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一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法與流程

文檔序號:12467414閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,包括步驟:

步驟A、采用第三代測序平臺對放線菌進行建庫測序;

步驟B、采用第二代測序平臺對放線菌進行建庫測序;

步驟C、對第三代測序平臺的下機數(shù)據(jù)進行拼接;

步驟D、對第二代測序平臺的下機數(shù)據(jù)進行拼接;

步驟E、對兩個平臺的拼接結(jié)果進行共線性分析以得到各序列之間的連接關(guān)系,依賴該連接關(guān)系對序列進行連接;

步驟F、利用第二代測序平臺下機數(shù)據(jù)對連接結(jié)果進行校正。

2.如權(quán)利要求1所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟A中,所述第三代測序平臺為PacBio RSⅡ。

3.如權(quán)利要求2所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟B中,所述第二代測序平臺為Illumina MiSeq。

4.如權(quán)利要求3所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟C中,所述拼接軟件為SMRT Analysis。

5.如權(quán)利要求4所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟D中,所述拼接軟件為Newbler。

6.如權(quán)利要求5所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟E中,共線性分析軟件為MUMMER。

7.如權(quán)利要求6所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法,其特征在于,所述步驟F中,所述序列校正軟件為pilon。

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