專利名稱：對(duì)在人類血清中指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的蛋白質(zhì)的鑒定的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明主要涉及對(duì)人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)(pathology)的診斷。更具體地，本 發(fā)明涉及使用液相色譜-質(zhì)譜以鑒定在人類血清中存在的蛋白質(zhì)來(lái)診斷非小細(xì)胞肺癌和 哮喘，當(dāng)與正常群體中發(fā)現(xiàn)的相同蛋白相比在人類血清中在表達(dá)的相對(duì)強(qiáng)度方面改變時(shí)， 所述蛋白質(zhì)指示與人類肺組織和人類呼吸系統(tǒng)相關(guān)的病理學(xué)狀態(tài)。通過(guò)鑒定與此類病理學(xué) 狀態(tài)相關(guān)的蛋白質(zhì)，確定代表性的表達(dá)強(qiáng)度，并且將這些表達(dá)強(qiáng)度與在患者的血清中呈現(xiàn) 的表達(dá)強(qiáng)度比較，可以通過(guò)簡(jiǎn)單的血液測(cè)試在其發(fā)展早期檢測(cè)病理學(xué)狀態(tài)的存在并且區(qū)分 所述病理學(xué)狀態(tài)。2.相關(guān)技術(shù)的描述呼吸系統(tǒng)的病理學(xué)狀態(tài)，例如哮喘和肺癌，影響數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的美國(guó)人。實(shí)際上，美 國(guó)肺科協(xié)會(huì)(American Lung Association)報(bào)道幾乎2千萬(wàn)的美國(guó)人遭受哮喘痛苦。美國(guó) 癌癥協(xié)會(huì)(American Cancer Society)估計(jì)僅在2007年就有229，400例呼吸系統(tǒng)的新的 癌癥病例，164，840例死于呼吸系統(tǒng)的癌癥。因此，當(dāng)檢測(cè)出癌癥盡管仍然為局部時(shí)，癌癥病 例的五年存活率為46%，肺癌患者的五年存活率僅為13%。相應(yīng)地，在肺癌已經(jīng)擴(kuò)散前僅 16%的該疾病被發(fā)現(xiàn)。基于癌細(xì)胞的病理學(xué)狀態(tài)通常將肺癌分類為兩種主要類型。各類型 以被轉(zhuǎn)化從而變得癌化的細(xì)胞的類型而命名。小細(xì)胞肺癌源自在人類肺組織中的小細(xì)胞， 而非小細(xì)胞肺癌通常包括不是小細(xì)胞類型的所有肺癌。因?yàn)閷?duì)于所有的非小細(xì)胞類型治療 通常相同，所以將非小細(xì)胞肺癌歸類在一起。非小細(xì)胞肺癌或NSCLC—起占所有肺癌的約 75%。降低肺癌患者的存活率的主要因素為肺癌難以早期診斷的事實(shí)。在人類中診斷肺 癌或鑒定其存在的當(dāng)前方法局限于采用X-射線、CT掃描和肺的類似掃描以物理上地確定 腫瘤的存在或不存在。因此，肺癌的診斷常常僅應(yīng)答于已經(jīng)呈現(xiàn)一段顯著時(shí)間的癥狀，并 且在所述疾病已經(jīng)在人類中呈現(xiàn)足夠長(zhǎng)的時(shí)間以產(chǎn)生物理上可檢測(cè)的團(tuán)塊(mass)之后進(jìn) 行。類似地，檢測(cè)哮喘的當(dāng)前方法典型地在癥狀例如反復(fù)哮喘、咳嗽和胸悶呈現(xiàn)后長(zhǎng) 時(shí)間進(jìn)行。檢測(cè)哮喘的當(dāng)前方法典型地局限于肺功能測(cè)試?yán)绶位盍繙y(cè)試或激發(fā)測(cè)試 (challenge test)。此外，這些測(cè)試被醫(yī)生命令與許多其它測(cè)試一起進(jìn)行以排除其它病理 學(xué)狀態(tài)或疾病例如慢性阻塞性肺病(COPD)、支氣管炎、肺炎和充血性心力衰竭。在現(xiàn)有技術(shù)中沒(méi)有在其發(fā)展早期診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的簡(jiǎn)單可靠的方 法。此外，現(xiàn)在不存在能夠指示特定肺組織病理學(xué)狀態(tài)的存在的可利用的血液測(cè)試。因此期望開發(fā)在疾病發(fā)展早期確定肺癌的存在的方法。同樣地期望開發(fā)在癥狀的出現(xiàn)的最早期 診斷哮喘和非小細(xì)胞肺癌和使其相互區(qū)分開和與其它肺疾病例如感染區(qū)分開的方法。進(jìn)一 步期望鑒定在人類血液中存在的特定蛋白質(zhì)，其當(dāng)在表達(dá)的相對(duì)強(qiáng)度方面改變時(shí)，指示非 小細(xì)胞肺癌和/或哮喘的存在。發(fā)明概述本發(fā)明提供使用液相色譜電噴霧離子化質(zhì)譜(“LC-ESIMS”)，鑒定在人類血清中存 在的蛋白質(zhì)的新方法，所述蛋白質(zhì)在正常個(gè)體和按照醫(yī)生診斷而已知患有非小細(xì)胞肺癌和 哮喘的患者之間差異地表達(dá)。指示非小細(xì)胞肺癌和/或哮喘的蛋白質(zhì)的選擇通過(guò)將質(zhì)譜數(shù) 據(jù)，即肽的質(zhì)量和在一維上隨時(shí)間表達(dá)的蛋白質(zhì)強(qiáng)度的圖解表示(graphicalindications) 比較來(lái)進(jìn)行。比較了數(shù)以千計(jì)的蛋白質(zhì)，導(dǎo)致11種蛋白質(zhì)的選擇，所述蛋白質(zhì)在不患有任 何肺組織病理學(xué)狀態(tài)的個(gè)體的群體、按照醫(yī)生診斷患有哮喘的個(gè)體的群體和按照醫(yī)生診斷 患有非小細(xì)胞肺癌的個(gè)體的群體之間以基本上不同的強(qiáng)度表達(dá)。具體地，人類血清從“正常群體”、“哮喘群體”和“肺癌群體”獲得。本文所用的“正 常群體”旨在定義已知未患有哮喘或肺癌的那些個(gè)體。本文所用的“哮喘群體”旨在定義已 知患有哮喘并且被醫(yī)生診斷患有哮喘的那些個(gè)體。本文所用的“肺癌群體”旨在定義已知 患有非小細(xì)胞肺癌并且被醫(yī)生診斷患有非小細(xì)胞肺癌的那些個(gè)體。獲得正常群體、哮喘群體和肺癌群體的血清之后，將各血清試樣分成等分試樣并 且暴露于消化劑(digesting agent)或蛋白酶，即，胰蛋白酶，以將在血清試樣中存在的蛋 白質(zhì)消化成定義的和可預(yù)測(cè)的裂解物(cleavages)或肽。通過(guò)胰蛋白酶的酶促作用形成 的肽，通常稱為胰蛋白酶肽，然后通過(guò)將所述試樣進(jìn)行離心以使不溶物質(zhì)沉淀而從不溶物 質(zhì)分離。包含胰蛋白酶肽的上清液然后進(jìn)行毛細(xì)液相色譜以實(shí)現(xiàn)胰蛋白酶肽的時(shí)空分離 (tempero-spatial separation)0所述胰蛋白酶肽然后進(jìn)行LC-ESIMS。各肽通過(guò)使所述肽通過(guò)疏水性流體的柱來(lái)及 時(shí)地分離，即，使水、包含0. 體積甲酸的乙腈通過(guò)包含Supelcosil ΑΒΖ+5 μ m填充材料 固定相的色譜柱，床長(zhǎng)18cm，內(nèi)徑0.375mm。分離的肽通過(guò)柱洗脫液加載。所述柱具有這樣 的終點(diǎn)，從該終點(diǎn)分離的肽然后通過(guò)施加高電壓至相對(duì)于地面具有正偏壓的柱尖，形成帶 電荷的小滴而電噴霧化，所述帶電荷的小滴通過(guò)施加的電場(chǎng)的力向LC-ESIMS的入口加速。 形成的所得噴霧由包含溶解的胰蛋白酶肽的溶劑的小滴組成。所述小滴通過(guò)經(jīng)過(guò)電噴霧源 的大氣壓區(qū)域然后進(jìn)入加熱的LC-ESIMS的毛細(xì)管入口來(lái)去溶劑化。所述小滴的去溶劑化導(dǎo)致帶正電的離子(最典型地為氫)(H+)沉積在所述肽上，給予所述肽以電荷。在氣相中此類帶電荷的肽在本領(lǐng)域描述為“假分子離子 (pseudo-molecular ions) ”。所述假分子離子通過(guò)各種電勢(shì)被拉入LC-ESIMS的質(zhì)譜儀，其 中它們?cè)诳臻g和時(shí)間上基于質(zhì)荷比分離。一旦通過(guò)質(zhì)荷比分離，所述假分子離子然后通過(guò) 另外的電場(chǎng)梯度導(dǎo)向LC-ESIMS的檢測(cè)器，其中所述假分子離子束轉(zhuǎn)化成通過(guò)數(shù)據(jù)記錄設(shè) 備記錄的電脈沖。這樣，使在胰蛋白酶消化物中存在的肽傳遞到在LC-ESIMS中的質(zhì)譜儀，其中對(duì)各 肽測(cè)定分子量，在來(lái)自樣品的肽從所述柱離開(passout)的整個(gè)時(shí)間范圍產(chǎn)生重復(fù)獲得的 時(shí)間增量質(zhì)譜。質(zhì)譜讀數(shù)通常為通過(guò)LC-ESIMS發(fā)現(xiàn)的肽的圖解說(shuō)明，其中χ軸為測(cè)定的質(zhì) 荷比，y軸為所述肽的信號(hào)強(qiáng)度。這些質(zhì)譜然后可以及時(shí)地組合成三維顯示，其中χ軸為色譜分離的時(shí)間，Z軸為質(zhì)譜的質(zhì)量軸，和1軸為質(zhì)譜信號(hào)的強(qiáng)度，其與通過(guò)LC-ESIMS檢測(cè)的 給定假分子離子的量成比例。接下來(lái)，進(jìn)行比較分析，對(duì)于從哮喘群體和肺癌群體測(cè)試的各個(gè)試樣和從正常群 體測(cè)試的各個(gè)試樣比較質(zhì)譜讀數(shù)。在哮喘、肺癌和正常病理學(xué)狀態(tài)方面將與在LC-ESIMS中 檢測(cè)出的推定鑒定的蛋白相關(guān)的各胰蛋白酶肽假分子離子信號(hào)(“峰”)比較。將具有如下 質(zhì)譜峰強(qiáng)度的肽確定為無(wú)意義的并且排除其指示當(dāng)將哮喘群體或肺癌群體與正常群體比 較時(shí)肽的量未基本上改變。通常，所用的排除標(biāo)準(zhǔn)包括將給定蛋白質(zhì)的至少一半鑒定的特 征肽的肽峰強(qiáng)度在源自來(lái)自各病理學(xué)狀態(tài)的個(gè)體患者血清的分析的至少10個(gè)數(shù)據(jù)組方面 做比較。如果源自給定蛋白質(zhì)的大多數(shù)肽峰的強(qiáng)度在強(qiáng)度上是80%的血清數(shù)據(jù)組至少10 倍，將所述蛋白質(zhì)分類為在兩種病理學(xué)狀態(tài)類別之間差異地調(diào)節(jié)。
作為比較分析的結(jié)果，11種蛋白質(zhì)確定為在哮喘群體，肺癌群體和正常群體之間 一致地差異地表達(dá)。該11種蛋白質(zhì)通過(guò)參考蛋白質(zhì)和肽的已知數(shù)據(jù)庫(kù)或文庫(kù)來(lái)鑒定。此 類數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)例包括由 NationalCenter for Biotechnology Information “ NCBInr“) 維護(hù)的 EntrezProtein、由 Swiss Bioinformatics Institute ( “ SwissProt “)維護(hù) 的 ExPASy 禾口 Medical Research Council Clinical Science Center of thelmperial College of London 的 Mass Spectral DatabaseC MSDB")。將來(lái)自每一正常、肺癌和哮喘群體的各個(gè)試樣的質(zhì)譜讀數(shù)輸入已知的稱為Mascot 的搜索引擎。Mascot為本領(lǐng)域已知的搜索引擎，其使用質(zhì)譜數(shù)據(jù)以從四個(gè)主要測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)， 即MSDB、NCBInr, SwissProt和dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定蛋白質(zhì)。將搜索標(biāo)準(zhǔn)和參數(shù)輸入Mascot 程序，并且使各個(gè)試樣通過(guò)Mascot程序運(yùn)行。Mascot程序然后針對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)運(yùn)行輸入的 肽，將各肽的峰強(qiáng)度和質(zhì)量與已知肽和蛋白質(zhì)的質(zhì)量和峰強(qiáng)度比較。然后Mascot產(chǎn)生可能 匹配的候選物列表，對(duì)于運(yùn)行的各肽通常稱為“顯著匹配”。顯著匹配通過(guò)Mascot程序通過(guò)對(duì)于所測(cè)試的各個(gè)試樣指派稱為“Mowse得分”的 得分來(lái)確定。Mowse得分為如下算法，其中所述得分為-10女LOGltl(P),其中P為所觀察的 匹配為隨機(jī)事件的概率，其與當(dāng)P小于0. 05的顯著性ρ值相關(guān)，其在科學(xué)界為通常承認(rèn)的 顯著性標(biāo)準(zhǔn)。約55至約66或以上的Mowse得分通常認(rèn)為是顯著的。由于特定搜索考慮和 數(shù)據(jù)庫(kù)參數(shù)而導(dǎo)致顯著性水平稍微變化。對(duì)于各肽運(yùn)行返回所述顯著匹配，產(chǎn)生蛋白質(zhì)的 候選物列表。然后使所述肽與來(lái)自所述顯著匹配的蛋白質(zhì)匹配以確定在Mascot程序中運(yùn)行 通過(guò)的肽的特征(identity)。對(duì)于通過(guò)Mascot程序鑒定的各肽和來(lái)自所述顯著匹配的 各蛋白質(zhì)進(jìn)行手工分析。排除被確定為“噪音”(無(wú)論是化學(xué)的或是電子的)的結(jié)果的 峰強(qiáng)度匹配。使來(lái)自質(zhì)譜讀數(shù)的數(shù)據(jù)與所述顯著匹配交互檢查以驗(yàn)證原始數(shù)據(jù)、峰特征 (peak identities)、電荷多重性(charge multiplicities)、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài) (flanking charge state)。然后進(jìn)行逆譜庫(kù)檢索(reverse search)以將可能已經(jīng)通過(guò)Mascot程序的自動(dòng) 檢索被漏失的肽添加至候選物列表。添加的肽通過(guò)以下來(lái)鑒定選擇表示與所比較的肽的 各參數(shù)基本上匹配的單一蛋白質(zhì)的“最佳匹配”，進(jìn)行計(jì)算機(jī)(in silico)消化，其中所述 胰蛋白酶肽和其各自的分子質(zhì)量基于蛋白質(zhì)的已知氨基酸或基因序列來(lái)計(jì)算。這些預(yù)測(cè) 的肽質(zhì)量然后針對(duì)原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)搜索，并且使鑒定的任何峰如上所述進(jìn)行檢查和具有資格(qualified)。然后，使包括通過(guò)Mascot自動(dòng)鑒定的和通過(guò)手工檢查鑒定的所有的肽進(jìn)入 由Mascot使用的質(zhì)量列表。如本文下面所述，然后將細(xì)化的(refined)匹配用于推導(dǎo)出細(xì) 化的Mowse得分。作為鑒定過(guò)程的結(jié)果，確定為在哮喘群體、肺癌群體和/或正常群體之間顯 著差異地表達(dá)的11種蛋白質(zhì)鑒定為BAC04615、Q6NSC8、CAF17350、Q6ZUD4、Q8N7P1、 CAC69571、包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4、JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接 (JC1445proteasome endopetidase complex chain C2 long splice)、突角蟲融合蛋白 11、 AAK13083 和 AAK130490。BAC04615、Q6NSC8、CAF 17350、Q6ZUD4、Q8N7P1 為由基因測(cè)序成果 產(chǎn)生的鑒定的蛋白質(zhì)。已知包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4參予胞質(zhì)內(nèi)蛋白質(zhì)膜錨定。JC1445 蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接為已知的蛋白酶體。突觸融合蛋白11在細(xì)胞免疫 應(yīng)答中活躍。BAC04615，AAK13083和AAK130490為主要的組織相容性復(fù)合物(“MHC”)相 關(guān)蛋白質(zhì)。


圖1描述顯示蛋白質(zhì)BAC04615的Mowse得分和顯著匹配的表；圖2描述顯示蛋白質(zhì)Q6NSC8的Mowse得分和顯著匹配的表；圖3描述顯示蛋白質(zhì)CAF17350的Mowse得分和顯著匹配的表；圖4描述顯示蛋白質(zhì)Q6ZUD4的Mowse得分和顯著匹配的表；圖5描述顯示蛋白質(zhì)Q8N7P1的Mowse得分和顯著匹配的表；圖6描述顯示蛋白質(zhì)CAC69571的Mowse得分和顯著匹配的表；圖7描述顯示蛋白質(zhì)包含F(xiàn)ERM 4結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4的Mowse得分和顯著匹配的 表；圖8描述顯示蛋白質(zhì)JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接的Mowse得 分和顯著匹配的表；圖9描述顯示蛋白質(zhì)突觸融合蛋白11的Mowse得分和顯著匹配的表；圖10描述顯示蛋白質(zhì)AAK13083和AAK13049的Mowse得分和顯著匹配的表。發(fā)明詳述本發(fā)明提供使用液相色譜電噴霧離子化質(zhì)譜，鑒定在人類血清中存在的蛋白質(zhì)的 方法，所述蛋白質(zhì)在正常個(gè)體和按照醫(yī)生診斷已知患有非小細(xì)胞肺癌和哮喘的患者之間差 異地表達(dá)。通過(guò)確定在未患有任何人類肺組織病理學(xué)狀態(tài)的人的群體、診斷患有哮喘的人 的群體和診斷有非小細(xì)胞肺癌的人的群體之間基本上和一致地差異地表達(dá)的蛋白質(zhì)，并且 獲得這些蛋白質(zhì)的特征，可以在患者中通過(guò)鑒定相同的蛋白質(zhì)并且定量所述蛋白質(zhì)的表達(dá) 水平的血液測(cè)試來(lái)鑒定所述病理學(xué)狀態(tài)的存在，以在各疾病的發(fā)展的更早期鑒定和診斷哮 喘或非小細(xì)胞肺癌。人類血液樣品收集自志愿者。從已知未患有非小細(xì)胞肺癌或哮喘的個(gè)體收集30 個(gè)樣品。已知未患有非小細(xì)胞肺癌或哮喘的個(gè)體包括，并且在本文中稱為“正常群體”。此 夕卜，如本文所用術(shù)語(yǔ)“肺癌”，旨在描述非小細(xì)胞肺癌。從已知患有哮喘并且被醫(yī)生診斷為患 有哮喘的個(gè)體收集28個(gè)血液樣品。已知患有哮喘的個(gè)體包括，并且在本文中稱為“哮喘群 體”。從已知患有非小細(xì)胞肺癌并且被醫(yī)生診斷為患有非小細(xì)胞肺癌的個(gè)體收集30個(gè)血液樣品。已知患有非小細(xì)胞肺癌的個(gè)體包括，并且在本文中稱為“肺癌群體”。通常，如本文所 用，術(shù)語(yǔ)“肺癌”旨在指非小細(xì)胞肺癌。最后，從已知由于按照醫(yī)生記錄的由于吸煙歷史而 具有肺癌風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體收集71個(gè)血液樣品。這71個(gè)樣品為正在進(jìn)行的研究和試驗(yàn)的對(duì)象， 并且因此未在本文討論。
所述血液樣品使用標(biāo)準(zhǔn)靜脈穿刺技術(shù)以IRB批準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)方案，遵循知情同意原則 從志愿者收集入無(wú)菌的10ml BDVacutainer 玻璃血清紅頂管。所述血液樣品然后在 室溫下不受干擾地靜置30分鐘以使血液凝塊。所述樣品在室溫下以2000rpm在標(biāo)準(zhǔn)臺(tái)式 離心機(jī)(benchtopcentrifuge)中旋轉(zhuǎn)10分鐘以將血清從血液樣品分離。然后通過(guò)將血清 移液入第二管(secondary tube)來(lái)除去各樣品的血清。所述第二管在冰上預(yù)冷以通過(guò)限 制由于蛋白水解和變性導(dǎo)致的降解而確保各血清試樣的完整性。然后將來(lái)自收集的各樣品 的血清試樣分成在冰上在預(yù)冷的冷凍管(Cryovial tube)中的1.0ml的等分試樣。將來(lái)自 所述血清試樣的等分試樣貯存在至少如零下80攝氏度(-80°C ) 一樣冷的溫度下。從放血 (phlebotomy)到在_80°C下貯存的處理時(shí)間不超過(guò)1小時(shí)。隨機(jī)選擇來(lái)自各個(gè)哮喘群體、正常群體和肺癌群體的8至10個(gè)血清試樣以測(cè)試。 使來(lái)自各個(gè)群體的各個(gè)血清試樣經(jīng)受蛋白酶或消化劑(在這種情況下為胰蛋白酶)。胰蛋 白酶用作蛋白酶，并且因?yàn)槠溥M(jìn)行高度特異和高度可預(yù)測(cè)裂解的能力被期望用作蛋白酶， 這是由于以下事實(shí)已知胰蛋白酶在賴氨酸和精氨酸的羧基側(cè)裂解肽鏈，除了其中脯氨酸 緊接地存在于賴氨酸或精氨酸后之外。雖然使用胰蛋白酶，可以使用其它蛋白酶或消化劑。 期望使用這樣的蛋白酶，或蛋白酶的混合物，其至少如胰蛋白酶一樣特異地裂解。然后通過(guò)使試樣進(jìn)行離心和毛細(xì)管液相色譜從不可溶物質(zhì)中分離胰蛋白酶肽 (其為通過(guò)胰蛋白酶裂解后剩下的肽)，其中使用具有0. 甲酸的水性乙腈梯度液，使用 在Eksigent 2D毛細(xì)管HPLC上的0. 375X 180mm Supelcosil ABZ+柱以實(shí)現(xiàn)產(chǎn)生的胰蛋 白酶肽的色譜分離。所述肽的分離是需要的，因?yàn)殡妵婌F離子化過(guò)程經(jīng)受離子共抑制(ion co-suppression)，其中具有更高質(zhì)子親和力的離子類型將抑制具有較低質(zhì)子親和性的離 子的離子形成，如果它們同時(shí)地從電噴霧發(fā)射器洗脫的話，在該情況下電噴霧發(fā)射器與 HPLC柱的末端共終端(co-terminal)。該方法允許分離在胰蛋白酶消化中產(chǎn)生的大量肽，并且有助于最小化共抑制問(wèn) 題，由此最大化假分子離子共抑制的形成的機(jī)會(huì)，從而最大化離子取樣。各個(gè)試樣的胰蛋白 酶肽然后進(jìn)行LC-ESIMS。所述LC-ESIMS通過(guò)使在各個(gè)試樣中的肽通過(guò)如上所述由水、乙腈 和甲酸組成的溶劑系統(tǒng)的柱及時(shí)地分離在各個(gè)試樣中的各肽。所述肽然后在電噴霧離子源中噴射以使所述肽離子化并且產(chǎn)生如上所述的肽假 分子離子。使所述肽通過(guò)在LC-ESIMS中的質(zhì)譜儀，其中分子質(zhì)量就各肽假分子離子進(jìn)行測(cè) 量。在通過(guò)LC-ESIMS之后，對(duì)于各樣品中存在的肽從=質(zhì)譜數(shù)據(jù)，即所述肽的強(qiáng)度、分子量 和洗脫時(shí)間產(chǎn)生質(zhì)譜讀數(shù)。質(zhì)譜讀數(shù)通常為通過(guò)LC-ESIMS記錄的的肽假分子離子信號(hào)的 圖解說(shuō)明，其中χ軸為測(cè)量的質(zhì)荷比，y軸為所述假分子離子信號(hào)的信號(hào)強(qiáng)度。然后通過(guò)控 制LC-ESIMS的軟件系統(tǒng)處理這些數(shù)據(jù)并且獲得和貯存所得數(shù)據(jù)。一旦獲得質(zhì)譜數(shù)據(jù)并將其置于質(zhì)譜讀數(shù)上，進(jìn)行比較分析，其中病理學(xué)狀態(tài)之間 地(interpathologically)和病理學(xué)狀態(tài)之內(nèi)地(intrapathalogically)對(duì)于各個(gè)群體進(jìn) 行在LC-ESIMS中測(cè)試的各血清試樣的質(zhì)譜讀數(shù)。在正常群體中測(cè)試的各個(gè)試樣之間比較質(zhì)譜峰。然后在哮喘群體和肺癌群體中測(cè)試的各個(gè)試樣之間比較質(zhì)譜峰。進(jìn)行病理學(xué)狀態(tài) 之內(nèi)地比較后，則進(jìn)行病理學(xué)狀態(tài)之間地比較，其中將對(duì)于哮喘群體在LC-ESIMS中測(cè)試的 各個(gè)試樣的質(zhì)譜讀數(shù)與在正常群體中測(cè)試的各個(gè)試樣進(jìn)行比較。同樣地，將對(duì)于肺癌群體 在LC-ESIMS中測(cè)試的各個(gè)試樣的質(zhì)譜讀數(shù)與在正常群體中測(cè)試的各個(gè)試樣進(jìn)行比較。將具有如下質(zhì)譜讀數(shù)的肽確定為不顯著地并且排除當(dāng)將哮喘群體或肺癌群體與 正常群體比較時(shí)，所述質(zhì)譜讀數(shù)指示肽強(qiáng)度不一致地差異性地病理學(xué)狀態(tài)之內(nèi)的表達(dá)或基 本上不改變(在強(qiáng)度上低于10倍方差(variance))。通常，所用的排除標(biāo)準(zhǔn)包括對(duì)于給 定蛋白質(zhì)，將至少一半所鑒定的特征肽的肽峰強(qiáng)度在源自來(lái)自各病理學(xué)狀態(tài)的個(gè)體患者血 清的分析的至少10個(gè)數(shù)據(jù)組上做比 較。如果源自給定蛋白質(zhì)的大多數(shù)肽峰的強(qiáng)度在強(qiáng)度 上對(duì)于80%的血清數(shù)據(jù)組是至少10倍高，將所述蛋白質(zhì)分類為在兩種病理學(xué)狀態(tài)類別之 間差異地調(diào)節(jié)。然而，產(chǎn)生經(jīng)觀察被差異性調(diào)節(jié)的肽的蛋白質(zhì)的特征是未知的并且需要鑒定。為 了進(jìn)行所述蛋白質(zhì)的鑒定，將肽假分子離子信號(hào)強(qiáng)度在整個(gè)已知數(shù)據(jù)庫(kù)上比較，所述已知 數(shù)據(jù)庫(kù)包含已知蛋白質(zhì)和肽以及可疑蛋白質(zhì)和肽的文庫(kù)。將來(lái)自各個(gè)正常、肺癌和哮喘群體的各個(gè)試樣的胰蛋白酶消化物的質(zhì)譜讀數(shù)輸入 已知的稱為Mascot的搜索引擎。Mascot為本領(lǐng)域已知的搜索引擎，其使用質(zhì)譜數(shù)據(jù)以從四 個(gè)主要測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)，即MSDB、NCBInr、SwissProt和dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定蛋白質(zhì)。這些數(shù)據(jù)庫(kù) 包含已知序列的所有蛋白和基于源自基因序列的特征性蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄起始區(qū)域的觀察的所 有推定蛋白方面的信息。對(duì)這些數(shù)據(jù)庫(kù)就精度和冗余進(jìn)行連續(xù)地檢查并且進(jìn)行連續(xù)的添加 作為新的蛋白質(zhì)和基因序列在科學(xué)和專利文獻(xiàn)中鑒定和出版。作為比較分析的結(jié)果，11種蛋白質(zhì)被確定為在哮喘群體、肺癌群體和正常群體之 間一致地差異地表達(dá)。將搜索標(biāo)準(zhǔn)和參數(shù)輸入Mascot程序，并且使來(lái)自各個(gè)群體質(zhì)譜讀數(shù) 的質(zhì)譜數(shù)據(jù)通過(guò)Mascot程序運(yùn)行。輸入Mascot程序的質(zhì)譜數(shù)據(jù)用于各病理學(xué)狀態(tài)的所有 試樣。Mascot程序然后針對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)運(yùn)行輸入的肽的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，將各肽的峰強(qiáng)度和質(zhì)量 與已知肽和蛋白質(zhì)的質(zhì)量和峰強(qiáng)度進(jìn)行比較。Mascot然后產(chǎn)生搜索結(jié)果，其返回可能的蛋 白質(zhì)鑒定匹配(對(duì)于分析的各樣品通常稱為“顯著匹配”)的候選物列表。顯著匹配通過(guò)Mascot程序通過(guò)對(duì)于測(cè)試的各個(gè)試樣指派稱為“Mowse得分”的得 分來(lái)確定。Mowse得分為一種算法，其中所述得分為-10女LOGltl(P),其中P是所觀察的匹 配為隨機(jī)事件的概率，其與其中P小于0. 05的顯著性ρ值相關(guān)，其在科學(xué)界為通常承認(rèn)的 標(biāo)準(zhǔn)。約55至約66或以上的Mowse得分通常認(rèn)為是顯著的。由于特定搜索考慮和數(shù)據(jù)庫(kù) 參數(shù)導(dǎo)致顯著性水平稍微變化。對(duì)于各肽運(yùn)行返回所述顯著匹配，產(chǎn)生蛋白質(zhì)的候選物列 表。接下來(lái)，進(jìn)行比較分析，將從哮喘群體和肺癌群體測(cè)試的各試樣和從正常群體測(cè) 試的各試樣的質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較。在哮喘、肺癌和正常病理學(xué)狀態(tài)方面將與在LC-ESIMS中 檢測(cè)的推定鑒定蛋白相關(guān)的各個(gè)胰蛋白酶肽假分子離子信號(hào)(峰)進(jìn)行比較。將具有如下 質(zhì)譜峰強(qiáng)度的肽確定為無(wú)意義的并且排除其指示當(dāng)將哮喘群體或肺癌群體與正常群體比 較時(shí)肽的定量基本上未改變。通常，所用的排除標(biāo)準(zhǔn)包括將給定蛋白質(zhì)的至少一半鑒定的 特征肽的肽峰強(qiáng)度在源自來(lái)自各病理學(xué)狀態(tài)的個(gè)體患者血清的分析的至少10個(gè)數(shù)據(jù)組上 做比較。如果源自給定蛋白質(zhì)的大多數(shù)肽峰的強(qiáng)度在強(qiáng)度上對(duì)于80%的血清數(shù)據(jù)組是至少10倍高，將所述蛋白質(zhì)分類為在兩種病理學(xué)狀態(tài)類別之間差異地調(diào)節(jié)。使來(lái)自質(zhì)譜讀數(shù)的數(shù)據(jù)與所述顯著匹配進(jìn)行交互檢查以驗(yàn)證原始數(shù)據(jù)、峰特性、電荷多重性、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。然后進(jìn)行逆譜庫(kù)檢索以將肽添加至候選物列表， 其可能被Mascot程序的自動(dòng)搜索所錯(cuò)過(guò)。添加的肽通過(guò)以下來(lái)鑒定選擇表示與所比較的 肽的各參數(shù)基本上匹配的單一蛋白質(zhì)的“最佳匹配”，進(jìn)行計(jì)算機(jī)消化，其中所述胰蛋白酶 肽和其各自的分子質(zhì)量基于蛋白質(zhì)的已知氨基酸或基因序列進(jìn)行計(jì)算。然后針對(duì)原始質(zhì)譜 數(shù)據(jù)搜索這些預(yù)測(cè)的肽質(zhì)量，并且使鑒定的任何峰如上所述進(jìn)行檢查和具有資格)。然后， 使包括通過(guò)Mascot自動(dòng)鑒定的和通過(guò)手工檢查鑒定的所有的肽進(jìn)入由Mascot使用的質(zhì)量 列表。如本文下面所述，然后將細(xì)化的匹配用于推導(dǎo)出細(xì)化的Mowse得分。參考圖1至圖10，就鑒定為在肺癌群體或哮喘群體與正常群體之間比較差異性表 達(dá)的各蛋白質(zhì)顯示Mascot搜索結(jié)果。在各情況中，輸入搜索標(biāo)準(zhǔn)和參數(shù)，建立顯著性的可 接受性的Mowse得分閾值。參考圖1，顯示蛋白質(zhì)BAC04615的Mascot搜索結(jié)果。選擇要 搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)為NCBInr 10，輸入Mascot程序的試樣的分類設(shè)置為智人(Homosapiens) 12。 顯著性的Mowse得分閾值確認(rèn)為66的Mowse值或大于14。作為Mascot搜索的結(jié)果，獲得 121的最高得分，如Mowse得分圖形18所示，所述圖的y軸表示具有特定Mowse得分的鑒定 的蛋白質(zhì)的數(shù)量。仍然參考圖1，如行20所示，對(duì)于gi/21755032給出121的最高M(jìn)owse得分。121 的Mowse得分是高度顯著的，表示存在匹配是隨機(jī)的非常低的可能性。實(shí)際上，如第28列所 示，該匹配將隨機(jī)出現(xiàn)的預(yù)期將通過(guò)Mascot程序表示為1. 7X10_°_7。然而，在第22，24和26 行中指示的蛋白質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示這3種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然后進(jìn)行 手工分析，其中除去非顯著的和/或噪音數(shù)據(jù)，并且交換檢查原始數(shù)據(jù)、峰特征、電荷多重 性、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。作為手工分析的結(jié)果，在第22，24和26行指示的蛋白質(zhì)為 顯著匹配的可能性顯著地降低，并且因此，將在第22，24和26行指示的蛋白質(zhì)排除在匹配 之外。在圖1中在第20行指示的蛋白質(zhì)，gi/21755032，鑒定為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入Mascot 程序所指示的蛋白質(zhì)，在第20行指示的蛋白質(zhì)編號(hào)，gi/21755032，(其中g(shù)i編號(hào)有時(shí)寫為 “GI”)僅僅是被連續(xù)地分配給由NCBI處理的各序列記錄的一系列數(shù)字。gi/21755032與蛋 白質(zhì)BAC04615相對(duì)應(yīng)。參考圖2，顯示蛋白質(zhì)Q6NSC8的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形30中通 過(guò)Mowse得分條形圖(bar) 36所示，顯著性29的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為64，并且 獲得117的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖36相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為Q6NSC8， 如在第32行中所示。如在圖2中所示，Mowse得分圖形30的陰影線部分34表示如下蛋白 質(zhì)其被記錄，但其在顯著性的閾值之下，并且因此不予考慮。參考圖3，顯示蛋白質(zhì)CAF17350的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形40中 通過(guò)Mowse得分條形圖42所示，顯著性38的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為64，并且獲得 152的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖42相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為CAF17350，如在 第46行中所示。如在圖3中所示，Mowse得分圖形40的陰影線部分44表示如下蛋白質(zhì) 其被記錄，但其在顯著性的閾值之下，并且因此不予考慮。參考圖4，顯示蛋白質(zhì)Q6ZUD4的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形50中通 過(guò)Mowse得分條形圖52所示，顯著性48的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為64，并且獲得220的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖52相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為Q6ZUD4，如在第 56行中所示。如在圖4中所示，Mowse得分圖形50的陰影線部分54表示如下蛋白質(zhì)其被 記錄，但其在顯著性的閾值之下，并且因此不予考慮。參考圖5，顯示蛋白質(zhì)Q8N7P1的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形60中通 過(guò)Mowse得分條形圖62所示，顯著性58的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為66，并且獲得74 的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖62相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為gi/71682143，如在 第64行中所示。與圖1類似，gi/71682143對(duì)應(yīng)于蛋白質(zhì)Q8N7PI。在第66和68行中指示 的蛋白質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示這兩種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然后進(jìn)行手工分 析，其中除去非顯著的和/或噪音數(shù)據(jù)，并且交換檢查原始數(shù)據(jù)、峰特征、電荷多重性、同位 素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。作為手工分析的結(jié)果，在第66和68行指示的蛋白質(zhì)為顯著匹配 的可能性顯著地降低，并且因此，將在第66和68行指示的蛋白質(zhì)排除在匹配之外。在圖5 中Q8N7PI鑒定為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入Mascot程序而指示的蛋白質(zhì)。指出在第70處關(guān)于 蛋白質(zhì)Q8NB22的指示，因?yàn)槠渑cQ8N7PI為相同的蛋白質(zhì)。參考圖6，顯示蛋白質(zhì)CAC69571的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形74中 通過(guò)Mowse得分條形圖76所示，顯著性72的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為64，并且獲得 171的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖76相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為CAC69571，如在 第78行中所示。在第80，82，84和86行中指示的蛋白質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示 這4種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然后進(jìn)行手工分析，其中除去非顯著的和/或噪音數(shù)據(jù)，并且 交換檢測(cè)原始數(shù)據(jù)、峰特征、電荷多重性、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。作為手工分析的結(jié) 果，在第80，82，84和86行指示的蛋白質(zhì)為顯著匹配的可能性顯著地降低，并且因此，將在 第80，82，84和86行指示的蛋白質(zhì)排除在匹配之外。在圖6中CAC69571鑒定為通過(guò)將質(zhì) 譜數(shù)據(jù)輸入Mascot程序而指示的蛋白質(zhì)。參考圖7，描述包含蛋白質(zhì)FERM 4結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4的Mascot搜索結(jié)果。如在 Mowse得分圖形90中通過(guò)Mowse得分條形圖92所示，顯著性88的Mowse得分閾值確認(rèn) Mowse值為64，并且獲得335的最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖92相對(duì)應(yīng)的鑒定的 蛋白質(zhì)為包含F(xiàn)ERM 4結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4，如在第98行中所示。在第100，102，104、106和 108行中指示的蛋白質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示這5種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然后 進(jìn)行手工分析，其中除去非顯著的和/或噪音數(shù)據(jù)，并且交換檢查原始數(shù)據(jù)、峰特征、電荷 多重性、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。作為手工分析的結(jié)果，在第100，102，104、106和108 行中指示的蛋白質(zhì)為顯著匹配的可能性顯著地降低，并且因此，將在第100，102，104,106 和108行中指示的蛋白質(zhì)排除在匹配之外。在圖7中包含F(xiàn)ERM 4結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4鑒定 為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入Mascot程序而指示的蛋白質(zhì)。參考圖8，描述蛋白質(zhì)JCC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶(endop印tidase)復(fù)合物鏈 C2長(zhǎng)剪接形式(“JCC1445”)的Mascot搜索結(jié)果。如在Mowse得分圖形112中通過(guò)Mowse 得分條形圖114所示，顯著性110的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為66，并且獲得123的 最高M(jìn)owse得分。與Mowse得分條形圖114相對(duì)應(yīng)的鑒定的蛋白質(zhì)為gi/4506179，如在第 116 行中所示。gi/4506179 對(duì)應(yīng)于蛋白質(zhì) JCC1445。在第 118，120，122，124，126 和 128 行 中指示的蛋白質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示這6種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然后進(jìn)行手 工分析，其中除去非顯著的和/或噪音數(shù)據(jù)，并且交換檢查原始數(shù)據(jù)、峰特征、電荷多重性、同位素分布和側(cè)翼電荷狀態(tài)。作為手工分析的結(jié)果，在第118，120，122，124，126和128行 中指示的蛋白質(zhì)為顯著匹配的可能性顯著地降低，并且因此，將在第118，120，122，124，126 和128行中指示的蛋白質(zhì)排除在匹配之外。在圖8中JCC1445鑒定為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入 Mascot程序而指示的蛋白質(zhì)。參考圖9，顯示蛋白質(zhì)突觸融合蛋白11的Mascot搜索結(jié)果。如通過(guò)Mowse得分條 形圖134、和第136和138行所示，顯著性130的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為66，并且 兩次獲得127的最高M(jìn)owse得分。對(duì)于突觸融合蛋白11獲得95的第三Mowse得分，如在 第140行中所示。在圖9中突觸融合蛋白11鑒定為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸Mascot程序而指示 的蛋白質(zhì)。參考圖10，描述兩種蛋白質(zhì)AAK13083和AAK13049的Mascot搜索結(jié)果。如在第 148行和Mowse得分條形圖146所示，顯著性142的Mowse得分閾值確認(rèn)Mowse值為64，并 且通過(guò)蛋白質(zhì)Q5VY82獲得273的最高M(jìn)owse得分。在第150，152和154行中指示的蛋白 質(zhì)也具有非常高的Mowse得分，表示這3種蛋白質(zhì)也是顯著匹配。然而，作為進(jìn)行手工分析 的結(jié)果，將在第150和154行中指示的蛋白質(zhì)排除在可能的匹配之外。Q5VY82經(jīng)受進(jìn)一步 的調(diào)查和試驗(yàn)以確認(rèn)其是否顯著差異地表達(dá)。在圖10中如在第152行中所示的AAK13049 和AAK13083都鑒定為通過(guò)將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入Mascot程序而指示的蛋白質(zhì)。圖1至圖10描述進(jìn)行以鑒定所述11種蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)分析，所述11種蛋白質(zhì)當(dāng)與 正常群體比較時(shí)在哮喘和/或肺癌群體中差異地表達(dá)。對(duì)于哮喘群體，正常群體和肺癌群 體就11種蛋白質(zhì)的每一種進(jìn)行本文所述并且如在圖1至圖10中所示的方法。作為鑒定過(guò)程的結(jié)果，確定為在哮喘群體肺癌群體和/或正常群體之間顯著差異 地表達(dá)的 11 種蛋白質(zhì)鑒定為 BAC04615、Q6NSC8、CAF17350、Q6ZUD4、Q8N7P1、CAC69571、包 含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4、JCC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接形式、突觸融 合蛋白 11、AAK13083 和 AAK130490。BAC04615、Q6NSC8、CAF 17350、Q6ZUD4、Q8N7P1 為由基 因測(cè)序成果產(chǎn)生的鑒定的蛋白質(zhì)。已知包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4參予胞質(zhì)內(nèi)蛋白膜錨 定。JCC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接形式為已知的蛋白酶體。突觸融合蛋 白11在細(xì)胞免疫應(yīng)答中活躍。BAC04615、AAK13083和AAK130490為主要的組織相容性復(fù) 合物(“MHC”)相關(guān)蛋白。已經(jīng)鑒定出在哮喘和肺癌患者中連續(xù)差異地表達(dá)的11種特定蛋白質(zhì)，可以通過(guò) 以下在所述疾病的發(fā)展早期診斷這些病理學(xué)狀態(tài)使來(lái)自患者血清的蛋白質(zhì)BAC04615、 Q6NSC8、CAF17350、Q6ZUD4、Q8N7P1、CAC69571、包含 FERM 結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì) 4、JCC1445 蛋白 酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接形式、突觸融合蛋白11、AAK13083和AAK130490進(jìn)行 LC-ESIMS，從這些蛋白質(zhì)獲得質(zhì)譜數(shù)據(jù)，并且將該質(zhì)譜數(shù)據(jù)與正常群體的質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行比 較?？梢酝ㄟ^(guò)將該質(zhì)譜數(shù)據(jù)與來(lái)自肺癌群體和/或哮喘群體的質(zhì)譜數(shù)據(jù)相比較而進(jìn)行進(jìn)一 步的分析，以驗(yàn)證或取消(nullify)給定病理學(xué)狀態(tài)的存在。當(dāng)然該分析可以擴(kuò)展至多個(gè)另外的技術(shù)，由此可以確定特定的蛋白質(zhì)濃度，包括 但不限于放射免疫測(cè)定，酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定，經(jīng)由可見光或紫外線的吸光度使用輻射測(cè)定 的、光譜測(cè)定的檢測(cè)的高壓液相色譜，質(zhì)譜儀定性和定量分析，western印跡，借助于檢測(cè)放 射性探針或核酸、抗體的檢測(cè)的使用吸收或熒光光度法的1或2維凝膠電泳，通過(guò)許多化學(xué) 發(fā)光報(bào)道子系統(tǒng)中的任何的化學(xué)發(fā)光的定量，酶促測(cè)定，免疫沉淀或免疫捕獲測(cè)定或許多固相和液相免疫測(cè)定中的任何。除了在疾病發(fā)展的早期確定肺癌或哮喘的存在之外，本文鑒定為此類病理學(xué)狀態(tài) 的指示的蛋白質(zhì)可以在相關(guān)方法中使用和應(yīng)用以有助于治療肺癌和/或哮喘的目的。例 如，可以開發(fā)抗體以與這些蛋白質(zhì)結(jié)合。所述抗體可以組裝在生物標(biāo)記面板中，其中將任何 或所有的抗體組裝在基于單一珠的面板(panel)或試劑盒中以用于基于珠的免疫測(cè)定。所 述蛋白質(zhì)然后可以使用基于珠的技術(shù)，例如Luminex' s xMAP技術(shù)進(jìn)行多重免疫測(cè)定，和 定量。此外，其它非基于珠的測(cè)定可以用于定量蛋白質(zhì)表達(dá)水平。通過(guò)定量蛋白質(zhì)表達(dá)水 平，這些定量結(jié)果可以與正常群體、哮喘群體、/或肺癌群體的表達(dá)水平相比較以進(jìn)一步驗(yàn) 證或取消患者中肺癌或哮喘的存在。所述蛋白質(zhì)也可使用和應(yīng)用至藥理學(xué)領(lǐng)域以評(píng)價(jià)患者對(duì)治療性干預(yù)例如藥物治 療、放療/化療或外科手術(shù)治療的反應(yīng)。此外，測(cè)定個(gè)體蛋白質(zhì)的試劑盒或蛋白質(zhì)的面板可 用于患者的例行測(cè)試以監(jiān)視患者的健康狀況，所述患者處于病理學(xué)狀態(tài)的較高風(fēng)險(xiǎn)中，例 如吸煙者，或具有該病理學(xué)狀態(tài)的家族史的那些。
最后，本文鑒定的11種蛋白的每一種的氨基酸序列的序列表隨本文提交并且特 別引入以作參考。在序列表中，在SEQ ID NO :1中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí) 已知的蛋白質(zhì)BAC04615的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :2中記載的氨基酸序列為提交 本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)Q6NSC8的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :3中記載的氨基酸 序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)CAF17350的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :4中 記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)Q6ZUD4的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO 5中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4的 一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :6中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì) AAK13083的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ IDNO 7中記載的氨基酸序列為蛋白質(zhì)Q8N7P1提交本 申請(qǐng)之日時(shí)已知的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :8中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之 日時(shí)已知的蛋白質(zhì)CAC69571的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ IDNO :9中記載的氨基酸序列為提 交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)JCC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接的一級(jí)氨 基酸序列。在SEQ ID NO :10中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)突觸 融合蛋白11的一級(jí)氨基酸序列。在SEQ ID NO :11中記載的氨基酸序列為在SEQ ID NO 10中記載的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的蛋白質(zhì)AAK13049的一級(jí)氨基酸序列。本文和在序列表中所述的氨基酸序列為提交本申請(qǐng)之日時(shí)已知的一級(jí)氨基酸序 列。應(yīng)該理解在未來(lái)可以對(duì)在序列表中列出的序列進(jìn)行修飾。例如，可以發(fā)現(xiàn)翻譯后修飾， 其用列出的蛋白質(zhì)的加工改變，或可以在體內(nèi)在其功能的某些點(diǎn)上與所述蛋白質(zhì)形成功能 性加合物。此外，序列表可以通過(guò)剪接差異或發(fā)現(xiàn)與命名蛋白質(zhì)的相同家族的結(jié)構(gòu)上密切 相關(guān)的蛋白質(zhì)而改變。此外，由列出的蛋白質(zhì)的加工或降解引起的在所有其排列中的蛋白 水解片段可以以親本蛋白以在醫(yī)學(xué)和藥理學(xué)利用開發(fā)的所有方式產(chǎn)生可利用的標(biāo)記片段。 此類修飾被視為在本文所述的本發(fā)明的范圍，而無(wú)需背離本文所述本發(fā)明的范圍。盡管本發(fā)明已經(jīng)參考具體實(shí)施方式
描述，該描述不旨以限制意義限制。參考本發(fā) 明說(shuō)明書時(shí)，所述實(shí)施方式的各種改進(jìn)，以及本發(fā)明的替代實(shí)施方式對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而 言是明顯的。因此，認(rèn)為所附權(quán)利要求將包括落入本發(fā)明范圍的此類改進(jìn)。
權(quán)利要求
鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，當(dāng)與來(lái)自未患有所述病理學(xué)狀態(tài)的人類的血清中相同的所述蛋白質(zhì)的表達(dá)水平相比時(shí)，所述蛋白質(zhì)具有改變的表達(dá)水平，所述方法包括以下步驟第一獲得步驟，從不患有所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)的人類群體獲得大量人類血清；第二獲得步驟，從患有哮喘的人類群體獲得大量人類血清；第三獲得步驟，從患有非小細(xì)胞肺癌的人類群體獲得大量人類血清；暴露步驟，將在所述第一獲得步驟、所述第二獲得步驟和所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清暴露于消化劑，所述消化劑將在所述人類血清中的所述蛋白質(zhì)裂解成可預(yù)測(cè)和定義的肽；分離步驟，從所述人類血清分離所述肽；使用液相色譜質(zhì)譜儀，將來(lái)自在所述第一獲得步驟、所述第二獲得步驟和所述第三獲得步驟中獲得的各個(gè)所述大量人類血清的所述肽進(jìn)行分析，所述質(zhì)譜儀其中具有疏水性固定相的柱，以及流過(guò)所述柱的溶劑系統(tǒng)，所述溶劑系統(tǒng)分離所述肽，以及檢測(cè)機(jī)構(gòu)以產(chǎn)生質(zhì)譜讀數(shù)，所述質(zhì)譜讀數(shù)包括所述肽的質(zhì)量和測(cè)量隨著所述肽通過(guò)所述柱的時(shí)間階段的所述肽的所述強(qiáng)度的圖解說(shuō)明；第一比較步驟，將來(lái)自在所述第一獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來(lái)自在所述第二獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；第二比較步驟，將來(lái)自在所述第一獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來(lái)自在所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；第三比較步驟，將來(lái)自在所述第二獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來(lái)自在所述第三獲得步驟中獲得的所述人類血清的所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；選擇步驟，選擇在所述第一比較步驟、所述第二比較步驟和所述第三比較步驟中比較的所述質(zhì)譜讀數(shù)，其中所述質(zhì)譜讀數(shù)指示在以下之間相同的所述肽的基本上變化的所述強(qiáng)度(a).患有所述哮喘的所述人類群體與不患有所述肺組織病的所述病理學(xué)狀態(tài)的所述人類群體；(b).患有所述非小細(xì)胞肺癌的所述人類群體與不患有所述肺組織病的所述病理學(xué)狀態(tài)的所述人類群體；和(c).患有所述哮喘的所述人類群體與患有所述非小細(xì)胞肺癌的所述人類的所述群體；鑒定步驟，通過(guò)從在所述選擇步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)獲得所述肽的特征，鑒定指示所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)的所述蛋白質(zhì)；和其中所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)包括所述哮喘和所述非小細(xì)胞肺癌。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中所述消化劑為胰蛋白酶或其它內(nèi)切蛋白酶。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中所述鑒定步驟進(jìn)一步包括以下步驟分析步驟，通過(guò)預(yù)定義的計(jì)算機(jī)程序分析在所述選擇步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)， 所述預(yù)定義的計(jì)算機(jī)程序?qū)⑺鲭牡乃鲑|(zhì)譜讀數(shù)與預(yù)鑒定的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜讀數(shù)的至少 一個(gè)文庫(kù)比較，并且將在所述質(zhì)譜讀數(shù)中的所述肽的所述質(zhì)量和所述強(qiáng)度與所述預(yù)鑒定的 蛋白質(zhì)的質(zhì)量和強(qiáng)度匹配；和獲得步驟，從所述預(yù)定義的計(jì)算機(jī)程序獲得作為結(jié)果的鑒定的蛋白質(zhì)。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中所述鑒定步驟進(jìn)一步包括以下步驟運(yùn)行步驟，通過(guò)預(yù)定義的計(jì)算機(jī)程序運(yùn)行在所述分析步驟期間選擇的所述質(zhì)譜讀數(shù)， 所述預(yù)定義的計(jì)算機(jī)程序?qū)⑺鲭牡乃鲑|(zhì)譜讀數(shù)與預(yù)鑒定的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜讀數(shù)的至少 一個(gè)文庫(kù)比較，并且將在所述質(zhì)譜讀數(shù)中的所述肽的所述質(zhì)量和所述強(qiáng)度與所述預(yù)鑒定的 蛋白質(zhì)的候選物列表的質(zhì)量和強(qiáng)度匹配，所述候選物列表包括具有與所述肽的所述質(zhì)量和 所述強(qiáng)度基本上類似的所述質(zhì)量和所述強(qiáng)度的大量所述預(yù)鑒定的蛋白質(zhì)；和確定步驟，從所述候選物列表確定作為結(jié)果的鑒定的蛋白質(zhì)。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中所述確定步驟包括消除在所述候選物列表中不是所述得到的鑒定的蛋 白質(zhì)的蛋白質(zhì)的步驟，包括以下步驟消除步驟，消除在所述候選物列表上的與所述肽的所述強(qiáng)度和質(zhì)量不是最基本上相似 的所述蛋白質(zhì)的所述強(qiáng)度和所述質(zhì)量；和選擇步驟，從所述候選物列表選擇與所述肽的所述強(qiáng)度和質(zhì)量最基本上相似的所述強(qiáng) 度和所述質(zhì)量。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)包括CAC69571。
7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)包括包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì) 4。
8.根據(jù)權(quán)利要求5所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)包括JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切 酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
9.根據(jù)權(quán)利要求5所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)包括突觸融合蛋白11。
10.根據(jù)權(quán)利要求6所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的 蛋白質(zhì)4。
11.根據(jù)權(quán)利要求6所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體肽 鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
12.根據(jù)權(quán)利要求6所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
13.根據(jù)權(quán)利要求7所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體肽 鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
14.根據(jù)權(quán)利要求7所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
15.根據(jù)權(quán)利要求8所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的 蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
16.根據(jù)權(quán)利要求10所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài) 的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體 肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
17.根據(jù)權(quán)利要求11所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài) 的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
18.根據(jù)權(quán)利要求13所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài) 的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
19.根據(jù)權(quán)利要求16所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài) 的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
20.根據(jù)權(quán)利要求6,7,8,9,10，11，12，13，14，15，16，17，18或19所述的鑒定在人類血 清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的 所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括選自以下的至少一種蛋白質(zhì)BAC04615、Q6NSC8、CAF17350、Q6ZVD4 和 Q8N7P1。
21.根據(jù)權(quán)利要求20所述的鑒定在人類血清中存在的指示人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài) 的蛋白質(zhì)的方法，其中在所述鑒定步驟中鑒定的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括選自以下的至少一 種蛋白質(zhì)BAC04615、AK13083 和 AK13490。
22.在患者中通過(guò)鑒定在所述患者的人類血清試樣中改變的蛋白質(zhì)的表達(dá)強(qiáng)度來(lái)診斷 人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，所述方法包括第一獲得步驟，獲得用于所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述改變的強(qiáng)度的待測(cè)試的所述患者血清 試樣；暴露步驟，將所述患者血清試樣暴露于消化劑，所述消化劑將在所述患者血清試樣中 的所述蛋白質(zhì)裂解成定義的肽；分離步驟，從所述患者血清試樣分離所述肽；使用液相色譜質(zhì)譜儀，將來(lái)自在所述第一獲得步驟中獲得的所述患者血清試樣的所述 肽進(jìn)行分析，所述質(zhì)譜儀其中具有疏水性固定相的柱，以及流過(guò)所述柱的溶劑系統(tǒng)，所述溶 劑系統(tǒng)分離所述肽，以及檢測(cè)機(jī)構(gòu)以產(chǎn)生質(zhì)譜讀數(shù)，所述質(zhì)譜讀數(shù)包括所述肽的質(zhì)量和測(cè) 試隨著所述肽通過(guò)所述柱的時(shí)間階段的所述肽的所述強(qiáng)度的圖解說(shuō)明；選擇步驟，從所述人類血清試樣選擇至少一種所述肽以比較所述質(zhì)譜讀數(shù)，所述肽的 所述質(zhì)譜讀數(shù)代表在所述暴露步驟期間從其裂解所述肽的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜讀數(shù)；第二獲得步驟，對(duì)于由在所述選擇步驟期間選擇的所述肽代表的各個(gè)相同蛋白質(zhì)獲得 基本上未改變的表達(dá)強(qiáng)度的質(zhì)譜讀數(shù)，所述未改變的表達(dá)強(qiáng)度從未患有人類肺組織的所述 病理學(xué)狀態(tài)的人類血清試樣的群體進(jìn)行確定；第一比較步驟，將來(lái)自所述患者血清試樣的在所述選擇步驟期間選擇的所述至少一種 肽的所述質(zhì)譜讀數(shù)與來(lái)自未患有所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)的人類血清試樣的所 述群體的所述未改變的蛋白質(zhì)表達(dá)的所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；第一確定步驟，確定所述患者血清試樣的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度是否改變；其中所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述改變的強(qiáng)度指示所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)；和其中所述人類肺組織的所述病理學(xué)狀態(tài)包括非小細(xì)胞肺癌和哮喘。
23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中所述 消化劑為胰蛋白酶或其它內(nèi)切蛋白酶。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)包括CAC69571。
25.根據(jù)權(quán)利要求23所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)包括包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4。
26.根據(jù)權(quán)利要求23所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)包括JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
27.根據(jù)權(quán)利要求23所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)包括突觸融合蛋白11。
28.根據(jù)權(quán)利要求24所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括包含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)4。
29.根據(jù)權(quán)利要求24所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪 接。
30.根據(jù)權(quán)利要求24所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
31.根據(jù)權(quán)利要求25所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪接。
32.根據(jù)權(quán)利要求25所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
33.根據(jù)權(quán)利要求26所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
34.根據(jù)權(quán)利要求28所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括JC1445蛋白酶體肽鏈內(nèi)切酶復(fù)合物鏈C2長(zhǎng)剪 接。
35.根據(jù)權(quán)利要求29所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
36.根據(jù)權(quán)利要求31所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
37.根據(jù)權(quán)利要求34所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所 述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括突觸融合蛋白11。
38.根據(jù)權(quán)利要求24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36 或 37 所述的在患者中 診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在所述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包 括選自以下的至少一種蛋白質(zhì)BAC04615、Q6NSC8、CAF17350、Q6ZVD4 和 Q8N7P1。
39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中在 所述選擇步驟中選擇的所述蛋白質(zhì)進(jìn)一步包括選自以下的至少一種蛋白質(zhì)BAC04615、AK13083 和 AK13490。
40.根據(jù)權(quán)利要求39所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，進(jìn)一步包括第三獲得步驟，獲得從來(lái)自患有哮喘的人類的人類血清試樣的群體在所述選擇步驟期 間選擇的所述肽代表的各個(gè)相同的蛋白質(zhì)的表達(dá)強(qiáng)度的質(zhì)譜讀數(shù)；第二比較步驟，將來(lái)自所述患者血清試樣的在所述選擇步驟期間選擇的所述至少一種 肽的所述質(zhì)譜讀數(shù)與從來(lái)自患有哮喘的所述人類的人類血清試樣的所述群體的所述質(zhì)譜 讀數(shù)進(jìn)行比較；第二確定步驟，確定所述患者血清試樣的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度與從來(lái)自患有哮 喘的所述人類的人類血清試樣的所述群體的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度是否基本上類似； 禾口其中所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述基本上類似的強(qiáng)度指示哮喘。
41.根據(jù)權(quán)利要求39所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，進(jìn)一步包括第四獲得步驟，獲得從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的人類的人類血清試樣的群體在所述選 擇步驟期間選擇的所述肽代表的各個(gè)相同的蛋白質(zhì)的信號(hào)強(qiáng)度的質(zhì)譜讀數(shù)；第三比較步驟，將來(lái)自所述患者血清試樣的在所述選擇步驟期間選擇的所述至少一種 肽的所述質(zhì)譜讀數(shù)與從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的所述人類的人類血清試樣的所述群體的 所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；第三確定步驟，確定所述患者血清試樣的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度與從來(lái)自患有非 小細(xì)胞肺癌的所述人類的人類血清試樣的所述群體的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度是否基 本上類似；和其中所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述基本上類似的強(qiáng)度指示小細(xì)胞肺癌。
42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，進(jìn)一步包括第四獲得步驟，獲得從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的人類的人類血清試樣的群體在所述選 擇步驟期間選擇的所述肽代表的的各個(gè)相同的蛋白質(zhì)的表達(dá)強(qiáng)度的質(zhì)譜讀數(shù)；第三比較步驟，將來(lái)自所述患者血清試樣的在所述選擇步驟期間選擇的所述至少一種 肽的所述質(zhì)譜讀數(shù)與從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的所述人類的人類血清試樣的所述群體的 所述質(zhì)譜讀數(shù)進(jìn)行比較；第三確定步驟，確定所述患者血清試樣的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度與從來(lái)自患有非 小細(xì)胞肺癌的所述人類的人類血清試樣的所述群體的所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度是否基 本上類似；和其中所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述基本上類似的強(qiáng)度指示小細(xì)胞肺癌。
43.根據(jù)權(quán)利要求40所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中通過(guò) 以下從來(lái)自患有哮喘的人類的人類血清試樣的所述群體獲得所述蛋白質(zhì)表達(dá)的所述強(qiáng)度 的所述質(zhì)譜讀數(shù)消化來(lái)自所述群體的各個(gè)人類血清試樣，從各個(gè)所述人類血清試樣分離 肽，和使各個(gè)所述人類血清試樣的所述肽進(jìn)行所述液相色譜質(zhì)譜。
44.根據(jù)權(quán)利要求41所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中通過(guò)以下從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的人類的人類血清試樣的所述群體獲得所述蛋白質(zhì)表達(dá)的 所述強(qiáng)度的所述質(zhì)譜讀數(shù)消化來(lái)自所述群體的各個(gè)人類血清試樣，從各個(gè)所述人類血清 試樣分離肽，和將各個(gè)所述人類血清試樣的所述肽用于所述液相色譜質(zhì)譜儀。
45.根據(jù)權(quán)利要求42所述的在患者中診斷人類肺組織的病理學(xué)狀態(tài)的方法，其中通過(guò) 以下獲得從來(lái)自患有非小細(xì)胞肺癌的人類的人類血清試樣的所述群體的所述蛋白質(zhì)表達(dá) 的所述強(qiáng)度的所述質(zhì)譜讀數(shù)消化來(lái)自所述群體的各個(gè)人類血清試樣，從各個(gè)所述人類血 清試樣分離肽，和將各個(gè)所述人類血清試樣的所述肽經(jīng)受所述液相色譜質(zhì)譜儀。
全文摘要
鑒定在人類血清中存在的蛋白質(zhì)的方法，所述蛋白質(zhì)在正常個(gè)體和按照醫(yī)生診斷已知患有非小細(xì)胞肺癌和哮喘的患者之間差異地表達(dá)。將來(lái)自各個(gè)群體的人類血清試樣用胰蛋白酶或任何其它合適的內(nèi)切蛋白酶消化，并且使用液相色譜電噴霧離子化質(zhì)譜儀進(jìn)行分析。比較來(lái)自各個(gè)群體的質(zhì)譜數(shù)據(jù)以確定具有在正常、哮喘和肺癌群體之間顯著差異地表達(dá)的表達(dá)強(qiáng)度的蛋白質(zhì)。發(fā)現(xiàn)11種蛋白質(zhì)具有在所述群體之間顯著差異地表達(dá)的表達(dá)強(qiáng)度。最后，通過(guò)將所述質(zhì)譜數(shù)據(jù)與具有已知蛋白質(zhì)的質(zhì)譜數(shù)據(jù)文庫(kù)的已知數(shù)據(jù)庫(kù)比較，獲得11種蛋白質(zhì)的特征。
文檔編號(hào)G01N27/00GK101836106SQ200880113342
公開日2010年9月15日 申請(qǐng)日期2008年9月11日 優(yōu)先權(quán)日2007年9月11日
發(fā)明者E·伊茲比卡, R·T·斯特里佩, S·H·貝克 申請(qǐng)人:癌癥預(yù)防和治療有限公司