一種氟烷基因的分子標記輔助選擇方法
【技術領域】
[0001] 本發(fā)明屬于豬分子育種領域，更具體地說，本發(fā)明涉及一種氟烷基因的分子標記 輔助選擇方法。
【背景技術】
[0002] 現(xiàn)有的關于氟烷基因的分子標記輔助選擇育種有兩個極化傾向，一種是群體完全 純化，達到完全無應激標準，另一種是不開展氟烷基因的選育。氟烷基因是豬應激綜合癥的 主效基因，其影響屠宰后豬的肉質質量，應激會使肉質蒼白、出水，形成PSE肉。
[0003] 很多研宄表明，氟烷基因 NN型個體在屠宰后1小時pH值、肉色、大理石紋等肉質 性狀方面占絕對優(yōu)勢，但是含有η基因型的豬只背膘更薄、瘦肉率更高，產(chǎn)肉量也占有一定 優(yōu)勢。若種豬群體氟烷基因100 %優(yōu)化，則容易導致肉豬體型較差，肌肉不緊湊，在活豬市場 上價格不占優(yōu)勢。若是不進行優(yōu)化，則會影響屠宰后的肉質，在屠宰場進行豬肉定價時處于 劣勢，價格相對較低。
[0004] 其他一些關于氟烷基因的分子標記輔助選擇僅僅是科研研宄，大多數(shù)的研宄主要 針對氟烷基因在不同豬群的遺傳變異分析，或者是與肉質、胴體等性狀的相關性或效應的 分析，并沒有具體的針對企業(yè)分子育種應用方案方面的研宄和論述。大部分研宄沒有考慮 到企業(yè)實際操作，尤其是完全純化的方案沒有考慮國內(nèi)的市場一一主要是活豬市場這一現(xiàn) 狀，以及大量種豬選擇淘汰對企業(yè)效益的影響，可操作性不強，沒有針對現(xiàn)場不同的選育目 標，制定不同的育種方案，沒有較為實用的分子育種方案建立方法。且現(xiàn)有的一些研宄或方 法，在達到目標后，也沒有后續(xù)跟蹤程序。
[0005] 以上技術最突出的問題是不能兼顧活體市場和屠宰后肉質品質的需求，且沒有考 慮企業(yè)效益，無法做到平衡育種，不能兼顧企業(yè)效益與育種效率，使氟烷基因分子育種沒有 明確的目標。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 有鑒于此，為了克服上述現(xiàn)有技術中存在的問題，本發(fā)明提供了一種氟烷基因的 分子標記輔助選擇方法。
[0007] 為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明采取了以下技術方案：
[0008] 一種氟烷基因的分子標記輔助選擇方法，包括以下步驟：
[0009] 1)、對現(xiàn)有群體的氟烷基因的基因型進行檢測，對基因頻率進行分析；
[0010] 2)、利用R軟件進行bootstrap、擬合直線、和作圖分析，確定現(xiàn)有群體的氟烷基因 的適宜頻率；
[0011] 3)、制定適宜的分子標記輔助選擇育種方案；
[0012] 4)、對育種后的氟烷基因頻率進行監(jiān)控。
[0013] 在其中一些實施例中，所述步驟1)為，利用PCR-RFLP的方法檢測現(xiàn)有群體的 氟烷基因，利用Plink軟件對基因型結果進行基因變異程度分析，若最小等位基因頻率 MAF>0. 05,進行分子標記輔助選擇。
[0014] 在其中一些實施例中，步驟2)中，所述bootstrap分析的步驟為：每次隨機抽取 50%樣本，計算氟烷基因頻率和表型平均值，通過1萬次的隨機抽樣，得到1萬個基因頻率 值和表型平均值數(shù)據(jù)。
[0015] 在其中一些實施例中，步驟2)中，所述擬合直線分析的步驟為：基于bootstrap生 成的數(shù)據(jù)，利用線性模型，擬合基因型值和表型值，得到基因頻率和表型值對應關系的擬合 直線。
[0016] 在其中一些實施例中，步驟2)中，所述現(xiàn)有群體的氟烷基因的適宜頻率是通過以 下方法確定的：繪制基因頻率對性狀值效應相反的兩類主選性狀的擬合直線，兩條直線交 點對應的氟烷基因頻率，即為適宜頻率。
[0017] 在其中一些實施例中，所述步驟3)為：獲得適宜頻率后，根據(jù)現(xiàn)有群體的氟烷基 因的遺傳變異情況以及選育目標，制定適宜的氟烷基因分子標記選擇育種方案，使群體盡 快達到適宜頻率。
[0018] 在其中一些實施例中，所述步驟4)為：現(xiàn)有群體達到適宜頻率目標后，實時監(jiān)控 核心群的頻率，選留的后備豬都需經(jīng)過氟烷基因的檢測，若群體頻率不在適宜頻率內(nèi)，則需 要再次進行群體優(yōu)化。
[0019] 本發(fā)明闡述了如何在現(xiàn)有的種豬核心群中建立氟烷基因的分子標記輔助選擇育 種方法，該方法可以與現(xiàn)場傳統(tǒng)育種有效結合，通過各環(huán)節(jié)的分析，明確現(xiàn)有群體適宜存在 的氟烷基因頻率，優(yōu)化目的明確，可快速達到該群體的平衡育種目標。此種氟烷基因分子標 記輔助選擇育種方案方法，更適合企業(yè)育種應用，建立氟烷基因平衡育種的方法，兼顧企業(yè) 效益與育種效率。與現(xiàn)有技術相比，本發(fā)明具有以下有益效果：
[0020] 1、本發(fā)明的分子標記輔助選擇方法通過bootstrap、擬合直線、做圖等統(tǒng)計方法， 分析群體氟烷基因頻率對不同主選性狀的影響，確定符合選育目標的適宜群體氟烷基因頻 率，制定出具體可行的分子標記輔助選擇方案，解決了因為氟烷基因對于現(xiàn)場選育的不同 性狀的相反效應而導致分子育種實踐應用無法做到平衡育種這一難題；
[0021] 2、本發(fā)明的分子標記輔助選擇方法結合現(xiàn)場選育目標情況，將氟烷基因分子選育 與現(xiàn)場實踐傳統(tǒng)選育有機結合，制定適宜的氟烷基因分子標記輔助選育方案；
[0022] 3、本發(fā)明的分子標記輔助選擇方法達到分子標記輔助選擇目標頻率后，后續(xù)通過 后備豬的氟烷基因的檢測對現(xiàn)有核心群進行基因頻率實時監(jiān)控，當頻率超出預期范圍，則 再次進行優(yōu)化，以確保群體氟烷基因頻率始終在目標頻率范圍內(nèi)；
[0023] 4、本發(fā)明的方法可使氟烷基因分子標記輔助選擇與現(xiàn)場傳統(tǒng)育種有機結合，建立 符合企業(yè)需求、可操作性強、全面的氟烷基因分子育種方法，快速提高育種效率，兼顧企業(yè) 效益。
【附圖說明】
[0024] 圖1為本發(fā)明實施例1中的氟烷基因的分子標記輔助選擇方法的建立流程圖；
[0025] 圖2為本發(fā)明實施例2中IOOKg瘦肉率和30-100Kg日增重性狀與氟烷基因頻率 相關性的直線圖。
【具體實施方式】
[0026] 為了使本發(fā)明的目的、技術方案及優(yōu)點更加清楚明白，以下結合附圖及實施例，對 本發(fā)明進行進一步詳細說明。應當理解，此處所描述的具體實施例僅僅用以解釋本發(fā)明，并 不用于限定本發(fā)明。
[0027] 實施例1 一種氟烷基因的分子標記輔助選擇方法
[0028] 請參閱圖1，為本實施例的一種氟烷基因的分子標記輔助選擇方法的建立流程圖， 包括如下步驟：
[0029] 1)氟烷基因在現(xiàn)有群體中的基因型檢測以及基因頻率分析
[0030] 此步驟主要為下一步適宜頻率確定打下基礎，獲得基本的基因型數(shù)據(jù)且確保群體 存在變異，可進行優(yōu)化。利用PCR-RFLP的方法檢測現(xiàn)有群體的氟烷基因。利用plink軟件 對基因型結果進行基因變異程度分析。主要衡量判斷指標為MF:最小等位基因頻率，理論 上若MAF〈0. 05則說明此位點基本純合。若MAFX). 05,說明群體存在變異，則可進行分子標 記輔助選擇。
[0031] 2)利用R軟件，通過bootstrap、擬合直線、做圖等統(tǒng)計分析，確定現(xiàn)有群體的氟燒 基因適宜頻率。<