專利名稱：轉(zhuǎn)移酶和氧化還原酶、編碼它們的核酸以及其制備和應(yīng)用方法
轉(zhuǎn)移酶和氧化還原酶、編碼它們的核酸以及其制備和應(yīng)用
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權(quán)利要求
分離的、合成的或重組的核酸(多核苷酸)，其包含(a)，編碼至少一個(gè)多肽的核酸(多核苷酸)，其中所述核酸包含與SEQ ID NO1、SEQ ID NO3、SEQ ID NO5、SEQ ID NO7、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQID NO13、SEQ ID NO15、SEQ ID NO17、SEQ ID NO19、SEQ ID NO21、SEQID NO23、SEQ ID NO25、SEQ ID NO27、SEQ ID NO29、SEQ ID NO31、SEQID NO33、SEQ ID NO35、SEQ ID NO37、SEQ ID NO39、SEQ ID NO41、SEQID NO43、SEQ ID NO45、SEQ ID NO47、SEQ ID NO49、SEQ ID NO51、SEQID NO53、SEQ ID NO55、SEQ ID NO57、SEQ ID NO59、SEQ ID NO61、SEQID NO63、SEQ ID NO65、SEQ ID NO67、SEQ ID NO69、SEQ ID NO71、SEQID NO73、SEQ ID NO75、SEQ ID NO77、SEQ ID NO79、SEQ ID NO81、SEQID NO83、SEQ ID NO85、SEQ ID NO87、SEQ ID NO89、SEQ ID NO91、SEQID NO93、SEQ ID NO95、SEQ ID NO97、SEQ ID NO99、SEQ ID NO101、SEQID NO103、SEQ ID NO105、SEQ ID NO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO111、SEQ ID NO113、SEQ ID NO115、SEQ ID NO117、SEQ ID NO119、SEQ IDNO121、SEQ ID NO123、SEQ ID NO125、SEQ ID NO127、SEQ ID NO129、SEQ ID NO131、SEQ ID NO133、SEQ ID NO135、SEQ ID NO137、SEQ IDNO139、SEQ ID NO141、SEQ ID NO143、SEQ ID NO145、SEQ ID NO147、SEQ ID NO149、SEQ ID NO151、SEQ ID NO153、SEQ ID NO155、SEQ IDNO157、SEQ ID NO159、SEQ ID NO161、SEQ ID NO163、SEQ ID NO165、SEQ ID NO167、SEQ ID NO169、SEQ ID NO171、SEQ ID NO173、SEQ IDNO175、SEQ ID NO177、SEQ ID NO179、SEQ ID NO181、SEQ ID NO183、SEQ ID NO185、SEQ ID NO187、SEQ ID NO189、SEQ ID NO191、SEQ IDNO193、SEQ ID NO195、SEQ ID NO197、SEQ ID NO199、SEQ ID NO201、SEQ ID NO203、SEQ ID NO205、SEQ ID NO207、SEQ ID NO209、SEQ IDNO211、SEQ ID NO213、SEQ ID NO215、SEQ ID NO217、SEQ ID NO219、SEQID NO221、SEQ ID NO223、SEQ ID NO225、SEQ ID NO227、SEQ ID NO229、SEQ ID NO231、SEQ ID NO233、SEQ ID NO235、SEQ ID NO237、SEQ IDNO239、SEQ ID NO241、SEQ ID NO243、SEQ ID NO245、SEQ ID NO247、SEQ ID NO249、SEQ ID NO251、SEQ ID NO253、SEQ ID NO255、SEQ IDNO257、SEQ ID NO259、SEQ ID NO261、SEQ ID NO263、SEQ ID NO265、SEQ ID NO267、SEQ ID NO269、SEQ ID NO271、SEQ ID NO273、SEQ IDNO275、SEQ ID NO277、SEQ ID NO279、SEQ ID NO281、SEQ ID NO283、SEQ ID NO285、SEQ ID NO287、SEQ ID NO289、SEQ ID NO291、SEQ IDNO293、SEQ ID NO295、SEQ ID NO297、SEQ ID NO299、SEQ ID NO301、SEQ ID NO303、SEQ ID NO305、SEQ ID NO307、SEQ ID NO309、SEQ IDNO311、SEQ ID NO313、SEQ ID NO315、SEQ ID NO317、SEQ ID NO319、SEQID NO321、SEQ ID NO323、SEQ ID NO325、SEQ ID NO327、SEQ ID NO329、SEQ ID NO331、SEQ ID NO333、SEQ ID NO335、SEQ ID NO337、SEQ IDNO339、SEQ ID NO341、SEQ ID NO343、SEQ ID NO345、SEQ ID NO347、SEQ ID NO349、SEQ ID NO351、SEQ ID NO353、SEQ ID NO355、SEQ IDNO357、SEQ ID NO359、SEQ ID NO361、SEQ ID NO363、SEQ ID NO365、SEQ ID NO367、SEQ ID NO369、SEQ ID NO371、SEQ ID NO373、SEQ IDNO375、SEQ ID NO377、SEQ ID NO379、SEQ ID NO381、SEQ ID NO383、SEQ ID NO385、SEQ ID NO387、SEQ ID NO389、SEQ ID NO391、SEQ IDNO393、SEQ ID NO395、SEQ ID NO397、SEQ ID NO399、SEQ ID NO401、SEQ ID NO403、SEQ ID NO405、SEQ ID NO407、SEQ ID NO409、SEQ IDNO411、SEQ ID NO413、SEQ ID NO415、SEQ ID NO417、SEQ ID NO419、SEQID NO421、SEQ ID NO423、SEQ ID NO425、SEQ ID NO427、SEQ ID NO429、SEQ ID NO431、SEQ ID NO433、SEQ ID NO435、SEQ ID NO437、SEQ IDNO439、SEQ ID NO441、SEQ ID NO443、SEQ ID NO445、SEQ ID NO447、SEQ ID NO449、SEQ ID NO451、SEQ ID NO453、SEQ ID NO455、SEQ IDNO457、SEQ ID NO459、SEQ ID NO461、SEQ ID NO463、SEQ 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NO619、SEQID NO621、SEQ ID NO623、SEQ ID NO625、SEQ ID NO627、SEQ ID NO629、SEQ ID NO631、SEQ ID NO633、SEQ ID NO635、SEQ ID NO637、SEQ IDNO639、SEQ ID NO641、SEQ ID NO643、SEQ ID NO645、SEQ ID NO647、SEQ ID NO649、SEQ ID NO651、SEQ ID NO653、SEQ ID NO655、SEQ IDNO657、SEQ ID NO659、SEQ ID NO661、SEQ ID NO663、SEQ ID NO665、SEQ ID NO667、SEQ ID NO669、SEQ ID NO671、SEQ ID NO673、SEQ IDNO675、SEQ ID NO677、SEQ ID NO679、SEQ ID NO681、SEQ ID NO683、SEQ ID NO685、SEQ ID NO687、SEQ ID NO689、SEQ ID NO691、SEQ IDNO693、SEQ ID NO695、SEQ ID NO697、SEQ ID NO699、SEQ ID NO701、SEQ ID NO703、SEQ ID NO705、SEQ ID NO707、SEQ ID NO709、SEQ IDNO711、SEQ ID NO713、SEQ ID NO715、SEQ ID NO717、SEQ ID NO719、SEQID NO721、SEQ ID NO723、SEQ ID NO725、SEQ ID NO727、SEQ ID NO729、SEQ ID NO731、SEQ ID NO733、SEQ ID NO735、SEQ ID NO737、SEQ IDNO739、SEQ ID NO741、SEQ ID NO743、SEQ ID NO745、SEQ ID NO747、SEQ ID NO749、SEQ ID NO751、SEQ ID NO753、SEQ ID NO755、SEQ IDNO757、SEQ ID NO759、SEQ ID NO761、SEQ ID NO763、SEQ ID NO765、SEQ ID NO767、SEQ ID NO769、SEQ ID NO771、SEQ ID NO773、SEQ IDNO775、SEQ ID NO777、SEQ ID NO779、SEQ ID NO781、SEQ ID NO783、SEQ ID NO785、SEQ ID NO787、SEQ ID NO789、SEQ ID NO791、SEQ IDNO793、SEQ ID NO795、SEQ ID NO797、SEQ ID NO799，SEQ ID NO801、SEQID NO803、SEQ ID NO805、SEQ ID NO807、SEQ ID NO809、SEQ ID NO811、SEQ ID NO813、SEQ ID NO815、SEQ ID NO817、SEQ ID NO819、SEQ IDNO821、SEQ ID NO823、SEQ ID NO825、SEQ ID NO827、SEQ ID NO829、SEQ ID NO831、SEQ ID NO833、SEQ ID NO835、SEQ ID NO837、SEQ IDNO839、SEQ ID NO841、SEQ ID NO843、SEQ ID NO845、SEQ ID NO847、SEQ ID NO849、SEQ ID NO851、SEQ ID NO853、SEQ ID NO855、SEQ IDNO857、SEQ ID NO859、SEQ ID NO861、SEQ ID NO863、SEQ ID NO865、SEQ ID NO867、SEQ ID NO869、SEQ ID NO871、SEQ ID NO873、SEQ IDNO875、SEQ ID NO877、SEQ ID NO879、SEQ ID NO881、SEQ ID NO883、SEQ ID NO885、SEQ ID NO887、SEQ ID NO889、SEQ ID NO891、SEQ IDNO893、SEQ ID NO895、SEQ ID NO897、SEQ ID NO899，SEQ ID NO901、SEQID NO903、SEQ ID NO905、SEQ ID NO907、SEQ ID NO909、SEQ ID NO911、SEQ ID NO913、SEQ ID NO915、SEQ ID NO917、SEQ ID NO919、SEQ IDNO921、SEQ ID NO923、SEQ ID NO925、SEQ ID NO927、SEQ ID NO929、SEQ ID NO931、SEQ ID NO933、SEQ ID NO935、SEQ ID NO937、SEQ IDNO939、SEQ ID NO941、SEQ ID NO943、SEQ ID NO945、SEQ ID NO947、SEQ ID NO949、SEQ ID NO951、SEQ ID NO953、SEQ ID NO955、SEQ IDNO957、SEQ ID NO959、SEQ ID NO96I、SEQ ID NO963、SEQ ID NO965、SEQ ID NO967、SEQ ID NO969、SEQ ID NO971、SEQ ID NO973和/或SEQ IDNO975的核酸(多核苷酸)序列具有至少約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更大或完全(100％)序列同一性的序列，其中所述核酸編碼至少一個(gè)具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性的多肽，或編碼能產(chǎn)生轉(zhuǎn)移酶特異性抗體，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d 氨基酸脫氫酶特異性抗體的多肽或肽(充當(dāng)表位或免疫原的多肽或肽)，(b)，(a)的核酸(多核苷酸)，其中所述序列同一性如下測(cè)定(A)通過用序列比較算法進(jìn)行分析或通過視覺檢測(cè)，或(B)在至少約20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150或更多個(gè)殘基的區(qū)域內(nèi)，或在cDNA、轉(zhuǎn)錄物(mRNA)或基因的全長(zhǎng)區(qū)域內(nèi)；(c)，(a)或(b)的核酸(多核苷酸)，其中所述序列比較算法是BLAST第2.2.2版算法，其中過濾設(shè)置被設(shè)置為blastall p blastp d″nr pataa″ F F，并且所有其它選項(xiàng)被設(shè)置為默認(rèn)；(d)，編碼至少一個(gè)多肽或肽的核酸(多核苷酸)，其中所述核酸包含這樣的序列，其在嚴(yán)格條件下與包含SEQ ID NO1、SEQ ID NO3、SEQ ID NO5、SEQ IDNO7、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13、SEQ ID NO15、SEQ IDNO17、SEQ ID NO19、SEQ ID NO21、SEQ ID NO23、SEQ ID NO25、SEQ IDNO27、SEQ ID NO29、SEQ ID NO31、SEQ ID NO33、SEQ ID NO35、SEQ IDNO37、SEQ ID NO39、SEQ ID NO41、SEQ ID NO43、SEQ ID NO45、SEQ IDNO47、SEQ ID NO49、SEQ ID NO51、SEQ ID NO53、SEQ ID NO55、SEQ IDNO57、SEQ ID NO59、SEQ ID NO61、SEQ ID NO63、SEQ ID NO65、SEQ IDNO67、SEQ ID NO69、SEQ ID NO71、SEQ ID NO73、SEQ ID NO75、SEQ IDNO77、SEQ ID NO79、SEQ ID NO81、SEQ ID NO83、SEQ ID NO85、SEQ IDNO87、SEQ ID NO89、SEQ ID NO91、SEQ ID NO93、SEQ ID NO95、SEQ IDNO97、SEQ ID NO99、SEQ ID NO101、SEQ ID NO103、SEQ ID NO105、SEQID NO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO111、SEQ ID NO113、SEQ ID NO115、SEQ ID NO117、SEQ ID NO119、SEQ ID NO121、SEQ ID NO123、SEQ IDNO125、SEQ ID NO127、SEQ ID NO129、SEQ ID NO131、SEQ ID NO133、SEQ ID NO135、SEQ ID NO137、SEQ ID NO139、SEQ ID NO141、SEQ IDNO143、SEQ ID NO145、SEQ ID NO147、SEQ ID NO149、SEQ ID NO151、SEQ ID NO153、SEQ ID NO155、SEQ ID NO157、SEQ ID NO159、SEQ IDNO161、SEQ ID NO163、SEQ ID NO165、SEQ ID NO167、SEQ ID NO169、SEQ ID NO171、SEQ ID NO173、SEQ ID NO175、SEQ ID NO177、SEQ IDNO179、SEQ ID NO181、SEQ ID NO183、SEQ ID NO185、SEQ ID NO187、SEQ ID NO189、SEQ ID NO191、SEQ ID NO193、SEQ ID NO195、SEQ IDNO197、SEQ ID NO199、SEQ ID NO201、SEQ ID NO203、SEQ ID NO205、SEQ ID NO207、SEQ ID NO209、SEQ ID NO211、SEQ ID NO213、SEQ IDNO215、SEQ ID NO217、SEQ ID NO219、SEQ ID NO221、SEQ ID NO223、SEQ ID NO225、SEQ ID NO227、SEQ ID NO229、SEQ ID NO231、SEQ IDNO233、SEQ ID NO235、SEQ ID NO237、SEQ ID NO239、SEQ ID NO241、SEQ ID NO243、SEQ ID NO245、SEQ ID NO247、SEQ ID NO249、SEQ IDNO251、SEQ ID NO253、SEQ ID NO255、SEQ ID NO257、SEQ ID NO259、SEQ ID NO261、SEQ ID NO263、SEQ ID NO265、SEQ ID NO267、SEQ IDNO269、SEQ ID NO271、SEQ ID NO273、SEQ ID NO275、SEQ ID NO277、SEQ ID NO279、SEQ ID NO281、SEQ ID NO283、SEQ ID NO285、SEQ IDNO287、SEQ ID NO289、SEQ ID NO291、SEQ ID NO293、SEQ ID NO295、SEQ ID NO297、SEQ ID NO299、SEQ ID NO301、SEQ ID NO303、SEQ IDNO305、SEQ ID NO307、SEQ ID NO309、SEQ ID NO311、SEQ ID NO313、SEQID NO315、SEQ ID NO317、SEQ ID NO319、SEQ ID NO321、SEQ ID NO323、SEQ ID NO325、SEQ ID NO327、SEQ ID NO329、SEQ ID NO331、SEQ IDNO333、SEQ ID NO335、SEQ ID NO337、SEQ ID NO339、SEQ ID NO341、SEQ ID NO343、SEQ ID NO345、SEQ ID NO347、SEQ ID NO349、SEQ IDNO351、SEQ ID NO353、SEQ ID NO355、SEQ ID NO357、SEQ ID NO359、SEQ ID NO361、SEQ ID NO363、SEQ ID NO365、SEQ ID NO367、SEQ IDNO369、SEQ ID NO371、SEQ ID NO373、SEQ ID NO375、SEQ ID NO377、SEQ ID NO379、SEQ ID NO381、SEQ ID NO383、SEQ ID NO385、SEQ IDNO387、SEQ ID NO389、SEQ ID NO391、SEQ ID NO393、SEQ ID NO395、SEQ ID NO397、SEQ ID 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ID NO555、SEQ ID NO557、SEQ ID NO559、SEQ ID NO561、SEQ ID NO563、SEQ ID NO565、SEQ ID NO567、SEQ IDNO569、SEQ ID NO571、SEQ ID NO573、SEQ ID NO575、SEQ ID NO577、SEQ ID NO579、SEQ ID NO581、SEQ ID NO583、SEQ ID NO585、SEQ IDNO587、SEQ ID NO589、SEQ ID NO591、SEQ ID NO593、SEQ ID NO595、SEQ ID NO597、SEQ ID NO599、SEQ ID NO601、SEQ ID NO603、SEQ IDNO605、SEQ ID NO607、SEQ ID NO609、SEQ ID NO611、SEQ ID NO613、SEQID NO615、SEQ ID NO617、SEQ ID NO619、SEQ ID NO621、SEQ ID NO623、SEQ ID NO625、SEQ ID NO627、SEQ ID NO629、SEQ ID NO631、SEQ IDNO633、SEQ ID NO635、SEQ ID NO637、SEQ ID NO639、SEQ ID NO641、SEQ ID NO643、SEQ ID NO645、SEQ ID NO647、SEQ ID NO649、SEQ IDNO651、SEQ ID NO653、SEQ ID NO655、SEQ ID NO657、SEQ ID NO659、SEQ ID NO661、SEQ ID NO663、SEQ ID NO665、SEQ ID NO667、SEQ IDNO669、SEQ ID NO671、SEQ ID NO673、SEQ ID NO675、SEQ ID NO677、SEQ ID NO679、SEQ ID NO681、SEQ ID NO683、SEQ ID NO685、SEQ IDNO687、SEQ ID NO689、SEQ ID NO691、SEQ ID NO693、SEQ ID NO695、SEQ ID NO697、SEQ ID NO699、SEQ ID NO701、SEQ ID NO703、SEQ IDNO705、SEQ ID NO707、SEQ ID NO709、SEQ ID NO711、SEQ ID NO713、SEQID NO715、SEQ ID NO717、SEQ ID NO719、SEQ ID NO721、SEQ ID NO723、SEQ ID NO725、SEQ ID NO727、SEQ ID NO729、SEQ ID NO731、SEQ IDNO733、SEQ ID NO735、SEQ ID NO737、SEQ ID NO739、SEQ ID NO741、SEQ ID NO743、SEQ ID NO745、SEQ ID NO747、SEQ ID NO749、SEQ IDNO751、SEQ ID NO753、SEQ ID NO755、SEQ ID NO757、SEQ ID NO759、SEQ ID NO761、SEQ ID NO763、SEQ ID NO765、SEQ ID NO767、SEQ IDNO769、SEQ ID NO771、SEQ ID NO773、SEQ ID NO775、SEQ ID NO777、SEQ ID NO779、SEQ ID NO781、SEQ ID NO783、SEQ ID NO785、SEQ IDNO787、SEQ ID NO789、SEQ ID NO791、SEQ ID NO793、SEQ ID NO795、SEQ ID NO797、SEQ ID NO799，SEQ ID NO801、SEQ ID NO803、SEQ IDNO805、SEQ ID NO807、SEQ ID NO809、SEQ ID NO811、SEQ ID NO813、SEQID NO815、SEQ ID NO817、SEQ ID NO819、SEQ ID NO821、SEQ ID NO823、SEQ ID NO825、SEQ ID NO827、SEQ ID NO829、SEQ ID NO831、SEQ IDNO833、SEQ ID NO835、SEQ ID NO837、SEQ ID NO839、SEQ ID NO841、SEQ ID NO843、SEQ ID NO845、SEQ ID NO847、SEQ ID NO849、SEQ IDNO851、SEQ ID NO853、SEQ ID NO855、SEQ ID NO857、SEQ ID NO859、SEQ ID NO861、SEQ ID NO863、SEQ ID NO865、SEQ ID NO867、SEQ IDNO869、SEQ ID NO871、SEQ ID NO873、SEQ ID NO875、SEQ ID NO877、SEQ ID NO879、SEQ ID NO881、SEQ ID NO883、SEQ ID NO885、SEQ IDNO887、SEQ ID NO889、SEQ ID NO891、SEQ ID NO893、SEQ ID NO895、SEQ ID NO897、SEQ ID NO899，SEQ ID NO901、SEQ ID NO903、SEQ IDNO905、SEQ ID NO907、SEQ ID NO909、SEQ ID NO911、SEQ ID NO913、SEQID NO915、SEQ ID NO917、SEQ ID NO919、SEQ ID NO921、SEQ ID NO923、SEQ ID NO925、SEQ ID NO927、SEQ ID NO929、SEQ ID NO931、SEQ IDNO933、SEQ ID NO935、SEQ ID NO937、SEQ ID NO939、SEQ ID NO941、SEQ ID NO943、SEQ ID NO945、SEQ ID NO947、SEQ ID NO949、SEQ IDNO951、SEQ ID NO953、SEQ ID NO955、SEQ ID NO957、SEQ ID NO959、SEQ ID NO961、SEQ ID NO963、SEQ ID NO965、SEQ ID NO967、SEQ IDNO969、SEQ ID NO971、SEQ ID NO973和/或SEQ ID NO975的核酸(多核苷酸)序列的核酸雜交，其中所述多肽或肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性，或能產(chǎn)生轉(zhuǎn)移酶特異性抗體，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d 氨基酸脫氫酶特異性抗體(充當(dāng)表位或免疫原的多肽或肽)，并且所述嚴(yán)格條件包括在約65℃的溫度下在0.2×SSC中洗滌約15分鐘的洗滌步驟；(e)，(a)至(d)任一項(xiàng)的核酸(多核苷酸)，其具有至少約20、25、30、50、75、100、125、150、175、200、225、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150或更多個(gè)核苷酸殘基的長(zhǎng)度，或者基因或轉(zhuǎn)錄物的全長(zhǎng)；(g)，編碼至少一個(gè)多肽的核酸(多核苷酸)，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性，其中所述多肽包含SEQ ID NO2、SEQ ID NO4、SEQ ID NO6、SEQ ID NO8、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQID NO14、SEQ ID NO16、SEQ ID NO18、SEQ ID NO20、SEQ ID NO22、SEQID NO24、SEQ ID NO26、SEQ ID NO28、SEQ ID NO30、SEQ ID NO32、SEQID NO34、SEQ ID NO36、SEQ ID NO38、SEQ ID NO40、SEQ ID NO42、SEQID NO44、SEQ ID NO46、SEQ ID NO48、SEQ ID NO50、SEQ ID NO52、SEQID NO54、SEQ ID NO56、SEQ ID NO58、SEQ ID NO60、SEQ ID NO62、SEQID NO64、SEQ ID NO66、SEQ ID NO68、SEQ ID NO70、SEQ ID NO72、SEQID NO74、SEQ ID NO76、SEQ ID NO78、SEQ ID NO80、SEQ ID NO82、SEQID NO84、SEQ ID NO86、SEQ ID NO88、SEQ ID NO90、SEQ ID NO92、SEQID NO94、SEQ ID NO96、SEQ ID NO98、SEQ ID NO100、SEQ ID NO102、SEQID NO104、SEQ ID NO106、SEQ ID NO108、SEQ ID NO110、SEQ ID NO112、SEQ ID NO114、SEQ ID NO116、SEQ ID NO118、SEQ ID NO120、SEQ IDNO122、SEQ ID NO124、SEQ ID NO126、SEQ ID NO128、SEQ ID NO130、SEQ ID NO132、SEQ ID NO134、SEQ ID NO136、SEQ ID NO138、SEQ IDNO140、SEQ ID NO142、SEQ ID NO143、SEQ ID NO146、SEQ ID NO148、SEQ ID NO150、SEQ ID NO152、SEQ ID NO154、SEQ ID NO156、SEQ IDNO158、SEQ ID NO160、SEQ ID NO162、SEQ ID NO164、SEQ ID NO166、SEQ ID NO168、SEQ ID NO170、SEQ ID NO172、SEQ ID NO174、SEQ IDNO176、SEQ ID NO178、SEQ ID NO180、SEQ ID NO182、SEQ ID NO184、SEQ ID NO186、SEQ ID NO188、SEQ ID NO190、SEQ ID NO192、SEQ IDNO194、SEQ ID NO196、SEQ ID NO198、SEQ ID NO200、SEQ ID NO202、SEQ ID NO204、SEQ ID NO206、SEQ ID NO208、SEQ ID NO210、SEQ IDNO212、SEQ ID NO214、SEQ ID NO216、SEQ ID NO218、SEQ ID NO220、具有表46或表55的一個(gè)、幾個(gè)或全部修飾的SEQ ID NO220、SEQ ID NO222、SEQID NO224、SEQ ID NO226、SEQ ID NO228、SEQ ID NO230、SEQ ID NO232、SEQ ID NO234、SEQ ID NO236、SEQ ID NO238、SEQ ID NO240、SEQ IDNO242、SEQ ID NO244、SEQ ID NO246、SEQ ID NO248、SEQ ID NO250、SEQ ID NO252、SEQ ID NO254、SEQ ID NO256、SEQ ID NO258、SEQ IDNO260、SEQ ID NO262、SEQ ID NO264、SEQ ID NO266、SEQ ID NO268、SEQ ID NO270、SEQ ID NO272、SEQ ID NO274、SEQ ID NO276、SEQ IDNO278、SEQ ID NO280、SEQ ID NO282、SEQ ID NO284、SEQ ID NO286、SEQ ID NO288、SEQ ID NO290、SEQ ID NO292、SEQ ID NO294、SEQ IDNO296、SEQ ID NO298、SEQ ID NO300、SEQ ID NO302、SEQ ID NO304、SEQ ID NO306、SEQ ID NO308、SEQ ID NO310、SEQ ID NO312、SEQ IDNO314、SEQ ID NO316、SEQ ID NO318、SEQ ID NO320、SEQ ID NO322、SEQ ID NO324、SEQ ID NO326、SEQ ID NO328、SEQ ID NO330、SEQ IDNO332、SEQ ID NO334、SEQ ID NO336、SEQ ID NO338、SEQ ID NO340、SEQ ID NO342、SEQ ID NO344、SEQ ID NO346、SEQ ID NO348、SEQ IDNO350、SEQ ID NO352、SEQ ID NO354、SEQ ID NO356、SEQ ID NO358、SEQ ID NO360、SEQ ID NO362、SEQ ID NO364、SEQ ID NO366、SEQ IDNO368、SEQ ID NO370、SEQ ID NO372、SEQ ID NO374、SEQ ID NO376、SEQ ID NO378、SEQ ID NO380、SEQ ID NO382、SEQ ID NO384、SEQ IDNO386、SEQ ID NO388、SEQ ID NO390、SEQ ID NO392、SEQ ID NO394、SEQ ID NO396、SEQ ID NO398、SEQ ID NO400、SEQ ID NO402、SEQ IDNO404、SEQ ID NO406、SEQ ID NO408、SEQ ID NO410、SEQ ID NO412、SEQ ID NO414、SEQ ID NO416、SEQ ID NO418、SEQ ID NO420、SEQ IDNO422、SEQ ID NO424、SEQ ID NO426、SEQ ID NO428、SEQ ID NO430、SEQ ID NO432、SEQ ID NO434、SEQ ID NO436、SEQ ID NO438、SEQ IDNO440、SEQ ID NO442、SEQ ID NO444、SEQ ID NO446、SEQ ID NO448、SEQ ID NO450、SEQ ID NO452、SEQ ID NO454、SEQ ID NO456、SEQ IDNO458、SEQ ID NO460、SEQ ID NO462、SEQ ID NO464、SEQ ID NO466、SEQ ID NO468、SEQ ID NO470、SEQ ID NO472、SEQ ID NO474、SEQ IDNO476、SEQ ID NO478、SEQ ID NO480、SEQ ID NO482、SEQ ID NO484、SEQ ID NO486、SEQ ID NO488、SEQ ID NO490、SEQ ID NO492、SEQ IDNO494、SEQ ID NO496、SEQ ID NO498、SEQ ID NO500、SEQ ID NO502、SEQ ID NO504、SEQ ID NO506、SEQ ID NO508、SEQ ID NO510、SEQ IDNO512、SEQ ID NO514、SEQ ID NO516、SEQ ID NO518、SEQ ID NO520、SEQ ID NO522、SEQ ID NO524、SEQ ID NO526、SEQ ID NO528、SEQ IDNO530、SEQ ID NO532、SEQ ID NO534、SEQ ID NO536、SEQ ID NO538、SEQ ID NO540、SEQ ID NO542、SEQ ID NO544、SEQ ID NO546、SEQ IDNO548、SEQ ID NO550、SEQ ID NO552、SEQ ID NO554、SEQ ID NO556、SEQ ID NO558、SEQ ID NO560、SEQ ID NO562、SEQ ID NO564、SEQ IDNO566、SEQ ID NO568、SEQ ID NO570、SEQ ID NO572、SEQ ID NO574、SEQ ID NO576、SEQ ID NO578、SEQ ID NO580、SEQ ID NO582、SEQ IDNO584、SEQ ID NO586、SEQ ID NO588、SEQ ID NO590、SEQ ID NO592、SEQ ID NO594、SEQ ID NO596、SEQ ID NO598、SEQ ID NO600、SEQ IDNO602、SEQ ID NO604、SEQ ID NO606、SEQ ID NO608、SEQ ID NO610、SEQ ID NO612、SEQ ID NO614、SEQ ID NO616、SEQ ID NO618、SEQ IDNO620、SEQ ID NO622、SEQ ID NO624、SEQ ID NO626、SEQ ID NO628、SEQ ID NO630、SEQ ID NO632、SEQ ID NO634、SEQ ID NO636、SEQ IDNO638、SEQ ID NO640、SEQ ID NO642、SEQ ID NO644、SEQ ID NO646、SEQ ID NO648、SEQ ID NO650、SEQ ID NO652、SEQ ID NO654、SEQ IDNO656、SEQ ID NO658、SEQ ID NO660、SEQ ID NO662、SEQ ID NO664、SEQ ID NO666、SEQ ID NO668、SEQ ID NO670、SEQ ID NO672、SEQ IDNO674、SEQ ID NO676、SEQ ID NO678、SEQ ID NO680、SEQ ID NO682、SEQ ID NO684、SEQ ID NO686、SEQ ID NO688、SEQ ID NO690、SEQ IDNO692、SEQ ID NO694、SEQ ID NO696、SEQ ID NO698、SEQ ID NO700、SEQ ID NO702、SEQ ID NO704、SEQ ID NO706、SEQ ID NO708、SEQ IDNO710、SEQ ID NO712、SEQ ID NO714、SEQ ID NO716、SEQ ID NO718、SEQ ID NO720、SEQ ID NO722、SEQ ID NO724、SEQ ID NO726、SEQ IDNO728、SEQ ID NO730、SEQ ID NO732、SEQ ID NO734、SEQ ID NO736、SEQ ID NO738、SEQ ID NO740、SEQ ID NO742、SEQ ID NO744、SEQ IDNO746、SEQ ID NO748、SEQ ID NO750、SEQ ID NO752、SEQ ID NO754、SEQ ID NO756、SEQ ID NO758、SEQ ID NO760、SEQ ID NO762、SEQ IDNO764、SEQ ID NO766、SEQ ID NO768、SEQ ID NO770、SEQ ID NO772、SEQ ID NO774、SEQ ID NO776、SEQ ID NO778、SEQ ID NO780、SEQ IDNO782、SEQ ID NO784、SEQ ID NO786、SEQ ID NO788、SEQ ID NO790、SEQ ID NO792、SEQ ID NO794、SEQ ID NO796、SEQ ID NO798、SEQ IDNO800、SEQ ID NO802、SEQ ID NO804、SEQ ID NO808、SEQ ID NO808、SEQ ID NO810、SEQ ID NO812、SEQ ID NO814、SEQ ID NO816、SEQ IDNO818、SEQ ID NO820、SEQ ID NO822、SEQ ID NO824、SEQ ID NO826、SEQ ID NO828、SEQ ID NO830、SEQ ID NO832、SEQ ID NO834、SEQ IDNO836、SEQ ID NO838、SEQ ID NO840、SEQ ID NO842、SEQ ID NO844、SEQ ID NO846、SEQ ID NO848、SEQ ID NO850、SEQ ID NO852、SEQ IDNO854、SEQ ID NO856、SEQ ID NO858、SEQ ID NO860、SEQ ID NO862、SEQ ID NO864、SEQ ID NO866、SEQ ID NO868、SEQ ID NO870、SEQ IDNO872、SEQ ID NO874、SEQ ID NO876、SEQ ID NO878、SEQ ID NO880、SEQ ID NO882、SEQ ID NO884、SEQ ID NO886、SEQ ID NO888、SEQ IDNO890、SEQ ID NO892、SEQ ID NO894、SEQ ID NO896、SEQ ID NO898、SEQ ID NO900、SEQ ID NO902、SEQ ID NO904、SEQ ID NO906、SEQ IDNO908、SEQ ID NO910、SEQ ID NO912、SEQ ID NO914、SEQ ID NO916、SEQ ID NO918、SEQ ID NO920、SEQ ID NO922、SEQ ID NO924、SEQ IDNO926、SEQ ID NO928、SEQ ID NO930、SEQ ID NO932、SEQ ID NO934、SEQ ID NO936、SEQ ID NO938、SEQ ID NO940、SEQ ID NO942、SEQ IDNO944、SEQ ID NO946、SEQ ID NO948、SEQ ID NO950、SEQ ID NO952、SEQ ID NO954、SEQ ID NO956、SEQ ID NO958、SEQ ID NO960、SEQ IDNO962、SEQ ID NO964、SEQ ID NO966、SEQ ID NO968、SEQ ID NO970、SEQ ID NO972、SEQ ID NO974和/或SEQ ID NO976的序列，或其酶促活性片段；(i)，(A)、(a)至(h)任一項(xiàng)的并且編碼多肽的核酸(多核苷酸)，所述多肽具有至少一個(gè)保守性氨基酸置換并且保留其轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性；或(B)、(i)(A)的核酸，其中所述至少一個(gè)保守性氨基酸置換包括用另一類似特征的氨基酸置換氨基酸；或者，保守性置換包括用另一脂肪族氨基酸替換脂肪族氨基酸；用蘇氨酸替換絲氨酸或反之亦然；用另一酸性殘基替換酸性殘基；用另一含有酰胺基團(tuán)的殘基替換含有酰胺基團(tuán)的殘基；用另一堿性殘基交換堿性殘基；或用另一芳香族殘基替換芳香族殘基；(j)，(a)至(i)任一項(xiàng)的、編碼多肽的核酸(多核苷酸)，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性但缺少信號(hào)序列、前原結(jié)構(gòu)域、結(jié)合結(jié)構(gòu)域和/或其它結(jié)構(gòu)域；(k)，(j)的核酸(多核苷酸)，其中所述結(jié)合結(jié)構(gòu)域包括下列或由下列組成NAD、NAD(P)、鈣、硫胺素、FAD、鋅、DNA和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域；(l)，(a)至(k)任一項(xiàng)的、編碼多肽的核酸(多核苷酸)，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d 氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω 轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d 氨基酸脫氫酶活性，進(jìn)一步包括異源序列；(m)，(l)的核酸(多核苷酸)，其中所述異源序列包括編碼下列的序列或由編碼下列的序列組成(A)、異源信號(hào)序列、異源結(jié)構(gòu)域、異源結(jié)合結(jié)構(gòu)域、異源錨定結(jié)構(gòu)域、異源催化結(jié)構(gòu)域(CD)或其組合；(B)、(l)的序列，其中所述異源信號(hào)序列、結(jié)合結(jié)構(gòu)域或催化結(jié)構(gòu)域(CD)得自異源酶；或者(C)、標(biāo)記、表位、靶向肽、可切割序列、可檢測(cè)部分或酶；(n)，(m)的核酸(多核苷酸)，其中所述異源結(jié)合結(jié)構(gòu)域包括下列或由下列組成NAD、NAD(P)、鈣、硫胺素、FAD、鋅、DNA和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域；(o)，(m)的核酸(多核苷酸)，其中所述異源信號(hào)序列將編碼的蛋白靶向液泡、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、葉綠體或淀粉顆粒；或(p)，核酸序列(多核苷酸)，其與(a)至(o)任一項(xiàng)的序列全部(完全)互補(bǔ)。
2.權(quán)利要求1的分離的、合成的或重組的核酸，其中所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶活性包括催化化學(xué) 基團(tuán)的轉(zhuǎn)移，催化轉(zhuǎn)氨作用，催化下列反應(yīng)D-丙氨酸+2-氧化戊二酸< = >丙酮酸+D-谷 氨酸，和/或催化氧化還原反應(yīng)，催化氫原子的去除，和/或催化下列反應(yīng)D-氨基酸+H2O+ 受體< => 2-含氧酸+NH3+還原的受體。
3.權(quán)利要求1的分離的、合成的或重組的核酸，其中(a)所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶 活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性是熱穩(wěn)定的；或(b)所述多肽在包括0°C至約20°C、約20°C至約37°C、約37°C至 約 50"C、約 50"C至約 70"C、約 70°C至約 75°C、約 75°C至約 80V、約 80°C至約 85°C、約 85°C 至約90°C、約90°C至約95°C、約95°C至約100°C、約100°C至約110°C或更高的溫度范圍的 條件下保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，和 /或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性。
4.權(quán)利要求1的分離的、合成的或重組的核酸，其中(a)所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶 活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基 酸脫氫酶活性是耐熱的；或(b)所述多肽在暴露于約0°C至約20°C、約20°C至約37°C、約 37°C至約 50°C、約 50°C至約 70°C、約 70°C至約 75"C、約 75°C至約 80°C、約 80°C至約 85"C、 約85°C至約90°C、約90°C至約95°C、約95°C至約100°C、約100°C至約110°C或更高的范圍 內(nèi)的溫度后保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活 性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性。
5.權(quán)利要求1的分離的、合成的或重組的核酸，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活 性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫 氫酶活性在包括約 PH 6. 5、pH 6、pH 5. 5、pH 5、pH 4. 5、pH 4. 0、ρΗ 3. 5、pH 3. 0 或更小的 (酸性更大的)pH的酸性條件下保持活性，或者在暴露于包括約pH 6. 5、pH 6、pH 5. 5、pH 5、pH 4. 5、pH 4. 0、ρΗ 3. 5、pH 3. 0或更小的(酸性更大的)pH的酸性條件后保持轉(zhuǎn)移酶活 性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性；或者所述轉(zhuǎn)氨酶活性是 催化異丁胺向異丁醛轉(zhuǎn)化的ω -轉(zhuǎn)氨酶活性；和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例 如d-氨基酸脫氫酶活性。
6.權(quán)利要求1的分離的、合成的或重組的核酸，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活 性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫 氫酶活性在包括約 PH 7、pH 7. 5、pH 8. 0、pH 8. 5、pH 9、pH 9. 5、pH 10、pH 10. 5、pH 11、 PH 11.5、pH 12、pH 12. 5或更大(堿性更大)的堿性條件下保持活性，或者在暴露于包括 約 ρΗ 7、ρΗ 7·5、ρΗ 8·0、ρΗ 8·5、ρΗ 9、ρΗ 9·5、ρΗ 10、ρΗ 10·5、ρΗ 11、ρΗ 11·5、ρΗ 12、 PH 12. 5或更大(堿性更大)的堿性條件后保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性。
7.核酸探針，用于鑒定編碼多肽的核酸，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，例如脫氫酶活性， 例如d-氨基酸脫氫酶活性，其中所述探針包含權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所述核酸的至少約10、 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、100、125、150、175、200、225 個(gè)或更多個(gè)連續(xù)堿基。
8.擴(kuò)增引物對(duì)，用于擴(kuò)增編碼多肽的核酸，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活 性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，其中(a)，所述引物對(duì)能夠擴(kuò)增包含權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所 述序列的核酸；或者(b)，(a)的引物對(duì)，其中擴(kuò)增引物對(duì)的成員包含寡核苷酸，所述寡核苷 酸包含所述序列的至少約10至50個(gè)連續(xù)堿基，或所述序列的約10、11、12、13、14、15、16、 17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35 個(gè)或更多個(gè)連續(xù)堿基。
9.擴(kuò)增引物對(duì)，其中所述引物對(duì)包含第一成員和第二成員，所述第一成員具有權(quán)利要 求 1-6 任一項(xiàng)所述序列的約前(5，)10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個(gè)或更多個(gè)殘基所示的序列，以及所述第二成員具有 所述第一成員互補(bǔ)鏈的約前(5，)10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個(gè)或更多個(gè)殘基所示的序列。
10.編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶的核酸，其應(yīng)用權(quán)利要求8或權(quán)利要求9所述的擴(kuò)增引物對(duì)通過多核 苷酸的擴(kuò)增而產(chǎn)生，其中任選地所述擴(kuò)增通過聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)進(jìn)行。
11.權(quán)利要求10的編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原 酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的核酸，其中所述核酸通過基因文庫的擴(kuò)增而產(chǎn)生， 其中任選地所述基因文庫是環(huán)境文庫。
12.擴(kuò)增編碼多肽的核酸的方法，所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，例如脫氫酶活性，例如 d-氨基酸脫氫酶活性，所述方法包括用權(quán)利要求8或權(quán)利要求9的擴(kuò)增引物序列對(duì)擴(kuò)增模 板核酸。
13.表達(dá)盒、載體或克隆運(yùn)載體，其包含含有權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所述序列的核酸，其 中任選地所述克隆運(yùn)載體包括病毒載體、質(zhì)粒、噬菌體(phage)、噬菌粒、黏粒、F黏粒、噬菌 體(bacteriophage)或人工染色體。
14.權(quán)利要求13的克隆運(yùn)載體，其中所述病毒載體包括腺病毒載體、逆轉(zhuǎn)錄病毒載體 或腺伴隨病毒載體，或者所述人工染色體包括細(xì)菌人工染色體(BAC)、噬菌體Pl衍生的載體(PAC)、酵母人工染色體(YAC)或哺乳動(dòng)物人工染色體(MAC)。
15.轉(zhuǎn)化細(xì)胞，其包含具有權(quán)利要求1所述序列的核酸，或包括權(quán)利要求13或權(quán)利要 求14所述的表達(dá)盒、載體或克隆運(yùn)載體，其中任選地所述細(xì)胞是細(xì)菌細(xì)胞、哺乳動(dòng)物細(xì)胞、 真菌細(xì)胞、酵母細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞或植物細(xì)胞。
16.轉(zhuǎn)基因非人動(dòng)物，其包括具有權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所述序列的核酸，或者包括權(quán)利 要求13或權(quán)利要求14所述的表達(dá)盒、載體或克隆運(yùn)載體，或者權(quán)利要求15所述的轉(zhuǎn)化細(xì) 胞，其中任選地所述動(dòng)物是小鼠、大鼠、兔、綿羊、豬、雞、山羊、魚或牛。
17.轉(zhuǎn)基因植物、植物部分或植物種子，其包括具有權(quán)利要求1所述序列的核酸，其中 任選地所述植物是玉米植株、高粱植株、馬鈴薯植株、番茄植株、小麥植株、油料種子植株、 油菜籽植株、大豆植株、稻植株、大麥植株、草類、棉花植株、棉籽植株、棕櫚、芝麻植株、花生 植株、向日葵植株或煙草植株。
18.反義寡核苷酸，其包含與權(quán)利要求1中任一種所述序列互補(bǔ)的核酸序列，或能夠與 權(quán)利要求1中任一種所述序列在嚴(yán)格條件下雜交的核酸序列，其中任選地所述反義寡核苷 酸長(zhǎng)度為約10至50、約20至60、約30至70、約40至80或約60至100個(gè)堿基，以及任選地所述嚴(yán)格條件包括這樣的洗滌步驟，其包含在約65°C溫度下于0. 2XSSC 中洗滌約15分鐘。
19.雙鏈抑制RNA(RNAi)分子，其包括權(quán)利要求1_6任一項(xiàng)所述序列的子序列，其中 任選地所述 RNAi 長(zhǎng)度為約 10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、 28、29或30或更多個(gè)雙鏈體核苷酸。
20.抑制轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶信息在細(xì)胞中翻譯或者抑制轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移 酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶在細(xì)胞中表達(dá)的方法，所述方法 包括給予所述細(xì)胞或在所述細(xì)胞中表達(dá)權(quán)利要求18所述的反義寡核苷酸或權(quán)利要求19所 述的雙鏈抑制RNA(iRNA)分子。
21.分離的、合成的或重組的多肽或肽，其具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如 d-氨基酸脫氫酶活性，其(a)，包含與 SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:4、SEQ ID N0:6、SEQ ID N0:8、SEQ ID NO: 10、 SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO 20, SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :26、SEQ ID NO :28、SEQ ID NO :30、SEQ ID NO :32、SEQ ID NO :34、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :42、SEQ ID NO :44、SEQ ID NO :46、SEQ ID NO :48、SEQ ID NO :50、SEQ ID NO :52、SEQ ID NO :54、SEQ ID NO :56、 SEQ ID NO 58,SEQ ID NO60,SEQ ID NO 62,SEQ ID NO : 64、SEQ ID NO66,SEQ ID NO: 68、SEQ ID NO :70、SEQ ID NO :72、SEQ ID NO :74、SEQ ID NO :76、SEQ ID NO :78、SEQ ID NO :80、SEQ ID NO :82、SEQ ID NO :84、SEQ ID NO :86、SEQ ID NO :88、SEQ ID NO :90、SEQ ID NO 92,SEQ ID NO :94、SEQ ID NO :96、SEQ ID NO :98、SEQ ID NO 100,SEQ ID NO :102、 SEQ ID NO: 104、SEQ ID NO: 106、SEQ IDNO : 108、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NO: 112、SEQ ID NO 114,SEQ ID NO :116、SEQID NO :118、SEQ ID NO 120,SEQ ID NO 122,SEQ ID NO :124、 SEQ ID 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ID NO :944、SEQ ID NO 946,SEQ IDNO 948,SEQ ID NO :950、SEQ ID NO :952、SEQ ID NO :954、SEQ ID NO :956、SEQ ID NO958,SEQ ID NO 960,SEQ ID NO 962,SEQ ID NO : 964、SEQ IDNO 966,SEQ ID NO: 968、SEQ ID NO :970、SEQ ID NO :972、SEQ ID NO 974 和 / 或 SEQ ID NO 976 的氨基酸序列具有至少約 50%,51%,52%,53%,54%,55%,56%,57%,58%,59%,60%,61%,62%, 63%,64%,65%,66%,67%,68%,69%,70%,71 %,72%,73%,74%,75%,76%,77%, 78%,79%,80%,81 %,82%,83%,84%,85%,86%,87%,88%,89%,90%,91 93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更多或具有100% (完全)序列同一性的氨基酸 序列，或其酶促活性片段，其中(i)或(ii)的所述多肽或肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活 性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，或者所述多肽或肽能產(chǎn)生轉(zhuǎn)移酶特異性抗體，例如轉(zhuǎn)氨酶， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶特異性抗體 (充當(dāng)表位或免疫原的多肽或肽)，(b)，(a)的多肽或肽和/或其酶促活性子序列(片段)，其中所述序列同一性如下測(cè) 定(A)通過用序列比較算法進(jìn)行分析或通過視覺檢測(cè)，或(B)在至少約20、25、30、35、40、 45、50、55、60、75、100、150、200、250、300或更多個(gè)氨基酸殘基的區(qū)域內(nèi)，或者在所述多肽或 肽或酶的全長(zhǎng)內(nèi)，(c)，(a)或(b)的多肽或肽，其中所述序列同一性通過用序列比較算法進(jìn)行分析或通 過視覺檢測(cè)而測(cè)定，并且任選地所述序列比較算法是BLAST第2. 2. 2版算法，其中過濾設(shè)置 被設(shè)置為blastall-p blastp-d" nr pataa" -F F，并且所有其它選項(xiàng)被設(shè)置為默認(rèn)；(d)，由權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)所述核酸編碼的氨基酸序列和/或其酶促活性子序列 (片段)，其中所述多肽具有(i)轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性 或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性， 或(ii)具有免疫原活性，原因在于它能產(chǎn)生與具有(a)的序列的多肽特異性結(jié)合的抗體；(e),(a)至(d)任一項(xiàng)的氨基酸序列，并且包括至少一個(gè)氨基酸殘基保守性置換，并且 所述多肽或肽保留轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還 原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性；(e)，(d)的氨基酸序列，其中所述保守性置換包括用另一脂肪族氨基酸替換脂肪族氨 基酸；用蘇氨酸替換絲氨酸或反之亦然；用另一酸性殘基替換酸性殘基；用另一含有酰胺 基團(tuán)的殘基替換含有酰胺基團(tuán)的殘基；用另一堿性殘基交換堿性殘基；或用另一芳香族殘 基替換芳香族殘基，或其組合，(f)，(e)的氨基酸序列，其中所述脂肪族殘基包括丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸或 其合成等同物；所述酸性殘基包括天冬氨酸、谷氨酸或其合成等同物；所述含有酰胺基團(tuán) 的殘基包括天冬氨酸、谷氨酸或其合成等同物；所述堿性殘基包括賴氨酸、精氨酸或其合成 等同物；或者，所述芳香族殘基包括苯丙氨酸、酪氨酸或其合成等同物；(g)，(a)至(f)任一項(xiàng)的多肽，其具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn) 移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫 酶活性但缺少信號(hào)序列、前原結(jié)構(gòu)域、結(jié)合結(jié)構(gòu)域和/或其它結(jié)構(gòu)域，(h)，(g)的多肽，其中所述結(jié)合結(jié)構(gòu)域包括下列或由下列組成NAD、NAD(P)、鈣、硫胺 素、FAD、鋅、DNA和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域；(i),(a)至(h)任一項(xiàng)的多肽，其具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn) 移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫 酶活性，進(jìn)一步包括異源序列；(j)，(i)的多肽，其中所述異源序列包括下列或由下列組成(A)，異源信號(hào)序列、異源 結(jié)構(gòu)域、異源結(jié)合結(jié)構(gòu)域、異源錨定結(jié)構(gòu)域、異源催化結(jié)構(gòu)域(CD)或其組合；(B)，(A)的序 列，其中所述異源信號(hào)序列、結(jié)合結(jié)構(gòu)域或催化結(jié)構(gòu)域(CD)得自異源酶；和/或(C)，標(biāo)記、 表位、靶向肽、可切割序列、可檢測(cè)部分或酶；(k)，(i)或(j)的多肽，其中所述異序列或所述異源結(jié)合結(jié)構(gòu)域包括下列或由下列組 成NAD、NAD (P)、鈣、硫胺素、FAD、鋅、DNA和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域；(1)，(j)的多肽，其中所述異源信號(hào)序列將編碼的蛋白靶向液泡、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、葉綠體或淀 粉顆粒；或(m)，包含由權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)所述核酸序列編碼的氨基酸序列。
22.權(quán)利要求21的分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶活性包括催化化學(xué) 基團(tuán)的轉(zhuǎn)移，催化轉(zhuǎn)氨作用，催化下列反應(yīng)D-丙氨酸+2-氧化戊二酸< = >丙酮酸+D-谷 氨酸，和/或催化氧化還原反應(yīng)，催化氫原子的去除，和/或催化下列反應(yīng)D-氨基酸+H2O+ 受體< => 2-含氧酸+NH3+還原的受體；或者所述轉(zhuǎn)氨酶活性是催化異丁胺向異丁醛轉(zhuǎn)化 的ω-轉(zhuǎn)氨酶活性。
23.權(quán)利要求21中任一種分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn) 氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨 基酸脫氫酶活性是熱穩(wěn)定的，并且任選地所述多肽在包括0°C至約20°C、約20°C至約37°C、 約37 °C至約50 "C、約50 °C至約70 V、約70 °C至約75 V、約75 °C至約80 V、約80 °C至約 850C、約85°C至約90"C、約90"C至約95°C、約95°C至約100°C、約100"C至約110°C或更高的 溫度范圍的條件下保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn) 氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性。
24.權(quán)利要求21中任一種分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn) 氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨 基酸脫氫酶活性是耐熱的；并且任選地所述多肽在暴露于約0°C至約20°C、約20°C至約 37°C、約 37°C至約 50°C、約 50°C至約 70°C、約 70°C至約 75°C、約 75°C至約 80°C、約 80°C至 約85°C、約85°C至約90"C、約90"C至約95°C、約95°C至約100°C、約100"C至約110°C或更高 的范圍內(nèi)的溫度后保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn) 氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，其中任選地所述耐熱性包括在被加熱至高溫后保持37°C下轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的比活性的至少 一半，或者任選地所述耐熱性包括在被加熱至高溫后將37°C下的比活性保持在每毫克蛋白 約500至約1200單位范圍內(nèi)，并且任選地所述高溫是至少約0°C至約20°C、約20°C至約 37°C、約 37°C至約 50°C、約 50°C至約 70°C、約 70°C至約 75°C、約 75°C至約 80°C、約 80°C至 約85"C、約85°C至約90°C、約90°C至約95"C、約95°C至約100°C、約100°C至約110°C或更 聞。
25.權(quán)利要求21中任一種分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn) 氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨 基酸脫氫酶活性在包括約 PH 6. 5、pH 6、pH 5. 5、ρΗ 5、ρΗ4· 5、pH 4· 0、ρΗ 3. 5、ρΗ 3. 0 或更小的(酸性更大的)pH的酸性條件下保持活性，或者在暴露于包括約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、 pH 5、pH 4. 5、pH 4. 0、pH 3. 5、pH 3. 0或更小的(酸性更大的)pH的酸性條件后保持轉(zhuǎn)移 酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性；和/或氧化還原酶 活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性。
26.權(quán)利要求21中任一種分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn) 氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨 基酸脫氫酶活性在包括約 pH 7、pH 7. 5、pH 8. 0、ρΗ 8. 5、pH 9、pH 9. 5、pH 10、pH 10. 5、pH IUpH 11.5、pH 12、pH 12. 5或更大(堿性更大)的堿性條件下保持活性，或者在暴露于包 括約 ρΗ 7、ρΗ 7·5、ρΗ 8·0、ρΗ 8· 5、ρΗ 9、ρΗ 9· 5、ρΗ 10,ρΗ 10. 5、ρΗ IUpH 11. 5、ρΗ 12、 PH 12. 5或更大(堿性更大)的堿性條件后保持轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性。
27.分離的、合成的或重組的多肽，其包含權(quán)利要求21至26任一項(xiàng)的多肽并且缺少信 號(hào)序列或前原序列。
28.分離的、合成的或重組的多肽，其包含權(quán)利要求21至27任一項(xiàng)的多肽，并且具有異 源信號(hào)序列或異源前原序列。
29.權(quán)利要求21至28任一項(xiàng)的分離的、合成的或重組的多肽，其中所述轉(zhuǎn)移酶活性，例 如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如 d-氨基酸脫氫酶活性包括下列范圍內(nèi)的約37°C下的比活性每毫克蛋白約100至約1000 單位、每毫克蛋白約500至約750單位、每毫克蛋白約500至約1200單位或每毫克蛋白約 750至約1000單位。
30.權(quán)利要求21至29任一項(xiàng)的分離的、合成的或重組的多肽，其中所述多肽包含至少 一個(gè)糖基化位點(diǎn)或進(jìn)一步包含多糖，其中任選地所述糖基化是N-連接的糖基化，并且任選 地所述多肽在巴斯德畢赤酵母或粟酒裂殖酵母中表達(dá)后被糖基化。
31.蛋白制劑，其包含權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，其中所述蛋白制劑包括液體、固 體或凝膠。
32.異源二聚體，其包含權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽和第二結(jié)構(gòu)域，其中任選地所 述第二結(jié)構(gòu)域是多肽并且所述異源二聚體是融合蛋白，或者任選地所述第二結(jié)構(gòu)域是表位 或標(biāo)記。
33.同源二聚體，其包含權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，并且任選地所述同源二聚體是融合蛋白。
34.固定化多肽，其中所述多肽包括權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，其中任選地所述 多肽被固定化在木屑、紙、細(xì)胞、金屬、樹脂、聚合物、陶瓷、玻璃、微電極、石墨顆粒、珠子、凝 膠、板、陣列或毛細(xì)管上。
35.分離的、合成的或重組的抗體，其與權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽特異性結(jié)合，其 中任選地所述抗體是單克隆或多克隆抗體，或是單鏈抗體。
36.雜交瘤，其包含如權(quán)利要求35所述的抗體。
37.陣列，其包括固定化多肽，其中所述多肽包括權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽；固 定化核酸，其中所述核酸包括權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的核酸；權(quán)利要求35的抗體；或其組口 O
38.分離或鑒定具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn) 氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的方 法，所述方法包括如下步驟(a)提供權(quán)利要求35的抗體；(b)提供包含多肽的樣品；和(c)將步驟(b)的樣品與步驟(a)的抗體在所述抗體能與所述多肽特異性結(jié)合的條件 下接觸，從而分離或鑒定具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或 ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多 肽。
39.制備抗轉(zhuǎn)移酶，例如抗轉(zhuǎn)氨酶，例如抗d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或抗氧化還原酶，例如 抗脫氫酶，例如抗d-氨基酸脫氫酶抗體的方法，所述方法包括以足以產(chǎn)生體液免疫應(yīng)答的 量給予非人動(dòng)物權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的核酸，從而制備抗轉(zhuǎn)移酶，例如抗轉(zhuǎn)氨酶，例如抗 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或抗氧化還原酶，例如抗脫氫酶，例如抗d-氨基酸脫氫酶抗體。
40.制備抗轉(zhuǎn)移酶，例如抗轉(zhuǎn)氨酶，例如抗d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或抗氧化還原酶，例如 抗脫氫酶，例如抗d-氨基酸脫氫酶抗體的方法，所述方法包括以足以產(chǎn)生體液免疫應(yīng)答的 量給予非人動(dòng)物權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，從而制備抗轉(zhuǎn)移酶，例如抗轉(zhuǎn)氨酶，例如 抗d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或抗氧化還原酶，例如抗脫氫酶，例如抗d-氨基酸脫氫酶抗體。
41.產(chǎn)生重組多肽的方法，包括如下步驟(a)提供與啟動(dòng)子可操作地連接的核酸，其 中所述核酸包含權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；和(b)在允許所述多肽表達(dá)的條件下表達(dá) 步驟(a)的核酸，從而產(chǎn)生重組多肽，并且任選地所述方法進(jìn)一步包括用步驟(a)的核酸轉(zhuǎn) 化宿主細(xì)胞，隨后表達(dá)步驟(a)的核酸，從而在轉(zhuǎn)化細(xì)胞中產(chǎn)生重組多肽。
42.鑒定具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活 性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的方法，所 述方法包括(a)提供權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽；(b)提供轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶底物；和(c)將所述多肽與步驟(b)的底物接觸，并且檢測(cè)底物量的減少或反應(yīng)產(chǎn)物量的增加， 其中所述底物量的減少或所述反應(yīng)產(chǎn)物量的增加檢測(cè)出具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活 性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽。
43.鑒定轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還 原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶底物的方法，所述方法包括(a)提供權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽；(b)提供測(cè)試底物；和(c)將步驟(a)的多肽與步驟(b)的測(cè)試底物接觸，并且檢測(cè)底物量的減少或反應(yīng)產(chǎn)物 量的增加，其中所述底物量的減少或所述反應(yīng)產(chǎn)物量的增加鑒定出作為轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨 酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶底物的所述測(cè)試底物。
44.確定測(cè)試化合物是否與多肽特異性結(jié)合的方法，所述方法包括(a)在允許核酸翻譯為多肽的條件下表達(dá)核酸或包含所述核酸的載體，其中所述核酸 具有權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；(b)提供測(cè)試化合物；(c)將所述多肽與所述測(cè)試化合物接觸；和(d)確定步驟(b)的測(cè)試化合物是否與所述多肽特異性結(jié)合。
45.確定測(cè)試化合物是否與多肽特異性結(jié)合的方法，所述方法包括(a)提供權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽；(b)提供測(cè)試化合物；(c)將所述多肽與所述測(cè)試化合物接觸；和(d)確定步驟(b)的測(cè)試化合物是否與所述多肽特異性結(jié)合。
46.鑒定轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶 活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的調(diào)節(jié)劑的方法，所述 方法包括(a)提供權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽；(b)提供測(cè)試化合物；(c)將步驟(a)的多肽與步驟(b)的測(cè)試化合物接觸，并測(cè)量所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的活性，其中 在存在所述測(cè)試化合物的情況下測(cè)量的轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移 酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性與不存在所述 測(cè)試化合物的情況下的活性相比的變化，確定了所述測(cè)試化合物調(diào)節(jié)所述轉(zhuǎn)移酶活性，例 如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如 d-氨基酸脫氫酶活性，其中任選地，所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或 氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，通過提供轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨 酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶底物，并 檢測(cè)所述底物量的減少或所述反應(yīng)產(chǎn)物量的增加，或所述底物量的增加或所述反應(yīng)產(chǎn)物量 的減少來測(cè)量，其中任選地與沒有測(cè)試化合物時(shí)底物或反應(yīng)產(chǎn)物的量相比，有測(cè)試化合物 時(shí)所述底物量的減少或所述反應(yīng)產(chǎn)物量的增加鑒定出作為轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例 如d-氨基酸脫氫酶活性的激活劑的測(cè)試化合物，其中任選地，與沒有測(cè)試化合物時(shí)底物或反應(yīng)產(chǎn)物量相比，有測(cè)試化合物時(shí)所述底物 量的增加或所述反應(yīng)產(chǎn)物量的減少鑒定出作為轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性的抑制劑的測(cè)試化合物。
47.計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括處理器和其上已經(jīng)存儲(chǔ)了多肽序列或核酸序列 的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備或計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中所述數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備或計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上已經(jīng)存儲(chǔ) 了多肽序列或核酸序列，其中所述多肽序列包括權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的氨基酸序列、權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的核酸序列編碼的多肽，其中任選地，所述系統(tǒng)進(jìn)一步包括序列比對(duì)算法和數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備，所述數(shù)據(jù)存儲(chǔ)設(shè)備 上已經(jīng)存儲(chǔ)了至少一個(gè)參考序列，或者任選地進(jìn)一步包括鑒定器，所述鑒定器鑒定所述序 列中一個(gè)或多個(gè)特征，并且任選地，所述序列比對(duì)算法包括指出多態(tài)現(xiàn)象的計(jì)算機(jī)程序。
48.鑒定序列中的特征的方法，包括如下步驟(a)使用鑒定序列中的一個(gè)或多個(gè)特征 的計(jì)算機(jī)程序讀取所述序列，其中所述序列包括多肽序列或核酸序列，其中所述多肽序列 包括權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的氨基酸序列、權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的核酸序列編碼的多 肽；和(b)用所述計(jì)算機(jī)程序鑒定所述序列中的一個(gè)或多個(gè)特征。
49.將第一序列與第二序列進(jìn)行比較的方法，包括如下步驟(a)通過使用比較序列的 計(jì)算機(jī)程序讀取所述第一序列和第二序列，其中所述第一序列包括多肽序列或核酸序列， 其中所述多肽序列包括權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的氨基酸序列、權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的 核酸序列編碼的多肽；和(b)用所述計(jì)算機(jī)程序確定所述第一序列和所述第二序列之間的 差異，其中任選地，確定所述第一序列和所述第二序列之間差異的步驟進(jìn)一步包括鑒定多態(tài) 性的步驟，并且任選地，所述方法進(jìn)一步包括鑒定序列中的一個(gè)或多個(gè)特征的鑒定器，并且任選 地所述方法進(jìn)一步包括使用計(jì)算機(jī)程序讀取所述第一序列和鑒定所述序列中的一個(gè)或多 個(gè)特征。
50.從環(huán)境樣品中分離或回收核酸的方法，所述核酸編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶 活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽，所述方法包括如下步驟(a)提供權(quán)利要求7的多核苷酸探針；(b)從所述環(huán)境樣品中分離核酸或處理所述環(huán)境樣品，以便所述樣品中的核酸可達(dá)到 與步驟(a)的多核苷酸探針雜交；(c)將步驟(b)的分離的、合成的或重組的核酸或處理的環(huán)境樣品與步驟(a)的多核苷 酸探針結(jié)合；和(d)分離與步驟(a)的多核苷酸探針特異性雜交的核酸，從而從所述環(huán)境樣品中分離 或回收編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活 性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核酸，其中任選地，所述環(huán)境樣品包括水樣品、液體樣品、土壤樣品、空氣樣品或生物樣品；并且任選地，所述生物樣品源自細(xì)菌細(xì)胞、原生動(dòng)物細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞、酵母細(xì)胞、植物細(xì) 胞、真菌細(xì)胞或哺乳動(dòng)物細(xì)胞。
51.從環(huán)境樣品中分離或回收核酸的方法，所述核酸編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶 活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽，所述方法包括如下步驟(a)提供權(quán)利要求8或權(quán)利要求9的擴(kuò)增引物對(duì)；(b)從所述環(huán)境樣品中分離核酸或處理所述環(huán)境樣品，以便所述樣品中的核酸可達(dá)到 與所述擴(kuò)增引物對(duì)雜交；和(C)將步驟(b)的核酸與步驟(a)的擴(kuò)增引物對(duì)結(jié)合，并從所述環(huán)境樣品擴(kuò)增核酸，從 而從環(huán)境樣品分離或回收編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活 性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性 的多肽的核酸。
52.產(chǎn)生編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨 酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核酸 的變體的方法，所述方法包括如下步驟(a)提供包含權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列的模板核酸；和(b)在所述模板序列中修飾、缺失或者添加一個(gè)或者多個(gè)核苷酸，或其組合，以產(chǎn)生所 述模板核酸的變體，其中任選地，所述方法進(jìn)一步包括表達(dá)所述變體核酸，以產(chǎn)生變體轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨 酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽，并且任選地，所述修飾、添加或者缺失由包括易錯(cuò)PCR、重排、寡核苷酸定向誘變、裝 配PCR、有性PCR誘變、體內(nèi)誘變、盒式誘變、回歸整體誘變、指數(shù)整體誘變、位點(diǎn)特異性誘 變、基因重裝配、基因位點(diǎn)飽和誘變(GSSM)、合成連接重裝配(SLR)或其組合的方法來引 入，或者所述修飾、添加或者缺失通過包括下述的方法引入重組、回歸序列重組、硫代磷酸 酯_修飾的DNA誘變、含尿嘧啶的模板誘變、缺口二重誘變、點(diǎn)錯(cuò)配修復(fù)誘變、修復(fù)-缺陷型 宿主株誘變、化學(xué)誘變、放射誘變、缺失誘變、限制-選擇誘變、限制-純化誘變、人工基因合 成、整體誘變、嵌合核酸多聚體生成和其組合，其中任選地，所述方法被反復(fù)重復(fù)，直到產(chǎn)生與所述模板核酸編碼的多肽相比具有改 變的或不同的活性或者改變的或不同的穩(wěn)定性的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移 酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶，其中任選地，所述變體轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶， 例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽是耐熱的，并且在暴露于高溫之后保留一些活性， 或者任選地，與模板核酸編碼的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還 原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶相比，所述變體轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽具有增加的糖基化， 或者任選地，所述變體轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如 脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽，在高溫下具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨 基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基 酸脫氫酶活性，其中由所述模板核酸編碼的所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移 酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶在高溫下沒有活性，其中任選地，所述方法被反復(fù)重復(fù)，直到產(chǎn)生具有與所述模板核酸的密碼子使用有所 改變的密碼子使用的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如 脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶編碼序列，其中任選地，所述方法被反復(fù)重復(fù)，直到產(chǎn)生具有比所述模板核酸的信息表達(dá)或穩(wěn)定 性更高或更低水平的信息表達(dá)或穩(wěn)定性的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/ 或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶基因。
53.在編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核酸中 修飾密碼子以增加其在宿主細(xì)胞中表達(dá)的方法，所述方法包括(a)提供編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn) 氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核 酸，其包括權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；和，(b)鑒定步驟(a)的核酸中非優(yōu)選或較不優(yōu)選的密碼子并且用優(yōu)選的或中度使用的密 碼子來代替之，所述優(yōu)選的或中度使用的密碼子編碼與被代替的密碼子相同的氨基酸，其 中優(yōu)選密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中過度表現(xiàn)的密碼子以及非優(yōu)選或較 不優(yōu)選密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中表現(xiàn)不足的密碼子，從而修飾所述核 酸以增加其在宿主細(xì)胞中的表達(dá)。
54.在編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫 酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽的核酸中修飾密碼子的方法，所述方法包括(a)提供編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn) 氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核 酸，其包含權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；和，(b)鑒定步驟(a)的核酸中的密碼子，并用不同的密碼子來代替之，所述不同的密碼 子編碼與所述被代替的密碼子相同的氨基酸，從而修飾在編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的核酸中的密碼 子。
55.在編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫 酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽的核酸中修飾密碼子以增加其在宿主細(xì)胞中表達(dá)的方法，所 述方法包括(a)提供編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫 酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽的核酸，其包含權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；和，(b)鑒定步驟(a)的核酸中非優(yōu)選或較不優(yōu)選的密碼子并且用優(yōu)選的或中度使用的密 碼子來代替之，所述優(yōu)選或中度使用的密碼子編碼與被代替的密碼子相同的氨基酸，其中 優(yōu)選密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中過度表現(xiàn)的密碼子以及非優(yōu)選或較不 優(yōu)選的密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中表現(xiàn)不足的密碼子，從而修飾所述核 酸以增加其在宿主細(xì)胞中的表達(dá)。
56.在編碼具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶 活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽的核酸中 修飾密碼子以降低其在宿主細(xì)胞中表達(dá)的方法，所述方法包括(a)提供編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫 酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽的核酸，其包含權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列；和(b)鑒定步驟(a)的核酸中的至少一個(gè)優(yōu)選密碼子，并用非優(yōu)選的或較不優(yōu)選的密碼 子來代替之，所述非優(yōu)選或較不優(yōu)選的密碼子編碼與被代替的密碼子相同的氨基酸，其中 優(yōu)選密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中過度表現(xiàn)的密碼子，以及非優(yōu)選或較不 優(yōu)選的密碼子是在所述宿主細(xì)胞的基因的編碼序列中表現(xiàn)不足的密碼子，從而修飾所述核 酸以降低其在所述宿主細(xì)胞中的表達(dá)，其中任選地，所述宿主細(xì)胞是細(xì)菌細(xì)胞、真菌細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞、酵母細(xì)胞、植物細(xì)胞或哺 乳動(dòng)物細(xì)胞。
57.產(chǎn)生核酸文庫的方法，所述核酸文庫編碼多個(gè)被修飾的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶活性位點(diǎn)或底物結(jié) 合位點(diǎn)，其中被修飾的活性位點(diǎn)或底物結(jié)合位點(diǎn)來源于第一核酸，所述第一核酸包含編碼 第一活性位點(diǎn)或第一底物結(jié)合位點(diǎn)的序列，所述方法包括(a)提供第一核酸，其編碼第一活性位點(diǎn)或第一底物結(jié)合位點(diǎn)，其中所述第一核酸序 列包含在嚴(yán)格條件下與權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列或其子序列雜交的序列，以及所述核 酸編碼轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如 d-氨基酸脫氫酶活性位點(diǎn)或轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原 酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶底物結(jié)合位點(diǎn)；(b)提供一組誘變寡核苷酸，其在所述第一核酸的多個(gè)目標(biāo)密碼子處編碼天然存在的 氨基酸變體；和，(c)使用該組誘變寡核苷酸，產(chǎn)生一組編碼活性位點(diǎn)或編碼底物結(jié)合位點(diǎn)的變體核酸， 其在被誘變的每一氨基酸密碼子處編碼一定范圍的氨基酸變異，從而產(chǎn)生編碼多個(gè)被修飾 的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨 基酸脫氫酶活性位點(diǎn)或底物結(jié)合位點(diǎn)的核酸文庫。
58.權(quán)利要求57的方法，包括通過包括如下的方法誘變步驟(a)的第一核酸或變體: 優(yōu)化的定向進(jìn)化系統(tǒng)、基因位點(diǎn)飽和誘變(GSSM)、合成連接重裝配(SLR)、易錯(cuò)PCR、重排、 寡核苷酸定向突變、裝配PCR、有性PCR誘變、體內(nèi)誘變、盒式誘變、回歸整體誘變、指數(shù)整體 誘變、位點(diǎn)特異性誘變、基因再裝配、重組、回歸序列重組、硫代磷酸酯修飾的DNA誘變、含 尿嘧啶的模板誘變、缺口雙重誘變、點(diǎn)錯(cuò)配修復(fù)誘變、修復(fù)缺陷型宿主株誘變、化學(xué)誘變、放 射誘變、缺失誘變、限制選擇誘變、限制純化誘變、人工基因合成、整體誘變、嵌合核酸多聚 體生成及其組合。
59.制備小分子的方法，包括(a)提供多種能合成或修飾小分子的生物合成酶，其中所述酶中的一種酶包含由包含 權(quán)利要求1至6任一項(xiàng)的序列的核酸編碼的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和 /或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶；(b)為步驟(a)的至少一種酶提供底物；和(c)將步驟(b)的底物與所述酶在能促進(jìn)多個(gè)生物催化反應(yīng)的條件下進(jìn)行反應(yīng)，以通 過一系列生物催化反應(yīng)產(chǎn)生小分子。
60.修飾小分子的方法，包括(a)提供轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶，其中所述酶包含權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，或由包含權(quán)利要 求1至6任一項(xiàng)的序列的核酸編碼的多肽；(b)提供小分子；和(c)將步驟(a)的酶與步驟(b)的小分子在能促進(jìn)由所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如 d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶催化的酶促反應(yīng)的 條件下進(jìn)行反應(yīng)，從而通過轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶酶促反應(yīng)修飾小分子其中任選地，所述方法包括提供步驟(a)的酶的多個(gè)小分子底物，從而產(chǎn)生通過由轉(zhuǎn) 移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸 脫氫酶催化的至少一種酶促反應(yīng)產(chǎn)生的被修飾小分子的文庫。
61.權(quán)利要求60的方法，進(jìn)一步包括多種其它的酶，在有助于所述酶的多個(gè)生物催化 反應(yīng)的條件下使用，以形成由多個(gè)酶促反應(yīng)產(chǎn)生的被修飾小分子的文庫，其中任選地所述 方法進(jìn)一步包括測(cè)試所述文庫以確定所述文庫中是否存在表現(xiàn)出期望活性的特定被修飾 小分子的步驟，以及任選地測(cè)試所述文庫的步驟進(jìn)一步包括系統(tǒng)地去除所有但保留一個(gè)用 于產(chǎn)生文庫中多個(gè)被修飾小分子中的一部分的生物催化反應(yīng)，其是通過測(cè)試被修飾小分子 的所述部分中存在或不存在具有期望活性的特定被修飾小分子，并鑒定出產(chǎn)生具有期望活 性的特定被修飾小分子的至少一個(gè)特定生物催化反應(yīng)。
62.確定轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶的功能片段的方法，包括如下步驟(a)提供轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶，其中所述酶包含權(quán)利要求21至30任一項(xiàng)的多肽，或由包含權(quán)利要 求1至6任一項(xiàng)的序列的核酸編碼的多肽；和(b)從步驟(a)的序列刪除多個(gè)氨基酸殘基，并測(cè)試剩余子序列的轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn) 氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫 酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，從而確定轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶， 和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的功能片段，其中任選地，所述轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧 化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性通過提供轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶底物并檢測(cè) 所述底物量的減少或反應(yīng)產(chǎn)物量的增加來測(cè)量。
63.通過使用實(shí)時(shí)代謝流分析進(jìn)行新的或修飾的表型的全細(xì)胞工程改造的方法，所述 方法包括(a)通過修飾細(xì)胞的遺傳組成制備修飾的細(xì)胞，其中所述遺傳組成通過將包含權(quán)利要 求1至6中任一項(xiàng)所述序列的核酸加入到細(xì)胞來修飾；(b)培養(yǎng)所述修飾的細(xì)胞以產(chǎn)生多個(gè)修飾的細(xì)胞；(c)通過實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)步驟(b)的細(xì)胞培養(yǎng)物來測(cè)量所述細(xì)胞的至少一個(gè)代謝參數(shù)；和(d)分析步驟(c)的數(shù)據(jù)，以確定被測(cè)量的參數(shù)是否與在類似條件下未修飾細(xì)胞中的 參照測(cè)量值不同，從而使用實(shí)時(shí)代謝流量分析鑒定細(xì)胞中的工程改造的表型，其中任選地，所述細(xì)胞的遺傳組成通過包括在所述細(xì)胞中序列的刪除或序列的修飾， 或敲除基因的表達(dá)的方法來修飾，以及任選地，所述方法進(jìn)一步包括選擇含有新工程改造的表型的細(xì)胞，以及任選地進(jìn) 一步包括培養(yǎng)被選擇的細(xì)胞，從而產(chǎn)生包含新工程改造的表型的新細(xì)胞株。
64.包含至少第一結(jié)構(gòu)域和至少第二結(jié)構(gòu)域的嵌合多肽，所述第一結(jié)構(gòu)域包含信號(hào)肽 (SP)，所述第二結(jié)構(gòu)域包含含有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列或其子序列的異 源多肽或肽，其中所述異源多肽或肽與所述信號(hào)肽(SP)之間沒有天然的聯(lián)系，其中任選地所述信號(hào)肽(SP)的來源不是轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原 酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶，并且任選地所述異源多肽或者肽在信號(hào)肽(SP)或 轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基 酸脫氫酶催化結(jié)構(gòu)域(CD)的氨基末端、羧基末端或者兩種末端。
65.編碼嵌合多肽的分離的、合成的或者重組的核酸，其中所述嵌合多肽包含至少第一 結(jié)構(gòu)域和至少第二結(jié)構(gòu)域，所述第一結(jié)構(gòu)域含有信號(hào)肽(SP)，所述第二結(jié)構(gòu)域包含異源多 肽或者肽，其中所述信號(hào)肽(SP)包含如權(quán)利要求64中所述的信號(hào)序列。
66.增加轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶多肽的耐熱性或熱穩(wěn)定性的方法，所述方法包括糖基化轉(zhuǎn)移酶，例如 轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶，其 中所述多肽包括權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽，或由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的 序列的核酸編碼的多肽，或其酶促活性片段，從而增加所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨 基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶多肽的耐熱性或熱穩(wěn)定 性。
67.在細(xì)胞中過量表達(dá)重組的轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化 還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的方法，所述方法包括表達(dá)含有權(quán)利要求1至6 中任一項(xiàng)所述的核酸序列或編碼權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽的核酸或其酶促活性片 段的載體，其中過量表達(dá)通過使用高活性啟動(dòng)子、雙順反子載體或通過所述載體的基因擴(kuò) 增來實(shí)現(xiàn)。
68.制備轉(zhuǎn)基因植物的方法，所述方法包括(a)將異源核酸序列引入細(xì)胞中，從而產(chǎn)生轉(zhuǎn)化的植物細(xì)胞，其中所述異源核酸序列包 括權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列，或編碼權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽的核酸，或其 酶促活性片段；(b)從所述轉(zhuǎn)化的細(xì)胞產(chǎn)生轉(zhuǎn)基因植物，其中任選地，步驟(a)進(jìn)一步包括通過植物細(xì)胞原生質(zhì)體的電穿孔或微注射而引入所 述異源核酸序列，并且任選地，步驟(a)包括通過DNA顆粒轟擊或通過使用根癌農(nóng)桿菌宿主而直接將所 述異源核酸序列弓I入到植物組織。
69.在植物細(xì)胞中表達(dá)異源核酸序列的方法，所述方法包括(a)用與啟動(dòng)子可操作地連接的異源核酸序列轉(zhuǎn)化所述植物細(xì)胞，其中所述異源核酸 序列包括權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列，或編碼權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽的核 酸，或其酶促活性片段；(b)在所述異源核酸序列在所述植物細(xì)胞中表達(dá)的條件下使所述植物生長(zhǎng)。
70.面團(tuán)、面包或烘焙產(chǎn)品和/或面團(tuán)、面包或烘焙產(chǎn)品前體，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性， 例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例 如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中 任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或 其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒。
71.飲料和飲料前體，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活 性的多肽，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包 含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混 合物或雞尾酒。
72.飲料生產(chǎn)的方法，包括將至少一個(gè)多肽——所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶 活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活 性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序 列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段， 或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒——施用到飲料或飲料前體，其中任選地，所述飲料或飲料前體是麥芽汁或啤酒。
73.飼料、食品、食品或飼料添加劑、食品或飼料補(bǔ)充物、或食物助劑或食物補(bǔ)充物，其 包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/ 或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽，其中所述多肽包 含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一 項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中任選地，其中任選地所述飼料、食品、食品或飼料添加劑、食品或飼料補(bǔ)充物、或食 物助劑進(jìn)一步包含選自如下的載體谷物胚芽，無油谷物胚芽、干草、紫花苜蓿、梯牧草、大 豆殼、向日葵花籽粕和小麥次粉，并且任選地，所述載體可包含無油谷物胚芽，或者任選地所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例 如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶被糖基化，以在 壓丸條件下提供熱穩(wěn)定性，并且任選地所述輸送基質(zhì)通過對(duì)含有谷物胚芽和轉(zhuǎn)移酶，例如 轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的混 合物進(jìn)行壓丸而形成，并且任選地所述壓丸條件包括蒸汽的應(yīng)用，并且任選地所述壓丸條 件包括應(yīng)用超過約80°C的溫度約5分鐘并且所述酶保持每毫克酶至少350到大約900單位 的比活性。
74.細(xì)粒、小球或顆粒，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移 酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶 活性的多肽，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由 包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶 混合物或雞尾酒，其中任選地，所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如 脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶是熱穩(wěn)定的。
75.清潔組合物，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性 或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的 多肽，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán) 利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物 或雞尾酒，其中任選地，所述清潔組合物是洗滌劑、消毒劑或清潔劑，或者其中任選地，所述清潔 組合物用于清潔織物、洗盤碗、洗衣服、口腔清潔、假牙清潔和隱形眼鏡。
76.制藥(藥物)組合物，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn) 移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫 酶活性的多肽，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽 由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的 酶混合物或雞尾酒。
77.處理木材、木制品、紙、紙制品、漿、漿制品、廢紙或紙?jiān)偕M合物的方法，所述方法 包括用具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω-轉(zhuǎn)氨酶活性， 和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的多肽與所述木材、木 制品、紙、紙制品、漿、漿制品、廢紙或紙?jiān)偕M合物接觸，其中所述多肽包含權(quán)利要求21至 30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編 碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中任選地，所述處理包括減少或溶解木質(zhì)素(去木質(zhì)素作用)、漂白或脫色和/或脫m蠻O
78.生物質(zhì)、木材、木漿、木制品、紙漿、紙制品、報(bào)紙或廢紙，其包含具有權(quán)利要求21至 30中任一項(xiàng)的氨基酸序列的多肽，或者由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼 的多肽，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒。
79.織物、紗、布料或紡織品，其包含具有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列的多 肽，或者由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼的多肽，或其酶促活性片段，或 權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中任選地，所述織物、紗、布料或紡織品包括非棉纖維素織物、紗、布料或紡織品。
80.處理有機(jī)物質(zhì)的方法，其包括(a)提供至少一種多肽——所述多肽具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性，具有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶， 例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶由包含權(quán)利 要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或 雞尾酒；(b)提供有機(jī)物質(zhì)；和(c)使(b)的有機(jī)物質(zhì)與步驟(a)的多肽接觸，其中任選地，所述有機(jī)物質(zhì)是生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿，并且其中任選地，所述生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿包括軟木和硬 木，或者所述木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿源自軟木和硬木。
81.包含有機(jī)物質(zhì)的組合物，所述有機(jī)物質(zhì)包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例 如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如 d-氨基酸脫氫酶活性的多肽，其中所述多肽具有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列， 或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，或其酶促活性片段，或權(quán) 利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中任選地，所述有機(jī)物質(zhì)是生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿，并且其中任選地，所述生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿包括軟木和硬木，或者所述木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿源自軟木和硬木。
82.制造醇的方法，包括使有機(jī)物質(zhì)與具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基 酸轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸 脫氫酶活性的多肽或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒接觸，其中所述 多肽具有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6 中任一項(xiàng)的序列的核酸編碼，其中任選地，所述有機(jī)物質(zhì)是生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿，并且其中任選地，所述生物質(zhì)、木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿包括軟木和硬 木，或者所述木材、木漿、牛皮紙漿、紙、紙制品或紙漿源自軟木和硬木，并且任選地所述方法進(jìn)一步包括發(fā)酵，并且任選地所述醇是或包括乙醇。
83.組合物，其包含醇和具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性 或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性的 多肽，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中所述多肽具有權(quán)利要 求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序列 的核酸編碼，并且任選地所述醇是或包括乙醇。
84.廢物處理溶液，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活 性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性 的多肽，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中所述多肽具有權(quán)利 要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的序 列的核酸編碼。
85.口香糖、止咳糖或糖果，其包含具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸 轉(zhuǎn)移酶活性或ω -轉(zhuǎn)氨酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫 氫酶活性的多肽，或其酶促活性片段，或權(quán)利要求88的酶混合物或雞尾酒，其中所述多肽 具有權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列，或者所述多肽由包含權(quán)利要求1至6中任 一項(xiàng)的序列的核酸編碼。
86.嵌合轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶， 例如d-氨基酸脫氫酶，其包含(a)，權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列和至少一個(gè)異 源結(jié)合結(jié)構(gòu)域；或(b)，(a)的嵌合轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶或ω-轉(zhuǎn)氨酶 活性，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶，其中任選地所述結(jié)合結(jié)構(gòu)域 包括NAD、NAD (P)、鈣、硫胺素、FAD、鋅、DNA和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域。
87.設(shè)計(jì)具有新的結(jié)合特異性或提高的結(jié)合特異性的嵌合糖苷酶、轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨 酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨基酸脫氫酶的方法， 其包括將異源或另外的內(nèi)源結(jié)合結(jié)構(gòu)域插入到糖苷酶中，其中所述結(jié)合模塊包括權(quán)利要求 21至30中任一項(xiàng)的氨基酸序列的結(jié)合子序列，或包含NAD、NAD⑵、鈣、硫胺素、FAD、鋅、DNA 和/或硫辛酰結(jié)合結(jié)構(gòu)域的結(jié)合子序列。
88.酶混合物或“雞尾酒”，其包含(a)，至少一種權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的酶和一 種或更多種其它酶；(b)，(a)的酶混合物或雞尾酒，其中所述一種或更多種其它酶是另一種轉(zhuǎn)移酶，例如轉(zhuǎn)氨酶，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶，和/或氧化還原酶，例如脫氫酶，例如d-氨 基酸脫氫酶，甘露聚糖酶和/或葡聚糖酶、纖維素酶、脂肪酶、酯酶、蛋白酶或內(nèi)糖苷酶、 內(nèi)-β -1，4-葡聚糖酶、β -葡聚糖酶、內(nèi)_ β -1，3 (4)-葡聚糖酶、角質(zhì)酶、過氧化物酶、過氧 化氫酶、漆酶、淀粉酶、葡萄糖淀粉酶、果膠酶、消旋酶、表異構(gòu)酶、異構(gòu)酶、氧化還原酶、還原 酶、氧化酶、酚氧化酶、木質(zhì)素酶、支鏈淀粉酶、阿拉伯樹膠酶、半纖維素酶、甘露聚糖酶、木 葡聚糖酶、木聚糖酶、甘露聚糖酶和/或葡聚糖酶、果膠乙?；ッ?、鼠李糖半乳糖醛酸聚 糖乙酰酯酶、聚半乳糖醛酸酶、鼠李糖半乳糖醛酸聚糖酶、半乳聚糖酶、果膠裂解酶、果膠甲 基酯酶、纖維二糖水解酶和/或轉(zhuǎn)谷氨酰胺酶。
89.液體組合物，其包含(a)，醇和權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽，或權(quán)利要求88 的酶混合物或雞尾酒；(b)，(a)的液體組合物，其中所述醇是或包括乙醇、丙醇、丁醇和/或 甲醇；(c)，(a)或(b)的液體組合物，其包括燃料、生物燃料、生物柴油、合成的液體或氣體 或合成氣或包含在燃料、生物燃料、生物柴油、合成的液體或氣體或合成氣中。
90.制備丙酮酸和/或D-谷氨酸的方法，其包括(a)提供D-丙氨酸和2-氧化戊二酸；(b)提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的多肽；和(c)在其中所述多肽催化反應(yīng)D-丙氨酸+2-氧化戊二酸<= >丙酮酸+D-谷氨酸的 條件下將(b)的多肽與D-丙氨酸+2-氧化戊二酸接觸。
91.制備2-含氧酸的方法，其包括⑴，(a)提供D-氨基酸+H2O+受體；(b)提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的轉(zhuǎn)氨酶多肽；和(c)在其中所述多肽催化反應(yīng)D-氨基酸+H2O+受體<=> 2-含氧酸+NH3+還原的受 體的條件下將(b)的多肽與D-氨基酸+H2O+受體接觸；或(ii)，(i)的方法，其中所述受體是苯醌；(iii)，( )的方法，其中所述苯醌是1，2-苯醌或1，4-苯醌或泛醌、泛癸利酮或輔酶Q0
92.將氨基從氨基酸轉(zhuǎn)移至α-酮酸的方法，其包括⑴，(a)，提供氨基酸;(b)，提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的轉(zhuǎn)氨酶多肽；和(c)，在其中所述多肽催化將氨基酸轉(zhuǎn)化成α-酮酸的條件下使(b)的多肽與所述氨基 酸接觸；或(ii)，(i)的方法，其中所述轉(zhuǎn)氨酶活性包括催化將外消旋氨基酸混合物轉(zhuǎn)化成基本上 光學(xué)純的α-酮酸。
93.從α-酮酸轉(zhuǎn)移制備氨基酸的方法，其包括⑴，(a)，提供α-酮酸;(b)，提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的轉(zhuǎn)氨酶多肽；和(c)，在其中所述多肽催化將α-酮酸轉(zhuǎn)化成氨基酸的條件下使(b)的多肽與α-酮酸 接觸；(ii)，(i)的方法，其中所述轉(zhuǎn)氨酶活性包括催化將外消旋α-酮類混合物轉(zhuǎn)化成基本 上光學(xué)純的D-或L-氨基酸；或(iii)，(i)或(ii)的方法，其中丁酮二酸被轉(zhuǎn)化成天冬氨酸，或α-酮戊二酸被轉(zhuǎn)化 成戊二酸，或α-酮異戊酸被轉(zhuǎn)化成L-纈氨酸；或所述轉(zhuǎn)氨酶活性是ω轉(zhuǎn)氨酶活性，其將 異丁胺轉(zhuǎn)化成異丁醛。
94.催化將胺轉(zhuǎn)化成酮的方法，其包括⑴，(a)，提供胺;(b)，提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的轉(zhuǎn)氨酶多肽；和(c)，在其中所述多肽催化將胺轉(zhuǎn)化成酮的條件下使(b)的多肽與胺接觸，其中所述胺 不在色氨酸中或不來自色氨酸(假定第二氨基酸不是色氨酸，或者假定所述胺不在色氨酸 中或不來自色氨酸)；(ii),(i)的方法，其中所述轉(zhuǎn)氨酶活性包括催化將手性胺轉(zhuǎn)化成酮；或(iii),(i)或(ii)的方法，其中所述胺是ω-胺。
95.催化氨基酸合成的方法，其包括(i)，(a)，提供氨基酸和酮酸，其中所述氨基酸不是色氨酸；(b)，提供權(quán)利要求21至30中任一項(xiàng)的轉(zhuǎn)氨酶多肽；和(c)，在其中產(chǎn)生第二氨基酸和丙酮酸的條件下將(b)的多肽與所述氨基酸和酮酸接 觸，其中所述第二氨基酸不是色氨酸(假定第二氨基酸不是色氨酸)；或(ii)，(i)的方法，其進(jìn)一步包括在適于產(chǎn)生不與轉(zhuǎn)氨酶反應(yīng)的化合物的條件下使所述 丙酮酸與乙酰乳酸合酶反應(yīng)；(iii)，(ii)的方法，其中所述不與轉(zhuǎn)氨酶反應(yīng)的化合物是乙酰乳酸或3-羥基丁酮；或 者，第一氨基酸是丙氨酸或L-天冬氨酸，或者所述酮酸是2-丁酮酸或三甲基丙酮酸；或者， 所述第二氨基酸是2-氨基丁酸或叔亮氨酸。
全文摘要
本發(fā)明一般涉及酶、編碼酶的多核苷酸、這些多核苷酸和多肽的應(yīng)用，以及更具體而言，涉及這樣的酶所述酶具有轉(zhuǎn)移酶活性，例如轉(zhuǎn)氨酶活性，例如d-氨基酸轉(zhuǎn)移酶活性，和/或氧化還原酶活性，例如脫氫酶活性，例如d-氨基酸脫氫酶活性，和/或催化化學(xué)基團(tuán)的轉(zhuǎn)移，催化轉(zhuǎn)氨作用，催化下列反應(yīng)D-丙氨酸+2-氧化戊二酸＜＝＞丙酮酸+D-谷氨酸，和/或催化氧化還原反應(yīng)，催化氫原子的去除，和/或催化下列反應(yīng)D-氨基酸+H2O+受體＜＝＞2-含氧酸+NH3+還原的受體。因此，本發(fā)明提供用于產(chǎn)生包括根據(jù)本發(fā)明所述的多肽或多核苷酸的制藥(藥物)組合物、制藥(藥物)中間體、抗生素、甜味劑、肽酶、肽類激素、燃料、燃料添加劑組合物、食品和食品添加劑、飲料和飲料添加劑、飼料和飼料添加劑、藥物和藥物添加劑、食物補(bǔ)充物、紡織品、木材、紙、漿和清潔劑的酶、方法。
文檔編號(hào)C12N9/02GK101965397SQ200880127771
公開日2011年2月2日 申請(qǐng)日期2008年12月31日 優(yōu)先權(quán)日2008年1月3日
發(fā)明者A·布埃諾, D·威納, E·馬拉斯科, J·昆卡, P·路金布厄 申請(qǐng)人:維萊尼姆公司