癌癥中的erbb3突變的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及癌癥中的體細(xì)胞ERBB3突變，包括ERBB3癌癥的鑒定，診斷和預(yù)后方法，以及癌癥的治療方法，包括某些亞群的患者。
【專利說明】癌癥中的ERBB3突變
[0001] 相關(guān)申請(qǐng)
[0002] 本申請(qǐng)要求2011年11月30日提交的流水號(hào)61/629, 951的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)依據(jù) 35U.S.C. § 119(e)的優(yōu)先權(quán)和權(quán)益，通過述及將其完整收入本文。 發(fā)明領(lǐng)域
[0003] 本發(fā)明涉及癌癥中的體細(xì)胞ErbB3突變，包括ErbB3癌癥的鑒定，診斷和預(yù)后方 法，以及癌癥的治療方法，包括某些亞群的患者。
[0004] 發(fā)明背景
[0005] 受體酪氨酸激酶（RTK)的人表皮生長(zhǎng)因子受體（HER)家族（也稱作ERBB受 體）由四個(gè)成員組成疋6?1?/^1?81/冊(cè)1?1，￡1?82/冊(cè)1?2，￡1?83/冊(cè)1?3和￡1?84/冊(cè)1?4(辦116 8 etal.NatureReviewsCancer5, 341-354 (2005)；Baselgaetal.NatureReviews Cancer9, 463-475 (2009))。ERBB家族成員含有胞外域（ECD)，單次跨越跨膜區(qū)，胞內(nèi)酪 氛酸激酶域和C端信號(hào)傳導(dǎo)尾（1?11找688 6七31.]\1〇1〇61112,541-552(2003);卩6找118〇11. AnnualReviewofBiophysics37, 353-373 (2008))。ECD是一種四結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)，由兩個(gè) L結(jié)構(gòu)域（I和III)和兩個(gè)富含半胱氨酸結(jié)構(gòu)域（II和IV)組成（Burgessetal.Mol Celll2,541-552 (2003) ；Ferguson.AnnualReviewofBiophysics37,353-373 (2008))〇 ERBB受體受多種配體活化，包括表皮生長(zhǎng)因子（EGF)，轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-a(TGF-a)和 神經(jīng)調(diào)節(jié)蛋白（Yardenetal.NatRevMolCellBiol2, 127-137(2001))。所述 受體的活化涉及一個(gè)配體分子同時(shí)結(jié)合結(jié)構(gòu)域I和III，導(dǎo)致經(jīng)由結(jié)構(gòu)域II中二 聚化臂發(fā)生的異二聚化或同二聚化（Burgessetal.MolCelll2, 541-552 (2003); Ogisoetal.CellllO,775-787 (2002) ；Cho.Science297, 1330-1333 (2002)；Dawson etal.MolecularandCellularBiology25,7734-7742 (2005)；Alvaradoet al.Celll42, 568-579(2010);Lemmonetal.Celll41, 1117-1134(2010))。在配體缺失下， 結(jié)構(gòu)域II二聚化臂經(jīng)由結(jié)構(gòu)域IV的分子內(nèi)相互作用而隱藏起來，導(dǎo)致"系留的"，自我抑 制構(gòu)型（Burgessetal.MolCelll2, 541-552 (2003) ;Cho.Science297, 1330-1333 (2002); Lemmonetal.Celll41， 1117-1134(2010);Fergusonetal.MolCellll，507-517(2003))。
[0006] 雖然四種ERBB受體共享相似的結(jié)構(gòu)域組織，但是功能和結(jié)構(gòu)研究顯示ERBB2 不結(jié)合任何已知的ERBB家族配體且組成性處于適合于二聚化的"未系留的"（開放 的）構(gòu)象（Garrettetal.MolCellll, 495-505(2003))。相反，ERBB3,雖然能夠進(jìn)行 配體結(jié)合，異二聚化和信號(hào)傳導(dǎo)，但是具有受損的激酶結(jié)構(gòu)域（Baselgaetal.Nature ReviewsCancer9, 463-475(2009)；Juraetal.ProceedingsoftheNationalAcademy ofSciencesl06,21608-21613 (2009);Shietal.ProceedingsoftheNational AcademyofSciencesl07, 7692-7697(2010))。雖然ERBB2 和ERBB3 自身在功能上 不完全，但是它們的異二聚體是細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)的有力活化物（Pinkas-Kramarskiet al.TheEMB0Journal15, 2452-2467 (1996)；Tzaharetal.MolecularandCellular Biologyl6, 5276-5287(1996)；Holbroetal.ProceedingsoftheNationalAcademyof ScienceslOO, 8933-8938(2003))。
[0007] 在ERBB受體是正常生長(zhǎng)和發(fā)育的關(guān)鍵調(diào)節(jié)物的同時(shí)，還已經(jīng)將它們的脫調(diào)節(jié)與 癌癥的發(fā)生和進(jìn)展聯(lián)系起來（Baselgaetal.NatureReviewsCancer9, 463-475 (2009); Sithanandametal.CancerGeneTher15,413-448 (2008)；Hynesetal.Current OpinioninCellBiology21, 177-184(2009))。特別地，已知在多種癌癥中在ERBB2 和EGFR中發(fā)生導(dǎo)致受體過表達(dá)的基因擴(kuò)增和激活性體細(xì)胞突變（Sithanandamet al.CancerGeneTher15,413-448(2008)；Hynesetal.CurrentOpinioninCell Biology21, 177-184(2009)；ffangetal.CancerCel110, 25-38(2006)；Yamauchiet al.BiomarkMed3, 139-151 (2009))。這導(dǎo)致了多種基于小分子和抗體、靶向EGFR和 ERBB2 的治療劑的開發(fā)（Baselgaetal.NatureReviewsCancer9, 463-475 (2009); Alvarezetal.JournalofClinical0ncology28, 3366-3379 (2010))。雖然尚未完全 確立ERBB4 在癌發(fā)生中的精確作用（Koutrasetal.CriticalReviewsinOncology/ Hemat〇l〇gy74, 73-78 (2010))，但是已經(jīng)報(bào)告了在黑素瘤中ERBB4中的轉(zhuǎn)化性體細(xì)胞突變 (Prickettetal.NatureGenetics41，1127-1132(2009))。最近，鑒于ERBB3 在ERBB2 信 號(hào)傳導(dǎo)中發(fā)揮重要作用且還涉及促進(jìn)對(duì)現(xiàn)有治療劑的抗性，它已經(jīng)成為潛在癌癥治療靶 (Baselgaetal.NatureReviewsCancer9, 463-475(2009)；Aminetal.SeminCellDev Bi〇121，944-950 (2010))。雖然知道一些癌癥中的ERBB3擴(kuò)增和/或過表達(dá)，但是只報(bào)告了 ERBB3體細(xì)胞突變的零星發(fā)生，盡管尚未研究這些突變的功能意義。本文中提供的發(fā)明涉及 人類癌癥中頻繁ERBB3體細(xì)胞突變的鑒定。
[0008] 發(fā)明概述
[0009] 本發(fā)明至少部分基于受體酪氨酸激酶（RTK)的人表皮生長(zhǎng)因子受體（HER)家族的 ERBB3受體中與各種人腫瘤（包括但不限于胃和結(jié)腸腫瘤）有關(guān)的體細(xì)胞突變事件的發(fā)現(xiàn)。 認(rèn)為這些突變傾向于和/或直接促成人腫瘤發(fā)生。確實(shí)，如本文中描述的，有證據(jù)表明一些 突變?cè)隗w內(nèi)促進(jìn)癌發(fā)生。
[0010] 一方面，本發(fā)明提供ErbB3癌癥檢測(cè)劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3癌癥檢測(cè)劑 為ErbB3胃腸癌檢測(cè)劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該檢測(cè)劑包含能夠特異性結(jié)合ErbB3核酸 序列中的ErbB3突變的試劑。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該ErbB3核酸序列包含SEQIDN0:3 或1。
[0011] 在一些實(shí)施方案中，該試劑包含下式的多核苷酸
[0012] 5，Xa-Y-Zb3' 式I，
[0013] 其中
[0014] X為任何核酸且a介于約0和約250之間；
[0015] Y為ErbB3突變密碼子；且
[0016] Z為任何核酸且b介于約0和約250之間。
[0017] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變密碼子編碼（i)SEQIDN0:2中選自104,809,232， 262, 284, 325,846,928,60,111，135, 295,406,453,498,1089 和 1164 的位置處的氨基酸；或 (ii)位置193處的終止密碼子。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
[0018] 另一方面，本發(fā)明提供測(cè)定受試者中ErbB3胃腸癌存在情況的方法。在一個(gè)實(shí)施 方案中，該方法包括在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中的突 變，其中該突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列的至少一個(gè)位置處的氨基酸變化且其中該突變指示 該受試者中的ErbB3胃腸癌。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該導(dǎo)致氨基酸變化的突變位于SEQID N0:2中選自 104,809,232,262,284,325,846,928,60，111，135,295,406,453,498，1089， 1164和193的位置。在其它實(shí)施方案中，該胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
[0019] 另一方面，本發(fā)明提供測(cè)定受試者中ErbB3癌癥存在情況的方法。在一個(gè)實(shí)施方 案中，該方法包括在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸 突變的存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致SEQIDN0:2中選自104,809, 232, 262, 284, 325,846， 928,60,111，135,295,406,453,498,1089,1164,193,492 和 714 的至少一個(gè)位置處的氨基 酸變化，且其中存在該突變指示該受試者中的ErbB3癌癥。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3 癌癥選自下組：胃，結(jié)腸，食道，直腸，盲腸，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌），腎癌， 黑素瘤，卵巢，肺大細(xì)胞，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)，肺和胰腺。
[0020] 在還有另一方面，該測(cè)定方法進(jìn)一步包括下述額外步驟之一：對(duì)所述受試者施用 治療劑，鑒定有需要的受試者，自有需要的受試者獲得樣品，或其任何組合。在一個(gè)實(shí)施方 案中，該治療劑為ErbB抑制劑。在其它實(shí)施方案中，該ErbB抑制劑選自下組：EGFR拮抗劑， ErbB2拮抗劑，ErbB3拮抗劑，ErbB4拮抗劑和EGFR/ErbB3拮抗劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中， 該抑制劑為小分子抑制劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該拮抗劑為拮抗性抗體。在還有另一個(gè)實(shí) 施方案中，該抗體選自下組：?jiǎn)慰寺】贵w，雙特異性抗體，嵌合抗體，人抗體，人源化抗體和 抗體片段。
[0021] 另一方面，該檢測(cè)步驟包括擴(kuò)增或測(cè)序。在一個(gè)實(shí)施方案中，該檢測(cè)包括突變的擴(kuò) 增或測(cè)序及突變或其序列的檢測(cè)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該擴(kuò)增包括將擴(kuò)增引物或擴(kuò)增引 物對(duì)與自該樣品分離的核酸模板混合。在其它實(shí)施方案中，該引物或引物對(duì)與接近或包括 所述突變的區(qū)域互補(bǔ)或部分互補(bǔ)，且能夠在該核酸模板上啟動(dòng)由聚合酶進(jìn)行的核酸聚合。 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該擴(kuò)增進(jìn)一步包括在包含聚合酶和該模板核酸的DNA聚合反應(yīng)中 延伸引物以生成擴(kuò)增子。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在該擴(kuò)增或測(cè)序中，通過包括下述一項(xiàng)或多 項(xiàng)的過程來檢測(cè)該突變：對(duì)自該生物學(xué)樣品分離的基因組DNA中的該突變的測(cè)序，該突變 或其擴(kuò)增子對(duì)陣列的雜交，限制酶對(duì)該突變或其擴(kuò)增子的消化，或該突變的實(shí)時(shí)PCR擴(kuò)增。 在還有另一個(gè)實(shí)施方案中，該擴(kuò)增或測(cè)序進(jìn)一步包括自該生物學(xué)樣品分離的核酸中該突變 的部分或完全測(cè)序。在其它實(shí)施方案中，該擴(kuò)增包括實(shí)施聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR)，逆轉(zhuǎn)錄酶 PCR(RT-PCR)，或連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（LCR)，在該P(yáng)CR，RT-PCR，或LCR中使用自該生物學(xué)樣品分 離的核酸作為模板。
[0022] 在一個(gè)其它方面，本發(fā)明提供在有需要的受試者中治療胃腸癌的方法。在一個(gè)實(shí) 施方案中，該方法包括a)在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中 的突變，其中該突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列中至少一個(gè)位置處的氨基酸變化且其中該突變 指示該受試者中的ErbB3胃腸癌。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括b)對(duì)所述受試 者施用治療劑。在其它實(shí)施方案中，該導(dǎo)致氨基酸變化的突變位于SEQIDN0:2中選自104， 809,232,262,284,325,846,928,60,111，135,295,406,453,498,1089,1164 和 193 的位置。 在另一個(gè)實(shí)施方案中，該胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
[0023] -方面，本發(fā)明提供在受試者中治療ErbB3癌癥的方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方 法包括a)在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸突變的 存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致SEQIDN0:2中選自104,809,232,262,284,325,846,928,60， 111，135, 295,406,453,498,1089,1164,193,492 和 714 的至少一個(gè)位置處的氨基酸變化， 且其中所述突變的存在指示該受試者中的ErbB3癌癥。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一 步包括b)對(duì)所述受試者施用治療劑。在一些實(shí)施方案中，該ErbB3癌癥選自下組的癌癥：胃 癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結(jié)直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌）癌， 腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
[0024] 另一方面，該治療方法涉及ErbB3抑制劑。在一個(gè)別的實(shí)施方案中，該治療劑為 ErbB抑制劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB抑制劑選自下組：EGFR拮抗劑，ErbB2拮抗劑， ErbB3拮抗劑，ErbB4拮抗劑和EGFR/ErbB3拮抗劑。在還有另一個(gè)實(shí)施方案中，該拮抗劑為 小分子抑制劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該拮抗劑為拮抗性抗體。在其它實(shí)施方案中，該抗體選 自下組：?jiǎn)慰寺】贵w，雙特異性抗體，嵌合抗體，人抗體，人源化抗體和抗體片段。
[0025] 別的實(shí)施方案
[0026] -方面，本發(fā)明提供在受試者中測(cè)定ErbB3癌癥存在情況的方法。在一個(gè)實(shí)施方 案中，該方法包括下述步驟，在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序 列中氨基酸突變的存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致選自M60,R193,A232,P262,V295,G325， M406,D492,V714,Q809,R1089,T1164的至少一個(gè)位置處的氨基酸變化。在另一個(gè)實(shí)施方 案中，該方法進(jìn)一步包括對(duì)該受試者施用治療劑。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包 括鑒定該有需要的受試者。在還有另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括自有需要的受試 者獲得該樣品。在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3癌癥選自下組的癌癥：胃癌，結(jié)腸癌，食道癌， 直腸癌，盲腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌），腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞 癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
[0027] 另一方面，本發(fā)明提供在有需要的受試者中測(cè)定ErbB3胃腸癌存在情況的方法， 包括在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中的突變，其中該突變 導(dǎo)致選自V104,Ylll，A232,P262,G284,T389和Q809的至少一個(gè)位置處的氨基酸變化。在 另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括對(duì)該受試者施用治療劑。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該 方法進(jìn)一步包括鑒定該有需要的受試者。在還有另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括自 有需要的受試者獲得該樣品。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該ErbB3胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
[0028] 在一個(gè)其它方面，本發(fā)明提供在有可能響應(yīng)ErbB拮抗劑的有需要的受試者中鑒 定ErbB3胃腸癌的方法，所述方法包括在自該受試者獲得的胃腸癌中檢測(cè)編碼ErbB3的核 酸序列中的突變，其中該突變位于至少一個(gè)選自V104，Y111，A232，P262，G284，T389和Q809 的位置。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括對(duì)該受試者施用治療劑。在一個(gè)其它實(shí) 施方案中，該方法進(jìn)一步包括自有需要的受試者獲得該樣品。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該 ErbB3胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
[0029] 另一方面，本發(fā)明提供在有需要的受試者中治療ErbB3癌癥的方法。在一個(gè)實(shí)施 方案中，該方法包括下述步驟，在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸 序列中氨基酸突變的存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致至少一個(gè)選自M60,R193,A232,P262， V295,G325,M406,D492,V714,Q809,R1089,T1164的位置處的氨基酸變化。在另一個(gè)實(shí)施 方案中，該方法進(jìn)一步包括對(duì)所述受試者施用治療劑。
[0030] 另一方面，本發(fā)明提供在有需要的受試者中治療ErbB3胃腸癌的方法。在一個(gè)實(shí) 施方案中，該方法包括下述步驟，在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核 酸序列中的突變，其中該突變導(dǎo)致至少一個(gè)選自V104,Ylll，A232,P262,G284,T389和Q809 的位置處的氨基酸變化。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括對(duì)所述受試者施用治療 劑的步驟。
[0031] 在一個(gè)實(shí)施方案中，在本發(fā)明方法中施用的治療劑為ErbB抑制劑。在另一個(gè)實(shí)施 方案中，該ErbB抑制劑選自下組：EGFR拮抗劑，ErbB2拮抗劑，ErbB3拮抗劑，ErbB4拮抗劑 和EGFR/ErbB3拮抗劑。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該抑制劑為小分子抑制劑。在一些實(shí)施方 案中，該ErbB抑制劑為EGFR拮抗劑。在其它實(shí)施方案中，該ErbB抑制劑為ErbB2拮抗劑。 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該ErbB抑制劑為ErbB3拮抗劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB抑 制劑為ErbB4拮抗劑。在一些實(shí)施方案中，該ErbB抑制劑為EGFR/ErbB3拮抗劑。在其它 實(shí)施方案中，該拮抗劑為拮抗性抗體。在一些實(shí)施方案中，該抗體選自下組：?jiǎn)慰寺】贵w，雙 特異性抗體，嵌合抗體，人抗體，人源化抗體和抗體片段。
[0032] 另一方面，本發(fā)明的方法包括檢測(cè)步驟，其中對(duì)自該樣品獲得的核酸序列分析該 突變的存在或缺失。在一個(gè)實(shí)施方案中，該檢測(cè)包括該突變的擴(kuò)增或測(cè)序及該突變或其序 列的檢測(cè)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該擴(kuò)增包括將擴(kuò)增引物或擴(kuò)增引物對(duì)與自該樣品分離的 核酸模板混合。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該引物或引物對(duì)與接近或包括所述突變的區(qū)域互 補(bǔ)或部分互補(bǔ)，且能夠在該核酸模板上啟動(dòng)由聚合酶進(jìn)行的核酸聚合。在還有另一個(gè)實(shí)施 方案中，該方法進(jìn)一步包括在包含聚合酶和該模板核酸的DNA聚合反應(yīng)中延伸該引物或引 物對(duì)以生成擴(kuò)增子。在一些實(shí)施方案中，通過包括下述一項(xiàng)或多項(xiàng)的過程來檢測(cè)該突變：對(duì) 自該生物學(xué)樣品分離的基因組DNA中的該突變的測(cè)序，該突變或其擴(kuò)增子對(duì)陣列的雜交， 限制酶對(duì)該突變或其擴(kuò)增子的消化，或該突變的實(shí)時(shí)PCR擴(kuò)增。在其它實(shí)施方案中，該方 法包括自該生物學(xué)樣品分離的核酸中該突變的部分或完全測(cè)序。在一個(gè)實(shí)施方案中，該擴(kuò) 增包括實(shí)施聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR)，逆轉(zhuǎn)錄酶PCR(RT-PCR)，或連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（LCR)，在該 PCR，RT-PCR，或LCR中使用自該生物學(xué)樣品分離的核酸作為模板。
[0033] 附圖簡(jiǎn)述
[0034] 本專利的文件包含至少一幅彩色繪制的圖。專利和商標(biāo)局會(huì)在請(qǐng)求和支付必要費(fèi) 用后提供此專利帶彩色圖的拷貝。
[0035] 圖1。樣品。提供人癌癥中ERBB3的研究中使用的人組織樣品的列表。
[0036] 圖2。代表性野生型ERBB3核酸序列（登錄號(hào)NM_001982)(SEQIDN0 :1)。
[0037] 圖3。代表性野生型ERBB3氨基酸序列（登錄號(hào)NP_001973)(SEQIDNO:2)。
[0038] 圖4(a_f)。ERBB3體細(xì)胞突變。（a-b)顯示源自ERBB3體細(xì)胞突變的蛋白質(zhì)改變 在ERBB3蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域上的定位。在淡紅色背景中以重復(fù)氨基酸變化描繪熱點(diǎn)突變。突變 殘基周圍的背景堅(jiān)線的高度與該特定位置的突變頻率成比例。（c-d)在ERBB3蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 域上描繪的ERBB3非同義體細(xì)胞突變（倒三角形；紅色三角形描繪熱點(diǎn)）。頂部的柱形圖 代表在這項(xiàng)研究和其它已發(fā)表研究中的樣品中觀察到的，在檢測(cè)的每個(gè)位置處突變的計(jì)數(shù) (紅色柱指示熱點(diǎn)突變，而藍(lán)色柱代表別的測(cè)試了活性的非熱點(diǎn)突變體）。（e-f)圖4(a-b) 的擴(kuò)充和補(bǔ)充視圖。圖4(a-f)提供ErbB3的線性視圖，圖4a，c和e顯示N端一半，而圖 4b，d和f顯不C端一半。
[0039] 圖5。ERBB3突變體結(jié)腸樣品中ERBB3突變體的表達(dá)（A，B)和ERBB2的表達(dá)（B)， 如使用RNA-seqdata_ENREF_26 (Seshagiri,S.etal.Comprehensiveanalysisofcolon cancergenomesidentifiesrecurrentmutationsandR-spondinfusions.(Mansuscript inPreparation2〇ll))評(píng)估的。
[0040] 圖6。多重序列比對(duì)ERBB3直向同系物，描繪突變位點(diǎn)間的保守性。使用Clustal ff(ENREF_52)(Larkin,M.A.etal.Bioinformatics(Oxford,England)23, 2947-2948(2007 ))比對(duì)人（H.sapiens) (NP_001973. 2(以SEQIDNO:126公開全長(zhǎng)序列，以出現(xiàn)次序分別 以SEQIDN0:132-151 公開各個(gè)區(qū)域）），黑猩猩（P.troglodytes)(XP_509131.2(以SEQ IDN0:130公開全長(zhǎng)序列，以出現(xiàn)次序分別以SEQIDN0:212-229公開各個(gè)區(qū)域）），灰狼 (C.lupus)(XP_538226. 2(SEQIDN0 :131))，牛（B.taurus) (NP_001096575. 1(以SEQID N0:129公開全長(zhǎng)序列，以出現(xiàn)次序分別以SEQIDN0:192-211公開各個(gè)區(qū)域）），小家鼠 (M.musculus) (NP_034283. 1 (以SEQIDNO:127公開全長(zhǎng)序列，以出現(xiàn)次序分別以SEQID NO:152-171 公開各個(gè)區(qū)域））和褐家鼠（R.norvegicus) (NP_058914. 2(以SEQIDNO:128 公開全長(zhǎng)序列，以出現(xiàn)次序分別以SEQIDNO:172-191公開各個(gè)區(qū)域））。在紅色橢圓形背 景中顯示突變殘基。
[0041] 圖7。頻繁的（或熱點(diǎn)）體細(xì)胞E⑶突變以紅色顯示，定位到（A)"系留的"ERBB3E⑶ 的晶體結(jié)構(gòu)[pdblM6B] (B)上，或（B) "未系留的"ERBB3/ERBB2ECD異二聚體的模型上，基于 EGFRECD二聚體（pdbllVO)，使用ERBB3[pdblM6B]和ERBB2[pdblN8Z]。ERBB3 配體以灰色 表面顯示，基于EGF[pdblIV0] (C)。ERBB3激酶域體細(xì)胞突變以紅色顯示，定位到ERBB3激 酶域的結(jié)構(gòu)[pdb3LMG]上。* =終止密碼子。
[0042] 圖8。定位到ERBB3的ECD晶體結(jié)構(gòu)（pdblM6B)(以結(jié)構(gòu)域著色）上的ERBB3體細(xì) 胞突變。
[0043] 圖9。在3D培養(yǎng)中ERBB3突變體支持MCF10A細(xì)胞不依賴EGF的增殖。單獨(dú)地或 與EGFR或ERBB2任--起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的MCF10A細(xì)胞顯示不依賴EGF的增殖。 在血清，EGF和NRG1缺失實(shí)施涉及MCF10A的研究。EV-空載體。
[0044] 圖10。ERBB3突變體促進(jìn)不依賴EGF和血清、不依賴錨定的生長(zhǎng)。顯示了描繪由 單獨(dú)地或與EGFR或ERBB2組合地表達(dá)ERBB3的MCF10A形成的集落的代表性圖像（a)。對(duì) 于ERBB3突變體與EGFR(b)或ERBB2(c)的組合顯示了來自（a)中描述的測(cè)定法的集落的 定量。
[0045] 圖11。單獨(dú)地（A)或與EGFR(B)或ERBB2 (C)任--起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體 的MCF10A細(xì)胞顯示升高的下游信號(hào)傳導(dǎo)，如通過Western印跡評(píng)估的。在血清，EGF和NRG1 缺失下實(shí)施涉及MCF10A的研究。EV-載體。
[0046] 圖12。在3D培養(yǎng)中ERBB3突變體支持MCF10A細(xì)胞不依賴EGF的增殖。與表達(dá) MCF10A細(xì)胞的ERBB3/ERBB2相比，單獨(dú)地或與EGFR或ERBB2任--起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突 變體的MCF10A細(xì)胞顯示大腺泡體系結(jié)構(gòu)（largeacinararchitecture),增強(qiáng)的Ki67染色 和升高的遷移指數(shù)。數(shù)據(jù)代表三項(xiàng)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)的均值土SEM。在血清，EGF和NRG1缺失下實(shí) 施涉及MCF10A的研究。EV-空載體。
[0047] 圖13A(a-b)顯示表達(dá)所示ERBB3突變體連同ERBB2的MCF10A細(xì)胞在遷移測(cè)定法 中自透孔遷移之后的代表性圖像（a)，及這種遷移效應(yīng)的的定量（b)。
[0048] 圖13B(a-e)顯示ERBB3突變體支持MCE結(jié)腸上皮細(xì)胞不依賴錨定的生長(zhǎng)。與表 達(dá)ERBB3-WT/ERBB2的頂CE細(xì)胞相比，表達(dá)ERBB3自身或與ERBB2組合的MCE結(jié)腸上皮細(xì) 胞顯示不依賴錨定的生長(zhǎng)（a)，升高的集落數(shù)目（b)，升高的磷酸信號(hào)傳導(dǎo)（c，d)和體內(nèi)生 長(zhǎng)（e)。EV-空載體。
[0049] 圖14。ERBB3突變體轉(zhuǎn)化且促進(jìn)BaF3細(xì)胞不依賴IL3的存活。單獨(dú)地或與EGFR 或ERBB2任一一起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞促進(jìn)不依賴IL3的存活。在IL-3 和NRG1缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載體；M=單體；D=二聚體。
[0050] 圖15A-C。ERBB3突變體轉(zhuǎn)化BaF3細(xì)胞并促進(jìn)BaF3細(xì)胞不依賴IL3的存活。單 獨(dú)地（A)或與EGFR(B)或ERBB2(C)任--起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞促進(jìn) ERBB3及其下游效應(yīng)器磷酸化的升高。在IL-3和NRG1缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載 體；M=單體；D=二聚體。
[0051] 圖16。單獨(dú)地或與EGFR或ERBB2任一組合地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞 不依賴錨定的生長(zhǎng)的代表性圖像。在IL-3和NRG1缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載體；M =單體；D=二聚體。
[0052] 圖17?？筃RG1 (-種NRG1中和性抗體）不影響B(tài)aF3細(xì)胞由與ERBB2共表達(dá)的 ERBB3突變體促進(jìn)的不依賴IL-3的存活。在IL-3和NRG1缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空 載體；M=單體；D=二聚體。
[0053] 圖18。在NRG1缺失下BaF3細(xì)胞中升高的ERBB3突變體/ERBB2異二聚體水平，如 在使用BS3交聯(lián)細(xì)胞表面蛋白之后衍生的免疫沉淀的材料中觀察到的。在IL-3和NRG1缺 失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載體；M=單體；D=二聚體。
[0054] 圖19。在NRG1缺失下BaF3細(xì)胞中升高的ERBB3突變體/ERBB2異二聚體水平，如 在細(xì)胞表面上觀察到的，使用鄰近連接測(cè)定法40檢測(cè)。在IL-3和NRG1缺失下實(shí)施BaF3 研究。EV=空載體；M=單體；D=二聚體。
[0055] 圖20A-C。ERBB3-ERBB2異二聚體的定量。使用Duolink圖像軟件工具（Uppsala， Sweden)分析來自鄰近連接測(cè)定法的圖像（圖17)。對(duì)表達(dá)所示ERBB3和ERBB2組合的細(xì)胞 來自5至6個(gè)圖像視野的至少100個(gè)細(xì)胞分析源自ERBB2/ERBB3二聚體的信號(hào)（紅色點(diǎn)）。 用FLAG(ERBB3)和gD(ERBB2)抗體（A)或天然ERBB3和ERBB3抗體（B)實(shí)施測(cè)定法。以均 值土SEM顯示數(shù)據(jù)。圖20C顯示NRG1不能夠支持單獨(dú)表達(dá)ERBB3-WT或突變體的BaF3細(xì) 胞的存活。
[0056] 圖21。ERBB3E⑶突變體響應(yīng)不同劑量的外源配體NRG1顯示升高的不依賴IL-3 的BaF3存活。在IL-3缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載體；M=單體；D=二聚體。
[0057] 圖22。ERBB3突變體促進(jìn)癌發(fā)生且導(dǎo)致總體存活降低。植入有表達(dá)所示ERBB3突 變體/ERBB2組合的BaF3細(xì)胞的小鼠分組的Kaplan-Meier存活曲線顯示與對(duì)照BaF3 (載 體）細(xì)胞相比降低的總體存活（分支的n= 10 ;時(shí)序檢驗(yàn)p〈0. 0001)。
[0058] 圖23。自接受表達(dá)各種ERBB3突變體/ERBB2-WT的帶GFP標(biāo)簽的BaF3細(xì)胞的小 鼠分離的總骨髓細(xì)胞（A)和脾細(xì)胞（B)的流式細(xì)胞術(shù)分析。
[0059] 圖24。顯示了所示研究分支中小鼠（n= 3)的骨髓（A)和脾（B)中GFP陽性細(xì)胞 的均值數(shù)目。
[0060] 圖25。描繪了所示研究分支中來自小鼠（n= 3)的脾（A)和肝⑶的均值重量。 [0061] 圖26。代表性的來自圖21中分析的相同小鼠的骨髓（頂部），脾（中部）和肝 (底部）H&E染色切片。來自空載體動(dòng)物的骨髓由正常造血細(xì)胞組成。* =浸潤(rùn)性腫瘤細(xì)胞，R=紅髓，W=白髓的淋巴樣濾泡。在未標(biāo)記的脾切片中，有浸潤(rùn)性腫瘤細(xì)胞破壞所致紅/ 白髓體系結(jié)構(gòu)的損失?？潭葪l對(duì)應(yīng)于100um。
[0062] 圖27。顯示了來自移植有表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞的小鼠的脾和肝的代表 性圖像。
[0063] 圖28?？笶RBB抗體和小分子抑制劑對(duì)ERBB3突變體的致癌活性的功效。圖中顯 示靶向治療劑對(duì)與ERBB2 -起穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞不依賴IL-3的增殖的影 響。
[0064] 圖29。靶向治療對(duì)與ERBB2 -起穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞不依賴錨定 的生長(zhǎng)的影響的代表性圖像，如該圖所示。
[0065] 圖30。描繪此研究中測(cè)試的各種靶向劑和ERBB受體的示意圖。
[0066] 圖31。在體內(nèi)抗ERBB3抗體有效靶向ERBB3突變體。10mg/kgQW曲妥單抗（Tmab)， 50mg/kgQW抗ERBB3. 1 和 100mg/kgQW抗ERBB3. 2 抗體在阻斷由與ERBB2 組合表達(dá)ERBB3 突變體G284R(A)或Q809R(B)的BaF3細(xì)胞誘導(dǎo)的白血病樣疾病方面的功效。對(duì)照抗體處 理組（對(duì)照Ab)接受40mg/kgQW抗豚草抗體。
[0067] 圖32。靶向治療劑對(duì)圖中所示與ERBB2 -起穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞 的影響。用于治療的抗體和小分子抑制劑的濃度與圖27中所示相同。
[0068] 圖33。顯示處理后8hBaF3中ERBB抗體和小分子抑制劑對(duì)ERBB3和下游信號(hào)傳 導(dǎo)分子磷酸化的影響。圖30中顯示這些相同藥劑在24h時(shí)的影響。
[0069] 圖34。用圖中所示抗體處理后骨髓（BM)和脾中表達(dá)突變體ERBB3,G284R(A)和 Q809R(B)的浸潤(rùn)性BaF3細(xì)胞的比例。
[0070] 圖35。用所示抗體處理后來自植入有ERBB3突變體細(xì)胞，G284R(A)和Q809R(B) 的動(dòng)物的肝和脾重量。
[0071] 圖36。顯示自移植有下述這些細(xì)胞的小鼠的脾和骨髓分離的表達(dá)ERBB3突變體的 浸潤(rùn)性GFP陽性BaF3細(xì)胞。
[0072] 圖37A-H。ERBB3突變體轉(zhuǎn)化且促進(jìn)BaF3細(xì)胞不依賴IL3的存活。（A)單獨(dú)地或 與ERBB2或ERBB2-KD-起地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞不依賴IL3的存活。（B) 單獨(dú)地或與ERBB2或ERBB2-KD任一組合地穩(wěn)定表達(dá)ERBB3突變體的BaF3細(xì)胞不依賴錨定 的生長(zhǎng)的代表性圖像。（C)顯示由（B)中顯示的表達(dá)ERBB3突變體連同ERBB2的BaF3細(xì)胞 形成的集落的數(shù)目的柱圖。單獨(dú)地或與ERBB2-KD組合地表達(dá)ERBB3突變體的細(xì)胞形成非 常少的集落。0>-F)顯示單獨(dú)地（D)或與ERBB2(E)或ERBB2-KD(F)組合地表達(dá)ERBB3突 變體的BaF3 細(xì)胞的pERBB3,pERBB2,pAKT和pERK狀態(tài)的Western印跡。（G)抗NRG1 ( - 種NRG1中和性抗體）不影響由與ERBB2共表達(dá)的ERBB3突變體所促進(jìn)的BaF3細(xì)胞不依賴 IL-3的存活。（H)ERBB3E⑶突變體顯示響應(yīng)劑量漸增的外源NRG1升高的不依賴IL-3的 BaF3存活。在IL-3 (A-H)和NRG1 (A-F)缺失下實(shí)施BaF3研究。EV=空載體；M=單體；D =二聚體。
[0073] 圖38A-J。shRNA介導(dǎo)的ERBB3敲低延遲腫瘤生長(zhǎng)。（A-J)穩(wěn)定表達(dá)可誘導(dǎo)型ERBB3 打靶shRNA的CW-2和DV-90在dox誘導(dǎo)后顯示與未誘導(dǎo)細(xì)胞（A-F)或表達(dá)螢光素酶打靶 shRNA的細(xì)胞（A-F，G，I)相比更低水平的ERBB3和pERK(A，B)，不依賴錨定的生長(zhǎng)（C-F)和 降低的體內(nèi)生長(zhǎng)（H，J)。（E，F(xiàn))中的數(shù)據(jù)代表形成的不依賴錨定的集落的數(shù)目，自像（C，D) 中顯示的圖像的多個(gè)視野定量。以均值土SEM顯示數(shù)據(jù)。
[0074] 圖39提供ErbB3的核酸序列（SEQIDN0 :3)和氨基酸序列（SEQIDN0 :2)。以 加框的氨基酸和加框/下劃線的密碼子指示本發(fā)明的突變。
[0075] 發(fā)明詳述
[0076] 除非另有說明，本發(fā)明的實(shí)施會(huì)采用分子生物學(xué)（包括重組技術(shù)）、微生物學(xué)、 細(xì)胞生物學(xué)、和生物化學(xué)的常規(guī)技術(shù)，這些在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍內(nèi)。文獻(xiàn)中充分解釋了 此類技術(shù)，諸如"MolecularCloning:ALaboratoryManual"，2ndedition(Sambrook etal.，1989) ;"01igonucleotideSynthesis"（M.J.Gait,ed.，1984);"Animal CellCulture"（R.I.Freshney,ed.，1987)"'MethodsinEnzymology"（Academic Press,Inc. )；uHandbookofExperimentalImmunology，'，4thedition(D.M.Weir& C.C.Blackwell,eds. ,BlackwellScienceInc. , 1987);"GeneTransferVectorsfor MammalianCells"（J.M.Miller&M.P.Calos,eds.，1987)"'CurrentProtocolsin MolecularBiology，'(F.M.Ausubeletal.，eds. ,1987) ;"PCR:ThePolymeraseChain Reaction"，（Mullisetal.，eds.，1994)。
[0077]
[0078] 除非另有定義，本文中所使用的所有技術(shù)術(shù)語，符號(hào)及其它科學(xué)術(shù)語意圖具有本 發(fā)明所屬領(lǐng)域中技術(shù)人員通常所理解的含意。在有些情況中，為了清楚和/或便于提及，本 文對(duì)具有通常所理解含意的術(shù)語給出了定義，而且本文中這些定義的內(nèi)含不應(yīng)必然解釋為 代表了與本領(lǐng)域通常所理解含意的實(shí)質(zhì)差異。本文中所描述或提到的技術(shù)和規(guī)程一般得到 了本領(lǐng)域技術(shù)人員的充分理解，而且通常利用常規(guī)方法得以采用，諸如例如Sambrook等， MolecularCloning:ALaboratoryManual第 2版（1989)ColdSpringHarborLaboratory Press，ColdSpringHarbor，N.Y中記載的廣泛使用的分子克隆方法。適當(dāng)時(shí)，涉及使用商 品化試劑盒和試劑的規(guī)程一般依照制造商規(guī)定的方案和/或參數(shù)進(jìn)行，除非另有記載。在 描述所述方法、試劑盒及其用途前，應(yīng)理解本發(fā)明不限于特定的方法學(xué)、方案、細(xì)胞系、動(dòng)物 種或?qū)?、?gòu)建體，且如此描述的試劑當(dāng)然可以變化。還應(yīng)理解本文中使用的術(shù)語學(xué)僅用于描 述具體實(shí)施方案的目的，且不意圖限制本發(fā)明的范圍，這將僅由所附權(quán)利要求限制。
[0079] 必須注意的是，如本文中和所附權(quán)利要求中使用的，單數(shù)形式"一個(gè)/ 一種"和 "該"包括復(fù)數(shù)指代物，除非上下文另外清楚地指示。
[0080] 貫穿本說明書和權(quán)利要求書中，詞"包含/包括"或其變體將理解為暗示納入所述 整數(shù)或整數(shù)組，但不排除任何其他整數(shù)或整數(shù)組。
[0081] 術(shù)語"多核苷酸"或"核酸"在本文中可互換使用，指任何長(zhǎng)度的核苷酸聚合物，包 括DNA和RNA。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經(jīng)過修飾的核苷酸或堿基、和 /或其類似物，或者是可通過DNA或RNA聚合酶摻入聚合物的任何底物。多核苷酸可包含 經(jīng)過修飾的核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類似物。如果有的話，對(duì)核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾可 以在裝配聚合物之前或之后進(jìn)行。核苷酸序列可以由非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以 在聚合后進(jìn)一步修飾，諸如通過與標(biāo)記成分偶聯(lián)。其它類型的修飾包括例如"帽"，將一個(gè) 或多個(gè)天然存在的核苷酸用類似物替代，核苷酸間修飾諸如例如具有不帶電荷連接（例如 膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯（phosphoamidate)、氨基甲酸酯等）和具有帶電荷連接（例 如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等）的修飾，含有懸垂模塊（pendantmoiety)諸如例如蛋白 質(zhì)（例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚L-賴氨酸等）的修飾、具有嵌入劑（例如吖陡、補(bǔ) 骨脂素等）的修飾、含有螯合劑（例如金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬等）的修飾、含有 燒化劑的修飾、具有經(jīng)修飾連接（例如ct端基異構(gòu)核酸（anomericnucleicacid)等）的 修飾、以及未修飾形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖類中的任何羥基可以用例如膦酸 (phosphonate)基團(tuán)、磷酸（phosphate)基團(tuán)替換，用標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)保護(hù)，或活化以制備與 別的核苷酸的別的連接，或者可偶聯(lián)至固體支持物。5'和3'末端0H可磷酸化或者用胺或 1-20個(gè)碳原子的有機(jī)加帽基團(tuán)模塊取代。其它羥基也可衍生成標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)。多核苷酸 還可含有本領(lǐng)域普遍知道的核糖或脫氧核糖糖類的類似物形式，包括例如2' -氧-甲基、 2' -氧-烯丙基、2'-氟-或2' -疊氮-核糖，碳環(huán)糖類似物，a-端基異構(gòu)糖，差向異構(gòu)糖 諸如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖，無環(huán)類似物及脫堿基核苷類似 物諸如甲基核糖核苷?？捎脗溥x連接基團(tuán)替換一個(gè)或多個(gè)磷酸二酯連接。這些備選連接基 團(tuán)包括但不限于以下實(shí)施方案，其中磷酸酯用？(0)3("硫代酸酯"（也1 〇&仏)）、？(幻5("二 硫代酸酯"（dithioate))、（0)NR2 ("酰胺酯"（amidate))、P(0)R、P(0)OR'、C0 或CH2 ("甲 縮醛"（formacetal))替代，其中R或R'各自獨(dú)立為H或者取代或未取代的烷基（1-20個(gè) C)，任選含有醚（-0_)連接、芳基、烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或芳烷基（araldyl)。并非多核苷酸 中的所有連接都必需是相同的。前述描述適用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和 DNA。
[0082] 如本文中使用的，"寡核苷酸"指短的單鏈多核苷酸，長(zhǎng)度為至少約7個(gè)核苷酸且長(zhǎng) 度少于約250個(gè)核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術(shù)語"寡核苷酸"和"多核苷酸"并不互 相排斥。上文關(guān)于多核苷酸的描述平等且完全適用于寡核苷酸。
[0083] 術(shù)語"引物"指能夠與核酸雜交并容許互補(bǔ)核酸聚合（一般通過提供游離3' -0H基團(tuán)）的單鏈多核苷酸。
[0084] 如本文中使用的，術(shù)語"基因"指經(jīng)由其模板或信使RNA編碼特定肽、多肽、或蛋白 質(zhì)特征性氨基酸序列的DNA序列。術(shù)語"基因"還指編碼RNA產(chǎn)物的DNA序列。如本文中 關(guān)于基因組DNA使用的，術(shù)語基因包括居間的非編碼區(qū)以及調(diào)節(jié)區(qū)，而且可包括5'和3'末 端。
[0085] 術(shù)語"體細(xì)胞突變"或"體細(xì)胞變異"指身體細(xì)胞（與種系細(xì)胞相反）中獲得的，核 苷酸序列中的變化（例如一個(gè)或多個(gè)核苷酸的插入、刪除、倒位、或替代）。除非另有說明， 該術(shù)語還涵蓋該核苷酸序列的互補(bǔ)物中的相應(yīng)變化。
[0086] 術(shù)語"氨基酸變異"指相對(duì)于參照序列，氨基酸序列中的變化（例如一個(gè)或多個(gè)氨 基酸的插入、替代、或刪除），諸如內(nèi)部刪除或N或C端截短）。
[0087] 術(shù)語"變異"指核苷酸變異或氨基酸變異任一。
[0088] 術(shù)語"與體細(xì)胞突變對(duì)應(yīng)的核苷酸位置處的遺傳變異"、"與體細(xì)胞突變對(duì)應(yīng)的核 苷酸位置處的核苷酸變異"及其語法變化形式指多核苷酸序列中由所述體細(xì)胞突變占據(jù)的 相對(duì)相應(yīng)DNA位置處的核苷酸變異。除非另有說明，該術(shù)語還涵蓋該核苷酸序列的互補(bǔ)物 中的相應(yīng)變異。
[0089] 術(shù)語"陣列"或"微陣列"指可雜交陣列元件（優(yōu)選多核苷酸探針，例如寡核苷酸） 在基片上的有序排布。基片可以是固體基片，諸如玻璃載玻片，或半固體基片，諸如硝酸纖 維素膜。
[0090] 術(shù)語"擴(kuò)增"指生成參照核酸序列或其互補(bǔ)物的一個(gè)或多個(gè)拷貝的過程。擴(kuò)增可 以是線性或指數(shù)性的（例如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR))。"拷貝"不必然表示相對(duì)于模板序列 的完全序列互補(bǔ)性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物諸如脫氧肌苷、有意的序列 改變（諸如經(jīng)由包含與模板可雜交但不完全互補(bǔ)的序列的引物引入的序列改變）和/或擴(kuò) 增期間發(fā)生的序列錯(cuò)誤。
[0091] 術(shù)語"突變特異性寡核苷酸"指與靶核酸中包含核苷酸變異（通常是替代）的區(qū) 域雜交的寡核苷酸。"體細(xì)胞突變特異性雜交"表示在突變特異性寡核苷酸與其靶核酸雜 交時(shí)，突變特異性寡核苷酸中的核苷酸與所述核苷酸變異特異性堿基配對(duì)。能夠關(guān)于特定 核苷酸變異發(fā)生突變特異性雜交的體細(xì)胞突變特異性寡核苷酸被說成對(duì)該變異是"特異性 的"。
[0092] 術(shù)語"突變特異性引物"指突變特異性寡核苷酸是引物。
[0093] 術(shù)語"引物延伸測(cè)定法"指如下測(cè)定法，其中將核苷酸添加至核酸，產(chǎn)生直接或間 接檢測(cè)的更長(zhǎng)核酸或"延伸產(chǎn)物"。可以添加核苷酸以延伸所述核酸的5'或3'末端。
[0094] 術(shù)語"突變特異性核苷酸摻入測(cè)定法"指如下引物延伸測(cè)定法，其中引物（a)與靶 核酸在核苷酸變異3'或5'區(qū)域雜交并（b)由聚合酶延伸，由此將與所述核苷酸變異互補(bǔ) 的核苷酸摻入延伸產(chǎn)物中。
[0095] 術(shù)語"突變特異性引物延伸測(cè)定法"指如下引物延伸測(cè)定法，其中突變特異性引物 與靶核酸雜交，并延伸。
[0096] 術(shù)語"突變特異性寡核苷酸雜交測(cè)定法"指如下測(cè)定法，其中（a)突變特異性寡核 苷酸與靶核酸雜交并（b)直接或間接檢測(cè)雜交。
[0097] 術(shù)語"5'核酸酶測(cè)定法"指如下測(cè)定法，其中突變特異性寡核苷酸與靶核酸的雜交 容許對(duì)雜交后的探針進(jìn)行核酸降解切割，產(chǎn)生可檢測(cè)的信號(hào)。
[0098] 術(shù)語"采用分子信標(biāo)的測(cè)定法"指如下測(cè)定法，其中突變特異性寡核苷酸與靶核酸 的雜交導(dǎo)致可檢測(cè)信號(hào)的水平比由游離寡核苷酸發(fā)射的可檢測(cè)信號(hào)的水平高。
[0099] 術(shù)語"寡核苷酸連接測(cè)定法"指如下測(cè)定法，其中突變特異性寡核苷酸和第二寡核 苷酸在靶核酸上彼此鄰近雜交，并連接在一起（直接地或者經(jīng)由居間核苷酸間接地），并直 接或間接檢測(cè)連接產(chǎn)物。
[0100] -般而言，術(shù)語"靶序列"、"靶核酸"、或"靶核酸序列"指懷疑或已知其中存在核苷 酸變異的感興趣多核苷酸序列，包括通過擴(kuò)增生成的此類靶核酸的拷貝。
[0101] 術(shù)語"檢測(cè)"包括任何檢測(cè)手段，包括直接和間接檢測(cè)。
[0102] 術(shù)語"癌癥"和"癌性"指向或描述哺乳動(dòng)物中特征通常為細(xì)胞生長(zhǎng)不受調(diào)節(jié)的生 理疾患。依照本發(fā)明診斷的癌癥為特征在于存在ErbB3突變的、任何類型的癌癥，具體包括 轉(zhuǎn)移性或局部晚期不可切除的癌癥，包括不限于胃癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結(jié) 直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC (鱗癌），腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞癌，小細(xì) 胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌，頭和頸癌和胰腺癌。
[0103] 如本文中所使用的，"有風(fēng)險(xiǎn)"形成癌癥的受試者可以具有或者不具有可檢測(cè)的 疾病或疾病癥狀，而且在本文所述診斷方法前可以展示或者不展示可檢測(cè)的疾病或疾病癥 狀。"有風(fēng)險(xiǎn)"表示受試者具有如本文中所描述的和本領(lǐng)域中已知的一種或多種風(fēng)險(xiǎn)因子， 其是與癌癥形成相關(guān)聯(lián)的可測(cè)量參數(shù)。具有一種或多種這些風(fēng)險(xiǎn)因子的受試者比沒有一種 或多種這些風(fēng)險(xiǎn)因子的受試者具有更高的形成癌癥的概率。
[0104] 術(shù)語"診斷"在用于本文時(shí)指分子或病理狀態(tài)、疾病或狀況（例如癌癥）的鑒定或 分類。"診斷"還可以指特定亞型的癌癥的分類，例如通過分子特征（例如以特定基因或核 酸區(qū)域中的核苷酸變異表征的患者亞群）來進(jìn)行。
[0105] 術(shù)語"幫助做出診斷"在本文中用于指幫助進(jìn)行關(guān)于特定類型的癌癥癥狀或狀況 的存在或性質(zhì)的臨床確定的方法。例如，幫助做出癌癥診斷的方法可以包括在來自個(gè)體的 生物學(xué)樣品中測(cè)量一種或多種指示癌癥或具有癌癥的風(fēng)險(xiǎn)升高的遺傳標(biāo)志物的存在或缺 失。
[0106] 術(shù)語"預(yù)后"在本文中用于指預(yù)測(cè)形成癌癥的可能性。術(shù)語"預(yù)測(cè)"在本文中用于 指患者會(huì)對(duì)一種藥物或一組藥物有好的或不好的響應(yīng)的可能性。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè) 涉及那些響應(yīng)的程度。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)涉及患者是否會(huì)在治療（例如用特定治療 劑進(jìn)行的治療）后存活或改善且某段時(shí)間不復(fù)發(fā)疾病和/或會(huì)在治療（例如用特定治療劑 進(jìn)行的治療）后存活或改善且某段時(shí)間不復(fù)發(fā)疾病的概率。本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法在臨床上可 用于做出治療決定，為任何特定患者選擇最適宜的治療形式。本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法是有價(jià)值 的工具，用于預(yù)測(cè)患者是否可能對(duì)治療方案有好的響應(yīng)，諸如給定的治療方案，包括例如施 用給定的治療劑或組合、手術(shù)干預(yù)、類固醇治療等，或用于預(yù)測(cè)患者在治療方案后是否可能 長(zhǎng)期存活。
[0107] 如本文中所使用的，"治療"或"處理"指試圖改變所治療個(gè)體或所處理細(xì)胞的自然 進(jìn)程的臨床干預(yù)，并且可以在臨床病理學(xué)進(jìn)程前或者期間進(jìn)行。治療的期望效果包括預(yù)防 疾病或其狀況或癥狀的發(fā)生或復(fù)發(fā)、緩解疾病的狀況或癥狀、削弱疾病的任何直接或間接 病理學(xué)后果、減緩疾病進(jìn)展的速率、改善或減輕疾病狀態(tài)、及實(shí)現(xiàn)免除或改善的預(yù)后。在一 些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法和組合物可用于試圖延遲疾病或病癥的發(fā)展。
[0108] 如本文中使用的，"癌癥治療劑"、"有效治療癌癥的治療劑"、及其語法變化形式指 在以有效量提供時(shí)已知、在臨床上顯示、或臨床醫(yī)師預(yù)期在具有癌癥的受試者中提供治療 好處的藥劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該短語包括作為在以有效量提供時(shí)預(yù)期會(huì)在具有癌癥的 受試者中提供治療效果的臨床可接受的藥劑，由制造商銷售，或以其它方式由得到許可的 臨床醫(yī)師使用的任何藥劑。在各種非限制性實(shí)施方案中，癌癥治療劑包括化療劑，ffiR二 聚化抑制劑，ffiR抗體，針對(duì)腫瘤相關(guān)抗原的抗體，抗激素化合物，細(xì)胞因子，EGFR靶向藥 物，抗血管發(fā)生劑，酪氨酸激酶抑制劑，生長(zhǎng)抑制性藥劑和抗體，細(xì)胞毒劑，誘導(dǎo)凋亡的抗 體，C0X抑制劑，法呢基轉(zhuǎn)移酶抑制劑，結(jié)合癌胚抗原CA125的抗體，HER2疫苗，Raf?或ras 抑制劑，脂質(zhì)體多柔比星，拓?fù)涮婵?，紫杉燒（taxene，taxane)，雙重酪氨酸激酶抑制劑， TLK286，EMD-7200,帕妥珠單抗（pertuzumab)，曲妥單抗（trastuzumab)，厄洛替尼和貝伐 單抗（bevacizumab) 〇
[0109] "化療"指使用可用于治療癌癥的化學(xué)化合物?；熤惺褂玫幕焺┑睦影?括燒化劑類（alkylatingagents),諸如塞替派（thiotepa)和CYTOXAN?.環(huán)磷酰 胺（cyclophosphamide);磺酸燒基酯類（alkylsulfonates),諸如白消安（busulfan)、 英丙舒凡（improsulfan)和哌泊舒凡（piposulfan);氮丙陡類（aziridines),諸 如苯佐替派（benzodepa)、卡波醌（carboquone)、美妥替派（meturedepa)和烏瑞替 派（uredepa);乙撐亞胺類（ethylenimines)和甲基蜜胺類（methylamelamines)， 包括六甲蜜胺（altretamine)、三乙撐蜜胺（triethylenemelamine)、三乙撐磷酰胺 (triethylenephosphoramide)、三乙撐硫代憐酉先胺(triethylenethiophosphoramide) 和三輕甲蜜胺（trimethylolomelamine) ;TLK286(TELCYTA?);番蒸枝內(nèi)酯類 (acetogenin)(尤其是布拉他辛（bullatacin)和布拉他辛酮（bullatacinone)); 5-9-四氫大麻酚（tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚（dronabinol)，MARINOL? );3 -拉帕醌（lapachone);拉帕醇（lapachol);秋水仙素類（colchicines);白 樺脂酸（betulinicacid);喜樹堿（camptothecin)(包括合成類似物托泊替康 (topotecan) (HYCAMTIN?)、CPT-11 (伊立替康（irinotecan)，CAMPTOSAR? )、乙酰喜樹堿、東莨菪亭（scopoletin)和9-氨基喜樹堿）；苔蘚抑素（bryostatin); callystatin;CC_1065(包括其阿多來新（adozelesin)、卡折來新（carzelesin)和比折 來新（bizelesin)合成類似物）；鬼臼毒素（podophyllotoxin);鬼臼酸（podophyllinic acid);替尼泊苷（teniposide);隱藻素類（cryptophycins)(特別是隱藻素1和隱藻素8); 多拉司他?。╠olastatin) ;duocarmycin(包括合成類似物，KW-2189和CB1-TM1);艾植塞 洛素（eleutherobin);pancratistatin;sarcodictyin;海綿抑素（spongistatin);氮芥 類（nitrogenmustards)，諸如苯丁酸氮芥（chlorambucil)、萘氮芥（chlornaphazine)、 膽磷酰胺（cholophosphamide)、雌莫司?。╡stramustine)、異環(huán)磷酰胺（ifosfamide)、雙 氯乙基甲胺（mechlorethamine)、鹽酸氧氮芥（mechlorethamineoxidehydrochloride)、 美法侖（melphalan)、新氮芥（novembichin)、苯芥膽甾醇（phenesterine)、潑尼莫司 汀（prednimustine)、曲憐胺（trofosfamide)、尿啼陡氮芥（uracilmustard);亞硝 脲類（nitrosoureas)，諸如卡莫司?。╟armustine)、氯脲菌素（chlorozotocin)、福 莫司汀（fotemustine)、洛莫司?。╨omustine)、尼莫司?。╪imustine)和雷莫司汀 (ranimustine);二膦酸鹽類（bisphosphonates)，諸如氯膦酸鹽（clodronate);抗生素 類，諸如烯二炔類抗生素（enediyne)(例如加利車霉素（calicheamicin)，尤其是加利車 霉素YII和加利車霉素wII(參見例如Agnew，Chem.Inti.Ed.Engl. 33:183_186 (1"4)) 和蒽環(huán)類抗生素（anthracyclines)諸如annamycin、AD32、alcarubicin、柔紅霉素 (daunorubicin)、右雷佐生（dexrazoxane)、DX-52-1、表柔比星（epirubicin)、GPX-100、 伊達(dá)t匕星（idarubicin)、KRN5500、美諾立爾（menogaril)、dynemicin包括dynemicin A、埃斯波霉素（esperamicin)、新制癌素（neocarzinostatin)發(fā)色團(tuán)和相關(guān)色蛋白 烯二炔類抗生素發(fā)色團(tuán)、阿克拉霉素（aclacinomycin)、放線菌素（actinomycin)、氨 茴霉素（anthramycin)、偶氮絲氨酸（azaserine)、博來霉素（bleomycin)、放線菌素 C(cactinomycin)、carabicin、洋紅霉素（carminomycin)、嗜癌霉素（carzinophilin)、 色霉素（chromomycin)、放線菌素D(dactinomycin)、地托比星（detorubicin)、6_ 二 氮-5-氧-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN?多柔比星（doxorubicin)(包括嗎啉代多 柔比星、氰基嗎啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、多柔比星脂質(zhì)體和脫氧多柔比星）、 依索比星（esorubicin)、麻西羅霉素（marcellomycin)、絲裂霉素類（mitomycins)諸 如絲裂霉素C、霉酚酸（mycophenolicacid)、諾拉霉素（nogalamycin)、橄欖霉素 (olivomycin)、培洛霉素（peplomycin)、泊非霉素（potfiromycin)、卩票呤霉素（puromycin)、 三鐵阿霉素（quelamycin)、羅多比星（rodorubicin)、鏈黑菌素（streptonigrin)、鏈 佐星（streptozocin)、殺結(jié)核菌素（tubercidin)、烏苯美司（ubenimex)、凈司他丁 (zinostatin)和佐柔比星（zorubicin);葉酸類似物，諸如二甲葉酸（denopterin)、蝶 酰三谷氨酸（pteropterin)和三甲曲沙（trimetrexate);卩票呤類似物，諸如氟達(dá)拉濱 (亡111(13以13；[116)、6-疏基卩票呤（11161^3口七(^111'；[116)、硫咪卩票呤（^11131111口1'；[116)和硫鳥卩票呤 (thioguanine);啼陡類似物，諸如安西他濱（ancitabine)、阿扎胞苷（azacitidine)、 6-氮尿苷、卡莫氟（carmofur)、阿糖胞苷（cytarabine)、雙脫氧尿苷（dideoxyuridine)、 去氧氟尿苷（doxifluridine)、依諾他濱（enocitabine)和氟尿苷（floxuridine);雄激 素類，諸如卡魯睪酮（calusterone)、丙酸屈他雄酮（dromostanolonepropionate)、表 硫雄醇（epitiostanol)、美雄焼（mepitiostane)和睪內(nèi)酯（testolactone);抗腎上腺 類，諸如氨魯米特（aminoglutethimide)、米托坦（mitotane)和曲洛司坦（trilostane); 葉酸補(bǔ)充劑，諸如亞葉酸（folinicacid)(leucovorin);醋葡醒內(nèi)酯（aceglatone);抗 葉酸（鹽/酯）抗瘤劑，諸如ALIMTA?、LY231514培美曲塞（pemetrexed)、二氫葉 酸還原酶抑制劑諸如甲氨碟呤（methotrexate)、抗代謝物類，諸如5-氟尿啼陡（5-FU) 及其前藥諸如UFT、S-1和卡培他濱（capecitabine)，及胸苷酸合酶抑制劑和甘氨酰 胺核糖核苷酸甲酰基轉(zhuǎn)移酶抑制劑諸如雷替曲塞（raltitrexed)(TOMUDEXTM，TDX);二 氫啼陡脫氫酶抑制劑諸如恩尿啼陡（eniluracil);醒磷酰胺糖苷（aldophosphamide glycoside);氨基乙酉先丙酸（aminolevulinicacid);安口丫陡（amsacrine)；bestrabucil； 比生群（bisantrene);依達(dá)曲沙（edatraxate);地憐酸胺（defosfamide);地美可辛 (demecolcine);地口丫酉昆（diaziquone);elfornithine;依矛[|醋韋安（elliptiniumacetate)； 埃坡霉素（epothilone);依托格魯（etoglucid);硝酸鎵；輕脲（hydroxyurea);香 燕多糖（lentinan);氯尼達(dá)明（lonidamine);美登木素生物堿類（maytansinoids)， 諸如美登素（maytansine)和安絲菌素（ansamitocin);米托胍腙（mitoguazone); 米托蒽醌（mitoxantrone);莫哌達(dá)醇（mopidamol);二胺硝卩丫陡（nitracrine);噴 司他?。╬entostatin);蛋氨氮芥（phenamet);卩比柔比星（pirarubicin);洛索蒽醌 (losoxantrone) ;2_ 乙基酉先餅（ethylhydrazide);丙卡巴餅（procarbazine) ;PSI(? 多 糖復(fù)合物（JHSNaturalProducts，Eugene，OR);雷佐生（razoxane);根霉素（rhizoxin); 西索菲蘭（sizofiran);螺旋錯(cuò)（spirogermanium);細(xì)交鏈抱菌酮酸（tenuazonicacid); 三亞胺醌（triaziquone) ;2,2'，2"-三氯三乙胺；單端孢菌素類（trichothecenes)(尤 其是T-2毒素、疵孢菌素（verrucarin)A、桿孢菌素（roridin)A和蛇行菌素（anguidin)); 烏拉坦（urethan);長(zhǎng)春地辛（vindesine) (ELDISINE?，F(xiàn)ILDESIN? );達(dá)卡巴 嗪（dacarbazine);甘露醇氮芥（mannomustine);二溴甘露醇（mitobronitol);二溴衛(wèi) 矛醇（mitolactol);哌泊溴焼（pipobroman);gacytosine;阿糖胞苷（arabinoside) ("Ara_C"）；環(huán)憐酸胺（cyclophosphamide);塞替派（thiotepa);類紫杉醇類（taxoids) 和紫杉焼類（taxenes，taxanes)，例如TAXOL? 紫杉醇（paclitaxel) (Bristol-Myers SquibbOncology，Princeton，N.J. )、ABRAXANE? 不含克列莫佛（Cremophor)，清蛋白改造 的納米顆粒劑型紫杉醇（AmericanPharmaceuticalPartners，Schaumberg，Illinois) 和TAXOTERE? 多西他塞（docetaxel) (Rhdne-PoulencRorer，Antony，F(xiàn)rance); 苯丁 酸氮芥（chlorambucil);吉西他濱（gemcitabine) (GEMZAR? ); 6-硫 鳥噪呤（thioguanine);巰基噪呤（mercaptopurine);鉬；鉬類似物或基于鉬的類 似物，諸如順鉬（cisplatin)、奧沙利鉬（oxaliplatin)和卡鉬（carboplatin);長(zhǎng) 春堿（vinblastine) (VELBAN? );依托泊苷（etoposide) (VP-16);異環(huán)磷酰胺 (ifosfamide);米托蒽醌（mitoxantrone);長(zhǎng)春新堿（vincristine) (ONCOVIN?); 長(zhǎng)春花生物喊類（vincaalkaloid);長(zhǎng)春瑞濱（vinorelbine) (NAVELBINE?); 能滅瘤（novantrone);依達(dá)曲沙（edatrexate);道諾霉素（daunomycin);氨基蝶呤 (aminopterin);希羅達(dá)（xeloda);伊本膦酸鹽（ibandronate);拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑 RFS2000;二氟甲基鳥氨酸（DMF0);類維A酸（retinoids),諸如視黃酸（retinoicacid); 任何上述物質(zhì)的藥學(xué)可接受鹽、酸或衍生物；以及兩種或多種上述物質(zhì)的組合，諸如 CHOP(環(huán)磷酰胺、多柔比星、長(zhǎng)春新堿和潑尼松龍聯(lián)合療法的縮寫）和F0LF0X(奧沙利鉬 (EL0XATIN?)聯(lián)合5-FU和亞葉酸的治療方案的縮寫）。
[0110] 術(shù)語"藥物配制劑"指其形式容許其中含有的活性成分的生物學(xué)活性是有效的，且 不含對(duì)會(huì)施用該配制劑的受試者產(chǎn)生不可接受的毒性的別的成分的制備物。
[0111] "藥學(xué)可接受的載體"指藥物配制劑中除活性組分以外的、對(duì)受試者無毒的組分。 藥學(xué)可接受的載體包括但不限于緩沖劑、賦形劑、穩(wěn)定劑或防腐劑。
[0112] "有效量"指以必要的劑量和時(shí)間段，有效實(shí)現(xiàn)期望的治療或預(yù)防結(jié)果的量。治療 劑的"治療有效量"可以隨諸如疾病狀態(tài)，個(gè)體的年齡、性別、和重量，及抗體在個(gè)體中引發(fā) 期望響應(yīng)的能力等因素而變化。治療有效量也是治療有益效果超過治療劑的任何毒性或 有害效果的量。在癌癥的情況中，藥物的治療有效量可減少癌細(xì)胞數(shù)；縮小腫瘤尺寸；抑制 (即一定程度的減緩，優(yōu)選停止）癌細(xì)胞浸潤(rùn)到周圍器官中；抑制（即一定程度的減緩，優(yōu) 選停止）腫瘤轉(zhuǎn)移；一定程度的抑制腫瘤生長(zhǎng)；和/或一定程度的減輕與癌癥有關(guān)的一種 或多種癥狀。就藥物可預(yù)防癌細(xì)胞生長(zhǎng)和/或殺死現(xiàn)有癌細(xì)胞的程度而言，它可以是抑制 細(xì)胞的和/或毒害細(xì)胞的。"預(yù)防有效量"指以必要的劑量和時(shí)間段，有效實(shí)現(xiàn)期望的預(yù)防 結(jié)果的量。通常但不必要地，由于在疾病前或在疾病的較早階段在受試者中使用預(yù)防劑量， 預(yù)防有效量會(huì)小于治療有效量。
[0113] "個(gè)體"、"受試者"或"患者"是脊椎動(dòng)物。在某些實(shí)施方案中，脊椎動(dòng)物是哺乳動(dòng) 物。哺乳動(dòng)物包括但不限于靈長(zhǎng)類（包括人和非人靈長(zhǎng)類）和嚙齒類（例如小鼠和大鼠）。 在某些實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人。
[0114] 如本文中所使用的，"患者亞群"及其語法變化形式指特征為具有一項(xiàng)或多項(xiàng)獨(dú)特 的可測(cè)量的和/或可鑒定的特征的患者子集，所述特征區(qū)別所述患者子集與其所屬更寬疾 病范疇中的其它子集。此類特征包括疾病亞類（diseasesubcategory)、性別、生活方式、健 康史、所牽涉的器官/組織、治療史等。在一個(gè)實(shí)施方案中，患者亞群以核酸標(biāo)簽表征，包括 特定核苷酸位置和/或區(qū)域中的核苷酸變異（諸如體細(xì)胞突變）。
[0115] "對(duì)照受試者"指未診斷為具有癌癥和未罹患任何與癌癥有關(guān)的體征或癥狀的健 康受試者。
[0116] 如本文中所使用的，術(shù)語"樣品"指自感興趣的受試者獲得或衍生的組合物，其含 有要例如根據(jù)物理、生化、化學(xué)和/或生理特點(diǎn)來表征和/或鑒定的細(xì)胞和/或其它分子實(shí) 體。例如，短語"疾病樣品"及其各種變化形式指自感興趣的受試者獲得的任何樣品，預(yù)期 或已知其含有要表征的細(xì)胞和/或分子實(shí)體。
[0117] "組織或細(xì)胞樣品"指從受試者或患者的組織獲得的相似細(xì)胞的集合。組織或細(xì)胞 樣品的來源可以是實(shí)體組織，像來自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢 樣品或穿刺樣品；血液或任何血液組分；體液，諸如血清、尿、痰、或唾液；來自受試者的妊 娠或發(fā)育任何時(shí)間的細(xì)胞。組織樣品還可以是原代的或培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞系。任選的是，組 織或細(xì)胞樣品是從疾病組織/器官獲得的。組織樣品可能含有在自然界中天然不與組織混 雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營(yíng)養(yǎng)物、抗生素、等等。如本文中所使用 的，"參照樣品"、"參照細(xì)胞"、"參照組織"、"對(duì)照樣品"、"對(duì)照細(xì)胞"、或"對(duì)照組織"指獲自 已知來源或者認(rèn)為不受本發(fā)明方法或組合物正用于鑒定所針對(duì)之疾病或狀況影響的樣品、 細(xì)胞或組織。在一個(gè)實(shí)施方案中，參照樣品、參照細(xì)胞、參照組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞、或?qū)?照組織獲自其中正使用本發(fā)明組合物或方法鑒定疾病或狀況的同一受試者或患者的身體 的健康部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，參照樣品、參照細(xì)胞、參照組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞、或?qū)?照組織獲自不是其中正使用本發(fā)明組合物或方法鑒定疾病或狀況的受試者或患者的個(gè)體 的身體的健康部分。
[0118] 出于本文中的目的，組織樣品的"切片"指一塊或一片組織樣品，例如從組織樣品 上切下來的一薄片組織或細(xì)胞。應(yīng)當(dāng)了解，可以制作多片組織樣品切片并依照本發(fā)明進(jìn)行 分析，前提是應(yīng)當(dāng)了解，本發(fā)明包括將組織樣品的同一切片用于形態(tài)學(xué)和分子兩個(gè)水平的 分析或者針對(duì)蛋白質(zhì)和核酸二者進(jìn)行分析的方法。
[0119] "關(guān)聯(lián)"或"聯(lián)系"指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結(jié)果與第二分析或 方案的性能和/或結(jié)果進(jìn)行比較。例如，可以將第一分析或方案的結(jié)果用于實(shí)施第二分析 或方案和/或，可以使用第一分析或方案的結(jié)果來決定是否應(yīng)當(dāng)實(shí)施第二分析或方案。就 基因表達(dá)分析或方案的實(shí)施方案而言，可以使用基因表達(dá)分析或方案的結(jié)果來決定是否應(yīng) 當(dāng)實(shí)施特定治療方案。
[0120] "小分子"或"有機(jī)小分子"在本文中定義為具有低于約500道爾頓的分子量的有 機(jī)分子。
[0121] 單詞"標(biāo)記物"在用于本文時(shí)指可檢測(cè)的化合物或組合物。標(biāo)記物可以是自身可 檢測(cè)的（例如放射性同位素標(biāo)記物或熒光標(biāo)記物），或者在酶標(biāo)記物的情況中，可催化導(dǎo)致 底物化合物或組合物變成可檢測(cè)產(chǎn)物的化學(xué)改變。可充當(dāng)可檢測(cè)標(biāo)記物的放射性核素包括 例如 1-131、1-123、1-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212、和Pd-109。
[0122] 本文中提及"約"數(shù)值或參數(shù)包括（并描述）涉及該數(shù)值或參數(shù)本身的實(shí)施方案。 例如，提及"約X"的描述包括"X"的描述。
[0123] "包裝插頁"用于指治療產(chǎn)品的商業(yè)化包裝中通常含有的說明書，其含有關(guān)于適應(yīng) 證、用法、劑量、施用、組合療法、禁忌證和/或關(guān)于使用此類治療產(chǎn)品的警告的信息。
[0124] 術(shù)語"抗體"和"免疫球蛋白"以最廣義互換使用，包括單克隆抗體（例如全長(zhǎng)或 完整單克隆抗體）、多克隆抗體、單價(jià)抗體、多價(jià)抗體、多特異性抗體（例如雙特異性抗體， 只要它們展現(xiàn)出期望的生物學(xué)活性），而且還可以包括某些抗體片段（如本文中更為詳細(xì) 描述的）?？贵w可以是嵌合的、人的、人源化的和/或親和力成熟的。"抗體片段"包含完整 抗體的一部分，優(yōu)選包含其抗原結(jié)合區(qū)?？贵w片段的例子包括？ &13 4&13'、？(&13'）2和？￥片 段；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成的多特異性抗體。
[0125] 本發(fā)明"結(jié)合"感興趣抗原的抗體指以足夠的親和力結(jié)合抗原以使得該抗體作為 靶向蛋白質(zhì)或表達(dá)抗原的細(xì)胞或組織中的診斷劑和/或治療劑是有用的抗體。關(guān)于抗體對(duì) 靶分子的結(jié)合，術(shù)語"特異性結(jié)合"特定多肽或特定多肽靶上的表位或"對(duì)特定多肽或特定 多肽靶上的表位特異性的"表示該結(jié)合可測(cè)量地不同于非特異性相互作用。特異性結(jié)合可 以通過例如測(cè)定對(duì)分子的結(jié)合并與對(duì)對(duì)照分子的結(jié)合比較來測(cè)量。例如，特異性結(jié)合可通 過與對(duì)照分子（其與靶物相似，例如過量的未標(biāo)記靶物）的競(jìng)爭(zhēng)來確定。在這種情況中， 若經(jīng)標(biāo)記靶物對(duì)探針的結(jié)合受到過量的未標(biāo)記靶物競(jìng)爭(zhēng)性抑制，則指示特異性結(jié)合。在一 個(gè)具體的實(shí)施方案中，"特異性結(jié)合"指抗體結(jié)合其規(guī)定靶ffiR受體且不結(jié)合其它規(guī)定的非 靶HER受體。例如，抗HER3抗體特異性結(jié)合HER3但沒有特異性結(jié)合EGFR，HER2,或HER4。 EGFR/HER3雙特異性抗體特異性結(jié)合EGFR和HER3但沒有特異性結(jié)合HER2或HER4。
[0126] "HER受體"或"ErbB受體"是屬于HER受體家族的受體蛋白質(zhì)酪氨酸激酶，包括 EGFR(ErbBl，HERl)、HER2(ErbB2)、HER3(ErbB3)和HER4(ErbB4)受體。HER受體通常將包含 胞外結(jié)構(gòu)域，它可結(jié)合ffiR配體和/或與另一ffiR受體分子二聚化；親脂性跨膜結(jié)構(gòu)域；保 守的胞內(nèi)酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域；和含有數(shù)個(gè)可磷酸化的酪氨酸殘基的羧基末端信號(hào)結(jié)構(gòu)域。 HER受體可以是"天然序列"HER受體或其"氨基酸序列變體"。優(yōu)選的是，HER受體是天然 序列人HER受體。"HER途徑"指由HER受體家族介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)。
[0127] 術(shù)語"ErbBl"、"HER1"、"表皮生長(zhǎng)因子受體"和"EGFR"在本文中可互換使 用，指例如Carpenter等，Ann.Rev.Biochem. 56:881-914(1987)中所披露的EGFR， 包括其天然存在的突變體形式（例如Ullrich等，Nature(1984) 309:418425及 Humphrey等，PNAS(USA) 87:4207-4211 (1990)中的刪除突變體EGFR)，以及其變體，諸 如EGFRvIII。EGFR的變體還包括刪除、替代和插入變體，例如Lynch等，NewEngland JournalofMedicine2004,350:2129;Paez等，Science2004,304:1497;及Pao 等，PNAS2004, 101:13306中記載的那些。在本文中，"EGFR胞外結(jié)構(gòu)域"或"EGFRECD"指 EGFR在細(xì)胞外的結(jié)構(gòu)域，或是錨定于細(xì)胞膜或是在循環(huán)中，包括其片段。在一個(gè)實(shí)施方案 中，EGFR的胞外結(jié)構(gòu)域可包含4個(gè)結(jié)構(gòu)域："結(jié)構(gòu)域1"（大約第1-158位氨基酸殘基）、"結(jié) 構(gòu)域II"（第159-336位氨基酸殘基）、"結(jié)構(gòu)域III"（第337-470位氨基酸殘基）和"結(jié) 構(gòu)域IV"（第471-645位氨基酸殘基），其中邊界是近似的，可以變化大約1-3個(gè)氨基酸。
[0128] 表述"ErbB2"和"HER2"在本文中可互換使用，指例如Semba 等，PNAS(USA) 82:6497-6501 (1985)和Yamamoto等，Nature319:230-234 (1986)中記載的 人HER2蛋白（Genebank編號(hào)X03363)。術(shù)語"erbB2"指編碼人ErbB2的基因，而"neu"指 編碼大鼠pl85neu的基因。優(yōu)選的HER2是天然序列人HER2。
[0129] 在本文中，"HER2胞外結(jié)構(gòu)域"或"HER2E⑶"指HER2在細(xì)胞外的結(jié)構(gòu)域，或是錨定 于細(xì)胞膜或是在循環(huán)中，包括其片段。在一個(gè)實(shí)施方案中，J1ER2的胞外結(jié)構(gòu)域可包含4個(gè)結(jié) 構(gòu)域："結(jié)構(gòu)域I"（大約第1-195位氨基酸殘基）、"結(jié)構(gòu)域II"（大約第196-319位氨基酸殘 基）、"結(jié)構(gòu)域III"（大約第320-488位氨基酸殘基）和"結(jié)構(gòu)域IV"（大約第489-630位氨 基酸殘基）（殘基編號(hào)不包括信號(hào)肽）。參見Garrett等，Mol.Cell. 11:495-505(2003);Cho 等，Nature421:756-760 (2003);Franklin等，CancerCell5:317-328 (2004);及Plowman 等，Proc.Natl.Acad.Sci. 90:1746-1750 (1993)。
[0130] "ErbB3"和"HER3"指例如美國(guó)專利第5, 183,884號(hào)和第5,480,968號(hào)及Kraus 等，PNAS(USA) 86:9193-9197 (1989)中所披露的受體多肽（還可見圖2和3)。
[0131] 在本文中，"HER3胞外結(jié)構(gòu)域"或"HER3ECD"或"ErbB3胞外結(jié)構(gòu)域"指HER3在細(xì) 胞外的結(jié)構(gòu)域，或是錨定于細(xì)胞膜或是在循環(huán)中，包括其片段。在一個(gè)實(shí)施方案中，J1ER3的 胞外結(jié)構(gòu)域可包含4個(gè)結(jié)構(gòu)域："結(jié)構(gòu)域1"、"結(jié)構(gòu)域11"、"結(jié)構(gòu)域III"和"結(jié)構(gòu)域IV"。在 一個(gè)實(shí)施方案中，J1ER3E⑶包含氨基酸1-636 (編號(hào)包括信號(hào)肽）。在一個(gè)實(shí)施方案中，HER3 結(jié)構(gòu)域III包含氨基酸328-532 (編號(hào)包括信號(hào)肽）。
[0132] 在本文中，術(shù)語"ErbB4"和"HER4"指例如歐洲專利申請(qǐng)第599, 274 號(hào)；Plowman等,Proc.Natl.Acad.SciUSA90:1746-1750 (1993) ；P1owman 等，Nature366:473-475(1993)中所披露的受體多肽，包括其同種型，例如1999年4月22 日公布的W099/19488中所披露的。
[0133] "HER配體"指結(jié)合和/或活化HER受體的多肽。本文中特別感興趣 的HER配體是天然序列人HER配體，諸如表皮生長(zhǎng)因子（EGF) (Savage等，J. Biol.Chem.247:7612_7621 (1972));轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子a(TGF_a)(Marquardt 等，Science223:1079-1082(1984));雙調(diào)蛋白（amphiregulin),也稱為施旺細(xì)胞瘤 或角質(zhì)形成細(xì)胞自分泌生長(zhǎng)因子（Shoyab等，Science243:1074-1076 (1989);Kimura 等，Nature348:257-260(1990);Cook等，Mol.Cell.Biol.11:2547-2557(1991)); 3 細(xì)胞調(diào)節(jié)素（betacellulin)(Shing等，Science259:1604-1607(1993); 3已88(1&等，13;[0(3]16111.13;[0卩]15^.1^8.〇〇1111]11111.190:1173(1993));肝素結(jié)合表皮生 長(zhǎng)因子（ffi-EGF)(Higashiyama等，Science25l:936_939(l99l));上皮調(diào)節(jié)蛋 白（epiregulin)(Toyoda等，J.Biol.Chem.270:7495-7500 (1995);Komurasaki 等，0ncogenel5:2841_2848(l997)) ;a調(diào)蛋白（heregulin)(見下文）；神經(jīng)調(diào)節(jié)蛋 白（neuregulin)-2(NRG-2)(Carraway等，Nature387:512_516(1997));神經(jīng)調(diào)節(jié)蛋 白-3(NRG-3)(Zhang等，Proc.Natl.Acad.Sci. 94:9562-9567 (1997));神經(jīng)調(diào)節(jié)蛋 白-4(NRG-4)(Harari等，0ncogenel8:2681-89 (1999));和cripto(CR-I)(Kanmm等，工 Biol.Chem. 272(6) : 3330-3335 (1997))。結(jié)合EGFR的HER配體包括EGF、TGF-a、雙調(diào)蛋白、 3細(xì)胞調(diào)節(jié)素（betacellulin)、HB-EGF和上皮調(diào)節(jié)蛋白（印iregulin)。結(jié)合HER3的HER 配體包括調(diào)蛋白和NRG-2。能夠結(jié)合HER4的HER配體包括0細(xì)胞調(diào)節(jié)素、上皮調(diào)節(jié)蛋白、 HB-EGF、NRG-2、NRG-3、NRG-4 和調(diào)蛋白。
[0134] "調(diào)蛋白"（HRG)在用于本文時(shí)指由調(diào)蛋白基因編碼的多肽，如美 國(guó)專利第5,641，869 號(hào)或1&11'(*1〇11111等，恥忉代362:312-318(1993)中所 披露的。調(diào)蛋白的例子包括調(diào)蛋白 _a、調(diào)蛋白-@ 1、調(diào)蛋白_ @ 2和調(diào)蛋 白-0 3(Holmes等，Science256:1205-1210 (1992);美國(guó)專利第 5, 641，869 號(hào)）；neu分化因子（NDF) (Peles等，Cell69:205-216(1992));乙酰膽堿受體誘 導(dǎo)活性（ARIA)(Falls等，Cell72:801-815 (1993));神經(jīng)膠質(zhì)生長(zhǎng)因子（GGF) (Marchionni等，Nature362:312_318(1993));感覺和運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元衍生因子 (SMDF)(Ho等，J.Biol.Chem. 270:14523-14532(1995)) ;y-調(diào)蛋白（Schaefer 等，0ncogenel5:1385-1394 (1997))。
[0135] "HER二聚體"在本文中指包含至少兩個(gè)HER受體的非共價(jià)結(jié)合二聚 體。在表達(dá)兩種或多種HER受體的細(xì)胞暴露于HER配體時(shí)可形成這樣的復(fù)合物， 可通過免疫沉淀來分離并通過SDS-PAGE來分析，如例如Sliwkowski等，J.Biol. Chem. 269(20):14661-14665(1994)中所記載的。其它蛋白質(zhì)，諸如細(xì)胞因子受體亞基（例 如gpl30)可與二聚體結(jié)合。
[0136] "HER異二聚體"在本文中指包含至少兩個(gè)不同HER受體的非共價(jià)結(jié)合異二聚體， 諸如EGFR-HER2、EGFR-HER3、EGFR-HER4、HER2-HER3 或HER2-HER4 異二聚體。
[0137] "HER抑制劑"或"ErbB抑制劑"或"ErbB拮抗劑"指干擾HER活化或功能的藥 齊[J。ffiR抑制劑的例子包括ffiR抗體（例如EGFR、HER2、HER3或HER4抗體）；EGFR靶向藥 物；小分子ffiR拮抗劑；ffiR酪氨酸激酶抑制劑；J1ER2和EGFR雙重酪氨酸激酶抑制劑，諸如 lapatinib/GW572016 ;反義分子（參見例如W02004/87207);和/或結(jié)合下游信號(hào)分子諸如 MAPK或Akt或干擾其功能的藥劑。優(yōu)選的是，所述HER抑制劑是結(jié)合HER受體的抗體。一 般而言，ffiR抑制劑指那些特異性結(jié)合特定ffiR受體且阻止或降低其信號(hào)傳導(dǎo)活性，但是不 特異性結(jié)合其它ffiR受體的化合物。例如，J1ER3拮抗劑特異性結(jié)合以降低其活性，但是不 特異性結(jié)合EGFR、HER2、或HER4。
[0138] "HER二聚化抑制劑"或"HDI"指抑制HER二聚體或HER異二聚體形成的藥劑。優(yōu) 選的是，HER二聚化抑制劑是抗體。然而，HER二聚化抑制劑還包括抑制HER同或異二聚體 形成的肽和非肽小分子，及其它化學(xué)實(shí)體。
[0139] "抑制HER二聚化"的抗體指抑制或干擾HER二聚體形成的抗體，不管根本的機(jī) 制。在一個(gè)實(shí)施方案中，此類抗體在HER2的異二聚體結(jié)合位點(diǎn)處結(jié)合HER2。二聚化抑制 性抗體的一個(gè)具體例子是Pertuzumab(Pmab)或MAb2C4。HER二聚化抑制劑的其它例子 包括結(jié)合EGFR并抑制其與一種或多種其它HER受體二聚化的抗體（例如EGFR單克隆抗 體806,MAb806,它結(jié)合活化的或"未系留的（untethered) "EGFR;參見Johns等，上13;[01. Chem. 279 (29) : 30375-30384 (2004));結(jié)合HER3并抑制其與一種或多種其它HER受體二聚 化的抗體；結(jié)合J1ER4并抑制其與一種或多種其它HER受體二聚化的抗體；肽二聚化抑制劑 (美國(guó)專利第6, 417, 168號(hào)）；反義二聚化抑制劑；等等。
[0140] 如本文中使用的，"HER2拮抗劑"或"EGFR抑制劑"指那些特異性結(jié)合EGFR且阻止 或降低其信號(hào)傳導(dǎo)活性，而且不特異性結(jié)合ffiR2、HER3、或HER4化合物。此類藥劑的例子 包括結(jié)合EGFR的抗體和小分子。結(jié)合EGFR的抗體的例子包括如本文中使用的，"EGFR拮 抗劑"或"EGFR抑制劑"指那些特異性結(jié)合EGFR且阻止或降低其信號(hào)傳導(dǎo)活性，而且不特 異性結(jié)合HER2、HER3、或HER4的化合物。此類藥劑的例子包括結(jié)合EGFR的抗體和小分子。 結(jié)合EGFR的抗體的例子包括單抗579(ATCCCRLHB8506)、單抗455(ATCCCRLHB8507)、單 抗 225(ATCCCRL8508)、單抗 528(ATCCCRL8509)(見美國(guó)專利No. 4, 943, 533,Mendelsohn 等）及其變體，諸如嵌合化的225(C225或西妥昔單抗（Cetuximab) ;ERBITUX? )和 重構(gòu)人 225(H225)(見TO96/40210，ImcloneSystemsInc.) ;MC-11F8,即一種完全人的、 EGFR靶向性抗體（Imclone);結(jié)合II型突變體EGFR的抗體（美國(guó)專利No. 5, 212, 290); 結(jié)合EGFR的人源化的和嵌合的抗體，如記載于美國(guó)專利No. 5, 891，996的；和結(jié)合EGFR 的人抗體，諸如ABX-EGF或帕尼單抗（Panitumumab)(見W098/50433,Abgenix/Amgen); EMD55900(Stragliotto等Eur.J.Cancer32A:636-640(1996)) ;EMD7200(馬妥珠單抗 (matuzumab))，即一種針對(duì)EGFR的人源化EGFR抗體，其與EGF和TGF-a兩者競(jìng)爭(zhēng)EGFR結(jié) 合（EMD/Merck);人EGFR抗體HuMax-EGFR(GenMab);稱為El. 1、E2. 4、E2. 5、E6. 2、E6. 4、E2. 11、E6. 3 和E7. 6. 3 并記載于US6, 235, 883 的完全人抗體；MDX-447(MedarexInc);和 單抗 806 或人源化單抗 806(Johns等，J.Biol.Chem. 279(29) :30375-30384(2004))。可 以將抗EGFR抗體與細(xì)胞毒劑綴合，如此生成免疫綴合物（見例如EP659, 439A2,Merck PatentGmbH)。EGFR拮抗劑包括小分子諸如記載于美國(guó)專利No:5, 616, 582, 5, 457, 10 5, 5, 475, 001，5, 654, 307, 5, 679, 683, 6, 084, 095, 6, 265, 410, 6, 455, 534, 6, 521，620, 6 ，596, 726, 6, 713, 484, 5, 770, 599, 6, 140, 332, 5, 866, 572, 6, 399, 602, 6, 344, 459, 6, 602 ，863, 6, 391，874, 6, 344, 455, 5, 760, 041，6, 002, 008 和 5, 747, 498,及下列PCT公開文 本：W098/14451,W098/50038,W099/09016 和W099/24037 的化合物。具體的小分子EGFR 拮抗劑包括OSI-774 (CP-358774、埃羅替尼（erlotinib)，TARCEVA?Genentech/OSIPharmaceuticals) ;PD183805 (CI1033、2-丙烯酰胺、N-[4-[ (3-氯-4-氟苯基）氨 基]-7-[3-(4-嗎啉基）丙氧基]-6-喹唑啉基]-、二氫氯化物，PfizerInc.) ;ZD1839、 吉非替尼（gefitinib) (IRESSA?) 4-(3' -氯-4' -氟苯胺基）-7_甲氧基-6-(3-嗎啉 代丙氧基）喧唑琳，AstraZeneca) ;ZM105180((6_氛基_4-(3_甲基苯基-氛基）-喧唑 啉，Zeneca) ;BIBX-1382 (N8-(3-氯-4-氟-苯基）-N2-(1-甲基-哌啶-4-基）-嘧啶 并[5,4_(1]啼陡-2,8-二胺，13〇6]11'；[1^61'11^61]16；[111);?1(1-166((1?)-4-[4-[(1-苯基乙 基）氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-酚）；(R)-6-(4-羥基苯基）-4-[(1_苯基 乙基）氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶）；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基）氨基]-6-喹 唑啉基]-2-丁烯酰胺（butynamide)) ;EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基）氨基]-3-氰 基-7-乙氧基-6-喹啉基]_4_(二甲氨基）-2_ 丁烯酰胺）（Wyeth) ;AG1478(Sugen);和 AG1571(SU5271 ;Sugen)。
[0141] "HER抗體"指結(jié)合HER受體的抗體。任選的是，HER抗體還干擾HER活化或功 能。具體的HER2抗體包括pertuzumab和trastuzumab。具體的EGFR抗體的例子包括 cetuximab和panitumumab。涉及HER抗體的專利公開文本包括：US5, 677, 171，US5, 720， 937,US5, 720, 954,US5, 725, 856,US5, 770, 195,US5, 772, 997,US6, 165, 464,US6, 387, 371，U S6, 399, 063,US2002/019221IA1,US6, 015, 567,US6, 333, 169,US4, 968, 603,US5, 821，337,U S6, 054, 297,US6, 407, 213,US6, 719, 971，US6, 800, 738,US2004/0236078A1，US5, 648, 237,U S6, 267, 958,US6, 685, 940,US6, 821, 515,W098/17797,US6, 333, 398,US6, 797, 814,US6, 339 ,142,US6, 417, 335,US6, 489, 447,W099/31140,US2003/0147884A1,US2003/0170234A1,US2 005/0002928A1,US6, 573, 043,US2003/0152987A1,W099/48527,US2002/0141993A1,W001/ 00245,US2003/0086924,US2004/0013667A1,W000/69460,W001/00238,W001/15730,US6, 6 27, 196B1,US6, 632, 979B1,W001/00244,US2002/0090662A1,W001/89566,US2002/0064785 ,US2003/0134344,W004/24866,US2004/0082047,US2003/0175845A1,W003/087131,US200 3/0228663,W02004/008099A2,US2004/0106161,W02004/048525,US2004/0258685A1,US5, 985, 553,US5, 747, 261,US4, 935, 341,US5, 401, 638,US5, 604, 107,W087/07646,W089/1041 2,W091/05264,EP412, 116B1,EP494, 135B1,US5, 824, 311,EP444, 181B1,EP1, 006, 194A2,U S2002/0155527A1,W091/02062,US5, 571, 894,US5, 939, 531,EP502, 812B1,W093/03741,EP 554, 441B1,EP656, 367A1,US5, 288, 477,US5, 514, 554,US5, 587, 458,W093/12220,W093/161 85,US5, 877, 305,W093/21319,W093/21232,US5, 856, 089,W094/22478,US5, 910, 486,US6, 0 28, 059,W096/07321,US5, 804, 396,US5, 846, 749,EP711, 565,W096/16673,US5, 783, 404,US 5, 977, 322,US6, 512, 097,W097/00271,US6, 270, 765,US6, 395, 272,US5, 837, 243,W096/407 89,US5, 783, 186,US6, 458, 356,W097/20858,W097/38731,US6, 214, 388,US5, 925, 519,W098 /02463,US5, 922, 845,W098/18489,W098/33914,US5, 994, 071,W098/45479,US6, 358, 682B1 ,US2003/0059790,W099/55367,W001/20033,US2002/0076695A1,W000/78347,W001/09187, W001/21192,W001/32155,W001/53354,W001/56604,W001/76630,W002/05791,W002/11677, US6, 582, 919,US2002/0192652A1,US2003/0211530A1,W002/44413,US2002/0142328,US6, 6 02, 670B2,W002/45653,W002/055106,US2003/0152572,US2003/0165840,W002/087619,WOO 3/006509,W003/012072,W003/028638,US2003/0068318,W003/041736,EP1, 357, 132,US200 3/0202973,US2004/0138160,US5, 705, 157,US6, 123, 939,EP616, 812B1,US2003/0103973,U S2003/0108545,US6, 403, 630B1,W000/61145,W000/61185,US6, 333, 348B1,W001/05425,WO 01/64246,US2003/0022918,US2002/0051785A1,US6, 767, 541,W001/76586,US2003/014425 2,W001/87336,US2002/0031515A1,W001/87334,W002/05791,W002/09754,US2003/0157097 ，US2002/0076408,TO02/055106,TO02/070008,TO02/089842W011/076683 和W003/86467。
[0142] "HER活化"指任何一種或多種HER受體的活化或磷酸化。通常，HER活化導(dǎo)致信號(hào) 轉(zhuǎn)導(dǎo)（例如由ffiR受體胞內(nèi)激酶結(jié)構(gòu)域引起的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，該激酶結(jié)構(gòu)域磷酸化ffiR受體或 底物多肽中的酪氨酸殘基）。ffiR活化可由結(jié)合包含目的ffiR受體的ffiR二聚體的ffiR配 體介導(dǎo)。結(jié)合HER二聚體的HER配體可活化二聚體中一種或多種HER受體的激酶結(jié)構(gòu)域， 由此導(dǎo)致一種或多種ffiR受體中酪氨酸殘基的磷酸化和/或其它底物多肽諸如Akt或MAPK 胞內(nèi)激酶中酪氨酸殘基的磷酸化。
[0143] "磷酸化"指對(duì)蛋白質(zhì)諸如HER受體，或其底物添加一個(gè)或多個(gè)磷酸基團(tuán)。
[0144] HER2上的"異二聚體結(jié)合位點(diǎn)"指在HER2與EGFR、HER3或HER4形成二聚體時(shí)，與 EGFR、HER3或HER4胞外結(jié)構(gòu)域中某區(qū)域接觸或形成介面的HER2胞外結(jié)構(gòu)域中的區(qū)域。已 發(fā)現(xiàn)所述區(qū)域在HER2 的結(jié)構(gòu)域II中。Franklin等，CancerCell5:317-328(2004)。
[0145] "結(jié)合HER2的異二聚體結(jié)合位點(diǎn)的"HER2抗體結(jié)合結(jié)構(gòu)域II中的殘基（任選 還結(jié)合HER2胞外結(jié)構(gòu)域的其它結(jié)構(gòu)域，諸如結(jié)構(gòu)域I和III中的殘基），且至少在一定 程度上可在空間上阻礙HER2-EGFR、HER2-HER3或HER2-HER4異二聚體的形成。Franklin 等，CancerCell5:317-328(2004)表征了存放在RCSB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（IDCodeIS78)的 HER2-Pertuzumab晶體結(jié)構(gòu)，圖解了結(jié)合HER2的異二聚體結(jié)合位點(diǎn)的例示性抗體。"結(jié)合 HER2的結(jié)構(gòu)域II"的抗體結(jié)合結(jié)構(gòu)域II中的殘基和任選HER2的其它結(jié)構(gòu)域，諸如結(jié)構(gòu)域 I和III中的殘基。
[0146] "分離的"，在用于描述本文中所公開的各種抗體時(shí)，意指已經(jīng)鑒定且與/自表達(dá)它 的細(xì)胞或細(xì)胞培養(yǎng)物分開和/或回收的抗體。其天然環(huán)境的污染性成分指通常會(huì)干擾該多 肽的診斷或治療用途的物質(zhì)，可包括酶、激素、和其它蛋白質(zhì)性質(zhì)或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。 在優(yōu)選的實(shí)施方案中，將抗體純化至（1)足以通過使用轉(zhuǎn)杯式測(cè)序儀獲得至少15個(gè)殘基的 N-末端或內(nèi)部氨基酸序列的程度，或（2)根據(jù)使用考馬斯藍(lán)或優(yōu)選銀染色的非還原或還原 條件下的SDS-PAGE，達(dá)到同質(zhì)。既然該多肽天然環(huán)境的至少一種成分不會(huì)存在，那么分離的 抗體包括重組細(xì)胞內(nèi)的原位抗體。然而，分離的多肽通常通過至少一個(gè)純化步驟來制備。
[0147] "ErbB3癌癥檢測(cè)劑"指能夠檢測(cè)ERBB3核酸序列或氨基酸序列內(nèi)與ErbB3癌癥有 關(guān)的突變的藥劑。通常，檢測(cè)劑包括能夠特異性結(jié)合ERBB3序列的試劑。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí) 施方案中，該試劑能夠特異性結(jié)合ErbB3核酸序列中的ErbB3突變。在一個(gè)實(shí)施方案中， 檢測(cè)劑包括能夠與ERBB3核酸序列（例如SEQIDNO: 1或3)特異性雜交的多核苷酸。在 一些實(shí)施方案中，該多核苷酸是包含與包含突變的ErbB3序列特異性雜交的核酸序列的探 針。在另一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)劑包括能夠特異性結(jié)合ERBB3氨基酸序列的試劑。在另一 個(gè)實(shí)施方案中，該氨基酸序列包含本文中描述的突變。檢測(cè)劑可進(jìn)一步包含標(biāo)記物。在一 個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，ErbB3癌癥檢測(cè)劑是ErbB3胃腸癌檢測(cè)劑。
[0148] ErbB3體細(xì)朐突奪
[0149] 一方面，本發(fā)明提供在來自受試者的樣品中檢測(cè)與癌癥有關(guān)的ErbB3體細(xì)胞突變 的存在或缺失的方法，以及通過在來自受試者的樣品中檢測(cè)一種或多種這些體細(xì)胞突變的 存在或缺失來診斷和預(yù)后癌癥的方法，其中存在體細(xì)胞突變指示受試者具有癌癥。與癌癥 風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)的ErbB3體細(xì)胞突變是使用包括基因組范圍關(guān)聯(lián)研究，修飾物篩選和基于家族的 篩選在內(nèi)的策略鑒定的。
[0150] 供本發(fā)明的方法使用的體細(xì)胞突變或變異包括ErbB3或編碼這種蛋白質(zhì)的基因 中的變異。在一些實(shí)施方案中，體細(xì)胞突變?cè)诰幋a基因（或其調(diào)節(jié)區(qū)）的基因組DNA中。在 各種實(shí)施方案中，體細(xì)胞突變是編碼ErbB3的核酸（SEQIDN0:1 ;登錄號(hào)NM_001982)中的 替代，插入，或刪除。在一個(gè)實(shí)施方案中，變異是在ErbB3的氨基酸序列（SEQIDN0:2;登錄 號(hào)NP_001973)中的M60,G69,M91，V104,Ylll，R135,R193,A232,P262,Q281，G284,V295， Q298,G325,T389,R453,M406,V438,D492,K498,V714,Q809,S846,E928,S1046,R1089, T1164和D1194中的一個(gè)或多個(gè)處導(dǎo)致氨基酸替代的突變。在一個(gè)實(shí)施方案中，替代是 M60K,G69R,M91I,V104L,V104M,Y111C,R135L,R193*,A232V,P262S,P262H,Q281H,G284R, V295A,Q298*,G325R,T389K,M406K,V438I,R453H,D492H,K498I,V714M,Q809R,S846I, E928G，S1046N，R1089W，T1164A和D1194E中的至少一個(gè)（*指示終止密碼子）。在各種實(shí)施 方案中，至少一處變異是ErbB3中的氨基酸替代，插入，截短，或刪除。在一些實(shí)施方案中， 變異是氨基酸替代。
[0151] ErbB3突奪的鑒定
[0152] 在本發(fā)明的一個(gè)重要方面，將一簇ErbB3氨基酸殘基鑒定為突變熱點(diǎn)。特別地，發(fā) 現(xiàn)在結(jié)構(gòu)域I(SEQIDN0:2的位置1至213)和II(SEQIDN0:2的位置214至284)之間 的界面中包含至少一處替代的ErbB3指示ErbB3癌癥。特別地，在至少由ErbB3氨基酸殘 基104, 232和284確定的結(jié)構(gòu)域I/II界面處發(fā)現(xiàn)一簇值得注意的胞外域（ECD)體細(xì)胞突 變。在一個(gè)實(shí)施方案中，該結(jié)構(gòu)域進(jìn)一步由氨基酸殘基60確定。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該 簇體細(xì)胞突變包括V104變成L或M;A232變成V;和G284變成R。在一個(gè)其它實(shí)施方案中， 該簇進(jìn)一步包括M60變成K。
[0153] 一方面，本發(fā)明提供在有需要的受試者中測(cè)定胃腸癌的存在的方法，其包括在自 受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)人ErbB3結(jié)構(gòu)域II和III之間、由氨基酸位置104, 232和 284確定的界面處氨基酸突變的存在或缺失。該界面可進(jìn)一步由位置60確定。
[0154] 體細(xì)朐突奪的檢測(cè)
[0155] 如本文中描述的任何檢測(cè)方法中使用的，核酸可以是基因組DNA;自基因組DNA轉(zhuǎn) 錄的RNA;或自RNA生成的cDNA。核酸可以自脊椎動(dòng)物，例如哺乳動(dòng)物衍生。若某核酸是直 接自特定來源獲得的，或者若該核酸是在該來源中找到的核酸的拷貝，則該核酸被說成"衍 生自"該來源。
[0156] 核酸包括核酸的拷貝，例如源自于擴(kuò)增的拷貝。擴(kuò)增在某些情況中可能是想要的， 例如以便獲得想要量的材料來檢測(cè)變異。然后可以將擴(kuò)增子進(jìn)行變異檢測(cè)方法（諸如那些 下文所描述的）以測(cè)定所述擴(kuò)增子中是否存在變異。
[0157] 可以通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的某些方法來檢測(cè)體細(xì)胞突變或變異。此類方法 包括但不限于DNA測(cè)序；引物延伸測(cè)定法，包括體細(xì)胞突變特異性核苷酸摻入測(cè)定法和體 細(xì)胞突變特異性引物延伸測(cè)定法（例如體細(xì)胞突變特異性PCR、體細(xì)胞突變特異性連接鏈 式反應(yīng)（LCR)、和缺口 -LCR);突變特異性寡核苷酸雜交測(cè)定法（例如寡核苷酸連接測(cè)定 法）；切割保護(hù)測(cè)定法，其中使用免受切割劑作用的保護(hù)來檢測(cè)核酸雙鏈體中的錯(cuò)配堿基； 對(duì)MutS蛋白結(jié)合的分析；比較變異型和野生型核酸分子遷移率的電泳分析；變性梯度凝膠 電泳（DGGE，如在例如Myers等（1985)Nature313:495中的）；對(duì)RNA酶在錯(cuò)配堿基對(duì)處切 割的分析；分析對(duì)異源雙鏈DNA的化學(xué)或酶促切割；質(zhì)譜術(shù)（例如MALDI-T0F);遺傳比特分 析（geneticbitanalysis,GBA) ;5'核酸酶測(cè)定法（例如TaqMan?);和采用分子信標(biāo)的測(cè) 定法。這些方法中的某些在下文有更詳細(xì)的討論。
[0158] 可以使用本領(lǐng)域中公知技術(shù)通過靶核酸的分子克隆和測(cè)序來實(shí)現(xiàn)靶核酸中變異 的檢測(cè)?；蛘?，可以使用擴(kuò)增技術(shù)諸如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR)來直接自來自腫瘤組織的基 因組DNA制備物擴(kuò)增靶核酸序列。然后可以測(cè)定擴(kuò)增序列的核酸序列，并自此鑒定變異。擴(kuò) 增技術(shù)是本領(lǐng)域中公知的，例如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)記載于Saiki等，Science239:487, 1988 ; 美國(guó)專利號(hào) 4, 683, 203 和 4, 683, 195。
[0159] 還可以使用連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（其是本領(lǐng)域中已知的）來擴(kuò)增靶核酸序列。參 見例如Wu等，Genomics4:560-569 (1989)。另外，還可以修飾并使用稱為等位基因特異 性PCR的技術(shù)來檢測(cè)體細(xì)胞突變（例如替代）。參見例如Ruano和Kidd(1989)Nucleic AcidsResearchl7:8392;McClay等（2002)AnalyticalBiochem. 301:200-206。在此技 術(shù)的某些實(shí)施方案中，使用突變特異性引物，其中所述引物的3'端核苷酸與靶核酸中的特 定變異互補(bǔ)（即能夠與靶核酸中的特定變異發(fā)生特異性堿基配對(duì)）。若不存在所述特定 變異，則觀察不到擴(kuò)增產(chǎn)物。還可以使用擴(kuò)增受阻突變系統(tǒng)（AmplificationRefractory MutationSystem,ARMS)來檢測(cè)變異（例如替代）。ARMS記載于例如歐洲專利申請(qǐng)公開文 本No. 0332435，及Newton等，NucleicAcidsResearch, 17:7, 1989。
[0160] 對(duì)于檢測(cè)變異（例如替代）有用的其它方法包括但不限于（1)突變特異性核苷酸 摻入測(cè)定法，諸如單堿基延伸測(cè)定法（參見例如Chen等（2000)GenomeRes. 10:549-557 ; Fan等（2000)GenomeRes. 10:853-860;Pastinen等（1997)GenomeRes. 7:606-614;及 Ye等（2001)Hum.Mut. 17:305-316) ;(2)突變特異性引物延伸測(cè)定法（參見例如Ye等 (2001)Hum.Mut. 17:305-316 ;和及Shen等GeneticEngineeringNews,卷 23, 2003 年 3月15日），包括體細(xì)胞突變特異性PCR;(3)5'核酸酶測(cè)定法（參見例如DeLaVega 等（2002)BioTechniques32:S48_S54(記載了TaqMan? 測(cè)定法）；Ranade等（2001) GenomeRes. 11:1262-1268;和Shi(2001)Clin.Chem.47:164-172) ; (4)采用分子信標(biāo) 的測(cè)定法（參見例如Tyagi等（1998)NatureBiotech. 16:49-53 ;和Mhlanga等（2001) Methods25:463_71);和（5)寡核苷酸連接測(cè)定法（參見例如Grossman等（1994)Nuc.AcidsRes. 22:4527-4534 ;專利申請(qǐng)公開文本No.US2003/0119004A1;PCT國(guó)際公開文本 No.TO01/92579A2 ;和美國(guó)專利號(hào) 6, 027, 889)。
[0161] 還可以通過錯(cuò)配檢測(cè)方法來檢測(cè)變異。錯(cuò)配指不是100%互補(bǔ)的雜交的核酸雙鏈 體。缺乏完全互補(bǔ)性可能是由于刪除、插入、倒位、或替代。錯(cuò)配檢測(cè)方法的一個(gè)例子是錯(cuò)配 修復(fù)檢測(cè)（MismatchRepairDetection,MRD)測(cè)定法，其記載于例如Faham等，Proc.Natl Acad.Sci.USA102:14717-14722 (2005)和Faham等，Hum.Mol.Genet. 10:1657-1664 (2001)。 錯(cuò)配切割技術(shù)的另一個(gè)例子是RNA酶保護(hù)方法，其詳細(xì)記載于Winter等，Proc.Natl.Acad. Sci.USA, 82:7575, 1985,和Myers等，Science230:1242, 1985。例如，本發(fā)明的方法可以牽 涉與人野生型靶核酸互補(bǔ)的經(jīng)標(biāo)記核糖核酸探針的使用。將核糖核酸探針與自組織樣品衍 生的靶核酸一起退火（雜交），隨后用能夠檢測(cè)雙鏈RNA結(jié)構(gòu)中的一些錯(cuò)配的酶RNA酶A 消化。若RNA酶A檢測(cè)出錯(cuò)配，則其在錯(cuò)配位點(diǎn)處切割。如此，在電泳凝膠基質(zhì)上將退火的 RNA制備物分開時(shí)，若RNA酶A已經(jīng)檢測(cè)出并切割錯(cuò)配，則會(huì)看到比核糖核酸探針和mRNA或 DNA的全長(zhǎng)雙鏈RNA小的RNA產(chǎn)物。核糖核酸探針不必是靶核酸的全長(zhǎng)，而可以是靶核酸的 一部分，前提是其涵蓋懷疑具有變異的位置。
[0162] 以類似的方式，可以使用DNA探針來檢測(cè)錯(cuò)配，例如經(jīng)由酶促或化學(xué)切割來實(shí)現(xiàn)。 參見例如Cotton等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 85:4397, 1988 ;和Shenk等，Proc.Natl. Acad.Sci.USA, 72:989, 1975?；蛘?，可以通過錯(cuò)配雙鏈體相對(duì)于匹配雙鏈體的電泳遷移率 的變動(dòng)來檢測(cè)錯(cuò)配。參見例如Cariello,HumanGenetics, 42:726, 1988。用核糖核酸探針 或DNA探針，可以在雜交前擴(kuò)增懷疑包含變異的靶核酸。還可以使用Southern雜交來檢測(cè) 靶核酸中的變化，尤其若所述變化是總的重排，諸如刪除和插入。
[0163] 可以使用針對(duì)靶核酸或周圍標(biāo)志基因的限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（RFLP)探針來 檢測(cè)變異，例如插入或刪除。還可以通過對(duì)靶核酸的克隆、測(cè)序和擴(kuò)增來檢測(cè)插入和刪 除。還可以使用單鏈構(gòu)象多態(tài)性（Singlestrandedconformationpolymorphism,SSCP) 分析來檢測(cè)體細(xì)胞突變的堿基變化變體。參見例如Orita等，Proc.Natl.Acad.Sci. USA86:2766-2770, 1989,和Genomics, 5:874-879, 1989?？梢孕薷腟SCP來檢測(cè)ErbB3 體細(xì) 胞突變。SSCP通過單鏈PCR產(chǎn)物的電泳遷移率的改變來鑒定堿基差異。可以通過加熱或 以其它方式使雙鏈PCR產(chǎn)物變性來生成單鏈PCR產(chǎn)物。單鏈核酸可重折疊或形成部分依賴 于堿基序列的次級(jí)結(jié)構(gòu)。單鏈擴(kuò)增產(chǎn)物的不同電泳遷移率與SNP位置處的堿基序列差異有 關(guān)。變性梯度凝膠電泳OGGE)根據(jù)多態(tài)性DNA內(nèi)在的不同序列依賴性穩(wěn)定性和解鏈特性 及變性梯度凝膠中電泳遷移樣式的相應(yīng)差異來區(qū)分SNP等位基因。
[0164] 還可以使用微陣列來檢測(cè)體細(xì)胞突變或變異。微陣列指一種多路技術(shù)，其通常使 用排列好的一系列數(shù)以千計(jì)的在高嚴(yán)格性條件下與例如cDNA或cRNA樣品雜交的核酸探 針。通常通過檢測(cè)熒光團(tuán)，銀，或化學(xué)發(fā)光標(biāo)記的靶物來檢測(cè)和定量探針-靶物雜交以測(cè)定 靶物中核酸序列的相對(duì)豐度。在典型的微陣列中，探針通過與化學(xué)基質(zhì)的共價(jià)鍵附著至固 體表面（經(jīng)由環(huán)氧硅烷，氨基硅烷，賴氨酸，聚丙烯酰胺等等）。固體表面指例如玻璃，硅片， 或顯微珠。多種微陣列是商品化的，包括那些例如Affymetrix公司和Illumina公司制造 的。
[0165] 用于檢測(cè)體細(xì)胞突變的另一種方法基于質(zhì)譜術(shù)。質(zhì)譜術(shù)利用DNA的四種核苷酸每 種的獨(dú)特質(zhì)量?？梢酝ㄟ^質(zhì)譜術(shù)通過測(cè)量具有體細(xì)胞突變的核酸的質(zhì)量差異來毫無疑義地 分析潛在包含突變的ErbB3核酸。MALDI-TOF(基質(zhì)輔助激光解吸電離-飛行時(shí)間）質(zhì)譜術(shù) 技術(shù)可用于極其精確地測(cè)定分子量，諸如包含體細(xì)胞突變的核酸的。已經(jīng)開發(fā)了眾多基于 質(zhì)譜術(shù)的核酸分析辦法。例示性的基于質(zhì)譜術(shù)的方法包括引物延伸測(cè)定法，其也可以與其 它辦法（諸如傳統(tǒng)的基于凝膠的形式和微陣列）組合使用。
[0166] 序列特異性核酶（美國(guó)專利No. 5, 498, 531)也可用于根據(jù)核酶切割位點(diǎn)的形成或 丟失來檢測(cè)體細(xì)胞突變。可以通過核酸酶切割消化測(cè)定法或通過解鏈溫度的差異來區(qū)分完 全匹配序列與錯(cuò)配序列。如果突變影響限制酶切割位點(diǎn)，那么可通過限制酶消化樣式的改 變和通過凝膠電泳測(cè)定的核酸片段長(zhǎng)度的相應(yīng)變化來鑒定突變。
[0167] 在本發(fā)明的其它實(shí)施方案中，使用基于蛋白質(zhì)的檢測(cè)技術(shù)來檢測(cè)由具有本文中公 開的遺傳變異的基因編碼的變體蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)的變體形式的存在的測(cè)定可使用本領(lǐng)域已 知的任何合適技術(shù)來進(jìn)行，例如電泳（例如變性或非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，二維凝膠 電泳，毛細(xì)管電泳和等電聚焦），層析（例如分篩層析（sizingchromatography),高效液 體層析（HPLC)和陽離子交換HPLC)和質(zhì)譜術(shù)（例如MALDI-TOF質(zhì)譜術(shù)，電噴射電離（ESI) 質(zhì)譜術(shù)和串聯(lián)質(zhì)譜術(shù)）。參見例如Ahrer和Jungabauer(2006)J.Chromatog.B.Analyt. Technol.Biomed.LifeSci.841:110-122 ;及Wada(2002)J.Chromatog.B. 781:291-301?？?部分基于要檢測(cè)的變異的性質(zhì)來選擇合適的技術(shù)。例如，在替代的氨基酸具有與初始氨基 酸不同的電荷的情況中，可以通過等電聚焦來檢測(cè)導(dǎo)致氨基酸替代的變異。多肽經(jīng)由具有 pH梯度的凝膠在高電壓的等電聚焦根據(jù)蛋白質(zhì)的pi將它們分開。可以將pH梯度凝膠與同 時(shí)運(yùn)行的含有野生型蛋白質(zhì)的凝膠進(jìn)行比較。在變異導(dǎo)致新的蛋白水解切割位點(diǎn)生成或現(xiàn) 有的蛋白水解切割位點(diǎn)消除的情況中，可以對(duì)樣品進(jìn)行蛋白質(zhì)水解消化，繼以肽作圖，使用 適宜的電泳，層析，或質(zhì)譜術(shù)技術(shù)來進(jìn)行。也可以使用蛋白質(zhì)測(cè)序技術(shù)來檢測(cè)變異的存在， 諸如Edman降解或質(zhì)譜術(shù)的某些形式。
[0168] 也可以使用本領(lǐng)域已知的、利用這些技術(shù)的組合的方法。例如，在HPLC-顯 微術(shù)串聯(lián)質(zhì)譜術(shù)技術(shù)中，對(duì)蛋白質(zhì)實(shí)施蛋白水解消化，并通過反相層析分離將所得 肽混合物分開。實(shí)施串聯(lián)質(zhì)譜術(shù)，并分析自其收集的數(shù)據(jù)（Gatlin等（2000)Anal. Chem.，72:757-763)。又例如，將非變性凝膠電泳與MALDI質(zhì)譜術(shù)組合（Mathew等（2011) Anal.Biochem. 416:135-137)〇
[0169] 在一些實(shí)施方案中，可以使用諸如特異性結(jié)合蛋白質(zhì)的肽或抗體等試劑自樣品分 離蛋白質(zhì)，并使用上文公開的任何技術(shù)進(jìn)行進(jìn)一步分析以測(cè)定遺傳變異的存在或缺失。
[0170] 或者，可以通過免疫親和測(cè)定法（其基于對(duì)具有依照本發(fā)明的遺傳變異的蛋白質(zhì) 特異性的抗體，即特異性結(jié)合具有變異的蛋白質(zhì)但不結(jié)合該蛋白質(zhì)缺乏該變異的形式的抗 體）檢測(cè)來樣品中變體蛋白質(zhì)的存在?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域已知的任何合適技術(shù)來生成此類抗 體。可使用抗體自溶液樣品免疫沉淀特定蛋白質(zhì)或免疫印跡通過例如聚丙烯酰胺凝膠分 離的蛋白質(zhì)。免疫細(xì)胞化學(xué)方法也可用于檢測(cè)組織或細(xì)胞中的特定蛋白質(zhì)變體。也可以 使用其它公知的基于抗體的技術(shù)，包括例如酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定法（ELISA)，放射免疫測(cè)定法 (RIA)，免疫放射劑量測(cè)定法（IRMA)和免疫酶促測(cè)定法（IEMA)，包括三明治式測(cè)定法，使用 單克隆或多克隆抗體進(jìn)行。參見例如美國(guó)專利No. 4, 376, 110和No. 4, 486, 530。
[0171] 遺傳標(biāo)志物的鑒定
[0172] 已經(jīng)在癌癥中調(diào)查了體細(xì)胞突變和種系突變之間的關(guān)系（參見例如Zauber等 J.Pathol. 2003Feb; 199(2) : 146-51)。本文中公開的ErbB3體細(xì)胞突變可用于鑒定與癌癥 形成有關(guān)的遺傳標(biāo)志物。例如，本文中公開的體細(xì)胞突變可用于鑒定種系和任何別的連鎖 不平衡的SNP中的單核苷酸多態(tài)性（SNP)。確實(shí)，任何別的與第一SNP(其與癌癥有關(guān)）連 鎖不平衡的SNP會(huì)與癌癥有關(guān)。一旦證明給定SNP和癌癥之間的關(guān)聯(lián)，會(huì)有極大的興趣去 發(fā)現(xiàn)別的與癌癥有關(guān)的SNP，從而提供此特定區(qū)域中SNP的密度。
[0173] 用于鑒定別的SNP和進(jìn)行連鎖不平衡分析的方法是本領(lǐng)域公知的。例如，別的與 本文中公開的SNP連鎖不平衡的SNP的鑒定可涉及下述步驟：（a)自多數(shù)個(gè)體自包含或包 圍第一SNP的基因組區(qū)域擴(kuò)增片段；(b)在包含或包圍所述第一SNP的基因組區(qū)域中鑒定 第二SNP; (c)在所述第一SNP和第二SNP之間進(jìn)行連鎖不平衡分析；并（d)選擇與所述第 一標(biāo)志物連鎖不平衡的所述第二SNP?？尚薷倪@種方法以包括步驟（a)之前的某些步驟，諸 如自多數(shù)個(gè)體自包含或包圍體細(xì)胞突變的基因組區(qū)域擴(kuò)增片段，及在包含或包圍所述體細(xì) 胞突變的基因組區(qū)域中鑒定SNP。
[0174] ErbB3癌癥檢測(cè)劑
[0175] 一方面，本發(fā)明提供ErbB3癌癥檢測(cè)劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)劑包含能夠特異 性結(jié)合圖39所示ErbB3序列（氨基酸序列SEQIDN0:2或核酸序列SEQIDN0:3)的試 齊[J。在另一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)劑包含能夠與圖2(SEQIDN0:1)或圖39(SEQIDN0:3)所 7^ERBB3核酸序列特異性雜交的多核苷酸。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，多核苷酸包含與圖 39(SEQIDN0:3)所示包含突變的ErbB3核酸序列特異性雜交的核酸序列。
[0176] 另一方面，ErbB3癌癥檢測(cè)劑包含具有特定式的多核苷酸。在一個(gè)實(shí)施方案中，多 核苷酸式為
[0177] 5，Xa-Y_Zb3，式I，
[0178] 其中
[0179] X為任何核酸且a介于約0和約250之間（即5'方向）；
[0180] Y代表ErbB3突變密碼子；且
[0181] Z為任何核酸且b介于約0和約250之間（即3'方向）。
[0182] 在另一個(gè)實(shí)施方案中，在5'（a的情況）或3'（b的情況）方向，a或b為約250或 更少。在一些實(shí)施方案中，a或b介于約0和約250之間，a或b介于約0和約245之間，介 于約0和約240之間，介于約0和約230之間，介于約0和約220之間，介于約0和約210 之間，介于約〇和約200之間，介于約0和約190之間，介于約0和約180之間，介于約0和 約170之間，介于約0和約160之間，介于約0和約150之間，介于約0和約140之間，介于 約0和約130之間，介于約0和約120之間，介于約0和約110之間，介于約0和約100之 間，介于約〇和約90之間，介于約0和約80之間，介于約0和約70之間，介于約0和約60 之間，介于約〇和約50之間，介于約0和約45之間，介于約0和約40之間，介于約0和約 35之間，介于約0和約30之間，介于約0和約25之間，介于約0和約20之間，介于約0和 約15之間，介于約0和約10之間，或介于約0和約5之間。
[0183] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，a或b為約35或更少。在一些實(shí)施方案中，a或b介于約 0和約35之間，介于約0和約34之間，介于約0和約33之間，介于約0和約32之間，介于 約0和約31之間，介于約0和約30之間，介于約0和約29之間，介于約0和約28之間，介 于約0和約27之間，介于約0和約26之間，介于約0和約25之間，介于約0和約24之間， 介于約0和約23之間，介于約0和約22之間，介于約0和約21之間，介于約0和約20之 間，介于約〇和約19之間，介于約0和約18之間，介于約0和約17之間，介于約0和約16 之間，介于約〇和約15之間，介于約0和約14之間，介于約0和約13之間，介于約0和約 12之間，介于約0和約11之間，介于約0和約10之間，介于約0和約9之間，介于約0和約 8之間，介于約0和約7之間，介于約0和約6之間，介于約0和約5之間，介于約0和約4 之間，介于約〇和約3之間，或介于約0和約2之間。
[0184] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置60處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自AAA和AAG。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān)的M60K突變。
[0185] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置104處的氨基酸的 ￡吐83核酸序列雜交，其中￥選自4了6，(：1'1'，(：1'(：，0^，(^6，11^和11^。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌， 胃癌，卵巢癌和乳腺癌有關(guān)的V104M或V104L突變。
[0186] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置111處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自TGT和TGC。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的Y111C突變。
[0187] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置135處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CTT，CTC，CTA，CTG，TTA和TTG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的 R135L突變。
[0188] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置193處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自TAA，TAG和TGA。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān)的R193* (其中 *為終止密碼子）突變。
[0189] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置232處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自GTT，GTC，GTA和GTG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的A232V突 變。
[0190] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置262處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CAT，CAC，TCT，TCC，TCA，TCG，AGT和AGC。這對(duì)應(yīng)于與結(jié) 腸和/或胃癌有關(guān)的P262H或P262S突變。
[0191] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置284處的氨基酸 的ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CGT，CGC，CGA，CGG，AGA和AGG。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸或肺 (NSCLC腺癌）癌有關(guān)的G284R突變。
[0192] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置295處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自GCT，GCC，GCA和GCG。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān)的V295A突 變。
[0193] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置325處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CGT，CGC，CGA，CGG，AGA和AGG。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān) 的G325R突變。
[0194] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置406處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自ACT，ACC，ACA，ACG，AAA和AAG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的 M406K或M406T突變。
[0195] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置453處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CAT和CAC。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的R453H突變。
[0196] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置498處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自ATT，ATC和ATA。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的K498I突變。
[0197] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置809處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CGT，CGC，CGA，CGG，AGA和AGG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的 Q809R突變。
[0198] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置846處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自ATT，ATC和ATA。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān)的S846I突變。
[0199] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置928處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自GGT，GGC，GGA和GGG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌和乳腺癌癥有關(guān)的 E928G突變。
[0200] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置1089處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y為TGG。這對(duì)應(yīng)于與胃癌有關(guān)的R1089W突變。
[0201] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置1164處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自GCT，GCC，GCA和GCG。這對(duì)應(yīng)于與結(jié)腸癌有關(guān)的T1164A 突變。
[0202] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置492處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y選自CAT和CAC。這對(duì)應(yīng)于與肺（NSCLC腺癌）癌有關(guān)的D492H 突變。
[0203] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該多核苷酸與編碼SEQIDN0:2位置714處的氨基酸的 ErbB3核酸序列雜交，其中Y為ATG。這對(duì)應(yīng)于與肺（NSCLC鱗癌）癌有關(guān)的V714M突變。
[0204] 癌癥的診斷、預(yù)后和治療
[0205] 本發(fā)明提供用于受試者中癌癥的診斷或預(yù)后方法，其通過在來自受試者的樣品中 檢測(cè)本文中公開的一處或多處與癌癥有關(guān)的體細(xì)胞突變或變異的存在來進(jìn)行。供本發(fā)明的 方法使用的體細(xì)胞突變或變異包括ErbB3或編碼這種蛋白質(zhì)的基因中的變異。在一些實(shí)施 方案中，體細(xì)胞突變?cè)诰幋a基因（或其調(diào)節(jié)區(qū)）的基因組DNA中。在各種實(shí)施方案中，體細(xì) 胞突變是編碼ErbB3的基因中的替代，插入，或刪除。在一個(gè)實(shí)施方案中，變異是在ErbB3的 氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的M60，G69，M91，V104，Y111，R135，R193，A232，P262，Q281， G284,V295,Q298,G325,T389,M406,V438,R453,D492,K498,V714,Q809,S846,E928,S1046, R1089,T1164和D1194中的一個(gè)或多個(gè)處導(dǎo)致氨基酸替代的突變。在一個(gè)實(shí)施方案中，替代 是ErbB3 的氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的M60K，G69R，M91I，V104L，V104M，Y111C，R135L， R193*，A232V，P262S，P262H，Q281H，G284R，V295A，Q298*，G325R，T389K，M406K，V438I， R453H，D492H，K498I，V714M，Q809R，S846I，E928G，S1046N，R1089W，T1164A和D1194E中的 至少一個(gè)（*指示終止密碼子）。在一個(gè)實(shí)施方案中，突變指示存在選自下組的ErbB3癌癥： 胃癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結(jié)直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌）， 腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
[0206] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，變異是在ErbB3的氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的M60， V104,Ylll,R153,R193,A232,P262,V295,G325,M406,R453,D492,K498,V714,Q809,R1089 和T1164中的一個(gè)或多個(gè)處導(dǎo)致氨基酸替代的突變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，替代是ErbB3的 氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的M60K，V104M，V104L，Y111C，R153L，R193*，A232V，P262S，P262H，V295A，G325R，M406K，R453H，D492H，K498I，V714M，Q809R，R1089W和D1194E中的至 少一個(gè)（*指示終止密碼子）。在一個(gè)實(shí)施方案中，突變指示存在選自下組的ErbB3癌癥： 胃癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結(jié)直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌）， 腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
[0207] 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，變異是在ErbB3的氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的V104， Ylll，R153,A232,P262,G284,T389,R453,K498 和Q809 中的一個(gè)或多個(gè)處導(dǎo)致氨基酸替 代的突變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，替代是ErbB3的氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的V104L， V104M，Y111C，R153L，A232V，P262S，P262H，G284R，T389K，R453H，K498I和Q809R中的至少 一個(gè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，ErbB3突變指示存在胃腸癌。在另一個(gè)實(shí)施方案中，胃腸癌是胃 癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌和結(jié)直腸癌中的一種或多種。
[0208] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于M60。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為M60K。 在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0209] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于V104。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 V104L或V104M。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌或結(jié)腸癌的存在。
[0210] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于VIII。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 V111C。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0211] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于R135。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 R135L。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0212] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于R193。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 R193*。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0213] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于A232。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 A232V。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0214] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于P262。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 P262S或P262H。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌或胃癌的存在。
[0215] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于G284。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 G284R。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示肺癌（非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌）或結(jié)腸癌的 存在。
[0216] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于V295。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 V295A。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0217] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于G325。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 G325R。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0218] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于M406。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 M406K。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0219] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于R453。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 R453H。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌或結(jié)腸癌的存在。
[0220] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于K498。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 K4981。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0221] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于D492。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 D492H。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示肺癌（非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌）的存在。
[0222] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于V714。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 V714M。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示肺癌（非小細(xì)胞肺（NSCLC)鱗癌）的存在。
[0223] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于Q809。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 Q809R。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0224] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于S846。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 S8461。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0225] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于R1089。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 R1089W。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示胃癌的存在。
[0226] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該ErbB3替代位于T1164。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該替代為 T1164A。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該突變指示結(jié)腸癌的存在。
[0227] 在各種實(shí)施方案中，至少一處變異是ErbB3中的氨基酸替代，插入，截短，或刪除。 在一些實(shí)施方案中，變異是氨基酸替代。任何一處或多處這些變異可用于下文描述的任何 檢測(cè)、診斷和預(yù)后方法。
[0228] 在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供在受試者中檢測(cè)指示癌癥的體細(xì)胞突變的存在或 缺失的方法，其包括：(a)使來自受試者的樣品與能夠檢測(cè)ErbB3基因中體細(xì)胞突變的存在 或缺失的試劑接觸；并（b)測(cè)定該突變的存在或缺失，其中存在該突變指示該受試者罹患 癌癥或有風(fēng)險(xiǎn)形成癌癥。
[0229] 供該方法使用的試劑可以是寡核苷酸，DNA探針，RNA探針和核酶。在一些實(shí)施方 案中，該試劑是經(jīng)過標(biāo)記的。標(biāo)記物可包括例如放射性同位素標(biāo)記物，熒光標(biāo)記物，生物發(fā) 光標(biāo)記物或酶標(biāo)記物?？沙洚?dāng)可檢測(cè)標(biāo)記物的放射性核素包括例如1-131，1-123, 1-125， Y-90,Re-188,Re-186,At-211，Cu-67,Bi-212 和Pd-109。
[0230] 還提供在受試者中檢測(cè)指示癌癥的體細(xì)胞突變的方法，其包括：在來自受試者的 生物學(xué)樣品中測(cè)定ErbB3基因中體細(xì)胞突變的存在或缺失，其中存在該突變指示該受試者 罹患癌癥或有風(fēng)險(xiǎn)形成癌癥。在該方法的各種實(shí)施方案中，一處或多處體細(xì)胞突變的存在 的檢測(cè)通過選自下組的過程來進(jìn)行：直接測(cè)序，突變特異性探針雜交，突變特異性引物延 伸，突變特異性擴(kuò)增，突變特異性核苷酸摻入，5'核酸酶消化，分子信標(biāo)測(cè)定法，寡核苷酸連 接測(cè)定法，尺寸分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)性。在一些實(shí)施方案中，在測(cè)定一處或多處突變的存在 之前自樣品擴(kuò)增核酸。
[0231] 本發(fā)明進(jìn)一步提供在受試者中診斷或預(yù)后癌癥的方法，其包括：(a)使來自受試 者的樣品與能夠檢測(cè)ErbB3基因中體細(xì)胞突變的存在或缺失的試劑接觸；并（b)測(cè)定該突 變的存在或缺失，其中存在該突變指示該受試者罹患癌癥或有風(fēng)險(xiǎn)形成癌癥。
[0232] 本發(fā)明進(jìn)一步提供在受試者中診斷或預(yù)后癌癥的方法，其包括：在來自受試者的 生物學(xué)樣品中測(cè)定ErbB3基因中體細(xì)胞突變的存在或缺失，其中存在該遺傳變異指示該受 試者罹患癌癥或有風(fēng)險(xiǎn)形成癌癥。
[0233] 本發(fā)明還提供在受試者中診斷或預(yù)后癌癥的方法，其包括：(a)自受試者獲得含 有核酸的樣品，并（b)分析該樣品以檢測(cè)ErbB3基因中至少一處體細(xì)胞突變的存在，其中存 在該遺傳變異指示該受試者罹患癌癥或有風(fēng)險(xiǎn)形成癌癥。
[0234] 在一些實(shí)施方案中，該診斷或預(yù)后方法進(jìn)一步包括對(duì)該受試者進(jìn)行一種或多種別 的針對(duì)癌癥的診斷性測(cè)試，例如篩選一種或多種別的標(biāo)志物，或?qū)υ撌茉囌哌M(jìn)行成像規(guī)程。
[0235] 進(jìn)一步涵蓋的是，任何上述方法可進(jìn)一步包括根據(jù)該方法的結(jié)果針對(duì)癌癥治療該 受試者。在一些實(shí)施方案中，上述方法進(jìn)一步包括在該樣品中檢測(cè)至少一處體細(xì)胞突變的 存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，第一體細(xì)胞突變的存在與至少一處別的體細(xì)胞突變的存在一起 指示與具有該第一體細(xì)胞突變且缺乏該至少一處別的體細(xì)胞突變的存在的受試者相比升 商的癌癥風(fēng)險(xiǎn)。
[0236] 還提供鑒定具有升高的癌癥診斷風(fēng)險(xiǎn)的受試者的方法，其包括：(a)在來自受試 者的生物學(xué)樣品中測(cè)定ErbB3基因中第一體細(xì)胞突變的存在或缺失；并（b)測(cè)定至少一處 別的體細(xì)胞突變的存在或缺失，其中存在該第一和至少一處別的體細(xì)胞突變指示該受試者 具有與缺乏該第一和至少一處別的體細(xì)胞突變的存在的受試者相比升高的癌癥診斷風(fēng)險(xiǎn)。
[0237] 還提供在受試者中幫助診斷和/或預(yù)后癌癥亞表型的方法，該方法包括在自受試 者衍生的生物學(xué)樣品檢測(cè)編碼ErbB3的基因中體細(xì)胞突變的存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，該 體細(xì)胞突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列（SEQIDN0:2)中的氨基酸替代G284R，而且該癌癥亞 表型特征至少部分在于表達(dá)G284R突變體ErbB3的細(xì)胞中不依賴HER配體的信號(hào)傳導(dǎo)。在 另一個(gè)實(shí)施方案中，該體細(xì)胞突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列（SEQIDN0 :2)中的氨基酸替代 Q809R，而且癌癥亞表型特征至少部分在于表達(dá)Q809R突變體ErbB3的細(xì)胞不依賴HER配體 的信號(hào)傳導(dǎo)。
[0238] 本發(fā)明進(jìn)一步提供預(yù)測(cè)受試者對(duì)靶向ErbB受體的癌癥治療劑的響應(yīng)的方法，其 包括在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列（SEQIDN0 :2)中氨基 酸變異的體細(xì)胞突變，其中存在該體細(xì)胞突變指示對(duì)靶向ErbB受體的治療劑的響應(yīng)。在一 個(gè)實(shí)施方案中，該治療劑是ErbB拮抗劑或結(jié)合劑，例如抗ErbB抗體。
[0239] 可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的某些方法來獲得供上文描述的任何方法使用的 生物學(xué)樣品。可以自脊椎動(dòng)物獲得生物學(xué)樣品，特別是哺乳動(dòng)物。在某些實(shí)施方案中，生物 學(xué)樣品包含細(xì)胞或組織?？梢宰越M織樣品或自其它身體樣品（諸如血液，血清，尿，痰，唾 液，粘液和組織）檢測(cè)靶核酸（或所編碼的多肽）中的變異。通過篩選此類身體樣品，可以 對(duì)疾病諸如癌癥實(shí)現(xiàn)簡(jiǎn)單早期診斷。另外，通過對(duì)此類身體樣品測(cè)試靶核酸（或所編碼的 多肽）中的變異可以更加容易地監(jiān)測(cè)療法的進(jìn)展。在一些實(shí)施方案中，自懷疑具有癌癥的 個(gè)體獲得生物學(xué)樣品。
[0240] 在確定受試者或自受試者獲得的生物學(xué)樣品包含本文中公開的體細(xì)胞突變之后， 涵蓋的是，可以對(duì)受試者施用有效量的適宜癌癥治療劑以治療受試者中的癌癥。
[0241] 還提供用于在哺乳動(dòng)物中幫助診斷癌癥的方法，其通過依照上文描述的方法在包 含ErbB3中體細(xì)胞突變的核酸中檢測(cè)一處或多處變異的存在來進(jìn)行。
[0242] 在另一個(gè)實(shí)施方案中，提供用于預(yù)測(cè)具有癌癥的受試者是否會(huì)響應(yīng)治療劑的方 法，其通過依照上文描述的方法測(cè)定受試者是否包含ErbB3中的體細(xì)胞突變來進(jìn)行。
[0243] 還提供用于評(píng)估受試者形成癌癥的素因（predisposition)的方法，其通過在受 試者中檢測(cè)ErbB3中的體細(xì)胞突變的存在或缺失來進(jìn)行。
[0244] 還提供在哺乳動(dòng)物中細(xì)分癌癥的方法，該方法包括檢測(cè)ErbB3中的體細(xì)胞突變的 存在。
[0245] 還提供鑒定在患者亞群中有效癌癥的治療劑的方法，該方法包括將藥劑的功效與 ErbB3中的體細(xì)胞突變的存在關(guān)聯(lián)起來。
[0246] 在適宜使，別的方法提供對(duì)于確定適宜臨床干預(yù)步驟有用的信息。因此，在本發(fā)明 方法的一個(gè)實(shí)施方案中，根據(jù)本文中公開的與癌癥有關(guān)的ErbB3體細(xì)胞突變的存在或缺失 的評(píng)估結(jié)果，該方法進(jìn)一步包括臨床干預(yù)步驟。例如，適宜干預(yù)可涉及預(yù)防和治療步驟，或 根據(jù)通過本發(fā)明的方法獲得的遺傳信息調(diào)整任何當(dāng)時(shí)現(xiàn)行的預(yù)后或治療步驟。
[0247] 正如對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的，在本文描述的任何方法中，雖然檢測(cè)到體細(xì) 胞突變的存在會(huì)確實(shí)地指示疾病的特征（例如疾病的存在或亞型），但是通過提供疾病的 逆表征（reciprocalcharacterization),沒有檢測(cè)到體細(xì)胞突變也會(huì)提供信息。
[0248] 還有別的方法包括在哺乳動(dòng)物中治療癌癥的方法，其包括下述步驟：自哺乳動(dòng)物 獲得生物學(xué)樣品，對(duì)該生物學(xué)樣品檢查本文中公開的ErbB3體細(xì)胞突變的存在或缺失，并 在測(cè)定所述組織或細(xì)胞樣品中該突變的存在或缺失之后，對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用有效量的適 宜治療劑。任選地，該方法包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用有效量的靶向癌癥治療劑。
[0249] 還提供在已知存在ErbB3體細(xì)胞突變的受試者中治療癌癥的方法，該方法包括對(duì) 受試者施用有效治療癌癥的治療劑。
[0250] 還提供治療具有癌癥的受試者的方法，該方法包括對(duì)受試者施用先前在至少一項(xiàng) 臨床研究（其中將該藥劑施用于至少5名各自具有ErbB3體細(xì)胞突變的人受試者）中顯示 有效治療所述癌癥的治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)于至少5名受試者的群體，該至少5名 受試者總共具有兩處或更多處不同體細(xì)胞突變。在一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)于至少5名受試者 的整個(gè)群體，該至少5名受試者具有相同的體細(xì)胞突變。
[0251] 還提供在屬于特定癌癥患者亞群的受試者中治療癌癥的方法，其包括對(duì)受試者施 用有效量的治療劑（其批準(zhǔn)作為用于所述亞群的治療劑），其中該亞群特征至少部分在于 與ErbB3體細(xì)胞突變有關(guān)。
[0252] 在一個(gè)實(shí)施方案中，該亞群屬于歐洲人血統(tǒng)。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種 方法，其包括制造癌癥治療劑，并將該藥劑與關(guān)于將該藥劑施用于具有或認(rèn)為具有癌癥且 具有ErbB3體細(xì)胞突變的受試者的說明書包裝在一起。
[0253] 還提供為使用癌癥治療劑的治療選擇患有癌癥的患者的方法，其包括檢測(cè)ErbB3 體細(xì)胞突變的存在。
[0254] 可以將用于治療癌癥的治療劑摻入組合物中，該組合物在一些實(shí)施方案中適合于 制藥用途。此類組合物通常包含肽或多肽和可接受的載體，例如藥學(xué)可接受的載體。"藥 學(xué)可接受的載體"包括與藥物施用相容的任何和所有溶劑、分散介質(zhì)、涂層、抗細(xì)菌和抗 真菌劑、等張和吸收延遲劑、等等（Gennaro，Remington:Thescienceandpracticeof pharmacy.Lippincott,Williams&Wilkins,Philadelphia,Pa. (2000))。此類載體或稀釋 劑的例子包括但不限于水、鹽水、Finger氏溶液、右旋糖溶液、和5%人血清清蛋白。也可使 用脂質(zhì)體和非水媒介諸如不揮發(fā)性油。除非常規(guī)介質(zhì)或藥劑與活性化合物不相容，否則就 涵蓋其在組合物中的使用。還可以將補(bǔ)充性活性化合物摻入組合物中。
[0255] 可以通過任何合適手段來施用本發(fā)明的治療劑（和任何別的用于治療癌癥的治 療劑），包括胃腸外，肺內(nèi)，鞘內(nèi)和鼻內(nèi)，以及，如果想要進(jìn)行局部治療的話，損害內(nèi)施用。胃 腸外輸注包括例如肌肉內(nèi)，靜脈內(nèi)，動(dòng)脈內(nèi)，腹膜內(nèi)，或皮下施用。部分根據(jù)施用是簡(jiǎn)短的 還是長(zhǎng)期的，可以通過任何合適路徑來進(jìn)行劑量給藥，例如通過注射，諸如靜脈內(nèi)或皮下注 射。本文中涵蓋各種劑量給藥方案，包括但不限于各個(gè)時(shí)間點(diǎn)上的單次或多次施用，推注施 用和脈沖輸注。
[0256] 可以憑經(jīng)驗(yàn)確定用于施用癌癥治療劑的有效劑量和方案，而且做出此類決定在本 領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)?？刹捎脝蝹€(gè)或多個(gè)劑量。當(dāng)采用癌癥治療劑的體內(nèi)施用時(shí)，正常劑量的 變化范圍可以是約l〇ng/kg直至100mg/kg哺乳動(dòng)物體重或更多每天,優(yōu)選約1 ii g/kg/天 至10mg/kg/天，取決于施用路徑。文獻(xiàn)中提供了關(guān)于具體劑量和投遞方法的指南；參見例 如美國(guó)專利No. 4, 657, 760 ;No. 5, 206, 344 ;或No. 5, 225, 212。
[0257] 本發(fā)明的一個(gè)方面提供治療具有通過本文中描述的一處或多處體細(xì)胞突變鑒定 的HER3/ErbB3癌癥的個(gè)體的方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括對(duì)個(gè)體施用有效量的 ffiR抑制劑的步驟。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該ffiR抑制劑為結(jié)合ffiR受體的抗體。在一個(gè)優(yōu)選 的實(shí)施方案中，該抗體結(jié)合ErbB3受體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該HER抗體為包含特異性結(jié)合 HER3和至少一種別的HER受體的抗原結(jié)合域的多特異性抗體，諸如Fuh等的W010/108127 中記載的那些，通過述及完整收入本文。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過ffiR抑制劑治療的ErbB3 癌癥包含表達(dá)HER3的細(xì)胞。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過HER抑制劑治療的癌癥為胃癌，結(jié)腸 癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結(jié)直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌），腎癌，黑素 瘤，卵巢癌，肺大細(xì)胞癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
[0258] 本發(fā)明的另一個(gè)方面提供在個(gè)體中抑制HER受體的生物學(xué)活性的方法，其包括對(duì) 個(gè)體施用有效量的ffiR抑制劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該ffiR受體是由個(gè)體中的癌細(xì)胞表達(dá)的 HER3受體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該HER抑制劑是HER抗體，其包含至少特異性結(jié)合HER3 的抗原結(jié)合域。
[0259] 本發(fā)明的一個(gè)方面提供HER抗體，其用作藥物。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供HER抗 體，其用于制造藥物。在一個(gè)實(shí)施方案中，該藥物可用于治療通過本文中描述的一處或多處 體細(xì)胞突變鑒定的ErbB3/HER3癌癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，該藥物用于抑制HER3受體的生 物學(xué)活性。在一個(gè)實(shí)施方案中，HER抗體包含特異性結(jié)合HER3,或HER3和至少一種別的HER 受體的抗原結(jié)合域。
[0260] 另一方面，本發(fā)明提供數(shù)種不同類型的、適合于該治療方法的HER抑制劑。在一 個(gè)實(shí)施方案中，ffiR抑制劑選自曲妥單抗-一種結(jié)合ERBB2結(jié)構(gòu)域IV的抗ERBB2抗體；帕 妥珠單抗-一種結(jié)合ERBB2結(jié)構(gòu)域II且阻止二聚化的ERBB2抗體；抗ERBB3. 1- -種阻斷 配體結(jié)合（結(jié)合結(jié)構(gòu)域III)的抗ERBB3 ;抗ERBB3. 2- -種結(jié)合結(jié)構(gòu)域III且阻斷配體結(jié) 合的抗ERBB3抗體；MEHD7945A--種阻斷配體結(jié)合（結(jié)合EGFR和ERBB3的結(jié)構(gòu)域III) 的雙重ERBB3/EGFR抗體；西妥昔單抗（cetuximab)--種阻斷配體結(jié)合（結(jié)合EGFR的結(jié) 構(gòu)域III)的EGFR抗體；拉帕替尼（Lapatinib)- -種雙重ERBB2/EGFR小分子抑制劑；和 ⑶C-094148- -種PI3K抑制劑。
[0261] 另一方面，本發(fā)明提供抗癌治療劑，其用于在受試者中治療ErbB3癌癥的方法，所 述方法包括（i)在自受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸突變 的存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列（如本文中描述的）中至少一個(gè)位置處 的氨基酸變化，其中存在該突變指示獲得該樣品的受試者中存在癌癥；并（ii)如果在核酸 序列中檢測(cè)到突變的話，對(duì)受試者施用有效量的抗癌治療劑。
[0262] 鉬合療法
[0263] 涵蓋的是，可以在方法中采用組合療法。組合療法可包括但不限于施用兩種或更 多種癌癥治療劑。通常在限定的時(shí)間段（根據(jù)選擇的組合，通常為幾分鐘，幾小時(shí)，幾天或 幾周）上進(jìn)行組合中的治療劑的施用。組合療法意圖涵蓋以序貫方式施用這些治療劑，就 是說，其中在不同時(shí)間施用每一種治療劑，以及以基本上同時(shí)的方式施用這些治療劑，或治 療劑中的至少兩種。
[0264] 可以通過相同路徑或通過不同路徑來施用治療劑。例如，可以通過靜脈內(nèi)注射來 施用組合中的ErbB拮抗劑，而通過口服來施用組合中的化療劑?；蛘?，例如，根據(jù)具體的治 療劑，可以通過口服來施用所有兩種治療劑，或可以通過靜脈內(nèi)注射來施用所有兩種治療 齊U。施用治療劑的順序也根據(jù)具體的藥劑而變化。
[0265] 一方面，本發(fā)明提供治療通過本文中描述的一種或多種體細(xì)胞突變鑒定的、具有HER3/ErbB3癌癥的個(gè)體的方法，其中該治療方法包括施用超過一種ErbB抑制劑。在一個(gè) 實(shí)施方案中，該方法包括施用ErbB3抑制劑（例如ErbB3拮抗劑）和至少一種別的ErbB抑 制劑（例如EGFR，ErbB2,或ErbB4拮抗劑）。在另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括施用ErbB3 拮抗劑和EGFR拮抗劑。在一個(gè)其它實(shí)施方案中，該方法包括施用ErbB3拮抗劑和ErbB2拮 抗劑。在還有另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括施用ErbB3拮抗劑和ErbB4拮抗劑。在一些 實(shí)施方案中，ErbB拮抗劑中至少一種是抗體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，ErbB拮抗劑中每一種 是抗體。
[0266] 試劑盒
[0267] 為了在上文描述或提議的應(yīng)用中使用，還提供了試劑盒或制品。此類試劑盒可以 包含載體手段，其被隔室化以緊密約束方式容納一個(gè)或多個(gè)容器手段，諸如管形瓶、管等， 每個(gè)容器手段裝有要在所述方法中使用的分開成分之一。例如，所述容器手段之一可以裝 有可檢測(cè)標(biāo)記或能可檢測(cè)標(biāo)記的探針。此類探針可以是對(duì)包含本文中公開的與癌癥有關(guān)的 ErbB3體細(xì)胞突變的多核苷酸特異性的多核苷酸。若試劑盒利用核酸雜交來檢測(cè)靶核酸，則 所述試劑盒還可以具有裝有用于擴(kuò)增所述靶核酸序列的核苷酸的容器和/或裝有與報(bào)告 分子（諸如酶標(biāo)記物、熒光標(biāo)記物、或放射性同位素標(biāo)記物）結(jié)合的報(bào)告手段（諸如生物素 結(jié)合蛋白，諸如親合素或鏈霉親合素）的容器。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的試劑盒包括本 文中描述的一種或多種ErbB3癌癥檢測(cè)劑。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，試劑盒包括本文中 描述的一種或多種ErbB3胃腸癌檢測(cè)劑或一種或多種ErbB3肺癌檢測(cè)劑。在另一個(gè)實(shí)施方 案中，試劑盒進(jìn)一步包括本文中描述的治療劑（例如ErbB3抑制劑）。
[0268] 在其它實(shí)施方案中，試劑盒可包括能夠檢測(cè)包含本文中公開的與癌癥有關(guān)的ErbB3體細(xì)胞突變的多肽的經(jīng)標(biāo)記藥劑。此類藥劑可以是結(jié)合該多肽的抗體。此類藥劑可 以是結(jié)合該多肽的肽。試劑盒可包括例如結(jié)合包含本文中公開的遺傳變體的多肽的第一抗 體（例如附著至固體支持物）；和任選的結(jié)合該多肽或該第一抗體任一且與可檢測(cè)標(biāo)記物 綴合的第二不同抗體。
[0269] 典型地，試劑盒會(huì)包括上文所描述的容器和一個(gè)或多個(gè)其它容器，其中裝有從商 業(yè)和使用者觀點(diǎn)看需要的材料，包括緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭、注射器、和印有使用說明 書的包裝插頁。容器上可以存在標(biāo)簽以指出所述組合物用于特定療法或非治療性應(yīng)用，而 且還可以指出體內(nèi)或體外使用的用法，諸如那些上文所描述的。試劑盒中的其它任選成分 包括一種或多種緩沖液（例如封閉緩沖液、清洗緩沖液、底物緩沖液等）、其它試劑諸如能 被酶標(biāo)記物化學(xué)改變的底物（例如色原）、表位修復(fù)液、對(duì)照樣品（陽性和/或陰性對(duì)照）、 對(duì)照載玻片等。
[0270] 另一方面，本發(fā)明提供ErbB3癌癥檢測(cè)劑在制造用于在受試者中檢測(cè)癌癥的試劑 盒中的用途。在一個(gè)實(shí)施方案中，ErbB3癌癥的檢測(cè)包含在自該受試者獲得的生物學(xué)樣品 中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸突變的存在或缺失，其中該突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸 序列中至少一個(gè)位置處的氨基酸變化（如本文中描述的），其中存在突變指示獲得樣品的 受試者中存在癌癥。
[0271] 銷售方法
[0272] 本文中的發(fā)明還涵蓋一種用于銷售所公開的癌癥診斷或預(yù)后方法的方法，包括向 目標(biāo)受眾廣告、講授、和/或詳細(xì)說明所公開的方法的用途。
[0273] 銷售指經(jīng)由非個(gè)人媒體進(jìn)行的、通常付費(fèi)的通訊，其中發(fā)起人受到鑒別且信息受 到控制。為本文中目的的銷售包括宣傳（publicity)、公共關(guān)系（publicrelations)、產(chǎn)品 布置（productplacement)、贊助（sponsorship)、保險(xiǎn)（underwriting)等等。該術(shù)語還包 括出現(xiàn)在任何印刷傳播媒體中的商業(yè)信息公告。
[0274] 可以通過任何手段來實(shí)現(xiàn)本文中診斷方法的銷售。用于傳遞這些信息的銷售媒體 的例子包括電視、電臺(tái)、電影、雜志、報(bào)紙、因特網(wǎng)、和告示板，包括商業(yè)性的，即出現(xiàn)在廣播 媒體中的信息。
[0275] 所使用的銷售的類型會(huì)取決于許多因素，例如待傳達(dá)的目標(biāo)受眾的性質(zhì)，例如醫(yī) 院、保險(xiǎn)公司、診所、醫(yī)生、護(hù)士、和患者，以及成本考慮和管理藥物和診斷學(xué)的銷售的相關(guān) 管轄權(quán)法律和條例?？梢愿鶕?jù)由服務(wù)相互作用和/或其它數(shù)據(jù)（諸如用戶人口統(tǒng)計(jì)狀況和 地理位置）限定的用戶表征使銷售個(gè)性化或用戶化。
[0276] 僅僅出于例示目的而提供下述實(shí)施例，并非意圖以任何方式限制本發(fā)明的范圍。
[0277] 據(jù)此通過述及完整收錄本說明書中引用的所有專利和參考文獻(xiàn)。 實(shí)施例
[0278] 實(shí)施例-人癌癥中的致癌ERBB3突奪
[0279] 鑒于ERBB3在人癌癥中的重要性，我們系統(tǒng)地調(diào)查了人癌癥并鑒定了經(jīng)常性體細(xì) 胞突變，而且還顯示了這些突變是轉(zhuǎn)化性的。另外，我們?cè)贓RBB3突變體驅(qū)動(dòng)的動(dòng)物癌癥模 型中評(píng)估了靶向治療，而且顯示了它們大多數(shù)有效阻斷ERBB3突變體驅(qū)動(dòng)的癌發(fā)生。
[0280] 材料和方法
[0281] 腫瘤DNA，突變和基因組擴(kuò)增
[0282] 自商業(yè)來源獲得得到適當(dāng)同意的原代人腫瘤樣品（圖1)。研究中使用的人組織 樣品在使用它們之前去標(biāo)識(shí)（雙重編碼），因此認(rèn)為使用這些樣品的研究不是美國(guó)健康和 人類服務(wù)部規(guī)章和相關(guān)指南（45CFR46部分）下的人受試者研究。通過病理檢查確認(rèn)所使 用的所有腫瘤中的腫瘤內(nèi)容物>70%。使用Qiagen組織簡(jiǎn)易試劑盒（Qiagen，CA)提取腫 瘤DNA。使用下文表1中列出的引物擴(kuò)增ERBB3的所有編碼外顯子（AppliedBiosystems， CA)。使用標(biāo)準(zhǔn)PCR條件使用兩對(duì)引物（一對(duì)外部的和一對(duì)內(nèi)部的）生成PCR產(chǎn)物以提高特 異性（表 1)，使用 3730x1ABI測(cè)序儀測(cè)序。使用MutationSurveyor(Softgenetics，PA) 和別的自動(dòng)化序列比對(duì)程序?qū)y(cè)序數(shù)據(jù)分析dbSNP數(shù)據(jù)庫中不存在的變體的存在。通過初 始腫瘤DNA的DNA測(cè)序或質(zhì)譜術(shù)分析（Sequenom，CA)確認(rèn)鑒定出的推定變體，接著通過應(yīng) 用于腫瘤DNA的相似過程確認(rèn)它在鄰近匹配正常DNA中的缺失。圖2和3中分別提供代表 性正常ERBB3核酸和氨基酸序列。
[0283]
【權(quán)利要求】
1. 一種ErbB3胃腸癌檢測(cè)劑，其包含能夠特異性結(jié)合ErbB3核酸序列中的ErbB3突變 的試劑。
2. 權(quán)利要求1的癌癥檢測(cè)劑，其中所述ErbB3核酸序列包含SEQ ID NO: 3或1。
3. 權(quán)利要求1的癌癥檢測(cè)劑，其中所述試劑包含下式的多核苷酸 5， Xa-Y-Zb 3，式 I， 其中 X為任何核酸且a介于約0和約250之間； Y為ErbB3突變密碼子；且 Z為任何核酸且b介于約0和約250之間。
4. 權(quán)利要求3的癌癥檢測(cè)劑，其中所述突變密碼子編碼（i)SEQ ID NO:2中選自104， 809,232,262,284,325,846,928,60,111，135,295,406,453,498,1089 和 1164 的位置處的 氨基酸；或（ii)位置193處終止密碼子。
5. -種測(cè)定受試者中ErbB3胃腸癌存在情況的方法，其包括在自該受試者獲得的生物 學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中的突變，其中所述突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列的至 少一個(gè)位置處的氨基酸變化且其中所述突變指示所述受試者中的ErbB3胃腸癌。
6. 權(quán)利要求5的方法，其中所述導(dǎo)致氨基酸變化的突變位于SEQ ID NO: 2中選自104， 809,232,262,284,325,846,928,60,111，135,295,406,453,498,1089,1164 和 193 的位置。
7. -種測(cè)定受試者中ErbB3癌癥存在情況的方法，其包括在自該受試者獲得的生物 學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸突變的存在或缺失，其中所述突變導(dǎo)致SEQ ID N0:2 中選自 104,809,232,262,284,325,846,928,60,111，135,295,406,453,498,1089， 1164,193,492和714的至少一個(gè)位置處的氨基酸變化，且其中存在所述突變指示所述受試 者診斷ErbB3癌癥。
8. 權(quán)利要求5或7的方法，其進(jìn)一步包括對(duì)所述受試者施用治療劑。
9. 權(quán)利要求8的方法，其中所述治療劑為ErbB抑制劑。
10. 權(quán)利要求9的方法，其中所述ErbB抑制劑選自下組：EGFR拮抗劑，ErbB2拮抗劑， ErbB3拮抗劑，ErbB4拮抗劑和EGFR/ErbB3拮抗劑。
11. 權(quán)利要求10的方法，其中所述抑制劑為小分子抑制劑。
12. 權(quán)利要求10的方法，其中所述拮抗劑為拮抗性抗體。
13. 權(quán)利要求12的方法，其中所述抗體選自下組：?jiǎn)慰寺】贵w，雙特異性抗體，嵌合抗 體，人抗體，人源化抗體和抗體片段。
14. 權(quán)利要求1的檢測(cè)劑或權(quán)利要求5的方法，其中所述胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
15. 權(quán)利要求7的方法，其中所述ErbB3癌癥選自下組：胃，結(jié)腸，食道，直腸，盲腸， 非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗癌），腎癌，黑素瘤，卵巢，肺大細(xì)胞肺癌，小細(xì)胞肺癌 (SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
16. 權(quán)利要求5或7的方法，其進(jìn)一步包括（i)鑒定有需要的受試者和/或（ii)自有 需要的受試者獲得樣品。
17. 權(quán)利要求5或7的方法，其中所述檢測(cè)包括突變的擴(kuò)增或測(cè)序及突變或其序列的檢 測(cè)。
18. 權(quán)利要求17的方法，其中所述擴(kuò)增包括將擴(kuò)增引物或擴(kuò)增引物對(duì)與自所述樣品分 離的核酸模板混合。
19. 權(quán)利要求18的方法，其中所述引物或引物對(duì)與接近或包括所述突變的區(qū)域互補(bǔ)或 部分互補(bǔ)，且能夠在所述核酸模板啟動(dòng)由聚合酶進(jìn)行的核酸聚合。
20. 權(quán)利要求18的方法，其進(jìn)一步包括在包含聚合酶和所述模板核酸的DNA聚合反應(yīng) 中延伸所述引物或引物對(duì)以生成擴(kuò)增子。
21. 權(quán)利要求17的方法，其中通過包括下述一項(xiàng)或多項(xiàng)的過程來檢測(cè)所述突變：對(duì)自 所述生物學(xué)樣品分離的基因組DNA中的所述突變的測(cè)序，所述突變或其擴(kuò)增子對(duì)陣列的雜 交，限制酶對(duì)所述突變或其擴(kuò)增子的消化，或所述突變的實(shí)時(shí)PCR擴(kuò)增。
22. 權(quán)利要求17的方法，其包括自所述生物學(xué)樣品分離的核酸中所述突變的部分或完 全測(cè)序。
23. 權(quán)利要求17的方法，其中所述擴(kuò)增包括實(shí)施聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR)，逆轉(zhuǎn)錄酶 PCR(RT-PCR)，或連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（LCR)，在所述PCR，RT-PCR，或LCR中使用自所述生物學(xué)樣 品分離的核酸作為模板。
24. -種在有需要的受試者中治療胃腸癌的方法，其包括： a) 在自所述受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中的突變，其中所 述突變導(dǎo)致ErbB3氨基酸序列中至少一個(gè)位置處的氨基酸變化且其中所述突變指示所述 受試者中的ErbB3胃腸癌；并 b) 對(duì)所述受試者施用治療劑。
25. 權(quán)利要求24的方法，其中所述導(dǎo)致氨基酸變化的突變位于SEQ ID NO:2中選自 104,809,232,262,284,325,846,928,60，111，135,295,406,453,498，1089，1164 和 193 的 位置。
26. -種在受試者中治療ErbB3癌癥的方法，其包括： a) 在自所述受試者獲得的生物學(xué)樣品中檢測(cè)編碼ErbB3的核酸序列中氨基酸突變的 存在或缺失，其中所述突變導(dǎo)致SEQ ID NO: 2中選自104,809, 232, 262, 284, 325,846,928， 60,111，135,295,406,453,498,1089,1164,193,492 和 714 的至少一個(gè)位置處的氨基酸變 化，且其中存在所述突變指示所述受試者中的ErbB3癌癥；并 b) 對(duì)所述受試者施用治療劑。
27. 權(quán)利要求24或26的方法，其中所述治療劑為ErbB抑制劑。
28. 權(quán)利要求27的方法，其中所述ErbB抑制劑選自下組：EGFR拮抗劑，ErbB2拮抗劑， ErbB3拮抗劑，ErbB4拮抗劑和EGFR/ErbB3拮抗劑。
29. 權(quán)利要求28的方法，其中所述拮抗劑為小分子抑制劑。
30. 權(quán)利要求28的方法，其中所述拮抗劑為拮抗性抗體。
31. 權(quán)利要求30的方法，其中所述抗體選自下組：?jiǎn)慰寺】贵w，雙特異性抗體，嵌合抗 體，人抗體，人源化抗體和抗體片段。
32. 權(quán)利要求24的方法，其中所述胃腸癌為胃癌或結(jié)腸癌。
33. 權(quán)利要求26的方法，其中所述ErbB3癌癥是選自下組：胃癌，結(jié)腸癌，食道癌，直腸 癌，盲腸癌，結(jié)直腸癌，非小細(xì)胞肺（NSCLC)腺癌，NSCLC (鱗癌），腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大 細(xì)胞癌，小細(xì)胞肺癌（SCLC)，肝細(xì)胞（HCC)癌，肺癌和胰腺癌。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104271761SQ201280067318
【公開日】2015年1月7日 申請(qǐng)日期:2012年11月29日 優(yōu)先權(quán)日:2011年11月30日
【發(fā)明者】B.S.杰斯瓦爾, S.塞沙吉里 申請(qǐng)人:霍夫曼-拉羅奇有限公司