11-930G存在堿基突變。
[0016] 1.3中國(guó)西口塔爾牛PSAP分子遺傳標(biāo)記分型：根據(jù)對(duì)目標(biāo)基因位點(diǎn)測(cè)序序列分 析，對(duì)每個(gè)位點(diǎn)的堿基變化做出標(biāo)識(shí)，將其分為野生純合型，突變純合型及雜合型。對(duì)于 SNP1 (I10-65G〉A(chǔ))、SNP2 (110-162C〉T)、SNP3 (I10-274C〉T)、SNP4 (I10-313C〉T)、SNP6 (E11-930G)均顯示3種基因型，SNPS(E11-870T)顯示出兩種基因型。
[0017] 根據(jù)SNPs位點(diǎn)的遺傳距離和連鎖分析，共有16中單倍型組合（Haplotype)，在本 資源群體中高頻率存在的有6種單倍型組合，分別為：hapl:ACCCCC(0. 168)、 hap2:ACCTCC(0. 122)、hap3:GCCCCC(0. 261)、hap4:GCCCGC(0. 169)、hap5:GCCTCC(0. 042)、hap6:GTTCCC(0.192)。
[001引實(shí)施例2 篩查獲得的PSAP基因SNPs遺傳標(biāo)記進(jìn)行單倍型分型后，與中國(guó)西口塔爾牛禍體和肉 質(zhì)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析及應(yīng)用。
[0019] 性狀測(cè)定：研究的禍體性狀和肉質(zhì)性狀包括宰前重、禍體重、屠宰率、凈骨重、禍體 長(zhǎng)、背腰厚、眼肌面積、屠宰PH等性狀。所有性狀的測(cè)定根據(jù)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)GB/T1723821998執(zhí) 行。
[0020] 根據(jù)實(shí)施方法，應(yīng)用本發(fā)明試劑盒對(duì)380頭中國(guó)西口塔爾牛實(shí)行檢測(cè)，共檢測(cè)出6 個(gè)SNPs位點(diǎn)，其群體遺傳多樣性見表一。根據(jù)SNPs位點(diǎn)的遺傳距離和連鎖分析，6種單倍 型組合與乳肉兼用牛禍體性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果見表二。在宰前重、禍體重、屠宰率、眼肌面 積和凈骨重性狀方面，肉用牛資源群體中攜帶Hap2單倍型個(gè)體在性狀表現(xiàn)方面極顯著高 于其他五種單倍型攜帶個(gè)體。肉用牛資源群體中攜帶Hapl單倍型個(gè)體的禍體長(zhǎng)顯著性高 于Hap4單倍型攜帶個(gè)體。另外，群體中攜帶Hap6個(gè)體的背腰厚平均水平顯著高于Hap2和 化p5單倍型攜帶個(gè)體，同時(shí)，化p6群體的屠宰抑極顯著高于化p4單倍型攜帶個(gè)體，顯著性 高于Hapl、Hap2單倍型攜帶個(gè)體。綜上，結(jié)果表明，PSAP基因功能作用區(qū)域的6個(gè)SNPs位 點(diǎn)及其單倍型組合可W作為一種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛禍體性狀的有效分子遺傳標(biāo)記。PSAP 基因引物片段及SNPs位點(diǎn)單倍型組合Hap2和Hap6能夠作為檢測(cè)和預(yù)示乳肉兼用牛禍體 組成性狀的專用試劑盒?？蒞作為肉乳兼用牛種質(zhì)資源創(chuàng)制中優(yōu)良個(gè)體的早期選擇和產(chǎn)業(yè) 化生產(chǎn)中入欄前育肥牛的篩查和生產(chǎn)。
[0021] 表一、莖因6個(gè)SNPs位點(diǎn)在中國(guó)西口塔爾牛群體（380頭）中遺傳多樣性：
表二、單倍型與中國(guó)西口塔爾牛禍體和肉質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析：
注：同行不同大寫字母表示極顯著差異，不同小寫字母表示顯著性差異。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛胴體組成性狀的的方法，其特征在于： 核苷酸序列如序列表SeqIDNO. 3所示，在序列表SeqIDNO. 3第132bp處有G>A突 變，第229bp處有OT突變，第341bp處有OT突變，第380bp處有OT突變，第480bp 處有突變C>T，第486bp處有OG突變。2. -種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛胴體組成性狀的的方法及專用試劑盒，其特征在于， 設(shè)計(jì)擴(kuò)增如權(quán)利要求1所述的肉乳兼用牛PSAP基因遺傳標(biāo)記的引物對(duì)，得到的引物 序列如下所示： P正向引物F: 5' -TTACTGCGAGGTGTGCGAGTT-3'， P反向引物R: 5' -CCTCGGCATCACACGGACT-3'。3. -種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛胴體組成性狀的的方法及專用試劑盒，其特征在于， 從肉乳兼用牛血液中提取基因組DNA，根據(jù)PSAP基因序列設(shè)計(jì)引物，得到的引物序列 如權(quán)利要求2所述； 用所示的特異性引物在肉乳兼用?；蚪M中進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR產(chǎn)物純化、克隆測(cè) 序，獲得如序列表SEQIDNO. 3所示的核苷酸序列，其中分別包括PSAP基因I10-65G>A、 110-162C>T、110-274C>T、110-313C>T、E11-87C>T和El1-93C>G的單核苷酸堿基突變，并且 利用測(cè)序、分型方法對(duì)肉乳兼用牛群體中PSAP基因6個(gè)SNPs進(jìn)行了檢測(cè)。4. 如權(quán)利要求2所述肉乳兼用牛胴體組成性狀SNPs和單倍型的檢測(cè)方法，其特征在 于： 所述的PCR擴(kuò)增條件是：50yL反應(yīng)體系，包括：上、下游引物（10ymol/L)lyL;Mix(天根）25yL;DNA模板（50ng/yL) 2yL;超純水 21yL; 所述的PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)椋?4°C變性5min;94°C變性30s，63°C退火30s，72°C延伸 40s，進(jìn)行30個(gè)循環(huán)；最后72°C延伸10min。5. 如權(quán)利要求3所述肉乳兼用牛胴體組成性狀的的方法及專用試劑盒，其特征在于： 根據(jù)SNPs位點(diǎn)的遺傳距離和連鎖分析，本肉乳兼用牛資源篩查到的6個(gè)SNPs共有 16中單倍型組合（Haplotype)，在本資源群體中高頻率存在的有6種單倍型組合，分別為：hapl:ACCCCC(0.168)、hap2:ACCTCC(0.122)、hap3:GCCCCC(0.261)、hap4:GCCCGC(0.169)、 hap5:GCCTCC (0?042)、hap6:GITCCC (0?192);其中單倍型組合Hap2 和Hap6 能夠作為檢 測(cè)和預(yù)示乳肉兼用牛胴體組成性狀的專用試劑盒。
【專利摘要】本發(fā)明公開一種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛胴體組成性狀的方法及試劑盒，可用于種用肉牛早期選擇，進(jìn)行針對(duì)乳肉兼用牛胴體性狀的遺傳標(biāo)記篩選。只需要采集少量牛血液或組織（尾部亦可），進(jìn)行基因組DNA提取，使用該分子檢測(cè)試劑盒檢測(cè)，測(cè)序后可鑒定肉牛樣本群體中胴體和肉質(zhì)性狀的SNPs遺傳標(biāo)記，進(jìn)行單倍型分析后，PSAP基因功能作用區(qū)域的6個(gè)SNPs位點(diǎn)及其單倍型組合可以作為一種輔助檢測(cè)肉乳兼用牛胴體性狀的有效分子遺傳標(biāo)記。PSAP基因引物片段及SNPs位點(diǎn)單倍型組合Hap2和Hap6能夠作為檢測(cè)和預(yù)示乳肉兼用牛胴體組成性狀的專用試劑盒。可以作為肉乳兼用牛種質(zhì)資源創(chuàng)制中優(yōu)良個(gè)體的早期選擇和產(chǎn)業(yè)化生產(chǎn)中入欄前育肥牛的篩查和生產(chǎn)。
【IPC分類】C12Q1/68
【公開號(hào)】CN105200148
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201510717111
【發(fā)明人】楊潤(rùn)軍, 趙志輝, 郭鵬程, 姜平, 肖航, 房希碧
【申請(qǐng)人】吉林大學(xué)
【公開日】2015年12月30日
【申請(qǐng)日】2015年10月30日