純化，之后可將洗脫的無金屬的蛋白質(zhì)用作免疫的抗原，或可將磷蛋白結(jié)合到TiO2親和基質(zhì)上從而得到極大地濃縮。從活細(xì)胞或固定細(xì)胞直接分離或獲得的天然蛋白質(zhì)可以是優(yōu)選的免疫原來源。
高通量方法還可包括短時間免疫以產(chǎn)生分泌抗體的淋巴樣細(xì)胞。例如，可利用多種抗原和佐劑制劑以后足墊的方式免疫動物。從免疫后的7天到21天收集胭淋巴結(jié)。通過在足墊處注射伊文思藍(lán)而直接顯示在免疫動物中的淋巴結(jié)。高通量方法還可包括在GST-耐受的小鼠中產(chǎn)生抗體。因?yàn)樵S多抗原表達(dá)為GST融合體，所以表達(dá)GST的小鼠品系(主動表達(dá)來自日本血吸蟲(S.japonicum)的GST的小鼠)可用于增加針對融合蛋白的非-GST成分的特異性抗體的產(chǎn)率，并消除抗-GST抗體的產(chǎn)生。用于產(chǎn)生抗體的高通量方法還可包括用于抗體生產(chǎn)的細(xì)胞融合體/雜交瘤的構(gòu)建。將接觸過抗原的淋巴樣細(xì)胞和骨髓瘤細(xì)胞融合，并將融合產(chǎn)物接種在含有熒光標(biāo)記的識別期望的免疫球蛋白分子子類的抗體的半固體培養(yǎng)基(甲基纖維素)上，或含有熒光標(biāo)記的、將標(biāo)記分泌期望的抗體的菌落的抗原的半固體培養(yǎng)基上。還可使用上述方法的組合。利用倒置突光顯微鏡與使用Drummond微細(xì)管和DrummondWireTrol裝置的手動挑取相結(jié)合，將熒光標(biāo)記的菌落從半固體培養(yǎng)基中轉(zhuǎn)移到液體培養(yǎng)基中，然后長出個體克隆。對于使用重組或天然蛋白質(zhì)在高通量方法中產(chǎn)生的單克隆抗體，可通過蛋白質(zhì)微陣列去卷積來鑒定相應(yīng)的抗原。可以進(jìn)行單步去卷積。例如，當(dāng)利用完整的細(xì)胞或細(xì)胞裂解物產(chǎn)生雜交瘤時，應(yīng)用二維池分析策略來揭示每種單克隆抗體將識別的抗原的身份。將雜交瘤的上清液排列在二維網(wǎng)格中并以3X3至100X100的池大小水平和垂直地進(jìn)行池分析。還可進(jìn)行三維池分析策略，其中雜交瘤排列在平板組中以產(chǎn)生3X3X3到IOOX IOOX 100格式的平板池以及水平和垂直池。得到的池分別與蛋白質(zhì)微陣列雜交并用微陣列分析軟件進(jìn)行評分。分別在二維和三維設(shè)計(jì)中，每個水平和垂直對共享的陽性(命中)或在平板、水平和垂直池(稱作三重組)的每個3向交叉點(diǎn)處共享的陽性(命中)，被鑒定為位于相同對或三重組交叉點(diǎn)處的單克隆抗體所識別的抗原。必要時，通過用相應(yīng)的抗體探測微陣列來確認(rèn)鑒定的抗原。因?yàn)殛嚵械某杀竞芨?，所以池分析策略可以降低表征或生產(chǎn)抗體的成本，并且例如IOX 10池的使用將分析100個克隆所需的陣列數(shù)從100個減少到20個；對于20 X 20的池，其可將所需的陣列數(shù)從400個減少到40個。例如，三維池可以篩選一批4096個雜交瘤，而16X16X16的3D策略只需要48個陣列。使用IOX 10策略，將可以使用820個陣列。圖2中描述了基于96孔板的3D池分析策略(12X8X12)。在高通量方法中產(chǎn)生的單克隆抗體的表征可使用完整蛋白質(zhì)組微陣列來進(jìn)行。該微陣列可用于確定給定的單克隆抗體所結(jié)合的特異性抗原。關(guān)于單克隆抗體親和力、與其他抗原的潛在交叉反應(yīng)性或缺少交叉反應(yīng)性的關(guān)鍵質(zhì)量信息都通過陣列分析來提供。高通量方法中單克隆抗體的生產(chǎn)可來自融合克隆。單克隆抗體在體外或體內(nèi)以所需的量產(chǎn)生?？衫酶鞣N已確立的方法純化這些抗體?；谑褂玫鞍踪|(zhì)微陣列對單克隆抗體的表征，可選定聞質(zhì)量(例如，聞未和力和低交叉反應(yīng)性)的單克隆抗體并用于產(chǎn)生抗體陣列。選定抗體并將其濃度標(biāo)準(zhǔn)化為相似效價?？蓪⑺鼈兣c合適的陽性(例如，稀釋的人IgG)和陰性(例如，人IgM和BSA)對照以多孔格式(例如，96孔、384孔或1562孔)排列，以使用微陣列機(jī)械手(例如，Nanoprint,Arraylt, Inc.)制備抗體微陣列。可定制不同微陣列配置的單克隆抗體的排列以促進(jìn)一系列全蛋白質(zhì)組研究。使用抗體文庫的方法本文還提供了鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法，該方法包括使靶標(biāo)與抗體文庫接觸，確定該靶標(biāo)與多種抗體之間的結(jié)合；以及當(dāng)靶標(biāo)與文庫的抗體結(jié)合時，鑒定針對該靶標(biāo)的抗體。本文還提供了鑒定靶標(biāo)的方法，該方法包括使靶標(biāo)與抗體文庫接觸，確定該靶標(biāo)與多種抗體之間的結(jié)合；以及當(dāng)靶標(biāo)與文庫的抗體結(jié)合時，鑒定該靶標(biāo)的抗體?？贵w文庫可以附著于基底上，使得靶標(biāo)與包含該抗體文庫的陣列相接觸。文庫可包含諸如以上所述的多種不同的抗體。例如，抗體文庫可包含通過相同平臺產(chǎn)生的抗體。文庫可包含多種不同的抗體，其中在所述多種抗體或所述多種抗體的子集(諸如所述多種抗體的至少 10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100% )中，抗體由相同的平臺產(chǎn)生，為單特異性的，結(jié)合其靶蛋白的天然形式；為單克隆的；為免疫沉淀抗體；為IgG抗體(例如，IgG同種型抗體)；對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力與所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力相似(例如，在至少1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%或 20% 內(nèi))；每種抗體對其靶標(biāo)具有至少KT7M(Kd)(例如，諸如至少ΙΟΛ^Κ^Μ'ΙΟ,Μ'ΙΟΑΜ'ΚΓυΜ、10_13M、10_14M、10_15M或I(T16M)的結(jié)合親和力；或其任意組合。該文庫可包含至少50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900 或 1000 種不同的單克隆抗體，結(jié)合生物體蛋白質(zhì)組(例如，人類蛋白質(zhì)組)的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90%或100%，結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%,1%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%或100%，或其任意組合。本文還提供了鑒定對于蛋白質(zhì)(諸如人類蛋白質(zhì))為單特異性的抗體的方法，該方法包括:使多種抗體與蛋白質(zhì)組陣列(諸如人類蛋白質(zhì)組陣列)接觸；確定多種抗體與存在于蛋白質(zhì)組陣列上的靶 標(biāo)之間的結(jié)合；以及將抗體鑒定為單特異性的。陣列可包含多種抗原或蛋白質(zhì)，該多種抗原或蛋白質(zhì)包含生物體蛋白質(zhì)組的至少0.5%、1%、2%、3%、4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11 %>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%,20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。例如，蛋白質(zhì)組陣列可包含生物體的至少 11，000、12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，OOO或20，OOO種蛋白質(zhì)。生物體可以是細(xì)菌、病毒或真菌。生物體可以是昆蟲或哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類。例如，蛋白質(zhì)組可包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%U %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。蛋白質(zhì)組陣列可包含在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%?？赏ㄟ^本領(lǐng)域已知的技術(shù)(例如,放射免疫測定、ELISA(酶聯(lián)免疫吸附測定)、“夾心”免疫測定、免疫放射測定、凝膠擴(kuò)散沉淀反應(yīng)、免疫擴(kuò)散測定、原位免疫測定(例如，使用膠體金、酶或放射同位素標(biāo)記)'Western印跡法、沉淀反應(yīng)、凝集測定(例如，凝膠凝集測定、血細(xì)胞凝集測定等)、補(bǔ)體固定測定、免疫熒光測定、蛋白A測定以及免疫電泳測定)檢測結(jié)合?？赏ㄟ^檢測第一抗體上的標(biāo)記來檢測抗體的結(jié)合?；蛘撸ㄟ^檢測第二抗體或試劑與第一抗體的結(jié)合來檢測第一抗體。例如，可以標(biāo)記第二抗體。在一些實(shí)施方式中，采用自動檢測測定或高通量系統(tǒng)。例如，在捕獲微酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)中，通過抗體的固定化和隨后對結(jié)合的標(biāo)記抗原的直接或間接比色、熒光、發(fā)光或放射性檢測使得抗體/抗原反應(yīng)成為可測量的。例如，可用生物素或?qū)⒃试S下游檢測的其他標(biāo)記物標(biāo)記抗原。固定化抗體通常將與存在的單個抗原決定簇結(jié)合?？赏ㄟ^例如包含抗原決定簇的生物標(biāo)記物的標(biāo)記來標(biāo)記抗原決定簇。該反應(yīng)的特異性將允許ELISA測定中的量化?？墒褂酶咄扛袷降腅LISA反應(yīng)來經(jīng)由以下步驟篩選所有雜交瘤上清液?？刹捎没诜荅LISA的其他原理的篩選測定(例如，抗體微陣列、基于MALDI/MS和/或多通道毛細(xì)管電泳的高通量篩選)。可通過，例如，已發(fā)布的方法來評估ELISA或微陣列數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)分析過程的目的是選擇顯示具有重要臨床參數(shù)且對于一個分析物組特異的最佳集合的雜交瘤上清液。
微陣列基底在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包含抗體文庫和基底的陣列(或微陣列)。在一些實(shí)施方式中，每種抗體固定在基底上?？蓪⒖贵w可逆地或不可逆地固定在基底上?；卓梢允瞧矫娴幕蚴穷w粒，且可包含實(shí)心或多孔材料?；卓梢允怯袡C(jī)的或無機(jī)的、生物的或非生物的，或這些材料的任意組合。在一個實(shí)施方式中，基底是透明的或半透明的。斑塊(patches)所位于的基底的表面部分優(yōu)選為平坦且牢固或半牢固的。許多材料適合用作基底。基底可包含硅、二氧化硅、玻璃或聚合物。例如，基底可 以包含選自硅、二氧化硅、石英、玻璃、可控孔度玻璃、碳、氧化鋁、二氧化鈦、鍺、氮化硅、沸石以及砷化鎵的材料。許多金屬，諸如金、鉬、鋁、銅、鈦及其合金，也是可用于陣列基底的選擇。此外，許多陶瓷和聚合物也可用作基底。可用作基底的聚合物包括但不限于以下材料:聚苯乙烯；聚四氟乙烯；聚偏二氟乙烯；聚碳酸酯；聚甲基丙烯酸甲酯；聚乙烯基乙烯；聚乙烯亞胺；聚醚醚酮；聚甲醛(POM);聚乙烯基苯酚；聚乳酸；聚甲基丙烯酰亞胺(PMI);聚烯砜(PAS);聚羥乙基甲基丙烯酸酯；聚二甲基硅氧烷 ’聚丙烯酰胺；聚酰亞胺；嵌段共聚物；以及Eupergit 。光致抗蝕劑、聚合L-B膜以及LiGA結(jié)構(gòu)也可用作本發(fā)明中的基底。在一個實(shí)施方式中，不同抗體的微陣列結(jié)合在涂覆有聚陽離子聚合物的載玻片上。根據(jù)本發(fā)明的另一方面形成基底，并打算用于檢測靶分子與一種或多種不同抗體的結(jié)合。在一個實(shí)施方式中，基底包括在其表面上形成有聚陽離子聚合物(優(yōu)選地，諸如聚賴氨酸或聚精氨酸的陽離子多肽)涂層的玻璃基底。在聚陽離子涂層上形成不同生物聚合體的微陣列，各自定位于已知選定的陣列區(qū)域，諸如區(qū)域。可通過將聚陽離子聚合物，例如，聚L-賴氨酸的均勻厚度薄膜放置在載玻片表面上并將該薄膜干燥以形成干燥的涂層而涂覆載玻片。添加的聚陽離子聚合物的量足以在玻璃表面上形成至少單層聚合物。聚合物薄膜通過表面上帶負(fù)電的甲硅烷基-OH基團(tuán)與聚合物中帶電荷的胺基團(tuán)之間的靜電結(jié)合而結(jié)合到表面上。聚L-賴氨酸涂覆的載玻片可從，例如，Sigma Chemical C0.(St.Louis, M0.)購買到。
合適的微陣列基底也通過玻璃的化學(xué)衍生來制備。將在末端Si上具有合適的離去基團(tuán)的硅烷化合物共價結(jié)合于玻璃表面上。衍生分子可設(shè)計(jì)用于賦予玻璃基底表面期望的化學(xué)性質(zhì)。這種雙功能試劑的一個實(shí)例為氨基-丙基-三(乙氧基)硅烷，其在該分子的三(乙氧基)硅烷部分與玻璃表面反應(yīng)，同時使得該分子的氨基部分游離。具有末端氨基基團(tuán)的表面適合于以與聚賴氨酸涂覆的載玻片相同的方式吸附生物聚合物。末端表面基團(tuán)的身份可通過進(jìn)一步的化學(xué)反應(yīng)而修飾。例如，在上述實(shí)例中末端胺與戊二醛的反應(yīng)產(chǎn)生末端醛基。在點(diǎn)樣微陣列之前可應(yīng)用進(jìn)一步的修飾層以獲得期望的反應(yīng)性，諸如通過將蛋白A或蛋白G溶液應(yīng)用于甲硅烷基化的(silynated)玻璃。其他結(jié)合多肽的表面為可從Schleicher和Schuell購買到的硝化纖維涂覆的載玻片以及諸如聚苯乙烯的蛋白質(zhì)結(jié)合塑料。點(diǎn)樣的抗體可通過吸附或共價結(jié)合而附著。通過點(diǎn)樣多肽和陣列基底之間的靜電相互作用、疏水相互作用、范德華相互作用或氫鍵相互作用而發(fā)生吸附。在水環(huán)境中將多肽溶液簡單應(yīng)用于表面足以吸附該多肽。通過多肽上的官能團(tuán)與化學(xué)活化的表面的反應(yīng)實(shí)現(xiàn)共價連接。例如，如果表面已經(jīng)用高反應(yīng)性親電子基團(tuán)如醛或琥珀酰亞胺基團(tuán)活化，則未修飾的多肽在胺基團(tuán)處，如在賴氨酸殘基或末端胺處反應(yīng)以形成共價鍵。

為了形成微陣列，使用本領(lǐng)域已知的任何合適的方法將確定體積的不同生物聚合物沉積在聚合物涂覆的載玻片上。根據(jù)基底的重要特征，當(dāng)在允許樣品中的標(biāo)記配體與基底陣列中的同源結(jié)合對結(jié)合的條件下將含水樣品應(yīng)用于基底時，沉積的抗體仍然非共價結(jié)合于涂覆的載玻片表面。在一些實(shí)施方式中，每個微陣列在每個小于約Icm2的表面積上包含至少50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900 或 1000 種不同的抗體。在一個實(shí)施方式中，在約16mm2的面積內(nèi)，微陣列包含50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350或400個區(qū)域，或2.5 X IO3個區(qū)域/cm2。另外，在一個優(yōu)選的實(shí)施方式中，每個微陣列區(qū)域中的抗體以約0.1飛摩爾至100納摩爾之間的確定的量存在。另外，在一個優(yōu)選的實(shí)施方式中，生物聚合物具有至少約50個單元，例如氨基酸、核苷酸等的長度，即，比通過各種原位合成方案以高密度陣列可形成的聚合物明顯更長。
微陣列的使用本發(fā)明的微陣列可用于醫(yī)學(xué)診斷、藥物發(fā)現(xiàn)、分子生物學(xué)、免疫學(xué)和毒理學(xué)。根據(jù)本發(fā)明制備的固定化抗體的微陣列在許多診斷和篩選應(yīng)用中可用于大規(guī)模結(jié)合測定。大量靶標(biāo)(例如，蛋白質(zhì))水平的定量變異的多重測量允許由幾個到許多不同的靶標(biāo)(例如，蛋白質(zhì))確定的模式的識別?？梢酝瑫r評估許多生理參數(shù)和疾病特異性模式。一個實(shí)施方式涉及生物樣品中存在的蛋白質(zhì)的分離、鑒定和表征。例如，通過對比疾病樣品和對照樣品，能夠鑒定“疾病特異性蛋白質(zhì)”。這些蛋白質(zhì)可用作藥物開發(fā)的靶標(biāo)或用作疾病的分子標(biāo)記?？贵w陣列可用于監(jiān)測樣品中蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，其中這些樣品可包括感興趣的組織的活檢、培養(yǎng)的細(xì)胞、微生物細(xì)胞群體、包括血液、血漿、淋巴、滑液、腦脊液、細(xì)胞裂解物、培養(yǎng)物上清液、羊膜液等的生物流體及其衍生物。特別感興趣的是生物流體的臨床樣品，包括血液及其衍生物、腦脊液、尿液、唾液、淋巴、滑液等。這樣的測定可以是定量的、半定量的或定性的。在測定為定量的或半定量的時，其優(yōu)選地包含競爭型格式，例如在標(biāo)記的和未標(biāo)記的樣品之間，或在區(qū)別標(biāo)記的樣品之間。用于檢測固定化多肽的靶分子的存在的測定可如下進(jìn)行，但該方法不必局限于本文所述的那些方法，且包括本領(lǐng)域已知的任何合適的方法。將樣品、其級分或小份加入到包含抗體的微陣列中。樣品可包含許多如上所述的生物流體或提取物。優(yōu)選地，含有已知濃度的對照配體的一系列標(biāo)準(zhǔn)作為對照與樣品或其小份平行測定。孵育時間應(yīng)該足夠靶分子結(jié)合多肽。一般為約0.l-3h，通常為lh，但可以長達(dá)I天或更久。孵育后，通常洗掉 不溶性載體上的非結(jié)合成分。通常，將合適pH(通常為7-8)的稀釋的非離子型去污劑介質(zhì)用作洗滌介質(zhì)?？刹捎?-6次洗滌，使用足以徹底地洗掉樣品中存在的非特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)的體積。為了檢測結(jié)合的靶標(biāo)的存在，可使用許多方法。這些分成三個普通組?？衫每蓹z測的標(biāo)記物來標(biāo)記祀標(biāo)本身，并直接測定結(jié)合的標(biāo)記物的量?；蛘撸诟偁帨y定中標(biāo)記的樣品可與區(qū)別標(biāo)記的或未標(biāo)記的樣品混合。在又一實(shí)施方式中，樣品本身不進(jìn)行標(biāo)記，但加入第二階段標(biāo)記試劑以便定量存在的配體的量。允許直接測量配體結(jié)合的標(biāo)記物的實(shí)例包括放射性同位素標(biāo)記(諸如咕或125I)、熒光劑、染料、珠子、化學(xué)發(fā)光劑、膠體顆粒等等。合適的熒光染料是本領(lǐng)域已知的，包括異硫氰酸熒光素(FITC);羅丹明和羅丹明衍生物；德克薩斯紅；藻紅蛋白；別藻藍(lán)蛋白；6-羧基熒光素(6-FAM) ;2' ,T -二甲氧基-4'，5' -二氯_6_羧基熒光素(JOE);6-羧基-X-羅丹明(ROX) ;6_羧基-2' A' ,T，4，7-六氯熒光素(HEX) ;5_羧基熒光素(5-FAM) ;N，N，N'，N' _四甲基_6_羧基羅丹明(TAMRA);磺化羅丹明；Cy3 ;Cy5等。優(yōu)選地，待標(biāo)記的化合物與活化染料相結(jié)合，該活化染料與配體上存在的基團(tuán)(例如，氨基、硫醇基、醒基等)進(jìn)行反應(yīng)。特別是，在例如通過添加識別靶標(biāo)的標(biāo)記抗體進(jìn)行第二階段檢測時，標(biāo)記可以是在添加合適的底物之后能夠提供可檢測產(chǎn)物信號的共價結(jié)合的酶。用于偶聯(lián)物中的合適的酶的實(shí)例包括辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶、蘋果酸脫氫酶等等。在不能購買到時，這類抗體-酶偶聯(lián)物可容易地通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)生產(chǎn)。第二階段結(jié)合試劑可以是以足夠的特異性結(jié)合靶分子的任何化合物，以便其可與存在的其他成分區(qū)分開。在一個優(yōu)選的實(shí)施方式中，第二階段結(jié)合試劑為配體特異性的抗體，其為單克隆或多克隆血清，例如，小鼠抗人抗體等。為了信號的放大，可利用諸如生物素、洋地黃毒苷等試劑來標(biāo)記配體，其中第二階段試劑將包含適合于該標(biāo)記物的抗生物素蛋白、鏈霉親和素、抗洋地黃毒苷抗體等。可通過例如使用掃描激光顯微鏡、熒光測定、改良的ELISA讀板器等掃描微陣列以檢測配體的結(jié)合。例如，掃描激光顯微鏡可針對所用的每個熒光團(tuán)使用合適的激發(fā)光線進(jìn)行單獨(dú)掃描。之后合并由該掃描產(chǎn)生的數(shù)字圖像用于隨后的分析。對于任何特定的陣列元素，將用一種標(biāo)記物的熒光信號的比值與來自另一種標(biāo)記DNA的熒光信號進(jìn)行比較，并確定相對豐度。檢測靶分子的微陣列和方法可用于許多篩選、研究和診斷測定。在一種應(yīng)用中，抗體陣列與來自生物體的總蛋白質(zhì)結(jié)合，從而為了研究或診斷目的監(jiān)測蛋白質(zhì)表達(dá)。利用一種顏色的熒光團(tuán)標(biāo)記來自正常細(xì)胞的總蛋白質(zhì)且利用另一種顏色的熒光團(tuán)標(biāo)記來自患病細(xì)胞的總蛋白質(zhì)，并同時將兩種樣品與同一陣列結(jié)合，允許以兩種熒光團(tuán)強(qiáng)度的比值測定不同的蛋白質(zhì)表達(dá)。該雙色實(shí)驗(yàn)可用于監(jiān)測在不同組織類型中的表達(dá)、疾病狀態(tài)、對藥物的響應(yīng)或?qū)Νh(huán)境因素的響應(yīng)。在篩選測定中，例如為了確定一種蛋白質(zhì)或多種蛋白質(zhì)是否與疾病途徑相關(guān)或是否與疾病特異性表型相關(guān)，可由培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測定?？赏ㄟ^添加作用于感興趣的靶標(biāo)或途徑的藥理活性劑來實(shí)驗(yàn)操作這些細(xì)胞。該應(yīng)用對于闡明生物學(xué)功能或治療靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)至
關(guān)重要。對于許多診斷和研究目的，測定血液或血清中的靶分子例如蛋白質(zhì)的水平是有用的。該應(yīng)用對于與特定診斷或預(yù)后相關(guān)的臨床上有用的標(biāo)記物的發(fā)現(xiàn)和診斷至關(guān)重要。例如，通過平行監(jiān)測一系列抗體或T細(xì)胞受體特異性，可以確定自身免疫疾病過程中、感染期間、移植物排斥中等的抗體的水平和動力學(xué)?；蛘?，可通過正常的和患病的血液樣品的對比或通過對比疾病不同階段的臨床樣品來開發(fā)與感興趣的疾病相關(guān)的新型蛋白質(zhì)標(biāo)記物。關(guān)于生物體基因組中蛋白質(zhì)表達(dá)的信息可具有許多應(yīng)用，包括但不限于通過結(jié)合諸如發(fā)病、疾病的發(fā)展、抗病性、疾病易感性或藥物反應(yīng)之類的表型，以個性化方式診斷和治療疾病(也稱作“個性化醫(yī)學(xué)”)。在細(xì)胞或組織特異性方面對與生物體基因組中生物途徑有關(guān)的蛋白質(zhì)的鑒定和表征還可有助于針對具有增強(qiáng)的治療效果和降低的副作用的治療設(shè)計(jì)轉(zhuǎn)基因表達(dá)構(gòu)建體。在細(xì)胞或組織特異性方面對蛋白質(zhì)表達(dá)的鑒定和表征還可有助于針對疾病的診斷、預(yù)防和治療開發(fā)功能標(biāo)記物?！凹膊　卑ǖ幌抻谄谕淖兊纳矬w的任何狀況、性狀或特征。例如，狀況可以是物理的、生理的或心理的，且可以是有癥狀的或無癥狀的。在本發(fā)明的另一實(shí)施方式中，抗體陣列用于檢測蛋白質(zhì)中的翻譯后修飾，其在研究信號傳導(dǎo)途徑和細(xì)胞調(diào)控中是重要的。翻譯后修飾可用對于蛋白質(zhì)特定狀態(tài)(諸如磷酸化、糖基化、法呢基化(farnesylated)等)特異性的抗體進(jìn)行檢測。配體和多肽之間的這些相互作用的檢測可導(dǎo)致醫(yī)學(xué)診斷。例如，通過將未知病原體的樣品與包含對于已知致病性抗原特異性的許多類型抗體的陣列結(jié)合，可以明確地確定病原微生物的身份。
試齊U盒在一個實(shí)施方式中，提供了包含抗體文庫的試劑盒。在一些實(shí)施方式中，抗體文庫排列于諸如96或384孔的支持物中。在一個實(shí)施方式中，試劑盒包含抗體微陣列。試劑盒可進(jìn)一步包括:報告測定底物；用于誘導(dǎo)或抑制特定生物途徑的試劑(細(xì)胞因子或其他純化的蛋白質(zhì)、小分子、cDNA、siRNA等)，和/或數(shù)據(jù)分析軟件。此外，提供了試劑盒，其包含用于執(zhí)行本發(fā)明方法或利用本發(fā)明的任何組合物、文庫、陣列或物品組合進(jìn)行測試或測定的試劑和說明。試劑盒可進(jìn)一步包含緩沖液、酶、銜接子、標(biāo)記物、第二抗體和使用該試劑盒所必需的說明，任選地包括疑難解答信息。在又一實(shí)施方式中，試劑盒可包含諸如本文所述的抗體文庫以及諸如生物體的蛋白質(zhì)組的抗原文庫。試劑盒可包含生物體蛋白質(zhì)組的至少0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%、35%、40%、45%、5 0%、60%、70%、80%、90%或 100%?？乖膸炜纱泶蟛糠只蛘麄€生物體蛋白質(zhì)組，諸如細(xì)菌、病毒、真菌的蛋白質(zhì)組。抗原文庫可代表昆蟲或哺乳動物(諸如小鼠、大鼠、兔、貓、狗、猴、山羊或人類)的大部分或整個蛋白質(zhì)組。例如，生物體蛋白質(zhì)組文庫可包含至少 11，000,12, 000,13, 000,14, 000,15, 000,16, 000,17, 000,18, 000、19，000或20，000種不同的抗原。生物體蛋白質(zhì)組文庫可包含在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%,1%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%或 100%。
實(shí)施例
實(shí)施例1:將約17，000個全長人類ORF亞克隆至表達(dá)載體中。獲得了約16，000 個獨(dú)特 ORF 的Gateway ORF 集合(Invitrogen, CA)，同時亞克隆了額外的1，000個全長人類0RF。構(gòu)建了用于酵母的Gateway 相容性表達(dá)載體(pEGH-A),該載體在半乳糖誘導(dǎo)后在酵母中產(chǎn)生N-末端6xHis6::谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶(GST)融合蛋白(圖3)。隨后，以通過限制酶切消化確定的99%的成功率亞克隆了全部約17，000個人類0RF。尤其是，對該集合制備了三個重復(fù)，從其中之一中提取出了進(jìn)入DNA(Entry DNA)，并在瓊脂糖凝膠上檢查了質(zhì)粒DNA的質(zhì)量。之后將得到的重組體轉(zhuǎn)化入細(xì)菌并在含有Amp的平板上選擇單菌落。對于每個LR重組體，挑取了四個單菌落以產(chǎn)生甘油貯存液，將其中兩個進(jìn)一步處理以在96孔格式中提取質(zhì)粒DNA。將提取的質(zhì)粒DNA用限制性內(nèi)切酶消化以釋放插入物，并在瓊脂糖凝膠上電泳以檢查作為成功亞克隆的指示的載體和插入物大小(圖3)?；陬A(yù)期插入物大小對每個限制事件進(jìn)行評分，且成功率確定為99.3%。 大于200個隨機(jī)表達(dá)克隆的測序顯示100%的序列是正確的。將確認(rèn)的表達(dá)構(gòu)建體重新排列以產(chǎn)生用于酵母的表達(dá)克隆主集(masterset)。相似的大規(guī)?？寺≡诩?xì)菌表達(dá)載體內(nèi)完成。
實(shí)施例2 =5000種人類抗原的微陣列的設(shè)計(jì)與構(gòu)建。進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn)以測試快速純化用于微陣列生產(chǎn)的正確折疊的重組蛋白的能力。這些蛋白質(zhì)分為5種不同的功能類別:轉(zhuǎn)錄因子和轉(zhuǎn)錄輔助調(diào)節(jié)物、RNA結(jié)合蛋白、蛋白激酶、染色質(zhì)相關(guān)蛋白和染色質(zhì)修飾蛋白以及線粒體蛋白。根據(jù)一級序列、文獻(xiàn)和基因本體論注釋將蛋白質(zhì)置于這些類別中。表達(dá)的ORF代表相關(guān)功能類別中全部人類蛋白質(zhì)中的多達(dá)85%(就轉(zhuǎn)錄因子而言)。以足夠用于陣列構(gòu)建的水平純化90%以上的表達(dá)的蛋白質(zhì)(Ho，S.W.，等，Linking DNA-binding proteins totheir recognition sequences by using proteinmicroarrays.Proc Natl AcadSci U S A,2006.103(26):p.9940-5)。進(jìn)行幾項(xiàng)功能試驗(yàn)以確認(rèn)表達(dá)的蛋白質(zhì)在固定于固體表面后是有功能的。在包含來自酵母的119種獨(dú)立純化的蛋白質(zhì)激酶的激酶芯片上進(jìn)行自磷酸化測定，觀察到大約85%的激酶表現(xiàn)出可檢測的激酶活性(Zhu, H.,等,Analysis of yeast protein kinasesusing protein chips.NatGenet, 2000.26 (3) p.283-9.)。盡管是共價連接到固體表面，但是這些蛋白質(zhì)激酶中的大多數(shù)明顯保持了其酶活性。使用由大約300種酵母轉(zhuǎn)錄因子組成的蛋白質(zhì)芯片鑒定并表征各種DNA基序與轉(zhuǎn)錄因子之間的特異性相互作用(Ho，S.W.，等，Linking DNA-binding proteins to theirrecognition sequences by using proteinmicroarrays.Proc Natl Acad Sci U SA, 2006.103 (26):p.9940-5.)。還研究了 DNA 基序與人類轉(zhuǎn)錄因子之間的相互作用，其中由大約1，OOO種人類轉(zhuǎn)錄因子組成的先導(dǎo)蛋白質(zhì)芯片用于證明已知的DNA基序與其文獻(xiàn)記錄的轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合；相反，在這些基序中的點(diǎn)突變顯著地降低其結(jié)合親和力(Hu, S.,等，Profiling the human protein-DNAinteractome reveals ERK2 as atranscriptional repressor of interferonnsignaling.Cell, 2009.139(3):p.610-22.)。
實(shí)施例3:人類抗原蛋白質(zhì)芯片的制備為了從酵母細(xì)胞純化全套17，000種人類蛋白質(zhì)抗原，將整個人類ORF主集在PEGH-A中克隆至酵母中，挑取單菌落并制備甘油貯存液。誘導(dǎo)酵母細(xì)胞用于重組蛋白生產(chǎn)并儲存于_80°C下。為了監(jiān)測誘導(dǎo)的培養(yǎng)物的質(zhì)量，針對每批培養(yǎng)制備物一式二份接種24個隨機(jī)菌株并使其首先經(jīng)歷蛋白質(zhì)純化步驟。使用免疫印跡和銀染色技術(shù)，估計(jì)培養(yǎng)物誘導(dǎo)的成功率(圖4A)。只有當(dāng)至少85%的純化蛋白質(zhì)在免疫印跡和銀染色分析中在預(yù)期分子量范圍內(nèi)顯示出主帶時才表明成功。否則，針對失敗批次重復(fù)培養(yǎng)物制備。使用該標(biāo)準(zhǔn)，全部17，000種抗原蛋白質(zhì)以85%的成功率進(jìn)行了純化。使用微陣列點(diǎn)樣儀將純化的人類抗原蛋白質(zhì)點(diǎn)樣至各玻璃表面(例如，F(xiàn)AST、N1-NTA和FullMoon)以產(chǎn)生人類抗原芯片。通過利用抗-GST抗體和Cy3-標(biāo)記的第二抗體探測載玻片來監(jiān)測芯片的質(zhì)量。掃描芯片并使用GenePix軟件獲得和分析信號。結(jié)果表明，芯片是高質(zhì)量的且> 90%的點(diǎn)印的蛋白質(zhì)產(chǎn)生顯著高于背景的信號(圖4B、圖4C)。
實(shí)施例4:抗原微陣列上的抗體質(zhì)暈譜分析針對在人肝臟中表達(dá)的蛋白質(zhì)的單克隆抗體用傳統(tǒng)方法產(chǎn)生(Hu，S.，等，A protein chip approach for high-throughput antigen identification andcharacterization.Proteomics, 2007.7 (13):p.2151-61)。從腹水中純化大量單克隆抗體并在含有1%的BSA的PBS中稀釋10，000倍。使用人類肝臟蛋白質(zhì)芯片評估m(xù)Ab的質(zhì)量(例如，親和力和特異 性)。根據(jù)文獻(xiàn)/數(shù)據(jù)庫檢索，將已知在人類肝臟中表達(dá)的1058種全長cDNA克隆至將這些蛋白質(zhì)表達(dá)為N-末端GST融合蛋白的表達(dá)載體中。為了制備人類肝臟蛋白質(zhì)芯片，表達(dá)這些基因，并利用谷胱甘肽親和色譜法從酵母細(xì)胞中純化這些基因，并點(diǎn)樣至載玻片上。同時將小鼠IgG點(diǎn)樣至芯片上以用作位標(biāo)。用抗-GST抗體將抗原微陣列上固定化的人類肝臟蛋白質(zhì)的量可視化和量化(圖5A)。結(jié)論是98.5% (I, 042/1，058)的蛋白質(zhì)顯示出顯著高于背景的信號，且蛋白質(zhì)芯片是高質(zhì)量的。為了評估針對不同人類肝臟蛋白質(zhì)產(chǎn)生的幾種單克隆抗體的特異性，于室溫(RT)下在自制的濕室中在輕輕搖動下將芯片用含1%的BSA的PBS緩沖液封閉至少lh。同時，將從腹水中純化的單克隆抗體在磷酸緩沖鹽溶液(PBS)中稀釋20，000倍。封閉之后，將稀釋的mAb加入不同的芯片中并在室溫和輕輕搖動下孵育30min。之后將芯片于42°C搖動下在PBST (I %的吐溫20)緩沖液中洗滌3次，持續(xù)lOmin。將用Cy3標(biāo)記的抗小鼠IgG抗體(Jackson Laboratories,美國，在PBS中稀釋11，000倍)加入芯片中并在室溫下于黑暗中孵育lh。之后將芯片于42°C在輕輕搖動下用預(yù)熱的PBS+0.1% Triton洗滌3次，每次持續(xù)lOmin。在過濾器除菌的雙去離子水中沖洗兩次后，將芯片旋轉(zhuǎn)至干。為了將結(jié)合譜可視化，我們用微陣列掃描儀掃描芯片并用GenePix軟件進(jìn)一步分析了結(jié)合信號。如圖5B中所示，針對點(diǎn)樣于載玻片上的1，058種蛋白質(zhì)檢測了針對pirin產(chǎn)生的mAb的特異性，且該mAb只識別pirin。因?yàn)槊糠N點(diǎn)樣蛋白質(zhì)的量不會顯著地變化，因此該結(jié)果表明抗體是高度特異性的。用針對其他四種人類蛋白質(zhì)產(chǎn)生的mAb也得到了相似的結(jié)果(圖5C)。
實(shí)施例5:單特異性抗體的產(chǎn)生和表征。響應(yīng)于重組人類蛋白質(zhì)以及活的人類癌癥細(xì)胞系的免疫已經(jīng)產(chǎn)生了超過2，000種強(qiáng)IgG-分泌單克隆抗體。含有17，000種人類蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)微陣列已用于分析這些單克隆抗體中的88種的結(jié)合特異性。為了減少用于該分析的微陣列的數(shù)量，在圖6圖示的交叉分析中使用來自多達(dá)7個不同的雜交瘤的上清液的等量混合物，以檢查這些合并的抗體的特異性。88種單克隆抗體中的11種是真正單特異性的，因?yàn)槲㈥嚵猩现挥幸环N蛋白質(zhì)被這些單克隆抗體所識別。另外7種單克隆抗體僅結(jié)合陣列上的3種不同的蛋白質(zhì)，顯示高度限制性的特異性。對于其中4種單特異性單克隆抗體，不能購買到任何種類(多克隆或單克隆)的抗體，同時也不知道對于其他7種的任何可購買到的抗體是否是單特異性的。這些單特異性單克隆抗體以及可購買到的識別它們的抗體的列表示于表I中。被11種單特異性單克隆抗體識別的抗原按照基因符號ID列出。還列出了針對該蛋白質(zhì)的所有可購買到的抗體(單克隆的和多克隆的)的數(shù)目，并且在括號內(nèi)列出了針對該抗原的單克隆抗體的數(shù)目。
表1:生成的單特異性mAb所識別的抗原。
權(quán)利要求
1.一種抗體文庫，其包含:多種不同的抗體，其中所述多種抗體中的至少10%是由相同的平臺產(chǎn)生的。
2.如權(quán)利要求1所述的文庫，其中所述多種抗體中的至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%是由相同的平臺產(chǎn)生的抗體。
3.如權(quán)利要求1-2所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體都是單特異性抗體。
4.如權(quán)利要求1-3所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體對其靶蛋白具有至少10_7M(Kd)的結(jié)合親和力。
5.如權(quán)利要求4所述的文庫，其中所述結(jié)合親和力至少為1(Γ12Μ、1(Γ13Μ、1(Γ14Μ、I (T15M 或 1(Γ16Μ。
6.如權(quán)利要求1-5所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體結(jié)合其靶蛋白的天然形式。
7.如權(quán)利要求1-6所述的文庫，其中所述多種抗體包含至少50種不同的抗體。
8.如權(quán)利要求7所述的文庫，其中所述多種抗體包含至少75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900 或 1000 種不同的抗體。
9.如權(quán)利要求1-8所述的文庫，其中所述多種抗體結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%。
10.如權(quán)利要求9所述的文庫，其中所述多種抗體結(jié)合人類蛋白質(zhì)組的至少I%、2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11% >12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%,19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。
11.如權(quán)利要求1-10所述的文庫，其中所述多種抗體結(jié)合在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%U%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%,80%,90%或 100%。
12.如權(quán)利要求1-11所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少20%以內(nèi)。
13.如權(quán)利要求12所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體對其靶標(biāo)具有的結(jié)合親和力在由相同平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的另一抗體的結(jié)合親和力的至少 I %>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%、17%、18%或 19% 以內(nèi)。
14.如權(quán)利要求1-13所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體都是單克隆抗體。
15.如權(quán)利要求1-14所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體都是免疫沉淀抗體。
16.如權(quán)利要求1-15所述的文庫，其中由相同的平臺產(chǎn)生的所述多種抗體中的每種抗體都是IgG抗體。
17.一種陣列，其包含:如權(quán)利要求1-16所述的抗體文庫，其中每種抗體都固定在基底上。
18.如權(quán)利要求17所述的陣列，其中所述基底是平面的。
19.如權(quán)利要求17所述的陣列，其中所述基底是顆粒。
20.如權(quán)利要求17-19所述的陣列，其中所述基底包含實(shí)心材料。
21.如權(quán)利要求17-19所述的陣列，其中所述基底包含多孔材料。
22.如權(quán)利要求17-21所述的陣列，其中所述固定是可逆的。
23.如權(quán)利要求17-21所述的陣列，其中所述固定是不可逆的。
24.一種產(chǎn)生如權(quán)利要求1-16所述的文庫的方法，該方法包括: a)用多種抗原免疫動物； b)從所述動物分離產(chǎn)生抗體的 細(xì)胞； c)從所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞分離多種抗體； d)利用人類蛋白質(zhì)組陣列篩選步驟c)的所述多種抗體；以及 e)為所述文庫選擇對于所述蛋白質(zhì)組陣列上的單一靶標(biāo)為單特異性的抗體。
25.如權(quán)利要求24所述的方法，進(jìn)一步包括在步驟c)之前預(yù)篩選來自所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的所述多種抗體。
26.如權(quán)利要求25所述的方法，其中所述預(yù)篩選是通過進(jìn)行免疫細(xì)胞化學(xué)而實(shí)現(xiàn)的。
27.如權(quán)利要求25所述的方法，其中所述預(yù)篩選是通過確定來自所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞的抗體與包含一種或多種靶抗原的混合物的結(jié)合而實(shí)現(xiàn)的。
28.如權(quán)利要求27所述的方法，其中所述混合物包含粗裂解物、細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸。
29.如權(quán)利要求27所述的方法，其中所述混合物包含生物樣品。
30.如權(quán)利要求24-29所述的方法，其中所述多種抗原包含粗裂解物、細(xì)胞、蛋白質(zhì)、肽或核酸。
31.如權(quán)利要求24-29所述的方法，其中所述多種抗原包含生物樣品。
32.如權(quán)利要求29和31所述的方法，其中所述生物樣品為組織、血液、血清、血漿、尿液、腦脊液(CSF)、痰、唾液、骨髓、滑液、房水、羊膜液、耵聹、母乳、支氣管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、Cowper液、射精前液體、女性射出液、汗水、淚水、囊腫液、胸膜液、腹膜液、心包液、淋巴、食糜、乳糜、膽汁、間隙液、月經(jīng)、膿汁、皮脂、陰道分泌物、黏膜分泌物、糞便水、胰液、來自竇腔的灌洗液、支氣管肺抽出物、囊胚腔液或臍帶血。
33.如權(quán)利要求24-32所述的方法，其中所述多種抗原包含至少11，000種不同的抗原。
34.如權(quán)利要求33所述的方法，其中所述多種抗原包含至少12，000、13，000、14，000、15，000、16，000、17，000、18，000、19，000 或 20，000 種不同的抗原。
35.如權(quán)利要求24-32所述的方法，其中所述多種抗原包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%。
36.如權(quán)利要求35所述的方法，其中所述多種抗原包含人類蛋白質(zhì)組的至少1%、2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18%,19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。
37.如權(quán)利要求24-36所述的方法，其中所述產(chǎn)生抗體的細(xì)胞是B細(xì)胞。
38.如權(quán)利要求24-37所述的方法，進(jìn)一步包括將所述抗體固定于基底上。
39.如權(quán)利要求38所述的方法，其中所述基底是平面的。
40.如權(quán)利要求38所述的方法，其中所述基底是顆粒。
41.如權(quán)利要求38-40所述的方法，其中所述基底包含實(shí)心材料。
42.如權(quán)利要求38-40所述的方法，其中所述基底包含多孔材料。
43.如權(quán)利要求38-42所述的方法，其中所述固定是可逆的。
44.如權(quán)利要求38-42所述的方法，其中所述固定是不可逆的。
45.一種鑒定對于人類蛋白質(zhì)為單特異性的抗體的方法，該方法包括: a)使多種抗體與人類蛋白質(zhì)組陣列接觸； b)確定所述多種抗體與所述人類蛋白質(zhì)組陣列上存在的靶標(biāo)之間的結(jié)合；以及 c)當(dāng)抗體與所述蛋白質(zhì)組陣列上的單一靶標(biāo)結(jié)合時，將所述抗體鑒定為單特異性的。
46.如權(quán)利要求24-45所述的方法，其中所述人類蛋白質(zhì)組陣列包含人類蛋白質(zhì)組的至少0.5%。
47.如權(quán)利要求46所述的方法，其中所述人類蛋白質(zhì)組陣列包含人類蛋白質(zhì)組的至少I 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%,13%,14%,15%,16%,17%,18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80%、90% 或 100%。
48.如權(quán)利要求24 -47所述的方法，其中所述人類蛋白質(zhì)組陣列包含在表5中列出的人類蛋白質(zhì)中的至少 0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,60%,70%、80%、90% 或 100%。
49.一種鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法，該方法包括: a)使靶標(biāo)與權(quán)利要求1-16的所述抗體文庫接觸； b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間的結(jié)合；以及 c)當(dāng)所述靶標(biāo)與所述文庫的抗體結(jié)合時，鑒定針對所述靶標(biāo)的抗體。
50.一種鑒定針對靶標(biāo)的抗體的方法，該方法包括: a)使靶標(biāo)與權(quán)利要求17-23的所述陣列接觸； b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間的結(jié)合；以及 c)當(dāng)所述祀標(biāo)與所述陣列的抗體結(jié)合時,鑒定針對所述祀標(biāo)的抗體。
51.—種鑒定祀標(biāo)的方法,該方法包括: a)使靶標(biāo)與權(quán)利要求1-16的所述抗體文庫接觸； b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間的結(jié)合；以及 c)當(dāng)所述靶標(biāo)與所述文庫的抗體結(jié)合時，鑒定所述靶標(biāo)。
52.—種鑒定祀標(biāo)的方法,該方法包括: a)使靶標(biāo)與權(quán)利要求17-23的所述陣列接觸； b)確定所述靶標(biāo)與所述多種抗體之間的結(jié)合；以及 c)當(dāng)所述靶標(biāo)與所述陣列的抗體結(jié)合時，鑒定所述靶標(biāo)。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種抗體文庫，其中所述抗體文庫可包含多種單克隆抗體、單特異性抗體或免疫沉淀抗體。本發(fā)明還提供了產(chǎn)生和使用該抗體文庫的方法。
文檔編號C40B40/10GK103168119SQ201180039055
公開日2013年6月19日 申請日期2011年6月16日 優(yōu)先權(quán)日2010年6月16日
發(fā)明者杰夫·D·伯克, 恒·朱, 塞斯·布萊克肖, 丹尼爾·J·艾興格, 伊格納西奧·皮諾 申請人:Cdi實(shí)驗(yàn)室, 約翰·霍普金斯大學(xué)