專利名稱:用于鑒定、評估、預(yù)防和治療乳腺癌的組合物、試劑盒及方法
用于鑒定、評估、預(yù)防和治療乳腺癌的組合物、試劑盒及方
法
相關(guān)申請的交叉參考
本申請要求2003年5月四日提交的美國臨時申請?zhí)?0/474，281和2004年3月 23日提交的美國臨時申請?zhí)?0/555，557的權(quán)益，其內(nèi)容在此引入作為參考。
發(fā)明領(lǐng)域
本發(fā)明的領(lǐng)域是乳腺癌，包括乳腺癌的診斷、鑒定、處理和治療。
發(fā)明背景
在美國以及實際上在世界范圍內(nèi)報告的癌癥病例增加的數(shù)量都備受關(guān)注。當(dāng)前對于特定類型癌癥僅有少數(shù)幾種治療方法有效，并且無法提供絕對成功的保證.為使療效最好，這些治療方法不僅需要對惡性腫瘤早期檢測，還需要對惡性腫瘤的嚴(yán)重程度進(jìn)行可靠的評估.
乳腺癌是女性中第一位的致死原因，其發(fā)病率在過去三十年中在美國逐漸增力口.在1997年，估計在美國報道了 181，000個新病例，44，000人死于乳腺癌(Parker et al.，1997, CA Cancer J. Clin. 47 5-27 ；Chuet al.，1996, J. Nat. Cancer Inst.88 1571-1579)。盡管乳腺癌的發(fā)病機(jī)理還不清楚，正常的乳腺上皮轉(zhuǎn)化為惡性表型可能是由于遺傳因素，特別是在30歲以下的女性中更是如此(Miki et al. ,1994, Science, 266 66-71)。BRCAl和BRCA2的發(fā)現(xiàn)和鑒定最近擴(kuò)展了我們對于可以導(dǎo)致家族性乳腺癌的遺傳因素的了解.這兩個基因座內(nèi)的種系突變與50-85%的終生乳腺和/或卵巢癌風(fēng)險有關(guān) (Casey,1997,Curr. Opin. Oncol. 9 :88-93 ；Marcus et al.，1996,Cancer 77 :697-709)。但是，很可能其它的非遺傳因素也對該疾病的病因?qū)W具有顯著的影響.無論其來源如何，如果沒有在其進(jìn)展的早期被檢測到，乳腺癌的發(fā)病率和死亡率都顯著增加。因此，針對乳腺組織中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和腫瘤形成的早期檢測進(jìn)行了相當(dāng)多的努力。
目前，鑒定乳腺癌的主要方式是通過檢測致密的腫瘤組織的存在。這可以通過在乳腺外直接檢查或通過乳腺X線照像或其它X線成像方法而以不同的有效程度完成 (Jatoi，1999，Am. J. Surg. 177 :518-524)。但是，后一種方法常常付出一定代價。每次進(jìn)行乳腺X線照像，患者招致患乳腺腫瘤的小的風(fēng)險，該腫瘤由試驗過程中使用的輻射的離子化特性誘導(dǎo)。此外，該方法是昂貴的，技術(shù)人員的主觀解釋可以導(dǎo)致不準(zhǔn)確，如，一項研究表明，由一組進(jìn)行檢查的放射學(xué)家分別解釋的一組乳腺X線照片中，約三分之一有主要的臨床不一致。此外，很多女性發(fā)現(xiàn)進(jìn)行乳腺X線照像是痛苦的經(jīng)歷.因此，國家癌癥研究所不推薦對50歲以下的女性進(jìn)行乳腺X線照像，因為這組人群不象更年老的女性那樣容易發(fā)生乳腺癌。但是，必須注意到，盡管僅僅約22%的乳腺癌發(fā)生在50歲以下的女性，但數(shù)據(jù)表明，乳腺癌在絕經(jīng)前女性中更迅速發(fā)展。
因此，提供用于診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)測和治療與乳腺癌相關(guān)的疾病的特定方法和試劑，或者指出對所述疾病的易患病體質(zhì)以便采用預(yù)防措施是有益的.
發(fā)明概述[0010]本發(fā)明涉及癌標(biāo)記物(在下文中“標(biāo)記物”或“本發(fā)明的標(biāo)記物”)，其列于表1和表2中。本發(fā)明提供了核酸和由標(biāo)記物編碼或相當(dāng)于標(biāo)記物的蛋白(在下文中分別為“標(biāo)記物核酸”的“標(biāo)記物蛋白”)。本發(fā)明進(jìn)一步提供了與所述蛋白和/或該標(biāo)記物蛋白片段特異結(jié)合的抗體、抗體衍生物和抗體片段.
本發(fā)明也涉及用于診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)測和治療乳腺癌的各種方法、試劑和試劑盒。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種評估是否患者患乳腺癌或?qū)τ诎l(fā)展為乳腺癌具有較正常更高的危險的診斷方法，包括比較患者樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)水平和對照，如來自不患乳腺癌的患者中所述標(biāo)記物的正常表達(dá)水平.與正常水平比較，患者樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平提高表明所述患者患乳腺癌或具有發(fā)生乳腺癌的危險。
在另一種實施方案中，本發(fā)明提供了評估患者是否患有生長迅速的乳腺腫瘤或是否容易發(fā)生生長迅速的乳腺腫瘤，包括比較患者樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)水平和患有生長緩慢的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的受試者樣品中的標(biāo)記物表達(dá)水平。標(biāo)記物的表達(dá)水平升高可表明生長迅速的乳腺癌。
因此，本發(fā)明的方法可以用于鑒定發(fā)生乳腺癌的危險升高的患者(如具有乳腺癌家族史的患者、鑒定為具有突變的癌基因的患者)。該方法也是用于評估患者是否患有生長迅速的乳腺癌或是否容易發(fā)生生長迅速的乳腺癌的有用的診斷方法.
本發(fā)明的方法也可以用于預(yù)測乳腺癌的特定分期，以及評估癌癥是否轉(zhuǎn)移(如轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)).此外，本發(fā)明的方法也可以用于預(yù)測患有乳腺癌的患者，或進(jìn)行治療以根除乳腺癌的患者的臨床結(jié)局。此外，本發(fā)明的方法也用于評估乳腺癌患者的療效(如化療效果)·
根據(jù)本發(fā)明，選擇標(biāo)記物，以便本發(fā)明方法的陽性預(yù)測值為至少約10%，優(yōu)選約 25%，更優(yōu)選約50%以及最優(yōu)選約90%。本發(fā)明的以下實施方案也是優(yōu)選的，其中與正常非乳腺癌患者相比，在至少約15%的乳腺癌患者(如0期乳腺癌患者，I期乳腺癌患者，IIA 期乳腺癌患者，HB期乳腺癌患者，IIIA期乳腺癌患者，IIIB期乳腺癌患者，IV期乳腺癌患者，I級乳腺癌患者，II級乳腺癌患者，III級乳腺癌患者，惡性乳腺癌患者，導(dǎo)管癌乳腺癌患者，和小葉癌乳腺癌患者，以及任何其它類型的與乳腺相關(guān)的癌、惡性腫瘤和轉(zhuǎn)化)中所述標(biāo)記過量表達(dá)至少5倍。
一方面，提供了一種評估患者是否患乳腺癌的診斷方法(如，新的檢測“篩選”，復(fù)發(fā)的檢測，反射測定)。所述方法包括比較患者樣品中的至少一種表1所列的標(biāo)記物的表達(dá)水平和不具有乳腺癌的對照受試者中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平。與對照受試者中的水平相比，患者樣品中標(biāo)記物明顯更高的表達(dá)水平表明該患者患乳腺癌。
本發(fā)明也提供了用于評估患者是否患生長迅速的乳腺癌的診斷方法，包括步驟
確定患者樣品中至少一種標(biāo)記物的表達(dá)水平，其中所述標(biāo)記物選自表2中列出的標(biāo)記物；
確定具有生長緩慢的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者的樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平；和
比較患者樣品和對照受試者樣品中的標(biāo)記物表達(dá)水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中標(biāo)記物顯著更高的表達(dá)水平表明該患者患有生長迅速的乳腺癌或容易發(fā)生生長迅速的乳腺腫瘤?；颊邩悠泛蛯φ諛悠烽g表達(dá)無差異，或患者樣品中顯著更低的表達(dá)水平表明患者具有生長緩慢的乳腺癌。
本發(fā)明進(jìn)一步提供了用于評估患者是否患已經(jīng)轉(zhuǎn)移的或容易轉(zhuǎn)移的乳腺癌的診斷方法，該方法包括比較患者樣品中的至少一種表2所列的標(biāo)記物的表達(dá)水平和患有非轉(zhuǎn)移的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中顯著更高的表達(dá)水平表明乳腺癌已經(jīng)轉(zhuǎn)移或容易轉(zhuǎn)移.
在另一種實施方案中，本發(fā)明包括用于確定患者是否患已經(jīng)轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)或容易轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)的乳腺癌的診斷方法，該方法包括比較患者樣品中的表2所列的標(biāo)記物的表達(dá)水平和患有非轉(zhuǎn)移的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者樣品中的表達(dá)水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中顯著更高的表達(dá)水平表明乳腺癌已經(jīng)轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)或容易轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié).
本發(fā)明還提供了用于預(yù)測乳腺癌患者的臨床結(jié)局的方法，包括比較患者樣品中的至少一種表2所列的標(biāo)記物的表達(dá)水平和具有良好臨床結(jié)局的對照受試者(如具有大于5 年的無病存活水平的以前的乳腺癌患者)樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平。與對照受試者樣品中的表達(dá)水平相比，患者樣品中顯著更高的表達(dá)水平表明患者具有不良的結(jié)局(如小于三年的無病存活)。
本發(fā)明還提供了用于評估抑制患者中的乳腺癌的療效的方法。所述方法包括比較在給患者提供至少一部分治療之前從患者獲得的第一樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)和在提供該部分治療之后從患者獲得的第二樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá).相對于第一樣品，第二樣品中顯著更低的標(biāo)記物表達(dá)水平表明該治療對于抑制患者中的乳腺癌是有效的。
可以理解的是在這些方法中，所述“治療“可以是任何用于治療乳腺癌的療法，包括，但不限于，化療、放療、腫瘤組織的手術(shù)切除、基因治療和生物學(xué)治療如給予抗體及趨化因子。因此，本發(fā)明的方法可用于評估治療前、治療中和治療后的患者，例如，用于評估腫瘤負(fù)荷的減少。
在一個優(yōu)選實施方案中，所述方法涉及使用化學(xué)或生物試劑的治療。這些方法包括比較獲得自患者并且在存在化學(xué)或生物試劑條件下保持的第一樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)和獲得自患者并且在不存在所述試劑條件下保持的第二樣品中所述標(biāo)記物的表達(dá).相對于第一樣品，第二樣品中標(biāo)記物明顯更低的表達(dá)水平表明所述試劑能有效用于抑制患者中的乳腺癌。在某些實施方案中，所述第一和第二樣品可以是獲得自患者的單個樣品的部分或是獲得自患者的合并樣品的部分。
本發(fā)明還提供了用于評估患者中乳腺癌的進(jìn)展的監(jiān)測方法，該方法包括
在第一時間點檢測來自患者的樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)；
在后續(xù)的時間點重復(fù)表達(dá)步驟的檢測；和
比較在第一和第二個檢測步驟中檢測到的表達(dá)水平，從而監(jiān)測患者中乳腺癌的進(jìn)展。后續(xù)時間點時樣品中標(biāo)記物表達(dá)水平相對于第一時間點樣品中標(biāo)記物表達(dá)水平顯著更高，表明乳腺癌在患者中進(jìn)展，而顯著更低的表達(dá)水平表明乳腺癌消退.在一個實施方案中，在第一時間點和后續(xù)時間點之間患者進(jìn)行了手術(shù)以去除腫瘤。
本發(fā)明還提供了用于選擇抑制患者中的乳腺癌的候選組合物的方法。該方法包括以下步驟[0032]從患者獲得包含癌細(xì)胞的樣品；
在至少一種受試組合物的存在下分別保持至少一種來自患者的包含癌細(xì)胞的樣
比較每個等分樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)；和
選擇一種受試組合物作為用于抑制乳腺癌的候選組合物，其中相對于其它受試組合物存在下標(biāo)記物的表達(dá)水平，該組合物顯著降低至少一種本發(fā)明標(biāo)記物在含有受試組合物的等分樣品中的表達(dá)水平.
本發(fā)明還提供了用于評估化合物的致乳腺癌潛能的測試方法。該方法包括以下步驟在化合物存在或不存在的條件下保持乳腺細(xì)胞的分離的等分樣品；并且比較每個等分樣品中本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá).相對于不存在化合物的條件下保持的等分樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平，化合物存在的條件下標(biāo)記物的表達(dá)水平顯著更高，說明化合物具有致乳腺癌的潛能。
另外，本發(fā)明進(jìn)一步提供了抑制患者乳腺癌的方法。該方法包括以下步驟
從患者獲得包含癌細(xì)胞的樣品；
在受試組合物的存在下分別保持至少一種來自患者的包含癌細(xì)胞的樣品；
比較每個等分樣品中至少一種本發(fā)明標(biāo)記物的表達(dá)；和
鑒定一種組合物作為用于乳腺癌的抑制劑，其中相對于其它組合物存在下標(biāo)記物的表達(dá)水平，該組合物顯著降低本發(fā)明標(biāo)記物在含有組合物的等分樣品中的表達(dá)水平；和
給患者施用至少一種鑒定出的作為乳腺癌抑制劑的組合物。
根據(jù)本發(fā)明，例如，可以通過檢測樣品中以下物質(zhì)的存在而評估樣品中本發(fā)明的標(biāo)記物的表達(dá)水平
相應(yīng)的標(biāo)記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQID N0:4，SEQ ID NO 6, SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10，SEQ ID NO :12，SEQ ID NO :14，SEQ ID NO :16，SEQ ID NO 18, SEQ ID NO :20，SEQ ID NO :22，SEQ ID NO :24，SEQ ID NO :26，SEQ ID NO :28， SEQID NO 30,SEQ ID NO 32,SEQ ID NO 34,SEQ ID NO 36,SEQ IDNO 38,SEQ ID NO AO, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO :44，SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO 52，SEQ ID NO :54，SEQ ID NO :56，SEQ ID NO :58，SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQID NO 64,SEQ ID NO 66,SEQ ID NO 68,SEQ ID NO 70,SEQ IDNO 72,SEQ ID NO 74,SEQ ID NO 76, SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO 88, SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92，SEQ ID NO 94 和 SEQ ID NO 96)或蛋白的片段 (如，通過使用特異性結(jié)合于蛋白或蛋白片段的試劑，如抗體、抗體衍生物、抗體片段或單鏈抗體)；
相應(yīng)的標(biāo)記物核酸(如具有以下任一序列的核苷酸轉(zhuǎn)錄物(如SEQ IDNO :1，SEQ ID NO 3, SEQ ID N0:5，SEQ ID N0:7，SEQ ID N0:9，SEQ ID NO :11, SEQ ID NO :13, SEQ ID NO :15, SEQ ID NO :17, SEQID NO :19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ ID NO :25, SEQ IDNO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41，SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQ ID NO :51,SEQID NO :53,SEQ ID NO :55,SEQ ID NO :57,SEQ ID NO :59,SEQ IDNO :61, SEQ ID NO :63,SEQ ID NO :65,SEQ ID NO :67,SEQ ID NO :69,SEQ ID NO :71，SEQ ID NO 73，SEQ ID NO :75，SEQ ID NO -Jl, SEQ ID NO :79，SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQ ID NO 85, SEQID N0:87，SEQ ID NO 89, SEQ ID N0:91，SEQ ID NO :93 禾口 SEQ IDN0:95)，或其互補序列)，或核酸的片段(例如通過使獲得自樣品的轉(zhuǎn)錄的多核苷酸與固定了具有以下任一序列的全部或片段的一種或多種核酸的基質(zhì)相接觸(如SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :3， SEQ ID NO 5, SEQID NO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15， SEQ ID NO 17, SEQ ID NO :19，SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23，SEQ ID NO :25，SEQ ID NO 27，SEQ ID NO :29，SEQ ID NO :31，SEQID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ ID NO 39,SEQ IDNO 41,SEQ ID NO 43,SEQ ID NO 45,SEQ ID NO 47,SEQ ID NO 49,SEQ ID NO 51, SEQ ID NO :53，SEQ ID NO :55，SEQ ID NO :57，SEQ ID NO :59，SEQ ID NO :61，SEQ ID NO 63,SEQ ID NO 65,SEQID NO 67,SEQ ID NO 69,SEQ ID N0:71，SEQ ID NO 73,SEQ IDNO 75,SEQ ID NO 77,SEQ ID NO 79,SEQ ID N0:81，SEQ ID NO 83,SEQ ID NO 85,SEQ ID NO 87, SEQ ID NO :89，SEQ ID NO :91，SEQ ID NO :93，禾口 SEQ ID NO :95))，或其互補序列，或由相應(yīng)的標(biāo)記物蛋白直接產(chǎn)生(即，催化的)的代謝物。
根據(jù)本發(fā)明，使用或檢測多種(如，2、3、5或10或更多)乳腺癌標(biāo)記物，包括提供的本發(fā)明標(biāo)記物和本領(lǐng)域已知的其它乳腺癌標(biāo)記物的組合，執(zhí)行任一前述方法。在所述方法中，將樣品中多種標(biāo)記物的每一種標(biāo)記物的表達(dá)水平與獲得自對照的不患乳腺癌的人樣品中同類型多種標(biāo)記物的每一種標(biāo)記物的正常表達(dá)水平比較，多種標(biāo)記物中至少一種標(biāo)記物是本發(fā)明的標(biāo)記物。相對于標(biāo)記物的相應(yīng)正常或?qū)φ账?，樣品中一或多種本發(fā)明標(biāo)記物或它們某些組合的表達(dá)水平明顯改變(即，在上述使用單標(biāo)記物的方法中所規(guī)定的增加或減少)，表明患者患乳腺癌。對于所有前述方法，優(yōu)選選擇標(biāo)記物，以便該方法的陽性預(yù)測值為至少約10%。
在另一方面，本發(fā)明提供了與標(biāo)記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10，SEQ ID NO :12，SEQ ID NO 14, SEQ ID NO :16，SEQID NO :18，SEQ ID NO :20，SEQ ID NO :22，SEQ ID NO :24，SEQ IDNO 26,SEQ ID NO 28,SEQ ID NO 30,SEQ ID NO 32,SEQ ID NO 34,SEQ ID NO 36,SEQ ID NO 38, SEQ ID NO AO, SEQ ID NO :42，SEQ ID NO :44，SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48， SEQ ID NO 50, SEQID NO 52, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ IDNO :60， SEQ ID NO 62,SEQ ID NO:64，SEQ ID NO:66，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO:70，SEQ ID NO 72，SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO 84, SEQID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92，SEQ IDNO :94，和 SEQ ID NO 96)或蛋白片段特異性結(jié)合的抗體、抗體衍生物、或抗體片段。所述方法包括用包含標(biāo)記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白:SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO 8, SEQ ID NO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14，SEQ IDNO :16，SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO :24，SEQID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ IDNO 34, SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54， SEQ ID NO 56, SEQ ID NO :58，SEQID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO -M, SEQ ID NO 66，SEQ IDNO :68，SEQ ID NO :70，SEQ ID NO -J2, SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO 78, SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQID NO :90, SEQ ID NO :92，SEQID NO :94，禾口 SEQ ID NO 96)的完整序列，或 10 個或更多個
氨基酸的片段的蛋白或肽免疫哺乳動物，其中所述蛋白或肽可以獲得自細(xì)胞或通過化學(xué)合成獲得.本發(fā)明的方法也包括生產(chǎn)單克隆和單鏈抗體，其中可進(jìn)一步包括從免疫的哺乳動物中分離脾細(xì)胞，將分離的脾細(xì)胞與無限增殖化細(xì)胞系融合以形成雜交瘤，以及篩選那些能產(chǎn)生特異性結(jié)合標(biāo)記物蛋白或所述蛋白片段的抗體的各個雜交瘤。
在另一方面，本發(fā)明涉及各種診斷和測試試劑盒。在一個實施方案中，本發(fā)明提供一種用于評估患者是否患乳腺癌的試劑盒。在另一方面，所述試劑盒可以用于評估患者是否具有發(fā)生乳腺癌的危險。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發(fā)明標(biāo)記物表達(dá)的試劑。 在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種用于評估是否患生長迅速的乳腺癌的試劑盒。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發(fā)明標(biāo)記物表達(dá)的試劑.在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種用于評估化學(xué)或生物試劑抑制患者中的乳腺癌的適用性的試劑盒。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發(fā)明標(biāo)記物表達(dá)的試劑，并且也可以包含一種或多種所述這樣的化學(xué)或生物試劑.在更進(jìn)一步實施方案中，本發(fā)明提供了用于評估乳腺癌細(xì)胞存在或治療乳腺癌的試劑盒.所述試劑盒包含抗體、抗體衍生物或抗體片段，其特異性結(jié)合標(biāo)記物蛋白或所述蛋白的片段.所述試劑盒也可包含多種抗體、抗體衍生物或抗體片段，其中所述多種所述抗體試劑特異性結(jié)合標(biāo)記物蛋白或所述蛋白的片段。
在另外一個實施方案中，本發(fā)明也提供了一種用于評估乳腺癌細(xì)胞存在的試劑盒，其中所述試劑盒包含至少一種核酸探針，其特異性結(jié)合至少一種標(biāo)記物核酸或所述核酸的片段.所述試劑盒也可包含多種探針，其中每種探針特異性結(jié)合標(biāo)記物核酸或所述核酸的片段。
在另一方面，本發(fā)明涉及用于治療患乳腺癌或具有發(fā)生乳腺癌危險的患者的方法.上述方法可包含減少至少一種本發(fā)明標(biāo)記物表達(dá)和/或干擾其生物學(xué)功能。在一個實施方案中，所述方法包含提供給患者標(biāo)記物核酸或其片段的反義寡核苷酸或互補多核苷酸。例如，通過載體遞送提供給患者反義多核苷酸，所述載體表達(dá)標(biāo)記物核酸或其片段的反義多核苷酸。在另一個實施方案中，所述方法包含提供給患者抗體、抗體衍生物或抗體片段，其特異性結(jié)合標(biāo)記物蛋白或所述蛋白的片段.在一個優(yōu)選實施方案中，所述抗體、抗體衍生物或抗體片段特異性結(jié)合具有以下序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 8, SEQ ID NO 10, SEQ ID NO 12，SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30,SEQ ID NO 32,SEQ IDNO 34,SEQ ID NO 36,SEQ ID NO 38,SEQ ID NO 40,SEQ ID NO 42, SEQ ID NO :44，SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO 54,SEQ ID NO 56,SEQ ID NO 58,SEQID NO 60,SEQ ID N0:62，SEQ ID NO 64,SEQ ID NO 66, SEQ IDNO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO 76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88， SEQ ID NO 90, SEQ ID NO :92，SEQID NO :94，禾口 SEQ ID NO :96，或所述蛋白的片段·
可以理解的是本發(fā)明的方法和試劑盒也可包括已知的癌標(biāo)記物，包括已知的乳腺癌標(biāo)記物?？筛M(jìn)一步理解所述方法和試劑盒可用于鑒定除乳腺癌之外的其它癌癥。
本發(fā)明的另一方面涉及編碼標(biāo)記物蛋白或標(biāo)記物多核苷酸，如標(biāo)記物蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一個優(yōu)選實施方案中，分離的核酸分子編碼具有以下氨基酸序列的標(biāo)記物多肽:SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10， SEQ ID NO 12, SEQID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ IDNO 22， SEQ ID NO 24, SEQ ID NO :26，SEQ ID NO :28，SEQ ID NO :30，SEQ ID NO :32，SEQ ID NO 34，SEQ ID NO :36，SEQ ID NO :38，SEQ ID NO :40，SEQ ID NO :42，SEQ ID NO :44，SEQ ID NO 46, SEQID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54，SEQ IDNO :56，SEQ ID NO 58, SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO :64，SEQ ID NO :66，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO 70, SEQ ID NO -J2, SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80， SEQID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ IDNO 90, SEQ ID NO :92， SEQ ID N0:94和SEQ ID NO :96。在另一實施方案中，本發(fā)明提供分離的標(biāo)記物核酸分子， 其具有以下任一序列所示的核苷酸序列:SEQ ID NO :1, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQID NO 7, SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11, SEQ ID NO 13，SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 17, SEQ ID NO 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23，SEQ ID NO :25，SEQ ID NO :27，SEQ ID NO :29，SEQ ID NO 31, SEQID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ ID NO :39，SEQ IDNO :41，SEQ ID NO 43, SEQ ID NO :45，SEQ ID NO :47，SEQ ID NO :49，SEQ ID NO :51，SEQ ID NO :53， SEQ ID NO 55, SEQ ID NO :57，SEQ ID NO :59，SEQ ID NO :61，SEQ ID NO :63，SEQ ID NO 65，SEQID NO 67,SEQ ID NO 69,SEQ ID N0:71，SEQ ID NO 73,SEQ IDNO 75,SEQ ID NO: 77，SEQ ID NO :79，SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQ ID NO :85，SEQ ID NO :87，SEQ ID NO 89, SEQ ID N0:91，SEQ ID N0:93，或SEQ ID NO :95。在另一實施方案中，本發(fā)明提供與以下序列所示的核苷酸序列基本等同的核酸分子(如天然存在的等位基因變體)SEQ ID NO :1, SEQ ID N0:3，SEQ ID N0:5，SEQ ID N0:7，SEQ ID N0:9，SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 13，SEQ ID NO: 15，SEQID NO: 17，SEQ ID NO: 19，SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23, SEQ IDNO 25，SEQ ID NO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41，SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQID NO :51，SEQ ID NO :53, SEQ ID NO :55, SEQ ID NO :57, SEQ IDNO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO :63, SEQ ID NO :65, SEQ ID NO :67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO :71， SEQ ID NO :73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77, SEQ ID NO :79, SEQ ID NO :81，SEQ ID NO 83，SEQID NO :85, SEQ ID NO :87, SEQ ID NO :89, SEQ ID NO :91，SEQ IDNO :93，或 SEQ ID NO :95。在其它實施方案中，本發(fā)明提供在此處描述的嚴(yán)格雜交條件下與包含以下核苷酸序列的核酸分子雜交的核酸分子SEQ ID NO :1, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :7， SEQ ID NO 9,SEQ ID N0:11，SEQ ID NO 13,SEQ ID NO 15,SEQID NO 17,SEQ ID NO :19， SEQ ID NO 21, SEQ ID NO :23，SEQ IDNO :25，SEQ ID NO :27，SEQ ID NO :29，SEQ ID NO 31，SEQ ID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ ID NO :39，SEQ ID NO :41，SEQ ID NO 43,SEQ ID NO 45,SEQ ID NO 47,SEQ ID NO 49,SEQID N0:51，SEQ ID NO 53,SEQ ID NO 55, SEQ ID NO 57, SEQ IDNO 59, SEQ ID N0:61，SEQ ID NO 63, SEQ ID N0:65，SEQ ID NO 67, SEQ ID NO :69，SEQ ID NO :71，SEQ ID NO :73，SEQ ID NO :75，SEQ ID NO -Jl, SEQ ID NO 79,SEQ ID N0:81，SEQ ID NO 83,SEQID NO 85,SEQ ID NO 87,SEQ ID NO 89,SEQ ID NO 91, SEQ IDNO :93 JPSEQ ID NO :95，其中所述核酸編碼全長標(biāo)記物蛋白或其活性片段。
在一個相關(guān)的方面，本發(fā)明進(jìn)一步提供了包含此處描述的標(biāo)記物核酸分子的核酸構(gòu)建體。在某些實施方案中，本發(fā)明的核酸分子與天然或異源調(diào)節(jié)序列操作性連接。還包括包含本發(fā)明的標(biāo)記物核酸分子的載體和宿主細(xì)胞，如適于生產(chǎn)多肽的載體和宿主細(xì)胞.
在另一個相關(guān)的方面，本發(fā)明提供了適于作為用于檢測編碼標(biāo)記物的核酸的引物或雜交探針的核酸片段。
在另一個相關(guān)的方面，提供了反義于編碼標(biāo)記物的核酸分子的分離的核酸分子。
在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了標(biāo)記物多肽，如具有以下序列所示氨基酸序列的標(biāo)記物多肽:SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ IDNO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10， SEQ ID NO 12, SEQ ID NO :14，SEQ ID NO :16，SEQ ID NO :18，SEQ ID NO :20，SEQ ID NO 22，SEQ ID NO :24，SEQ ID NO :26，SEQ ID NO :28，SEQ ID NO :30，SEQID NO :32，SEQ ID NO 34,SEQ ID NO 36,SEQ ID NO 38,SEQ IDNO 40,SEQ ID NO 42,SEQ ID NO 44,SEQ ID NO 46, SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54，SEQ ID NO :56，SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO :64，SEQID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70,SEQ ID NO 72,SEQ IDNO 74,SEQ ID NO 76,SEQ ID NO 78,SEQ ID NO 80,SEQ ID NO 82, SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92， SEQ ID NO :94，和SEQ ID NO 96 ；與以下序列所示氨基酸序列基本等同的氨基酸序列SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQID NO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10，SEQ ID NO :12，SEQ ID NO 14, SEQ ID NO :16，SEQ ID NO :18，SEQ ID NO :20，SEQ ID NO :22，SEQ ID NO :24，SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ IDNO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54，SEQ ID NO :56，SEQ ID NO :58，SEQ ID NO :60， SEQ ID NO 62, SEQ ID NO :64，SEQID NO :66，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :70，SEQ ID NO 72，SEQ IDNO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO 84, SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92，SEQ ID NO :94，and SEQ ID NO :96 ；或由具有與包含以下核苷酸序列的核酸分子在此處描述的嚴(yán)格雜交條件下雜交的核苷酸序列的核酸分子編碼的氨基酸序列SEQ ID NO :1, SEQ ID NO :3，SEQID NO 5，SEQ ID NO 7, SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15，SEQ ID NO 17，SEQ ID NO :19，SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23，SEQ ID NO :25，SEQ ID NO :27，SEQ ID NO 29, SEQID NO :31，SEQ ID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ IDNO :39，SEQ ID NO 41, SEQ ID NO :43，SEQ ID NO :45，SEQ ID NO :47，SEQ ID NO :49，SEQ ID NO :51，SEQ ID NO 53, SEQ ID NO :55，SEQ ID NO :57，SEQ ID NO :59，SEQ ID NO :61，SEQ ID NO :63， SEQID NO 65,SEQ ID NO 67,SEQ ID NO 69,SEQ ID N0:71，SEQ IDNO 73,SEQ ID NO :75， SEQ ID NO77,SEQ ID NO :79，SEQ ID NO:81，SEQ ID NO :83，SEQ ID NO:85，SEQ ID NO 87，SEQ ID NO :89，SEQ ID NO :91，SEQ ID NO :93，禾口 SEQ ID NO :95，其中所述核酸編碼全長標(biāo)記物蛋白或其活性片段。
在一個相關(guān)的方面，本發(fā)明進(jìn)一步提供了包含此處描述的多肽分子的蛋白或肽構(gòu)建體.在某些實施方案中，本發(fā)明的標(biāo)記物多肽或片段與天然或異源非標(biāo)記物多肽序列操作性連接以形成融合蛋白序列。
在另一方面，本發(fā)明涉及與標(biāo)記物多肽反應(yīng)，或更優(yōu)選與標(biāo)記物多肽特異性或選擇性結(jié)合的抗體及其抗原結(jié)合片段。[0059]發(fā)明詳述
本發(fā)明涉及新發(fā)現(xiàn)的列于表1的與乳腺細(xì)胞的癌狀態(tài)相關(guān)的乳腺癌標(biāo)記物。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)這些標(biāo)記物的任一個或這些標(biāo)記物組合表達(dá)水平高于它們正常表達(dá)水平，與患者中乳腺癌相關(guān).此外，本發(fā)明還涉及新發(fā)現(xiàn)的列于表2的與乳腺細(xì)胞的癌狀態(tài)相關(guān)的乳腺癌標(biāo)記物。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)這些標(biāo)記物的任一個或這些標(biāo)記物組合表達(dá)水平高于它們正常表達(dá)水平， 與患者中乳腺癌的生長迅速相關(guān)。
提供了用于檢測樣品中乳腺癌存在、樣品中乳腺癌不存在、乳腺癌分期、評估乳腺癌是否轉(zhuǎn)移、預(yù)測乳腺癌患者的臨床結(jié)局，以及檢測與在患者中預(yù)防、診斷、鑒定和治療乳腺癌相關(guān)的乳腺癌其它特征的方法。也提供了治療乳腺癌的方法.
表1列出了與非乳腺癌患者樣品(如非乳腺癌患者樣品、非癌性乳腺細(xì)胞、其它非乳腺癌患者樣品)相比，在乳腺癌患者樣品中超量表達(dá)的本發(fā)明的標(biāo)記物。表1列出了在篩選乳腺癌的存在中特別有用的標(biāo)記物(“篩選標(biāo)記物”).表2列出了與正常樣品(如結(jié)局好的乳腺癌患者樣品、非乳腺癌患者樣品、非癌性乳腺細(xì)胞)相比，在結(jié)局差的乳腺癌患者樣品中超量表達(dá)的本發(fā)明的標(biāo)記物。表2列出了在評估乳腺癌分期中特別有用的標(biāo)記物 (“分期標(biāo)記物”)。表1和表2提供了由每個標(biāo)記物編碼或相應(yīng)于每個標(biāo)記物的核苷酸轉(zhuǎn)錄物的cDNA序列和蛋白的氨基酸序列的序列表標(biāo)識符.表1鑒別了本發(fā)明的標(biāo)記物(SEQ ID NOS :1-66)，表2鑒別了本發(fā)明的標(biāo)記物(SEQ ID NOS :67-96)，給它們指定了名稱(“標(biāo)記物”)，如果可行，基因的名稱(“基因名稱”)通常是通過由標(biāo)記物編碼或相應(yīng)于標(biāo)記物的核苷酸轉(zhuǎn)錄物的cDNA序列的序列表標(biāo)識符(“SEQ IDNO(nts)”)、由核苷酸轉(zhuǎn)錄物編碼的蛋白的氨基酸序列的序列表標(biāo)識符(“SEQ ID NO(AAs) ”)、和蛋白編碼序列在cDNA序列中的位置(“CDS”)而了解的。
表1.乳腺癌篩選標(biāo)記物
權(quán)利要求
1.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于評估患者是否患有乳腺癌的試劑盒中的用途，其中患者是否患有乳腺癌是通過以下步驟評估的a)用所述試劑確定患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；c)比較患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與對照樣品中的表達(dá)水平相比，患者樣品中更高的標(biāo)記物表達(dá)水平表明患者患有乳腺癌，并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
2.權(quán)利要求
1的用途，其中對照樣品是來自具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者的樣品。
3.權(quán)利要求
1的用途，其中對照樣品包含來自非癌癥患者的乳腺細(xì)胞。
4.權(quán)利要求
2的用途，其中用具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者群體的表達(dá)水平平均值預(yù)先確定對照樣品中的表達(dá)水平。
5.權(quán)利要求
1的用途，其中所述患者樣品包含獲得自患者的細(xì)胞。
6 權(quán)利要求
1的用途，其中所述患者樣品包含液體，所述液體選自血液、淋巴液、囊液、 乳頭穿剌液和收集自腫塊活檢物的液體。
7.權(quán)利要求
1的用途，其中所述標(biāo)記物相應(yīng)于分泌的蛋白。
8.權(quán)利要求
1的用途，其中所述標(biāo)記物包含轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分。
9.權(quán)利要求
1的用途，其中所述試劑選自抗體、抗體衍生物和抗體片段。
10.權(quán)利要求
8的用途，其中轉(zhuǎn)錄的多核苷酸是mRNA或cDNA。
11.權(quán)利要求
1的用途，其中通過檢測樣品中在嚴(yán)格雜交條件下與核酸標(biāo)記物退火的轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分的存在而評估標(biāo)記物的表達(dá)水平。
12.權(quán)利要求
1的用途，其中患者樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平與對照樣品中的表達(dá)水平有因數(shù)為至少約2或至少約5的差異。
13.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于評估患者是否患有已經(jīng)轉(zhuǎn)移或容易轉(zhuǎn)移的乳腺癌的試劑盒中的用途，其中患者是否患有已經(jīng)轉(zhuǎn)移或容易轉(zhuǎn)移的乳腺癌是通過以下步驟評估的a)用所述試劑確定患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；和c)比較患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與對照樣品中的標(biāo)記物表達(dá)水平相比，患者樣品中更高的標(biāo)記物表達(dá)水平表明患者患有已經(jīng)轉(zhuǎn)移或容易轉(zhuǎn)移的乳腺癌；并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
14.權(quán)利要求
13的用途，其中對照樣品是來自具有未轉(zhuǎn)移的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者的樣品。
15.權(quán)利要求
13的用途，其中所述評估表明患者是否患有已經(jīng)轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)或者容易轉(zhuǎn)移到淋巴結(jié)的轉(zhuǎn)移性乳腺癌。
16.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于預(yù)測乳腺癌患者的臨床結(jié)局的試劑盒中的用途，其中乳腺癌患者的臨床結(jié)局是通過以下步驟預(yù)測a)用所述試劑確定患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；和c)比較患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與對照樣品中的標(biāo)記物表達(dá)水平相比，患者樣品中更高的標(biāo)記物表達(dá)水平表明患者具有不良的臨床結(jié)局；并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
17.權(quán)利要求
16的用途，其中對照樣品是來自具有未轉(zhuǎn)移的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者的樣品。
18.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于監(jiān)測患者中乳腺癌的進(jìn)展的試劑盒中的用途，其中患者中乳腺癌的進(jìn)展是通過以下步驟監(jiān)測的a)用所述試劑確定第一時間點的患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定后續(xù)時間點的患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；c)比較第一時間點的患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和后續(xù)時間點的患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平，其中第一時間點的患者樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平與后續(xù)時間點的患者樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平相比的改變表明乳腺癌的進(jìn)展或消退； 并且其中標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
19.權(quán)利要求
18的用途，其中所述標(biāo)記物相應(yīng)于分泌的蛋白。
20.權(quán)利要求
18的用途，其中所述標(biāo)記物包含轉(zhuǎn)錄的多核苷酸或其部分。
21.權(quán)利要求
18的用途，其中所述患者已經(jīng)在第一時間點和后續(xù)時間點之間進(jìn)行了去除腫瘤的手術(shù)。
22.權(quán)利要求
18的用途，其中所述患者樣品包含獲得自患者的細(xì)胞或液體，所述液體選自血液、淋巴液、囊液、乳頭穿剌液和收集自腫塊活檢物的液體。
23.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于評估受試化合物抑制患者中乳腺癌的有效性的試劑盒中的用途，其中受試化合物抑制患者中乳腺癌的有效性是通過以下步驟評估的a)用所述試劑確定獲得自患者并且暴露于受試化合物的第一樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定獲得自患者的第二樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平，其中所述第二樣品不暴露于受試化合物；c)比較第一樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和第二樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與第二樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平相比，第一樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平更低，表明受試化合物可以有效抑制患者中的乳腺癌，并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
24.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于評估一種治療對抑制患者中乳腺癌的有效性的試劑盒中的用途，其中一種治療對抑制患者中乳腺癌的有效性是通過以下步驟評估的a)用所述試劑確定患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；c)比較患者樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和對照樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與對照樣品中的標(biāo)記物表達(dá)水平相比，患者樣品中更低的標(biāo)記物表達(dá)水平表明該治療可以有效抑制患者中的乳腺癌；并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
25.用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑在制備用于評估受試組合物對乳腺細(xì)胞的致癌潛力的試劑盒中的用途，其中受試組合物對乳腺細(xì)胞的致癌潛力是通過以下步驟評估的a)用所述試劑確定獲得自患者并且暴露于受試組合物的第一樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平；b)用所述試劑確定獲得自患者的第二樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平，其中所述第二樣品不暴露于受試化合物；c)比較第一樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平和第二樣品中標(biāo)記物M708的表達(dá)水平； 其中與第二樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平相比，第一樣品中標(biāo)記物的表達(dá)水平更高，表明受試組合物具有致癌潛力，并且其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
26.評估患者是否患有乳腺癌的試劑盒，該試劑盒包含用于評估標(biāo)記物M708的表達(dá)的試劑，其中所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO :75的核酸序列和SEQ ID NO :76的氨基酸序列。
27.評估乳腺癌細(xì)胞的存在的試劑盒，該試劑盒包含至少一種核酸探針，其中所述探針特異性結(jié)合于相應(yīng)于標(biāo)記物M708的轉(zhuǎn)錄的多核苷酸，所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
28.評估乳腺癌細(xì)胞的存在的試劑盒，該試劑盒包含至少一種抗體，其中所述抗體特異性結(jié)合于相應(yīng)于標(biāo)記物M708的蛋白，所述標(biāo)記物M708相應(yīng)于SEQ ID NO 75的核酸序列和 SEQ ID NO 76的氨基酸序列。
專利摘要
本發(fā)明涉及與乳腺癌相關(guān)的核酸分子和蛋白。也提供了用于檢測，鑒定，預(yù)防和治療人乳腺癌的組合物，試劑盒及方法。
文檔編號G01N33/574GKCN1839205 B發(fā)布類型授權(quán) 專利申請?zhí)朇N 200480022456
公開日2012年5月16日 申請日期2004年5月26日
發(fā)明者B·O·戈爾巴切瓦, D·L·安德森, D·福特, J·E·莫哈漢, K·格拉特, M·甘納瓦拉普, M·默滕斯, R·施萊格爾, S·卡馬特卡, S·赫爾施, W·O·恩德格, X·趙, Y·徐 申請人:千年藥品公司導(dǎo)出引文BiBTeX, EndNote, RefMan專利引用 (1),