本發(fā)明屬于分子檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一種專用于乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因的核酸序列的檢測(cè)試劑盒。
背景技術(shù):
乳腺癌是危害婦女健康的主要惡性腫瘤,全球每年約有120萬(wàn)名婦女患乳腺癌,50萬(wàn)人死于乳腺癌。在我國(guó)乳腺癌的平均死亡率為2.61/10萬(wàn),以沿海幾個(gè)城市的死亡率顯著偏高,城市的死亡率比農(nóng)村高出1.4倍。我國(guó)近幾年來其發(fā)病率呈逐年上升趨勢(shì),盡管臨床研究已經(jīng)取得了較大的進(jìn)步,但是其復(fù)發(fā)及轉(zhuǎn)移率仍然很高。近20年來,以手術(shù)為中心,化療、放療、內(nèi)分泌治療為輔助的多學(xué)科綜合治療模式得到長(zhǎng)足的發(fā)展,使乳腺癌的復(fù)發(fā)和死亡率顯著降低,但仍然缺乏有效的方法能夠較為準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)患者的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)并給予相應(yīng)的治療。
21基因復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估是一種根據(jù)21個(gè)基因聯(lián)合檢測(cè),通過一定公式計(jì)算復(fù)發(fā)分?jǐn)?shù)來判斷乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的方法。其由16個(gè)癌癥相關(guān)基因和5個(gè)參考基因組成。癌癥相關(guān)基因大體分為5類,分別為增殖相關(guān)基因(ki67、stk15、survivin、ccnb1和mybl2)、表皮生長(zhǎng)因子受體相關(guān)基因(grb7和her2)、激素相關(guān)基因(er、pgr、bcl2和scube2)、浸潤(rùn)相關(guān)基因(mmp11和ctsl2)和3個(gè)未分類基因(gstm1、cd68和bag1)。5個(gè)參考基因分別為actb、gapdh、rplpo、gus和tfrc。上述基因的選擇是根據(jù)癌癥相關(guān)文獻(xiàn)、微陣列數(shù)據(jù)資料、基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分子生物學(xué)資料選定250個(gè)基因作為候選基因。根據(jù)3個(gè)獨(dú)立的臨床試驗(yàn)共447例患者的研究結(jié)果,選取與遠(yuǎn)處復(fù)發(fā)顯著相關(guān)的基因,對(duì)250個(gè)候選基因進(jìn)一步篩選,最終確定了上述16個(gè)癌癥相關(guān)基因,并確定了5個(gè)管家基因作為參考基因。該項(xiàng)檢測(cè)適用于淋巴結(jié)陰性、雌激素受體陽(yáng)性且將來可能接受三苯氧胺治療的臨床i、ⅱ期乳腺癌患者。通過分析21個(gè)基因的表達(dá)來確定rs分值(0~100分),rs<18、18≤rs≤30、rs≥31分別為低、中、高?;颊?。2008年,《美國(guó)國(guó)立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(nccn)乳腺癌臨床實(shí)踐指南》指出,對(duì)于er陽(yáng)性、her2陰性、腋窩淋巴結(jié)陰性、腫瘤大小為0.6~1.0cm的中低分化或伴不良預(yù)后因素者,或腫瘤>1cm者,考慮應(yīng)用rs對(duì)患者行進(jìn)一步分析,對(duì)高危者予以術(shù)后輔助化療(2b類)。
實(shí)時(shí)熒光定量pcr技術(shù)(real-timequantitativepolymerasechainreaction簡(jiǎn)稱realtimepcr)是在定性pcr技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的核酸定量技術(shù),在pcr反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)pcr進(jìn)程,最后通過ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)樣品中的dna(或cdna)進(jìn)行定量檢測(cè)的方法。該技術(shù)不僅實(shí)現(xiàn)了對(duì)dna/rna模板的定量,而且具有靈敏度和特異性高、能實(shí)現(xiàn)多重反應(yīng)、自動(dòng)化程度高、無污染、成本低廉等特點(diǎn)。目前已有多種運(yùn)用定量pcr技術(shù)的試劑盒應(yīng)用于臨床疾病相關(guān)的病原體檢測(cè)、基因分型、突變研究等。
本發(fā)明利用熒光定量的優(yōu)點(diǎn),具有操作簡(jiǎn)便、特異性強(qiáng)、敏感性高、成本低廉及高通量等優(yōu)點(diǎn),采用熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)同時(shí)對(duì)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè),從而考慮是否需要輔助化療等臨床治療措施。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的是開發(fā)一種靈敏、準(zhǔn)確、操作簡(jiǎn)便的新型檢測(cè)試劑盒,實(shí)現(xiàn)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因快速檢測(cè),以彌補(bǔ)現(xiàn)有檢測(cè)方法的不足。
一種乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因檢測(cè)引物,包括seqidno.:1~42所示的核苷酸序列。
具體的引物擴(kuò)增信息如下:
(1)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因ki67基因的特異性引物,如seqidno:1和seqidno:2所示;
(2)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因stk15基因的特異性引物,如seqidno:3和seqidno:4所示;
(3)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因survivin基因的特異性引物,如seqidno:5和seqidno:6所示;
(4)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因ccnb1基因的特異性引物,如seqidno:7和seqidno:8所示;
(5)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因mybl2基因的特異性引物,如seqidno:9和seqidno:10所示;
(6)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因grb7基因的特異性引物,如seqidno:11和seqidno:12所示;
(7)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因her2基因的特異性引物,如seqidno:13和seqidno:14所示;
(8)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因er基因的特異性引物,如seqidno:15和seqidno:16所示;
(9)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因pgr基因的特異性引物,如seqidno:17和seqidno:18所示;
(10)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bcl2基因的特異性引物,如seqidno:19和seqidno:20所示;
(11)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因scube2基因的特異性引物,如seqidno:21和seqidno:22所示引物對(duì);
(12)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因mmp11基因的特異性引物,如seqidno:23和seqidno:24所示;
(13)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因ctsl2基因的特異性引物,如seqidno:25和seqidno:26所示引物對(duì);
(14)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因gstm1基因的特異性引物,如seqidno:27和seqidno:28所示引物對(duì);
(15)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因cd68基因的特異性引物,如seqidno:29和seqidno:30所示;
(16)擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bag1基因的特異性引物,如seqidno:31和seqidno:32所示;
(17)擴(kuò)增參考基因actb基因的特異性引物,如seqidno:33和seqidno:34所示;
(18)擴(kuò)增參考基因gapdh基因的特異性引物,如seqidno:35和seqidno:36所示;
(19)擴(kuò)增參考基因rplpo基因的特異性引物,如seqidno:37和seqidno:38所示;
(20)擴(kuò)增參考基因gus基因的特異性引物,如seqidno:39和seqidno:40所示;
(21)擴(kuò)增參考基因tfrc基因的特異性引物,如seqidno:41和seqidno:42所示。
一種乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因檢測(cè)試劑盒,該試劑盒中包括seqidno.:1~42所示的引物。
上述乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因檢測(cè)引物在乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估中的應(yīng)用在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。
一種乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因檢測(cè)方法,包括如下步驟:
(1)石蠟組織rna提??;
(2)逆轉(zhuǎn)錄;
(3)熒光定量pcr擴(kuò)增;
(4)結(jié)果分析:判斷復(fù)發(fā)預(yù)測(cè)風(fēng)險(xiǎn)具體按照如下標(biāo)準(zhǔn):低風(fēng)險(xiǎn):rs≤18;中風(fēng)險(xiǎn):18<rs<31;高風(fēng)險(xiǎn):rs≥31。
步驟(2)中,逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系為20μl,其中,模板rna11μl,rt酶1μl,ri酶1μl,dntp2μl,5×buffer4μl,隨機(jī)引物1μl;
逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)條件:42℃30min,95℃5min。
步驟(3)中,熒光定量pcr擴(kuò)增體系為:pcr反應(yīng)體系為20μl,其中2×mix10μl,上游與下游混合引物(10μmol/l)0.4μl,模板rna2μl,焦碳酸二乙酯(depc)處理水7.6μl;
熒光定量pcr反應(yīng)條件為:94℃20s,60℃15s,延伸72度15s,熒光采集點(diǎn)在60℃,反應(yīng)體積設(shè)置為20μl。
所述核酸序列由對(duì)16個(gè)癌癥相關(guān)基因和5個(gè)參考基因進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè)的21對(duì)引物組成。所述癌癥相關(guān)基因大體分為5類,分別為增殖相關(guān)基因(ki67、stk15、survivin、ccnb1和mybl2)、表皮生長(zhǎng)因子受體相關(guān)基因(grb7和her2)、激素相關(guān)基因(er、pgr、bcl2和scube2)、浸潤(rùn)相關(guān)基因(mmp11和ctsl2)和3個(gè)未分類基因(gstm1、cd68和bag1)。所述5個(gè)參考基因分別為actb、gapdh、rplpo、gus和tfrc。
有益效果:
(1)本發(fā)明利用熒光定量的優(yōu)點(diǎn),具有操作簡(jiǎn)便、特異性強(qiáng)、敏感性高、成本低廉及高通量等優(yōu)點(diǎn)。
(2)本發(fā)明所涉及的21對(duì)引物產(chǎn)出片段都在150bp以內(nèi),大大提高了石蠟標(biāo)本提取mrna逆轉(zhuǎn)錄后pcr的效率。
(3)本發(fā)明所涉及的21對(duì)引物在進(jìn)行pcr時(shí)其擴(kuò)增條件一致,將大大縮短了檢測(cè)實(shí)驗(yàn)時(shí)間。
采用熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)同時(shí)對(duì)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè),從而考慮是否需要輔助化療等臨床治療措施。該試劑盒及技術(shù)方法具有操作簡(jiǎn)便、特異性強(qiáng)、敏感性高、成本低廉及高通量等優(yōu)點(diǎn),通過熒光定量能實(shí)現(xiàn)快速檢測(cè)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因,為臨床治療提供參考。
附圖說明
圖1為2例乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因檢測(cè)電泳圖,在同一條件下均能擴(kuò)增出,且均沒有引物二聚體的形成。
圖2為1例乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因檢測(cè)的熒光定量pcr圖,其ct值在25-40之間,圖中橫坐標(biāo)為循環(huán)數(shù);縱坐標(biāo)為熒光值。
具體實(shí)施方式
根據(jù)下述實(shí)施例,可以更好地理解本發(fā)明。然而,本領(lǐng)域的技術(shù)人員容易理解,實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明,而不應(yīng)當(dāng)也不會(huì)限制權(quán)利要求書中所詳細(xì)描述的本發(fā)明。
實(shí)施例1:檢測(cè)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因檢測(cè)的基因的核酸序列。
21對(duì)特異性引物委托英濰捷基(上海)貿(mào)易有限公司合成:
seqidno:15′-cggactttgggtgcgactt-3′
seqidno:25′-ttacaactcttccactgggacgat-3′
seqidno:35′-gctagaggcatcatggaccga-3′
seqidno:45′-gaaggacacaagacccgctga-3′
seqidno:55′-agaactggcccttcttggagg-3′
seqidno:65′-tctatggggtcgtcatctggc-3′
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seqidno:115′-ccatctgcatccatcttgtt-3′
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seqidno:405′-cacatacggagcccccttgt-3′
seqidno:415′-gccaactgctttcatttgtg-3′
seqidno:425′-actcaggcccatttccttta-3′
實(shí)施例2:檢測(cè)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因檢測(cè)的方法。
儀器:roche
(1)石蠟組織rna提取試劑
石蠟組織rna的抽提按照qiagen生物公司生產(chǎn)的石蠟組織rna抽提試劑盒說明書提取,得到組織rna備用。
(2)逆轉(zhuǎn)錄,試劑購(gòu)自thermo公司
反應(yīng)體系為20μl體系,其中模板rna11μl,rt酶1μl,ri酶1μl,dntp2μl,5×buffer4μl,隨機(jī)引物1μl;反應(yīng)條件:42℃30min,95℃5min。
一個(gè)標(biāo)本制備3管。
(3)熒光定量pcr,試劑購(gòu)自thermo公司。
反應(yīng)體系為20μl,其中2×mix10μl,上游與下游混合引物(20μmol/l)0.4μl,模板rna2μl,焦碳酸二乙酯(depc)處理水7.6μl。
(a)配置反應(yīng)液:從-20℃冰箱取出試劑盒的各組分,室溫融化,放冰盒上備用。加樣前10分鐘之內(nèi),按檢測(cè)樣本數(shù)配置pcr反應(yīng)液xμl:
x=(10μl2×mix+0.4μl上下游引物+7.6μldepc水)×(n份樣本+1份空白對(duì)照)×2。
一對(duì)引物配制一管總反應(yīng)體系,振蕩混勻后,2000rpm離心5s,按每人份18μl分裝到96孔pcr反應(yīng)板中,每個(gè)標(biāo)本重復(fù)2次,傳至樣本制備區(qū)備用。
(b)加樣:向分裝好試劑的反應(yīng)孔中,分別加入模板2μl,空白對(duì)照孔加入2μl雙蒸水,加樣過程要求冰上操作。貼好封口膜,3000rpm離心30s,放入儀器進(jìn)樣槽。
(c)rt-pcr擴(kuò)增:roche
(d)結(jié)果分析,具體包括如下步驟:
roche
(3)根據(jù)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估公式,將步驟(2)所得的樣本的ct值代入公式并加以計(jì)算得出一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)值rs(復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分,從0至100范圍。),判斷復(fù)發(fā)預(yù)測(cè)風(fēng)險(xiǎn)具體按照如下標(biāo)準(zhǔn):
低風(fēng)險(xiǎn):rs≤18;中風(fēng)險(xiǎn):18<rs<31;高風(fēng)險(xiǎn):rs≥31
以下是10個(gè)標(biāo)本的檢測(cè)數(shù)據(jù),同時(shí)采用乳腺癌21基因檢測(cè)pcr芯片(購(gòu)自上海杏園生物科技有限公司?)做比較:
根據(jù)判斷標(biāo)準(zhǔn),就可預(yù)測(cè)出乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)程度,其中有3個(gè)低風(fēng)險(xiǎn),7個(gè)高風(fēng)險(xiǎn)。且與基因芯片檢測(cè)結(jié)果一致。
綜上所述,本發(fā)明利用熒光定量的優(yōu)點(diǎn),采用熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)同時(shí)對(duì)乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的21基因進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè);本試劑盒具有操作簡(jiǎn)便快捷、靈敏度和特異性高、穩(wěn)定、及時(shí)、操作方便等優(yōu)點(diǎn),能較好滿足乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的臨床應(yīng)用,能降低無效用藥,提高用藥準(zhǔn)確率,減少患者經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān),延長(zhǎng)患者生命作出一份貢獻(xiàn)。
sequencelisting
<110>溫州迪安醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司杭州迪安醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心有限公司
<120>一種乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估21基因檢測(cè)引物及其應(yīng)用
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<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因her2基因的上游引物
<400>13
cggtgtgagaagtgcagcaa20
<210>14
<211>19
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因her2基因的下游引物
<400>14
cctctcgcaagtgctccat19
<210>15
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>tgtccagccaccaaccagtg
<400>15
tgtccagccaccaaccagtg20
<210>16
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因er基因的下游引物
<400>16
ccctcctcttcggtcttttcg21
<210>17
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因pgr基因的上游引物
<400>17
gcatcaggctgtcattatgg20
<210>18
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因pgr基因的下游引物
<400>18
agtagttgtgctgcccttcc20
<210>19
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bcl2基因的的上游引物
<400>19
atcgccctgtggatgactgag21
<210>20
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bcl2基因的下游引物
<400>20
atgctggggccgtacagttc20
<210>21
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因scube2基因的上游引物
<400>21
tgacaatcagcacacctgcat21
<210>22
<211>23
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因scube2基因的下游引物
<400>22
tgtgactacagccgtgatcctta23
<210>23
<211>19
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因mmp11基因的上游引物
<400>23
cccagggccacatttggtt19
<210>24
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因mmp11基因的下游引物
<400>24
ggactggcttttcaccgtcgt21
<210>25
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因ctsl2基因的上游引物
<400>25
tgaaagcagtcgcaactgtgg21
<210>26
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因ctsl2基因的下游引物
<400>26
cgaatttgctccttcaaagcc21
<210>27
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因gstm1基因的上游引物
<400>27
gggacgctcctgattatgac20
<210>28
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因gstm1基因的下游引物
<400>28
gtgagccccatcaatcaagt20
<210>29
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因cd68基因的上游引物
<400>29
gcagcacagtggacattctcg21
<210>30
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因cd68基因的下游引物
<400>30
aactgaagctctgccccagg20
<210>31
<211>23
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bag1基因的上游引物
<400>31
cgttgtcagcacttggaatacaa23
<210>32
<211>24
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增癌癥相關(guān)基因bag1基因的下游引物
<400>32
gttcaacctcttcctgtggactgt24
<210>33
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因actb基因的上游引物
<400>33
ttccttcctgggcatggagtc21
<210>34
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因actb基因的下游引物
<400>34
ggtctttgcggatgtccacg20
<210>35
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因gapdh基因的上游引物
<400>35
acagtcagccgcatcttctt20
<210>36
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因gapdh基因的下游引物
<400>36
acgaccaaatccgttgactc20
<210>37
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因rplpo基因的上游引物
<400>37
gtgaggtcctccttggtgaa20
<210>38
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因rplpo基因的下游引物
<400>38
gtgaggtcctccttggtgaa20
<210>39
<211>21
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因gus基因的上游引物
<400>39
tcccacctagaatctgctggc21
<210>40
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因gus基因的下游引物
<400>40
cacatacggagcccccttgt20
<210>41
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因tfrc基因的上游引物
<400>41
gccaactgctttcatttgtg20
<210>42
<211>20
<212>dna
<213>artificialsequence
<220>
<223>擴(kuò)增參考基因tfrc基因的下游引物
<400>42
actcaggcccatttccttta20