本發(fā)明涉及醫(yī)學(xué)圖像處理領(lǐng)域,具體是涉及一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測方法及系統(tǒng)。
背景技術(shù):
PCa(Prostate Cancer,前列腺癌)是世界上男性的第二大癌癥,在美國,大約1/6的男人會得前列腺癌,1/36的男人會死于這種疾病。目前,前列腺癌的診斷方法有:TRUS(Trans-rectal Ultrasound,超聲引導(dǎo)下經(jīng)直腸)前列腺穿刺活檢術(shù)和PSA(Prostate-specific Antigen,前列腺特異抗原)血清檢查。前列腺穿刺活檢會給病人帶來較大不適,可能會發(fā)生嚴重感染。前列腺特異抗原具有前列腺組織特異性,而不具前列腺癌特異性,前列腺癌與良性前列腺增生的血清PSA結(jié)果存在相當(dāng)程度的重疊。
不同于上述兩種方法,多參數(shù)MRI(Magnetic Resonance Imaging,磁共振成像)能夠探測前列腺區(qū)域的形態(tài)和功能信息,已經(jīng)成為一種較好的前列腺癌診斷方法。與前列腺癌診斷相關(guān)的MRI序列包括T2WI(T2Weight Imaging,T2加權(quán)圖像)、DWI(Diffusion Weight Imaging,彌散加權(quán)成像)、DCE(Dynamic Contrast Enhanced,動態(tài)增強)、磁共振波譜成像(MR spectroscopy)等等。放射科醫(yī)生整合這些不同的序列的信息來進行診斷。
由于放射科醫(yī)生本身的限制和MRI圖像數(shù)據(jù)的復(fù)雜性,放射科醫(yī)生的診斷效率不高,特別是對于經(jīng)驗不足的醫(yī)生。在前列腺癌的MRI圖像診斷過程中,需要經(jīng)驗豐富的放射科醫(yī)生分析從不同MRI序列提取的數(shù)據(jù),勞動量十分巨大。而且,在診斷過程中,人為疏忽和感知錯誤也會造成一定的誤診,不同放射科醫(yī)生對同一病例的判斷也會由于經(jīng)驗不同而存在一定的差異。對于經(jīng)驗不足的放射科醫(yī)生來說,從各種不同MRI序列對前列腺癌進行診斷非常具有挑戰(zhàn)性。
計算機輔助診斷(CAD)是指使用計算機對醫(yī)學(xué)圖像進行分析,得到分析結(jié)果作為“參考意見”,由醫(yī)生進行診斷。目前,比較成熟的CAD系統(tǒng)包括:乳腺X射線攝影CAD系統(tǒng)和胸部X光片CAD系統(tǒng)。在前列腺癌計算機輔助診斷領(lǐng)域,研究者已經(jīng)設(shè)計出一些基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助診斷系統(tǒng),在訓(xùn)練階段,這些系統(tǒng)從MRI序列提取各類不同的特征,用來訓(xùn)練分類器,在測試階段,使用訓(xùn)練好的分類器,來對測試病例的特征進行分類,得到相應(yīng)的診斷結(jié)果。
目前有些方法提取像素點特征,這些方法一般是以某像素點為中心的局部窗口內(nèi)的統(tǒng)計特征作為該點的特征,這些方法的不足在于:像素點的數(shù)目較多,會造成訓(xùn)練的數(shù)據(jù)量過大,且所用的像素點特征無法描述整個病變區(qū)域的全貌,不像區(qū)域特征那樣容易被醫(yī)生所理解。另外一些方法提取病灶候選區(qū)域的特征,例如:尺寸、形狀、紋理、不對稱性,不足之處在于:前列腺區(qū)域的分割本身就是一個困難的問題,且前列腺區(qū)域內(nèi)的癌癥病灶也需要有經(jīng)驗的醫(yī)生手工分割來獲取,同時,還需要更多的有效特征來描述前列腺癌的病灶區(qū)域。因此,亟待開發(fā)能夠幫助放射科醫(yī)生進行前列腺癌的診斷的技術(shù)。
技術(shù)實現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的是為了幫助放射科醫(yī)生進行前列腺癌的診斷,提供一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測方法及系統(tǒng),給放射科醫(yī)生提供一系列的量化指標(biāo)及相應(yīng)的惡性概率值,能有效輔助醫(yī)生利用MRI圖像對前列腺癌進行診斷。
本發(fā)明提供一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測方法,包括以下步驟:
A、訓(xùn)練階段:
A1、對訓(xùn)練集合中的每個病例的三種磁共振成像MRI序列IT2、IDWI、IADC分別進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
A2、在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
A3、計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
A4、將步驟A3得到的訓(xùn)練集合中全部病例的特征送入分類器進行訓(xùn)練,生成訓(xùn)練模型;
B、識別階段:
B1、對測試集合中的病例的三種MRI序列IT2、IDWI、IADC進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
B2、在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
B3、計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
B4、將步驟B3得到的特征送入步驟A4生成的訓(xùn)練模型進行測試,病例中的每個病灶候選區(qū)域都得到一個相應(yīng)的惡性概率值。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,步驟A1、B1中進行預(yù)處理的過程如下:
步驟101、對IDWI進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IDWI中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
步驟102、對IADC也進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IADC中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
經(jīng)過步驟101和步驟102的處理,IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,步驟A2、B2中,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域的過程如下:根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IDWI圖像進行閾值分割,得到二值圖,然后找到該二值圖中的最大連通子圖,進行區(qū)域填充,計算經(jīng)過填充之后的連通子圖的外切矩形,判斷該矩形的長是否大于寬,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷上述的最大連通子圖的質(zhì)心與圖像中心的距離是否大于某一閾值,若是,則說明該連通子圖不滿足要求,以圖像中心為種子點,進行區(qū)域生長;若否,則說明該連通子圖滿足要求;計算最后得到的分割結(jié)果的凸包,作為前列腺區(qū)域,表示為IPro。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,步驟A2、B2中,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域的過程如下:根據(jù)前面得到的前列腺區(qū)域IPro,計算IPro中前列腺區(qū)域的外切矩形,表示為RectROI;矩形區(qū)域RectROI擴展到IADC中,作為進行閾值分割的候選區(qū)域,表示為IADCCrop;
根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IADCCrop圖像進行閾值分割,得到二值圖,使用前列腺區(qū)域IPro對該結(jié)構(gòu)進行約束,分別計算各個病灶候選區(qū)域的面積,判斷面積和是否大于某一閾值或者閾值的調(diào)整次數(shù)是否大于n次,n為根據(jù)經(jīng)驗得到的值,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷病灶總面積是否小于某一閾值,若是,則表明ADC圖像效果不佳,在DWI上進行閾值分割,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
去掉像素點數(shù)小于num的候選區(qū)域,45≤num≤55,且num為正整數(shù),為MRI中所能觀察到的最小腫瘤所對應(yīng)的像素點數(shù),之后,計算最大連通子圖面積與病灶總面積的比值,若該比值大于某一閾值,則只保留該最大連通子圖,作為病灶候選區(qū)域所在的位置,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
將所有連通子圖作為病灶候選區(qū)域所在位置,使用馬爾科夫隨機場MRF模型分割算法,對IADCCrop圖像進行分割,聯(lián)合上述的病灶候選區(qū)域所在位置和MRF分割結(jié)果,得到病灶候選區(qū)域的位置和形狀,得到的病灶候選區(qū)域表示為ILes。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,步驟A3、B3中,每個候選區(qū)域的特征包括:原始的多參數(shù)MRI信號、紋理特征和兩類新特征,兩類新特征用來表示病灶與周圍組織的關(guān)系,其中一類特征表示病灶與周圍組織差異,表示為Fd;另外一類特征表示病灶在前列腺中的位置,表示為Fl;特征Fd表示病灶與周圍組織差異,病灶區(qū)域表示為A;病灶區(qū)域經(jīng)過形態(tài)學(xué)膨脹處理得到的區(qū)域表示為B;病灶的周圍組織表示為B-A;
病灶周邊差異特征包含兩類:病灶周邊信號強度差異特征和病灶周邊紋理差異特征
其中,表示病灶周邊信號強度差異特征,SIA表示區(qū)域A的平均信號強度,SIB-A表示區(qū)域B-A的平均信號強度;
其中,表示病灶周邊紋理差異特征,TA表示區(qū)域A的紋理特征,TB-A表示區(qū)域B-A的紋理特征;
紋理特征的計算步驟為:首先,MRI序列上的信號被縮放到0-256灰度區(qū)間;然后,對每個像素點,以該點為中心的5*5的區(qū)域內(nèi)信息的灰度共生矩陣被計算,該共生矩陣的能量、對比度、相關(guān)、熵、均勻性作為該像素點的紋理特征;區(qū)域A或區(qū)域B-A的紋理特征為該區(qū)域中全部像素點的紋理特征的平均值;
特征Fl表示病灶在前列腺中的位置,步驟A2已經(jīng)獲取了前列腺區(qū)域和病灶候選區(qū)域,在此基礎(chǔ)上分別提取這兩個區(qū)域的質(zhì)心,計算兩個區(qū)域的質(zhì)心的相對位置,表明病變部位在前列腺中的位置,橢圓表示前列腺區(qū)域,橢圓中的不規(guī)則形狀表示病灶區(qū)域,點C和點D分別為前列腺區(qū)域和病灶區(qū)域的質(zhì)心,連接兩個質(zhì)心做直線,與病灶區(qū)域和前列腺區(qū)域的邊界產(chǎn)生兩個交點E和F,E和F之間的距離記為LEF,C和F之間的距離記為LCF,這兩個距離的比值d記為:
以點C為極點,建立極坐標(biāo)系,點D的極坐標(biāo)記為(θD,ρD),特征Fl由d和(θD,ρD)組成,用來確定病灶在前列腺中的位置。
本發(fā)明還提供一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測系統(tǒng),該系統(tǒng)包括訓(xùn)練單元和識別單元,訓(xùn)練單元包括第一預(yù)處理模塊、第一分割模塊、第一計算模塊和訓(xùn)練模塊;
第一預(yù)處理子單元用于:在訓(xùn)練階段,對訓(xùn)練集合中的每個病例的三種磁共振成像MRI序列IT2、IDWI、IADC分別進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
第一分割模塊用于:在訓(xùn)練階段,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
第一計算模塊用于:在訓(xùn)練階段,計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
訓(xùn)練模塊用于:將第一計算模塊得到的訓(xùn)練集合中全部病例的特征送入分類器進行訓(xùn)練,生成訓(xùn)練模型;
識別單元包括第二預(yù)處理模塊、第二分割模塊、第二計算模塊和測試模塊;
第二預(yù)處理模塊用于:在識別階段,對測試集合中的病例的三種MRI序列IT2、IDWI、IADC進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
第二分割模塊用于:在識別階段,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
第二計算模塊用于:在識別階段,計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
測試模塊用于:在識別階段,將第二計算模塊得到的特征送入訓(xùn)練模塊生成的訓(xùn)練模型進行測試,病例中的每個病灶候選區(qū)域都得到一個相應(yīng)的惡性概率值。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,所述第一預(yù)處理模塊、第二預(yù)處理模塊進行預(yù)處理的過程如下:
步驟101、對IDWI進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IDWI中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
步驟102、對IADC也進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IADC中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
經(jīng)過步驟101和步驟102的處理,IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,所述第一分割模塊、第二分割模塊在IDWI上分割出前列腺區(qū)域的過程如下:根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IDWI圖像進行閾值分割,得到二值圖,然后找到該二值圖中的最大連通子圖,進行區(qū)域填充,計算經(jīng)過填充之后的連通子圖的外切矩形,判斷該矩形的長是否大于寬,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷上述的最大連通子圖的質(zhì)心與圖像中心的距離是否大于某一閾值,若是,則說明該連通子圖不滿足要求,以圖像中心為種子點,進行區(qū)域生長;若否,則說明該連通子圖滿足要求;計算最后得到的分割結(jié)果的凸包,作為前列腺區(qū)域,表示為IPro。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,所述第一分割模塊、第二分割模塊在IADC上分割出病灶候選區(qū)域的過程如下:根據(jù)前面得到的前列腺區(qū)域IPro,計算IPro中前列腺區(qū)域的外切矩形,表示為RectROI;矩形區(qū)域RectROI擴展到IADC中,作為進行閾值分割的候選區(qū)域,表示為IADCCrop;
根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IADCCrop圖像進行閾值分割,得到二值圖,使用前列腺區(qū)域IPro對該結(jié)構(gòu)進行約束,分別計算各個病灶候選區(qū)域的面積,判斷面積和是否大于某一閾值或者閾值的調(diào)整次數(shù)是否大于n次,n為根據(jù)經(jīng)驗得到的值,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷病灶總面積是否小于某一閾值,若是,則表明ADC圖像效果不佳,在DWI上進行閾值分割,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
去掉像素點數(shù)小于num的候選區(qū)域,45≤num≤55,且num為正整數(shù),為MRI中所能觀察到的最小腫瘤所對應(yīng)的像素點數(shù),之后,計算最大連通子圖面積與病灶總面積的比值,若該比值大于某一閾值,則只保留該最大連通子圖,作為病灶候選區(qū)域所在的位置,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
將所有連通子圖作為病灶候選區(qū)域所在位置,使用馬爾科夫隨機場MRF模型分割算法,對IADCCrop圖像進行分割,聯(lián)合上述的病灶候選區(qū)域所在位置和MRF分割結(jié)果,得到病灶候選區(qū)域的位置和形狀,得到的病灶候選區(qū)域表示為ILes。
在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上,所述第一計算模塊、第二計算模塊計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征時,每個候選區(qū)域的特征包括:原始的多參數(shù)MRI信號、紋理特征和兩類新特征,兩類新特征用來表示病灶與周圍組織的關(guān)系,其中一類特征表示病灶與周圍組織差異,表示為Fd;另外一類特征表示病灶在前列腺中的位置,表示為Fl;特征Fd表示病灶與周圍組織差異,病灶區(qū)域表示為A;病灶區(qū)域經(jīng)過形態(tài)學(xué)膨脹處理得到的區(qū)域表示為B;病灶的周圍組織表示為B-A;
病灶周邊差異特征包含兩類:病灶周邊信號強度差異特征和病灶周邊紋理差異特征
其中,表示病灶周邊信號強度差異特征,SIA表示區(qū)域A的平均信號強度,SIB-A表示區(qū)域B-A的平均信號強度;
其中,表示病灶周邊紋理差異特征,TA表示區(qū)域A的紋理特征,TB-A表示區(qū)域B-A的紋理特征;
紋理特征的計算步驟為:首先,MRI序列上的信號被縮放到0-256灰度區(qū)間;然后,對每個像素點,以該點為中心的5*5的區(qū)域內(nèi)信息的灰度共生矩陣被計算,該共生矩陣的能量、對比度、相關(guān)、熵、均勻性作為該像素點的紋理特征;區(qū)域A或區(qū)域B-A的紋理特征為該區(qū)域中全部像素點的紋理特征的平均值;
特征Fl表示病灶在前列腺中的位置,第一分割模塊已經(jīng)獲取了前列腺區(qū)域和病灶候選區(qū)域,在此基礎(chǔ)上分別提取這兩個區(qū)域的質(zhì)心,計算兩個區(qū)域的質(zhì)心的相對位置,表明病變部位在前列腺中的位置,橢圓表示前列腺區(qū)域,橢圓中的不規(guī)則形狀表示病灶區(qū)域,點C和點D分別為前列腺區(qū)域和病灶區(qū)域的質(zhì)心,連接兩個質(zhì)心做直線,與病灶區(qū)域和前列腺區(qū)域的邊界產(chǎn)生兩個交點E和F,E和F之間的距離記為LEF,C和F之間的距離記為LCF,這兩個距離的比值d記為:
以點C為極點,建立極坐標(biāo)系,點D的極坐標(biāo)記為(θD,ρD),特征Fl由d和(θD,ρD)組成,用來確定病灶在前列腺中的位置。
與現(xiàn)有技術(shù)相比,本發(fā)明的優(yōu)點如下:
(1)本發(fā)明在訓(xùn)練階段,首先對病例樣本進行預(yù)處理,然后自動提取前列腺區(qū)域和病灶候選區(qū)域,接著計算病灶候選區(qū)域的特征,用來訓(xùn)練分類器;在測試階段,使用訓(xùn)練好的分類器,來對測試病例的特征進行分類,得到相應(yīng)的診斷結(jié)果,作為參考意見提供給醫(yī)生。本發(fā)明能有效輔助醫(yī)生利用MRI圖像對前列腺癌進行診斷。
(2)針對T2WI序列上的前列腺區(qū)域難以分割的問題,本發(fā)明不在T2WI序列上進行前列腺的分割,而在DWI序列上使用閾值分割和區(qū)域生長相結(jié)合,獲取前列腺區(qū)域及其外切矩形區(qū)域,然后自動擴展到其他序列,使用分割出來的前列腺區(qū)域作為約束,以便進行下一步的病灶候選區(qū)域的檢測。
(3)針對前列腺區(qū)域內(nèi)的病灶候選區(qū)域難以自動獲取的問題,本發(fā)明提出在上述前列腺外切矩形區(qū)域內(nèi),結(jié)合閾值分割和MRF(Markov Random Field,馬爾科夫隨機場)模型分割算法,來得到病灶候選區(qū)域。本發(fā)明設(shè)計了一種新方法來自動檢測病灶候選區(qū)域,在ADC(Apparent Diffusion Coefficient,表觀擴散系數(shù))圖像上使用閾值分割方法,來獲取病灶候選區(qū)域的位置,在ADC圖像上的分割效果不佳時,在DWI圖像上使用閾值分割,來獲取病灶候選區(qū)域的位置,結(jié)合閾值分割的結(jié)果和馬爾科夫隨機場模型分割算法的分割結(jié)果,使用馬爾科夫隨機場模型分割算法,來獲取病灶候選區(qū)域的邊緣,聯(lián)合上述的位置和邊緣來得到病灶候選區(qū)域最終的形狀。
(4)為了更準確地描述病灶,本發(fā)明設(shè)計了兩類新的特征來表征病灶與周圍組織的關(guān)系,其中一類特征表示病灶與周圍組織差異,另外一類特征表示病灶在前列腺中的位置,以提高系統(tǒng)的性能。
附圖說明
圖1是本發(fā)明實施例中基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測方法的流程圖。
圖2是本發(fā)明實施例中前列腺區(qū)域的分割流程圖。
圖3是本發(fā)明實施例中病灶候選區(qū)域的分割流程圖。
圖4是本發(fā)明實施例中病灶周邊差異特征的計算示意圖。
圖5是本發(fā)明實施例中病灶在前列腺中的位置特征的計算示意圖。
具體實施方式
下面結(jié)合附圖及具體實施例對本發(fā)明作進一步的詳細描述。
參見圖1所示,本發(fā)明實施例提供一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測方法,包括以下步驟:
A、訓(xùn)練階段
A1、對訓(xùn)練集合中的每個病例的三種MRI序列IT2、IDWI、IADC分別進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素大致對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
包含全部病例的集合分為訓(xùn)練集合與測試集合,集合中的每個病例都包含三種MRI序列:T2WI、DWI、ADC(Apparent Diffusion Coefficient,表觀擴散系數(shù)),其中ADC是由DWI計算得到,同一病例中的三種MRI序列T2WI、DWI、ADC分別表示為IT2、IDWI、IADC。
A2、在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
A3、計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
A4、將步驟A3得到的訓(xùn)練集合中全部病例的特征送入分類器進行訓(xùn)練,生成訓(xùn)練模型。
B、識別階段
B1、對測試集合中的病例的三種MRI序列IT2、IDWI、IADC進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素大致對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
B2、在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
B3、計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
B4、將步驟B3得到的特征送入步驟A4生成的訓(xùn)練模型進行測試,病例中的每個病灶候選區(qū)域都得到一個相應(yīng)的惡性概率值。
步驟A1、B1中進行預(yù)處理的過程如下:
步驟101、對IDWI進行放大和剪切。
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法。
放大的倍數(shù)為IDWI中的像素間距(pixel spacing)參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離。
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致,例如都為512×512個像素點。
步驟102、對IADC也進行放大和剪切,方法與步驟101一致:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法。
放大的倍數(shù)為IADC中的像素間距(pixel spacing)參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離。
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致,例如都為512×512個像素點。
經(jīng)過步驟101和步驟102的處理,IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素大致對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位。
步驟A2、B2中,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域的過程如下:
參見圖2所示,根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IDWI圖像進行閾值分割,得到二值圖,然后找到該二值圖中的最大連通子圖,進行區(qū)域填充,計算經(jīng)過填充之后的連通子圖的外切矩形,判斷該矩形的長是否大于寬,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷上述的最大連通子圖的質(zhì)心與圖像中心的距離是否大于某一閾值,若是,則說明該連通子圖不滿足要求,以圖像中心為種子點,進行區(qū)域生長;若否,則說明該連通子圖滿足要求;計算最后得到的分割結(jié)果的凸包,作為前列腺區(qū)域,表示為IPro,可擴展到其他序列。
此處使用了兩點前列腺的相關(guān)知識:
(1)前列腺大致位于人體中心的位置,因此,前列腺區(qū)域大致位于橫斷位圖像中心的位置;
(2)前列腺的形狀與栗子相似,所以DWI中的前列腺類似一個橢圓,其外切矩形的長一定大于寬。
步驟A2、B2中,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域的過程如下:
根據(jù)前面得到的前列腺區(qū)域IPro,計算IPro中前列腺區(qū)域的外切矩形,表示為RectROI。由于經(jīng)過步驟A1處理之后的IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素大致對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位,矩形區(qū)域RectROI擴展到IADC中,作為進行閾值分割的候選區(qū)域,表示為IADCCrop,IADC中的矩形區(qū)域RectROI以外的像素值被認為不屬于前列腺區(qū)域,無需處理。
參見圖3所示,根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IADCCrop圖像進行閾值分割,得到二值圖,使用前列腺區(qū)域IPro對該結(jié)構(gòu)進行約束,分別計算各個病灶候選區(qū)域的面積,判斷面積和是否大于某一閾值或者閾值的調(diào)整次數(shù)是否大于n次,n為根據(jù)經(jīng)驗得到的值,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷病灶總面積是否小于某一閾值,若是,則表明ADC圖像效果不佳,在DWI上進行閾值分割,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
去掉像素點數(shù)小于num的候選區(qū)域,45≤num≤55,且num為正整數(shù),大致為MRI中所能觀察到的最小腫瘤所對應(yīng)的像素點數(shù),之后,計算最大連通子圖面積與病灶總面積的比值,若該比值大于某一閾值,則只保留該最大連通子圖,作為病灶候選區(qū)域所在的位置,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
將所有連通子圖作為病灶候選區(qū)域所在位置,使用馬爾科夫隨機場模型分割算法,對IADCCrop圖像進行分割,聯(lián)合上述的病灶候選區(qū)域所在位置和MRF分割結(jié)果,得到病灶候選區(qū)域的位置和形狀,得到的病灶候選區(qū)域表示為ILes,可自動擴展到T2WI和DWI序列。
此處使用了前列腺癌和前列腺增生的相關(guān)知識:前列腺癌病灶區(qū)域如果很大,通常連成一片,而前列腺增生在ADC序列中的通常有多個低信號區(qū)域且這些區(qū)域的尺度相近。
步驟A3、B3中,計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征。
由于經(jīng)過步驟A處理之后的IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素大致對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位,因此,病灶候選區(qū)域ILes可由ADC序列擴展到T2WI和DWI序列。每個候選區(qū)域的特征包括:原始的多參數(shù)MRI信號、紋理特征和兩類新特征,兩類新特征用來表示病灶與周圍組織的關(guān)系,其中一類特征表示病灶與周圍組織差異,表示為Fd,另外一類特征表示病灶在前列腺中的位置,表示為Fl,這兩類新特征都用來提高系統(tǒng)的性能。
特征Fd表示病灶與周圍組織差異,將該特征命名為病灶周邊差異特征(Difference Feature of Lesion and Surrounding),參見圖4所示,圖4中有兩條環(huán)形的線,內(nèi)環(huán)線內(nèi)的區(qū)域為病灶區(qū)域,表示為A,外環(huán)線內(nèi)的區(qū)域為病灶區(qū)域經(jīng)過形態(tài)學(xué)膨脹處理得到的區(qū)域,表示為B。內(nèi)環(huán)線和外環(huán)線之間的區(qū)域則代表病灶的周圍組織,表示為B-A。使用多參數(shù)MRI診斷前列腺疾病的時候,與前列腺增生相比,前列腺癌病灶與周圍組織的差異更大,因此設(shè)計一類特征來量化這種差異??梢苑謩e在T2WI、DWI、ADC這三種MRI序列上計算該特征。
病灶周邊差異特征包含兩類:病灶周邊信號強度差異特征(Signal Intensity Difference Feature of Lesion and Surrounding)和病灶周邊紋理差異特征(Texture Difference Feature of Lesion and Surrounding)
病灶周邊信號強度差異特征用數(shù)學(xué)公式表示為:
其中,表示病灶周邊信號強度差異特征,SIA表示區(qū)域A的平均信號強度(Signal Intensity),SIB-A表示區(qū)域B-A的平均信號強度(Signal Intensity)。
病灶周邊紋理差異特征用數(shù)學(xué)公式表示為:
其中,表示病灶周邊紋理差異特征,TA表示區(qū)域A的紋理特征(Texture),TB-A表示區(qū)域B-A的紋理特征(Texture)。
紋理特征的計算步驟為:首先,MRI序列上的信號被縮放到0-256灰度區(qū)間;然后,對每個像素點,以該點為中心的5*5的區(qū)域內(nèi)信息的灰度共生矩陣被計算,該共生矩陣的能量、對比度、相關(guān)、熵、均勻性作為該像素點的紋理特征;區(qū)域A或區(qū)域B-A的紋理特征為該區(qū)域中全部像素點的紋理特征的平均值。
特征Fl表示病灶在前列腺中的位置。步驟A2已經(jīng)獲取了前列腺區(qū)域和病灶候選區(qū)域,在此基礎(chǔ)上分別提取這兩個區(qū)域的質(zhì)心,計算兩個區(qū)域的質(zhì)心的相對位置,表明病變部位在前列腺中的位置。參見圖5所示,橢圓表示前列腺區(qū)域,橢圓中較小的不規(guī)則形狀表示病灶區(qū)域,點C和點D分別為前列腺區(qū)域和病灶區(qū)域的質(zhì)心,連接兩個質(zhì)心做直線,與病灶區(qū)域和前列腺區(qū)域的邊界產(chǎn)生兩個交點E和F。E和F之間的距離記為LEF,C和F之間的距離記為LCF,這兩個距離的比值d記為:
以點C為極點,建立極坐標(biāo)系,點D的極坐標(biāo)記為(θD,ρD),特征Fl由d和(θD,ρD)這兩個成分組成,這兩個成分可以用來確定病灶在前列腺中的位置。由于前列腺的不同區(qū)域(中央?yún)^(qū)或者外周區(qū))發(fā)生癌癥的概率是不一樣的,約有80%的癌癥發(fā)生在前列腺的外周區(qū),發(fā)生在前列腺的其他區(qū)域的癌癥占20%。病灶是處于前列腺的外周區(qū)還是中央?yún)^(qū)在前列腺癌的診斷過程中是重要的,特征Fl就可以用來判斷病灶是否處于外周區(qū)。
本發(fā)明還提供一種基于多參數(shù)MRI的前列腺癌計算機輔助檢測系統(tǒng),該系統(tǒng)包括訓(xùn)練單元和識別單元,訓(xùn)練單元包括第一預(yù)處理模塊、第一分割模塊、第一計算模塊和訓(xùn)練模塊;
第一預(yù)處理子單元用于:在訓(xùn)練階段,對訓(xùn)練集合中的每個病例的三種磁共振成像MRI序列IT2、IDWI、IADC分別進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
第一分割模塊用于:在訓(xùn)練階段,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
第一計算模塊用于:在訓(xùn)練階段,計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
訓(xùn)練模塊用于:將第一計算模塊得到的訓(xùn)練集合中全部病例的特征送入分類器進行訓(xùn)練,生成訓(xùn)練模型;
識別單元包括第二預(yù)處理模塊、第二分割模塊、第二計算模塊和測試模塊;
第二預(yù)處理模塊用于:在識別階段,對測試集合中的病例的三種MRI序列IT2、IDWI、IADC進行預(yù)處理,使IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位;
第二分割模塊用于:在識別階段,在IDWI上分割出前列腺區(qū)域,在IADC上分割出病灶候選區(qū)域;
第二計算模塊用于:在識別階段,計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征;
測試模塊用于:在識別階段,將第二計算模塊得到的特征送入訓(xùn)練模塊生成的訓(xùn)練模型進行測試,病例中的每個病灶候選區(qū)域都得到一個相應(yīng)的惡性概率值。
第一預(yù)處理模塊、第二預(yù)處理模塊進行預(yù)處理的過程如下:
步驟101、對IDWI進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IDWI中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
步驟102、對IADC也進行放大和剪切:
放大由擴展插值算子實現(xiàn),如果要擴展一倍的尺寸,則在水平和垂直兩個方向上增強一倍的像素,即每行任意兩個像素間需要插入一個值,每兩行間需插入一行;插值算子采用雙立方插值方法;
放大的倍數(shù)為IADC中的像素間距參數(shù)和IT2中的像素間距參數(shù)的比值,其中像素間距參數(shù)表示圖像中兩個相鄰像素在真實物理空間中的距離;
以放大后的圖像的中心點為新圖像的中心,對放大后的圖像進行剪切,使新圖像與IT2的尺寸一致;
經(jīng)過步驟101和步驟102的處理,IT2、IDWI、IADC的分辨率和尺寸相同,IT2、IDWI、IADC中的同樣位置的像素對應(yīng)人體內(nèi)的同一部位。
參見圖2所示,第一分割模塊、第二分割模塊在IDWI上分割出前列腺區(qū)域的過程如下:根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IDWI圖像進行閾值分割,得到二值圖,然后找到該二值圖中的最大連通子圖,進行區(qū)域填充,計算經(jīng)過填充之后的連通子圖的外切矩形,判斷該矩形的長是否大于寬,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷上述的最大連通子圖的質(zhì)心與圖像中心的距離是否大于某一閾值,若是,則說明該連通子圖不滿足要求,以圖像中心為種子點,進行區(qū)域生長;若否,則說明該連通子圖滿足要求;計算最后得到的分割結(jié)果的凸包,作為前列腺區(qū)域,表示為IPro。
參見圖3所示,第一分割模塊、第二分割模塊在IADC上分割出病灶候選區(qū)域的過程如下:根據(jù)前面得到的前列腺區(qū)域IPro,計算IPro中前列腺區(qū)域的外切矩形,表示為RectROI;矩形區(qū)域RectROI擴展到IADC中,作為進行閾值分割的候選區(qū)域,表示為IADCCrop;
根據(jù)經(jīng)驗設(shè)置一個初始閾值,在IADCCrop圖像進行閾值分割,得到二值圖,使用前列腺區(qū)域IPro對該結(jié)構(gòu)進行約束,分別計算各個病灶候選區(qū)域的面積,判斷面積和是否大于某一閾值或者閾值的調(diào)整次數(shù)是否大于n次,n為根據(jù)經(jīng)驗得到的值,若否,則調(diào)整閾值,重復(fù)以上過程;若是,則判斷病灶總面積是否小于某一閾值,若是,則表明ADC圖像效果不佳,在DWI上進行閾值分割,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
去掉像素點數(shù)小于num的候選區(qū)域,45≤num≤55,且num為正整數(shù),為MRI中所能觀察到的最小腫瘤所對應(yīng)的像素點數(shù),之后,計算最大連通子圖面積與病灶總面積的比值,若該比值大于某一閾值,則只保留該最大連通子圖,作為病灶候選區(qū)域所在的位置,然后進行下一步;若否,則直接進行下一步;
將所有連通子圖作為病灶候選區(qū)域所在位置,使用馬爾科夫隨機場MRF模型分割算法,對IADCCrop圖像進行分割,聯(lián)合上述的病灶候選區(qū)域所在位置和MRF分割結(jié)果,得到病灶候選區(qū)域的位置和形狀,得到的病灶候選區(qū)域表示為ILes。
第一計算模塊、第二計算模塊計算IT2、IDWI、IADC的病灶候選區(qū)域中每個候選區(qū)域的特征時,每個候選區(qū)域的特征包括:原始的多參數(shù)MRI信號、紋理特征和兩類新特征,兩類新特征用來表示病灶與周圍組織的關(guān)系,其中一類特征表示病灶與周圍組織差異,表示為Fd;另外一類特征表示病灶在前列腺中的位置,表示為Fl;特征Fd表示病灶與周圍組織差異,參見圖4所示,病灶區(qū)域表示為A;病灶區(qū)域經(jīng)過形態(tài)學(xué)膨脹處理得到的區(qū)域表示為B;病灶的周圍組織表示為B-A;
病灶周邊差異特征包含兩類:病灶周邊信號強度差異特征和病灶周邊紋理差異特征
其中,表示病灶周邊信號強度差異特征,SIA表示區(qū)域A的平均信號強度,SIB-A表示區(qū)域B-A的平均信號強度;
其中,表示病灶周邊紋理差異特征,TA表示區(qū)域A的紋理特征,TB-A表示區(qū)域B-A的紋理特征;
紋理特征的計算步驟為:首先,MRI序列上的信號被縮放到0-256灰度區(qū)間;然后,對每個像素點,以該點為中心的5*5的區(qū)域內(nèi)信息的灰度共生矩陣被計算,該共生矩陣的能量、對比度、相關(guān)、熵、均勻性作為該像素點的紋理特征;區(qū)域A或區(qū)域B-A的紋理特征為該區(qū)域中全部像素點的紋理特征的平均值;
特征Fl表示病灶在前列腺中的位置,第一分割模塊已經(jīng)獲取了前列腺區(qū)域和病灶候選區(qū)域,在此基礎(chǔ)上分別提取這兩個區(qū)域的質(zhì)心,計算兩個區(qū)域的質(zhì)心的相對位置,表明病變部位在前列腺中的位置,參見圖5所示,橢圓表示前列腺區(qū)域,橢圓中的不規(guī)則形狀表示病灶區(qū)域,點C和點D分別為前列腺區(qū)域和病灶區(qū)域的質(zhì)心,連接兩個質(zhì)心做直線,與病灶區(qū)域和前列腺區(qū)域的邊界產(chǎn)生兩個交點E和F,E和F之間的距離記為LEF,C和F之間的距離記為LCF,這兩個距離的比值d記為:
以點C為極點,建立極坐標(biāo)系,點D的極坐標(biāo)記為(θD,ρD),特征F1由d和(θD,ρD)組成,用來確定病灶在前列腺中的位置。
本領(lǐng)域的技術(shù)人員可以對本發(fā)明實施例進行各種修改和變型,倘若這些修改和變型在本發(fā)明權(quán)利要求及其等同技術(shù)的范圍之內(nèi),則這些修改和變型也在本發(fā)明的保護范圍之內(nèi)。
說明書中未詳細描述的內(nèi)容為本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的現(xiàn)有技術(shù)。