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一種提高擴(kuò)增子文庫數(shù)據(jù)均一性的文庫構(gòu)建方法與流程

文檔序號:12347823閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種提高擴(kuò)增子文庫數(shù)據(jù)均一性的文庫構(gòu)建方法,所述方法包括如下步驟:

1)確定多個目標(biāo)區(qū)域的擴(kuò)增子序列,并針對每個所述多個擴(kuò)增子序列分別設(shè)計多重引物,所述多重引物的5’端含有通用序列,為測序接頭序列3’端的一部分;

2)將多重引物劃分為多個反應(yīng)管,每個反應(yīng)管內(nèi)的多重引物滿足:

a)每個反應(yīng)管內(nèi)所有引物的解鏈溫度基本一致;

b)反應(yīng)管內(nèi)的引物相互之間不能形成引物二聚體;

c)引物只能引發(fā)目標(biāo)擴(kuò)增子的擴(kuò)增,不會引發(fā)非特異性擴(kuò)增條帶的形成;

d)引物擴(kuò)增得到擴(kuò)增子之間不存在序列上的互補(bǔ),不會形成人工融合體;

3)計算每條引物的起始用量,使每個擴(kuò)增子得到均一性擴(kuò)增,得到的擴(kuò)增子濃度差別不大于20%,優(yōu)選不大于10,最優(yōu)選不大于5%,并根據(jù)步驟2)中劃分的反應(yīng)管制備每個反應(yīng)管的多重引物混合物;

4)用每個反應(yīng)管的多重引物混合物對目標(biāo)區(qū)域序列進(jìn)行第1輪擴(kuò)增,得到擴(kuò)增子,并將通用序列引入到擴(kuò)增子的兩側(cè);

5)對步驟4)獲得的每個反應(yīng)管的擴(kuò)增子進(jìn)行純化和定量;

6)將所有所述反應(yīng)管的擴(kuò)增子進(jìn)行混合,并使得各個擴(kuò)增子的數(shù)目相差在10%以內(nèi),優(yōu)選5%以內(nèi);

7)以混合后的擴(kuò)增子混合物為模板、以測序接頭引物進(jìn)行第2輪PCR反應(yīng),將測序接頭引入到擴(kuò)增子的兩側(cè);

8)對擴(kuò)增子文庫進(jìn)行純化、定量、測序(優(yōu)選二代測序)。

2.權(quán)利要求1的方法,其中所述擴(kuò)增子純化采用磁珠進(jìn)行。

3.權(quán)利要求1或2的方法,其中所述測序接頭是P5和P7。

4.權(quán)利要求1-3任一項的方法,其中每個反應(yīng)管內(nèi)所有引物的解鏈溫度的標(biāo)準(zhǔn)差≤5℃,優(yōu)選≤2℃。

5.權(quán)利要求1-4任一項的方法,其中反應(yīng)管內(nèi)的引物相互之間不能形成引物二聚體,反應(yīng)管內(nèi)引物的平均解鏈溫度為Tprimer–二聚體的解鏈溫度為Tdimer≥10℃,優(yōu)選≥15℃。

6.權(quán)利要求1-5任一項的方法,其中引物只能引發(fā)目標(biāo)擴(kuò)增子的擴(kuò)增,不引發(fā)非特異性擴(kuò)增條帶的形成,設(shè)定反應(yīng)管內(nèi)目標(biāo)擴(kuò)增子引物的平均解鏈溫度為Tprimer–非特異擴(kuò)增子引物的解鏈溫度為Tnon-specific≥10℃,優(yōu)選≥15℃。

7.權(quán)利要求1-6任一項的方法,其中擴(kuò)增子之間不存在序列上的互補(bǔ),不形成人工融合體,將擴(kuò)增子之間進(jìn)行兩兩比對,并對比對結(jié)果進(jìn)行熱力學(xué)解鏈溫度(Tpp)計算,反應(yīng)管內(nèi)目標(biāo)擴(kuò)增子引物的平均解鏈溫度為Tprimer–Tpp≥10℃,優(yōu)選≥15℃。

8.權(quán)利要求1-7任一項的方法,其中使得每個反應(yīng)管內(nèi)擴(kuò)增得到的擴(kuò)增子的數(shù)目相差在10%以內(nèi),優(yōu)選5%以內(nèi),按如下進(jìn)行:

對于每個反應(yīng)管中的引物,引物A與DNA模板結(jié)合的平衡方程為:其中在溫度t下,有平衡常數(shù)其中ΔGA=-RT×ln(KA),[AT]為擴(kuò)增產(chǎn)物、[A]為引物A濃度、[T]為模板濃度、R是氣體常數(shù),約等于1.9872cal/(K·mol),T是絕對溫度,對于引物B有同樣的計算公式其中ΔGB=-RT×ln(KB),[BT]為擴(kuò)增產(chǎn)物、[B]為引物B濃度、[T]為模板濃度、R是氣體常數(shù),約等于1.9872cal/(K·mol),T是絕對溫度,使得[AT]=[BT],因此有公式:而對于每條引物,ΔG是自由能變化量,通過基于熱力學(xué)的最鄰近法計算獲得;

對于每個反應(yīng)管中的引物,選定任意一個引物的濃度作為基準(zhǔn)濃度,其余的每一個引物都可以通過上面的公式算出與基準(zhǔn)引物濃度的比例,從而可以確定每個引物的濃度。

9.權(quán)利要求1-8任一項的方法,其中使得各個反應(yīng)管之間擴(kuò)增子的數(shù)目大致相當(dāng),按如下方式實現(xiàn):調(diào)節(jié)各反應(yīng)管合并時所需體積,所述體積由各反應(yīng)管內(nèi)擴(kuò)增子的數(shù)目和濃度決定,比如擴(kuò)增子劃分為3個反應(yīng)管,每個反應(yīng)管內(nèi)的擴(kuò)增子數(shù)目分別為A、B和C,對應(yīng)的濃度分別為a、b和c,那么這三個反應(yīng)管合并所需的體積分別為:1、aB/Ab和aC/Ac。

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