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確定兒童肺間質(zhì)性肺炎的基因突變位點的方法與流程

文檔序號:11809758閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種確定兒童間質(zhì)性肺炎的基因位點突變的方法,其特征在于,包括

(1)獲取外周血,所述外周血來自于臨床診斷為兒童間質(zhì)性肺炎的個體;

(2)從所述外周血中提取基因組DNA;

(3)使用特異性擴增引物對通過PCR擴增所述基因組DNA,從而獲得PCR擴增產(chǎn)物;

(4)對所述PCR擴增產(chǎn)物進行第一測序,以便獲得第一測序結(jié)果;

(5)將所述第一測序結(jié)果進行過濾,以便獲得經(jīng)過過濾的第一測序結(jié)果;

(6)將所述經(jīng)過過濾的第一測序結(jié)果與參考序列進行比對,以及基于比對結(jié)果確定與兒童間質(zhì)性肺炎相關(guān)的基因突變位點;

(7)將所述含有突變位點的基因進行第二測序,以便進行驗證。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述特異性擴增引物對的核苷酸序列是SEQ ID NO:1和76、SEQ ID NO:2和77、SEQ ID NO:2和77、SEQ ID NO:3和78、SEQ ID NO:4和79、SEQ ID NO:5和80、SEQ ID NO:6和81、SEQ ID NO:7和82、SEQ ID NO:8和83、SEQ ID NO:9和84、SEQ ID NO:10和85、SEQ ID NO:11和86、SEQ ID NO:12和87、SEQ ID NO:13和88、SEQ ID NO:14和89、SEQ ID NO:15和90、SEQ ID NO:16和91、SEQ ID NO:17和92、SEQ ID NO:18和93、SEQ ID NO:19和94、SEQ ID NO:20和95、SEQ ID NO:21和96、SEQ ID NO:22和97、SEQ ID NO:23和98、SEQ ID NO:24和99、SEQ ID NO:25和100、SEQ ID NO:26和101、SEQ ID NO:27和102、SEQ ID NO:28和103、SEQ ID NO:29和104、SEQ ID NO:30和105、SEQ ID NO:31和106、SEQ ID NO:32和107、SEQ ID NO:33和108、SEQ ID NO:34和109、SEQ ID NO:35和110、SEQ ID NO:36和111、SEQ ID NO:37和112、SEQ ID NO:38和113、SEQ ID NO:39和114、SEQ ID NO:40和115、SEQ ID NO:41和116、SEQ ID NO:42和117、SEQ ID NO:43和118、SEQ ID NO:44和119、SEQ ID NO:45和120、SEQ ID NO:46和121、SEQ ID NO:47和122、SEQ ID NO:48和123、SEQ ID NO:49和124、SEQ ID NO:50和125、SEQ ID NO:51和126、SEQ ID NO:52和127、SEQ ID NO:53和128、SEQ ID NO:54和129、SEQ ID NO:55和130、SEQ ID NO:56和131、SEQ ID NO:57和132、SEQ ID NO:58和133、SEQ ID NO:59和134、SEQ ID NO:60和135、SEQ ID NO:61和136、SEQ ID NO:62和137、SEQ ID NO:63和138、SEQ ID NO:64和139、SEQ ID NO:65和140、SEQ ID NO:66和141、SEQ ID NO:67和142、SEQ ID NO:68和143、SEQ ID NO:69和144、SEQ ID NO:70和145、SEQ ID NO:71和146、SEQ ID NO:72和147、SEQ ID NO:73和148、SEQ ID NO:74和149、SEQ ID NO:75和150。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述兒童間質(zhì)性肺炎相關(guān)的基因位點為ABCA3、SFTPB、SFTPC、CSF2RA、CSF2RB、NKX2.1、FOXF1和SLC7A7基因編碼區(qū)及內(nèi)含子剪切接位點。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟(2)中基因組DNA的濃度為20μg/μL-100μg/μL。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟(4)中,在對所述PCR擴增產(chǎn)物進行第一測序的過程中,構(gòu)建插入片段為175~275bp的測序文庫;。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,按照10μL反應(yīng)體系計算,所述步驟(3)中PCR擴增的反應(yīng)體系為:

試劑體積LA酶(5U/μL)0.2μLddH2O6.2μL引物工作液1μL樣品DNA1μLdNTP0.4μLbuffer1μLDMSO0.2μLTotal10μL

任選地,所述引物工作液為擴增引物按其質(zhì)量加超純水配成濃度為100μmol的母液,再按照擴增引物對的配對原則,配成終濃度為5μmol的工作液。

任選地,所述PCR擴增的反應(yīng)程序為:

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述第一測序利用Illumina miseq平臺進行雙末端測序。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟(4)中的參考序列為ABCA3:NG_011790.1;SFTPB:NG_016967.1;SFTPC:NG_029659;CSF2RA:NG_012280.1;CSF2RB:NG_008040.1;NKX2.1:NG_013365.1;FOXF1:NG_016273.1;SLC7A7:NG_012851.2,任選地,所述參考序列來源于NCBI。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述第二測序是利用Sanger法進行的。

10.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法,其特征在于,所述測序文庫是使用Illumina Nextera XT建庫試劑盒制備的。

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