專(zhuān)利名稱(chēng)::治療疾病、惡性腫瘤和障礙的靶向斷裂生物分子綴合物及其生產(chǎn)方法
技術(shù)領(lǐng)域:
:本發(fā)明涉及用于核酸和多肽定向耙向的斷裂生物分子綴合物的組合物及其生產(chǎn)方法。更優(yōu)選地,所述組合物和方法能夠使用斷裂生物分子綴合物用于治療疾病、惡性肺瘤和障礙。
背景技術(shù):
:許多類(lèi)型的腫瘤/癌癥(包括白血病、淋巴瘤、肉瘤、腺瘤)、病毒疾病(包括HIV/AIDS、禽流感、SARS)和其他疾病是由于細(xì)胞攜帶疾病特異性RNA,其編碼引起障礙的蛋白質(zhì)或致病蛋白。開(kāi)發(fā)了一些通過(guò)反義寡核苦酸、核糖體和小干擾RNA(siRNA)用于實(shí)現(xiàn)病原RNA的序列特異性沉默或降解的治療方法。然而,即使在病理性細(xì)胞的治療中使用了這些4支術(shù)和方法,這些細(xì)胞仍然活著,其可能導(dǎo)致疾病的復(fù)發(fā)或倒退。另一種策略是利用免疫毒素,其優(yōu)先向病理性細(xì)胞遞送蛋白毒素,從而選擇性地殺死它們。不過(guò),高毒性和高免疫原性限制了免疫毒素的臨床應(yīng)用。在這些情況下,高毒性是由于使用了完整毒素與遞送抗體連接,因此,盡管效力較低,但毒素也可能以健康細(xì)胞為耙向。高免疫原性是由于抗毒素抗體的再生,其在血流中無(wú)保護(hù)地循環(huán),直至其被遞送抗體遞送至耙細(xì)胞。免疫毒素通常包含靶向部分,如具有細(xì)胞類(lèi)型選擇性、與蛋白毒素或抗體強(qiáng)效連接的配體、生長(zhǎng)因子或抗體(Hall等,2001;CancerRes;81;93-124)。該靶向部分識(shí)別并遞送整個(gè)分子到惡性細(xì)胞表面的特異性受體上。然后毒素通過(guò)以下機(jī)制觸發(fā)細(xì)胞死亡(i)到達(dá)胞質(zhì)并催化細(xì)胞重要程序失活,或(ii)修飾腫瘤細(xì)胞膜。免疫毒素中所用的毒素標(biāo)記有靶向部分,其通常是識(shí)別并結(jié)合到癌細(xì)胞上特異性表達(dá)的表面受體上的抗體或者是癌細(xì)胞上特異性表達(dá)的表面受體的配體。常用的免疫毒素使用了與單克14隆抗體(MAb)綴合的核糖核酸酶(Hurset等,2002;43;953-959),其通常以癌細(xì)胞的表面受體為靶向,并攜帶能夠以單分子殺死細(xì)胞的毒素(Yamaizumi等,1978;15:245-250;Eiklid等,1980;126:321-326)。使用重組免疫毒素有一些主要的限制,特別是特異性是由靶抗原的分布定位和表達(dá)事件所決定的。在一些情況下,在耙受體不僅在腫瘤細(xì)胞中也在正常細(xì)胞中存在時(shí),可能會(huì)出現(xiàn)非特異性結(jié)合和副作用。發(fā)明概述本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)了一種用于疾病、障礙和惡性肺瘤耙向治療的斷裂生物分子綴合物的制備和使用方法。更具體地,本發(fā)明涉及利用斷裂生物分子綴合物治療疾病、障礙和惡性腫瘤的方法,該斷裂生物分子綴合物包含斷裂效應(yīng)多肽,其中各效應(yīng)片段與探針綴合。兩個(gè)探針與輩巴核酸或耙多肽,例如致病核酸序列或致病蛋白的相互作用使得效應(yīng)片段在一起以促進(jìn)重裝配,這在本領(lǐng)域還被稱(chēng)作效應(yīng)分子的"蛋白質(zhì)互補(bǔ)"。依賴(lài)于該效應(yīng)分子,蛋白質(zhì)互補(bǔ)導(dǎo)致細(xì)胞學(xué)效應(yīng)。本發(fā)明所述的方法是基于治療性蛋白質(zhì)互補(bǔ)方法。在一些實(shí)施方案中,靶核酸是DNA或RNA,在一些實(shí)施方案中,它是編碼包含突變和/或多態(tài)性的基因的核酸序列。在其它實(shí)施方案中,耙核酸是編碼致病蛋白質(zhì)的核酸,例如但不限于癌基因、功能失調(diào)性表達(dá)的蛋白質(zhì),例如不恰當(dāng)?shù)牡鞍踪|(zhì)表達(dá)(即與正常情況相比,蛋白質(zhì)表達(dá)的水平減少或增加),或在不適當(dāng)?shù)慕M織或細(xì)胞類(lèi)型中表達(dá)的蛋白質(zhì)。在其它的實(shí)施方案中,靶核酸包括病原體基因組或病原體核酸,例如病毒(如HIV或禽流感病毒)或其他病原體基因組或核酸序列。在其它實(shí)施方案中,耙標(biāo)是多肽,例如但不限于突變的蛋白、未折疊蛋白、來(lái)自病原體的蛋白、癌基因蛋白等。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物的效應(yīng)分子組分是毒素,例如細(xì)菌或植物毒素。在其它實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是核酸酶,例如脫氧核糖核酸酶或核糖核酸酶。在其他實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是細(xì)胞毒素,如細(xì)胞因子,在另外的實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是蛋白酶分子,在另外的實(shí)施方案中,效應(yīng)分子"i秀導(dǎo)細(xì)胞死亡途徑,例如效應(yīng)分子可以是促凋亡分子,如Bad、bax和其他本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的促凋亡蛋白。在另外的實(shí)施方案中,效應(yīng)分子抑制細(xì)胞死亡或i秀導(dǎo)細(xì)胞存活途徑的誘導(dǎo),例如抗凋亡分子,如bcl-2家族和IAP蛋白家族成員。在另一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是催化第二試劑成為細(xì)胞毒分子的致敏分子,例如但不限于如催化前藥別嘌呤醇成為具有細(xì)胞毒功能的分子的15HGPRT等效應(yīng)分子。本文所公開(kāi)的方法中有用的效應(yīng)分子的其他實(shí)例包括修飾靶核酸或靶多肽的分子,例如分別使基因表達(dá)沉默或誘導(dǎo)蛋白質(zhì)降解的DNA曱基轉(zhuǎn)移酶和泛素化E3酶。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物的探針組分是核酸,例如DNA、RNA、PNA、pcPNA等,在其他實(shí)施方案中,探針是多肽。核酸和多肽探針都能夠結(jié)合并識(shí)別核酸和多肽耙標(biāo)。在一些實(shí)施方案中,本文公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物能夠誘導(dǎo)細(xì)胞死亡,并包含能行使此功能的效應(yīng)分子。在這些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物可用于治療癌癥、病原體(如病毒感染)以及任何其他障礙或疾病,例如其中靶細(xì)胞死亡是期望的功能的免疫性疾病。在一些實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法中的斷裂生物分子綴合物能夠降解靶核酸或靶多肽,并包含能夠行使此功能的效應(yīng)分子,例如效應(yīng)分子如蛋白酶或DNA/RNA核酸酶。在一個(gè)實(shí)施方案中,斷裂核酸可用于許多治療應(yīng)用,例如用于治療和/或預(yù)防癌癥、病原體感染,以及治療細(xì)胞,以及致病核酸和/或致病多肽表達(dá)引發(fā)的障礙。在一些實(shí)施方案中,致病核酸和/或致病多肽的表達(dá)可以是突變的結(jié)果,例如,單核酸多態(tài)性(SNPs)等。在一些實(shí)施方案中,本文中公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物在治療這樣的疾病或障礙中是有用的,在該疾病或障礙中,蛋白質(zhì)的表達(dá)對(duì)該疾病的至少一種癥狀起全部或部分的作用。在一些實(shí)施方案中,可用本文所/>開(kāi)的方法治療的疾病包括,例如但不限于神經(jīng)退行性疾病、免疫障礙、癌癥以及致病核酸/多肽的存在。在其他實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物能夠通過(guò)第二試劑使細(xì)胞對(duì)之后的損害敏感,并包含效應(yīng)分子,該效應(yīng)分子是能夠催化前藥成為作為細(xì)胞毒素發(fā)揮作用的分子的酶或分子。在這些實(shí)施方案中,致敏斷裂生物分子綴合物可用于靶細(xì)胞中的選擇性細(xì)胞死亡。該元件是有用的,當(dāng)細(xì)胞死亡需要多種損害時(shí)是特別有用的,例如用于藥物耐藥性癌癥以及病毒感染的細(xì)胞的治療。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中,提供一種藥物組合物的生產(chǎn)方法,所述藥物組合物包含斷裂生物分子綴合物。在一個(gè)這樣的實(shí)施方案中,藥物是一種用于給予所述斷裂生物分子綴合物的新的遞送方法,該方法例如通過(guò)預(yù)裝聚合物納米顆粒和/或陽(yáng)離子脂質(zhì)體進(jìn)行。本發(fā)明的一個(gè)方面涉及一種包含斷裂效應(yīng)分子的斷裂生物分子綴合物,其中斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)輩巴核酸或耙多肽的至少兩個(gè)探針中的一個(gè)綴合,其中該靶核酸或靶多肽存在于患有疾病、惡性腫瘤或障礙的細(xì)胞中,其中探針與靶核酸或靶多肽的結(jié)合重構(gòu)該效應(yīng)分子,并且其中16該效應(yīng)分子對(duì)該細(xì)胞是致死的;和/或使該細(xì)胞對(duì)另一個(gè)化合物壽丈感;和/或減輕疾病、惡性胂瘤或障礙。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物可以包含斷裂效應(yīng)分子,該斷裂效應(yīng)分子包含至少兩個(gè)效應(yīng)分子多肽片段;其中所述片段(a)為活化的構(gòu)象;(b)不被自身激活;(c)進(jìn)一步包含探針;和(d)以在靶核酸或多肽存在時(shí)互補(bǔ)以實(shí)時(shí)重構(gòu)活性效應(yīng)分子。本發(fā)明的另一方面涉及用于治療或降低個(gè)體疾病或障礙影響的方法,該方法包括給予所述個(gè)體有效量的本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物的藥物組合物,所述斷裂生物分子綴合物包含斷裂效應(yīng)分子,其中各斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)特定目的核酸或目的多肽的兩個(gè)探針中的至少一個(gè)結(jié)合,該目的核酸或目的多肽與疾病或障礙相關(guān);并形成活性效應(yīng)分子,其中至少兩個(gè)探針與疾病或障礙相關(guān)的耙核酸或多肽的結(jié)合促進(jìn)了活性效應(yīng)分子的形成。在一些實(shí)施方案中,斷裂效應(yīng)分子是毒素分子或其片段,或者是免疫毒素或其片段。在一些實(shí)施方案中,作為毒素或免疫毒素的斷裂效應(yīng)分子是,但不限于蛋白毒素,細(xì)菌毒素及植物毒素??捎米鞅景l(fā)明所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子的植物毒素的例子包括但不限于植物全毒素(planthalotoxin),II類(lèi)核糖體失活蛋白,植物半毒素,I類(lèi)核糖體失活蛋白。可用作本發(fā)明所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子的植物毒素進(jìn)一步的例子包括但不限于皂草素(SAP);美洲商陸抗病毒蛋白(PAP);異抹腹瀉毒蛋白1(bryodin1);三角4每核糖體失活蛋白(bouganin)和多花白樹(shù)毒蛋白(gelonin)或其天然存在的變體或基因工程變體或片段。可用于本發(fā)明所公開(kāi)的方法中的植物毒素的例子包括但不限于炭疽毒素;白喉毒素(DT);假單胞菌內(nèi)毒素(PE);鏈球菌溶血素0;或其天然存在的變體或基因工程變體或片段。包括^不限于蓖麻毒蛋白A鏈(RTA》蓖麻毒蛋白B(RTB);'相思豆毒蛋白;槲寄生;凝集素和莫迪素或其天然存在的變體或基因工程變體或片段。在一些實(shí)施方案中,植物毒素是核毒素(ribotoxin),例如但不限于蓖麻毒蛋白A鏈(RTA)。在一些實(shí)施方案中,斷裂效應(yīng)分子是細(xì)胞毒分子或其片段,例如細(xì)胞因子,例如但不限于IL-1;IL-2;IL-3;IL-4;IL-13;干擾素a;腫瘤壞死因子-a(TNFa);IL-6;粒細(xì)胞集落刺激因子(G-CSF);GM-CSF或其天然變體或基因工程變體。17在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,植物毒素可以是核酸酶,例如但不限于帚曲菌素(sarcin);局限曲菌素。在一些實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法中的斷裂效應(yīng)分子是核酸酶或具有核酸內(nèi)切活性,例如DNA核酸酶或DNA核酸內(nèi)切酶,例如DNA核酸內(nèi)切酶I或其天然變體或基因工程變體。在可選的實(shí)施方案中,核酸可以是RNA核酸酶或RNA核酸內(nèi)切酶,例如但不限于RNA核酸內(nèi)切酶I;RNA核酸內(nèi)切酶II;RNA核酸內(nèi)切酶III。在一些實(shí)施方案中,RNA核酸酶可以是例如但不限于血管生長(zhǎng)素(angliogenin)、Dicer、核4唐核酸酶A或其變體或片^爻。在可選的實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子包括蛋白水解酶,例如但不限于半胱天冬酶(caspase);鉤蛋白酶(calpain);組織蛋白酶;蛋白內(nèi)切酶;顆粒酶;基質(zhì)金屬蛋白酶;胃蛋白酶;鏈霉蛋白酶;朊酶;蛋白酶;凝乳酶;胰蛋白酶或其變體或片段。本發(fā)明的另一方面涉及斷裂生物分子綴合物,該斷裂生物分子綴合物包含能夠誘導(dǎo)細(xì)胞中細(xì)胞死亡途徑的斷裂效應(yīng)分子。在這樣的實(shí)施方案中,可用于本文所/>開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子包括促凋亡分子,例如但不限于Hsp90;TNFa;DIABLO;BAX;Bcl-2的抑制因子;Bad;聚ADP核糖聚合酶1(PARP-1):第二線粒體來(lái)源的半胱天冬酶激活因子(SMAC);凋亡誘導(dǎo)因子(AIF);Fas(也稱(chēng)為Apo-l或CD95);Fas配體(FasL)或其變體或片段。本發(fā)明的另一方面涉及斷裂生物分子綴合物,該斷裂生物分子綴合物包含能夠在細(xì)胞中抑制細(xì)胞死亡途徑或誘導(dǎo)細(xì)胞存活途徑的斷裂效應(yīng)分子。在這樣的實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子包括抗凋亡分子,例如但不限于bcl-2;Bcl-XL;Hsp27;凋亡蛋白抑制因子(IAP)。本發(fā)明的另一方面涉及斷裂生物分子綴合物,該斷裂生物分子綴合物包含能夠在細(xì)胞中使細(xì)胞對(duì)一種或多種第二試劑敏感的斷裂效應(yīng)分子。在這樣的實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法的效應(yīng)分子包括但不限于p-葡糖醛酸酶;次黃噪呤-鳥(niǎo)嘌呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶;|3-內(nèi)酰胺酶;羧酸酯酶HCE1;過(guò)氧化物酶及其變體或片段。在一些實(shí)施方案中,第二試劑是抗病毒藥物;選自?shī)W斯他韋(oseltemivir)、別噤呤醇。本發(fā)明的另一方面涉及斷裂生物分子綴合物,該斷裂生物分子綴合物包含能夠標(biāo)記靶多肽用于蛋白質(zhì)降解的效應(yīng)分子。在這樣的實(shí)施方案中,可用于本文所公開(kāi)的方法的效應(yīng)分子包括但不限于泛素;小泛素相關(guān)修飾因子(SUMO);DNA曱基轉(zhuǎn)移酶(DNAMTase);組蛋白乙?;?HAT)及其變體或片段。18在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物可用于治療由致病核酸導(dǎo)致的疾病或障礙。這些疾病或障礙的例子包括但絕不限于癌癥;神經(jīng)疾病;退行性疾病;炎癥性疾??;病原體感染。在一些實(shí)施方案中,可用本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物治療的癌癥包括例如但不限于原發(fā)性間充質(zhì)瘤(肉瘤);纖維肉瘤;粘液肉瘤;脂肪肉瘤;軟骨肉瘤;骨源性肉瘤;血管肉瘤;內(nèi)皮肉瘤;淋巴管肉瘤;滑膜肉瘤;間皮肉瘤;尤文氏腫瘤;粒細(xì)胞白血?。粏魏思?xì)胞白血??;惡性白血病;淋巴細(xì)胞性白血病;漿細(xì)胞瘤;平滑肌肉瘤;和橫紋肌肉瘤;原發(fā)性上皮癌(癌);鱗狀細(xì)胞或表皮癌;基底細(xì)胞癌;汗腺癌;皮脂腺癌;腺癌;乳頭狀癌;乳頭狀腺癌;嚢腺癌;髓樣癌;未分化癌(單純癌);支氣管癌;支氣管肺癌;黑色素癌;腎細(xì)胞癌;肝細(xì)胞癌;膽管癌;移行細(xì)胞癌;鱗狀細(xì)胞癌;絨毛膜癌;精原細(xì)胞瘤;胚胎癌;惡性畸胎瘤;畸胎癌;白血?。患毙粤馨图?xì)胞性白血病和急性髓細(xì)胞性白血病(髓性、早幼粒性,髓單核細(xì)胞性;單核細(xì)胞性和紅細(xì)胞白血病);慢性白血??;慢性髓細(xì)胞(粒細(xì)胞性)白血??;慢性淋巴細(xì)胞性白血??;真性紅細(xì)胞增多癥;淋巴瘤;何杰金氏??;非何杰金氏??;多發(fā)性骨髓瘤;原發(fā)性巨球蛋白血癥;重鏈病。在一些實(shí)施方案中,癌癥是淋巴癌(lymphia);白血病;肉瘤;腺瘤,在一些實(shí)施方案中,癌癥是急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)。在一些實(shí)施方案中,可用本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物治療的神經(jīng)疾病或障礙包括例如但不限于阿爾茨海默氏??;帕金森氏?。缓嗤㈩D氏??;多聚谷氨酰胺疾??;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS)。在一些實(shí)施方案中,可用本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物治療的病原體包括例如但不限于流感、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。在可選擇的實(shí)施方案中,可用本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物治療的疾病是對(duì)疾病的遺傳易感性。在一些實(shí)施方案中,給予本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物的個(gè)體是哺乳動(dòng)物,例如人。在一些實(shí)施方案中,將斷裂生物分子綴合物給予細(xì)胞,例如體內(nèi)細(xì)胞。在可選擇的實(shí)施方案中,細(xì)胞從個(gè)體獲得并離體給予藥物組合物,并且可以例如移4直回該個(gè)體,例如人類(lèi)個(gè)體。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物由包涵體制備,在可選擇的實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物由使包涵體形成最小化的無(wú)細(xì)胞體系或細(xì)菌表達(dá)系統(tǒng)制備。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物通過(guò)以下方式給予細(xì)胞泵;直接注射;局部施用;經(jīng)皮內(nèi)、皮下給予個(gè)體;靜脈內(nèi);淋巴管內(nèi);淋巴19結(jié)內(nèi);粘膜內(nèi)或肌內(nèi)給藥??蛇x擇地,斷裂生物分子綴合物可通過(guò)預(yù)裝的聚合物納米顆粒和/或陽(yáng)離子脂質(zhì)體給予細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中,與核酸結(jié)合基序結(jié)合的斷裂效應(yīng)分子在所述的細(xì)胞中由表達(dá)載體表達(dá),其中該載體通過(guò)常規(guī)手段引入細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中,載體還包含效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,耙核酸包括致病耙核酸序列,例如但不限于DNA、RNA,例如致病DNA或致病RNA。在一些實(shí)施方案中,致病DNA包含至少一個(gè)突變和/或多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中,靶核酸序列可以包括病原DNA或RNA,例如源于病毒的病原DNA或RNA。在一些實(shí)施方案中,llDS/HIV;禽流感:SARS;、甲;肝炎;、乙型^炎;丙型肝炎;流4;性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘋鼻病毒;艾柯病毒(echnovirus);輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovirus;abovirus;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;月恩&夂炎病毒;風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;人免疫缺陷病毒I型(HIV-I)、人免疫缺陷病毒II型(HIV-n);禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。在一些實(shí)施方案中,被斷裂生物分子綴合物作為靶向的靶多肽包括致病多肽,例如包括但不限于相對(duì)正常非致病多肽具有異常構(gòu)象的致病多肽。在一些實(shí)施方案中,細(xì)胞是體內(nèi)的或體外的。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物包含探針,該探針是核酸結(jié)合基序,例如但不限于如DNA、RNA、PNA、LNA、pcPNA、DNA結(jié)合蛋白、RNA結(jié)合蛋白或其類(lèi)似物或片段等的核酸結(jié)合基序。在可選擇的實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物包含探針,該探針是多肽檢測(cè)蛋白。在一些實(shí)施方案中,多肽檢測(cè)蛋白可斷裂為至少兩個(gè)片段,其中各片段與兩個(gè)或兩個(gè)以上效應(yīng)蛋白片段結(jié)合,且其中該檢測(cè)多肽片段與耙核酸或靶多肽的結(jié)合重構(gòu)檢測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,多肽檢測(cè)蛋白是多結(jié)構(gòu)域多肽檢測(cè)蛋白,例如其中多結(jié)構(gòu)域多肽檢測(cè)蛋白的各結(jié)構(gòu)域與兩個(gè)或兩個(gè)以上效應(yīng)蛋白片段結(jié)合,且其中該檢測(cè)蛋白的結(jié)構(gòu)域與耙核酸或耙多肽的結(jié)合重構(gòu)檢測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白。本發(fā)明的另一方面提供了細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物,該斷裂生物分子綴合物包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或兩個(gè)以上探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或耙多肽存在20下,所述斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞死亡途徑。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了利用細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物治療癌癥的方法,該方法包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子4妄觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在腫瘤相關(guān)的特定耙核酸或耙多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了利用細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物治療病原體感染的方法,該方法包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與對(duì)病原體感染相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽特異性的探針綴合;并且其中(ii)在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或耙多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物可用于殺死含有病理性核酸和/或病理性多肽例如由于病理作用的影響在細(xì)胞中發(fā)生變化的靶核酸或靶多肽的細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中,細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的靶核酸編碼癌基因或原癌基因,例如,但不限于p63;p73;gp40(v-fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v-src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos或其變體。或者,細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物可用于4企測(cè)致病蛋白質(zhì)或致病核酸,其中該病原體是例如但不限于流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。在一些實(shí)施方案中,所述的病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘟鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovims;abovims;漢坦病毒;柯薩奇病毒,麻滲病毒,流行性膽4良炎病毒,風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物,如細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物可用于以核酸或耙向多核酸為耙向,例如但不限于v-fms;v-myc;v-src;v-abl;v-erb;v-erba;v曙fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。本發(fā)明的另一方面,斷裂生物分子綴合物是降解斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或兩個(gè)以上探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在細(xì)胞中降解耙核酸或耙多肽,或誘導(dǎo)耙核酸或耙多肽的降解。在一些實(shí)施方案中,降解斷裂生物分子綴合物可用于治療癌癥,例如,所述的方法包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或耙多肽的探針綴合;并且其中(ii)在腫瘤相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的降解斷裂生物分子綴合物可用于治療病原體感染的方法中,該方法包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的降解斷裂生物分子綴合物可用于治療疾病或障礙的方法中,該方法包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在所述疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的降解斷裂生物分子綴合物用于單巴核酸,例如病理性核酸或耙多肽,例如病理性多肽的降解,其中耙核酸或耙多肽確定為受病理影響的核酸和多肽。在一些實(shí)施方案中,降解斷裂生物分子綴合物的靶核酸編碼癌基因或原癌基因,例如但不限于p63;p73;gp40(v-fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v畫(huà)src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos或其變體。另外,降解斷裂生物分子綴合物可用于檢測(cè)致病蛋白質(zhì)或致病核酸,其中病原體例如是但不限于流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。在一些實(shí)施方案中,所述病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;甲型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘟鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨纟田胞病毒;echinovirus;abovirus;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;流行性腮腺炎病毒;風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物,如降解斷裂生物分子綴合物可用于以核酸或多核酸為草巴向,例如但不限于v-fms;v-myc;v-src;v-abl;v-erb;v-erba;v-fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物,例如降解斷裂生物分子綴合物可用于治療與病理性多肽表達(dá)相關(guān)的疾病或障礙,所述病理性多肽例22如突變和/或不正確折疊的多肽。所述的疾病包括但不限于神經(jīng)疾?。荒I臟疾??;心血管疾病;肝臟疾??;炎癥性疾病;嚢性纖維化;神經(jīng)退4亍性疾?。谎装Y性疾?。幻庖哒系K等。在一些實(shí)施方案中,降解斷裂生物分子綴合物可用于治療神經(jīng)疾病,例如但不限于阿爾茨海默氏?。缓嗤㈩D氏??;帕金森氏??;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS);脊髓損傷。本發(fā)明的另一方面,斷裂生物分子綴合物是致敏斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或兩個(gè)以上探針綴合的多肽片段,其中在特定耙核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠使細(xì)胞對(duì)其他第二試劑敏感。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的致敏斷裂生物分子綴合物可以用于治療癌癥,所述的方法包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在腫瘤相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的致敏斷裂生物分子綴合物可用于病原體感染,該方法包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的致敏斷裂生物分子綴合物用于靶核酸,例如病理性核酸或革巴多肽,例如病理性多肽的降解,其中耙核酸或耙多肽確定為受病理影響的核酸和多肽。在一些實(shí)施方案中,致敏斷裂生物分子綴合物的靶核酸編碼癌基因或原癌基因,例如但不限于p63;p73;gp40(v-fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v-src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos或其變體。另外,致敏斷裂生物分子綴合物可用于檢測(cè)致病蛋白質(zhì)或致病核酸,其中病原體例如是但不限于流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。在一些實(shí)施方案中,病毒選自AIDS/fflV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘟鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovirus;abovims;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;流行性腮腺炎病毒;風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;博拉病毒;其他病毒。23在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物,如致敏斷裂生物分子綴合物可用于以核酸或多核酸為草巴向,例如但不限于v-fms;v-myc;v-src;v-abl;v-erb;v-erba;v-fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物,例如致敏斷裂生物分子綴合物包含效應(yīng)蛋白,例如但不限于p-葡糖醛酸酶;次黃嘌呤-鳥(niǎo)噤呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶;(3-內(nèi)酰胺酶;羧酸酯酶HCE1;過(guò)氧化物酶或其變體或片段。在本發(fā)明的另一方面,斷裂生物分子綴合物是存活斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或兩個(gè)以上探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞存活途徑或抑制細(xì)胞死亡途徑。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的存活斷裂生物分子綴合物可用于治療疾病或障礙,該方法包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的存活斷裂生物分子綴合物可用于治療與作為病理學(xué)一部分的細(xì)胞丟失相關(guān)的疾病或障礙,或者用于治療與病理性多肽例如突變和/或不正確折疊的多肽或由于病理性核酸的表達(dá)相關(guān)的疾病或障礙。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的存活斷裂生物分子綴合物可用于治療疾病,例如神經(jīng)疾??;腎臟疾?。恍难芗膊。桓闻K疾??;炎癥性疾病;嚢性纖維化;神經(jīng)退行性疾??;炎癥性疾??;免疫障礙,以及神經(jīng)疾病,例如阿爾茨海默氏病、亨廷頓氏病、帕金森氏病、肌萎縮性側(cè)索石更化(ALS)、脊髓損傷。本發(fā)明的另一方面,斷裂生物分子綴合物是替代斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或兩個(gè)以上探針綴合的多肽片段,其中在特定耙核酸或輩巴多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠替代細(xì)胞中的功能障礙或丟失的多肽。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的替代斷裂生物分子綴合物可用于治療疾病或障礙的方法中,該方法包括^使肺瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在所述疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,所述疾病或病24癥例如與細(xì)胞中多肽的丟失或表達(dá)減少或表達(dá)功能障礙相關(guān)的疾病或障礙。在一些實(shí)施方案中,效應(yīng)多肽或替代斷裂生物分子綴合物包含與疾病相關(guān)的丟失的或功能障礙的多肽或其片段,所述疾病例如神經(jīng)疾病;腎臟疾病;心血管疾??;肝臟疾病;炎癥性疾??;嚢性纖維化;神經(jīng)退4于性疾??;炎癥性疾病;免疫障礙等。這類(lèi)疾病的實(shí)例例如包括但不限于肌營(yíng)養(yǎng)不良癥、嚢性纖維化病等。本發(fā)明的另一方面涉及藥物組合物,該藥物組合物包含至少一種本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物,其中所述藥物組合物包含預(yù)裝至少一種生物分子綴合物的聚合物納米顆粒。附圖簡(jiǎn)述圖1顯示用斷裂毒素靶向殺死病理性細(xì)胞以及用于耙向殺死ALL細(xì)胞的毒素的基于核酸的重裝配的示意圖。通過(guò)無(wú)免疫源性載藥載體(聚合物納米顆粒、陽(yáng)離子脂質(zhì)體等)將兩個(gè)具有與RNA識(shí)別臂相連的半毒素的蛋白-寡核苷酸構(gòu)建體從血液遞送至細(xì)胞,該識(shí)別臂與致病RNA結(jié)合。致病RNA(內(nèi)源性癌基因RNA或病毒源性RNA)只存在染病細(xì)胞中;因此,它是這些異常細(xì)胞的標(biāo)志物,并作為用于斷裂毒素選擇性自殺重裝配的骨架。為避免可能的細(xì)胞內(nèi)解核酶的降解,可使用生物穩(wěn)定的寡核苷酸類(lèi)似物。圖2顯示蓖麻毒蛋白A結(jié)構(gòu)的帶狀示意圖。此處可清晰地看出蓖麻毒蛋白A毒素(RTA)的兩個(gè)主要的亞結(jié)構(gòu)域由數(shù)個(gè)(3折疊(箭頭)形成的結(jié)構(gòu)域I和a螺旋結(jié)構(gòu)域II。圖3顯示TEL-AML1基因融合物的結(jié)構(gòu)。(a)參與(12;21)(pl3;q22)的TEL和AMLl基因的外顯子/內(nèi)含子結(jié)構(gòu)的示意圖。指出了著絲粒(cen)和端粒(tel)的方向、外顯子編號(hào)和相關(guān)的斷裂點(diǎn)區(qū)域。(b)TEL-AMLl融合轉(zhuǎn)錄物的示意圖。除了當(dāng)上游基因的最后一個(gè)(39)核酸被指出時(shí),融合基因轉(zhuǎn)錄物下的數(shù)字是指參與的外顯子的第一個(gè)(59)核苷酸。大多數(shù)t(12;21)-陽(yáng)性患者因?yàn)樵贏ML1內(nèi)含子1中的斷裂點(diǎn)而具有較大的轉(zhuǎn)錄物,但選擇性剪接可以使AML1外顯子2跳過(guò),導(dǎo)致在某些患者中有兩個(gè)PCR產(chǎn)物。在少數(shù)患者中AML1斷裂點(diǎn)位于內(nèi)含子2中,產(chǎn)生沒(méi)有AML1外顯子2的較短轉(zhuǎn)錄物。箭頭指示5個(gè)引物的相對(duì)位置;數(shù)字指每個(gè)引物的第59個(gè)核酸的位置(VanDongen等,1999)。圖4顯示蓖麻毒蛋白A鏈預(yù)測(cè)的二級(jí)結(jié)構(gòu)(預(yù)測(cè)蛋白,H-螺旋,E-fl-片層,L-環(huán))和蛋白斷裂的提示位點(diǎn)(箭頭)。25圖5顯示蓖麻毒蛋白片段克隆以及與靶向特異性寡核苷酸偶聯(lián)的蛋白質(zhì)(對(duì)burbulis等人,2005的改進(jìn))。圖5A顯示作為與蛋白質(zhì)內(nèi)含子的融合物的克隆的蓖麻毒蛋白A片段的示意圖,圖5B顯示在5,末端用假半胱氨酸修飾的寡核苷酸的化學(xué)結(jié)構(gòu)。圖5C顯示蓖麻毒蛋白片段和修飾的寡核苷酸偶聯(lián)的化學(xué)過(guò)程。星號(hào)表示在蕙麻毒蛋白片段的C-末端CBD-幾丁質(zhì)結(jié)合結(jié)構(gòu)域的功能性半胱氨酸。圖6顯示ALL斷裂點(diǎn)序列的結(jié)構(gòu)。圖7顯示全長(zhǎng)RTA的氨基酸序列(268個(gè)氨基酸)和起始斷裂點(diǎn)部位的示意圖。圖7A顯示測(cè)試的RNA的三個(gè)斷裂點(diǎn)(表示為"。確定RTA斷裂點(diǎn)考慮以下因素(i)斷裂點(diǎn)應(yīng)將兩個(gè)半蛋白間的對(duì)活性重要的氨基酸分開(kāi);(ii)斷裂點(diǎn)應(yīng)該位于非結(jié)構(gòu)區(qū)(使引入的對(duì)斷裂半蛋白的結(jié)構(gòu)性干擾最小);(iii)斷裂半蛋白與全長(zhǎng)RTA之中的緊湊折疊單元相對(duì)應(yīng)。在辨?zhèn)髯帜富钚晕稽c(diǎn)(Y81、V82、G122、Y124、E178、R181、E209、N210、W212);粗體下劃線字母:對(duì)RTA活性至關(guān)重要的氨基酸(R49、N79、N123、R214、R259);粗體字母關(guān)鍵結(jié)構(gòu)作用的氨基酸(D76、R135)。圖7B顯示RTA結(jié)構(gòu)的帶狀示意圖。顯示蓖麻毒蛋白A毒素(RTA)的兩個(gè)主要二級(jí)結(jié)構(gòu)由數(shù)個(gè)卩折疊(箭頭)形成的結(jié)構(gòu)域I(圖7B)和a螺旋結(jié)構(gòu)域II(圖7C)。圖8顯示PCR獲得以及PCR純化方法純化的RTA基因互補(bǔ)片^R,以獲得斷裂RTA蛋白與蛋白質(zhì)內(nèi)含子1的N末端融合物(下標(biāo)n是N-末端融合)。通過(guò)凝膠電泳估計(jì)的這些片段的大小很好地對(duì)應(yīng)于預(yù)期Nlnl89bp,N2n396bp,N3n510bp,Cln681bp,C2n474bp,C3n360bp(如果需要,包含帶有用于后續(xù)克隆的限制性位點(diǎn)、終止密碼子、末端半胱氨酸密碼子的引物)。在克隆入大腸桿菌XL10細(xì)胞(克隆宿主)后,通過(guò)測(cè)序?qū)λ蠵CR擴(kuò)增的DNA片,殳進(jìn)行進(jìn)一步的確i/v和證實(shí)。圖9顯示大腸桿菌BL21/DE3表達(dá)宿主的細(xì)胞粗制備物的SDS/PAGE蛋白表達(dá)圖譜,該表達(dá)宿主被與蛋白質(zhì)內(nèi)含子1融合的中間斷裂RTA基因轉(zhuǎn)化。細(xì)胞在不同溫度下經(jīng)lmMIPTG誘導(dǎo)2小時(shí)(37。C)、3小時(shí)(30。C)和14小時(shí)(25。C)(+)或未誘導(dǎo)(-)。在所有的溫度下,經(jīng)誘導(dǎo)的細(xì)胞表現(xiàn)出明顯的N2n-RTA和C2n-RTA斷裂RTA蛋白的過(guò)表達(dá)。在后續(xù)實(shí)驗(yàn)中,本申請(qǐng)的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)在30°C下誘導(dǎo)是進(jìn)一步優(yōu)化蛋白表達(dá)的最適合溫度。圖10顯示對(duì)可溶性和不溶性部分中過(guò)表達(dá)的斷裂RTA融合蛋白的評(píng)價(jià)。在低濃度0.05和O.lmM的誘導(dǎo)劑(Nln和Cln僅顯示0.1mMIPTG)存在下,在30。C下進(jìn)行IPTG誘導(dǎo)3小時(shí)。在所有的圖譜中,帶1和2對(duì)應(yīng)于可溶性和不溶性細(xì)胞蛋白部分。預(yù)期融合蛋白的大小為Nln-30kDa;Cln-50kDa;N2n-38kDa;C2n-40kDa。這些數(shù)據(jù)表明,斷裂的RNA片段經(jīng)常以包涵體形式存在。發(fā)明人發(fā)現(xiàn),有必要評(píng)價(jià)不同的斷裂點(diǎn),以便獲得兩個(gè)并不構(gòu)成包涵體的互補(bǔ)的半斷裂蛋白質(zhì)。特別是,可能需要檢測(cè)蛋白質(zhì)中4個(gè)以上,或5個(gè)以上,或6個(gè)以上,或7個(gè)以上,或8個(gè)以上,或者9個(gè)或IO個(gè)以上不同的斷裂點(diǎn),以找到兩個(gè)互補(bǔ)的半蛋白,使蛋白互補(bǔ)到一起時(shí)具有活性,單獨(dú)存在時(shí)無(wú)活性。圖11顯示通過(guò)Nln-RTA和蛋白質(zhì)內(nèi)含子1的融合物的包涵體復(fù)性,以及隨后的幾丁質(zhì)柱結(jié)合的蛋白質(zhì)內(nèi)含子的自我斷裂獲得的Nln-RTA。第一泳道中顯示預(yù)期蛋白大小為-5.5kDa的單一帶,濃縮前Nln-RTA的總量約lmg。還獲得了C末端與蛋白質(zhì)內(nèi)含子2融合的Nlc-RTA(數(shù)據(jù)未顯示)。圖12顯示用于體外測(cè)試斷裂RTA功能性重裝配的蓖麻毒蛋白可斷裂莖環(huán)RNA寡核苷酸。開(kāi)發(fā)體外測(cè)試系統(tǒng)用于分析斷裂/重裝配的RTA蛋白的活性。圖12B顯示在環(huán)區(qū)采用dA設(shè)計(jì)的RTA-可斷裂莖環(huán)RNA,5'畫(huà)r(GGAAUCCUGCUCAGUACG)-dA-r(GAGGAACCGCAGGUU)(SEQIDNO:l),該環(huán)區(qū)通過(guò)對(duì)該特定核苷堿基去噤呤以及隨后的苯胺處理的RNA裂解加速該RTA反應(yīng)。圖12B顯示PAGE分析和SYBR染色表明該RNA具有正確的長(zhǎng)度。圖13顯示利用斷裂毒素靶向殺死病理性細(xì)胞的示意圖,其中各斷裂效應(yīng)片段蛋白與斷裂多肽探針綴合,該斷裂多肽探針可以與核酸探針結(jié)合例如適體。兩個(gè)適體與細(xì)胞中的致病RNA結(jié)合,使得與斷裂效應(yīng)片段綴合的斷裂多肽探針結(jié)合,使得在致病靶核酸例如致病RNA存在下效應(yīng)蛋白重裝配并形成活性效應(yīng)蛋白。為避免胞內(nèi)解核酶可能的降解,可以使用生物穩(wěn)定的寡核香酸類(lèi)似物。圖14顯示與斷裂多肽探針融合的斷裂效應(yīng)片段的示意圖。斷裂效應(yīng)片段是與CBD-蛋白質(zhì)內(nèi)含子融合的N末端RTA片段或與CBD-蛋白質(zhì)內(nèi)含子融合的C末端RTA片段。發(fā)明詳述本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)制備和使用用于靶向治療疾病、障礙和惡性腫瘤以及篩選的斷裂生物分子綴合物的方法。更具體地,本發(fā)明涉及使用斷裂生物分子綴合物治療疾病、障礙和惡性腫瘤的方法,所述斷裂生物分子綴合物包含斷裂效應(yīng)多肽,其中各效應(yīng)片段與探針綴合。兩個(gè)探針與耙核酸或靶多肽,例如致病核酸序列或致病蛋白的相互作用使得效應(yīng)片段在一起促進(jìn)效應(yīng)分子的重裝配,在本領(lǐng)域還被稱(chēng)作"蛋白質(zhì)互補(bǔ)"。蛋白質(zhì)互補(bǔ)導(dǎo)致的細(xì)胞效應(yīng)取決于該效應(yīng)分子。本發(fā)明的方法基于治療性蛋白質(zhì)互補(bǔ)方27法。在一個(gè)實(shí)施方案中,可以標(biāo)記靶標(biāo)和監(jiān)控治療需要以及治療效果,例如用本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物治療個(gè)體。,義、、、、、"、。、"、。'、員的通常理解相同的含義。Singleton等,DICTIONARYOFMICROBIOLOGYANDMOLECULARBIOLOGY,2DED.,JohnWileyandSons,NewYork(1994),以及Hale&Marham,THEHARPERCOLLINSDICTIONARYOFBIOLOGY,HarperPerennial,N.Y.(1991)為技術(shù)人員提供了本發(fā)明所用的許多術(shù)語(yǔ)的通用詞典。本文描述了優(yōu)選的方法和材料,但類(lèi)似或等同于本文所述的任何方法和材料均可用于實(shí)踐或測(cè)試本發(fā)明。數(shù)值范圍包括定義該范圍的端值。除非另有說(shuō)明,核酸以5'到3'方向從左至右書(shū)寫(xiě);氨基酸序列以氨基到羧基方向從左到右書(shū)寫(xiě)。本文所述的標(biāo)題并不限制發(fā)明的不同方面或?qū)嵤┓桨?,其可以參考說(shuō)明書(shū)整體獲得。因此,整體參考說(shuō)明書(shū)來(lái)更充分定義以下定義的術(shù)語(yǔ)。本文使用的術(shù)語(yǔ)"斷裂生物分子綴合物"是指包含與探針綴合的效應(yīng)分子的多肽,其中該效應(yīng)分子包含這樣的片段,該片段是無(wú)活性的片段,但是當(dāng)結(jié)合的探針與其特定靶標(biāo),通常是核酸或多肽靶標(biāo)相互作用時(shí),則該片段能夠重裝配或蛋白互補(bǔ)形成功能性活性效應(yīng)分子。本文使用的術(shù)語(yǔ)"綴合"是指結(jié)合在一起形成一個(gè)實(shí)體的兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白質(zhì)的連接。所述蛋白質(zhì)可通過(guò)接頭、化學(xué)修飾、肽接頭、化學(xué)接頭、共價(jià)或非共價(jià)鍵或蛋白質(zhì)融合或本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的任何方式連接在一起。該結(jié)合可以是永久性的或可逆的。在一些實(shí)施方案中,可能包含幾個(gè)接頭,以利用綴合物中各接頭和各蛋白的所需特性??紤]將柔性接頭和增加綴合物溶解度的接頭用于單獨(dú)使用或者與其他接頭的組合,這也包括在本文內(nèi)。肽接頭可以通過(guò)表達(dá)編碼該接頭的DNA來(lái)與綴合物中的一個(gè)或多個(gè)蛋白連接。接頭可以是酸裂解、光裂解和熱敏性接頭。本文使用的"融合蛋白"是指兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白質(zhì)的重組蛋白質(zhì)??梢岳缤ㄟ^(guò)這樣的方法制備融合蛋白將編碼一個(gè)蛋白質(zhì)的核酸序列與編碼另一個(gè)蛋白質(zhì)的核酸結(jié)合,使得它們構(gòu)成單一的開(kāi)放閱讀框,該閱讀框可在細(xì)胞中翻譯成單一的含有所有所需蛋白的多肽。蛋白的排列順序可以不同。作為非限制性例子,編碼斷裂生物分子綴合物蛋白的一個(gè)片段的核酸序列來(lái)自核苷酸序列,該核酸序列編碼效應(yīng)片^R中的一個(gè),該效應(yīng)片賴(lài)與編碼斷裂多肽探針的基因的末端5'端或3,端按讀碼框融合。以這種方式,由于該基因的表達(dá),該效應(yīng)片段功能性表達(dá)并融合到多肽探針的N-末端或C-末端。在特定的實(shí)施方案中,多肽探針的修飾是這樣的,該多肽探針的官能團(tuán)基本上未受與效應(yīng)蛋白融合的影響。本文使用的術(shù)語(yǔ)"接頭"是指除了制備融合蛋白以外的任何連接兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白的手段。接頭可以是共價(jià)鍵接頭或非共價(jià)鍵接頭。共價(jià)接頭的例子包括共價(jià)鍵,或共價(jià)地與要連接的蛋白中的一個(gè)或多個(gè)連接的接頭部分。接頭也可以是非共價(jià)鍵,例如通過(guò)金屬中心如鉑原子的有機(jī)金屬鍵。對(duì)于共價(jià)鍵,可以使用多種官能團(tuán),如包括碳酸衍生物在內(nèi)的酰胺基團(tuán)、醚、包括有機(jī)和無(wú)機(jī)酯在內(nèi)的酯、氨基、氨基甲酸酯、脲等。為提供連接,效應(yīng)分子和/或探針可以通過(guò)氧化、羥基化、取代、還原等進(jìn)行修飾,以提供偶聯(lián)的位點(diǎn)。應(yīng)理解,優(yōu)選修飾不顯著降低效應(yīng)蛋白和/或探針的功6匕本文使用的術(shù)語(yǔ)"效應(yīng)分子"是指多肽或編碼多肽的核酸,當(dāng)效應(yīng)分子的兩個(gè)片段在一起時(shí),該效應(yīng)分子是有功能的,并有能力產(chǎn)生期望的功能效果。作為非限制性的例子,效應(yīng)分子的功能性效果可能誘導(dǎo)細(xì)胞死亡,誘導(dǎo)細(xì)胞毒作用,致敏細(xì)胞,降解核酸或多肽,促進(jìn)細(xì)胞存活,或替換丟失和/或功能障礙的多肽等。本文使用的術(shù)語(yǔ)"探針"是指與斷裂生物分子綴合物的效應(yīng)分子片段綴合的組分,其識(shí)別并結(jié)合靶核酸或耙多肽,并由于結(jié)合促使綴合斷裂效應(yīng)分子的蛋白質(zhì)互補(bǔ)或重裝配。在一些實(shí)施方案中,探針可包括核酸或多肽。本文使用的術(shù)語(yǔ)"寡核苷酸"是指本發(fā)明的引物和探針,定義為包含兩個(gè)或兩個(gè)以上,優(yōu)選三個(gè)以上的核糖核酸或脫氧核糖核酸的核酸分子。寡核苷酸確切的大小將取決于各種因素以及該寡核苦酸特定的應(yīng)用和用途。本文使用的術(shù)語(yǔ)"探針"是指寡核苷酸、多核苷酸、核酸、RNA或DNA、或核酸類(lèi)似物、多肽或探針,無(wú)論是以純限制性酶消化物形式的天然存在的還是合成制備的,其能夠與具有與該探針互補(bǔ)序列的核酸或互補(bǔ)多肽退火或與其特異性雜交。核酸探針可以是單鏈或雙鏈的,其確切長(zhǎng)度取決于許多因素,包括溫度、探針來(lái)源和所采用的方法。例如,對(duì)于診斷性應(yīng)用,根據(jù)靶序列的復(fù)雜性,寡核苷酸探針通常包含15-25或更多的核苷酸,但是它也可以包含較少的核香酸。本文選擇的探針與耙核酸序列或靶多肽基本互補(bǔ)。這意味著,探針必須是足夠互補(bǔ)的,以便能夠與其各自的耙標(biāo)"特異性雜交"或退火。因此,探針不需要反映耙核酸或多肽完全互補(bǔ)的序列或構(gòu)象。例如,在核酸探針的情況下,非互補(bǔ)的核酸片段可以連接在探針的5'或3'端,其余的探針序列與靶鏈互補(bǔ)?;蛘?,非互補(bǔ)的堿基或更長(zhǎng)序29列可以散布于探針中,只要該探針序列與靶核酸序列具有足夠的互補(bǔ)性以特異地退火。本文使用的術(shù)語(yǔ)"特異性雜交"指兩個(gè)單鏈核酸分子之間的締合,該核酸分子具有充分互補(bǔ)序列,以使得在本領(lǐng)域通常使用的預(yù)定條件下可進(jìn)行該雜交(有時(shí)使用術(shù)語(yǔ)"基本上互補(bǔ)")。在一些實(shí)施方案中,該術(shù)語(yǔ)是指寡核苷酸與本發(fā)明的單鏈DNA或RNA探針中包含的基本上互補(bǔ)的序列雜交,以基本上排除寡核苷酸與非互補(bǔ)序列的單鏈核酸的雜交。本文使用的術(shù)語(yǔ)"核酸"是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核酸或核糖核酸及其聚合物。除非特別限定,該術(shù)語(yǔ)包括含有已知天然核苷酸類(lèi)似物的核酸,該已知的類(lèi)似物與對(duì)照核酸具有類(lèi)似的結(jié)合性質(zhì),并以與天然核苷酸相似的方式被代謝。除非另有說(shuō)明,特定核酸序列也暗含包括其保守修飾的變體(例如,簡(jiǎn)并密碼子置換)和互補(bǔ)序列,以及明確指出的序列。具體來(lái)說(shuō),簡(jiǎn)并密碼子置換可通過(guò)產(chǎn)生序列來(lái)實(shí)現(xiàn),即在序列中對(duì)一個(gè)或多個(gè)所選的(或全部的)密碼子的第三位用混合堿基和/或脫氧肌香殘基置換(Batzer等,NucleicAcidRes.19:5081(1991);Ohtsuka等,J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985),以及Rossolini等,Mol.Cell.Probes8:91-98(1994》。術(shù)語(yǔ)核酸與基因、cDNA和基因編碼的mRNA替換使用。本文使用的術(shù)語(yǔ)"寡核苷酸"與"引物,,具有與標(biāo)準(zhǔn)核酸程序中的該術(shù)語(yǔ)相關(guān)的常規(guī)含義,即可以與多核苷酸模板雜交并作為與模板鏈互補(bǔ)的?1物延伸產(chǎn)物的合成起始位點(diǎn)的寡核苷酸。本文所述的許多核香酸設(shè)計(jì)成與其他寡核苷酸或核酸的特定部分互補(bǔ),以使得在它們之間可以形成穩(wěn)定的雜交。這些雜交的穩(wěn)、定性可以通過(guò)已知的方法計(jì)算,所述方法例如LesnickandFreier,Biochemistry34:10807-10815(1995),McGraw等,Biotechniques8:674-678(1990),以及Rychlik等,NucleicAcidsRes.18:6409-6412(1990)中描述的那些。本文使用的術(shù)語(yǔ)"綴合"或"綴合"是指兩個(gè)或兩個(gè)以上實(shí)體的結(jié)合。該結(jié)合可以是實(shí)體的融合,例如多肽的融合。綴合也可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的其他手段進(jìn)行,例如但不限于共價(jià)、離子、或疏水性相互作用,從而使分子的各部分被聚在一起并保持接近。術(shù)語(yǔ)"部分"或"基序"在本文中交替使用,是指能夠執(zhí)行特定功能的分子、核酸或蛋白質(zhì)或多肽等。術(shù)語(yǔ)"核酸結(jié)合部分"或"核酸結(jié)合基序"是指能夠以特異的方式結(jié)合核酸的分子。術(shù)語(yǔ)"致病核酸"或"致病DNA"在本文中交替使用,是指全部或部分導(dǎo)致癥狀的核酸序列,所述癥狀例如細(xì)胞、組織和器官的結(jié)構(gòu)和功能的改變,其導(dǎo)致疾病、障礙或惡性腫瘤。本文使用的術(shù)語(yǔ)"突變"或"多態(tài)性,,是指核酸的核酸序列的改變,其能夠或不能影響核酸序列的表達(dá)。術(shù)語(yǔ)多態(tài)性意指包括所有多態(tài)性,包括缺失、置換、插入、單核酸多態(tài)性(SNP)等。舉例來(lái)說(shuō),突變和多態(tài)性可能有助于疾病、障礙或惡性腫瘤,或者可能有助于個(gè)體或細(xì)胞對(duì)采用特定藥劑的治療的反應(yīng)(這通常稱(chēng)為"藥物基因組學(xué)")。類(lèi)似地,突變和/或多態(tài)性可以鑒定由于細(xì)胞毒性的功能障礙蛋白的表達(dá)所導(dǎo)致的可能不正確行使功能的個(gè)體或細(xì)胞,從而鑒定發(fā)展成疾病或障礙的可能性提高的個(gè)體和細(xì)胞,或者鑒定細(xì)胞或個(gè)體是否對(duì)治療有反應(yīng)。在一些實(shí)施方案中,藥物基因組學(xué)還可以用于藥物研究,以協(xié)助藥物開(kāi)發(fā)和選擇方法。(Linder等,(1997),ClinicalChemistry,43,254;Marshall(1997),NatureBiotechnology,15,1249;InternationalPatentApplicationWO97/40462,SpectraBiomedical;以及Schafer等,(1998),NatureBiotechnology,16,3)。術(shù)語(yǔ)"調(diào)控序列"和"調(diào)控元件"在本文中交替使用,元件是指核酸的一部分,通常為但不限于DNA或RNA或其類(lèi)似物,其調(diào)節(jié)與之可操作連接的核酸序列的轉(zhuǎn)錄,從而作為轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子。調(diào)控序列調(diào)節(jié)與之可操作連接的基因和/或核酸序列的表達(dá)。調(diào)控序列可以包含"調(diào)控元件",其是轉(zhuǎn)錄結(jié)合域的核酸序列,被轉(zhuǎn)錄蛋白質(zhì)和/或轉(zhuǎn)錄因子、抑制子或增強(qiáng)子的核酸結(jié)合域識(shí)別。典型的調(diào)節(jié)序列包括,但不限于轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)子、可選的控制轉(zhuǎn)錄的操作序列、編碼合適的mRNA核糖體結(jié)合位點(diǎn)的序列、控制轉(zhuǎn)錄終止和/或翻譯的序列。在一些實(shí)施方案中,可以選擇調(diào)控序列用于分析,以控制在需要表達(dá)的細(xì)胞類(lèi)型中斷裂生物分子綴合物的表達(dá)。調(diào)控序列可以是單一的調(diào)控序列或多個(gè)調(diào)控序列,或修飾的調(diào)控序列或其片段。在一些實(shí)施方案中,修飾的調(diào)控序列是有用,該調(diào)控系列是其中核酸序列已由一些手段改變或修飾的調(diào)控序列,所述手段例如但不限于突變、曱基化等。本文中所使用的"啟動(dòng)子"、"啟動(dòng)子區(qū)"或"啟動(dòng)子元件,,交替使用,是指核酸序列的一部分,通常是但不限于DNA或RNA或其類(lèi)似物,其控制與之可操作連接的核酸序列的轉(zhuǎn)錄。啟動(dòng)子區(qū)可包含足以用于RNA聚合酶的識(shí)別、結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始的特異序列,啟動(dòng)子區(qū)域的這一部分稱(chēng)為啟動(dòng)子。此外,啟動(dòng)子區(qū)可包含調(diào)節(jié)RNA聚合酶的這種識(shí)別、結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始的序列。在一些實(shí)施方案中,這些序列可以是順式作用的或可以是對(duì)反式作用因子有反應(yīng)的。在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的方法中所用的啟動(dòng)子根據(jù)其調(diào)控性質(zhì)可以是組成型啟動(dòng)子或者是調(diào)控或誘導(dǎo)型啟動(dòng)子。本文中的術(shù)語(yǔ)"可操作地連接"或"可操作地關(guān)聯(lián)"可交替使用,是指核酸序列與核香酸調(diào)控序列,如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、轉(zhuǎn)錄和翻譯終止位點(diǎn)以及其他信號(hào)序列的功能關(guān)系。例如,與調(diào)控序列或啟動(dòng)子區(qū)可操作連接的核31酸序列,一般為DNA,是指DNA和調(diào)控序列或啟動(dòng)子之間的物理和功能關(guān)系,使得連接的DNA的轉(zhuǎn)錄通過(guò)特異識(shí)別、結(jié)合和轉(zhuǎn)錄該調(diào)控序列的RNA聚合酶,由調(diào)控序列或啟動(dòng)子啟動(dòng)。在一些實(shí)施方案中,為優(yōu)化表達(dá)和/或體外轉(zhuǎn)錄,可能需要修飾用于核酸或DNA表達(dá)的調(diào)控序列,以對(duì)應(yīng)于其表達(dá)的細(xì)胞類(lèi)型的表達(dá)。這種修飾的期望或需要可由經(jīng)驗(yàn)確定。本文使用的術(shù)語(yǔ)"核酸結(jié)合基序"是指探針、核酸或多肽的區(qū)域,該區(qū)域能夠選擇性地與核酸序列結(jié)合。術(shù)語(yǔ)"多肽"、"肽"和"蛋白"在本文中交替使用,是指氨基酸殘基的聚合物。該術(shù)語(yǔ)適用于其中一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是相應(yīng)的天然存在的氨基酸的人工化學(xué)類(lèi)似物的氨基酸聚合物以及天然存在的氨基酸聚合物。術(shù)語(yǔ)"致病多肽"或"致病肽,,或"致病蛋白質(zhì)"在本文中交替使用,是指全部或部分導(dǎo)致疾病、障礙或惡性腫瘤的多肽。在本文所用的"疾病、障礙或惡性肺瘤"的上下文中,術(shù)語(yǔ)"基本上導(dǎo)致"是指單獨(dú)或與其他核酸和/或其他多肽一起導(dǎo)致疾病、障礙或惡性腫瘤的病理性核酸和/或病理性多肽。術(shù)語(yǔ)"障礙"或"疾病"在本文中交替使用,是指機(jī)體或其器官之一的狀態(tài)的任何改變,千擾或擾亂器官功能的表現(xiàn)(即造成器官功能障礙)和/或引起癥狀,例如不適、功能障礙、痛苦、甚至患病個(gè)體的死亡。在一些實(shí)施方案中,患病的個(gè)體可能出現(xiàn)例如不適、功能障礙、痛苦、甚至死亡的癥狀。疾病或障礙也可以涉及失調(diào)、病痛、小病、不適、障礙、病癥、疾病、不舒服、微恙、感染。術(shù)語(yǔ)"惡性腫瘤"和"癌癥,,在本文中可交替使用,是指以細(xì)胞非控制的異常生長(zhǎng)為特征的疾病。癌細(xì)胞可在局部或通過(guò)血液和淋巴系統(tǒng)擴(kuò)散到機(jī)體的其他部位。在該定義范圍內(nèi)的癌癥疾病包括良性贅生物、發(fā)育異常、增生以及表現(xiàn)出轉(zhuǎn)移性生長(zhǎng)或任何其它轉(zhuǎn)變的贅生物,例如往往為癌癥先兆的白J趕。本文提及的術(shù)語(yǔ)"毒素"欲意涵蓋能夠是細(xì)胞毒的,對(duì)細(xì)胞有毒的任何實(shí)體,通常是多肽。本文使用的術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞毒素"指對(duì)靶向的細(xì)胞有特異的毒性的有毒實(shí)體。本文使用的術(shù)語(yǔ)"免疫毒素"指包含毒性實(shí)體的多肽,其綴合于靶向?qū)嶓w以靶向特定細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中,靶向?qū)嶓w是斷裂生物分子綴合物的探針部分。術(shù)語(yǔ)"核酸酶"或"核酸內(nèi)切酶"或"核酸外切酶"在本文中交替使用,是指能夠?qū)⒑怂嵝蛄薪到鉃樾『怂嵝蛄谢騿魏丝嗨岬姆肿印?2本文使用的術(shù)語(yǔ)"癌基因,,是指編碼多肽的核酸序列,它是正?;虻耐蛔兒?或過(guò)度表達(dá)形式,其能夠以顯性形式將細(xì)胞從正常增長(zhǎng)的約束中釋放出來(lái)。癌基因可以單獨(dú)或與其他改變或基因一起導(dǎo)致細(xì)胞的致腫瘤性。癌基因的例子包括gp40(v陽(yáng)fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag如n);pp60(v-src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos等。"原癌基因,,是指表達(dá)癌基因的正常細(xì)胞等效物的核酸的正常表達(dá),這些基因通常是參與細(xì)胞生長(zhǎng)信號(hào)傳導(dǎo)或調(diào)控的基因。術(shù)語(yǔ)"致敏"和"使...敏感"是指使細(xì)胞對(duì)其它第二試劑,例如其他前藥或其他環(huán)境的影響如輻射等敏感或易感。本文使用的術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞"指任何細(xì)胞,原核或真核細(xì)胞,包括植物、酵母、蠕蟲(chóng)、昆蟲(chóng)和哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物細(xì)胞包括但不限于靈長(zhǎng)類(lèi)細(xì)胞、人細(xì)胞以及任何感興趣的動(dòng)物的細(xì)胞,所述動(dòng)物包括但不限于小鼠,倉(cāng)鼠,兔,狗,貓,家畜如馬、牛、鼠、羊、犬、貓和轉(zhuǎn)基因動(dòng)物等。細(xì)胞可以是各種組織類(lèi)型,例如但不限于造血、神經(jīng)、間質(zhì)、皮膚、粘膜、基質(zhì)、肌肉脾、網(wǎng)狀內(nèi)皮、上皮、內(nèi)皮、肝、腎、胃腸道、肺、T細(xì)胞等。還包括內(nèi)干細(xì)胞,胚胎干(ES)細(xì)胞,胚胎干細(xì)胞源細(xì)胞和干細(xì)胞祖細(xì)胞,它們包括但不限于造血、神經(jīng)、基質(zhì)、肌肉、心血管、肝、肺、胃腸道干細(xì)胞等。酵母細(xì)胞也可用作本發(fā)明所述的細(xì)胞。細(xì)胞不但指特定的個(gè)體細(xì)胞,還指由于某些修飾或環(huán)境的影響例如分化的這些細(xì)胞的后代或潛在的后代,因此后代實(shí)際可能與親代細(xì)胞相同,但其仍然包括在本發(fā)明的范圍內(nèi)。本發(fā)明所使用的細(xì)胞還可以是培養(yǎng)的細(xì)胞,例如在體外或離體。例如,細(xì)胞在體外在培養(yǎng)基中培養(yǎng)??蛇x地,對(duì)于離體培養(yǎng)的細(xì)胞,細(xì)胞可以從個(gè)體例如健康的個(gè)體和/或受疾病影響的個(gè)體獲得。細(xì)胞可通過(guò),例如但不細(xì)胞可以存在于個(gè)體中,例如在體內(nèi)。對(duì)于本發(fā)明在體內(nèi)細(xì)胞上的應(yīng)用,所述細(xì)胞可以存在于個(gè)體中,并顯示疾病、障礙或惡性腫瘤的病理特征。本文使用的術(shù)語(yǔ)"受試者,,欲意包括人和非人動(dòng)物。術(shù)語(yǔ)"非人動(dòng)物"包括所有的脊推動(dòng)物,如哺乳動(dòng)物、非哺乳動(dòng)物,例如非人靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物、羊、狗、牛、雞、兩棲動(dòng)物、爬行動(dòng)物、嚙齒動(dòng)物等。在某些實(shí)施方案中,該受試者是哺乳動(dòng)物,例如靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物,如人。本文所用的術(shù)語(yǔ)"病原體"是指導(dǎo)致受試者疾病或障礙的生物體或分子,例如病原體包括但不限于病毒、真菌、細(xì)菌、寄生蟲(chóng)和其他傳染性生物體或分子。在一些實(shí)施方案中,病毒可以選自單純皰疹病毒1型、單純皰滲病毒2型、巨細(xì)胞病毒、EB病毒、水痘帶狀皰滲病毒、人皰滲病毒6型、人皰滲病毒7型、人皰滲病毒8型、天花病毒、水泡性口炎病毒、曱型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、丁型肝炎病毒、戊型肝炎病毒、鼻病毒、冠狀病毒、流感病毒A型、流感病毒B型、麻滲病毒、多瘤病毒、人乳頭狀瘤病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、柯薩奇病毒、登革熱病毒、腮腺炎病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒、狂犬病病毒、勞斯肉瘤病毒、黃熱病病毒、埃博拉病毒、馬爾堡病毒、拉沙熱病毒、東部馬腦炎病毒、曰本腦炎病毒、圣路易斯腦炎病毒、墨累河谷熱病毒、西尼羅河病毒、裂谷熱病毒、輪狀病毒A、輪狀病毒B、輪狀病毒C、辛德畢斯病毒、猴免疫缺陷病毒、人T細(xì)胞白血病病毒1型、漢坦病毒、風(fēng)滲病毒、猴免疫缺陷病毒、人免疫缺陷病毒1型以及人免疫缺陷病毒2型。術(shù)語(yǔ)"哺乳動(dòng)物"意在包括單數(shù)的"哺乳動(dòng)物"和復(fù)數(shù)的"哺乳動(dòng)物",包括但不限于人;靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物,如猿、猴、猩猩和黑猩猩;犬科動(dòng)物,如狗和狼;貓科動(dòng)物,如貓、獅、虎;馬科動(dòng)物,如馬、驢和斑馬;食用動(dòng)物,如牛、豬和綿羊;有蹄類(lèi)動(dòng)物,如鹿和長(zhǎng)頸鹿;嚙齒動(dòng)物,如小鼠、大鼠、倉(cāng)鼠和豚鼠;以及熊。在一些實(shí)施方案中,哺乳動(dòng)物是人。本文使用的術(shù)語(yǔ)"遺傳易感性"指?jìng)€(gè)體或細(xì)胞的基因構(gòu)成,其能夠預(yù)先確定受試者或細(xì)胞對(duì)特定疾病、障礙或惡性胂瘤易感的可能性或?qū)膊?、障礙或惡性腫瘤治療反應(yīng)的可能性。本文使用的術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞死亡途徑,,是指細(xì)胞自殺途徑或程序性細(xì)胞死亡程序(PCD),也稱(chēng)為凋亡,這是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。本文所用的'抗凋亡,和'促凋亡,分別是指防止或誘導(dǎo)細(xì)胞死亡途徑的分子或?qū)嶓w。本文使用的術(shù)語(yǔ)"人源化"是指在基因上或轉(zhuǎn)錄后修飾,以形成在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中表達(dá)和發(fā)揮功能的優(yōu)化的核酸序列或多肽。本文使用的術(shù)語(yǔ)"擴(kuò)增"引物是指寡核香酸,該寡核苷酸包括天然核苷酸或核普酸類(lèi)似物,其可作為基礎(chǔ)以擴(kuò)增所選的核酸序列。它們包括例如聚合酶鏈反應(yīng)引物和連接酶鏈反應(yīng)寡核香酸。術(shù)語(yǔ)"重組體"當(dāng)用于指代例如細(xì)月包或核酸或載體時(shí),其表示該細(xì)胞或核酸或載體已通過(guò)異源核酸的引入或天然核酸的改變而被修飾,或者該細(xì)胞來(lái)自如此修飾的細(xì)胞。因此,舉例來(lái)說(shuō),重組體細(xì)胞表達(dá)在天然(非重組體)形式的細(xì)胞中不存在的基因,或表達(dá)異常表達(dá)、低表達(dá)或根本不表達(dá)的天然基因。本文使用的術(shù)語(yǔ)"接觸"指直接的物理上相關(guān)聯(lián)的放置。至于本發(fā)明,該術(shù)語(yǔ)是指抗體-抗原的結(jié)合。本文使用的術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞毒性"通常是指對(duì)選擇的細(xì)胞或靶細(xì)胞正常細(xì)胞功能的直接抑制,例如在某些情況下,細(xì)胞毒性指蛋白質(zhì)合成的抑制。這種蛋白質(zhì)合成的抑制可按照Rybak等,JNCI88:747-753(1996)中所描述34的方案,在人腫瘤細(xì)胞如HS578T(ATCC號(hào)HTB126)中檢測(cè)。本文中使用的"細(xì)胞毒劑"可以有相對(duì)50%抑制濃度(1<:5()),該多肽等摩爾量的至少50%。在一些情況下,相對(duì)ICso將是多肽的至少60%或70%,或至少100%。在一些實(shí)施方案中,為使特定細(xì)胞表達(dá)核酸序列編碼的蛋白質(zhì),可使用任何本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的方法將該核酸引入細(xì)胞。向細(xì)胞中引入DNA的方法包括但不限于用適當(dāng)?shù)妮d體進(jìn)行轉(zhuǎn)化。本文使用的術(shù)語(yǔ)"轉(zhuǎn)化"是指通過(guò)任何本領(lǐng)域已知的方法將異源多核苷酸或核酸序列或其片段導(dǎo)入宿主細(xì)胞,所述方法例如但不限于直接攝取、轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導(dǎo)。在一些實(shí)施方案中,為制備本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物,可以用至少一個(gè)核酸構(gòu)建體轉(zhuǎn)化細(xì)胞,其中一個(gè)構(gòu)建體包含本文所公開(kāi)的斷裂分子綴合物的至少一個(gè)片段的序列,然后該細(xì)胞使編碼斷裂生物分子綴合物的核酸表達(dá),以產(chǎn)生斷裂生物分子綴合物蛋白??赏ㄟ^(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種方法將該構(gòu)建體導(dǎo)入細(xì)胞中,所述方法包括載體、病毒載體和非病毒方法,例如但不限于非病毒方法如融合、電穿孔法、基因槍、轉(zhuǎn)染、脂質(zhì)體、原生質(zhì)體融合、磷酸釣轉(zhuǎn)染、微注射、加壓突入、棵DNA等或任何本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法。術(shù)語(yǔ)"載體"和"質(zhì)粒"在本文中交替使用,是指能夠?qū)⒘硪粋€(gè)其所連接的核酸轉(zhuǎn)運(yùn)的核酸分子。能夠引導(dǎo)與其可操作連接的基因和/或核酸序列的表達(dá)的載體在本文稱(chēng)作"表達(dá)載體"。一般情況下,本文所公開(kāi)的方法中表達(dá)載體的使用包括利用"質(zhì)粒"的重組DNA技術(shù),該質(zhì)粒指環(huán)狀雙鏈DNA環(huán),在它們作為載體形式時(shí)并不結(jié)合到染色體上。其他表達(dá)載體可用于不同的實(shí)施方案中,所述載體例如但不限于質(zhì)粒、附加體、噬菌體或病毒載體,這些載體可整合入宿主的基因組中或在特定細(xì)胞中進(jìn)行自主復(fù)制。本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的起到相同功能的表達(dá)載體的其他形式也可以使用。表達(dá)載體包括使編碼DNA穩(wěn)定或瞬時(shí)表達(dá)的表達(dá)載體。效應(yīng)分子細(xì)月包毒歲丈應(yīng)分子在一些實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是細(xì)胞毒素,如細(xì)菌毒素或細(xì)菌細(xì)胞毒素。細(xì)菌毒素或細(xì)胞毒素是本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的,例如但不限于炭疽毒素;白喉毒素(DT);蓖麻毒蛋白A毒素(RTA);假單胞菌內(nèi)毒素(PE);鏈球菌溶血素O;皂草素;gelanin或其天然存在的變體或基因工程變體或片段。細(xì)菌毒素通常不被糖基化,但在本發(fā)明中也包括糖基化細(xì)菌毒素的使用。例如,通過(guò)遺傳修飾DT以提高它們的特異性以及非特異性與正常細(xì)胞的結(jié)合,例如通過(guò)將leu390和Ser525各自轉(zhuǎn)變?yōu)楸奖彼?,使DT35突變,得到CRM107(Greenfield等人;Sci,1987;238:536-539),或?qū)T和包括PE40在內(nèi)的PE截短(Francisco等人;1997;272:24165-24169;Kondo等人,1988;263:9470;Williams等,1987;1:493-498)。對(duì)于改變所用的細(xì)菌毒素性質(zhì)的多種突變和i^飾,參見(jiàn)綜述ImmunotoxinsforTargetedCancerTherapy;KreitmanR.J,2006;APPSJournal;8(3);E532-E551,這些文獻(xiàn)以其全部?jī)?nèi)容引入本文作為參考。在另一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是植物毒素。植物毒素是本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的,其可以是植物全毒素或n類(lèi)核糖體失活蛋白,或者半毒素或I類(lèi)核糖體失活蛋白。植物全毒素例如但不局限于皂草素(SAP);美洲商陸抗病毒蛋白(PAP);異抹腹瀉毒蛋白1;三角梅核糖體失活蛋白和多花白樹(shù)毒蛋白或它們天然存在的變體或基因工程變體或片段。植物半毒素可以是例如蓖麻毒蛋白A鏈(RTA);蓖麻毒蛋白B(RTB);相思豆毒蛋白;槲寄生;凝集素和莫迪素或其天然存在的變體或基因工程變體或片段。植物毒素通常不被糖基化,但在本發(fā)明中也包括糖基化植物毒素的使用。在其它實(shí)施方案中,植物毒素可起到核酸酶的作用,例如但不限于帚曲菌素;局限曲菌素。在本發(fā)明的其它實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以包括多肽或細(xì)胞毒分子的片段或蛋白質(zhì)。細(xì)胞毒分子的一個(gè)實(shí)例是細(xì)胞因子。作為癌癥毒素的非限制性細(xì)胞因子的實(shí)例包括白細(xì)胞介素1;白細(xì)胞介素2(CD25);白細(xì)胞介素3;白細(xì)胞介素4;白細(xì)胞介素13;a-干護(hù)L素;腫瘤壞死因子-a(TNFa);白細(xì)胞介素6;粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF);粒細(xì)胞集落刺激因子(G-CSF)。細(xì)胞因子可以是細(xì)胞因子的天然存在的變體,或者是其基因工程變體,或者包含重組細(xì)胞因子的異源序列的細(xì)胞因子。在其它實(shí)施方案中,該效應(yīng)分子可以包括人源化免疫毒素,其包括人或哺乳動(dòng)物毒素,例如但不限于核糖核酸酶、魚(yú)精蛋白/DNA和Bax。關(guān)于人源化毒素實(shí)例的綜述,參見(jiàn)Frankel,A的綜述,ClinicalCancerRes,2004;10:13-15,該文獻(xiàn)以其全本內(nèi)容引入本文作為參考。核酸酶效應(yīng)分子在另一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以具有核酸酶活性或內(nèi)切核苷酸活性。在一些實(shí)施方案中,核酸酶是指DNA核酸酶、DNA核酸內(nèi)切酶或DNA核酸外切酶。核酸酶可以是它們的天然變體、同源物或遺傳修飾的變體。已知的DNA核酸內(nèi)切酶的實(shí)例是本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的,已用于免疫毒素的綴合物(參見(jiàn)WO0174905,其以全部?jī)?nèi)容引入本文作為參考),并且包括實(shí)例,如牛脫氧核糖核酸酶I(參見(jiàn)WorrallandConolly,1990;36J.Biol.Chem.265;21889-21895);胰腺脫氧核糖核酸酶I(參見(jiàn)Shak等,1990;Proc.Natl.Acad.Sci.USA.,87;9188-9192和Hubbard等,1992年;NewEng.J.Med.,326:812-815)。在一些實(shí)施方案中,脫氧核糖核酸酶是哺乳動(dòng)物脫氧核糖核酸酶I,而在另一些實(shí)施方案中,其是人脫氧核糖核酸酶I。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中,核酸酶是RNA核酸酶、RNA核酸內(nèi)切酶或RNA核酸外切酶。RNA核酸酶是本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的,其中的任何一種均包括在本發(fā)明中。RNA核酸酶的非限制性的例子包括RNA核酸內(nèi)切酶I;RNA核酸內(nèi)切酶II;RNA核酸內(nèi)切酶III。在一些本發(fā)明的例子中,RNA酶可以是核糖核酸酶A(RNA酶A),這樣的一個(gè)例子是指商品名為Onconase⑧的酶(可從AlfacellCorporation,Bloomingfield,NJ獲得),該酶來(lái)自豹蛙(iaw";^!e朋)卵母細(xì)胞,其最初被定為P-30,由Darzynkiewicz等人,CellTissueKinet,21;169(1998)第一次描述。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解,可以用本領(lǐng)域技術(shù)人員所/>知的多種方法對(duì)任何RNA酶或RNA酶A分子進(jìn)行修飾,并且這些修飾或重組的RNA酶和/或RNA酶A分子或其天然存在的變體作為效應(yīng)蛋白的應(yīng)用包括在本文所^^開(kāi)的方法的應(yīng)用中。在一些實(shí)施方案中,RNA酶A可用作效應(yīng)分子,該效應(yīng)分子在歐洲專(zhuān)利申請(qǐng)EP975671中作為免疫毒素的使用已經(jīng)公開(kāi);美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)US6,869,604使用來(lái)自豹蛙的核糖核酸酶,這些文獻(xiàn)引入本文作為參考。在其他實(shí)施方案中,來(lái)自牛蛙(7朋acfl&Ada加)卵母細(xì)胞的核糖核酸酶可以作為效應(yīng)分子。雖然自1989年以來(lái),來(lái)自牛蛙卵母細(xì)胞RNA酶(RaCORl)的氨基酸序列就已知(Nitta,R.等,J.Biochem.106:729(1989);Okabe,Y.等,J.Biochem.109:786(1991);Liao,Y,Nucl,AcidsRes.20:1371(1992);Nitta,K.等,Glycobiology3:37(1993);Liao,Y.&Wang,J"Eur.J.Biochem.222:215(1994);Wang,J.等,CellTissueRes.280:259(1995);Liao,Y.等,ProteinExpr.PuHf.7:194(1996);以及Inokuchi,N.等,Biol.Pharm.Bull.20:471(1997)),但是編碼卵母細(xì)胞RNA酶的基因組DNA或mRNA以及其遺傳修飾的變體仍包括在本文中。在另一個(gè)相關(guān)的實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的方法中有用的核糖核酸酶可以是人胰臟RNA酶超家族,例如人血管生長(zhǎng)素或其片段,或具有核糖核酸酶活性的重組體或其基因工程變體(Kurachi等,1985;Biochemistry,24;5494-5499)。血管生長(zhǎng)素也是無(wú)細(xì)胞提取物的以及注入爪蟾卵母細(xì)胞時(shí)有效的蛋白質(zhì)合成抑制劑。胞外的血管生成素對(duì)多種培養(yǎng)的細(xì)胞無(wú)細(xì)胞毒性,通常存在于人血漿中,因此,其在細(xì)胞中的重構(gòu)物作為所述斷裂生物分子綴合物中的效應(yīng)分子是理想的候選物。此外,人血管生成素通過(guò)與白37細(xì)胞介素2的綴合已用于免疫治療,參見(jiàn)歐洲專(zhuān)利申請(qǐng)EP1217070,該申請(qǐng)以其全部?jī)?nèi)容引入本文作為參考,并且還顯示被表達(dá)作兩個(gè)人蛋白或其片段的兩個(gè)部分(參見(jiàn)歐洲專(zhuān)利申請(qǐng)EP1217070)。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中,RNA酶可以是Dicer。Dicer或Dcr-l同源物(果蠅)是RNA酶III核酸酶,其將雙鏈RNA(dsRNA)和微RNA前體(miRNA)切割成約20-25個(gè)核香酸長(zhǎng)的短雙鏈RNA片段,通常在3'端有兩個(gè)堿基突出(通常稱(chēng)為小干擾RNA(siRNA))。由于dicer包含兩個(gè)RNA酶結(jié)構(gòu)域和一個(gè)PAZ結(jié)構(gòu)域;所以效應(yīng)分子可以包含各個(gè)Dicer結(jié)構(gòu)域。Dicer催化RNA干擾途徑中的第一步并啟動(dòng)RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物(RISC)的形成,RISC的催化組分argonaute是核酸內(nèi)切酶,該核酸內(nèi)切酶能夠降解其序列與siRNA引導(dǎo)鏈序列互補(bǔ)的信使RNA(mRNA)。在其它實(shí)施方案中,核酸酶是限制性核酸內(nèi)切酶,例如微生物II型限制性核酸內(nèi)切酶。II型限制性核酸內(nèi)切酶的例子包括但不限于BamHI;HindIII;Mspl;Sau3AI;Hinfl;Notl和EcoRI。其它效應(yīng)分子在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是蛋白水解酶或蛋白酶分子(也稱(chēng)為朊酶、肽酶或蛋白水解酶),其通過(guò)所謂的蛋白水解斷裂的方法在蛋白質(zhì)的氨基酸之間斷裂肽鍵,這是酶活化或失活的通常機(jī)制。一些蛋白酶利用水分子進(jìn)行蛋白水解斷裂,并且也被歸類(lèi)作水解酶類(lèi)??捎糜诒疚乃_(kāi)的方法中的蛋白酶是本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的,包括例如但不限于絲氨酸蛋白酶;蘇氨酸蛋白酶;半胱氨酸蛋白酶;天冬氨酸蛋白酶(如plasmepsin);金屬蛋白酶;谷氨酸蛋白酶;內(nèi)肽酶(蛋白酶)和外肽酶。舉例來(lái)說(shuō),普通蛋白酶是半胱天冬酶;《丐蛋白酶;組織蛋白酶;蛋白內(nèi)切酶;顆粒酶;基質(zhì)金屬蛋白酶;胃蛋白酶;鏈霉蛋白酶;朊酶;蛋白酶;凝乳酶;胰蛋白酶,以及它們的應(yīng)用或其天然存在的同源物或基因工程變體均包括在本發(fā)明中。在另一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是任何能夠誘導(dǎo)細(xì)胞中細(xì)胞死亡途徑的分子,包括但不限于本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的促凋亡分子以及這些促凋亡分子的天然變體或重組體或基因修飾的變體,例如但不限于Hsp90;TNFa;DIABLO;BAX;BID;BIM;Bcl-2的抑制因子;Bad;聚ADP核糖聚合酶1(PARP-1);第二線粒體來(lái)源的半胱天冬酶激活因子(SMAC);凋亡誘導(dǎo)因子(AIF);Fas(也稱(chēng)為Apo-1或CD95);Fas配體(FasL)包括在本發(fā)明中用作本文所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子。38在其他實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的方法中有用的效應(yīng)分子能夠在細(xì)胞中抑制細(xì)胞死亡途徑或誘導(dǎo)細(xì)胞存活途徑。這些效應(yīng)分子的實(shí)例包括^f旦不限于本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的眾多抗凋亡分子,例如但不限于Bcl-2;Bcl-XL;Hsp27;凋亡蛋白抑制因子(IAP)。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是使細(xì)胞對(duì)一種或多種第二試劑敏感的分子或多肽。例如,效應(yīng)分子可以是酪氨酸激酶,如(3葡糖醛酸糖苷酶活性。p-葡糖醛酸糖苦酶激活低毒性前藥,如9-氨基喜樹(shù)堿和P-羥基苯胺氮芥,或類(lèi)似物,如N-[4-多柔比星-N-羰基(羥曱基)苯基]O-卩-葡糖醛酸氨基甲酸酯(DOX-GA3)已被開(kāi)發(fā)出以改善多柔比星的抗腫瘤作用(DOX)。前藥DOX-GA3最初設(shè)計(jì)成由人p-葡糖醛酸糖苷酶激活成活性分子或藥物,從而特別地在腫瘤部位引起高細(xì)胞毒性作用。通過(guò)在聯(lián)合化療和放射治療抗腫瘤(CCRTC)策略中引入適當(dāng)?shù)姆派湫院怂兀@些前藥的效力也能夠大大加強(qiáng)。在一些實(shí)施方案中,該前藥還可以被用來(lái)修飾脂質(zhì)體,用于4元癌藥物的有歲丈遞送(Chen等,currentmedicinalchemistry;20033;139-150;Chen等,cancerGeneTher,2006)。在另一個(gè)實(shí)施方案中,使細(xì)胞對(duì)另一種試劑敏感的效應(yīng)分子是例如來(lái)自寄生蟲(chóng)布氏錐蟲(chóng)(ro^朋awm"&wceZ,Tb)的次黃噤呤-鳥(niǎo)噤p令磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶(HGPRT),其可以比其人同源物更大的效率將噤呤類(lèi)似物別。票p令醇轉(zhuǎn)化成相應(yīng)的核苷酸,因此其能夠激活前藥別噤呤醇成為細(xì)胞毒性代謝產(chǎn)物(Tmdeau等人,2001年;人基因治療HumanGeneTher;12:1673-1680)。在另一個(gè)實(shí)施方案中,該效應(yīng)分子可以是來(lái)自假產(chǎn)堿假單胞菌CPsewc/onowasjwei^oa/ca"gewes)JS45的細(xì)菌硝基苯硝基還原酶(NbzA),其激活二硝基苯曱酰胺癌癥前藥CB1954和抗生素前體硝基糠腙(Berne等,2006;Biomacromolecules,7;2631-6》在另一實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是p-內(nèi)酰胺酶,它由前藥去乙酰長(zhǎng)春花堿-3-羧酸肼(DAVLBHYD)或其他類(lèi)似物產(chǎn)生活性物質(zhì)或藥物。在這種實(shí)施方案中,陰溝腸桿菌(五打&ra6a"erc/oacae)內(nèi)酰胺酶(bL)作為效應(yīng)蛋白可以激活抗癌前藥7-(4-羧基丁酰氨基)頭孢菌芥(CCM),其是頭孢苯二胺氮芥(PDM)的前藥(Svensson等,1999;JMedChem.,41:1507-12)。本領(lǐng)域所熟知的其他前藥/酶的組合可以被用作效應(yīng)分子,并包括在本文所公開(kāi)的方法中使用,所述其他前藥/酶的組合包括光動(dòng)力治療產(chǎn)生毒性自由基的酶(參見(jiàn)wardman等,2001;scientificyearbook,2001-2002),例如過(guò)氧化物酶基因可用作效應(yīng)分子。在相關(guān)的實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是催化抗病毒藥物的分子,例如但不限于通常作為抗病毒藥物的奧斯他韋可以充當(dāng)羧酸酯酶HCE1的第二試劑作為效應(yīng)分子(Shi等,2006;JPharmacolExpTher)。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以引發(fā)靶核酸或靶多肽分子的添加或修飾。作為非限制性實(shí)例,當(dāng)耙標(biāo)是耙多肽時(shí),有用的效應(yīng)分子可以是泛素,其通過(guò)共價(jià)連接來(lái)添加一個(gè)或多個(gè)泛素單體并標(biāo)記要通過(guò)蛋白酶體降解的靶多肽。在靶標(biāo)是多肽的另一個(gè)實(shí)施方案的實(shí)例中,效應(yīng)分子可以是小泛素相關(guān)的修飾因子(SUMO),其標(biāo)記靶多肽的多種效應(yīng),包括增加多肽穩(wěn)定性、細(xì)胞定位等。其他轉(zhuǎn)錄后事件是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的,包括例如ISGylation;乙?;?,烷基化,曱基化,生物素化,谷氨酰基化,甘氨?;?glycylation);糖基化,異戊烯化,脂化(lipoylation),phosphopantetheinylation,瓜氨酸化;脫酰胺,磷酸化等,并且調(diào)節(jié)或影響這些事件的分子可作為效應(yīng)分子用于本文所公開(kāi)的方法中。在另一實(shí)施方案中,當(dāng)靶標(biāo)是靶核酸時(shí),用于本文所公開(kāi)的方法中的效應(yīng)分子可以修飾核酸,例如化學(xué)修飾,包括如曱基化或結(jié)構(gòu)修飾,例如乙?;蛱砑咏M蛋白以沉默基因和/或阻止靶核酸的轉(zhuǎn)錄。在一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNAMTase),例如DNMT1、DNMT2、DNMT3A、DNMT3B或從頭曱基轉(zhuǎn)移酶或其片段,它使互補(bǔ)蛋白上的靶核酸曱基化。在另一實(shí)施方案中,效應(yīng)分子是組蛋白乙?;D(zhuǎn)移酶(HATs),如CREB-結(jié)合蛋白或其修飾體或其變體。探針在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物的探針可以是能夠結(jié)合到靶核酸上的任何分子。和耙核酸結(jié)合的探針區(qū)域稱(chēng)為核酸結(jié)合基序。在一些這樣的實(shí)施方案中,用于本文所公開(kāi)方法中的探針包括核酸、核酸類(lèi)似物和多肽。在一個(gè)實(shí)施方案中,探針是寡核苷酸。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物的一對(duì)探針可以是相同種類(lèi)的分子,例如兩個(gè)探針都可以是寡核苷酸,或者它們也可以是不同的,例如斷裂生物分子多肽對(duì)的一個(gè)探針可以是寡核苦酸探針,相應(yīng)的斷裂生物分子多肽對(duì)的另一個(gè)探針可以是多肽探針。在一些實(shí)施方案中,探針可以是任何能與另一分子偶聯(lián)的分子,其能夠極為貼近的結(jié)合到靶核酸或靶多肽上。在一些實(shí)施方案中,探針可以是核酸或核酸類(lèi)似物,如寡核香酸。在另一個(gè)實(shí)施方案中,探針可以是結(jié)合多肽或蛋白的核酸,其與耙核酸或靶多肽高親和力地相互作用。核酸類(lèi)似40物探針包括,例如但不限于肽核酸(PNA)、假互補(bǔ)肽核酸(pcPNA)、鎖核酸(LNA)、嗎啉DNA、硫代磷酸酯DNA和2'-0-曱氧基甲基-RNA。在一些實(shí)施方案中,探針可以結(jié)合到單鏈耙標(biāo)的同一雜交位點(diǎn)上,從而在雜交位點(diǎn)上產(chǎn)生三聯(lián)體,該三聯(lián)體包含靶核酸和雜交到同一位點(diǎn)的兩個(gè)探針。另外,探針可以結(jié)合到單鏈或雙鏈靶核酸緊密相鄰的雜交位點(diǎn)上,從而分別在各雜交位點(diǎn)上產(chǎn)生二聯(lián)體或三聯(lián)體。在一些實(shí)施方案中,當(dāng)探針是核酸時(shí),核酸結(jié)合基序可長(zhǎng)到足夠其互補(bǔ)結(jié)合到核酸靶標(biāo)或多肽靶標(biāo),并使得當(dāng)兩個(gè)探針部分都與同一靶核酸或靶多聚核酸結(jié)合時(shí),斷裂生物分子綴合物片段中的一個(gè)可與其相應(yīng)的斷裂生物分子綴合物片段相互作用。例如,核酸結(jié)合部分探針的長(zhǎng)度可以為5-30個(gè)堿基,或者在其它實(shí)施方案中,核酸探針的長(zhǎng)度可以為5-15個(gè)堿基。例如,5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個(gè)堿基。在某些其它實(shí)施方案中,探針可以超過(guò)30個(gè)堿基長(zhǎng)。在一些提供形成三聚體的實(shí)施方案中,探針可以是任何能夠形成三聚體的核酸。在一些實(shí)施方案中,形成三聚體的寡核苷酸富含GC,例如嘌呤三聚體,其由嘧啶-嘌呤-噪呤組成。在一些實(shí)施方案中,核酸探針可為例如但不限于寡核苷酸;單鏈RNA分子;和肽核酸(PNA),包括假互補(bǔ)肽核酸(pcPNA)等。在一些實(shí)施方案中,探針是寡核苷酸。設(shè)計(jì)和合成寡核苷酸的方法是本領(lǐng)域所公知的。有時(shí)寡核苷酸指寡核苷酸引物。用于本文所公開(kāi)的方法中的寡核苷酸能通過(guò)已經(jīng)建立的寡核苷酸合成方法合成,這些方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的。這些方法可以包括從標(biāo)準(zhǔn)的酶消化,之后核香酸片段分離(例如參見(jiàn)Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual,SecondEdition,ColdSpringHarbor,N.Y"(1989年),Wu等人,MethodsinGeneBiotechnology(CRCPress,NewYork,N.Y"1997),以及RecombinantGeneExpressionProtocols,inMethodsinMolecularBiology,Vol.62,(Tuan編著,HumanaPress,Totowa,N.J.,1997),這些文獻(xiàn)的公開(kāi)內(nèi)容引入本文作為參考),到純合成方法,例如,使用Milligen或BeckmanSystem1PlusDNA合成4義(例如,Milligen-Biosearch,Burlington,Mass公司的8700型自動(dòng)合成儀或ABI380B型)通過(guò)氰乙基亞磷酰胺法合成。用于制備寡核香酸的合成方法也被Ikuta等,Ann.Rev.Biochem.53:323-356(1984)(磷酸三酯和亞磷酸-三酯法)以及Narang等,MethodsEnzymol.,65:610-620(1980)(磷酸三酯法)描述。在一些實(shí)施方案中,設(shè)計(jì)用于本文所公開(kāi)的方法中的寡核苷酸探針或核酸探針與其它寡核苷酸或核酸的某些部分互補(bǔ),使得在它們之間可以形41成穩(wěn)定的雜交。這些雜交的穩(wěn)定性可以使用已知的方法計(jì)算,所述方法例如LesnickandFreier,Biochemistry34:10807-10815(1995),McGraw等,Biotechniques8:674-678(1990),以及Rychlik等,NucleicAcidsRes.18:6409-6412(1990)。在一些實(shí)施方案中,探針可以是單鏈RNA分子,并通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的用于單鏈RNA分子制備的方法來(lái)設(shè)計(jì)和合成。在其它實(shí)施方案中,探針可以是核酸結(jié)合部分,例如肽核酸(PNA),包括假互補(bǔ)肽核酸(pcPNA)。設(shè)計(jì)和合成PNA和pcPNA的方法是本4頁(yè)域技術(shù)人員所/〉知的。肽核酸(PNA)是DNA的類(lèi)似物,在該DNA中骨架是假肽而不是糖。因而,它們的行為模擬DNA的行為,并與互補(bǔ)核酸鏈結(jié)合。在肽核酸中,寡核苷酸的脫氧核糖磷酸酯骨架已被更類(lèi)似于肽而非糖磷酸二酯骨架所替代。每個(gè)亞單元骨架有與該骨架連接的天然存在或非天然存在的堿基,例如骨架可由通過(guò)酰胺鍵連接的N-(2-氨基乙基)甘氨酸重復(fù)單位所構(gòu)成。PNA和DNA及RNA結(jié)合形成PNA/DNA或PNA/RNA雙鏈體,它們以比相應(yīng)的DNA/DNA或DNA/RNA雙鏈體更大的親和力和增強(qiáng)的特異性結(jié)合。此外,PNA的聚酰胺骨架(具有適當(dāng)?shù)暮藟A基或其他側(cè)鏈基團(tuán)連接)不被核酸酶或蛋白酶所識(shí)別,因此不像DNA和多肽,肽核酸抗酶降解。結(jié)合,丄與、歡鏈^)NA'結(jié)合。一5''在一些實(shí)施方案中,可以使用假互補(bǔ)PNA(pcPNA),其是PNA分子的變體,除鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶外,假互補(bǔ)PNA還分別包括pcPNA攜帶的2,6-二氨基噤呤(D)和2-硫脲嘧啶代替腺。票呤和胸腺嘧啶。pcPNA表現(xiàn)出不同的結(jié)合模式,雙二鏈體侵襲,該模式基于輔以假互補(bǔ)概念的Watson-Crick識(shí)別原則。pcPNA識(shí)別并與其天然的A、T、(U)或G、C配對(duì)物結(jié)合。pcPNA可根據(jù)本領(lǐng)域已知的任何方法制備。例如,PNA的化學(xué)裝配方法是眾所周知的(參見(jiàn)美國(guó)專(zhuān)利No.5,539,082、5,527,675、5,623,049、5,714,331、5,736,336、5,773,571或5,786,571,這些文獻(xiàn)引入本文作為參考)。在一些實(shí)施方案中,探針可以是多肽,其在本文稱(chēng)為"多肽檢測(cè)蛋白"。在一些實(shí)施方案中,多肽檢測(cè)蛋白可以是任何與耙核酸或靶多肽具有高親和力的多肽。在一些實(shí)施方案中,靶核酸可以是雙鏈,三鏈或單鏈DNA或RNA。在一些實(shí)施方案中,多肽探針是少于100個(gè)氨基酸的肽,或全長(zhǎng)蛋白,或蛋白片段。在一些實(shí)施方案中,在低納摩爾至高皮摩爾范圍內(nèi),多肽對(duì)靶核酸均有親和力。用于本文所公開(kāi)方法中的多肽包括含有鋅指的多肽,該鋅指為天然的或推理或篩選方法設(shè)計(jì)的。鋅指的例子包括Zif2g8、42Spl、Gfi-1的第5指、YY1的第3指、CF2II的第4和第6指以及TTK的第2指(PNAS(2000)97:1495-1500;JBiolChem(20010276(21):29466-78;NuclAcidsRes(2001)29(24):4920-9;NuclAcidRes(2001)29(11):2427-36)。用于本文所公開(kāi)方法中的其他多肽包括體外選擇得到的與特異核酸序列結(jié)合的多肽,例如適體,如血小板衍生生長(zhǎng)因子(PDGF)的適體(NatBiotech(2002)20:473-77)和凝血酶(Nature(1992)355:564-6。用于本文所公開(kāi)方法中的其他多肽包括體外與DNA三鏈體結(jié)合的多肽;例如,雜核核糖核酸顆粒(hnRNP)蛋白成員,如hnRNPK、L、El、A2/B1和I(NuclAcidsRes(2001)29(11):2427-36)。在一些其中斷裂生物分子綴合物片段包含多肽作為探針的實(shí)施方案中,整個(gè)斷裂多肽片段和探針可以由單個(gè)核酸構(gòu)建體所編碼,該構(gòu)建體包含編碼多肽效應(yīng)蛋白片段的核酸、接頭序列和編碼核酸結(jié)合部分多肽或多肽檢測(cè)蛋白的核酸序列。在一些實(shí)施方案中,多肽檢測(cè)蛋白在細(xì)胞內(nèi)或微量注射入細(xì)胞中。在一些實(shí)施方案中,這種構(gòu)建體也可用于體外;險(xiǎn)測(cè)感興趣的核酸。在其中探針是多肽檢測(cè)蛋白的一些實(shí)施方案中,多肽檢測(cè)蛋白可斷裂為至少兩個(gè)片段,其中各片段與兩個(gè)或多個(gè)效應(yīng)蛋白片段綴合,并且其中檢測(cè)多肽片段與靼核酸或耙多肽的結(jié)合可重構(gòu)4全測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白。例如,多肽探針可以是包含多個(gè)結(jié)構(gòu)域(例如鋅指基序)的檢測(cè)蛋白或已被斷裂成兩個(gè)單獨(dú)部分的核酸結(jié)合分子,如真核翻譯起始因子4A(參見(jiàn)專(zhuān)利申請(qǐng)60/730,746,該申請(qǐng)引入本文作為參考)。在其中檢測(cè)多肽探針是多結(jié)構(gòu)域多肽檢測(cè)蛋白的一些實(shí)施方案中,各結(jié)構(gòu)域可與兩個(gè)或多個(gè)效應(yīng)蛋白片段綴合,并且其中檢測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)域與耙核酸或耙多肽的結(jié)合導(dǎo)致檢測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白的重構(gòu)。靶核酸和把多肽本發(fā)明的一方面是通過(guò)本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物來(lái)識(shí)別靶核酸或耙多肽,該斷裂生物分子綴合物包含斷裂效應(yīng)分子,其中各片段均與探針綴合。在一個(gè)實(shí)施方案中,探針識(shí)別靶核酸,而在另一個(gè)實(shí)施方案中,探針識(shí)別耙多肽。在一些實(shí)施方案中,靶核酸是DNA或RNA。在一些實(shí)施方案中,靶核酸是病理性核酸(DNA或RNA)或致病核酸,例如,病理性核酸是基本上導(dǎo)致疾病、障礙或惡性腫瘤的核酸。這包括但不限于例如在基因中編碼突變和/或多態(tài)性的核酸序列;與基因操作性連接或在基因5'或3'非翻譯區(qū)(UTR)的調(diào)控序列。在一些實(shí)施方案中,病理性核酸是表達(dá)部分或全部導(dǎo)43致疾病、障礙或惡性肺瘤的基因產(chǎn)物的核酸序列,例如,組成型(即持久地)表達(dá)的基因,如表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)、血小板衍生生長(zhǎng)因子受體(PDGFR)以及血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子受體(VEGFR)和HER2/neu。該基因產(chǎn)物可以是突變的或正常的多肽。在一些實(shí)施方案中,靶核酸或靶多肽是基因或在癌細(xì)胞中表達(dá)的基因產(chǎn)物。作為典型實(shí)例,耙核酸是編碼多態(tài)性上皮粘液素(PEM)的核酸,PEM是人乳脂肪球的組分,在多個(gè)機(jī)體組織的細(xì)胞中表達(dá),也在尿中,已知在上皮癌細(xì)胞,特別是卵巢癌、胃癌、大腸癌和胰腺癌細(xì)胞中表達(dá)。在這樣的實(shí)施方案中,靶核酸是編碼多態(tài)性上皮粘液素(PEM)的核酸序列,和/或靶多肽是PEM的抗原或PEM的細(xì)胞毒性部分。在一些實(shí)施方案中,探針以PEM為靶向,與WO0174905中所公開(kāi)的免疫毒素作為靶向相似,該文獻(xiàn)引入本文作為參考。在一些實(shí)施方案中,靶核酸或靶多肽可以是癌基因或致癌基因分子或癌基因或受體激酶信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子。在一些實(shí)施方案中,靶核酸編碼血管發(fā)生蛋白,例如但不限于血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)或血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子-1或其同源物。在一些實(shí)施方案中,病理性核酸是致病DNA或RNA,例如但不限于病毒基因組序列,例如來(lái)自于甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、流行性感冒、水痘病毒、腺病毒、HSV-1、HSV-II型、牛瘟鼻病毒、艾柯病毒、逆轉(zhuǎn)錄病毒、輪狀病毒、呼吸道合胞病毒、乳頭狀瘤病毒、乳多空病毒、巨細(xì)胞病毒、echinovims、abovims、漢坦病毒、柯薩奇病毒、腮腺炎病毒、麻滲病毒、風(fēng)滲病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒、人免疫缺陷病毒l型、人免疫缺陷病毒II型、嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS)、禽和/或鳥(niǎo)流感病毒和其他病毒或其變體。在一些實(shí)施方案中,病理性多肽是本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物的靶標(biāo),其中多肽全部或部分導(dǎo)致疾病、障礙或惡性腫瘤癥狀。在一些實(shí)施方案中,病理性多肽是任何由于功能障礙或異常表達(dá)導(dǎo)致疾病癥狀的蛋白。例如但不限于,致病多肽可以是突變和/或未折疊的和/或異常構(gòu)象的,和/或錯(cuò)誤亞細(xì)胞定位和/或在不適當(dāng)?shù)募?xì)胞和組織類(lèi)型中表達(dá)的或與其他蛋白不適宜或缺乏連接的蛋白。僅作為例示性實(shí)例,致病多肽可以是導(dǎo)致疾病如癌癥癥狀的蛋白,例如所述致病多肽可以是血管發(fā)生蛋白,如表皮生長(zhǎng)因子(EGF)和血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF),或?qū)е律窠?jīng)退行性疾病如阿爾茨海默病中的卩淀粉樣蛋白;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS)中的S0D1突變體等。在一些實(shí)施方案中,病理性多肽可以是表達(dá)在病原體表面的多肽,例如形成病毒顆粒的部分外殼蛋白或衣殼的多肽,作為非限制性實(shí)例,在人免疫缺陷病毒顆粒上表達(dá)的gp40,或在癌細(xì)胞、病毒或感染性顆粒上表達(dá)的表面標(biāo)記物。生物分子綴合物的應(yīng)用在一些實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的生物分子綴合物可以用于引發(fā)細(xì)胞死亡。在這種實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物是指"細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物",其包含斷裂效應(yīng)分子,當(dāng)該斷裂效應(yīng)分子互補(bǔ)激活時(shí)能夠激活細(xì)胞死亡。例如,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定耙核酸或草巴多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞死亡途徑。在這種實(shí)施方案中,該效應(yīng)分子可以是毒素、細(xì)胞毒分子、核酸酶、蛋白水解酶、促凋亡分子或上文所公開(kāi)的修飾靶核酸或靶多肽的任何分子。在一些實(shí)施方案中,使用本文所公開(kāi)的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物可用于癌癥治療,其中細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的探針識(shí)別與障礙如癌癥有關(guān)的特定靶核酸序列或靶多肽。例如,細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的探針能夠識(shí)別但不限于上文所討論的HER2/Her-2、BRAC1和BRAC2、Rb、p53等。在一些實(shí)施方案中,癌癥或疾病或障礙或惡性腫瘤可以是哺乳動(dòng)物器官或組織的任何疾病,其特征在于該組織中的正?;虍惓<?xì)胞弱控制或非控制的增殖及其對(duì)整個(gè)機(jī)體的影響。在一些實(shí)施方案中,癌癥包括良性贅生物、發(fā)育異常、增生以及表現(xiàn)出轉(zhuǎn)移性生長(zhǎng)或任何其它轉(zhuǎn)變的贅生物,例如白斑病,其往往為癌癥先兆。當(dāng)細(xì)胞和組織生長(zhǎng)速度超過(guò)正常細(xì)胞時(shí),其是癌性的,代替或擴(kuò)散到周?chē)】到M織或機(jī)體的任何其他組織稱(chēng)為轉(zhuǎn)移性生長(zhǎng),其呈現(xiàn)異常形狀和大小,其核質(zhì)比改變,核多染色性,最后可能終止。癌細(xì)胞和組織當(dāng)引起類(lèi)腫瘤綜合征時(shí)可能影響整個(gè)機(jī)體,或者癌癥在重要器官或組織中發(fā)生時(shí),正常功能可能被損害或停止,有可能導(dǎo)致致命的結(jié)果。在一些情況下,如果重要器官的功能被無(wú)論是原發(fā)性或轉(zhuǎn)移性的癌癥或癌癥細(xì)胞損害,則癌癥可能導(dǎo)致患病受試者或哺乳動(dòng)物死亡。惡性腫瘤是有擴(kuò)散趨勢(shì)的并且如果不治療可能導(dǎo)致死亡的癌癥。良性腫瘤通常不導(dǎo)致死亡,但如果由于其部位、大小或類(lèi)腫瘤性副作用而干擾了正常的機(jī)體功能,則也可能導(dǎo)致死亡。本文使用的術(shù)語(yǔ)"癌癥"是指但不限于簡(jiǎn)單的良性贅生物,而且還包括其他任何良性和惡性贅生物,例如l)癌,2)肉瘤,3)癌肉瘤,4)造血組織癌,5)包括腦在內(nèi)的神經(jīng)組織的腫瘤,6)皮膚細(xì)胞癌。根據(jù)癌的不同,癌45癥發(fā)生在上皮組織中,該上皮組織覆蓋器官,例如乳房、肺、呼吸系統(tǒng)和胃腸道、內(nèi)分泌腺以及泌尿生殖系統(tǒng)的外體(皮膚)以及襯粘膜和內(nèi)部空洞結(jié)構(gòu)。導(dǎo)管或腺成分可存在于上皮腫瘤中,例如在腺癌如曱狀腺腺癌、胃腺癌、子宮腺癌中。皮膚以及某些粘膜的鋪列細(xì)胞上皮癌,如舌、唇、喉、膀胱、子宮頸或陰莖的癌可定義為相應(yīng)組織的皮樣嚢腫或鱗狀細(xì)胞癌,并且也在癌定義的范圍內(nèi)。作為肉瘤的癌在結(jié)締組織,包括纖維組織、脂肪組織、肌肉、血管、骨以及軟骨中發(fā)展,例如骨肉瘤、脂肪肉瘤、纖維肉瘤、滑膜肉瘤。作為癌肉瘤的癌是在上皮和結(jié)締組織中發(fā)展的癌。在這一定義范圍內(nèi)的癌癥疾病可以是原發(fā)或繼發(fā)的,其中原發(fā)的表示癌源于其被發(fā)現(xiàn)的組織,而不是從另一病灶通過(guò)轉(zhuǎn)移-54作為第二位點(diǎn)建立的。該定義范圍內(nèi)的癌癥和肺瘤疾病可以是良性或惡性的,且可以影響哺乳動(dòng)物機(jī)體的任何和/或全部解剖結(jié)構(gòu)。例如但不限于,癌可包括如下的癌癥和腫瘤疾病(I)骨髓和骨髓源細(xì)胞(白血病),(II)內(nèi)分泌及外分泌腺體例如曱狀腺、曱狀旁腺、垂體、腎上腺、唾液腺、胰腺,(m)乳房,例如在男性或女性乳腺中的良性或惡性腫瘤,乳腺導(dǎo)管腺癌、髓樣癌、粉剌癌、乳頭佩吉特病、年輕女性炎性癌,(IV)肺,(V)胃,(VI)肝、脾,(VII)小腸,(vm)結(jié)腸,(ix)骨及其支撐和結(jié)締組織,例如惡性或良性骨腫瘤,如惡性骨肉瘤、良性骨瘤、軟骨腫瘤;如惡性軟骨肉瘤或良性軟骨瘤;骨髓瘤樣惡性骨髓癌或良性嗜酸性肉芽腫,以及機(jī)體其它部位的骨組織轉(zhuǎn)移性腫瘤;(X)口腔、咽喉、喉和食道,(XI)膀胱以及男性和女性的膀胱泌尿生殖系統(tǒng)的內(nèi)部和外部器官和結(jié)構(gòu),例如卵巢、子宮、子宮頸、睪丸和前列腺,(XII)前列腺,(XIII)胰腺,如胰腺導(dǎo)管癌;(XIV)淋巴組織樣淋巴瘤及其他源于淋巴的腫瘤,(XV)皮膚,(XVI)屬于呼吸和呼吸系統(tǒng)的所有解剖結(jié)構(gòu)的癌癥和腫瘤疾病,包括胸肌和襯層,pcvn)淋巴結(jié)原發(fā)或繼發(fā)癌,(xvm)舌和硬腭或鼻竇的骨性結(jié)構(gòu),(XVIV)口腔、頰、頸和唾液腺,(xx)血管,包括心臟及其襯層,(XXI)平滑肌或骨骼肌及其韌帶和襯層,(XXII)周?chē)窠?jīng)、植物性神經(jīng)、包括小腦在內(nèi)的中樞神經(jīng)系統(tǒng),(XXIII)脂肪組織。在一些特定實(shí)施方案中,癌癥是淋巴瘤;白血病;肉瘤;腺瘤。在一些實(shí)施方案中,癌癥是急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)。本發(fā)明的另一方面涉及細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物在治療病原體感染中的應(yīng)用。在一些實(shí)施方案中,所述的方法包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)多肽的探針識(shí)別在病原體感染的細(xì)胞中存在的特定靶核酸或靶多肽,并且同時(shí),在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶肽存在下,該斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。46在一些實(shí)施方案中,可用于病原體感染治療的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物包含識(shí)別特異性針對(duì)病原體的耙核酸序列和/或靶多肽,例如病毒外殼蛋白或病毒基因組DNA的探針。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物可用于病原體的處理,例如但不限于可能導(dǎo)致感染和傳染性疾病的病原體。由病原體導(dǎo)致的皮膚和皮下組織感染,包括例如蜂窩織炎、壞死性筋膜炎、皮膚壞疽、淋巴結(jié)炎、急性淋巴管炎、小膿皰疹、皮膚膿腫、毛嚢炎、癤子(癤)、丹毒、癰(癤簇和皮膚膿肺)、葡萄球菌性燙傷樣皮膚綜合征、紅癬或曱溝炎(可由多種細(xì)菌和真菌引起)。這些中的大部分是細(xì)菌性感染。最常見(jiàn)的細(xì)菌性皮膚感染由葡萄球菌(Sto;/^ococcw)和鏈球菌(&"/tococc^)引起。真菌引起的皮膚感染是癬,其是由數(shù)種不同的真菌引起的真菌皮膚感染,通常根據(jù)其在機(jī)體的部位而分類(lèi)。實(shí)例有運(yùn)動(dòng)員足(由毛癬菌(Jh'c/op/^to")或表皮褲菌(五/Wwmop/^w2)引起的足癉)、股癉(腹股溝褲,可由多種真菌和酵母引起)、頭皮痺(由毛痺菌或小孢子菌(M/cra5powm)引起)、曱褲和體痔(由毛褲菌虧|起)。念珠菌病(酵母感染、念珠菌)是酵母念珠菌引起的感染。念珠菌感染可分為以下類(lèi)型皮褶感染(擦爛區(qū)感染)、陰道和陰莖念珠菌感染(外陰陰道炎)、鵝口瘡、傳染性口角炎(口角念珠菌感染)、念珠菌性曱溝炎(在曱床生長(zhǎng)的念珠菌,導(dǎo)致疼痛性腫脹、化膿)。念珠菌還可導(dǎo)致一般性的全身感染,特別是在免疫損害的宿主中。花斑癬是引起白色至淺棕色的皮膚斑塊的真菌感染。皮膚也可以受到寄生蟲(chóng)主要是微小的昆蟲(chóng)或蠕蟲(chóng)的感染。實(shí)例是濟(jì)瘡(螨蟲(chóng)侵染)、虱子侵染(長(zhǎng)虱子,頭虱和陰虱是兩種不同的物種)或匍行疹(皮下幼蟲(chóng)移行癥,鉤蟲(chóng)感染)。多種類(lèi)型的病毒侵入皮膚。實(shí)例是乳頭瘤病毒(引起疣)、單純皰滲病毒(引起如唇皰滲)或痘病毒家族成員(傳染性軟疣(皮膚感染,引起皮膚著色、平滑、蠟樣腫塊)。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物可用于治療病原體,所述病原體例如細(xì)菌。菌血癥是指在血流中存在細(xì)菌,并且在有太多的細(xì)菌需要清除的情況下,容易發(fā)展成敗血癥,導(dǎo)致嚴(yán)重的癥狀。在某些情況下,敗血癥導(dǎo)致威脅生命的病況,稱(chēng)為敗血病性休克。桿菌是根據(jù)其獨(dú)特的桿狀形態(tài)而歸類(lèi)的一類(lèi)細(xì)菌。細(xì)菌的形狀為球形(球菌)、桿狀(桿菌)或螺紋/螺旋狀(螺旋體)。可區(qū)分為革蘭氏陽(yáng)性菌或革蘭氏陰性菌,革蘭氏陽(yáng)性桿菌感染的例子是卉毒絲菌病(erysipelothricosis)(紅斑丹毒絲菌(五r"^e/c^n'xWz"s/opa^'ae)引起的)、李斯特病(單核細(xì)胞增生李斯特菌(丄Wen'amowoc^togewes)虧1;^)以病(ia才干菌(Sacz7/uyaw^^acz》引的)。H可分為肺炭疽、胃腸炭疽和炭疽皮膚潰瘍。革蘭氏陰性菌感染的例子是嗜血感染、嗜血流感感染、嗜血桿菌(引起軟下疳)、布氏桿菌病(波狀熱、馬47耳他熱、地中海熱或直布羅陀熱,由布魯氏菌引起)、土拉桿菌病(兔熱病、斑虻熱,由弗朗西斯氏土拉桿菌引起)、鼠疫(黑死病,由鼠疫菌引起,分為腺鼠疫、肺鼠疫、敗血性鼠疫和輕鼠疫)、貓抓病(漢賽巴爾通體(5flWo"e〃a/^朋e/ae)菌引起)、假單胞菌感染(尤其是銅綠假單孢菌)、彎曲桿菌引起的胃腸道或血液感染(例如幽門(mén)曲狀桿菌[幽門(mén)螺桿菌])、霍亂(由霍亂弧菌引起的小腸感染)、由其他弧菌屬引起的感染、腸桿菌感染(引起例如胃腸道感染,該組的成員是沙門(mén)氏菌、志賀氏菌、大腸桿菌、克雷伯氏菌、腸桿菌、沙雷氏菌、變形桿菌、摩根菌、普羅威登斯菌和耶爾森氏菌)、肺炎克氏桿菌感染(嚴(yán)重肺部感染)、傷寒(傷寒桿菌引起)、非傷寒沙門(mén)氏菌感染或菌痢(痢疾,由志賀氏菌引起的腸道感染)。球形的細(xì)菌被稱(chēng)為球菌。能夠引起人感染的球菌包括葡萄球菌、鏈球菌(鏈球菌A群、鏈球菌B群、鏈球菌C和G群、鏈球菌D群和腸球菌)、肺炎鏈球菌(引起如肺炎、膿胸、細(xì)菌性腦膜炎、菌血癥、肺炎球菌性心內(nèi)膜炎、腹膜炎、肺炎球菌性關(guān)節(jié)炎或中耳炎)以及腦膜炎球菌。中毒性休克綜合征是通常由葡萄球菌引起的感染,可迅速惡化導(dǎo)致嚴(yán)重、無(wú)法治療的休克。在一些實(shí)施方案中,病原體是腦膜炎球菌(腦膜炎奈瑟氏菌),其可引起覆蓋大腦和脊髓的各層的感染(腦膜炎)。淋病奈瑟氏菌引起性傳播疾病淋病。螺旋菌感染是呈螺旋形細(xì)菌螺旋體的感染。例子包括密螺旋體、包柔氏螺旋體、鉤端螺旋體和螺旋菌感染。密螺旋體病(如雅司病、品他病)由與梅毒螺旋體(引起梅毒)無(wú)法區(qū)分的螺旋菌引起。回歸熱(蜱熱、反復(fù)發(fā)熱或饑饉熱)是多林包柔氏螺旋體菌引起的疾病。在另一個(gè)實(shí)施方案中,病原體可以是萊姆病(由鹿蜱傳播),其由包柔氏螺旋體引起。其它螺旋體感染的例子是鉤端螺旋體病(包括威爾氏綜合征、傳染性(螺旋體)黃癥和犬鉤端螺旋體病在內(nèi)的一組感染)或鼠咬熱)。致病厭氧菌包括梭狀芽胞桿菌、消化球菌和消化鏈球菌屬。其他實(shí)例包括脆弱擬桿菌、產(chǎn)黑素普雷沃菌和梭桿菌。厭氧菌感染包括牙科膿肺,頜骨感染,牙周疾病,慢性鼻竇炎和中耳感染,以及腦、脊髓、肺、腹腔、肝臟、子宮、陰部、皮膚和血管膿肺。梭狀芽孢桿菌感染的實(shí)例是破傷風(fēng)(牙關(guān)緊閉癥,由破傷風(fēng)梭狀芽孢桿菌引起),或放射菌病(主要由伊氏放線菌引起的慢性感染)。在其它實(shí)施方案中,病原體可以是分枝桿菌,其引起肺結(jié)核和麻風(fēng)病,特別是氣傳病原體結(jié)核分枝桿菌、牛型結(jié)核分枝桿菌或非洲分枝桿菌。麻風(fēng)病(漢森氏病)由麻風(fēng)分枝桿菌引起。立克次體感染也已知。立克次體或埃立克體引起的疾病實(shí)例是斑滲傷寒(斑滲傷寒立克次氏體引起)、落基山斑滲熱(立氏立克次氏體引起)、流行性斑滲傷寒(普氏立克次體引起)、恙蟲(chóng)48病(立克次氏體-62恙蟲(chóng)引起),埃立克體病(犬埃立克體或密切相關(guān)的物種)、立克次體痘(小蛛立克次氏體)、Q熱(伯氏考克斯體)或戰(zhàn)壕熱(五日熱巴爾通體)。在其他實(shí)施方案中,病原體可以是寄生蟲(chóng),例如單細(xì)胞動(dòng)物(原生動(dòng)物)或蠕蟲(chóng),其通過(guò)生活在另一個(gè)通常大得多的有機(jī)體中而生存。寄生蟲(chóng)感染的實(shí)例是阿米巴病(由痢疾阿米巴引起)、賈第蟲(chóng)病(賈蘭第鞭毛蟲(chóng))、瘧疾(瘧原蟲(chóng))、弓形體病(剛地弓形蟲(chóng))、巴貝斯蟲(chóng)病(巴貝斯寄生蟲(chóng))、鞭蟲(chóng)病(腸道蛔蟲(chóng)毛首鞭蟲(chóng))、蛔蟲(chóng)病(人蛔蟲(chóng))、鉤蟲(chóng)感染(十二指腸鉤蟲(chóng)或美洲鉤蟲(chóng))、旋毛蟲(chóng)病(旋毛蟲(chóng))、弓蛔蟲(chóng)病(內(nèi)臟幼蟲(chóng)移行癥,由蛔蟲(chóng)幼蟲(chóng)侵入器官引起,如犬弓蛔蟲(chóng)和貓弓蛔蟲(chóng)))、豬肉絳蟲(chóng)感染(豬肉絳蟲(chóng))或魚(yú)絳蟲(chóng)感染(闊節(jié)裂頭絳蟲(chóng))。在其他實(shí)施方案中,病原體可以是真菌。真菌傾向于引起免疫系統(tǒng)損害的人感染。真菌感染的實(shí)例是組織胞漿病(由莢膜組織胞漿菌引起)、球孢子蟲(chóng)病(粗球孢子菌)、芽生菌病(皮炎芽生菌)、念珠菌病(假絲酵母尤其是白色念珠菌引起)或孢子絲菌病(申克孢子絲菌)。在另一個(gè)實(shí)施方案中,病原體可以是病毒。病毒感染的非限制性實(shí)例如下呼吸道病毒感染,例如普通感冒(由小RNA病毒[如犀牛病毒]、流行性感冒病毒或呼吸道合胞病毒引起)、流感(由A型流行性感冒病毒或B型流行性感冒病毒引起),皰滲病毒感染(單純皰滲、帶狀皰滲、EB病毒、巨細(xì)胞病毒、皰瘆病毒6型、人皰滲病毒7型或皰滲病毒8型(在患AIDS的人中引起卡波西氏肉瘤),中樞神經(jīng)系統(tǒng)病毒感染(如狂犬病、克雅氏病(亞急性海綿狀腦病)、進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(由JC病毒引起的罕見(jiàn)表現(xiàn)的腦多瘤病毒感染)、熱帶痙攣性輕截癱(HTLV-I),蟲(chóng)媒病毒感染(如蟲(chóng)媒病毒性腦炎、黃熱病或登革熱),沙粒病毒感染(如淋巴細(xì)胞性脈絡(luò)叢腦膜炎),出血熱(如玻利維亞和阿根廷出血熱和拉沙熱,漢坦病毒感染,埃博拉和馬爾堡病毒)。普通病毒的一個(gè)實(shí)例是人免疫缺陷病毒(HIV)感染,其是由進(jìn)行性破壞淋巴細(xì)胞的人免疫缺陷病毒1型或人免疫缺陷病毒II型病毒引起的感染。這導(dǎo)致獲得性免疫缺陷綜合癥(AIDS)。其他病毒包括例如曱型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、SARS、禽流感等。其它病原體病毒包括性傳播(性病)疾病,例如梅毒(梅毒螺旋體引起)、淋病(淋球菌)、ehaneroid(杜克雷嗜血桿菌)、淋巴肉芽腫(沙眼衣原體)、腹股溝肉芽腫(肉芽腫莢膜桿菌)、nongonoeoeeal尿道炎和衣原體eervieitis(由沙眼衣原體、解脲支原體、陰道毛滴蟲(chóng)或單純皰滲病毒引起)、滴蟲(chóng)病(陰道毛滴蟲(chóng))、生殖器念珠菌病、生殖器皰滲、生殖器疣(乳頭瘤病毒引起)或HIV感染。在另一個(gè)實(shí)施方案中,病原體可以是機(jī)會(huì)致病菌,通常感染免疫系統(tǒng)障礙的人,例如但不限于諾卡菌病(由星狀諾卡氏菌引起)、曲霉菌病、毛霉菌病、巨細(xì)胞病毒感染。在一些實(shí)施方案,本文所公開(kāi)的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物可用于治療除腫瘤細(xì)胞或病毒感染細(xì)胞以外的細(xì)胞。例如,在一些實(shí)施方案中,攜帶細(xì)胞毒性效應(yīng)分子的斷裂生物分子綴合物可特異性地以細(xì)胞為靶向,例如分泌抗自身抗體的B細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中,本文公開(kāi)的生物分子綴合物可用于治療自身免疫或自身免疫相關(guān)疾病,例如但不限于橋本曱狀腺炎;惡性貧血;阿狄森氏病;I型糖尿病;類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎;系統(tǒng)性紅斑狼瘡;皮肌炎;干燥綜合征;紅斑狼瘡;多發(fā)性硬化癥;重癥肌無(wú)力;賴(lài)特綜合征;以及格雷夫斯病。本文所使用的術(shù)語(yǔ)"自身免疫性疾病"或自身免疫相關(guān)疾病是指當(dāng)機(jī)體組織凈皮自身免疫系統(tǒng)攻擊時(shí)產(chǎn)生的病癥或疾病。免疫系統(tǒng)是才幾體內(nèi)復(fù)雜的系統(tǒng),其通常的作用是"尋找并破壞"機(jī)體的入侵物,包括感染性物質(zhì)。自身免疫性疾病患者經(jīng)常具有不尋常的在其血液中,環(huán)以其自身機(jī)體組織為靶標(biāo)的抗體。自身免疫性疾病的例子包括系統(tǒng)性i工斑狼瘡、干燥綜合征、橋本曱狀腺炎、類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、少年(l型)糖尿病、多發(fā)性肌炎、硬皮病、阿狄森氏病、白癜風(fēng)、惡性貧血、腎小球腎炎、多發(fā)性硬化癥和肺纖維化。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物可用來(lái)使細(xì)胞對(duì)第二試劑敏感,使得該第二試劑將僅特異性地影響被致敏的細(xì)胞。典型的第二試劑是化學(xué)品或物理實(shí)體或引發(fā)靶細(xì)胞細(xì)胞死亡的物質(zhì)。在這種實(shí)施方案中,"致敏斷裂生物分子綴合物,,包含斷裂效應(yīng)分子,該分子在靶核酸或靶多肽存在下重裝配形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠使細(xì)胞對(duì)其它第二試劑敏感。在一些實(shí)施方案中,效應(yīng)分子的例子包括例如但不限于上文所討論的p-葡糖醛酸酶;次黃噪呤-鳥(niǎo)嘌呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶;卩-內(nèi)酰胺酶和羧酸酯酶HCE1。在一些實(shí)施方案中,這種斷裂生物分子綴合物在本文中是指"致敏斷裂生物分子綴合物",而在一些實(shí)施方案中,它們可用于癌癥和/或病原體感染的治療,其中耙核酸序列或靶多肽分別引起癌癥或病原體感染癥狀。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的生物分子綴合物可用于引發(fā)靶核酸序列和/或靶多肽的降解或破壞,從而殺死細(xì)胞或從細(xì)胞中消除致病靶核酸和/或多肽。在這種實(shí)施方案中,該斷裂生物分子綴合物是指"包含斷裂50效應(yīng)分子的降解斷裂生物分子綴合物",該斷裂效應(yīng)分子當(dāng)在靶核酸或多肽存在下,以活性效應(yīng)構(gòu)象在細(xì)胞中行使核酸酶或蛋白酶功能或引發(fā)靶核酸或耙多肽的核酸降解或蛋白降解。在這樣的一個(gè)實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是例如但不限于核酸酶;蛋白酶和泛素。在一些實(shí)施方案中,降解斷裂分子綴合物可用于治療癌癥(例如本文所公開(kāi)的那些癌癥)和病原體感染(例如本文所公開(kāi)的那些病原體感染)以及其他由于致病核酸或致病多肽存在導(dǎo)致的疾病和障礙。在一些實(shí)施方案中,疾病、障礙或惡性腫瘤是指任何其中癥狀部分或全部由致病核酸序列或致病多肽引起的疾病、障礙或惡性肺瘤。例如,影響神經(jīng)系統(tǒng)的神經(jīng)疾??;呼吸系統(tǒng)疾病;心血管疾病;肝臟疾?。谎装Y性疾??;胰腺疾??;消化器官疾病;腎臟疾??;皮膚病;肺部疾病等。在一些實(shí)施方案中,神經(jīng)疾病和神經(jīng)退行性疾病是例如但不限于腦梗死、腦血管事件、帕金森氏癥、阿爾茨海默病、亨廷頓氏舞蹈病、脊髓損傷、抑郁、躁狂抑郁性精神病、肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS)以及其他神經(jīng)退行性疾病等。在一些實(shí)施方案中,呼吸器官系統(tǒng)疾病包括慢性阻塞性肺病、肺氣腫、支氣管炎、哞喘、間質(zhì)性肺炎、肺纖維化等。在一些實(shí)施方案中,心血管疾病是例如但不限于阻塞性血管疾病、心肌梗死、心力衰竭、冠狀動(dòng)脈疾病等。用于本文的術(shù)語(yǔ)"心血管病癥、疾病或障礙,,意欲包括所有以不足的、非期望的或異常的心臟功能為特征的所有障礙,如缺血性心臟病、高血壓性心臟病和肺高血壓性心臟病、瓣膜病、先天性心臟病以及任何導(dǎo)致受試者尤其是人受試者充血性心力衰竭的病癥。不足的或異常的心功能可以是疾病、損傷和/或老化的結(jié)果。在一些實(shí)施方案中,肝病包括乙型肝炎、丙型肝炎、酒精性肝炎、肝硬化、肝功能不全等,胰腺疾病包括糖尿病、胰腺炎等。消化器官系統(tǒng)疾病包括克羅恩病、潰瘍性結(jié)腸炎等。腎臟疾病包括IgA腎小球腎炎、腎小球腎炎、腎功能不全等,皮膚疾病包括褥瘡、燒傷、縫合傷、撕裂傷、切割傷、咬傷、皮膚炎、布£瘢痕瘤、瘢痕疙瘩、糖尿病性潰瘍、動(dòng)脈性潰瘍、靜脈性潰瘍等。肺疾病包括肺氣肺、慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺疾病、嚢性纖維化、原發(fā)性間質(zhì)性肺炎(肺纖維化)、彌漫性肺纖維化、結(jié)核病、哮喘等。本文中所用的炎癥性疾病是指由免疫系統(tǒng)或組織的細(xì)胞或非細(xì)胞介導(dǎo)因子引發(fā)的,引起機(jī)體組織炎癥以及隨后產(chǎn)生急性或慢性炎癥性病癥的疾病。炎癥性疾病的實(shí)例包括但不限于I-IV型過(guò)敏反應(yīng),例如但不限于包括哞喘在內(nèi)的肺過(guò)敏性疾病,特應(yīng)性疾病,過(guò)敏性鼻炎或結(jié)膜炎,眼瞼血管性水腫,遺傳性血管水腫,抗受體過(guò)敏性反應(yīng)以及自身免疫性疾病,橋本曱狀腺炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、肺出血腎炎綜合征、天皰瘡、重癥肌無(wú)力、51格雷夫斯和雷諾氏病、B型胰島素抵抗性糖尿病、類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、銀屑病、克羅恩病、硬皮病、混合性結(jié)締組織病、多肌炎、結(jié)節(jié)病、腎小球腎炎、急性或慢性宿主抗移植物反應(yīng)。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本文所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物可用于觸發(fā)細(xì)胞的存活,例如阻斷細(xì)胞死亡途徑和/或激活細(xì)胞存活途徑。在這種實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物是指"存活斷裂生物分子綴合物",且可以包含斷裂效應(yīng)分子,斷裂效應(yīng)分子在特定把核酸或耙多肽存在下能夠在細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞存活途徑或阻斷細(xì)胞死亡。在一些實(shí)施方案中,效應(yīng)分子可以是例如但不限于抗凋亡分子如bcl-2、hsp70、hsp27、IAP蛋白等。在這種實(shí)施方案中,存活斷裂生物分子綴合物可用于治療疾病和障礙,包括由于這種疾病包括但不限于所有退行性疾病,如神經(jīng)退行性疾病,如帕金森氏癥、阿爾茨海默病、亨廷頓舞蹈病、脊髓損傷、肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS)以及肌肉障礙,如肌營(yíng)養(yǎng)不良癥等。在另一個(gè)實(shí)施方案中,斷裂生物分子綴合物可用于選擇性替代細(xì)胞內(nèi)喪失的或減少表達(dá)的或功能障礙的多肽,其中效應(yīng)分子發(fā)揮替代多肽的功能。在這種實(shí)施方案中,該斷裂生物分子綴合物是指"替代斷裂生物分子綴合物",且能包含斷裂效應(yīng)分子,該斷裂效應(yīng)分子在特定靶核酸或靶多肽存在下重裝配形成替代多肽,該替代多肽能夠替代細(xì)胞內(nèi)功能障礙或丟失的多肽。在一些實(shí)施方案中,替代斷裂生物分子綴合物可用于治療任何疾病或障礙,在該疾病或障礙中,疾病癥狀由導(dǎo)致疾病或障礙的發(fā)病才幾制的多肽表達(dá)喪失或減少,或功能障礙或突變多肽的表達(dá)引起。這些疾病的例子包括但不限于功能缺失疾病,如dysferlin蛋白缺失的肌營(yíng)養(yǎng)不良癥、嚢性纖維化等。在一些實(shí)施方案中,疾病可以是例如疾病遺傳易感性或獲得性疾病的結(jié)果。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明涉及使用本文所公開(kāi)的選擇性斷裂生物分子綴合物選擇性殺死細(xì)胞或維持細(xì)胞存活的方法或者評(píng)價(jià)新多肽的特性或降解靶核酸或多肽效果的方法。在一些實(shí)施方案中,細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物和/或存活斷裂生物分子綴合物可分別用于選擇性殺死或促進(jìn)細(xì)胞生存。在一些實(shí)施方案中,該方法可用于選擇性殺死不需要的細(xì)胞類(lèi)型來(lái)進(jìn)行體外細(xì)胞分離,例如,在移植入經(jīng)歷輻射骨髓消融的患者之前,通過(guò)選擇性殺死或維持骨髓細(xì)胞群中所選的細(xì)胞。在所有以上的實(shí)施方案中,待治療的受試者是哺乳動(dòng)物,包括人和非人哺乳動(dòng)物以及一般動(dòng)物,如哺乳動(dòng)物,非人動(dòng)物如農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物,包括但不限于牛;馬;山羊;綿羊;豬;驢等,家庭寵物包括但不限于貓;狗;52嚙齒類(lèi)動(dòng)物包括但不限于兔;小鼠;倉(cāng)鼠等;鳥(niǎo)和家禽以及其他家畜和家禽。斷裂生物分子綴合物的生產(chǎn)方法和靶標(biāo)介導(dǎo)的效應(yīng)分子的蛋白質(zhì)互補(bǔ)的評(píng)價(jià)本發(fā)明的另一方面涉及所公開(kāi)的斷裂生物分子綴合物的產(chǎn)生。在一些實(shí)施方案中,該方法包括評(píng)價(jià)效應(yīng)分子的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),并確定斷裂效應(yīng)分子的合適位點(diǎn)。該方法進(jìn)一步包括在綴合探針存在或不存在下,進(jìn)一步在靶多肽或靶核酸序列存在和不存在下,表達(dá)蛋白片段并評(píng)價(jià)其互補(bǔ)能力。(i)設(shè)計(jì)效應(yīng)多肽中斷裂位點(diǎn)的位置最佳斷裂可通過(guò)評(píng)價(jià)結(jié)構(gòu)性構(gòu)象以及通過(guò)評(píng)價(jià)可選的斷裂點(diǎn)進(jìn)行確定。在一些實(shí)施方案中,可能需要嘗試多次克隆以獲得不導(dǎo)致自發(fā)重裝配的互補(bǔ)斷裂效應(yīng)片段,或獲得兩個(gè)斷裂效應(yīng)片段,其可以有效地重裝配形成活性效應(yīng)蛋白,尤其是在連接的識(shí)別靶核酸序列或靶多肽的探針的介導(dǎo)下。值得注意的是,本文所公開(kāi)的在效應(yīng)多肽中設(shè)計(jì)斷裂位點(diǎn)的方法也可以用來(lái)鑒別多肽探針蛋白中的斷裂位點(diǎn),以生成可作為斷裂多肽探針的互補(bǔ)伴倡的片段。在一些實(shí)施方案中,在選擇用于初步測(cè)試將效應(yīng)蛋白斷裂成兩個(gè)或多個(gè)斷裂效應(yīng)蛋白片段的三個(gè)斷裂點(diǎn)中,可遵循下列標(biāo)準(zhǔn)l)斷裂點(diǎn)應(yīng)將兩個(gè)半蛋白間的活性重要的氨基酸分開(kāi);2)斷裂點(diǎn)應(yīng)位于無(wú)結(jié)構(gòu)區(qū)(對(duì)斷裂半蛋白引入最小的結(jié)構(gòu)性干擾);3)斷裂半蛋白與全長(zhǎng)效應(yīng)分子例如RTA中的緊湊折疊單元相對(duì)應(yīng)。在一些實(shí)施方案中,可使用進(jìn)一步的標(biāo)準(zhǔn),例如斷裂效應(yīng)蛋白的片革殳不應(yīng)有使蛋白質(zhì)傾向聚集的大疏水性表面。鑒定蛋白質(zhì)表面疏水性方法是本領(lǐng)域已知的,例如通過(guò)蛋白質(zhì)溶解度預(yù)測(cè)軟件,例如http:〃www.biotech.ou.edu。值得注意的是,由于互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)蛋白片段可能形成包涵體,因此測(cè)試效應(yīng)分子中的多個(gè)不同斷裂位點(diǎn)是重要的,例如在單個(gè)效應(yīng)分子中至少5個(gè),至少6個(gè),至少7個(gè),至少8個(gè),至少9個(gè),至少10個(gè)或10個(gè)以上不同斷裂位點(diǎn)?;パa(bǔ)的斷裂效應(yīng)蛋白片段的各個(gè)組合應(yīng)該測(cè)試具有最少包涵體形成的表達(dá)效率,然后測(cè)試在本文所公開(kāi)的靶標(biāo)存在或不存在下蛋白互補(bǔ)的效率。(ii)具有最少包涵體形成的表達(dá)斷裂效應(yīng)蛋白片段斷裂生物分子綴合物或斷裂效應(yīng)片段的制備可采用本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的體外表達(dá)系統(tǒng)進(jìn)行。表達(dá)的效應(yīng)片段的準(zhǔn)確蛋白質(zhì)復(fù)性對(duì)于確保其能夠重裝配以形成功能活性效應(yīng)蛋白是重要的。在一些實(shí)施方案中,這樣的表達(dá)系統(tǒng)包括例如限制包涵體產(chǎn)生的系統(tǒng),例如^f旦不限于EP1516928和US20050130259以及WO0039310中公開(kāi)的方法,這些文獻(xiàn)特別地引入本文作為參考。)無(wú)細(xì)胞基因/蛋白表達(dá)。斷裂效應(yīng)蛋白片段的無(wú)細(xì)胞表達(dá)在一些實(shí)施方案中,無(wú)細(xì)胞基因表達(dá)可用于表達(dá)斷裂效應(yīng)生物分子綴合物。在一些實(shí)施方案中,編碼斷裂效應(yīng)蛋白的核酸通過(guò)RNA聚合酶如T7RNA聚合酶在體外轉(zhuǎn)錄,然后利用細(xì)胞裂解物進(jìn)行RNA翻譯,該細(xì)胞裂解物例如從大腸桿菌獲得的細(xì)胞裂解物。無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)系統(tǒng),例如快速翻譯系統(tǒng)(RTS)是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的并且可以商業(yè)獲得,例如從RocheAppliedScience1或Novagen2以轉(zhuǎn)錄/翻譯聯(lián)合試劑盒獲得。在一些實(shí)施方案中,使用這些試劑盒可在幾個(gè)小時(shí)內(nèi)從含有所有必要調(diào)控元件(啟動(dòng)子、終止子等)以及用于后續(xù)純化的標(biāo)簽序列的進(jìn)行PCR的線性DNA模板制備微克到毫克級(jí)所需的蛋白。使用這些方法,可迅速獲得斷裂效應(yīng)蛋白片段如斷裂RTA片段并且具有最小體內(nèi)克隆,因此可更容易獲得與不同斷裂點(diǎn)相應(yīng)的RTA片段?;蛘撸谝恍?shí)施方案中,無(wú)細(xì)胞基因表達(dá)系統(tǒng)可用于制備本文所7>開(kāi)的斷裂效應(yīng)蛋白片段,以產(chǎn)生可溶性形式的蛋白。這種系統(tǒng)的使用有利于RTS反應(yīng)室中大分子擁擠的減少并促進(jìn)正確的蛋白折疊,從而減少錯(cuò)誤折疊的不溶性包涵體的形成。在一些實(shí)施方案中,在無(wú)細(xì)胞表達(dá)的斷裂效應(yīng)蛋白片段仍是難溶的情況下,可容易地包含增溶添加劑和/或可通過(guò)重疊延伸PCR將某些促溶融合標(biāo)記物,例如但不限于MBP、Trx或Nus序列加入到表達(dá)的不溶性蛋白中以使該蛋白可溶。在一些實(shí)施方案中,由于可能的緊湊mRNA結(jié)構(gòu)降低體外表達(dá)效率以及溶解性標(biāo)簽可能干擾斷裂蛋白毒素的正確重裝配,可能發(fā)生一些潛在的問(wèn)題。因此,為有效地表達(dá)斷裂效應(yīng)蛋白片段,可以利用多種無(wú)細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)以及細(xì)菌和昆蟲(chóng)表達(dá)系統(tǒng)。2)斷裂效應(yīng)蛋白片段基于細(xì)胞的基因表達(dá)在一些實(shí)施方案中,效應(yīng)片段可在體外表達(dá)系統(tǒng)中表達(dá)并分泌到細(xì)胞的可溶性細(xì)胞部分中,并從細(xì)胞上清液或細(xì)胞周?chē)呐囵B(yǎng)基中收集。在一些實(shí)施方案中,可用于本發(fā)明所公開(kāi)的方法中的用于表達(dá)斷裂效應(yīng)蛋白片段的一個(gè)方法是采用特定的細(xì)菌宿主菌林,例如向細(xì)胞外分泌過(guò)表達(dá)蛋白的大腸桿菌菌抹,從而使細(xì)胞內(nèi)包涵體的形成最小化。在一些實(shí)54施方案中,宿主細(xì)菌細(xì)胞如大腸桿菌細(xì)胞產(chǎn)生細(xì)菌素釋放蛋白(BRP)3,該蛋白促進(jìn)胞內(nèi)蛋白分泌到培養(yǎng)基中,在該處它們可以進(jìn)行正確的蛋白折疊。因此,使用這些表達(dá)系統(tǒng)可用于斷裂效應(yīng)蛋白片段的表達(dá)并使錯(cuò)誤折疊的不溶性包涵體的形成最小化。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中,本發(fā)明涉及通過(guò)斷裂效應(yīng)片段的蛋白質(zhì)互補(bǔ)評(píng)價(jià)活性效應(yīng)蛋白的形成。例如,表達(dá)的斷裂效應(yīng)蛋白片段可以與探針綴合,評(píng)價(jià)效應(yīng)蛋白的功能以確定在靶標(biāo)不存在下自發(fā)性蛋白互補(bǔ)的片段。這種在靶標(biāo)不存在下與綴合的探針自發(fā)性互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)片段可被舍棄,因?yàn)檫@些表明在靶標(biāo)不存在下斷裂生物分子綴合物的非特異性蛋白質(zhì)互補(bǔ)。如果互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)片段的重裝配確實(shí)自發(fā)性發(fā)生,即在靶核酸序列或靶多肽不存在下發(fā)生,則可以修飾效應(yīng)片段以引入突變,該突變防止自我裝配,但當(dāng)兩個(gè)片段通過(guò)蛋白質(zhì)互補(bǔ)連接時(shí)不改變效應(yīng)蛋白片段的功能或活性。引入的修飾或突變對(duì)效應(yīng)蛋白活性的影響可與完整的效應(yīng)分子(即沒(méi)有斷裂成兩個(gè)互補(bǔ)片段的效應(yīng)分子)的活性相比較??蛇x擇在靶標(biāo)不存在下不自發(fā)進(jìn)行蛋白質(zhì)互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)蛋白片段和蛋白用于進(jìn)一步分析。這種斷裂效應(yīng)蛋白片段可進(jìn)一步被分析,并確定僅在靶分子例如核酸靶標(biāo)或蛋白靶標(biāo)存在下與同斷裂效應(yīng)蛋白片段綴合的探針互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)蛋白片段。(iii)評(píng)價(jià)靶標(biāo)介導(dǎo)的斷裂效應(yīng)蛋白片段的蛋白質(zhì)互補(bǔ)如上文所討論的,評(píng)價(jià)在探針存在或不存在下兩個(gè)互補(bǔ)的斷裂效應(yīng)蛋白片段的蛋白質(zhì)互補(bǔ)效率。在一些實(shí)施方案中,斷裂生物分子蛋白綴合物片段的形成可通過(guò)斷裂效應(yīng)蛋白片段與探針,例如核酸探針或多肽探針的綴合來(lái)發(fā)生。連接方法可使用多種連接方法術(shù)語(yǔ)"綴合"或"綴合的"是指兩個(gè)或多個(gè)實(shí)體的連接。該連接可以是兩個(gè)或多個(gè)多肽的融合,或者共價(jià)、離子或疏水性相互作用,從而使分子的部分聚在一起并保持接近。實(shí)體的連接可以是通過(guò)接頭、化學(xué)修飾、肽接頭、化學(xué)接頭、共價(jià)或非共價(jià)鍵或蛋白質(zhì)融合或以本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的任何方式聚在一起。該連接可以是永久性的或可逆的。在一些實(shí)施方案中,可包含多個(gè)接頭以便利用綴合物中的每個(gè)接頭和每個(gè)蛋白的所需性能。考慮將柔性接頭和增加綴合物溶解度的接頭單獨(dú)使用或與其他接頭一起使用,這包括在本文中??梢酝ㄟ^(guò)表達(dá)編碼接頭的DNA使肽接頭與綴合物中的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)連接。接頭可以是酸裂解、光裂解和熱敏性接頭。55連接可以通過(guò)接頭、化學(xué)修飾、肽接頭、化學(xué)接頭、共價(jià)或非共價(jià)鍵、或蛋白質(zhì)融合或以本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的任何方式進(jìn)行。該連接可以是永久性的或可逆的。在一些實(shí)施方案中,可包含多個(gè)接頭以便利用綴合物中的每個(gè)接頭和每個(gè)蛋白的所需性能??紤]柔性接頭和增加綴合物溶解度的接頭單獨(dú)使用或與其他接頭一起使用??梢酝ㄟ^(guò)表達(dá)編碼接頭的DNAY吏肽接頭與綴合物中的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)連接。接頭可以是酸裂解、光裂解和熱敏性接頭。連接的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的,它們包括在本文中用于本發(fā)明。根據(jù)本發(fā)明,斷裂效應(yīng)蛋白片段可以通過(guò)任何本領(lǐng)域已知的合適的方法與探針連接,所述方法例如參見(jiàn)美國(guó)專(zhuān)利No.4625014、5057301和5514363,這些文獻(xiàn)以其全部?jī)?nèi)容引入本文作為參考。例如,斷裂效應(yīng)蛋白片段可直接或通過(guò)一個(gè)或多個(gè)接頭與探針共價(jià)綴合。在一個(gè)實(shí)施方案中,本發(fā)明的斷裂效應(yīng)蛋白片段直接與探針綴合。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本發(fā)明的斷裂效應(yīng)蛋白片段通過(guò)接頭如轉(zhuǎn)運(yùn)增強(qiáng)接頭與探針綴合。各種用于將斷裂效應(yīng)蛋白片段與探針綴合的方法是本領(lǐng)域已知的。所述方法例如在Hermanson(1996,BioconjugateTechniques,AcademicPress)、U.S.6,180,084和U.S.6,264,914中有描述,這些文獻(xiàn)以其全部?jī)?nèi)容引入本文作為參考,且包括例如在應(yīng)用免疫學(xué)中常規(guī)使用的將半抗原與載體蛋白連4妻的方法(參見(jiàn)HarlowandLane,1988,"Antibodies:Alaboratorymanual",ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY)。認(rèn)識(shí)到,在某些情況下,當(dāng)綴合時(shí)斷裂效應(yīng)蛋白片段可能依據(jù)例如綴合的程序或其中使用的化學(xué)基團(tuán)失去效力或功能。然而,鑒于大量的綴合方法,本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠找到對(duì)要綴合的實(shí)體的效力或功能不產(chǎn)生影響或影響最小的綴合方法。斷裂效應(yīng)蛋白片段與探針綴合的合適的方法包括例如碳二亞胺綴合(BaumingerandWilchek,1980,Meth.Enzymol.70:151-159)。另夕卜,省卩分可與Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA93:7269-7273(1996)以及Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA95:1794-1799(1998)中所描述的耙向試劑偶聯(lián),這些文獻(xiàn)引入本文作為參考??梢允褂玫牧硪粋€(gè)綴合方法是例如高碘酸鈉氧化,然后用合適的反應(yīng)劑進(jìn)行還原烷基化以及戊二醛交聯(lián)??梢允褂枚喾N不同的接頭將本文所述的斷裂效應(yīng)蛋白片段與探針,例如核酸探針,例如但不限于氨基己酸辣根過(guò)氧化物酶(HRP)或異質(zhì)雙功能交聯(lián)劑,如羰基反應(yīng)和巰基反應(yīng)交聯(lián)劑綴合。異質(zhì)雙功能交聯(lián)劑通常包含兩個(gè)反應(yīng)基,通過(guò)兩或三步法,該反應(yīng)基可與蛋白和其他大分子上的兩個(gè)不同官能靶點(diǎn)偶聯(lián),異質(zhì)雙功能交聯(lián)劑能夠限制通常與使用同質(zhì)雙功能交聯(lián)劑有關(guān)的聚合程度。這種多步方案可很大程度地控制綴合物的大小和成分的摩爾比。術(shù)語(yǔ)"接頭"是指將兩個(gè)或多個(gè)實(shí)體例如肽與另一種肽或脂質(zhì)體連接的任何方式。接頭可以是共價(jià)接頭或非共價(jià)接頭。共價(jià)接頭的實(shí)例包括共價(jià)鍵或共價(jià)地與一個(gè)或多個(gè)要連接的蛋白質(zhì)連接的接頭部分。接頭也可以是非共價(jià)鍵,例如通過(guò)金屬中心如鉑原子連接的有機(jī)金屬鍵。對(duì)于共價(jià)鍵,可以使用多種官能基,例如包括碳酸^f汙生物在內(nèi)的酰胺基團(tuán)、醚、包括有機(jī)和無(wú)機(jī)酯在內(nèi)的酯、氨基、氨基曱酸酯、脲等。為提供連接,效應(yīng)分子和/或探針可以通過(guò)氧化、羥基化、取代、還原等進(jìn)行修飾,以提供偶聯(lián)的位點(diǎn)。應(yīng)理解,優(yōu)選修飾不顯著降低效應(yīng)蛋白和/或探針的功能。在個(gè)體中篩選致病靶核酸或多肽的方法。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明提供檢測(cè)受試者中致病靶核酸或致病多肽水平的方法,該方法包括給予該受試者有效量的斷裂生物分子綴合物的藥物組合物,該斷裂生物分子綴合物包含斷裂檢測(cè)分子,其中各斷裂^r測(cè)多肽片段與特異性針對(duì)疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的兩個(gè)探針中的至少一個(gè)結(jié)合;活性檢測(cè)分子的形成,其中通過(guò)至少兩個(gè)探針與疾病或障礙相關(guān)的耙核酸或多肽的結(jié)合促進(jìn)活性效應(yīng)分子的形成;測(cè)量活性抬r測(cè)分子的水平;其中活性檢測(cè)分子的水平是受試者中靶核酸或致病多肽的量度。在一些實(shí)施方案中,4企測(cè)多肽選自p-內(nèi)酰胺酶;DFHR;熒光素酶;熒光蛋白或其變體或片段。在一些實(shí)施方案中,活性檢測(cè)分子的水平可用于確定受試者中致病靶核酸或致病多肽的水平,例如利用本文所公開(kāi)的方法測(cè)量第一時(shí)間點(diǎn)的致病靶核酸或致病多肽的水平,并將第一時(shí)間點(diǎn)的水平與第二時(shí)間點(diǎn)的致病靶核酸或致病多肽的水平進(jìn)4亍比較。該實(shí)施方案可用于確定治療,例如采用本文公開(kāi)的方法利用斷裂生物分子綴合物治療受試者的有效性。因此,在一些實(shí)施方案中,可給予個(gè)體包含效應(yīng)分子的斷裂生物分子綴合物和包含檢測(cè)分子的斷裂生物分子綴合物。在一些實(shí)施方案中,包含效應(yīng)分子的斷裂生物分子綴合物和包含檢測(cè)分子的斷裂生物分子綴合物可以同時(shí)給予,或者在可選擇的實(shí)施方案中,它們可以以任意順序和任何次數(shù)相繼給予。在一些實(shí)施方案中,檢測(cè)分子是熒光蛋白,例如但不限于綠色熒光蛋白(GFP)、增強(qiáng)型綠色熒光蛋白(EGFP)、綠色熒光蛋白樣蛋白、黃色熒光蛋白(YFP)、增強(qiáng)型黃色焚光蛋白(EYFP)、藍(lán)色熒光蛋白(BFP)、增強(qiáng)型藍(lán)57色熒光蛋白(EBFP)、青色熒光蛋白(CFP)、增強(qiáng)型青色熒光蛋白(ECFP)或紅色熒光蛋白(dsRED),其中該重構(gòu)熒光蛋白中的一個(gè)片段包含成熟的預(yù)制發(fā)色團(tuán)。本發(fā)明的應(yīng)用包括所有上述熒光蛋白以及會(huì)產(chǎn)生發(fā)熒光的熒光蛋白的片段。還包括本領(lǐng)域所知的那些熒光蛋白、其片段和基因工程蛋白。在一些實(shí)施方案中,活性檢測(cè)蛋白例如活性熒光蛋白的存在可通過(guò)流式細(xì)胞儀、熒光讀板儀、熒光測(cè)定儀、顯微鏡、熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)(FRET),通過(guò)棵眼或通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其他方法來(lái)檢測(cè)。在可選的實(shí)施方案中,通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)利用熒光活化細(xì)胞分選器或時(shí)差顯微鏡檢測(cè)熒光。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中,檢測(cè)分子是酶,當(dāng)斷裂檢測(cè)蛋白片段緊密接近相連形成裝配的活性酶時(shí),其可使用酶活性測(cè)定法進(jìn)行檢測(cè)。優(yōu)選地,酶活性通過(guò)顯色或焚光反應(yīng)檢測(cè)。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中,該酶是二氫葉酸還原酶(DHFR)或|3-內(nèi)酰胺酶。在另一個(gè)實(shí)施方案中,該酶是二氫葉酸還原酶(DHFR)。例如,Michnick等開(kāi)發(fā)了由DHFR的N端和C端片段組成的"蛋白質(zhì)互補(bǔ)測(cè)定",其單獨(dú)沒(méi)有任何酶活性,但當(dāng)緊密接近時(shí)形成具有功能的酶。參見(jiàn)例如,美國(guó)專(zhuān)利No.6,428,951、6,294,330和6,270,964,這些文獻(xiàn)引入本文作為參考。包括生色熒光方法在內(nèi)的檢測(cè)DHFR活性的方法是本領(lǐng)域所熟知的。在可選的實(shí)施方案中,可使用其他^r測(cè)分子,例如催化底物轉(zhuǎn)化為可檢測(cè)的產(chǎn)品的酶。用于斷裂多肽重裝配的幾個(gè)這樣的系統(tǒng)包括但不限于(3-半乳糖苷酶(Rossi等,1997,PNAS,94;8405-8410);二氬葉酸還原酶(DHFR)(Pelletier等,PNAS,1998;95;12141-12146);TEM-1(3-內(nèi)酰胺酶(LAC)(Galarneau等,Nat.Biotech.2002;20;619-622)以及螢火蟲(chóng)焚光素酶(Ray等,PNAS,2002,99;3105-3110,和Paulmurugan等,2002;PNAS,99;15608-15613)的重裝配。例如,斷裂p-內(nèi)酰胺酶已用于檢測(cè)雙鏈DNA(參見(jiàn)Ooi等,Biochemistry,2006;45;3620-3525)。本發(fā)明包括激活的斷裂多肽片段用于實(shí)時(shí)信號(hào)檢測(cè)的應(yīng)用,其中所述片段為當(dāng)互補(bǔ)時(shí)能夠進(jìn)行快速信號(hào)檢測(cè)的完全折疊的成熟構(gòu)象。藥物組合物本發(fā)明還涉及藥物組合物,該藥物組合物包含處在藥學(xué)可接受的載體中的本發(fā)明的斷裂生物分子綴合物。在治療應(yīng)用中,將組合物以足以減輕或至少部分抑制疾病及其并發(fā)癥的量給予患有疾病的患者。足以完成其的量定義為治療有效劑量。有效用于這一應(yīng)用的量將取決于疾病的嚴(yán)重程度和患者健康的一般情況。58在一個(gè)實(shí)施方案中,用斷裂生物分子綴合物對(duì)細(xì)胞進(jìn)行體內(nèi)治療。在另一個(gè)實(shí)施方案中,用斷裂生物分子綴合物對(duì)細(xì)胞進(jìn)行離體治療,其中細(xì)胞從受試者獲得并離體給予藥物組合物,在某些實(shí)施方案中,將它們移植回受試者中。在大多數(shù)實(shí)施方案中,用藥物組合物治療的個(gè)體是哺乳動(dòng)物,包括人和非人哺乳動(dòng)物以及一^:動(dòng)物例,如哺乳動(dòng)物,非人動(dòng)物如農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物,包括但不限于牛;馬;山羊;綿羊;豬;驢等,家庭寵物包括但不限于貓;狗;嚙齒類(lèi)動(dòng)物包括但不限于兔;小鼠;倉(cāng)鼠等;鳥(niǎo)和家禽以及其他家畜和家禽。有利地,該藥物組合物適合用于腸胃外給藥。本發(fā)明的斷裂生物分子綴合物可根據(jù)本領(lǐng)域已知的用于其它類(lèi)似組合物例如免疫毒素(參見(jiàn)例如Rybak等,HumanCancerImmunology,IMMUNOLOGYANDALLERGYCLINICSOFAMERICA,W.B.Saunders,1990,以及其中所引用的參考文獻(xiàn))的方法,通過(guò)適合用于不同目的例如用于治療機(jī)體各部位的腫瘤的多種手段給藥。因此,本發(fā)明還涉及包含本發(fā)明的斷裂生物分子綴合物和藥學(xué)可接受的載體的藥物組合物,特別是適合用于上述給藥手段的組合物。所述組合物單次或多次給藥可能取決于患者所需要的以及耐受的劑量和頻率。在任何情況下,該組合物應(yīng)當(dāng)提供足量的本發(fā)明的蛋白以有效治療患者。優(yōu)選地,用于給藥的組合物通常包含預(yù)裝的聚合物納米顆粒和/或陽(yáng)離子脂質(zhì)體(Pattrick等,2001;Richardson等,2001;Sachdeva,1998),該聚合物納米顆粒和/或陽(yáng)離子脂質(zhì)體包含處于藥學(xué)可接受的載體優(yōu)選水性載體中的斷裂生物分子綴合物??梢允褂枚喾N水性載體,例如緩沖鹽等。這些溶液是無(wú)菌的,并且一般不含不期望的物質(zhì)。這些組合物可以通過(guò)常規(guī)j公知的殺菌技術(shù)進(jìn)行殺菌。所述組合物可以包含接近生理?xiàng)l件所需的藥學(xué)可接受的輔助物質(zhì),如pH調(diào)節(jié)和緩沖劑、毒性調(diào)節(jié)劑等,例如醋酸鈉、氯化鈉、氯化鉀、氯化4丐、乳酸鈉等。在這些制劑中的融合蛋白的濃度可能差異很大,根據(jù)所選的特定給藥方式以及患者的需求,主要基于液體體積、粘度、體重等選擇。因此,用于靜脈給藥的典型藥物組合物是大約0.01毫克/患者/日至100毫克/患者/日。特別是當(dāng)將藥物給予隱蔽的部位而不進(jìn)入血流,如進(jìn)入腫瘤或腫瘤存在的器官中時(shí),可以使用的劑量為0.1毫克/患者/日直到約1000毫克/患者/日。用于配制腸胃外給藥的組合物的實(shí)際方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的或?qū)Ρ绢I(lǐng)域技術(shù)人員而言是清楚的,這些方法在例如REMINGTON'SPHARMACEUTICALSCIENCE,第15版,MackPublishingCo.,Easton,PA,(1980)的出版物中已詳細(xì)地描述。所述藥物組合物可通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何手段給予。例如,這些方法包括泵,直接注射,局部施用,或經(jīng)皮內(nèi)、皮下給予受試者,靜脈內(nèi),淋巴內(nèi),淋巴結(jié)內(nèi),粘膜內(nèi)或月幾內(nèi)癥會(huì)藥。本發(fā)明還涉及本發(fā)明的斷裂生物分子綴合物的藥物組合物在制備藥物中的應(yīng)用,該藥物用于治療癌癥或病毒疾病或本領(lǐng)域技術(shù)人員確定的其中可以使用本發(fā)明的方法的任何其它疾病。在本發(fā)明的實(shí)施方案中,所述斷裂生物分子綴合物通過(guò)包涵體的方式表達(dá)。本文使用的"包涵體"(IB)是指微生物/原核生物中編碼核酸過(guò)表達(dá)后重組產(chǎn)生的多肽的不溶形式。有大量的出版物描述通過(guò)包涵體途徑在微生物/原核生物中生產(chǎn)重組蛋白,本領(lǐng)域技術(shù)人員可使用任何所述方法生產(chǎn)斷裂生物分子綴合物。這些綜述的實(shí)例是Misawa,S.等,Biopolymers51(1999)297-307;Lilie,H.,Curr.Opin.Biotechnol.9(1998)497-501;Hockney,R.C,TrendsBiotechnol.12(1994)456-463。在另一個(gè)實(shí)施方案中,通過(guò)表達(dá)載體的表達(dá)在細(xì)胞中生產(chǎn)該生物分子綴合物。將載體引入細(xì)胞的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的,并且包括在本文中用于本發(fā)明,包括病毒介導(dǎo)的機(jī)制、棵DNA機(jī)制、直接DNA注射等。根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物可與其他治療組合使用,例如,如果斷裂生物分子綴合物用于治療癌癥,則該藥物組合物可以例如與其他任何抗癌治療、化療和/或與抗血管生成治療一起給藥。如果斷裂生物分子綴合物用于治療病原體,則該藥物組合物可以與例如一種或多種其他抗病毒劑等一起給藥。對(duì)于可用于實(shí)踐本發(fā)明的常規(guī)技術(shù)的進(jìn)一步闡述,實(shí)施者可以參照細(xì)胞生物學(xué)、組織培養(yǎng)的標(biāo)準(zhǔn)教科書(shū)和綜述。分子和細(xì)胞生物化學(xué)的常規(guī)方法可見(jiàn)于標(biāo)準(zhǔn)教科書(shū),例如MolecularCloning:ALaboratoryManual,第三版(Sambrook等,HarborLaboratoryPress2001);ShortProtocolsinMolecularBiology,第4版(Ausubel等編著,JohnWiley&Sons1999);ProteinMethods(Bollag等,JohnWiley&Sons1996);NonviralVectorsforGeneTherapy(Wagner等編著,AcademicPress1999);ViralVectors(Kaplift&Loewy編著,AcademicPress1995);ImmunologyMethodsManual(I.Lefkovits編著,AcademicPress1997);以及CellandTissueCulture:LaboratoryProceduresinBiotechnology(Doyle&Griffiths,JohnWiley&Sons1998)。試劑、克隆載體和本文中所指的基因操作試劑盒可從供應(yīng)商例如BioRad、Stratagene、Invitrogen、Sigma-Aldrich以及ClonTech等獲得。60下面給出實(shí)施例,以向本領(lǐng)域普通技術(shù)人員提供如何制備和使用本發(fā)明的完整公開(kāi)和說(shuō)明,而不是限制本發(fā)明保護(hù)的范圍,也不代表下述的實(shí)驗(yàn)是全部或僅有的實(shí)驗(yàn)。雖然盡量確保所使用的數(shù)字(如劑量、溫度等)的準(zhǔn)確性,但一些實(shí)驗(yàn)的錯(cuò)誤和偏差應(yīng)考慮。除另有說(shuō)明外,份是指重量份,分子量為平均分子量,溫度為攝氏度,壓力是大氣壓或接近大氣壓。本申請(qǐng)中所引用的所有出版物和專(zhuān)利申請(qǐng)引入本文作為參考,如同每個(gè)單個(gè)出版物或?qū)@暾?qǐng)被特別且單個(gè)地指出引入本文作為參考。本發(fā)明已描述本申請(qǐng)的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)或提出的特定實(shí)施方案以包括實(shí)踐本發(fā)明的優(yōu)選方式。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解,鑒于本發(fā)明所公開(kāi)的內(nèi)容,在不偏離本發(fā)明預(yù)期的范圍的前提下,在示例的特定實(shí)施方案中可以進(jìn)行多種修改和變動(dòng)。例如,由于密碼子冗余,可在不影響蛋白質(zhì)序列的情況下對(duì)DNA序列進(jìn)行改動(dòng)。此外,由于生物功能等效性的考慮,可以在不影響生物學(xué)作用的性質(zhì)或量的情況下對(duì)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)進(jìn)行改動(dòng)。所有這些修改均意欲包括在權(quán)利要求的范圍內(nèi)。實(shí)施例作為證明斷裂生物分子綴合物的生產(chǎn)和功能的實(shí)施例,蓖麻毒蛋白A用作效應(yīng)分子選擇性地以急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)細(xì)胞為靶向并將其殺死,尤其是兒童急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)細(xì)胞。該實(shí)施例是斷裂生物分子綴合物的制備方法的實(shí)施例,并非用于限制本發(fā)明的范圍。蓖麻毒蛋白A鏈毒素(RTA)是高效的細(xì)胞毒酶,破壞核糖體(核毒素)并迅速殺死耙細(xì)胞(Hartley&Lord,2004;Bigalke&Rummel,2005)。RTA是267個(gè)氨基酸的球形蛋白,其具有三結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)(圖2)。結(jié)構(gòu)域的排列重裝配成三層三明治結(jié)構(gòu)(Weston等,1994;Bigalke&Rummel,2005)。結(jié)構(gòu)域I(120個(gè)氨基酸)通過(guò)多個(gè)卩折疊形成。它通過(guò)環(huán)狀結(jié)構(gòu)與由一些a螺旋形成的結(jié)構(gòu)域II連接,這兩個(gè)結(jié)構(gòu)域在RTA球的中間形成裂隙,構(gòu)成核酸酶活性位點(diǎn)。結(jié)構(gòu)域III在與蓖麻毒蛋白B鏈(RTB)的界面連接中起作用,其對(duì)毒性不是必需的。因此,很可能功能性RTA可以由兩個(gè)與結(jié)構(gòu)域I和II(或結(jié)構(gòu)域I和(II和m))相應(yīng)的無(wú)活性蛋白片段重裝配。重要的是,RTA可以作為大腸桿菌中的重組蛋白而獲得(Weston等,1994)。同樣重要的是,RTA重裝配由核糖體支持(Argent等,1994);在體內(nèi),RTA作為部分未折疊的蛋白進(jìn)入胞漿,之后由核糖體復(fù)性折疊。RTA毒素已經(jīng)用于治療性研究(Lord等,1994,以及www.ansci.cornell.edu/plants/toxicagents/ricin/ricin.htm#ricmech)。它可以通過(guò)將RTA鏈與優(yōu)先結(jié)合了不期望細(xì)胞的抗體或生長(zhǎng)因子的綴合,來(lái)以特定的癌細(xì)胞為耙向。這些免疫毒素的體外應(yīng)用,例如骨髓移植手術(shù)的作用良好。盡管它們?cè)诤芏囿w內(nèi)部位還不能很好地起作用,但是本領(lǐng)域的研究進(jìn)展表明未來(lái)是有希望的。重要的是,RTA自身(沒(méi)有蓖麻毒蛋白B鏈)不能進(jìn)入細(xì)胞,因而預(yù)期當(dāng)RTA破壞癌細(xì)胞后可能重新進(jìn)入血流時(shí)不會(huì)有顯著的毒性作用。為保證完全安全,在本發(fā)明的方法中,可通過(guò)注入相應(yīng)抗體(Mantis等,2006;Wang等人,2006)阻斷游離的胞外RTA。在骨髓移植方法中,RTA-免疫毒素已經(jīng)成功用于破壞組織相容性供體骨髓中的T淋巴細(xì)胞。這減少了對(duì)供體骨髓的排斥,即所謂的"移植物抗宿主病"(GVHD)的問(wèn)題。在糖皮質(zhì)激素耐藥的急性GVHD情況下,RTA-免疫毒素有助于減輕病癥。另外,在自體骨髓移植中,患者自身骨髓樣品用抗T細(xì)胞免疫毒素處理以破壞T細(xì)胞白血病和淋巴瘤中的惡性T細(xì)胞。因此,蓖麻毒蛋白可以用于蛋白互補(bǔ)方法的治療應(yīng)用。在證明斷裂蓖麻毒蛋白A片段無(wú)自發(fā)重裝配的體外實(shí)驗(yàn)后,核酸依賴(lài)的蓖麻毒蛋白A重裝配可用于靶向殺死癌細(xì)胞的可能性很大。急性淋巴細(xì)胞性白血病。兒童急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)是包括不同的免疫表型和多種遺傳亞型的異質(zhì)性疾病,由導(dǎo)致癌基因表達(dá)的染色體易位和異?;蛉诤弦?。引起兒童ALL最常見(jiàn)的易位是t(12;21)。TEL-AML1融合基因。t(12;21)易位形成基因融合,該基因融合包含轉(zhuǎn)錄因子基因ETS家族成員TEL的5'端部分以及另一轉(zhuǎn)錄因子基因AML1的幾乎整個(gè)編碼區(qū),AML1編碼造血干細(xì)胞定向形成的主要調(diào)控子,即核心結(jié)合因子的ct亞基(圖3)。嵌合TEL-AML1轉(zhuǎn)錄因子保留了TEL的必要的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用域以及AML1的DNA結(jié)合域和翻譯調(diào)控序列。TEL-AML1融合蛋白的突出影響是轉(zhuǎn)錄活性抑制,通常當(dāng)AML1與稱(chēng)為核心增強(qiáng)序列的DNA結(jié)合區(qū)結(jié)合時(shí),該轉(zhuǎn)錄活性抑制被啟動(dòng)。異常的TEL-AML1融合蛋白可以與核心增強(qiáng)序列結(jié)合,但不激活轉(zhuǎn)錄,其募集組蛋白去乙酰酶,該酶誘導(dǎo)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)閉合,從而抑制轉(zhuǎn)錄。在實(shí)施例中,本申請(qǐng)的發(fā)明人以TEL-MAL1的RNA為靶標(biāo),其作為蓖麻毒蛋白A重裝配的骨架(圖1)。要注意的是,作為癌基因染色體易位的結(jié)果,該RNA僅在ALL細(xì)胞中存在。盡管如此,細(xì)胞周期中可能有時(shí)ALLRNA不表達(dá),從而使一'J、部分癌細(xì)胞逃脫毒素的殺滅。重復(fù)治療可緩解這一問(wèn)題。另一個(gè)選擇是利用TEL-AML1基因作為骨架重裝配毒素。在實(shí)施例中,考慮到與核遞送相比胞質(zhì)遞送藥物較容易以及由互補(bǔ)寡核苷酸導(dǎo)致的RNA草巴向的直接性,本申請(qǐng)的發(fā)明人還重點(diǎn)關(guān)注了基于RNA的毒素的重裝配。62實(shí)施例1將蓖麻毒蛋白A鏈基因切割為兩個(gè)片段,將它們作為與蛋白質(zhì)內(nèi)含子的融合物克隆入細(xì)菌中。實(shí)驗(yàn)的第一部分涉及克隆蓖麻毒蛋白A的兩個(gè)片段。蓖麻毒蛋白A序列可作為在pKK223-3(UnivofTexas,Vitetta博士贈(zèng)予)中的克隆獲得。由于其僅是蓖麻毒蛋白A鏈,不含B鏈,因而在用該質(zhì)?;虻鞍桩a(chǎn)物進(jìn)行研究時(shí)沒(méi)有明顯的毒性或危險(xiǎn)。由該質(zhì)粒本申請(qǐng)的發(fā)明人通過(guò)PCR擴(kuò)增了蓖麻毒蛋白A片段。將PCR產(chǎn)物作為與蛋白質(zhì)內(nèi)含子的C端的融合物克隆入Twin載體(NEBiolabs)中。設(shè)計(jì)斷裂RTA基因,以使得相應(yīng)的蛋白片段攜帶C或N末端半胱氨酸,以促進(jìn)其與寡核苷酸的化學(xué)連接??赏ㄟ^(guò)測(cè)序來(lái)檢測(cè)所有的必要蛋白質(zhì)表達(dá)元件(啟動(dòng)子、起始/終止密碼子以及蛋白編碼基因)具有彼此在正確讀碼框中的正確序列,以驗(yàn)i正重組質(zhì)沖立的正確結(jié)構(gòu)。由于未獲得關(guān)于蓖麻毒蛋白A分子切割的數(shù)據(jù),發(fā)明人測(cè)試了幾種切割的變體以便找到導(dǎo)致自身不再重連接的兩個(gè)互補(bǔ)蛋白片段的斷裂位點(diǎn)?;谌S的RTA結(jié)構(gòu)(參見(jiàn)圖2),所建議的斷裂位點(diǎn)之一可以在域間I-II環(huán)上(中心位置一120氨基酸)。RTA二級(jí)結(jié)構(gòu)如圖4所示?;谠摻Y(jié)構(gòu),兩個(gè)其他斷裂RTA位點(diǎn)是可行的位于蛋白N末端部分的大環(huán)中的第52位氨基酸和位于蛋白質(zhì)螺旋C末端部分中的第159位氨基酸。這兩種可選的斷裂點(diǎn)都位于非結(jié)構(gòu)區(qū),并且斷裂導(dǎo)致將蛋白分為1/3和2/3的兩個(gè)片段。就缺乏自我重裝配以及在連接的ALL特異性寡核苷酸和對(duì)照非特異性核酸存在下的背景活性而言,所有的斷裂方案都要進(jìn)行檢測(cè)。蓖麻毒蛋白A的最佳斷裂可通過(guò)評(píng)價(jià)結(jié)構(gòu)構(gòu)象以及評(píng)價(jià)可選的斷裂點(diǎn)來(lái)確定,并可能需要幾次克隆嘗試,總體目標(biāo)是獲得不產(chǎn)生自發(fā)重裝配但對(duì)互補(bǔ)的核酸相互作用促進(jìn)的重裝配有效的蓖麻毒蛋白A片段。此外,可能需要引入突變,以減少蓖麻毒蛋白A自我重裝配。編碼全長(zhǎng)RTA的質(zhì)粒pRTA(從Univ.ofTexasSWMedicalCenter獲得)已用作用于獲得所有6個(gè)RTA基因片段的PCR模板(圖2);由此獲得的RTA基因片段作為與蛋白質(zhì)內(nèi)含子的融合物插入pTWIN載體中,相應(yīng)的質(zhì)粒首先在大腸桿菌XL10克隆宿主細(xì)胞中擴(kuò)增,然后轉(zhuǎn)入IPTG"^秀導(dǎo)的大腸桿菌BL21-DE3表達(dá)宿主細(xì)胞中。實(shí)施例2探針(在本實(shí)施例中探針是寡核苷酸)與RTA蛋白片段通過(guò)末端半胱氨酸連接,同時(shí)與斷裂蛋白質(zhì)內(nèi)含子相連,純化蛋白-寡核苷酸綴合物。發(fā)明人在大腸桿菌中表達(dá)該蛋白融合物,通過(guò)裝載在幾丁質(zhì)珠柱上和通過(guò)在柱63上與蛋白質(zhì)內(nèi)含子斷裂來(lái)從可溶性細(xì)胞部分分離該蛋白融合物。在5'端偽半胱氨酸的寡核苷酸存在下進(jìn)行斷裂(Burbulis等,2005)。在修飾的寡核苷酸存在下斷裂蛋白質(zhì)內(nèi)含子-蓖麻毒嵌合體的方案在圖5中顯示。蛋白質(zhì)-寡核苷酸綴合是引人注意的化學(xué),因?yàn)樗梢酝瑫r(shí)實(shí)現(xiàn)蛋白純化及綴合。不過(guò),這是僅被幾個(gè)小組所測(cè)試的相當(dāng)新的綴合方法,其需要蛋白質(zhì)復(fù)性,這可能是有問(wèn)題的。因此,可以進(jìn)行其它綴合化學(xué)方法。粗細(xì)胞蛋白質(zhì)制備物的分析表明,所有大腸桿菌BL21-DE3克隆均釆用編碼不同斷裂RTA-蛋白質(zhì)內(nèi)含子融合物的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染,在不同溫度下誘導(dǎo)時(shí),IPTG誘導(dǎo)均產(chǎn)生相應(yīng)的蛋白質(zhì)的過(guò)表達(dá),如圖2所示,顯示N2n和C2n表達(dá)的實(shí)例。但是,發(fā)現(xiàn)一些蛋白質(zhì)在不溶性部分中過(guò)表達(dá),并形成無(wú)活性包涵體。在表達(dá)的斷裂效應(yīng)蛋白片段形成包涵體的情況下,如本文所公開(kāi),斷裂效應(yīng)蛋白片段可以在無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)和/或向培養(yǎng)基中分泌表達(dá)蛋白的大腸桿菌細(xì)菌表達(dá)系統(tǒng)中進(jìn)行表達(dá)。當(dāng)斷裂效應(yīng)蛋白片段形成包涵體如在不溶性部分中所顯示的那些(圖9)的情況下,發(fā)明人使用尿素溶液進(jìn)行溶解,并使用本文先前使用的用于成功復(fù)性斷裂效應(yīng)蛋白片段的逐滴稀釋法,以使得從不溶性部分(包涵體)收集的斷裂效應(yīng)蛋白片段復(fù)性。使用這種方法,發(fā)明人從包涵體溶解斷裂EGPP-蛋白質(zhì)內(nèi)含子1融合蛋白片段。發(fā)明者還證明了該溶解方法對(duì)于N1n-RTA斷裂效應(yīng)蛋白片段包涵體以及隨后的幾丁質(zhì)柱的分離/純化是有效的,如圖11所示。在圖6中顯示ALL疾病的主要TEL-ALM1情況下的耙RNA位點(diǎn)。兩個(gè)15-20nt長(zhǎng)的寡核普酸選自斷裂點(diǎn)的兩側(cè),將其合成并帶有5'偽胱氨酸修飾。該修飾提供官能基團(tuán)以使寡核苷酸與蛋白片段相連(Burbulis等,2005)。該寡核苷酸可從任何可獲得的渠道(例如DaltonChemLabInc.Ontario,Canada)購(gòu)得。要注意的是,可能的TEL-AML1斷裂點(diǎn)和融合序列的個(gè)體差異可通過(guò)選擇合適的寡核苷酸而容易地調(diào)整。斷裂RTA-蛋白質(zhì)內(nèi)含子融合物的表達(dá)可能導(dǎo)致需要蛋白復(fù)性的包涵體的形成。蛋白復(fù)性是極其困難的技術(shù);因此RTA片段正確折疊的優(yōu)化是必要的。實(shí)施例3斷裂重裝配蓖麻毒蛋白A的體外功能活性。蓖麻毒蛋白活性導(dǎo)致在莖環(huán)型寡核苷酸或28SrRNA中的特定腺苷酸的去。票呤化。去噤呤的寡核苷酸或RNA可以化學(xué)上斷裂為兩個(gè)片l爻,該兩個(gè)片段的相對(duì)量可定量地測(cè)64定蓖麻毒蛋白的活性。使用蓖麻毒蛋白-可斷裂莖環(huán)RNA寡核苷酸和/或洗滌的核糖體作為方便的底物用于測(cè)試蓖麻毒蛋白核酸酶活性(Argent等,2000;Garcia-Mayoral等,2005)。測(cè)試樣品由附有與ALL-標(biāo)記物RNA連接的寡核香酸的毒素片段組成。完整的RTA作為陽(yáng)性對(duì)照,未附有寡核苷酸的毒素片段以及附有寡核苷酸但沒(méi)有ALL-標(biāo)記物RNA的毒素片段作為陰性對(duì)照。其他的陰性對(duì)照包括互補(bǔ)復(fù)合物的各組分加上非特異性RNA。在用含有RTA的測(cè)試和對(duì)照樣品處理之后,用苯胺將去嘌呤寡核苷酸或28SrRNA斷裂為兩個(gè)特征性的RNA片段,這些片段可通過(guò)聚丙烯酰胺或瓊脂糖凝膠電泳分開(kāi)(Argent等,2000)。如果一些陰性對(duì)照表現(xiàn)出高背景蓖麻毒蛋白活性,則可測(cè)試其它與蓖麻毒蛋白片段連接的寡核苷酸變體,以嘗試將背景盡可能降低。作為第一選擇,寡核苷酸與N末端片^a的C末端以及C末端片段的N末端連"l妄。如果這導(dǎo)致了高背景,則兩個(gè)寡核苷酸都可與兩個(gè)肽的C末端連接?;诎l(fā)明人對(duì)斷裂EGFP重構(gòu)的經(jīng)驗(yàn),該可選的方案可以獲得蛋白重裝配的較低背景。這些體外研究使得可以選擇最佳的結(jié)構(gòu)(斷裂點(diǎn)、RTA片段排列、綴合化學(xué)),以及驗(yàn)證斷裂重構(gòu)RTA活性的預(yù)期機(jī)制。如果細(xì)胞內(nèi)寡核苦酸的生物穩(wěn)定性成為問(wèn)題,則可以使用修飾的耐核酸酶寡核香酸或PNA或pcPNA(Demidov等,1994)(Cys-反應(yīng)性SMCCPNA可商購(gòu)獲得)。基于28SrRNA中已知的RTA-可斷裂序列,設(shè)計(jì)具有RTA靶位點(diǎn)的短34nt莖環(huán)RNA,其在環(huán)區(qū)帶有dA而不是rA以加快RTA產(chǎn)生的裂解(已知該替代顯著加速RTA作用)。圖12顯示該RNA可用于基于凝膠電泳的RTA活性恢復(fù)的快速檢測(cè)與完整的蓖麻毒蛋白A相比,斷裂重裝配毒素處理一定時(shí)間產(chǎn)生的兩個(gè)RNA片段的相對(duì)量是體外蓖麻毒蛋白A活性的定量量度。發(fā)明人選擇的用于RTA斷裂的斷裂位點(diǎn)導(dǎo)致無(wú)活性,即沒(méi)有N端Nln-RTA的RNA-裂解活性,因?yàn)樵摂嗔研?yīng)蛋白片段不具有包含RTA活性位點(diǎn)的氨基酸。另外,無(wú)RTA活性,即當(dāng)Nln-RTA和Cln-RTA簡(jiǎn)單混合在一起時(shí)無(wú)RNA-裂解活性發(fā)生,因而表明該RTA斷裂效應(yīng)蛋白片段需要靶標(biāo)介導(dǎo)的蛋白質(zhì)互補(bǔ)用于功能性重裝配以及活性效應(yīng)RTA蛋白的形成。發(fā)明人使用Cys-末端肽核酸(PNA)寡聚物作為要與RTA半蛋白綴合的化學(xué)和生物學(xué)穩(wěn)定的核堿基寡聚物,評(píng)價(jià)了基于公知的Cu"-菲咯啉(Cu/Phe)的蛋白質(zhì)偶聯(lián)化學(xué)與PNA寡聚物綴合的適宜性。通過(guò)Cu/Phe-處65理的Cys-PNA,發(fā)明人觀察到這些寡聚物的快速定量二聚合而沒(méi)有任何降解,而普通的寡核苷酸則被Cu/Phe試劑降解。該結(jié)果證明了Cu/Phe偶聯(lián)化學(xué)可應(yīng)用于Cys-PNA與Cys-末端斷裂RTA蛋白的綴合。發(fā)明人利用該化學(xué)用于Nln-RTA與Cln-RTA的綴合,用于評(píng)價(jià)第一點(diǎn)的RTA斷裂物的重裝配效率(圖7)。另外,可以在利用基于MESNA化學(xué)的柱上蛋白質(zhì)內(nèi)含子裂解中使Cys-PNA與末端活化的斷裂RTA蛋白質(zhì)綴合以及與蛋白質(zhì)內(nèi)含子2融合的C末端蛋白融合物綴合。發(fā)明人還開(kāi)發(fā)了體外測(cè)定法用于鑒定斷裂效應(yīng)蛋白片段的功能性重裝配,如使用綴合化學(xué)對(duì)一些斷裂RTA蛋白的分析所證明的。該測(cè)定法也可用于與探針例如核酸探針如寡核苷酸探針或多肽探針綴合的斷裂效應(yīng)蛋白片段的功能性重裝配。實(shí)施例4為在細(xì)胞水平上進(jìn)行功能檢測(cè),可將兩個(gè)互補(bǔ)蛋白質(zhì)-寡核苷酸構(gòu)建體注射入耙細(xì)胞(例如ALL人細(xì)胞)中。健康細(xì)胞和安慰劑注射的ALL細(xì)胞作為對(duì)照。存活率評(píng)價(jià)提供了細(xì)胞和獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著數(shù)值。具體而言,該研究中使用了兩個(gè)人ALL細(xì)胞系含有t(12;21)轉(zhuǎn)位和TEL/AML1融合物的B-系A(chǔ)LL細(xì)胞REH(ATTC目錄號(hào)CRL-8286),以及不含有t(12;21)和TEL/AML1融合物的NALM6B-系A(chǔ)LL細(xì)胞(DSMZ目錄號(hào)ACC128)。另外,原代ALL細(xì)胞和以前所描述的MTT測(cè)定法(Holleman等,2004;Lugthart等,2005)用于測(cè)定活力,通過(guò)FACS分析測(cè)定早期和晚期凋亡。細(xì)胞測(cè)定法中測(cè)試最佳曝光時(shí)間和融合毒素濃度。體內(nèi)毒性/效應(yīng)可通過(guò)使用骨髓移植的小鼠進(jìn)行評(píng)價(jià),該骨髓經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄病毒被對(duì)照載體或含有TEL-AML1融合基因的載體轉(zhuǎn)導(dǎo)。生物分子綴合物在體內(nèi)和體外評(píng)價(jià)成功后,可開(kāi)發(fā)斷裂RTA寡核苷酸綴合物的包嚢制劑作為新藥的候選形式(載藥聚合物納米顆?;蜿?yáng)性脂質(zhì)體作為藥物向胞漿遞送的載體)。評(píng)價(jià)其在血清中的穩(wěn)定性之后,可在細(xì)胞中測(cè)試,最終對(duì)感興趣的疾病的動(dòng)物模型例如在ALL疾病模型中進(jìn)行測(cè)試。還可以開(kāi)發(fā)該策略的基因靶向方案作為將來(lái)強(qiáng)有力的可選方案。基于這一將來(lái)的開(kāi)發(fā),可以建立在新生期才艮除前癌細(xì)胞的預(yù)防性方法。發(fā)明人分析了Nln-RTA/Cln-RTA斷裂效應(yīng)蛋白片段對(duì),包括特別是在靶RNA存在下非綴合和綴合蛋白的體外和體內(nèi)活性/重裝配測(cè)試。發(fā)明66頁(yè)人還優(yōu)化了其它斷裂RTA蛋白的蛋白表達(dá),通過(guò)改變細(xì)胞生長(zhǎng)條件增加可溶性表達(dá),以及開(kāi)發(fā)用于來(lái)自包涵體的斷裂RTA蛋白的復(fù)性方法。參考文獻(xiàn)此處以及整個(gè)本申請(qǐng)中所引用的參考文獻(xiàn)均引入本文作為參考。ArgentRHetal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述細(xì)胞因子選自IL-l;IL-2;IL-3;IL-4;IL-13;千擾素a;腫瘤壞死因子-a(TNFa);IL-6;粒細(xì)胞集落刺激因子(G-CSF);GM-CSF或其天然變體或基因工程變體。21.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述效應(yīng)分子是核酸酶或具有核酸內(nèi)切酶活性。22.權(quán)利要求17所述的方法,其中所述核酸酶是DNA核酸酶或DNA核酸內(nèi)切酶。23.4又利要求18所述的方法,其中所述DNA核酸酶選自DNA核酸內(nèi)切酶I;或其天然變體或基因工程變體。24.權(quán)利要求21所述的方法,其中所述核酸酶是RNA核酸酶或RNA核酸內(nèi)切酶。25.權(quán)利要求24所述的方法,其中所述RNA核酸酶選自RNA核酸內(nèi)切酶I;RNA核酸內(nèi)切酶II;RNA核酸內(nèi)切酶III。26.權(quán)利要求24所述的方法,其中所述RNA核酸酶是血管生成素。27.權(quán)利要求24所述的方法,其中所述RNA核酸酶是Dicer。28.權(quán)利要求24所述的方法,其中所述RNA核酸酶是核糖核酸酶A。29.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂效應(yīng)分子是蛋白水解酶。30.權(quán)利要求29所述的方法,其中所述蛋白水解酶選自半胱天冬酶;鈣蛋白酶;組織蛋白酶;蛋白內(nèi)切酶;顆粒酶;基質(zhì)金屬蛋白酶;胃蛋白酶;鏈霉蛋白酶;朊酶;蛋白酶;凝乳酶;胰蛋白酶。31.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中誘導(dǎo)細(xì)胞死亡途徑。32.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂效應(yīng)分子是促凋亡分子。33.權(quán)利要求32所述的方法,其中所述促凋亡分子選自Hsp90;TNFa;DIABLO;BAX;Bcl-2的抑制因子;Bad;聚ADP核糖聚合酶-1(PARP-1);第二線粒體來(lái)源的半胱天冬酶激活因子(SMAC);凋亡誘導(dǎo)因子(AIF);Fas(也稱(chēng)為Apo-l或CD95);Fas配體(FasL)。34.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中抑制細(xì)胞死亡途徑或i秀導(dǎo)細(xì)胞存活途徑。35.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述效應(yīng)分子是抗凋亡分子。36.權(quán)利要求35所述的方法,其中所述抗凋亡分子選自bcl-2;Bcl-XL;Hsp27;凋亡蛋白抑制因子(IAP)。37.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述效應(yīng)分子是使所述細(xì)胞對(duì)一種或多種第二試劑敏感的分子或多肽。38.權(quán)利要求37所述的方法,其中所述第二試劑是抗病毒藥物;其選自?shī)W斯他韋、別嘌呤醇。39.權(quán)利要求38所述的方法,其中使所述細(xì)胞敏感的多肽選自|3-葡糖醛酸酶;次黃噤呤-鳥(niǎo)噤呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶;p-內(nèi)酰胺酶;羧酸酯酶HCE1;過(guò)氧化物酶。40.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述效應(yīng)分子是標(biāo)記用于蛋白質(zhì)降解的靶多肽的分子。41.權(quán)利要求40所述的方法,其中所述分子選自泛素;小泛素相關(guān)〈'務(wù)飾因子(SUMO);DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNAMTase);組蛋白乙?;?HAT)。42.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述疾病或障礙是由致病核酸引起的。43.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述疾病或障礙選自癌癥;神經(jīng)疾?。煌薧f亍性疾??;炎癥性疾??;病原體感染。44.權(quán)利要求43所述的方法,其中所述癌癥選自原發(fā)性間充質(zhì)瘤(肉瘤);纖維肉瘤;粘液肉瘤;脂肪肉瘤;軟骨肉瘤;骨源性肉瘤;血管肉瘤;內(nèi)皮肉瘤;淋巴管肉瘤;滑膜肉瘤;間皮肉瘤;尤文氏腫瘤;粒細(xì)胞白血?。粏魏思?xì)胞白血??;惡性白血??;淋巴細(xì)胞性白血??;漿細(xì)胞瘤;平滑肌肉瘤;和橫紋肌肉瘤;原發(fā)性上皮癌(癌);鱗狀細(xì)胞或表皮癌;基底細(xì)胞癌;汗腺癌;皮脂腺癌;腺癌;乳頭狀癌;乳頭狀腺癌;嚢腺癌;髓樣癌;未分化癌(單純癌);支氣管肺癌;支氣管癌;黑色素癌;腎細(xì)胞癌;肝細(xì)胞癌;膽管癌;移行細(xì)胞癌;鱗狀細(xì)胞癌;絨毛膜癌;精原細(xì)胞瘤;胚胎癌;惡性畸胎瘤;以及畸胎癌;白血??;急性淋巴細(xì)胞性白血病和急性髓細(xì)胞性白血病(髓細(xì)胞性、早幼粒細(xì)胞性、髓單核細(xì)胞性、單核細(xì)胞性和紅細(xì)胞白血病);慢性白血??;慢性髓細(xì)胞性(粒細(xì)胞性)白血病;'f曼性淋巴細(xì)胞性白血病;真性紅細(xì)胞增多癥;淋巴瘤;何杰金氏??;非何杰金氏病;多發(fā)性骨髓瘤;原發(fā)性巨球蛋白血癥;重鏈病。45.權(quán)利要求44所述的方法,其中所述癌癥是淋巴癌;白血??;肉瘤;腺瘤。46.權(quán)利要求43所述的方法,其中所述癌癥是急性淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)。47.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述疾病是神經(jīng)疾病或障礙。48.權(quán)利要求47所述的方法,其中所述神經(jīng)疾病選自阿爾茨海默氏??;帕金森氏??;亨廷頓氏??;多聚谷氨酰胺疾病;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS)。49.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述疾病是病原體。50.權(quán)利要求49所述的方法,其中所述病原體選自流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。51.權(quán)利要求49所述的方法,其中所述病原體是病毒。52.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述疾病是對(duì)疾病的遺傳易感性。53.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述受試者是哺乳動(dòng)物。54.權(quán)利要求53所述的方法,其中所述哺乳動(dòng)物是人。55.權(quán)利要求l所述的方法,其中所述細(xì)胞是體內(nèi)的。56.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述細(xì)胞從所述受試者獲得并離體給予所述藥物組合物。57.權(quán)利要求56所述的方法,其中將所述細(xì)胞移植回所述受試者。58.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂生物分子綴合物由包涵體產(chǎn)生。59.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述斷裂生物分子綴合物由包涵體產(chǎn)生。60.權(quán)利要求3所述的方法,其中將所述斷裂生物分子綴合物通過(guò)以下方式給予所述細(xì)胞泵;直接注射;局部施用;經(jīng)皮內(nèi)、皮下給予受試者;靜脈內(nèi);淋巴管內(nèi);淋巴結(jié)內(nèi);粘膜內(nèi)或肌內(nèi)給藥。61.權(quán)利要求3所述的方法,其中所述斷裂生物分子綴合物通過(guò)預(yù)裝聚合物納米顆粒和/或陽(yáng)離子脂質(zhì)體給予所述細(xì)胞。62.權(quán)利要求1所述的方法,其中與核酸結(jié)合基序綴合的斷裂效應(yīng)分子在所述的細(xì)胞中由表達(dá)載體表達(dá)。63.權(quán)利要求62所述的方法,其中所述載體通過(guò)常規(guī)手段引入細(xì)胞。64.權(quán)利要求63所述的方法,其中所述載體包含效應(yīng)分子。65.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述靶核酸包括致病靶核酸序列。66.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述靶核酸是DNA。67.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述靶核酸是RNA。68.權(quán)利要求65所述的方法,其中所述致病靶核酸序列包括致病RNA。69.權(quán)利要求65所述的方法,其中所述致病靶核酸序列包括致病DNA。70.權(quán)利要求69所述的方法,其中所述病理性DNA包含至少一個(gè)突變和/或多態(tài)性。71.權(quán)利要求65所述的方法,其中所述致病靶核酸序列包括病原DNA或RNA。72.權(quán)利要求71所述的方法,其中所述病原DNA或RNA來(lái)源于病毒。73.權(quán)利要求72所述的方法,其中所述病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛痘鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovirus;abovims;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;腮腺炎病毒;風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。74.權(quán)利要求1和2所述的方法,其中所述耙多肽包括致病多肽。75.權(quán)利要求74所述的方法,其中所述致病多肽相對(duì)正常非致病多肽具有異常的構(gòu)象。76.權(quán)利要求l所述的方法,其中所述細(xì)胞是在體內(nèi)和體外的。77.權(quán)利要求l所述的方法,其中所述細(xì)胞是在體內(nèi)的。78.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述探針是核酸結(jié)合基序。79.權(quán)利要求78所述的方法,其中所述核酸結(jié)合基序選自DNA、RNA、PNA、LNA、pcPNA、DNA結(jié)合蛋白,RNA結(jié)合蛋白或其類(lèi)似物或片段。80.權(quán)利要求1和3所述的方法,其中所述探針是多肽4全測(cè)蛋白。81.權(quán)利要求80所述的方法,其中所述多肽檢測(cè)蛋白斷裂為至少兩個(gè)片段,其中各個(gè)片段與兩個(gè)或多個(gè)效應(yīng)蛋白片段綴合,且其中檢測(cè)多肽片段與所述靶核酸或耙多肽的結(jié)合重構(gòu)檢測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白。82.權(quán)利要求80所述的方法,其中所述多肽檢測(cè)蛋白是多結(jié)構(gòu)域多肽檢測(cè)蛋白。83.權(quán)利要求82所述的方法,其中所述多結(jié)構(gòu)域多肽檢測(cè)蛋白的各個(gè)結(jié)構(gòu)域與兩個(gè)或多個(gè)效應(yīng)蛋白片段綴合,且其中當(dāng)檢測(cè)蛋白的結(jié)構(gòu)域與所述靶核酸或靶多肽結(jié)合,重構(gòu)檢測(cè)蛋白和活性效應(yīng)蛋白。84.—種細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞死亡途徑。85.權(quán)利要求84所述的細(xì)胞斷裂生物分子綴合物治療癌癥的用途,其包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在肺瘤相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。86.權(quán)利要求84或85所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物治療病原體感染的用途,其包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子"l妄觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。87.權(quán)利要求84-86所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸確定為作為病理性核酸的核酸。88.權(quán)利要求84-87所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶多肽確定為作為病理性多肽的多肽。89.權(quán)利要求84-88所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸或靶多肽確定為所述細(xì)胞中作為病理影響的改變。90.權(quán)利要求84-89所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述革巴核酸編碼癌基因或原癌基因。91.權(quán)利要求90所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述癌基因選自p63;p73;gp40(v-fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v-src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos。92.權(quán)利要求86-88所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體選自流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。93.權(quán)利要求84-93所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體是病毒。94.權(quán)利要求84-93所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘟鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovims;abovirus;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;腮腺炎病毒;風(fēng)瘆病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。95.權(quán)利要求84-93所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述覃巴核酸或耙多核香酸選自v-fms;v-myc;v-src;v畫(huà)abl;v-erb;v-erba;v-fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。96.權(quán)利要求84-95所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)分子選自;f又利要求4-33和39-41中所述的效應(yīng)分子。97.權(quán)利要求84-95所述的細(xì)胞死亡斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述探針選自權(quán)利要求79-84中所述的探針。98.—種降解斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中降解輩巴核酸或耙多肽,或誘導(dǎo)耙核酸或靶多肽的降解。99.權(quán)利要求98所述的降解斷裂生物分子綴合物治療癌癥的用途,其包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在肺瘤相關(guān)的特定草巴核酸或耙多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。100.權(quán)利要求98所述的降解斷裂生物分子綴合物治療病原體感染的用途,其包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。101.權(quán)利要求98所述的降解斷裂生物分子綴合物治療疾病或障礙的用途,其包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)病原體感染相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在所述疾病或障礙相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。102.權(quán)利要求98-101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸確定為作為病理性核酸的核酸。103.權(quán)利要求98-101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶多肽確定為作為病理性多肽的多肽。104.權(quán)利要求98-101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述耙核酸或耙多肽確定為細(xì)胞中作為病理影響的改變。105.權(quán)利要求99所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸編碼癌基因或原癌基因。106.權(quán)利要求105所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述癌基因選自p63;p73;gp40(v-fms);p21(ras);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v-src).,v-abl;v-erb.,v-erba;v-fos。107.權(quán)利要求100所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體選自流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。108.權(quán)利要求100所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體是病毒。109.權(quán)利要求108所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛疸鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovirus;abovirus;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;腮腺炎病毒;風(fēng)瘆病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其他病毒。110.權(quán)利要求100所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述輩巴核酸或草巴多肽選自v-fms;v隱myc;v-src;v-abl;v-erb;v-erba;v-fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。111.權(quán)利要求101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病或障礙與病理性多肽的表達(dá)有關(guān)。112.權(quán)利要求113所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病理性多肽是突變和/或不正確折疊的多肽。113.權(quán)利要求112所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病選自神經(jīng)疾?。荒I臟疾??;心血管疾?。桓闻K疾?。谎装Y性疾??;嚢性纖維化;神經(jīng)退行性疾?。谎装Y性疾??;免疫障礙。114.權(quán)利要求113所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述神經(jīng)疾病選自阿爾茨海默氏??;亨廷頓氏??;帕金森氏??;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS);脊髓損傷。115.權(quán)利要求98-101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)分子選自權(quán)利要求21-28和40-41中所述的效應(yīng)分子。116.權(quán)利要求98-101所述的降解斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述探針選自權(quán)利要求79-84中所述的探針。117.—種致敏斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠使細(xì)胞對(duì)其它第二試劑敏感。118.權(quán)利要求117所述的致敏斷裂生物分子綴合物治療癌癥的用途,其包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在腫瘤相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。119.權(quán)利要求117所述的致敏斷裂生物分子綴合物治療病原體感染的用途,其包括使病原體感染的細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中肽的探針纟i合;并且其中(ii)在病原體感染相^^的特定靶核酸或靶^i存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。120.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸確定為作為病理性核酸的核酸。121.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶多肽確定為作為病理性多肽的多肽。122.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸或靶多肽確定為所述細(xì)胞中作為病理影響的改變。123.權(quán)利要求116所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸編碼癌基因或原癌基因。124.權(quán)利要求123所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述癌基因選自p63;p73;gp40(v-fms);p21(ms);p55(v-myc);p65(gag-jun);pp60(v-src);v-abl;v-erb;v-erba;v-fos。125.權(quán)利要求U9所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體選自流行性感冒、病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲(chóng)或酵母。126.權(quán)利要求119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病原體是病毒。127.權(quán)利要求126所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病毒選自AIDS/HIV;禽流感;SARS;曱型肝炎;乙型肝炎;丙型肝炎;流行性感冒;水痘;腺病毒,HSV-2;HSV-II;牛瘟鼻病毒;艾柯病毒;輪狀病毒;呼吸道合胞病毒;乳頭狀瘤病毒;乳多空病毒;巨細(xì)胞病毒;echinovirus;abovirus;漢坦病毒;柯薩奇病毒;麻滲病毒;腮腺炎病毒;風(fēng)滲病毒;脊髓灰質(zhì)炎病毒;HIV-I、HIV-II;禽和/或鳥(niǎo)流感病毒;埃博拉病毒;其1也病毒。128.權(quán)利要求128所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述乾核酸或乾多肽選自v-fms;v-myc;v-src;v-abl;v隱erb;v隱erba;v-fos;Ml蛋白;病毒樣顆粒(VPL)。129.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)蛋白選自p-葡糖醛酸酶;次黃噤呤-鳥(niǎo)嘌呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶;卩-內(nèi)酰胺酶;羧酸酯酶HCE1;過(guò)氧化物酶。130.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)分子選自;^又利要求37和38中所述的效應(yīng)分子。131.權(quán)利要求117-119所述的致敏斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述探針選自權(quán)利要求79-84中所述的探針。132.—種存活斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中啟動(dòng)細(xì)胞存活途徑或抑制細(xì)胞死亡。133.權(quán)利要求132所述的存活斷裂生物分子綴合物治療疾病或障礙的用途,其包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子接觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定耙核酸或耙多肽的探針綴合;并且其中(ii)在所述疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。134.權(quán)利要求132和133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病或障礙與作為病理一部分的細(xì)胞丟失有關(guān)。135.權(quán)利要求132和133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病或障礙與病理性多肽的表達(dá)有關(guān)。136.權(quán)利要求133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述病理性多肽是突變或不正確折疊的多肽。137.權(quán)利要求132和133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸確定為作為病理性核酸的核酸。138.權(quán)利要求132和133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述耙多肽確定為作為病理性多肽的多肽。139.權(quán)利要求132和133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸或耙多肽確定為細(xì)胞中作為病理影響的改變。140.權(quán)利要求133所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病選自神經(jīng)疾??;腎臟疾??;心血管疾病;肝臟疾??;炎癥性疾病;嚢性纖維化;神經(jīng)退行性疾??;炎癥性疾??;免疫障礙。141.權(quán)利要求140所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述神經(jīng)疾病選自阿爾茨海默氏病;亨廷頓氏?。慌两鹕喜?;肌萎縮性側(cè)索硬化(ALS);脊髓損傷。142.權(quán)利要求82-84所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)分子選自權(quán)利要求34-36中所述的效應(yīng)分子。143.權(quán)利要求82-84所述的存活斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述探針選自權(quán)利要求79-84中所述的探針。144.一種替代斷裂生物分子綴合物,其包含斷裂效應(yīng)分子,其中斷裂效應(yīng)多肽片段包含至少兩個(gè)各自與兩個(gè)或多個(gè)探針綴合的多肽片段,其中在特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子,該活性效應(yīng)分子能夠在所述細(xì)胞中替代功能障礙或缺失的多肽。145.權(quán)利要求144所述的替代斷裂生物分子綴合物治療疾病或障礙的用途,其包括使腫瘤細(xì)胞與細(xì)胞死亡斷裂效應(yīng)分子4^觸;其中(i)斷裂效應(yīng)多肽片段與特異性針對(duì)癌癥障礙相關(guān)的特定耙核酸或靶多肽的探針綴合;并且其中(ii)在所述疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽存在下,斷裂效應(yīng)多肽片段結(jié)合形成活性效應(yīng)分子。146.權(quán)利要求144和145所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病或障礙與所述細(xì)胞中多肽的丟失或表達(dá)減少或表達(dá)功能障礙有關(guān)。147.權(quán)利要求144和145所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述效應(yīng)多肽包括與疾病相關(guān)的丟失的或功能障礙的多肽或其片段。148.權(quán)利要求146所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病選自肌營(yíng)養(yǎng)不良癥、嚢性纖維化病。149.權(quán)利要求144和145所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸確定為作為病理性核酸的核酸。150.權(quán)利要求144和145所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶多肽確定為作為病理性多肽的多肽。151.權(quán)利要求144和145所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述靶核酸或靶多肽確定為細(xì)胞中作為病理影響的改變。152.權(quán)利要求133所述的替代斷裂生物分子綴合物的用途,其中所述疾病選自神經(jīng)疾??;腎臟疾??;心血管疾病;肝臟疾病;炎癥性疾??;嚢性纖維化;神經(jīng)退行性疾病;炎癥性疾病;免疫障礙。153.—種藥物組合物,其包含權(quán)利要求l、85、99、116、131中所述的生物分子綴合物中的至少一種;其中所述藥物組合物包含預(yù)裝有至少一種生物分子綴合物的聚合物納米顆粒。154.—種檢測(cè)受試者中致病靶核酸或致病多肽水平的方法,該方法包括a.給予所述受試者有效量的包含斷裂檢測(cè)分子的斷裂生物分子綴合物的藥物組合物,其中各個(gè)斷裂檢測(cè)多肽片段均與兩個(gè)特異性針對(duì)疾病或障礙相關(guān)的特定靶核酸或靶多肽的探針中的至少一個(gè)綴合;b.活性檢測(cè)分子的形成,其中通過(guò)至少兩個(gè)探針與疾病或障礙相關(guān)的靶核酸或靶多肽的結(jié)合促進(jìn)活性效應(yīng)分子的形成;c.測(cè)量所述活性^r測(cè)分子的水平;并且其中所述活性檢測(cè)分子的水平是受試者中所述耙核酸或致病多肽的量度。155.權(quán)利要求154所述的方法,其中所述檢測(cè)多肽選自(3-內(nèi)酰胺酶;DFHR;熒光素酶;熒光蛋白或其變體或片段。156.權(quán)利要求154所述的方法,其進(jìn)一步包括將受試者在第一時(shí)間點(diǎn)的致病靶核酸或致病多肽的水平與第二時(shí)間點(diǎn)的致病耙核酸或致病多肽的水平進(jìn)行比較。157.權(quán)利要求154所述的方法,其進(jìn)一步包括測(cè)量一艮據(jù)權(quán)利要求3所述的方法用斷裂生物分子綴合物治療受試者的進(jìn)展。全文摘要本發(fā)明涉及用于核酸和多肽定向靶向的斷裂生物分子綴合物的組合物及其生產(chǎn)方法。更優(yōu)選地,所述組合物和方法能夠使用斷裂生物分子綴合物用于疾病、惡性腫瘤、障礙的治療和篩選。在一些實(shí)施方案中,所述斷裂生物分子綴合物包含與探針綴合的斷裂效應(yīng)蛋白片段,并且兩個(gè)探針與靶核酸或靶多肽,例如致病核酸序列或致病蛋白的相互作用使得斷裂效應(yīng)片段在一起以促進(jìn)效應(yīng)分子的重裝配。依賴(lài)于該效應(yīng)分子,蛋白質(zhì)互補(bǔ)導(dǎo)致細(xì)胞學(xué)效應(yīng),特別是用于治療疾病,惡性腫瘤和障礙。文檔編號(hào)A61P31/00GK101687047SQ200780048602公開(kāi)日2010年3月31日申請(qǐng)日期2007年10月26日優(yōu)先權(quán)日2006年10月27日發(fā)明者C·康托,N·布牢德,V·德米德福,W·埃文斯申請(qǐng)人:波士頓大學(xué)董事會(huì);圣朱德兒童研究醫(yī)院