1.用于在結(jié)腸腫瘤中鑒定癌癥干細胞(CSC)樣區(qū)的方法，其包括：
a.測定所述結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式時，鑒定所述結(jié)腸腫瘤的癌癥干細胞(CSC)樣區(qū)，由此表明CSC樣區(qū)的存在。
2.用于在結(jié)腸腫瘤中鑒定腺瘤-腺癌(Ad-ACA)過渡區(qū)的方法，其包括：
a.測定所述結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式時，鑒定所述結(jié)腸腫瘤中的Ad-ACA過渡區(qū)，由此表明Ad-ACA過渡區(qū)的存在。
3.權(quán)利要求2的方法，其中所述腫瘤樣品的量是有限的。
4.用于鑒定包含高度腺瘤和早期腺癌區(qū)的結(jié)腸腫瘤的方法，其包括：
a.測定所述結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式時，將所述結(jié)腸腫瘤鑒定為包含高度腺瘤和早期腺癌區(qū)，由此表明高度腺瘤和早期腺癌區(qū)的存在。
5.用于在結(jié)腸腫瘤中鑒定癌癥干細胞(CSC)的方法，其包括：
a.測定所述結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式時，鑒定所述結(jié)腸腫瘤中的CSC，由此表明CSC的存在。
6.權(quán)利要求5的方法，其進一步包括從組織切片中分離一處或多處經(jīng)鑒定的CSC。
7.用于診斷具有高度結(jié)腸腺瘤和早期腺癌的受試者的方法，其包括：
a.測定來自所述受試者的結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式時，將所述受試者診斷為具有高度結(jié)腸腺瘤和早期腺癌，由此表明高度結(jié)腸腺瘤和早期腺癌的存在。
8.用于確定受試者中結(jié)腸腫瘤若不進行治療將經(jīng)歷侵襲性轉(zhuǎn)化的可能性的方法，其包括：
a.測定來自所述受試者的結(jié)腸腫瘤樣品的PTEN表達，
b.在所述結(jié)腸腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式，和
c.當在結(jié)腸腫瘤樣品中檢測到PTEN表達的交替空間模式時，確定所述結(jié)腸腫瘤若不進行治療可能經(jīng)歷侵襲性轉(zhuǎn)化，由此表明所述結(jié)腸腫瘤中腺瘤-腺癌過渡區(qū)的存在并表明所述腫瘤若不進行治療將可能經(jīng)歷侵襲性轉(zhuǎn)化。
9.權(quán)利要求1-8任一項的方法，其中所述測定的PTEN表達是PTEN蛋白表達。
10.權(quán)利要求1-9任一項的方法，其中所述結(jié)腸腫瘤樣品從具有結(jié)直腸癌的受試者獲得。
11.權(quán)利要求1-10任一項的方法，其中所述測定包括在結(jié)腸腫瘤樣品的組織切片上用特異性結(jié)合PTEN的抗體實施免疫組化。
12.權(quán)利要求1-11任一項的方法，其進一步包括測定所述結(jié)腸腫瘤的SMAD4表達，并檢測所述結(jié)腸腫瘤中SMAD4表達的交替空間模式。
13.權(quán)利要求12的方法，其中所述測定的SMAD4表達是蛋白表達且所述測定包括在所述結(jié)腸腫瘤樣品的組織切片上用特異性結(jié)合SMAD4的抗體實施免疫組化。
14.權(quán)利要求12和13任一項的方法，其中所述SMAD4表達的交替空間模式與PTEN表達的交替空間模式呈負相關(guān)。
15.權(quán)利要求1-14任一項的方法，其進一步包括測定來自所述結(jié)腸腫瘤的組織切片的TP53的表達，并檢測所述結(jié)腸腫瘤中TP53表達的交替空間模式。
16.權(quán)利要求1-15任一項的方法，其進一步包括測定所述結(jié)腸腫瘤的CD44表達，并在其中不存在PTEN蛋白表達的區(qū)域中檢測下調(diào)并重新分布至基底上皮邊界的CD44的表達。
17.權(quán)利要求1-16任一項的方法，其進一步包括測定所述結(jié)腸腫瘤的β-連環(huán)蛋白的表達并檢測腫瘤細胞中β-連環(huán)蛋白的核轉(zhuǎn)位。
18.權(quán)利要求17的方法，其中所述核β-連環(huán)蛋白表達與PTEN表達相關(guān)。
19.權(quán)利要求1-18任一項的方法，其進一步包括測定所述結(jié)腸腫瘤的ALDH1表達、EZH2表達、Ki-67表達、MYC表達、MGMT表達和Rel A/p65表達的至少一項，并在進一步測定的表達中檢測區(qū)域性變化。
20.權(quán)利要求15-19任一項的方法，其中所述測定的表達是蛋白表達且測定包括在所述結(jié)腸腫瘤樣品的組織切片上用特異性結(jié)合至所述測定蛋白的抗體實施免疫組化。
21.權(quán)利要求1-20任一項的方法，其中來自結(jié)腸腫瘤的基因組DNA呈現(xiàn)SMAD4單倍型不足和PTEN單倍型不足的至少一種。
22.用于鑒定具有結(jié)直腸癌(CRC)的受試者為可能積極響應(yīng)于用靶向NF-kB通路的療法的治療的方法，其包括：
a.測定來自所述受試者的CRC腫瘤樣品的PTEN表達和RelA/p65表達，
b.在所述腫瘤樣品中檢測PTEN表達的交替空間模式和RelA/p65表達的交替空間模式，和
c.當檢測到PTEN表達的交替空間模式和RelA/p65表達的交替空間模式時，鑒定所述受試者為可能積極響應(yīng)于用靶向NF-kB通路的療法的治療，由此表明所述受試者將可能積極響應(yīng)于用靶向NF-kB通路的療法的治療。
23.權(quán)利要求22的方法，其中所述PTEN表達和RelA/p65表達為PTEN蛋白表達和RelA/p65蛋白表達，且其中所述測定涉及在來自所述CRC腫瘤樣品的一個或多個組織切片上實施針對PTEN和RelA/p65的免疫組化。
24.用于確定具有結(jié)直腸癌(CRC)的受試者將會積極響應(yīng)于用靶向TGF-β通路的療法的治療的可能性的方法，其包括：
a.測定來自所述受試者的CRC腫瘤樣品的PTEN表達和SMAD4表達，
b.檢測所述腫瘤樣品中PTEN表達的交替空間模式和SMAD4表達的交替空間模式，和
c.當在所述腫瘤樣品中檢測到PTEN表達和SMAD4表達的交替空間模式時，將所述受試者鑒定為可能積極響應(yīng)于用靶向TGF-β通路的療法的治療，由此表明所述受試者將可能會積極響應(yīng)于用靶向TGF-β通路的療法的治療。
25.權(quán)利要求24的方法，其中所述PTEN表達和SMAD4表達為PTEN蛋白表達和SMAD4蛋白表達，且其中所述測定涉及在來自所述CRC腫瘤樣品的一個或多個組織切片上實施PTEN和SMAD4的免疫組化。
26.用于鑒定具有18q/SMAD4基因組缺失的個體的方法，其包括：
a.測定來自個體的結(jié)腸腫瘤樣品的SMAD4表達，
b.在所述腫瘤樣品中檢測SMAD4表達的交替空間模式，和
c.當檢測到交替空間的SMAD4表達時，確定所述個體具有18q/SMAD4基因組缺失。
27.權(quán)利要求26的方法，其中所述測定包括在所述結(jié)腸腫瘤的一個或多個組織切片上用特異性結(jié)合SMAD4的抗體實施免疫組化。
28.用于鑒定具有10q/PTEN基因組缺失的個體的方法，其包括：
a.測定來自所述個體的結(jié)腸腫瘤的PTEN表達，
b.檢測所述腫瘤樣品中交替空間的PTEN表達水平的存在，和
c.當檢測到所述交替空間PTEN表達時確定所述個體具有10q/PTEN基因組缺失。
29.權(quán)利要求28的方法，其中所述測定包括在來自所述結(jié)腸腫瘤樣品的一個或多個組織切片上用特異性結(jié)合PTEN的抗體實施免疫組化。
30.用于在結(jié)腸腫瘤樣品中鑒定腺瘤-腺癌過渡區(qū)的試劑盒，其包含特異性與PTEN結(jié)合的抗體和特異性與SMAD4結(jié)合的抗體。
31.權(quán)利要求30的試劑盒，其進一步包含特異性與TP53結(jié)合的抗體和特異性與CD44結(jié)合的抗體。
32.權(quán)利要求30和31任一項的試劑盒，其進一步包含選自下組的至少一種抗體：特異性與β-連環(huán)蛋白結(jié)合的抗體、特異性與EZH2結(jié)合的抗體、特異性與MYC結(jié)合的抗體和特異性與RelA/p65結(jié)合的抗體。