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一種基于螢火蟲算法的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測從頭方法與流程

文檔序號:12271991閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種基于螢火蟲算法的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測從頭方法,其特征在于:所述方法包括以下步驟:

1)給定輸入序列信息;

2)參數(shù)初始化:設(shè)置群體規(guī)模popSize,迭代次數(shù)generation,光強(qiáng)吸引因子γ,位置更新步長因子α;

3)群體構(gòu)象初始化:根據(jù)給定輸入序列,隨機(jī)生成popSize個個體,對群體中的每個個體做length次片段組裝,并計算其熒光亮度Io,其中l(wèi)ength為序列長度,Io=-E,E為通過RosettaSscore3能量函數(shù)計算得到的蛋白質(zhì)構(gòu)象能量值;

4)對步驟3)中計算的熒光亮度從大到小排序,令熒光亮度最大的個體為pg;

5)開始迭代:

5.1)對群體中的每個個體,計算pg對它的吸引度β;

5.2)根據(jù)xi(t+1)=xi(t)+β(xj(t)–xi(t))+α(rand–0.5)更新每個個體在空間中的位置,其中xi(t+1),xi(t)表示個體pi更新后的位置和當(dāng)前的位置,xj(t)表示個體pg的當(dāng)前位置,其中β0為最大吸引度因子,rij表示個體pi與pg之間的距離,rand為0到1之間的隨機(jī)數(shù),群體中每個個體的位置xi(t)表示為為輸入序列的氨基酸殘基的二面角,L為片段長度;

5.3)對群體中的每個個體進(jìn)行L次隨機(jī)片段組裝,完成群體隨機(jī)擺動;

5.4)重新計算每個個體的熒光亮度,更新pg;

6)判斷是否達(dá)到最大迭代次數(shù)generation;

6.1)若當(dāng)前迭代次數(shù)小于generation,返回步驟5.1);

6.2)若當(dāng)前迭代次數(shù)等于generation,結(jié)束。

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