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用于診斷胰腺癌的組合物以及使用其診斷胰腺癌的方法與流程

文檔序號:12511747閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種用于診斷胰腺癌的組合物,其包括

(a)用于測量CA19-9(糖類抗原19-9)的蛋白表達(dá)水平,或編碼CA19-9蛋白的基因的mRNA表達(dá)水平的試劑;

(b)用于測量LRG1(富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1)的蛋白表達(dá)水平,或編碼LRG1蛋白的基因的mRNA表達(dá)水平的試劑;以及

(c)用于測量至少一種標(biāo)記物的蛋白表達(dá)水平,或編碼至少一種標(biāo)記物的各基因的mRNA表達(dá)水平的試劑,所述標(biāo)記物選自TTR(甲狀腺素轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,ATTR,前白蛋白,TBPA)、C1R(補(bǔ)體C1r亞成分前體)、CLU(叢生蛋白前蛋白原)及KLKB1(血漿激肽釋放酶蛋白)。

2.權(quán)利要求1的組合物,其中胰腺癌的診斷是從正常組中選擇性地區(qū)分出胰腺癌,在各種癌癥中選擇性地診斷出胰腺癌,或診斷出CA19-9小于37U/ml的胰腺癌。

3.權(quán)利要求1的組合物,其中所述胰腺癌為胰腺導(dǎo)管腺癌或高危胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液腫瘤(IPMN)。

4.權(quán)利要求3的組合物,其中所述胰腺導(dǎo)管腺癌處于1期或2期。

5.權(quán)利要求3的組合物,其中所述胰腺導(dǎo)管腺癌不是來源于IPMN。

6.權(quán)利要求1的組合物,其中所述LRG1蛋白包括NCPI登錄號:NP_443204.1的氨基酸序列,所述TTR蛋白包括NCPI登錄號:NP_000362.1的氨基酸序列,所述C1R蛋白包括NCPI登錄號:NP_001724.3的氨基酸序列,所述CLU蛋白包括NCPI登錄號:NP_001822.3的氨基酸序列,并且所述KLKB1蛋白包括NCPI登錄號:NP_000883.2的氨基酸序列。

7.權(quán)利要求1的組合物,其中所述用于測量蛋白表達(dá)水平的試劑包括抗體、寡肽、配體、PNA(肽核酸)或適體,所有這些均可特異性結(jié)合至所述蛋白。

8.權(quán)利要求1的組合物,其中所述用于測量mRNA表達(dá)水平的試劑包括引物、探針或反義核苷酸,所有這些均特異性結(jié)合至編碼所述蛋白的基因的mRNA。

9.一種用于診斷胰腺癌的試劑盒,其包含權(quán)利要求1至8中任一項(xiàng)的組合物。

10.權(quán)利要求9的試劑盒,其中所述試劑盒是RT-PCR(反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))試劑盒、DNA芯片試劑盒、ELISA(酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn))試劑盒、蛋白芯片試劑盒、快速試劑盒或MRM(多反應(yīng)監(jiān)測)試劑盒。

11.一種用于診斷胰腺癌的方法,其包括:

測量受試者樣品中的至少三種胰腺癌標(biāo)記物蛋白的蛋白表達(dá)水平,或編碼所述標(biāo)記物蛋白的各基因的mRNA表達(dá)水平,

在所述受試者樣品與正常組樣品之間比較各標(biāo)記物的測量的表達(dá)水平;以及

基于所述表達(dá)水平的比較結(jié)果,確定所述受試者中胰腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn),

其中至少三種胰腺癌標(biāo)記物蛋白包括(a)CA19-9(糖類抗原19-9)、(b)LRG1(富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1,LRG)及(c)選自TTR(甲狀腺素轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,ATTR,前白蛋白,TBPA)、C1R(補(bǔ)體C1r亞成分前體)、CLU(叢生蛋白前蛋白原)及KLKB1(血漿激肽釋放酶蛋白)的至少一種。

12.權(quán)利要求11的方法,其中當(dāng)滿足以下條件時,則確定受試者中胰腺癌的發(fā)病:

受試者的(a)CA19-9和(b)LRG1的表達(dá)水平均高于正常對照;以及

受試者的(c)TTR、CLU和KLKB1中的至少一種中的任一種的表達(dá)水平低于正常對照,或受試者的C1R的表達(dá)水平高于正常對照。

13.權(quán)利要求11的方法,其中胰腺癌的確定步驟包括將所述標(biāo)記物的表達(dá)水平應(yīng)用于公式1,并且基于公式1的計(jì)算結(jié)果,確定胰腺癌的發(fā)病的可能性:

<公式1>

<mrow> <mi>f</mi> <mrow> <mo>(</mo> <mi>x</mi> <mo>)</mo> </mrow> <mo>=</mo> <mi>sgn</mi> <mrow> <mo>(</mo> <munderover> <mi>&Sigma;</mi> <mrow> <mi>i</mi> <mo>=</mo> <mn>1</mn> </mrow> <mi>n</mi> </munderover> <msub> <mi>&alpha;</mi> <mi>i</mi> </msub> <msub> <mi>y</mi> <mi>i</mi> </msub> <mo>&lt;</mo> <mi>x</mi> <mo>,</mo> <msub> <mi>x</mi> <mi>i</mi> </msub> <mo>&gt;</mo> <mo>+</mo> <mi>b</mi> <mo>)</mo> </mrow> </mrow>

x是胰腺癌診斷標(biāo)記物的表達(dá)水平測量值,

αi是SVM中的拉格朗日乘數(shù),

yi是正常組/胰腺癌組的分離系數(shù),

xi是參考測量值,以及

b是校正值。

14.權(quán)利要求11的方法,其中所述樣品是血液、血清或血漿。

15.權(quán)利要求11的方法,其中所述蛋白表達(dá)水平的測量使用可分別特異性結(jié)合至相應(yīng)蛋白的抗體、寡肽、配體、PNA(肽核酸)或適體。

16.權(quán)利要求11的方法,其中mRNA表達(dá)水平的測量或比較通過使用選自以下的至少一種來進(jìn)行:蛋白芯片測定、免疫測定、配體結(jié)合測定、MALDI-TOF(基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時間質(zhì)譜)、SELDI-TOF(表面增強(qiáng)激光解吸/電離飛行時間質(zhì)譜)、放射免疫測定、放射免疫擴(kuò)散、雙向免疫擴(kuò)散、火箭免疫電泳、免疫組化染色、補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)、2-D電泳、液相色譜-質(zhì)譜(LC-MS)、液相色譜-質(zhì)譜/質(zhì)譜(LC-MS/MS)、蛋白質(zhì)印跡法及ELISA(酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn))。

17.權(quán)利要求11的方法,其中mRNA表達(dá)水平的測量通過使用反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)、競爭性RT-PCR、實(shí)時RT-PCR、核糖核酸酶保護(hù)測定、RNA印跡法和DNA芯片來進(jìn)行。

18.權(quán)利要求11的方法,其中所述胰腺癌具有變成胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)的可能性。

19.權(quán)利要求18的方法,其中所述胰腺導(dǎo)管腺癌是IPMN衍生的胰腺導(dǎo)管腺癌。

20.權(quán)利要求11的方法,其中胰腺癌的診斷是從正常組中選擇性地區(qū)分出胰腺癌,在各種癌癥中選擇性地診斷出胰腺癌,或者診斷出CA19-9小于37U/ml的胰腺癌。

21.權(quán)利要求20的方法,其中胰腺癌的診斷是選擇性地區(qū)分出胰腺癌與至少一種選自胰腺炎和膽囊炎的胰腺疾病。

22.權(quán)利要求11的方法,其中所述胰腺癌是胰腺導(dǎo)管腺癌或高危胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液腫瘤(IPMN)。

23.一種用于選擇性診斷高危IPMN的組合物,其包括用于測量包括LRG1(富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1)的胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液腫瘤(IPMN)標(biāo)記物的表達(dá)水平或編碼所述標(biāo)記物蛋白的基因的mRNA表達(dá)水平的試劑。

24.權(quán)利要求23的組合物,其中所述組合物用于選擇性區(qū)分高危IPMN與低危IPMN。

25.權(quán)利要求23的組合物,其中所述IPMN標(biāo)記物還包括選自CA19-9(糖類抗原19-9)、TTR、C1R、CLU和KLKB1的至少一種。

26.權(quán)利要求25的組合物,其中所述IPMN標(biāo)記物包括LRG1和選自TTR、C1R、CLU和KLKB1的至少一種。

27.權(quán)利要求25的組合物,其中所述IPMN標(biāo)記物包括LRG1和選自TTR、C1R、CLU和KLKB1的至少兩種。

28.一種用于選擇性地診斷高危IPMN的組合物,其包括用于測量IPMN標(biāo)記物的蛋白表達(dá)水平或編碼所述標(biāo)記物蛋白的各基因的mRNA表達(dá)水平的試劑,所述IPMN標(biāo)記物包括CLU(叢生蛋白前蛋白原)和選自LRG1(富含亮氨酸的α-2-糖蛋白1,LRG1)、CA19-9(糖類抗原19-9)、TTR(甲狀腺素轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,ATTR,前白蛋白,TBPA)、C1R(補(bǔ)體C1r亞成分前體)和KLKB1(血漿激肽釋放酶蛋白)的至少一種。

29.權(quán)利要求28的組合物,其中所述IPMN標(biāo)記物是CLU與選自LRG1、CA19-9、TTR、C1R和KLKB1的至少一種的結(jié)合物。

30.權(quán)利要求28的組合物,其中所述IPMN標(biāo)記物是CLU與選自LRG1、CA19-9、TTR、C1R和KLKB1的至少兩種的結(jié)合物。

31.權(quán)利要求26至30中任一項(xiàng)的組合物,其中所述LRG1蛋白包括NCPI登錄號:NP_443204.1的氨基酸序列,所述TTR蛋白包括NCPI登錄號:NP_000362.1的氨基酸序列,所述C1R蛋白包括NCPI登錄號:NP_001724.3的氨基酸序列,所述CLU蛋白包括NCPI登錄號:NP_001822.3的氨基酸序列,及所述KLKB1蛋白包括NCPI登錄號:NP_000883.2的氨基酸序列。

32.權(quán)利要求23或28的組合物,其中所述用于測量表達(dá)水平的試劑包括抗體、寡肽、配體、PNA(肽核酸)或適體,所有這些均特異性結(jié)合至所述蛋白。

33.權(quán)利要求23或28的組合物,其中所述用于測量mRNA表達(dá)水平的試劑包括引物、探針或反義核苷酸,所有這些均特異性結(jié)合至所述基因。

34.一種用于選擇性地診斷高危IPMN的試劑盒,其包括權(quán)利要求26至30中任一項(xiàng)的組合物。

35.權(quán)利要求34的試劑盒,其中所述試劑盒是RT-PCR(反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))試劑盒、DNA芯片試劑盒、ELISA(酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn))試劑盒、蛋白芯片試劑盒、快速試劑盒或MRM(多反應(yīng)監(jiān)測)試劑盒。

36.一種用于診斷高危IPMN的方法,其包括:

測量受試者樣品中的權(quán)利要求26至30中任一項(xiàng)的用于選擇性診斷IPMN的組合物的胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液腫瘤(IPMN)標(biāo)記物蛋白的表達(dá)水平,或編碼所述標(biāo)記物蛋白的基因的mRNA表達(dá)水平,

在所述受試者樣品與對照樣品之間比較各標(biāo)記物的測量的表達(dá)水平;以及

基于所述表達(dá)水平的比較結(jié)果,確定受試者中高危IPMN的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。

37.權(quán)利要求36的方法,其還包括在進(jìn)行所述測量步驟之前,檢查所述受試者是否患有IPMN。

38.權(quán)利要求37的方法,其中所述檢查步驟通過影像學(xué)診斷或活檢,或者利用遺傳標(biāo)記物來進(jìn)行。

39.權(quán)利要求36的方法,其中所述受試者是其中IPMN組織已通過手術(shù)切除而移除的患者。

40.權(quán)利要求36的方法,其中所述對照是正常組、患有除胰腺導(dǎo)管腺癌以外的胰腺疾病的患者,或患有低危IPMN的受試者。

41.權(quán)利要求36的方法,其中所述高危IPMN包含高度非典型增生和侵襲型IPMN。

42.權(quán)利要求36的方法,當(dāng)確定所述受試者患有高危IPMN時,所述方法還包括進(jìn)行手術(shù)切除或給藥。

43.權(quán)利要求38的方法,當(dāng)確定所述受試者患有低危IPMN時,所述方法還包括給藥或預(yù)后監(jiān)測。

44.權(quán)利要求36的方法,其中當(dāng)滿足以下條件時,確定是高危IPMN的發(fā)病:受試者的(a)CA19-9和(b)LRG1的表達(dá)水平均高于正常對照;并且

受試者的(c)TTR、CLU和KLKB1中的至少一種的任一種的表達(dá)水平低于正常對照,或受試者的C1R的表達(dá)水平高于正常對照。

45.權(quán)利要求36的方法,其中所述高危IPMN包括IPMN衍生的胰腺導(dǎo)管腺癌。

46.權(quán)利要求36的方法,其中所述樣品是血液、血清或血漿。

47.權(quán)利要求36的方法,其中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平的測量使用可分別特異性結(jié)合至相應(yīng)標(biāo)記物蛋白的抗體、寡肽、配體、PNA(肽核酸)或適體。

48.權(quán)利要求36的方法,其中所述標(biāo)記物的表達(dá)水平的測量或比較通過使用選自以下的至少一種來進(jìn)行:蛋白芯片測定、免疫測定、配體結(jié)合測定、MALDI-TOF(基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時間質(zhì)譜)、SELDI-TOF(表面增強(qiáng)激光解吸/電離飛行時間質(zhì)譜)、放射免疫測定、放射免疫擴(kuò)散、雙向免疫擴(kuò)散、火箭免疫電泳、免疫組化染色、補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)、2-D電泳、液相色譜-質(zhì)譜(LC-MS)、液相色譜-質(zhì)譜/質(zhì)譜(LC-MS/MS)、蛋白質(zhì)印跡法和ELISA(酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn))。

49.權(quán)利要求36的方法,其中mRNA表達(dá)水平的測量通過使用以下來進(jìn)行:反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)、競爭性RT-PCR、實(shí)時RT-PCR、核糖核酸酶保護(hù)測定、RNA印跡法和DNA芯片。

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