結(jié)腸直腸癌的預后方法和試劑盒的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及用于預測癌癥患者復發(fā)風險的方法及基于不同基因的表達水平向所述患者提供個性化用藥的方法，所述不同基因的表達是響應于TGF-β刺激而產(chǎn)生的。本發(fā)明還涉及用于實施診斷及預測醫(yī)學方法的試劑盒。
【專利說明】結(jié)腸直腸癌的預后方法和試劑盒

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及診斷領(lǐng)域，并且更具體地，涉及預測癌癥患者復發(fā)風險的方法及向所 述患者提供個性化用藥的方法。本發(fā)明還涉及用于實施診斷及預測藥物方法的試劑盒。

【背景技術(shù)】
[0002] 結(jié)腸直腸癌（CRC)是西方世界最常見的瘤形成之一，其是位于肺癌和前列腺癌之 后導致男性死亡的第三個原因，并且在女性中是位于乳腺癌之后第二常見的瘤形成。結(jié)腸 直腸癌是世界范圍內(nèi)男性中第三常見出63, 000病例，占總數(shù)的10. 0% )和女性中第二常見 (571，000病例，占總數(shù)的9. 4%)的癌癥。據(jù)估計世界范圍內(nèi)有608, 000例由結(jié)腸直腸癌 導致的死亡，占全部癌癥死亡的8%，使其成為第四常見的癌癥死亡原因。（GL0B0CAN. iarc. fr)
[0003] 結(jié)腸直腸癌的主要治療選擇是手術(shù)，根據(jù)個體患者的階段及其他醫(yī)學因素，伴隨 或不伴隨輔助性化療和/或放療。
[0004] 無論對于病人來說還是出于經(jīng)濟原因，選擇合適的治療都很重要。對于患者存活， 知道何時立即使用強烈并具侵略性的治療方法以防止惡性結(jié)腸直腸癌的擴散是很重要的。 否則，可能危及患者的生存。相反地，當不必要時進行強烈并具侵略性的治療對于患者是極 其不利的。這種治療使患者受到由不良毒性產(chǎn)生的一定程度的不適和不便從而可能嚴重影 響患者的生活質(zhì)量。值得注意的是，每個患者有1/400的概率遭遇治療導致致命的毒性。此 夕卜，強烈并具侵略性的治療通常非常昂貴，因此其僅在必要時進行。
[0005] 目前，治療方案的選擇基于腫瘤分期，通常使用美國癌癥聯(lián)合委員會（AJCC)的腫 瘤/節(jié)點/轉(zhuǎn)移（TNM)測試進行選擇。該了匪系統(tǒng)基于三個種類分配數(shù)字。"T"表示腸壁 的侵害程度，"N"表示淋巴結(jié)包含程度，"M"表示轉(zhuǎn)移程度。癌癥的更廣泛階段通常引用源 自通過預后分組的^^值的數(shù)字I、II、III、IV ;更大的數(shù)字表示更晚期的癌癥及可能更壞 的結(jié)果。該系統(tǒng)的細節(jié)見下表1 :
[0006]

【權(quán)利要求】
1. 一種用于預測罹患結(jié)腸直腸癌患者的結(jié)果的方法，用于給罹患結(jié)腸直腸癌患者選 擇合適的治療或選擇可能受益于結(jié)腸直腸癌手術(shù)切除后的輔助療法的患者，所述方法包括 測定來自所述患者的樣本中的NPR3/C5orf23、CDKN2B及FLT1基因的表達水平， 其中相對于所述基因的參照值，所述基因增加的表達水平表明患者消極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者可能受益于手術(shù)治療后的 療法，或 其中相對于所述基因的參照值，所述基因降低的表達水平表明患者積極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者不是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者不大可能受益于手術(shù)治 療后的療法。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，還包括測定一種或多種選自由FRMD6、IGFBP3、ESM1、 FGF1、GEM、MEX3B、WNT2、NGF、MSC、SETBP1、FLJ10357、DACT、MURC 和 CollOAl 組成的組中的 基因的表達水平， 其中相對于所述基因的參照值，所述基因增加的表達水平表明患者消極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者可能受益于手術(shù)治療后的 療法，或 其中相對于所述基因的參照值，所述基因降低的表達水平表明患者積極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者不是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者不大可能受益于手術(shù)治 療后的療法。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中測定了 CDKN2B、NPR3/C5orf23、FLT1、FRMD6、 IGFBP3和ESM1基因的表達水平，并且其中所述患者是罹患II期結(jié)腸直腸癌的患者。
4. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中測定了 CDKN2B、NPR3/C5orf23、FLT1、FGF1、GEM 和MEX3B基因的表達水平，并且其中所述患者是罹患III期結(jié)腸直腸癌的患者。
5. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，包括測定下列基因的表達水平：ANGPTL2、ANGPTL4、 APBB2、BMPR2、BPGM、C13orf33、C5orΠ 3、NPR/C5orf23、CACHD1、CALD1、CDH6、CDKN2B、ClLP、 CNTN1、C0L10A1、C0L12A1、C0L27A1、DACT1、DIXDC1、DNAJB5、DNAJC18、ELTD1、EPHA4、ESM1、 FAP、F⑶6、FGF1、FGF2、FLJ10357、FLT-1、FN1、FRMD4A、FRMD6、GAS1、GEM、GFPT2、GPR161、 HAS2、HEY1、HIC1、HS3ST3A1、IGFBP3、IGFBP7、IL11、INHBA、KAL1、KIAA1755、KLF7、LARP6、 LMCD1、LM04、L0C100128178、L0C644242、L0C728264、L0H3CR2A、LRRC8A、ME0X1、MEX3B、 MFAP2、MGC16121、MSC、MURC、NEDD9、NGF、N0X4、NPR2、NUAK1、OSGIN2、PALLD、PALM2、PDGFA、 PDGFC、PDLIM4、PDPN、PGM2L1、PKN0X2、PMEPA1、PODXL、PPM1E、PTHLH、RASD1、RASGRP3、 RASL12、RGS4、RNF150、RUNX1、S1PR5、SEMA6D、SERPINE1、SETBP1、SHISA2、SLC46A3、SNCAIP、 SN0RD114-3、S0X6、SPSB1、STK38L、SYNE1、SYTL4、TCF4、TGFB2、--ΜΡ3、TMEM88、TNC、TNS1、 TPM1、TSHZ3、TSPAN2、VEPH1、WNT2、WNT9A 和 ZEB1 基因，以及與具有 SEQ ID NO: 1 ?13 的序列 的探針特異性雜交的基因， 其中相對于所述基因的參照值，所述基因增加的表達水平表明患者消極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者可能受益于手術(shù)治療后的 療法，或 其中相對于所述基因的參照值，所述基因降低的表達水平表明患者積極結(jié)果的可能性 增加，即所述患者不是接受手術(shù)治療后的療法的候選人或所述患者不大可能受益于手術(shù)治 療后的療法。
6. 根據(jù)權(quán)利要求1-5中任一項所述的方法，其中額外的測定了患者的腫瘤階段，并且 其中高腫瘤階段是消極結(jié)果可能性增加的指標，即所述患者是接受手術(shù)治療后的輔助 療法的候選人或所述患者可能受益于手術(shù)治療后的療法， 其中低腫瘤階段是積極結(jié)果可能性增加的指標，即所述患者不是接受手術(shù)治療后的輔 助療法的候選人或所述患者不大可能受益于手術(shù)治療后的療法。
7. 根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項所述的方法，其中所述療法選自由化療、放療和/或包 括TGF- β抑制劑的療法組成的組。
8. 根據(jù)權(quán)利要求1-7中任一項所述的方法，其中所述待預測的結(jié)果為復發(fā)或者轉(zhuǎn)移的 發(fā)展。
9. 根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其中所述轉(zhuǎn)移是肝轉(zhuǎn)移。
10. 根據(jù)權(quán)利要求1-9中任一項所述的方法，其中所述樣本選自由腫瘤活組織檢查或 生物流體組成的組。
11. 根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述生物流體選自由血液、血漿和血清組成的 組。
12. -種用于治療癌癥手術(shù)治療后患者的結(jié)腸直腸癌的療法，其中所述患者根據(jù)權(quán)利 要求1-11中任一項所述的方法選擇。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的療法，其中所述療法選自由化療、放療和/或包括TGF- β 抑制劑的療法組成的組。
14. 一種試劑盒，包括足夠用于測定NPR3/C5orf23、CDKN2B和FLT1基因表達水平的試 劑及可選地用于測定一個或多個持家基因表達水平的試劑。
15. 根據(jù)權(quán)利要求14所述的試劑盒，還包括足夠用于測定一種或多種選自由FRMD6、 IGFBP3、ESM1、FGF1、GEM、MEX3B、WNT2、NGF、MSC、SETBP1、FLJ10357、DACT1、MURC 和 Col10A1 組成的組中的基因的表達水平的試劑。
16. 根據(jù)權(quán)利要求15所述的試劑盒，其中所述試劑足夠用于測定CDKN2B、NPR3/ C5orf23、FLT1、FRMD6、IGFBP3 和 ESM1 基因的表達水平或 CDKN2B、NPR3/C5orf23、FLT1、 FGF1、GEM和MEX3B基因的表達水平。
17. 根據(jù)權(quán)利要求16所述的試劑盒，其中所述試劑足夠用于測定下列基因的表達水 平：ANGPTL2、ANGPTL4、APBB2、BMPR2、BPGM、C13orf33、C5orfl3、NPR/C5orf23、CACHD1、 CALD1、CDH6、CDKN2B、CILP、CNTN1、C0L10A1、C0L12A1、C0L27A1、DACT1、DIXDC1、DNAJB5、 DNAJC18、ELTD1、EPHA4、ESM1、FAP、FGD6、FGF1、FGF2、FLJ10357、FLT-1、FN1、FRMD4A、FRMD6、 GAS1、GEM、GFPT2、GPR161、HAS2、HEY1、HIC1、HS3ST3A1、IGFBP3、IGFBP7、IL11、INHBA、KALI、 KIAA1755、KLF7、LARP6、LMCD1、LM04、L0C100128178、L0C644242、L0C728264、L0H3CR2A、 LRRC8A、MEOX1、MEX3B、MFAP2、MGC16121、MSC、MURC、NEDD9、NGF、N0X4、NPR2、NUAK1、OSGIN2、 PALLD、PALM2、PDGFA、PDGFC、PDUM4、PDPN、PGM2L1、PKN0X2、PMEPA1、PODXL、PPM1E、PTHLH、 RASD1、RASGRP3、RASL12、RGS4、RNF150、RUNX1、S1PR5、SEMA6D、SERPINE1、SETBP1、SHISA2、 SLC46A3、SNCAIP、SN0RD114-3、S0X6、SPSB1、STK38L、SYNE1、SYTL4、TCF4、TGFB2、--ΜΡ3、 TMEM88、TNC、TNS1、TPM1、TSHZ3、TSPAN2、VEPH1、WNT2、WNT9A 和 ZEB1 基因，以及與具有 SEQ ID NO: f 13的序列的探針特異性雜交的基因。
18.根據(jù)權(quán)利要求14~17中任一項所述的試劑盒用于預測罹患結(jié)腸直腸癌的患者的結(jié) 果的應用，用于對罹患結(jié)腸直腸癌患者選擇合適的治療或選擇可能受益于結(jié)腸直腸癌手術(shù) 切除后的輔助療法的患者。
【文檔編號】C12Q1/68GK104053788SQ201280067374
【公開日】2014年9月17日 申請日期:2012年11月12日 優(yōu)先權(quán)日:2011年11月28日
【發(fā)明者】愛德華·巴特列斯·戈麥斯, 埃萊娜·桑喬·蘇伊斯, 大衛(wèi)·羅塞爾·里韋拉, 亞歷山大·卡隆, 埃莉薩·埃斯皮內(nèi)特·埃爾南德斯, 塞爾希奧·帕洛莫·龐塞 申請人:加泰羅尼亞調(diào)查和高級研究機構(gòu), 生物醫(yī)藥研究基金會機構(gòu)(Irb巴塞羅那)