一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒，該試劑盒包括279種經(jīng)過生物素標(biāo)記的基因探針組合物，本發(fā)明對診斷IBMFS的敏感性及特異性均較高，可用于臨床。
【專利說明】一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及一種試劑盒，特別涉及一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒。
【背景技術(shù)】
[0002]先天性骨髓衰竭綜合征(Inheritedbone marrow failure syndromes, IBMFS)是一組以骨髓衰竭、先天畸形及易發(fā)生腫瘤為主要表現(xiàn)的疾病的總稱。IBMFS包括范可尼貧血(Fanconi anemia, FA)、先天性角化不良(Dyskeratosis congenita, DC)、Shwachman-diamond綜合征，(SDS)、無巨核細(xì)胞性血小板減少(Amegakaryocyticthrombocytopenia)、先天性純紅細(xì)胞再生障礙性貧血(Diamond-blackfan anemia, DBA)、網(wǎng)狀組織發(fā)育不良(Reticular dysgenesis)、家族性再生障礙性貧血(Familial aplasticanemia)、伴撓骨缺失的血小板減少癥(TAR)、嚴(yán)重的先天性中性粒細(xì)胞減少癥等[1]。診斷這些疾病的重要依據(jù)是較典型的臨床表現(xiàn)，但有1/3IBMFS患者缺乏臨床特異性表現(xiàn)，且有部分患者在成人時才發(fā)病。另外，即使利用一些較特殊的檢測手段如彗星及MMC等檢測方法也易出現(xiàn)假陽性結(jié)果，而且漏診率較高[2]。隨著測序技術(shù)的發(fā)展，人們發(fā)現(xiàn)部分IBMFS患者會出現(xiàn)特有的基因突變，并通過測序方法對其進(jìn)行檢測以實現(xiàn)臨床診斷。臨床上所選擇測序基因大多是根據(jù)臨床表現(xiàn)，推測患者為某種疾病后制定的[3]，很可能出現(xiàn)漏診的情況。另外，臨床所用測序技術(shù)多為一代測序，其費用較高，很難廣泛應(yīng)用于臨床。
[0003]高通量測序技術(shù)(High-throughput sequencing),也稱下一代測序技術(shù)(Next-generation sequencing technology),是基因組學(xué)研究領(lǐng)域一個具有里程碑意義的方法。該技術(shù)使得核酸測序的單堿基成本與第一代測序技術(shù)相比急劇下降，如第一代測序方法進(jìn)行人類基因組測序需花費30億美元，而第二代測序僅需萬(美)元。如此低廉的單堿基測序成本使得我們可以實施更多物種的基因組計劃從而解密更多生物物種的基因組遺傳密碼，同時在已完成基因組序列測定的物種中對該物種的其他品種進(jìn)行大規(guī)模地全基因組重測序也成為了可能。近年來，人們結(jié)合第二代測序與微陣列技術(shù)而衍生出來的應(yīng)用方法一目標(biāo)序列捕獲測序技術(shù)(Targeted Resequencing)即高通量捕獲測序技術(shù),為臨床診斷疾病提供了可行的方法。這項技術(shù)首先利用微陣列技術(shù)合成大量寡核苷酸探針，這些探針能夠與基因組上的特定區(qū)域互補結(jié)合，從而富集到特定區(qū)段；然后用第二代測序技術(shù)對這些區(qū)段進(jìn)行測序，一般多采用Illumina HiSeq2000Sequencer技術(shù)進(jìn)行測序；最后通過生物信息學(xué)方法對結(jié)果進(jìn)行分析，總結(jié)患者相關(guān)疾病突變基因情況，為臨床提供了較快速、準(zhǔn)確、廉價的診斷方法。
[0004][I]竺曉凡.兒童骨髓衰竭綜合征.實用兒科臨床雜志，2007，22 (3):165_167。
[0005][2] van der Lelij P, Oostra AB, Rooimans MA, et al.Diagnostic overlap betweenFanconi anemia and the Cohesinopathies:Roberts Syndrome and Warsaw BreakageSyndrome.Anemia.2010 ；2010:565268.[0006][3]Gille JJ, Floor K, Kerkhoven, et al.Diagnosis of fanconi anemia:mutationanalysis by multiplex ligation-dependent probe amplification and PCR-Based sangersequencing.Anemia.2012 ;2012:603253.[0007]鑒于先天性骨髓衰竭綜合征診斷較困難及目前測序方法昂貴的現(xiàn)狀，本發(fā)明提供一種IBMFS高通量捕獲測序診斷試劑盒，利用高通量捕獲測序技術(shù)，為臨床提供全面、快捷及經(jīng)濟的診斷方法。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0008]本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒，該試劑盒對診斷IBMFS的敏感性及特異性均較高，可用于臨床。
[0009]本發(fā)明所釆用的技術(shù)方案為:
[0010]一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的探針組合物，該探針組合物包括如下表1所示的279種經(jīng)過生物素標(biāo)記的基因探針:
[0011]表1
[0012]
【權(quán)利要求】
1.一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的探針組合物，其特征在于:該探針組合物包括如下表1所示的279種經(jīng)過生物素標(biāo)記的基因探針:表 1
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的探針組合物，其特征在于:所述279種基因探針的序列分別為如下表2所述的UCSC數(shù)據(jù)庫中的Dec.2013 (GRCh38/hg38)數(shù)據(jù)庫的基因編號對應(yīng)的序列； 表2
3.一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒，其特征在于:該試劑盒包括權(quán)利要求I或2所述的探針組合物。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述一種用于診斷先天性骨髓衰竭性疾病的試劑盒，其特征在于:所述279種基因探針均溶解在TE緩沖液中，最終濃度均為150ng/ul。
【文檔編號】C12N15/11GK103993096SQ201410252472
【公開日】2014年8月20日 申請日期:2014年6月9日 優(yōu)先權(quán)日:2014年6月9日
【發(fā)明者】竺曉凡, 常麗賢, 曾慧敏, 魏蔚, 安文彬, 萬揚, 阮敏, 陳玉梅, 楊文鈺, 陳曉娟 申請人:中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院（血液學(xué)研究所）