中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明提供一種中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。本發(fā)明的11個(gè)鑒定位點(diǎn)的坐標(biāo)如下：chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、chr1_304503930、chr8_55949794、chr4_51135766、chr14_51320355、chr6_261199、chr1_82559795、chr15_101338073、chr4_81507260，11個(gè)鑒定位點(diǎn)中國(guó)家豬的優(yōu)勢(shì)等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、A、T、G。用于中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物如表1所示。本發(fā)明的有益效果在于：篩選中國(guó)家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)，通過(guò)現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)檢測(cè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國(guó)家豬品種與西方商品豬血緣。為中國(guó)家豬的育種及種質(zhì)資源保護(hù)過(guò)程中種質(zhì)的鑒定提供準(zhǔn)確指導(dǎo)。
【專(zhuān)利說(shuō)明】中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明提供一種中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。
【背景技術(shù)】:
[0002]本發(fā)明基于全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)，與傳統(tǒng)的單一基因，如MClR基因以及AFLP等鑒別技術(shù)相比，本發(fā)明所給出的分子標(biāo)記位點(diǎn)更加全面地代表了中國(guó)家豬品種中受到選擇的經(jīng)濟(jì)性狀連鎖區(qū)域。解決了現(xiàn)如今中國(guó)多個(gè)家豬品種種質(zhì)資源混亂，難以排除西方商品豬血緣的尷尬局面。11個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)位于7條不同的染色體上，較單一基因的檢測(cè)效力更可信。與傳統(tǒng)鑒定技術(shù)微衛(wèi)星相比較，微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)雖然得到了較廣泛的應(yīng)用，但其隨機(jī)分布在遺傳圖譜上，不能直接與中國(guó)家豬品種所特有分子遺傳組分相關(guān)聯(lián)。

【發(fā)明內(nèi)容】
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[0003]本發(fā)明的目的是提供一種中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)及其其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，為中國(guó)家豬的育種及種質(zhì)資源保護(hù)過(guò)程中種質(zhì)的鑒定提供準(zhǔn)確指導(dǎo)。
[0004]本發(fā)明篩選中國(guó)家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)，通過(guò)現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)檢測(cè)這11個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國(guó)家豬品種與西方商品豬血緣。
[0005]本發(fā)明的技術(shù)方案主要包括:豬DNA的提取，用Illumina 二代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行全基因組重測(cè)序，在全基 因組分析的基礎(chǔ)上篩選分子標(biāo)記并進(jìn)行擴(kuò)大群體驗(yàn)證。使用本方法對(duì)所要鑒定的個(gè)體進(jìn)行基因分型，在本發(fā)明的11個(gè)單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)上，不同的基因型被認(rèn)為是家豬、西方商品豬2個(gè)群體分別特有的，依此來(lái)判斷該個(gè)體屬于哪一群體。11個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的坐標(biāo)如下(基因組版本:NCBI Build Sscrofal0.2)。chr4_90338649、chr6_46031147、 chr3_40173091, chr1_304503930, chr8_55949794、 chr4_51135766、chrl4_51320355、chr6_261199、chrl_82559795、chrl5_101338073、chr4_81507260，11 個(gè)位點(diǎn)中國(guó)家豬的優(yōu)勢(shì)等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、A、T、G。
[0006]用于中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物如表1。
[0007]表1引物序列表
[0008]
【權(quán)利要求】
1.一種中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)，其特征在于該鑒定位點(diǎn)是基因組版本為NCBI Build Sscrofal0.2的11個(gè)鑒定位點(diǎn)，其位點(diǎn)坐標(biāo)為:chr4_90338649、chr6_46031147、 chr3_4017309U chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、chrl4_51320355、chr6_261199、chrl_82559795、chrl5_101338073、chr4_81507260?
2.權(quán)利要求書(shū)I中所述的11個(gè)鑒定位點(diǎn)，中國(guó)家豬的優(yōu)勢(shì)等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、A、T、G。
3.在豬的樣品中擴(kuò)增含有權(quán)利要求書(shū)1-2所述的核苷酸多態(tài)位點(diǎn)的片段。
4.在豬的DNA樣品中對(duì)含有權(quán)利要求書(shū)1-3所述的核苷酸多態(tài)位點(diǎn)的片段進(jìn)行測(cè)序。
5.用于權(quán)利要求1-4所述的中國(guó)家豬與西方商品豬資源鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物為:
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103789411SQ201310723082
【公開(kāi)日】2014年5月14日 申請(qǐng)日期:2013年12月25日 優(yōu)先權(quán)日:2013年12月25日
【發(fā)明者】張亞平, 謝海兵, 韓徐曼 申請(qǐng)人:中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所