專(zhuān)利名稱(chēng)：：表面定位的肺炎鏈球菌多肽的制作方法表面定位的肺炎鏈球菌多肽本申請(qǐng)中引用的所有專(zhuān)利和非專(zhuān)利參考文獻(xiàn)特此以其整體引入作為參考。本專(zhuān)利申請(qǐng)要求于2005年2月18日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列號(hào)60/653,932的優(yōu)選權(quán)利益，所述臨時(shí)申請(qǐng)整體引入本文作為參考。發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及肺炎鏈球菌(iS^re/^ococci/s/we"/zoo/ae)的細(xì)胞表面定位多肽，以及其在針對(duì)鏈球菌感染的免疫接種、鏈球菌診斷和具有抗鏈球菌活性的化合物鑒定中的用途。發(fā)明背景鏈球菌感染的發(fā)生Sternberg和Pasteur首次鑒定出肺炎鏈球菌，最初描述為肺炎球菌(AustrianR.Thepneumococcusatthemillennium:notdown,notout.JInfectDis1999;179(S叩pl2):S338-41)。肺炎鏈球菌是革蘭氏陽(yáng)性有莢膜的球菌。基于多糖莢膜組成方面的差異，鑒定出約90種血清型。這種莢膜是基本的毒力因子。嬰兒中的大多數(shù)肺炎球菌疾病與這些血清型中的少數(shù)相關(guān)，所述血清型可以依地區(qū)而變。目前的數(shù)據(jù)暗示，11種最常見(jiàn)的血清型引起所有地區(qū)中至少75%的侵襲性疾病o肺炎鏈球菌是人病原體。肺炎球菌的儲(chǔ)庫(kù)據(jù)推測(cè)是無(wú)癥狀的人類(lèi)攜帶者的鼻咽。沒(méi)有動(dòng)物或昆蟲(chóng)媒介。肺炎鏈球菌是幼兒中的菌血癥、肺炎、腦膜炎和中耳炎的最常見(jiàn)原因。肺炎球菌疾病在幼兒中是非常嚴(yán)重的疾病。在美國(guó)，據(jù)估計(jì)，肺炎鏈球菌每年在5歲以下的兒童中引起200例死亡，700例腦膜炎，17，000例菌血癥，4，900，000例中耳炎(耳感染)。在歐洲和美國(guó)，肺炎球菌性肺炎是最常見(jiàn)的社區(qū)獲得性細(xì)菌性肺炎，估計(jì)每年影響大約100/100，000位成人。關(guān)于發(fā)熱性菌血癥和腦膜炎的相應(yīng)數(shù)字分別是15-19/100，000，和1-2/100,000。一種或多種這些表現(xiàn)的危險(xiǎn)在嬰兒和老年人中高得多。腦膜炎是最嚴(yán)重類(lèi)型的肺炎球菌疾病。在具有肺炎球菌性腦膜炎的5歲以下兒童中，約5%將死于其感染并且其他人可能具有長(zhǎng)期問(wèn)題，例如聽(tīng)力喪失。具有肺炎球菌性肺炎或血流感染的許多兒童將會(huì)病得必需住院；具有血流感染或具有伴隨血流感染的肺炎的兒童的大約1%將死于其疾病。幾乎所有兒童具有耳感染恢復(fù)，盡管具有復(fù)發(fā)性感染的兒童可以遭受聽(tīng)力喪失。最危險(xiǎn)的還是采取免疫抑制化學(xué)療法的患者，具有先天性和獲得性免疫缺陷(包括HIV感染)的那些患者，以及具有慢性腎病的那些患者。表1:在美國(guó)每年發(fā)生的大多數(shù)疾病適應(yīng)癥和住院患者數(shù)目，以及在兒童和老年人中的病死率<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>表2.1998年由ActiveBacterialCoresurveillance(ABCs)鑒定的侵襲性疾病的發(fā)病率、病死率、預(yù)計(jì)的美國(guó)病例和死亡、以及對(duì)青霉素不易感的比例<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage13</column></row><table>發(fā)病率=病例/100，000b不易感性包括被分類(lèi)為中間體或?qū)η嗝顾赜械挚沽Φ姆蛛x物。結(jié)果反映了來(lái)自1997年的A群鏈球菌分離物(n-183)以及組合的來(lái)自1997和1998年的B群鏈球菌分離物(n=188)的測(cè)試。Schuchat，A等人，"ActiveBacterialCoreSurveillanceoftheEmergingInfections.ProgramNetwork"，EmergingInfectiousDiseases,第7巻，No.1,Jan-Feb2001。肺炎鏈球菌感染的癥狀肺炎球菌性肺炎是成人中肺炎球菌疾病的最常見(jiàn)的臨床代表。肺炎球菌性肺炎的潛伏期很短，約1_3天。癥狀一般包括突然發(fā)作的發(fā)熱和寒戰(zhàn)或發(fā)冷。通常存在單一的發(fā)冷，而反復(fù)的惡寒戰(zhàn)栗并不常見(jiàn)。其他常見(jiàn)癥狀包括胸膜炎性胸痛、產(chǎn)生粘液膿性銹色痰的咳嗽、呼吸困難(呼吸短促)、呼吸急促(急促呼吸)、缺氧(弱的氧合)、心動(dòng)過(guò)速(快速的心率)、不適和虛弱。肺炎鏈球菌感染的治療和預(yù)防正在顯現(xiàn)出來(lái)的對(duì)于青霉素和其他常用抗生素的抗性強(qiáng)調(diào)了開(kāi)發(fā)新型策略來(lái)對(duì)抗肺炎球菌疾病的重要性。在美國(guó)的某些地區(qū)，高達(dá)40%的侵襲性肺炎球菌分離物對(duì)青霉素有抗性。治療將通常包括廣譜頭孢菌素和通常的萬(wàn)古霉素，直至獲得抗生素敏感性測(cè)試的結(jié)果。存在兩種市售的針對(duì)肺炎鏈球菌的疫苗1.Prevnar(Wyeth),7價(jià)肺炎球菌綴合物疫苗，包含血清型4、6B、9V、14、18C、19F和23F的多糖，2.Pneumovax(MerckResearchLaboratories)，23價(jià)多糖疫苗，包含23種純化的莢膜多糖抗原(血清型1、2、3、4、5、6B、7F、8、9N、10A、11A、12F、14、15B、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F和33F)。然而，仍存在對(duì)于開(kāi)發(fā)改進(jìn)的鏈球菌疫苗的巨大醫(yī)學(xué)需要，因?yàn)閛這些疫苗只涵蓋了某些血清型，例如Prevnar⑥可能覆蓋了對(duì)于美國(guó)來(lái)說(shuō)超過(guò)85%的肺炎球菌分離物，對(duì)于歐洲來(lái)說(shuō)為60-70%,和對(duì)于亞洲來(lái)說(shuō)為約55%。o經(jīng)歷最高比率的肺炎球菌攜帶和疾病的2歲以下兒童以及免疫妥協(xié)的患者在這種疫苗接種后顯示出嚴(yán)重受損的抗體應(yīng)答。o所述多糖疫苗對(duì)于由肺炎鏈球菌引起的急性中耳炎無(wú)效。o所述多糖疫苗不誘導(dǎo)T細(xì)胞依賴(lài)性免疫應(yīng)答。這暗示了記憶B細(xì)胞的缺乏，并限制了保護(hù)期。o幾種莢膜多糖是弱免疫原性的。這些包括與青霉素抗性有關(guān)的幾種血清型。目前，幾種肺炎球菌表面蛋白質(zhì)因?yàn)槠溲逍酮?dú)立性而被視為備選的疫苗候選物。然而，到目前為止，沒(méi)有一種蛋白質(zhì)被認(rèn)為誘發(fā)在種類(lèi)方面廣泛的肺炎球菌保護(hù)。這可以通過(guò)在大多數(shù)個(gè)體蛋白質(zhì)內(nèi)發(fā)生的等位基因變異來(lái)解釋。針對(duì)單一蛋白質(zhì)產(chǎn)生的抗體可能不識(shí)別等位基因變體。在發(fā)展中國(guó)家中，針對(duì)肺炎的功效是決定新疫苗使用的重要因素。除治療和預(yù)防的更佳方式之外，還需要用于診斷肺炎鏈球菌感染的新型、快速且可靠的方法。上述目標(biāo)可以通過(guò)鑒定和使用合適的肺炎鏈球菌多肽來(lái)實(shí)現(xiàn)，所述多肽可以充當(dāng)靶，即免疫系統(tǒng)和/或抗體的靶，細(xì)胞毒性抑制劑的靶，或診斷中的指示劑部分的靶。發(fā)明概述本申請(qǐng)涉及肺炎鏈球菌的表面定位多肽。在本申請(qǐng)的上下文中，"表面定位(surface-located)"多肽被定義為至少部分(即多肽鏈的一部分和/或多肽分子群體的一部分)位于肺炎鏈球菌細(xì)胞膜外的多肽。因此，表面定位多肽是完全或部分暴露于膜外空間的多肽。表面定位多肽還包括可以在通過(guò)如本文所述的高pH表面蛋白質(zhì)提取或變?nèi)芫叵@得的級(jí)分中鑒定出的所有多肽或多肽片段，表面定位多肽對(duì)于抗菌療法和/或細(xì)菌感染的診斷來(lái)說(shuō)是有吸引力的靶，因?yàn)榇祟?lèi)多肽暴露于細(xì)胞外空間意味著與這些多肽相互作用的化合物(例如用于預(yù)防、治療或診斷細(xì)菌感染的化合物)通常不需要進(jìn)入或穿過(guò)膜就可生效。肺炎鏈球菌多肽的細(xì)胞表面定位的測(cè)定目前只能通過(guò)實(shí)驗(yàn)來(lái)完成，并且不能通過(guò)生物信息學(xué)來(lái)完成，因?yàn)閷?duì)于這種定位沒(méi)有已知的常見(jiàn)分選信號(hào)或基序?？赡芸梢杂幸欢ò盐斩鹊仡A(yù)測(cè)多肽是否進(jìn)入周質(zhì)，但還沒(méi)有鑒定出關(guān)于多肽表面定位的一般基序。關(guān)于鑒定用于針對(duì)肺炎鏈球菌的蛋白質(zhì)疫苗接種的候選物的現(xiàn)有技術(shù)策略主要基于基因組測(cè)序和計(jì)算機(jī)分析(W002/077021;Wizemann等人(2001)Infect.Immun.69:1593-1598)。這些策略不是^f艮成功，因?yàn)橹挥行喨旱蔫b定出并進(jìn)行測(cè)試的候選物在小鼠模型中給予了保護(hù)(Wizemann等人(2001)Infect.I麵n.69:1593-1598)。本發(fā)明人已鑒定出在肺炎鏈球菌的細(xì)胞表面級(jí)分中的282種不同的多肽。所采用的方法鑒定出以相對(duì)較高水平表達(dá)的多肽。表面暴露和以相對(duì)較大的量存在這一組合使得這些多肽高度適合作為抗體的靶，并因此適合于在被動(dòng)或主動(dòng)免疫接種/疫苗接種中使用。因此，在第一個(gè)方面，本發(fā)明涉及組合物，其包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的表面定位的鏈球菌多肽的序列，或包含所述序列的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所ii^達(dá)載體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽，所述組合物用作藥物。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13和SEQIDNO:28的序列，或包含所述序列的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。在一個(gè)更加優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述組合物包括-多肽，其包含SEQIDNO:16，或者包含SEQIDNO:16的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所iii達(dá)載體。SEQIDNO:16表示疏辛酸-蛋白質(zhì)連接酶A的同系物，該酶以前已在大腸桿菌和單核細(xì)胞增生利斯特氏菌(厶/zw/70cy"^e/ei)中進(jìn)行了鑒定和表征(Morris等人(1994)J.Biol.Chem.269:16091;0'Riordan等人(2003)Science302:4")。這個(gè)家族的蛋白質(zhì)以前未在細(xì)胞表面上被鑒定或被發(fā)現(xiàn)是疫苗候選物或關(guān)于抗體療法的合適靶。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物包括能夠結(jié)合選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽的抗體。在一個(gè)更加優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述多肽是SEQIDNO:16。在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及組合物在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗細(xì)菌，優(yōu)選鏈球菌，更優(yōu)選肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途，所述組合物包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所"達(dá)栽體。優(yōu)選的序列是SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13和SEQIDNO:28。最優(yōu)選SEQIDNO:16。在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及能夠結(jié)合選自SEQIDNO:1-282的多肽的抗體。此外，本發(fā)明在一個(gè)主要方面涉及能夠結(jié)合選自SEQIDN0:1-282的多肽的抗體在制備用于治療或預(yù)防動(dòng)物或人類(lèi)中鏈球菌，優(yōu)選肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途。能夠結(jié)合選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28或SEQIDNO:33的多肽的抗體的用途是優(yōu)選的。最優(yōu)選的是，能夠結(jié)合SEQIDNO:16的多肽的抗體在制備用于治療或預(yù)防動(dòng)物或人類(lèi)中鏈球菌，優(yōu)選肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途。表面暴露和以相對(duì)較大的量存在這一組合還使得由本發(fā)明人所鑒定的多肽高度適合于作為用于診斷肺炎鏈球菌感染的靶，允許以高靈敏度檢測(cè)完整細(xì)胞。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及使用能夠識(shí)別本文所描述的細(xì)胞表面定位多肽的指示劑部分來(lái)檢測(cè)肺炎鏈球菌或其部分的方法。此外，所述多肽的表面定位使得它們適合于作為抑制劑的靶。此類(lèi)抑制劑可以是殺菌的或抑菌的或者阻止肺炎鏈球菌與宿主生物的相互作用(毒力)。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及用于鑒定本文所描述的細(xì)胞表面定位多肽的抑制劑的方法。定義-疫苗。其用于指能夠在人類(lèi)或動(dòng)物中誘導(dǎo)針對(duì)^t生物的保護(hù)性免疫應(yīng)答的組合物。-保護(hù)性免疫應(yīng)答。其用于指在生物中引起記憶的免疫應(yīng)答(體液/抗體和/或細(xì)胞免疫應(yīng)答)，導(dǎo)致傳染劑(本文中為肺炎鏈球菌)遇到次級(jí)而不是初級(jí)應(yīng)答，從而減少其對(duì)宿主生物的影響。-多肽。除非另有說(shuō)明，術(shù)語(yǔ)"多肽，，在本文中使用時(shí)還可指多肽的變體或片段。優(yōu)選的多肽是抗原性多肽。-片段。其用于指多肽的非全長(zhǎng)部分。因此，片段自身也是多肽?！凅w。給定的參照多肽的"變體"是指展示出與所述參照多肽的一定程度的序列同一性的多肽，但不等同于所述參照多肽。-抗原/抗原的/抗原性/免疫原/免疫原的/免疫原性。這些術(shù)語(yǔ)都指誘導(dǎo)免疫應(yīng)答的能力。-免疫原性載體(imfflimogeniccarrier)。其指直接或間接幫助或增強(qiáng)免疫應(yīng)答的化合物。-表達(dá)載體。其指用于從多核苷酸序列產(chǎn)生多肽的(優(yōu)選重組的)質(zhì)?；蚴删w或病毒。表達(dá)載體包括表達(dá)構(gòu)建體，其包括(l)在基因表達(dá)中具有調(diào)節(jié)作用的遺傳元件，例如啟動(dòng)子或增強(qiáng)子，(2)被轉(zhuǎn)錄為mRNA并被翻譯為蛋白質(zhì)，并且與(1)的元件可操作地連接的結(jié)構(gòu)或編碼序列；和(3)合適的轉(zhuǎn)錄起始和終止序列的集合。-多肽的結(jié)合配偶體(bindingpartner)。其指可以結(jié)合所述多肽的分子。此類(lèi)結(jié)合可以是間接的，通過(guò)另一分子，但優(yōu)選是直接的。結(jié)合配偶體可以是任何類(lèi)型的分子，例如小的疏水性分子，或者例如細(xì)胞或細(xì)胞外的大分子，例如蛋白質(zhì)，碳水化合物或核酸。結(jié)合配偶體的優(yōu)選類(lèi)型包括抗體、配體或抑制劑。-多個(gè)。術(shù)語(yǔ)"多個(gè)"指超過(guò)l個(gè)，優(yōu)選超過(guò)10個(gè)。-指示劑部分。術(shù)語(yǔ)"指示劑部分"包括能夠特異性地結(jié)合給定多肽和/或細(xì)胞且能夠產(chǎn)生可檢測(cè)信號(hào)的分子或分子復(fù)合物。優(yōu)選地，指示劑部分是抗體或者包括抗體分子。因此，優(yōu)選的指示劑部分是與可檢測(cè)物質(zhì)相偶聯(lián)或復(fù)合的抗體。-源自宿主的分子或宿主分子。其指通常在可以被肺炎鏈球菌感染的宿主生物中發(fā)現(xiàn)的分子。源自宿主的分子優(yōu)選是宿主多肽，優(yōu)選人多肽。-抗體。術(shù)語(yǔ)"抗體，，在本文中使用時(shí)意欲包括抗體以及其功能等價(jià)物。因此，這包括多克隆抗體，單克隆抗體(mAbs)，人源化、人或嵌合抗體，單鏈抗體，還有抗體的結(jié)合片段，例如但不限于，F(xiàn)ab片段，F(xiàn)(ab')2片段，由Fab表達(dá)文庫(kù)產(chǎn)生的片段，抗獨(dú)特型抗體，包含抗體片段的雜合物，以及這些中的任何一個(gè)的表位結(jié)合片段。該術(shù)語(yǔ)還包括多價(jià)抗體，多特異性抗體，例如雙特異性抗體，以及單克隆抗體的混合物。-解離常數(shù)，Kd。其是描述大分子例如抗體及其抗原之間的結(jié)合強(qiáng)度(或親和性或親和力)的量度。Kd越小，結(jié)合越強(qiáng)。-分離的。當(dāng)與本文公開(kāi)的多肽、多核苷酸和抗體相結(jié)合使用時(shí)，"分離的"指已從其天然(一般是細(xì)胞的)環(huán)境的組分中鑒定和分離和/或回收的這些。天然環(huán)境的污染性組分是通常會(huì)干擾所述多肽的診斷或治療用途的材料，并且可以包括酶、激素以及其他蛋白質(zhì)性質(zhì)的或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。本發(fā)明的多肽、多核苷酸和抗體優(yōu)選是分離的，并且本發(fā)明的疫苗及其他組合物優(yōu)選包括分離的多肽或分離的多核苷酸或分離的抗體。發(fā)明詳述附1:本發(fā)明的優(yōu)選組合物的表。列和行中的數(shù)字表示SEQIDN0s。每個(gè)交叉號(hào)表示包括該交叉號(hào)所屬列的多肽(或其抗原性片段或變體)以及該交叉號(hào)所屬行的多肽(或其抗原性片段或變體)的組合物。圖2:表面定位的肺炎鏈球菌多肽的Mi^f列列表。圖3:在感染一天時(shí)，使用來(lái)源于感染了肺炎鏈球菌D39的小鼠脾臟的cDNA所進(jìn)行的RT-PCR。使用對(duì)于抗原029(SEQIDNO:16)、060(SEQIDNO:26)、607(SEQIDNO:20)和653(SEQIDNO:33)的轉(zhuǎn)錄物特異的引物。此外，使用對(duì)肺炎球菌RM聚合酶a70亞基(持家基因)的轉(zhuǎn)錄物特異的引物。-RT:不含逆轉(zhuǎn)錄酶的對(duì)照；+RT:RT-PCR;N:無(wú)模板的對(duì)照。圖4:使用患者血清(單個(gè)患者)來(lái)檢測(cè)rec.vac.(抗原)0"、060、144、487、607、646和653的免疫印跡。圖5:在疫苗接種第0、21和35天，抗原(ags)029、060、607、653以及對(duì)照(包括未處理的動(dòng)物(未免疫接種的)、單獨(dú)的明礬佐劑和無(wú)關(guān)抗原)的免疫原性。圖6:用肺炎鏈球菌D39攻擊后6小時(shí)，在用抗原(ags)029、060、607、653以及對(duì)照(包括未處理的動(dòng)物(未免疫接種的)、單獨(dú)的明礬佐劑和無(wú)關(guān)抗原)疫苗接種的小鼠血液中的CFU。圖7:與對(duì)照組(包括未處理的動(dòng)物(未免疫接種的)、單獨(dú)的明礬佐劑和無(wú)關(guān)抗原(ct))相比較，在用肺炎鏈球菌D39攻擊經(jīng)抗原(ags)029和607疫苗接種的小鼠后的存活者。用作藥物的組合物在第一個(gè)主要方面，本發(fā)明涉及組合物，其包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的表面定位的肺炎鏈球菌多肽的序列，或包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽，所述組合物用作藥物。在一個(gè)重要實(shí)施方案中，所述組合物包括-多肽，其包含選自SEQIDN0:1-282的序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核香酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體。所述組合物可以用作疫苗以用于有此需要的個(gè)體的主動(dòng)免疫接種。這在"本發(fā)明的疫苗組合物和疫苗接種方法"部分中描述。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物包括多肽，所述多肽包含選自SEQIDNO:1-282的序列或包含所述序列的抗原性片段或變體。在另一重要實(shí)施方案中，所述組合物包括能夠結(jié)合多肽的抗體，所述多肽選自SEQIDNO:1-282的表面定位的肺炎鏈球菌多肽。所述組合物可以例如用于有此需要的個(gè)體的被動(dòng)免疫接種。這在"本發(fā)明的抗體和用于產(chǎn)生抗體的方法"部分中描述。本發(fā)明的疫苗組合物和疫苗接種的方法物誘導(dǎo)針對(duì)傳染性微生物的記憶應(yīng)答來(lái)提供保護(hù)性免疫。因此，疫苗是能夠在人類(lèi)或動(dòng)物中誘導(dǎo)針對(duì)微生物的保護(hù)性免疫應(yīng)答的組合物。此類(lèi)免疫應(yīng)答可以是細(xì)胞應(yīng)答和/或體液應(yīng)答，例如特異性T細(xì)胞應(yīng)答或抗體應(yīng)答。因此，在一個(gè)重要的實(shí)施方案中，所述組合物是疫苗組合物。即，本發(fā)明涉及組合物作為疫苗的用途，所述組合物包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的表面定位的肺炎鏈球菌多肽的序列，或包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所il^達(dá)載體。本文的變體優(yōu)選與所述序列具有至少95%的序列同一性，例如至少96%,例如至少97%,例如至少98%，例如至少99%的序列同一性。在上述組合物的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:1或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:2或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中3或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中4或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中5或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中6或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:7或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:8或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:9或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:IO或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:ll或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:12或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:13或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:14或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:15或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:16或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:17或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:18或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:19或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:20或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:21或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，22或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，23或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，24或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，25或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，26或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，27或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，28或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，29或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，30或其抗原性片段或變體。在上迷組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，31或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，32或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，33或其抗原性片段或變體。在上迷組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，34或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，35或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:所述多肽包含SEQIDNO:36或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:37或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:38或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:39或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:40或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:41或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:42或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:43或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:44或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:45或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:46或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:47或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:48或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:49或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:50或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:51或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:52或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:53或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:54或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:55或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:56或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:57或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:58或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:59或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:60或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:61或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:62或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:63或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:64或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:65或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDN0:66或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:67或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:68或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:69或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:70或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:71或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:72或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:73或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:74或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所迷多肽包含SEQIDNO:75或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:76或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:77或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SBQIDNO:78或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所迷多肽包含SEQIDNO:79或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:80或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:81或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:82或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:83或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:84或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:85或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:86或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:87或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:88或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:89或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:90或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:91或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:92或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:93或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:94或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:95或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:96或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:97或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:98或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:99或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:100或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:101或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:102或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:103或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:104或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:105或其抗原性片段或變體。在上述組合物的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽包含SEQIDNO:168或其抗原性片段或變體。用作藥物的包括SEQIDNO:16的多肽或其抗原性片段或變體的組合物目前是最優(yōu)選的實(shí)施方案。在所述組合物的某些實(shí)施方案中，所述多肽由選自SEQIDNO:1-282的序列組成。在其他實(shí)施方案中，所述多肽包含選自SEQIDNO:1-282的序列，或所述序列的抗原性片段或變體，以及標(biāo)簽，例如his-標(biāo)簽，即聚組氨酸標(biāo)簽。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明組合物中的多肽可以與毒素，例如腸產(chǎn)毒性大腸桿菌穩(wěn)定或不穩(wěn)定毒素相組合或融合。合適的熱穩(wěn)定毒素II(STII)已在Lee等人(1983)Infect.I瞧n.42:264—268中描迷。合適的融合蛋白的例子在SEQIDNO:295和SEQIDNO:296中給出。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述組合包括本發(fā)明的多肽和非共價(jià)連接的毒素，其中毒素可以是單一毒素多肽，或包含多個(gè)拷貝的毒素的多聚(例如二聚)形式。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽與毒素是共價(jià)連接的，例如通過(guò)翻譯后鍵合或從單一融合開(kāi)放閱讀框進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和翻譯。在任何一種情況下，所述兩個(gè)組成成分可以直接或經(jīng)由間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域進(jìn)行連接，所述間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域可以是例如肽連接體，優(yōu)選蛋白酶抗性和/或非免疫原性的肽連接體。此類(lèi)肽連接體可以具有任何長(zhǎng)度，例如它的長(zhǎng)度可以為2-200個(gè)，例如5-5()個(gè)M酸。多個(gè)拷貝的毒素可以融合至本發(fā)明的多肽。包括本發(fā)明的多肽例如SEQIDNO:16的多肽以及腸產(chǎn)毒性大腸桿菌的組合物，可以用于制造用于預(yù)防肺炎鏈球菌和/或腸產(chǎn)毒性埃希氏菌(&c力er/c//s)感染的疫苗。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物可以包括SEQIDNO:1-282中任何多肽的二聚體，例如SEQIDNO:16的二聚體。二聚體可以例如通過(guò)翻譯后鍵合形成或者從單一融合開(kāi)放閱讀框產(chǎn)生。在任何一種情況下，二聚體的兩個(gè)單體單位可以直接或者經(jīng)由間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域進(jìn)行連接，所述間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域可以是例如肽連接體，優(yōu)選蛋白酶抗性和/或非免疫原性的肽連接體。此類(lèi)肽連接體可以具有任何長(zhǎng)度，例如它的長(zhǎng)度可以為2-200個(gè)，例如5-50個(gè)氬基酸。組合物可以只包括選自SEQIDNO:1-282的一種多肽或其抗原性片段或變體。然而，在其他實(shí)施方案中，組合物包括超過(guò)一種的選自SEQIDNO:1-282的多肽和/或選自SEQIDNO:1-282的多肽的超過(guò)一種的抗原性片段。因此，根據(jù)本發(fā)明的組合物可以包括超過(guò)一種，例如2種，<列3口3種，例^口4種，存'B口5種，，W口6種，仿J:i口7種，，J:ft口8種，例如9種，例如10種，例如數(shù)目為5-10種的多肽和/或片段，或者超過(guò)10種，例如10-20種選自SEQIDNO:1-282的不同多肽或其抗原性片段或變體。類(lèi)似地，組合物可以只包括本發(fā)明的一種多核苷酸，一種表達(dá)栽體或者一種重組病毒或重組細(xì)胞。然而，在其他實(shí)施方案中，組合物包括本發(fā)明的超過(guò)一種多核苷酸、超過(guò)一種表達(dá)栽體、或者超過(guò)一種重組病毒或重組細(xì)胞。因此，根據(jù)本發(fā)明的組合物可以包括如本文所述的本發(fā)明的超過(guò)一種，例如2種，例如3種，例如4種，例如5種，例如6種，例如7種，例如8種，例如9種，例如10種，或超過(guò)10種，例如10-20種不同的多核苷酸、表達(dá)載體或者重組病毒或重組細(xì)胞。此外，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的重組細(xì)胞可以表達(dá)超過(guò)一種的選自SEQIDNO:1-282的多肽和/或選自SEQIDNO:1-282的多肽的超過(guò)一種的抗原性片段或變體。因此，根據(jù)本發(fā)明的組合物可以包括重組細(xì)胞，所述重組細(xì)胞包含超過(guò)一種，例如2種，例如3種，例如4種，例:i口5種，例:i口6種，例:i口7種，例:i口8種，侈iJ(口9種，例^口10種，侈'J如數(shù)目為5-10種的多肽和/或抗原性片段或變體，或者超過(guò)10種，例如10-20種選自SEQIDNO:1-282的不同多肽或其抗原性片段或變體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在本發(fā)明中使用的組合物包括多種本文描述的重組病毒或重組細(xì)胞。優(yōu)選地，本發(fā)明的組合物包括表1中給出的多肽(或其抗原性片段或變體)組合中的一種。在表l中，位于由SEQID號(hào)指定的列與由另一SEQID號(hào)指定的行的交叉點(diǎn)處的每個(gè)交叉號(hào)("x")指明了包括那兩個(gè)SEQID號(hào)的兩種多肽(或其抗原性片段或變體)的組合物。即，作為例子，完全用于舉例說(shuō)明的目的而不希望以限制性方式，SEQIDNO:2的列("2")與SEQIDNO:1的行('T，)的交叉點(diǎn)處的交叉號(hào)("x")指明了這樣的組合物，其包括-SEQIDNO:1的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:2的多肽或其抗原性片段或變體。高度優(yōu)選的組合物包括如下的那些組合物組合物，其包括-SEQIDNO:16的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的任何多肽或其抗原性片段或變體，更優(yōu)選選自SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20和SEQDINO:28的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:20的多肽或其抗原性片段或變體。組合物，其包括-SEQIDNO:10的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的任何多肽或其抗原性片段或變體，更優(yōu)選選自SEQIDNO:13、SEQIDNO:20和SEQDINO:28的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:20的多肽或其抗原性片段或變體。組合物，其包括-SEQIDNO:13的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的任何多肽或其抗原性片段或變體，更優(yōu)選選自SEQIDNO:20和SEQDINO:28的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:20的多肽或其抗原性片段或變體。組合物，其包括-SEQIDNO:28的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的任何多肽或其抗原性片段或變體，SEQIDNO:20的多肽或其抗原性片段或變體。包括至少3種多肽的優(yōu)選組合物包括下列組合物組合物，其包括選自SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:16、SEQIDNO:20和SEQIDNO,28的3種或更多種多肽。組合物，其包括-SEQIDNO:16的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:20的多肽或其抗原性片段或變體，和-SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的任何多肽或其抗原性片段或變體，更優(yōu)選選自SEQIDNO:10、SEQIDNO:13和SEQDINO:28的多肽。才艮據(jù)本發(fā)明的進(jìn)一步優(yōu)選的組合物包括選自SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:16、SEQIDNO:20和SEQIDNO.28的4種或更多種多肽。在一個(gè)更進(jìn)一步優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物包括SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:16、SEQIDNO:20和SEQIDNO.28的5種多肽。在包括2種或更多種多肽的上述組合物的某些實(shí)施方案中，多肽不是共價(jià)連接的。然而，在其他實(shí)施方案中，多肽可以形成融合多肽，其通過(guò)翻譯后鍵合形成或從單一融合開(kāi)放閱讀框產(chǎn)生。在任何一種情況下，所述2種或更多種多肽可以直接或經(jīng)由間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域進(jìn)行連接，所述間隔物或連接體結(jié)構(gòu)域例如可以是肽連接體，優(yōu)選蛋白酶抗性和/或非免疫原性的肽連接體。此類(lèi)肽連接體可以具有任何長(zhǎng)度，例如它的長(zhǎng)度可以為2-200個(gè)，例如5-50個(gè)氨基酸。包括多肽的疫苗如上所述，在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及用作疫苗的包括多肽的組合物，所述多肽包含選自SEQIDNO:1-282的序列，或所述序列的抗原性片段或變體。優(yōu)選的片段和變體是在本文涉及片段和變體部分中所描述的那些。因此，在這個(gè)實(shí)施方案中，通過(guò)直接施用通常位于肺炎鏈球菌細(xì)胞表面上的多肽來(lái)提供抗原性或免疫原性。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，如此選擇所述多肽，即使得疫苗組合物包括能夠與不同MHC分子例如不同的I類(lèi)MHC分子相締合的多種多肽。優(yōu)選地，用作疫苗的組合物包括能夠與最常出現(xiàn)的I類(lèi)MHC分子相締合的多肽和/或片段。在本發(fā)明的一個(gè)具體實(shí)施方案中，組合物包括一種或多種能夠與I類(lèi)MHC分子相締合的多肽和/或片段以及一種或多種能夠與II類(lèi)MHC分子相締合的多肽和/或片段。因此，疫苗組合物在某些實(shí)施方案中能夠產(chǎn)生特異性的細(xì)胞毒性T細(xì)胞應(yīng)答和/或特異性的輔助性T細(xì)胞應(yīng)答。與MHC分子的締合可以例如根據(jù)Andersen等人(1999)TissueAntigens54:185;或Tan等人(1997)J.Immunol.Methods209:25所述進(jìn)4亍測(cè)定。佐劑和免疫原性栽體優(yōu)選地，本發(fā)明的用作疫苗的組合物，即疫苗組合物，包括如本文在"用于本發(fā)明的組合物"部分中描述的藥學(xué)上可接受的載體。組合物可以進(jìn)一步包括佐劑。佐劑是混合到疫苗組合物中以增加或者修飾針對(duì)多肽或其他抗原的免疫應(yīng)答的物質(zhì)。佐劑可以例如是下列任何一種A1K闊"AlNa(SO丄，A1NH4(S04)，二氧化硅，明礬，Al卿"Ca3(P04)2，高呤土，炭，氫氧化鋁，磷酸鋁，胞壁酰二肽，N-乙?；?胞壁?；?L-蘇氨酰基-D-異谷氨酰胺(thr-DMP),N-乙?；?nornuramyl-L-丙氨?；?D-異谷氨酰胺(CGP11687,也稱(chēng)為nor-MDP)，N-乙酰胞壁?；?L-丙氨酰基-D-異谷氨酰胺?；?L-丙氨酸-2-(1'2'-二棕櫚?；?sn-甘油基-3-羥基磷酰氧基)-乙胺(CGP19835A,也稱(chēng)為MTP-PE),在2%角鯊烯/Tween-80.RTM.乳狀液中的RIBI(MPL+TDM+CWS)，脂多糖和衍生物，包括脂質(zhì)A,弗氏完全佐劑(FCA)，弗氏不完全佐劑，MerckAdjuvant65，多核苷酸(例如，聚IC和聚AU酸)，來(lái)自結(jié)核分枝桿菌(拳o6a"eW咖勵(lì)ercw7面's)的D蠟(waxD)，在小棒狀桿菌(Coiy/7e6acfer/M7parr"邁)、百日咳博德特氏菌(5ar^/e"7/a;7er"^is)和布魯氏菌屬(An;ce77a)成員中發(fā)現(xiàn)的物質(zhì)，脂質(zhì)體或其他脂質(zhì)乳狀液，Tite簡(jiǎn)x，ISC0MS，QuilA，ALUN(參見(jiàn)US58767和5，554,372),脂質(zhì)A衍生物，霍亂毒素衍生物，HSP衍生物，LPS衍生物，合成的肽基質(zhì)或GMDP，白介素1，白介素2，MontanideISA-51和QS-21。在本發(fā)明中使用的優(yōu)選佐劑包括明礬、MontanideISA-51和QS-21。MontanideISA-51(Seppic，Inc.)是類(lèi)似于弗氏不完全佐劑的基于礦物油的佐劑，其通常作為乳狀液施用。QS-21(Antigenics;AquilaBiopharmaceuticals，F(xiàn)ramingham，MA)是高度純化的水溶性皂苷，其作為水溶液運(yùn)用。在本發(fā)明組合物中使用的另一優(yōu)選佐劑是來(lái)自NetherlandsVaccineInstitute的IMSAVAC-L。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，將所述多肽包括在病毒體中。能夠依據(jù)本發(fā)明進(jìn)行使用的佐劑的所需功能性列于下表中。表l佐劑作用方式作用佐劑類(lèi)型益處1.免疫調(diào)節(jié)一般是修飾細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)的小分子上調(diào)免疫應(yīng)答。選擇Thl或或蛋白質(zhì)Th22.呈遞一般是與以其天然構(gòu)象存在的免疫增加的中和性抗體應(yīng)答。更長(zhǎng)原相互作用的兩親性分子或復(fù)合物的應(yīng)答持續(xù)時(shí)間3.CTL誘導(dǎo)可以結(jié)合或包封免疫原并且可以產(chǎn)生正確的1類(lèi)限制酶切肽與細(xì)胞膜融合或使之破裂的顆粒的蛋白質(zhì)的胞質(zhì)加工用于將肽直接附著至細(xì)胞表面如果已知是混雜的肽，則為簡(jiǎn)MHC-1的w/o乳狀液?jiǎn)渭庸?.靶向*結(jié)合免疫原的顆粒佐劑。飽和佐劑和免疫原的有效使用Kupffer細(xì)胞的佐劑靶向巨噬細(xì)胞和DCs上的凝集素如上。如果選擇性靶向，則還受體的碳水化合物佐劑可確定應(yīng)答類(lèi)型5.貯藏庫(kù)的產(chǎn)生關(guān)于短期的w/o乳狀液功效關(guān)于長(zhǎng)期的微球或納米球單劑量疫苗的效力來(lái)源JohnC.Cox和AlanR.Coulter,Vaccine1997Feb;15(3):248-56根據(jù)本發(fā)明的疫苗組合物可以包括超過(guò)一種的不同佐劑。還考慮了，本發(fā)明的肺炎鏈球菌多肽，或一種或多種其抗原性片段，和佐劑可以以任何合適的順序分開(kāi)施用。選擇的佐劑可以是例如弗氏完全或不完全佐劑，或被殺死的百日咳博德特氏菌生物體，其例如與明礬沉淀的抗原組合^f吏用。關(guān)于佐劑的一般討論在Goding,MonoclonalAntibodies:Principles&Practice(第二版，1986)，第61-63頁(yè)中提供。然而，Goding注意到，當(dāng)目的抗原具有低分子量，或具有弱的免疫原性時(shí)，建議偶聯(lián)至免疫原性栽體(參見(jiàn)下文)。還提議將各種皂苷提取物和細(xì)胞因子用作免疫原性組合物中的佐劑。近來(lái)，已提出使用粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)這種眾所周知的細(xì)胞因子作為佐劑(W097/28816)。此外，本發(fā)明的疫苗組合物可以包括肺炎鏈球菌多肽或其片段能夠與其締合的免疫原性載體，例如支架結(jié)構(gòu)，例如蛋白質(zhì)或多糖。因此，在疫苗組合物中存在的肺炎鏈球菌多肽或其抗原性片段或變體可以與免疫原性載體例如蛋白質(zhì)締合。多肽與載體蛋白的結(jié)合或締合可以是共價(jià)的或非共價(jià)的。免疫原性載體蛋白可以不依賴(lài)佐劑而存在。載體蛋白的功能可以是例如增加特定片段的分子量以便增加其活性或免疫原性，賦予穩(wěn)定性，增加生物學(xué)活性，或增加血清半衰期。此外，免疫原性栽體蛋白可以幫助將肺炎鏈球菌多肽或其片段呈遞至T細(xì)胞。載體蛋白可以是但不限于，匙孔血藍(lán)蛋白，血清蛋白質(zhì)例如轉(zhuǎn)鐵蛋白，牛血清白蛋白，人血清白蛋白，甲狀腺球蛋白或卵清蛋白，免疫球蛋白，或激素例如胰島素。破傷風(fēng)類(lèi)毒素和/或白喉類(lèi)毒素在一個(gè)本發(fā)明實(shí)施方案中也是合適的載體。備選地或另外地，可以加入葡聚糖例如sepharose。在另外一個(gè)實(shí)施方案中，可以加入抗原呈遞細(xì)胞例如能夠?qū)⑺龆嚯幕蚱淦纬蔬f至T細(xì)胞的樹(shù)突狀細(xì)胞，以獲得與載體蛋白一樣的效果。用于制備疫苗組合物的方法已在例如US5，470，958和其中的參考文獻(xiàn)中描述。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，本發(fā)明的疫苗組合物可以包括除本發(fā)明多肽以外的肺炎鏈球菌碳水化合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，加入的碳水化合物是來(lái)源于一種或多種肺炎鏈球菌血清型或作為其特征的碳水化合物。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽與來(lái)源于表4中給出的任4可一種或多種血清型或作為其特征的多糖相組合。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述多肽與一種或多種，優(yōu)選2、3、4、5、6或7種多糖相組合，所述多糖來(lái)源于血清型4、6B、9V、14、18C、19F和23F或作為其特征。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述多肽與血清型l、2、3、4、5、6B、7F、8、9N、IOA、IIA、12F、14、15B、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F和33F的多糖抗原中的8種或更多種，優(yōu)選10種或更多種，15種或更多種，或20種或更多種相組合。這些碳水化合物可以以游離的形式加入本發(fā)明的疫苗組合物中，或備選地，它們可以與本發(fā)明的多肽相融合以在疫苗組合物中使用。本發(fā)明的多肽的有效量可以是在免疫調(diào)節(jié)劑不存在下能夠引發(fā)可檢測(cè)的體液免疫應(yīng)答的量。使用的免疫原的合適量取決于它希望引發(fā)的免疫應(yīng)答。此外，必需的確切有效量可以在從受試者到受試者之間不同，取決于受試者的種類(lèi)、年齡和一般狀況，待治療的病狀的嚴(yán)重度，施用方式等。本發(fā)明的多肽疫苗可以以各種劑量施用，包括比通常用于其他疫苗的劑量低的劑量。這可能是因?yàn)楸景l(fā)明的多肽在肺炎鏈球菌細(xì)胞表面上是豐富的，因而甚至相當(dāng)?shù)退降膽?yīng)答也可以提供免疫性。因此，當(dāng)用于免疫接種時(shí)，本發(fā)明多肽的劑量可以是例如0.1-500微克/千克體重，例如O.1-100孩t克，例如O.1-50孩i克，例如O.1-25;徵克，例如8-25微克/千克體重，或少于那種，例如0.1-5微克或0.1-2微克/千克體重。包括重組病毒或重組細(xì)胞的DNA疫苗組合物和疫苗組合物DNA或RM疫苗屬于通過(guò)在患者細(xì)胞中過(guò)表達(dá)多核苷酸構(gòu)建體而將例如抗原性多肽決定簇導(dǎo)入患者中，所述多核苷酸構(gòu)建體包括可操作地連接至編碼目的多肽的序列的表達(dá)控制序列，所述目的多肽在本文中是SEQIDNO:1-282中的任何多肽或其抗原性片段或變體，優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽或其抗原性片段或變體。由于這樣的片段可以不包含甲硫氨酸起始密碼子，因此這一密碼子任選被包括為表達(dá)控制序列的一部分。多核苷酸構(gòu)建體可以是非復(fù)制性的且線性的多核苷酸，環(huán)狀表達(dá)載體，或自主復(fù)制質(zhì)?；虿《颈磉_(dá)載體。構(gòu)建體可以整合到宿主基因組中?？梢泽w的方法中使用。用于構(gòu)建表達(dá)載體的方法是本領(lǐng)域眾所周知的(參見(jiàn)例如MolecularCloning:ALaboratoryManual，Sambrook等人，eds.，ColdSpringHarborLaboratory,第二版,ColdSpringHarbor,N.Y.，1989)。優(yōu)選的是包括表達(dá)多種多肽的多個(gè)基因的組合物，所述多肽選自SEQIDNO:1-282和/或多種本發(fā)明的抗原性片段，從而允許使用各種預(yù)先選擇的靶同時(shí)進(jìn)行疫苗接種。但無(wú)害的栽體中來(lái)制備，所述載體例如為病毒或細(xì)胞，例如毒力減弱或減少的大腸桿菌或沙門(mén)氏菌(&7邁加eZ/a)細(xì)胞。將無(wú)害的重組病毒或重組細(xì)胞注射到希望的受者中。此類(lèi)重組細(xì)胞可以是死的或活的。如果是活的，那么該重組生物可以在宿主中復(fù)制，同時(shí)產(chǎn)生抗原性多肽并將其呈遞至宿主免疫系統(tǒng)。預(yù)期這種類(lèi)型的疫苗可以比非復(fù)制型疫苗更有效。為了此類(lèi)疫苗能夠成功，載體生物可以是有生活力的，并且是天然無(wú)毒力的或具有毒力減弱或減少的表型。關(guān)于使用減毒的細(xì)菌進(jìn)行疫苗接種的策略和其中所使用的合適細(xì)菌菌抹已在例如Makino等人(2001)Microb.Pathog.31:1-8;Gentschev等人(2002)Int.J.Med.Microbiol.291:577-582;Turner等人(2001)Infect.Immun.69:4969-4979;W099/49026;和蘭3/022307中描述?？梢詰?yīng)用的載體的進(jìn)一步例子是這樣的載體，例如包括逆轉(zhuǎn)錄病毒，其在WO90/07936、WO91/02805、WO93/25234、W093/25698和WO94/03622中/>開(kāi)；腺病毒，其在Berkner，Biotechniques6:616—627，1988;Li等人，H亂GeneTher.4:403-409，1993;Vincent等人，Nat.Genet.5:130-134，1993;和Kolls等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:215-219，1994)中公開(kāi)；痘病毒，其在U.S.4,769,330;美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，017，487;和WO89/01973中公開(kāi)；棵DNA，其在WO90/11092中公開(kāi)；與聚陽(yáng)離子分子復(fù)合的多核苷酸分子，其在WO93/03709中公開(kāi)；以及與脂質(zhì)體締合的多核苷酸，其在Wang等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA84:7851，1987中公開(kāi)。在某些實(shí)施方案中，如Curiel等人，Hum.GeneTher.3:147-154，1992;Cotton等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:6094，1992所公開(kāi)的，DM可以連接至殺死的或滅活的腺病毒。其他合適的組合物包括如Wu等人(J.Biol.Chem.264:16985-16987，1989)公開(kāi)的DM-配體，和如Feigner等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA84:7413-7417,1989)公開(kāi)的脂質(zhì)-DNA組合。此外，棵DNA攝入到細(xì)胞中的效率可以通過(guò)將DNA包被在生物可降解的膠乳珠上來(lái)增加。疫苗載體優(yōu)選包括合適的啟動(dòng)子，其可操作地連接至編碼免疫原性多肽的多核苷i^列?？梢栽诒景l(fā)明中使用能夠在靶細(xì)胞中指導(dǎo)高水平的轉(zhuǎn)錄起始的任何啟動(dòng)子。因此也可以使用非組織特異型啟動(dòng)子，例如巨細(xì)胞病毒啟動(dòng)子(DeBernardi等人，ProcNatlAcadSciUSA88:9"7-9261[1991],以及其中的參考文獻(xiàn))，小鼠金屬硫蛋白I啟動(dòng)子(Hammer等人，JMolApplGen1:273-288[1982])，HSV胸苷激酶啟動(dòng)子(McKnight，Cell31:355-365[1982])，和SV40早期啟動(dòng)子(Benoist等人，Nature290:304-310[1981])。疫苗接種的方法和用于疫苗接種/免疫接種的用途在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及組合物在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗細(xì)菌感染的藥物中的用途，所述組合物包括下列中的任何一種或多種-多肽，其包含選自SEQIDN0:l-282的序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體。所述免疫接種優(yōu)選誘導(dǎo)保護(hù)性免疫應(yīng)答。在上述用途的一個(gè)實(shí)施方案中，藥物只給予一次。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述藥物用于針對(duì)鏈球菌感染的免疫接種。最優(yōu)選地，所述藥物用于針對(duì)肺炎鏈球菌的免疫接種。然而，使用肺炎鏈球菌多肽的免疫接種還可以給予針對(duì)其他細(xì)菌種類(lèi)的交叉保護(hù)。這通常需要與其他物種的多肽的至少一部分具有顯著的同源性。例如在SEQIDNO:16與來(lái)自釀膿鏈球菌(Wrei,ococc"s/^oge"es)(A群鏈球菌)(SEQIDNO:283)、無(wú)乳鏈球菌(57re/^,c面a^9/a"/'ae)(B群鏈球菌)(SEQIDNO:284)和單核細(xì)胞增生利斯特氏菌(Z/'Weria邁如ocj^o^i7es)(SEQIDN0:285)的其變體之間發(fā)現(xiàn)了這樣的同源性。類(lèi)似地，在SEQIDNO:20與來(lái)自S良膿鏈球菌(A群鏈球菌)(SEQIDNO:286)、無(wú)乳鏈球菌(B群鏈球菌)(SEQIDNO:287)和單核細(xì)胞增生利斯特氏菌(SEQIDNO:288)的其變體之間發(fā)現(xiàn)了同源性。因此，所述藥物在某些實(shí)施方案中用于針對(duì)一種或多種下列微生物的免疫接種釀膿鏈球菌(A群鏈球菌)、無(wú)乳鏈球菌(B群鏈球菌)和單核細(xì)胞增生利斯特氏菌。在此類(lèi)藥物制備中所使用的高度優(yōu)選的多肽是SEQIDNO:16和SEQIDNO:20。關(guān)于針對(duì)一種或多種細(xì)菌進(jìn)行免疫接種的備選策略是用包含變體多肽的藥物進(jìn)4亍免疫。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，用于制備藥物的多肽是SEQIDNO:1-282中任一個(gè)的變體，優(yōu)選SEQIDNO:16的變體和/或SEQIDNO:20的變體。最優(yōu)選地，所述多肽選自SEQIDNO:283、SEQIDNO:284、SEQIDNO:285、SEQIDNO:286、SEQIDNO:287和SEQIDNO:288，或者其片段或其變體，例如與SEQIDNO:283、SEQIDNO:284、SEQIDNO:285、SEQIDNO:286、SEQIDNO:287或SEQIDNO:288具有超過(guò)95%,例如超過(guò)98%的序列同一性的變體。因此，在某些實(shí)施方案中-將包含SEQIDNO:283和/或SEQIDNO:286，或這兩種中4壬一種的片段或變體的藥物用于針對(duì)釀膿鏈球菌和/或肺炎鏈球菌和/或其他細(xì)菌的免疫接種；-將包含SEQIDNO:284和/或SEQIDNO:287,或這兩種中l(wèi)壬一種的片段或變體的藥物用于針對(duì)無(wú)乳鏈球菌和/或肺炎鏈球菌和/或其他細(xì)菌的免疫接種；-將包含SEQIDNO:285和/或SEQIDNO:288，或這兩種中4壬一種的片段或變體的藥物用于針對(duì)單核細(xì)胞增生利斯特氏菌和/或肺炎鏈球菌和/或其他細(xì)菌的免疫接種。在最優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文的組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:16，或者包含SEQIDNO:16的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本文的組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:10,或者包含SEQIDNO:10的抗原性片段或變體，_多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本文的組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:13，或者包含SEQIDNO:13的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本文的組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:28，或者包含SEQIDNO:28的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:20，或者包含SEQIDNO:20的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。類(lèi)似地，本發(fā)明涉及用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗肺炎鏈球菌感染的方法，所述方法包括這樣的步驟，即施用下列中的任何一種或多種-多肽，其包含SEQIDNO:1-282中的任何序列，或者包含所述序列的片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，—表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或一重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所i4^達(dá)載體，從而免疫接種所述動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗肺炎鏈球菌感染。在用于免疫接種的上述方法的一個(gè)實(shí)施方案中，只給予一次所述-多肽，其包含SEQIDN0:1-282中的任何序列，優(yōu)選SEQIDNO:16，或者包含所述序列中任一種的片段或變體，-多核香酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所il^達(dá)載體，從而通過(guò)單次施用來(lái)免疫接種所述動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗肺炎鏈球菌感染。動(dòng)物可以是任何鳥(niǎo)類(lèi)或哺乳動(dòng)物，例如雞、鴨、火雞、?；蜇i。人類(lèi)中特別的靶群體可以是來(lái)自處于危險(xiǎn)之中的群體的個(gè)體，所述處于危險(xiǎn)之中的群體例如為直至4歲大的兒童群體、老年人群體或到發(fā)展中國(guó)家的免疫上幼稚的或半免疫的旅行者群體。因?yàn)楸景l(fā)明的多肽是免疫原性的并且因?yàn)樗鼈冊(cè)诜窝祖溓蚓?xì)胞上是豐富的，所以甚至在對(duì)抗原刺激應(yīng)答能力降低的患者，例如青少年、老年患者或免疫妥協(xié)患者中也可以誘導(dǎo)保護(hù)性免疫應(yīng)答。此外，由于相同原因，本發(fā)明的疫苗還可用于預(yù)防中耳炎，預(yù)防肺炎鏈球菌的鼻咽攜帶，預(yù)防由肺炎鏈球菌引起的敗血病，或預(yù)防由肺炎鏈球菌引起的腦膜炎。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16,或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所ii^達(dá)載體，其中所iiA類(lèi)是小于4歲，例如小于2歲，例如小于1歲的兒童，和/或具有母源性免疫的兒童(即，在循環(huán)系統(tǒng)中含有母體抗體)。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所ii^達(dá)載體，其中所述人類(lèi)是免疫妥協(xié)的患者。免疫妥協(xié)的患者可以是例如采取免疫抑制化學(xué)療法的患者或者具有先天性或獲得性免疫缺陷的患者。為了<吏得免疫接種在這些患者有效，要求患者在某種程度上仍能夠產(chǎn)生免疫應(yīng)答。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于預(yù)防中耳炎，特別是由于肺炎鏈球菌而引起的中耳炎的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDNO:l-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所"達(dá)載體。在另外一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于治療和/或預(yù)防肺炎鏈球菌的鼻咽攜帶的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDNO:l-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16,或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所迷表達(dá)載體。在更進(jìn)一步的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于預(yù)防鏈球菌性腦膜炎的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDNO:l-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。疫苗可以通過(guò)任何合適的施用方式以本文描述的劑量施用，所述施用方式包括導(dǎo)致所有所施用的抗原的低于完全(例如低于50%或低于90%)攝取的施用方式。這可能是因?yàn)楸景l(fā)明的多肽具有足夠的免疫原性，并且因?yàn)橛捎谒鼈冊(cè)诜窝祖溓蚓?xì)胞表面上的豐富性，從而甚至稍微亞最佳的應(yīng)答也可以提供免疫性。因此，根據(jù)本發(fā)明的組合物的施用方式包括，但不限于，全身施用，例如靜脈內(nèi)或皮下施用，經(jīng)皮施用，皮內(nèi)施用，肌內(nèi)施用，鼻內(nèi)施用，口服施用，以及一般地任何形式的粘膜施用。與有效的鏈球菌疫苗生產(chǎn)有關(guān)的重要問(wèn)題是細(xì)菌的免疫學(xué)上不同的類(lèi)型(也稱(chēng)為血清型)的出現(xiàn)。這些類(lèi)型在其多糖譜中明顯不同，并且還在某些高度可變的蛋白質(zhì)中也不同，盡管較少。由于這樣的可變性，本領(lǐng)域中已知的疫苗通常只針對(duì)某些而不是所有血清型起作用。本發(fā)明的疫苗基于不是高度可變的豐富的表面定位多肽。這些疫苗將有效地針對(duì)多種血清型。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及下列中的任何一種或多種在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗超過(guò)一種肺炎鏈球菌血清型(例如5種或更多種不同血清型，例如8種或更多種不同血清型，例如15種或更多種不同血清型，例如24種或更多種不同血清型)的藥物中的用途，-多肽，其包含選自SEQIDN0:1-282的序列，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41的序列，最優(yōu)選SEQIDNO:16，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所M達(dá)栽體。優(yōu)選地，所述超過(guò)一種的血清型包括選自6A、7C、9A、IOB、13、15C、16F、18B、21、23A、24F、28F、31、34、35F、35B、38的血清型。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述藥物用于免疫接種，所述免疫接種針對(duì)至少血清型4、6B、9V、14、18C、19F和23F,以及優(yōu)選地還有至少一種其他血清型，所述其他血清型優(yōu)選選自6A、7C、9A、IOB、13、15C、16F、18B、21、23A、24F、28F、31、34、35F、35B、38。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述藥物用于免疫接種，所述免疫接種針對(duì)至少血清型l、2、3、4、5、6B、7F、8、9N、9V、IOA、IIA、12F、14、15B、17F、18C、19A、19F、20、22F、23F和33F，以及優(yōu)選地還有至少一種其他血清型，所述其他血清型優(yōu)選選自6A、7C、9A、IOB、13、15C、16F、18B、21、23A、24F、28F、31、34、35F、35B、38。在一個(gè)進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，所述藥物用于免疫接種，所述免疫接種針對(duì)表4中給出的任何血清型，優(yōu)選選自表4中給出的血清型的至少5種或更多種不同血清型，例如選自表4中給出的血清型的8種或更多種不同血清型，例如15種或更多種不同血清型，例如24種或更多種不同血清型。根據(jù)本發(fā)明的免疫原性效應(yīng)可以例如通過(guò)測(cè)定血清樣品中的抗體(例如通過(guò)RIA)來(lái)進(jìn)行測(cè)量。此外，該效應(yīng)可以在體內(nèi)測(cè)定，通過(guò)測(cè)量例如對(duì)于T細(xì)胞依賴(lài)性抗原性多肽的增加的T細(xì)胞應(yīng)答性，其中所述增加的應(yīng)答性是針對(duì)此類(lèi)抗原性多肽的正常免疫應(yīng)答增強(qiáng)的特征。免疫刺激效應(yīng)還可被測(cè)量為特別是IL-2、IL-3、IFN-y和/或GM-CSF的增強(qiáng)的T細(xì)胞產(chǎn)生。因此，如引入本文作為參考的例如US07/779，499中描述的，通過(guò)就增強(qiáng)的T細(xì)胞的IL-2、IL-3、IFN-y或GM-CSF產(chǎn)生進(jìn)行篩選可以容易地鑒定具有引發(fā)增強(qiáng)的免疫應(yīng)答的潛力的多肽或其片段。涉及針對(duì)肺炎鏈球菌而進(jìn)行疫苗接種的許多方面已在Bogaert等人(2004)Vaccine22:2209-2220中討論。這個(gè)綜述包括對(duì)于描述了用于測(cè)試和評(píng)估此類(lèi)疫苗的方法的其他文件的參考。本文描述的多核苷酸和表達(dá)載體可以通過(guò)任何標(biāo)準(zhǔn)方法在體內(nèi)或體夕卜導(dǎo)人乾細(xì)胞中食ij:!(口，作為棵DNA(Donnelly等人，AmiuRevImmunol15:617-648[1997])，其被摻入ISC0MS、脂質(zhì)體或紅細(xì)胞血影中，或通過(guò)生物射彈轉(zhuǎn)移，鈣沉淀，或電穿孔。備選地，可以采用基于病毒的栽體作為用于將編碼目的多肽的多核苷酸導(dǎo)入到動(dòng)物或人類(lèi)細(xì)胞中的手段。優(yōu)選的病毒載體包括來(lái)源于復(fù)制缺陷型肝炎病毒(例如HBV和HCV)、逆轉(zhuǎn)錄病毒(參見(jiàn)例如W089/07136;和Rosenberg等人，NEngJMed323(9):570-578[1990])、腺病4(參見(jiàn)，例如Morsey等人，JCel1Biochem，Su.17E[1993])、腺伴隨病毒(Kotin等人，ProcNatlAcadSciUSA87:2211-2215[1990])、復(fù)制缺陷型單純皰滲病毒(HSV;Lu等人，Abstract,第66頁(yè),AbstractsoftheMeetingonGeneTherapy,Sep.22-26，1992,ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor，N.Y.)、金絲雀痘病毒的那些，以及這些載體的任何修飾形式。需要時(shí)，在導(dǎo)入患者之前，可以培養(yǎng)并克隆體外轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。除了直接的體內(nèi)操作程序外，也可以使用離體操作程序，在其中將細(xì)胞從動(dòng)物中取出，修飾，并放回同一或另一動(dòng)物中。很明顯，可以釆抗原性多肽的多核苷酸導(dǎo)入離體環(huán)境中的組織細(xì)胞之中。關(guān)于攝取的病毒、物理和化學(xué)方法的規(guī)程是本領(lǐng)域眾所周知的。因此，作為將本發(fā)明多肽或能夠表達(dá)此類(lèi)多肽的載體直接施用給患者的備選方案，可以從患者中取出輔助性T細(xì)胞；使用相同抗原性多肽或載體離體刺激那些T細(xì)胞；并將經(jīng)刺激的輔助性T細(xì)胞導(dǎo)入同一患者中。抗體和用于產(chǎn)生本發(fā)明抗體的方法在一個(gè)進(jìn)一步的主要實(shí)施方案中，所述用作藥物的組合物包括能夠結(jié)合多肽的抗體，所述多肽選自SEQIDNO:1-282的表面定位的肺炎鏈球菌多肽，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽。此類(lèi)藥物可以用于抗體療法，例如有此需要的個(gè)體的被動(dòng)免疫接種。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及能夠結(jié)合，優(yōu)選特異性地結(jié)合選自SEQIDNO:1-282的多肽和/或其片段和/或變體的抗體。"特異性地結(jié)合"在這個(gè)情況下不希望指絕對(duì)特異性?？贵w在某些實(shí)施方案中還可以特異性地結(jié)合例如來(lái)自其他鏈球菌種類(lèi)并且與來(lái)自肺炎鏈球菌的多肽具有高度序列同一性的多肽，例如與來(lái)自肺炎鏈球菌的多肽具有超過(guò)90%，例如超過(guò)95%或超過(guò)98%的序列同一性的多肽。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述抗體能夠結(jié)合，優(yōu)選特異性地結(jié)合選自SEQIDNO:1-282的多肽，例如SEQIDNO:l的多肽，例如SEQIDNO:2的多肽，例如SEQIDNO:3的多肽，例如SEQIDNO:4的多肽，例如SEQIDNO:5的多肽，例如SEQIDNO:6的多肽，例如SEQIDNO:7的多肽，例如SEQIDNO:8的多肽，例如SEQIDNO:9的多肽，例如SEQIDNO:IO的多肽，例如SEQIDNO:ll的多肽，例如SEQIDNO:12的多肽，例如SEQIDNO:13的多肽，例如SEQIDNO:14的多肽，例如SEQIDNO:15的多肽，例如SEQIDNO:16的多肽，例如SEQIDNO:17的多肽，例如SEQIDNO:18的多肽，例如SEQIDNO:19的多肽，例如SEQIDNO:20的多肽，例如SEQIDNO:21的多肽，例如SEQIDNO:22的多肽，例如SEQIDNO:23的多肽，例如SEQIDNO:24的多肽，例如SEQIDNO:25的多肽，例如SEQIDNO:26的多肽，例如SEQIDNO:27的多肽，例如SEQIDNO:28的多肽，例如SEQIDNO:29的多肽，例如SEQIDNO:30的多肽，例如SEQIDNO:31的多肽，例如SEQIDNO:32的多肽，例如SEQIDNO:33的多肽，例如SEQIDNO:34的多肽，例如SEQIDNO:35的多肽，例如SEQIDNO:36的多肽，例如SEQIDNO:37的多肽，例如SEQIDNO:38的多肽，例如SEQIDNO:39的多肽，例如SEQIDNO:40的多肽，例如SEQIDNO:41的多肽，例如SEQIDNO:42的多肽，例如SEQIDNO:43的多肽，例如SEQIDNO:44的多肽，例如SEQIDNO:45的多肽，伊J如SEQIDNO:46的多肽，例如SEQIDNO:47的多肽，例如SEQIDNO:48的多肽，例如SEQIDNO:49的多肽，例如SEQIDNO:50的多肽，例如SEQIDNO:51的多肽，例如SEQIDNO:52的多肽，例如SEQIDNO:53的多肽，例如SEQIDNO:54的多肽，例如SEQIDNO:55的多肽，例如SEQIDNO:56的多肽，例如SEQIDNO:57的多肽，例如SEQIDNO:58的多肽，例如SEQIDNO:59的多肽，例如SEQIDNO:60的多肽，例如SEQIDNO:61的多肽，例如SEQIDNO:62的多肽，例如SEQIDNO:63的多肽，例如SEQIDNO:64的多肽，例如SEQIDNO:65的多肽，例如SEQIDNO:66的多肽，例如SEQIDNO:67的多肽，例如SEQIDNO:68的多肽，例如SEQIDNO:69的多肽，例如SEQIDNO:70的多肽，例如SEQIDNO:71的多肽，例如SEQIDNO:72的多肽，例如SEQIDNO:73的多肽，例如SEQIDNO:74的多肽，例如SEQIDNO:75的多肽，例如SEQIDNO:76的多肽，例如SEQIDNO:77的多肽，例如SEQIDNO:78的多肽，例如SEQIDNO:79的多肽，例如SEQIDNO:80的多肽，例如SEQIDNO:81的多肽，例如SEQIDNO:82的多肽，例如SEQIDNO:83的多肽，例如SEQIDNO:84的多肽，例如SEQIDNO:85的多肽，例如SEQIDNO:86的多肽，例如SEQIDNO:87的多肽，例如SEQIDNO:88的多肽，例如SEQIDNO:89的多肽，例如SEQIDNO:90的多肽，例如SEQIDNO:91的多肽，例如SEQIDNO:92的多肽，例如SEQIDNO:93的多肽，例如SEQIDNO:94的多肽，例如SEQIDNO:95的多肽，例如SEQIDNO:96的多肽，例如SEQIDNO:97的多肽，例如SEQIDNO:98的多肽，例如SEQIDNO:99的多肽，例如SEQIDNO:100的多肽，例如SEQIDNO:101的多肽，例如SEQIDNO:102的多肽，例如SEQIDNO:103的多肽，例如SEQIDNO:104的多肽，例如SEQIDNO:105的多肽，例如SEQIDNO:168的多肽。在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體還能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞，即能夠結(jié)合保持了其結(jié)構(gòu)完整性的活的或死的鏈球菌細(xì)胞，優(yōu)選保持了膜完整性的細(xì)胞(即其中膜未被滲透化)?？贵w與完整細(xì)胞的結(jié)合可以例如通過(guò)如在Rioux等人(2001)Infect.I,n.69:5162-5165中描述的或如在Singh等人(2003)Infect.Immun.71:3937-3946中描述的流式細(xì)胞術(shù)來(lái)測(cè)定。優(yōu)選的抗體是以小于5x10、的解離常數(shù)或Kd進(jìn)行結(jié)合的那些，例如小于10—6M，例如小于5x10—7M，例如小于10—7M,例如小于5x10-8M，例如小于10—8M,例如小于5x10-9M，例如小于10—9M，例如小于5x10-、，例如小于10_1。M，例如小于5x10—UM，例如小于10—UM，例如小于5x10—12M，例如小于10,，例如小于5x10-13M，例如小于10—13M，例如小于5x10—"M，例如小于l(T"M，例如小于5x10—15M，或小于10—15M。結(jié)合常數(shù)可以使用本領(lǐng)域眾所周知的方法進(jìn)4亍測(cè)定，例如ELISA(例如，如在0rosz和0vadi(2002)J.Immunol.Methods270:155-162中描述的)或表面等離子體共振分析。抗體可以用于哺乳動(dòng)物，優(yōu)選人類(lèi)，更優(yōu)選免疫妥協(xié)的患者的被動(dòng)免疫接種?？梢赃M(jìn)行使用抗體的治療以治愈或預(yù)防肺炎鏈球菌感染，包括肺炎球菌疾病，例如肺炎或腦膜炎或肺炎球菌性敗血病。優(yōu)選的患者群體包括4歲以下的兒童、老年患者或免疫妥協(xié)的患者。本發(fā)明的抗體包括下列優(yōu)選的機(jī)制群1.作為抗菌劑(影響細(xì)菌的生存力)起作用的抑制功能的抗體。此類(lèi)抗體應(yīng)當(dāng)是有效的，而不管患者的免疫狀態(tài)。優(yōu)選地，此類(lèi)抗體能夠減少體外肺炎鏈球菌生長(zhǎng)至沒(méi)有添加抗體的對(duì)照的低于50%，例如低于25%,例如低于10%，例如低于5%。2.設(shè)計(jì)為增強(qiáng)吞噬性殺死的起調(diào)理作用的抗體。此類(lèi)抗體的功效可能取決于患者的免疫狀態(tài)，但非?？赡艿?，甚至在妥協(xié)的患者中它們也將增強(qiáng)吞噬性殺死。3.與治療部分例如毒素或殺菌劑例如蓖麻毒素或放射性同位素綴合的抗體。用于將治療部分綴合至抗體的技術(shù)是眾所周知的，參見(jiàn)，例如Thorpe等人(1982)Immunol.Rev.62，119-158。這些抗體應(yīng)當(dāng)也是有效的，而不管患者的免疫狀態(tài)。含或不含與其綴合的治療部分的抗體可以用作單獨(dú)地或與化學(xué)治療劑或其他治療試劑聯(lián)合施用的治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體M調(diào)理作用的以及是抑制功能的。在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體M調(diào)理作用的，但不是抑制功能的。后面一組抗體可以是例如針對(duì)對(duì)于肺炎鏈球菌的生存力不是必需的靼多肽的抗體。在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及用于在非人動(dòng)物中產(chǎn)生針對(duì)選自SEQIDNO:1-282的多肽的抗體的方法，其包括下列步驟a.提供-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的序列，最優(yōu)選SEQIDNO:16的序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，b.將包括所述多肽、多核苷酸、載體、重組病毒或重組細(xì)胞的組合物導(dǎo)入所述動(dòng)物中，c.在所述動(dòng)物中產(chǎn)生抗體，d.分離并任選地純化所述抗體。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞的抗體通過(guò)包括執(zhí)行上述步驟和選擇能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞的抗體的進(jìn)一步步驟來(lái)鑒定。上述方法優(yōu)選在能夠產(chǎn)生人抗體的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物中進(jìn)行。在一個(gè)進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，上述方法是非治療性的。單克隆/多克隆抗體合物。在一個(gè)優(yōu)選;施方案中，抗體i單克隆抗體i其片段。單克隆"體(Mab's)是其中每個(gè)抗體分子是類(lèi)似的并因此識(shí)別相同表位的抗體。所述抗體可以是任何種類(lèi)的抗體，然而，它優(yōu)選是IgG或IgA抗體。優(yōu)選的抗體，更優(yōu)選單克隆抗體，是能夠特異性地結(jié)合本發(fā)明多肽的表面暴露區(qū)域的抗體。因此，在能夠結(jié)合SEQIDNO:16的抗體的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述抗體結(jié)合在SEQIDNO:16上的表位，其包括SEQIDNO:289-SEQIDNO:294中任何序列的一個(gè)或多個(gè)氨基酸。更加優(yōu)選地，所述抗體結(jié)合表位，所ii^位包括選自SEQIDNO:289、SEQIDNO:290、SEQIDNO:291、SEQIDNO:292、SEQIDNO:293和SEQIDNO:294的序列的2個(gè)或更多個(gè)，例如3個(gè)或更多個(gè)，例如4個(gè)或更多個(gè)，例如5個(gè)或更多個(gè)氨基酸。單克隆抗體一般通過(guò)雜交瘤細(xì)胞系產(chǎn)生。制備單克隆抗體和合成抗體的雜交瘤細(xì)胞的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的。產(chǎn)生抗體的雜交瘤可以例如通過(guò)將抗體生成性B淋巴細(xì)胞與永生化細(xì)胞系融合來(lái)進(jìn)行制備。單克隆抗體可以通過(guò)下列步驟產(chǎn)生。動(dòng)物用抗原例如全長(zhǎng)多肽或其片段進(jìn)行免疫接種。所述免疫接種通常通過(guò)以免疫有效量，即足以產(chǎn)生免疫應(yīng)答的量，將所述抗原施用給免疫活性的哺乳動(dòng)物來(lái)完成。優(yōu)選地，所述哺乳動(dòng)物是嚙齒類(lèi)動(dòng)物例如兔、大鼠或小鼠。然后，將哺乳動(dòng)物按強(qiáng)化時(shí)間表維持足以使哺乳動(dòng)物產(chǎn)生高親和力抗體分子的時(shí)間段。從分泌所需抗體的每個(gè)經(jīng)免疫接種的哺乳動(dòng)物中取出抗體生成細(xì)胞的懸浮液。在足以產(chǎn)生高親和力抗體的時(shí)間后，處死動(dòng)物(例如小鼠)，并從淋巴結(jié)、脾臟和外周血中的一種或多種之中獲得抗體生成性淋巴細(xì)胞。脾細(xì)胞是優(yōu)選的，并且可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的方法在生理性介質(zhì)中機(jī)械分離成單個(gè)細(xì)胞。抗體生成細(xì)胞通過(guò)與小鼠骨髓瘤系的細(xì)胞融合而變得永生。小鼠淋巴細(xì)胞產(chǎn)生高百分比的與小鼠同源骨髓瘤的穩(wěn)定融合物，不過(guò)，也可以使用大鼠、兔和青蛙體細(xì)胞。所需的產(chǎn)生抗體的動(dòng)物的脾細(xì)胞一般在融合劑例如聚乙二醇存在下通過(guò)與骨髓瘤細(xì)胞融合而變得永生。適合作為融合配偶體的許多骨髓瘤細(xì)胞系中的任何一種可以是例如P3-NSl/l-Ag4-l、P3-x63-Ag8.653或Sp2/0-Ag14骨髓瘤系，它們可從美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC)，Rockville，Md獲得。單克隆抗體還可通過(guò)重組DNA
技術(shù)領(lǐng)域：
中的技術(shù)人員眾所周知的其他方法產(chǎn)生。已開(kāi)發(fā)了稱(chēng)為"組合抗體展示"法的備選方法以鑒定和分離具有特定特異性的抗體片段，并且可以用于生產(chǎn)單克隆抗體。多克隆抗體是識(shí)別特殊給定抗原的抗體分子的混合物，因此多克隆抗體可以識(shí)別例如多肽內(nèi)的不同表位。一般而言，多克隆抗體從哺乳動(dòng)物的血清中純化，所述哺乳動(dòng)物先前已用所述抗原進(jìn)行了免疫接種。多克隆抗體可以例如通過(guò)Antibodies:ALaboratoryManual,ByEdHarlowandDavidLane,Co/di^r6arZa6or"oiy戶(hù)re^，1988中描述的任何方法進(jìn)行制備。多克隆抗體可以來(lái)源于任何合適的哺乳動(dòng)物物種，例如小鼠、大鼠、兔、驢、山羊和綿羊。特異性本發(fā)明的抗體對(duì)于SEQIDNO:1-282中任何多肽可以是單特異性的。在另一個(gè)實(shí)施方案中，抗體是雙特異性或多特異性的，其中具有對(duì)SEQIDNO:1-282中任何多肽特異的至少一個(gè)部分。單特異性抗體可以是單價(jià)的，即只具有一個(gè)結(jié)合結(jié)構(gòu)域。對(duì)于單價(jià)抗體，免疫球蛋白恒定結(jié)構(gòu)域氨基酸序列優(yōu)選包括本領(lǐng)域中稱(chēng)為CHl、CH2、CH3和CH4的抗體分子的結(jié)構(gòu)部分。優(yōu)選的是本領(lǐng)域中稱(chēng)為G的那些。此外，在恒定結(jié)構(gòu)域可以是重鏈或輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域(分別為"或(\)的情況下，本發(fā)明考慮了各種單價(jià)抗體組合物。例如，輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域能夠經(jīng)二硫橋連接至另一個(gè)輕鏈恒定結(jié)構(gòu)域或重鏈恒定結(jié)構(gòu)域。相反地，重鏈恒定結(jié)構(gòu)域可以形成兩個(gè)獨(dú)立的二碌u橋，從而允許與另一個(gè)重鏈以及輕鏈橋接的可能性，或者形成重鏈的聚合物。因此，在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明考慮了包括單價(jià)多肽的組合物，其中恒定鏈結(jié)構(gòu)域C具有能夠形成至少一個(gè)二>5克橋的半胱氨酸殘基，并且其中所述組合物包括通過(guò)所述二硫橋共價(jià)連接的至少兩個(gè)單價(jià)多肽。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，抗體是具有至少兩個(gè)結(jié)合結(jié)構(gòu)域的多價(jià)抗體。結(jié)合結(jié)構(gòu)域可以具有對(duì)于相同配體或不同配體的特異性。多特異性，包括雙特異性在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及多特異性抗體，其對(duì)至少2種不同實(shí)體具有親和力或能夠特異性地結(jié)合至少2種不同實(shí)體。在一個(gè)實(shí)施方案中，多特異性抗體是雙特異性抗體，其攜帶至少2個(gè)不同的結(jié)合結(jié)構(gòu)域，其中至少一個(gè)具有抗體起源。本發(fā)明的雙特異性分子還可以是單鏈雙特異性分子。多特異性分子也可以是單鏈分子或可以包括至少2個(gè)單鏈分子。多特異性抗體，包括雙特異性抗體，可以通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何合適方式來(lái)產(chǎn)生。已開(kāi)發(fā)了許多方法，例如在W094/09131;W094/13804;W094/13806或者美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，260，203;5,455,030;4,881,175;5,132,405;5，091,513;5,476,786;5,013,653;5，258，498;和5，482，858中描述的方法。使用根據(jù)本發(fā)明的雙特異性或多特異性抗體，本發(fā)明提供了與單特異性/單價(jià)抗體相比的幾個(gè)優(yōu)點(diǎn)。雙特異性/多特異性抗體具有第一個(gè)結(jié)合結(jié)構(gòu)域，其能夠特異性地識(shí)別并結(jié)合SEQIDNO:1-282中的任何肺炎鏈球菌多肽，而其他結(jié)合結(jié)構(gòu)域可以用于其他目的。在一個(gè)實(shí)施方案中，至少一個(gè)其他結(jié)合結(jié)構(gòu)域用于結(jié)合肺炎鏈球菌多肽，例如結(jié)合在與第一個(gè)結(jié)合結(jié)構(gòu)域相同的肺炎鏈球菌多肽上的另一個(gè)表位。從而可以增加對(duì)于肺炎鏈球菌的特異性，以及增加抗體的親和力。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)其他結(jié)合結(jié)構(gòu)域可以用于特異性地結(jié)合哺乳動(dòng)物細(xì)胞，例如人細(xì)胞。優(yōu)選地，所述至少其他結(jié)合結(jié)構(gòu)域能夠結(jié)合免疫活性細(xì)胞，例如白細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、嗜堿性粒細(xì)胞和/或嗜酸性粒細(xì)胞，以便增加治療方法中抗體的效果。這可以通過(guò)確定所述至少一種其他結(jié)合結(jié)構(gòu)域能夠特異性地結(jié)合哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)來(lái)實(shí)現(xiàn)，所述哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)例如為人蛋白質(zhì)，例如選自分化群蛋白(clusterdifferentiationproteins,CD)中任何一種的蛋白質(zhì)，特別是CD64和/或CD89。人源化抗體并非總是希望使用非人抗體用于人治療，因?yàn)榉侨说?外源，，表位可能在接受治療的個(gè)體中引發(fā)免疫應(yīng)答。為了消除或最小化與非人抗體相關(guān)的問(wèn)題，希望改造出嵌合抗體衍生物，即"人源化"抗體分子，其將非人Fab可變區(qū)結(jié)合決定簇與人恒定區(qū)(Fc)相組合。此類(lèi)抗體的特征為上文描述的單克隆和多克隆抗體的等價(jià)抗原特異性和親和力，并且當(dāng)施用給人時(shí)具有更少的免疫原性，由此更可能#:接受治療的個(gè)體耐受。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體是人源化抗體。人源化抗體一般是嵌合抗體，其包括來(lái)源于人抗體的區(qū)域和來(lái)源于非人抗體例如嚙齒類(lèi)動(dòng)物抗體的區(qū)域。人源化(也稱(chēng)為重構(gòu)或CDR-移植)是良好建立的技術(shù)，其用于減少來(lái)自異種來(lái)源(通常是嚙齒類(lèi)動(dòng)物)的單克隆抗體(mAbs)的免疫原性，增加與人免疫球蛋白的同源性，并用于改善其對(duì)人免疫系統(tǒng)的激活。因此，人源化抗體通常是人抗體，其中某些CDR殘基以及可能還有某些框架殘基被來(lái)自嚙齒類(lèi)動(dòng)物抗體中類(lèi)似位點(diǎn)的殘基所置換。重要的是人源化抗體保留了對(duì)抗原的高親和力以及其他有利的生物學(xué)特性。為了達(dá)到這個(gè)目標(biāo)，根據(jù)一種優(yōu)選方法，使用親本和人源化序列的三維模型通過(guò)分析親本序列和各種概念上的人源化產(chǎn)物的過(guò)程來(lái)制備人源化抗體。三維免疫球蛋白模型通常是可獲得的，并且對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟悉的。計(jì)算機(jī)程序是可獲得的，其圖解說(shuō)明并展示所選擇的候選免疫球蛋白序列的可能三維構(gòu)象結(jié)構(gòu)。這些展示的檢查使得能夠分析某些殘基在候選免疫球蛋白序列發(fā)揮功能中的可能作用，即分析影響候選免疫球蛋白結(jié)合其抗原的能力的殘基。以這種方式，可以選擇FR殘基并與受者和輸入序列相組合，從而使得最大化所需的抗體特征例如增加的對(duì)于粑抗原的親和力，盡管是CDR殘基直接和最基本地影響抗原結(jié)合。用于人源化MAbs的一種方法涉及產(chǎn)生嵌合抗體，其中將包含一種抗體的完整可變結(jié)構(gòu)域的抗原結(jié)合部位與來(lái)源于第二種抗體優(yōu)選人抗體的恒定結(jié)構(gòu)域融合。用于執(zhí)行此類(lèi)嵌合化操作的方法例如在EP-A-0120694(CelltechUmited)、EP-A-O125023(Ge識(shí)techInc.)、EP-A-O171496(Res.Dev.Corp.Japan)、EP+0173494(StanfordUniversity)和EP-A-O194276(CelltechLimited)中描述。本發(fā)明的人源化抗體可以通過(guò)能夠用來(lái)源于非人抗體的CDR替代人抗體CDR的至少一部分的任何方法來(lái)進(jìn)行制備。Winter描述了可以用于制備本發(fā)明的人源化抗體的方法(英國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)GB2188638A)，其內(nèi)容引入作為參考。例如，本發(fā)明的人源化抗體可以通過(guò)下列過(guò)程來(lái)產(chǎn)生(a)通過(guò)常規(guī)技術(shù)構(gòu)建表達(dá)載體，其包含具有編碼抗體重鏈的DNA序列的操縱子，其中CDRs和對(duì)于保留抗體結(jié)合特異性必需的可變結(jié)構(gòu)域框架區(qū)的此類(lèi)最小部分來(lái)源于非人免疫球蛋白，并且抗體鏈的剩余部分來(lái)源于人免疫球蛋白；(b)通過(guò)常規(guī)技術(shù)構(gòu)建表達(dá)栽體，其包含具有編碼互補(bǔ)抗體輕鏈的DNA序列的操縱子，其中CDRs和對(duì)于保留供體抗體結(jié)合特異性必需的可變結(jié)構(gòu)域框架區(qū)的此類(lèi)最小部分來(lái)源于非人免疫球蛋白，并且抗體鏈的剩余部分來(lái)源于人免疫球蛋白；(c)通過(guò)常規(guī)技術(shù)將表達(dá)載體轉(zhuǎn)染到宿主細(xì)胞中；和(d)通過(guò)常規(guī)技術(shù)培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞以產(chǎn)生人源化抗體。宿主細(xì)胞可以用兩種本發(fā)明的栽體共轉(zhuǎn)染，第一種載體包含編碼輕鏈來(lái)源的多肽的操縱子，和第二種載體包含編碼重鏈來(lái)源的多肽的操縱子。這兩種載體包含不同的選擇標(biāo)記，但在其他方面，除抗體重鏈和輕鏈編碼序列之外，它們優(yōu)選是等同的以盡可能確保重鏈和輕鏈多肽的相等表達(dá)。備選地，可以使用單個(gè)栽體，該栽體包括編碼輕鏈和重鏈多肽的序列。輕鏈和重鏈的編碼序列可以包括cDNA或基因組DNA或兩者。用于表達(dá)本發(fā)明的經(jīng)改變的抗體的宿主細(xì)胞可以是細(xì)菌細(xì)胞例如大腸桿菌或真核細(xì)胞。特別地，可以使用為了這個(gè)目的而良好限定類(lèi)型的哺乳動(dòng)物細(xì)胞，例如骨髓瘤細(xì)胞或中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢細(xì)胞。通過(guò)其可以構(gòu)建本發(fā)明載體的一般方法，產(chǎn)生本發(fā)明的宿主細(xì)胞所需的轉(zhuǎn)染方法，以及從此類(lèi)宿主細(xì)胞產(chǎn)生本發(fā)明的抗體所需的培養(yǎng)方法都是常規(guī)技術(shù)。同樣地，一旦產(chǎn)生了，本發(fā)明的人源化抗體就可以根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)操作程序進(jìn)行純化。人抗體在一個(gè)更優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及抗體，其中結(jié)合結(jié)構(gòu)域由人抗體攜帶，即其中抗體具有比人源化抗體更大程度的人肽序列。針對(duì)人蛋白質(zhì)的人mAb抗體可以使用攜帶人免疫系統(tǒng)而不是小鼠系統(tǒng)的轉(zhuǎn)基因小鼠來(lái)產(chǎn)生。將來(lái)自用目的抗原免疫接種的這些轉(zhuǎn)基因小鼠的脾細(xì)胞用于產(chǎn)生雜交瘤，其分泌對(duì)來(lái)自人蛋白質(zhì)的表位具有特異性親和力的人mAbs(參見(jiàn)，例如Wood等人，國(guó)際申請(qǐng)W091/00906;Kucherlapati等人，PCT出版物W091/10741;Lonberg等人,國(guó)際申請(qǐng)W092/03918;Kay等人,國(guó)際申請(qǐng)92/03917;Lonberg，N.等人，1994Nature368:856-859;Green,L.L.等人，1994NatureGenet.7:13-21;Morrison,S.L.等人，1994Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851-6855;Bruggeman等人，1993YearImmunol7:33-40;Tuaillon等人，1993PNAS90:3720-3724;Bruggeman等人，1991EurJImmunol21:1323-1326)。jt匕類(lèi)轉(zhuǎn)基因小鼠可從Abgenix，Inc.，F(xiàn)remont,Calif.和Medarex,Inc.，Annandale,N.J.獲得。已描述了，在嵌合的和種系突變的小鼠中抗體重鏈連接區(qū)(IH)基因的純合性缺失導(dǎo)致內(nèi)源抗體產(chǎn)生的完全抑制。在此類(lèi)種系突變小鼠中轉(zhuǎn)移入人種系免疫球蛋白基因排列將導(dǎo)致在抗原攻擊后產(chǎn)生人抗體。參見(jiàn)，例如Jakobovits等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:2551(1993);Jakobovits等人，Nature362:255-258(1993);Bruggemann等人，YearinImmunol.7:33(1993);和Duchosal等人，Nature355:258(1992)。人抗體還可來(lái)源于噬菌體展示文庫(kù)(Hoogenboom等人，J.Mol.Biol.227:381(1992);Marks等人，J.Mol.Biol.222:581-597(1991);Vaughan等人,NatureBiotech14:309(1996))。用于分離高親和力抗體的優(yōu)選方法是消減式操作，其中可以以其天然構(gòu)型從噬菌體抗體文庫(kù)中快速獲得針對(duì)靶特別是針對(duì)抗原0"(SEQIDNO:16)和607(SEQIDNO:20)的人抗體或抗體片段(參見(jiàn)，例如DeKruif等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA92:3938-3942(1995);美國(guó)專(zhuān)利6265150;以及美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)2002132228和2005043521)。噬菌體抗體文庫(kù)可以例如使用來(lái)自具有目的疾病的患者(此處是感染肺炎鏈球菌的患者)的抗體生成細(xì)胞進(jìn)行構(gòu)建。編碼由這些細(xì)胞產(chǎn)生的抗體的基因可以通過(guò)使用重排所克隆的基因的CDR3區(qū)的簡(jiǎn)并寡核苷酸而克隆到半合成的噬菌體抗體文庫(kù)中。然后，將文庫(kù)與靶抗原或表達(dá)靶的細(xì)胞(此處是肺炎鏈球菌)一起孵育，并且通過(guò)使用標(biāo)準(zhǔn)方法分離與靶結(jié)合的噬菌體抗體。本發(fā)明還旨在通過(guò)上述操作鑒定的抗體，特別是能夠結(jié)合選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽的抗體，優(yōu)選解離常數(shù)或Kd小于l(TM的抗體，例如小于10—8M，例如小于10—9M，例如小于10—、，例如小于10_11M，和/或結(jié)合這些靶中任何一種的表面暴露表位的抗體。用于產(chǎn)生人單克隆抗體的合適方法還在wo03/017935、W002/100348、US2003091561和US2003194403中描述?？贵w的結(jié)合片段在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，抗體是抗體片段，優(yōu)選抗原結(jié)合片段或可變區(qū)。對(duì)本發(fā)明有用的抗體片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段?？贵w的木瓜蛋白酶消化產(chǎn)生兩個(gè)相同的稱(chēng)為Fab片段的抗原結(jié)合片段，各自具有單個(gè)抗原結(jié)合部位；以及殘留的"Fc"片段，因?yàn)槠淙菀捉Y(jié)晶的能力而這樣稱(chēng)呼。胃蛋白酶處理產(chǎn)生F(ab。2片段，其具有兩個(gè)能夠交聯(lián)抗原的抗原結(jié)合片段；以及殘留的其他片段(其稱(chēng)為pFc')。另外的片段可以包括雙抗體、線性抗體、單鏈抗體分子和由抗體片段形成的多特異性抗體?？贵w片段Fab、Fv和scFv與完整抗體的不同之處在于抗體片段只攜帶單個(gè)抗原結(jié)合部位。具有兩個(gè)結(jié)合部位的重組片段已以幾種方式制備，例如，通過(guò)在Fv的VH的C-末端(Cumber等人，1992)或在scFv的VL的C-末端(Pack和Pluckthun，1992)處引入的半胱氨酸殘基的化學(xué)交聯(lián)，或者通過(guò)Fab's的鉸鏈半胱氨酸殘基(Carter等人，1992)。優(yōu)選的抗體片段保留某些或基本上所有的抗體與其抗原選擇性地結(jié)合的能力。某些優(yōu)選片段定義如下(1)Fab是包含抗體分子的單價(jià)抗原結(jié)合片段的片段。Fab片段可以通過(guò)如此產(chǎn)生，即用木瓜蛋白酶消化整個(gè)抗體，從而得到完整的輕鏈和一條重鏈的一部分。(2)Fab'是抗體分子的片段，并且可以通過(guò)如此獲得，即用胃蛋白酶處理整個(gè)抗體，隨后還原，從而得到完整的輕鏈和重鏈的一部分。每個(gè)抗體分子獲得兩個(gè)Fab'片段。Fab'片段與Fab片段的不同之處在于重鏈CH1結(jié)構(gòu)域的羧基末端處添加的少數(shù)殘基，包括來(lái)自抗體鉸鏈區(qū)的一個(gè)或多個(gè)半胱氨酸。(3)(Fab')2是可以通過(guò)用胃蛋白酶處理整個(gè)抗體而沒(méi)有后續(xù)還原而獲得的抗體片段。F(ab')2是通過(guò)兩個(gè)二硫鍵結(jié)合在一起的兩個(gè)Fat/片段的二聚體。(4)Fv是最小的抗體片段，其包含完整的抗原識(shí)別和結(jié)合部位。這個(gè)區(qū)域由以緊密且非共價(jià)締合形式的一個(gè)重鏈和一個(gè)輕鏈可變結(jié)構(gòu)域的二聚體組成(VH-W二聚體)。在這個(gè)構(gòu)型中，每個(gè)可變結(jié)構(gòu)域的3個(gè)CDRs相互作用以限定在VH-^二聚體表面上的抗原結(jié)合部位。共同地，6個(gè)CDRs賦予抗體以抗原結(jié)合特異性。然而，甚至單個(gè)可變結(jié)構(gòu)域(或只包括對(duì)抗原特異的3個(gè)CDRs的一半Fv)也具有識(shí)別和結(jié)合抗原的能力，盡管親和力比整個(gè)結(jié)合部位低。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體是單鏈抗體，其被定義為包含輕鏈可變區(qū)、重鏈可變區(qū)的經(jīng)基因改造的分子，所述輕鏈可變區(qū)和重鏈可變區(qū)通過(guò)合適的多肽連接體連接為基因融合的單鏈分子。此類(lèi)單鏈抗體還稱(chēng)為"單鏈Fv"或"sFv"抗體片段。一般地，F(xiàn)v多肽進(jìn)一步包含在Vh和Vt結(jié)構(gòu)域之間的多肽連接體，其使得sFv能夠形成用于抗原結(jié)合的所需結(jié)構(gòu)。來(lái)產(chǎn)生。已開(kāi)發(fā)了幾種微生物表達(dá)系統(tǒng)用于生產(chǎn)活性抗體片段，例如已描述了在多種宿主例如大腸桿菌或酵母中生產(chǎn)Fab。片段可以以Fab's或Fv's的形式產(chǎn)生，但另外已顯示，Vh和W可以通過(guò)柔性多肽連接體以任何次序進(jìn)行基因連接，該組合稱(chēng)為scFv。用于本發(fā)明的組合物在用作藥物的組合物的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述組合物除活性組分以外還包括藥學(xué)上可接受的載體。如本文所使用的，與組合物或載體結(jié)合使用的術(shù)語(yǔ)"藥學(xué)上可接受的，，表示，所述材料能夠施用至或施用給人或動(dòng)物而不產(chǎn)生不希望的生理效應(yīng)，例如惡心、頭暈、胃不適等。包含溶解或分散在其中的活性成分的組合物的制備是本領(lǐng)域中非常了解的。此類(lèi)組合物通常制備為無(wú)菌注射劑，作為液體溶液或懸浮液，其是水性的或非水性的，然而，也可制備適合于在使用前溶解或懸浮在液體中的固體形式。制劑也可以是乳化的?；钚猿煞挚梢耘c載體混合，所述載體是藥學(xué)上可接受的并且與活性成分相容，并且以適合于在本文描述的方法中使用的量。合適的載體是，例如水、鹽水、葡萄糖、甘油、乙醇等及其組合。此外，需要時(shí)，組合物可以包含少量輔助物質(zhì)，例如增強(qiáng)活性成分的功效的濕潤(rùn)劑或乳化劑、pH緩沖劑等。本發(fā)明的組合物在其中可以包括活性組分的藥學(xué)上可接受的鹽。藥學(xué)上可接受的鹽包括與無(wú)機(jī)酸例如鹽酸或磷酸，或有機(jī)酸例如乙酸、酒石酸、扁桃酸等形成的酸加成鹽(由多肽的游離氨基形成)。由游離羧基形成的鹽還可來(lái)源于無(wú)機(jī)堿例如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣或氫氧化鐵，和有機(jī)堿例如異丙胺、三甲胺、2-乙氨基乙醇、組氨酸、普魯卡因等。藥學(xué)上可接受的載體是本領(lǐng)域眾所周知的。液體栽體的例子是無(wú)菌水溶液，其除活性成分和水以外不包含其他材料，或者包含緩沖液例如生理pH值的磷酸鈉、生理鹽水或兩者，例如磷酸鹽緩沖鹽水。再進(jìn)一步地，水性載體可以包含超過(guò)一種緩沖鹽，以及諸如氯化鈉和氯化鉀的鹽、葡萄糖、丙二醇、聚乙二醇和其他溶質(zhì)。液體組合物還可除了水以外還包含其他液相，或包含不包括水的液相。示例性的此類(lèi)另外的液相是甘油、植物油例如棉籽油、有機(jī)酯例如油酸乙酯和水-油乳狀液。組合物還可以是部件套盒(kit-in-part)，其進(jìn)一步包括抗生物劑，例如選自萬(wàn)古審素、P-內(nèi)酰胺類(lèi)、頭孢菌素類(lèi)、青霉素類(lèi)、M糖苷類(lèi)、大環(huán)內(nèi)酯類(lèi)抗生素(紅霉素、克拉霉素或阿奇霉素)和氟喹諾酮類(lèi)抗生素(環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、加替沙星或莫西沙星)的抗生素，和/或包括免疫刺激劑，例如細(xì)胞因子、千擾素、生長(zhǎng)因子例如GCSF或GM-CSF。部件套盒還可用于同時(shí)、順次或分開(kāi)的施用。本發(fā)明還涉及用于實(shí)踐本文描述的方法的藥物組合物。因此，本發(fā)明涉及包括藥學(xué)上可接受的栽體和下列物質(zhì)的藥物組合物-分離的多肽，其包含SEQIDNO:1-282中的任何序列，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20和SEQIDNO:28的序列，最優(yōu)選SEQIDNO:16,或者包含所述序列中的任何序列的片段或變體，一分離的多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)栽體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。此外，本發(fā)明涉及包括如本文定義的本發(fā)明抗體和藥學(xué)上可接受的栽體的藥物組合物，所迷抗體優(yōu)選能夠結(jié)合選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO.13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽。本發(fā)明的多肽本發(fā)明的片段在一個(gè)進(jìn)一步的方面，本發(fā)明涉及多肽的片段，優(yōu)選抗原性片段，所述多肽在SEQIDNO:1-282的任何一個(gè)中列出，優(yōu)選SEQIDNO:16?？乖钥梢酝ㄟ^(guò)本領(lǐng)域已知的各種方法進(jìn)行預(yù)測(cè)。此類(lèi)片段的長(zhǎng)度可以從多肽的2個(gè)連續(xù)氨基酸殘基變化到全長(zhǎng)多肽減去一個(gè)氨基酸殘基。優(yōu)選地，片段長(zhǎng)度少于100個(gè)連續(xù)氨基酸，例如少于70個(gè)或50個(gè)連續(xù)氨基酸，例如少于40個(gè)連續(xù)氛基酸，例如少于30個(gè)連續(xù)氬基酸，例如少于25個(gè)連續(xù)氨基酸，例如少于20個(gè)連續(xù)氨基酸。因此，例如片段長(zhǎng)度可以是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個(gè)連續(xù)氨基酸。在一個(gè)進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，片段包含相應(yīng)的全長(zhǎng)序列的6個(gè)或更多個(gè)，例如7個(gè)或更多個(gè)，例如8個(gè)或更多個(gè)，例如9個(gè)或更多個(gè)，例如IO個(gè)或更多個(gè)連續(xù)氨基酸。優(yōu)選的范圍包括長(zhǎng)度為5-50個(gè)連續(xù)氨基酸的片段，例如長(zhǎng)度為5-25個(gè)連續(xù)M酸的片段，例如長(zhǎng)度為5-20個(gè)連續(xù)M酸的片段。以另一種方式表述，片段由與全長(zhǎng)多肽相比其長(zhǎng)度少于100%的部分氨基酸序列組成。優(yōu)選地，片段長(zhǎng)度少于99%,例如少于75%,例如少于50%，例如少于25%,例如少于20%,例如少于15%，例如少于10%的全長(zhǎng)多肽長(zhǎng)度。在一個(gè)進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，片段由部分氨基酸序列組成，所述部分M酸序列與全長(zhǎng)多肽相比長(zhǎng)度少于100%但超過(guò)1%，例如少于100%但超過(guò)5%，例如少于100%但超過(guò)10%，例如少于100%但超過(guò)20%,例如少于100%但超過(guò)25%，例如少于100%但超過(guò)50%的全長(zhǎng)多肽長(zhǎng)度。優(yōu)選地，當(dāng)在肺炎鏈球菌細(xì)胞或其他細(xì)胞中重組表達(dá)時(shí)，本發(fā)明的片段在完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞或其他細(xì)胞中是表面暴露的。表面暴露可以例如使用對(duì)所述片段特異的單克隆抗體來(lái)測(cè)定，例如如Singh等人(2003)Infect.Immun.71:3973-3946中描述的。還優(yōu)選的是能夠誘導(dǎo)抗體的片段，所述抗體可以特異性地結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞。這可以通過(guò)使用所述片段產(chǎn)生單克隆抗體和隨后表征單個(gè)種抗體與完整細(xì)胞的結(jié)合來(lái)測(cè)定，例如如Singh等人(2003)Infect.Immun.71:3973-3946中描述的。SEQIDNO:16的優(yōu)選的片段包括包含SEQIDNO:289-SEQIDNO:294中的一種或多種序列或由其組成的片段，更優(yōu)選的片段包括包含SEQIDNO:289和/或SEQIDNO:290或由其組成的片段、包含SEQIDNO:291和/或SEQIDNO:292或由其組成的片段、和包含SEQIDNO:293和/或SEQIDNO:294或由其組成的片段。本發(fā)明的SEQIDNO:1-282的全長(zhǎng)多肽以及片段可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的常規(guī)技術(shù)重組產(chǎn)生。合適的宿主細(xì)胞可以是哺乳動(dòng)物細(xì)胞，例如CHO、COS或HEK293細(xì)胞。備選地，可以^吏用昆蟲(chóng)細(xì)胞、細(xì)菌細(xì)胞或真菌細(xì)胞。用于在上文列出的細(xì)胞類(lèi)型中異源表達(dá)多核苷酸序列和隨后純化產(chǎn)生的多肽的方法，例如使用可以在純化后去除的標(biāo)簽序列例如組氨酸標(biāo)簽，是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的。備選地，本發(fā)明的片段可以合成產(chǎn)生。本發(fā)明的變體在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及SEQIDNO:1-282中列出的任何多肽優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽的變體，或者SEQIDNO:1-282中列出的任何多肽優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽的片段的變體，在用作藥物的組合物中的用途。在本文中使用時(shí)，短語(yǔ)例如"與SEQIDNO:X具有至少95%序列同一性的多肽"與短語(yǔ)例如"SEQIDNO:X的多肽及其變體，其中所述變體與所述序列具有至少95%的序列同一性"可互換使用，并期望指向相同主題。變體優(yōu)選與給定的多肽或片段具有至少75%的序列同一性，例如至少80%的序列同一性，例如至少85%的序列同一性，例如至少90%的序列同一性，例如至少91%的序列同一性，例如至少92%的序列同一性，例如至少93%的序列同一性，例如至少94%的序列同一性，例如至少95%的序列同一性，例如至少96%的序列同一性，例如至少97%的序列同一性，例如至少98%的序列同一性，例如至少99%的序列同一性。使用WisconsinGeneticsSoftwarePackageRelease7.0中的GAP、BESTFIT或FASTA這些算法中的任何一種，使用缺省缺口權(quán)重，來(lái)測(cè)定序列同一性。段之間的所有氨基酸置換是保守置換的變體。保守氨基酸置換指具有類(lèi)似側(cè)鏈的殘基的可互換性。例如，具有脂肪族側(cè)鏈的一組氨基酸是甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸和異亮氨酸；具有脂肪族-羥基側(cè)鏈的一組氨基酸是絲氨酸和蘇氨酸；具有包含酰胺的側(cè)鏈的一組氨基酸是天冬酰胺和谷氨酰胺；具有芳香族側(cè)鏈的一組氨基酸是苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸；具有堿性側(cè)鏈的一組氨基酸是賴(lài)氨酸、精氨酸和組氨酸；和具有含硫側(cè)鏈的一組氨基酸是半胱氨酸和曱疏氨酸。優(yōu)選的保守氨基酸置換組是纈氨酸-亮氨酸-異亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、賴(lài)氨酸-精氨酸、丙氨酸-纈氨酸、和天冬酰胺-谷氨酰胺。多肽或其片段的變體還包括其中已刪除或插入一個(gè)或多個(gè)氨基酸的多肽或片段形式。優(yōu)選地，已插入或刪除少于5個(gè)，例如少于4個(gè)，例如少于3個(gè)，例如少于2個(gè)，例如只l個(gè)氨基酸。多肽或其片段的"變體"還包括這些多肽或片段通過(guò)氨基酸序列的翻譯后修飾過(guò)程而被修飾的形式。本發(fā)明的重組細(xì)胞在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及用包含編碼多肽的序列的多核苷酸轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的重組細(xì)胞的用途，所述多肽包含選自SEQIDNO:1-282的序列，優(yōu)選SEQIDNO:16,或者包含所述序列的抗原性片段或變體。優(yōu)選地，所述重組細(xì)胞是大腸桿菌或沙門(mén)氏菌細(xì)胞，更優(yōu)選是毒力減弱或減少的埃希氏菌或沙門(mén)氏菌細(xì)胞。在本文中使用的合適的細(xì)菌菌抹已在下列文獻(xiàn)中進(jìn)行了描述例力口Makino等人(2001)Microb.Pathog.31:1-8;Gentschev等人(2002)Int.J.Med.Microbiol.291:577-582;Turner等人(2001)Infect.Immun.69:4969-4979;WO99/49026;和WO03/0223O7以及其中的參考文獻(xiàn)。合適的沙門(mén)氏菌菌林的例子是CvD908-T7pol(Santiago-Machuca等人(2002)Plasmid47:108-119)、ATCC39183、ATCC53647和ATCC53648。合適的大腸桿菌菌林的例子是YT106和E1392/75-2A。本發(fā)明的方法和用途中治療或預(yù)防肺炎鏈球菌感染和/或由此類(lèi)感染引起的疾病。本文的治療和預(yù)防包括對(duì)抗肺炎鏈球菌的所有類(lèi)型的治療性處理和預(yù)防性處理以及其他處理，包括但不限于疫苗接種、預(yù)防、主動(dòng)免疫接種、被動(dòng)免疫接種、抗體施用、治愈性處理、改善性處理。特別地，使用本發(fā)明抗體的被動(dòng)免疫接種是用于免疫妥協(xié)個(gè)體的合適處理。本發(fā)明的診斷方法在細(xì)胞中表面暴露和以相對(duì)較高的拷貝數(shù)存在這一組合還使得由本發(fā)明人鑒定的多肽高度適合作為用于檢測(cè)肺炎鏈球菌的靶，從而允許以高的靈敏度來(lái)檢測(cè)這種生物。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)樣品中的肺炎鏈球菌或其部分的方法，所述方法包括下列步驟a.使所述樣品與指示劑部分接觸，所述指示劑部分能夠特異性地結(jié)合選自SEQIDNO:1-282,優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，和b.測(cè)定是否已由所述指示劑部分產(chǎn)生了信號(hào)，從而檢測(cè)所述樣品是否包含肺炎鏈球菌或其部分。優(yōu)選地，所述指示劑部分能夠結(jié)合，優(yōu)選特異性地結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞。在上述診斷方法的優(yōu)選實(shí)施方案中，在接觸步驟和檢測(cè)步驟之間進(jìn)行洗涂步驟，以便改進(jìn)檢測(cè)的特異性。樣品可以例如是糞便，尿，組織，組織提取物，液體樣品或體液樣品例如血液、血漿、血清、痰，或取自鼻或肺的樣品。樣品的另一例子是食物樣品，例如肉樣品。在另一方面，本發(fā)明涉及用于檢測(cè)樣品中的肺炎鏈球菌或其部分的方法，包括通過(guò)質(zhì)鐠法分析樣品以評(píng)估SEQIDNO:1-282中的一種或多種多肽，特別是SEQIDNO:16和/或SEQIDNO:20的多肽的存在和/或量的步驟。在一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)樣品例如血液樣品進(jìn)行預(yù)處理以富集待檢測(cè)的多肽。此類(lèi)預(yù)處理可以包括樣品中存在的蛋白質(zhì)的大小分級(jí)。上述方法可以例如用于診斷個(gè)體中的肺炎鏈球菌感染。在上述方法的優(yōu)選實(shí)施方案中，所述指示劑部分不穿過(guò)肺炎鏈球菌細(xì)胞的膜。所述指示劑部分的優(yōu)選類(lèi)型由抗體組成或包括抗體，例如如本文定義的本發(fā)明的抗體。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，存在眾多眾所周知的臨床診斷化學(xué)操作程序，其中指示劑部分可以用于形成結(jié)合性反應(yīng)產(chǎn)物，其量涉及樣品中的配體(本文中為肺炎鏈球菌或其部分)的量。因此，盡管本文中描述了示例性測(cè)定方法，但本發(fā)明并不局限于此。本發(fā)明還涉及用于測(cè)定生物樣品中肺炎鏈球菌的存在和優(yōu)選地還有量的診斷系統(tǒng)，其優(yōu)選為試劑盒形式。用于制備診斷試劑盒的方法已在例如US5，470，958以及其中的參考文獻(xiàn)中描述。診斷系統(tǒng)以足以執(zhí)行至少一次測(cè)定的量包括根據(jù)本發(fā)明的指示劑部分，其優(yōu)選作為分開(kāi)包裝的試劑，和更優(yōu)選地還包括使用說(shuō)明書(shū)。包裝指使用能夠?qū)⒈景l(fā)明的指示劑部分控制在固定界限內(nèi)的固體基質(zhì)或材料例如玻璃、塑料(例如聚乙蹄、聚丙烯或聚碳酸酯)、紙、箔等。因此，例如，包裝可以是玻璃小瓶，其用于包含毫克量的所考慮的經(jīng)標(biāo)記的指示劑部分的制劑，或者它可以是微量滴定板的孔，其中微克量的所考慮的指示劑部分已可操作地附著，即連接，以便能夠結(jié)合配體。"使用說(shuō)明書(shū)"通常包括有形表述，其描述了試劑濃度或至少一種測(cè)定方法參數(shù)例如待混合的試劑和樣品的相對(duì)量，關(guān)于試劑/樣品混合物的維持時(shí)間段，溫度，緩沖條件等。在大多數(shù)實(shí)施方案中，本發(fā)明的診斷方法和系統(tǒng)包括能夠用信號(hào)表示結(jié)合性反應(yīng)復(fù)合物形成的標(biāo)記或指示手段作為所述指示劑部分的一部分，所述結(jié)合性反應(yīng)復(fù)合物包括與預(yù)先選擇的配體(即包含SEQIDNO:1-282中任何序列的多肽和/或其片段)復(fù)合的指示劑部分。此類(lèi)標(biāo)i己自身是臨床診斷化學(xué)中眾所周知的。標(biāo)記手段可以是熒光標(biāo)記試劑，其化學(xué)結(jié)合抗體或抗原而在不j吏它們變性的情況下形成熒光色素(染料)，這是有用的免疫熒光示蹤物。合適的熒光標(biāo)記試劑是熒光色素，例如異氰酸熒光素(FIC)、異硫氰酸熒光素(FITC)、5-二甲胺-1-萘磺酰氯(DANSC)、異硫氰酸四甲基羅丹明(TRITC)、麗絲胺、羅丹明8200磺酰氯UB200SC)。合適的熒光材料的其他例子包括傘形酮、二氯三溱基胺熒光素、丹磺酰氯或藻紅蛋白等。免疫熒光分析技術(shù)的描述在DeLuca，"ImmunofluorescenceAnalysis"，AntibodyAsaTool,Marchalonis等人,eds.，JohnWiley&Sons,Ltd.,第189-231頁(yè)(1982)中可以找到。i文射性元素可以用作標(biāo)記試劑。示例性的放射性標(biāo)記試劑是產(chǎn)生Y射線發(fā)射的放射性元素。自身發(fā)出Y射線的元素，例如124I、mI、mI、132I和"Cr代表了一類(lèi)產(chǎn)生Y射線發(fā)射的放射性元素指示基團(tuán)。特別優(yōu)選的是125I。另一組有用的標(biāo)記手段是其自身發(fā)射陽(yáng)電子的那些元素例如UC、18F、150和,，或P發(fā)射體例如m銦或3H。其他合適的放射性材料包括"I和35S。在其他實(shí)施方案中，使用抗體的檢測(cè)可以通過(guò)將抗體與另一個(gè)可檢測(cè)的物質(zhì)相偶聯(lián)來(lái)促進(jìn)，所述可檢測(cè)物質(zhì)例如為酶、輔基、發(fā)光材料或生物發(fā)光材料。合適的酶的例子包括辣根過(guò)氧化物酶、堿性磷酸酶、P-半乳糖苷酶或乙酰膽堿酯酶；合適的輔基復(fù)合物的例子包括鏈霉抗生物素蛋白/生物素和抗生物素蛋白/生物素；發(fā)光材料的例子包括魯米諾；生物發(fā)光材料的例子包括螢光素酶、熒光素和水母發(fā)光蛋白。在優(yōu)選實(shí)施方案中，所述指示基團(tuán)是酶，例如辣根過(guò)氧化物酶(服P)或葡萄糖氧化酶。在主要指示基團(tuán)是酶例如HRP或葡萄糖氧化酶的此類(lèi)情況下，需要另外的試劑以顯現(xiàn)指示劑部分/配體復(fù)合物(免疫反應(yīng)物)已形成這一事實(shí)。對(duì)于HRP的此類(lèi)另外的試劑包括過(guò)氧化氫和氧化染料前體例如二氨基聯(lián)苯胺?？膳c葡萄糖氧化酶一起使用的另外的試劑是2,2'-二_(3-乙基-苯并噻唑啉-G-磺酸)。標(biāo)記物的連接，即對(duì)多肽例如抗體進(jìn)行標(biāo)記，是本領(lǐng)域眾所周知的。例如，蛋白質(zhì)可以通過(guò)代謝摻入包含放射性同位素的M酸來(lái)進(jìn)行標(biāo)記，所述M酸作為培養(yǎng)基中的組分提供。參見(jiàn)，例如Galfre等人，Meth.Enzymol.，73:3-46(1981)。通過(guò)活化的官能團(tuán)的蛋白質(zhì)綴合或偶聯(lián)才支術(shù)是特另'J適用的。參見(jiàn)，例:i(口Aurameas，等人，Scand.J.Immunol.,第8巻，Suppl.7:7-23(1978);Rodwel1等人(1984)Biotech.3:889-894;和美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4，493，795?？梢越⑨娪蒙鲜鲋甘緞┎糠值母鞣N診斷測(cè)定法以測(cè)試樣品的肺炎鏈球菌。示例性的測(cè)定法在Antibodies:ALaboratoryManual,Harlow和Lane(eds.),ColdSpringHarborLaboratoryPress,1988中詳細(xì)描述。此類(lèi)測(cè)定法的代表性例子包括對(duì)流免疫電泳(CIEP)、放射性免疫測(cè)定法、放射免疫沉淀、酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定法(EILSA)、蛋白質(zhì)印跡測(cè)定法、斑點(diǎn)印跡測(cè)定法、抑制或竟?fàn)帨y(cè)定法、和夾心測(cè)定法、免疫試紙條(immunostick)(浸漬片)測(cè)定法、同時(shí)免疫測(cè)定法、免疫色鐠測(cè)定法、免疫過(guò)濾測(cè)定法、膠乳珠凝集測(cè)定法、免疫熒光測(cè)定法、生物傳感器測(cè)定法、和j氐光檢測(cè)測(cè)定法(low-lightdetectionassay)(還參見(jiàn)例如u.s.4，376，110和4，486，530)。合適的測(cè)定法的例子是這樣的測(cè)定法，其中樣品例如血清樣品通過(guò)電泳而分離，隨后目的多肽例如SEQIDNO:16通過(guò)蛋白質(zhì)印跡法進(jìn)行檢測(cè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的診斷試劑盒可以以"ELISA"形式使用，以檢測(cè)流M品中預(yù)先選擇的配體的量。"ELISA"指酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定法，其采用與固相結(jié)合的抗體或抗原以及酶-抗原或酶-抗體綴合物以檢測(cè)和定量樣品中存在的抗原量，并且可容易地應(yīng)用于本方法。因此，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的指示劑部分可以附著至固體基質(zhì)以形成固體支持物，其包括在受試者診斷系統(tǒng)中的包裝物。通常通過(guò)從水性介質(zhì)中吸附來(lái)將試劑附著至固體基質(zhì)，盡管可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的可應(yīng)用于多肽例如抗體的其他附著方式。有用的固體基質(zhì)也是本領(lǐng)域眾所周知的。此類(lèi)材料是水不溶性的，并且包括以商標(biāo)SEPHADEX可從PharmaciaFineChemicals(Piscataway，N.J.)獲得的交聯(lián)葡聚糖；瓊脂糖；可從AbbottLaboratoriesofNorthChicago,III.獲得的直徑為約1微米-約5毫米的聚苯乙烯珠；聚氯乙烯，聚苯乙烯，交聯(lián)的聚丙烯酰胺，基于硝化纖維或尼龍的網(wǎng)，例如片、條或攪棒；或管、板或微量滴定板的孔，例如由聚苯乙烯或聚氯乙烯制備的那些。一種進(jìn)一步的診斷方法可以釆用本發(fā)明一個(gè)實(shí)施方案的抗體組合物對(duì)于交聯(lián)配體的多價(jià)性，從而形成多個(gè)配體和多肽的聚集，產(chǎn)生可沉淀的聚集物。這個(gè)實(shí)施方案與眾所周知的免疫沉淀方法相當(dāng)。這個(gè)實(shí)施方案包括將樣品與包括本發(fā)明抗體的組合物混合以在結(jié)合條件下形成結(jié)合混合物的步驟，隨后為分離所形成的結(jié)合復(fù)合物的分離步驟。通常，分離通過(guò)如此進(jìn)行，即離心或過(guò)濾以從混合物中移出聚集物。結(jié)合復(fù)合物的存在表明待檢測(cè)的預(yù)先選擇的配體的存在。本發(fā)明多肽的結(jié)合配偶體和抑制劑本發(fā)明所涉及的多肽的表面定位使得它們高度適合作為結(jié)合配偶體例如抑制劑的靶。致病微生物的表面定位多肽通常與宿主生物相互作用。因此，表面定位多肽的任何類(lèi)型的結(jié)合配偶體可以干擾與宿主-病原體相互作用。因此，結(jié)合配偶體常常拮抗微生物的致病性(毒力)。結(jié)合配偶體還可以是其所結(jié)合的多肽的抑制劑。因此，在一個(gè)進(jìn)一步的主要方面，本發(fā)明涉及用于鑒定SEQIDNO:1-282中列出的表面定位多肽的結(jié)合配偶體的方法。此類(lèi)方法可以是生物化學(xué)的或基于細(xì)胞的。生物化學(xué)方法在一個(gè)主要方面，本發(fā)明涉及用于鑒定選自SEQIDNO:1-282的多肽或其片段的結(jié)合配偶體的方法，其包括下列步驟a.提供多肽，其選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33，最優(yōu)選SEQIDNO:16或其片段，b.使所述多肽或片段與假定的結(jié)合配偶體接觸，和c.測(cè)定所述假定的結(jié)合配偶體是否能夠結(jié)合所述多肽或片段。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述假定的結(jié)合配偶體是源自宿主的分子。在所述方法的進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，提供固定在固體支持物例如柱或微量滴定板上的多肽或其片段，并且在接觸步驟后，測(cè)定假定的結(jié)合配偶體是否已結(jié)合至固體支持物。多肽或其片段的固定化可以通過(guò)直接結(jié)合至固體支持物，或通過(guò)間接結(jié)合例如使用特異性抗體。在優(yōu)選實(shí)施方案中，在接觸步驟和測(cè)定步驟之間進(jìn)行洗滌步驟，以便提高檢測(cè)的特異性。在進(jìn)一步的優(yōu)選實(shí)施方案中，假定的結(jié)合配偶體與可檢測(cè)的標(biāo)記相復(fù)合。假定的配偶體可以在接觸發(fā)生前進(jìn)行標(biāo)記。備選地，標(biāo)記過(guò)程還可以在接觸步驟后進(jìn)行。此外，在這種方法的某些實(shí)施方案中，固定化可以在多肽或其片段已結(jié)合至結(jié)合配偶體后進(jìn)行。在優(yōu)選實(shí)施方案中，該方法是篩選方法，其中對(duì)于多個(gè)假定的結(jié)合配偶體重復(fù)該方法。用于測(cè)定結(jié)合的合適方法是本領(lǐng)域眾所周知的，并且其中幾個(gè)已在本文其他地方提及。在另一方面，選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽的源自宿主的結(jié)合配偶體可以如下鑒定將純化的宿主膜進(jìn)行電泳分離，印跡到膜上，并與目的多肽或其片段一起孵育。然后，可以使用對(duì)目的多肽或其片段特異的抗體檢測(cè)結(jié)合。多肽或其片段已與之結(jié)合的宿主結(jié)合配偶體隨后可以通過(guò)如此來(lái)鑒定，即從印跡中洗脫，隨后通過(guò)質(zhì)譜法或通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何其他技術(shù)進(jìn)行分析。如果致病生物的表面定位多肽的結(jié)合配偶體是源自宿主的分子，那么表面定位多肽和宿主之間的此類(lèi)相互作用對(duì)于細(xì)菌的毒力可能是重要的。干擾表面定位多肽與源自宿主的結(jié)合配偶體的相互作用的化合物因此可能適合于預(yù)防或治療肺炎鏈球菌感染。因此，本發(fā)明的另一種方法涉及鑒定SEQIDNO:1-282中的任何表面定位的肺炎鏈球菌多肽與源自宿主的結(jié)合配偶體相互作用的抑制劑的方法，其包括下列步驟a.提供SEQIDNO:1-282中的任何多肽，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，或其片段，b.提供所述多肽的源自宿主的結(jié)合配偶體(如上所述或通過(guò)任何其他方法鑒定的)，主的結(jié)合配偶體接觸，d.在所述假定抑制劑存在下使所述多肽與所述源自宿主的結(jié)合配偶體接觸，和e.測(cè)定由步驟d.產(chǎn)生的所述多肽與所述源自宿主的結(jié)合配偶體的結(jié)合強(qiáng)度與由步驟c.產(chǎn)生的那種相比是否減少。在某些實(shí)施方案中，步驟c.和d.可以在兩個(gè)不同的樣品室中進(jìn)行。在其他實(shí)施方案中，步驟d.可以通過(guò)向步驟c.的混合物中加入假定的抑制劑來(lái)進(jìn)行。在優(yōu)選實(shí)施方案中，對(duì)于多個(gè)假定的抑制劑重復(fù)該方法。特別感興趣的是抑制表面定位多肽的活性的結(jié)合配偶體。此類(lèi)活性可以是酶促活性、轉(zhuǎn)運(yùn)活性、或任何類(lèi)型的其他生物化學(xué)或細(xì)胞活性，優(yōu)選i^活性。優(yōu)選的源自宿主的結(jié)合配偶體是宿主多肽和宿主脂質(zhì)。結(jié)合可以例如如Szymanski和Armstrong(1996)Infect.Immun.64:3467-3474所述進(jìn)行測(cè)定。在上述生物化學(xué)方法的優(yōu)選實(shí)施方案中，結(jié)合配偶體和表面定位多肽或其片段之間的結(jié)合所具有的解離常數(shù)或Kd小于5xl(TM，例如小于10_6M，例如小于5x10—7M，例如小于10—7M，例如小于5xl(T8M，例如小于1(TM,例如小于5xl(TM,例如小于101,例如小于5x10—、,例如小于10—〗。M，例如小于5x10-"M，例如小于10—UM，例如小于5x10_12M，例如小于1(T12M。解離常數(shù)可以通過(guò)例如表面等離子體共振分析來(lái)測(cè)定?；诩?xì)胞的方法通過(guò)刪除或破壞關(guān)于其的結(jié)構(gòu)基因或下調(diào)基因表達(dá)(參見(jiàn)下文)來(lái)減少表面定位多肽的水平，可以影響細(xì)菌細(xì)胞。細(xì)胞可以變得對(duì)細(xì)胞毒性化合物更敏感。特別是對(duì)于表面定位多肽，其水平的減少可以影響細(xì)胞外部部分例如膜或細(xì)胞壁阻止化合物進(jìn)入細(xì)胞的功能。因此，表面定位多肽水平的減少可以使得細(xì)胞對(duì)于各種化合物更"可滲透"。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及用于鑒定具有針對(duì)肺炎鏈球菌的抗菌活性的化合物的方法，其包括下列步驟a.提供致敏細(xì)胞，其具有水平減少的SEQIDNO:1-282中的任何多肽，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，和b.例如通過(guò)生長(zhǎng)測(cè)定法來(lái)測(cè)定所述細(xì)胞對(duì)假定的抗菌化合物的敏感性。優(yōu)選地，該方法是篩選方法，其中對(duì)于多個(gè)假定的抗菌化合物重復(fù)該操作。優(yōu)選的假定的抗菌化合物是不穿過(guò)野生型肺炎鏈球菌細(xì)胞膜的那些化合物。這種方法的原理是，具有較低水平的表面定位多肽的細(xì)胞將顯示出增加的對(duì)于細(xì)胞毒性化合物的敏感性，從而允許鑒定具有低效力的抗菌化合物，這些化合物在當(dāng)使用野生型細(xì)胞用于測(cè)定法時(shí)是被錯(cuò)過(guò)的。通過(guò)這種方法鑒定的化合物通常需要進(jìn)行修飾的以便提高效力。這可以通過(guò)化學(xué)修飾來(lái)完成。表面定位多肽的活性的抑制可以影響細(xì)菌的生存力(即，存活、生長(zhǎng)和/或增殖)。特別感興趣的是抑制對(duì)于肺炎鏈球菌的生存力是必需的表面定位多肽。用于測(cè)試肺炎鏈球菌基因的重要性的方法已在現(xiàn)有技術(shù)中得到描述，例如在Chan等人(2002)J.Bacteriol185:2051-2058,和Thanassi等人(2002)NucleicAcidRes,30:3152-31-62中。必需的表面定位多肽的抑制劑可以不必進(jìn)入細(xì)菌細(xì)胞就能影響其生存力。因此，為了作為抗菌劑是有效的，一般對(duì)必需的表面定位靶多肽的抑制劑的結(jié)構(gòu)提出比細(xì)胞內(nèi)耙的抑制劑更少的要求。因此，本發(fā)明涉及用于鑒定選自SEQIDNO:1-282的多肽的抑制劑的方法，其包括下列步驟a.提供在多肽水平方面不同的兩種細(xì)胞，所述多肽是SEQIDNO:l-282中的任何多肽，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，b.例如通過(guò)生長(zhǎng)測(cè)定法來(lái)測(cè)定所述細(xì)胞對(duì)假定的抑制劑的敏感性，和c.測(cè)定所述兩種細(xì)胞是否受到所述假定的抑制劑存在的不同影響。優(yōu)選地，對(duì)于多個(gè)假定的抑制劑重復(fù)該方法。優(yōu)選的抑制劑是不穿過(guò)肺炎鏈球菌細(xì)胞膜的那些。這種方法的原理是，必需多肽的活性較低的細(xì)胞的生存力比水平較高的細(xì)胞的生存力更多地受到所述多肽的抑制劑的影響。如果所述兩種細(xì)胞受到不同影響，那么這是抑制劑對(duì)所述靶或至少在相同生物化學(xué)途徑中發(fā)揮作用的指示。在該方法的某些實(shí)施方案中，目的多肽活性不同的所述兩種細(xì)胞是野生型細(xì)胞(或具有目的基因的野生型活性的其他細(xì)胞)和目的多肽活性減少的致敏細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，致敏細(xì)胞中的不同或減少的水平可以是目的基因的不同或減少的表達(dá)水平(導(dǎo)致所述多肽的拷貝數(shù)不同或減少)。這可以通過(guò)將所述基因置于可調(diào)節(jié)啟動(dòng)子的控制下或通過(guò)反義MA的可調(diào)節(jié)表達(dá)來(lái)完成，所迷反義RNA抑制編碼所述必需多肽的mRNA的翻譯。在其他實(shí)施方案中，不同或減少的活性可以是目的多肽的不同或減少的活性，例如由于突變，例如溫度敏感型突變。產(chǎn)生致敏細(xì)菌細(xì)胞以及在抑制劑篩選中使用這些細(xì)胞的合適方式已在WO02/077183中描述。致敏細(xì)胞可以通過(guò)如此來(lái)獲得，即在一定濃度的誘導(dǎo)物或阻抑物或者其他條件存在下培養(yǎng)條件性表達(dá)肺炎鏈球菌突變林，所述濃度或其他條件提供了對(duì)于細(xì)菌生存力所需的基因產(chǎn)物水平，從而使得其功能的存在或不存在成為對(duì)于生存力的決速步驟。靶基因的亞致死表達(dá)可以是這樣的，即使得生長(zhǎng)抑制是至少約10%，例如至少約25%,例如至少約50%,例如至少約75%,例如至少90%，例如至少95%。在本發(fā)明的基于細(xì)胞的測(cè)定法的另一實(shí)施方案中，致敏細(xì)胞是如此獲得的，即通過(guò)在多肽中使用突變例如溫度敏感型突變來(lái)減少對(duì)于細(xì)菌生存力所需的多肽的活性水平。在許可性和限制性溫度之間的中間溫度下培養(yǎng)此類(lèi)細(xì)胞產(chǎn)生了基因產(chǎn)物活性減少的細(xì)胞。應(yīng)當(dāng)理解，上述方法可以釆用任何突變來(lái)進(jìn)行，所述突變減少但不消除對(duì)于細(xì)菌生存力所需的基因產(chǎn)物的活性或水平。這種方法還可以與條件性表達(dá)方法相組合。在這種組合方法中，制備細(xì)胞，在所述細(xì)胞中在目的基因中存在溫度敏感型突變，并且在所述細(xì)胞中這種基因還是條件性表達(dá)的。當(dāng)篩選必需多肽的抑制劑時(shí)，生長(zhǎng)抑制可以通過(guò)如此來(lái)測(cè)量，即直接比較在實(shí)驗(yàn)樣品中經(jīng)由相對(duì)于未接種的生長(zhǎng)培養(yǎng)基的培養(yǎng)物光密度而測(cè)量出的生長(zhǎng)量與對(duì)照樣品的生長(zhǎng)量。用于測(cè)定細(xì)胞增殖的備選方法包括測(cè)量綠色焚光蛋白(GFP)報(bào)告構(gòu)建體的發(fā)射，各種酶促活性測(cè)定法，和本領(lǐng)域眾所周知的其他方法。用于測(cè)量生存力的其他參數(shù)包括例如菌落形成單位。上述方法可以在固相、液相、兩種前述介質(zhì)的組合中或在體內(nèi)進(jìn)行?？梢詫⒍喾N化合物轉(zhuǎn)移至瓊脂平板，并使用自動(dòng)化和半自動(dòng)化裝置同時(shí)進(jìn)行測(cè)試。中等效力的化合物，因?yàn)榇祟?lèi)化合物對(duì)致敏細(xì)胞比對(duì)非致敏細(xì)胞有效得多。效應(yīng)可以是這樣的，即與非致敏細(xì)胞相比，在對(duì)致敏細(xì)胞進(jìn)行測(cè)試時(shí)，測(cè)試化合物的效力可以是2倍至幾倍，例如至少10倍，例如至少20倍，例如至少50倍，例如至少100倍，例如至少1000倍，或甚至超過(guò)1000倍。過(guò)表達(dá)表面定位多肽的肺炎鏈球菌突變抹還可用于鑒定抑制此類(lèi)多肽的化合物。如果化合物是細(xì)胞毒性的，那么靼多肽的過(guò)表達(dá)可以使得細(xì)胞更具有抵抗力。因此，本發(fā)明還涉及用于發(fā)現(xiàn)SEQIDNO:1-282中的任何表面定位的肺炎鏈球菌多肽的抑制劑的方法，其包括下列步驟a.提供在多肽活性方面不同的兩種細(xì)胞，所述多肽是SEQIDNO:1-282中的任何表面定位的肺炎鏈球菌多肽，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，其中一種細(xì)胞包含基本上野生型拷貝數(shù)的所述多肽，和另一種細(xì)胞包含高于野生型拷貝數(shù)的所述多肽，b.例如通過(guò)生長(zhǎng)測(cè)定法來(lái)測(cè)定所述細(xì)胞對(duì)假定的抑制劑的敏感性，和c.測(cè)定所述兩種細(xì)胞是否受到所述假定的抑制劑存在的不同影響。過(guò)表達(dá)可以通過(guò)使用強(qiáng)啟動(dòng)子或通過(guò)導(dǎo)入多個(gè)拷貝的關(guān)于表面定位多肽的結(jié)構(gòu)基因來(lái)實(shí)現(xiàn)。因?yàn)椴皇且种苿┑募?xì)胞靶的多肽的過(guò)表達(dá)也可以使得細(xì)胞對(duì)抑制劑具有抵抗力，所以假定的抑制劑對(duì)目的靶多肽的抑制將需要通過(guò)其他手段來(lái)驗(yàn)證，例如生物化學(xué)測(cè)定法。除了表面定位多肽的生物化學(xué)或其他細(xì)胞活性的抑制劑之外，上述細(xì)胞方法可以用于鑒定例如通過(guò)干擾基因調(diào)節(jié)而減少靶的表達(dá)水平并從而減少其拷貝數(shù)的化合物。在任何用于發(fā)現(xiàn)結(jié)合配偶體或抑制劑的基于細(xì)胞的或生物化學(xué)的方法的優(yōu)選實(shí)施方案中，對(duì)于多個(gè)候選化合物重復(fù)該方法。在一個(gè)進(jìn)一步的方面，本發(fā)明涉及在本文描述的基于細(xì)胞的方法中使用的肺炎鏈球菌突變林，例如其中編碼表面定位多肽的基因被置于異源可調(diào)節(jié)啟動(dòng)子的控制下的菌林，攜帶表面定位多肽的溫度敏感等位基因的菌株，和it^M面定位多肽的菌林。通過(guò)靶向表面定位多肽例如SEQIDNO:1-282中的任何多肽來(lái)干擾細(xì)菌生長(zhǎng)的其他方法，包括使用特異性反義分子例如反義RM或DNA，以及使用對(duì)于編碼必需的表面定位多肽的mRNA特異的核酶分子，來(lái)抑制基因表達(dá)。實(shí)施例1策略計(jì)劃中的實(shí)驗(yàn)步驟如下表面蛋白質(zhì)通過(guò)高pH洗脫或通過(guò)變?nèi)芫叵M(jìn)行分離。分離的表面蛋白質(zhì)通過(guò)三種互補(bǔ)的基于質(zhì)i普法的策略進(jìn)行鑒定1)2-DSDSPAGE,2)1DSDSPAGE，和3)溶液中消化(in-solutiondigest)。所有三種策略包括通過(guò)質(zhì)譜法分析的蛋白質(zhì)鑒定。將鑒定的表面蛋白質(zhì)克隆到大腸桿菌表達(dá)載體中。純化表達(dá)出的重組蛋白質(zhì)并用于免疫接種小鼠以證實(shí)抗原的免疫原性。所述經(jīng)免疫接種的小鼠在攻擊研究中使用，其中小鼠用肺炎鏈球菌攻擊，并監(jiān)測(cè)針對(duì)疾病和/或死亡的保護(hù)。小鼠6周齡的BALB/c小鼠在無(wú)特定病原體的條件下祠養(yǎng)，并無(wú)限制地給予無(wú)菌的食物和水。細(xì)菌大腸桿菌ToplO(Invitrogen)用作常規(guī)質(zhì)?？寺〉乃拗?。在大腸桿菌BL21/(DE3)(Invitrogen)中表達(dá)重組蛋白質(zhì)。大腸桿菌在補(bǔ)充有抗生素的Luria液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)。有毒力的肺炎鏈球菌菌林D39(血清型2,由Dr.M.Trombe,CICT，Toulouse,France購(gòu)買(mǎi))用于蛋白組學(xué)、攻擊實(shí)驗(yàn)，并作為用于PCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)的基因組DNA的來(lái)源。選擇并從在丹麥哥本哈根的■CollaboratingCentreforReferenceandResearchonPneumococci購(gòu)買(mǎi)肺炎鏈球菌臨床分離物，包括造成大多數(shù)肺炎球菌感染的40種血清型。常規(guī)地，肺炎鏈球菌在血瓊脂平板(Difco)上培養(yǎng)。肺炎鏈球菌細(xì)胞包膜部分的分離^^球^"勿應(yīng)壁^f溶^^潘必。細(xì)菌在血瓊脂平板上生長(zhǎng)過(guò)夜，收獲到包含20%蔗糖的磷酸鹽緩沖鹽水(PBS)中，并通過(guò)在6000g下離心10分鐘而形成粒狀沉淀。將粒狀沉淀重懸浮于0.5ml滲透消化緩沖液(在20mMTris-HCl，pH7.0,10mMMgCl2，蛋白酶抑制劑混合物，和IOOU/ml變?nèi)芫?Sigma)中的20%蔗糖，每平板)中。讓酶促消化于37。C進(jìn)行l(wèi)-2小時(shí)。通過(guò)在7,000xg下離心15分鐘來(lái)去除完整的原生質(zhì)體。收集上清液，用丙酮沉淀，并使用基于質(zhì)鐠法的技術(shù)進(jìn)行分析。,面蛋冷j^葛；^遂應(yīng)。細(xì)菌在血瓊脂平板上生長(zhǎng)過(guò)夜，收獲到包含20%蔗糖的PBS中，并通過(guò)在6000g下離心IO分鐘而形成粒狀沉淀。將粒狀沉淀重懸浮于包含20%蔗糖的PBS中，并如上再次離心。然后，對(duì)于每個(gè)平板，將細(xì)菌重懸浮于2ml包含20%蔗糖的50mM甘氨酸-NaOH(pH12)中。允許細(xì)胞表面蛋白質(zhì)的堿提取在室溫下伴隨輕孩t搖動(dòng)進(jìn)行30分鐘。懸浮液在15，000g下離心20分鐘，收集上清液，用1MHC1調(diào)整至pH7，用丙酮沉淀，并通過(guò)1-D和2-D凝膠電泳進(jìn)行分析。表面蛋白質(zhì)鑒定在表面提取后獲得的復(fù)雜的蛋白質(zhì)混合物通過(guò)全都基于質(zhì)譜法的三種互補(bǔ)策略進(jìn)行分析基于2D凝膠的策略、基于1D凝膠的策略和溶液中消化的策略。j,W雄^衷^凝屋WLW-7Z^/7^/V.根據(jù)與凝膠系統(tǒng)一起提供的手冊(cè)在EttanDalt2系統(tǒng)(AmershamBiosciences)或NovexNuPage系統(tǒng)(Invitrogen)上進(jìn)行二維凝膠電泳。簡(jiǎn)言之根據(jù)制造商的i兌明書(shū)，4吏用EttanIPGphor等電聚焦系統(tǒng)(AmershamBiosciences),在7cm或24cm預(yù)制的IPG條(pH范圍3-10或4-7)上進(jìn)行第一維電泳。在下列條件下進(jìn)行等電聚焦7cm條8000Vh，24cm條52000Vh。對(duì)于24cm條，第二維使用預(yù)制的12.5%凝膠(AmershamBiosciences)在5W/凝膠下進(jìn)行15分鐘，然后總共170W進(jìn)行4-6小時(shí)。7cm條在NovexNuPage系統(tǒng)(Invitrogen)上使用預(yù)制的4-12%凝膠(Invitrogen)在200伏特下電泳40分鐘。凝膠根據(jù)最初由Mortz等人(2001)Proteomics1(11)，1359-1363描述的修改方法進(jìn)行銀染色，并且使用來(lái)自Amersham的EttanSpotPicker并才艮據(jù)制造商的說(shuō)明書(shū)挑取用于質(zhì)鐠分析的斑點(diǎn)。特異性蛋白質(zhì)斑點(diǎn)經(jīng)過(guò)斑點(diǎn)挑取，并置于Milli-Q水中。將這些凝膠塞(gelplugs)在50mMNH4HCO3/50%乙醇中洗滌，并通過(guò)在96%乙醇中孵育進(jìn)行脫水。通過(guò)于56。C在還原溶液(lOmMDTT，50mMNH4HCO3)中孵育，隨后在烷化溶液(55mM碘乙酰胺，50mMNH4HC03)中于黑暗中室溫孵育進(jìn)行還原和烷化。然后，在加入5ul胰蛋白酶溶液(在50mMNH4HC03,10%乙腈中的12.5ng/ulPromega胰蛋白酶)之前進(jìn)行2個(gè)循環(huán)的洗滌和脫水。然后，加入另外量的碳酸氫鈉溶液，并使消化物于37。C孵育過(guò)夜。向過(guò)夜消化物中加入三氟乙酸，隨后在搖動(dòng)下進(jìn)行孵育。部分提取物用于MALDI-T0F肽質(zhì)量指紋圖譜和MALDI-T0F/T0F分析(Ultraflex，BrukerDaltonics，Germany)，并且將峰值列表用于4十對(duì)特定肺炎鏈球菌數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索。在數(shù)據(jù)庫(kù)搜索中使用Mascot搜索程序和評(píng)分算法(MatrixScience,UK)。肽質(zhì)量容許量(tolerance)分別設(shè)定為60ppm和0.7Da。搜索參數(shù)調(diào)整至包括Met的氧化，向Cys添加脲甲基基團(tuán)，并允許胰蛋白酶每個(gè)肽遺漏一個(gè)切割位點(diǎn)。差fMWeZC-W/MV.'根據(jù)與凝膠系統(tǒng)一起提供的手冊(cè)在NovexNuPage系統(tǒng)(Invitrogen)上進(jìn)行一維凝膠電泳。簡(jiǎn)言之，我們-使用尺寸8cmx8cm、厚lmm的預(yù)制12。/。雙-tris凝膠(Invitrogen)在200伏特下在NuPage-MOPS-SDS走樣緩沖液中電泳60分鐘。凝膠根據(jù)最初由Mortz等人(2001)Proteomics1(11)，1359-1363描述的修改方法進(jìn)行4艮染色。用刀片以0.5cm凝膠切片切下整個(gè)泳道。如在基于2D皿的策略下描述的對(duì)^切片進(jìn)行消化，但胰蛋白酶的量是20ul胰蛋白酶溶液(在50mMNH4HC03，10%乙腈中的12.5ng/ulPromega胰蛋白酶)。提取物在LC-MS/MS(WatersCap-LC和MicromassUltimaTOFMS)上分析。每種提取物接受115分鐘LC-MS/MS分析。將由片段化的肽產(chǎn)生的峰值列表用于針對(duì)特定肺炎鏈球菌數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索。在數(shù)據(jù)庫(kù)搜索中使用Mascot搜索程序和評(píng)分算法(MatrixScience,UK)。對(duì)于片段離子，將肽質(zhì)量容許量設(shè)定為200ppm和O.4Da。搜索參數(shù)調(diào)整至包括Met的氧化，向Cys添加脲曱基基團(tuán)，并允許胰蛋白*個(gè)肽遺漏一個(gè)切割位點(diǎn)。差f漆淡詐^衷略f"7H/5/#SV.'將蛋白質(zhì)混合物重懸浮于50mMNH4HC03,10%乙腈中。加入胰蛋白酶溶液(50pl)(在50mMNH4HC03，10%乙腈中的12.5ng/ulPromega胰蛋白酶)，并讓混合物于37。C孵育過(guò)夜。如在基于ID的策略下描述的，通過(guò)用TFA(最終濃度1%)酸化來(lái)中止消化，并通過(guò)LC-MS/MS進(jìn)行分析。還如在基于1D的策略下描述的，進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)搜索。在不同肺炎鏈球菌林中檢測(cè)關(guān)于蛋白質(zhì)疫苗候選物的基因使用PCR擴(kuò)增來(lái)證實(shí)編碼在肺炎鏈球菌臨床分離物中列出的抗原的基因的存在。為了這個(gè)目的，細(xì)胞在血瓊脂中生長(zhǎng)，并在PBS中稀釋。通it^熱(95"C5分鐘)從40種肺炎球菌菌林中制備基因組DNA，并將等分試樣用作用于使用Taq聚合酶(Qiagen)和基因特異性引物的PCR擴(kuò)增的模板。擴(kuò)增產(chǎn)物通過(guò)1%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳，并通過(guò)用溴化乙錠(0.5|ig/ml)進(jìn)行染色而顯現(xiàn)。逆轉(zhuǎn)錄聚合S^式反應(yīng)(RT-PCR):如在肺炎球菌攻擊下描述的，用肺炎鏈球菌D39感染BALB/C小鼠。在感染1天后，處死該小鼠，然后取出脾臟并分成2片。為了從組織中分離出完整的總細(xì)菌RNA，在RNA分離前將一半器官在液氮中快速冷凍并貯存于-80"C。在RNA分離前使用血瓊脂平板測(cè)試每個(gè)器官的另一半的細(xì)菌(數(shù)據(jù)未顯示)。使用Rneasy試劑盒(Qiagen，Hilden)從包含肺炎鏈球菌的動(dòng)物組織中分離總RNA。用總RNA和iScript試劑敘Biorad)進(jìn)行第一鏈cDM合成。將lplcDNA用于使用基因特異性引物的后續(xù)PCR步驟。重組疫苗(rec.vac.)的產(chǎn)生重組疫苗的產(chǎn)生通過(guò)PCR擴(kuò)增肺炎球菌基因，隨后在大腸桿菌中克隆和表達(dá)所述基因來(lái)完成。在PCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)中使用的寡核普酸引物都購(gòu)自MWG，Germany。通過(guò)使用高保真的熱穩(wěn)定DNA聚合酶，Platinum尸/i(LifeTechnologies)，從肺炎鏈球菌菌抹D39的基因組DNA中擴(kuò)增出用于蛋白質(zhì)表達(dá)的肺炎球菌基因。使用包含開(kāi)放閱讀框的起始密碼子但不包括終止密碼子的引物擴(kuò)增出編碼序列。使用定向的Topo克隆試劑盒，用大腸桿菌ToplO作為細(xì)菌宿主，將用于蛋白質(zhì)表達(dá)的編碼序列克隆到質(zhì)粒pET101(invitrogen)中。質(zhì)粒所編碼的C-末端聚組氨酸標(biāo)簽位于每個(gè)重組蛋白質(zhì)的側(cè)翼。為了重組蛋白質(zhì)表達(dá)，將每個(gè)重組PETIOI質(zhì)粒亞克隆到大腸桿菌菌抹BL21(DE3)中。通過(guò)用IPTG(異丙基-P-D-硫代半乳吡喃糖苷)誘導(dǎo)來(lái)起始重組蛋白質(zhì)表達(dá)，并且通過(guò)使用金屬親和層析樹(shù)脂和緩沖液(invitrogen)并根據(jù)制造商的說(shuō)明書(shū)，從重組大腸桿菌裂解物的可溶性部分中純化出蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)濃度通過(guò)使用BCA測(cè)試(Hercules,Calif.)來(lái)評(píng)估。重組蛋白質(zhì)相對(duì)于PBS(Mi11ipore)進(jìn)行透析，并貯存于-80t:。重組蛋白質(zhì)在純化后使用MALDIMS技術(shù)進(jìn)行鑒定。蛋白質(zhì)印跡分析在一維(大約20pig蛋白質(zhì))SDS-PAGE上分離純化的蛋白質(zhì)，并轉(zhuǎn)移至PVDF膜。根據(jù)制造商的說(shuō)明書(shū)(invitrogen)進(jìn)行固定化的蛋白質(zhì)的免疫檢測(cè)。患者血清由Dr.M.Trombe(CICT,Toulouse,France)友情提供。我們使用1:100稀釋的單一和混合的患者血清用于免疫檢測(cè)。二抗的稀釋度為1:5000。經(jīng)主動(dòng)免疫接種的小鼠的肺炎球菌攻擊在攻擊實(shí)驗(yàn)中使用BALB/C小鼠(每組10只小鼠)。對(duì)于抗原特異性疫苗接種，在第0天時(shí)用包含明礬佐劑(100yg)的25yg每種抗原對(duì)小鼠進(jìn)行初刺激(prime)。動(dòng)物在第14天和第28天時(shí)用相同抗原濃度進(jìn)行加強(qiáng)。我們使用未處理的BALB/c小鼠和用無(wú)關(guān)的纖維素結(jié)合性結(jié)構(gòu)域CBD(sigma)處理的小鼠作為陰性對(duì)照。所有疫苗皮下施用(s.c)。所有小鼠在第0、21和36天時(shí)抽血，并在第35天時(shí)用肺炎鏈球菌D39攻擊。在攻擊前測(cè)試來(lái)自每只經(jīng)免疫接種的小鼠的個(gè)體血清中特異性抗體的存在。準(zhǔn)備在血瓊脂平板上生長(zhǎng)的有毒力的肺炎鏈球菌(D39)以用于在經(jīng)主動(dòng)免疫接種的小鼠或?qū)φ战M中經(jīng)腹膜內(nèi)(i.p.)途徑攻擊。對(duì)于攻擊感染，小鼠經(jīng)腹膜內(nèi)注射大約每只小鼠107CFU的在PBS中懸浮的有毒力的肺炎鏈球菌菌林D39。施用的實(shí)際CFU數(shù)目通過(guò)在血瓊脂上鋪板接種物的系列稀釋物而回顧性地測(cè)定。小鼠的存活監(jiān)控7天，在所述時(shí)間點(diǎn)終止實(shí)驗(yàn)。用于檢測(cè)小鼠中的免疫球蛋白G(IgG)的ELISA:開(kāi)發(fā)了Elisa測(cè)定法用于檢測(cè)在疫苗接種后第0天、笫21天和第35天時(shí)小鼠血清中的抗原特異性IgG。用重組疫苗(2"g)和肺炎鏈球菌D39的全細(xì)胞裂解物(2pg)包被不同的ELISA板。從小鼠血清制備2倍系列稀釋物作為一抗。二抗(山羊抗小鼠IgG，綴合有辣根過(guò)氧化物酶)的稀釋度為1:5000。OPD底物用于顯色。板在492nm處進(jìn)行閱讀。將在疫苗接種后第21天和第35天時(shí)的IgG狀態(tài)的結(jié)果與在疫苗接種第0天時(shí)的IgG狀態(tài)進(jìn)行比較。結(jié)果我們?cè)诮?jīng)變?nèi)芫刂苽涞姆窝祖溓蚓?xì)胞表面級(jí)分中鑒定了282種不同的多肽。所鑒定的多肽的序列在圖2中給出。采用的方法鑒定出以相對(duì)較高水平表達(dá)的多肽。我們使用三種不同策略來(lái)檢測(cè)分離出的肺炎鏈球菌表面蛋白質(zhì)a)基于2-D凝膠的策略,bM吏用1-D凝膠和LC一MS/MS的策略，以及c)基于溶液中的MS策略。我們選擇鑒定的表面蛋白質(zhì)的0RFs用于表征。使用PCR擴(kuò)增出基因的0RFs，并定向克隆到pET101中。如材料和方法中所述，在大腸桿菌中表達(dá)重組蛋白質(zhì)。選擇4種重組蛋白質(zhì)用于進(jìn)一步研究(表3):<table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table>PCR研究證實(shí)，這4種所選擇的蛋白質(zhì)各自的基因在40種不同的肺炎鏈球菌血清型中呈現(xiàn)(表4)。表4:使用不同肺炎鏈球菌血清型和對(duì)于下列基因的特異引物施行的PCR<table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table>10a+++10b++++lla++++12f++++13+++14++++15b++++15c++++16f++++17f++++18b+++18c++++19a++++19f++++20++++22f++++23a++++23f++++28f++++31++++31f++++32++++33f++++34++++35b++++35f++++38+++為了鑒定這4種基因的轉(zhuǎn)錄物，我們進(jìn)行了RT-PCR分析。用肺炎鏈球菌感染BALB/C小鼠，并在感染第1天后從脾臟中分離出總RNA。使用來(lái)自脾臟的RNAs的RT-PCRs證實(shí)，所選擇的基因在動(dòng)物感染后在肺炎鏈球菌中表達(dá)(圖3)。另外，制備使用患者血清的蛋白質(zhì)印跡(WB)以用于測(cè)試表3中列出的蛋白質(zhì)的免疫原性。此外，還使用蛋白質(zhì)印跡測(cè)試了3種另外蛋白質(zhì)(144,AnrP454144(14kDarec.vac.);487，AnrP98487(32kDa);646,AnrP373646(25kDa))的免疫原性。我們?cè)谑褂脧膯蝹€(gè)患者分離的血清(圖4)或從不同患者匯集的血清(數(shù)據(jù)未顯示)的免疫印跡(WBs)中檢測(cè)了重組疫苗029、060、607、646和653。在WBs中，對(duì)于純化的蛋白質(zhì)144和487檢測(cè)到非特異信號(hào)或沒(méi)有信號(hào)，然而，缺乏信號(hào)并不排除這2種蛋白質(zhì)可能適合于作為疫苗。我們用表3中的蛋白質(zhì)作為蛋白質(zhì)疫苗對(duì)小鼠進(jìn)行疫苗接種，并測(cè)試針對(duì)肺炎鏈球菌的保護(hù)功效。使用明礬制備抗原，并在3個(gè)時(shí)間點(diǎn)上(第0、14、28天)皮下注射到BALB/C小鼠中。關(guān)于陰性對(duì)照，小鼠保持未處理(組5)或者用100pg明礬(組6)或無(wú)關(guān)蛋白質(zhì)(組7)處理。我們?cè)谝呙缃臃N的第0天、第21天和第35天使用ELISA測(cè)定法測(cè)試了每種蛋白質(zhì)的免疫原性。小鼠產(chǎn)生針對(duì)抗原029、060、607和653的免疫球蛋白(IgG)(圖5)。如所預(yù)期的，在組5、6和7的動(dòng)物中沒(méi)有檢測(cè)到針對(duì)肺炎球菌抗原的免疫應(yīng)答。關(guān)于細(xì)菌攻擊，每只小鼠在疫苗接種的第35天用肺炎鏈球菌D39進(jìn)行感染(107CFU/小鼠)。來(lái)源于用蛋白質(zhì)029和607疫苗接種的2個(gè)組的小鼠證實(shí)了，在用這種肺炎鏈球菌菌林感染后具有較低的死亡率和較低的CFU-滴度(圖6，圖7)。蛋白質(zhì)060和653還顯示出朝向較低CFU-滴度的趨勢(shì)(圖6)。為了研究不同肺炎鏈球菌菌林之間的序列變異，從血清型15b、15c和35f中，和從肺炎鏈球菌菌林D39中部分測(cè)定了抗原029和607的序列。將這些序列與來(lái)自類(lèi)型4(TIGR)和R6(SangerCenter)的029和607的數(shù)據(jù)庫(kù)序列進(jìn)行比較。從第1位氛基酸至第315位氨基酸的029的區(qū)域在6個(gè)菌林之間于氨基酸水平上顯示出超過(guò)98%的序列同一性。對(duì)于607，在從第20位至第190位的區(qū)域中發(fā)現(xiàn)在6個(gè)菌林之間于M酸水平上具有超過(guò)98%的序列同一性。這些數(shù)據(jù)表明，029和607在不同菌林之間是非常保守的。已測(cè)定了抗原029(SEQIDN0:16)(假定的硫辛酸蛋白質(zhì)連接酶)的結(jié)構(gòu)，并可在EBI(EuropeanBioinfo纖ticsInstitute)的PDB(ProteinDataBank)和HSSP數(shù)據(jù)庫(kù)中在登錄號(hào)1VQZ下獲得。通過(guò)鑒定具有高水可接近性(ACC)的氨基酸來(lái)預(yù)測(cè)表面暴露區(qū)域，所述氨基酸同時(shí)應(yīng)當(dāng)在序列中具有低可變性(VAR)(參見(jiàn)下表)。通過(guò)幾個(gè)M酸而分開(kāi)的不同區(qū)域的M,列段在3D結(jié)構(gòu)中是鄰近的，并因此配對(duì)在一起。暴露在表面上的氨基酸155-16P+185-191[DLSVLA(SEQIDNO:289)/IINELPK(SEQIDNO:290)]127-128+166-180[IDG/SKDKFESKGVKSVRA(SEQIDNO:291)〗195-204+207-211[VEKFRDLLLE(SEQIDNO:292)/KKEYP(SEQIDNO:293)]<table>tableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table>權(quán)利要求1.組合物，其包括-抗體，其能夠結(jié)合SEQIDNO20的多肽，或者能夠結(jié)合選自SEQIDNO1-19或選自SEQIDNO21-282的多肽，或-多肽，其包含選自SEQIDNO1-19或選自SEQIDNO21-282的多肽序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，所述組合物用作藥物。2.權(quán)利要求l的組合物，其包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:16，或者包含SEQIDNO:16的抗原性片段或變體，或-多核苦酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽。3.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:10，或者包含SEQIDNO:10的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，或一抗體，其能夠結(jié)合所述多肽。4.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:13，或者包含SEQIDNO:13的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽。5.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:28，或者包含SEQIDNO:28的抗原性片段或變體，或-多核普酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽。6.權(quán)利要求2-5中任一項(xiàng)的組合物，其進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:20,或者包含SEQIDNO:20的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體，或-抗體，其能夠結(jié)合所述多肽。7.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其包括或進(jìn)一步包括能夠結(jié)合SEQIDNO:26的多肽的抗體。8.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其包括或進(jìn)一步包括能夠結(jié)合SEQIDNO:33的多肽的抗體。9.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述變體與所述序列具有至少95%，例如至少96%，例如至少97%，例如至少98%，例如至少99%的序列同一性。10.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗原性片段包含少于99%,例如少于75%，例如少于50%,例如少于25%，例如少于20%，例如少于15%，或例如少于10%的全長(zhǎng)所述序列。11.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗原性片段包含所述序列的少于70個(gè)連續(xù)氨基酸殘基，例如少于50個(gè)，例如少于40個(gè)，例如少于30個(gè)，例如少于鄰接的20個(gè)殘基。12，前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗原性片段包含6個(gè)或更多個(gè)，例如7個(gè)或更多個(gè)，例如8個(gè)或更多個(gè)，例如9個(gè)或更多個(gè)，例如10個(gè)或更多個(gè)所述序列的連續(xù)氨基酸。13.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物包括SEQIDNO:1-282中的兩種或更多種多肽，優(yōu)選SEQIDNO:1-41中的兩種或更多種多肽，例如圖1的組合物中的任何一種。14.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述多肽包含標(biāo)簽，例如組氨酸標(biāo)簽。15.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述重組細(xì)胞是毒力減弱或減少的大腸桿菌細(xì)胞或者毒力減弱或減少的沙門(mén)氏菌細(xì)胞。16.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述重組細(xì)胞是活的。17.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述重組細(xì)胞是死的。18.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述藥物是疫苗。19.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物包括免疫原性載體，例如栽體蛋白，其中所述免疫原性載體優(yōu)選地被結(jié)合至所述多肽。20.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物包括佐劑。21.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體還能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞。22.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體是多克隆的。23.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體是單克隆的。24.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體是人抗體或人源化抗體。25.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體是抗體的結(jié)合片段。26.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述抗體所具有的解離常數(shù)或Kd小于5x10-6M，例如小于10—6M，例如小于5xl0—7M，例如小于10_7M，例如小于5xl(TM,例如小于1(T8M，例如小于5x10—9M，例如小于10-9M，例如小于5xl(TM，例如小于10—、，例如小于5x10-UM,例如小于10—UM，例如小于5x10—12M，例如小于1(T"M，例如小于5x10—13M，例如小于10_13M，例如小于5x10—14M,例如小于l(T"M，例如小于5x10—15M，或小于10—15M。27.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物包括藥學(xué)上可接受的載體。28.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物適合于全身施用。29.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物適合于靜脈內(nèi)、肌內(nèi)或皮下施用。30.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物適合于口服施用。31.前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)的組合物，其中所述組合物適合于鼻內(nèi)施用。32.抗體，其能夠結(jié)合選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:20、SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽。33.權(quán)利要求32的抗體，其中所述抗體還能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞。34.權(quán)利要求32-33中任一項(xiàng)的抗體，其包括權(quán)利要求22-26中任一項(xiàng)的特征。35.用包含編碼多肽的序列的多核苷酸轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的重組細(xì)胞，所述多肽包含-選自SEQIDNO:l-19或選自21-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-19或選自21-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:28的序列，最優(yōu)選SEQIDNO:16的序列，或-所述序列的抗原性片段或變體。36.權(quán)利要求35的重組細(xì)胞，其中所述重組宿主細(xì)胞是大腸桿菌或\沙門(mén)氏菌細(xì)胞。37.權(quán)利要求35或36的重組細(xì)胞，其中所述重組細(xì)胞是毒力減弱或減少的細(xì)胞。38.組合物在制備用于免疫接種動(dòng)物或人類(lèi)以抵抗細(xì)菌，優(yōu)選鏈球菌，更優(yōu)選肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途，所述組合物包括-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-19或選自SEQIDNO:21-282的序列，或者包含所述序列的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所a達(dá)載體。39.權(quán)利要求38的用途，其中所述免疫接種誘導(dǎo)保護(hù)性免疫應(yīng)答。40.權(quán)利要求38或39的用途，其中所述藥物是適合于腸胃外、靜脈內(nèi)、肌內(nèi)、皮下、口服或鼻內(nèi)施用的藥物。41.權(quán)利要求38-40中任一項(xiàng)的用途，其中所述組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:16，或者包含SEQIDNO:16的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)載體。42.權(quán)利要求38-41中任一項(xiàng)的用途，其中所述組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:10，或者包含SEQIDNO:10的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所迷表達(dá)栽體。43.權(quán)利要求38-42中任一項(xiàng)的用途，其中所述組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:13，或者包含SEQIDNO:13的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所述表達(dá)栽體。44.權(quán)利要求38-43中任一項(xiàng)的用途，其中所述組合物包括或進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:28,或者包含SEQIDNO:28的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所^達(dá)載體。45.權(quán)利要求38-44中任一項(xiàng)的用途，其中所述組合物進(jìn)一步包括-多肽，其包含SEQIDNO:20，或者包含SEQIDNO:20的抗原性片段或變體，或-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，或-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所il^達(dá)載體。46.能夠結(jié)合選自SEQIDNO:1-282的多肽的抗體在制備用于治療或預(yù)防動(dòng)物或人類(lèi)中鏈球菌，優(yōu)選肺炎鏈球菌感染的藥物中的用途，所述抗體優(yōu)選為權(quán)利要求32-34中任一項(xiàng)所定義的抗體。47.權(quán)利要求46的用途，其中所述多肽選自SEQIDNO:1-41，優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33，最優(yōu)選地其中所述多肽是SEQIDNO:16。48.用于在非人動(dòng)物中產(chǎn)生針對(duì)選自SEQIDNO:1-282的多肽的抗體的方法，其包括下列步驟a.提供-多肽，其包含選自SEQIDNO:1-282,優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的序列，最優(yōu)選SEQIDNO:16的序列或所述序列的抗原性片段或變體，-多核苷酸，其包含編碼所述多肽的序列，-表達(dá)載體，其包含編碼所述多肽的序列，或-重組病毒或重組細(xì)胞，其包含所述多核苷酸或所a達(dá)載體，b.將包括所述多肽、多核苷酸、栽體、重組病毒或重組細(xì)胞的組合物導(dǎo)入所述動(dòng)物中，c.在所述動(dòng)物中產(chǎn)生抗體，和d.分離并任選地純化所述抗體。49.用于產(chǎn)生能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞的抗體的方法，其包括執(zhí)行權(quán)利要求48中指明的步驟，和選擇能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞的抗體的進(jìn)一步步驟。50.權(quán)利要求48或49的方法，其中所述動(dòng)物是能夠產(chǎn)生人抗體的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物。51.用于檢測(cè)樣品中的肺炎鏈球菌或其部分的方法，其包括下列步服.a.使所述樣品與指示劑部分接觸，所述指示劑部分能夠特異性地結(jié)合選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33的多肽，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，和b.測(cè)定是否已由所述指示劑部分產(chǎn)生了信號(hào)，從而檢測(cè)所述樣品是否包含肺炎鏈球菌或其部分。52.權(quán)利要求51的方法，其中所述指示劑部分還能夠結(jié)合完整的肺炎鏈球菌細(xì)胞。53.權(quán)利要求51-52中任一項(xiàng)的方法，其中所述指示劑部分不穿過(guò)肺炎鏈球菌細(xì)胞的膜。54.權(quán)利要求51-53中任一項(xiàng)的方法，其中所述指示劑部分由抗體組成或包括抗體，例如權(quán)利要求32-34中任一項(xiàng)所定義的抗體。55.用于檢測(cè)樣品中的肺炎鏈球菌或其部分的方法，其包括下列步驟通過(guò)質(zhì)譜法分析所述樣品，以評(píng)估SEQIDNO:1-282的多肽中的一種或多種的存在和/或數(shù)量。56.用于鑒定選自SEQIDNO:1-282的多肽或其片段的結(jié)合配偶體的方法，其包括下列步驟a.提供多肽，其選自SEQIDNO:1-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33,最優(yōu)選SEQIDNO:16或其片段，b.使所述多肽或片段與假定的結(jié)合配偶體接觸，和c.測(cè)定所述假定的結(jié)合配偶體是否能夠結(jié)合所述多肽或片段。57.用于鑒定具有針對(duì)肺炎鏈球菌的抗菌活性的化合物的方法，其包括下列步驟a.提供多肽水平減少的致敏細(xì)胞，所述多肽選自SEQIDNO:l-282，優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDNO:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，和b.例如通過(guò)生長(zhǎng)測(cè)定法來(lái)測(cè)定所述細(xì)胞對(duì)假定的抗菌化合物的敏感性。58.用于鑒定選自SEQIDNO:1-282的多肽的抑制劑的方法，其包括下列步驟a.提供在多肽水平方面不同的兩種細(xì)胞，所述多肽選自SEQIDNO:1-282,優(yōu)選選自SEQIDNO:1-41，更優(yōu)選選自SEQIDNO:16、SEQIDNO:10、SEQIDN0:13、SEQIDNO:20、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28和SEQIDNO:33，最優(yōu)選SEQIDNO:16的多肽，和c.測(cè)定所述兩種細(xì)胞是否受到所述假定的抑制劑存在的不同影響。59.權(quán)利要求58的方法，其中所述假定的抑制劑不穿過(guò)肺炎鏈球菌細(xì)胞的膜。全文摘要本發(fā)明涉及肺炎鏈球菌(streptococcuspneumoniae)的細(xì)胞表面定位多肽，以及其在針對(duì)鏈球菌感染的免疫接種、鏈球菌診斷和具有抗鏈球菌活性的化合物鑒定中的用途。在進(jìn)一步的方面，本發(fā)明涉及能夠識(shí)別肺炎鏈球菌的細(xì)胞表面定位多肽的抗體及其用途。文檔編號(hào)A61K39/09GK101163499SQ200680009834公開(kāi)日2008年4月16日申請(qǐng)日期2006年2月9日優(yōu)先權(quán)日2005年2月11日發(fā)明者A·博埃森,C·默斯科茲克,J·皮特森,J·西格,N·P·耐伯格,P·斯徹羅特茲-金,T·A·布羅科霍瓦,T·科弗德申請(qǐng)人:Ace生物科學(xué)公司