與豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量相關(guān)的分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了與豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量相關(guān)的分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用。本發(fā)明公開一組分子標(biāo)記，由如下(1)-(3)所示的分子標(biāo)記組成：(1)含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，IGFBP6-C44T多態(tài)性位點是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/T堿基的變異。本發(fā)明通過同時對IGFBP6-C44T、TRIM55-C213T以及SDHD-G131T分子標(biāo)記組合進行鑒定，實現(xiàn)豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量性狀的同步改良，大大提高了分子標(biāo)記輔助選擇的育種效率。
【專利說明】與豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量相關(guān)的分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及一組分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用；特別涉及一種與豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量相關(guān)的分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002]豬肉是動物蛋白的主要來源，而我國是傳統(tǒng)的豬肉消費大國，豬肉作為中國人的傳統(tǒng)肉食品，與人民生活品質(zhì)的提高息息相關(guān)。我國是世界上養(yǎng)豬最早的國家之一，養(yǎng)豬的歷史達(dá)幾千年之久，經(jīng)過祖先辛勤的飼養(yǎng)和選育，形成了各具特色的地方品種。中國地方品種具有許多突出的優(yōu)點，比如肉質(zhì)好，產(chǎn)仔數(shù)高、抗逆性好和適應(yīng)性強等，但有兩個共同的缺點:瘦肉率低和增重慢。國外培育的瘦肉型品種和品系，雖然飼料轉(zhuǎn)化率高、生長快、瘦肉產(chǎn)量多，但肉質(zhì)不好，白肌肉(PSE肉)出現(xiàn)的機率高。隨著我國社會經(jīng)濟的發(fā)展，人民生活水平與消費水平的提高，帶來了人們膳食結(jié)構(gòu)與飲食觀念的變化，在滿足豬肉消費數(shù)量上的要求外，消費者對豬肉品質(zhì)的要求也越來越高。因此，在提高豬的瘦肉率時如何兼顧肌肉品質(zhì)成為當(dāng)今豬育種工作的重點。
[0003]利用數(shù)量遺傳學(xué)和傳統(tǒng)育種手段對豬進行遺傳改良已經(jīng)取得長足進展，然而傳統(tǒng)育種依賴種豬性能指標(biāo)的測定，往往耗時數(shù)個月，增加了管理和飼養(yǎng)成本，同時測定的頭數(shù)受到人力、物力和財力的限制，嚴(yán)重制約豬的遺傳改良進展。因此，尋找一種操作簡便，且能實施早期選擇和評定的標(biāo)準(zhǔn)，對于豬的遺傳育種工作非常重要。分子生物學(xué)的飛速發(fā)展使得豬的育種工作出現(xiàn)了新的曙光。利用遺傳學(xué)或分子生物學(xué)手段對傳統(tǒng)育種工作的不足之處進行了強有力的補充，也使得豬的育種能夠突破傳統(tǒng)育種工作面臨的瓶頸問題，大大地促進了豬育種工作的發(fā)展。目前，標(biāo)記輔助選擇、影響豬重要數(shù)量性狀的基因組區(qū)域定位、利用基因組掃描法和候選基因法研究影響豬重要經(jīng)濟性狀的主效基因已經(jīng)成功地應(yīng)用到國內(nèi)外的豬育種實踐當(dāng)中，取得了巨大的經(jīng)濟效益和社會效益。通過分子育種技術(shù)的實施，使豬的早期選擇和定向精細(xì)育種逐漸成為現(xiàn)實。
[0004]然而對于肉質(zhì)及產(chǎn)肉量這類典型的數(shù)量性狀，參與調(diào)控的基因數(shù)量龐大、種類繁多，基因間的互作關(guān)系對肉質(zhì)及產(chǎn)肉量的共同作用及影響機制復(fù)雜，因此不能僅根據(jù)單個基因的變異指導(dǎo)豬的性狀改良育種。盡管目前已有商業(yè)化的豬SNP芯片，可以通過全基因組關(guān)聯(lián)分析實現(xiàn)全基因組分子標(biāo)記的篩選及鑒定，然而芯片檢測的成本相對較高，不利于實際育種中的大規(guī)模的檢測應(yīng)用。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本發(fā)明的目的是提供與豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量相關(guān)的分子標(biāo)記及其組合應(yīng)用。
[0006]本發(fā)明提供一組分子標(biāo)記，由如下(1)-(3)所示的分子標(biāo)記組成:
[0007](I) IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，IGFBP6-C44T多態(tài)性位點是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異；
[0008]所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為ΝΜ_001100190.1，更新日為2014年I月10曰；
[0009](2)了1?頂55序列中含有了1?頂55-0213了多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，TRM55-C213T多態(tài)性位點是TRIM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異；
[0010]所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26曰；
[0011](3) SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，SDHD-Gl3IT多態(tài)性位點是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；
[0012]所述SDHD序列的GenBank登錄號為ΝΜ_001097516.I，更新日為2014年3月2日。
[0013]上述分子標(biāo)記中，所述IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID N0.7所示；
[0014]所述TRM55序列中含有TRM55-C213T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQIDN0.8 所示；
[0015]所述SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID N0.9所示。
[0016]一組引物也屬于本發(fā)明的保護范圍，由如下(1)-(3)所示的引物對組成:
[0017](I) SEQ ID N0.1 和 SEQ ID N0.2 所示的 DNA 分子；
[0018](2) SEQ ID N0.3 和 SEQ ID N0.4 所示的 DNA 分子；
[0019](3) SEQ ID N0.5 和 SEQ ID N0.6 所示的 DNA 分子；
[0020]所述SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.2所示的DNA分子是擴增SEQ ID N0.7所示的DNA分子的引物；
[0021]所述SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.4所示的DNA分子是擴增SEQ ID N0.8所示的DNA分子的引物；
[0022]所述SEQ ID N0.5和SEQ ID N0.6所示的DNA分子是擴增SEQ ID N0.9所示的DNA分子的引物。
[0023]一種鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的試劑盒也屬于本發(fā)明的保護范圍，包括如下(1)-(3)所示的產(chǎn)品:
[0024](I)檢測IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，IGFBP6-C44T多態(tài)性位點是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變巳升；
[0025]所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為ΝΜ_00110019(λ 1，更新日為2014年I月10曰；
[0026](2)檢測TRM55序列中含有TRM55-C213T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，TRIM55-C213T多態(tài)性位點是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變巳升；
[0027]所述TRM55序列的GenBank登錄號為ΧΜ_005663049.1，更新日為2013年9月26曰；
[0028](3)檢測SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，SDHD-G131T多態(tài)性位點是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；
[0029]所述SDHD序列的GenBank登錄號為ΝΜ_001097516.I，更新日為2014年3月2日。
[0030]上述試劑盒中，所述產(chǎn)品為上述引物。
[0031]一種鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的方法也屬于本發(fā)明的保護范圍，包括如下(I)和/或(2)和/或(3)所示的步驟:
[0032](I)鑒定豬的IGFBP6-C44T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.2所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶TaaI酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為212bp和44bp的兩個條帶的個體為基因型為CC的個體，酶切產(chǎn)物為長度為256bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為256bp、212bp和44bp的三個條帶的個體為基因型為TC的個體；
[0033](2)鑒定豬的TRM55-C213T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQIDN0.3和SEQ ID N0.4所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶Bshl236I酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為212bp和537bp的兩個條帶的個體為基因型為CC的個體，酶切產(chǎn)物為長度為749bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為749bp、537bp和212bp的三個條帶的個體為基因型為TC的個體；
[0034](3)鑒定豬的SDHD-G131T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQ ID N0.5和SEQ ID N0.6所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶MboI酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為130bp和90bp的兩個條帶的個體為基因型為 GG的個體，酶切產(chǎn)物為長度為220bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為220bp、130bp和90bp的三個條帶的個體為基因型為TG的個體；
[0035]所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異;所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日；
[0036]所述TRM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26曰；
[0037]所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日。
[0038]所述(I)中的PCR擴增產(chǎn)物自5’末端起第44位堿基處含有一個C/Τ堿基的變異，該位點為所述IGFBP6-C44T位點，該位點堿基為C時，可被限制性內(nèi)切酶TaaI識別并酶切為長度為212bp、44bp的兩個片段；
[0039]所述(2)中的PCR擴增產(chǎn)物自5’末端起第213位堿基處含有一個C/Τ堿基的變異，該位點為所述TRM55-C213T位點，該位點堿基為C時，可被限制性內(nèi)切酶Bshl236I識別并酶切為長度為212bp、537bp的兩個片段；
[0040]所述(3)中的PCR擴增產(chǎn)物自5’末端起第131位堿基處含有一個G/T堿基的變異，該位點為所述SDHD-G131T位點，該位點堿基為G時，可被限制性內(nèi)切酶MboI識別并酶切為長度為130bp、90bp的兩個片段。
[0041]上述方法中，所述(I)中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQ ID N0.7所示，所述IGFBP6-C44T為SEQ ID N0.7所示的DNA分子中自5’末端起第44位；
[0042]所述⑵中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQ ID N0.8所示，所述RM55-C213T為SEQ IDN0.8所示的DNA分子中自5’末端起第213位；
[0043]所述(3)中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQ ID N0.9所示，所述SDHD-G131T為SEQ ID N0.9所示的DNA分子中自5’末端起第131位；
[0044]所述PCR的反應(yīng)體系如下:基因組DNA I μ L，10XPCR擴增緩沖液2.5 μ L，濃度為1mM的所述引物各0.75 μ L，濃度為1mM dNTPs 0.5 μ L，濃度為5U/μ L的Taq DNA聚合酶
0.25 μ L, CldH2O 補足體系至 25 μ L ；
[0045]所述(I)中的PCR的程序如下:
[0046]①94°C 預(yù)變性 5min ；
[0047]②94 °C 變性 40s;
[0048]③64。(:退火 30s;
[0049]④72O延伸 20s
[0050]⑤重復(fù)第② ~④步驟35個循環(huán)；
[0051]⑥最后72°C延伸5min ；
[0052]所述(2)中的PCR的程序如下:
[0053]①94°C 預(yù)變性 5min ；
[0054]②94 °C 變性 40s;
[0055]③64 O 退火 30s;
[0056]④72O延伸 30s
[0057]⑤重復(fù)第②~④步驟28個循環(huán)；
[0058]⑥最后72°C延伸5min ；
[0059]所述(3)中的PCR的程序如下:
[0060]①94°C 預(yù)變性 3min ；
[0061]②94°C變性 15s ;66°C退火 15s ;72°C延伸 1s ；3 個循環(huán)；
[0062]③94°C變性 15s ;64°C退火 15s ;72°C延伸 1s ；3 個循環(huán)；
[0063]④94°C變性 15s ;60°C退火 15s ;72°C延伸 1s ；28 個循環(huán)；
[0064]⑤最后72°C延伸3min。
[0065]一種選育具有優(yōu)良性狀的豬的方法也屬于本發(fā)明的保護范圍，是選擇IGFBP6-C44T、TRIM55-C213T和SDHD-G131T位點均為TT基因型的個體進行選育；
[0066]所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位；所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日；
[0067]所述TRM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26日；
[0068]所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日；
[0069]所述優(yōu)良性狀具體為優(yōu)良產(chǎn)肉量性能和/或優(yōu)良肉質(zhì)性狀；
[0070]所述優(yōu)良產(chǎn)肉量性能具體為胸腰椎膘厚、三點平均背膘厚、腿臀比率、肩部膘厚、平均膘厚、平均背膘厚和/或眼肌面積；[0071 ] 所述優(yōu)良肉質(zhì)性狀具體為大理石紋評分。
[0072]上述方法中，所述選擇IGFBP6-C44T、TRM55-C213T和SDHD-G131T均為TT基因型的個體的方法為上述任一所述的方法。
[0073]上述任一所述的分子標(biāo)記、上述引物、上述任一所述的試劑盒在制備鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的產(chǎn)品中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護范圍；
[0074]所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日；
[0075]所述TRM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26曰；
[0076]所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日；
[0077]或，
[0078]上述任一所述的分子標(biāo)記、上述引物、上述任一所述的試劑盒在選育具有優(yōu)良性狀的豬中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護范圍；
[0079]所述優(yōu)良性狀具體為優(yōu)良產(chǎn)肉量性能和/或優(yōu)良肉質(zhì)性狀；
[0080]所述優(yōu)良產(chǎn)肉量性能具體為胸腰椎膘厚、三點平均背膘厚、腿臀比率、肩部膘厚、平均膘厚、平均背膘厚和/或眼肌面積；
[0081 ] 所述優(yōu)良肉質(zhì)性狀具體為大理石紋評分。
[0082]本發(fā)明的有益效果在于:通過同時對IGFBP6-C44T、TRIM55-C213T以及SDHD-G131T分子標(biāo)記組合進行鑒定，實現(xiàn)豬肉質(zhì)及產(chǎn)肉量性狀的同步改良，大大提高了分子標(biāo)記輔助選擇的育種效率。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0083]圖1為豬IGFBP6的Taa1-RFLPs的三種基因型(TT，TC, CC)的電泳圖。
[0084]圖2為豬TRM55的Bshl236I_RFLPs的三種基因型(TT，TC, CC)的電泳圖。
[0085]圖3為豬SDHD的Mbo1-RFLPs的三種基因型(TT，TG, GG)的電泳圖。

【具體實施方式】
[0086]下述實施例中所使用的實驗方法如無特殊說明，均為常規(guī)方法。
[0087]下述實施例中所用的材料、試劑等，如無特殊說明，均可從商業(yè)途徑得到。
[0088]仔豬購自湖北省通城縣種畜場。
[0089]下述實施例中的GenBank登錄號為NM_001100190.1的序列的更新日為2014年I月10日；GenBank登錄號為ΧΜ_005663049.I的序列的更新日為2013年9月26日；GenBank登錄號為NM_001097516.1的序列的更新日為2014年3月2日。
[0090]實施例1、豬肉質(zhì)和產(chǎn)肉量分子標(biāo)記組合的鑒定
[0091]一、樣品的采集
[0092]在仔豬出生當(dāng)天，用豬耳號鉗或手術(shù)剪采取豬的耳緣或尾尖組織0.2g左右，放入1.5mL的離心管中，-20°c長期保存。
[0093]二、將組織用剪刀剪碎，用酚氯仿抽提法提取基因組DNA。
[0094]三、引物設(shè)計
[0095]分別參考IGFBP6 基因(GenBank 登錄號 NM_001100190.1)其 exon4 序列、TRM55基因(GenBank登錄號ΧΜ_005663049.I)其3’ UTR序列及SDHD基因(GenBank登錄號ΝΜ_001097516.1)其exon4序列，設(shè)計擴增含有IGFBP6、TRM55及SDHD相應(yīng)多態(tài)性位點的IGFBP6-C44T, TRIM55-C213T和SDHD-G131T的分子標(biāo)記的引物，如表1所示。
[0096]表1分子標(biāo)記片段擴增引物
[0097]

【權(quán)利要求】
1.一組分子標(biāo)記，由如下(1)-(3)所示的分子標(biāo)記組成: (1)IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，IGFBP6-C44T多態(tài)性位點是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異； 所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日； (2)丁1?頂55序列中含有了1?頂55-02131'多態(tài)性位點的分子標(biāo)記31?頂55-02131'多態(tài)性位點是TRIM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異； 所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_ 005663049.1，更新日為2013年9月26日； (3)SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記，SDHD-Gl3IT多態(tài)性位點是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異； 所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記，其特征在于:所述IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID N0.7所示； 所述TRM55序列中含有TRM55-C213T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQ IDN0.8所示； 所述SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的分子標(biāo)記的序列如SEQ ID N0.9所示。
3.—組引物，由如下(1)-(3)所示的引物對組成:
(1)SEQ ID N0.1 和 SEQ ID N0.2 所示的 DNA 分子；
(2)SEQ ID N0.3 和 SEQ ID N0.4 所示的 DNA 分子；
(3)SEQ ID N0.5 和 SEQ ID N0.6 所示的 DNA 分子。
4.一種鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的試劑盒，包括如下(1)-(3)所示的產(chǎn)品: (1)檢測IGFBP6序列中含有IGFBP6-C44T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，IGFBP6-C44T多態(tài)性位點是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異； 所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日； (2)檢測TRM55序列中含有TRM55-C213T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，TRIM55-C213T多態(tài)性位點是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變巳升； 所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26日； (3)檢測SDHD序列中含有SDHD-G131T多態(tài)性位點的DNA分子的產(chǎn)品，SDHD-G131T多態(tài)性位點是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異； 所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的試劑盒，其特征在于:所述產(chǎn)品為權(quán)利要求3所述的引物。
6.一種鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的方法，包括如下⑴和/或⑵和/或(3)所示的步驟: (I)鑒定豬的IGFBP6-C44T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.2所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶TaaI酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為212bp和44bp的兩個條帶的個體為基因型為CC的個體，酶切產(chǎn)物為長度為256bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為256bp、212bp和44bp的三個條帶的個體為基因型為TC的個體；(2)鑒定豬的TRM55-C213T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQIDN0.3和SEQ ID N0.4所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶Bshl236I酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為212bp和537bp的兩個條帶的個體為基因型為CC的個體，酶切產(chǎn)物為長度為749bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為749bp、537bp和212bp的三個條帶的個體為基因型為TC的個體； (3)鑒定豬的SDHD-G131T處的基因型:以豬的基因組DNA為模板，以SEQID N0.5和SEQ ID N0.6所示的DNA分子為引物，進行PCR擴增，得到PCR擴增產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶MboI酶切PCR擴增產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物；酶切產(chǎn)物為長度分別為130bp和90bp的兩個條帶的個體為基因型為GG的個體，酶切產(chǎn)物為長度為220bp的條帶的個體為基因型為TT的個體，酶切產(chǎn)物為長度分別為220bp、130bp和90bp的三個條帶的個體為基因型為TG的個體； 所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日； 所述TRM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26日； 所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于:所述(I)中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQIDN0.7所示，所述IGFBP6-C44T為SEQ ID N0.7所示的DNA分子中自5’末端起第44位； 所述(2)中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQ ID N0.8所示，所述TRM55-C213T為SEQ IDN0.8所示的DNA分子中自5’末端起第213位； 所述(3)中的PCR擴增產(chǎn)物如SEQ ID N0.9所示，所述SDHD-G131T為SEQ ID N0.9所示的DNA分子中自5’末端起第131位。
8.一種選育具有優(yōu)良性狀的豬的方法，是選擇IGFBP6-C44T、TRIM55-C213T和SDHD-Gl3IT位點均為TT基因型的個體進行選育； 所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位；所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日； 所述TRM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26日； 所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日； 所述優(yōu)良性狀具體為優(yōu)良產(chǎn)肉量性能和/或優(yōu)良肉質(zhì)性狀。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于:所述選擇IGFBP6-C44T、TRIM55-C213T和SDHD-Gl3IT均為TT基因型的個體的方法為權(quán)利要求6或7所述的方法。
10.權(quán)利要求1或2所述的分子標(biāo)記、權(quán)利要求3所述的引物、權(quán)利要求4或5所述的試劑盒在制備鑒定或輔助鑒定豬的IGFBP6-C44T和/或TRM55-C213T和/或SDHD-G131T處基因型的產(chǎn)品中的應(yīng)用； 所述IGFBP6-C44T是IGFBP6序列自5’末端起第830位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述IGFBP6序列的GenBank登錄號為NM_001100190.1，更新日為2014年I月10日；所述TRIM55-C213T是TRM55序列自5’末端起第1999位，該位點具有C/Τ堿基的變異；所述TRM55序列的GenBank登錄號為XM_005663049.1，更新日為2013年9月26日；所述SDHD-G131T是SDHD序列自5’末端起第444位，該位點具有G/T堿基的變異；所述SDHD序列的GenBank登錄號為NM_001097516.1，更新日為2014年3月2日； 或， 權(quán)利要求1或2所述的分子標(biāo)記、權(quán)利要求3所述的引物、權(quán)利要求4或5所述的試劑盒在選育具有優(yōu)良性狀的豬中的應(yīng)用； 所述優(yōu)良性狀具體為優(yōu)良產(chǎn)肉量 性能和/或優(yōu)良肉質(zhì)性狀。
【文檔編號】C12N15/11GK104164430SQ201410415756
【公開日】2014年11月26日 申請日期:2014年8月21日 優(yōu)先權(quán)日:2014年8月21日
【發(fā)明者】李奎, 侯欣華, 馬磊, 唐中林, 牟玉蓮, 楊述林, 周榮, 周慶雨, 葛長利 申請人:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所