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基于高通量測(cè)序的動(dòng)物源成分鑒別方法及其應(yīng)用與流程

文檔序號(hào):12584588閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種基于高通量測(cè)序的動(dòng)物源成分鑒別方法,其特征在于:

以高通量測(cè)序得到的DNA序列為分析對(duì)象,以公開(kāi)DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)為參照,考察分析對(duì)象與參照序列數(shù)據(jù)匹配數(shù)量,用于反映某特定類(lèi)別的有無(wú)或多少。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,匹配次數(shù)有無(wú)或多少代表樣品中某動(dòng)物成分的有無(wú)或多少。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述的DNA序列為樣本中總DNA。

4.根據(jù)權(quán)利要求1~3任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于,所述的公開(kāi)DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù),為動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù),具體的為對(duì)已公開(kāi)動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù),其中:所述的已公開(kāi)動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)為,針對(duì)不同用途進(jìn)行分類(lèi)的,公共開(kāi)放的動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)中的動(dòng)物線粒體全基因組序列及相應(yīng)物種信息。

5.基于高通量測(cè)序的動(dòng)物源成分鑒別方法,其特征在于,包括如下步驟:

(1)首先對(duì)樣本總DNA進(jìn)行直接提取;

(2)對(duì)提取的總DNA進(jìn)行高通量測(cè)序,測(cè)序結(jié)果包含了樣品中動(dòng)物源成分原始DNA短序列信息;

(3)最后把測(cè)序得到的短序列信息與分析用動(dòng)物分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)中的線粒體序列進(jìn)行序列匹配分析,得到提取DNA的特異性序列的分類(lèi)信息,從而對(duì)樣本中成分進(jìn)行鑒別和定量。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于,所述的總DNA是指:將樣本進(jìn)行常規(guī)或改良基因組提取方法后獲得的DNA,包括染色體DNA和線粒體DNA,所得的總DNA濃度≥100ng。

7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于,所述的高通量測(cè)序是指:把提取總DNA隨機(jī)片段化后建庫(kù),使用邊合成邊測(cè)序的高通量測(cè)序技術(shù)。

8.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于,所述的序列匹配分析是指:對(duì)開(kāi)放數(shù)據(jù)庫(kù)的線粒體基因組信息進(jìn)行分類(lèi),建立動(dòng)物種類(lèi)鑒別參照用特定類(lèi)別數(shù)據(jù)庫(kù),把測(cè)序得到的序列信息,與數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列信息進(jìn)行比較,與庫(kù)中相似度達(dá)到80%-100%的序列記為命中序列,在庫(kù)中的分類(lèi)單元下統(tǒng)計(jì)樣品中每個(gè)物種分類(lèi)被命中個(gè)數(shù),以庫(kù)中各分類(lèi)單元的命中次數(shù)有無(wú)及多少,表征某類(lèi)動(dòng)物成分的有無(wú)及含量。

9.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于,所述的總DNA片段化建庫(kù)是指:通過(guò)超聲波或酶處理,將提取得到的DNA片段隨機(jī)破碎,使用瓊脂糖凝膠電泳或磁珠篩選或?qū)S迷噭┖羞x擇100-400 bp的片段,采用高通量測(cè)序系統(tǒng)配套的建庫(kù)試劑盒,建立高通量測(cè)序用DNA文庫(kù)。

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