專利名稱：一種查找特定代謝通路miRNA靶基因的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，涉及到特定代謝通路下查找miRNA靶基因的方面。
背景技術(shù)：
miRNA或稱為MicroRNA，即微小核糖核酸，是一類由內(nèi)源基因編碼的長度約為22 個核苷酸的非編碼單鏈RNA(核糖核酸)分子，在動物和植物中廣泛表達。miRNA的大小約為21-23個堿基，已經(jīng)被鑒別的miRNA大多是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer (核糖核酸酶III的一種)酶加工后生成，有5’磷酸基和3’羥基， 定位于RNA前體的3’端或者5’端，廣泛存在于高等生物細胞中。因之具有破壞目標特異性基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物或者誘導(dǎo)翻譯抑制的功能，miRNA被認為在調(diào)控發(fā)育過程中有重要作用 miRNA的作用機理區(qū)別于一般的mRNA (信使核糖核酸)降解機制。成熟的miRNA被弓|導(dǎo)進入沉默復(fù)合體(RISC)中，單鏈的miRNA已不完全互補的方式結(jié)合到靶基因轉(zhuǎn)錄的mRNA結(jié)合位點上，通過堿基的互補配對，抑制蛋白質(zhì)的翻譯，從而調(diào)控靶基因表達。這種機制的miRNA 結(jié)合位點通常在mRNA的3’端非編碼區(qū)段。miRNA作為一種參與調(diào)控基因表達的分子，廣泛作用于真核生物的生理、生化作用過程中，這些miRNAs通過影響靶基因的翻譯表達過程，調(diào)節(jié)了細胞生長，組織分化，因而與生命過程中發(fā)育、疾病有關(guān)。在miRNA的相關(guān)研究中，miRNA靶基因研究顯得十分重要，目前，基于生物信息學(xué)計算方法的miRNA靶基因查找技術(shù)已經(jīng)相當成熟，利用分析軟件可以比較準確的得出目標miRNA的靶基因以及它們的相互調(diào)節(jié)通路。本發(fā)明設(shè)計了一種miRNA靶基因的分析方法，查找特定代謝通路下miRNA的靶基因。通過這種方法實現(xiàn)在特定方向如癌癥、細胞凋亡等方面的miRNA研究。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明所述方法主要用于特定代謝通路下的miRNA靶基因的查找，通過應(yīng)用幾種生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件以及兩大數(shù)據(jù)庫Gene Ontology (http://www. geneontology. org/)禾口Pathway (http //www. genome, jp/kegg/pathway. html)實現(xiàn)對 miRNA 的準確查找。該方法包括如下幾個步驟步驟一、靶基因分析。步驟二、靶基因Gene Ontology分析步驟三、靶基因pattiway分析步驟四、結(jié)果分析。


圖1、本發(fā)明所述一種查找特定代謝通路miRNA靶基因的方法的實施流程圖。實施方式
本方法針對給定的目標miRNA進行分析，其具體的實施方法有下面幾個步驟步驟一、靶基因分析。本方法中，使用如下三種常用生物信息軟件PicTar 2005 :http//pictar· mdc-berlin. de/cgi-bin/PicTar_vertebrate. cgimiRanda v5 :http://www. ebi. ac. uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ TargetScan 5. 1 :http://www. targetscan. org/對給定的miRNA進行靶基因預(yù)測，綜合三種軟件的預(yù)測結(jié)果，獲得miRNA所有的靶基因，統(tǒng)計成列表。步驟二、靶基因Gene Ontology分析。將步驟一中所得的靶基因分為上調(diào)基因和下調(diào)基因兩個集合，使用R(http://WWW. r-project. org/)統(tǒng)計平臺下的GSEABase軟件包， 分別向Gene ontology數(shù)據(jù)庫的各個節(jié)點進行映射，計算各個節(jié)點的基因數(shù)目。步驟三、靶基因pattway分析。將步驟一中所得的靶基因分為上調(diào)基因和下調(diào)基因兩個集合，使用 GenMAPP v2. 1 (http //www. genmapp. org/)軟件，分別向 KEGG pathway 數(shù)據(jù)庫進行映射，并統(tǒng)計基因在每個pattiway中的富集程度(enrichment p-value)。步驟四、結(jié)果分析。綜合步驟三和步驟四的分析結(jié)果，利用給定的代謝通路特征信息如癌癥(Pattiways in cancer)、細胞凋亡(apoptosis)等，標記出分析結(jié)果中對應(yīng)的代謝通路，并依據(jù)代謝通路查找出結(jié)果中相關(guān)的miRNA靶基因。以上是對本發(fā)明的描述而非限定，基于本發(fā)明思想的其它實施方式，均在本發(fā)明的保護范圍之中。
權(quán)利要求
1.本發(fā)明所述的一種查找特定代謝通路miRNA靶基因的方法，他包括如下幾步主要特征步驟一、靶基因分析。 步驟二、靶基因Gene Ontology分析步驟三、靶基因pattiway分析步驟四、結(jié)果分析。
全文摘要
本發(fā)明設(shè)計了一種miRNA靶基因的分析方法，查找特定代謝通路下miRNA的靶基因，以實現(xiàn)在特定方向如癌癥、細胞凋亡等方面的miRNA研究，它包括幾個主要步驟步驟一、靶基因分析；步驟二、靶基因Gene Ontology分析；步驟三、靶基因pathway分析；步驟四、結(jié)果分析。
文檔編號C12Q1/68GK102321736SQ20101056165
公開日2012年1月18日 申請日期2010年11月25日 優(yōu)先權(quán)日2010年11月25日
發(fā)明者曾華宗 申請人:上海聚類生物科技有限公司