Foxc1和en1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用圖
【專利摘要】本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及FOXC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。本發(fā)明提供FOXC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測(cè)瘤株中FOXC1和EN1的表達(dá)水平，能夠識(shí)別出FOXC1和EN1共同高表達(dá)的瘤株，并可進(jìn)一步預(yù)測(cè)該類瘤株為高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的類型。
【專利說明】
F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或 篩選治療乳腺癌的藥物中的用途
技術(shù)領(lǐng)域
[0001]本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。【背景技術(shù)】
[0002]惡性腫瘤是威脅人民健康的最大危險(xiǎn)因素之一，我國每年僅腫瘤死亡人數(shù)近200 萬人，惡性腫瘤造成的經(jīng)濟(jì)損失高達(dá)1400多億元人民幣。在我國，乳腺癌占所有惡性腫瘤的7% -10%，其發(fā)病率正以每年3% -4%的增長(zhǎng)速率急劇增加，增速遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于世界平均水平。雖然乳腺癌有比較好的預(yù)后，但其仍居女性因癌癥死亡原因之首。隨著女性防癌意識(shí)的增強(qiáng)和乳腺癌篩查方法的廣泛應(yīng)用，早期發(fā)現(xiàn)的乳腺癌患者中，只有約5%初步診斷為無法治愈。然而30-40%的乳腺癌患者最終會(huì)死于乳腺癌復(fù)發(fā)。
[0003]預(yù)后是指對(duì)發(fā)病后，疾病未來過程的一種預(yù)先估計(jì)。在醫(yī)學(xué)上，“預(yù)后”是指根據(jù)經(jīng)驗(yàn)預(yù)測(cè)的疾病發(fā)展情況。預(yù)后主要涉及到三方面，將發(fā)生什么結(jié)果、發(fā)生不良結(jié)局的可能性有多大、什么時(shí)候會(huì)發(fā)生。預(yù)后分析是對(duì)疾病發(fā)病后發(fā)展為各種不同結(jié)局的預(yù)測(cè)；是臨床非常實(shí)用、對(duì)臨床很有指導(dǎo)作用的臨床研究。研究和評(píng)價(jià)預(yù)后的目的，為了便于了解各種疾病對(duì)人類危害性的大小、探索影響預(yù)后的因素、研究改善預(yù)后的具體措施。
[0004]腫瘤標(biāo)識(shí)物是可以在血清、血漿、其他體液、組織提取物或石蠟固定的組織中檢測(cè)到的自然生長(zhǎng)的分子。腫瘤標(biāo)識(shí)物可以為乳腺癌的診斷，選擇治療方案、預(yù)測(cè)疾病進(jìn)程和復(fù)發(fā)以及對(duì)治療效果進(jìn)行監(jiān)測(cè)等提供有價(jià)值的信息。乳腺癌作為女性排名第一的高發(fā)惡性腫瘤，極為缺乏高效的腫瘤標(biāo)記物。BRCA-1是最早被發(fā)現(xiàn)的高共顯乳腺癌易感基因，但據(jù)估計(jì)BRCA-1、BRCA-2在全部乳腺癌中僅占不到5% ;其他已知乳腺癌易感基因如ATM、PTEN、 TP53等也僅能說明約1%左右的乳腺癌。目前我國在臨床上應(yīng)用乳腺癌標(biāo)記物僅有ER、PR 和HER2,其中預(yù)后最差的ER-/PR-、HER2-亞型的風(fēng)險(xiǎn)比僅為1.5,而且在同一亞型中，不同病人的預(yù)后、存活時(shí)間、復(fù)發(fā)等都存在著顯著差異。這些數(shù)據(jù)表明，如何對(duì)乳腺癌進(jìn)行準(zhǔn)確的分型、盡早判斷腫瘤是否會(huì)復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移，進(jìn)而選擇合理的治療手段，提高乳腺癌患者的生存率和生活質(zhì)量是乳腺癌治療的重要發(fā)展方向。
【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]鑒于以上所述現(xiàn)有技術(shù)的缺點(diǎn)，本發(fā)明的目的在于提供F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，用于解決現(xiàn)有技術(shù)中的問題。本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)F0XC1與EN1共同高表達(dá)與高風(fēng)險(xiǎn)乳腺癌的聯(lián)系，通過檢測(cè)乳腺癌樣株中 F0XC1和EN1的表達(dá)水平，識(shí)別出F0XC1和EN1共同高表達(dá)的乳腺癌株，并可進(jìn)一步預(yù)測(cè)出該類乳腺癌株可能具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預(yù)后。
[0006]為實(shí)現(xiàn)上述目的及其他相關(guān)目的，本發(fā)明第一方面提供F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。
[0007]所述篩選診斷乳腺癌藥物具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測(cè)F0XC1和EN1表達(dá)量對(duì)可能作為診斷乳腺癌藥物使用的物質(zhì)進(jìn)行生物活性、藥理作用或藥用價(jià)值的評(píng)估。
[0008]所述篩選診斷乳腺癌的試劑盒具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測(cè)F0XC1和 EN1的表達(dá)量對(duì)可能作為診斷乳腺癌的試劑盒進(jìn)行性能的評(píng)估，所述性能如準(zhǔn)確性、特異性、穩(wěn)定性等。
[0009]所述篩選治療乳腺癌藥物具體指聯(lián)合使用F0XC1和EN1，通過監(jiān)測(cè)F0XC1和EN1表達(dá)量對(duì)可能作為治療乳腺癌藥物使用的物質(zhì)進(jìn)行生物活性、藥理作用或藥用價(jià)值的評(píng)估。
[0010]優(yōu)選的，所述制備診斷乳腺癌的藥物或試劑盒中，所述診斷乳腺癌具體指對(duì)乳腺癌惡性程度的預(yù)測(cè)和/或?qū)θ橄侔╊A(yù)后的判斷。
[0011]更優(yōu)選的，所述乳腺癌惡性程度的預(yù)測(cè)具體指通過F0XC1和EN1表達(dá)量的檢測(cè)對(duì)乳腺癌樣株的惡性程度進(jìn)行預(yù)測(cè)。
[0012]更優(yōu)選的，所述乳腺癌預(yù)后的判斷具體指通過F0XC1和EN1表達(dá)量的檢測(cè)對(duì)乳腺癌病人的病程和/或結(jié)局進(jìn)行預(yù)后判斷。
[0013]具體的，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達(dá)表示乳腺癌樣株具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預(yù)后；F0XC1和EN1共同低表達(dá)表示乳腺癌樣株具有較低的惡性程度，并表現(xiàn)出較好的預(yù)后。
[0014]本發(fā)明提供第二方面提供一種基于F0XC1與EN1共同高表達(dá)的高風(fēng)險(xiǎn)乳腺癌的新型診斷法，所述診斷方法具體為通過檢測(cè)腫瘤樣株中F0XC1和EN1的表達(dá)水平對(duì)乳腺癌病人的預(yù)后進(jìn)行判斷。
[0015]具體的，所述檢測(cè)腫瘤樣株中F0XC1和EN1的表達(dá)水平是指將現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中的腫瘤樣株的F0XC1和EN1表達(dá)量信息進(jìn)行數(shù)據(jù)分布分析，再檢測(cè)患者乳腺癌樣株中F0XC1和 EN1的表達(dá)水平，根據(jù)數(shù)據(jù)分布識(shí)別出這兩個(gè)基因共同高表達(dá)的乳腺癌樣株。
[0016]在本發(fā)明實(shí)施例中，在統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件R工作平臺(tái)中調(diào)用聚類分析程序包mclust進(jìn)行數(shù)據(jù)分布分析。
[0017]所述乳腺癌病人的預(yù)后進(jìn)行判斷具體指，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達(dá)的這類乳腺癌株可能具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預(yù)后。
[0018]本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測(cè)瘤株中F0XC1和EN1的表達(dá)水平，能夠識(shí)別出F0XC1 和EN1共同高表達(dá)的瘤株，并可進(jìn)一步預(yù)測(cè)該類瘤株為高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的類型。此外，經(jīng)公開可得的乳腺癌病人微陣列和二代測(cè)序的基因表達(dá)數(shù)據(jù)和存活數(shù)據(jù)證實(shí)，通過F0XC1和 EN1表達(dá)量的表征，能夠有效預(yù)測(cè)出高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的瘤株，可見F0XC1和EN1在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物的用途中具有高度產(chǎn)業(yè)利用價(jià)值?！靖綀D說明】
[0019]圖1顯示為本發(fā)明的基于F0XC1與EN1共同高表達(dá)的高風(fēng)險(xiǎn)乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)示意圖；
[0020]圖2顯示為公開可得的五套乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)中F0XC1和EN1的表達(dá)水平分布圖；
[0021]圖3顯示為F0XC1和EN1共同高表達(dá)的五套乳腺癌株的存活分析曲線圖(A為 GSE1456, B 為 GSE11121，C 為 GSE12276, D 為 GSE20685, E 為 TCGA-BRCA-mRNA-Level3)。
【具體實(shí)施方式】
[0022]如圖1所示，本發(fā)明發(fā)明人通過檢測(cè)腫瘤樣株中FOXCl和ENl的表達(dá)水平，應(yīng)用FOXCl與ENl共同高表達(dá)預(yù)測(cè)乳腺癌的預(yù)后，從而提供了 FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物(試劑盒)、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。
[0023]具體包括如下步驟:
[0024]步驟I，檢測(cè)腫瘤樣株中FOXCl和ENl的表達(dá)水平包括瘤株樣本的采集和FOXCl與ENl基因表達(dá)水平的測(cè)定。
[0025]步驟2，應(yīng)用FOXCl與ENl共同高表達(dá)預(yù)測(cè)乳腺癌的預(yù)后將識(shí)別出FOXCl和ENl共同高表達(dá)瘤株，并進(jìn)一步預(yù)測(cè)這類瘤株為高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的類型。
[0026]以下通過特定的具體實(shí)例說明本發(fā)明的實(shí)施方式，本領(lǐng)域技術(shù)人員可由本說明書所揭露的內(nèi)容輕易地了解本發(fā)明的其他優(yōu)點(diǎn)與功效。本發(fā)明還可以通過另外不同的【具體實(shí)施方式】加以實(shí)施或應(yīng)用，本說明書中的各項(xiàng)細(xì)節(jié)也可以基于不同觀點(diǎn)與應(yīng)用，在沒有背離本發(fā)明的精神下進(jìn)行各種修飾或改變。
[0027]在進(jìn)一步描述本發(fā)明【具體實(shí)施方式】之前，應(yīng)理解，本發(fā)明的保護(hù)范圍不局限于下述特定的具體實(shí)施方案；還應(yīng)當(dāng)理解，本發(fā)明實(shí)施例中使用的術(shù)語是為了描述特定的具體實(shí)施方案，而不是為了限制本發(fā)明的保護(hù)范圍；在本發(fā)明說明書和權(quán)利要求書中，除非文中另外明確指出，單數(shù)形式“一個(gè)”、“一”和“這個(gè)”包括復(fù)數(shù)形式。
[0028]當(dāng)實(shí)施例給出數(shù)值范圍時(shí)，應(yīng)理解，除非本發(fā)明另有說明，每個(gè)數(shù)值范圍的兩個(gè)端點(diǎn)以及兩個(gè)端點(diǎn)之間任何一個(gè)數(shù)值均可選用。除非另外定義，本發(fā)明中使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語與本技術(shù)領(lǐng)域技術(shù)人員通常理解的意義相同。除實(shí)施例中使用的具體方法、設(shè)備、材料外，根據(jù)本技術(shù)領(lǐng)域的技術(shù)人員對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的掌握及本發(fā)明的記載，還可以使用與本發(fā)明實(shí)施例中所述的方法、設(shè)備、材料相似或等同的現(xiàn)有技術(shù)的任何方法、設(shè)備和材料來實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。
[0029]除非另外說明，本發(fā)明中所公開的實(shí)驗(yàn)方法、檢測(cè)方法、制備方法均采用本技術(shù)領(lǐng)域常規(guī)的分子生物學(xué)、生物化學(xué)、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和分析、分析化學(xué)、細(xì)胞培養(yǎng)、重組DNA技術(shù)及相關(guān)領(lǐng)域的常規(guī)技術(shù)。這些技術(shù)在現(xiàn)有文獻(xiàn)中已有完善說明，具體可參見Sambrook等 MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL, Second edit1n, Cold Spring HarborLaboratory Press,1989 and Third edit1n,2001；Ausubel 等，CURRENT PROTOCOLSIN MOLECULAR B1LOGY, John ffiley&Sons, New York,1987 and per1dic updates ；the series METHODS IN ENZYM0L0GY, Academic Press, San Diego ；ffolffe, CHROMATINSTRUCTURE AND FUNCT1N, Third edit1n, Academic Press, San Diego,1998 ；METH0DSIN ENZYM0L0GY, Vol.304, Chromatin (P.M.ffassarman and A.P.ffolffe, eds.), AcademicPress, San Diego,1999 ；和 METHODS IN MOLECULAR B1LOGY, Vol.119，ChromatinProtocols (P.B.Becker, ed.) Humana Press, Totowa, 1999 等。
[0030]實(shí)施例
[0031 ] 實(shí)施例中所使用的乳腺癌樣株信息取自NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫和TCGA數(shù)據(jù)庫，并采用兩條標(biāo)準(zhǔn)對(duì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選:1，瘤株樣本數(shù)大于200例；2，具備臨床信息特別是病人隨訪的存活時(shí)間數(shù)據(jù)，因此得到五套數(shù)據(jù)，具體如下:
[0032]1)SeriesAccess1n:GSE1456ID:200001456Samples(318)
[0033]2)SeriesAccess1n:GSE11121ID:200011121Samples(200)
[0034]3)SeriesAccess1n:GSE12276ID:200012276Samples(204)
[0035]4)SeriesAccess1n:GSE20685ID:200020685Samples (327)
[0036]5)TCGA-BRCA-mRNA-Level3Samples(1176)
[0037]數(shù)據(jù)處理:
[0038]提取每套基因表達(dá)數(shù)據(jù)中EN1和F0XC1的表達(dá)數(shù)據(jù)，取log2后的數(shù)值作為最終的表達(dá)水平，在統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件R工作平臺(tái)(版本號(hào):3.1.2)中調(diào)用聚類分析程序包mclust (版本號(hào)4.4)，將表達(dá)數(shù)據(jù)分為高表達(dá)和低表達(dá)的兩類；對(duì)每個(gè)基因的表達(dá)水平按照數(shù)值大小進(jìn)行由小到大地排序，以低表達(dá)類的最大值和高表達(dá)類的最小值的平均值作為表達(dá)水平的區(qū)分標(biāo)準(zhǔn)。
[0039]相關(guān)五套乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)中F0XC1和EN1的表達(dá)水平分布圖如圖2所示，其中，GE0數(shù)據(jù)庫來源的F0XC1和EN1基因表達(dá)水平檢測(cè)方法為微陣列法，TCGA數(shù)據(jù)庫來源的 F0XC1和EN1基因表達(dá)水平檢測(cè)方法為二代測(cè)序法。
[0040]對(duì)F0XC1和EN1的表達(dá)水平進(jìn)行數(shù)據(jù)分布分析，識(shí)別出這兩個(gè)基因共同高表達(dá)的瘤株:EN1高表達(dá)組(右下角)，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組(左上角)，EN1、F0XC1共同高表達(dá)組(右上角)，EN1、F0XC1共同低表達(dá)組(左下角)。
[0041]各套數(shù)據(jù)的分割標(biāo)準(zhǔn)分別如下:
[0042]GSE1456:EN1的分割界限為7.83, F0XC1的分割界限為7.46,其中EN1高表達(dá)組 10例，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組13例，ENUF0XC1共同高表達(dá)組8例，ENUF0XC1共同低表達(dá)組303例。
[0043]GSE11121:EN1的分割界限為8.91，F(xiàn)0XC1的分割界限為8.71，其中EN1高表達(dá)組 15例，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組18例，ENUF0XC1共同高表達(dá)組9例，ENUF0XC1共同低表達(dá)組176例。
[0044]GSE12276:EN1的分割界限為9.85, F0XC1的分割界限為9.81，其中EN1高表達(dá)組 45例，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組53例，ENUF0XC1共同高表達(dá)組39例，ENUF0XC1共同低表達(dá)組245例。
[0045]GSE20685:EN1的分割界限為9.94, F0XC1的分割界限為9.95,其中EN1高表達(dá)組 29例，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組36例，ENUF0XC1共同高表達(dá)組24例，ENUF0XC1共同低表達(dá)組286例。
[0046]TCGA-BRCA-mRNA-Level3:EN1 的分割界限為 8.37，F(xiàn)0XC1 的分割界限為 9.30,其中 EN1高表達(dá)組150例，F(xiàn)0XC1高表達(dá)組231例，ENUF0XC1共同高表達(dá)組128例，ENUF0XC1 共同低表達(dá)組923例。
[0047]不同樣株系列本身的基因表達(dá)量略有差異，且檢測(cè)方法略有不同，導(dǎo)致高表達(dá)和低表達(dá)分割界限的差異。
[0048]依據(jù)瘤株樣本的存活數(shù)據(jù)進(jìn)行存活曲線分析，結(jié)果如圖3所示。其中，橫坐標(biāo)表示的是瘤株樣本來源的病人存活時(shí)間，縱坐標(biāo)表示的是瘤株樣本來源的病人乳腺癌復(fù)發(fā)幾率 (無轉(zhuǎn)移生存率)。由圖3中各圖可見，相對(duì)于F0XC1和EN1低表達(dá)組而言(向下箭頭所示)，F(xiàn)0XC1和EN1共同高表達(dá)表示乳腺癌樣株均具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預(yù)后(向上箭頭所示)。
[0049]綜上所述，本發(fā)明發(fā)明人發(fā)現(xiàn)通過檢測(cè)瘤株中FOXCl和ENl的表達(dá)水平，識(shí)別出FOXCl和ENl共同高表達(dá)的瘤株，并可進(jìn)一步預(yù)測(cè)該類瘤株為高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的類型。此外，經(jīng)公開可得的乳腺癌病人微陣列和二代測(cè)序的基因表達(dá)數(shù)據(jù)和存活數(shù)據(jù)證實(shí)，本發(fā)明能夠有效預(yù)測(cè)出高風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后差的瘤株，具有高度產(chǎn)業(yè)利用價(jià)值。
[0050]上述實(shí)施例僅例示性說明本發(fā)明的原理及其功效，而非用于限制本發(fā)明。任何熟悉此技術(shù)的人士皆可在不違背本發(fā)明的精神及范疇下，對(duì)上述實(shí)施例進(jìn)行修飾或改變。因此，舉凡所屬技術(shù)領(lǐng)域中具有通常知識(shí)者在未脫離本發(fā)明所揭示的精神與技術(shù)思想下所完成的一切等效修飾或改變，仍應(yīng)由本發(fā)明的權(quán)利要求所涵蓋。
【主權(quán)項(xiàng)】
1.FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途。2.如權(quán)利要求1所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述診斷乳腺癌具體指對(duì)乳腺癌惡性程度的預(yù)測(cè)和/或?qū)θ橄侔╊A(yù)后的判斷。3.如權(quán)利要求2所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述乳腺癌惡性程度的預(yù)測(cè)具體指通過FOXCl和ENl表達(dá)量的檢測(cè)對(duì)乳腺癌樣株的惡性程度進(jìn)行預(yù)測(cè)。4.如權(quán)利要求2所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，所述乳腺癌預(yù)后的判斷具體指通過FOXCl和ENl表達(dá)量的檢測(cè)對(duì)乳腺癌病人的病程和/或結(jié)局進(jìn)行預(yù)后判斷。5.如權(quán)利要求3或4任一權(quán)利要求所述的FOXCl和ENl在制備或篩選診斷乳腺癌的藥物或試劑盒、或篩選治療乳腺癌的藥物中的用途，其特征在于，F(xiàn)OXCl和ENl共同高表達(dá)表示乳腺癌樣株具有較高的惡性程度，并表現(xiàn)出較差的預(yù)后。
【文檔編號(hào)】G01N33/68GK105986009SQ201510047514
【公開日】2016年10月5日
【申請(qǐng)日】2015年1月29日
【發(fā)明人】常宏淵, 王鵬, 薛夢(mèng)竹
【申請(qǐng)人】中國科學(xué)院上海高等研究院