0066] 圖9是展示通過用DD3C部分肽刺激進(jìn)行的IFN- γ制造的圖(實(shí)施例5)。
[0067] 圖10是展示通過用DD3C部分肽刺激進(jìn)行的IFN- γ制造的圖(實(shí)施例6)。
[0068] 圖11是展示經(jīng)接種小鼠的腫瘤生長曲線的圖(B)(實(shí)施例7)。
[0069] 圖12顯示了⑶133表達(dá)的流式細(xì)胞分析結(jié)果的圖(實(shí)施例8)。
[0070] 圖13顯示了使用針對DDX3X和β -肌動(dòng)蛋白的抗體從腫瘤細(xì)胞獲得的免疫印跡 (實(shí)施例8)。
[0071] 圖14顯示了在細(xì)胞損傷修復(fù)實(shí)驗(yàn)的損傷修復(fù)過程中拍攝的照片(實(shí)施例9)。
[0072] 圖15顯示了拍攝來檢查球狀體形成的球狀體(spheroid)照片(實(shí)施例11)。
【具體實(shí)施方式】
[0073] 在本文中使用時(shí),"癌(cancer)"指細(xì)胞在生物體中異常且不受控的增殖。例子包 括實(shí)體瘤(例如,惡性腫瘤(carcinoma)和肉瘤(sarcoma))、淋巴瘤(lymphoma)和白血病 (leukemia)〇
[0074] 更具體的例子包括:
[0075] 兒童腦腫瘤,例如星形膠質(zhì)細(xì)胞瘤(astroglioma)、惡性髓母細(xì)胞瘤(malignant medulloblastoma)、生殖細(xì)胞瘤(germ cell tumor)、顏咽管瘤(craniopharyngioma)、室管 膜瘤(ependymoma);
[0076] 成人腦腫瘤,例如神經(jīng)膠質(zhì)瘤(glioma)、神經(jīng)膠質(zhì)瘤(neuroglioma)、腦膜瘤 (meningioma)、垂體腺瘤(pituitary adenoma)、神經(jīng)鞘瘤(neurilemoma);
[0077] 頭頸部癌癥,例如上頒竇癌(maxillary sinus cancer)、咽癌(pharyngeal cancer)(鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma)、中下咽癌(mesopharyngeal carcinoma)、 下咽癌(hypopharyngeal carcinoma))、喉癌(laryngeal cancer)、口腔癌(oral cancer)、 唇癌(lip cancer)、舌癌(tongue cancer)和月思腺癌(parotid cancer);
[0078] 胸部癌癥和腫瘤,例如小細(xì)胞肺癌(small cell lung cancer)、非小細(xì)胞肺癌 (non-small cell lung cancer)、胸腺瘤(thymoma)和間皮瘤(mesothelioma);
[0079] 胃腸癌和腫瘤,例如食道癌(esophageal cancer)、肝癌(liver cancer)、原發(fā) 性肝癌(primary hepatic cancer)、膽囊癌(gallbladder cancer)、膽管癌(bile duct cancer)、胃癌(stomach cancer)、大腸癌(large bowel cancer)、結(jié)腸癌(colonic cancer)、直腸癌(rectal cancer)、月工門癌(anal cancer)、膜腺癌(pancreatic cancer) 和膜腺內(nèi)分泌腫瘤(pancreatic endocrine tumor);
[0080] 泌尿器官癌癥和腫瘤,例如陰壟癌(penile cancer)、腎盂和輸尿管癌(renal pelvis and ureteral cancer)、腎細(xì)胞癌(renal cell cancer)、睪丸腫瘤(testicular tumor)、前列腺癌(prostatic cancer)、膀胱癌(bladder cancer)、腎母細(xì)胞瘤(Wilms tumor)和尿路上皮癌(urothelial cancer);
[0081] 婦科癌癥和腫瘤,例如外陰癌(vulvar cancer)、子宮頸癌(uterine cervical cancer)、子宮體癌(corpus uteri cancer)、子宮內(nèi)膜癌(endometrial cancer)、子宮肉 瘤(uterine sarcoma)、絨毛膜癌(chorionic cancer)、陰道癌(vaginal cancer)、乳腺癌 (breast cancer)、卵巢癌(ovarian cancer)和卵巢生殖細(xì)胞腫瘤(ovarian germ cell tumor);
[0082] 成人和兒童軟組織肉瘤;
[0083] 骨腫瘤,例如骨肉瘤(osteosarcoma)和尤因氏瘤(Ewing' s tumor);
[0084] 內(nèi)分泌組織癌癥和腫瘤,例如腎上腺皮質(zhì)癌(adrenocortical cancer)和甲狀腺 癌(thyroid cancer);
[0085] 惡性淋巴瘤和白血病,例如惡性淋巴瘤(malignant lymphoma)、非霍奇金淋巴瘤 (non-Hodgkin's lymphoma)、霍奇金氏?。℉odgkin's disease)、多發(fā)性骨髓瘤(multiple myeloma)、楽細(xì)胞瘤(plasmacytic tumor)、急性骨髓性白血?。╝cute myelogenous leukemia)、急性淋巴性白血病(acute lymphatic leukemia)、成人T細(xì)胞白血病淋巴 瘤(adult T cell leukemia lymphoma)、慢性髓細(xì)胞性白血?。╟hronic myelogenous leukemia)和慢性淋巴性白血病(chronic lymphatic leukemia);
[0086] 皮膚癌癥和腫瘤,如慢性骨髓增生性疾病(chronic myeloproliferative disorders)、惡性黑色素瘤(malignant melanoma)(黑色素瘤)、鱗狀細(xì)胞癌(squamous cell cancer)、基底細(xì)胞癌(basal cell cancer)和蕈樣肉芽腫(mycosis fungoides);
[0087] 以及這些腫瘤和癌癥的轉(zhuǎn)移灶。
[0088] 本發(fā)明特別適合于在例如胸部癌癥和腫瘤(例如小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌)、 皮膚癌癥和腫瘤(例如惡性黑色素瘤(黑色素瘤))以及婦科癌癥和腫瘤(例如乳腺癌) 中的應(yīng)用。
[0089] DDX3X 是連接 X 的 DEAD/H(Asp-Glu-Ala-Asp/His)盒多肽 3。
[0090] 如前文所述,該蛋白質(zhì)是ATP依賴性RNA解旋酶DEAD盒家族(DEAD盒解 旋酶)的成員,位于X染色體上。氨基酸序列已知。人DDX3X的序列(UniPiOtKB/ Swiss-Prot:000571.3)示于圖 1(SEQ ID N0:1)。
[0091] 本文中使用的所有縮寫,包括堿基序列(核苷酸序列)和核酸及氨基酸遵循 IUPAC-IUB 的規(guī)定(IUPAC-1UB communication on Biological Nomenclature, Eur. J. Biochem. , 138 ;9 (1984))、《包含堿基序列或氨基酸序列的說明書撰寫指導(dǎo)(Guidelines for the Preparation of Specification which Contains Nucleotide and/or Amino Acid Sequence)》(JPO)和本領(lǐng)域的慣用標(biāo)記法。
[0092] 除非另有指明,在本申請文件中出現(xiàn)的堿基序列以從5'至3'末端表示。
[0093] 除非另有指明,在本申請文件中出現(xiàn)的氨基酸序列以從N末端至C末端表示。
[0094] 除非另有指明,在本文中使用時(shí),"基因"包括雙鏈DNA以及單鏈DNA(正義鏈)和 具有與正義鏈互補(bǔ)的序列的單鏈DNA(反義鏈)、和它們的片段。此外,除非另有指明,本文 中術(shù)語"基因"不區(qū)分調(diào)控區(qū)域、編碼區(qū)域、外顯子和內(nèi)含子。
[0095] 在本文中使用時(shí),"核苷酸"(或"多核苷酸")具有與核酸相同的含義,包括DNA和 RNA二者。它們可以是雙鏈或單鏈的。除非另有指明,某"核苷酸"(或"多核苷酸")序列 也包括具有互補(bǔ)序列的核苷酸(或多核苷酸)。
[0096] 除非另有指明,在本文中使用時(shí),"多核苷酸"包括寡核苷酸。
[0097] 此外,除非另有指明,"核苷酸"(或"多核苷酸")包括經(jīng)修飾的核苷酸或核苷酸類 似物(例如PNA和LNA)。
[0098] 當(dāng)"核苷酸"(或"多核苷酸")是RNA時(shí),序列表的堿基中的字母"T"應(yīng)被理解為 "U"。
[0099] 除非另有指明,在本文中使用時(shí),"cDNA"包括具有與mRNA互補(bǔ)的堿基序列的單鏈 DNA (單鏈cDNA),以及單鏈cDNA和其互補(bǔ)序列的雙鏈DNA (雙鏈cDNA)。
[0100] 在本文中使用時(shí),"特異性雜交"表示:在普通雜交條件下、優(yōu)選在嚴(yán)格雜交條件 下(例如,在 Sambrook, et al. , Molecular Cloning, Cold Spring Harbour Laboratory Press,New York,USA,2nd Ed. ,1989中描述的條件下),以不與樣品中其它多核苷酸顯著雜 交的方式進(jìn)行雜交。在此類嚴(yán)格雜交條件的具體例子中,在6 X SSC、0. 5 % SDS和50 %甲酰 胺溶液中于42°C進(jìn)行加熱,接著在0.1 X SSC、0. 5% SDS溶液中于68°C進(jìn)行洗滌,之后觀察 到陽性雜交信號。
[0101] 除非另有指明,在本文中使用時(shí),"蛋白質(zhì)/蛋白"包括經(jīng)修飾的蛋白(例如,具有 糖鏈)和未經(jīng)修飾的蛋白。這也適用于不被特別指明為蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)。
[0102] 在本文中使用時(shí),來源于DDX3X或其部分肽的肽也被稱為源于DDX3X的肽。
[0103] 在本文中使用時(shí),DDX3X的部分肽(或片段)表示含有DDX3X的部分氨基酸序列 的肽。
[0104] 癌惡件稈度評估方法
[0105] 本發(fā)明的癌惡性程度評估方法包括測量癌組織中的DDX3X表達(dá)水平的步驟、和通 過使用所述DDX3X表達(dá)水平來評估癌組織的惡性程度的步驟。
[0106] 在本文中使用時(shí),"癌惡性程度"表示就臨床意義而言癌殺死宿主的快速程度。具 體地,其可被視為癌導(dǎo)致的死亡率的程度、轉(zhuǎn)移可能性、癌預(yù)后程度、或癌治療的困難程度。 [0107] 在本文中使用時(shí),"癌組織"可以例如是為了測試目的從患者收集的癌組織、通過 手術(shù)摘除的癌組織、或此類癌組織的一部分。
[0108] DDX3X表達(dá)水平的測量可使用能將高惡性程度癌組織中DDX3X表達(dá)水平與低惡性 程度癌組織中DDX3X表達(dá)水平區(qū)分開的任何手段來進(jìn)行。
[0109] 在本發(fā)明的一種實(shí)施方式中,可通過測量蛋白質(zhì)DDX3X的量來進(jìn)行對DDX3X表達(dá) 水平的測量。具體而言,例如,根據(jù)需要使用常規(guī)方法從癌組織提取或制備蛋白質(zhì),通過使 用下文例示的方法測量DDX3X表達(dá)水平??赏ㄟ^使用例如市售試劑盒來提取或制備蛋白 質(zhì)。
[0110] 對用于測量DDX3X的量的方法沒有特別限定,只要可特異性地測量蛋白質(zhì)的量即 可。例子包括Western印跡、ELISA、焚光抗體方法、和蛋白質(zhì)陣列(蛋白質(zhì)芯片)方法。
[0111] 在ELISA中,例如,將含有從癌組織提取或制備的蛋白質(zhì)的溶液吸附至微多孔板 的孔的固體表面,通過在應(yīng)用針對DDX3X的抗體之后的酶反應(yīng)來測量DDX3X的量。
[0112] 在蛋白質(zhì)陣列方法中,例如,制備具有針對DDX3X的抗體的蛋白質(zhì)陣列(例如,抗 體陣列(抗體芯片)),將從癌組織提取的蛋白質(zhì)應(yīng)用至蛋白質(zhì)陣列。在抗體-抗原反應(yīng)之 后,通過使用例如ELISA等方法測量已與抗體結(jié)合的DDX3X的量。
[0113] 抗體可以例如是多克隆抗體或單克隆抗體。
[0114] 抗體可以例如是可以與抗原特異性結(jié)合的抗體片段,例如Fab片段和F(ab')2片 段。
[0115] 可使用已知方法來制造抗體。
[0116] 例如,當(dāng)抗體是多克隆抗體時(shí),可以用通過已知方法在大腸桿菌等中表達(dá)而制備 的DDX3X或其部分肽、或用通過已知方法合成的DDX3X或其部分肽去免疫非人動(dòng)物(例如 兔),之后使用常用技術(shù)從經(jīng)免疫的動(dòng)物的血清來制備抗體。
[0117] 另一方面,當(dāng)抗體是單克隆抗體時(shí),可通過下述方法制備抗體:將通過已知方法在 大腸桿菌等中表達(dá)而制備的DD