、索拉非尼、瑞格非 尼、卡博替尼、SAR-302503、二憐酸莫替沙尼、阿帕替尼、RET激酶抑制劑(拜奧諾米克斯公 司）、醒5-173、16-516、索拉非尼珠粒(生物相容公司）、36巧巧制劑^6111\1?-371、激酶抑 制劑（甲基基因公司）、JNJ-26483327、DCC-2157W及AST-487。
[0134] 因此，運(yùn)些和其它藥劑可W單獨(dú)或組合使用W治療NS化C，并且可W作為如本文中 所公開(kāi)的可行性治療建議包括在內(nèi)。
[0135] 本文還提供針對(duì)于確定對(duì)治療的陽(yáng)性或陰性的反應(yīng)的可能性和/或基于在受試者 樣品中所檢測(cè)的基因變異體治療受試者的方法。參看表2和3,在某些實(shí)施例中，可行性治療 建議是指特定治療。舉例來(lái)說(shuō)，存在于腫瘤樣品中的EML4-ALK融合體產(chǎn)生使用克卓替尼的 治療建議。相比之下，EGFR T790M突變的存在指示EGFR酪氨酸激酶抑制劑(TKI)將不是適當(dāng) 治療，因?yàn)檫\(yùn)一變異體使得腫瘤細(xì)胞對(duì)TKI具有抗性?？尚行灾委熃ㄗh可W用于施W治療或 暫不治療，取決于受試者腫瘤的變異體狀態(tài)。
[0136] 表2 [01371
[013 引
[
[
[0146]
[0153] *雙突變基因型
[0154] 表8
[0155] L0162J 表11
[0166]
[
[0170]表14
[
[
[0171]
[0177]
[0178] 在某些實(shí)施例中，公開(kāi)用于檢測(cè)癌癥驅(qū)動(dòng)基因改變的組合物、試劑盒和方法。癌癥 可W是任何類型的癌癥(參見(jiàn)例如表16)。在某些實(shí)施例中，所述組合物、試劑盒和方法包含 檢測(cè)與大量癌癥類型相關(guān)聯(lián)的驅(qū)動(dòng)基因改變。在某些實(shí)施例中，所述組合物、試劑盒和方法 包含檢測(cè)與所有已知癌癥類型相關(guān)聯(lián)的所有驅(qū)動(dòng)基因突變。
[0179] 全面篩選可W在單個(gè)組中執(zhí)行，并且因此可W利用單個(gè)生物樣品來(lái)執(zhí)行，由此保 留有價(jià)值的樣品。樣品輸入可 W 低到 1 OOng、90ng、SOng、70ng、60ng、50ng、40ng、30ng、20ng、 IOng或更少。在某些實(shí)施例中，需要50ng。在又其它實(shí)施例中，需要少于50ng，如10ng、5ng、 Ing。
[0180] 在一個(gè)實(shí)施例中，提供組合物和試劑盒，其包含多個(gè)(即，大于I個(gè))探針組，所述探 針組特異性地識(shí)別表11-15和17中基因的核酸。所述組合物和試劑盒可W包含特異性地識(shí) 別表11-15和17中任何數(shù)目和組合的基因的探針組。在某些實(shí)施例中，基因的數(shù)目是大于5、 10、15、20、50、70、100、110、120、130、150、200、250和大于250，如300、400、500、1000或更大 (W及兩者之間的每一個(gè)整數(shù)）。在某些實(shí)施例中，所述組合物和試劑盒可W包含特異性地 識(shí)別表11-15和17中基因中的每一個(gè)的探針組。
[0181] 驅(qū)動(dòng)基因改變可W是任何形式的遺傳變異，其賦予攜有所述遺傳變異的細(xì)胞(具 體來(lái)說(shuō)，癌細(xì)胞)生長(zhǎng)和/或存活優(yōu)勢(shì)。在某些實(shí)施例中，驅(qū)動(dòng)基因改變提供可行性目標(biāo)。也 就是說(shuō)，驅(qū)動(dòng)基因改變與藥物反應(yīng)或臨床決策支持相關(guān)聯(lián)。驅(qū)動(dòng)基因改變的例示性列表提 供于表11-15和17中，其包括癌癥熱點(diǎn)突變、拷貝數(shù)變異、腫瘤遏制基因W及基因融合體。
[0182] 表17提供基因融合體的例示性列表。參考項(xiàng)目11，其中驅(qū)動(dòng)基因是ALK"5'基因是 EML4并且3'基因是ALK。提供5'和3'En化ez IcU并且具有運(yùn)一特定斷點(diǎn)的融合體的來(lái)源是 腫瘤學(xué)網(wǎng)絡(luò)(OncoNetwork)。其它來(lái)源可W包括單獨(dú)或組合的NGS、Cosmic、A抓P。項(xiàng)目11中 的5'外顯子編號(hào)指示EML4的外顯子17編碼序列（Cds)設(shè)及運(yùn)個(gè)融合體，并且3'外顯子編號(hào) 指示ALK的外顯子20編碼序列設(shè)及運(yùn)個(gè)融合體。見(jiàn)于表17中的其它信息包括：（在相關(guān)處)提 供觀察或推斷的粘質(zhì)體(Cosmid) Id與備注，W及5'和3'斷點(diǎn)位點(diǎn)。
[0183] 圖6提供可W如何通過(guò)癌癥驅(qū)動(dòng)基因分析來(lái)界定基因內(nèi)容的例示性工作流。在運(yùn) 個(gè)工作流中，癌癥基因可W與藥物目標(biāo)相關(guān)聯(lián)，并且可W鑒別由可行性指數(shù)決定和推薦的 作用。
[0184] 在某些實(shí)施例中，可W通過(guò)各種測(cè)序方法來(lái)檢測(cè)或鑒別一種或多種驅(qū)動(dòng)基因突 變。序列分析的非限制性實(shí)例包括馬克塞姆-吉爾伯特測(cè)序、桑格測(cè)序、毛細(xì)管陣列DNA測(cè) 序、熱循環(huán)測(cè)序、固相測(cè)序、使用質(zhì)譜(如基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜)測(cè)序W及 通過(guò)雜交測(cè)序。電泳分析的非限制性實(shí)例包括平板凝膠電泳(如瓊脂糖或聚丙締酷胺凝膠 電泳）、毛細(xì)管電泳和變性梯度凝膠電泳。另外，下一代測(cè)序方法可W使用商業(yè)上可獲得的 試劑盒和儀器（來(lái)自W下公司，如生命技術(shù)/離子激流公司PGM或Proton、伊路米那公司 Hi SEQ或Mi SEQ和羅氏公司(Roche) /454下一代測(cè)序系統(tǒng))執(zhí)行。
[0185] 在一個(gè)實(shí)施例中，測(cè)序腫瘤樣品中德至少一種變異體，例如突變、拷貝數(shù)變異、融 合體、改變的表達(dá)W及其組合。例如使用NGS，如半導(dǎo)體測(cè)序技術(shù)來(lái)對(duì)樣品進(jìn)行測(cè)序。自動(dòng)分 析樣品的驅(qū)動(dòng)基因突變狀態(tài)，并且生成報(bào)告。參見(jiàn)圖2和3。
[0186] 在另一個(gè)實(shí)施例中，通過(guò)下一代測(cè)序來(lái)檢測(cè)一種或多種驅(qū)動(dòng)基因突變，并且隨后 通過(guò)上文所公開(kāi)的一種或其它額外方法來(lái)確認(rèn)。運(yùn)些驗(yàn)證方法稱為反映測(cè)試。所述反映測(cè) 試。在某一實(shí)施例中，使用NGS測(cè)序后接非NGS反映測(cè)試。舉例來(lái)說(shuō)，使用NGS測(cè)序可W后接使 用W下序列分析方法的反映測(cè)試，包括馬克塞姆-吉爾伯特測(cè)序、桑格測(cè)序、毛細(xì)管陣列DNA 測(cè)序、熱循環(huán)測(cè)序、固相測(cè)序、使用質(zhì)譜(如基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜)測(cè)序W 及通過(guò)雜交測(cè)序。在某些實(shí)施例中，NGS后接使用桑格測(cè)序或熱循環(huán)儀測(cè)序的反映測(cè)試，如 qPCRo
[0187] 在某些實(shí)施例中，為患有癌癥的患者確定治療。本文公開(kāi)可W用于確定治療的多 個(gè)工作流。舉例來(lái)說(shuō)，可W從受試者獲得樣品，并且下一代測(cè)序篩選其遺傳變異體。取決于 使用NGS所檢測(cè)的變異體，驗(yàn)證巧聯(lián)可W使用CE或aPCR來(lái)執(zhí)行。當(dāng)確認(rèn)所鑒別的基因變異體 時(shí)，生成報(bào)告。報(bào)告可W包含對(duì)FDA批準(zhǔn)藥物、伴侶診斷分析、臨床試驗(yàn)等的意見(jiàn)或建議。運(yùn) 些建議可W基于與患者結(jié)果相關(guān)聯(lián)的AI。建議W報(bào)告形式傳達(dá)給腫瘤學(xué)家和/或患者。腫瘤 學(xué)家可W隨后利用報(bào)告中的建議來(lái)為其對(duì)患者的臨床治療計(jì)劃提供信息。參見(jiàn)圖1。
[0188] 在某些實(shí)施例中，從樣品制備到報(bào)告的工作流在小于1周、小于6、5、或4天、小于3 或2天等中完成。在某些實(shí)施例中，從樣品制備到報(bào)告的工作流的時(shí)間是大致24小時(shí)。
[0189] 在其中采用某些下一代測(cè)序方法的實(shí)施例中，
[0190] 報(bào)告
[0191] 在另一方面，本發(fā)明提供指示患有癌癥的受試者的預(yù)后或治療反應(yīng)預(yù)測(cè)的報(bào)告。 報(bào)告可W例如呈電子或紙質(zhì)形式。報(bào)告可W包括基本患者信息，包括受試者識(shí)別符(例如受 試者的姓名、社會(huì)保障號(hào)、醫(yī)療保險(xiǎn)號(hào)或隨機(jī)生成的號(hào)）、受試者的身體特征(例如年齡、體 重或性別）、請(qǐng)求醫(yī)師姓名、生成預(yù)后的日期W及樣品收集的日期。所報(bào)告的預(yù)后可W設(shè)及 某一時(shí)間段的存活可能性、在某一時(shí)間段內(nèi)對(duì)某些治療(例如化學(xué)治療或手術(shù)治療)的反應(yīng) 的可能性和/或癌癥復(fù)發(fā)的可能性。所報(bào)告的預(yù)后可W呈W下形式:某一時(shí)間段存活的百分 比機(jī)率、對(duì)治療具有利的反應(yīng)(有利的反應(yīng)可W定義為例如腫瘤收縮率或腫瘤生長(zhǎng)減緩)的 百分比機(jī)率或經(jīng)所界定時(shí)間段的復(fù)發(fā)率(例如經(jīng)五年時(shí)段20%存活機(jī)率）。在另一個(gè)實(shí)施例 中，所報(bào)告的預(yù)后可W是存活可能性、治療建議（即，F(xiàn)DA批準(zhǔn)醫(yī)藥、經(jīng)由伴侶診斷測(cè)試進(jìn)一 步分類、臨床試驗(yàn)等）、對(duì)治療的反應(yīng)或經(jīng)一段時(shí)間的復(fù)發(fā)率的一般描述。在另一個(gè)實(shí)施例 中，所報(bào)告的預(yù)后可W呈圖式形式。除了基因表達(dá)水平和基因變異體/突變之外，所報(bào)告的 預(yù)后還可W考慮受試者的其它特征(例如年齡、癌癥階段、性別、先前治療、適合度、屯、血管 健康狀況和精神健康狀況）。
[0192] 除了預(yù)后之外，報(bào)告可W任選地包括與相關(guān)基因的表達(dá)水平或突變狀態(tài)有關(guān)的原 始數(shù)據(jù)。
[0193] 實(shí)例
[0194] 實(shí)例 I
[01巧]基因組學(xué)和基因變異體數(shù)據(jù)從Life Technologies and Compendia Bioscienc的 ONCOMI肥? Concepts Edition和ONCOMI肥?化wer Tools獲得，其是一套通過(guò)系統(tǒng)收集、 管理、本體化和分析來(lái)整合和統(tǒng)一高通量癌癥概況數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序和網(wǎng)絡(luò)瀏覽器。另 夕h突變基因變異體數(shù)據(jù)還從對(duì)可獲自癌癥基因組圖譜（The化ncer Genome Atlas,TCGA) 口戶的下一代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生命技術(shù)和概略生物科學(xué)公司的管理和分析來(lái)獲得。
[0196] 從TCGA獲得的數(shù)據(jù)含有來(lái)自通過(guò)不同基因組測(cè)序中屯、加工和注解的數(shù)據(jù)集的突 變結(jié)果。TCGA中表征的所有突變數(shù)據(jù)都是含有特定針對(duì)于腫瘤樣本并且在從同一個(gè)體獲得 的正常組織樣本中觀察不到的突變變異體的體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)。為了獲得一致的變異體注 解，基于單組轉(zhuǎn)錄物和變異體分類規(guī)則對(duì)從TCGA獲得的突變進(jìn)行重新注解。標(biāo)準(zhǔn)注解流水 線確保突變被一致地評(píng)估并且在鑒別肺癌基因變異體期間進(jìn)行共同的解釋。在突變注解步 驟中，從TCGA獲得的突變對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄物組重新注解。運(yùn)組轉(zhuǎn)錄物包括來(lái)自2012年2月19日 從UCSC獲得的hgl8和hgl9基因組構(gòu)建的RefGene轉(zhuǎn)錄物。
[0197] 結(jié)合到ONCOMI肥Power Tools中的突變數(shù)據(jù)來(lái)源于多個(gè)來(lái)源，包括桑格研究所 (Sanger Institute)的癌癥中的體細(xì)胞突變目錄（Catalogue of Somatic Mu1:ations in 化ncer;C0SMIC)。來(lái)源于COSMIC的突變數(shù)據(jù)保留其原始注解。
[0198] 基于基因編碼序列中的變異體的位置，鑒別多個(gè)臨床樣品中反復(fù)出現(xiàn)的基因突 變。如果突變是改變所編碼氨基酸的編碼外顯子中的單核巧酸多態(tài)性(SNP)，那么推斷是錯(cuò) 義突變變異體。如果多個(gè)樣品中的相同基因含有相同SNP，那么此類錯(cuò)義突變基因變異體是 反復(fù)出現(xiàn)的。如果核巧酸突變是由3個(gè)核巧酸可除盡的插入或缺失，那么推斷是熱點(diǎn)同框插 入/缺失突變變異體。
[0199] 肺癌中不同基因中的反復(fù)出現(xiàn)的熱點(diǎn)錯(cuò)義突變和/或熱點(diǎn)同框插入/缺失突變的 頻率通過(guò)W下方式表征:對(duì)發(fā)現(xiàn)含有基因變異體的所有所測(cè)試的臨床樣本進(jìn)行計(jì)數(shù)，并且 將所述值表示為相對(duì)于所有所測(cè)試的臨床樣本的百分比。得到肺癌中具有流行熱點(diǎn)錯(cuò)義突 變的所有基因的列表。
[0200] 肺癌的基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)從ONCOMI肥DNA拷貝化wedoo 1獲得。執(zhí)行最少共同區(qū)域 分析W鑒別肺癌中的局灶擴(kuò)增的染色體區(qū)域。鑒別2個(gè)或更多個(gè)樣品中含有拷貝增加（> 0.91og2拷貝數(shù)）的連續(xù)染色體區(qū)域(共同區(qū)域）。在每一共同區(qū)域內(nèi)，鑒別在最高數(shù)量樣品 (n)中異常的基因W及在比最高數(shù)量少一個(gè)(n-1)中異常的基因?？商娲?，鑒別95%的最 高數(shù)量樣品(n)中異常的基因。運(yùn)些峰值區(qū)的頻率通過(guò)W下方式來(lái)確定:計(jì)算相對(duì)于所分析 樣品總數(shù)的具有拷貝增加的樣品數(shù)量，且將運(yùn)一值表示為百分比。肺癌中的最流行峰值區(qū) 通常含有已知癌癥基因，如MET、FGFR1、EGFR、ERBB2、IQ T/PDGFRA。
[0201] 進(jìn)一步研究具有流行熱點(diǎn)錯(cuò)義突變、局灶擴(kuò)增或基因融合的基因變異體W確定其 是否具有與可行性指數(shù)水平1-3相關(guān)聯(lián)的可行性證據(jù)。
[0202] 與AIl相關(guān)聯(lián)的基因變異體在針對(duì)非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的美國(guó)國(guó)家綜合癌癥網(wǎng) 絡(luò)腫瘤學(xué)實(shí)施指導(dǎo)原則(NCC腳旨導(dǎo)原則）（第2.2013版）中鑒別。此類基因變異體是指導(dǎo)原則 提供特定治療建議的那些。舉例來(lái)說(shuō)，推薦腫瘤樣本發(fā)現(xiàn)含有EGFR L858R變異體的患有肺 腺癌的患者考慮用EGFR抑制劑(如埃羅替尼或吉非替尼)治療。
[0203] 與AI2相關(guān)聯(lián)的基因變異體在公共文獻(xiàn)來(lái)源中鑒別，如美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中 屯、（化tional Center for Biotechnology Info;rmation;NCBI)化bMed(含有生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn) 引用的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器）。
[0204] 與A I 3相關(guān)聯(lián)的基因變異體通過(guò)捜索臨床試驗(yàn)信息數(shù)據(jù)庫(kù)（如 ClinicalTrials .Gov和Citeline洽TrialTrove)的進(jìn)行中臨床試驗(yàn)入選準(zhǔn)則中的匹配基因和 變異體類型注解來(lái)鑒別。
[0205] 參看表4-5,本文中所公開(kāi)的方法為50%的腺癌受試者提供可行性治療建議。一個(gè) 由165名患有原發(fā)性肺腺癌的患者組成的同期組群通過(guò)下一代測(cè)序方法表征。將基因變異 體映射到運(yùn)一群體上。觀察到大部分患者僅具有單個(gè)在整個(gè)組W外的偏差?？偲饋?lái)說(shuō)，約 52%的受試者對(duì)于至少一種基因變異是陽(yáng)性的。AIUAI2和AI3類別組合中的基因變異體流 行率展示于表4-8中。
[0206] 實(shí)例 II
[0207] -個(gè)由177名患有肺鱗狀細(xì)胞癌的患者組成的同期組群通過(guò)下一代測(cè)序方法表 征，并且根據(jù)實(shí)例I的方法，將基因變異體映射到運(yùn)一群體上。TCGA鱗狀細(xì)胞癌177名患者同 期組群中的AIUAI2和AI3類別中的基因變異體的流行率展示于表9-10中。
[0208] 應(yīng)理解，本文所描述的實(shí)例和實(shí)施例僅為了說(shuō)明性目的，并且根據(jù)其的各種修改 或變化應(yīng)由所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員想到并且包括在本申請(qǐng)的精神和范圍W及所附權(quán)利要求 書(shū)的范圍內(nèi)。本文所引用的所有出版物、專利和專利申請(qǐng)都出于所有目的W全文引用的方 式并入本文中。
[0209] 實(shí)例III
[0210] 基于受試者的基因變異體狀態(tài)來(lái)生成可行性內(nèi)容。從受試者獲得包含NS化C腫瘤 細(xì)胞的FFPE樣品。制備用于突變、拷貝數(shù)、基因融合和表達(dá)分析的樣品。使用NGS，尤其使用 半導(dǎo)體測(cè)序?qū)悠愤M(jìn)行測(cè)序。基于從NGS獲得的結(jié)果，執(zhí)行反映測(cè)試W確認(rèn)變異體狀態(tài)。生 成包含與變異體狀態(tài)相關(guān)聯(lián)的可行性指數(shù)和推薦行為的報(bào)告。在運(yùn)點(diǎn)上，腫瘤細(xì)胞包含ALK 易位。處方信息包括使用針對(duì)局部晚期或轉(zhuǎn)移性NS化C的激酶抑制劑進(jìn)行治療。治療符合對(duì) NSCLC的NCCN臨床指導(dǎo)原則，其由早期臨床證據(jù)支持。入選和待定臨床試驗(yàn)信息進(jìn)一步提供 于報(bào)告中（參見(jiàn)實(shí)例IV)。
[0211] 實(shí)例 IV
[0212] -個(gè)例示性報(bào)告。生成與有關(guān)ALK易位的內(nèi)容相關(guān)的報(bào)告。所述報(bào)告含有如下可行 性內(nèi)容：
[0213] ALK易位:處方信息=XALKORI(克卓替尼）是指示用于治療患有局部晚期或轉(zhuǎn)移性 非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的患者的激酶抑制劑，如由抑A批準(zhǔn)測(cè)試所檢測(cè)的，所述癌癥呈退行 性淋己瘤激酶(ALK)陽(yáng)性。1
[0214] NCCN臨床指導(dǎo)原則(NSCLC):退行性淋己瘤激酶(ALK)基因重排表示在ALK與各種 搭配物基因之間的融合，所述搭配物基因包括棘皮動(dòng)物微管相關(guān)蛋白樣4化ML4)。已經(jīng)在患 有NSCLC的患者子組中鑒別ALK融合，并且其表示ALK抑制劑可W代表有效治療性策略的獨(dú) 特NS化C患者子組。XALKORI (克卓替尼）是由FDA批準(zhǔn)用于患有具有ALK基因重排（即ALK陽(yáng) 性)的局部晚期或轉(zhuǎn)移性NS化C的患者的口服ALK抑制劑。 2
[0215] 早期臨床證據(jù):在I期試驗(yàn)中，第二代ALK抑制劑化DK378)在78名患有ALK陽(yáng)性轉(zhuǎn)移 性非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的患者中展示顯著臨床響應(yīng)，所述患者在克卓替尼療法期間或之 后有疾病發(fā)展或先前未用克卓替尼治療。目前，LDK378處于II期臨床試驗(yàn)中，并且計(jì)劃進(jìn)行 III期試驗(yàn)。3
[0216] 臨床試驗(yàn):到2013年7月9日為止，10個(gè)針對(duì)ALK陽(yáng)性NSCLC患者的臨床試驗(yàn)正在招 募參與者。4
[0217] 到2013年7月9日為止，3個(gè)1期、2個(gè)I期/11期、3個(gè)II期和2個(gè)III期臨床試驗(yàn)正在招 募ALK陽(yáng)性NS化C患者。 4
[0218] 另外，研究性ALK酪氨酸激酶抑制劑的若干臨床試驗(yàn)正在招募患有NSCLC和晚期癌 癥的患者。4
[0219] 報(bào)告進(jìn)一步包含與所報(bào)告可行性內(nèi)容相關(guān)的參考文獻(xiàn)：（l)http:// www.accessdata.fda.gOv/drugsatfda_docs/label/2012/202570s0021bl .pdf ； (2)#/J、拿田 胞肺癌NCC腳旨導(dǎo)原則第2.2013版；（3)alawA等人臨床腫瘤學(xué)雜志(JClin0ncol)31，2013 (增干Ij ;摘要 T P S S I I 9 ) ; ( 4 ) http://clinicaltrials.gov / ； http:// WWW.myC曰ncer邑enome.or邑/O
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種為被診斷患有癌癥的受試者確定可行性治療建議的方法，其包含： 從所述受試者獲得生物樣品， 使用與表11-15和17中至少一種基因的變異體雜交并使之?dāng)U增的探針組來(lái)檢測(cè)至少一 種變異體，從而檢測(cè)至少一種變異體， 基于所檢測(cè)的所述至少一種變異體，為所述受試者確定可行性治療建議。2. -種確定罹患癌癥的個(gè)體對(duì)治療的反應(yīng)的可能性的方法，其包含： 確定至少一種基因變異體在從所述個(gè)體獲得的樣品中存在或不存在，其中所述至少一 種變異體是表11-15和17中的基因變異體， 其中至少一種變異體的存在指示所述個(gè)體很可能或不太可能對(duì)所述治療有反應(yīng)。3. -種檢測(cè)樣品中核酸變異體的方法，其包含 獲得生物樣品， 使用與表11-15和17中基因特異性地雜交的引物來(lái)使選自表11-15和17中所述基因的 至少一種基因擴(kuò)增； 使選自表11-15和17中變異體的至少一種變異體擴(kuò)增， 檢測(cè)存在于所述樣品中的至少一種核酸變異體。4. 一種包含探針組的試劑盒，其中所述探針組特異性地識(shí)別表11-15和17中的基因，并 且其中所述探針組可以識(shí)別和區(qū)分表11-15和17中所述基因的一種或多種等位基因變異 體。5. -種包含探針組的組合物，其中所述探針組特異性地識(shí)別表11-15和17中的多種基 因，并且其中所述探針組可以識(shí)別和區(qū)分表11-15和17中所述基因的一種或多種等位基因 變異體。6. -種報(bào)告可行性指數(shù)的方法， 獲得生物樣品， 使選自表11-15和17中基因的多種基因擴(kuò)增， 使選自表11-15和17中變異體的至少一種變異體擴(kuò)增， 檢測(cè)存在于所述樣品中的至少一種核酸變異體， 確定存在的所述核酸變異體的可行性指數(shù)， 報(bào)告所述可行性指數(shù)。7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述生物樣品包含癌細(xì)胞。8. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述可行性指數(shù)是治療指數(shù)。9. 根據(jù)權(quán)利要求1到3中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述核酸變異體使用一種或多 種測(cè)序方法來(lái)進(jìn)行檢測(cè)。10. 根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述核酸變異體使用一種或多種選自以下的方法 來(lái)進(jìn)行檢測(cè)：馬克塞姆-吉爾伯特測(cè)序(Maxam-Gilbert sequencing)、桑格測(cè)序（Sanger sequencing)、毛細(xì)管陣列DNA測(cè)序、熱循環(huán)測(cè)序、固相測(cè)序、使用質(zhì)譜（如基質(zhì)輔助激光解 吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜)測(cè)序、通過(guò)雜交測(cè)序、下一代測(cè)序(NGS)以及其組合。11. 根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述核酸變異體使用NGS來(lái)進(jìn)行檢測(cè)。12. 根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其進(jìn)一步包含使用一種或多種選自以下的方法來(lái)確 認(rèn)核酸變異體的檢測(cè)：馬克塞姆-吉爾伯特測(cè)序、桑格測(cè)序、毛細(xì)管陣列DNA測(cè)序、熱循環(huán)測(cè) 序、固相測(cè)序、使用質(zhì)譜（如基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜）測(cè)序以及通過(guò)雜交測(cè) 序。13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中所述確認(rèn)使用桑格測(cè)序或熱循環(huán)測(cè)序來(lái)執(zhí)行。14. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中可行性指數(shù)選自類別Al、A2、A3、A4或A5。15. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一種變異體與表16中的癌癥相關(guān)聯(lián)。16. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述至少一種變異體與表16中的癌癥相關(guān)聯(lián)。17. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述至少一種變異體與表16中的癌癥相關(guān)聯(lián)。18. 根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中所述至少一種變異體與表16中的癌癥相關(guān)聯(lián)。
【專利摘要】本發(fā)明提供用于檢測(cè)來(lái)自患有癌癥的受試者的樣品中的多種基因和相關(guān)變異體的組合物、試劑盒和方法。所述組合物、試劑盒和方法包括一組可以雜交以鑒別基因變異體的寡核苷酸，所述寡核苷酸通常是引物和/或探針。本文所公開(kāi)的方法提供待確定并且隨后與包含可行性治療建議的報(bào)告相關(guān)聯(lián)的腫瘤突變狀態(tài)。
【IPC分類】C12Q1/68
【公開(kāi)號(hào)】CN105722996
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201480050291
【發(fā)明人】D.羅德斯, S.薩迪斯
【申請(qǐng)人】生命科技公司
【公開(kāi)日】2016年6月29日
【申請(qǐng)日】2014年3月14日
【公告號(hào)】EP3044324A1, US20150080239, WO2015038190A1