靶向p53的雙鏈寡核苷酸分子及其使用方法
【專(zhuān)利說(shuō)明】靶向P53的雙鏈寡核苷酸分子及其使用方法
[0001] 相關(guān)申請(qǐng)
[0002] 本申請(qǐng)要求2012年09月12日提交的名稱(chēng)為"針對(duì)p53的雙鏈寡核苷酸分子及 其使用方法（Double-stranded Oligonucleotide Molecules to p53and Methods of Use Thereof) "的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)序列號(hào)61/699, 885的權(quán)益，所述申請(qǐng)以引用的方式整體并入本 文并用于所有的目的。
[0003] 序列表
[0004] 本申請(qǐng)以引用的方式并入存在于名為"247_PCT1_ST25. txt"的文件中的核苷酸和 /或氨基酸序列，所述文件大小為29千字節(jié)且于2013年9月3日以與MS-Windows具有操 作系統(tǒng)相容性的IBM PC機(jī)器格式創(chuàng)建，并且與本申請(qǐng)一起遞交。 發(fā)明領(lǐng)域
[0005] 本公開(kāi)涉及核酸分子、包含所述核酸分子的藥物組合物以及其用于下調(diào)p53基因 的使用方法。本文公開(kāi)的化合物和組合物適用于治療患有與P53基因表達(dá)相關(guān)的疾病或病 癥或處于發(fā)展與P53基因表達(dá)相關(guān)的疾病或病癥的風(fēng)險(xiǎn)的受試者。這類(lèi)疾病/病癥的實(shí)例 包括但不限于局部缺血-再灌注損傷、聽(tīng)力受損、聽(tīng)力障礙、平衡受損、聽(tīng)力喪失、化學(xué)療法 誘導(dǎo)的禿頭癥（脫發(fā)）、放射療法誘導(dǎo)的禿頭癥、急性腎衰竭、急性腎損傷、慢性腎?。–KD)、 與抗癌療法相關(guān)的副作用、腎移植患者的移植物功能延遲恢復(fù)（DGF)、脊髓損傷、腦損傷、癲 癇、中風(fēng)、神經(jīng)退行性病癥、帕金森氏病、阿爾茨海默氏病、腫瘤、燒傷、傷口、高熱、缺氧、局 部缺血、器官移植、心肌梗塞/心臟病發(fā)作、心臟毒性以及急性肝衰竭。
[0006] 發(fā)明背景
[0007] siRNA 和 RNA 干擾
[0008] RNA干擾（RNAi)是涉及雙鏈（ds) RNA依賴(lài)性基因特異性轉(zhuǎn)錄后沉默的現(xiàn)象。
[0009] 美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)序列號(hào)13/508, 493、美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)公布號(hào)20060069056、 20100029746、20100222409、20110142917、20120184597、20120141378 和美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 7, 825, 099、7, 842, 674、7, 910, 566、8, 148, 342(全部為本申請(qǐng)的受讓人的）涉及適用于下 調(diào)P53基因的雙鏈RNA化合物和組合物并且涉及這類(lèi)化合物和組合物用于治療患有與p53 基因表達(dá)相關(guān)的疾病或病癥或處于發(fā)展與p53基因表達(dá)相關(guān)的疾病或病癥的風(fēng)險(xiǎn)的患者 的用途。
[0010] 美國(guó)專(zhuān)利號(hào)6, 982, 277、7, 008, 956、7, 012, 087(轉(zhuǎn)讓給伊利諾伊大學(xué)的董事會(huì)） 涉及一種可逆地抑制P53持續(xù)足夠的時(shí)間以便允許宿主中的正常細(xì)胞從影響細(xì)胞的應(yīng)激 誘導(dǎo)事件恢復(fù)的方法，涉及一種減少與癌癥療法相關(guān)的脫發(fā)的方法，所述方法包括與所述 癌癥療法結(jié)合向有需要的哺乳動(dòng)物施用治療有效劑量的可逆P53抑制劑；并且涉及一種減 少哺乳動(dòng)物中可歸因于中樞神經(jīng)系統(tǒng)中影響細(xì)胞的應(yīng)激誘導(dǎo)事件的細(xì)胞死亡的方法，所述 方法包括向所述哺乳動(dòng)物施用治療有效量的暫時(shí)P53抑制劑以便可逆地抑制p53活性。 [0011] 本發(fā)明的受讓人的并且特此以引用的方式整體并入的美國(guó)申請(qǐng)公布號(hào) 2010/0292301 和 2011/0112168 以及 PCT 專(zhuān)利公布號(hào) WO 2011/066475、W0 2011/084193、W0 2011/085056和WO 2012/078536公開(kāi)了適用于產(chǎn)生dsRNA分子的核酸序列和修飾。
[0012] 本發(fā)明的受讓人的并且特此以引用的方式整體并入的美國(guó)申請(qǐng)公布號(hào) 2011/0142917、2011/0229557和2012/0141378公開(kāi)了組合物和使用靶向p53基因的雙鏈 RNA化合物的方法。
[0013] 需要適用于治療或減弱與p53基因的表達(dá)相關(guān)的病狀、疾病或病癥的分子、組合 物、方法和試劑盒，并且所述分子、組合物、方法和試劑盒當(dāng)與未修飾的dsRNA對(duì)應(yīng)物相比 時(shí)表現(xiàn)出以下中的至少一種：增加的生物利用度、改善的生物分布、增加的血清循環(huán)時(shí)間、 增加的血清穩(wěn)定性、降低的血清清除率、改善的細(xì)胞攝取、降低的脫靶活性、降低的免疫原 性、改善的核內(nèi)體釋放、向靶組織或細(xì)胞改善的特異性遞送以及增加的敲低活性。
[0014] 發(fā)明概述
[0015] 本文提供用于下調(diào)P53基因的表達(dá)的核酸分子、包含所述核酸分子的組合物和試 劑盒以及其使用方法。所述組合物、方法和試劑盒可涉及使用結(jié)合編碼P53的核苷酸序列 (如mRNA序列）或其部分（例如人p53的mRNA編碼序列（圖l-7中的SEQIDN0 :l-7))、編 碼一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞單位的核苷酸序列或其部分的核酸分子（例如，短干擾核 酸（siNA)、短干擾 RNA (siRNA)、雙鏈 RNA (dsRNA)、微小 RNA (miRNA)或短發(fā)夾 RNA (shRNA))。 在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文公開(kāi)的分子、組合物、方法和試劑盒下調(diào)或抑制P53基因的 表達(dá)。在各個(gè)實(shí)施方案中，核酸分子選自由下調(diào)P53基因的表達(dá)的未修飾的或化學(xué)修飾的 dsRNA化合物如siRNA或shRNA組成的組。
[0016] 在一些實(shí)施方案中，核酸分子是下調(diào)p53表達(dá)的合成、未修飾的雙鏈RNA (dsRNA) 化合物。
[0017] 在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，核酸分子是下調(diào)p53表達(dá)的合成、化學(xué)修飾的雙鏈 RNA(dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，"p53"是指人p53基因。在某些優(yōu)選的實(shí) 施方案中，"靶基因"是指人P53基因。
[0018] 本文提供的化學(xué)修飾的核酸分子和組合物當(dāng)與對(duì)應(yīng)未修飾的核酸分子相比時(shí)表 現(xiàn)出有益的特性，所述有益特性包括以下中的至少一種：增加的血清穩(wěn)定性、改善的細(xì)胞攝 取、降低的脫靶活性、降低的免疫原性、改善的核內(nèi)體釋放、向靶組織或細(xì)胞改善的特異性 遞送以及增加的敲低/下調(diào)活性。
[0019] 本文進(jìn)一步公開(kāi)用于治療或預(yù)防有需要的受試者中的病癥、疾病、損傷或病狀的 發(fā)生或嚴(yán)重性的方法，其中所述疾病或病狀和/或與其相關(guān)的癥狀或病理學(xué)與P53基因的 表達(dá)相關(guān)。在一些實(shí)施方案中，這種病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)選自包括以下的組：內(nèi) 耳的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；腎的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS)的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；心臟的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；肝臟的 病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；心臟的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；影響器官移植患 者的病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)；由經(jīng)受抗癌治療的患者經(jīng)歷的病癥、疾病、損傷、病狀 或病理學(xué)。在一些實(shí)施方案中，這種病癥、疾病、損傷、病狀或病理學(xué)選自包括以下的組：局 部缺血-再灌注損傷、聽(tīng)力受損、聽(tīng)力障礙、平衡受損、聽(tīng)力喪失、化學(xué)療法誘導(dǎo)的禿頭癥、 放射療法誘導(dǎo)的禿頭癥、急性腎衰竭、急性腎損傷、慢性腎病（CKD)、與抗癌療法相關(guān)的副作 用、腎移植患者的移植物功能延遲恢復(fù)（DGF)、脊髓損傷、腦損傷、癲癇、中風(fēng)、帕金森氏病、 阿爾茨海默氏病、腫瘤、燒傷、傷口、高熱、缺氧、局部缺血、器官移植、心肌梗塞/心臟病發(fā) 作、心臟毒性以及急性肝衰竭。
[0020] 在具體實(shí)施方案中，本文提供靶向p53的化學(xué)修飾的dsRNA化合物、包含所述化合 物的組合物和試劑盒以及其在治療涉及細(xì)胞凋亡（即細(xì)胞的凋亡性（程序性）死亡）的病 狀或病理學(xué)中的使用方法。待治療的其它病狀包括其中P53表達(dá)為有害并且用本文提供的 化合物和組合物治療的任何病狀。
[0021] 一方面，本文提供適用于產(chǎn)生靶向和下調(diào)P53基因的核酸化合物的寡核苷酸序列 (SEQ ID N0:8-33)。
[0022] 另一方面，提供靶向和下調(diào)p53基因的核酸化合物或這類(lèi)化合物的藥學(xué)上可接受 的鹽。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文公開(kāi)的核酸分子具有雙鏈結(jié)構(gòu)。在一些實(shí)施方案中， 核酸化合物具有雙鏈結(jié)構(gòu)并且所述鏈各自包含選自以下表1中列出的序列（SEQ ID NO: 8-33)的寡核苷酸序列。在具有雙鏈結(jié)構(gòu)的核酸化合物的一些實(shí)施方案中，所述鏈中的一條 的寡核苷酸序列選自SEQ ID NO :8-20中的一個(gè)并且另一條鏈的寡核苷酸序列選自SEQ ID NO :21-33 中的一個(gè)。
[0023] 在一些實(shí)施方案中，提供具有雙鏈結(jié)構(gòu)的核酸分子或這類(lèi)分子的藥學(xué)上可接受的 鹽，其中（a)所述核酸分子是包括有義鏈和互補(bǔ)反義鏈的雙鏈體；(b)所述核酸分子的各鏈 的長(zhǎng)度是19個(gè)核苷酸；（c)反義鏈的19個(gè)核苷酸的序列與編碼哺乳動(dòng)物p53的mRNA的連 續(xù)序列（例如，SEQ ID NO : 1-7)或其部分互補(bǔ)；并且（d)有義鏈和反義鏈選自以下表1中 列出的寡核苷酸序列（SEQ ID NO :8-33)。
[0024] 表1.靶向p53的核酸化合物的選定有義鏈和反義鏈寡核苷酸序列
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述有義鏈和所述反義鏈包含選 自由以下各項(xiàng)組成的組的寡核苷酸序列對(duì)：有義鏈SEQ ID NO: 16和反義鏈SEQ ID NO: 29; 有義鏈SEQ ID NO: 19和反義鏈SEQ ID NO: 32;以及有義鏈SEQ ID NO: 19和反義鏈SEQ ID N0:28。
2. 如權(quán)利要求1所述的分子，其中所述有義鏈?zhǔn)荢EQ ID NO: 16并且所述反義鏈?zhǔn)荢EQ ID N0:29。
3. 如權(quán)利要求1所述的分子，其中所述有義鏈?zhǔn)荢EQ ID NO: 19并且所述反義鏈?zhǔn)荢EQ ID N0:32。
4. 權(quán)利要求1所述的分子，其中所述有義鏈?zhǔn)?