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熱穩(wěn)定天冬酰胺酶變體以及對其進行編碼的多核苷酸的制作方法_3

文檔序號:8209040閱讀:來源:國知局
的 N-末端測序,成熟多肽編碼序列是SEQIDN0:1的核苷酸79-1134、88-1134、223-1134或 238-1134。
[0085] 中嚴(yán)謹(jǐn)度條件:術(shù)語"中嚴(yán)謹(jǐn)度條件"意指對于長度為至少100個核苷酸的探針而 言,遵循標(biāo)準(zhǔn)DNA印跡程序,在42°C在5XSSPE、0. 3%SDS、200微克/ml剪切和變性的鮭精 DNA和35%甲酰胺中預(yù)雜交和雜交12至24小時。載體材料最終使用2XSSC、0. 2%SDS, 在55 °C下洗滌三次,每次15分鐘。
[0086] 中-高嚴(yán)謹(jǐn)度條件:術(shù)語"中-高嚴(yán)謹(jǐn)度條件"意指對于長度為至少100個核苷酸 的探針來說,遵循標(biāo)準(zhǔn)DNA印跡程序,在42°C下在5XSSPE、0. 3%SDS、200微克/毫升剪切 并變性的鮭魚精子DNA以及或者35%甲酰胺中預(yù)雜交和雜交12至24小時。載體材料最終 使用2XSSC、0. 2%SDS,在60°C下洗滌三次,每次15分鐘。
[0087] 突變體:術(shù)語"突變體"意指編碼一種變體的多核苷酸。
[0088] 核酸構(gòu)建體:術(shù)語"核酸構(gòu)建體"意指單鏈-或雙鏈核酸分子,其分離自天然存在 的基因,或其被修飾成以本來在自然界中不存在的方式含有核酸的區(qū)段,或其為合成的,其 包含一個或多個控制序列。
[0089]可操作地連接:術(shù)語"可操作地連接"意指一種配置,其中一個控制序列相對于一 種多核苷酸的編碼序列放置在一個適當(dāng)位置處,以使得控制序列指引編碼序列的表達。
[0090] 親本或親本天冬酰胺酶:術(shù)語"親本"或"親本天冬酰胺酶"意指一種天冬酰胺酶, 對該天冬酰胺酶進行一種改變以產(chǎn)生本發(fā)明的酶變體。親本可以是天然存在的(野生型) 多肽或其變體或片段。
[0091] 序列一致性:兩個氨基酸序列之間或兩個核苷酸序列之間的相關(guān)性由參數(shù)"序列 一致性"描述。
[0092] 出于本發(fā)明的目的,使用如在EMBOSS包(EMBOSS:歐洲分子生物學(xué)開放軟件套件 (TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite),賴斯(Rice)等人,2000,遺 傳學(xué)趨勢(TrendsGenet.) 16:276-277)(優(yōu)選5. 0? 0版或更新版本)的尼德爾(Needle) 程序中所實施的尼德爾曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法(尼德爾曼(Needleman)和 翁施(Wunsch),1970,分子生物學(xué)雜志(J.Mol.Biol.)48:443-453)來測定兩個氨基酸 序列之間的序列一致性。使用的這些參數(shù)是空位開放罰分10、空位延伸罰分〇. 5,以及 EBL0SUM62 (BL0SUM62的EMBOSS版本)取代矩陣。標(biāo)記為"最長一致性"的尼德爾的輸出 (使用_非簡化(nobrief)選項獲得)被用作百分比一致性并且被計算如下:
[0093](一致的殘基X 100V(比對長度-比對中的空位總數(shù))
[0094] 出于本發(fā)明的目的,使用如在EMBOSS包(EMBOSS:歐洲分子生物學(xué)開放軟件套件, 賴斯等人,2000,同上)(優(yōu)選5. 0. 0版或更新版本)的尼德爾程序中所實施的尼德爾曼-翁 施算法(尼德爾曼和翁施,1970,同上)來測定兩個脫氧核糖核苷酸序列之間的序列一致 性。使用的這些參數(shù)是空位開放罰分10、空位延伸罰分〇. 5以及EDNAFULL(NCBINUC4. 4的 EMBOSS版本)取代矩陣。標(biāo)記為"最長一致性"的尼德爾的輸出(使用-非簡化選項獲 得)被用作百分比一致性并且被計算如下:
[0095](一致的脫氧核糖核苷酸X 100V(比對長度-比對中的空位總數(shù))
[0096]子序列:術(shù)語"子序列"意指使一個或多個(例如,若干個)核苷酸從成熟多肽編 碼序列的5'端和/或3'端缺少的多核苷酸;其中該子序列編碼具有天冬酰胺酶活性的一 個片段。在一個方面中,子序列包含至少900個核苷酸、至少975個核苷酸或至少1050個 核苷酸。
[0097] Tm:在本發(fā)明的上下文中,術(shù)語"Tm"(解鏈溫度)意指對應(yīng)于溫度自記曲線的信號 的尖端的溫度,如通過差示掃描量熱法0SC)所測量,使用20mM乙酸鈉(pH5.0)作為透析 緩沖液。優(yōu)選地,如實例7地進行DSC。Tm(解鏈溫度)也可以被稱為Td(熱變性溫度)。
[0098] 變體:術(shù)語"變體"意指具有天冬酰胺酶活性的、在一個或多個(例如,若干個)位 置處包含改變(即,取代、插入和/或缺失)的一個多肽。取代意指占據(jù)一個位置的氨基酸 替換不同的氨基酸;缺失意指去除占據(jù)一個位置的氨基酸;并且插入意指在鄰接并且緊隨 占據(jù)一個位置的氨基酸之后添加一個氨基酸。本發(fā)明的這些變體具有SEQIDN0:2的成熟 多肽的至少20 %,例如至少40 %、至少50 %、至少60 %、至少70 %、至少80 %、至少90 %、至 少95%或至少100%的天冬酰胺酶活性。
[0099] 非常高嚴(yán)謹(jǐn)度條件:術(shù)語"非常高嚴(yán)謹(jǐn)度條件"是指對于長度為至少100個核苷酸 的探針而言,遵循標(biāo)準(zhǔn)DNA印跡程序,在42°C下在5XSSPE、0. 3%SDS、200微克/ml剪切并 變性的鮭魚精子DNA和50%甲酰胺中預(yù)雜交和雜交12至24小時。載體材料最終使用2X SSC、0. 2%SDS,在70°C下洗滌三次,每次15分鐘。
[0100] 非常低嚴(yán)謹(jǐn)度條件:術(shù)語"非常低嚴(yán)謹(jǐn)度條件"是指對于長度為至少100個核苷酸 的探針而言,遵循標(biāo)準(zhǔn)DNA印跡程序,在42°C下在5XSSPE、0. 3%SDS、200微克/ml剪切并 變性的鮭魚精子DNA和25%甲酰胺中預(yù)雜交和雜交12至24小時。載體材料最終使用2X SSC、0. 2%SDS,在45°C下洗滌三次,每次15分鐘。
[0101] 野生型天冬酰胺酶:術(shù)語"野生型"天冬酰胺酶意指由見于自然界中的一種天然存 在的微生物(如一種細(xì)菌、酵母或絲狀真菌)表達的一種天冬酰胺酶。
[0102] 變體命名慣例
[0103] 出于本發(fā)明的目的,將SEQIDN0:2中披露的成熟多肽用以確定另一種天冬酰胺 酶中的對應(yīng)的氨基酸殘基。將另一種天冬酰胺酶的氨基酸序列與SEQIDN0:2中披露的 成熟多肽進行比對,并且基于該比對,使用如在EMBOSS包(EMBOSS:歐洲分子生物學(xué)開放軟 件套件,賴斯等人,2000,遺傳學(xué)趨勢16:276-277)(優(yōu)選5. 0. 0版或更新版本)的尼德爾程 序中所實施的尼德爾曼-翁施算法(尼德爾曼和翁施,1970,分子生物學(xué)雜志48:443-453) 來確定與SEQIDN0:2中所披露的成熟多肽中的任何氨基酸殘基相對應(yīng)的氨基酸位置編 號。使用的這些參數(shù)是空位開放罰分10、空位延伸罰分〇. 5,以及EBL0SUM62(BL0SUM62的 EMBOSS版本)取代矩陣。
[0104] 可以通過使用若干計算機程序、使用其對應(yīng)默認(rèn)參數(shù)比對多個多肽序列來確定在 另一種天冬酰胺酶中的相應(yīng)氨基酸殘基的鑒別,所述計算機程序包括但不限于MUSCLE(通 過對數(shù)預(yù)期的多種序列比較;版本3. 5或更新版本;埃德加(Edgar),2004,核酸研究 (NucleicAcidsResearch)32:1792_1797)、MAFFT(版本 6.857 或更新版本;加藤(Katoh) 和庫馬(Kuma),2002,核酸研究30:3059-3066 ;加藤等人,2005,核酸研究33:511-518 ; 加藤和都(Toh),2007,生物信息學(xué)(Bioinformatics) 23:372-374 :加藤等人,2009,分子 牛物學(xué)方法(MethodsinMolecularBiol〇gv)537:39-64:加藤和都,2010,牛物信息學(xué) 26:1899-1900)、以及采用ClustalW(l. 83或更新版本;湯姆斯(Thompson)等人,1994,核酸 研究 22:4673-4680)的EMBOSSEMMA。
[0105] 當(dāng)其他天冬酰胺酶與SEQIDN0:2的成熟多肽相分歧使得傳統(tǒng)的基于序列的比較 方法不能檢測其相互關(guān)系時(林達爾(Lindahl)和埃洛弗松(Elofsson),2000,分子生物學(xué) 雜志295:613-615),可以使用其他成對序列比較算法。在基于序列的搜索中的更大靈敏度 可以使用搜索程序來獲得,這些搜索程序利用多肽家族的概率表示(特征曲線)來搜索數(shù) 據(jù)庫。例如,PSI-BLAST程序通過迭代數(shù)據(jù)庫搜索過程來產(chǎn)生多個譜,并且能夠檢測遠距離 同源物(阿特休爾(Atschul)等人,1997,《核酸研究》2
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