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用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的RT?PCR引物及其試劑盒的制作方法

文檔序號:11672797閱讀:529來源:國知局
用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的RT?PCR引物及其試劑盒的制造方法與工藝

本發(fā)明屬于阿卡斑病毒檢測領(lǐng)域,尤其涉及用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的rt-pcr引物及其試劑盒。



背景技術(shù):

阿卡斑病又名赤羽病,主要引起牛、羊等流產(chǎn)、早產(chǎn)、死胎、新生胎兒關(guān)節(jié)彎曲及積水性無腦癥等。阿卡病給畜牧業(yè)造成嚴重的經(jīng)濟損失,世界動物衛(wèi)生組織(oie)將其列為法定報告動物疫病,我國《進境動物一、二類傳染病、寄生蟲病名錄》將其列為二類動物疫病。

新型竹鼠源阿卡斑病是國內(nèi)外首次報道的在自然環(huán)境下引起大規(guī)模的成年竹鼠死亡的病例。迄今,國內(nèi)外沒有任何關(guān)于該病毒的基因參考序列。2013年11-12月廣西柳州三江、2014年4-5月廣西桂林及2016年6-8月廣西柳城3個不同地區(qū)縣市先后分別在人工養(yǎng)殖的竹鼠群中暴發(fā)一種怪病。據(jù)不完全統(tǒng)計,有11個竹鼠養(yǎng)殖場(三江3個場,桂林5個場,柳城3個場)共計3萬多只竹鼠受影響。該病臨床特征是在單側(cè)或雙側(cè)后腿麻痹、拖行,顫抖、轉(zhuǎn)圈、幼年竹鼠出現(xiàn)神經(jīng)癥狀,抽搐、四肢僵直,口鼻、耳朵、眼眶、前后肢等少毛或無毛的部位皮膚出現(xiàn)紅疹,部分足掌龜裂。發(fā)病竹鼠,食欲下降或不食,出現(xiàn)癥狀后1-3天內(nèi)發(fā)生死亡。因其都表現(xiàn)出后腿拖行現(xiàn)象,且為烈性發(fā)病,在廣西俗稱為“拖垃圾病”。剖檢可見大腦充血、出血,肺有出血點、出血斑,肝質(zhì)脆、色淺,脾腫大、部分梗死,腎有出血點。幼年和成年竹鼠均發(fā)病,發(fā)病率20-30%,但死亡率幾乎100%。流行病學(xué)調(diào)查發(fā)現(xiàn),竹鼠養(yǎng)殖場之間存在相互引種外,大多數(shù)發(fā)病場之間無明顯其他聯(lián)系。細菌分離結(jié)果顯示除大腸桿菌外,未見其他有意義的致病菌。rt-pcr或pcr檢測痘病毒、皰疹病毒、腺病毒、淋巴細胞脈絡(luò)叢腦膜炎病毒、狂犬病病毒、仙臺病毒常見大鼠病毒均為陰性。經(jīng)申請人課題組診斷排除了其他細菌和病毒病,通過病毒宏基因組學(xué)、rt-pcr擴增和細胞分離培養(yǎng)證實該病為阿卡斑病毒感染。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)該毒株對竹鼠屬于強毒力。

隨著我國特種動物養(yǎng)殖業(yè)的迅速發(fā)展,竹鼠養(yǎng)殖業(yè)得以不斷壯大,而目前國內(nèi)外在新型竹鼠源阿卡斑病毒性疾病領(lǐng)域的研究和報道還處于空白狀態(tài),沒有任何參考文獻和序列報道,臨床上針對新型竹鼠源阿卡斑病毒病的防治也處于空白狀態(tài)。因此,急需一種快速檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒病的方法,來對發(fā)病竹鼠進行及時診治。



技術(shù)實現(xiàn)要素:

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一種特異、敏感、快速、簡便的用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的rt-pcr引物及其試劑盒。

為解決上述技術(shù)問題,本發(fā)明采用以下技術(shù)方案:

用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的rt-pcr引物,包括引物akvm1和引物akvm2,它們分別具有以下堿基序列:

引物akvm15′-atgattattacaattctcaacat-3′,

引物akvm25′-gctaaaaggatgaattggt-3′。

用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的rt-pcr試劑盒,該試劑盒含有引物akvm1和引物akvm2,它們分別具有以下堿基序列:

引物akvm15′-atgattattacaattctcaacat-3′,

引物akvm25′-gctaaaaggatgaattggt-3′。

引物akvm1和引物akvm2的摩爾比為1∶1。

引物akvm1和引物akvm2的濃度均為10μm。

該試劑盒還含有以下試劑:rna提取試劑、pcr擴增試劑、新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性對照和陰性對照。

rna提取試劑為axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒,pcr擴增試劑為一步法rt-pcr試劑盒。

新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性對照為新型竹鼠源阿卡斑病毒糖蛋白m基因片段cdna的質(zhì)粒,陰性對照為新型竹鼠源阿卡斑病毒陰性的昆明小鼠血清。

針對新型竹鼠源阿卡斑病毒檢測和診斷的缺乏有效可靠技術(shù)的問題,發(fā)明人設(shè)計并制備了用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的pcr引物,包括引物akvm1和引物akvm2,它們分別具有序列表中seq.id.no.1和seq.id.no.2的堿基序列。據(jù)此,發(fā)明人還制備了相應(yīng)的rt-pcr試劑盒并建立相應(yīng)的pcr檢測方法,該試劑盒含有引物akvm1和引物akvm2、rna提取試劑、pcr擴增試劑、新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性對照和陰性對照。實驗表明,本發(fā)明具有特異、敏感、快速、簡便的特點,彌補了目前臨床上檢測該病毒的技術(shù)空缺,可作為養(yǎng)殖場、基層實驗室等場所開展快速檢測的良好方法。

附圖說明

圖1是本發(fā)明pcr檢測方法退火溫度檢測結(jié)果圖,圖中:1.ddh20;2.53℃;3.57℃;4.60℃;m:dl2000dna分子質(zhì)量標準。

圖2是本發(fā)明pcr檢測方法特異性試驗結(jié)果圖,圖中:1.新型竹鼠源阿卡斑病毒;2.ddh2o;3.竹鼠內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒;4.新型竹鼠源阿卡斑病毒;5.竹鼠細小病毒;6.竹鼠乳酸脫氫酶升高病毒;m:dl2000dna分子質(zhì)量標準。

圖3是本發(fā)明pcr檢測方法敏感性試驗結(jié)果圖,圖中:1.cdna濃度為23ng/μl;2-5.10-1~10-4倍比稀釋模板;m:dl2000dna分子質(zhì)量標準。

圖4是本發(fā)明pcr檢測方法的臨床檢測結(jié)果圖,圖中:1.正常竹鼠腦組織對照;2.ddh2o;3-8.分別為發(fā)病竹鼠的腦、心、肝、脾、肺、腎;m:dl2000dna分子質(zhì)量標準。

具體實施方式

實施例1引物設(shè)計

根據(jù)前期病毒宏基因組學(xué)測序結(jié)果得到的新型竹鼠源阿卡斑病毒全基因序列(該病毒包含小(s)基因片段(編碼核蛋白)、中(m)基因片段(編碼糖蛋白)、大(l)基因片段(編碼轉(zhuǎn)錄酶和復(fù)制酶),其序列分別為seq.id.no.7、seq.id.no.8、seq.id.no.9)的保守區(qū)域設(shè)計引物,得到一對位于核蛋白基因的引物akvs1和akvs2以及一對位于糖蛋白基因的引物akvm1和akvm2,送深圳華大基因合成,用depc處理水溶解,-20℃保存。

表1引物序列

分別用引物akvs1和akvs2及akvm1和akvm2擴增新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性樣品,初步篩選引物的特異性及穩(wěn)定性,結(jié)果發(fā)現(xiàn):引物akvs1和akvs2能擴增出非特異目的條帶,且非特異條帶非常明顯,已影響結(jié)果判定。故被淘汰。

實施例2rt-pcr反應(yīng)體系與反應(yīng)程序的建立

1、rna模板制備

均勻剪取發(fā)病竹鼠的心、肝、脾、肺、腎等組織與抽濾除菌dmem按體積比1∶5的比例研磨制成病料懸液,分裝到1.5mlep管內(nèi),經(jīng)3次凍融后,將病料懸液8000rpm4℃離心5min,取上清200μl,同時等量吸取陽性對照與陰性對照(見實施例6)并編號。按照axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒提取模板rna,產(chǎn)物直接用于rt-pcr反應(yīng)或置于-80℃保存。

2、rt-pcr擴增反應(yīng)

按pcr反應(yīng)體系(見表2)配制反應(yīng)混合物放入takarart-pcr儀,rt-pcr反應(yīng)程序:反轉(zhuǎn)錄反應(yīng):50℃30min;預(yù)變性:94℃4min;變性:94℃30sec;退火:57℃45sec;延伸:72℃1min;共進行35個循環(huán);延伸:72℃5min。反應(yīng)結(jié)束后,取rt-pcr產(chǎn)物5μl點樣于1%瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi)(含0.5μg/ml溴化乙錠)電泳進行鑒定,如電泳結(jié)果在816bp處出現(xiàn)擴增條帶,同時陰、陽性成立,即表明待檢樣品中有新型竹鼠源阿卡斑病毒。

表2rt-pcr反應(yīng)液組份

實施例3pcr檢測方法退火溫度確定

用提取好的樣品rna做模板,設(shè)置不同的退火溫度,然后其他條件均設(shè)置成相同進行rt-pcr,rt-pcr完成后取產(chǎn)物5μl點樣于1%瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi)(含0.5μg/ml溴化乙錠)。電泳后的凝膠于紫外分析儀下觀察結(jié)果,已確定其最佳退火溫度,結(jié)果顯示退火溫度從53℃-60℃,pcr產(chǎn)物結(jié)果均很特異(圖1),最終確定本檢測方法的退火溫度設(shè)為57℃。

實施例4特異性實驗

用前述已建立的pcr方法,分別提取新型竹鼠源阿卡斑病毒、竹鼠圓環(huán)病毒、竹鼠細小病毒、竹鼠內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒、竹鼠乳酸脫氫酶升高病毒核酸。按表2的體系配制反應(yīng)液,按照實施例2的方法進行特異性試驗。結(jié)果顯示只有竹鼠源阿卡斑病毒能進行特異性擴增,其它病毒不能擴增出目的條帶(圖2)。結(jié)果表明,本發(fā)明檢測方法具有很高的特異性。

實施例5靈敏度實驗

用蛋白質(zhì)核酸測定儀測定了模板cdna濃度為23ng/μl,對模板cdna進行10倍倍比稀釋然后進行pcr,35個pcr循環(huán)后,檢測該方法的敏感性,最終測定該方法的最低檢測量為23pg(圖3)。

實施例6試劑盒組裝

根據(jù)以上實施例的研究結(jié)果,組裝檢測試劑盒以方便使用。

1、引物為akvm1和akvm2,濃度均為10μm。

2、rna提取試劑:使用總rna純化試劑為axygen體液病毒dna/rna小量試劑盒。

3、pcr擴增試劑:天根生物公司生產(chǎn)的病毒檢測用一步法rt-pcr試劑盒(目錄號:sd102)。

4、新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性對照和陰性對照

陽性對照:將需擴增的糖蛋白基因的目的序列(seq.id.no.5)經(jīng)rt-pcr擴增并克隆進pmd-18t,構(gòu)成并測序驗證100%同源,最后制備目的片段重組質(zhì)粒pmd-m1,在含氨芐青霉素的lb細菌培養(yǎng)液中進行培養(yǎng),收獲菌液提取質(zhì)粒作為陽性對照。

陰性對照:無菌采集的阿卡斑病毒陰性的昆明小鼠血清。

實施例7臨床應(yīng)用

對臨床上疑似新型竹鼠源阿卡斑病毒的病鼠進行解剖采樣檢測,使用前述試劑盒按照本發(fā)明的pcr檢測方法進行。結(jié)果顯示,臨床檢測樣品擴增出816bp的特異性帶,為新型竹鼠源阿卡斑病毒陽性(圖4)。

sequencelisting

<110>廣西壯族自治區(qū)獸醫(yī)研究所

<120>用于檢測新型竹鼠源阿卡斑病毒的引物及其試劑盒

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