一種檢測(cè)山羊stat3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及其應(yīng)用的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明公開(kāi)了一種檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及應(yīng)用，以包含STAT3基因的待測(cè)山羊全基因組DNA為模板，以引物對(duì)P1、P2或P3為引物，PCR擴(kuò)增山羊STAT3基因；用限制性?xún)?nèi)切酶DdeI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第45204位、第62058位或第62230位的單核苷酸多態(tài)性。3個(gè)位點(diǎn)能夠作為提高西農(nóng)薩能奶山羊體高的分子標(biāo)記，1個(gè)位點(diǎn)作為提高海南黑山羊管?chē)姆肿訕?biāo)記，1個(gè)作為提高海南黑山羊體長(zhǎng)指數(shù)的標(biāo)記，這些有利于中國(guó)地方山羊生長(zhǎng)性狀的標(biāo)記輔助選擇（MAS），有利于快速建立遺傳資源優(yōu)良的山羊種群。
【專(zhuān)利說(shuō)明】—種檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于現(xiàn)代生物技術(shù)與家畜育種領(lǐng)域，涉及基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)的檢測(cè)，特別涉及一種檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002]基因多態(tài)性(polymorphism)是指不同物種或者同一物種內(nèi)的不同個(gè)體間基因組序列的差異，這些差異是由于染色體中DNA等位基因中核苷酸改變引起，主要包括堿基的替換、插入、缺失以及重復(fù)序列拷貝數(shù)的變化。在生物醫(yī)學(xué)和動(dòng)物生產(chǎn)實(shí)踐中，基因多態(tài)性的檢測(cè)及其應(yīng)用具有重要意義。例如:研究人類(lèi)某些重要功能基因多態(tài)性與疾病的易感性的關(guān)聯(lián)，可闡明人體對(duì)疾病、毒物和應(yīng)激的易感性，為臨床醫(yī)學(xué)、遺傳病學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)的發(fā)展開(kāi)拓了新的研究領(lǐng)域；研究動(dòng)物某些基因多態(tài)并分析它們與生長(zhǎng)發(fā)育、泌乳等生產(chǎn)性能的關(guān)系，將有利于標(biāo)記輔助選擇(MAS)技術(shù)為基礎(chǔ)的分子育種。目前，基因多態(tài)性的主要形式是單核核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)。
[0003]SNP是由美國(guó)麻省理工學(xué)院人類(lèi)基因組研究中心學(xué)者Lander (1996)提出的一類(lèi)遺傳標(biāo)記系統(tǒng)，是指基因組DNA序列中由于單個(gè)核苷酸(A/T/C/G)的替換而引起的多態(tài)性。因此，通常所說(shuō)的SNPs包括堿基的替換、插入、缺失以及重復(fù)序列拷貝數(shù)的變化。一個(gè)SNP表示在基因組某個(gè)位點(diǎn)上有一個(gè)核苷酸的變化，主要由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換或者顛換所引起；具有轉(zhuǎn)換型變異的SNPs約占2/3，其他幾種SNP在相似的水平上。CpG 二核苷酸的胞嘧啶是基因組中最易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。 [0004]在任何已知或未知的基因內(nèi)或附近都可能找到數(shù)量不等的SNPs，根據(jù)它們?cè)诨蚪M中分布的位置可分為基因編碼區(qū)SNPs (Coding-region SNPs, cSNPs)、基因周邊SNPs (Perigenic SNPs, pSNPs)和基因間 SNPs (Intergenic SNPs, iSNPs)等三類(lèi)。研究表明，位于編碼區(qū)內(nèi)的cSNPs比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)的變異率僅占周?chē)蛄械?/5，但它在遺傳病和育種的研究中卻具重要意義，因此倍受關(guān)注。近年來(lái)，研究人員對(duì)基因內(nèi)含子SNP及其功能的關(guān)注度逐漸升高。由于內(nèi)含子屬于非編碼序列，曾一度被認(rèn)為“它的存在沒(méi)有意義”，但隨著功能基因組研究的深入，越來(lái)越多的研究發(fā)現(xiàn)，內(nèi)含子并不是基因組的“垃圾”，而是在基因表達(dá)調(diào)控中具有重要的生物學(xué)功能。近年來(lái)，若干研究發(fā)現(xiàn)，內(nèi)含子突變能夠引起某些基因功能的重大改變，從而在動(dòng)物生產(chǎn)實(shí)踐中具有重要應(yīng)用和推廣價(jià)值，其中最著名的例子是“豬IGF2基因內(nèi)含子突變”。胰島素樣生長(zhǎng)因子2 (Insulin-like growthfactor2, IGF2)基因是歐洲科學(xué)家歷時(shí)10年鑒定的一個(gè)影響家豬數(shù)量性狀的呈印跡遺傳的主效基因，位于該基因第3內(nèi)含子3072位核苷酸的G/A替換，改變了順式作用元件與阻抑蛋白的結(jié)合，提高了 30%IGF2在肌肉中的表達(dá)量，從而增加了肌肉產(chǎn)量，降低了背部脂肪沉積。IGF2基因第3內(nèi)含子的G3072A突變對(duì)生長(zhǎng)肥育性狀的重要影響，在專(zhuān)門(mén)化父系的選育中具有重大應(yīng)用價(jià)值。
[0005]此外，在原核生物基因中，不存在內(nèi)含子或著含有少量的內(nèi)含子，而在真核生物基因中內(nèi)含子的存在是普遍現(xiàn)象，而且內(nèi)含子的長(zhǎng)度遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于外顯子的長(zhǎng)度，甚至在人類(lèi)基因組中非編碼序列占到95%~97%。由此可見(jiàn)，隨著生物進(jìn)化程度越高，其內(nèi)含子所含比例也越高，這也進(jìn)一步說(shuō)明內(nèi)含子是具有生物學(xué)功能的。從生物進(jìn)化角度講，內(nèi)含子也必定在生命活動(dòng)中執(zhí)行著某種功能。因此，目前關(guān)于內(nèi)含子的研究會(huì)越來(lái)越多，關(guān)于內(nèi)含子多態(tài)性及其應(yīng)用功能正成為當(dāng)前研究的熱點(diǎn)。
[0006]由于SNPs是二等位基因分子標(biāo)記，所以，理論上在一個(gè)二倍體生物群體中，SNPs可能是由2個(gè)、3個(gè)或4個(gè)等位基因構(gòu)成，但實(shí)際上3個(gè)或4個(gè)等位基因的SNPs很罕見(jiàn)，故SNPs通常被簡(jiǎn)單地稱(chēng)為二等位基因分子標(biāo)記。目前，主要采用幾種不同的路線(xiàn)來(lái)發(fā)現(xiàn)SNPs:即DNA序列測(cè)定方法、PCR-SSCP與DNA測(cè)序結(jié)合法、AS-PCR方法、引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)等。在這些SNP檢測(cè)技術(shù)中，DNA序列測(cè)定法是最為準(zhǔn)確的SNP檢測(cè)方法，但是，其檢測(cè)費(fèi)用極其昂貴，且需要有DNA測(cè)序儀等大型儀器，同時(shí)，在測(cè)序過(guò)程中需要非常熟練的技術(shù)人員和經(jīng)驗(yàn)，所以，DNA序列測(cè)定法不是一種應(yīng)用于生產(chǎn)實(shí)際的理想SNP檢測(cè)方法；當(dāng)然，利用PCR-SSCP與DNA測(cè)序結(jié)合法檢測(cè)SNP可以適當(dāng)降低檢測(cè)費(fèi)用，但是，PCR-SSCP的實(shí)驗(yàn)過(guò)程比較長(zhǎng)，操作比較繁瑣，且實(shí)驗(yàn)過(guò)程中存在假陽(yáng)性問(wèn)題，所以，也并非理想的SNP檢測(cè)手段;AS-PCR方法作為一種新型的SNP檢測(cè)方法，在未來(lái)的應(yīng)用領(lǐng)域中具有非常廣闊的前景，但是，該方法需要設(shè)計(jì)特別的引物，且只能針對(duì)特定的基因位點(diǎn)，同時(shí)，檢測(cè)過(guò)程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應(yīng)用的特點(diǎn)；而引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)技術(shù)檢測(cè)SNP位點(diǎn)，需要平板讀數(shù)儀、基因芯片、微球陣列技術(shù)和質(zhì)譜儀等檢測(cè)平臺(tái)，對(duì)于一般的分子實(shí)驗(yàn)室來(lái)說(shuō)可實(shí)施性不強(qiáng)。
[0007]在這種情況下，PCR-RFLP就成為檢測(cè)SNP的理想技術(shù)，在發(fā)現(xiàn)SNP位點(diǎn)后使用限制性?xún)?nèi)切酶進(jìn)行切割，然后進(jìn)行瓊脂糖、聚丙烯凝膠電泳分析，就能準(zhǔn)確地鑒別SNP位點(diǎn)。PCR-RFLP方法不僅具有DNA測(cè)序法的準(zhǔn)確性，又克服了費(fèi)用昂貴、繁瑣操作、假陽(yáng)性的缺點(diǎn)，而且對(duì)所檢測(cè)的序列位點(diǎn)無(wú)特殊性要求。
[0008]分子育種，即分子標(biāo)記輔助育種(MolecularMark-Assist Selection, MAS),該技術(shù)是借助DNA分子標(biāo)記對(duì)遺傳資源`或育種材料進(jìn)行選擇，對(duì)畜禽的綜合性狀進(jìn)行品種改良，它是利用現(xiàn)代分子生物學(xué)和傳統(tǒng)遺傳育種相結(jié)合的方法，進(jìn)行新品種選育。在羊育種中，人們期望通過(guò)對(duì)生長(zhǎng)性狀密切相關(guān)，并且與數(shù)量性狀緊密連鎖的DNA標(biāo)記的選擇，達(dá)到早期選種和提高育種值準(zhǔn)確性的目的，從而在實(shí)際育種中獲得更大的遺傳進(jìn)展。
[0009]為此，借助分子遺傳標(biāo)記輔助選擇，即將現(xiàn)代生物技術(shù)與常規(guī)選擇方法相結(jié)合，通過(guò)對(duì)遺傳標(biāo)記的選擇來(lái)間接選擇控制某性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)，使之能夠同時(shí)利用標(biāo)記位點(diǎn)信息和數(shù)量性狀的表型信息，更準(zhǔn)確估計(jì)動(dòng)物個(gè)體的育種值，提高選擇效率，將加快育種進(jìn)展。標(biāo)記輔助選擇主要經(jīng)歷了三個(gè)階段:第一階段是家畜各性狀之間的遺傳分析；第二階段是蛋白質(zhì)(酶)標(biāo)記對(duì)數(shù)量性狀的標(biāo)記階段；第三個(gè)階段是分子遺傳標(biāo)記階段。隨著分子標(biāo)記技術(shù)日漸成熟與豐富，使覆蓋整個(gè)基因組的標(biāo)記成為可能，通過(guò)與QTL間的連鎖分析，實(shí)現(xiàn)分子標(biāo)記輔助選擇的目標(biāo)。SNP作為新的遺傳標(biāo)記已廣泛應(yīng)用于基因定位、克隆、遺傳育種及多樣性的研究。
[0010]信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄活化因子(signaltransducers and activators oftranscription; STAT)是一類(lèi)脫氧核糖核酸(DNA)結(jié)合蛋白，由750~850個(gè)氨基酸組成，分子量為 84 ~113kDa (8.4X IO4 ~11.3 X IO4U)。作為 JAK (Janus Kinase)-STAT 途徑中JAKs的重要底物，STATs在細(xì)胞因子(cytokine;CK)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中起著關(guān)鍵性的作用。截止目前，發(fā)現(xiàn)STATs由STAT3和其他6種STATs蛋白組成(如:STATl、STAT2、STAT4、STAT5a、STAT5b 和 STAT6)。
[0011]STAT3是在1994年作為白細(xì)胞介素_6信號(hào)傳遞中的急性期反應(yīng)因子(acute-phaseresponse factor;APRF)被純化的。STAT3廣泛表達(dá)于不同類(lèi)型的細(xì)胞和組織中，對(duì)STAT3缺陷小鼠的研究顯示STAT3在早期胚胎發(fā)育和骨髓細(xì)胞的分化中發(fā)揮著不可或缺的重要作用。此外，STAT3還參與了細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、增生、惡性轉(zhuǎn)化及凋亡抑制等生理功能的調(diào)控。組織特異性的基因敲除結(jié)果表明，STAT3對(duì)于上皮細(xì)胞的凋亡，哺乳后期乳腺的發(fā)育、皮膚重建、角質(zhì)細(xì)胞遷移、巨噬細(xì)胞失活與Th細(xì)胞反應(yīng)中的炎性因子下調(diào)等都具有重要的調(diào)控作用?？傊琒TAT3在胚胎早期發(fā)育、細(xì)胞分化、哺乳后期乳腺的發(fā)育等方面具有很重要的作用，因此，研究中國(guó)地方羊STAT3基因的遺傳變異和分子遺傳特征具有重要的理論和實(shí)踐意義。然而，目前對(duì)于STAT3基因的研究多集中在小鼠和人類(lèi)上，并主要對(duì)其功能進(jìn)行了大量研究。對(duì)中國(guó)地方山羊STAT3基因遺傳變異領(lǐng)域的研究匱乏該基因位點(diǎn)的功能研究更是空白。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0012]本發(fā)明解決的問(wèn)題在于利用Ddel、RsaI和TaqI Forced-PCR-RFLP方法檢測(cè)山羊STAT3基因的多態(tài)性，并將其與生長(zhǎng)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，驗(yàn)證其是否可以作為山羊分子育種中輔助選擇的分子標(biāo)記，從而加快良種選育速度。
[0013]本發(fā)明是通過(guò)以下技術(shù)方案來(lái)實(shí)現(xiàn):
[0014]一種檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法，以包含STAT3基因的待測(cè)山羊全基因組DNA為模板，以引物對(duì)PI為引物，PCR擴(kuò)增山羊STAT3基因；用限制性?xún)?nèi)切酶Dde I消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第45204位的單核苷酸多態(tài)性；
`[0015]以引物對(duì)P2為引物，用限制性?xún)?nèi)切酶RsaI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62058位的單核苷酸多態(tài)性；
[0016]以引物對(duì)P3為引物，用限制性?xún)?nèi)切酶TaqI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62230位的單核苷酸多態(tài)性；
[0017]所述的引物對(duì)Pl為:
[0018]上游引物:tgtgtgagtgtgtaggtttc agaat ；
[0019]下游引物:agataggtta ttaattaatc aactga ；
[0020]所述的引物對(duì)P2為
[0021]上游引物:aaatccagcc tgagggagaa ttcct ；
[0022]下游引物:gagtctcttt gaaagtccac tttgta ；
[0023]所述的引物對(duì)P3為:
[0024]上游引物:tgggaaagatacttgctg ；
[0025]下游引物:gacctgaatc acaggaggaa aagatc。[0026]所述的PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)?
[0027]94.(TC，預(yù)變性 5min ；94.0°C，變性 30s ；50.8°C復(fù)性 30s ；72.(TC延伸 60s，35個(gè)循環(huán)之后72.(TC延伸10min，4.(TC保存擴(kuò)增產(chǎn)物。
[0028]所述的瓊脂糖凝膠電泳為質(zhì)量濃度3%瓊脂糖凝膠電泳。
[0029]根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第45204nt的單核苷酸多態(tài)性為:CC基因型表現(xiàn)為264bp和26bp兩條條帶；CT基因型表現(xiàn)為290bp、264bp和26bp三條條帶；TT基因型表現(xiàn)為290bp —條條帶；
[0030]根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62058nt的單核苷酸多態(tài)性為:GG基因型表現(xiàn)為222bp、97bp和25bp三條條帶；AG基因型表現(xiàn)為222bp、122bp、97bp和25bp四條條帶；AA基因型表現(xiàn)為222bp和122bp兩條條帶；
[0031]根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62230nt的單核苷酸多態(tài)性為:CC基因型表現(xiàn)為233bp、126bp和27bp三條條帶；CT基因型表現(xiàn)為260bp、233bp、126bp和27bp四條條帶；TT基因型表現(xiàn)為260bp和126bp兩條條帶。
[0032]山羊STAT3基因的45204位的CC基因型、62058位的AA基因型、62230位的TT基因型作為西農(nóng)薩能奶山羊的DNA標(biāo)記在輔助選擇育種中的應(yīng)用。
[0033]所述的DNA標(biāo)記是作為提高西農(nóng)薩能奶山羊的體高的分子標(biāo)記。
[0034]山羊STAT3基因的45204位的CC和CT基因型、62058位的AA和GG基因型，作為海南黑山羊的DNA標(biāo)記在輔助選擇育種中的應(yīng)用。
[0035]所述的45204位的CC和CT基因型DNA標(biāo)記是作為提高海南黑山羊的管?chē)姆肿?br> 己 O
[0036]所述的62058位的AA和GG基因型DNA標(biāo)記是作為提高海南黑山羊的體長(zhǎng)指數(shù)的分子標(biāo)記。
[0037]與現(xiàn)有技術(shù)比較，本發(fā)明具有以下有益的技術(shù)效果:
[0038]本發(fā)明根據(jù)STAT3基因的序列設(shè)計(jì)引物，分別以2種山羊品種的基因組DNA為模板，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序后獲得山羊的STAT3基因的部分序列。
[0039]針對(duì)STAT3基因第45204,62058及62230位的SNP多態(tài)性，本發(fā)明還公開(kāi)了其篩查和檢測(cè)方法，通過(guò)特定引物經(jīng)PCR擴(kuò)增含特定限制性?xún)?nèi)切酶位點(diǎn)的片段再酶切鑒定，能夠簡(jiǎn)單、快速、低成本、精確的檢測(cè)其單核苷酸的多態(tài)性。
[0040]本發(fā)明對(duì)2個(gè)山羊品種的SNPs基因型進(jìn)行了檢測(cè)和基因頻率分析，對(duì)上述SNPs位點(diǎn)與山羊部分生長(zhǎng)性狀(如體高、管?chē)腕w長(zhǎng)指數(shù))進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明，3個(gè)SNP位點(diǎn)能夠作為提高西農(nóng)薩能奶山羊體高的分子標(biāo)記，I個(gè)位點(diǎn)可以作為提高海南黑山羊管?chē)姆肿訕?biāo)記，I個(gè)可以作為提高海南黑山羊體長(zhǎng)指數(shù)的標(biāo)記，這些有利于中國(guó)地方山羊生長(zhǎng)性狀的標(biāo)記輔助選擇(MAS)，有利于快速建立遺傳資源優(yōu)良的山羊種群。
【專(zhuān)利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0041]圖1為山羊STAT3基因擴(kuò)增包含第45204位多態(tài)位點(diǎn)的PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果；
[0042]圖2為山羊STAT3基因第45204位SNP的測(cè)序圖。帶框的字母g表示該位點(diǎn)發(fā)生突變:AC_000176:g.45204C>T。
[0043]圖3為山羊STAT3基因包含第45204位的多態(tài)位點(diǎn)的290bp PCR產(chǎn)物的DdeI酶切電泳結(jié)果；
[0044]圖4為山羊STAT3基因擴(kuò)增包含第62058位多態(tài)位點(diǎn)的PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果；
[0045]圖5為山羊STAT3基因第62058位SNP的測(cè)序圖。帶框的字母
【權(quán)利要求】
1.一種檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法，其特征在于，以包含STAT3基因的待測(cè)山羊全基因組DNA為模板，以引物對(duì)PI為引物，PCR擴(kuò)增山羊STAT3基因；用限制性?xún)?nèi)切酶DdeI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第45204位的單核苷酸多態(tài)性； 以引物對(duì)P2為引物，用限制性?xún)?nèi)切酶RsaI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62058位的單核苷酸多態(tài)性； 以引物對(duì)P3為引物，用限制性?xún)?nèi)切酶TaqI消化PCR擴(kuò)增產(chǎn)物之后，再對(duì)酶切后的擴(kuò)增片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62230位的單核苷酸多態(tài)性； 所述的引物對(duì)Pl為: 上游引物:tgtgtgagtg tgtaggtttc agaat ； 下游引物:agataggtta ttaattaatc aactga ； 所述的引物對(duì)P2為 上游引物:aaatccagcc tgagggagaa ttcct ； 下游引物:gagtctcttt gaaagtccac tttgta ； 所述的引物對(duì)P3為: 上游引物:tgggaaagat `acttgctg ； 下游引物:gacctgaatc acaggaggaa aagatc。
2.如權(quán)利要求1所述的檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)?
94.(TC，預(yù)變性 5min ；94.0°C，變性 30s ；50.8°C復(fù)性 30s ；72.(TC延伸 60s，35 個(gè)循環(huán)之后72.(TC延伸10min，4.(TC保存擴(kuò)增產(chǎn)物。
3.如權(quán)利要求1所述的檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法，其特征在于，所述的瓊脂糖凝膠電泳為質(zhì)量濃度3%瓊脂糖凝膠電泳。
4.如權(quán)利要求1所述的檢測(cè)山羊STAT3基因單核苷酸多態(tài)性的方法，其特征在于，根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第45204nt的單核苷酸多態(tài)性為:CC基因型表現(xiàn)為264bp和26bp兩條條帶；CT基因型表現(xiàn)為290bp、264bp和26bp三條條帶；TT基因型表現(xiàn)為290bp —條條帶； 根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62058nt的單核苷酸多態(tài)性為:GG基因型表現(xiàn)為222bp、97bp和25bp三條條帶；AG基因型表現(xiàn)為222bp、122bp、97bp和25bp四條條帶；AA基因型表現(xiàn)為222bp和122bp兩條條帶； 根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果鑒定山羊STAT3基因第62230nt的單核苷酸多態(tài)性為:CC基因型表現(xiàn)為233bp、126bp和27bp三條條帶；CT基因型表現(xiàn)為260bp、233bp、126bp和27bp四條條帶；TT基因型表現(xiàn)為260bp和126bp兩條條帶。
5.山羊STAT3基因的45204位的CC基因型、62058位的AA基因型、62230位的TT基因型，作為西農(nóng)薩能奶山羊的DNA標(biāo)記在輔助選擇育種中的應(yīng)用。
6.如權(quán)利要求5所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的DNA標(biāo)記是作為提高西農(nóng)薩能奶山羊的體聞的分子標(biāo)記。
7.山羊STAT3基因的45204位的CC和CT基因型、62058位的AA和GG基因型，作為海南黑山羊的DNA標(biāo)記在輔助選擇育種中的應(yīng)用。
8.如權(quán)利要求7所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的45204位的CC和CT基因型DNA標(biāo)記是作為提高海南黑山羊的管?chē)姆肿訕?biāo)記。
9.如權(quán)利要求7所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的62058位的AA和GG基因型DNA標(biāo)記是作為提高海南 黑山羊的體長(zhǎng)指數(shù)的分子標(biāo)記。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103866032SQ201410130751
【公開(kāi)日】2014年6月18日 申請(qǐng)日期:2014年3月28日 優(yōu)先權(quán)日:2014年3月28日
【發(fā)明者】潘傳英, 賈文超, 藍(lán)賢勇, 陳宏 , 雷初朝, 徐鐵山 申請(qǐng)人:西北農(nóng)林科技大學(xué)