胞死 亡。
[0110] 在一些實(shí)施方案中，本公開提供了包含兩種或更多種BPTF抑制劑的組合物W提 供更高的對抗癌癥的功效。在一些實(shí)施方案中，所述BPTF抑制劑是抑制性核酸分子（例如 shRNA、siRNAW及反義分子）或抑制性抗體。并行施用兩種或更多種治療劑不需要同時或 通過相同的途徑施用所述藥劑，只要所述藥劑發(fā)揮它們的治療作用的時間段上存在重疊即 可。涵蓋了同時施用或相繼施用，也涵蓋了在不同天或不同周施用。 陽111] 在一些實(shí)施方案中，本公開的方法涵蓋了施用不同的BPTF抑制劑的組合或"混合 物"。
[0112] 可W與本公開的BPTF抑制劑組合使用的癌癥化學(xué)治療劑包括但不限于燒化 劑，如卡銷（carboplatin)和順銷（cisplatin);氮芥燒化劑；亞硝基脈燒化劑，如卡莫 司?。╟armustine)度CNU);抗代謝物，如甲氨蝶嶺（methotrexate);亞葉酸；嚷嶺類似物 抗代謝物、琉基嚷嶺；喀晚類似物抗代謝物，如氣尿喀晚（fluorouracil)巧-FU)和吉西 他濱（gemcit油ine)(Gemzai?飯);激素類抗腫瘤藥，如戈舍瑞林（goserelin)、亮丙瑞林 (leuprolide)、^及他莫昔芬（tamoxifen);天然抗腫瘤藥，如阿地白介素（aldesleukin)、 白細(xì)胞介素-2、多締紫杉醇（docetaxel)、依托泊巧（etoposide)(VP-16)、干擾素a、紫 杉醇（paclitaxel)(Taxo]⑥）W及維甲酸（tretinoin) (ATRA);抗生素天然抗腫瘤藥，如 博來霉素（bleomycin)、更生霉素（dactinomycin)、柔紅霉素（daunorubicin)、多柔比星 (doxorubicin)、道諾霉素（daunomycin)W及絲裂霉素（mitomycin),包括絲裂霉素C;W及長春花生物堿天然抗腫瘤藥，如長春堿（vinblastine)、長春新堿（vincristine)、 長春地辛（vindesine);徑基脈；醋葡醒內(nèi)醋（aceglatone)、阿霉素（a化iamycin)、異環(huán) 憐酷胺（ifosfamide)、依諾他濱（enocit油ine)、環(huán)硫雄醇（epitiostanol)、阿柔比星 (aclarubicin)、安西他濱（ancit油ine)、鹽酸甲基節(jié)阱（procarbazinehy化ochloride)、 卡波釀（carboquone)、卡銷、卡莫?dú)猓╟armofur)、色霉素A3(c虹omomycinA3)、抗 腫瘤多糖、抗腫瘤血小板因子、環(huán)憐酷胺（cyclo地OS地amide) (Cytoxin⑩）、裂桐 菌素（Schizoph}dlan)、阿糖胞巧kytarabine/cytosinearabinoside)、達(dá)卡己 嗦（dacarbazine)、硫肌巧（thioinosine)、嚷替贓（thiotepa)、替加氣（tegafur)、 海兔毒素（dolastatin)、海兔毒素類似物（如阿里他?。╝uristatin))、CPT-11 (伊 立替康（irinotecan))、米托蔥釀（mitozantrone)、長春瑞濱（vinore化ine)、替尼泊 巧（teniposide)、氨基蝶嶺（aminopterin)、洋紅霉素kaminomycin)、埃斯培拉霉素 (esperamicin)(參見例如美國專利號 4, 675, 187)、新制癌菌素（neocarzinostatin)、 0K-432、博來霉素、氣鐵龍（fu;rtulon)、漠尿巧化roxuridine)、白消安化usulfan)、二憐酸 已締雌酪四鋼化onvan)、培洛霉素（peplomycin)、貝他汀化estatin) (Ubenimex'底I)、干擾 素-P、美雄燒（mepitiostane)、二漠甘露醇（mitobronitol)、美法侖（mel地alan)、層粘連 蛋白膚、香茹多糖（lentinan)、云芝（Coriolusversicolor)提取物、替加氣/尿喀晚、雌莫 司?。╡stramustine)(雌激素 / 二氯甲基二乙胺（mechlorethamine))。
[0113]可W被用作用于癌癥患者的療法的另外的藥劑包括EP0、G-CSF、更昔洛韋 (ganciclovir);抗生素、亮丙瑞林；贓替晚（meperidine);齊多夫定（zidovudine) (AZT); 白細(xì)胞介素1至18,包括突變體和類似物；干擾素或細(xì)胞因子，如干擾素a、干擾素PW 及干擾素丫；激素，如促黃體激素釋放激素（LHRH)和類似物W及促性腺激素釋放激素 (GnRH);生長因子，如轉(zhuǎn)化生長因子-P(TGF-P)、成纖維細(xì)胞生長因子（FGF)、神經(jīng)生長 因子（NGF)、生長激素釋放因子（GHRF)、表皮生長因子巧GF)、成纖維細(xì)胞生長因子同源 因子（FGFHF)、肝細(xì)胞生長因子（HGF)、W及膜島素生長因子（IGF);腫瘤壞死因子-a和 0OW-a和P);侵襲抑制因子-2QIF-2);骨形態(tài)發(fā)生蛋白1-7度MP1-7);生長抑素；胸 腺素-a-1 ; 丫-球蛋白；超氧化物歧化酶（SOD);補(bǔ)體因子；抗血管生成因子；抗原物質(zhì)；W 及前藥。此外，BPTF抑制劑可W與祀向劑組合，所述祀向劑包括但不限于祀向BRAF(威羅 菲尼或達(dá)拉菲尼）、MEK(曲美替尼（trametinib))、肥R2 (例如赫賽汀化erceptin))、W及 EGFR(例如吉非替尼（gefitinib))的那些祀向劑。其它祀向組合包括BPTF抑制劑和W下各 項中的一種或多種：愛必妥巧rbitux)(西妥昔單抗（cetuximab))、益伏燈ervoy)(易普利 單抗（ipilimum油)）W及帕妥珠單抗（pertuzum油）。運(yùn)些療法的實(shí)例還包括但絕不限于小 分子激酶抑制劑，如伊馬替尼（Imatinib)(格列衛(wèi)（Gleevec))、舒尼替尼（Sunitinib)(索 坦（Sutent))、索拉非尼（Sorafenib)(多吉美（Nexavar))、埃羅替尼巧rlotinib)(特羅凱 (Tarceva))、達(dá)沙替尼值asatinib)(施達(dá)賽（Sprycel))、尼羅替尼（化lotinib)(泰息安 Clasigna))、拉帕替尼（XapatinibH泰嘉錠（Tykerb))、克挫替尼（CrizotinibH賽可瑞 (Xa]_ko;ri))、盧佐替尼（Ruxolitinib)(加卡菲（Jakafi))、凡德他尼（Vandetanib)(開譜 薩（Caprelsa))、帕挫帕尼（Pazopanib)(福退癌（Votrient))、阿法替尼（afatinib)、阿立 塞替（alise;rtib)、阿瓦替尼（amuvatinib)、阿西替尼（axitinib)、波舒替尼化osutinib)、 布立尼布（brivanib)、卡奈替尼（canertinib)、卡博替尼（c油ozantinib)、西地尼布kediranib)、克拉尼布krenolanib)、達(dá)克替尼（dacomitinib)、達(dá)魯舍替（danusertib)、 多韋替尼（dovitinib)、福瑞替尼（foretinib)、簡特斯匹（ganetespib)、依魯替尼 (ibrutinib)、印尼帕尼（iniparib)、蘭伐替尼（lenvatinib)、利尼伐尼（linifanib)、 林斯替尼（linsitinib)、馬賽替尼（masitinib)、莫米洛替尼（momelotinib)、莫 特塞尼（motesanib)、來那替尼（neratinib)、尼拉帕尼（niraparib)、奧普佐咪 (oprozomib)、奧拉帕尼（olaparib)、皮克里尼（pictilisib)、泊那替尼（ponatinib)、 奎扎替尼（quizartinib)、瑞戈非尼（regorafenib)、瑞格舍替（;rigose;rtib)、魯卡帕尼 (rucaparib)、塞卡替尼（saracatinib)、塞瑞德（saridegib)、坦度替尼（tandutinib)、 他索替尼（tasocitinib)、替拉替尼（telatinib)、替瓦替尼（tivantinib)、替沃尼布 (tivozanib)、托法替尼（tofacitinib)、瓦他拉尼（vatalanib)、維力帕尼（veliparib)、 維莫德（vismodegib)、沃拉舍替（volasertib)、BMS-540215、BMS777607、JNJ38877605、 TKI258、GDC-0941 (化化es等，J.Med.Chem. 2008, 51，5522)、BZE235、W及其它藥劑。
[0114] 前藥指的是藥物活性物質(zhì)的前體或衍生形式，所述前體或衍生形式與母體藥物相 比對腫瘤細(xì)胞具有更低的細(xì)胞毒性或無細(xì)胞毒性并且能夠被酶促活化或轉(zhuǎn)化成具有活性 的或更具活性的母體形式。參見例如Wilman,"Pro化ugsinCancer化emotherapy(癌癥化 學(xué)療法中的前藥）",BiochemicalSocietyTransactions, 14,第 375-382 頁，第 615 次會 議巧 15thMeeting),貝爾法斯特度elfast) (1986) 及Stella等，"P;ro化ugs:AQiemical ApproachtoTargetedDrugDelivery(前藥：勒1 向藥物遞送的一種化學(xué)方法）"，Directed DrugDelivery(《定向藥物遞送》），Borchar化等，（編著），第247-267頁，Humana Press(1985)。前藥包括但不限于含有憐酸鹽的前藥、含有硫代憐酸鹽的前藥、含有硫酸鹽 的前藥、含有膚的前藥、D-氨基酸修飾的前藥、糖基化前藥、含有b-內(nèi)酷胺的前藥、含有任 選取代的苯氧基乙酷胺的前藥或含有任選取代的苯乙酷胺的前藥、5-氣胞喀晚W及其它 5-氣尿巧前藥，它們可W被轉(zhuǎn)化成更具活性的細(xì)胞毒性游離藥物?？蒞被衍生成本文中供 使用的前藥形式的細(xì)胞毒性藥物的實(shí)例包括但不限于上文所述的那些化學(xué)治療劑。
[0115] 在一些實(shí)施方案中，本公開的方法和組合物特別可用于乳腺癌、腦癌（多形性成 化質(zhì)細(xì)胞瘤）、皮膚癌、食道癌、肝癌、膜腺癌、前列腺癌、子宮癌、宮頸癌、肺癌、膀脫癌、卵巢 癌、多發(fā)性骨髓瘤W及黑色素瘤。
[0116] 本公開還提供了藥物組合物，所述藥物組合物包含本文所述的BPTF抑制劑中的 一種或多種和藥學(xué)上可接受的載體。在一些實(shí)施方案中，所述藥物組合物被制備成呈液體 溶液或懸浮液形式的注射劑；還可W制備適合于在注射之前溶解或懸浮在液體媒介物中的 固體形式。脂質(zhì)體被包括在藥學(xué)上可接受的載體的定義內(nèi)。在藥物組合物中還可W存在 藥學(xué)上可接受的鹽，例如無機(jī)酸鹽，如鹽酸鹽、氨漠酸鹽、憐酸鹽、硫酸鹽等；W及有機(jī)酸鹽， 如乙酸鹽、丙酸鹽、丙二酸鹽、苯甲酸鹽等。關(guān)于藥學(xué)上可接受的賦形劑的深入論述可在 Remington:TheScienceandPracticeofF^harma巧（《雷明頓：藥學(xué)科學(xué)和實(shí)踐》）（199f5) AlfonsoGennaro,Lippincott,Williams,&Wilkins中獲得。
[0117] 本公開還提供了用于檢測BPTF的方法。在一些實(shí)施方案中，可W在患者體內(nèi)或在 體外在患者樣品中檢測BPTF。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括向患者施用包含與BPTF多 膚或核酸結(jié)合的一種或多種BPTF抑制劑的組合物W及檢測被標(biāo)記有可檢測的標(biāo)記的BPTF 藥劑在所述患者中的定位。在一些實(shí)施方案中，所述患者樣品包含癌細(xì)胞。在一些實(shí)施方 案中，所述BPTF抑制劑與成像劑連接或被可檢測地標(biāo)記。在一些實(shí)施方案中，BPTF抑制劑 或結(jié)合劑是與成像劑綴合的BPTF抗體并且被施用于患者W檢測一種或多種腫瘤或確定所 述患者對BPTF療法的敏感性。標(biāo)記的抗體將與細(xì)胞中或細(xì)胞上的BPTF多膚結(jié)合并且從而 積聚在腫瘤部位。使用標(biāo)準(zhǔn)成像技術(shù)，可W檢測腫瘤的部位。
[0118] 本公開還提供了對表達(dá)或過表達(dá)BPTF的細(xì)胞或腫瘤進(jìn)行成像/檢測的方法，所述 方法包括使包含與BPTF結(jié)合的藥劑（例如核酸或抗體）的組合物與樣品接觸W及檢測所 述樣品中BPTF的存在。在一些實(shí)施方案中，所述樣品是患者樣品。在一些實(shí)施方案中，所 述患者樣品包含癌細(xì)胞。
[0119] 檢測方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。舉例來說，檢測多核巧酸的方法包括但不限 于PCR、RNA印跡、DNA印跡、RNA保護(hù)、W及DNA雜交（包括原位雜交）。檢測多膚的方法包 括但不限于蛋白質(zhì)印跡、ELISA、酶活性測定、狹縫印跡、膚質(zhì)量指紋圖譜分析、電泳、免疫化 學(xué)W及免疫組織化學(xué)。檢測方法的其它實(shí)例包括但不限于放射免疫測定巧IA)、化學(xué)發(fā)光免 疫測定、巧光免疫測定、時間分辨巧光免疫測定（TR-FIA)、雙色巧光顯微鏡法、或免疫色譜 測定（ICA)，全部均是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。在一些實(shí)施方案中，使用PCR方法檢測多核 巧酸表達(dá)并且使用ELISA技術(shù)檢測多膚產(chǎn)生。
[0120] 用于給定核酸的RNA印跡雜交的合適探針可W由BPTF的核酸序列（例如SEQID NO: 1)產(chǎn)生。用于制備標(biāo)記的DM探針和RNA探針的方法化及用于使其與祀核巧酸序列雜 交的條件描述于MolecularCloning:AL油oratoryManual(《分子克?。簩?shí)驗室手冊》)，J. Sambrook等編著，第2版，冷泉港實(shí)驗室出版社，1989,第10章和第11章中。 陽12U 在一個實(shí)施例中，核酸探針可W被標(biāo)記有例如放射性核巧酸，如3h、32p、33p、i4c或 35S;重金屬；或能夠充當(dāng)標(biāo)記的配體的特異性結(jié)合對成員的配體（例如生物素、親和素或抗 體）；巧光分子；化學(xué)發(fā)光分子；或酶。可W通過切口平移、隨機(jī)引物法、或本領(lǐng)域技術(shù)人員 已知的其它方法將探針標(biāo)記成高比活度。舉例來說，通過根據(jù)切口平移方法將先前存在的 核巧酸置換成高放射性核巧酸，已知制備具有遠(yuǎn)超過l〇8cpm/微克的比活度的3中標(biāo)記的核 酸探針。 陽122] 然后可W通過將雜交的過濾器曝露于照相底片來對雜交進(jìn)行放射自顯影檢測。對 由雜交的過濾器所曝光的照相底片進(jìn)行光密度掃描提供了對miRNA轉(zhuǎn)錄物水平的準(zhǔn)確測 量。在另一個實(shí)施方案中，可W通過計算機(jī)化成像系統(tǒng)，如可從新澤西州皮斯卡塔韋的阿 默舍姆生物科技公司（AmershamBiosciences,Piscataway,N.J.)獲得的分子動力學(xué)400-B 2D憐光體成像器對基因轉(zhuǎn)錄物水平進(jìn)行定量。
[0123] 在另一個實(shí)施方案中，可W使用隨機(jī)引物法將類似物，例如dTTP類似物 5-(N-(N-生物素基-e-氨基己酷基）-3-氨基締丙基）脫氧尿巧S憐酸滲入到探針分子 中。生物素化的探針寡核巧酸可W通過與和產(chǎn)生顯色反應(yīng)的巧光染料或酶連接的生物素結(jié) 合蛋白，如親和素、鏈霉親和素、W及抗體（例如抗生物素抗體）反應(yīng)來檢測。
[0124] 在另一個實(shí)施方案中，可W使用原位雜交技術(shù)來對表達(dá)水平進(jìn)行測定。運(yùn)種技術(shù) 與RNA印跡技術(shù)相比需要更少的細(xì)胞，并且包括將全細(xì)胞沉積到顯微鏡蓋玻片上W及使用 含有放射性的或W其它方式標(biāo)記的核酸（例如cDNA或RNA)探針的溶液探測細(xì)胞的核酸含 量。運(yùn)種技術(shù)對于分析來自受試者的組織活檢樣品來說是特別適當(dāng)?shù)摹Ｔ浑s交技術(shù)的實(shí) 施更詳細(xì)地描述于美國專利號5, 427, 916中，該美國專利的公開內(nèi)容W引用的方式并入本 文。
[01巧]細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄物的相對數(shù)目還可W通過W下方式來確定：使基因轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行逆 轉(zhuǎn)錄，繼而通過聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR)使逆轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄物擴(kuò)增?？蒞將基因轉(zhuǎn)錄物的水平 與內(nèi)標(biāo)相比較來定量，所述內(nèi)標(biāo)例如同一樣品中存在的"看家"基因的mRNA水平。用作內(nèi) 標(biāo)的合適的"看家"基因包括例如肌球蛋白或甘油醒-3-憐酸脫氨酶（G3PDH)。用于定量 RT-PCR的方法和其變化方案在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍內(nèi)。在另一個實(shí)施方案中，使用高通量莖 環(huán)實(shí)時定量聚合酶鏈反應(yīng)（RT-qPCR)來檢測miRNA表達(dá)。參見Mestda曲等，NucleicAcid Research36(21) (2008) )〇
[01%] 具體樣品的"表達(dá)譜"或"雜交譜"基本上是樣品狀態(tài)的指紋圖譜；雖然兩種狀態(tài) 可W具有類似地表達(dá)的任何特定的基因，但同時評價多種基因允許產(chǎn)生細(xì)胞狀態(tài)所特有的 基因表達(dá)譜。目P，可W辨別正常組織與癌癥組織，并且在癌癥組織內(nèi)，可W確定不同的預(yù)后 狀態(tài)（例如良好的或不良的長期存活前景）。通過比較處于不同狀態(tài)的癌癥組織的表達(dá)譜， 獲得有關(guān)在運(yùn)些狀態(tài)中的每一種中哪些基因重要（包括基因的上調(diào)和下調(diào)運(yùn)兩者）的信 息。對差異性地表達(dá)于癌癥組織或正常組織中的序列W及引起不同的預(yù)后結(jié)果的差異表達(dá) 的鑒定允許W多種方式使用運(yùn)一信息。舉例來說，可W評價具體的治療方案（例如W確定 化學(xué)治療藥物是否起作用W改善具體患者的長期預(yù)后）。類似地，可W通過將患者樣品與已 知的表達(dá)譜相比較來進(jìn)行或確認(rèn)診斷。此外，運(yùn)些基因表達(dá)譜（或單個基因）允許篩選抑 制癌癥表達(dá)譜或使不良的預(yù)后譜轉(zhuǎn)變成較好的預(yù)后譜的藥物候選者。
[0127] 根據(jù)本文所述的表達(dá)譜分析方法，對來自疑似患有癌癥（例如黑色素瘤、乳腺癌、 GBM)的受試者的樣品的總RNA進(jìn)行定量逆轉(zhuǎn)錄W提供與所述樣品中的RNA互補(bǔ)的一組標(biāo)記 的祀寡脫氧核巧酸。然后使所述祀寡脫氧核巧酸與包含RNA特異性探針寡核巧酸的微陣列 雜交W提供所述樣品的雜交譜。結(jié)果是代表了所述樣品中基因的表達(dá)模式的所述樣品的雜 交譜。所述雜交譜包含由來自所述樣品的祀寡脫氧核巧酸與所述微陣列中的BPTF特異性 探針寡核巧酸結(jié)合所產(chǎn)生的信號。所述譜可W被記錄成存在或不存在結(jié)合（有信號或零信 號）。通常，所記錄的譜包括來自每一次雜交的信號強(qiáng)度。將所述譜與由對照樣品產(chǎn)生的雜 交譜相比較。信號的改變指示所述受試者的化學(xué)療法響應(yīng)。
[0128] 用于測量基因表達(dá)的其它技術(shù)也在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍內(nèi)，并且包括用于測量RNA 轉(zhuǎn)錄和降解的速率的各種技術(shù)，包括RNA酶保護(hù)測定、核連綴、狹縫印跡等。
[0129] 在另一個實(shí)施方案中，本公開提供了一種用于在受試者中預(yù)測癌癥的存在的方 法。所述方法包括W下步驟：確定相對于來自一種或多種對照樣品的BPTF的表達(dá)，在來自 所述受試者的生物樣品中BPTF是否過表達(dá)或低表達(dá)。在一個具體的實(shí)施方案中，與對照生 物樣品相比來自受試者的生物樣品的BPTF的過表達(dá)水平表明所述受試者的樣品是否是惡 性的。所述癌癥可W是例如GBM、黑色素瘤或乳腺癌。
[0130] 在又另一個實(shí)施方案中，本公開提供了一種確定受試者的癌癥進(jìn)展的方法。所述 方法包括W下步驟：測量來自在各個時間點(diǎn)從患有癌癥的患者獲取的生物樣品的BPTF的 表達(dá)水平，因此來自不同時間點(diǎn)的樣品之間BPTF的表達(dá)水平的變化表明所述受試者的癌 癥正進(jìn)展或恢復(fù)。在一個具體的實(shí)施方案中，如果在更早時間點(diǎn)與更晚時間點(diǎn)之間BPTF的 表達(dá)水平升高，那么運(yùn)表明所述受試者的癌癥正在向癌癥的更晚期階段進(jìn)展。在一個替代 性實(shí)施方案中，如果在更早時間點(diǎn)與更晚時間點(diǎn)之間BPTF的表達(dá)水平降低，那么運(yùn)表明所 述受試者的癌癥在緩解過程中。在另一個實(shí)施方案中，所述癌癥是黑色素瘤、乳腺癌或GBM。 陽131] 在又另一個實(shí)施方案中，本公開提供了一種確定患有癌癥的受試者的存活率的方 法。所述方法包括W下步驟：測量來自在各個時間點(diǎn)從患有癌癥的患者獲取的生物樣品的BPTF的水平，因此來自不同時間點(diǎn)的樣品之間BPTF的水平的變化表明所述受試者的存活 率降低或增加。在一個具體的實(shí)施方案中，如果在更早時間點(diǎn)與更晚時間點(diǎn)之間BPTF的表 達(dá)或過表達(dá)的水平升高，那么運(yùn)將表明所述受試者的存活率降低。在一個替代性實(shí)施方案 中，如果在更早時間點(diǎn)與更晚時間點(diǎn)之間BPTF的水平降低，那么運(yùn)將表明所述受試者的存 活率