1.一種棉花體細(xì)胞染色體Oligo-FISH方法,其特征在于:設(shè)計(jì)oligos的基因組是二倍體D基因組野生種雷蒙德氏棉G.raimondii(D5)基因組(Paterson et al.2012);原位雜交所用棉花材料為二倍體D基因組雷蒙德氏棉G.raimondii(D5),種植于海南三亞中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所海南野生棉花種植園,并且在河南安陽(yáng)中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所溫室有備份;具體方法包括雷蒙德氏棉第1號(hào)染色體的寡核苷酸混合池設(shè)計(jì)和寡核酸探針的標(biāo)記;
所述雷蒙德氏棉第1號(hào)染色體的寡核苷酸混合池設(shè)計(jì)包括以下步驟:
(1)用RepeatMasker系統(tǒng)去除雷蒙德氏棉基因組第1號(hào)染色體序列中所有重復(fù)序列;
(2)去重復(fù)的染色體序列分成含有48個(gè)堿基的寡核苷酸片段(每個(gè)片段間步移5個(gè)堿基);
(3)獲得的寡核苷酸片段通過(guò)BLAT系統(tǒng)與D5參考基因組進(jìn)行匹配;
(4)利用Primer3(Untergasser et al.2012)來(lái)計(jì)算Tm值和發(fā)卡Tm值,留下dTm(dTm=Tm–發(fā)卡Tm)值大于10℃的寡核苷酸序列;
(5)利用Python和R系統(tǒng)識(shí)別并排除非單一序列,獲得染色體特異、基因組中唯一的序列組成該染色體寡核苷酸混合池;
所述寡核酸探針的標(biāo)記包括以下步驟:
1)乳化PCR,以合成的寡核苷酸序列為模板進(jìn)行乳化PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增程序:98℃2min;接著30個(gè)循環(huán)的98℃15s,56℃30s,72℃30s;最后延伸72℃5s;
2)體外轉(zhuǎn)錄,擴(kuò)增產(chǎn)物作為模版進(jìn)行體外(T7)轉(zhuǎn)錄;
3)反轉(zhuǎn)錄,體外轉(zhuǎn)錄獲得的RNA用新的5’端帶有生物素或地高辛標(biāo)記的R引物進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄;
4)酶解去除RNA;獲得帶標(biāo)記的單鏈ssDNA分子,即標(biāo)記好的寡核苷酸探針;1.2.3Oligo-FISH
5)取材及預(yù)處理:取種子在溫水中浸泡過(guò)夜,種植于滅菌潮濕的沙土中,然后在光照培養(yǎng)箱里28~30℃培養(yǎng),待根長(zhǎng)至1~2cm時(shí),截取根尖用25ppm放線菌酮25℃下處理2h,然后用蒸餾水沖洗,用卡諾固定液固定24h以上,備用;
6)酶解:取出固定好的根尖,用蒸餾水沖洗數(shù)次,混合酶液(2%纖維素酶+1%果膠酶)處理,37℃,45min;
7)制片:用60%乙酸進(jìn)行壓片,保留下好的制片在-80℃冷凍4h以上;-80℃取出,迅速揭掉蓋片,80℃烤干,4℃保存?zhèn)溆茫?/p>
8)熒光原位雜交流程,參照王春英等(2001)介紹的方法;地高辛標(biāo)記的探針在熒光顯微鏡下觀察顯示紅色;生物素標(biāo)記在熒光顯微鏡下觀察顯示為綠色;染色體用DAPI襯染在熒光顯微鏡下觀察顯示藍(lán)色;
9)熒光顯微鏡觀察:用Zeiss熒光顯微鏡觀察熒光信號(hào),用Zeiss-Isis成像系統(tǒng)軟件進(jìn)行熒光原位雜交圖像的獲取、采集、加工。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的棉花體細(xì)胞染色體Oligo-FISH方法,其特征在于:所述步驟1)中每個(gè)寡核苷酸合成的oligo含有48個(gè)基因組序列堿基,5’F引物,包括T7RNA多聚酶啟動(dòng)子序列和3’R引物;通過(guò)乳化PCR的方法進(jìn)行擴(kuò)增。