1.一組基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)檢測遺傳性耳聾的探針,其特征在于,所述的探針序列如下所示:
GJB2-512N:5’-ACAAGGCCAGGCGTTGCACTT-3’;
GJB2-512M:5’-AAGGCCAGGCGTTCGTTGCAC-3’;
GJB2-299N:5’-CTTCTTCTCATGTCTCCGGTA-3’;
GJB2-299M:5’-TCTTCTTCTCGTCTCCGGTAG-3’;
GJB2-235N:5’-ATCAGCTGCAGGGCCCATAGC-3’;
GJB2-235M:5’-TCAGCTGCAGGCCCATAGC-3’;
GJB2-176N:5’-TAGCACACGTTCTTGCAGCCT-3’;
GJB2-176M:5’-TAGTGATCGTAGCTGGCTGCA-3’;
GJB2-109N:5’-CAGCCACAACGAGGATCAT-3’;
GJB2-109M:5’-CAGCCACAATGAGGATCAT-3’;
GJB2-35N:5’-TTAGTTCACACCCCCCAGGA-3’;
GJB2-35M:5’-TTAGTTCACACCCCCAGGAT-3’;
GJB3-538N:5’-TACATTGCCCGACCTACCG-3’;
GJB3-538M:5’-TACATTGCCTGACCTACCG-3’;
SLC-754N:5’-GGAGTTCTCTCTATTATCT-3’;
SLC-754M:5’-GGAGTTCTCCCTATTATCT-3’;
SLC-7-2N:5’-GTTTTATTTCAGACGATAATT-3’;
SLC-7-2M:5’-GTTTTATTTCGGACGATAATT-3’;
SLC-1174N:5’-GGGATCAGCAACATCTTCT-3’;
SLC-1174M:5’-GGGATCAGCTACATCTTCT-3’;
SLC-1226N:5’-GCTCTTTCCCGCACGGCCGTC-3’;
SLC-1226M:5’-GCTCTTTCCCACACGGCCGTC-3’;
SLC-1229N:5’-CTTTCCCGCACGGCCGTCCAG-3’;
SLC-1229M:5’-TTTCCCGCATGGCCGTCCA-3’;
SLC-1692N:5’-CGATGGTTTTAAAAAATGTAT-3’;
SLC-1692M:5’-GATGGTTTTAAAAAAATGTAT-3’;
SLC-15+5N:5’-TCCACAGTAAGTATTTTATCC-3’;
SLC-15+5M:5’-TCCACAGTAAATATTTTATCC-3’;
SLC-1975N:5’-CCATAGCCTTGTGCTTGACTG-3’;
SLC-1975M:5’-CCATAGCCTTCTGCTTGACTG-3’;
SLC-2027N:5’-TGAGATCACTGCGGGTG-3’;
SLC-2027M:5’-TGAGATCACAGCGGGTG-3’;
SLC-2086N:5’-TGCATCACTTCAAGGTAAATA-3’;
SLC-2086M:5’-TGCATCACTTTAAGGTAAATA-3’;
SLC-2168N:5’-TGACGGTCCATGATGCTAT-3’;
SLC-2168M:5’-TGACGGTCCGTGATGCTAT-3’;
12S-1494N:5’-GCCCGTCACCCTCCTCAAG-3’;
12S-1494M:5’-GCCCGTCACTCTCCTCAAG-3’;
12S-1555N:5’-ATAGAGGAGACAAGTCGTA-3’;
12S-1555M:5’-ATAGAGGAGGCAAGTCGTA-3’;
其中,N表示野生型探針;M表示突變型探針;探針的5’端連接有連接臂。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)檢測遺傳性耳聾的探針,其特征在于,所述的連接臂為NH2-C18連接臂。
3.一組基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)檢測遺傳性耳聾的引物,其特征在于,所述的引物序列如下所示:
deaf-1F:5’-GACACAAAGCAGTCCACA-3’,deaf-1R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCTTCTATGTCATGTACGACGG-3’;
deaf-2F:5’-TTTTGATCTCCTCGATGTCCT-3’,deaf-2R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCCCGACTTTGTCTGCAACAC-3’;
deaf-13F:5’-TTTTGATCTCCTCGATGTCCT-3’,deaf-13R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCCGCTCCTAGTGGCCATGC-3’;
deaf-3F:5’-CTCATCTCCCCACACCTCCT-3’,deaf-3R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCGCCCAGAGTAGAAGATGGAT-3’;
deaf-4F:5’-CACTCTCTGGCATGGCTT-3’,deaf-4R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCATGAGGTAGCAGAGCTCACA-3’;
deaf-5F:5’-TTGCAGATTGGATTCATAGTGAG-3’,deaf-5R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCAATGAACAGTGACCCATC-3’;
deaf-6F:5’-AGTTCAGCATTATTTGGTTGACA-3’,deaf-6R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCGGAACACCACACTCACCC-3’;
deaf-7F:5’-TGAAATACTCAGCGAAGGTCT-3’,deaf-7R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCTCTGTTGCCATTCCTCGAC-3’;
deaf-8F:5’-CCTCTGAGCAACTGTGAC-3’,deaf-8R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCGGCCTATTCCTGATTGGAC-3’;
deaf-9F:5’-GTGCCAATCCATAGCCTT-3’,deaf-9R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCACCCACATCATTTTACTATTGC-3’;
deaf-10F:5’-TGCTACTGAATTATGGGCAGA-3’,deaf-10R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCCCCAGATAGGAGAAAGGGCTT-3’;
deaf-11F:5’-TGATAGAAAAGCTGGAGCAAT-3’,deaf-11R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCAAAATGGAACCTTGACCCTC-3’;
deaf-12F:5’-CCCCAGAAAACTACGATAGCC-3’,deaf-12R:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCCCAGGTTTCAATTTCTATCGCCTA-3’;
deaf-Tag:5’-GTGGCCAAGCGCTGTATCCCGAGTATCTCC-3’;
在與權(quán)利要求1所述的探針的互補(bǔ)序列的引物的5’端進(jìn)行生物素修飾。
4.一種基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)檢測遺傳性耳聾的檢測試劑盒,其特征在于,包括權(quán)利要求1所述的基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)診斷遺傳性耳聾的探針和權(quán)利要求3所述的基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)診斷遺傳性耳聾的引物。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的檢測試劑盒,其特征在于,還包括多重PCR反應(yīng)液、DNA聚合酶和微珠。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的檢測試劑盒,其特征在于,所述的微珠為熒光編碼微珠或者二維編碼微珠。
7.一種基于懸浮微珠陣列系統(tǒng)檢測遺傳性耳聾的檢測方法,其特征在于,包括以下步驟:
1)懸浮微珠陣列的制備:將權(quán)利要求1所述的探針分別與不同編碼的微珠偶聯(lián),然后根據(jù)檢測目的將偶聯(lián)探針的微珠混合,得到懸浮微珠陣列;
2)樣本PCR擴(kuò)增:提取待測樣本基因組DNA,利用權(quán)利要求3所述的引物對樣本基因組DNA進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,得到PCR產(chǎn)物;
3)將PCR產(chǎn)物與懸浮微珠陣列進(jìn)行雜交,得到雜交產(chǎn)物,再用鏈霉親和素R-藻紅蛋白對雜交產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記,通過懸浮微珠陣列讀取儀讀取檢測結(jié)果,判斷樣本中的基因突變位點(diǎn)。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法,其特征在于,所述的多重PCR擴(kuò)增,其PCR反應(yīng)體系為25μL;包括1×PCR緩沖液、dNTPs 0.2mM、Mg2+2mM、1U Taq DNA聚合酶,基因組DNA25ng,權(quán)利要求3所述的引物各0.2μM;PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?7℃10min;95℃10min;
95℃30s,52℃60s,65℃60s,30次循環(huán);95℃30s,65℃45s,72℃45s,25次循環(huán);
72℃5min。