癌癥的分類和可行性指數(shù)的制作方法
【專利說明】癌癥的分類和可行性指數(shù)
【背景技術(shù)】
[0001] 癌癥是廣泛的設(shè)及不受調(diào)控細(xì)胞生長的疾病群組。盡管癌癥的原因不同，但我們 對所設(shè)及得遺傳改變的理解正迅速增加。在運(yùn)點(diǎn)上，數(shù)目增長的治療方案可供使用。然而， 許多治療方案僅針對具有特定遺傳變異的癌癥有效。因此，可W檢測許多不同特定可行性 遺傳變異的測試對癌癥患者將具有顯著價(jià)值。
[0002] 所公開的組合物、試劑盒和方法提供了利用單個(gè)癌癥樣品對單個(gè)組中的癌癥進(jìn)行 全面遺傳變異性篩選。所述遺傳變異體形成本文所提供的可行性治療建議框架的基礎(chǔ)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0003] 本發(fā)明提供方法、組合物和試劑盒。在一個(gè)實(shí)施例中，提供一種為被診斷患有肺癌 的受試者確定可行性治療建議的方法。所述方法包含:從所述受試者獲得生物樣品;使用與 EGFR、ALK、ROS1、KRAS、服AF、ERBB2、MET、RET、FGFR1、KIT/PGDFRA、PIK3CA、AKT1、BRAF U 及 HRAS基因雜交并使之?dāng)U增的探針組來檢測至少一種變異體，從而檢測至少一種變異體;基 于所檢測的所述至少一種變異體，為所述受試者確定可行性治療建議。
[0004] 所述方法包含:接觸來自受試者的生物樣品；使用與EGFR、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、 邸 882、]\^1'、1?61'少6。1?1、1(11'/?60。^、？11(3〔4、4訂1、81?4。^及皿48基因雜交并使之?dāng)U增的探 針組來檢測至少一種變異體，從而檢測至少一種變異體;基于所檢測的所述至少一種變異 體，為所述受試者確定可行性治療建議。
[0005] 在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種為被診斷患有肺癌的受試者確定可行性治療 建議的方法，其包含：使用與4〇(、3051、邸48、81?4。、邸882、]\^1'、1?61'少6。1?1^及1(11'/?06尸尺八 基因雜交并使之?dāng)U增的探針組來在來自受試者的樣品中檢測至少一種變異體，從而檢測至 少一種變異體;和基于所檢測的所述至少一種變異體，為所述受試者確定可行性治療建議。
[0006] 在又其它實(shí)施例中，提供一種確定罹患肺癌的個(gè)體對治療的反應(yīng)的可能性的方 法。所述方法包含:確定至少一種基因變異體在從所述個(gè)體獲得的樣品中存在或不存在，其 中所述至少一種變異體處于 EGFR、ALK、R0S1、KRAS、BRAF、ERBB2、MET、RET、FGFR1、KIT/ ?60。34、口11(3〔4、41〇'1、81?4。和/或皿45基因中，其中至少一種變異體的存在指示所述個(gè)體很 可能或不太可能對所述治療有反應(yīng)，其中所述治療是選自：克卓替尼(crizotinib)，當(dāng)所檢 測的所述變異體是ALK融合體、ROSl融合體化ZR、SLC34A2、CD74和/或SDC4)、MET基因擴(kuò)增 時(shí);EGFR酪氨酸激酶抑制劑(TKI)，當(dāng)所檢測的所述變異體是EGFR(L858R、外顯子19缺失和/ 或G719X)時(shí);非EGFR TKI治療，當(dāng)所檢測的所述變異體是EGFR T790M時(shí);MEK抑制劑，當(dāng)所檢 測的所述變異體是KRAS 612(：/￥/0/4/5/1?/。、613(：、6130和/或612。時(shí)；維羅非尼 (vermurafenib)，當(dāng)所檢測的所述變異體是BRAF V600E時(shí)；不可逆泛erb抑制劑，當(dāng)所檢測 的所述變異體是ERBB2外顯子20插入時(shí)；W及PIC3CA抑制劑，當(dāng)所檢測的所述變異體是 PIK3CA化5451(、65456、65453、化0471?、654沈和/或化04化）時(shí)。
[0007] 在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種檢測樣品中核酸變異體的方法，其包含獲得 生物樣品；使用引物使至少一種選自W下的基因擴(kuò)增:EGFR、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、邸BB2、 161\1?61'、尸6尸1?1、1(11'/口60尸^、口11(3〔4、4訂1、81?4尸^及皿48基因，所述引物(曰)使至少一種選 自W下的變異體擴(kuò)增:EGFR(L858R、外顯子19缺失、G719X和/或T790M)、KRAS(G12C/V/D/A/ S/R/F、G13C、G13D 和 / 或G12F)、BRAF(L597R、D594H/N、V600E)、ERBB2 外顯子 20 插入、PIK3CA 化5451(、65456、6545曰、化0471?和/或化04化）；并且化)檢測存在于所述樣品中的至少一種核 酸變異體。
[0008] 在又一實(shí)施例中，公開一種治療患者的肺腺癌的方法。所述方法包含:測試W下中 的至少一種中的變異體在來自所述患者的肺腫瘤樣品中的存在:ALK、ROS1、KRAS、BRAF、 邸BB2、MET、RET、FGFR1 W及KIT/PDGFRA基因；和向所述患者投與治療有效量的治療，其中所 述治療是:克卓替尼，當(dāng)所檢測的所述變異體是ALK融合體、ROS1融合體巧ZR、SLC34A2、CD74 和/或SDC4)或MET基因擴(kuò)增時(shí)；EGFR酪氨酸激酶抑制劑（TKI )，當(dāng)所檢測的所述變異體是 EGFR(L858R、外顯子19缺失和/或G719X)時(shí)；MEK抑制劑，當(dāng)所檢測的所述變異體是KRAS G12C/V/D/A/S/R/F、G13C、G13D和/或G12F時(shí)；維羅非尼，當(dāng)所檢測的所述變異體是BRAF V600E時(shí)；W及不可逆泛ert抑制劑，當(dāng)所檢測的所述變異體是ERBB2外顯子20插入時(shí)。
[0009] 在又另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種鑒別符合用克卓替尼、EGFR TKI、或不是 EGFR TKI的治療、MEK抑制劑、維羅非尼或不可逆泛erb抑制劑治療的條件的患有肺癌的患 者的方法，其包含測試來自所述患者的肺腫瘤樣品的變異體的存在，所述變異體包含ALK融 合體、ROSl融合體化ZR、SLC34A2、CD74和/或SDC4)、EGFR化858R、外顯子19缺失和/或 T790M)、KRAS(G12C/V/D/A)，其中所述變異體中的至少一種的存在指示所述患者符合用所 述療法中的至少一種治療的條件。
[0010] 在某些實(shí)施例中，本發(fā)明還提供一種包含探針組的試劑盒，其中所述探針組特異 性地識別基因 AKTl、40(、81?4尸、61^82、66尸1?、尸6尸1?1、皿45、1(口、邸45、]\^1'、口11(3〔4、1?61'^及 尺05，并且其中所述探針組可^識別和區(qū)分所述基因4訂1、4〇(、81?4。、61?882、66。1?、冊八5、 KRAS、MET、PIK3CA、RET W及ROS的一種或多種等位基因變異體。
[0011] 本發(fā)明的某些實(shí)施例進(jìn)一步提供一種包含探針組的組合物，其中所述探針組特異 性地識別基因 AKTl、40(、81?4尸、61^82、66尸1?、尸6尸1?1、皿45、1(口、邸45、]\^1'、口11(3〔4、1?61'^及 尺05，并且其中所述探針組可^識別和區(qū)分所述基因4訂1、4〇(、81?4。、61?882、66。1?、冊八5、 KRAS、MET、PIK3CA、RET W及ROS的一種或多種等位基因變異體。
[0012] 在本發(fā)明的某些實(shí)施例中，所述組合物可W包含特異性地識別表11-15和17中基 因的探針組。另外，所述方法和試劑盒可W包含鑒別、檢測和/或確定表11-15和17中基因、 拷貝數(shù)變化和/或基因融合體中的一種或多種的存在。運(yùn)些基因、拷貝數(shù)變化和/或基因融 合體可能與任何類型的癌癥相關(guān)聯(lián)。
[0013] 在本發(fā)明的又另一個(gè)實(shí)施例中，提供一種包含探針組的組合物，其中所述探針組 特異性地識別與癌癥相關(guān)聯(lián)的驅(qū)動(dòng)基因改變。在某些實(shí)施例中，所述驅(qū)動(dòng)基因改變具有相 關(guān)聯(lián)的可行性，如所述驅(qū)動(dòng)基因改變與藥物反應(yīng)相關(guān)聯(lián)的證據(jù)。在某些實(shí)施例中，所述驅(qū)動(dòng) 基因改變包含表11 -15和17中基因、拷貝數(shù)變化和/或基因融合體中的一種或多種。
[0014] 在本發(fā)明的某些實(shí)施例中，所述驅(qū)動(dòng)基因改變通過包含下一代測序的方法來進(jìn)行 檢測或鑒別。所述驅(qū)動(dòng)基因改變可能與癌癥相關(guān)聯(lián)。
[0015] 在本發(fā)明的又另一個(gè)實(shí)施例中，通過包含下一代測序的方法來檢測或鑒別的驅(qū)動(dòng) 基因改變通過包含桑格測序(sanger sequencing)或熱循環(huán)測序的方法來進(jìn)行確認(rèn)。
【附圖說明】
[0016] 圖1是根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施例的工作流，其中通過NGS來篩選樣品并且進(jìn)行反映測 試。生成報(bào)告，并且報(bào)告FDA批準(zhǔn)藥物或使用伴侶診斷測試另外分類的可行性。治療可W基 于報(bào)告來進(jìn)行。
[0017] 圖2是根據(jù)本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施例的工作流，其中對腫瘤樣品進(jìn)行測序并且生成具 有可行性的報(bào)告。
[0018] 圖3是根據(jù)本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施例的工作流，其中對腫瘤樣品進(jìn)行測序并且生成具 有可行性的報(bào)告。
[0019] 圖4是根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施例的生物信息學(xué)工作流，其中鑒別變異體并且生成報(bào) 告。
[0020] 圖5是根據(jù)本發(fā)明一個(gè)實(shí)施例的生物信息學(xué)工作流，其中審查變異體調(diào)用（call) 并且生成報(bào)告。
[0021] 圖6是描繪根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，如何通過驅(qū)動(dòng)基因分析來界定基因內(nèi)容的 示意圖。
【具體實(shí)施方式】
[0022] 本發(fā)明提供用于檢測患有癌癥的受試者的多種基因和相關(guān)變異體的組合物、試劑 盒和方法。所述組合物、試劑盒和方法包括一組可W雜交W鑒別基因變異體的寡核巧酸，所 述寡核巧酸通常是引物和/或探針。本文所公開的方法提供待確定并且隨后與可行性治療 建議相關(guān)聯(lián)的腫瘤突變狀態(tài)。在某些實(shí)施例中，提供用于確定治療和治療患有癌癥的受試 者的方法。
[0023] 所公開的組合物、試劑盒和方法的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是能夠通過全面地篩選腫瘤樣品的多 種突變(包括驅(qū)動(dòng)基因突變)來為被診斷患有癌癥的受試者推薦可行性治療。驅(qū)動(dòng)基因突變 可能與治療反應(yīng)相關(guān)聯(lián)。因此，通過確定驅(qū)動(dòng)基因突變狀態(tài)，所公開的方法可W確定并且提 供可行性治療建議。運(yùn)種全面篩選在單個(gè)組中執(zhí)行，并且因此可W利用單個(gè)生物樣品來執(zhí) 行，由此保留有價(jià)值的樣品。
[0024] 定義
[0025] "是指廣泛的設(shè)及不受調(diào)控細(xì)胞生長的疾病群組。多種癌癥是已知的。在本 發(fā)明通篇中提供已知癌癥的實(shí)例，并且在表16中列出。
[0026] "肺癌"通常是指利用惡性細(xì)胞的大小和外觀分類的兩種主要類型的肺癌:非小細(xì) 胞(大致80%病例）和小細(xì)胞(大概20%病例)肺癌。肺腺癌是非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的最常 見亞型；其它亞型包括鱗狀細(xì)胞肺癌、細(xì)支氣管肺泡癌、大細(xì)胞癌、類癌瘤、腺樣囊性癌癥、 圓柱瘤W及粘液表皮樣癌。在一個(gè)實(shí)施例中，肺癌根據(jù)I-IV期分級，其中I是早期并且IV是 最晚期。
[0027] "預(yù)后"是指例如總體存活率、長期死亡率和無疾病存活率。在一個(gè)實(shí)施例中，長期 死亡率是指在肺癌診斷之后在5年內(nèi)的死亡。不過，在1、2或3年內(nèi)的預(yù)后也如同超出5年的 預(yù)后一樣涵蓋在內(nèi)。
[00%]其它形式的癌癥包括癌瘤、肉瘤、腺癌、淋己瘤、白血病等，包括實(shí)體和淋己性癌 癥、頭頸癌（例如口腔癌、咽癌和舌癌）、腎癌、乳癌、腎癌、膀脫癌、結(jié)腸癌、卵巢癌、前列腺 癌、膜臟癌、胃癌、腦癌、頭頸癌、皮膚癌、子宮癌、睪丸癌、食道癌和肝癌（liver cancer)(包 括肝癌化epatocarcinoma));淋己瘤，包括非霍奇金氏淋己瘤(non-Hod泌in' S lymphoma) (例如伯基特氏（Burkitt's)、小細(xì)胞和大細(xì)胞淋己瘤）和霍奇金氏淋己瘤化odgkin's lymphoma);白血病和多發(fā)性骨髓瘤。
[0029] 術(shù)語"標(biāo)記物"或"生物標(biāo)記物"是指細(xì)胞中所表達(dá)的、癌細(xì)胞表面上所表達(dá)的或與 非癌細(xì)胞相比由癌細(xì)胞所分泌的分子(通常是蛋白質(zhì)、核酸、碳水化合物或脂質(zhì)），且其適用 于診斷癌癥，用于提供預(yù)后，W及用于藥物對癌細(xì)胞的優(yōu)選祀向。時(shí)常，此類標(biāo)記物是與非 癌細(xì)胞相比在肺癌或其它癌癥細(xì)胞中過度表達(dá)的分子，例如相較于正常細(xì)胞1倍過度表達(dá)、 2倍過度表達(dá)、3倍過度表達(dá)或更多。另外，標(biāo)記物可W是在癌細(xì)胞中不適當(dāng)?shù)睾铣傻姆肿樱?例如與在正常細(xì)胞上表達(dá)的分子相比含有缺失、添加或突變的分子。可替代地，此類生物標(biāo) 記物是與非癌細(xì)胞相比在癌細(xì)胞中表達(dá)不足的分子，例如1倍表達(dá)不足、2倍表達(dá)不足、3倍 表達(dá)不足或更多。另外，標(biāo)記物可W是在癌癥中不適當(dāng)?shù)睾铣傻姆肿?，例如與在正常細(xì)胞上 表達(dá)的分子相比含有缺失、添加或突變的分子。
[0030] 熟練的業(yè)內(nèi)人±應(yīng)理解，標(biāo)記物可W與其它標(biāo)記物或測試組合用于本文所公開的 用途(例如癌癥的預(yù)測、診斷或預(yù)后）中的任一個(gè)。
[0031] "生物樣品"包括組織切片，如活檢和尸檢樣品，W及為了組織學(xué)目的獲取的冷凍 切片。此類樣品包括血液和血液級分或產(chǎn)品（例如血清、血小板、紅細(xì)胞等）、疲液、支氣管肺 泡灌洗術(shù)、經(jīng)培養(yǎng)細(xì)胞(例如原代培養(yǎng)物、外植體和經(jīng)轉(zhuǎn)化細(xì)胞）、糞便、尿液等。生物樣品通 常從真核生物體獲得，最優(yōu)選地是哺乳動(dòng)物，如靈長類動(dòng)物，例如黑猩猩或人類;牛;犬;貓； 曬齒動(dòng)物，例如豚鼠、大鼠、小鼠；兔;或鳥;爬行動(dòng)物;或魚。
[0032] "活檢"是指移出組織樣品W便診斷或預(yù)后評估的過程，W及是指組織樣本自身。 所屬領(lǐng)域中已知的任何活檢技術(shù)均可應(yīng)用于本發(fā)明的診斷和預(yù)后方法。所應(yīng)用的活檢技術(shù) 將取決于待評估的組織類型（例如肺等）、腫瘤的大小和類型W及其它因素。代表性活檢技 術(shù)包括(但不限于)切除活檢、切取活檢、針活檢、手術(shù)活檢和骨髓活檢。"切除活檢"是指移 出整個(gè)腫瘤塊體，圍繞所述腫瘤塊體有較小邊緣的正常組織。"切取活檢"是指從腫瘤內(nèi)移 出模形組織。通過內(nèi)窺鏡檢查或放射照相引導(dǎo)進(jìn)行的診斷或預(yù)后可能需要"核屯、針活檢"或 "細(xì)針抽吸活檢"，其通常從目標(biāo)組織內(nèi)獲得細(xì)胞懸浮液。活檢技術(shù)例如論述在《哈里森內(nèi)科 學(xué)原理化arrison'S Principles of Internal Medicine)KKasper等人編，第16版，2005, 第70章和整個(gè)第V部分中。
[0033] 術(shù)語。過度表達(dá)（overexpress/overexpression)"或。過度表達(dá)的"可互換地指與 正常細(xì)胞相比通常在癌細(xì)胞中W可檢測地更大水平翻譯或轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)或核酸(RNA)。所 述術(shù)語包括與正常細(xì)胞相比因轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后加工、翻譯、翻譯后加工、細(xì)胞定位（例如細(xì)胞 器、細(xì)胞質(zhì)、細(xì)胞核、細(xì)胞表面）W及RNA和蛋白質(zhì)穩(wěn)定性所致的過度表達(dá)。過度表達(dá)可W使 用檢測mRNA(即，RT-PCR、PCR、雜交)或蛋白質(zhì)（即，ELISA、免疫組織化學(xué)技術(shù))的常規(guī)技術(shù)來 檢測。過度表達(dá)可W是與正常細(xì)胞相比10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90% 或更多。在某些情況下，過度表達(dá)是與正常細(xì)胞相比1倍、2倍、3倍、4倍或更高水平的轉(zhuǎn)錄或 翻譯。
[0034] 術(shù)語。表達(dá)不足（undere邱ress/underexpression)"或。表達(dá)不足的"或。下調(diào)"可 互換地指與正常細(xì)胞相比在癌細(xì)胞中W可檢測地較低水平翻譯或轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)或核酸。所 述術(shù)語包括與對照相比因轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后加工、翻譯、翻譯后加工、細(xì)胞定位(例如細(xì)胞器、細(xì) 胞質(zhì)、細(xì)胞核、細(xì)胞表面）W及RNA和蛋白質(zhì)穩(wěn)定性所致的表達(dá)不足。表達(dá)不足可W使用檢測 mRNA(即，RT-PCR、PCR雜交)或蛋白質(zhì)（即，化ISA、免疫組織化學(xué)技術(shù))的常規(guī)技術(shù)來檢測。表 達(dá)不足可W是與對照相比1〇%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更小。在某 些情況下，表達(dá)不足是與對照相比1倍、2倍、3倍、4倍或更低水平的轉(zhuǎn)錄或翻譯。
[0035] 術(shù)語"有差異地表達(dá)的"或"有差異地調(diào)控的"通常是指與至少一種其它樣品相比 在一種樣品中（在本發(fā)明的上下文中通常是與非癌性組織的樣品相比在癌癥患者中）過度 表達(dá)(上調(diào))或表達(dá)不足(下調(diào)）的蛋白質(zhì)或核酸。
[0036] "治療性治療"和"癌癥療法"是指化學(xué)療法、激素療法、放射線療法、免疫療法W及 生物制劑與小分子祀向療法。
[0037] 本文中，"治療有效量或劑量"或"足夠量或劑量"意味著投與其W便產(chǎn)生效應(yīng)的劑 量。確切劑量將取決于治療目的，并且將是由所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員使用已知技術(shù)可確定的 (參見例如，Lieberman,《醫(yī)藥學(xué)劑量形式（Pharmaceutical Dosage F'orms)》（第1-3卷， 1992) ;Lloyd,《醫(yī)藥學(xué)混配的藝術(shù)、科學(xué)和技術(shù)（The A;rt,Science and Technology of 曲armaceutical Compounding)》!； 1999);Pickar,《劑量計(jì)算（Dosage Calculations)》 (1999); W及《雷明頓：醫(yī)藥科學(xué)和實(shí)踐（Remington:The Science and Practice of Pharmacy)》，第20版，2003,Gennaro編，Lippincott,Wi 11iams&Wi Ains)。
[0038] 術(shù)語"多膚"、"膚"和"蛋白質(zhì)"在本文中可互換使用W指氨基酸殘基的聚合物。運(yùn) 些術(shù)語適用于氨基酸聚合物，其中一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是相應(yīng)天然存在的氨基酸的人造 化學(xué)模擬劑，W及適用于天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。
[0039] 術(shù)語"氨基酸"是指天然存在的和合成氨基酸，W及W與天然存在的氨基酸類似的 方式起作用的氨基酸類似物和氨基酸模擬物。天然存在的氨基酸是由遺傳碼編碼的氨基 酸、W及后來經(jīng)修飾的那些氨基酸，例如徑基脯氨酸、丫-簇基谷氨酸W及0-憐酸絲氨酸。氨 基酸類似物是指具有與天然存在氨基酸相同的基本化學(xué)結(jié)構(gòu)（即與氨、簇基、氨基W及R基 團(tuán)結(jié)合的曰碳)的化合物，例如高絲氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亞諷、甲硫氨酸甲基梳。此類類 似物具有經(jīng)修飾的R基團(tuán)（例如正亮氨酸)或經(jīng)修飾的膚主鏈，但保持與天然存在的氨基酸 相同的基本化學(xué)結(jié)構(gòu)。氨基酸模擬物是指具有與氨基酸的一般化學(xué)結(jié)構(gòu)不同的結(jié)構(gòu)但W與 天然存在的氨基酸類似的方式起作用的化合物。
[0040] 氨基酸在本文中可W由其通常已知的S字母符號或由IUPAC-IUB生物化學(xué)命名法 委員會(huì)(Biochemical Nomencla1:ure Commission)所推薦的單字母符號來提及。同樣地，核 巧酸可W由其通常接受的單字母密碼來提及。
[0041] 關(guān)于氨基酸序列，技術(shù)人員將認(rèn)識到改變、添加或缺失編碼序列中的單個(gè)氨基酸 或較小百分比的氨基酸的核酸、膚、多膚或蛋白質(zhì)序列的個(gè)別取代、缺失或添加是"經(jīng)保守 修飾的變異體"，其中所述改變引起氨基酸經(jīng)化學(xué)上類似的氨基酸取代。提供功能上類似的 氨基酸的保守取代表在所屬領(lǐng)域中眾所周知。此類經(jīng)保守修飾的變異體是除本發(fā)明的多晶 型變異體、種間同系物和等位基因之外的，但不排除運(yùn)些。
[0042] W下八組各自含有彼此為保守取代的氨基酸：1)丙氨酸(A)、甘氨酸(G) ;2)天冬氨 酸(D)、谷氨酸化）；3)天冬酷胺(N)、谷氨酷胺(Q) ;4)精氨酸(R)、賴氨酸化）；5)異亮氨酸 (I)、亮氨酸化）、甲硫氨酸(M)、鄉(xiāng)氨酸(V) ;6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W) ;7)絲氨 酸(S)、蘇氨酸(T);和8)半脫氨酸(C)、甲硫氨酸(M)。參見例如，克賴頓(Creighton)，《蛋白 質(zhì)（Proteins)》
[0043] (1984)。
[0044] 當(dāng)提及蛋白質(zhì)、核酸、抗體或小分子化合物時(shí)，短語"特異性地(或選擇性地)結(jié)合" 是指通常在蛋白質(zhì)或核酸與其它生物制劑的異質(zhì)群體中決定蛋白質(zhì)或核酸(如本發(fā)明的差 異表達(dá)基因）的存在的結(jié)合反應(yīng)。在抗體的情況下，在指定的免疫分析條件下，指定抗體可 W至少兩倍背景且更通常超過10到100倍背景結(jié)合于特定蛋白質(zhì)。在此類條件下特定結(jié)合 于抗體需要針對其對特定蛋白質(zhì)的特異性選擇的抗體。舉例來說，多克隆抗體可W經(jīng)選擇 W僅獲得與所選抗原而不與其它蛋白質(zhì)特異性免疫反應(yīng)的那些多克隆抗體。運(yùn)一選擇可W 通過去掉與其它分子交叉反應(yīng)的抗體來實(shí)現(xiàn)。多種免疫分析形式可W用于選擇與特定蛋白 質(zhì)特異性免疫反應(yīng)的抗體。舉例來說，固相ELISA免疫分析常規(guī)地用于選擇與蛋白質(zhì)特異性 免疫反應(yīng)的抗體(關(guān)于可W用于決定特異性免疫反應(yīng)的免疫分析形式和條件的描述，參見 例如，化rlow和Lane,《抗體實(shí)驗(yàn)指南(Antibodies ,A Laboratoiy Manual)》（1988))。
[0045] 在用于調(diào)節(jié)標(biāo)記物蛋白的測試化合物的分析的情形下，短語"功能效應(yīng)"包括測定 間接或直接受到本發(fā)明生物標(biāo)記物影響的參數(shù)，例如化學(xué)或表型。因此，功能效應(yīng)尤其包括 配體結(jié)合活性、轉(zhuǎn)錄活化或抑制、細(xì)胞增殖的能力、遷移的能力。"功能效應(yīng)"包括體外、體內(nèi) 和離體活性。
[0046] "測定功能效應(yīng)"意味著針對增大或減小間接或直接受到本發(fā)明生物標(biāo)記物影響 的參數(shù)的化合物的分析，例如測量物理和化學(xué)或表型效應(yīng)。此類功能效應(yīng)可W通過所屬領(lǐng) 域的技術(shù)人員已知的任何手段測量，例如光譜特征的變化(例如巧光、吸光度、折射率）；水 動(dòng)力(例如形狀）、色譜;或蛋白質(zhì)