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在acs2基因中具有非轉(zhuǎn)基因改變的番茄植物的制作方法_3

文檔序號(hào):9220597閱讀:來源:國(guó)知局
番 前(S. chmielewskii)、小花番前(S. neorickii = L. parviflorum)、契斯曼尼番前 (S. cheesmaniae)、多腺番前(S. galapagense)、細(xì)葉番前(S. pimpinellifolium)、智利 番前(S. chilense)、S. corneliomulleri、多毛番前(S. habrochaites = L. hirsutum)、 S. huaylasense、赤前(S. sisymbriifolium)、秘魯番前(S. peruvianum)、多毛番前 (S. hirsutum)或潘那利番前(S.pennellii)。
[0070] 本文中的"平均"是指算數(shù)平均值。
[0071] 序列表說明
[0072] SEQ ID NO: 1示出了從基于NCBI參考序列NM_001247249. 1的mRNA獲得的 番前野生型、完全功能性ACS2蛋白序列:http://www. ncbi. nlm. nih. gov/nuccore/ NM 001247249。
[0073] SEQ ID NO: 2示出了番茄突變體783acs2蛋白序列。
[0074] SEQ ID N0:3示出了番茄突變體2145acs2蛋白序列。
[0075] SEQ ID N0:4示出了番茄突變體2714acs2蛋白序列。
[0076] SEQ ID NO: 5示出了番茄突變體3793acs2蛋白序列。
[0077] SEQ ID N0:6示出了番茄突變體4946acs2蛋白序列。
[0078] SEQ ID N0:7示出了番茄突變體7871acs2蛋白序列。
[0079] SEQ ID N0:8示出了番茄突變體8185acs2蛋白序列。
[0080] SEQ ID NO:9示出了基于番茄成熟相關(guān)ACC合酶2 (ACS2)mRNA的NCBI參考序列 NM 001247249. I (http://www. ncbi. nlm. nih. gov/nuccore/NM 001247249)的番前野生型 Acs2cDNA〇
[0081] SEQ ID勵(lì):10示出了番茄突變體783&。82。0嫩。
[0082] SEQ ID N0:11 示出了番茄突變體 2145acs2cDNA〇
[0083] SEQ ID勵(lì):12示出了番茄突變體2714&。82。0嫩。
[0084] SEQ ID勵(lì):13示出了番茄突變體3793&。82。0嫩。
[0085] SEQ ID勵(lì):14示出了番茄突變體4946&。82。0嫩。
[0086] SEQ ID勵(lì):15示出了番茄突變體7871&。82。0嫩。
[0087] SEQ ID勵(lì):16示出了番茄突變體8185&。82。0嫩。
[0088] SEQ ID NO: 17 不出了從 solgenomics 網(wǎng)站(http: //solgenomics. net:序列 IX sl2. 40ch01:78217541-78213542)獲得的番茄野生型Acs2基因組DNA。本文所述的外顯子 的位置來自此序列。
[0089] SEQ ID NO: 18示出了 SEQ ID N0:2中所表示的番茄突變體783acs2蛋白序列的第 58位到且包含第154位氨基酸。
[0090] SEQ ID NO: 19示出了 SEQ ID NO:3中所表示的番茄突變體2145acs2蛋白序列的 第58位到且包含第154位氨基酸。
[0091] SEQ ID N0:20示出了 SEQ ID N0:4中所表示的番茄突變體2714acs2蛋白序列的 第58位到且包含第154位氨基酸。
[0092] SEQ ID N0:21示出了 SEQ ID N0:5中所表示的番茄突變體3793acs2蛋白序列的 第58位到且包含第154位氨基酸。
[0093] SEQ ID NO:22示出了 SEQ ID NO:6中所表示的番茄突變體4946acs2蛋白序列的 第58位到且包含第154位氨基酸。
[0094] SEQ ID NO:23示出了 SEQ ID NO:7中所表示的番茄突變體787lacs2蛋白序列的 第184位到且包含第297位氨基酸。
[0095] SEQ ID NO: 24示出了 SEQ ID NO:8中所表示的番茄突變體8185acs2蛋白序列的 第58位到且包含第154位氨基酸。
【附圖說明】
[0096] 圖I :在粉紅期和紅熟期以nV(h · g)(也寫作nl · IT1 · g_1)測(cè)量的各種acs2突 變體的番前果實(shí)的乙稀釋放。Tapa是野生型(Acs2/Acs2)食物。
[0097] 圖2 :本圖示出了處于紅熟期的果實(shí)的百分比,其是在野生型對(duì)照果實(shí)開始進(jìn)入 破色期[在第一天,野生型的第一顆果實(shí)處于破色期]后的不同天數(shù)時(shí)確定的。突變植物 的果實(shí)(用突變體編號(hào)表示)是特定的acs2突變純合型(acs2/a CS2)。
[0098] 圖3 :SEQ ID NO: 1-8的比對(duì)。以加粗并加下劃線描述所述突變。
[0099] 圖4 :突變體8185 (8185HO)和野生型(wt ;即Tapa)每cm果實(shí)的果實(shí)直徑減少 lmm(10%)所需的平均硬度,以牛頓[N]為單位。在收獲后第0天(紅熟期,收獲當(dāng)天)和 第7、14和21天重復(fù)測(cè)量相同的果實(shí)。
[0100] 圖5 :野生型Acs4氨基酸序列與6種acs4突變體(突變體2477、突變體4043、突 變體4222、突變體4303、突變體4691和突變體5251)的氨基酸序列比對(duì)。還描繪了 Acs4 的小和大結(jié)構(gòu)域(淺灰),以及所述突變(加粗并加下劃線)。
【具體實(shí)施方式】
[0101] 本發(fā)明公開了包含具有一個(gè)或多個(gè)突變的acs2等位基因的番茄種的栽培植物, 所述突變導(dǎo)致產(chǎn)生與野生型Acs2蛋白相比功能喪失和/或功能降低的突變acs2蛋白。
[0102] 在一方面,本發(fā)明涉及包含具有一個(gè)或多個(gè)突變的acs2等位基因的番茄種的栽 培植物和/或其部分(例如果實(shí)),所述突變導(dǎo)致產(chǎn)生與野生型Acs2蛋白相比功能喪失或 功能降低的突變acs2蛋白,其中與野生型完全功能性Acs2等位基因(編碼SEQ ID N0:1 的功能性Acs2蛋白或功能性變體)純合型(Acs2/Acs2)的番前植物相比,所述一個(gè)或多個(gè) 突變導(dǎo)致降低的乙烯產(chǎn)生和/或延遲的果實(shí)成熟和/或更長(zhǎng)的貯藏期。
[0103] 編碼SEQ ID NO: 1的蛋白的番前植物例如記載于Kamiyoshihara Y, et al. in Plant J. 2010Vol64(l)ppl40-50中;番茄中創(chuàng)傷誘導(dǎo)的1-氨基環(huán)丙烷-1-羧酸合酶 LeACS2的周轉(zhuǎn)(turnover)是由磷酸化/去磷酸化調(diào)控的。
[0104] 在一方面,本發(fā)明涉及包含具有一個(gè)或多個(gè)突變的acs2等位基因的番茄種的栽 培植物和/或其部分(例如果實(shí)或種子),所述突變導(dǎo)致突變acs2蛋白的產(chǎn)生,其中所述 突變acs2蛋白具有一個(gè)或多個(gè)選自SEQ ID NO: 1的野生型acs2蛋白或其功能性變體中 A101T、A101V、A103T、G112R、P118L、V147E和C265Y的氨基酸改變。所述功能性變體是與 SEQ ID NO: 1具有至少85%的序列同一性的野生型Acs2蛋白;并且任選地其中所述突變導(dǎo) 致產(chǎn)生與野生型Acs2蛋白相比功能喪失或功能降低的突變acs2蛋白。
[0105] 在另一方面,本發(fā)明涉及本發(fā)明的植物,其中所述突變acs2蛋白包含SEQ ID NO: 1 的第58位到且包含第154位氨基酸和/或第184位到且包含第297位氨基酸,并且其中所 述突變 acs2 蛋白具有一個(gè)或多個(gè)選自 SEQ ID N0:1 的 A101T、A101V、A103T、G112R、P118L、 V147E和C265Y的氨基酸改變。
[0106] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含具有一個(gè)或多個(gè)突變的acs2等位基因的番茄種的 栽培植物和/或其部分(例如果實(shí)或種子),其中由所述等位基因編碼的所述突變acs2蛋 白具有一個(gè)或多個(gè)選自SEQ ID N0:1或SEQ ID N0:1的野生型變體的A101T、A101V、A103T、 G112R、P118L、V147E和C265Y的氨基酸改變,所述SEQ ID N0:1的野生型變體與SEQ ID NO: 1具有至少85%的氨基酸序列同一性。
[0107] 在另一方面,本發(fā)明涉及突變acs2蛋白,其具有一個(gè)或多個(gè)選自SEQ ID NO: 1或 SEQ ID NO: 1 的野生型變體的 A101T、A101V、A103T、G112R、P118L、V147E 和 C265Y 的氨基 酸改變,所述SEQ ID NO: 1的野生型變體與SEQ ID NO: 1具有至少85%的氨基酸序列同一 性。所述突變acs2蛋白優(yōu)選地為番前acs2蛋白。
[0108] 在另一方面,本發(fā)明涉及本發(fā)明的植物,其中與野生型完全功能性Acs2等位基因 (編碼SEQ ID N0:1的功能性Acs2蛋白或其功能性變體)純合型(Acs2/ACS2)的番茄植物 相比,所述突變導(dǎo)致降低的乙烯產(chǎn)生和/或延遲的果實(shí)成熟和/或更長(zhǎng)的貯藏期。在另一 方面,與編碼SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 1的野生型變體(與SEQ ID NO: 1具有至少85% 的氨基酸序列同一性)的蛋白的野生型Acs2等位基因純合型番茄相比,本發(fā)明的植物中的 突變導(dǎo)致降低的乙烯產(chǎn)生。
[0109] 在另一方面,與野生型Acs2等位基因純合型番茄相比,本發(fā)明的植物中的一個(gè)或 多個(gè)突變導(dǎo)致延遲的果實(shí)成熟和/或更長(zhǎng)的貯藏期。
[0110] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含具有一個(gè)或多個(gè)突變的acs2等位基因的番茄種的 栽培植物和/或其部分(例如果實(shí)),所述突變導(dǎo)致突變acs2蛋白的產(chǎn)生,其中所述突變 acs2蛋白具有一個(gè)或多個(gè)選自SEQ ID N0:1或其變體中的A101T、A101V、A103T、G112R、 P118L、V147E和C265Y的氨基酸改變,并且其中所述一個(gè)或多個(gè)突變導(dǎo)致產(chǎn)生與野生型 Acs2蛋白(或野生型變體)相比功能喪失或功能降低的突變acs2蛋白,由此所述植物的果 實(shí)確實(shí)成熟到紅熟期(優(yōu)選地比編碼完全功能性Acs2蛋白(或野生型變體)的野生型等 位基因純合型的植物更慢)。
[0111] 在一方面,所述植物是編碼突變acs2蛋白的等位基因純合型的。
[0112] 在另一個(gè)實(shí)施方案中,這類突變acs2等位基因來源自栽培的番茄(例如育種系、 品種或傳統(tǒng)品種)或番茄的野生近緣種和/或在其中產(chǎn)生。這種人工誘導(dǎo)的突變可以例如 使用EP1963505中描述的定向誘變來誘導(dǎo)。隨后,番茄的野生近緣種中產(chǎn)生的突變acs2等 位基因可以很容易地通過育種轉(zhuǎn)入栽培的番茄中。
[0113] 在另一方面,本發(fā)明涉及與野生型(Acs2/ACS2)植物相比具有降低的乙烯產(chǎn)生和 /或延遲的成熟和/或更長(zhǎng)的貯藏期的本發(fā)明的植物,這是由于所述植物含有編碼功能喪 失的acs2蛋白或功能降低的acs2蛋白的內(nèi)源性acs2等位基因,所述功能喪失的acs2蛋 白或功能降低的acs2蛋白與SEQ ID N0:2或與SEQ ID N0:3或與SEQ ID N0:4或與SEQ ID N0:5或與SEQ ID N0:6或與SEQ ID N0:7或與SEQ ID N0:8具有基本序列同一性。
[0114] 在一個(gè)具體方面中,本發(fā)明涉及含有acs2等位基因的栽培的番茄植物,所述acs2 等位基因以一個(gè)或兩個(gè)拷貝(即以純合或雜合的形式)存在于并且可來源自或可獲得自 (或者已來源自或已獲得自)以登錄號(hào)NCMB 42032、NCMB 42033、NCIMB 42035、NCMB 42036、NCMB 42040、NCMB 42042或NCMB 42043保藏的種子。在雜合的形式中,另一個(gè)等 位基因可以是野生型Acs2等位基因或另一個(gè)突變acs2等位基因,例如來自本文所提供的 其他突變體中的任何一個(gè),或是編碼本文所述的功能喪失的acs2蛋白或功能降低的acs2 蛋白的任何其他突變acs2等位基因。因此,在雜合的形式中,所述另一個(gè)等位基因可以是 功能降低或功能喪失的acs2等位基因。
[0115] 在另一方面,本發(fā)明涉及內(nèi)源性acs2等位基因,或涉及由其編碼的功能喪失的 acs2蛋白或功能降低的acs2蛋白,所述蛋白包含與SEQ.IDN0:18或與SEQ.IDN0:19或 與 SEQ. ID N0:20 或與 SEQ. ID N0:21 或與 SEQ. ID N0:22 或與 SEQ. ID N0:23 或與 SEQ. ID NO:24具有基本序列同一性的氨基酸序列。
[0116] 在另一方面,本發(fā)明涉及內(nèi)源性acs2等位基因,或涉及由其編碼的功能喪失的 acs2蛋白或功能降低的acs2蛋白,所述蛋白與SEQ.IDN0:2或與SEQ.IDN0:3或與SEQ.ID NO: 4 或與 SEQ. ID NO: 5 或與 SEQ. ID NO: 6 或與 SEQ. ID NO: 7 或與 SEQ. ID NO: 8 具有基本序 列同一性,所述序列分別存在于并且可來源自或可獲得自(或者已來源自或已獲得自)以 登錄號(hào) NCMB 42032、NCMB 42033、NCMB42035、NCMB 42036、NCMB 42040、NCMB 42042 或NCMB 42043保藏的種子。
[0117] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含編碼acs2蛋白的內(nèi)源性acs2等位基因的本發(fā)明的 番茄植物或植物部分,所述acs2蛋白與SEQ ID NO: 2或與SEQ ID NO: 3或與SEQ ID NO:4 或與 SEQ ID N0:5 或與 SEQ ID N0:6 或與 SEQ ID N0:7 或與 SEQ ID N0:8 具有 100%序列 同一性。
[0118] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含編碼acs2蛋白的內(nèi)源性acs2等位基因的番茄植物 或植物部分,其中所述蛋白包含與SEQ. ID NO: 18或與SEQ. ID NO: 19或與SEQ. ID NO: 20或 與 SEQ. ID NO: 21 或與 SEQ. ID NO: 22 或與 SEQ. ID NO: 23 或與 SEQ. ID NO: 24 具有基本序列 同一性的部分;優(yōu)選地,其中所述蛋白包含與SEQ. ID NO: 18或與SEQ. ID NO: 19或與SEQ. ID NO: 20 或與 SEQ. ID NO: 21 或與 SEQ. ID NO: 22 或與 SEQ. ID NO: 23 或與 SEQ. ID NO: 24 具有 100%序列同一性的部分。
[0119] 本發(fā)明還涉及包含編碼cDNA(mRNA)的內(nèi)源性acs2基因的番茄種子、植物和植 物部分,所述cDNA(mRNA)與SEQ ID N0:9具有基本序列同一性的并且在所述內(nèi)源性acs2 基因中具有至少一個(gè)非轉(zhuǎn)基因突變,其中所述突變導(dǎo)致選自野生型Acs2蛋白的AlalOl、 Alal03、Glyll2、Proll8、Vall47和Cys265的氨基酸置換,例如,其中所述突變導(dǎo)致選自 Alal01Thr、Alal01Val、Alal03Thr、Glyll2Arg、Proll8Leu、Vall47Glu 和 Cys265Tyr。
[0120] 在另一方面,本發(fā)明涉及本發(fā)明的番茄種子、植物和植物部分,其中所述至少一種 非轉(zhuǎn)基因突變導(dǎo)致產(chǎn)生與野生型Acs2蛋白相比功能喪失或活性降低的突變Acs2蛋白。優(yōu) 選地,與編碼SEQ. ID NO: 1或其功能性變體的蛋白的功能性野生型Acs2等位基因純合型的 番茄相比,所述突變導(dǎo)致降低的乙烯產(chǎn)生和/或更慢的果實(shí)成熟和/或更長(zhǎng)的貯藏期。本文 中任何位置中所述的突變可以是人工誘導(dǎo)或者其可以是天然的突變。所述植物優(yōu)選地為栽 培的番茄植物。在另一個(gè)實(shí)施方案中,所述突變選自SEQ. ID N0:9的G307A、G334A、C353T、 C302T、G301A、G794A 和 T440A。
[0121] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含內(nèi)源性突變acs2基因的番茄種子、植物和植物部 分,其中所述非轉(zhuǎn)基因突變?cè)谟蒩cs2基因編碼并且通過acs2基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯產(chǎn)生的 acs2蛋白中產(chǎn)生氨基酸改變,其中所述氨基酸改變選自SEQ. ID N0:1或者與SEQ. ID N0:1 具有至少85%氨基酸序列同一性的SEQ. ID N0:1的功能性變體的A101T、A101V、A103T、 G112R、P118L、V147E 和 C265Y。
[0122] 在另一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:2具有基本序列同一性的acs2蛋白。在另 一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:3具有基本序列同一性的acs2蛋白。在另一方面,本發(fā) 明涉及與SEQ ID N0:4具有基本序列同一性的acs2蛋白。在另一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:5具有基本序列同一性的acs2蛋白。在另一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:6具有 基本序列同一性的acs2蛋白。在另一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:7具有基本序列同一 性的acs2蛋白。在另一方面,本發(fā)明涉及與SEQ ID N0:8具有基本序列同一性的acs2蛋 白。本發(fā)明還涉及含有編碼這些蛋白質(zhì)的核苷酸序列的番茄種子、植物和植物部分。
[0123] 在另一方面,本發(fā)明涉及本發(fā)明的植物的番茄果實(shí)、種子、花粉、植物部分和/或 后代。優(yōu)選地,本發(fā)明涉及本發(fā)明的植物的果實(shí)或種子。更優(yōu)選地,本發(fā)明涉及具有延遲的 成熟和/或增加的收獲后貯藏期的番茄果實(shí),所述延遲的成熟和/或增加的收獲后貯藏期 是由至少一個(gè)acs2等位基因中的非轉(zhuǎn)基因突變引起的,如本文別處所述的。
[0124] 在另一方面,本發(fā)明涉及包含acs2蛋白的本發(fā)明的植物的番茄果實(shí)、種子、花粉、 植物部分和/或后代,所述acs2蛋白具有一個(gè)或多個(gè)選自野生型Acs2蛋白中的A101T、 A101V、A103T、G112R、P118L、V147E 和 C265Y 的氨基酸改變,所述蛋白與 SEQ ID N0:1 具有 至少85%的氨基酸序列同一性。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本發(fā)明涉及本發(fā)明的這類植物的果 實(shí)或種子。在另一個(gè)實(shí)施方案中,本發(fā)明涉及具有延遲的成熟和/或增加的收獲后貯藏期 的番茄果實(shí),所述延遲的成熟和/或增加的收獲后貯藏期是由至少一個(gè)acs2等位基因中的 非轉(zhuǎn)基因突變引起的,如本文別處所述的。
[0125] 在一方面,本發(fā)明番茄植物具有延遲的破色期,意指本發(fā)明突變體的第一果實(shí)和/ 或所有果實(shí)與野生型Acs2/Acs2對(duì)照(例如TAPA,TPAADASU或Pusa Sheetal)相比需要顯 著更多的天數(shù)(例如多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10天或更多天)來進(jìn)入破色期。
[0126] 在另一
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