用于排出至少一種反應液體的至少一個通道，
[0040] 用于導入和排出反應液體的通道與用于導入和排出流體的導管在模塊水平處被 定位如下：
[0041] ?用于導入和排出流體的導管面對彼此并同時封閉模塊，以便最大化流體和珠子 之間的接觸，
[0042] ?用于一種或多種反應液體的通道分別被定位在模塊的兩個相反端處，并且
[0043] ?用于一種或多種反應液體的通道被定位在一個平面中，且用于導入和排出流體 的導管被沿著一軸線定位，所述軸線粗略地垂直于所述平面。
[0044] 根據第一實施方式，根據本發(fā)明的裝置包括將所述流體和所述反應液體與外部隔 離的氣密限制外殼。
[0045] 根據該裝置的第一實施方式，如果所述流體為氣體，那么所述一組珠子包括涂覆 有甘油的珠子。
[0046] 根據該裝置的第二實施方式，如果所述流體為液體，那么所述模塊包含大體在由 用于所述一種或多種反應液體的通道形成的平面中延伸的過濾器，導入通道（一個或多 個）被定位在過濾器的具有所述一組珠子的一側上，并且排出通道（一個或多個）被定位 在所述過濾器的沒有珠子的另一側上。這種布置因此允許流體與珠子形成接觸并且然后循 環(huán)通過過濾器，以便分離例如不感興趣的任何細胞殘渣或抑制劑，諸如蛋白質、膜。
[0047] 在特別的實施方式中，如果按以下方式被切開的話：
[0048] ?沿著由用于導入和排出反應液體的通道形成的平面，以及
[0049] ?垂直于由用于導入和排出流體的導管形成的軸線，
[0050] 所述模塊的形狀包括至少一個直線的部分和/或至少一個弧形的部分，它們被包 括在兩個端部之間。用于導入反應液體的通道（一個或多個）位于模塊的一個端部處并且 用于排出反應液體的通道（一個或多個）位于模塊的另一個端部處，使得反應液體在當其 被導入至反應液體導入通道（一個或多個）中的時刻和當其經由反應液體排出通道（一個 或多個）被排出的時刻之間完全通過該珠子堆。根據該最后提到的實施方式或變型，模塊 具有四邊形截面，如果其沿著以下平面被切開的話：所述平面與由用于導入和排出反應液 體的通道形成的平面垂直、并沿著由用于導入和排出流體的導管形成的軸線經過。
[0051] 在特別的實施方式中，如果按以下方式被切開的話，所述模塊具有"C"形狀：
[0052] ?沿著由用于導入和排出反應液體的通道形成的平面，以及
[0053] ?垂直于由用于導入和排出流體的導管形成的軸線。
[0054] "C"形狀包括至少一個弧形的部分，其對應于圓的圓周的一部分或連接兩個點的 拋物線的一部分。所述"C"的端部是所述模塊的兩個端部區(qū)域，使得用于導入反應液體的通 道（一個或多個）位于模塊的一個端部處并且用于排出反應液體的通道（一個或多個）位 于模塊的另一個端部處，反應液體在當其被導入至反應液體導入通道（一個或多個）中的 時刻和當其經由反應液體排出通道（一個或多個）被排出的時刻之間完全通過該珠子堆。
[0055] 根據該最后提到的實施方式或變型，如果沿著穿過所述"C"的中心并切穿所述 "C"的半徑被切開的話，所述模塊具有四邊形形狀。
[0056] 仍根據該最后提到的實施方式或變型，反應液體的導入通道（一個或多個）位于 所述模塊的形狀"C"的一個端部處，并且反應液體的排出通道（一個或多個）位于所述"C" 的另一端處。
[0057] 不管該實施方式或變型如何，所述珠子具有在200和600 ii m之間的直徑，并且用 于將所述珠子保持在所述模塊內的裝置包括柵格，所述柵格的孔具有小于所述珠子且在從 100到500 ii m的范圍內的直徑。
[0058] 不管該實施方式或變型如何，其包括用于處理所收集的微生物的另一反應模塊， 所述模塊包含 ：
[0059] ?用于分離不感興趣的細胞殘渣或抑制劑諸如蛋白質、膜的裝置，和/或
[0060] ?用于擴增所收集的并與所述抑制劑分離的核酸的裝置，和/或
[0061] ?用于檢測這樣產生的擴增子的裝置。
[0062] 本發(fā)明還涉及用于收集包含在流體中的微生物的方法，其包括：
[0063] ?經由至少一個流體導入導管引入被懷疑包含微生物的流體，
[0064] ?穿過珠子堆，微生物在所述珠子堆被固定住，
[0065] ?經由用于排出所述流體的至少一個導管排出已從中去除所述微生物的流體，
[0066] ?經由至少一個反應液體導入通道引入至少一種反應液體，
[0067] ?穿過微生物在那里被固定住的珠子堆，以便使所述微生物處于懸浮，以及
[0068] ?經由用于排出反應液體（一種或多種）的至少一個通道排出運輸微生物的該液 體，
[0069] 用于導入和排出流體的導管面對彼此并同時封閉所述珠子堆，用于導入和去除反 應液體（一種或多種）的通道被定位以便到達所有的珠子。
[0070] 根據一個實施方式，當流體為氣體時，珠子被涂覆有甘油。
[0071] 根據一個實施方式，當流體為液體時，珠子被涂覆有聚合物涂層。
[0072] 根據一個實施方式，當反應液體通過珠子堆時，所述珠子通過外部攪動裝置被攪 動并形成接觸，這使得毀掉或破壞微生物的膜成為可能，從而使核酸可獲取并易于被排出。
[0073] 根據一個實施方式，在溶解期間規(guī)定的量的反應液體被導入至反應液體導入通道 (一個或多個）中并且未經由反應液體排出通道（一個或多個）被排出，使得微生物在規(guī)定 的量的反應液體存在的情況下被溶解持續(xù)規(guī)定的時間。該時間優(yōu)選在5和30分鐘之間并 且液體的該量優(yōu)選在1〇〇 U 1和lml之間，并且更優(yōu)選為500 ill。
[0074] 根據該實施方式的變型，珠子被利用超聲波進行攪動。
[0075] 不管該實施方式或變型如何，載有微生物中的一些或全部的液體被排出到所述裝 置的另一反應模塊，以允許對所收集的微生物進行處理，所述處理包括：
[0076] ?分離不感興趣的細胞殘渣或抑制劑，諸如蛋白質、膜，和/或
[0077] ?擴增所收集的核酸，和/或
[0078] ?檢測這樣產生的擴增子。
[0079] 不管該實施方式或變型如何，該方法的第一可能性的特征在于：
[0080] ?所測試的流體包括氣體（例如空氣），
[0081] ?氣體穿過珠子堆，所述珠子被涂覆有甘油，在該珠子堆處微生物被固定住，并且
[0082] ?至少一種反應液體被引入以便溶解甘油并使所述微生物處于懸浮。
[0083] 不管該實施方式或變型如何，該方法的第二可能性的特征在于：
[0084] ?所測試的流體包括液體，
[0085] ?所測試的液體穿過珠子堆并且然后在被排出之前、在去除其包含的微生物之后 穿過過濾器；微生物被固定住，以及
[0086] ?至少一種反應液體被引入以便使所述微生物處于懸浮。
[0087] 根據這兩個可能性中的任一個，液體在經由用于排出反應液體的至少一個通道的 排出的部位和用于除去抑制劑和/或用于擴增和/或用于檢測的模塊之間被過濾。
[0088] 流體樣品意思是可能包含微生物的任何氣態(tài)或液態(tài)樣品。其可以是人類或動物來 源的樣品。該樣品可以是，例如，尿，全血，血漿或任何其它體液或呼出的空氣。該樣品可以 是食物來源，諸如飲料。其還可以是環(huán)境來源，諸如水或受限制的空氣。此外，液體樣品還 可以是所謂的傳遞液體，其中包含在拭子型的（諸如由C0PAN公司以"flocked SWABS"為 名稱銷售的那些）表面采樣裝置上的任何微生物通過在所述傳遞液體中攪動所述拭子而 被再懸浮。
[0089] 微生物來自包括細菌、病毒、酵母、霉菌、寄生蟲的群。
[0090] 從中隔離出微生物的樣品為環(huán)境來源的。因此，其可以是空氣的或液體（諸如水） 的樣品；表面樣品。樣品也可以是臨床來源的（即人類或動物來源的任何樣品），適合作為 用于檢測其并識別微生物（任選為致病的）的分析的目標。
[0091] 目標核酸的存在可以通過雜交反應的可視化而被檢測到。雜交反應意思是在捕獲 的核酸和通過轉錄、逆轉錄或擴增步驟，例如NASBA型（為核酸序列依賴性擴增）或PCR，隔 離的或產生的目標核酸之間的任何反應。
[0092] 核酸意思是寡核苷酸、脫氧核糖核酸和核糖核酸、以及它們的衍生物。術語寡核苷 酸表示至少兩個核苷酸（脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或它們兩者）、優(yōu)選至少五個、優(yōu) 選至少八個、以及甚至更優(yōu)選至少十四個的序列，而無論它們是天然的還是改性的，其在合 適的雜交條件下能夠與至少部分互補的另一種寡核苷酸雜交。
[0093] 改性的核苷酸意思是例如包括改性基和/或包括在核苷酸間鍵的水平上和/或在 骨架的水平上的改性的核苷酸。作為改性基的實例，我們可以提到肌苷、甲基-5-脫氧胞 苷、二甲氨基 _5_脫氧尿苷、二氨基-2, 6-噪呤以及溴基_5_脫氧尿苷。
[0094] 為說明改性的核苷酸間鍵，我們可以提到硫代磷酸、N-氨基烷基磷酸酯、膦酸烷基 酯以及烷基磷酸二酯鍵。
[0095] 阿爾法-寡核苷酸諸如在專利申請FR-A-2, 607, 507中描述的那些，LNA諸如 在"Bioorganic&Medicinal Chemistry Letters，第 8 卷，第 16 期，1998 年 8 月 18 日， 第2219-2222頁"中描述的硫代磷酸-LNA和2' -硫醇-LNA，以及作為^111.〇16111.5〇(3. (1992)，114,1895-1897"M. Egholm等的論文的主題的PNA，都是包括骨架已被改性的核苷 酸的寡核苷酸的實例