本發(fā)明涉及利用基因組生物信息分析技術的優(yōu)勢，具體涉及一種用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的snp標記及其應用；篩選出48個snp標記，用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象的評估。

背景技術：

目前國內生物醫(yī)藥產業(yè)迅猛發(fā)展，實驗動物作為生物醫(yī)藥產業(yè)的重要支撐條件及生命科學研究的重要材料，其質量直接關系到實驗結果的可靠性和真實性。實驗動物的遺傳質量是實驗動物質量好壞的重要因素之一，只有應用遺傳特性穩(wěn)定的實驗動物才能保證生物醫(yī)學研究結果具有可比性及實驗結果的可靠性。因此，實驗動物質量標準化，尤其遺傳質量的標準化將直接影響生物醫(yī)藥的研發(fā)水平。但由于缺乏統(tǒng)一的、標準化的遺傳質量控制標準，實驗動物的遺傳質量監(jiān)控也漸漸成為其生產應用中較突出的問題。就目前情況而言，篩查到國內外廣泛認可的有效遺傳標記是實現實驗動物遺傳質量監(jiān)測技術突破的有途徑之一。

目前，我國實驗動物遺傳監(jiān)測主要推行國家標準(gb14923-2010)，主要采取形態(tài)學(毛色基因測試法)、數量遺傳學(下頜骨測定法)、免疫標記基因檢測法(皮膚移植法)以及生化標記基因檢測法等。這些方法各有優(yōu)勢，而且在實驗動物的繁殖生產和日常監(jiān)測管理工作中仍有至關重要的使用價值，但隨著實驗動物科學和分子生物學的飛速發(fā)展，傳統(tǒng)的檢測方法包括國標力推的生化標記基因檢測法、皮膚移植法和免疫學檢測法已不能完全適應多種品系實驗動物的遺傳監(jiān)測工作。

隨著dna指紋技術、隨機擴增多態(tài)性(rapd)、微衛(wèi)星和單核苷酸多態(tài)性(snp)等一系列分子遺傳標記的發(fā)現，微衛(wèi)星和snp標記脫穎而出，已經大量應用于實驗動物的遺傳檢測，其中，snp標記是繼生化標記和rapd遺傳標記之后的第三代dna分子標記，具有位點豐富、遺傳穩(wěn)定、篩選規(guī)?；蕊@著優(yōu)點。然而，相比于目前先進的分子檢測技術及國際同行的領先程度，我國的遺傳監(jiān)測標準還有待改進，且刻不容緩。

技術實現要素：

為了克服現有技術的缺點與不足，本發(fā)明的目的在于提供一種用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的snp標記。該snp標記能用于評估印度支那地區(qū)起源的食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象。

食蟹猴(macacafascicularis)是生物醫(yī)藥研究中常用的靈長類動物，其自然分布區(qū)域在靈長類中僅次于人類及恒河猴，主要分布于亞洲東南部國家。地理毗鄰使包括印度支那地區(qū)在內的東南亞大陸食蟹猴的遺傳差異最小化，但伴隨著板塊相互作用導致的島嶼形成，長期隔離與始祖效應促進了菲律賓和毛里求斯食蟹猴與其他島嶼群體的遺傳分歧，而印度支那地區(qū)的食蟹猴通過與恒河猴雜交使得恒河猴的基因廣泛滲入，增加了大陸食蟹猴的遺傳多樣性，同時加劇了其與島嶼群體之間的遺傳差異。食蟹猴瘧原蟲是傳播于食蟹猴群體中最常見的瘧原蟲之一，實驗表明，恒河猴對瘧疾的感染比食蟹猴更敏感，與恒河猴有著長期雜交歷史的印度支那食蟹猴可能比島嶼種群更易感染瘧原蟲，所以，了解作為某些疾病實驗研究對象的食蟹猴的起源地區(qū)及恒河猴遺傳滲入水平十分重要。因此，本發(fā)明旨在利用生物信息分析方法篩選出食蟹猴的48個snp標記，用以評估印度支那地區(qū)起源的食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象。

本發(fā)明的另一目的在于提供所述的用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的snp標記的應用。

本發(fā)明的目的通過下述技術方案實現：

本發(fā)明首先對已有的23000個共同存在于印度和中國恒河猴中的snp進行篩選，利用生物信息學方法從中篩選出了384個頻率最高的snp，然后，利用這384個snp對來自5個不同地理區(qū)域[柬埔寨，三寶顏(棉蘭老島，菲律賓)，南蘇門答臘(巴鄰旁，印度尼西亞)，毛里求斯和馬來西亞]的25只食蟹猴進行基因分型，并從中挑選了48個頻率最高且僅存在于印度支那(柬埔寨)食蟹猴中而不存在于另外四個區(qū)域食蟹猴中的snp(admixturepanel)。最后，利用這48個snp對食蟹猴及參考樣本進行分型，用structure評估其恒河猴遺傳滲入比例，并驗證滲入比例與感染瘧原蟲發(fā)生率的相關性。

所述的48個snp位點為snp1、snp2、snp3、snp4、snp5、snp6、snp7、snp8、snp9、snp10、snp11、snp12、snp13、snp14、snp15、snp16、snp17、snp18、snp19、snp20、snp21、snp22、snp23、snp24、snp25、snp26、snp27、snp28、snp29、snp30、snp31、snp32、snp33、snp34、snp35、snp36、snp37、snp38、snp39、snp40、snp41、snp42、snp43、snp44、snp45、snp46、snp47、snp48；

所述的snp1表示該snp位點位于seqidno：1所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp2表示該snp位點位于seqidno：2所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp3表示該snp位點位于seqidno：3所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(t/a)；

所述的snp4表示該snp位點位于seqidno：4所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp5表示該snp位點位于seqidno：5所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp6表示該snp位點位于seqidno：6所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp7表示該snp位點位于seqidno：7所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp8表示該snp位點位于seqidno：8所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp9表示該snp位點位于seqidno：9所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp10表示該snp位點位于seqidno：10所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp11表示該snp位點位于seqidno：11所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(g/t)；

所述的snp12表示該snp位點位于seqidno：12所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp13表示該snp位點位于seqidno：13所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(t/g)；

所述的snp14表示該snp位點位于seqidno：14所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp15表示該snp位點位于seqidno：15所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp16表示該snp位點位于seqidno：16所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp17表示該snp位點位于seqidno：17所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp18表示該snp位點位于seqidno：18所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp19表示該snp位點位于seqidno：19所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基m(a/c)；

所述的snp20表示該snp位點位于seqidno：20所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(a/t)；

所述的snp21表示該snp位點位于seqidno：21所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp22表示該snp位點位于seqidno：22所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp23表示該snp位點位于seqidno：23所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp24表示該snp位點位于seqidno：24所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp25表示該snp位點位于seqidno：25所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(t/g)；

所述的snp26表示該snp位點位于seqidno：26所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp27表示該snp位點位于seqidno：27所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp28表示該snp位點位于seqidno：28所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp29表示該snp位點位于seqidno：29所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp30表示該snp位點位于seqidno：30所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp31表示該snp位點位于seqidno：31所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp32表示該snp位點位于seqidno：32所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp33表示該snp位點位于seqidno：33所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp34表示該snp位點位于seqidno：34所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp35表示該snp位點位于seqidno：35所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp36表示該snp位點位于seqidno：36所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp37表示該snp位點位于seqidno：37所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp38表示該snp位點位于seqidno：38所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp39表示該snp位點位于seqidno：39所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp40表示該snp位點位于seqidno：40所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(t/a)；

所述的snp41表示該snp位點位于seqidno：41所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp42表示該snp位點位于seqidno：42所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp43表示該snp位點位于seqidno：43所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp44表示該snp位點位于seqidno：44所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp45表示該snp位點位于seqidno：45所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp46表示該snp位點位于seqidno：46所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(g/t)；

所述的snp47表示該snp位點位于seqidno：47所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp48表示該snp位點位于seqidno：48所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的48個snp位點所在的dna片段，其序列分別如seqidno：1～seqidno：48所示。

所述的48個snp位點可應用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象的評估。

所述的48個snp位點在制備試劑盒或檢測方法中的應用；所述試劑盒或檢測方法的用途為食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象的評估。

所述的dna片段在輔助進行評估食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象中的應用。

本發(fā)明相對于現有技術，具有如下的優(yōu)點及效果：

本發(fā)明采用生物信息技術的優(yōu)勢開發(fā)出能用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的snp標記，對于評估食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入水平，snp標記的應用可大大降低成本和簡化操作。snp標記應用可達到快速初篩和降低檢測成本的目的，從而促進食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的標準化進程。

附圖說明

圖1是群體1(58只中國恒河猴)、群體2(390只印度支那起源的食蟹猴)、群體3(37只馬來西亞/印度尼西亞食蟹猴)的恒河猴遺傳滲入評估(k＝2)。

圖2是logistic回歸模型預測有恒河猴遺傳滲入的食蟹猴感染食蟹猴瘧原蟲的發(fā)生率。

具體實施方式

下面結合實施例及附圖對本發(fā)明作進一步詳細的描述，但本發(fā)明的實施方式不限于此。

實施例1

1、實驗動物樣本

來自5個不同地理區(qū)域[柬埔寨，三寶顏(棉蘭老島，菲律賓)，南蘇門答臘(巴鄰旁，印度尼西亞)，毛里求斯和馬來西亞]的25只食蟹猴；390只印度支那地區(qū)起源的食蟹猴；58只中國恒河猴；37只馬來西亞/印度尼西亞食蟹猴。

2、動物血樣來源：藍島生物技術有限公司

3、snp的篩選過程

首先，從已有的23000個共同存在于印度和中國恒河猴中的snp進行篩選，利用生物信息學方法從中篩選出了384個頻率最高的snp。

然后，使用印度和中國恒河猴中共有的384個頻率最高的snp基因分型了分別來自5個不同地理區(qū)域[柬埔寨，三寶顏(棉蘭老島，菲律賓)，南蘇門答臘(巴鄰旁，印度尼西亞)，毛里求斯和馬來西亞]的25只食蟹猴，之后我們又從中挑選了48個頻率最高且僅存在于印度支那(柬埔寨)食蟹猴中而不存在于另外四個區(qū)域食蟹猴中的snp，構成了目標snp(admixturepanel)。

所述的48個snp位點為snp1、snp2、snp3、snp4、snp5、snp6、snp7、snp8、snp9、snp10、snp11、snp12、snp13、snp14、snp15、snp16、snp17、snp18、snp19、snp20、snp21、snp22、snp23、snp24、snp25、snp26、snp27、snp28、snp29、snp30、snp31、snp32、snp33、snp34、snp35、snp36、snp37、snp38、snp39、snp40、snp41、snp42、snp43、snp44、snp45、snp46、snp47、snp48；

所述的snp1表示該snp位點位于seqidno：1所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp2表示該snp位點位于seqidno：2所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp3表示該snp位點位于seqidno：3所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(t/a)；

所述的snp4表示該snp位點位于seqidno：4所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp5表示該snp位點位于seqidno：5所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp6表示該snp位點位于seqidno：6所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp7表示該snp位點位于seqidno：7所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp8表示該snp位點位于seqidno：8所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp9表示該snp位點位于seqidno：9所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp10表示該snp位點位于seqidno：10所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp11表示該snp位點位于seqidno：11所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(g/t)；

所述的snp12表示該snp位點位于seqidno：12所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp13表示該snp位點位于seqidno：13所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(t/g)；

所述的snp14表示該snp位點位于seqidno：14所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp15表示該snp位點位于seqidno：15所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp16表示該snp位點位于seqidno：16所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp17表示該snp位點位于seqidno：17所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp18表示該snp位點位于seqidno：18所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp19表示該snp位點位于seqidno：19所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基m(a/c)；

所述的snp20表示該snp位點位于seqidno：20所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(a/t)；

所述的snp21表示該snp位點位于seqidno：21所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp22表示該snp位點位于seqidno：22所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp23表示該snp位點位于seqidno：23所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp24表示該snp位點位于seqidno：24所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp25表示該snp位點位于seqidno：25所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(t/g)；

所述的snp26表示該snp位點位于seqidno：26所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp27表示該snp位點位于seqidno：27所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp28表示該snp位點位于seqidno：28所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp29表示該snp位點位于seqidno：29所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp30表示該snp位點位于seqidno：30所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp31表示該snp位點位于seqidno：31所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp32表示該snp位點位于seqidno：32所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp33表示該snp位點位于seqidno：33所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp34表示該snp位點位于seqidno：34所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp35表示該snp位點位于seqidno：35所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp36表示該snp位點位于seqidno：36所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp37表示該snp位點位于seqidno：37所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp38表示該snp位點位于seqidno：38所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(c/g)；

所述的snp39表示該snp位點位于seqidno：39所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp40表示該snp位點位于seqidno：40所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基w(t/a)；

所述的snp41表示該snp位點位于seqidno：41所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp42表示該snp位點位于seqidno：42所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(t/c)；

所述的snp43表示該snp位點位于seqidno：43所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的snp44表示該snp位點位于seqidno：44所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基s(g/c)；

所述的snp45表示該snp位點位于seqidno：45所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基y(c/t)；

所述的snp46表示該snp位點位于seqidno：46所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基k(g/t)；

所述的snp47表示該snp位點位于seqidno：47所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(a/g)；

所述的snp48表示該snp位點位于seqidno：48所示的核苷酸序列的第151位，并且該位置處核苷酸序列為簡并堿基r(g/a)；

所述的48個snp位點所在的dna片段，其序列分別如seqidno：1～seqidno：48所示。

4、分型及評估

利用這48個snp對三個群體(58只中國恒河猴、390只印度支那起源的食蟹猴、37只馬來西亞/印度尼西亞食蟹猴)進行分型，并用structure評估其恒河猴遺傳滲入比例。如圖1，結果顯示這些起源于印度支那地區(qū)的食蟹猴都有一定比例的恒河猴遺傳滲入，而在馬來西亞和印度尼西亞食蟹猴中則完全不存在。另外，如圖2及表1，驗證了食蟹猴的恒河猴遺傳滲入比例與感染瘧原蟲發(fā)生率的相關性。

表1不同恒河猴遺傳比例的食蟹猴的食蟹猴瘧原蟲感染率

上述實施例為本發(fā)明較佳的實施方式，但本發(fā)明的實施方式并不受上述實施例的限制，其他的任何未背離本發(fā)明的精神實質與原理下所作的改變、修飾、替代、組合、簡化，均應為等效的置換方式，都包含在本發(fā)明的保護范圍之內。

sequencelisting

<110>華南理工大學

<120>用于食蟹猴中恒河猴遺傳背景滲入現象評估的snp標記及其應用

<130>1

<160>48

<170>patentinversion3.5

<210>1

<211>301

<212>dna

<213>artificialsequence

<220>

<223>snp1位點所在的dna序列

<400>1

cttaagaaaatgactattttaagtaaatgagttgagaagctttagaagattttcttaaaa60

tgcaaaaataaaataaagaatgaagaacaatgaactgatgactaacatggagcacagaaa120

acaagtctaatgtaagaatgataagaattctccaggaacaaaacaaatgaacaacaacaa180

agaataaaagaatacaattgtaatacaaaaataaaatcagaaacaaaatcaccattcttt240

ttgctgaaaaataaaactctctcttagacacaattgaattgataaaaagcaaaattttgc300

a301

<210>2

<211>301

<212>dna

<213>artificialsequence

<220>

<223>snp2位點所在的dna序列

<400>2

ttgtgaaatgataggagacagaaacactacataacaacaatctttcacatctgtgaaacg60

taattcttcaaactactttcttatctgttaagtcataatgctcagcacaatattctgagg120

tgaatagaatatttccaccatgttttcctggcgtataaaacagcaaggtgaattatgcta180

tgaggctgtgaaggatgagagcagagggaggaaagaagacgactgacacttttagagctc240

ctagtatataatagattcatgttaggtacctataatcaataagcaaattgcttacaaatt300

c301

<210>3

<211>301

<212>dna

<213>artificialsequence

<220>

<223>snp3位點所在的dna序列

<400>3

tcagggaaaccatgctactccaaataaacacagagtcaattaaacatgtgcctttgatgt60

ggaaagctcaggacctccacactactcttctggggttaggtcagaggtaaaggtgcagat120

ggatacctccttccctgaggactctgcctatgacagtagcagtggttgttgcaacggtcc180

tttccccacggcccatgctgggttctggcaggcggtgttgcatgcttcctttgcaatgtg240

gatcgactacagcacacaggattaggatgggatgaagtcttaaaaaccatgtcttctagg300

c301

<210>4

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp4位點所在的dna序列

<400>4

ctggttgggaactgacactgtcccagctgtaactttccagactgcagtgcaccaggaagg60

cagcatttgctggagcagcttgtctctgaaggaggataaaaaaacatggggctgtggagg120

aaaggagggccctgccagctgatgggagtgctttgtggggaggtgcctccaccctcctct180

gcagtggctcttggcagcctccatctcagacactaatccctgggaacccagggggcacac240

tgggaagtagagagaaaacaaagtgaacagtttgagctaaacccaggtcagcaggtggct300

t301

<210>5

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp5位點所在的dna序列

<400>5

gattccaggtgtaccattctttccctggggaaagcagtcattcttcaaggcaagagatgc60

aagaatgagctcatgtcaaatgatattttctgatttttttcctccagatgtggggatcca120

aatcggatcttgtgcttttgggtgctaactctgagtcttcttcctttatatctaaatgac180

aatttgtggatcaatgaggatgtgtcaactagcaagattgaggacctggagggatgctct240

gtggaaactgctttaaaatcattcagagggagggcacagagctctggttctggtatgttc300

a301

<210>6

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp6位點所在的dna序列

<400>6

cacagtccaagtaacaaggatagcaccaacaataaacaattatgatattgtctttgttaa60

gccaaataaactgatctcattaatgtcaaaatatttatttcaatgctaaagttactattg120

aaccactaattgataataatgaaataatgtttgtagcactctgctgctgttcacttatca180

gcttagtgacacaacttaagtagcaaatctgattgcagttttcatgcttgctcttttttc240

aacagtagagggcagcacagctatttttaagtgtcttctttgggagccatttgtgtgtgc300

a301

<210>7

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp7位點所在的dna序列

<400>7

ctataacataaatatttaaaaatgaaataaacatgtcacagataacagtgatagctaatt60

tattgactcttgagtagcactttgcatggattatccaagttttaggaattttagggtctt120

aggcatatgtacattacttcatagcagtgagagcccttgttttaataaaaaggggtttgg180

tatagtcgtcggggggtactgtagttattgttttaaaatcttcctattttcccgtcagac240

tctatacagataaatataacaagtgaagtgagttcaccacctactaggtactggtgtgaa300

a301

<210>8

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp8位點所在的dna序列

<400>8

gctttaatgataaacacaattactattcagcatctcacatttaacccaaaattgggtctt60

ccttctgatggtagccttcatgaattggtaaatttattctctagattggagcaaaaatac120

ttgctttggcattggataataggcctcataaaagaattgagacttaaaagtagtaaaaag180

tgttaaatacatgattgcatggttttaaattttgcattgcaggctaacttcaattttttc240

tgcattgttaaggttaatgctttggataatcttggtcagacttctctacacagagctgct300

t301

<210>9

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp9位點所在的dna序列

<400>9

ttcagactatgcaggcttgtacacacacacacgcacacacacacacacacacacaccaca60

ccctgtaatgcatattggtcccatctgctcagatgcagatatcttcccctgggaactcct120

gtggcacatacgcccatgtttagacctgcacatgtgtgcccagtgactggacctggtaca180

ctgcatgaagtcctgcatgaagtttgctattcctagaggaatcccttcctaagcctggag240

cccccttatcccagaggaaagcctccagctcccgctcctacctgagagcagcagggaaag300

a301

<210>10

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp10位點所在的dna序列

<400>10

tacaacagttaagctaaactttgttggttcaatgcccaagatctggcctgagctttgtat60

ttggccgtctggttttccttcaccctcgtctttagctttcccagaggggaatagaaaact120

actgaagcagcctccaccagagctctctcttctttgataatgaaattccaatcagttttc180

tcagactgctgagaaatacagtcaaatgggagcatcctggggtgggtggaaaatacaaaa240

aacctgagactttaggcctctatctggaacaagtacagtagaggagccgaaaactccatg300

g301

<210>11

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp11位點所在的dna序列

<400>11

aatgaattgtactgcgtgaccttgggcaaatcaaatatggcacttcttcaatctataaca60

ttgtgataaatgtatctaaatggaattttatcaacttatacccagagtatatttcagtga120

agttcataccaatattctctggacccctgcgatctggaacctgcttccccagggagttag180

cactcttaccctcctctttgtccctgctccacaggtctgtctgggcaaaatcgtcaagtc240

aggtgacttctttttggagccatcccaccttactttccaactctgctttggtcttggaaa300

t301

<210>12

<211>301

<212>dna

<213>artificialsequence

<220>

<223>snp12位點所在的dna序列

<400>12

aatttactacatatattaccacatgttttcctgttatcttaaattgttagcaatatcttt60

atgaaaaattttgaggtcaggaattctccttaggcagagggaagatgtctgaagataaag120

acagcttaaagcagagaagataagcaatgggagtggggctccacctgaagacacaatggg180

caggcctattcctaaaagaccatcaggcagtcaggtaaggggctatgaaggagtatgtgt240

tctaggcaaaatgcaagattagtaaatttatcaaagtcagtacagaagaaattattttgt300

t301

<210>13

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp13位點所在的dna序列

<400>13

ttccgtcctgagttggttatctgttgcctttcagatctcttcactgccccctctatgcac60

atgcaaacttatttatccttattttatgcaatcgaattcacactttgacaaaatgattta120

acaacaaatgcttgcctaaggtaagatatatttgttttaaacagttttgtatctccttgt180

gacttcaaagagttagtagaattctaatttgctgaaagcatttcagatttcagatgagct240

gtggattagaaaagcatagtagaatgattcagttgccttggcaggaaaaattcacttaat300

t301

<210>14

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp14位點所在的dna序列

<400>14

cccagatctgcagccagtaaataatgaaatctggtttcctttccaggcagcttatcttca60

gaacctaggtgtttaacacctttgatagtgtctaaagcacctatcagaggacatgttacc120

ttgtgagtgcttaaaaatggcgatgatggtcgtcttttcatagttttctttattgtcatt180

gctgcttttttccagaacccagtttttagaaggctttgcctcttgacctcttcttaatgg240

gatccctgcatgaagtgacaagcagtggcacctgcttgcccagtagaacagccaccctgg300

g301

<210>15

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp15位點所在的dna序列

<400>15

gttttatcaatgtgtcaaccatctaactcttttattattattttgtggggggaatggtgc60

ttctctctaaattctgtatcttaccatagcctgaatatgagacagacctacacaaagcaa120

acactagtccaatccagtagcctcagcaagattctttgctggtttctgctgcaagatggc180

cagatttgctggttatctcagttgttaatggctatggtgcaactggtcccgatgggccct240

ttggggtcctgacatttctaccagagcacatgtacctggctttttgccccagtttcagca300

c301

<210>16

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp16位點所在的dna序列

<400>16

aaaggattctaaaaatgcaaacctgagagtgtgtgatgatgtagaatatattatcacatc60

acatatccagctttgctgaagaacagggtgttctacacaatacgaggcattgaatataat120

tgaatcctacgccaatactgatttgtttggcatttgagtctgatttcaagtgggaaaata180

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aaacaaattcatgaaattatatttactcttatttctgtcttagtcttggagagttgacgt300

t301

<210>17

<211>301

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<220>

<223>snp17位點所在的dna序列

<400>17

cgaaacgaactaacaaactccctcaaagcaagacacacccatctgttcaactgccagaca60

ctgttccaggcgctcgtacccaggtaaactggtagtgtcgcgcaggtcatttccagggac120

cttaccctggattcccctgctcgctcaggtctaagtccccagacaccccagtcccatcct180

cggctgttctagactccagaatgcgttccttagcgaaggctgagaaccttttaattcgct240

ctcagtcaacaccaaagaccctcaagcaaaggctggagctcccagccatcttcggaaaaa300

c301

<210>18

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp18位點所在的dna序列

<400>18

tgagctgtggctgcagtggccacatctccccatttcaagagaaccgtgcatcctgatttc60

aatttgtaaacattaaaaacatgatagacacagacaaaacacaactccaggcccacagcc120

aaccctctgggcaccatttggccaactccatacccttttcctttgctcctgtgctgtttt180

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acacagctttcatctccttccaggtaacaacagtgctggctgggagtaagtgatggtgcg300

c301

<210>19

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp19位點所在的dna序列

<400>19

tcataattataatgtggagacttgcatgtatatttttaaaagggtcaaatttagaaagct60

acagagcagagaaaataataagaaagagcgtttctgacttcgttgcaaggtagacaggca120

ggaagtctgcatttctgaagaagagggataatttaataacaacgtgatcctgacattcat180

tttcctcagcagggcttggtctttggattgacatctgaaatgccttccccatcactgaat240

gtgaaggtgtatgtcagagtagagggaaattatagcctgttatagagtgaggaacagaga300

t301

<210>20

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp20位點所在的dna序列

<400>20

tgtgtacacacacccatatattattaaaaatgaattatcatattagttttagactacatt60

atcaaactactattgctgaatacaaggtaagattatcaaataatgcaacatcacatatac120

agacacaccaacattggctaacaataacttatacatgtgaagttgtatgtaattatttta180

ttataatcataatgatataactcaaaatagtttgtaaaacaagttgtaataattgccttc240

aatatctgtgtttcattttggagaaaatattctttcttagtggtacccaaattattatta300

c301

<210>21

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp21位點所在的dna序列

<400>21

ttgtgatccctacctacaatgctgcattgataaaattgcctccttagggttttgacatag60

gaaatggaagtattagtgtgaatgtacagctaagcatctctctatcgagcctctccgtca120

gacaatggggggcctaagagcatagtgccgagtgatatgatcagcgatggctgaaatcag180

aagcaacttcaagtttgactgatcaaactgaattagttggctcaagatccagcagctagt240

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a301

<210>22

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp22位點所在的dna序列

<400>22

atctccacaacttgttctctagatgtctatacatagaagtagttgtacgagaaatcccat60

aactttactagaatttacctttatatggaagctgagacaagcactaggaatcttagtaaa120

tgtccttggtgactgccaataactttcctctaacttctgttcgttgatctatggtcctag180

ctaaccatgagagtatttctgacttttctctctgtcacgcatttcatatatctagtgaaa240

agagtgtgattgcaacatgatccattgcctcaaaacaggtgaccaggacttcccagaaat300

t301

<210>23

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp23位點所在的dna序列

<400>23

agcactgtaggtgtctctgccctcacaggggacgcctgcacaaggaggtgtgaaaagggc60

tctgcaggagcggggcctgggctggtgctcgctccctcccttcatcctacgccagttccc120

acgcctcttccggaaggagtgcccggccccacccggtgaatcagagcccaactctcctga180

caattggctgtcacttatttaactgccaccatccccaggagacagaaaatgccagagggg240

tggggcctgggcagtgcctcctcgctacttccccgggtaccgtgccacattgccttggtg300

c301

<210>24

<211>301

<212>dna

<213>artificialsequence

<220>

<223>snp24位點所在的dna序列

<400>24

tctgtcactatctgaaaagaaagaggctgtgggaaacacagaaatggtatgcattaataa60

ctgattataggctgaagagaaaaaaatgtagctgactgcaaacccagtgctgtgagggga120

cttgtatgaggttccaggtcaaagacaaaccgtgtgagccagtccagaagggtgtaagtt180

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c301

<210>25

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp25位點所在的dna序列

<400>25

gcagaaaactggcatcatgggcagggcctgggcagccttacagaggctctctcttattag60

aggctgcttttcaatggtcaaaaatgtggctccttggggtgctgggacaggagaaggtat120

cactgggggacttttctagggaaggaaatgttggtgcctagcggccacttcctgggtgaa180

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tccagacttctggcacgctcagcccatattattcacaatgacagctcctatattgagcac300

t301

<210>26

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp26位點所在的dna序列

<400>26

ttctcgcagacttcaaactgttaaaggtaactagaggtgactgaccaaattaggtcaggc60

aataaatgagaaatatgtttaatcttagcacgattttccactctgttttctgttttgttt120

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a301

<210>27

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp27位點所在的dna序列

<400>27

cttgcaaagacatataagctccatttcgcaagggtcattagaaacaactgaaaaaggaaa60

tattaaattggcaaagcgtacaggtctacaggagtcccctgtaccttcgatgtgaaggtt120

cagttaatatctggcatcatttcttgttttgaattttacaatttgcatcatgagaacact180

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aagccccaagatccagtgatcacacaggcccaggctaaacttcagcatcctgaaatcctc300

t301

<210>28

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp28位點所在的dna序列

<400>28

cacactcagtcagaaggactgagtggccctatgcattcagcatgtggcagagactataat60

ccatttattcaaaatgtctcatcttgcaaaaaattcaatttgagccatcattagattctt120

ccatacatttctaaatttgcctttatggcatctccattgtgaagtcttttataaagttct180

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a301

<210>29

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp29位點所在的dna序列

<400>29

ggaggaaatggccttggaatttttccttgcttttcactatgtcccccatagtgtttgtct60

aaaacagcaaaccccattgtattattgtgtccatgaccaagaggacagggatgccttttg120

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ccatgtgcctcagcctggctgccctgtaatgtcctcttcctggagccagtacatttccac240

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g301

<210>30

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp30位點所在的dna序列

<400>30

ctatactttgctttaccatctactatctcccaaaggcaacattctctttttctagaagaa60

aacagaatataaatccatatgaagcaaagagtcctgtccaaatctcaggacctgctcttc120

agagacaatagatcaccatcatttgttggaatgtttgatacttttgtggttcattcagag180

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attcagagatgcccttgcatagaattttgaggttgtgcaacccctcctctgccactcaca300

c301

<210>31

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp31位點所在的dna序列

<400>31

atgtggctggaagaccttaccatagtcttcttactgttcacaactgttattctaactcat60

tgtcactaggttcactaatatcaggtgggagaatcgaccctccctattgacaggtcatga120

cccccaaacagctcccctgggggatacagccgggtaatttggagcatattttctgactaa180

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ccatctgtggactgccggaagacctacaggcaaaggcaggatctgtcttctatacttctc300

a301

<210>32

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp32位點所在的dna序列

<400>32

attatagccagttctgcaggaaagtcataaacatattcaagtttgagaataattagttaa60

gcaacagcaaaaagttgggagaggatccagttagctgctctgactataaaatataaaata120

ttaacactgtgcttgaaatcaaactgaatacagcagtgtttttttaaaagcttcattttg180

attgccacagccccagacagggagtgagtgaggcaagtggaaagaagtatgttctccaca240

caggcatcagatctgctcaggaaaatgtgcgtgaggaacctggtgcagaagtactgccgg300

g301

<210>33

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp33位點所在的dna序列

<400>33

aaacaccctctggcaccagaagggctgggcaccagaaaactatgaagacacctggaggag60

gaaggatgcacaggggagattataggtcatccttgtggacaggtgagaatgtggtcagga120

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atggcaagatctttttcagaacttttttgtttcacattacagtgctgctactaaatcaat300

a301

<210>34

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp34位點所在的dna序列

<400>34

ctctcttgtttcaggccaacatgtttctggggaaggggcattgagttctttcacgcttca60

cagtggttgacagcaaagctggggacctctgacaaaagaattgcttttatttgcactcat120

gagatgggtctggaacactcaagaaaacctgtgactccaaacgctaccagctggagctgg180

gggactcccttccagagagcattgatggctctgaagggccatgggcagaccagtgagaga240

gacttaccagagatttttgcttttggaaatgaatctgatcttaaggaaaaggcaactgcc300

c301

<210>35

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp35位點所在的dna序列

<400>35

ggatggcaactcagatttagacaagtgtttttcccactttccataggcggtagatgtggc60

aaaaagatggccgtttaagagggctggagacagcctctgaccactcatagactgtatgat120

tatggtcaagacactgggaactttctgggccttgctccaccaccccttcataaaagaagt180

tgatgaagtgataaacaatagttcctcctcacttgtaattgtatcagaaaactgaagcta240

ttagggatcttaaagttcatctagccccagaatggcaattcagcattatcttagatactg300

a301

<210>36

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp36位點所在的dna序列

<400>36

gcttgaaaatactctctgtattccactctgatttcaaggttacctaatcttgttgagggt60

taaatttaaaaattttaaatcgaaaggtgtttgagtttgtatgttgtaggttattacaga120

gaaaaagccacttacactaagatttaaacgcgcaggaatatgggtatggcgtcttctaac180

gtggcctctctgtggcatgaaaaactgcacctgaaaacctggaaaacacgttcctaaata240

ccagttacacttgcgccctcactcactgtgcatgcccggggtcctgtgctgatgggcatt300

c301

<210>37

<211>301

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<220>

<223>snp37位點所在的dna序列

<400>37

atttcagggttcacattcatgaggtcaaagaactctgtggactgcaggaagccaagagaa60

tgaattcaaacatttccgggataatgtaaatttatcggcttaaaacagttttttcagtta120

ctttcataaataaacataacagccattgaacgtgctgttgcttactagtattacagaaac180

ataagagataaggattagtttgatttaagcagaaaagtgaacctggtctccatgtttctt240

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<220>

<223>snp38位點所在的dna序列

<400>38

aaaacttaaaaaacaaaaaaaaacaagtaataagctggggaaaatatttgtcactcctct60

cacaggcccagggggcagagctggttcctcctcacgtttttgttctgcctcctctttctt120

ctttgaggtgatctcggagcatcatacccaccttcaatcatgccgtgttgagtcggggag180

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cctcctctcttcatctcatgcatgaagaacaagaaataagatgttccatcacgataaata300

g301

<210>39

<211>301

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<220>

<223>snp39位點所在的dna序列

<400>39

gtgatgtcagggcatctctggaaattcagggaggggcaggggaaaggattgggaatccct60

tacgtatcgcttcccatttatacaggtggcagatgagtcagattctggctgctgtgttac120

ggagaagggaattgcctgtaactgagttgcaagtgctcgtacaaatgttaagcaggccag180

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t301

<210>40

<211>301

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<220>

<223>snp40位點所在的dna序列

<400>40

aaagcagggataaagagagacatataaatccattttgcttttaaaagaagagttaaagaa60

ctaaaattaaagaattatttctgtttagctctggttttctaatgtgatgactttatttct120

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gcagttcttgctggctcccagcaccactccattttcacccctgcagggctcagccccttg240

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<210>41

<211>301

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<220>

<223>snp41位點所在的dna序列

<400>41

gtcctgctgtgggaacagggcgccggccaggtggggcctgtagcccagggctgtcttcct60

gtcctggcaggcacattccctgagcccacactgatagcaaggttaagtggaccaacctca120

gggctgaggaggggctgtactcagtaactgcagttcttaaagatgtttctttggctccct180

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<210>42

<211>301

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<220>

<223>snp42位點所在的dna序列

<400>42

taaatcactacatctgacaaaggcgcacaaagcttacctacttttcctattatgcataat60

atattcagaatcatctatatagcatccgttatattcataatgatttggttaagtgctata120

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<210>43

<211>301

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<220>

<223>snp43位點所在的dna序列

<400>43

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cctcttccttcttcttatttctggttgtagttgaggtactgactctctgatctcagtgtt120

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<210>44

<211>301

<212>dna

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<220>

<223>snp44位點所在的dna序列

<400>44

cactcttcaattaaccggttcttcctcttgatttttgttattttgttagttacaacaaca60

tccatccaagcattcttacatgaaatcttggaatcatatcttctcctgtccttacattca120

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ttttctctctcaccaacctgattcaagacctcatcatttcctacctttctttaactaaac240

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<210>45

<211>301

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<220>

<223>snp45位點所在的dna序列

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tgcgccagccctacatttgttttcttaatagtagggaaaatatacatttatttcttttat120

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ttgcaatttgaacaaagcttggtgaatagtgagcacataaaaagcatattaggtgaaaga300

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<210>46

<211>301

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<223>snp46位點所在的dna序列

<400>46

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ccctgagtgtcccgagcactcaccaatggcaatgtggacagacagaacaggctgggccac120

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ctaaaggaaactgcccctcccacgcctgcccattggtacagggctagctcctggtcctca300

g301

<210>47

<211>301

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<220>

<223>snp47位點所在的dna序列

<400>47

tggttccagcagcaggacctcccactccacagtgctaggccaggacgttcagagccagtg60

tttcccaggtcattttccttcggtatactgtctgtctgaatttcccttcccaaatctgca120

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t301

<210>48

<211>301

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<220>

<223>snp48位點所在的dna序列

<400>48

ctccatacacattgtattatctaattctcacttattcatacaacatcccccatatttgct60

gccttgcaggtagtttggaaagctttggatccacagaaatgcacaactttactgcctact120

ccctcccctcccattgctgcataattcacaggcacttcccagtgctgatctggctgaccg180

taagccaccaataccgtgggctggaccacctaccttgtctatcaccatgacacaagcacc240

ctcagcacacacattcagttttatgtcagtgataccaaaggtggtaggaagaacaagtcg300

t301