1.一種針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行DNA甲基化測(cè)序的方法,所述方法包括:
a)提供包含目標(biāo)核酸序列的核酸樣品和與目標(biāo)核酸序列一致或?qū)δ繕?biāo)序列具有特異性的誘餌序列;
b)以所述誘餌序列為模板進(jìn)行體外鏈聚合酶擴(kuò)增得到DNA雙鏈池,隨后對(duì)DNA雙鏈池進(jìn)行體外DNA甲基轉(zhuǎn)移酶處理和亞硫酸鹽的處理,進(jìn)而通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄制備核酸類似物,所述核酸類似物帶有結(jié)合部分,例如生物素結(jié)合部分;
c)使所述核酸樣品片段化并進(jìn)行亞硫酸鹽處理,優(yōu)選制備全基因組DNA甲基化文庫(kù);
d)所述核酸類似物與所述處理的核酸樣品雜交,使得所述核酸類似物與所述處理的核酸樣品中的目標(biāo)區(qū)域核酸形成核酸類似物/DNA雜交復(fù)合物;
e)通過(guò)所述結(jié)合部分,去除所述處理的核酸樣品中的非目標(biāo)區(qū)域的核酸;
f)對(duì)步驟e)后獲得的目標(biāo)區(qū)域核酸進(jìn)行測(cè)序。
2.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,步驟b)中所述的DNA甲基轉(zhuǎn)移酶選自如下的一種或多種:dam甲基轉(zhuǎn)移酶、AluI甲基轉(zhuǎn)移酶、CpG甲基轉(zhuǎn)移酶(M.SssI)、EcoRI甲基轉(zhuǎn)移酶、G9a甲基轉(zhuǎn)移酶、GpC甲基轉(zhuǎn)移酶(M.CviPI)、Human DNA(cytosine-5)甲基轉(zhuǎn)移酶(Dnmt1)、Human PRMT1甲基轉(zhuǎn)移酶、MspI甲基轉(zhuǎn)移酶、SET7甲基轉(zhuǎn)移酶、SET8甲基轉(zhuǎn)移酶和T4Phageβ-葡糖基轉(zhuǎn)移酶(T4-BGT)等。
3.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,步驟e)和f)之間還包括步驟f’):對(duì)所述核酸類似物/DNA雜交復(fù)合物進(jìn)行擴(kuò)增,對(duì)所述片段化的核酸樣品中的目標(biāo)區(qū)域核酸進(jìn)行富集。
4.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,其中步驟b)中利用核酸類似物GNA、LNA、PNA、TNA或嗎啉核酸進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄,制備核酸類似物。
5.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,其中所述誘餌序列具有選自如下的特性:i)自身不產(chǎn)生發(fā)夾結(jié)構(gòu)并且相互之間無(wú)二聚體產(chǎn)生,ii)拷貝數(shù)根據(jù)所述目標(biāo)核酸序列的GC含量和/或空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行補(bǔ)償,iii)當(dāng)所述目標(biāo)區(qū)域是極高或者極低GC含量區(qū)域時(shí)或者當(dāng)目標(biāo)區(qū)域是低復(fù)雜度區(qū)域時(shí),用所述目標(biāo)區(qū)域兩側(cè)區(qū)域作為替代區(qū)域設(shè)計(jì)誘餌,設(shè)計(jì)方法與所述目標(biāo)區(qū)域一致,iv)無(wú)特異性結(jié)合。
6.根據(jù)權(quán)利要求5的方法,其中ii)中拷貝數(shù)根據(jù)所述目標(biāo)核酸序列的GC含量進(jìn)行補(bǔ)償是指:以GC含量在50%的誘餌序列拷貝數(shù)系數(shù)為基準(zhǔn)1,GC含量10%-90%之間每偏離1%,誘餌序列拷貝數(shù)系數(shù)增加0.08-0.12。
7.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,其中所述誘餌序列在固體載體上,例如在微陣列載玻片上。
8.根據(jù)權(quán)利要求1的方法,其中對(duì)每個(gè)目標(biāo)區(qū)域,所述誘餌序列是在特異性、二聚體、發(fā)卡結(jié)構(gòu)以及與目標(biāo)區(qū)域的相對(duì)位置方面綜合評(píng)分最優(yōu)的一個(gè)或者多個(gè)誘餌序列,所述綜合評(píng)分通過(guò)如下的打分函數(shù)進(jìn)行:S=a×S特異性+b×S二聚體+c×S發(fā)卡結(jié)構(gòu)+d×S相對(duì)距離,其中a=0.26-0.34、b=0.08-0.12、c=0.17-0.23、d=0.35-0.45,具體的打分計(jì)算方法如下:
S特異性的打分計(jì)算:對(duì)新設(shè)計(jì)的任一條誘餌序列,在基因組上對(duì)其進(jìn)行序列比對(duì),對(duì)其每一條比對(duì)上的序列分別計(jì)算所述誘餌序列與比對(duì)上的序列之間Tm,所述誘餌序列與目標(biāo)區(qū)域Tm其與任一比對(duì)上序列Tm之差≥5℃,優(yōu)選≥10℃,計(jì)算所述誘餌序列與所有比對(duì)上的序列之間的平均Tm,S特異性=1-Tm平均值/(Tm目標(biāo)-5),優(yōu)選S特異性=1-Tm平均值/(Tm目標(biāo)-10),其中Tm平均值是誘餌序列與所有非特異區(qū)域比對(duì)結(jié)果的平均Tm值,Tm目標(biāo)是誘餌序列與目標(biāo)區(qū)域Tm;
S二聚體的打分計(jì)算:對(duì)新設(shè)計(jì)的任一條誘餌序列,與每一條已經(jīng)設(shè)計(jì)的誘餌序列進(jìn)行二聚體比對(duì)分析,對(duì)其每一條比對(duì)上的序列分別計(jì)算所述誘餌序列與所述比對(duì)上的誘餌序列之間的Tm,所述Tm<47℃,計(jì)算所述誘餌序列與所有比對(duì)上的誘餌序列之間的平均Tm,S二聚體=(47–Tm平均值)/47,優(yōu)選Tm<37℃,計(jì)算所述誘餌序列與所有比對(duì)上的誘餌序列之間的平均Tm,S二聚體=(37–Tm平均值)/37;
S發(fā)卡結(jié)構(gòu)的打分計(jì)算:對(duì)任一條誘餌序列,計(jì)算其最佳的自身比對(duì)結(jié)構(gòu),并計(jì)算所述結(jié)構(gòu)的Tm,所述Tm<47℃,并且S發(fā)卡結(jié)構(gòu)=(47–Tm)/47,所述Tm<47℃,并且S發(fā)卡結(jié)構(gòu)=(37–Tm平均值)/37;
S相對(duì)距離的打分計(jì)算:對(duì)于目標(biāo)區(qū)域坐標(biāo),對(duì)新設(shè)計(jì)的任一條誘餌序列,計(jì)算其與所述目標(biāo)區(qū)域坐標(biāo)差值δDistance,δDistance小于150,S相對(duì)距離=(150-δDistance)/150。
9.權(quán)利要求1-8任一項(xiàng)涉及到的誘餌序列。
10.包括權(quán)利要求9所述的誘餌序列的試劑盒,所述試劑盒還包括雙鏈接頭分子、多種不同的寡核苷酸探針。