專利名稱：用于確定Rh血型基因型的診斷方法與試劑盒的制作方法
背景技術(shù)：
本發(fā)明涉及一種確定Rh血型基因型的方法。更具體地說(shuō)，本發(fā)明涉及一種直接確定與D/D，D/d，和d/d狀態(tài)相關(guān)的Rh接合性以及伴隨的CcEe基因型的分子遺傳學(xué)方法。
人紅細(xì)胞Rh(恒河猴)抗原形成了在臨床醫(yī)學(xué)中最重要的血型系統(tǒng)中復(fù)雜的一種(參考文獻(xiàn)1)。在Rh抗原中，D抗原免疫原性最強(qiáng)并以刺激同種免疫而著稱。根據(jù)D抗原在其紅細(xì)胞膜上的有無(wú)，個(gè)體依其表型分為RhD陽(yáng)性和RhD陰性(也用d表示)亞型。 Rh D/d不相容性及母體對(duì)D抗原的同種免疫是新生兒溶血癥的最常見也是最嚴(yán)重的原因(參考文獻(xiàn)2)。受到嚴(yán)重影響的(貧血的)胎兒可能甚至需要子宮內(nèi)輸血，這是一種危險(xiǎn)的侵入性治療措施。其它常見且臨床上重要的Rh抗原包括C，c，E和e(也統(tǒng)稱為“非D”)抗原。雖然在Rh陽(yáng)性或陰性狀態(tài)分類中并未考慮這些抗原，但在美國(guó)遇到的胎兒/新生兒溶血癥中，C，c，E和e抗原已成為相對(duì)較常見的原因。這是因?yàn)橄绕趲в蠷h致敏的移民家庭在目前Rh病案中占了相當(dāng)大的比例。
所有這些Rh抗原或特異性歸屬于一非糖基化但棕櫚?；目缒さ鞍?，稱為RhD，C/c和E/e多肽家族(參考文獻(xiàn)3-5)。兩個(gè)有關(guān)的結(jié)構(gòu)基因D和CeEe編碼攜帶這些抗原的紅細(xì)胞膜蛋白。盡管C/c和E/e被認(rèn)為是等位基因的抗原產(chǎn)物，但D抗原沒(méi)有血清學(xué)可檢測(cè)到的對(duì)映的“d”抗原(參考文獻(xiàn)6)。在大多數(shù)情況下，D-陰性表型伴隨著D基因的完全缺乏。在極少情況下，d表型可由部分缺失的D基因或表達(dá)缺陷的靜息D基因?qū)е隆?br> 從遺傳學(xué)來(lái)看，所有D和非D抗原都以常染色體共顯性方式表達(dá)，且它們以八種不同的Rh單倍型，即DCe，DcE，Dce，DCE，dCe，acE，dce和dCE，整個(gè)遺傳(參考文獻(xiàn)6)。這些組織構(gòu)架的頻率不是隨機(jī)的，而是隨著人種群體的不同而明顯不同。(見表1，在本文別處詳細(xì)說(shuō)明)。
Rh單倍型的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)在Fisher對(duì)從人群研究中收集到的遺傳證據(jù)進(jìn)行分類綜合后并未立即顯現(xiàn)出來(lái)(參考文獻(xiàn)6)。許多年后，從不同角度提示RH基因座的組成包括1-3個(gè)結(jié)構(gòu)基因的一些概念模型被提出來(lái)以解釋Rh抗原的遺傳(參考文獻(xiàn)6-7)。兩個(gè)不同形式的Rh cDNA的分離(參考文獻(xiàn)8-12)提供了在分子水平分析這些模型必要的信息。Southern印跡和轉(zhuǎn)錄測(cè)序分析表明在Rh-陽(yáng)性受檢者中存在兩個(gè)基因，D和CeEe(非D)，但在Rh-陰性受檢者中只存在一個(gè)基因(CcEe)(參考文獻(xiàn)12-14)。這個(gè)發(fā)現(xiàn)提供了支持Rh基因座雙基因模型的強(qiáng)有力的證據(jù)(參考文獻(xiàn)7)。雖然如此，基因組圖譜與Rh單倍型構(gòu)架間無(wú)相關(guān)性是可能的，因?yàn)闊o(wú)法分離極度同源的D和非D基因(參考文獻(xiàn)12，13)。
歷史上，主要受檢測(cè)與識(shí)別紅細(xì)胞膜上Rh抗原表達(dá)的方法的局限，Rh基因型的確定只能間接進(jìn)行。這些血清學(xué)方法中使用了能識(shí)別Rh蛋白或其部分并能與之相互作用的抗體或其它化合物。例如，已鑒定出許多對(duì)特定Rh抗原有特異性的抗體。檢測(cè)Rh蛋白和其它血型抗原的凝集反應(yīng)方法在美國(guó)專利Nos.5,324,479，5,302,512，5,213,963，4,560,647，4,403,042，4,358,436，和4,148,607中均有描述。許多描述這些傳統(tǒng)的凝集反應(yīng)型檢測(cè)的出版物均可購(gòu)得，例如Walker RH等編的《技術(shù)手冊(cè)》(Teckmcal Manual)，第11版，美國(guó)血庫(kù)聯(lián)盟，Arlingto，Virginia(1993)，其全部?jī)?nèi)容在此引入作為參考(參考文獻(xiàn)15)。
這些傳統(tǒng)的血清學(xué)方法的局限是它們只提供了有關(guān)表達(dá)蛋白的外形方面的信息，而不能確定受檢者Rh抗原的分子結(jié)構(gòu)或分子遺傳組成。為了推知Rh基因的遺傳，這些方法通常不僅需要受檢者的血樣，而且需要其他家庭成員的血樣。而且，在分析胎兒的表型時(shí)，獲取血樣使用了具有潛在危險(xiǎn)的方法，在該方法中胎兒對(duì)出血敏感并可能死亡?？傊?，所有這些傳統(tǒng)方法作為診斷工具是有缺陷的，因?yàn)闆](méi)有一種方法提供了能確定Rh基因型的任何手段。
有人建議用限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLPs)結(jié)合血清學(xué)試驗(yàn)以提高對(duì)血型基因及其遺傳的認(rèn)識(shí)(參考文獻(xiàn)16)。這個(gè)建議的嚴(yán)重局限是它需要研究不是血型基因本身而又與特異的血型基因緊密連鎖的DNA標(biāo)記。通常這樣的仍需被鑒定的側(cè)翼DNA標(biāo)記不表現(xiàn)出與結(jié)構(gòu)基因完全的連鎖不平衡。因此，它們不能用于精確地確定Rh基因型。但可發(fā)展成為用于連鎖分析的分子工具。
發(fā)生在Rh基因座的某些多態(tài)性的分子基礎(chǔ)已被揭示(參見，例如文獻(xiàn)10，17-18)。許多技術(shù)已用于這些研究，包括聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)。分子克隆方法，RFLPs等。然而在已報(bào)道的研究中還沒(méi)有一種提出或建議了能同時(shí)確定Dd和CcEe基因型，并直接確定與D/D，D/d，和d/d狀態(tài)相關(guān)的Rh接合性的任何方法。確實(shí)，這些研究中的許多已認(rèn)識(shí)到Rh系統(tǒng)在抗原水平表現(xiàn)出極強(qiáng)的多態(tài)性，而這種多態(tài)性與mRNA水平巨大的異質(zhì)性相關(guān)聯(lián)(參考文獻(xiàn)18)。從而，逐漸清楚了目前對(duì)Rh系統(tǒng)的認(rèn)識(shí)從基礎(chǔ)上還不完整。
已有的知識(shí)還不足以建立一種精確可靠的確定Rh基因型的方法。例如，已有的研究曾產(chǎn)生了一種利用DNA擴(kuò)增確定RhD基因型的方法(參考文獻(xiàn)19-20)。該方法利用PCR技術(shù)和一組獨(dú)特的引物來(lái)擴(kuò)增RhD基因的外顯子10。但是其引物對(duì)限制了該方法只能確定D/D，或d/d基因型，而不能區(qū)分D/d及相關(guān)的CcEe基因型。而且已發(fā)現(xiàn)該方法在某些情況下并不可靠，因?yàn)榛驍U(kuò)增所評(píng)定的僅僅是Rh基因的一小部分，即外顯子10。具體地說(shuō)，該方法在某些受檢者中使用時(shí)產(chǎn)生異常的DNA擴(kuò)增片段，導(dǎo)致假陰性或假陽(yáng)性結(jié)果(參考文獻(xiàn)21-23)。因此，該方法既未完全涉及主要的Rh抗原，而且其準(zhǔn)確性也不足以使其成為為患者提供建議或治療的常用方法。
因此，需要有一種安全，方便并能精確地檢測(cè)包括D與非D基因型的Rh基因型的方法。尤其也需要提供一種無(wú)須獲取血樣就能確定胎兒Rh基因型的方法。一種以從羊膜細(xì)胞提取的DNA樣品為基礎(chǔ)的檢測(cè)可使臨床醫(yī)師避免傷害胎兒的危險(xiǎn)并能更精確地預(yù)測(cè)新生兒由抗Rh引起的溶血癥的可能性。
發(fā)明概述本發(fā)明提供了一種用于直接確定Rh血型基因型的診斷方法。更具體地，本發(fā)明提供了一種區(qū)分RhDd及相關(guān)的CcEe基因型的方法。
在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種確定受檢者Rh基因型的診斷方法。該方法包括選擇性斷裂基因組DNA以提供Rh基因片段，其量足以提供鑒定Rh基因型的信息。優(yōu)選本發(fā)明中的診斷方法包括選擇性斷裂基因組DNA以提供鑒定八種常見的Rh單倍型的Rh基因片段。更優(yōu)選該方法能使Rh基因片段的量足以使RhD與RhCc和E/e基因區(qū)別。再優(yōu)選本發(fā)明的方法提供能選擇性鑒定或識(shí)別與RhD和/或RhCcEe基因相關(guān)的Rh基因型的一個(gè)或多個(gè)方面的片段。本發(fā)明的方法也能夠鑒別某種Rh基因型，或提供能用于其它檢測(cè)或試驗(yàn)的信息，以更全面地鑒定作為Rh抗原表達(dá)基礎(chǔ)的遺傳藍(lán)圖。
優(yōu)選地本發(fā)明的方法包括利用能選擇性或差別性切斷DNA樣品(優(yōu)選包括基因組DNA)以產(chǎn)生D基因和/或CcEe基因獨(dú)有的片段的限制性酶來(lái)分析Rh基因。優(yōu)選選擇限制性酶使其消化DNA樣品以提供鑒定或區(qū)別D/d基因型和/或C/c和E/e基因型的Rh基因片段。更優(yōu)選限制性酶消化根據(jù)Rh結(jié)構(gòu)基因內(nèi)含子區(qū)的多態(tài)性有差別地切斷基因組或其它DNA。最優(yōu)選限制性酶將產(chǎn)生這樣的Rh DNA片段，它能特異地鑒定或區(qū)分單獨(dú)的Rh基因從而能夠精確地確定它們的組成，即Rh基因型。根據(jù)本發(fā)明使用的高度優(yōu)選的限制性酶是SphI。也可使用SphI與其它限制性酶的有益組合。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明中的診斷方法包括擴(kuò)增來(lái)自受檢者的DNA以產(chǎn)生多拷貝的所需DNA，在本申請(qǐng)中為Rh DNA。優(yōu)選這樣的擴(kuò)增在Rh DNA選擇性切斷之前完成。擴(kuò)增可用本領(lǐng)域熟知的方法完成，例如聚合酶鏈反應(yīng)或連接酶鏈反應(yīng)，或二者合用。
通常，DNA擴(kuò)增通過(guò)擴(kuò)增Rh DNA的一個(gè)寡核苷酸引物或一套引物完成。擴(kuò)增后的Rh DNA然后用限制性酶處理，即消化，以產(chǎn)生RhDNA片段，其量足以提供有關(guān)受檢者Rh基因型的信息。
在本發(fā)明的方法中，可能用到一種或多種擴(kuò)增Rh DNA的寡核苷酸引物。但是，優(yōu)選使用與Rh DNA選擇性雜交并擴(kuò)增Rh DNA的引物。更優(yōu)選地，希望該一種或多種引物特異地與Rh DNA雜交并擴(kuò)增之，而對(duì)非Rh DNA基本上不雜交和擴(kuò)增。
本發(fā)明的方法可使用一組擴(kuò)增Rh DNA不同區(qū)段的引物。例如，本發(fā)明的方法可使用差別擴(kuò)增RhD DNA和/或RhCcEe DNA的引物。例如，該引物組包括一些引物的組合，其中至少一組能選擇性或特異擴(kuò)增RhD DNA，而且至少一組能選擇性或特異擴(kuò)增RhCcEe DNA。用這種方法，可獲得能有差別地確定D/d及其相關(guān)的CcEe基因型的信息。
本發(fā)明的方法通常還包括檢測(cè)Rh DNA片段以獲得辨別Rh基因型的一個(gè)或多個(gè)方面的信息。這樣的辨別需要鑒定那些通常，優(yōu)選一貫代表部分或全部特異的等位基因或單倍型的特定片段。已知有許多方法能獲得足夠的信息以完成這樣的差異辨別。例如，本發(fā)明的方法可包括根據(jù)分子量，電泳遷移率，色譜遷移率等分離Rh DNA片段。由于限制性酶將DNA切割成特定大小的分離的片段，這些片段的分離將揭示片段帶型。一旦被分離，一些或所有這些片段可根據(jù)已知的方法特異或非特異地鑒別。例如，Rh DNA片段可被非特異地染色，根據(jù)其自身的片段帶型可推導(dǎo)出基因型信息?；蛘撸冒ㄒ粭l或多條能與一個(gè)或多個(gè)片段雜交的寡核苷酸探針的雜交探針組合物可鑒別一個(gè)或多個(gè)片段。這樣的雜交可用于專一地或選擇性地鑒定特定的片段。利用接上了可被檢測(cè)的成分的探針可完成探針雜交的鑒定。
該方法可獲得鑒定，優(yōu)選特異性鑒定或區(qū)分Rh基因型的不同方面的信息。該方法有利于使技術(shù)人員獲得鑒定RhDd基因型，RhCc基因型，RhEe基因型，RhCcEe基因型，RhDCcEe基因型及其組合的信息。
本發(fā)明的方法可包括確定上述的Rh基因型，以及確定涉及受檢者其它的，非Rh基因的基因型?；蛘撸摲椒砂ù_定受檢者特定基因型的信息。例如，在一特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，Rh表型的確定有利于提供Rh基因型確定的確證的或補(bǔ)充的證據(jù)。這樣的基因型確定可通過(guò)血清學(xué)檢測(cè)進(jìn)行。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，為使用本發(fā)明的Rh基因型確定方法提供了一診斷試劑盒。在這個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的診斷試劑盒可通過(guò)檢測(cè)靶核酸序列，如RhD和/或RhCcEe基因特異的序列確定Rh血型基因型。該試劑盒中含有一能有差異地切斷DNA樣品從而產(chǎn)生能提供有關(guān)Rh基因型信息的Rh DNA片段的限制性酶。該試劑盒可含有一擴(kuò)增引物或引物組，即可用于通過(guò)序列特異性結(jié)合到D和/或CcEe DNA或引起其延伸的寡核苷酸。通常，引物在第一試劑容器中提供，而限制性酶在第二試劑容器中提供。
該試劑盒還可進(jìn)一步包括其它的容器設(shè)備，例如多孔微量滴定板。在這種情況下，該試劑盒可包括微量滴定板，其上附有與D和/或CcEe靶序列基本上互補(bǔ)的寡核苷酸捕獲探針。
另外，該試劑盒可包括其它的成份如試劑，稀釋液，緩沖液，以及對(duì)照樣品。該試劑盒也可包括檢測(cè)工具，例如核酸染料或寡核苷酸探針。試劑盒可以任何能夠?qū)嵤┍景l(fā)明方法中特定實(shí)施方案的形式構(gòu)成和出售。通常，例如，每種試劑盒均以獨(dú)立的容器提供。這些試劑盒還可進(jìn)一步包括從受檢者獲得紅細(xì)胞組織樣品的工具，從組織樣品中提取DNA的工具，檢測(cè)Rh DNA的工具等，沒(méi)有限制。
在另外一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一確定受檢者Rh基因型的診斷組合物。在這個(gè)實(shí)施方案中，該組合物包括鑒定受檢者所有或部分Rh基因型的DNA片段。該特征性DNA片段由受檢者DNA樣品的選擇性斷裂產(chǎn)生。
因此，作為本發(fā)明的結(jié)果，提供了一種安全方便地區(qū)分患者Rh基因型的診斷方法。具體地，可選擇性地或彼此結(jié)合并與其它基因型信息一起確定RhDd和RhCcEe基因型?，F(xiàn)在提供了一種確定子宮內(nèi)胎兒Rh基因型的方法，該方法甚至無(wú)需提取血樣即可進(jìn)行。以從獲自諸如羊水或絨膜絨毛的組織樣品的DNA中確定Rh基因型，具體為Dd和/或CcEe基因型，為基礎(chǔ)的檢測(cè)，現(xiàn)在可使臨床醫(yī)師降低被測(cè)胎兒的風(fēng)險(xiǎn)程度。而且，新的診斷方法能夠精確地預(yù)見新生兒抗Rh引起的溶血癥的可能性。
本發(fā)明的這些或其它的優(yōu)點(diǎn)將從此后詳述及實(shí)施例中看出。詳述及實(shí)施例可加深對(duì)本發(fā)明的理解，但并不意味著限制本發(fā)明的范圍。
附圖簡(jiǎn)述本發(fā)明中的優(yōu)選實(shí)施方案選出來(lái)為了詳細(xì)解釋與描述，而不意味著以任何方式限制本發(fā)明的范圍。本發(fā)明中某些方面的優(yōu)選實(shí)施方案在附圖中說(shuō)明，其中

圖1是一說(shuō)明根據(jù)本發(fā)明方法使用的一組Rh基因探針間關(guān)系的圖，這些探針一起橫跨Rh cDNA從5′到3′的非翻譯區(qū)。
圖2顯示用根據(jù)本發(fā)明的方法從八個(gè)無(wú)親緣關(guān)系的個(gè)體中制備的基因組DNA的Southern印跡。
圖3是一完全的Rh多肽基因SphI限制性圖譜，包括D與非D基因中外顯子分布的圖示說(shuō)明以及SphI RFLPs與Rh單倍型的關(guān)系。
圖4顯示了用根據(jù)本發(fā)明的方法制備的來(lái)自4個(gè)攜帶有不同的Rh單倍型的家族的基因組DNA的Southern印跡，以及每個(gè)家族的譜系。
圖5示意說(shuō)明在一個(gè)單獨(dú)家族中Rh單倍型從父母?jìng)鬟f給孩子。
圖6顯示了用本發(fā)明中的方法制備的15個(gè)無(wú)關(guān)隨機(jī)個(gè)體的基因組DNA的Southern印跡。
圖7顯示了用本發(fā)明中的方法制備的15個(gè)表現(xiàn)出不同Rh基因型的無(wú)親緣關(guān)系個(gè)體的基因組DNA的Southern印跡。
圖8顯示了用本發(fā)明中的方法制備的6個(gè)非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物的基因組DNA的Southern印跡。
圖9顯示了用本發(fā)明中的方法制備的來(lái)自有同種免疫風(fēng)險(xiǎn)的胎兒羊水基因組DNA的Southern印跡。
發(fā)明詳述如上已詳述，Rh基因型的確定，尤其是Dd和CcEe基因型的確定，具有重要的臨床意義。但是，至今Rh遺傳學(xué)的復(fù)雜性仍是一個(gè)尚未有效克服的難點(diǎn)。盡管存在這樣的問(wèn)題，現(xiàn)在仍意外地證明能夠非常精確地鑒定Rh基因型。
本發(fā)明提供了一種區(qū)分Rh基因型的方法，該方法以存在于并精確描述所有主要Rh結(jié)構(gòu)基因即D和CcEe的一組RFLPs為基礎(chǔ)。外顯子特異的cDNA和寡核苷酸探針被用于繪制主要Rh基因的圖譜并確定內(nèi)切核酸酶切割位點(diǎn)的位置。已篩選出一組限制性內(nèi)切核酸酶試圖鑒別一組可提供確定Rh基因型所必需信息的限制性片段。意外地發(fā)現(xiàn)用單一內(nèi)切核酸酶可產(chǎn)生一組可直接并特異地鑒定RhDd和RhCcEe基因型的限制性片段。
在能提供大量信息的家族中對(duì)限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性的分離方式進(jìn)行跟蹤并檢測(cè)了它們?cè)跓o(wú)關(guān)人群中的分布。發(fā)現(xiàn)特定的RFLP標(biāo)記與不同的Rh單倍型一起共傳遞?？紤]到以前要完全確定主要Rh基因的努力，這個(gè)不尋常的發(fā)現(xiàn)是出乎意料的。新的RFLP標(biāo)記與不同Rh單倍型的共傳遞不僅建立了基因型與相應(yīng)血型表型的聯(lián)系，而且為確定與Rh陽(yáng)性或陰性狀態(tài)(DD，Dd或dd)，以及與RHCcEe狀態(tài)(CCEE，CCEe，CcEE，CcEe，CCee，Ccee，ccEe，ccEE或ccee)相關(guān)的Rh接合性提供了直接的方法。這些特征使得本發(fā)明的方法可用于確定Rh基因型，并可望在Rh同種免疫的遺傳學(xué)建議及產(chǎn)前評(píng)定中起越來(lái)越重要的作用。
為了更清楚準(zhǔn)確地描述本發(fā)明，在下面的討論中采用了一些術(shù)語(yǔ)性的慣用語(yǔ)，這些慣用語(yǔ)力圖為幫助本發(fā)明的描述提供實(shí)用的工具，但并不是加以限制，熟練的技術(shù)人員可意識(shí)到還含有其它和額外的解釋。
例如，在本發(fā)明中，術(shù)語(yǔ)“D基因”指編碼Rh D蛋白的基因。術(shù)語(yǔ)“D蛋白”指帶有D特異性或抗原決定簇的蛋白。D/d基因型指基因組中D基因存在或缺乏(或靜息)的結(jié)果，D蛋白表達(dá)的有或無(wú)決定了D/d表型。應(yīng)當(dāng)指出術(shù)語(yǔ)“d”或“d”不能理解為指等位基因的存在，而是指可檢測(cè)到的D蛋白或D基因的缺乏。實(shí)際上，如在此以外已提到的，尚未發(fā)現(xiàn)血清學(xué)可檢測(cè)到的d抗原，也未鑒定出編碼d蛋白的基因。
相形之下，術(shù)語(yǔ)“CcEe基因”指編碼CcEe蛋白的基因。而術(shù)語(yǔ)“CcEe蛋白”指帶有C/c和/或E/e抗原特異性的蛋白。因此，個(gè)體的CcEe基因型被認(rèn)為是由其基因組中CcEe等位基因的特異配對(duì)決定，而個(gè)體的CcEe表型被認(rèn)為是由CcEe蛋白的表達(dá)和表達(dá)的C/c和E/e決定簇的組合決定。
應(yīng)當(dāng)指出名稱“D”和“CcEe”可用于描述蛋白、肽、抗原、核酸、寡核苷酸等，它們與D和CcEe基因和蛋白有關(guān)或相關(guān)。但是通常，應(yīng)當(dāng)清楚與Rh相關(guān)或基于Rh的染色體DNA(包括外顯子，內(nèi)含子和其部分)，核酸模板，核酸轉(zhuǎn)錄本，以及cDNA，用斜體注明，例如，“D”和“CcEe”。這種用法在本領(lǐng)域中是常用的。
“多態(tài)”或“DNA多態(tài)性”是指在同一雜種繁殖的群體中同一特異DNA序列同時(shí)存在兩種或更多變體的現(xiàn)象。多態(tài)差別為由于諸如點(diǎn)突變，基因重排或可變剪接等事件造成的氨基酸序列的差別所致。盡管在同一基因的兩個(gè)譯本的核苷酸序列間存在差異，但除非能帶來(lái)氨基酸序列的改變，否則這樣的差異不會(huì)帶來(lái)表型的多態(tài)性。雖然如此，如果沒(méi)有相應(yīng)氨基酸的改變但可檢測(cè)到核苷酸序列的差異，那么仍存在著基因的多態(tài)性。具體地說(shuō)，如果核苷酸序列的改變導(dǎo)致了限制性酶切割位點(diǎn)的生成或消失，那么可用限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性來(lái)進(jìn)行分析。通常，即使在一單個(gè)基因中鑒定這樣的RFLPs也是困難的。因此，現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)僅用一種限制性酶就使RFLPs能夠確定與兩個(gè)基因有關(guān)的基因型是非常意外的。本發(fā)明的方法利用限制性片段多態(tài)性可分別或一起確定RhD和RhCcEe基因型。
作為本發(fā)明的結(jié)果，現(xiàn)在能夠設(shè)計(jì)包含可用于檢測(cè)Rh基因多態(tài)性的核酸寡聚體或寡核苷酸的探針和/或引物。適于這種目的的探針或引物優(yōu)先與特定的包含Rh基因限制性位點(diǎn)的限制性片段或區(qū)域雜交或?qū)ζ溆刑禺愋?。?yōu)選引物能擴(kuò)增含有一限制性多態(tài)性位點(diǎn)的DNA。由于限制性切割位點(diǎn)的有或無(wú)，擴(kuò)增的DNA可被有差別地消化，從而可確定Rh基因型。通常，但不一定，這樣的限制性多態(tài)性包含這樣一個(gè)位點(diǎn)或區(qū)域，其中核苷酸序列上的一個(gè)點(diǎn)改變導(dǎo)致了Rh基因產(chǎn)物的改變。盡管如此，即使限制性位點(diǎn)改變并不帶來(lái)表型多態(tài)性，這樣的改變一貫與能帶來(lái)這樣的表型多態(tài)性的另一個(gè)突變相關(guān)聯(lián)。因此，在探針或引物中包括那些與較高頻率的等位基因雜交以及那些與較低頻率的等位基因雜交的探針或引物。
因此，如果能識(shí)別Rh DNA上一個(gè)確定的區(qū)域，如編碼D或CcEe多態(tài)性基因座的區(qū)域，可以說(shuō)本發(fā)明中的探針與Rh DNA結(jié)合或與其雜交。如果能與Rh DNA上的一個(gè)確定的區(qū)域結(jié)合或通過(guò)其導(dǎo)致延伸，可以說(shuō)本發(fā)明中的引物擴(kuò)增Rh DNA。因此，如果優(yōu)先擴(kuò)增全部或部分D基因座或全部或部分CcEe基因座，該引物擴(kuò)增D DNA或擴(kuò)增CcEe DNA。而且，本發(fā)明還考慮了“Rh引物”或?qū) DNA和CcEeDNA都非特異性擴(kuò)增的引物的使用。由于在D和CcEe基因間存在著巨大的同源性，這樣的引物是可能的。另一方面，如果一個(gè)引物僅特異地?cái)U(kuò)增與D基因相關(guān)的DNA，這樣的引物對(duì)特定的基因或等位基因是特異的，例如D(“D引物”)，而對(duì)CcEe特異的引物(“CcEe引物”)僅特異地?cái)U(kuò)增CcEe DNA。
通常優(yōu)選能區(qū)分僅有不超過(guò)一個(gè)核苷酸修飾差異的兩個(gè)等位基因的探針或引物。本領(lǐng)域已知可通過(guò)選擇性地構(gòu)建探針和引物以及通過(guò)調(diào)整雜交或其它實(shí)驗(yàn)條件來(lái)控制雜交的特異性。但是，可能存在這樣的情況，需要用到雜交特異性稍低的探針。因此，在特定的上下文中，根據(jù)本發(fā)明的探針或引物可說(shuō)是與特異的Rh序列“基本上互補(bǔ)”。也就是說(shuō)，如果某種情況需要高的精確性，如果寡聚體與特異的靶序列以外的其它序列結(jié)合的可能性非常小，探針或引物與靶序列為基本上互補(bǔ)。在另一種情況下，如果獨(dú)特雜交的概率基本上小于1.0，那么探針或引物可被認(rèn)為是與靶序列基本上互補(bǔ)。因此，如果根據(jù)所需的方法參數(shù)的嚴(yán)格性，本發(fā)明中的探針或引物與靶區(qū)域或是嚴(yán)格地互補(bǔ)，或是僅部分互補(bǔ)，該探針或引物對(duì)靶區(qū)域可以是“基本上互補(bǔ)”。
因此，本發(fā)明用到了與一個(gè)或兩個(gè)Rh基因的片段雜交的探針和引物。當(dāng)兩個(gè)Rh基因或其轉(zhuǎn)錄本需要被鑒定時(shí)，這樣的探針是很有用的。而且，本發(fā)明提供了含有染色體DNA上Rh基因座中一個(gè)或多個(gè)內(nèi)含子的部分或全部的探針和引物。當(dāng)需要鑒定Rh基因本身或需要獲得特定個(gè)體中有關(guān)該基因的其它信息時(shí)，這樣的探針很有用。這在本發(fā)明的高度優(yōu)選實(shí)施方案中均適用。例如，由于在Rh cDNAs中未發(fā)現(xiàn)有SphI切割位點(diǎn)，因此SphI酶的使用需要Rh內(nèi)含子片段的擴(kuò)增。
本發(fā)明的探針或引物中也含有與靶序列鄰接或鄰近的任何區(qū)域基本上不互補(bǔ)的區(qū)域作為其核苷酸序列的一部分。因此，在本發(fā)明的任何探針或引物中，至少有一部分探針或引物與靶片段是基本上互補(bǔ)的。
本發(fā)明中的核酸寡聚體可用作探針或引物，通過(guò)與靶序列結(jié)合或雜交來(lái)鑒定靶核酸片段，例如D和/或CcEe片段的存在。因此，這樣的核酸寡聚體可通過(guò)與可檢測(cè)的標(biāo)記成分，例如螢光標(biāo)記物，電子致密物質(zhì)，報(bào)道成分，特異或非特異結(jié)合成分，或其它本領(lǐng)域熟知的可檢測(cè)成分相連而被可檢測(cè)地標(biāo)記。本發(fā)明中的寡聚體還可含有可與靶核酸序列交聯(lián)的反應(yīng)活性成分。而且，本發(fā)明中的寡聚體可與一些底物，例如與凝膠或樹脂相聯(lián)以固定寡聚體。
本發(fā)明中的分子遺傳學(xué)方法通常涉及從生物樣品中獲得DNA，優(yōu)選哺乳動(dòng)物受檢者，通常為人類患者的紅細(xì)胞組織樣品。一般本方法用于分析血樣，但其它含紅細(xì)胞的組織的樣品也是有用的。在特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種確定胎兒Rh血型基因型的方法。在這個(gè)實(shí)施方案中，優(yōu)選的組織樣品包括羊水或絨膜絨毛樣品?？梢岳斫膺@樣的樣品也可從樣品庫(kù)或組織庫(kù)如血庫(kù)，或從法庭證據(jù)等中獲取。因此，本方法可用于獨(dú)有的或不可替代的樣品上，也可用于篩查大量的樣品。
在此描述的分子遺傳學(xué)方法可方便地用于從羊膜的胎兒細(xì)胞和/或絨膜絨毛細(xì)胞中獲得的DNA樣品并用于確定胎兒的Dd和/或CcEe基因型。這種檢測(cè)可幫助鑒定那些有由于Rh同種免疫而造成新生兒溶血癥危險(xiǎn)的妊娠。
一旦得到了組織樣品，就需要從樣品細(xì)胞中抽提出核酸。這可用本領(lǐng)域熟知的任何方法來(lái)達(dá)到目的。例如參見Sambrook等的方法。(參考文獻(xiàn)24)。純化的核酸部分可直接用于Rh基因型確定，或可貯存至需要時(shí)。
在本發(fā)明的方法中，核酸樣品用本領(lǐng)域熟知的方法選擇性擴(kuò)增，得到擴(kuò)增的核酸產(chǎn)物，其中占極大比例的是與Rh有關(guān)的核酸。依照本發(fā)明中方法的“擴(kuò)增”指以指數(shù)增長(zhǎng)方式擴(kuò)增模板核酸序列用于檢測(cè)痕量特異核酸序列的任何分子生物學(xué)技術(shù)。具體來(lái)說(shuō)，合適的擴(kuò)增技術(shù)包括如PCR和連接酶鏈反應(yīng)(LCR)技術(shù)。PCR以高靈敏度技術(shù)著稱，用途廣泛。LCR以高特異性著稱，可用于檢測(cè)點(diǎn)突變。在某些情況下需要結(jié)合這兩種技術(shù)來(lái)提高檢測(cè)的精確性。PCR是非常著名的技術(shù)，例如在Innis等的文獻(xiàn)中有描述。(參考文獻(xiàn)25)。LCR是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的，在Landegren等(參考文獻(xiàn)25)和Barany等(參考文獻(xiàn)27)的文獻(xiàn)中有描述。LCR試劑盒可從Stratagene購(gòu)得。依據(jù)本發(fā)明中的方法預(yù)計(jì)也可使用其它擴(kuò)增技術(shù)。
不考慮本發(fā)明的方法中用到的精確的擴(kuò)增技術(shù)，用到了一條或多條引物。在此用到的“引物”指一段寡核苷酸，或是天然的，合成的，或是半合成的。它能通過(guò)某種擴(kuò)增技術(shù)啟動(dòng)靶或模板核酸序列以指數(shù)方式擴(kuò)增的DNA合成。對(duì)于PCR，在互補(bǔ)于一條核酸鏈的引物延伸產(chǎn)物的合成被誘發(fā)的情況下，即在合適的緩中液中存在四種不同的核苷三磷酸及聚合反應(yīng)試劑(即DNA聚合酶或反轉(zhuǎn)錄酶)以及合適的溫度條件下，引物作為DNA合成的起始點(diǎn)。對(duì)于LCR，引物可與靶核酸退火并與鄰接的引物連接作為擴(kuò)增的模板。同樣為了LCR的目的，引物通常包含能與單鏈靶分子退火并連接在一起的成對(duì)的鄰接互補(bǔ)的寡核苷酸組。對(duì)于DNA的LCR擴(kuò)增，引物包括兩套鄰接互補(bǔ)的寡核苷酸。
為了最大效率地?cái)U(kuò)增，引物優(yōu)選單鏈寡聚脫氧核糖核苷酸，但也可為雙鏈。如果為雙鏈，在用于制備延伸產(chǎn)物前，引物通常要先處理使其鏈分開。通常，LCR引物為雙鏈。引物的精確長(zhǎng)度依賴許多因素，但通常的范圍在15～25核苷酸之間。短引物分子往往需要較低的溫度以便于與模板形成足夠穩(wěn)定的雜交復(fù)合物。引物不一定要反映模板的準(zhǔn)確序列，但必須足夠的互補(bǔ)以與模板雜交。
在此用到的“引物”可以指不止一個(gè)引物，尤其在待擴(kuò)增的靶區(qū)域的一端或兩端的信息還存在一些疑問(wèn)的情況下。例如，如果核酸序列是由蛋白質(zhì)序列推導(dǎo)而來(lái)，“引物”實(shí)際上是含有代表所有可能的因遺傳密碼的簡(jiǎn)并性而出現(xiàn)的密碼子變體的引物寡核苷酸的集合。在這個(gè)集合中的一個(gè)引物寡核苷酸將與靶序列的末端同源。同樣，如果一“保守”區(qū)在人群中表現(xiàn)出顯著水平的多態(tài)性，就可以制備可擴(kuò)增相鄰序列的引物混合物。
如果需要，通過(guò)摻入可用光譜，光化學(xué)，生化，免疫化學(xué)或化學(xué)手段檢測(cè)的標(biāo)記物可標(biāo)記引物或探針。例如，可用的標(biāo)記物包括32P，螢光染料，電子致密試劑，報(bào)道分子如酶(常用于ELISAs)，生物素，或可得到其抗血清或單克隆抗體的半抗原或蛋白質(zhì)。根據(jù)本發(fā)明熟練的技術(shù)人員也可用其它的標(biāo)記物。標(biāo)記物也可用于“捕獲”引物，從而能促使引物或擴(kuò)增的DNA固定到一固體支持物上。
“寡核苷酸”或“核酸寡聚體”指引物，探針，待測(cè)核酸片段，核酸對(duì)照，和未標(biāo)記的封閉寡聚體，被定義為含兩個(gè)或更多脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的分子。本發(fā)明中的核酸寡聚體可為脫氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)的單鏈寡聚體。寡核苷酸的確切大小將依賴于許多因素和寡核苷酸的最終功能或用途。寡聚脫氧核糖核苷酸和寡聚核糖核苷酸可用已知的方法從天然來(lái)源中獲得或衍生。另外，寡核苷酸也可根據(jù)本領(lǐng)域熟知的方法合成產(chǎn)生。這樣的方法包括，例如合適序列的克隆和限制性消化以及直接化學(xué)合成法，例如Narang等的磷酸三酯法(參考文獻(xiàn)28)；Brown等的磷酸二酯法(參考文獻(xiàn)29)，Beaucage等的二乙基磷酰胺法(參考文獻(xiàn)30)；與美國(guó)專利No.4,458,066的固相支持物法。優(yōu)選寡聚體至少基本上純化以避免在基因型確定方法中帶來(lái)假象。
本發(fā)明中的方法也需要利用限制性內(nèi)切核酸酶對(duì)Rh核酸進(jìn)行消化，該酶是一種通常來(lái)自細(xì)菌，僅在確定的位點(diǎn)切割或斷裂雙鏈DNA的酶。由于這些酶表現(xiàn)出如此高精確性的對(duì)DNA的切割，一給定的限制性酶在任何時(shí)候用于切割DNA的相同區(qū)域都將得到片段的特征性帶型。在DNA中的某一變化導(dǎo)致切割位點(diǎn)或“限制性位點(diǎn)”缺失或產(chǎn)生新位點(diǎn)的情況下，消化物的總量和“限制性片段”的分布可發(fā)生變化。因此，術(shù)語(yǔ)“限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性”或“RFLP”指隨機(jī)分布在整個(gè)基因組上的DNA核苷酸序列的差異，并且在用限制性內(nèi)切核酸酶消化基因組DNA后該差異將導(dǎo)致對(duì)不同的個(gè)體有不同的限制性片段帶型。
用已知的方法可完成限制性酶消化過(guò)程。優(yōu)選的消化過(guò)程僅用一種限制性酶。如果能有效產(chǎn)生具有信息的和/或?qū)嵱玫南拗菩云?，可將這樣的酶組合使用。一種特別優(yōu)選的限制性酶是SphI，在下面將可看出，它非常適合于進(jìn)行本發(fā)明中的方法。
根據(jù)本發(fā)明分析限制性酶消化以推出或獲得有關(guān)Rh基因型的信息。所需信息的類型和范圍將影響限制性酶的選擇。例如，如果想得到RhDd和RhCcEe基因型的信息，發(fā)現(xiàn)SphI酶非同一般地有用。當(dāng)不需要獲得如此完整的信息時(shí)其它的酶可被選擇。熟練的技術(shù)人員將意識(shí)到本發(fā)明中的方法可用其它方式修改以適合Rh基因型具體試驗(yàn)的實(shí)際需要。
一種限制性酶或這樣幾種酶組合的效果可用分離所得限制性片段的方法確定。已知有許多這樣的方法可提供有用的結(jié)果。本領(lǐng)域中一種優(yōu)選方法是用聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)法進(jìn)行片段分離。在下面描述的實(shí)施例中用到了這種方法。
限制性片段可用特異的探針鑒定。適用于本發(fā)明目的的鑒定技術(shù)在本領(lǐng)域是熟知的。例如，這樣的檢測(cè)可用斑點(diǎn)印跡法完成，在該方法中未標(biāo)記的擴(kuò)增樣品結(jié)合到膜上，然后在合適的雜交條件下膜與標(biāo)記的探針溫育。通過(guò)洗滌除去未雜交的探針，然后檢測(cè)膜上標(biāo)記探針的存在。另一合適的方法可根據(jù)PAGE的前后排列完成，這種方法中分開的片段用核酸染色物質(zhì)如溴化乙錠進(jìn)行非特異的染色。例如在Sambrook等《分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》第二版，冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版，NY(1989)(參考文獻(xiàn)24)中描述了這樣的方法。那些熟練的技術(shù)人員還可采用其它適合的方法。
本發(fā)明中的方法也可進(jìn)一步包括與通過(guò)Rh血清學(xué)表型的推論來(lái)確定Rh基因型相關(guān)的步驟。例如，為了避免誤導(dǎo)或錯(cuò)誤的結(jié)果，可能需要用傳統(tǒng)的血清學(xué)檢測(cè)來(lái)補(bǔ)充或證實(shí)從基因組檢測(cè)中得到的信息。另外，根據(jù)本發(fā)明可能用到某些產(chǎn)生有些含糊的結(jié)果的限制性酶，因?yàn)樗玫降南拗菩云蔚募希赡懿荒苊鞔_地說(shuō)明每一種基因型。在這種情況下，用血清學(xué)分析結(jié)合用限制酶進(jìn)行的基因組分析有可能得到每種基因型特有的信息。這種血清學(xué)檢測(cè)可在指定的基因組檢測(cè)之前進(jìn)行，也可平行進(jìn)行或在其之后進(jìn)行。而且，可根據(jù)那些排除或暗示了例如某種罕見基因型的可能性的初步不完整結(jié)果來(lái)安排檢測(cè)方案。與本發(fā)明的鑒定Rh基因型的方法一道進(jìn)行其它標(biāo)記或血型的基因型檢測(cè)也是理想的。例如，與Kell基因型的確定有關(guān)的1994年11月10日提交的美國(guó)申請(qǐng)系列No.08/337，268或1995年6月7日提交的申請(qǐng)系列No.08/484，570所述的鑒定基因型的方法可與本發(fā)明的方法一道進(jìn)行，以提供有關(guān)妊娠更廣泛的可能困難的建議。
本發(fā)明中的Rh基因型確定方法尤其適用于確定胎兒的該基因型，以避免新生兒溶血癥。不過(guò)，本發(fā)明中的方法也適用于許多其它需要獲得有關(guān)某人分子遺傳信息的情況。例如，本發(fā)明中的方法可用于需要獲得有關(guān)從法庭樣品中識(shí)別某一個(gè)體的情況。另外，本發(fā)明中的方法可用于在親子關(guān)系有疑問(wèn)或爭(zhēng)議的情況下獲取能確認(rèn)親子關(guān)系的遺傳信息。另外，本發(fā)明中的方法可用于確定輸血中受血者的Rh基因型，以及用于對(duì)貯存血液進(jìn)行Rh基因型篩查，以避免輸血不相容性。熟練的技術(shù)人員還可意識(shí)到本發(fā)明中的方法的其它應(yīng)用。
下面的實(shí)施例用來(lái)幫助進(jìn)一步了解本發(fā)明。所用的具體材料和條件用來(lái)進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明而非限制其合理的范圍。
實(shí)施例對(duì)于在此描述的每一個(gè)實(shí)施例，所用到的分子生物學(xué)技術(shù)通常按本領(lǐng)域承認(rèn)的方法進(jìn)行。參見，例如Sambrook等(參考文獻(xiàn)24)和Innis等(參考文獻(xiàn)25)的文獻(xiàn)，其內(nèi)容在此引入作為參考。受檢人如以下更詳細(xì)的說(shuō)明，共研究了86個(gè)受檢者。其中，71人正常，而15人帶有低發(fā)生率的Rh抗原變體或Rh缺陷綜合癥。正常受檢者中包括38個(gè)高加索人，16個(gè)黑人，12個(gè)亞洲人(中國(guó)人，日本人和印度人)，3個(gè)土著美洲人和2個(gè)黑人-亞洲人混血者。受檢者或隨機(jī)挑選，或是根據(jù)已知的Rh表型選出(例如Rh陰性個(gè)體的選擇)。另外，受檢者或是無(wú)親緣關(guān)系的個(gè)體，或是相關(guān)的家庭成員。
血樣的Rh抗原特異性(表型)由標(biāo)準(zhǔn)的凝血試驗(yàn)確定。在正常受檢者中，48人確定為Rh陽(yáng)性，23人為Rh陰性。其D，C，c，E，和e血型表型總結(jié)如下Rh陽(yáng)性17D+C+c+E-e+，10D+C-c+E-e+，8D+C+c-E-e+， 7D+C+c+E+e+，3D+C+c-E+e，2D+C-c+E+e-，和1D+C-c+E+e+；和Rh陰性11D-C-c+E-e+，5D-C-c+E+e+，2D-C-c+E+e-，2D-C+c+E-e+，2D-C+c-E-e+，和1D-C+c+E+e+。
關(guān)于Rh基因變體，所有15個(gè)受檢者是不相關(guān)的。其中5人表現(xiàn)出非D抗原缺乏(3D--，1DCw-，和1Dc-)，3人表現(xiàn)出Rh缺陷(2人Rhnull，1人Rhmod)，剩余的人帶有低發(fā)生率的抗原?；蚪MDNA的制備在下面的實(shí)施例中，或用總細(xì)胞裂解法(參考文獻(xiàn)31)，或用順序細(xì)胞裂解法(參考文獻(xiàn)32)，從人或非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物外周血白細(xì)胞中分離高分子量的基因組DNA?；蚪M探針的制備用于下面Rh基因分析的核酸探針包括cDNA，基因組DNA，和寡核苷酸探針。包含有5′區(qū)(外顯子1-4)和3′區(qū)(外顯子4-9)的Rh cDNA探針用反轉(zhuǎn)錄酶-聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)合成。RT-PCR是使用選自公開序列(參考文獻(xiàn)8-9)的引物按已有描述的方法(參考文獻(xiàn)33)進(jìn)行。外顯子特異的探針通過(guò)使用熱穩(wěn)定DNA聚合酶(參考文獻(xiàn)34)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)生。含5′區(qū)和外顯子1(記作Ex1)的一部分的基因組探針從純化的Rh噬菌體克隆(參考文獻(xiàn)33)中擴(kuò)增。檢測(cè)其它外顯子，包括外顯子2至外顯子10，的探針從Rh cDNAs中選擇性擴(kuò)增。所有DNA探針均用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)按傳統(tǒng)的方法純化。
圖1顯示了這些研究中所用的外顯子探針的大小和核苷酸位置。如圖所示，橫跨5′到3′非翻譯(UT)區(qū)的全長(zhǎng)Rh cDNA的序列分為10個(gè)外顯子。起始和終止密碼子的位置如圖示。單個(gè)外顯子特異的cDNA探針如垂直線所示，也指明了它們相對(duì)密碼子ATG第一個(gè)殘基的核苷酸位置。用于這些實(shí)施例的所有探針與D和非D Rh多肽基因都交叉雜交。寡核苷酸探針(25～27聚體)在380A自動(dòng)DNA合成儀上合成并用含7.0mol/L脲的15％PAGE純化。這些寡聚體主要用于證明外顯子作圖的結(jié)果(見下)。通過(guò)Southern印跡和直接凝膠雜交對(duì)外顯子作圖基因組DNA用限制性內(nèi)切核酸酶消化完全，在0.8％瓊脂糖凝膠上電泳并用標(biāo)記的DNA探針進(jìn)行Southern印跡(參考文獻(xiàn)35)或直接的凝膠雜交(參考文獻(xiàn)36)。按隨機(jī)引物延伸法(參考文獻(xiàn)37)用α-32P-dCTP標(biāo)記DNA探針。利用T4多核苷酸激酶正向反應(yīng)用γ-32P-ATP標(biāo)記合成的寡聚體探針(參考文獻(xiàn)24)。如前所述(參考文獻(xiàn)31，36)，按照需要調(diào)整洗脫條件以確保與探針進(jìn)行特異的雜交。
實(shí)施例1與D和非D基因關(guān)聯(lián)的RFLPs的鑒定利用Rh cDNAs作為探針，分析了來(lái)自不相關(guān)個(gè)體的基因組DNAs以鑒定可能與Rh基因連鎖的RFLPs。根據(jù)傳統(tǒng)的方法(參考文獻(xiàn)31，33)檢測(cè)了一組限制性內(nèi)切核酸酶(BamHI，EcoRI，HindIII，PstI，和SphI)。發(fā)現(xiàn)酶SphI能提供獨(dú)特的信息，因?yàn)樗窃摻M中唯一能使D和非D基因片段容易區(qū)分開的限制性核酸內(nèi)切酶。
圖2顯示了8個(gè)帶有常見單倍型(4個(gè)Rh陽(yáng)性和4個(gè)Rh陰性)的無(wú)關(guān)個(gè)體的SphI RFLPs的帶型?；蚪MDNA用SphI消化，印跡到濾膜上，與指定的探針雜交。泳道1～7代表提供給定單倍型純合子信息的個(gè)體。泳道8為dCE/dce雜合子，而dCE/dCE純合子在人群中是非常罕見的。也應(yīng)注意到dCe/dCe純合子帶有D基因的部分缺失。DNA大小標(biāo)記物注明在圖2的左邊，而D和非D基因限制性片段的來(lái)源注明在右邊。注意有三條含外顯子10的分離的片段，在Rh陰性(即Rhd)中缺失的帶為D基因(D10)的外顯子10。根據(jù)大量的分析，在包含外顯子4到外顯子7的基因組區(qū)域中的4個(gè)SphI RFLP構(gòu)架被認(rèn)為與不同的Rh單倍型的存在相關(guān)(表1)。
在由Ex4-7檢測(cè)的5條帶中，8.9和1.2kb的帶僅在帶有Rh陽(yáng)性單倍型的個(gè)體中發(fā)現(xiàn)。這暗示這些片段最可能來(lái)自D基因。而7.3，5.4和1.9kb的片段在Rh陽(yáng)性和Rh陰性個(gè)體中均可觀察到，表明這些片段源自非D基因。
與Rh陽(yáng)性單倍型中的D特異的帶相比，來(lái)自ce，cE，Ce和CE的等位基因片段大小不同。而且，它們出現(xiàn)的頻率明顯與D或d(表1)的連鎖狀態(tài)有關(guān)。特別是，當(dāng)ce基因以Dce形式出現(xiàn)時(shí)發(fā)現(xiàn)它能產(chǎn)生一條或兩條帶，但在dce單倍型中只有一條帶。不考慮它們與D或d的連鎖，cE和CE基因與7.3kb片段的存在相關(guān)。第四種情況，即Ce基因當(dāng)相對(duì)D為順式時(shí)總是產(chǎn)生兩條帶。但是，當(dāng)d相對(duì)Ce為順式時(shí)，Ce基因可產(chǎn)生一條或兩條帶(表1)。所有其它的探針，包括Ex1和Ex10(圖2，小圖1和5)，由于非D基因片段的共遷移作用而缺乏判別力。
實(shí)施例2D基因和非D等位基因的全面SphI圖譜序列研究表明Rh cDNA中沒(méi)有SphI切割位點(diǎn)。也就是說(shuō)如果有的話，SphI僅在內(nèi)含子區(qū)中切割Rh相關(guān)DNA。因此，這意味著用SphI切割產(chǎn)生的每一個(gè)限制性片段中應(yīng)包含至少一個(gè)外顯子。利用這個(gè)特點(diǎn)確定了不同SphI帶中的外顯子成分，并如圖3A所示推導(dǎo)出主要Rh基因的全面的限制性圖譜。注明了位于每一外顯子片段側(cè)翼的SphI(S)切割位點(diǎn)的位置及近似距離(以kb計(jì))。外顯子的排布是根據(jù)Rh陽(yáng)性和Rh陰性個(gè)體的平行分析以及在ace，dcE，dCE單倍型中D基因完全缺乏的事實(shí)(圖2)。這些利用外顯子特異的探針獲得的結(jié)果(圖1)，進(jìn)一步用合成寡核苷酸的直接凝膠作圖(結(jié)果未顯示)得到證實(shí)。
圖3A說(shuō)明D的結(jié)構(gòu)組織與非D基因的結(jié)構(gòu)組織非常相似(參考文獻(xiàn)38)。然而D外顯子中的大部分(10個(gè)中除外顯子3和8外的8個(gè))由于SphI切割位點(diǎn)的不對(duì)稱分布而與非D基因的外顯子有所區(qū)別。盡管源自兩個(gè)基因不同區(qū)域的一些片段存在共遷移，但根據(jù)外顯子成分它們?nèi)阅芊奖愕貐^(qū)分開來(lái)。
已知對(duì)于所有Rh基因，盡管它們的內(nèi)含子4和6缺乏SphI識(shí)別序列，但內(nèi)含子1，2，3，7，8和9中每個(gè)至少含有一個(gè)切割位點(diǎn)。在內(nèi)含子5中，D基因中存在唯一的一個(gè)SphI位點(diǎn)，而對(duì)于非D等位基因則具有多態(tài)性(圖3A)。SphI切割位點(diǎn)的這種分布可充分解釋在8個(gè)Rh單倍型中觀察到的帶型(圖2)，并因此在SphI RFLP構(gòu)架和Rh單倍型間建立了聯(lián)系(圖3B)。
實(shí)施例3家族中SphI RFLPs與Rh單倍型的傳遞為了探究SphI RFLPs是否能夠用于確定Rh基因型，在幾個(gè)家族中跟蹤了它們的傳遞。這種跟蹤使基因型與表型間的關(guān)系得以建立(表2)。
圖4顯示了4個(gè)家族(A-D)的基因組DNA的Southern印跡。每個(gè)家族中的每一個(gè)體都編上號(hào)。由于不能獲得血樣，某些家族成員沒(méi)有檢測(cè)(在家族樹上注明為NT)?；蚪MDNA用SphI消化，并與Ex4-7雜交。凝膠泳道與家族譜系相匹配，并顯示了推斷出的基因型。每一SphI帶的大小都注明，并在小圖4的右邊用兩個(gè)箭頭標(biāo)明了D特異的帶。
在家族A中，所有成員均為D+C+c-E-e+表型。在有親緣關(guān)系的個(gè)體中這樣單一形式的表型可能由兩個(gè)基因型DCe/DCe或DCe/dCe產(chǎn)生。用本發(fā)明中的方法，基因組印跡顯示出家族成員A1，A3和A4為DCe/DCe純合子，而A2和A5為DCe/dCe雜合子(圖4，小圖1)。在后兩受檢者中D特異帶降低的強(qiáng)度也支持了這一結(jié)論。
在家族B中，兩個(gè)基因型(Dce/dce和dce/dce)的推斷更簡(jiǎn)單。如上所述，Dce和dce單倍型由不同的RFLP構(gòu)架確定(表1)。因此，帶有Dce/dce表型的個(gè)體應(yīng)表現(xiàn)出與那些帶有Dce/Dce或dce/dce基因型的個(gè)體不同的SphI帶型(圖2)。這對(duì)家族B來(lái)說(shuō)確實(shí)是個(gè)理由，家族B中成員B1和B4可明確地確定為Dce/dce雜合子(圖4，小圖2和表2)。這些結(jié)果清楚說(shuō)明了與Rh陽(yáng)性或陰性狀態(tài)(D/D，D/d或d/d)相關(guān)的Rh接合性的直接確定方法。
家族C的基因型確定由于多Rh表型的表達(dá)而變得復(fù)雜，多Rh表型可由3個(gè)或6個(gè)單倍型的組合限定(表2)。然而，發(fā)現(xiàn)D基因帶中強(qiáng)度無(wú)降低(圖4，小圖3)排除了所有含d的單倍型。因此，C1應(yīng)帶有DCe/DCe基因型，其他成員應(yīng)帶有DCe/DcE或者DCE/Dce基因型。如果C2帶有DCe/EcE(這是最可能的情況)，C3和C4都將從C1遺傳到DCe而從C2遺傳到DcE(表2)。
圖5顯示了從圖4，小圖4所示的SphI帶型推斷出的Rh單倍型在家族D中的遺傳。與D1相比，D2在D基因帶上表現(xiàn)出降低的強(qiáng)度。因此，D1是帶有DCe/Dce基因型的D/D純合子，而D2是帶有Dce/dce基因型的D/d雜合子。由于D1和D2中的Dce單倍型由不同的構(gòu)架限定，父母Rh單倍型的隨機(jī)分配造成在孩子中有三個(gè)不同的基因型，它們與SphI帶型(圖4，小圖4)以及按類型劃分的血型情況相匹配(表2)。
實(shí)施例4無(wú)關(guān)個(gè)體中SphI RFLPs的分布為了評(píng)價(jià)在未獲得家族資料時(shí)Rh基因型能否確定，我們檢測(cè)了許多Rh表型已由血清學(xué)方法鑒定的無(wú)關(guān)個(gè)體。圖6顯示了代表這個(gè)分析的凝膠放射自顯影圖片，包括7個(gè)Rh陰性和8個(gè)Rh陽(yáng)性個(gè)體。用SphI消化基因組DNA，并用Ex4-7探測(cè)。泳道1-6和10為Rh陰性受檢者，泳道1，6，10為高加索人，2為印度人，3，5為黑人，4為日本人。其它泳道(7-9，1-15)為Rh陽(yáng)性高加索人，他們中除泳道7為DCe/DCe純合子外，其余均為D/d雜合子。在總共被檢測(cè)的23名Rh陰性受檢者中，除了兩個(gè)dCe/dCe純合子外，都可檢測(cè)到7.3 kb的帶，而且該帶的出現(xiàn)與個(gè)體的種族無(wú)關(guān)(圖6)。而且，關(guān)于DCe/dce和DcE/dce基因型的雜合性可直接確定。直接區(qū)分這些基因型的能力非常重要，因?yàn)镈Ce/dce，和DcE是高加索人中最常見的三種單倍型(參考文獻(xiàn)6)。
實(shí)施例5SphI RFLPs與Rh遺傳變體的相關(guān)與分離如上面所提到的，Rh系統(tǒng)具有高度的多態(tài)性，含有許多低出現(xiàn)率的抗原和不同的表型(參考文獻(xiàn)6，39)。為了描述這些低出現(xiàn)率的抗原與SPhI RFLPs的關(guān)系，我們檢測(cè)了15個(gè)無(wú)關(guān)個(gè)體，每人都帶有不同的Rh遺傳變體。這個(gè)分析揭示了SphI片段復(fù)雜的帶型，該帶型表明在不同的遺傳背景下具有Rh表型的多樣性。
圖7顯示了帶有不同Rh表型的15個(gè)無(wú)關(guān)受檢者的基因組DNA的Southern印跡，基因組DNA用SphI消化并用Ex4-7探測(cè)。泳道1和2為DCCee和dccee對(duì)照。應(yīng)指出泳道1-5和6-17在不同的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳。因此，各帶的遷移率在兩張圖中有所不同，但在泳道5和6之間注明了帶的對(duì)應(yīng)位置。不同帶的大小在圖的右邊注明。Rhnull(A)和(R)分別指Rhnull無(wú)效等位基因和調(diào)節(jié)基因類型。
在5個(gè)變異體中，非D抗原(泳道3-7)D--或類似于DCW-，或缺失了非D片段，或與靜息的Ce基因相關(guān)聯(lián)。Dc-受檢者明顯帶有Dce/dce基因型，而e抗原不表達(dá)。對(duì)于Rh缺陷綜合癥(泳道8-10)，Rhnull的無(wú)效等位基因和調(diào)節(jié)基因類型分別與Rh陰性和DCe單倍型相關(guān)聯(lián)，而Rhmod與D基因的增多相伴隨。與Rhmod類似，在基因組印跡中Rh40產(chǎn)生所有5條SphI帶，但其伴隨著Ce的增加而不是D的增加(泳道11)。在Rh33和Rh-32，-46的情況中，都只表現(xiàn)出7.3kb的帶，說(shuō)明它們?cè)赗h陰性背景中出現(xiàn)(泳道12和13)。另一方面，Rh32，-46出現(xiàn)在DCe背景中并伴隨著8.9kb帶強(qiáng)度的降低(泳道14)。rGr變體缺乏D基因片段但含有ce和Ce片段(泳道15)，表明標(biāo)記物抗原G由Ce背景引起。至于E/e系列的變體(泳道16和17)，EW載體明顯為DcEW/ace雜合子，最可能在cE基因上帶有一細(xì)微的改變。相反，hrS-hrB+可能為與DCe單倍型伴隨的e的變體。綜合起來(lái)，這些結(jié)果表明多種分子機(jī)制在決定Rh抗原基因的等位基因多樣性中起作用(表3)。
實(shí)施例6人和非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物SphI帶型的比較為了從進(jìn)化的角度理解SphI構(gòu)架的來(lái)源，分析了來(lái)自6種非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物的基因組DNA并確定了它們的SphI帶型。如圖8所示，在非常嚴(yán)格的洗脫條件下利用與人Ex4-7探針的交叉雜交鑒定了所有非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物的Rh樣基因，表明在整個(gè)靈長(zhǎng)類進(jìn)化中具有高度的保守性。然而，每一物種具有不同的SphI帶型，其范圍從狒狒的一條帶到大猩猩的五條帶。在更高等的靈長(zhǎng)類中，黑猩猩與大猩猩就Dce或DCe單倍型來(lái)說(shuō)似乎最類似于帶有構(gòu)架I的人(表1)。這個(gè)觀察與這兩個(gè)物種紅細(xì)胞上類D和類C抗原的表達(dá)(參考文獻(xiàn)40)和其基因組中2個(gè)或3個(gè)Rh樣基因的存在(參考文獻(xiàn)41)相符合。其它四種物種每個(gè)似乎帶有單個(gè)Rh樣基因，因?yàn)樗鼈儍H顯示出一條或兩條相應(yīng)于人1.9，5.5和8.9kb對(duì)應(yīng)帶的SphI帶。但是，被檢的6個(gè)靈長(zhǎng)類物種中沒(méi)有一個(gè)顯示出了表明Rh陰性單倍型(dce，dcE和dCE)的人7.3kb帶。
實(shí)施例7具有同種免疫風(fēng)險(xiǎn)的胎兒的產(chǎn)前評(píng)定為了說(shuō)明SphI構(gòu)架在具有Rh同種免疫風(fēng)險(xiǎn)的胎兒的產(chǎn)前評(píng)定中的用途，平行分析了從白細(xì)胞和羊膜細(xì)胞(妊娠婦女羊水中的細(xì)胞)中分離出的基因組DNA，并確定了胎兒Rh基因的遺傳組成。圖9顯示了根據(jù)本發(fā)明的方法按在此處描述的技術(shù)制備的基因組Southern印跡。這項(xiàng)分析證明不用血清學(xué)分型的預(yù)先確定，胎兒的D/D，D/d，或d/d狀態(tài)就可明確地確定。
在該分子檢測(cè)中，兩位母親被發(fā)現(xiàn)為dce/dce純合子，而她們每人都懷有一Dce/dce雜合的D陽(yáng)性胎兒(圖9，中間和右邊的小圖)。這一發(fā)現(xiàn)意味著可能發(fā)生母胎Rh同種免疫。在第三個(gè)例子中，母親與胎兒均為DCe/DCe純合子，因此排除了新生兒溶血癥的發(fā)生(圖9，左圖)。
若不拘泥于理論，我們現(xiàn)在描述了決定D，C，c，E和e血型抗原表達(dá)的人Rh多肽基因的作圖與遺傳。Rh在1號(hào)染色體短臂上的位置原來(lái)已用細(xì)胞遺傳學(xué)分析確定(參考文獻(xiàn)42)，最近又用Rh cDNA探針的原位雜交證實(shí)(參考文獻(xiàn)43-44)。然而，此處所述的全面的限制性圖譜的構(gòu)建利用了Rh基因固有的但以前未知的特征在其外顯子中不存在SphI切割位點(diǎn)，而在包括內(nèi)含子序列的非編碼區(qū)中這些位點(diǎn)呈不對(duì)稱分布。這種直接的基因組作圖分別揭示了D和非D基因以及染色體組間相似(若不完全相同的話)的結(jié)構(gòu)組織以及從Rh基因組克隆分析中得到的D的部分EcoRI圖譜和CE的BamHI/XhoI圖譜(參考文獻(xiàn)12，38)。
在產(chǎn)生本發(fā)明的過(guò)程中已知一組SphI RFLPs與Rh結(jié)構(gòu)基因緊密連鎖。利用外顯子特異的探針，我們已將SphI多態(tài)性位點(diǎn)定位在包含外顯子4到外顯子7的基因組區(qū)域上。在涵蓋了這4個(gè)外顯子的5個(gè)SphI限制性片段中，1.2和8.9kb的帶屬D基因，而其它的屬包括ce，cE，Ce和CE等位基因在內(nèi)的非D基因?？商峁┬畔⒌某Ｒ奟h單倍型純合的個(gè)體的分析表明，這些SphI片段以組成4個(gè)主要組織構(gòu)架的不同帶型出現(xiàn)。DNA水平的家族研究進(jìn)一步證明了這樣的Rh構(gòu)架以孟德爾共顯性方式整體遺傳，每一個(gè)代表了D(或d)與一個(gè)非D基因的等位基因的一個(gè)不同組合。這些結(jié)果提供了Rh單倍型的分子解釋并建立了Rh基因型與血型表型間的遺傳關(guān)系。
Rh系統(tǒng)含有近50個(gè)不同的抗原和許多不同的表型，因此是所有已知紅細(xì)胞血型多態(tài)性中最復(fù)雜的一種(參考文獻(xiàn)6，39)。關(guān)于SphIRFLPs與天然存在的Rh變體連鎖的本研究證明了根本的遺傳異質(zhì)性，提示了基因結(jié)構(gòu)和/或調(diào)節(jié)機(jī)制的改變。如在此所示，一些變體(即D--，DCW-，和rGr)與新的SphI帶型相伴隨，而其它變體出現(xiàn)于現(xiàn)存的單倍型背景。盡管至今我們的分析仍限于僅15個(gè)不同的個(gè)體，但結(jié)果有力地說(shuō)明Rh基因座的多樣性主要基于群體水平的等位性。這類似于其它的已鑒定清楚的人基因家族，如主要組織相容性復(fù)合物基因(參考文獻(xiàn)45)和MNSs血型系統(tǒng)(參考文獻(xiàn)46)的情況。
Rh系統(tǒng)的臨床重要性源自其抗原強(qiáng)烈的免疫原性以及人群中Rh陰性表型的高頻度(參考文獻(xiàn)1)。盡管親水性模型預(yù)見D和非DRh多肽類似地形成多跨膜結(jié)構(gòu)域，但D，C，c，E，和e表位的潛在抗原性仍不清楚(參考文獻(xiàn)8-10)。至于Rh陰性單倍型，在高加索人和黑人中dce出現(xiàn)的頻度最高也最普遍(見表1)。在此所示的Rh陰性基因組DNA的大量圖譜確認(rèn)了d是D基因缺失或發(fā)生改變的結(jié)果，與以往的研究結(jié)果一致(參考文獻(xiàn)13，47)。另外，本研究表明d單倍型可分為兩個(gè)不同的構(gòu)架。具體地說(shuō)，盡管dCe或與7.3kb或與1.9和5.4kb的帶相伴隨，但dce，dcE和dCE總是與7.3kb的片段相伴隨。是否這種連鎖不平衡的差異反映了在Rh陰性單倍型進(jìn)化中兩個(gè)獨(dú)立的事件以及是否dce的高出現(xiàn)率與種族限制是因一個(gè)最初的影響而造成，是仍需提出的問(wèn)題。正是本發(fā)明的方法使得現(xiàn)在能進(jìn)行這樣詳細(xì)的分析。
由Rh血型不相容導(dǎo)致的胎兒母親間的同種免疫仍是新生兒溶血癥的重要原因。我們觀察到的四個(gè)SphI構(gòu)架中的每一個(gè)與不同的Rh單倍型關(guān)聯(lián)，可立即用作確定有危險(xiǎn)的胎兒基因型的分子方法。如此處已證明的，SphI帶型加上血清學(xué)分型能夠真實(shí)地確定所有常見的Rh基因型。盡管觀察到了SphI帶型的改變(見上)，但它們僅代表了非常罕見的遺傳變體。因此，這些改變不應(yīng)成為Rh基因型確定中的主要限制因素。目前，胎兒D分型方法完全依賴于用PCR擴(kuò)增對(duì)D特異的基因組序列的檢測(cè)(參考文獻(xiàn)19-20)，這種方法可能對(duì)大量的病例造成誤診(參考文獻(xiàn)21-23)。與這些方法相比，SphI構(gòu)架在Rh基因型確定中的應(yīng)用優(yōu)點(diǎn)在于(1)可直接區(qū)分與D/D，D/d和d/d狀態(tài)有關(guān)的Rh接合性以及(2)由非D等位基因組成的基因型可同時(shí)推導(dǎo)出來(lái)。這種新的直接的基因型確定方法將極有利于Rh同種免疫的遺傳學(xué)建議和產(chǎn)前評(píng)定。
本發(fā)明進(jìn)一步提供了診斷和實(shí)驗(yàn)試劑盒，其中包括能使本發(fā)明的方法以精確，準(zhǔn)確無(wú)誤以及可重復(fù)的方式進(jìn)行的方法。本發(fā)明的試劑盒可包括能用于擴(kuò)增Rh DNA的一條或一組引物。該試劑盒可包括一種或一組適于產(chǎn)生有關(guān)Rh基因型信息的限制性酶。該試劑盒還可進(jìn)一步包括陽(yáng)性和/或陰性對(duì)照試劑以及其它將本發(fā)明的方法用于所需的具體實(shí)驗(yàn)和/或診斷技術(shù)的試劑。該試劑盒含有一個(gè)或更多的容器以容納引物和/或限制性酶，以及容納試劑盒中任何其它的試劑。
因此，盡管已描述的是目前被認(rèn)為是本發(fā)明中優(yōu)選的實(shí)施方案，本領(lǐng)域的技術(shù)人員將意識(shí)到在不背景本發(fā)明精神的情況下能產(chǎn)生另外的和進(jìn)一步的實(shí)施方案。所有這些進(jìn)一步的修飾或改變都在本文列出的權(quán)利要求合乎原則的范圍之內(nèi)。
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權(quán)利要求
1.一種確定受檢者Rh基因型的診斷方法，包括選擇性切割從受檢者獲得的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定Rh基因型。
2.權(quán)利要求1的診斷方法，包括選擇性切割所說(shuō)的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定RhDd基因型。
3.權(quán)利要求1的診斷方法，包括選擇性切割所說(shuō)的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定RhCc基因型。
4.權(quán)利要求1的診斷方法，包括選擇性切割所說(shuō)的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定RhEe基因型。
5.權(quán)利要求1的診斷方法，包括選擇性切割所說(shuō)的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定RhCcEe基因型。
6.權(quán)利要求1的診斷方法，包括選擇性切割所說(shuō)的DNA樣品以產(chǎn)生Rh基因片段，其量足以鑒定RhDd和RhCcEe基因型。
7.權(quán)利要求1的診斷方法，其中選擇性切割步驟包括用基于Rh多態(tài)性而有差別地切割Rh基因的一種限制性酶來(lái)消化所說(shuō)的DNA樣品。
8.權(quán)利要求7的診斷方法，其中選擇性切割步驟包括用基于一個(gè)或更多Rh內(nèi)含子區(qū)的多態(tài)性而有差別地切割Rh基因的一種限制性酶來(lái)消化所說(shuō)的DNA樣品。
9.權(quán)利要求8的診斷方法，其中選擇性切割步驟包括用含SphI的限制性酶來(lái)消化所說(shuō)的DNA樣品。
10.權(quán)利要求1的診斷方法，進(jìn)一步包括在選擇性切割步驟前選擇性擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
11.權(quán)利要求10的診斷方法，其中選擇性擴(kuò)增步驟包括用聚合酶鏈反應(yīng)，連接酶鏈反應(yīng)或其組合來(lái)擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
12.權(quán)利要求10的診斷方法，其中選擇性擴(kuò)增步驟包括用至少一種擴(kuò)增RhD DNA的引物來(lái)擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
13.權(quán)利要求10的診斷方法，其中選擇性擴(kuò)增步驟包括用至少一種擴(kuò)增RhCcEe DNA的引物來(lái)擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
14.權(quán)利要求10的診斷方法，其中選擇性擴(kuò)增步驟包括用至少一種擴(kuò)增RhD DNA的引物和至少一種擴(kuò)增RhCcEe DNA的引物來(lái)擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
15.權(quán)利要求10的診斷方法，其中選擇性擴(kuò)增步驟包括用一種擴(kuò)增RhD DNA和RhCcEe DNA的引物來(lái)擴(kuò)增所說(shuō)的DNA樣品。
16.權(quán)利要求1的診斷方法，其中所說(shuō)的DNA樣品包括基因組DNA。
17.權(quán)利要求1的診斷方法，進(jìn)一步包括從Rh DNA片段中獲得鑒定Rh基因型的信息。
18.權(quán)利要求17的診斷方法，其中獲得步驟包括獲得鑒定Rh基因型的信息，其中Rh基因型選自RhDd基因型，RhCc基因型，RhEe基因型，RhCcEe基因型，RhDCcEe基因型及其組合。
19.權(quán)利要求17的診斷方法，其中獲得步驟進(jìn)一步包括分離Rh DNA片段以獲得Rh片段帶型，其中Rh片段帶型提供了特異性鑒定受檢者Rh基因型的信息。
20.權(quán)利要求19的診斷方法，其中獲得步驟進(jìn)一步包括檢測(cè)Rh片段帶型中一些或所有的Rh DNA片段。
21.權(quán)利要求20的診斷方法，其中檢測(cè)步驟包括用非特異的探針組合物標(biāo)記Rh DNA片段。
22.權(quán)利要求20的診斷方法，其中檢測(cè)步驟包括用雜交探針組合物標(biāo)記一個(gè)或更多Rh DNA片段。
23.權(quán)利要求22的診斷方法，其中標(biāo)記步驟包括用含一種對(duì)RhDDNA片段特異的雜交探針的雜交探針組合物來(lái)標(biāo)記一個(gè)或更多RhDNA片段。
24.權(quán)利要求22的診斷方法，其中標(biāo)記步驟包括用含一種對(duì)RhCcEeDNA片段特異的雜交探針的雜交探針組合物來(lái)標(biāo)記一個(gè)或更多RhDNA片段。
25.權(quán)利要求1的診斷方法，進(jìn)一步包括確定受檢者的非Rh基因型。
26.權(quán)利要求1的診斷方法，進(jìn)一步包括確定受檢者的Rh表型。
27.權(quán)利要求26的診斷方法，其中確定步驟包括用血清學(xué)檢測(cè)來(lái)確定受檢者的Rh表型。
28.權(quán)利要求1的診斷方法，進(jìn)一步包括從受檢者獲得DNA樣品。
29.權(quán)利要求28的診斷方法，其中獲得步驟包括從含受檢者紅細(xì)胞(erythroid)組織的生物樣品中獲得DNA樣品。
30.權(quán)利要求29的診斷方法，其中生物樣品包括羊水或絨膜絨毛且受檢者為子宮中的胎兒。
31.權(quán)利要求29的診斷方法，其中生物樣品包括血樣。
32.一種用于確定Rh基因型的診斷試劑盒，包括(a)含有擴(kuò)增Rh DNA的引物的第一試劑容器；和(b)含有切割Rh DNA以提供鑒定Rh基因型的Rh DNA片段的限制性酶的第二試劑容器。
33.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中引物包括擴(kuò)增RhD DNA和RhCcEe DNA的引物。
34.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中引物包括擴(kuò)增Rh DNA的引物，Rh DNA選自RhD DNA，RhCc DNA，RhEe DNA，RhCcEe DNA，RhDCcEe DNA及其組合。
35.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中限制性酶基于Rh多態(tài)性有差別地切割Rh DNA。
36.權(quán)利要求35的診斷試劑盒，其中限制性酶基于一個(gè)或更多Rh基因內(nèi)含子區(qū)的多態(tài)性有差別地切割Rh DNA。
37.權(quán)利要求36的診斷試劑盒，其中限制性酶為SphI。
38.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中試劑盒進(jìn)一步包括分離RhDNA片段的工具。
39.權(quán)利要求38的診斷試劑盒，其中分離工具包括以分子量，電泳遷移率，或色譜遷移率為基礎(chǔ)分離Rh DNA片段的工具。
40.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中試劑盒進(jìn)一步包括檢測(cè)RhDNA的工具。
41.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中試劑盒進(jìn)一步包括檢測(cè)Rh表型的工具。
42.權(quán)利要求41的診斷試劑盒，其中Rh表型檢測(cè)工具包括用血清學(xué)方法確定Rh表型的工具。
43.權(quán)利要求32的診斷試劑盒，其中試劑盒進(jìn)一步包括從受檢者獲得生物樣品的工具。
44.一種確定Rh基因型的診斷組合物，包括鑒定Rh基因型的DNA片段，其由一種限制性酶選擇性切割來(lái)自受檢者的DNA樣品獲得。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種通過(guò)Rh多態(tài)性的分子基礎(chǔ)的鑒定而確定Rh基因型的診斷方法。具體地說(shuō),本發(fā)明提供了一種直接確定Dd以及伴隨的CeEe基因型的高準(zhǔn)確度的方法,該方法克服了傳統(tǒng)的血清學(xué)定型法中存在的缺陷,并可對(duì)D/D,D/d,和d/d遺傳狀態(tài)進(jìn)行直接的辨別。該診斷方法可對(duì)胎兒進(jìn)行遺傳分型以評(píng)估由Rh同種免疫引起溶血癥的風(fēng)險(xiǎn),并可對(duì)夫婦進(jìn)行遺傳學(xué)上的指導(dǎo)和/或化驗(yàn)以預(yù)見涉及Rh不相容的妊娠的結(jié)果。本發(fā)明中的方法優(yōu)選使用Rh核酸序列的擴(kuò)增,還用到了RhD－,RhCc－,和/或RhEe－特異的核酸序列經(jīng)限制性內(nèi)切酶切出的不同斷裂。另外,還提供了用于確定Rh基因型的診斷試劑盒。
文檔編號(hào)C12N15/09GK1200767SQ96197958
公開日1998年12月2日 申請(qǐng)日期1996年10月28日 優(yōu)先權(quán)日1995年11月6日
發(fā)明者黃承漢 申請(qǐng)人:紐約血液中心有限公司