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一種微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法及應(yīng)用

文檔序號(hào):40385398發(fā)布日期:2024-12-20 12:08閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:包括以下步驟:

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s1中所述預(yù)設(shè)表型包括微生物的毒力或耐藥性。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s1中所述數(shù)據(jù)集的子集要求鑒定百分比≥75%、質(zhì)譜峰數(shù)量為100-200。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s2中所述微生物樣本的共同質(zhì)譜譜圖數(shù)據(jù)集來自于不同的生物學(xué)重復(fù)和技術(shù)重復(fù)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s3中所述質(zhì)量控制分析包含原始質(zhì)譜譜圖數(shù)據(jù)集和共同質(zhì)譜譜圖數(shù)據(jù)集。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s4中所述差異性質(zhì)譜峰的篩選如下:①排除所有菌株中出現(xiàn)頻率100%的質(zhì)譜峰;②排除所有菌株內(nèi)出現(xiàn)頻率<20%的質(zhì)譜峰。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s4中所述簇類分析從預(yù)設(shè)表型分組和質(zhì)譜峰分布上雙向綜合分析。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s5中所述候選分子標(biāo)記的篩選如下:①待分析質(zhì)譜峰在預(yù)設(shè)表型分組的目標(biāo)組內(nèi)pop<20%;②待分析質(zhì)譜峰在預(yù)設(shè)表型分組其他組內(nèi)表達(dá)相對(duì)較高。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s5中所述組合分析使用排列組合的方法,公式如下:

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s5中所述組合分析后使用分子標(biāo)記的臨床診斷效能評(píng)價(jià)指標(biāo)進(jìn)行評(píng)估。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法,其特征在于:s1中待分析的微生物樣本培養(yǎng)至至少f2代。

12.一種如權(quán)利要求1~11任一項(xiàng)所述的方法在鑒定耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌毒力水平中的應(yīng)用。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法在鑒定耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌毒力水平中的應(yīng)用,其特征在于:對(duì)待測耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集進(jìn)行深度分析,根據(jù)不同毒力水平的連鎖蛋白標(biāo)記對(duì)待測耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的毒力水平進(jìn)行判定。

14.根據(jù)權(quán)利要求12或13所述的方法在鑒定耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌毒力水平中的應(yīng)用,其特征在于:高毒力耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的聯(lián)合標(biāo)記質(zhì)譜峰(m/z)為2368.64-2525.54-3130.11-3611.80、中間毒力耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的聯(lián)合標(biāo)記質(zhì)譜峰(m/z)為2761.26-11178.83-11212.18-11873.99、無毒力耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的聯(lián)合標(biāo)記質(zhì)譜峰(m/z)為2502.75-2580.52-4401.36-11178.83。


技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開一種微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法及應(yīng)用,屬于檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明以產(chǎn)KPC酶的耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌為具體檢測對(duì)象,以其毒力為具體分析表型,開發(fā)出微生物核糖體蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集的深度分析方法。將產(chǎn)KPC酶的耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌依據(jù)毒力水平分為無毒力、中間毒力和高毒力組,將微生物質(zhì)譜檢測的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集經(jīng)質(zhì)量控制分析及數(shù)據(jù)處理后,進(jìn)一步進(jìn)行矩陣分析和聚類分析,繼續(xù)分析篩選出候選分子標(biāo)記并結(jié)合臨床診斷效能評(píng)價(jià)指標(biāo)對(duì)不同組合的候選標(biāo)記進(jìn)行評(píng)估,最終發(fā)現(xiàn)3個(gè)連鎖標(biāo)記質(zhì)譜峰可用于區(qū)分不同毒力水平的細(xì)菌,形成了一種大樣本量、高重現(xiàn)性、完整可靠的核糖體蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析方法。

技術(shù)研發(fā)人員:胡紅霞,姜宏衛(wèi),江濤,王瑞麗,王媛媛
受保護(hù)的技術(shù)使用者:河南科技大學(xué)第一附屬醫(yī)院
技術(shù)研發(fā)日:
技術(shù)公布日:2024/12/19
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