專利名稱：：用于檢測(cè)病毒的組合物及使用該組合物檢測(cè)病毒的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及用于快速簡(jiǎn)便地檢測(cè)催化性分子的切割活性的新型組合物。本發(fā)明還提供了采用這些組合物的診斷測(cè)試和試劑盒。
背景技術(shù)：
：對(duì)健康相關(guān)因子(無論是疾病或者健康風(fēng)險(xiǎn)的標(biāo)記，正常和致病過程或者疾病的標(biāo)記或因子，或者是外來病原體和其副產(chǎn)物的指示)的快速的、特異性的和成本劃算的檢測(cè)有著日益增長(zhǎng)的需求。隨著諸如HIV、SARS、禽流感、西尼羅河熱、耐藥性致病菌疾病等席巻全球的傳染性疾病的反復(fù)傳播爆發(fā)，使得上述需求更加顯著。面對(duì)日益增加的流行性和大流行性疾病爆發(fā)的威脅，致病因子的早期檢測(cè)對(duì)于充分的關(guān)注和預(yù)防至關(guān)重要。然而，許多目前可供采用的病原體檢測(cè)和分型方法的成本、復(fù)雜性和低效性已迫使執(zhí)行費(fèi)時(shí)費(fèi)力極費(fèi)錢而又低效的政策，諸如隔離、滅絕傳病媒介和預(yù)防性疫苗接種，而其成功率尚存疑問。此外，已鑒定出疾病和病理過程的大量標(biāo)記，其中一些包括催化活性諸如在各種癌癥中的端粒酶，在白血病中的末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶(TdT)，在阿爾茨海默氏病中的|3-和Y-分泌酶(secretase)。1918年，世界經(jīng)歷了西班牙流感，在歐洲共導(dǎo)致超過2千5百萬人死亡。從此以后對(duì)醫(yī)療緊急事件的恐懼再次出現(xiàn)。僅在數(shù)年前，致命的SARS病毒在世界東方爆發(fā)，使整個(gè)世界經(jīng)濟(jì)有癱瘓的危險(xiǎn)。所述SARS的爆發(fā)得到減緩并最終受到控制，但這僅是在采取極具破壞性的措施(包括疑似患者僅僅因?yàn)榘l(fā)熱而與健康人群的長(zhǎng)期隔離)之后。目前，禽流感威脅的爆發(fā)再次提醒世界人民快速檢測(cè)危險(xiǎn)病原體的改進(jìn)方法的重要性。在21世紀(jì)，由于航空旅行中感染的極大可能性以及個(gè)人、人群日益增加的流動(dòng)性，使得新型全球性傳染疾病傳播的危險(xiǎn)非常高。目前釆用的用于檢測(cè)病原性因子的方法包括免疫檢測(cè)，諸如酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)、酶免疫測(cè)定(EIA)和免疫熒光測(cè)定(IFA)，其依賴于在初次感染后1020天進(jìn)行的抗病原體抗體的檢測(cè)；RT-PCR，其非常費(fèi)錢費(fèi)時(shí)并常常出現(xiàn)錯(cuò)誤；以及組織培養(yǎng)物傳染性，同樣也是費(fèi)時(shí)費(fèi)錢。因此，亟需能夠在機(jī)場(chǎng)和其他公共區(qū)域檢測(cè)受感染的或者潛在傳染性個(gè)體的快速簡(jiǎn)單診斷方法。所述方法必須在面對(duì)當(dāng)前病毒因子具有高度可變性特征，能夠變異形成髙致病性物種的情況下能夠進(jìn)行精確地檢測(cè)。需要一次檢測(cè)多種病毒病原體以排除混合交叉感染的可能性以及更強(qiáng)類型病毒的形成。所述病原因子的快速準(zhǔn)確分型也是需要優(yōu)先考慮的。需要在醫(yī)院機(jī)構(gòu)或在家中快速檢測(cè)大量病原因子，這將提供用于選擇治療方法的準(zhǔn)確數(shù)據(jù)，并防止不同病原因子的混合和傳染，并易于現(xiàn)場(chǎng)監(jiān)控和治療方案的細(xì)微調(diào)整。許多生物體具有與生長(zhǎng)或分化、代謝等的特定階段相關(guān)的特征性催化活性。同樣，病理過程常常具有特征性酶活性，能用在所述病理過程的診斷中，諸如癌癥標(biāo)記和心臟酶?；诖呋钚缘挠糜谠\斷和分類而進(jìn)行檢測(cè)的方法已公開，例如用于致病細(xì)菌的診斷和分類(參見，例如Maiden等，J.Clin.Micro,1996;34:376-84和授予Godsey等的美國(guó)專利5,888,760號(hào))，癌形成中的DNA-光解酶(phytolyases)(參見例如Kundu等，ChemBioChem2002;3:1053-60)，在阿爾茨海默氏病中的P-分泌酶活性(參見Hazuda等的美國(guó)專利申請(qǐng)第200302555號(hào))，在活細(xì)胞中代謝活性作圖(參見Boonacker等，JofHistochemandCytochem2001;49:1473-86)，半胱天冬酶和其他與細(xì)胞凋亡相關(guān)的酶(參見Weber等的美國(guó)專利申請(qǐng)第20020150885號(hào))和病毒檢測(cè)(參見例如授予Kettner等的美國(guó)專利第4,952,493號(hào))。這些催化活性的有效測(cè)量和臨床應(yīng)用要求能容易地被檢測(cè)到的明確的特異性底物。一種潛在的這種診斷性催化活性是病毒感染的特異性蛋白酶活性。在許多病毒諸如SARS病毒、人免疫缺陷病毒、人乳頭狀瘤病毒、皰疹病毒、鼻病毒、小RNA病毒、冠狀病毒、丙型肝炎病毒等的復(fù)制期間，病毒遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)錄形成多蛋白，其最終切割為兩種或兩種以上的生物活性蛋白。所述病毒多蛋白切割為個(gè)體蛋白是病毒生命周期中的關(guān)鍵部分。許多病毒，包括腺病毒、桿狀病毒、豇豆花葉病毒、小RNA病毒、反轉(zhuǎn)錄病毒和披膜病毒家族等的病毒編碼蛋白酶，該蛋白酶在一些特定切割位點(diǎn)切割所述病毒多蛋白以形成病毒復(fù)制所需的活性蛋白。例如，鴨茅斑駁病毒(菜豆花葉病毒屬)的復(fù)制期間的多蛋白加工描述在Makinen,K等，J.Gen.Virol.2000;81:2783-89中，其內(nèi)容在此以參考的方式引入。作為參考，一些病毒蛋白酶和其他酶的已知實(shí)例的非窮盡列表在下文中提供。一些病毒編碼的蛋白酶僅切割特定病毒的多蛋白。另一些切割超過一種類型的病毒的多蛋白。蛋白酶作用的特異性源自于所述蛋白酶在所述多蛋白的切割區(qū)域中的相互作用性質(zhì)。此外，在這些位置的切割速率根據(jù)所述切割位點(diǎn)周圍的多蛋白的肽序列而變化。沿所述病毒蛋白的由這些病毒蛋白酶所識(shí)別的切割位點(diǎn)已顯示含有高度保守的氨基酸序列，這提示了將其包括在診斷和治療方法中的可能性。例如，授予Kettoer等的美國(guó)專利第4,952,493號(hào)公開了用于檢測(cè)病毒特異性蛋白酶活性的肽底物，其根據(jù)被病毒蛋白酶所識(shí)別的保守切割位點(diǎn)而設(shè)計(jì)。根據(jù)通過病毒多肽的測(cè)序確定的病毒特異性切割位點(diǎn)的氨基酸序列，或者根據(jù)所述病毒基因組的編碼序列確定了這些肽底物的切割位點(diǎn)，并可通過與其他病毒多肽序列的比對(duì)來進(jìn)行比較。某些氨基酸殘基與其他生物相似殘基進(jìn)行的保守取代也認(rèn)為是可以忍受的。Tan等的美國(guó)專利申請(qǐng)第20050214890號(hào)公開了用于檢測(cè)樣品中寄生物、原生動(dòng)物、病毒和其他蛋白酶活性的基質(zhì)結(jié)合重組熒光融合底物的應(yīng)用，其中所述檢測(cè)是基于多底物的蛋白酶識(shí)別模式。所述切割和/或識(shí)別底物的設(shè)計(jì)源自已知的共有切割和/或結(jié)合序列。目標(biāo)蛋白酶的增強(qiáng)檢測(cè)則是由于多底物的同時(shí)測(cè)定。然而，沒有任何一種上述方法描述、建議或提及選擇病毒底物從而12獲得最優(yōu)化的親合性而最終實(shí)現(xiàn)多樣品、多病毒的快速同時(shí)分析以及新型株的特異性識(shí)別。通過所述底物切割序列的最優(yōu)化設(shè)計(jì)而提高的蛋白酶檢測(cè)效率將提供檢測(cè)的優(yōu)異快捷性、靈敏度和經(jīng)濟(jì)性和病毒感染的特征化。此外，底物切割序列的設(shè)計(jì)方法及其產(chǎn)物將用于抗病毒藥物的篩選和幵發(fā)。因此存在廣泛認(rèn)可的需求，并且獲得最優(yōu)化底物和方法將是非常有利的，所述最優(yōu)化底物和方法用于檢測(cè)催化性分子的切割活性以快速特異性地檢測(cè)其特征在于切割活性的疾病和感染過程，并且不具有上述缺陷。
發(fā)明內(nèi)容根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，本發(fā)明提供了分離肽，所述分離肽含有選自由SEQIDNO:l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46和47組成的組的氨基酸序列，所述氨基酸序列的長(zhǎng)度不超過14個(gè)氨基酸。根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明提供了含有病毒蛋白酶的底物的組合物，所述底物與至少一個(gè)可檢測(cè)部分相連并含有所述氨基酸序列。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述至少一個(gè)可檢測(cè)部分是FRET對(duì)，而所述底物的切割產(chǎn)生來自于所述FRET對(duì)的信號(hào)。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述組合物進(jìn)一步含有分離部分。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了通式為X-Y-Z的組合物，其中Y含有病毒蛋白酶的底物，所述底物含有氨基酸序列，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z,其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X含有可檢測(cè)部分；和13Z含有能與兩相分離體系的分離相相結(jié)合的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述可檢測(cè)部分X含有選自由酶、熒光團(tuán)、發(fā)色團(tuán)、蛋白、酶原、化學(xué)發(fā)光物質(zhì)和放射性同位素組成的組的標(biāo)記劑。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述分離部分Z選自由免疫結(jié)合劑、磁結(jié)合部分、肽結(jié)合部分、親合結(jié)合部分、核酸部分組成的組。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了通式為X-Y-Z的組合物，其中Y含有病毒蛋白酶的底物，所述底物含有氨基酸序列，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X或Z含有標(biāo)記，或者可檢測(cè)部分和/或能以適宜的方式分離經(jīng)切割的或未切割的組合物的分離部分。其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，其中所述標(biāo)記、X或Z部分含有選自由酶、熒光團(tuán)、發(fā)色團(tuán)、蛋白、化學(xué)發(fā)光物質(zhì)、猝滅劑、FRET對(duì)、珠子、肽、酶原和放射性同位素、免疫結(jié)合劑、磁結(jié)合部分、肽結(jié)合部分、親合結(jié)合部分、核酸部分組成的組的標(biāo)記劑。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，本發(fā)明提供了檢測(cè)樣品中至少一種病毒的方法，所述方法包括(a)將樣品與所述組合物中的至少一個(gè)在能進(jìn)行所述底物的切割的條件下接觸；和(b)監(jiān)測(cè)所述底物的切割，其中所述底物的切割是所述樣品中至少一種病毒存在的指示。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，步驟(a)包括將所述樣品與不同病毒蛋白酶的至少兩種底物相接觸，其中所述至少兩種底物中任一種未出現(xiàn)所述切割則指示所述樣品中不存在病毒。14根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述樣品選自由粘液、唾液、咽喉清洗液、鼻清洗液、脊髓液、痰、尿、精液、汗液、糞便、血漿、血液、支氣管肺泡液(broncheoalveolarfluid)、陰道液、淚液和活組織檢査物。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述樣品中所述切割活性的檢測(cè)是對(duì)醫(yī)學(xué)狀況的診斷。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述監(jiān)測(cè)是釆用均相測(cè)定(homogeneousassay)實(shí)現(xiàn)的。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述監(jiān)測(cè)是采用異相領(lǐng)!l定(heterogeneousassay)實(shí)王見的。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了用于檢測(cè)樣品中至少一種病毒的診斷試劑盒，所述試劑盒含有至少一種組合物，和用于檢測(cè)所述底物的切割的試劑。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了含有包裝材料和用于檢測(cè)多種病毒存在的多種組合物的診斷試劑盒，其中每種所述組合物的通式為，X-Y-Z其中Y含有病毒蛋白酶的底物，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X或Z含有標(biāo)記，或者可檢測(cè)部分和/或能以適宜的方式分離經(jīng)切割的或未切割的組合物的分離部分，其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分，其中所述X或Z中的每一個(gè)包含至少一個(gè)特殊可檢測(cè)部分，而所述包裝材料包括標(biāo)簽或包裝插頁以指示所述試劑盒用于檢測(cè)樣品中的多種病毒。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了含有包裝材料和用于檢測(cè)多種病毒存在的多種組合物的診斷試劑盒，其中每種所述組合物的通式15為，X-Y-Z其中Y含有病毒蛋白酶的底物，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X含有可檢測(cè)部分；和Z含有能與兩相分離體系的分離相相結(jié)合的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分，其中所述X中的每一個(gè)是特殊可檢測(cè)的，而所述包裝材料包括標(biāo)簽或包裝插頁以指示所述試劑盒用于檢測(cè)樣品中的多種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述多種組合物與單個(gè)固體支持物相連。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述特殊的檢測(cè)是通過在所述單個(gè)固體支持物上的可尋址定位實(shí)現(xiàn)的。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述特殊的檢測(cè)是通過不同的可檢測(cè)部分實(shí)現(xiàn)的。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述多種組合物中的每一種與固體支持物相連。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述固體支持物成形為珠子。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述珠子選自由有色珠子、磁性珠子、標(biāo)簽珠子和熒光珠子組成的組。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，是呼吸試劑盒，含有選自由冠狀病毒、SARS、HMPV(人類間質(zhì)肺病毒)、流感病毒A+B、禽流感病毒、腺病毒、RSV(呼吸道合胞病毒)、鼻病毒、副流感病毒組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，是含有漢他病毒和拉克羅斯腦炎病毒(LaCrosseEncephalitis)的呼吸試劑盒。16根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，是胃腸試劑盒，含有選自由輪狀病毒、腺病毒40/41、甲型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、戊型肝炎病毒、杯狀病毒和CMV(巨細(xì)胞病毒)組成的組的至少兩種病毒o根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述診斷試劑盒是腦膜炎試劑盒，含有選自由腸道病毒(1-80)、西尼羅病毒、單純皰疹病毒l、2和6組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述診斷試劑盒是腦膜炎試劑盒，含有選自由披膜病毒、黃病毒和狂犬病毒組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述診斷試劑盒是性傳播疾病試劑盒，含有選自由mv病毒株、單純皰疹病毒i、單純皰疹病毒2、HSV-1、HSV-2、HPV(人乳頭狀瘤病毒)和HTLV-1組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述診斷試劑盒是旅行者試劑盒，含有選自由甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、HIV、皰疹病毒1和2組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述診斷試劑盒是獸醫(yī)試劑盒，含有選自由狂犬病毒和犬瘟熱病毒組成的組的至少兩種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述至少一種樣品包括多種樣品。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述至少一種病毒包括多種病毒。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是腺病毒而所述底物含有SEQIDNO:1或2。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是a病毒而所述底物含有SEQIDNO:3。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒底物含有SEQIDNO:4。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是HIV而所述底物含有SEQIDNO:5。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是HTLV而所述底物含有SEQIDNO:6、7或8。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是動(dòng)脈炎病毒而所述底物含有SEQIDNO:9。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是冠狀病毒而所述底物含有SEQIDNO:IO。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是SARS冠狀病毒而所述底物含有SEQIDNO:ll或12。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是環(huán)狀病毒而所述底物含有SEQIDNO:13。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是CMV病毒而所述底物含有SEQIDNO:14或15。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是皰疹病毒而所述底物含有SEQIDNO:16。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是黃病毒而所述底物含有SEQIDNO:17。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是登革病毒而所述底物含有SEQIDNO:18、19或20。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是西尼羅病毒而所述底物含有SEQIDNO:2K22或23。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是黃熱病病毒而所述底物含有SEQIDNO:24、25或26。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是日本腦炎病毒而所述底物含有SEQIDNO:27、28或29。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，其中所述病毒是蜱傳病毒(Tickbonevirus)而所述底物含有SEQIDNO:30、31或32。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是丙型肝炎病毒而所述底物含有SEQIDNO:33、34或35。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是瘟病毒而所述底物含有SEQIDNO:36。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是甲型肝炎病毒而所述底物含有SEQIDNO:37或38。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是HRV而所述底物含有SEQIDNO:39或40。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是腸道病毒而所述底物含有SEQIDNO:41、42、43、44、45、46或47。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒是HRV病毒而所述底物含有SEQIDNO:143151。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了設(shè)計(jì)動(dòng)力學(xué)最優(yōu)化的病毒蛋白酶底物的方法，所述方法包括O)在至少一種所述病毒株的多蛋白的多個(gè)切割序列中，鑒別顯示出所述蛋白酶最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列，和(b)鑒別顯示出最快切割動(dòng)力學(xué)的家族范圍共有切割序列，所述家族范圍共有切割序列用于設(shè)計(jì)動(dòng)力學(xué)最優(yōu)化的所述蛋白酶底物。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒蛋白酶是病毒編碼的蛋白酶。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒選自由DNA病毒和RNA病毒組成的組。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒選自由覆蓋層病毒科(Tectiviridae)、乳多空病毒科(Papovaviridae)、圓環(huán)病毒科(Circoviridae)、細(xì)小病毒科(Parvoviridae)和嗜肝DNA病毒科(Hepadnaviridae)、囊狀病毒科(Cystoviridae)、雙RNA病毒科(Birnaviridae)、呼腸孤病毒禾斗(Reoviridae)、冠狀病毒禾斗(Coronaviridae)、黃病毒科(Flaviviridae)、披膜病毒科(Togaviridae)、動(dòng)脈炎病毒(Arterivirus)、星狀病毒禾斗(Astroviridae)、杯狀病毒禾斗(Caliciviridae)、小RNA病毒科(Picornaviridae)、馬鈴薯Y病毒科(Potyviridae)、反轉(zhuǎn)錄病毒科(Retroviridae)、正粘液病毒科(Orthomyxoviridae)、絲狀病毒禾斗(Filoviridae)、畐U茅占、液病毒禾斗(Paramyxoviridae)、彈狀病毒禾斗(Rhabdoviridae)禾Q布尼安病毒科(Bunyaviridae)、腺病毒科(Adenoviridea)、皰疹病毒禾斗(Herpesviridae)、小RNA病毒禾斗(Picomaviridae)組成的組。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述病毒蛋白酶選自由絲氨酸蛋白酶、金屬蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、3C蛋白酶、PA轉(zhuǎn)錄酶、腺嘌呤蛋白酶、2A蛋白酶、胰凝乳蛋白酶(chimotrypsin)或胰蛋白酶，例如NS3、NS2、NS-pro半胱氨酸蛋白酶、nsP2半胱氨酸蛋白酶、nsP23pro、C蛋白蛋白酶、SFVNS、HIV天冬氨酸蛋白酶、nsp4動(dòng)脈炎病毒蛋白酶、HCMV蛋白酶，NS2-3、NS3-4Ap蛋白酶、HTLV-1PR組成的組。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述的方法進(jìn)一步包括以下步驟(c)設(shè)計(jì)含有所述家族范圍共有切割序列的多個(gè)切割序列；和(d)在所述多個(gè)切割序列中鑒別具有所述蛋白酶最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，所述設(shè)計(jì)包括設(shè)計(jì)具有最佳溶解度、溫度敏感性和/或pH敏感性的所述切割序列。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，步驟(a)的所述鑒別包括經(jīng)驗(yàn)性實(shí)驗(yàn)。根據(jù)以下描述的本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中的再一個(gè)特征，步驟(a)的所述鑒別包括數(shù)據(jù)挖掘。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了一種分離肽，所述分離肽含有選自由SEQIDNO:l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46和47組成的組的氨基酸序列，所述氨基酸序列的長(zhǎng)度不超過14個(gè)氨基酸，且含有抑制相應(yīng)病毒蛋白酶活性的模擬物。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了所述肽在經(jīng)鑒別用于治療病毒感染的藥物的制造中的用途。根據(jù)本發(fā)明的再一個(gè)方面，本發(fā)明提供了包含所述分離肽作為活性成分的藥物組合物。本發(fā)明通過提供用于檢測(cè)病毒的組合物和方法成功地克服了現(xiàn)有方案的缺點(diǎn)。除非另外指明，在此使用的技術(shù)和科技術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所普遍理解的相同的含義。雖然與此處所描述的相似或相當(dāng)?shù)姆椒ê筒牧夏苡糜诒景l(fā)明的實(shí)踐和測(cè)試，以下描述了合適的方法和材料。在沖突的情況下，以本發(fā)明說明書，包括定義，為主。此外，所述材料、方法和實(shí)施例僅是描述性的，并非旨在用于進(jìn)行限定。參考附圖，僅通過實(shí)施例方式在此處對(duì)本發(fā)明進(jìn)行描述?，F(xiàn)在詳細(xì)地具體參考所述附圖，需要強(qiáng)調(diào)的是所顯示的細(xì)節(jié)是通過實(shí)施例方式并且僅僅是為了本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式的描述性討論的目的，以及是為了據(jù)認(rèn)為是本發(fā)明的原理和概念性方面的最有用的和最容易理解的描述而進(jìn)行陳述的。在這點(diǎn)上，沒有進(jìn)行任何試圖以顯示出比展現(xiàn)本發(fā)明的基本理解所必需的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)更詳細(xì)的本發(fā)明的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)，所述附圖所附帶的描述使得本領(lǐng)域技術(shù)人員清楚地理解本發(fā)明的多種形式是如何體現(xiàn)在實(shí)踐中的。在所述附圖中-圖lab是分別含有HRV163C和SARS3Cl蛋白酶的質(zhì)粒pMNDl(la)禾卩pMND2(lb)的圖示說明。圖2是來自大腸桿菌￡.co//中的SARS和HRV的重組3C蛋白酶的表達(dá)的時(shí)間進(jìn)程。用0.4mMIPTG誘導(dǎo)轉(zhuǎn)化的克隆，在Bioanalyzer2100lab-on-cWp上采用Protein200pluschipkit(蛋白質(zhì)200加上芯片試劑盒)210、1和6小時(shí)的pMND-l。注意到SARS3CL和HRV163C蛋白酶表達(dá)隨時(shí)間增長(zhǎng)的穩(wěn)定增加。圖3是與自然切割位點(diǎn)(Ori2)相比，經(jīng)設(shè)計(jì)的PEP1底物的優(yōu)異底物特性的圖形描述。反應(yīng)含有5piM熒光底物和500nM重組3C蛋白酶，由熒光儀在340/490±15nm進(jìn)行監(jiān)測(cè)。酶濃度為500pM1(iMPep-l—實(shí)心橢圓；Ori2—實(shí)心菱形；Pepl對(duì)照一實(shí)心矩形；Ori2對(duì)照一實(shí)心三角。注意到Pepl時(shí)的優(yōu)異底物切割。圖4是HRV3C蛋白酶(250nM)與合成Pep1底物在3nM4的底物濃度下的優(yōu)異反應(yīng)動(dòng)力學(xué)的圖形描述。圖5是所述合成Pep1底物由HRV3C蛋白酶切割的特異性的圖形描述。熒光Pepl底物與Eco"溶解產(chǎn)物(實(shí)心方塊)、重組SARS!3CL溶解產(chǎn)物(實(shí)心圓)、重組HRV3C溶解產(chǎn)物(實(shí)心三角)和對(duì)照(無溶解產(chǎn)物)(實(shí)心菱形)進(jìn)行溫育。注意到Pep1對(duì)HRV3C蛋白酶的絕對(duì)特異性。圖6是Pep1底物由HRV3C蛋白酶在鼻清洗液條件下的有效切割的圖形描述。熒光Pepl底物與重組HRV3C在沒有50體積。/。鼻清洗液存在下(實(shí)心方塊)和有50體積％鼻清洗液(樣品E0052)存在下(實(shí)心圓)進(jìn)行反應(yīng)。對(duì)照為僅有鼻清洗液(E0052)(實(shí)心菱形)。注意到不存在所述鼻清洗液對(duì)底物切割的作用。圖7是能用于切割事件檢測(cè)的本發(fā)明的組合物的示意圖。圖8是顯示所述系統(tǒng)基本事件的示意圖，所述系統(tǒng)采用在上述圖7中所描述的組合物。圖9是顯示多種病毒的分離機(jī)理的示意性代表圖。圖10是同時(shí)檢測(cè)進(jìn)行三種類型的切割反應(yīng)的三種分子的示意性代表圖。圖11是描述NS3蛋白酶對(duì)丙型肝炎病毒多蛋白的連續(xù)水解的示意圖。2具體實(shí)施例方式本發(fā)明涉及用于檢測(cè)病毒的組合物及使用該組合物檢測(cè)病毒的方法。參考所述附圖及所附說明可更好地理解本發(fā)明的原理和操作。在詳細(xì)解釋本發(fā)明的至少一個(gè)實(shí)施方式前，應(yīng)當(dāng)理解并非將本發(fā)明應(yīng)用局限于以下描述中闡述的或者在實(shí)施例中舉例說明的細(xì)節(jié)。本發(fā)明可具有其他實(shí)施方式或者能以多種方式進(jìn)行實(shí)施或者執(zhí)行。同樣，還應(yīng)當(dāng)理解此處所采用的短語和術(shù)語僅為描述性目的而不應(yīng)當(dāng)作為限制性的。用于檢測(cè)急性感染的診斷化驗(yàn)領(lǐng)域快速變化，從抗體檢測(cè)變至病原體檢測(cè)，由基于臨床實(shí)驗(yàn)室變至基于護(hù)理點(diǎn)，由單個(gè)分析物檢測(cè)變至多分析物檢測(cè)，并且更著眼于采用較少侵入性收集生物樣品進(jìn)行檢測(cè)的策略。新型測(cè)定通常比傳統(tǒng)測(cè)定更加靈敏，并能提供更多的信息而對(duì)所述病原體或者所述宿主對(duì)病原體的應(yīng)答進(jìn)行表征。從公共健康角度，能根據(jù)獨(dú)特的基因序列或抗原屬性對(duì)病原體進(jìn)行跟蹤的分子流行病學(xué)的出現(xiàn)已革命性的改變了流行病學(xué)家如何調(diào)査和評(píng)估流行病和評(píng)價(jià)區(qū)域性疾病。此外，治療點(diǎn)(POC)設(shè)備的使用可對(duì)感染檢測(cè)和監(jiān)視產(chǎn)生影響，并將提高我們精確判定致病原因的能力。通過鑒別病毒酶活性檢測(cè)病毒，之前已得到提議，諸如授予DoritAmd的美國(guó)專利第4，952，493號(hào)和美國(guó)專利申請(qǐng)第20050048473號(hào)。這些基于酶活性的診斷測(cè)定遠(yuǎn)比分子分析諸如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)化驗(yàn)優(yōu)異，這是因?yàn)楹笳叻浅Ｂ闊?，通常需要進(jìn)行數(shù)個(gè)小時(shí)，并且成本昂貴。此外，目前提供的PCR方法給出40%的假陽性結(jié)果和陰性結(jié)果(由于它們也鑒別失活的病毒)使得所述方法效率低下并且也不安全。通常，活體樣品中病毒蛋白酶的檢測(cè)結(jié)果指示出身體中活的和具有活性的病毒感染的存在。這與可以檢測(cè)與活病毒無關(guān)的DNA或RNA序列的PCR分析，檢測(cè)抗病毒的身體免疫反應(yīng)性的存在的抗體檢測(cè)測(cè)定形成鮮明對(duì)比。相反，能檢測(cè)病毒抗原的抗體測(cè)定并非始終代表活病毒的存在，這是因?yàn)椴《究乖踔習(xí)谝粋€(gè)疾病生命周期內(nèi)為特定抗體而發(fā)生改變和變異。當(dāng)構(gòu)思本發(fā)明時(shí)，本發(fā)明人假設(shè)用于蛋白酶活性測(cè)定的最佳底物將物)的共有切割位點(diǎn)，其切割動(dòng)力學(xué)是最快的。符合該序列的底物將偶發(fā)性地用在酶診斷測(cè)試中以快速廣泛地鑒別諸多共享同一蛋白酶的病毒。如下文所描述(并在丙型肝炎NS3蛋白酶的實(shí)施例1中詳細(xì)舉例說明)，本發(fā)明人鑒定了大量病毒家族(即DNA和RNA病毒，參見實(shí)施例2)的這些動(dòng)力學(xué)優(yōu)化底物。如此鑒定的HRV和腸道病毒的底物能用于成功地檢測(cè)在鼻液和腦脊液(CSF)樣品中的相應(yīng)病毒并與RT-PCR分析(參見實(shí)施例4和5)的結(jié)果進(jìn)行比較。然而，正如所提到的，RT-PCR檢測(cè)的準(zhǔn)確性是令人懷疑的，而本發(fā)明的蛋白酶檢測(cè)相比RT-PCR檢測(cè)具有明顯優(yōu)勢(shì)，如上文所述。因此，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，本發(fā)明提供了病毒蛋白酶的動(dòng)力學(xué)最優(yōu)底物的設(shè)計(jì)方法。如此處所使用的短語"動(dòng)力學(xué)最優(yōu)底物"指相應(yīng)于能最快速地被所述蛋白酶切害U(由K(1M)，k(cat)和k(cat)/K(m)所定義，并假定所述酶遵守Michaelis-Menten動(dòng)力學(xué))的天然切割位點(diǎn)的保守氨基酸序列。所述底物可以是氨基酸底物(即，含有氨基酸序列)或其模擬物。此處所使用的短語"病毒蛋白酶"指病毒編碼的蛋白酶(以下提供了蛋白酶的實(shí)例)。所述病毒可以是表達(dá)蛋白水解酶(優(yōu)選為不表現(xiàn)出宿主蛋白酶切割特異性)的任何病毒。本發(fā)明的這個(gè)方面的方法如下實(shí)現(xiàn)(a)在至少一種病毒株的多蛋白的多個(gè)切割序列(參見圖ll)中鑒別出表現(xiàn)出所述蛋白酶最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列，和(b)鑒別出顯示出最快切割動(dòng)力學(xué)的家族范圍共有切割序列，所述家族范圍共有切割序列能用于設(shè)計(jì)所述病毒蛋白酶的動(dòng)力學(xué)最優(yōu)底物。采用本領(lǐng)域任何已知方法能實(shí)現(xiàn)經(jīng)驗(yàn)性動(dòng)力學(xué)表征，通常包括通過重組或合成方法制備可溶性熒光底物(例如基于HPLC的測(cè)定)。作為另外一種選擇，也可以使用肽底物的細(xì)胞庫[例如，參見Boulware和Daugherty2006PNAS103:20-7583:7588]。還可參見OrrD.C.等"Hydrolysisofaseriesofsyntheticpeptidesubstratesbythehumanrhinovirus143Cproteinase,clonedandexpressedinE.coli",J.Gen.Vir.巻70，頁2931-42(1989)，其內(nèi)容在此以參考的方式引入。可采用替代性的或者附加性的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)挖掘來描述表現(xiàn)出最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列，如在以下實(shí)施例部分的實(shí)施例1中的詳細(xì)描述。一旦獲得表現(xiàn)出最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列，則可以鑒別出表現(xiàn)出最快切割動(dòng)力學(xué)的家族范圍共有切割序列。此處所使用的"家族范圍共有"指在相應(yīng)于屬于同一病毒家族的多蛋白的最快切割序列的經(jīng)比對(duì)的序列系列的每個(gè)位置上最常見的氨基酸。這是通過使用常見的生物信息學(xué)工具采用序列比對(duì)算法諸如BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool(基礎(chǔ)區(qū)域比對(duì)搜尋工具)，通過www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST獲得)或者Smith-Waterman算法(參見以下實(shí)施例部分的實(shí)施例l)而實(shí)現(xiàn)的。一旦鑒別出所述家族范圍共有序列，可以設(shè)計(jì)含有該共有序列的肽，如果需要，可使其序列適應(yīng)于表現(xiàn)出令人感興趣的生物化學(xué)性質(zhì)。實(shí)例包括最佳溶解度、溫度穩(wěn)定性和pH穩(wěn)定性。這些肽被認(rèn)為是本發(fā)明的底物。此處使用的術(shù)語"肽"包括天然肽(或者是降解產(chǎn)物、合成方式合成的肽或重組肽)和擬肽(通常為合成方式合成的肽)，以及作為肽類似物的類肽和半類肽，其具有例如使所述肽在身體中更穩(wěn)定或者更能穿透進(jìn)入細(xì)胞等修飾。這些修飾包括但并不局限于N端修飾、C端修飾、肽鍵修飾(包括但不局限于CHrNH、CH2-S、CH2-S=0、0=C-NH、CH2-0、ch2-ch2、s=c-nh、cen:h或cf-ch)、骨架修飾和殘基修飾。制備擬肽化合物的方法在本領(lǐng)域內(nèi)熟知，并在例如QuantitativeDrugDesign,CA,RamsdenGd.，Chapter17.2,F.ChoplinPergamon出版社(1992)中詳細(xì)說明，將其在此以參考的方式引入如同在此進(jìn)行完全詳細(xì)說明。此方面的更多細(xì)節(jié)在以下進(jìn)行提供。所述肽中的肽鍵(-CO-NH-)可例如被N-甲基化鍵(-N(CH3)-CO-)、酯鍵(-C(R)H-C-O-O-C(R)-N-)、酮亞甲基鍵(-CO-CHr)、a-氮雜鍵(-NH-N(R)-CO-)所取代，其中R是任何垸基例如甲基、carba鍵(-CH2-NH-)、羥基亞乙基鍵(-CH(OH)-CH2-)、硫代酰胺鍵(-CS-NH-)、烯25類雙鍵(-CH-CH-)、反式酰胺鍵(-NH-CO-)、肽衍生物(-N(R)-CH2-CO-)，其中R是"正常"側(cè)鏈，天然存在于所述碳原子上。這些修飾可以發(fā)生在沿所述肽鏈的任意鍵上并且甚至同時(shí)在多處(23)發(fā)生。天然芳香氨基酸，Trp、Tyr和Phe，可由合成非天然氨基酸諸如苯基甘氨酸、Tic、萘基丙氨酸(Nal)、苯基異絲氨酸、蘇氨醇、Phe的環(huán)-甲基化衍生物、Phe的鹵代衍生物或鄰甲基-Tyr所取代。除上述之外，本發(fā)明的肽還可包括一個(gè)或多個(gè)經(jīng)修飾的氨基酸或一個(gè)或多個(gè)非氨基酸單體(例如脂肪酸、復(fù)合碳水化合物等)。在本說明書和以下權(quán)利要求部分中使用的術(shù)語"氨基酸"或"多種氨基酸"理解為包括所述20種天然氨基酸；通常在翻譯后進(jìn)行體內(nèi)修飾的氨基酸，包括例如羥基脯氨酸、磷酸絲氨酸和磷酸蘇氨酸；以及其他非常見氨基酸包括但不局限于2-氨基己二酸、羥基賴氨酸、異鎖鏈賴氨酸、正纈氨酸、正亮氨酸和鳥氨酸、此外，術(shù)語"氨基酸"包括D-和L-氨基酸。以下表1和表2列出了能用于本發(fā)明的天然氨基酸(表l)和非常規(guī)或經(jīng)修飾的氨基酸(例如合成的，表2)。表l<table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table>表2<table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>由于本發(fā)明的肽優(yōu)選用于臨床，其要求所述肽為可溶解形式，因此本發(fā)明的肽優(yōu)選包括一種或多種非天然或天然極性氨基酸，包括但不限制于由于其含有羥基的側(cè)鏈而能夠提高肽溶解度的絲氨酸和蘇氨酸。本發(fā)明的肽可通過肽合成領(lǐng)域中技術(shù)人員已知的任何技術(shù)進(jìn)行合成。對(duì)于固相肽合成，許多技術(shù)的總結(jié)可在Stewart,J.M.和Young,J.D.(1963)，"SolidPhasePeptideSynthesis,"W.H.FreemanCo.(SanFrancisco);禾卩Meienhofer,J(1973)."HormonalProteinsandPeptides,"巻2，p.46,Academic出版社(NewYork)中找到。對(duì)于經(jīng)典溶液合成的綜述，可參見Schroder,G.和Lupke,K.(1965).ThePeptides,巻1,Academic出版社(NewYork)。概述之，肽合成方法包括將一個(gè)或多個(gè)氨基酸或經(jīng)過恰當(dāng)保護(hù)的氨基酸依次加到生長(zhǎng)中的肽鏈上。通常，第一個(gè)氨基酸的氨基或者羧基由恰當(dāng)?shù)谋Ｗo(hù)基團(tuán)保護(hù)。通過在適于形成酰胺鍵的條件下加入序列中的下一個(gè)氨基酸，該氨基酸的相對(duì)基團(tuán)(complimentarygroup)(氨基或羧基)受到恰當(dāng)保護(hù)，所述受保護(hù)或者經(jīng)修飾的氨基酸可或者與惰性固體支持物相連或者在溶液中使用。然后從新加入的氨基酸殘基上脫去保護(hù)基團(tuán)，并加入下一個(gè)氨基酸(恰當(dāng)保護(hù)的)，等等；傳統(tǒng)上，該過程也伴隨著洗滌步驟。在所有所需氨基酸已按照正確順序連接以后，依次或者同時(shí)脫掉殘余的任何保護(hù)基團(tuán)(以及任何固體支持物)，以得到最終肽化合物。通過對(duì)該通用過程進(jìn)行簡(jiǎn)單修改，可以向生長(zhǎng)中的鏈一次添加多于一個(gè)的氨基酸，例如通過將受保護(hù)的三肽與受恰當(dāng)保護(hù)的二肽偶聯(lián)(在不使手性中心外消旋的條件下)，在脫保護(hù)之后形成五肽，等等。肽合成的進(jìn)一步在美國(guó)專利第6，472，505號(hào)中公開。制備本發(fā)明的肽化合物的優(yōu)選方法包括采用固體支持物的固相肽合成。大規(guī)模肽合成由AnderssonBiopolymers2000,55(3)，227-50進(jìn)行描述。采用上述教導(dǎo)可以鑒別出能最終用于檢測(cè)任何病毒，以及因而用在許多研究和臨床應(yīng)用之中的底物。根據(jù)本發(fā)明的教導(dǎo)而鑒別出的最佳底物的實(shí)例提供在以下實(shí)施例部分的實(shí)施例2中(例如SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47)。根據(jù)本發(fā)明的教導(dǎo)而鑒別出的肽優(yōu)選經(jīng)設(shè)計(jì)為長(zhǎng)度不超過20個(gè)、優(yōu)選為19個(gè)、優(yōu)選為18個(gè)、優(yōu)選為17個(gè)、優(yōu)選為16個(gè)、優(yōu)選為15個(gè)、優(yōu)選為14個(gè)、優(yōu)選為13個(gè)、優(yōu)選為12個(gè)、優(yōu)選為11、優(yōu)選為10個(gè)、優(yōu)選為9個(gè)、優(yōu)選為8個(gè)、優(yōu)選為7個(gè)、優(yōu)選為6個(gè)、優(yōu)選為5個(gè)、優(yōu)選為4個(gè)、優(yōu)選為3個(gè)氨基酸。本發(fā)明并非旨在包括美國(guó)專利申請(qǐng)20050048473中公開和要求保護(hù)的任何肽，并且作為根據(jù)此處公開的原理的任何已知肽，將其特別地從本發(fā)明中排除。本發(fā)明的肽可包含在其中進(jìn)一步含有用于切割檢測(cè)的單元(這些單元在以下進(jìn)一步描述，例如可檢測(cè)部分(在此也稱為信號(hào)部分和猝滅劑部30分))和分離部分的組合物中。因此，根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明提供了檢測(cè)樣品中至少一種病毒的方法。根據(jù)本發(fā)明的這個(gè)方面，所能檢測(cè)的病毒是那些含有切割活性能作為檢測(cè)基礎(chǔ)的蛋白酶(不由宿主細(xì)胞所表達(dá))的病毒。根據(jù)本發(fā)明的這個(gè)方面，其活性能被檢測(cè)到的蛋白酶的非限制性列表包括但不局限于，絲氨酸蛋白酶、金屬蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、3C蛋白酶、PA轉(zhuǎn)錄酶、腺嘌呤蛋白酶、2A蛋白酶、胰凝乳蛋白酶或胰蛋白酶。例如NS3、NS2、NS-pro半胱氨酸蛋白酶、nsP2半胱氨酸蛋白酶、nsP23pro、C蛋白蛋白酶、SFVNS、HIV天冬氨酸蛋白酶、nsp4動(dòng)脈炎病毒蛋白酶、HCMV蛋白酶，NS2-3、NS3-4Ap蛋白酶、HTLV-1PR。根據(jù)本發(fā)明的這個(gè)方面，能檢測(cè)的病毒的非限制性列表在以下實(shí)施例部分的實(shí)施例2中提供。此處所用的術(shù)語"檢測(cè)"指鑒別所述病毒的存在，將所述病毒分類并診斷與所述病毒相關(guān)的醫(yī)學(xué)狀況。此處所用的"診斷"指將醫(yī)學(xué)狀況分類，確定該疾病的嚴(yán)重性，監(jiān)測(cè)病程，預(yù)測(cè)疾病后果和/或康復(fù)前景。因此，為檢測(cè)腺病毒，所述底物可含有SEQIDNO:1或2。為檢測(cè)a病毒，所述底物含有SEQIDNO:3。為檢測(cè)風(fēng)疹病毒，所述底物含有SEQIDNO:4。為檢測(cè)HIV，所述底物含有SEQIDNO:5。為檢測(cè)HTLV，所述底物含有SEQIDNO:6、7或8。為檢測(cè)動(dòng)脈炎病毒，所述底物含有SEQIDNO:9。為檢測(cè)冠狀病毒，所述底物含有SEQIDNO:IO。為檢測(cè)SARS冠狀病毒，所述底物含有SEQIDNO:ll或12。為檢測(cè)環(huán)狀病毒，所述底物含有SEQIDNO:13。為檢測(cè)CMV病毒，所述底物含有SEQIDNO:14或15。為檢測(cè)皰疹病毒，所述底物含有SEQIDNO:16。為檢測(cè)黃病毒，所述底物含有SEQIDNO:17。為檢測(cè)登革病毒，所述底物含有SEQIDN0:18、19或20。為檢測(cè)西尼羅病毒，所述底物含有SEQIDNO:21、22或23。為檢測(cè)黃熱病病毒，所述底物含有SEQIDNO:24、25或26。為檢測(cè)日本腦炎病毒，所述底物含有SEQIDNO:27、28或29。為檢測(cè)蜱傳病毒，所述底物含有SEQIDNO:30、31或32。為檢測(cè)丙型肝炎病毒，所述底物含有SEQIDNO:33、34或35。為檢測(cè)瘟病毒，所述底物含有SEQIDNO:36。為檢測(cè)甲型肝炎病毒，所述底物含有SEQIDNO:37或38。為檢測(cè)HRV，所述底物含有SEQIDNO:39或40。為檢測(cè)腸道病毒，所述底物含有SEQIDNO:41、42、43、44、45、46或47。應(yīng)當(dāng)理解如果不同的病毒具有類似的氨基酸序列，單一蛋白酶可切割這些病毒的多蛋白。因此，本發(fā)明利用該特異性提供對(duì)單一病毒類型或者對(duì)多種病毒類型有特異性的檢測(cè)方法。還應(yīng)當(dāng)理解本發(fā)明的方法也可設(shè)計(jì)為用于非家族相關(guān)病毒的鑒別，諸如導(dǎo)致相同癥狀的病毒(多種病毒檢測(cè))。以下在實(shí)施例3和6中有進(jìn)一步進(jìn)行描述的實(shí)施方式。此處使用的術(shù)語"樣品"指可含有或可被病毒感染(permissive)的任何生物樣品(例如組織培養(yǎng)樣品或體液/組織樣品)。優(yōu)選為所述生物樣品指體液諸如全血、血清、血漿、腦脊液、尿液、淋巴液、呼吸道的各種外分泌液(例如鼻清洗液樣品)、腸、生殖泌尿道、淚液、唾液、精液、汗液、糞便和乳汁，以及白細(xì)胞、惡性組織、羊水和絨膜絨毛。本發(fā)明的該方面的方法通過在允許切割所述底物的條件下將所述樣品與此處所描述的任何底物接觸；并監(jiān)測(cè)所述底物的切割而實(shí)現(xiàn)，其中所述底物的切割是樣品中存在所述至少一種病毒的指示。本領(lǐng)域任何已知用于監(jiān)測(cè)蛋白水解底物切割的測(cè)定可根據(jù)本發(fā)明的該方面進(jìn)行使用。優(yōu)選為所述底物切割序列包含在組合物中，所述組合物進(jìn)一步提供用于檢測(cè)的單元，例如至少一個(gè)可檢測(cè)部分。實(shí)例在DoritArad的美國(guó)專利申請(qǐng)20050048473中詳細(xì)描述，將其在此以參考的方式引入。32如此處所使用，可檢測(cè)部分指能被直接(例如熒光、放射性同位素)或間接(例如酶原)檢測(cè)(可視化、計(jì)數(shù)等)的任何分子。因此，監(jiān)測(cè)蛋白水解切割可通過用于檢測(cè)病毒的均相測(cè)定實(shí)現(xiàn)。所選擇的底物經(jīng)合成并且與信號(hào)部分在所述切割區(qū)域的一端相連，而與猝滅劑部分在所述切割區(qū)域的另一端相連。應(yīng)當(dāng)理解根據(jù)需要(取決于檢測(cè)構(gòu)造)所有所述部分也可位于所述切割序列的一端。此處使用的短語"均相測(cè)定"指不需要將信號(hào)部分與其他分析成分分離的測(cè)定。為本發(fā)明的目的，"猝滅劑部分"是能降低或者消除所述信號(hào)部分發(fā)出的信號(hào)的任何物質(zhì)。例如，所述猝滅劑部分可通過吸收由所述信號(hào)部分發(fā)出的信號(hào)或者通過能量傳遞機(jī)制起作用。在所述信號(hào)部分和所述猝滅劑部分之間的距離使所述猝滅劑部分的存在能基本上降低或消除由所述信號(hào)部分發(fā)出的信號(hào)，除非所述底物在某個(gè)位置被切割而導(dǎo)致所述信號(hào)部分和猝滅劑部分分離。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分和猝滅劑部分由不超過3個(gè)或5個(gè)氨基酸所隔開。在另一實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分和猝滅劑部分由不超過10個(gè)氨基酸殘基隔開。在又一個(gè)實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分和猝滅劑部分由不超過15個(gè)氨基酸殘基隔開，在還一個(gè)實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分和猝滅劑部分由不超過20個(gè)氨基酸殘基隔開。根據(jù)這些指導(dǎo)，可以偶聯(lián)能用作檢測(cè)單元的其他部分(例如，也在異相測(cè)定中)，諸如以下進(jìn)一步描述的。同樣，應(yīng)當(dāng)理解任何檢測(cè)單元(例如部分等)可以直接或間接地與底物或者順序偶聯(lián)或者通過氨基酸修飾偶聯(lián)至所述肽切割序列自身的任何一個(gè)氨基酸。所述組合物與用于測(cè)試病毒存在的樣品相接觸。如果在樣品中存在病毒，所述病毒蛋白酶也存在。該蛋白酶切割底物，并可觀察到來自于信號(hào)部分的信號(hào)變化。如此的同源熒光(homogenousfluorescent)和比色測(cè)定對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員已知。參見例如Biochemistry,Allinger,WangQ.M.等，"Acontinuouscalorimetricassayforrhinovirus-143Cproteaseusingpeptidep-nitroanilidesassubstrates"Anal.Biochem.巻252,頁238-4533(1997)，禾口BasakS.等"Invitroelucidationofsubstratespecificityandbioassayofproproteinconvertase4usingintramolecularlyquenchedfluorogenicpeptides"Biochem.J.巻380，頁505-14(2004)。在本發(fā)明的另一實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分是化學(xué)發(fā)光信號(hào)部分。所述化學(xué)發(fā)光信號(hào)部分與所述底物的切割區(qū)域的一側(cè)相連，而熒光接受猝滅劑部分與所述切割區(qū)域的另一側(cè)相連。美國(guó)專利第6，243，980號(hào)，其內(nèi)容在此以參考的方式引入，描述了這樣的檢測(cè)系統(tǒng)，涉及使用化學(xué)發(fā)光的1,2-二氧雜環(huán)丁烷化合物作為所述信號(hào)部分。如果在樣品中不存在所述病毒蛋白酶，將不會(huì)發(fā)生所述底物的切割。來自于1，2-二氧雜環(huán)丁烷分解的能量傳遞至所述熒光接受部分，并在與所述1,2-二氧雜環(huán)丁烷的發(fā)射光譜區(qū)域不同的波長(zhǎng)下釋放。如果所述底物經(jīng)切割，所述熒光接受部分與所述1,2-二氧雜環(huán)丁烷分離，從而觀察到來自于所述二氧雜環(huán)丁烷化合物的化學(xué)發(fā)光。在另一實(shí)施方式中，所述信號(hào)部分是熒光化合物而所述猝滅劑部分是具有與所述信號(hào)部分的發(fā)射光譜相交迭的激發(fā)光譜的熒光化合物。此處，所述兩個(gè)部分以與熒光共振能量傳遞相符的一定距離分隔，從而使得所述熒光部分能用作共振能量供體。在另一實(shí)施方式中，猝滅基團(tuán)諸如非熒光吸收染料用以代替熒光接受猝滅部分。合適的猝滅基團(tuán)在美國(guó)專利第6,243,980號(hào)中得以描述，其內(nèi)容以參考的方式引入。采用如此的檢測(cè)方法，能允許發(fā)生所述底物被所述蛋白酶(在如果樣品中存在病毒時(shí))切割的條件下，所述測(cè)試樣品與所述底物接觸。在一個(gè)實(shí)施方式中，溫度受到控制。例如，所述溫度可以控制在37'C以提供酶反應(yīng)的最佳條件。然后利用與所采用的標(biāo)記相適應(yīng)的檢測(cè)設(shè)備來檢測(cè)來自經(jīng)切割的底物片段的信號(hào)。本發(fā)明的另一方面提供了用于檢測(cè)病毒的異相測(cè)定。"異相測(cè)定"是其中所述固相在測(cè)定過程中與其他分析成分相分離的測(cè)定。異相測(cè)定的詳細(xì)描述和實(shí)例在以下實(shí)施例部分的實(shí)施例6中提供。在此情況下，所述底物包含在具有以下通式的組合物中。X-Y誦Z其中.-Y含有病毒蛋白酶的底物，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X含有可檢測(cè)部分；和Z含有能與兩相分離體系的分離相相結(jié)合的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分。所述可檢測(cè)部分X可以被直接或間接檢測(cè)，并可以含有標(biāo)記劑諸如酶、熒光團(tuán)、發(fā)色團(tuán)、蛋白(諸如表位標(biāo)簽)、化學(xué)發(fā)光物質(zhì)和放射性同位素。分離部分Z能直接或間接地結(jié)合于兩相分離體系(例如固相和液相)的分離相。所述分離部分z的實(shí)例包括免疫結(jié)合劑、磁結(jié)合部分、肽結(jié)合部分、親合結(jié)合部分、核酸部分。更多實(shí)例在以下實(shí)施例6中提供。本發(fā)明的組合物可在與所述樣品溫育之前、同時(shí)或者之后與所述分離體系進(jìn)行溫育。利用本發(fā)明的異相測(cè)定來監(jiān)測(cè)切割可通過實(shí)施例6的任何實(shí)施方式實(shí)現(xiàn)，在圖710中進(jìn)行了示意性描述。應(yīng)當(dāng)進(jìn)行測(cè)量使得所述可檢測(cè)部分并不與所述分離部分相連。在一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明的可檢測(cè)部分是酶原。因此在底物切割時(shí)所述酶可被激活和檢測(cè)(通過該酶的催化活性的檢測(cè))。如此的酶原的實(shí)例是凝血酶原(因子II)或者該級(jí)聯(lián)中的其他酶。在此處所描述的任何實(shí)施方式中，任何部分可通過共價(jià)鍵與所述肽直接相連或者通過在每端都具有偶聯(lián)官能團(tuán)的間隔分子間接地相連。如此的連接子的實(shí)例包括垸基、乙二醇、醚、聚醚、聚核苷酸和多肽分子。適用于所述異相測(cè)定的固相包括但不局限于試管、微滴定板、微滴定孔、珠子、試紙條(dipstick)、聚合物微粒、磁性微粒、硝基纖維素、芯片陣列和其他本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的固相。在所述異相測(cè)定中使用的信號(hào)部分可以是任何本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的標(biāo)記。所述標(biāo)記包括放射性、35量熱性、熒光和發(fā)光標(biāo)記。用于檢測(cè)蛋白酶的異質(zhì)化學(xué)發(fā)光測(cè)定在美國(guó)專利第56,243,980號(hào)中描述，其內(nèi)容在此以參考的方式引入。在一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明的同質(zhì)或異相測(cè)定方法自動(dòng)化進(jìn)行，從而可以得到結(jié)果而無需醫(yī)療人員接觸接受測(cè)試的據(jù)認(rèn)為感染了所述病毒性疾病的受試者。例如，所述受試者在潔凈室中進(jìn)行測(cè)試(例如但不局限于P3型室)。所述受試者可以在進(jìn)入房間前獲得或者得到診斷試劑盒，所述試劑盒可包括包被有以上討論的所述類型的標(biāo)記肽的固相。例如，所述固相可以是之前用肽浸入的組織，或者源自用于測(cè)試懷孕那一類型的測(cè)試棒。所述受試者可以提供樣品(諸如唾液樣品)在所述固相的預(yù)備點(diǎn)上。然后將含有所述樣品的固相進(jìn)行溫育以進(jìn)行所述酶反應(yīng)。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述反應(yīng)溫度控制在37"C以提供所述酶反應(yīng)的最佳條件。當(dāng)所述溫育完成時(shí)，可使用遙控或者可從所述房間外手動(dòng)操作的機(jī)械系統(tǒng)在分光光度計(jì)中測(cè)量所述待測(cè)試的樣品。可測(cè)量所述樣品的量化顏色或UV檢測(cè)。在測(cè)試后，所述樣品可由能丟棄所述樣品的自動(dòng)系統(tǒng)或者遠(yuǎn)程操作把手丟棄。為一次檢測(cè)多種病毒的存在(諸如為了檢測(cè)與特定癥狀或特定宿主相關(guān)的病毒，參見實(shí)施例3)，可以使用本領(lǐng)域已知的任何方法或者上述適用于檢測(cè)多種病毒的方法。以下提供了這些手段的非窮盡性實(shí)例。微板-在X孔板中。每個(gè)孔含有不同的對(duì)應(yīng)于不同病毒的特定肽序列。隨著加入所述臨床樣品，用標(biāo)準(zhǔn)微板讀數(shù)器在合適波長(zhǎng)下監(jiān)測(cè)反應(yīng)并記錄下哪個(gè)孔表現(xiàn)出酶活性。由于每個(gè)孔含有一種特定肽，因此根據(jù)微板讀數(shù)器提供的數(shù)據(jù)可以說明在所述臨床樣品中存在哪種病毒酶。所述酶的存在證實(shí)了所述病毒的存在。Medisel芯片技術(shù)(Schiffenbauer等2002AnticancerRes.22:2663-9)-采用Medisel技術(shù)，可以在芯片上固定所述特定肽(對(duì)應(yīng)于感興趣的病毒)。隨著加入所述臨床樣品，用激光束監(jiān)測(cè)反應(yīng)。由于所述芯片上每個(gè)點(diǎn)含有一種特定肽，根據(jù)Medisd設(shè)備提供的數(shù)據(jù)可以說明在所述臨床樣品中存在哪種病毒酶。所述酶的存在證實(shí)了所述病毒的存在。柱上分離-特定肽(對(duì)應(yīng)于感興趣的病毒)可以利用獨(dú)特DNA間隔子連接在商業(yè)來源的珠子上。通過加入所述臨床樣品來進(jìn)行反應(yīng)。一旦發(fā)生特定肽的切割(通過在所述臨床樣品中的特定病毒酶)，猝滅劑被釋放而所述珠子發(fā)出熒光。然后通過與所述獨(dú)特DNA間隔子的雜交在柱上分離所述珠子，并用標(biāo)準(zhǔn)熒光計(jì)在合適的波長(zhǎng)下測(cè)量每種類型的珠子的熒光(對(duì)應(yīng)于每種不同的病毒)。僅有被所述病毒酶切割的珠子發(fā)出熒光。因此可以說明在所述臨床樣品中存在哪種病毒酶。所述酶的存在證實(shí)了所述病毒的存在。珠子FACS分離-僅與柱分離類似，當(dāng)每種特定的肽與具有不同顏色的珠子相連時(shí)，所述分離步驟由FACS完成。在該方法中，所述間隔子可以是DNA或者是肽或者是擬肽或者是碳水化合物或者是任何有機(jī)成分間隔子[Gonzalez(2005)Clin.Biochem.38:966-72]?？捎糜诒景l(fā)明的其他方法在Tozzoli等，(2006)Clin.Chem.LabMed.44:837-42;Abreu(2005)Ann.N.Y.Acad.Sci.1050:357-63;Buliard(2005)Ann.Biol.Clin.(Paris)63:51-8;Yinnaki(2004)J.ImmunoassayImm畫chem.25:345-57;Rouquette(2003)120:676-81;Toellner(2006)ClinicalChemistry52:1575-1583;Horejsh(2005)Nucl.AcidsRes.33中有描述，其中每一篇的內(nèi)容以參考的方式在此整體引入。根據(jù)本發(fā)明的教導(dǎo)鑒別的肽切割序列可用于檢測(cè)新型病毒株。諸如例如SARS流行病的檢測(cè)，其表現(xiàn)出與原始病毒家族(諸如冠狀病毒)的同源性。這依賴于所述檢測(cè)方法對(duì)導(dǎo)致大流行病的新型病毒的快速適應(yīng)性。因此，一旦突然出現(xiàn)的病毒的基因組得以鑒別并且知道其復(fù)制系統(tǒng)，可通過檢查所述突然出現(xiàn)的病毒的序列與已知病毒的序列之間的序列同源性確定病毒蛋白酶以及由所述蛋白酶所切割的病毒多蛋白的區(qū)域。根據(jù)該比對(duì)，可以實(shí)現(xiàn)對(duì)最佳切割序列的選擇。也提供了含有本發(fā)明的肽的試劑盒。不同的試劑盒成分可包裝在分開的容器中并在使用前立即混合。如此獨(dú)立的成分包裝使之能長(zhǎng)期保存而不喪失所述活性成分的功能。也設(shè)想了其中在同一容器中裝有兩種或兩種以上的成分的實(shí)施方式。一個(gè)示例性試劑盒可包含一種或多種以下試劑用于異相測(cè)定的洗滌緩沖試劑；不含有能切割底物的蛋白酶的陰性對(duì)照試劑；含有能切割所述底物的蛋白酶的陽性對(duì)照；(d)用于顯現(xiàn)來自于所述信號(hào)部分的可檢測(cè)信號(hào)的信號(hào)產(chǎn)生試劑；和(d)樣品收集單元，諸如注射器、喉拭子或者其他樣品收集設(shè)備。對(duì)于多種病毒檢測(cè)試劑盒，其中如上所述檢測(cè)一種或多種病毒，每一個(gè)多板檢測(cè)試劑盒將根據(jù)常見主題進(jìn)行優(yōu)選設(shè)計(jì)，諸如導(dǎo)致相同或相似疾病的不同病毒；感染相同組織或器官的病毒；具有相近種系發(fā)生關(guān)系的病毒諸如歸類為同一家族、亞家族等的病毒；可在相同體液諸如唾液、鼻分泌物、血液、尿液、糞便等中檢測(cè)到的病毒；常見并廣泛傳播的病毒；通過相同體液傳播的病毒等等。在所述試劑盒中包含的試劑可在任何類型的容器中提供，使得不同成分的使用壽命得以保留而不被所述容器的材料所吸附或改變。例如，密封的玻璃安瓿瓶可含有在中性、非反應(yīng)性氣體諸如氮?dú)庀掳b的凍千試劑或者緩沖劑。安瓿瓶可由任何合適的材料構(gòu)成諸如玻璃、有機(jī)聚合物諸如聚碳酸酯、聚苯乙烯等；陶瓷、金屬或任何其他通常用于盛放相似試劑的材料。合適容器的其他實(shí)例包括能由與安瓿瓶相似的材料制造的簡(jiǎn)單瓶，和可含有箔狀襯里諸如鋁或合金的封袋。其他容器包括試管、小瓶、燒瓶、瓶子或注射器等。容器可具有無菌接觸口，諸如具有能被皮下注射針頭刺穿的塞子的瓶子。其他容器可具有被容易移除的膜所分隔開的兩個(gè)腔室，將所述膜移除可以使所述成分混合?？梢瞥哪た梢允遣Ａ?、塑料、橡膠等。試劑盒也可配有說明材料。說明書可印刷在紙或其他基材上，和域以電子可讀介質(zhì)方式提供，諸如軟盤、CD-ROM、DVD-ROM、Zip碟、錄像帶、錄音帶等。詳細(xì)的說明書可以不與所述試劑盒物理相連；取而代之的是，用戶可以訪問由所述試劑盒的制造商或者分銷商所指定的互聯(lián)網(wǎng)網(wǎng)站，或者以電子郵件方式提供。本發(fā)明進(jìn)一步設(shè)想本發(fā)明的肽用于設(shè)計(jì)干擾所述病毒蛋白水解活性以及因而干擾病毒復(fù)制和感染的治療劑。優(yōu)選為，所述肽序列經(jīng)過修飾因而能與所述蛋白酶結(jié)合并抑制其活性(例如不可逆抑制劑)。只要依然能保持蛋白酶的識(shí)別，通過引入至少一個(gè)非肽鍵(如上所述)，如此的擬肽可用于利用不可切割的序列替代可切割序列。本發(fā)明的治療性肽可加入到經(jīng)鑒別可用于治療感興趣的病毒疾病的藥物組合物中。本發(fā)明進(jìn)一步設(shè)想利用本發(fā)明的組合物篩選抗病毒劑。因此，本發(fā)明提供了能用在治療性和診斷性應(yīng)用中的肽和含有所述肽的組合物和試劑盒。在研究以下實(shí)施例之后，本發(fā)明的其他目的、優(yōu)點(diǎn)和新型特征對(duì)于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員是顯而易見的，所述實(shí)施例并非旨在進(jìn)行限制。此外，以上描述的以及在權(quán)利要求部分要求保護(hù)的本發(fā)明的各種實(shí)施方式和方面在以下實(shí)施例中找到實(shí)驗(yàn)支持。實(shí)施例現(xiàn)在開始參考以下實(shí)施例，所述實(shí)施例與以上描述共同以非限制性方式描述了本發(fā)明。通常，此處使用的術(shù)語和在本發(fā)明中采用的實(shí)驗(yàn)程序包括分子、生物化學(xué)、微生物和重組DNA技術(shù)。這些技術(shù)在文獻(xiàn)中詳細(xì)描述。參見例如"MolecularCloning:AlaboratoryManual"Sambrook等，(1989);"CurrentProtocolsinMolecularBiology"，巻I-III，Ausubel,R.M.編輯.(1994);Ausubel等,"CurrentProtocolsinMolecularBiology",JohnWiley和Sons,Baltimore,Maryland(1989);Perbal,"APracticalGuidetoMolecularCloning",JohnWiley&Sons,NewYork(1988);Watson等,"RecombinantDNA"，ScientificAmericanBooks，NewYork;Birren等(編輯)"GenomeAnalysis:ALaboratoryManualSeries",巻1-4，ColdSpringHarborLaboratory出版社，NewYork(1998);在美國(guó)專利4，666，828;4,683,202;4,801,531;5,192,659和5，272，057中描述的方法；"CellBiology:ALaboratoryHandbook",巻I-III,Cellis，J.E.,編輯(1994);"Current39ProtocolsinImmunology",巻I-III，ColiganJ.E.，編輯(1994);Stites等(編輯)，"BasicandClinicalImmunology"(第8版)，Appleton&Lange，Norwalk，CT(1994);Mishell和Shiigi(編輯)，"SelectedMethodsinCellularImmunology",W.H.Freeman和Co.,NewYork(1980);可供使用的免疫測(cè)定在專利和科學(xué)文獻(xiàn)中得以詳細(xì)描述，參見例如美國(guó)專利3,791,932;3，839，153;3，850，752;3,850,578;3,853,987;3,867,517;3，879，262;3，901，654;3,935,074;3，984，533;3,996,345;4,034,074;4,098,876;4，879，219;5,011,771和5，281，521;"OligonucleotideSynthesis"Gait，M.J.,編輯(1984);"NucleicAddHybridization"Hames,B.D.，和HigginsS.J.，編輯(1985);"TranscriptionandTranslation"Hames，B.D.,和HigginsS.J.，編輯(1984);"AnimalCellCulture"Freshney，R.I"編輯(1986);"ImmobilizedCellsandEnzymes"IRL出版社，(1986);"APracticalGuidetoMolecularCloning"Perbal,B.，(1984)禾口"MethodsinEnzymology"巻1-317,Academic出版社；"PCRProtocols:AGuideToMethodsAndApplications"，Academic出版社，SanDiego,CA(1990);Marshak等，"StrategiesforProteinPurificationandCharacterization-ALaboratoryCourseManual"CSHL出版社(1996);所有這些在此以參考的方式全文引入。其他常見參考文獻(xiàn)在該說明書中提供。其中的程序據(jù)信為本領(lǐng)域內(nèi)熟知，并為了閱讀者的方便而提供。其中含有的所有信息在此處以參考的方式引入。實(shí)施例1丙型肝炎NS3蛋白酶共有切割序列鑒別以下描述了丙型肝炎的NS3蛋白酶的經(jīng)優(yōu)化的切割序列的鑒別。階段1:獲得所述多蛋白被其病毒蛋白酶切割的機(jī)理，要點(diǎn)是病毒生命周期中切割事件的順序(l、4，參見取自丙型肝炎病毒(HCV)的圖11:Modelsstructureandgenomeorganization(模型結(jié)構(gòu)和基因組組織結(jié)構(gòu))，Vol5;2003年11月19日，CambridgeUniversity出版社)。階段2:利用數(shù)據(jù)庫諸如Swissprot.、Pubmed、Genebank和OWL對(duì)盡可能多的相同病毒的病毒株的所有切割序列進(jìn)行比較，并利用40FASTA軟件對(duì)其進(jìn)行比對(duì)(參見以下表1)。表1<table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table>E1〈=>E2細(xì)胞HCV221605FAGVDGlETYTS86EK=>E2細(xì)胞HCV221607FAGVDGATTTS87E1<=>E2細(xì)胞HCV2764398FAGVDGDTHTT88EK=>E2細(xì)胞HCV59479FAGVDGTTYVS89E1〈=>E2細(xì)胞HCV59485FAGVDGTTTVS90E1<=>E2細(xì)胞HCV59487FAGVDGQTRVT91EK=〉E2細(xì)胞HCV9843677FAGVDANTYVT92EK:〉E2細(xì)胞HCV(6a33)57791994FAGVEATTTVG93EK=〉E2細(xì)胞HCV(HC-G9)464178FAGVDAETRVT94EK=〉E2細(xì)胞HCV(JPUT971017)9757542VAGVDATTYST95E1<=>E2細(xì)胞HCV(NZLl)1183029FSGVDAHTYTT%E1<=〉E2細(xì)胞HCV(TrKj)1435035FSGVDATTHTT97EK=〉E2細(xì)胞HCV(VAT96)6521009TAGVDAQTHTI98E1〈=>NS1細(xì)胞HCV633202FSGVDAETYIT99E1〈〉NS1細(xì)胞HCV221615ISQAEAALENL100E2<=>NS1細(xì)胞HCV22129793IAQAEAlALENL101E2<=>NS1細(xì)胞HCV2764398ISNVEAlAVERL102E2<=〉NS1細(xì)胞HCV(6a33)57791994LGQAEAlALEKL103E2〈〉NS1細(xì)胞HCV(JPUT971017)9757542歸EAlTLENL104E2<=〉NS1細(xì)胞HCV2496367PQRAYALDTEM105E2<=〉NS2細(xì)胞HCV9843677D嚴(yán)CACL畫106NS1<=>NS2細(xì)胞HCV1381032PQRAYALDTEV107NSK=〉NS2細(xì)胞HCV22129793PPRAYALDREM108NS1〈〉NS2細(xì)胞HCV2764398PHRAYAMDNEQ109NS1〈=〉NS2細(xì)胞HCV(6a33)57791994PQRAYALDQEL110NS1<=〉NS2細(xì)胞HCV(HC-G9)464178PQQAYALDAAE111NS1〈=>NS2細(xì)胞HCV(JPUT971017)9757542LLLADARVCVA112NSK=〉NS2細(xì)胞HCV(NZLl)1183029PPRAYAMDREM113NS1〈=〉NS2細(xì)胞HCVlb5420377PPQAYAMDREM114NS3<=〉NS4ANS3-4ApHCV221615DLEIVTSTWVL115NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV2764398DLEVITSTWVL116NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV9843677DLEVMTSTWVL117NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV(6a33)57791994DLEVTTSTWVL118NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV(JPUT971017)9757542DLEVTTSA亂119NS3<=〉NS4ANS3-4ApHCV(NZLl)1183029DLEIMTlSTWVL120NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV(TrKj)1435035DEMEEClSQHLP121NS3〈=〉NS4ANS3-4ApHCV(VAT96)6521009AGVAGALVAFK12242<table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>步驟3:根據(jù)取代或者通過根據(jù)以下表2中所列的參考文獻(xiàn)進(jìn)^1數(shù)據(jù)挖掘而動(dòng)力學(xué)優(yōu)化的位點(diǎn)獲得最快速的切割序列。在HCVNS3蛋白酶的情況下所述位點(diǎn)是NS5A/B(3、4、5)。表21.Grakoui,A.，D.W.McCourt,C.Wychowski，S.M.Feinstone，禾口CM.Rice.1993.AsecondhepatitisCvirus-encodedproteinase.Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:10583-10587.2.ReedKE,GrakouiA，RiceCM.HepatitisCvirus-encodedNS2-3protease:cleavage-sitemutagenesisandrequirementsforbimolecularcleavage.3.JVirol.1995Jul;69(7):4127-36.4.Bartenschlager,R.,L.Ahlborn-Laake，丄Mous，禾口H.Jacobsen.1994.KineticandstructuralanalysisofhepatitisCviruspolyproteinprocessing.J.Virol.68:5045-5055.5.Failla,C.,L.Tomei,和R.DeFrancesco.1994.BothNS3andNS4AarerequiredforproteolyticprocessingofhepatitisCvirusnonstructuralprotein.J.Virol.68:3753-3760.6.Grakoui，A.，C.Wychowski，C.Lin，S.M.Feinstone禾卩C.M.Rice.1993.ExpressionandidentificationofhepatitisCviruspolyproteinproducts.J.Virol.67:1385-1395.7.PaciniL,VitelliA,FilocamoG，BartholomewL，BrunettiM，Tramontane)A，SteinkuhlerC,MigliaccioG.InvivoselectionofproteasecleavagesitesbyusingchimericSindbisviruslibraries.JVirol.2000Nov;74(22):10563-70.8.AAKolykhalov,EVAgapov禾卩CMRiceSpecificityofthehepatitisCvirusNS3serineprotease:effectsofsubstitutionsatthe3/4A，4A/4B，4B/5A，and5A/5Bcleavagesitesonpolyproteinprocessing.J.Virol.1994Nov68(11)，7525-7533.9.UrbaniA，BianchiE，NarjesF，TramontanoA，DeFrancescoR,SteinkuhlerC，PessiA.SubstratespecificityofthehepatitisCvirusserineproteaseNS3.JBiolChem.1997Apr4;272(14):9204-9.表3-基于NS4A/B、NS5A/B序列的底物肽的活性以及所選擇的切割位點(diǎn)a肽序列b(min")Kcat/Km+-+-+-B5sBTLEFCSflSY273.5362322,200109,000B8sEQWRCSfiSY21"710.58,3007,100B15sERVVLCSfiSY133044.53057,00016,600B19sERLVLCSflSY1211493068,00045,000B28sENSVPCSaSY561514.544,3004,400B14s(NS5A/B)EDWaCSflSY104473478,000141,000NS4緒BsDEMEECASHL50010441337,000在150mMNaCl存在(+)或不存在(-)時(shí)測(cè)定動(dòng)力學(xué)參數(shù)fi，正亮氨酸(noreleucine)44表4-反式<table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>表5-順式<table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>表6P6和Pl'修飾的十肽的切割動(dòng)力學(xué)參數(shù)-相應(yīng)于所述NS4A/NS4B切割位點(diǎn)粗體印刷的殘基指示了相對(duì)于野生型序列的更改。數(shù)據(jù)為至少三次不同測(cè)量的平均值士S.D.。<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>表7粗體印刷的殘基指示了相對(duì)于野生型序列的更改。數(shù)據(jù)為至少三次不同測(cè)量的平均值士S.D.。<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>順式-作用的蛋白酶僅僅切割相鄰切割位點(diǎn)。反式-作用的蛋白酶對(duì)較遠(yuǎn)的切割位點(diǎn)起作用。順式-1.PI-具有蘇氨酸。2.P4-接受大多數(shù)具有非極性脂肪族側(cè)鏈的殘基。3.P2-顯示出對(duì)帶電荷的殘基的偏好。4.所述蛋白酶順式-切割位點(diǎn)NS4A/C連接的特異性極大地退化(6)指示出所述切割是由多蛋白折疊所決定的。反式1.PI-半胱氨酸非常重要并且不能被替換。2.P3-僅接受纈氨酸、谷氨酸、蘇氨酸和異亮氨酸。用Asn或Lys替代Glu沒有效果。3.P4-能容忍大多數(shù)殘基。4.P2-顯示出對(duì)亮氨酸的偏好。用Asn或Lys替代Glu沒有效果。5.P5-偏好帶電荷的殘基(負(fù)電荷殘基—天冬氨酸酯)。6.P6-酸性殘基是重要的。(酪氨酸)7.P3-殘基有助于有效底物識(shí)別(gln)。8.P4'-殘基有助于有效底物識(shí)別(疏水殘基—Leu)。9.P7-用His或者Arg取代Phe沒有效果。10.P5-用Lys替代Glu沒有效果。11.P2'-用Lys取代Gln沒有效果。12.Pl'-用Ile、Thr、Arg、Ala、Asp或His取代Ser使得可以有效切割。然而，用Pro取代顯著地抑制切割(7)。13.有效體外切割要求從P6至P4'間至少10個(gè)殘基的肽底物。步驟4:根據(jù)來自步驟3的兩個(gè)最快速的位點(diǎn)和取代得出共有序列位點(diǎn)，并根據(jù)步驟3所允許的變體由步驟4總結(jié)出共有序列方案。對(duì)于HCVNS3蛋白酶，整理所有數(shù)據(jù)得到結(jié)果如以下序列(T/S/酸性氨基酸)X(E/T/I/N/K/D/V)(C/F)CX(M/norL)(S/D)(Y/疏水氨基酸)(SEQIDNO:33)實(shí)施例2根據(jù)本發(fā)明的教導(dǎo)鑒別出的動(dòng)力學(xué)優(yōu)化底物以下代號(hào)用于表示共有序列的表達(dá)式。疏水氨基酸G、A、V、L、I、M、W、F、Y、H堿性氨基酸Q、N、K、H、RHB供體K、R、S、C、T、Q、N、Y酸性氨基酸E、D、Y芳香族氨基酸Y、F、H、W-/-:切割位點(diǎn)腺病毒科(l-9):猿腺病毒25、腺病毒24、腺病毒23、腺病毒22、腺病毒21、腺病毒19。豬腺病毒C、腺病毒B、腺病毒A、腺病毒5、腺病毒4、腺病毒3、腺病毒2、腺病毒l。羊腺病毒B、腺病毒A、腺病毒5、腺病毒4、腺病毒3、腺病毒2、腺病毒1。鼠腺病毒A、腺病毒l。人腺病毒F、腺病毒E、腺病毒D、腺病毒C、腺病毒B、腺病毒A、腺病毒9、腺病毒8、腺病毒7、腺病毒6、腺病毒51、腺病毒50、腺病毒5、腺病毒49、腺病毒48、腺病毒47、腺病毒46、腺病毒45、腺病毒44、腺病毒43、腺病毒42、腺病毒41、腺病毒40、腺病毒4、腺病毒39、腺病毒38、腺病毒37、腺病毒36、腺病毒35、腺病毒34、腺病毒33、腺病毒32、腺病毒31、腺病毒30、腺病毒3、腺病毒29、腺病毒28、腺病毒27、腺病毒26、腺病毒25、腺病毒24、腺病毒23、腺病毒22、腺病毒21、腺病毒20、腺病毒2、腺病毒19、腺病毒18、腺病毒17、腺病毒16、腺病毒15、腺病毒14、腺病毒13、腺病毒12、腺病毒11、腺病毒IO、腺病毒l。馬腺病毒B、腺病毒A、腺病毒2、腺病毒l。犬腺病毒2、腺病毒l、腺病毒。牛腺病毒C、腺病毒B、腺病毒A、腺病毒9、腺病毒3、腺病毒2、腺病毒IO、腺病毒l。腺病毒動(dòng)力學(xué)優(yōu)化位點(diǎn)GX/G位點(diǎn)(M/I/L)XGX-/-GSEQIDNO:1(M/L/I/V/N/Q)X(A/G)X-/-GSEQIDNQ:2_披膜病毒科(10-33)a病毒Aura病毒、巴馬森林病毒(BarmahForestvirus)、東部馬腦炎病毒、米德爾堡病毒(Middelburgvirus)、恩杜姆病毒(Ndumuvirus)、貝巴魯病毒(Bebaruvirus)、孔貢亞病毒(Chikungunyavirus)、格塔病毒(Getahvirus)、馬雅羅病毒(Mayarovirus)、阿尼昂-尼昂病毒(O'nyong-nyongvirus)、羅斯河病毒(RossRivervirus)、塞姆禾隨森林病毒(Semlikiforestvirus)、烏納病毒(Unavirus)、Trocara病毒、Cabassou病毒、Mucambo病毒、Pixuna病毒、委內(nèi)瑞拉馬腦炎病毒、摩根堡病毒(FortMorganvirus)、HighlandsJ病毒、辛德畢斯病毒(Sindbisvirus)、西部馬腦脊髓炎病毒、Whataroa病毒、a病毒HBbl7、挪威鮭亞目a病毒(Norwegiansalmonidalphavirus)、RioNegro病毒、海豹寄生蟲病毒(Seallousevirus)。_a病毒(A/V)G(A/G/堿性氨基酸)-/-(A/G/Y)(疏水性氨基酸)SEQIDNO:3_風(fēng)疹病毒風(fēng)疹病毒、風(fēng)疹病毒(BRDI株)、風(fēng)疹病毒(BRDII株)、風(fēng)疹病毒(Cendehill株)、風(fēng)疹病毒(M33株)、風(fēng)疹病毒(RN-UK86株)、風(fēng)疹病毒(THERIEN株)、風(fēng)疹病毒(TO-336疫苗株)、風(fēng)疹病毒(TO-336株)、風(fēng)疹病毒(RA27/3疫苗株)。_風(fēng)疹病毒:SRGG-/-GTCSEQIDNO:4_反轉(zhuǎn)錄病毒科(34-60)正反轉(zhuǎn)錄病毒亞科、慢病毒、靈長(zhǎng)類慢病毒組人類免疫缺陷病毒l:HIV-1M:C—92BR025、HIV-1M:C一ETH2220、HIV-1M:F1—93BR020、HIV-1M:F1_VI850、HIV-1M:F2—MP255C、fflV-1M:F2—MP257C、fflV-1M:G_92NG083、fflV國(guó)lM:G—SE6165、fflV-1M:H一90CF056、fflV-1M:H一VI991、HIV誦lM:J_SE9173、HIV誦lM:J—SE9280、HIV-1M:K—96CM-MP535、fflV國(guó)lM:K—97ZR-EQTB11、49HIV國(guó)1N—YBF106、HIV-1N—YBF30、HIV國(guó)1O—ANT70、HIV國(guó)1O—MVP5180、人類免疫缺陷病毒3、人類免疫缺陷病毒1型(ARV2/SF2ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(BHIOISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(BH5ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(BH7分離株)、人類免疫缺陷病毒1型(BH8ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(BRAINISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(BRUISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(CDC-451ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(CLONE12)、人類免疫缺陷病毒1型(ELIISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(HXB2ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(HXB3ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(分離株YU2)、人類免疫缺陷病毒1型(JH3ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(JRCSFISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(KB-1分離株)、人類免疫缺陷病毒1型(Lai分離株)、人類免疫缺陷病毒1型(MALISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(MFAISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(MNISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(NDKISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(NEWYORK-5ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(NIT-A分離株)、人類免疫缺陷病毒1型(OYIISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型CPV22ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(RF/HATISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(SCISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(SF162ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(SF33ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(STRAINUGANDAN/ISOLATEU455)、人類免疫缺陷病毒1型(WMJ1分離株)、人類免疫缺陷病毒1型(WMJ2ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(Z-84ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(Z2/CDC-Z34ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(ZAIRE3ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(ZAIRE6ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型(ZAIREHZ321ISOLATE)、人類免疫缺陷病毒1型lwl2.3分離株。人類免疫缺陷病毒2型人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATEBEN)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATEROD)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATEST)、人類免疫缺陷病毒2型(分離株ST/24.1C#2)、HIV-2B—EHO、HIV-2B—UCl、HIV-2.D205、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATED205,7)、人類免疫缺陷病毒2型(分離株7312A)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATECAM2)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATED194)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATEGHANA-1)、人類免疫缺陷病毒2型(分離株KR)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATENIH-Z)、人類免疫缺陷病毒2型(ISOLATESBLISY)。_(S/G)(Q/G/R/K)(N/C/D)(Y/疏水性氨基酸/芳香族氨基酸)-/-P(I/V/疏水性氨基酸)(V/Q)SEQIDNO:5_反轉(zhuǎn)錄病毒科；正反轉(zhuǎn)錄病毒亞科；S反轉(zhuǎn)錄病毒；靈長(zhǎng)類嗜T-淋巴細(xì)胞病毒人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒1型(加勒比分離株)、人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒1型(分離株MT-2)、人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒1型(ATK株)、人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒1型(非洲分離株)、人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒1型(北美分離株)。_HTLV(人類T細(xì)胞嗜淋巴細(xì)胞病毒)最佳位點(diǎn)CA/NC和Pr/P3(V/L/T/P)X(疏水性氨基酸)(F/L)-/-V(疏水性氨基酸)QSEQIDNO:6KVKV(F/L)-/-VVQPKSEQIDNO:7PPX(疏水性氨基酸)L-/-PISEQIDNO:8_套病毒綱動(dòng)脈炎病毒科(78-82)動(dòng)脈炎病毒馬動(dòng)脈炎病毒Bucyrus、乳酸脫氫酶增高病毒、病毒C、乳酸脫氫酶增高病毒Plagemann、Lelystad病毒、PRRSV16244B、PRRSVHB-l(sh)/2002、PRRSVHB-2(sh)/2002、PRRSV麗l、PRRSVVR2332、猿出血熱病毒。_動(dòng)脈炎病毒:(芳香族氨基酸/堿性氨基酸/L)E-/-(G/S)SEQIDNO:9_套病毒綱冠狀病毒科(61-77)冠狀病毒犬冠狀病毒、貓冠狀病毒、人類冠狀229E、豬流行性腹瀉病毒、傳染性胃腸炎病毒、非分類牛冠狀病毒、人類冠狀病毒OC43、鼠肝炎病毒、豬血凝性腦脊髓炎病毒、puffmosis冠狀病毒、大鼠冠狀病毒、SARS冠狀病毒、傳染性支氣管炎病毒、火雞冠狀病毒、蝙蝠冠狀病毒China2005、蝙蝠冠狀病毒株61、蝙蝠冠狀病毒ZS-2005、鳥糞便冠狀病毒、雞腸冠狀病毒、鴨冠狀病毒、鵝冠狀病毒、人類冠狀病毒NO、鸚鵡冠狀病毒AV71/99、鵒子冠狀病毒_冠狀病毒3C蛋白酶最佳位點(diǎn)Pl/P2(S/疏水性氨基酸)XLQ-/-(S/A)GX(疏水性氨基酸/堿性氨基酸)SEQIDNO:10SARS冠狀病毒PLpro:(疏水性氨基酸)(K/R/N/Q)GG-/-/(A/K)(疏水性氨基酸)SEQIDNO:113CL:最佳位點(diǎn)Pl/P2(A/S)(疏水性氨基酸)LQ-/-SGFSEQIDNO:12_環(huán)狀病毒牛環(huán)狀病毒、布雷達(dá)病毒(Bredavirus)、馬環(huán)狀病毒、伯爾尼病毒(Bernevirus)、人環(huán)狀病毒、豬環(huán)狀病毒、豬環(huán)狀病毒(病毒株P(guān)IO)。_環(huán)狀病毒:(堿性氨基酸)(芳香族氨基酸/堿性氨基酸/P)Q-/-(S/A/G)SEQIDNO:13皰疹病毒科(83-105);(3皰疹病毒亞科巨細(xì)胞病毒恒河猴巨細(xì)胞病毒株68-l、人類皰疹病毒5(病毒株1042)、人類皰疹病毒5(病毒株119)、人類皰疹病毒5(病毒株2387)、人類皰疹病毒5(病毒株4654)、人類皰疹病毒5(病毒株5035)、人類皰疹病毒5(病毒株5040)、人類皰疹病毒5(病毒株5160)、人類皰疹病毒5(病毒株5508)、人類皰疹病毒5病毒株AD169、人類皰疹病毒5病毒株Eisenhardt、人類皰疹病毒5病毒株Merlin、人類皰疹病毒5病毒株P(guān)T、人類皰疹病毒5病毒株toledo、人類皰疹病毒5病毒株Towne、黑猩猩巨細(xì)胞病毒、Aotine皰疹病毒l、狒狒巨細(xì)胞病毒OCOM4-37、ercocebusagilis巨細(xì)胞病毒1、髭長(zhǎng)尾猴(Cercopithecuscephus)巨細(xì)胞病毒1、黑紅疣猴(Colobusbadius)巨細(xì)胞病毒1、黑白疣猴(Colobusguereza)巨細(xì)胞病毒1、中麝駒(Crocidurarussula)巨細(xì)胞病毒1、食蟹猴(Macacafascicularis)巨細(xì)胞病毒1、山魈屬(Mandrillus)巨細(xì)胞病毒、非洲疣豬(Phacochoerusafricanus)巨細(xì)胞病毒1、猩猩(Pongopygmaeus)巨細(xì)胞病毒1、豬巨細(xì)胞病毒、猿巨細(xì)胞病毒。CMV動(dòng)力學(xué)最佳位點(diǎn)M位點(diǎn)VV(非K的X)A-/-SSEQIDNO:14VVNA-/-SCRSEqIDNO:15_a皰疹病毒亞科單純皰疹病毒牛皰疹病毒2型(病毒株BHM-1)、牛皰疹病毒2型(病毒株BMV)、獼猴皰疹病毒1(病毒株E2490)、獼猴皰疹病毒16、獼猴皰疹病毒2(SA8)、單純皰疹病毒(l型/病毒株17)、單純皰疹病毒(l型/病毒株A44)、單純皰疹病毒(l型/病毒株Angelotti)、單純皰疹病毒(l型/病毒株CUOl)、單純皰疹病毒(l型/病毒株CVG-2)、單純皰疹病毒(l型/病毒株F)、單純皰疹病毒(l型/病毒株HFEM)、單純皰疹病毒(l型/病毒株HZT)、單純皰疹病毒(l型/病毒株MGH-IO)、單純皰疹病毒(l型/病毒株MP)、單純皰疹病毒(l型/病毒株P(guān)atton)、單純皰疹病毒(l型/病毒株R19)、單純皰疹病毒(l型/病毒株SC16)、單純皰疹病毒1病毒株R-15、人類皰疹病毒7病毒株JI、人類皰疹病毒1病毒株KOS、人類皰疹病毒2(單純皰疹病毒2型)、單純皰疹病毒(2型/病毒株B4327UR)、人類皰疹病毒2病毒株186、人類皰疹病毒2病毒株333、人類皰疹病毒2病毒株G、人類皰疹病毒2病毒株HG52、人類皰疹病毒2病毒株SA8、人類皰疹病毒2病毒株SN03、人類皰疹病毒2病毒株SSOl、人類皰疹病毒2病毒株ST04。_單純皰疹病毒最佳位點(diǎn)C端切割(疏水性氨基酸/芳香族氨基酸)(疏水性氨基酸)(Q/N/E/D)AV-S(S/T/D/E)(疏水性氨基酸/HB供體)SEQIDNO:16_黃病毒科；黃病毒(106-133)阿爾弗病毒(Alfhyvirus)、Alkhurma出血熱病毒、阿波衣病毒(Apoivirus)、Aroa病毒、巴力口扎病毒(Bagazavirus)、班奇病毒(Banzivirus)，巴圖洞穴病毒(BatuCavevirus)、Bouboui病毒、布卡拉沙蝙蝠病毒(Bukalasabatvirus)、巴休夸拉病毒(Bussuquaravirus)、CY1014病毒、Cacipacore病毒、凱莉島病毒(CareyIslandvirus)、細(xì)胞融合劑病毒、牛骨山脊病毒(CowboneRidgevirus)、達(dá)瞎?fàn)栻_蝠病毒(Dakarbat53virus)、鹿蜱病毒(Deertickvirus)、登革病毒、邊山病毒(EdgeHillvirus)、恩德培蝙蝠病毒(Entebbebatvirus)、黃病毒CbaAr4001、黃病毒FSME、黃病毒屬病毒、GadgetsGully病毒、希臘山羊腦炎病毒、伊瓜佩病毒(Iguapevirus)、伊利烏斯病毒(Ilheusvirus)、以色列火雞腦脊膜腦脊髓炎病毒(Israelturkeymeningoencephalomyelitisvirus)、曰本腦炎病毒、朱格拉病毒(Jugravirus)、胡蒂亞帕病毒(Jutiapavirus)、凱丹姆病毒(Kadamvirus)、Kamiti河病毒(KamitiRivervirus)、喀什病毒(Karshivirus)、凱杜古病毒(Kedougouvirus)、禾斗禾斗貝拉病毒(Kokoberavirus)、庫坦戈病毒(Koutangovirus)、庫姆靈厄病毒(Kumlingevirus)、庫寧病毒(Kunjinvims)、禾斗薩努爾森林病病毒(Kyasamirforestvirus)、蘭加特病毒(Langatvirus)、蘭加特病毒(病毒株TP21)、蘭加特病毒(Yelantsev病毒株)、跳躍病病毒、Meaban病毒、默多克病毒(Modocvirus)、蒙大拿鼠耳蝠腦白質(zhì)炎病毒(Montanamyotisleukoencephalitisvirus)、美禾ll谷腦炎病毒(MurrayValleyencephalitisvirus)、Naranjal病毒、Negishi病毒、恩塔亞病毒(Ntayavirus)、鄂木斯克出血熱病毒(Omskhemorrhagicfevervirus)、金邊蝙蟲雖病毒(PhnomPenhbatvirus)、波蒂斯庫姆病毒(Potiskumvirus)、玻瓦桑病毒(Powassanvirus伯維病毒(RioBravovirus)、羅西歐病毒(Rociovirus)、皇家農(nóng)場(chǎng)病毒、俄羅斯春夏腦炎病毒、莎波亞病毒(Saboyavirus)、SalVieja病毒、SanPerlita病毒、SaumarezReef病毒、賽皮克病毒(Sepikvirus)、實(shí)兆遠(yuǎn)病毒(Sitiawanvirus)、sokoluk病毒、西班牙羊腦炎病毒、斯龐德溫尼病毒(Spondwenivirus)、圣路易斯腦炎病毒、斯特拉特福德病毒(Stratfordvirus)、塔瑪納蝙蝠病毒(Tamanabatvims)、坦布蘇病毒(丁embusuvirus)、蜱傳腦炎病毒、蜱傳黃病毒、蜱傳播玻瓦桑(Tick-bornepowassan)病毒(病毒株lb)、土耳其綿羊腦炎病毒、Tyuleniy病毒、烏干達(dá)S病毒、尤蘇它病毒(Usutuvims)、WangThong病毒、韋瑟爾斯布朗病毒(Wessselsbronvirus)、西尼羅病毒、雅溫得病毒(Yaoundevirus)、黃熱病病毒、Yokose病毒、齊卡病毒(Zikavirus)、蚊傳播病毒。黃病毒最佳位點(diǎn)NS3/4A和NS2A/2B(堿性氨基酸/G)(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)(S/G/A)SEQIDNO:17登革病毒G(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)-/-(S/T/A)(疏水性氨基酸)(HB供體)SEQIDNO:18(S/T/A)XGRK-/-S(疏水性氨基酸)TSEQIDNO:19AAGRK-/-SLTSEQIDNO:20西尼羅病毒(HB供體/A)X(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)-/-(S/G)X(疏水性氨基酸)SEQIDNO:21PNRKR-/-GWPASEQIDNO:22FASGKR-/-SQIGV23黃熱病病毒G(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)-/-(S/G)X(疏水性氨基酸)SEQIDNO:24FGRR-/-SIPSEQIDNO:25EGRR-/-GAASEQIDNO:26日本腦炎病毒(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)-/-(S/G)(疏水性氨基酸)(疏水性氨基酸)SEQIDNO:27NKKR-/-GWPASECIDNO:28AATGKRSA(疏水性氨基酸)SEQIDNO:29蜱傳病毒(堿性氨基酸)(堿性氨基酸)-/-S(疏水性氨基酸)X(酸性氨基酸)SEQIDNO:30RGRR-/-SFSEVSEQIDNO:31SGRR-/-SFGDSEQIDNO:32_黃病毒科；肝炎病毒屬(134-142);丙型肝炎病毒丙型肝炎病毒亞型la、丙型肝炎病毒亞型lb、丙型肝炎病毒亞型lc、丙型肝炎病毒亞型ld、丙型肝炎病毒亞型le、丙型肝炎病毒亞型lf、丙型肝炎病毒亞型2a、丙型肝炎病毒亞型2b、丙型肝炎病毒亞型2c、丙型肝炎病毒亞型2d、丙型肝炎病毒亞型2f、丙型肝炎病毒亞型2i、丙型肝炎病毒亞型2k、丙型肝炎病毒亞型3a、丙型肝炎病毒亞型3b、丙型肝炎病毒亞型3g、丙型肝炎病毒亞型3k、丙型肝炎病毒亞型4a、丙型肝炎病毒亞型4c、丙型肝炎病毒亞型4d、丙型肝炎病毒亞型4f、丙型肝炎病毒亞型4h、丙型肝炎病毒亞型4k、丙型肝炎病毒亞型5a、丙型肝炎病毒亞型6a、丙型肝炎病毒亞型6b、丙型肝炎病毒亞型6d、丙型肝炎病毒亞型6g、丙型肝炎病毒亞型6h、丙型肝炎病毒亞型6k、丙型肝炎病毒(分離株EC1)、丙型肝炎病毒(分離株EC10)、丙型肝炎病毒(分離株Glasgow)、丙型肝炎病毒(分離株HC-J2)、丙型肝炎病毒(分離株HC-J5)、丙型肝炎病毒(分離株HC-J7)、丙型肝炎病毒(分離株HCT18)、丙型肝炎病毒(分離株HCT27)、丙型肝炎病毒(分離株HCV-476)、丙型肝炎病毒(分離株HCV-KF)、丙型肝炎病毒(分離株Hunan)、丙型肝炎病毒(分離株TH)、丙型肝炎病毒(分離株VT204)、丙型肝炎病毒(分離株VT316)、丙型肝炎病毒(分離株VT681)、丙型肝炎病毒(分離株VT886)、丙型肝炎病毒(分離株VT887)、丙型肝炎病毒(分離株VT897)、丙型肝炎病毒(分離株VT898)。丙型肝炎NS3蛋白酶最佳位點(diǎn)NS5A/B(T/S/酸性氨基酸)X(E/T/I/N/K/D/V)(C/F)C-/-X(M/norL)(S/D)(Y/疏水性氨基酸)SEQIDNO:33NS2-3蛋白酶(疏水性氨基酸)XXX(非E或P)-/-(疏水性氨基酸/堿性氨基酸)X(非P)SEQIDNO:34GXXLL-/-(A/V/R)PISEQIDNO:35_黃病毒科；瘟病毒(143-144);邊界病病毒(Borderdiseasevirus)、牛病毒性腹瀉病毒、巖羚羊瘟病毒、經(jīng)典豬瘟病毒(ClassicalSwineFevervirus)、經(jīng)典豬瘟病毒、豬霍亂病毒、綿羊瘟病毒、瘟病毒、豬瘟病毒(Porcinepestivirus)、叉角羚瘟病毒。_瘤病毒最佳位點(diǎn)3/4A和4B/5A(疏水性氨基酸)X(G/N/Q)L-/-(S/A)(HB供體/G/A)(N/A)SEQIDNO:36_小RNA病毒科；肝病毒屬；甲型肝炎病毒(145-151):甲型肝炎病毒(病毒株18F)、甲型肝炎病毒(病毒株24A)、甲型肝炎病毒(病毒株43C)、甲型肝炎病毒(病毒株CR326)、甲型肝炎病毒(病毒株GA76)、甲型肝炎病毒(病毒株HM-175)、甲型肝炎病毒(病毒株LA)、甲型肝炎病毒(病毒株LCDC-1)、甲型肝炎病毒(病毒株MBB)、甲型肝炎病毒(病毒株MSM1)、猿甲型肝炎病毒(病毒株AGM-27)、猿甲型肝炎病毒(病毒株CY-145)。_甲型肝炎3C蛋白酶動(dòng)力學(xué)最佳位點(diǎn)2C/3A(L/I)WSQ-/-GIS(D/E)DSEQIDNO:37EFFQ-/-SFPSEQIDNO:38_56小RNA病毒科；鼻病毒(152-163);人類鼻病毒IO、人類鼻病毒IOO、人類鼻病毒ll、人類鼻病毒12、人類鼻病毒13、人類鼻病毒15、人類鼻病毒16、人類鼻病毒18、人類鼻病毒19、人類鼻病毒1A、人類鼻病毒1B、人類鼻病毒2、人類鼻病毒20、人類鼻病毒21、人類鼻病毒22、人類鼻病毒23、人類鼻病毒24、人類鼻病毒25、人類鼻病毒28、人類鼻病毒29、人類鼻病毒30、人類鼻病毒31、人類鼻病毒32、人類鼻病毒33、人類鼻病毒34、人類鼻病毒36、人類鼻病毒38、人類鼻病毒39、人類鼻病毒40、人類鼻病毒41、人類鼻病毒43、人類鼻病毒44、人類鼻病毒45、人類鼻病毒46、人類鼻病毒47、人類鼻病毒49、人類鼻病毒50、人類鼻病毒51、人類鼻病毒53、人類鼻病毒54、人類鼻病毒55、人類鼻病毒56、人類鼻病毒57、人類鼻病毒58、人類鼻病毒59、人類鼻病毒60、人類鼻病毒61、人類鼻病毒62、人類鼻病毒63、人類鼻病毒64、人類鼻病毒65、人類鼻病毒66、人類鼻病毒67、人類鼻病毒68、人類鼻病毒7、人類鼻病毒71、人類鼻病毒73、人類鼻病毒74、人類鼻病毒75、人類鼻病毒76、人類鼻病毒77、人類鼻病毒78、人類鼻病毒8、人類鼻病毒80、人類鼻病毒81、人類鼻病毒82、人類鼻病毒85、人類鼻病毒88、人類鼻病毒89、人類鼻病毒9、人類鼻病毒90、人類鼻病毒94、人類鼻病毒95、人類鼻病毒96、人類鼻病毒98、人類鼻病毒B、人類鼻病毒14、人類鼻病毒17、人類鼻病毒26、人類鼻病毒27、人類鼻病毒3、人類鼻病毒8001芬蘭1995年11月、人類鼻病毒35、人類鼻病毒37、人類鼻病毒6253芬蘭1994年9月、人類鼻病毒9166芬蘭1995年9月、人類鼻病毒4、人類鼻病毒42、人類鼻病毒9864芬蘭1996年9月、人類鼻病毒5、人類鼻病毒52、人類鼻病毒7425芬蘭1995年12月、人類鼻病毒5928芬蘭1995年5月、人類鼻病毒70、人類鼻病毒72、人類鼻病毒79、人類鼻病毒83、人類鼻病毒8317芬蘭1996年8月、人類鼻病毒86、人類鼻病毒7851芬蘭1996年9月、人類鼻病毒92、人類鼻病毒93、人類鼻病毒97、人類鼻病毒99、安特衛(wèi)普鼻病毒98/99(Antwerprhinovirus98/99)、人類鼻病毒263柏林2004、人類鼻病毒漢克斯病毒株(HumanrhinovirusstrainHanks)、未分型人類鼻病毒OK88-8162、美洲鈍眼蜱病毒(Amblyommaamericanum)、人類鼻病毒UC。HRV3C蛋白酶動(dòng)力學(xué)最佳位點(diǎn)2C/3AFQ-/-GPSEQIDNO:392A蛋白酶動(dòng)力學(xué)最佳位點(diǎn)VP1/2A(S/T)(疏水性氨基酸)-/-G(疏水性氨基酸)SEQIDNO:40小RNA病毒科；腸道病毒(164-179)牛腸道病毒、牛腸道病毒病毒株K2577、牛腸道病毒病毒株SL305、牛腸道病毒2型、柯薩奇病毒(Coxsackievirus)A16、柯薩奇病毒B3、腸道病毒A01-2A-1、腸道病毒H02-2A-3、腸道病毒H02-2B-1、腸道病毒H04-2B-2、腸道病毒Hu、腸道病毒101-1-2、腸道病毒S01-2A-1、腸道病毒S02-l-6、腸道病毒S03-l-3、腸道病毒S06-1-1、人類柯薩奇病毒A16、人類柯薩奇病毒A9、人類柯薩奇病毒A9B、柯薩奇病毒、腸道病毒69、腸道病毒74、腸道病毒79、腸道病毒81、腸道病毒82、腸道病毒83、腸道病毒86、腸道病毒延邊(EnterovirusYanbian)%-83csf、腸道病毒延邊96-85csf、人類柯薩奇病毒A1、人類柯薩奇病毒AIO、人類柯薩奇病毒All、人類柯薩奇病毒A12、人類柯薩奇病毒A13、人類柯薩奇病毒A14、人類柯薩奇病毒A15、人類柯薩奇病毒A17、人類柯薩奇病毒A18、人類柯薩奇病毒A19、人類柯薩奇病毒A2、人類柯薩奇病毒A20、人類柯薩奇病毒A21、人類柯薩奇病毒A22、人類柯薩奇病毒A24、人類柯薩奇病毒A3、人類柯薩奇病毒A4、人類柯薩奇病毒A5、人類柯薩奇病毒A6、人類柯薩奇病毒A7、人類柯薩奇病毒A8、人類柯薩奇病毒B1、人類柯薩奇病毒B2、人類柯薩奇病毒B4、人類柯薩奇病毒B5、人類柯薩奇病毒B6、人類艾柯病毒1、人類艾柯病毒11、人類艾柯病毒12、人類艾柯病毒13、人類艾柯病毒14、人類艾柯病毒15、人類艾柯病毒16、人類艾柯病毒17、人類艾柯病毒18、人類艾柯病毒19、人類艾柯病毒2、人類艾柯病毒20、人類艾柯病毒21、人類艾柯病毒24、人類艾柯病毒25、人類艾柯病毒26、人類艾柯病毒27、人類艾柯病毒29、人類艾柯病毒3、人類艾柯病毒30、人類艾柯病毒31、人類艾柯病毒32、人類艾柯病毒33、人類艾柯病毒4、人類艾柯病毒5、人類艾柯病毒6、人類艾柯病毒7、人類艾柯病毒8、人類艾柯病毒9、人類腸道病毒68、人類腸道病毒69、人類腸道病毒70、人類腸道病毒71、人類腸道病毒73、人類腸道病毒74、人類腸道病毒75、人類腸道病毒77、人類腸道病毒78、人類腸道病毒89、人類腸道病毒90、人類腸道病毒91、人類腸道病毒B、人類脊髓灰質(zhì)炎病毒l、人類脊髓灰質(zhì)炎病毒2、人類脊髓灰質(zhì)炎病毒3、豬腸道病毒10、豬腸道病毒9、豬腸道病毒JIO、豬腸道病毒J4、豬腸道病毒J6、猿小RNA病毒7、猿小RNA病毒7'、豬水皰病病毒、野生型脊髓灰質(zhì)炎病毒3型。_<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>此處提供的序列的數(shù)據(jù)挖掘基于在本說明書結(jié)尾處所列的參考文獻(xiàn)。實(shí)施例3示例性多板式檢測(cè)試劑盒<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>表ll-性傳播疾病試劑盒:_<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>表12-旅行者試劑盒:_<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>表13-獸醫(yī)試劑盒:_<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>以下提供了能采用上述試劑盒進(jìn)行檢測(cè)的疾病的實(shí)例。呼吸試劑盒:_<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table>巨細(xì)胞包涵體病中的肺炎_百曰咳中的肺炎—炭疽中的肺炎—曲霉病中的肺炎—其他系統(tǒng)性真菌病中的肺炎'別處分類的其他傳染性疾病中的肺炎_支氣管肺炎，未具體指明生物體_肺炎，未具體指明生物體~~伴肺炎的流行性感冒—伴其他呼吸道表現(xiàn)的流行性感冒_伴其他表現(xiàn)的流行性感冒—支氣管炎，未具體指明急性或慢性一其他慢性支氣管炎.外因性哮喘，未提及哮喘持續(xù)狀態(tài)_外因性哮喘，伴哮喘持續(xù)狀態(tài)內(nèi)因性哮喘，未提及哮喘持續(xù)狀態(tài)—內(nèi)因性哮喘，伴哮喘持續(xù)狀態(tài)_哮喘，未具體指明類型，未提及哮喘持續(xù)狀態(tài)—哮喘，未具體指明類型，伴哮喘持續(xù)狀態(tài)—吸入(食物、嘔吐物或者n.o.s.)所致肺炎伴瘺管的積膿癥一積膿癥，未提及痿管胸膜炎，未提及滲漏液或當(dāng)前的結(jié)核一伴滲漏液的胸膜炎，由tbc之外的其他細(xì)菌所致一其他明示形式的胸膜滲漏，除結(jié)核性之外—未具體指明的胸膜滲漏一肺膿腫縱隔膿腫一肺萎陷一呼吸衰竭呼吸系統(tǒng)其他疾病，別處未分類—未具體指明的呼吸系統(tǒng)疾病一中毒性胃腸炎和結(jié)腸炎—其他的以及未具體指明的非感染性胃腸炎和結(jié)腸￥發(fā)紺呼吸異常，未具體指明_換氣過度_端坐呼吸一其他呼吸困難和呼吸異常一咳嗽胃腸道試劑盒:_霍亂弧菌(vibriocholerae)所致霍亂艾爾托霍亂弧菌(vibriocholeraeeltor)所致霍亂一霍亂，未具體指明傷寒副傷寒甲副傷寒乙副傷寒丙副傷寒，未具體指明沙門氏菌胃腸炎沙門氏菌敗血癥—局部沙門氏菌感染，未具體指明沙門氏菌腦膜炎沙門氏菌肺炎沙門氏菌關(guān)節(jié)炎沙門氏菌骨髓炎其他局部沙門氏菌感染其他明示的沙門氏菌感染沙門氏菌感染，未具體指明痢疾志賀氏菌(Shigelladysenteriae)_弗氏志賀氏菌(Shigellaflexneri)_鮑氏志賀氏菌(Shigellaboydii)索氏志貨氏菌(Shigellasonnei)_其他明示的志賀氏菌感染志賀氏菌病，未具體指明葡萄球菌食物中毒肉毒中毒產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridiumperfringens)(韋氏梭菌(c.wdchii))所致食物中毒其他梭菌所致中毒副溶血性弧菌(vibrioparahaemolyticus)所致食物中毒食物中毒，未具體指明急性阿米巴痢疾，未提及膿腫慢性腸阿米巴病，未提及膿腫阿米巴非痢疾性結(jié)腸炎阿米巴肝膿腫阿米巴肺膿腫阿米巴腦膿腫阿米巴皮膚潰瘍其他部位的阿米巴感染阿米巴病，未具體指明纖毛蟲病64賈第蟲病_球蟲病腸滴蟲病其他明示的原蟲性腸疾病一未具體指明的原蟲性腸疾病亞利桑那類副大腸桿菌(paracolonbacilli)所致腸感染產(chǎn)氣氣桿菌(aerobacteraerogenes)所致腸感染_變形菌(proteus)(奇異變形菌(mirabilis))(摩氏變形菌(morganii))所致腸感染葡萄球菌所致腸感染一假單胞菌所致腸感染由其他明示的細(xì)菌所致腸感染細(xì)菌性腸炎，未具體指明他處未分類的其他生物體所致腸感染—傳染性結(jié)腸炎、腸炎和胃腸炎假定為傳染性來源的結(jié)腸炎、腸炎和胃腸炎一傳染性腹瀉假定為傳染性來源的腹瀉腦膜炎試劑盒未具體指明菌血癥菌血癥敗血癥肺炎球菌敗血癥細(xì)菌性腦膜炎肺炎雙球菌腦膜炎在別處分類的其他細(xì)菌性疾病中的腦膜炎由其他明示細(xì)菌所致腦膜炎腦膜炎，未具體指明化膿性關(guān)節(jié)炎眼窩周圍蜂窩組織炎乳突炎及相關(guān)病癥急性乳突炎急性乳突炎，無并發(fā)癥肺炎球菌性腹膜炎皰疹性腦膜腦炎皰疹性敗血癥性傳播疾病(Std)試劑盒單純皰疹眼瞼的單純皰疹性皮炎單純皰疹盤狀角膜炎單純皰疹性虹膜睫狀體炎單純皰疹性腦膜炎單純皰疹性外中耳炎單純皰疹，伴眼科并發(fā)癥單純皰疹，伴其他眼科并發(fā)癥單純皰疹，伴其他明示的并發(fā)癥單純皰疹，伴其他明示的并發(fā)癥單純皰疹，伴未具體指明的并發(fā)癥單純皰疹，伴未具體指明的眼科并發(fā)癥單純皰疹，未提及并發(fā)癥帶狀皰疹眼瞼的帶狀皰疹性皮炎帶狀皰疹性虹膜睫狀體炎帶狀皰疹性角結(jié)膜炎帶狀皰疹，伴腦膜炎帶狀皰疹，伴眼科并發(fā)癥帶狀皰疹，伴其他神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥帶狀皰疹，伴其他神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥帶狀皰疹，伴其他眼科并發(fā)癥帶狀皰疹，伴其他明示的并發(fā)癥帶狀皰疹，伴其他明示的并發(fā)癥帶狀皰疹，伴未具體指明的并發(fā)癥帶狀皰疹，伴未具體指明的神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥帶狀皰疹，未提及并發(fā)癥皰疹性齦口炎皰疹性陰莖感染皰疹性腦膜腦炎皰疹性敗血癥皰疹性外陰潰瘍皰疹性外陰陰道炎皰疹性瘭疽實(shí)施例4蛋白酶克隆和活性測(cè)定材料和實(shí)驗(yàn)方法蛋白酶測(cè)定HRV3C:室溫下，在25mMHEPES、150mMNaCl、lmMEDTA、5%甘油(PH7.5且總體積=11111)中進(jìn)行《^￥30:活性的常規(guī)體外測(cè)定。監(jiān)測(cè)樣品中、細(xì)胞溶解產(chǎn)物中、轉(zhuǎn)化細(xì)胞提取物(重組)中和純化的重組HRV163C樣品中的HRV3C蛋白酶活性。熒光底物(pep1、5、6、8、Ori2;EDANS/DANCYL)通常在4pM濃度使用。可檢測(cè)的底物包括但不局限于Ori2、PEP1。在對(duì)應(yīng)于EDANS/DABCYL基團(tuán)的激發(fā)/發(fā)射特征的激對(duì)發(fā)射340/490il5nm利用熒光計(jì)監(jiān)測(cè)反應(yīng)。酶濃度在1一500pM之間變化。作為另外一種選擇，在3(TC，采用在96孔板中的體積為100^d的用7-甲氧基香豆素-4-乙酸(MOC)熒光團(tuán)和二硝基苯酚(DNP)猝滅劑標(biāo)記的底物進(jìn)行3C蛋白酶測(cè)定，其中含有25mMTrisHCl(pH8.0)、150mMNaCl、1mMEDTA(pH8.0)、6mMDTT、2pM6底物、2%DMSO、416nM3C蛋白酶以及如需則加入的抑制劑。通過在328nm的激發(fā)和在393nm的發(fā)射來監(jiān)測(cè)熒光(截止值為10nm)。用非線性回歸分析程序EnzFitter(BioSoft)采用以下等式對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析Ki=(I/((VmaxxS)/V0)/Ks)-1-S所使用的底物濃度低于所述底物的Km(16.8nM)，因此不需要修正S/Km項(xiàng)。向所述反應(yīng)中加入的包括DTT、甘油、Na2S04、BSA和鼻清洗液。腸道病毒(非脊髓灰質(zhì)炎腸道病毒NPEV)活性測(cè)定在4"C將新鮮CSF樣品(在《C保存12天)超聲處理3x20秒。將100pl所述細(xì)胞溶解產(chǎn)物加入到100^的2x反應(yīng)緩沖液中，采用4的Pep1作為底物。所述反應(yīng)在室溫下進(jìn)行，并用熒光計(jì)分別在激發(fā)/發(fā)射340/490士15nm下進(jìn)行監(jiān)測(cè)。組織培養(yǎng)物測(cè)定HlHeLa細(xì)胞在補(bǔ)充有5。/oFBS、1%pen-strep和1%非必需氨基酸的DMEM培養(yǎng)基中生長(zhǎng)。匯合培養(yǎng)瓶的HlHela細(xì)胞用MOI為110PFU/細(xì)胞的HRV血清型14&1A進(jìn)行感染。在感染后48小時(shí)，或者用胰蛋白酶處理或者刮拭來收獲細(xì)胞。將細(xì)胞用PBS洗滌三次并重新懸浮在反應(yīng)緩沖液中。在冰上超聲3x15秒使細(xì)胞破裂，隨后在4'C，13000rpm離心10min。經(jīng)清理的細(xì)胞溶解產(chǎn)物(含有可溶性3Cpro)用于所述測(cè)定。SARS和HRV163C蛋白酶的克隆將SARS和HRV蛋白酶克隆作為用于實(shí)驗(yàn)和試劑盒的蛋白酶的來源。HRV16:引物經(jīng)設(shè)計(jì)位于基因組的43204869bp位置。正向引物加有5'引物延伸，CACC，以協(xié)助定向克隆入拓?fù)洚悩?gòu)酶克隆載體中。反向引物用以將終止密碼子(TGA)導(dǎo)入至3'引物端。利用這些引物的所期望的PCR產(chǎn)物為556bp。所使用的模板源自含有HRV16cDNA(GenBank登錄號(hào)gi:3915817)的載體。HRV16正向引物5'CACCGGTCCAGAAGAAGAAT3'SEQIDNO:48HRV16反向引物5'TCATTGTTGTTCAGTGAAGTAT3'SEQIDNO:49SARS:引物經(jīng)設(shè)計(jì)位于基因組(SARS3CL,GenBank登記號(hào)gi:37999886)的998510902bp位置。正向引物加有5'引物延伸，CACC，以協(xié)助定向克隆。反向引物用以將終止密碼子(TAA)導(dǎo)入至3'引物端。利用這些引物的所期望的PCR產(chǎn)物為925bp。所使用的模板源自于從Dr.68Av-Gay(AvGay;溫哥華；加拿大)獲得的cDNA文庫。SARS正向引物5'CACCAGTGGTTTTAGGAAAATGGC3'SEQIDNO:50SARS反向引物5'TTATTGGAAGGTAACACCAGAGC3'SEQIDNO:51在標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)混合物中利用校正聚合酶(PfU)進(jìn)行基因的PCR擴(kuò)增(lx反應(yīng)緩沖液、0.5mMdNTP、100pmol引物和1單位pfb。采用以下循環(huán)方案94。C，3min;隨后35個(gè)循環(huán)(94°C，lmin;59°C，1min;72°C，lmin)并在72。C，10min結(jié)束)。來自SARS3CL和HRV163C蛋白酶的PCR產(chǎn)物直接克隆入pET151/D-TOPO(Invitrogen，Carlsbad,CA)(圖la和lb)。對(duì)于HRV163C蛋白酶，篩選的35個(gè)克隆中發(fā)現(xiàn)一個(gè)呈陽性。對(duì)于SARS3CL蛋白酶，在篩選的15個(gè)中有3個(gè)呈陽性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果SARS和HRV163C蛋白酶的克隆如上所述將SARS3CL和HRV16蛋白酶克隆入pET151/D-TOPO(Invitrogen,CarlsbadCA)作為用于所述實(shí)驗(yàn)和試劑盒的蛋白酶來源。圖la和lb分別示出SARS3CL(pMND2)和HRV163C(pMNDl)質(zhì)粒。對(duì)于HRV163C蛋白酶，篩選的35個(gè)克隆中發(fā)現(xiàn)一個(gè)呈陽性。對(duì)于SARS3CL蛋白酶，在篩選的15個(gè)中有3個(gè)呈陽性。在來自于轉(zhuǎn)化細(xì)菌的全細(xì)胞溶解產(chǎn)物中檢測(cè)到重組HRV163C和SARS3CL蛋白酶活性(圖2)。體外測(cè)定中采用最佳切割序列底物肽的優(yōu)異底物活性肽設(shè)計(jì)為提供用于檢測(cè)并表征所感興趣的蛋白酶的選擇性的最有效的底物，在體外測(cè)定中將天然的和經(jīng)設(shè)計(jì)的肽底物的切割進(jìn)行比較。肽底物經(jīng)設(shè)計(jì)用在HRV3C蛋白酶的測(cè)定中。肽底物序列或者根據(jù)天然切割位點(diǎn)序列進(jìn)行設(shè)計(jì)，或者根據(jù)本發(fā)明的方法進(jìn)行選擇。通常而言，通過進(jìn)行多個(gè)已知HRV切割位點(diǎn)的多序列比對(duì)，以及根據(jù)其生物信息學(xué)性質(zhì)確定在特定位置的最佳氨基酸，來確定底物序列設(shè)計(jì)。以下表14描述了在體外測(cè)定中采用的3C蛋白酶底物及其來源。69表14<table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table>確定3C蛋白酶的最佳肽底物為確定3C蛋白酶的最佳切割底物，所述合成肽底物PeplPep9(參見以上表14)被重組3C蛋白酶(參見以上實(shí)施例l)的切割與所述天然底物序列Ori2的切割進(jìn)行比較。在PeplPep9中表現(xiàn)出最快速的動(dòng)力學(xué)的底物是Pepl，其在多個(gè)HRV3C切割位點(diǎn)和生物信息學(xué)的基礎(chǔ)上進(jìn)行設(shè)計(jì)。圖3描述了與Ori2相比時(shí)，所述3C蛋白酶測(cè)定的優(yōu)異動(dòng)力學(xué)。圖4描述了在0.003pM4pM的底物濃度內(nèi)，采用250nM3C蛋白酶時(shí)，重組3C蛋白酶對(duì)Pepl進(jìn)行切割的動(dòng)力學(xué)。對(duì)于所測(cè)試的所有底物濃度，均觀察到至少3分鐘反應(yīng)過程的線性動(dòng)力學(xué)。確定采用最佳肽底物的3C蛋白酶測(cè)定的最佳條件為確定使用所述經(jīng)設(shè)計(jì)的底物的3C蛋白酶測(cè)定的最佳條件，評(píng)估了對(duì)反應(yīng)條件改變的敏感性。改變了所述標(biāo)準(zhǔn)緩沖液的主要成分諸如DTT、甘油、Na2S04和BSA的濃度，并測(cè)定了對(duì)反應(yīng)速率(RFU/min)的影響。所述結(jié)果指出與Pepl底物一起使用的最佳反應(yīng)緩沖液包含6mMDTT、5。/。甘油、0.8MNa2S04和0.11mgBSA/ml。確定采用最佳肽底物的3C蛋白酶測(cè)定的靈敏度預(yù)計(jì)在臨床樣品中的酶濃度通常較低。為測(cè)定采用所述經(jīng)設(shè)計(jì)的肽底物的3C蛋白酶活性檢測(cè)的下限，用一定范圍的重組酶濃度測(cè)試了4一的Pepl。在該測(cè)定中蛋白酶檢測(cè)的下限經(jīng)確定為0.5nM1.0nM3C蛋白酶。確定采用最佳肽底物的3C蛋白酶測(cè)定的特異性對(duì)于評(píng)估真正臨床樣品中切割活性而言至關(guān)重要的是所希望的切割活性對(duì)經(jīng)設(shè)計(jì)的底物的特異性。為測(cè)試HRV3C蛋白酶對(duì)Pepl的特異性，測(cè)試了Pepl底物與SARS蛋白酶和大腸桿菌(E.coli)溶解產(chǎn)物的酶交叉反應(yīng)性。圖5顯示了在HRV16溶解產(chǎn)物中HRV3C蛋白酶對(duì)Pepl切割的特異性，以及用SARS3CL溶解產(chǎn)物或E.coli溶解產(chǎn)物未有任何可檢測(cè)到的切割反應(yīng)。釆用HlHeLa細(xì)胞培養(yǎng)物以模擬真正的原位HRV感染來進(jìn)行更多的特異性測(cè)試，并測(cè)試所設(shè)計(jì)的底物在如此條件下檢測(cè)3C活性的效力。HRV感染的HeLa細(xì)胞的經(jīng)清理和超聲處理的溶解產(chǎn)物用底物Pepl、Ori2和Pep6進(jìn)行測(cè)試。所述結(jié)果指出HeLa細(xì)胞對(duì)于非特異性蛋白酶活性有很高的背景。為試圖消除利用HeLa細(xì)胞進(jìn)行工作時(shí)的非特異性影響，評(píng)估了多種已知的蛋白酶抑制劑(EDTA、EGTA、PMSF和抑蛋白酶肽(Aprotinin))對(duì)HeLa細(xì)胞溶解產(chǎn)物對(duì)所設(shè)計(jì)的底物的切割的影響。以下表15描述了采用Pepl作為底物的蛋白切割反應(yīng)對(duì)抑制劑PMSF和抑蛋白酶肽的相對(duì)不敏感性。EDTA/EGTA部分抑制所述3C蛋白酶對(duì)Pepl的切割。表15<table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table>在臨床條件下確定采用最佳肽底物的3C蛋白酶測(cè)定的效力HRV蛋白酶測(cè)定的臨床背景的特征在于存在粘膜分泌物。為了在真正臨床條件下確定3C蛋白酶對(duì)所設(shè)計(jì)的底物的切割的效力，比較了在存在加入的鼻清洗樣品和不存在加入的鼻清洗樣品時(shí)重組3C蛋白酶對(duì)Pepl的切割。圖6顯示鼻清洗樣品對(duì)反應(yīng)動(dòng)力學(xué)沒有影響，表明所述反應(yīng)在臨床應(yīng)用中的適用性。通過在臨床鼻清洗樣品中最佳切割序列底物肽的切割來準(zhǔn)確檢測(cè)鼻病毒感染-為測(cè)試所設(shè)計(jì)的肽底物在臨床環(huán)境中應(yīng)用的適用性，對(duì)獲得自受試者的鼻清洗樣品(利用粘液抽取器試劑盒-帶有過濾器的Mucosafe抽取器-MaerskMedicalA/S—丹麥)在病毒存在的情況下進(jìn)行評(píng)估，然后用本發(fā)明的的方法進(jìn)行蛋白酶催化活性測(cè)試。每個(gè)樣品的一部分通過直接免疫熒光測(cè)定(IFA)采用商購單克隆抗體(ChemiconInternational,Inc.,Temecula,CA),利用組織培養(yǎng)物檢測(cè)RSV、流感A和B病毒、副流感病毒和腺病毒的存在。其余部分保存在-8(TC，直至用于HRV存在的分析。目前，并不存在HRV檢測(cè)的"金牌標(biāo)準(zhǔn)"。由于病毒易感性使得組織培養(yǎng)物并非是一種例行測(cè)試，而且沒有可供釆用的商業(yè)免疫測(cè)定測(cè)試。因此選擇RT-PCR分析，在瑞士日內(nèi)瓦的日內(nèi)瓦大學(xué)醫(yī)院內(nèi)科部傳染病科病毒學(xué)中心實(shí)驗(yàn)室(TheCentralLaboraotryofVirology,DivisionofInfectiousDiseases,DepartmentofInternalMedicine,UniversityHospitalsofGeneva)進(jìn)行樣品分析。臨床鼻清洗液測(cè)試?yán)?4份臨床樣品(鼻清洗液)進(jìn)行測(cè)定。使用合成肽底物Pepl計(jì)算了相對(duì)于總蛋白濃度的3C蛋白酶比活(通過Bradford)(比活-RPU/min/mg蛋白質(zhì))。以下表16顯示了通過RT-PCR和通過蛋白酶活性(MND測(cè)定)檢測(cè)樣品中HRV的比較結(jié)果。24份樣品中的17份確定為與所述RT-PCR結(jié)果相關(guān)的蛋白酶陽性或蛋白酶陰性(比活分別大于或小于0.5RFU/min/mg蛋白質(zhì))。在余下的7份樣品中，5份在RT-PCR中為陰性，但根據(jù)蛋白酶測(cè)定為陽性，2份在RT-PCR中為陽性，但根據(jù)蛋白酶測(cè)定為陰性。假定所述RT-PCR的絕對(duì)正確性，這些初步結(jié)果的統(tǒng)計(jì)分析(表W)顯示75%的靈敏度相容性和70%的特異性相容性。表16<table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table>然而，RT-PCR檢測(cè)的準(zhǔn)確性是令人懷疑的，采用本發(fā)明的方法的蛋白酶檢測(cè)具有比RT-PCR檢測(cè)更明顯的優(yōu)勢(shì)。RT-PCR僅僅檢測(cè)病毒的RNA并因此也可檢測(cè)失活的病毒。因此，可能的是在RT-PCR中為陽性在蛋白酶活性中為陰性的樣品是由于以下事實(shí)，即所述蛋白酶測(cè)定僅僅檢測(cè)處于活性形式的病毒。此外，應(yīng)當(dāng)理解所測(cè)試的樣品在使用前在-8(TC保存34年。因此，在RT-PCR中測(cè)試為陽性而蛋白酶測(cè)定為陰性的樣品可能含有由于長(zhǎng)期保存而失活的3C蛋白酶。再次，蛋白酶檢測(cè)可能比RT-PCR更加靈敏，這可以反映在RT-PCR中測(cè)試為陰性而對(duì)蛋白酶為陽性的樣品中。因此，采用最佳切割序列底物肽的3C蛋白酶測(cè)定成功地檢測(cè)到臨床樣品中的HRV16。實(shí)施例5通過臨床CSF樣品中最佳切割序列底物肽的切割來準(zhǔn)確檢測(cè)腸道病毒感染非脊髓灰質(zhì)炎腸道病毒(NPEV)感染在每年夏末秋初很常見，并且是僅次于鼻病毒的最常見人類病毒感染因子。超過90%的無菌性腦膜炎病例由NPEV引起，典型癥狀為發(fā)熱、嚴(yán)重頭疼、頸部僵硬、頸部疼痛、惡心和嘔吐、對(duì)亮光敏感、以及可能出現(xiàn)皮疹。CSF中NPEV的檢測(cè)目前通過PCR和組織培養(yǎng)進(jìn)行。NPEVPCR相比病毒培養(yǎng)能在收到樣品后524小時(shí)內(nèi)更靈敏地更短時(shí)間地提供結(jié)果。然而，組織培養(yǎng)和RT-PCR均花費(fèi)較大并要求復(fù)雜的儀器，而不適用于快速的現(xiàn)場(chǎng)診斷。為測(cè)試采用最佳切割序列底物肽的蛋白酶測(cè)定的腸道病毒檢測(cè)效力，人類腦脊液(CSF)樣品利用本發(fā)明的方法以及在確定性組織培養(yǎng)測(cè)定中測(cè)定NPEV。臨床CSF測(cè)試表18描述了本發(fā)明的方法的優(yōu)異靈敏性。為了在CSF中準(zhǔn)確、靈敏地檢測(cè)，選用Pep9作為所述最佳序列底物肽。基于以下原因選用Pep9:首先，NPEV和HRV的蛋白酶屬于相同家族，雖然采用非最佳測(cè)定條件，但仍能獲得結(jié)果。其次，由于HRV并不存在于CSF中，因此沒有交叉反應(yīng)性的風(fēng)險(xiǎn)。通過腰椎穿刺獲得新鮮CSF。74表18<table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table>在7份新鮮CSF樣品中，組織培養(yǎng)測(cè)定結(jié)果和基于蛋白酶活性的檢測(cè)的結(jié)果間獲得完全相關(guān)性。注意到所述組織培養(yǎng)結(jié)果和蛋白酶檢測(cè)結(jié)果之間的正相關(guān)并不受到細(xì)胞密度(450細(xì)胞/mm31細(xì)胞/mm"的影響。因此，在臨床條件下可使用通過CSF樣品中最佳切割序列底物肽的切割進(jìn)行的蛋白酶檢測(cè)從而進(jìn)行腸道病毒的準(zhǔn)確和快速檢測(cè)?？傊?，這些結(jié)果顯示根據(jù)比較酶動(dòng)力學(xué)設(shè)計(jì)和選擇的最優(yōu)肽底物可用于檢測(cè)具有診斷意義的目標(biāo)酶，其具有優(yōu)異的靈敏度和準(zhǔn)確性。這些具有診斷意義的目標(biāo)酶的檢測(cè)可極大地改進(jìn)常見疾病諸如腸道病毒和鼻病毒，以及可疑的流行性或大流行性致病原諸如SARS和禽流感的快速診斷。實(shí)施例6基于分離的蛋白酶檢測(cè)本發(fā)明還提供了根據(jù)在反應(yīng)中進(jìn)行的特定底物切割來同時(shí)檢測(cè)一種或多種反應(yīng)物質(zhì)(酶或特定化學(xué)品)的新型方法，描述了基于親合性的分離。所述切割的檢測(cè)指示了所述檢測(cè)所必需的特定反應(yīng)的存在。在一個(gè)實(shí)施方式中，如此方法的一個(gè)應(yīng)用是用于檢測(cè)催化特定反應(yīng)的特定酶。在另一實(shí)施方式中，所述酶是需要進(jìn)行檢測(cè)的生物體系的一部分。在另一實(shí)施方式中，所述生物體系是病毒或細(xì)菌或其他病原體。所述檢測(cè)方法由兩步的組合構(gòu)成第一步-在反應(yīng)中經(jīng)過加工的分子和未經(jīng)過加工的分子的分離。第二步-僅對(duì)經(jīng)加工的分子進(jìn)行檢測(cè)。所述分離機(jī)制或者可利用兩個(gè)部分的特異親合性結(jié)合例如抗體-底物，核酸雜交，或者可利用與固定表面例如膜、芯片、珠子等的連接。所述檢測(cè)步驟或者可以基于親合性或者任何其他方式例如熒光法、比色法、酶法，或者二者。進(jìn)行待測(cè)特定反應(yīng)的底物包含三部分(X、Y、Z)和C(圖7)。具有特異性切割位點(diǎn)的核心分子(片段Y，例如動(dòng)力學(xué)最佳底物，諸如以上描述所確定的)一端連接于標(biāo)簽分子(片段X，即可檢測(cè)部分)，其目的是檢測(cè)被切割的底物。另一端與將經(jīng)加工的底物和未加工的底物分離開的結(jié)構(gòu)片段(片段Z，分離部分)相連。在分子Y的切割時(shí)，形成底物切割產(chǎn)物(l)含有X部分和部分Y的標(biāo)簽片段(TS，在此處也稱為X-Y')和(2)含有Z和部分Y的分離片段(SS，在此處也稱為Y"-Z)。引發(fā)所述分子切割并且其檢測(cè)是所希望的過程可以是酶反應(yīng)、化學(xué)反應(yīng)、變性或任何其他過程。在圖8中描述的底物與其經(jīng)設(shè)計(jì)的切割部分反應(yīng)。一旦發(fā)生切割，所述Z部分(分離片段)用于分離經(jīng)加工的底物和未經(jīng)加工的底物。因此，僅有所述經(jīng)加工的底物的TS(含有可檢測(cè)部分)與具有對(duì)可檢測(cè)分子的高親合性的部分相結(jié)合。因此僅僅對(duì)于被切割的底物檢測(cè)到所述親合性結(jié)合過程。檢測(cè)可基于已有的、已知的或新型方法。按此方式可僅僅檢測(cè)經(jīng)過加工的分子(圖8)。在另一實(shí)施方式中，也可能采用上述方法同時(shí)檢測(cè)許多底物的切割。這種可能性在如果以下情況時(shí)發(fā)生，即所述底物的分離結(jié)構(gòu)(Z)相似但其特異性切割分子(Y)不同。在該情況下，每種底物具有可與其核心分子(Y)相連的獨(dú)特的不同可檢測(cè)部分(X)。在發(fā)生切割和經(jīng)加工和未經(jīng)加工的底物之間的分離后，僅有所述不同(和經(jīng)過加工)的底物的TS通過親合性相結(jié)合(根據(jù)上述方法)。含有Z(未經(jīng)過加工的底物或者經(jīng)過加工的底物的SS)的任何分子通過所述分離結(jié)構(gòu)而保留。通過設(shè)計(jì)膜、芯片等可以實(shí)現(xiàn)不同底物的不同TS之間的分離，在所述膜、芯片上每個(gè)預(yù)定地點(diǎn)含有與各不同TS具有親和性的部分，例如每個(gè)地點(diǎn)僅僅能結(jié)合一種TS。隨后經(jīng)分離的溶液與該芯片或膜相接觸并發(fā)生親合性結(jié)合。通過知曉哪些預(yù)定地點(diǎn)通過親合性與不同的TS相連接，可以鑒別出哪些底物經(jīng)過加工。由于每種底物對(duì)于引發(fā)所述底物切割的所述酶而言是特異性的，因此有可能鑒別出哪種酶已切割其相應(yīng)底物，推論出哪種蛋白酶存在于所述溶76液中，并因此推論出是哪種對(duì)應(yīng)于相應(yīng)酶的病原體或因子(圖9)。反向PH系統(tǒng)(RPHS)-在該實(shí)施方式中，所述C片段是在緩沖溶液中對(duì)于所有底物而言共有的特定分子。對(duì)應(yīng)于各種底物的A片段是染料分子實(shí)體，其不同顏色對(duì)不同的PH敏感。在切割后，所述緩沖溶液經(jīng)過與片段C具有親和性的柱子的過濾。任何含有片段C的分子(未經(jīng)加工的底物或經(jīng)過加工的底物的片段SS)將保留在所述柱上(通過對(duì)應(yīng)于片段C的親和部分)。僅有所述經(jīng)過加工的底物的TS片段(不含有片段C)將能隨著進(jìn)入具有數(shù)個(gè)小單元的小室，其中每個(gè)小單元具有不同PH。一但所述TS片段(含有A)與所述小單元(不同PH)相接觸，所述小單元根據(jù)片段A的性質(zhì)改變顏色。這指示出何種底物已經(jīng)過加工。分離機(jī)制所述分離機(jī)制的目的在于分離所述TS和SS使得僅僅所述TS能被允許與相應(yīng)于所述可檢測(cè)部分具有親合性的部分相結(jié)合。在同時(shí)檢測(cè)許多底物的情況下，所述分離機(jī)制還具有其他功能，即在對(duì)于這些底物未能引發(fā)切割的情況下除去完整的底物。對(duì)于上述系統(tǒng)，可以釆用任何分離方法。以下提供了這些分離方法的簡(jiǎn)單說明。1.固定分離系統(tǒng)(ISS)-在該系統(tǒng)中，Z是通過珠子、硝基纖維素膜、生物素-抗生物素蛋白或者其他親合性對(duì)與固定表面相連接的間隔子。在緩沖溶液中切割之后，任何未經(jīng)過加工的底物或者經(jīng)過加工的底物的SS通過從所述緩沖溶液中分離所述固定表面(通過萃取、離心、過濾等)而移除，僅留下經(jīng)過加工的底物的TS。在此方式中也可能監(jiān)測(cè)每種底物的動(dòng)力學(xué)。2.動(dòng)態(tài)分離系統(tǒng)(DSS)-在該系統(tǒng)中，Z是在所述緩沖溶液中對(duì)于所有底物而言共有的或者獨(dú)特的特定分子。在發(fā)生切割后，所述緩沖溶液與經(jīng)過特殊設(shè)計(jì)的膜或芯片相接觸。所說膜為垂直并在底部其具有相應(yīng)于Z具有親合性的部分。所述膜的相鄰部分包括相應(yīng)于不同底物的X的不同地點(diǎn)。然后通過毛細(xì)作用力或者電力將所述緩沖溶液沿所述膜或芯片的長(zhǎng)度推進(jìn)。含有Z的任何分子(未經(jīng)過加工的底物或經(jīng)過加工的底77物的ss)將保留在所述膜的底部(通過相應(yīng)于z的親合性部分)。僅有經(jīng)過加工的底物的TS(不含有Z)將能夠沿膜向上移動(dòng)并與其預(yù)定地點(diǎn)通過親合性結(jié)合(圖10)。3.親合性過濾系統(tǒng)(AFS)，在該系統(tǒng)中，所述緩沖溶液經(jīng)與Z具有親合性的柱子過濾，因此含有Z的任何分子(未經(jīng)過加工的底物或經(jīng)過加工的底物的SS)將保留在柱子中。流出物將僅僅含有經(jīng)過加工的底物的TS。親合性對(duì)的實(shí)例用于該系統(tǒng)的親合性對(duì)可以是本領(lǐng)域中已知的任何親合性對(duì)。親合性對(duì)的例子包括但不局限于生物素-抗生物素蛋白、抗體-底物；受體-底物；基于核酸雜交的正義-反義DNA/RNA鏈；PH依賴性顏色分子；熒光-可檢測(cè)部分，可基于FRET或其他熒光檢測(cè)方法。檢測(cè)方法實(shí)例抗體/受體-底物-基于熒光或顏色的任何已有的或新型免疫化學(xué)方法是合適的。標(biāo)記-可檢測(cè)部分(X)可以是以下分子或者是連接于以下分子能產(chǎn)生顏色、熒光、FRET或任何其他可測(cè)量的、可見的或可容易檢測(cè)到的分子。DNA雜交-諸如基于熒光或顏色探針的任何已有的或新型雜交方法是合適的。酶反應(yīng)-可檢測(cè)部分(X)可以與能催化顏色或熒光或任何其他可測(cè)量的、可見的或任何其他易于檢測(cè)的反應(yīng)的酶相連?；诳贵w親合性的蛋白酶檢測(cè)根據(jù)其特異性蛋白酶活性檢測(cè)了臨床樣品中大量病毒的存在。許多病毒家族采用特定的蛋白酶活性作為其生命周期的重要部分。例如鼻病毒(3C蛋白酶)、腸道病毒(3C蛋白酶)和SARS(3CL蛋白酶)全部采用對(duì)其病毒家族而言獨(dú)特的切割序列。在該實(shí)施例中，所述底物是在一端與生物素(對(duì)應(yīng)于Z)相連的肽切割序列(對(duì)應(yīng)于Y)。另一端與對(duì)特定抗體具有親合性的分子(對(duì)應(yīng)于X)相連。該底物的切割將導(dǎo)致SS和TS的分離(如上所述)。所述反應(yīng)混合物含有不同類型的上述底物。所有所述底物在一端含有生物素部分。所述肽的不同在于對(duì)應(yīng)于特定蛋白酶的切割序列，而所述獨(dú)特的抗體底物能相關(guān)聯(lián)于特異性切割序列(例如A1、A2、A3......)。按此方式，每種底物能與不同病毒相關(guān)聯(lián)。所述反應(yīng)混合物與臨床樣品相接觸并可發(fā)生切割。在切割后，在膜或芯片上分析所述反應(yīng)混合物，所說膜或芯片形如條狀并專為該目的而特別設(shè)計(jì)(圖10)。在底部其具有含有抗生物素蛋白的區(qū)域。在該區(qū)域以上為其具有含有相應(yīng)于不同底物的不同抗體底物的抗體[例如抗Al(相應(yīng)于抗X1)、抗A2(相應(yīng)于抗X2)、抗A3(相應(yīng)于抗X3)......]的不同地點(diǎn)。然后通過毛細(xì)作用力或者電力將所述緩沖溶液沿所述膜或芯片的長(zhǎng)度推進(jìn)。任何含有生物素的分子(未加工的底物或者經(jīng)過加工的底物的SS)將保留在所述膜的底部(通過與抗生物素蛋白的親合性)。僅有經(jīng)過加工的底物的TS(不含有生物素)將能夠沿所述膜向上移動(dòng)并與其預(yù)定地點(diǎn)通過親和力相結(jié)合(例如，A1-抗A1、A2-抗A2等，對(duì)應(yīng)于上述的命名)。由于每個(gè)地點(diǎn)代表不同的蛋白酶，因此可能由所述經(jīng)過加工的底物的存在而確定何種蛋白酶存在于所述臨床樣品中。所述蛋白酶的存在確認(rèn)了相應(yīng)特定病毒的存在?；诤怂犭s交的蛋白酶檢測(cè)DNA或RNA的正義鏈和反義鏈相互之間具有很高的親合性。所述系統(tǒng)利用了該性質(zhì)。該系統(tǒng)按照上述抗體實(shí)施例中所述的準(zhǔn)則進(jìn)行設(shè)計(jì)。差別在于所述親合性結(jié)合基于核酸雜交。在該實(shí)施例中，所述底物是一端與分離ssDNA鏈(對(duì)應(yīng)于Z)相連的肽切割序列(對(duì)應(yīng)于Y)。另一端與獨(dú)特的ssDNA鏈(相應(yīng)于X)相連。該底物的切割導(dǎo)致SS和TS的分離(如上所述)。所述反應(yīng)混合物含有不同類型的上述底物。所有底物具有相同的分離ssDNA鏈。它們的不同在于相應(yīng)于特定蛋白酶的切割序列，以及可與特異性切割序列相關(guān)聯(lián)的獨(dú)特ssDNA(例如AlssDNA、A2ssDNA、A3ssDNA......)。按此方式，每種底物能與不同病毒相關(guān)聯(lián)。79所述反應(yīng)混合物與臨床樣品相接觸并可發(fā)生切割。在切割后，在膜或芯片上分析所述反應(yīng)混合物，所說膜或芯片形如專為該目的而特別設(shè)計(jì)的條狀(圖10)。在底部其具有含有反義分離DNA鏈的區(qū)域。在該區(qū)域以上其具有含有相應(yīng)于不同底物的獨(dú)特ssDNA的反義DNA鏈(例如反義AlssDNA、反義A2ssDNA、反義A3ssDNA......)的不同地點(diǎn)。然后通過毛細(xì)力或者電力將所述緩沖溶液沿所述膜或芯片的長(zhǎng)度推進(jìn)。任何含有所述分離ssDNA鏈的分子(未加工的底物或者經(jīng)過加工的底物的SS)將保留在所述膜的底部(通過與所述反義分離DNA的親合性)。僅有經(jīng)過加工的底物的TS(不含有分離ssDNA鏈)將能夠沿所述膜向上移動(dòng)并與其預(yù)定地點(diǎn)相結(jié)合(例如，AlssDNA-反義AlssDNA、A2ssDNA-反義A2ssDNA等)。由于每個(gè)地點(diǎn)代表不同的蛋白酶，因此可能由所述經(jīng)過加工的底物的存在而確定何種蛋白酶存在于所述臨床樣品中。所述蛋白酶的存在確認(rèn)了相應(yīng)特定病毒的存在。僅僅根據(jù)所述固相上的所述分析產(chǎn)物的可尋址定位可以釆用單一可檢測(cè)部分來檢測(cè)數(shù)種病毒。應(yīng)當(dāng)理解為清楚起見在單獨(dú)的實(shí)施方式內(nèi)容中描述的本發(fā)明的某些特征也可以在單一實(shí)施方式中組合提供。相反，為簡(jiǎn)潔起見在單一實(shí)施方式內(nèi)容中描述的各種特征也可分別提供或者以任何合適的亞組合提供。雖然結(jié)合本發(fā)明的具體實(shí)施方式而對(duì)本發(fā)明進(jìn)行了描述，但顯然許多改變、修改和變體對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見的。因此，旨在涵蓋落在所附權(quán)利要求的精神和廣泛范圍內(nèi)的這些改變、修改和變體。在本說明書中的出版物、專利和專利申請(qǐng)?jiān)诖艘詤⒖嫉姆绞秸w引入到說明書中，如同每篇獨(dú)立的出版物、專利和專利申請(qǐng)?jiān)诖艘蕴禺惡蛦为?dú)所示以參考的方式引入所達(dá)到的同樣范圍。此外，在本申請(qǐng)中的任何參考文獻(xiàn)的引用或標(biāo)識(shí)并不應(yīng)解釋為承認(rèn)如此的參考文獻(xiàn)可作為本發(fā)明的現(xiàn)有技術(shù)獲得。參考文獻(xiàn)(其他參考文獻(xiàn)在文件中引用)1.http:〃virus.stanford.edu/adeno/adeno.html2.http:〃www.tulane.edu/dmsander/WWW/335/Adenoviruses.html3.THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRY,巻270,No.40，10月6日發(fā)行，頁23250-23253，19954.VIROLOGY213，494-502(1995)TheAdenovirusProteaseIsRequiredforVirusEntryintoHostCells5.JBiolChem.1996年12月20日；271(51):32511-4.Cleavageefficiencybyadenovirusproteaseissite-dependent.6.THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRY巻271,No.51,12月20日發(fā)行，頁32511-32514，1996，CleavageEfficiencybyAdenovirusProteaseIsSite-dependent*7.http:〃www.socgenmicrobio1.org.uk/jgvdirect/19497/19497ft.htm8.Rev.Med.Virol.8:213-222(1998)VirusAssemblyandDisassembly:theAdenovirusCysteineProteaseasaTriggerFactor9.Ruzindana-Umunyana，A.,Imbeault，L.&Weber,J.M.(2002).Substratespecificityofadenovirusprotease.VirusRes89,41-52.10.Bowden,D.S.和E.G.Westaway.1984.Rubellavirusstructuralandnonstructuralproteins.J.Gen.Virol.65:933-943.11.Chen，J,P.，J.H.Strauss,E.G.Strauss禾卩T.K.Frey.1996.Characterizationoftherubellavirusnonstructuralproteasedomainanditscleavagesite.J.Virol.70:4707-4713.12.14.Gorbalenya，A.E.,E.V.Koonin和M.M.-C.Lai.1991.Putativepapainrelatedthiolproteasesofpositive-strandRNAviruses.FEBSLett.288:201-205.13.Gorbalenya,A.E"E.V.Koonin和Y.I.Wolf.1990.AnewsuperfamilyofputativeNTP-bindingdomainsencodedbygenomesofsmallDNAandRNAviruses.FEBSLett.262:145-148.8114.Yao，J"D.Yang,P.Chong,D.Hwang，Y.Liang和S.Gillam.1998.Proteolyticprocessingofrubellavirusnonstructuralproteins.Virology246:74-82.15.LiangY,YaoJ,GillamS.Rubellavirusnonstructuralproteinproteasedomainsinvolvedintrans-andcis-cleavageactivities.JVirol.2000年6月；74(12):5412-23.16.LiuX，RoppSL，JacksonRJ，F(xiàn)reyTK.Therubellavirusnonstructuralproteaserequiresdivalentcationsforactivityandfunctionsintrans.JVirol.1998年5月;72(5):4463曙6.17.Bonilla，P.J.，Hughes,S.A.&Weiss,S.R.(1997).Characterizationofasecondcleavagesiteanddemonstrationofactivityintransbythepapain-likeproteinaseofthemurinecoronavirusmousehepatitisvirusstrainA59.JournalofVirology71，900±909.18.Snijder，E.J.&Meulenberg,J.J.M.(1998).Themolecularbiologyof19.arteriviruses.JournalofGeneralVirology79,961±979.20.Carrington,J.C，F(xiàn)reed,D.D.&Sanders,T.C.(1989).AutocatalyticprocessingofthepotyvirushelpercomponentproteinaseinEscherichiacoliandinvitro.JournalofVirology63,4459±4463.21.Hardy，W.R.，Hahn,Y.S.，deGroot,R.J.，Strauss,E.G.&Strauss,J.H.(1990).Synthesisandprocessingofthenonstructuralpolyproteinsofseveraltemperature-sensitivemutantsofSindbisvirus.Virology177,199±208.22.Strauss,E.G.,DeGroot,R.J.,Levinson，R.&Strauss,J.H.(1992).IdentificationoftheactivesiteresiduesinthensP2proteinaseofSindbisvirus.Virology191,932±940.23.Shirako,Y.&Strauss,J.H.(1990).CleavagebetweennsPlandnsP2initiatestheprocessingpathwayofSindbisvirusnonstructuralpolyproteinP123.Virology177，54-64.24.http:〃www.expasy.org/uniprot/Q8JJX1.25.Hardy,W.R.&Strauss,J,H.(1989).ProcessingthenonstructuralpolyproteinsofSindbisvirus:nonstructuralproteinaseisintheCterminalhalfofnsP2andfunctionsbothincisandintrans.JournalofVirology63,4653±4664.26.DeGroot，R.J.，Hardy,W.R.，Shirako,Y.&Strauss，J.H.(1990).Cleavage-sitepreferencesofSindbisviruspolyproteinscontainingthenon-structuralproteinase.Evidencefortemporalregulationofpolyproteinprocessi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8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46和47組成的組的氨基酸序列，所述氨基酸序列的長(zhǎng)度不超過14個(gè)氨基酸。2.含有病毒蛋白酶的底物的組合物，所述底物與至少一個(gè)可檢測(cè)部分相連并含有權(quán)利要求1所述的氨基酸序列。3.如權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述至少一個(gè)可檢測(cè)部分是酶原，而所述底物的切割激活所述酶原。4.如權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述至少一個(gè)可檢測(cè)部分是FRET對(duì)，而所述底物的切割產(chǎn)生來自于所述FRET對(duì)的信號(hào)。5.如權(quán)利要求4所述的組合物，其中所述組合物還含有分離部分。6.通式為X-Y-Z的組合物，其中Y含有病毒蛋白酶的底物，所述底物含有權(quán)利要求1所述的氨基酸序列，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X含有可檢測(cè)部分；和Z含有能與兩相分離體系的分離相相結(jié)合的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分。7.如權(quán)利要求6所述的組合物，其中所述可檢測(cè)部分X含有選自由酶、熒光團(tuán)、發(fā)色團(tuán)、蛋白、酶原、化學(xué)發(fā)光物質(zhì)和放射性同位素組成的組的標(biāo)記劑。8.如權(quán)利要求5或6所述的組合物，其中所述分離部分Z選自由免疫結(jié)合劑、磁結(jié)合部分、肽結(jié)合部分、親合結(jié)合部分、核酸部分組成的組。9.通式為X-Y-Z的組合物，其中Y含有病毒蛋白酶的底物，所述底物含有權(quán)利要求1所述的氨基酸序列，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y鄰Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X或Z含有標(biāo)記，或者可檢測(cè)部分和/或能以適宜的方式分離經(jīng)切割的或未切割的組合物的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分。10.如權(quán)利要求9所述的組合物，其中所述標(biāo)記、X或Z部分含有選自由酶、熒光團(tuán)、發(fā)色團(tuán)、蛋白、化學(xué)發(fā)光物質(zhì)、猝滅劑、FRET對(duì)、珠子、肽、酶原和放射性同位素、免疫結(jié)合劑、磁結(jié)合部分、肽結(jié)合部分、親合結(jié)合部分、核酸部分組成的組的標(biāo)記劑。11.一種檢測(cè)樣品中至少一種病毒的方法，所述方法包括(a)將樣品與權(quán)利要求2、4、5、6、7、8、9或10所述組合物中的至少一種在能進(jìn)行所述底物的切割的條件下接觸；和(b)監(jiān)測(cè)所述底物的切割，其中所述底物的所述切割是所述樣品中所述至少一種病毒存在的指示。12.如權(quán)利要求ll所述的方法，其中步驟(a)包括將所述樣品與不同病毒蛋白酶的至少兩種底物相接觸，其中所述至少兩種底物中任一種未出現(xiàn)所述切割則指示所述樣品中沒有病毒。13.如權(quán)利要求ll所述的方法，其中所述樣品選自由粘液、唾液、咽喉清洗液、鼻清洗液、脊髓液、痰、尿、精液、汗液、糞便、血漿、血液、支氣管肺泡液、陰道液、淚液和活組織檢查物。14.如權(quán)利要求ll所述的方法，其中所述樣品中所述切割活性的檢測(cè)是對(duì)醫(yī)學(xué)狀況的診斷。15.如權(quán)利要求ll所述的方法，其中所述監(jiān)測(cè)是采用均相測(cè)定實(shí)現(xiàn)的。16.如權(quán)利要求ll所述的方法，其中所述監(jiān)測(cè)是采用異相測(cè)定實(shí)現(xiàn)的。17.用于檢測(cè)樣品中至少一種病毒的診斷試劑盒，所述試劑盒含有權(quán)利要求2、4、5、6、7、8、9或10所述的至少一種組合物，和用于檢測(cè)所述底物的切割的試劑。18.含有包裝材料和用于檢測(cè)多種病毒存在的多種組合物的診斷試劑盒，其中每種所述組合物的通式為X-Y-Z其中Y含有病毒蛋白酶的底物，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z,其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X或Z含有標(biāo)記，或者可檢測(cè)部分和/或能以適宜的方式分離經(jīng)切割的或未切割的組合物的分離部分，其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分，其中所述X或Z中的每一個(gè)包含至少一個(gè)特殊可檢測(cè)部分，而所述包裝材料包括標(biāo)簽或包裝插頁以指示所述試劑盒用于檢測(cè)樣品中的多種病毒o19.含有包裝材料和用于檢測(cè)多種病毒存在的多種組合物的診斷試劑盒，其中每種所述組合物的通式為X-Y-Z其中Y含有病毒蛋白酶的底物，X-Y-Z經(jīng)所述病毒蛋白酶切割形成切割產(chǎn)物X-Y'和Y"-Z，其中Y'是Y的第一切割產(chǎn)物，Y"是Y的第二切割產(chǎn)物；X含有可檢測(cè)部分；和Z含有能與兩相分離體系的分離相相結(jié)合的分離部分；其中所述X-Y-Z并不形成所述病毒蛋白酶的天然底物的相鄰部分，其中所述X中的每一個(gè)是特殊可檢測(cè)的，而所述包裝材料包括標(biāo)簽或包裝插頁以指示所述試劑盒用于檢測(cè)樣品中的多種病毒。20.如權(quán)利要求18或19所述的診斷試劑盒，其中所述多種組合物與單個(gè)固體支持物相連。21.如權(quán)利要求20所述的診斷試劑盒，其中所述特殊檢測(cè)是通過在所述單個(gè)固體支持物上的可尋址定位來實(shí)現(xiàn)的。22.如權(quán)利要求20所述的診斷試劑盒，其中所述特殊檢測(cè)是通過不同的可檢測(cè)部分來實(shí)現(xiàn)的。23.如權(quán)利要求18、19或20所述的診斷試劑盒，其中所述多種組合物中的每一種與固體支持物相連。24.如權(quán)利要求23所述的診斷試劑盒，其中所述固體支持物被成形為珠子。25.如權(quán)利要求24所述的診斷試劑盒，其中所述珠子選自由有色珠子、磁性珠子、標(biāo)簽珠子和熒光珠子組成的組。26.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是呼吸試劑盒，含有選自由冠狀病毒、SARS、HMPV(人類間質(zhì)肺病毒)、流感病毒A+B、禽流感病毒、腺病毒、RSV(呼吸道合胞病毒)、鼻病毒、副流感病毒組成的組的至少兩種病毒。27.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是含有漢他病毒和拉克羅斯腦炎病毒的呼吸試劑盒。28.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是胃腸試劑盒，含有選自由輪狀病毒、腺病毒40/41、甲型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、戊型肝炎病毒、杯狀病毒和CMV(巨細(xì)胞病毒)組成的組的至少兩種病毒。29.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是腦膜炎試劑盒，含有選自由腸道病毒(1-80)、西尼羅病毒、單純皰疹病毒l、2和6組成的組的至少兩種病毒。30.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是腦膜炎試劑盒，含有選自由披膜病毒、黃病毒和狂犬病毒組成的組的至少兩種病毒。31.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是性傳播疾病試劑盒，含有選自由HTV病毒株、單純皰疹病毒1、單純皰疹病毒2、HSV-1、HSV-2、HPV(人乳頭狀瘤病毒)和HTLV-1組成的組的至少兩種病毒。32.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是旅行者試劑盒，含有選自由甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、HIV、皰疹病毒1和2組成的組的至少兩種病毒。33.如權(quán)利要求17、18或19所述的診斷試劑盒，所述診斷試劑盒是獸醫(yī)試劑盒，含有選自由狂犬病毒和犬瘟熱病毒組成的組的至少兩種病毒。34.如權(quán)利要求17所述的診斷試劑盒，其中所述至少一種樣品包括多種樣品。35.如權(quán)利要求17所述的診斷試劑盒，其中所述至少一種病毒包括多種病毒。36.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是腺病毒且所述底物含有SEQIDNO:1或2。37.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是a病毒且所述底物含有SEQIDNO:3。38.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是風(fēng)疹病毒且所述底物含有SEQIDNO:4。39.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是HIV且所述底物含有SEQIDNO:5。40.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是HTLV且所述底物含有SEQIDNO:6、7或8。41.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是動(dòng)脈炎病毒且所述底物含有SEQIDNO:9。42.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是冠狀病毒且所述底物含有SEQIDNO.，10。43.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是SARS冠狀病毒且所述底物含有SEQIDNO:ll、12、148或149。44.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是環(huán)狀病毒且所述底物含有SEQIDNO:13。45.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是CMV病毒且所述底物含有SEQIDNO:14或15。46.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是皰疹病毒且所述底物含有SEQIDNO:16。47.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是黃病毒且所述底物含有SEQIDNO:17。48.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是登革病毒且所述底物含有SEQIDNO:18、19或20。49.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是西尼羅病毒且所述底物含有SEQIDNO:21、22或23。50.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是黃熱病病毒且所述底物含有SEQIDNO:24、25或26。51.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是日本腦炎病毒且所述底物含有SEQIDNO:27、28或29。52.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是蜱傳病毒且所述底物含有SEQIDNO:30、31或32。53.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是丙型肝炎病毒且所述底物含有SEQIDNO:33、34或35。54.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是瘟病毒且所述底物含有SEQIDNO:36。55.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是甲型肝炎病毒且所述底物含有SEQIDNO:37或38。56.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是HRV且所述底物含有SEQIDNO:39或40。57.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是腸道病毒且所述底物含有SEQIDNO:41、42、43、44、45、46或47。58.如權(quán)利要求ll、17、18或19所述的方法或試劑盒，其中所述病毒是HRV病毒且所述底物含有SEQIDNO:143147、150151。59.—種設(shè)計(jì)動(dòng)力學(xué)最優(yōu)化的病毒蛋白酶底物的方法，所述方法包括(a)在所述病毒的至少一種病毒株的多蛋白的多個(gè)切割序列中，鑒別顯示出被所述蛋白酶切割的最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列，和(b)鑒別顯示出最快切割動(dòng)力學(xué)的家族范圍共有切割序列，所述家族范圍共有切割序列用于設(shè)計(jì)動(dòng)力學(xué)最優(yōu)化的所述病毒蛋白酶底物。60.如權(quán)利要求59所述的方法，其中所述病毒蛋白酶是病毒編碼的蛋白酶。61.如權(quán)利要求59所述的方法，其中所述病毒選自由DNA病毒和RNA病毒組成的組。62.如權(quán)利要求61所述的方法，其中所述病毒選自由覆蓋層病毒科、乳多空病毒科、圓環(huán)病毒科、細(xì)小病毒科和嗜肝DNA病毒科、囊狀病毒科、雙RNA病毒科、呼腸孤病毒科、冠狀病毒科、黃病毒科、披膜病毒科、動(dòng)脈炎病毒、星狀病毒科、杯狀病毒科、小RNA病毒科、馬鈴薯Y病毒科、反轉(zhuǎn)錄病毒科、正粘液病毒科、絲狀病毒科、副粘液病毒科、彈狀病毒科和布尼安病毒科、腺病毒科、皰疹病毒科、小RNA病毒科組成的組。63.如權(quán)利要求60所述的方法，其中所述病毒蛋白酶選自由絲氨酸蛋白酶、金屬蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、3C蛋白酶、PA轉(zhuǎn)錄酶、腺嘌呤蛋白酶、2A蛋白酶、胰凝乳蛋白酶或胰蛋白酶，例如NS3、NS2、NS-pro半胱氨酸蛋白酶、nsP2半胱氨酸蛋白酶、nsP23pro、C蛋白蛋白酶、SFVNS、HIV天冬氨酸蛋白酶、nsp4動(dòng)脈炎病毒蛋白酶、HCMV蛋白酶，NS2-3、NS3-4Ap蛋白酶、HTLV-1PR組成的組。64.如權(quán)利要求59所述的方法，所述方法還包括以下步驟(c)設(shè)計(jì)具有所述家族范圍共有切割序列的多個(gè)切割序列；和(d)在所述多個(gè)切割序列中鑒別具有所述蛋白酶最快切割動(dòng)力學(xué)的切割序列。65.如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述設(shè)計(jì)包括設(shè)計(jì)具有最佳溶解度、溫度敏感性和/或pH敏感性的所述切割序列。66.如權(quán)利要求59所述的方法，其中步驟(a)的所述鑒別包括經(jīng)驗(yàn)性實(shí)驗(yàn)。67.如權(quán)利要求59所述的方法，其中步驟(a)的所述鑒別包括數(shù)據(jù)挖掘。68.—種分離肽，所述分離肽含有選自由SEQIDNO:l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46和47組成的組的氨基酸序列，所述氨基酸序列的長(zhǎng)度不超過14個(gè)氨基酸，且含有抑制相應(yīng)病毒蛋白酶活性的模擬物。69.權(quán)利要求68的肽在制備經(jīng)鑒別用于治療病毒感染的藥物中的用途。70.含有權(quán)利要求68的分離肽作為活性成分的藥物組合物。全文摘要本發(fā)明提供了分離肽。所述分離肽含有選自由SEQIDNO1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46和47組成的組的氨基酸序列，所述氨基酸序列的長(zhǎng)度不超過14個(gè)氨基酸。本發(fā)明還提供了含有所述肽的組合物以及該組合物在病毒檢測(cè)中的應(yīng)用。文檔編號(hào)G01N33/536GK101500591SQ200680038972公開日2009年8月5日申請(qǐng)日期2006年9月10日優(yōu)先權(quán)日2005年9月8日發(fā)明者吉拉德·韋里德,多里特·阿拉德,阿薩夫·以斯拉申請(qǐng)人:Mnd診斷有限公司